|
Conpair-master
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
__pycache__
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
pyhgvs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
LibM078F_pair.vd.normalized.vepanno.annovar.hg19_multianno.txt
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
README.md
|
df28e90292
Initial commit
|
před 1 rokem |
|
cnvkit_cnr_gene20220525.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
cnvkit_cns_merge_20220823.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
d1_datasummary_QC.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
damage2_fgbio_sample.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_HLA_v0_20220705_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_MSI_v0_20220929_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_QC_v0_20220906_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_QC_v0_20230406_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_QCcheck_summary_v0_20220929.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_chemotherapy_v0_20220705_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_cnv_v0_20220919_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_cpsamplefile_sample_v0_20220929_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_cpsamplefile_v0_20220929_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_fusion_v0_20220914_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_fusion_v0_20230228_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_fusion_v0_20230403_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_germline_v0_20220926_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_germline_v0_20230221_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_germline_v0_20230301_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_germline_v0_20230303_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_germline_v0_20230304_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_germline_v0_20230308_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_germline_v0_20230403_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_germline_v0_20230522_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_mergeresult_v0_20220929_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_mergeresult_v0_20230203_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_mergeresult_v0_20230203_finish_vd01.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_mergeresult_v0_20230331_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_mergeresult_v0_20230331_finish_vd01.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_mergeresult_v0_20230601_finish_vd01.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_vardict_v0_20220929_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_vardict_v0_20220929_finishtest.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_vardict_v0_20230601_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_vardict_v0_20230603_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_varscan_v0_20220929_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_somatic_filter_varscan_v0_20230603_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
datafile_tmb_v0_20221107_for_IT.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
fastp2tab.pl
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
igv_input.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
main_20220802_v0.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
main_20220802_v0test.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
main_20220929_v0.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
main_20221025_v0.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
main_20221026_v0.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
main_20221027_v0.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_SNVpair_20220929.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_SNVpair_20221026.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_SNVpair_20221027.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_pair_20220705.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_pair_20220929.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_unpair_case_20220606.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_unpair_case_20220705.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_unpair_case_20220929.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_unpair_control_20220606.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_unpair_control_20220705.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_unpair_control_20220929.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_unpair_qc_20220606.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_unpair_qc_20220705.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_unpair_qc_20220929.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
run_unpair_qc_20221027.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
runmain_pancancer_v0.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s01_samplesheet_v0_20220915_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s01_samplesheet_v0_20230420_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s02_samplefile_v0_20220915_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s03_datasoftlink_20220915_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s0_sampleinfor_v0_20220705.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s0_samplesheet_v0_20220915_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s10_noUMI_ontarget_unpair_20220606.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s10_noUMI_ontarget_unpair_20220929.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s11_noUMI_coverage_unpair_20220606.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s11_noUMI_coverage_unpair_20220929.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s12_igv_report_pair_20230210.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s13_sample_concordance_pair_20230210.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s14_seqError_unpair_20230422.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s1_noUMI_clean_align_20220606.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s1_noUMI_clean_align_20220705.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s1_noUMI_clean_align_20221027.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s1_noUMI_clean_align_FFPE_20230529.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s1_noUMI_clean_align_blood_20230529.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_vardict_pair_20220705.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_vardict_pair_20220901.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_vardict_pair_20220929.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_vardict_pair_20221027.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_varscan_pair_20220705.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_varscan_pair_20220901.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_varscan_pair_20220929.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_varscan_pair_20221025.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_varscan_pair_20221026.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_varscan_pair_20221027.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_varscan_pair_20221226.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s2_noUMI_sv_calling_varscan_pair_20230209.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s3_noUMI_CNV_cnvkit_pair_20220606.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s3_noUMI_CNV_cnvkit_pair_20220929.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s4_noUMI_MSI_15STR_msisensor2_pair_20220606.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s4_noUMI_MSI_15STR_msisensor2_pair_20220929.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s5_noUMI_Germline_gatk_unpair_20220606.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s5_noUMI_Germline_gatk_unpair_20220929.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s5_noUMI_Germline_gatk_unpair_20230522.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s6_noUMI_HL_gatk_unpair_20220606.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s6_noUMI_HL_gatk_unpair_20220929.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s7_noUMI_fusion_GeneFuse_unpair_20220206.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s7_noUMI_fusion_GeneFuse_unpair_20220929.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s7_noUMI_fusion_manta_pair_20220606.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s8_noUMI_HLA_hlahd_unpair_20220606.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s8_noUMI_HLA_hlahd_unpair_20220929.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s9_noUMI_qc_unpair_20220606.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
s9_noUMI_qc_unpair_20220929.sh
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
sample_coverage_v0_20220906.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
tumor_only_sv_calling_vardict_unpair_20230330.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
vcf_combine.pbs
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
vcfsplit_v0_20220929_finish.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
|
verify_concordance_v0.py
|
20b4d5a133
602panel
|
před 1 rokem |
