prod_reproduction/202307-MBY2/test/CG0584V5D6-Lib19147.vardict.vcf

##fileformat=VCFv4.1
##INFO=<ID=SAMPLE,Number=1,Type=String,Description="Sample name (with whitespace translated to underscores)">
##INFO=<ID=TYPE,Number=1,Type=String,Description="Variant Type: SNV Insertion Deletion Complex">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Chr End Position">
##INFO=<ID=VD,Number=1,Type=Integer,Description="Variant Depth">
##INFO=<ID=AF,Number=1,Type=Float,Description="Allele Frequency">
##INFO=<ID=BIAS,Number=1,Type=String,Description="Strand Bias Info">
##INFO=<ID=REFBIAS,Number=1,Type=String,Description="Reference depth by strand">
##INFO=<ID=VARBIAS,Number=1,Type=String,Description="Variant depth by strand">
##INFO=<ID=PMEAN,Number=1,Type=Float,Description="Mean position in reads">
##INFO=<ID=PSTD,Number=1,Type=Float,Description="Position STD in reads">
##INFO=<ID=QUAL,Number=1,Type=Float,Description="Mean quality score in reads">
##INFO=<ID=QSTD,Number=1,Type=Float,Description="Quality score STD in reads">
##INFO=<ID=SBF,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias Fisher p-value">
##INFO=<ID=ODDRATIO,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias Odds ratio">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="Mean Mapping Quality">
##INFO=<ID=SN,Number=1,Type=Float,Description="Signal to noise">
##INFO=<ID=HIAF,Number=1,Type=Float,Description="Allele frequency using only high quality bases">
##INFO=<ID=ADJAF,Number=1,Type=Float,Description="Adjusted AF for indels due to local realignment">
##INFO=<ID=SHIFT3,Number=1,Type=Integer,Description="No. of bases to be shifted to 3 prime for deletions due to alternative alignment">
##INFO=<ID=MSI,Number=1,Type=Float,Description="MicroSatellite. > 1 indicates MSI">
##INFO=<ID=MSILEN,Number=1,Type=Float,Description="MicroSatellite unit length in bp">
##INFO=<ID=NM,Number=1,Type=Float,Description="Mean mismatches in reads">
##INFO=<ID=LSEQ,Number=1,Type=String,Description="5' flanking seq">
##INFO=<ID=RSEQ,Number=1,Type=String,Description="3' flanking seq">
##INFO=<ID=GDAMP,Number=1,Type=Integer,Description="No. of amplicons supporting variant">
##INFO=<ID=TLAMP,Number=1,Type=Integer,Description="Total of amplicons covering variant">
##INFO=<ID=NCAMP,Number=1,Type=Integer,Description="No. of amplicons don't work">
##INFO=<ID=AMPFLAG,Number=1,Type=Integer,Description="Top variant in amplicons don't match">
##INFO=<ID=HICNT,Number=1,Type=Integer,Description="High quality variant reads">
##INFO=<ID=HICOV,Number=1,Type=Integer,Description="High quality total reads">
##INFO=<ID=SPLITREAD,Number=1,Type=Integer,Description="No. of split reads supporting SV">
##INFO=<ID=SPANPAIR,Number=1,Type=Integer,Description="No. of pairs supporting SV">
##INFO=<ID=SVTYPE,Number=1,Type=String,Description="SV type: INV DUP DEL INS FUS">
##INFO=<ID=SVLEN,Number=1,Type=Integer,Description="The length of SV in bp">
##INFO=<ID=DUPRATE,Number=1,Type=Float,Description="Duplication rate in fraction">
##FILTER=<ID=q23,Description="Mean Base Quality Below 23">
##FILTER=<ID=Q10,Description="Mean Mapping Quality Below 10">
##FILTER=<ID=p8,Description="Mean Position in Reads Less than 8">
##FILTER=<ID=SN1.5,Description="Signal to Noise Less than 1.5">
##FILTER=<ID=Bias,Description="Strand Bias">
##FILTER=<ID=pSTD,Description="Position in Reads has STD of 0">
##FILTER=<ID=d3,Description="Total Depth < 3">
##FILTER=<ID=v2,Description="Var Depth < 2">
##FILTER=<ID=f0.01,Description="Allele frequency < 0.01">
##FILTER=<ID=MSI12,Description="Variant in MSI region with 12 non-monomer MSI or 13 monomer MSI">
##FILTER=<ID=NM5.25,Description="Mean mismatches in reads >= 5.25, thus likely false positive">
##FILTER=<ID=InGap,Description="The variant is in the deletion gap, thus likely false positive">
##FILTER=<ID=InIns,Description="The variant is adjacent to an insertion variant">
##FILTER=<ID=Cluster0bp,Description="Two variants are within 0 bp">
##FILTER=<ID=LongMSI,Description="The somatic variant is flanked by long A/T (>=14)">
##FILTER=<ID=AMPBIAS,Description="Indicate the variant has amplicon bias.">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
##FORMAT=<ID=VD,Number=1,Type=Integer,Description="Variant Depth">
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=AF,Number=1,Type=Float,Description="Allele Frequency">
##FORMAT=<ID=RD,Number=2,Type=Integer,Description="Reference forward, reverse reads">
##FORMAT=<ID=ALD,Number=2,Type=Integer,Description="Variant forward, reverse reads">
#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	CG0584V5D6-Lib19147
chr1	11845518	.	G	C	219	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=137;END=11845518;VD=61;AF=0.4453;BIAS=1:1;REFBIAS=76:0;VARBIAS=61:0;PMEAN=46.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=122;HIAF=0.4485;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=61;HICOV=136;LSEQ=AGAATCAGCTTGATTCAGCC;RSEQ=GTGGTGGCAGCATGGCTGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:137:61:76,61:0.4453:76,0:61,0
chr1	11845570	.	C	T	224	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=145;END=11845570;VD=74;AF=0.5103;BIAS=1:1;REFBIAS=69:2;VARBIAS=74:0;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.23803;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=73;HIAF=0.5069;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=73;HICOV=144;LSEQ=GGGCCCAGCAACCTCGTATG;RSEQ=ACCACCTCTCCCCAGTTCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:145:74:71,74:0.5103:69,2:74,0
chr1	11845596	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=155;END=11845596;VD=2;AF=0.0129;BIAS=2:0;REFBIAS=145:8;VARBIAS=2:0;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=CTCTCCCCAGTTCTCAGTCA;RSEQ=CCTCTGACAAGCAACTCTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:155:2:153,2:0.0129:145,8:2,0
chr1	11845946	.	C	T	184	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=65;END=11845946;VD=35;AF=0.5385;BIAS=1:1;REFBIAS=1:29;VARBIAS=0:35;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.46154;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.5397;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=34;HICOV=63;LSEQ=ACTACAAGTGCACGCCACCA;RSEQ=GCCTGGCTAATTTTTGTATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:65:35:30,35:0.5385:1,29:0,35
chr1	11846092	.	G	GT	181	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=41;END=11846092;VD=35;AF=0.8537;BIAS=2:2;REFBIAS=1:4;VARBIAS=22:12;PMEAN=31.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.13873;ODDRATIO=6.96427327808343;MQ=60.3;SN=34;HIAF=0.8500;ADJAF=0.1951;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=34;HICOV=40;LSEQ=GAGCCACCGCGCCAGGCCAA;RSEQ=TTTTTTTTTTTCTTATTGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:41:35:5,35:0.8537:1,4:22,12
chr1	11846252	.	G	A	232	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=178;END=11846252;VD=96;AF=0.5393;BIAS=1:1;REFBIAS=79:1;VARBIAS=95:1;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.20125891934748;MQ=60;SN=23;HIAF=0.5318;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=92;HICOV=173;LSEQ=GTTAGTTCTGACACCAACAA;RSEQ=TGGTGATAAGAGGTTGATAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:178:96:80,96:0.5393:79,1:95,1
chr1	11846447	.	G	A	282	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=291;END=11846447;VD=289;AF=0.9931;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=94:195;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.9963;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=272;HICOV=273;LSEQ=CAGAATGCCACAAAGAATAC;RSEQ=TTTTAGAGAAGATTCTAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:291:289:1,289:0.9931:0,1:94,195
chr1	11846483	.	A	AT	125	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=240;END=11846483;VD=10;AF=0.0417;BIAS=2:2;REFBIAS=65:152;VARBIAS=3:7;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=37.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00218476278287;MQ=63.6;SN=20;HIAF=0.0450;ADJAF=0.0042;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=10;HICOV=222;LSEQ=TAAGAGAAAAAGCTAAGGTG;RSEQ=TTTTTTTTTTCAGTCGTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:240:10:217,10:0.0417:65,152:3,7
chr1	11846659	.	ATTTT	A	219	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=194;END=11846663;VD=69;AF=0.3557;BIAS=2:2;REFBIAS=67:26;VARBIAS=55:14;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.27647;ODDRATIO=1.52061189422624;MQ=60;SN=68;HIAF=0.3676;ADJAF=0.0876;SHIFT3=15;MSI=19;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=68;HICOV=185;LSEQ=TGTGCCACCACACCCGGCTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGTAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:194:69:93,69:0.3557:67,26:55,14
chr1	11847334	.	G	GGAA	301	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=712;END=11847334;VD=353;AF=0.4958;BIAS=2:2;REFBIAS=166:190;VARBIAS=172:180;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.59844;ODDRATIO=1.09356546082849;MQ=60;SN=116.667;HIAF=0.4965;ADJAF=0.0744;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=350;HICOV=705;LSEQ=AGCCACATGGGGGAATGGGT;RSEQ=GAAGAGGCCGGGATGTGTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:712:353:356,353:0.4958:166,190:172,180
chr1	11847759	.	C	T	298	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=636;END=11847759;VD=301;AF=0.4733;BIAS=2:2;REFBIAS=200:133;VARBIAS=172:129;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.46823;ODDRATIO=1.1276;MQ=60;SN=74.25;HIAF=0.4714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=297;HICOV=630;LSEQ=CCCTGTGATTTCTCTTTGGG;RSEQ=GGCAGGCAGCCGGGAGAGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:636:301:333,301:0.4733:200,133:172,129
chr1	11848139	.	G	A	288	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=608;END=11848139;VD=276;AF=0.4539;BIAS=2:2;REFBIAS=175:155;VARBIAS=143:133;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.80655;ODDRATIO=1.04996;MQ=60;SN=54.2;HIAF=0.4524;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=271;HICOV=599;LSEQ=GTGTGCAGTTTGGTGGGTCC;RSEQ=AGGGATGGGGGCAAGGGCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:608:276:330,276:0.4539:175,155:143,133
chr1	11848879	.	A	G	334	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=577;END=11848879;VD=575;AF=0.9965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=295:280;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=114;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=570;HICOV=571;LSEQ=CAGAAGTCTGTGCCACAGCC;RSEQ=CGCACCGTGGAGCTTTCCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:577:575:0,575:0.9965:0,0:295,280
chr1	11849447	.	A	G	331	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=539;END=11849447;VD=539;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=253:286;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=133.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=535;HICOV=535;LSEQ=AGAGTGGACAGGAAGCCGCC;RSEQ=GAGCACCGCGGGGTTGGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:539:539:0,539:1:0,0:253,286
chr1	11850365	.	T	G	296	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=591;END=11850365;VD=283;AF=0.4788;BIAS=2:2;REFBIAS=161:145;VARBIAS=148:135;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0128;MQ=60;SN=69.75;HIAF=0.4835;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=279;HICOV=577;LSEQ=TGTACTGCACGGGCTCCAAG;RSEQ=GTAAGTTCACTGGGAGTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:591:283:306,283:0.4788:161,145:148,135
chr1	11850990	.	G	GCA	99	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=392;END=11850990;VD=6;AF=0.0153;BIAS=2:2;REFBIAS=126:231;VARBIAS=2:4;PMEAN=27.4;PSTD=1;QUAL=38.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.09066;MQ=64.4;SN=12;HIAF=0.0167;ADJAF=0.0051;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.9;HICNT=6;HICOV=359;LSEQ=CCCCGCACACACGCACACAT;RSEQ=CACACACACACAGAGGCAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:392:6:357,6:0.0153:126,231:2,4
chr1	11851003	.	G	C	272	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=388;END=11851003;VD=188;AF=0.4845;BIAS=2:2;REFBIAS=75:122;VARBIAS=61:127;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.28625;ODDRATIO=1.27907;MQ=60;SN=93;HIAF=0.4895;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=186;HICOV=380;LSEQ=CACACATGCACACACACACA;RSEQ=AGGCAAGATTAACAGGGCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:388:188:197,188:0.4845:75,122:61,127
chr1	11851118	.	A	G	300	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=315;END=11851118;VD=313;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=206:107;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=103.333;HIAF=0.9968;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=310;HICOV=311;LSEQ=CCCAGAAATAAACACCCTGC;RSEQ=TCAGCAGTGACATGGGTGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:315:313:0,313:0.9937:0,0:206,107
chr1	11851444	.	G	T	44	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=292;END=11851444;VD=3;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=71:218;VARBIAS=1:2;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.57376;ODDRATIO=1.53273148077188;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0069;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=288;LSEQ=CAACTGGAGTCCCACTGCCT;RSEQ=GACAGCCTTGACTCAATGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:292:3:289,3:0.0103:71,218:1,2
chr1	11851950	.	C	G	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=3;END=11851950;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=23.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=CTCCTCCTGCTCATGTTCCC;RSEQ=GTTTCCCCAGATGGTGCAGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0
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chr1	11860120	.	T	C	206	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=90;END=11860120;VD=48;AF=0.5333;BIAS=1:1;REFBIAS=41:1;VARBIAS=48:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.46667;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=0.5393;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=48;HICOV=89;LSEQ=ATACAAAAGGAGCAAGGACA;RSEQ=GGTGCAGTTCACCTCTGCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:90:48:42,48:0.5333:41,1:48,0
chr1	11860172	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=98;END=11860172;VD=2;AF=0.0204;BIAS=1:2;REFBIAS=93:3;VARBIAS=1:1;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.08037;ODDRATIO=26.99083;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0206;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=97;LSEQ=AGCATGGACCCATGAGTGCC;RSEQ=CTGATCACTGTGTCCTGAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:98:2:96,2:0.0204:93,3:1,1
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chr1	11860683	.	T	C	90	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=9;END=11860683;VD=6;AF=0.6667;BIAS=2:2;REFBIAS=1:2;VARBIAS=1:5;PMEAN=21.3;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=2.23609;MQ=60;SN=12;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=9;LSEQ=TCCCTACTTCTACCTGGGCA;RSEQ=GCCTGCCACCCTCTCCCATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:9:6:3,6:0.6667:1,2:1,5
chr1	11863566	.	G	T	277	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=632;END=11863566;VD=293;AF=0.4636;BIAS=2:2;REFBIAS=166:172;VARBIAS=161:132;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.15105;ODDRATIO=1.26329619242528;MQ=60;SN=12.952;HIAF=0.4496;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=272;HICOV=605;LSEQ=AGGACCCTGGCTTTTCGATG;RSEQ=TCCATCTCTGTCAGCTCAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:632:293:338,293:0.4636:166,172:161,132
chr1	11864168	.	T	A	249	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=307;END=11864168;VD=142;AF=0.4625;BIAS=2:2;REFBIAS=30:130;VARBIAS=31:111;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.56642;ODDRATIO=1.20943845772408;MQ=60;SN=19.286;HIAF=0.4671;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=135;HICOV=289;LSEQ=GGAAGGCTGAGGCAGAAGGA;RSEQ=TGCCTGAGCCCAGGAGTTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:307:142:160,142:0.4625:30,130:31,111
chr1	11865816	.	G	GC	133	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=510;END=11865816;VD=11;AF=0.0216;BIAS=2:2;REFBIAS=257:219;VARBIAS=4:7;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=1;SBF=0.36045;ODDRATIO=2.05064;MQ=62.8;SN=22;HIAF=0.0228;ADJAF=0.002;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=11;HICOV=482;LSEQ=GGTGCGCAAGGGAGGCGGCA;RSEQ=CCCCCCCCAAGAAGAGAGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:510:11:476,11:0.0216:257,219:4,7
chr1	11866346	.	C	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=89;END=11866346;VD=2;AF=0.0225;BIAS=1:0;REFBIAS=0:87;VARBIAS=0:2;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0230;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=87;LSEQ=GGGTGCAGGGGGTCTCTGTG;RSEQ=TGCTGCTGCAGGTGGTGCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:89:2:87,2:0.0225:0,87:0,2
chr1	11994736	.	G	T	74	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=287;END=11994736;VD=4;AF=0.0139;BIAS=2:2;REFBIAS=226:57;VARBIAS=2:2;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.18837;ODDRATIO=3.93954;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0142;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=4;HICOV=282;LSEQ=GCGGGGTGGTGCCGCCCCCG;RSEQ=GGCGGGCCCAGTGCGTGGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:287:4:283,4:0.0139:226,57:2,2
chr1	12004289	.	CA	C	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=19;END=12004290;VD=3;AF=0.1579;BIAS=1:0;REFBIAS=16:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=26.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.1667;ADJAF=0.0526;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=18;LSEQ=GACAGAGCGAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAATTGTGTCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:19:3:16,3:0.1579:16,0:3,0
chr1	12004479	.	T	TACACACAC	214	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=132;END=12004479;VD=63;AF=0.4773;BIAS=2:2;REFBIAS=23:4;VARBIAS=56:7;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.72772;ODDRATIO=1.38598217626921;MQ=59.5;SN=126;HIAF=0.6176;ADJAF=0.1439;SHIFT3=32;MSI=20;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=63;HICOV=102;LSEQ=CTGAATTGCGCATGCACGCG;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:132:63:27,63:0.4773:23,4:56,7
chr1	12004999	.	G	A	155	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=59;END=12004999;VD=24;AF=0.4068;BIAS=1:1;REFBIAS=0:33;VARBIAS=0:24;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23;HIAF=0.4035;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=23;HICOV=57;LSEQ=TCAATCTGGCCACCAGGTGA;RSEQ=AAGTGTAAGCTGCAGACCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:59:24:33,24:0.4068:0,33:0,24
chr1	12008009	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=189;END=12008009;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:0;REFBIAS=118:69;VARBIAS=2:0;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53394;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=CCTCATCCTCCATTCCCATT;RSEQ=ACCATACCCTCCTCTGTCTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:189:2:187,2:0.0106:118,69:2,0
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chr1	12024435	.	A	T	248	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=289;END=12024435;VD=138;AF=0.4775;BIAS=2:2;REFBIAS=59:92;VARBIAS=54:84;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00241582213134;MQ=60;SN=16.25;HIAF=0.4676;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=130;HICOV=278;LSEQ=GCTTGTGGGGCTCCCTCCCT;RSEQ=TTATTCCTGTTCTTGTTACC;DUPRATE=0.016;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:289:138:151,138:0.4775:59,92:54,84
chr1	12024633	.	C	A	44	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=264;END=12024633;VD=3;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=155:106;VARBIAS=2:1;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.36617620940749;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=260;LSEQ=CTATGACTCCCCACCACCAC;RSEQ=CTGTGACCCCCTCCATCTTC;DUPRATE=0.016;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:264:3:261,3:0.0114:155,106:2,1
chr1	12024715	.	T	G	38	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=297;END=12024715;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=123:170;VARBIAS=0:3;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.26893;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=284;LSEQ=CCACAGTGGTGTCTGGAATG;RSEQ=GCCCTATATTTCAAACATCT;DUPRATE=0.016;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:297:3:293,3:0.0101:123,170:0,3
chr1	12025353	.	T	C	189	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=62;END=12025353;VD=37;AF=0.5968;BIAS=1:1;REFBIAS=25:0;VARBIAS=37:0;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.6102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=36;HICOV=59;LSEQ=GACTTCCCTGATCACATTCT;RSEQ=AGTGTCAGGCCTGGGCTGGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:62:37:25,37:0.5968:25,0:37,0
chr1	12025666	.	G	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=197;END=12025666;VD=2;AF=0.0102;BIAS=2:0;REFBIAS=98:97;VARBIAS=0:2;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.49746;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=194;LSEQ=CCGAGGTGAGGCCAGGGTGG;RSEQ=CACATAGGGGCTGGGAGCAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:197:2:195,2:0.0102:98,97:0,2
chr1	12026090	.	A	G	167	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=44;END=12026090;VD=24;AF=0.5455;BIAS=2:2;REFBIAS=18:2;VARBIAS=22:2;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.21661901575522;MQ=60;SN=48;HIAF=0.5581;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=24;HICOV=43;LSEQ=ACATGCCTGCACACAGACAT;RSEQ=TACACACAAGCACACACATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:44:24:20,24:0.5455:18,2:22,2
chr1	12026353	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=154;END=12026353;VD=2;AF=0.013;BIAS=2:2;REFBIAS=48:104;VARBIAS=1:1;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53654;ODDRATIO=2.15475446572863;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=AGAACTACACCAAAGCCCTG;RSEQ=CAGGGAAGCTGGTGGAGACG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:154:2:152,2:0.013:48,104:1,1
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chr1	17733147	.	A	C	229	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=91;END=17733147;VD=91;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=68:23;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=87;HICOV=87;LSEQ=GGAAGCTCCCCTGGGGCCAC;RSEQ=TGTCTCCTGGCACCACCTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:91:91:0,91:1:0,0:68,23
chr1	17733267	.	ATGT	A	250	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=121;END=17733270;VD=112;AF=0.9256;BIAS=2:2;REFBIAS=1:8;VARBIAS=35:77;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.27728;ODDRATIO=3.60724334463603;MQ=60;SN=224;HIAF=0.9256;ADJAF=0.0992;SHIFT3=7;MSI=3;MSILEN=3;NM=0.6;HICNT=112;HICOV=121;LSEQ=AAAATCCAAGACAGTAGACA;RSEQ=TGTTGTTTATTTAAAATGTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:121:112:9,112:0.9256:1,8:35,77
chr1	17733564	.	T	G	122	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=10;END=17733564;VD=10;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:10;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=TAACCCATTAGGAAGCCCAT;RSEQ=TTTCAATCTAAGCCAGAAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:10:10:0,10:1:0,0:0,10
chr1	20977854	.	A	ATTC	133	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=22;END=20977854;VD=12;AF=0.5455;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=37.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.6;SN=24;HIAF=0.5455;ADJAF=0.0909;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.3;HICNT=12;HICOV=22;LSEQ=AATATTTGGCTTTAAGAATG;RSEQ=TTCTTATACTCTGAAGGTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:22:12:10,12:0.5455:10,0:12,0
chr1	20978058	.	G	A	230	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=146;END=20978058;VD=84;AF=0.5753;BIAS=1:2;REFBIAS=60:1;VARBIAS=77:7;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.13889;ODDRATIO=5.40552;MQ=60;SN=83;HIAF=0.5887;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=83;HICOV=141;LSEQ=TCTAGATTTTCCATTTCAGT;RSEQ=ATTCCCACCCCTCGGTCTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:146:84:61,84:0.5753:60,1:77,7
chr1	20978126	.	C	CCAT	229	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=183;END=20978126;VD=99;AF=0.541;BIAS=2:2;REFBIAS=55:29;VARBIAS=64:35;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03698;MQ=60.1;SN=98;HIAF=0.5444;ADJAF=0.071;SHIFT3=6;MSI=3;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=98;HICOV=180;LSEQ=TGAGGAGACGTTAGGGAGAA;RSEQ=CATCATTTCACAGTTAAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:183:99:84,99:0.541:55,29:64,35
chr1	20978183	.	C	CACTT	284	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=244;END=20978183;VD=241;AF=0.9877;BIAS=2:2;REFBIAS=5:3;VARBIAS=84:157;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.13844;ODDRATIO=3.09991;MQ=60.1;SN=119.5;HIAF=0.9637;ADJAF=0.0738;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=239;HICOV=248;LSEQ=TAGGCAAAATTTCATGAAGC;RSEQ=ACTTAGGATTTTGTATCCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:244:241:8,241:0.9877:5,3:84,157
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chr1	20978257	.	G	T	31	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=191;END=20978257;VD=2;AF=0.0105;BIAS=2:0;REFBIAS=43:146;VARBIAS=0:2;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=185;LSEQ=CCATTAGCAAACCAGGACCG;RSEQ=GGCCAGGTGAAGTTTGAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:191:2:189,2:0.0105:43,146:0,2
chr1	20978294	.	TTTTATTTATTTA	T	198	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=121;END=20978306;VD=41;AF=0.3388;BIAS=2:1;REFBIAS=11:32;VARBIAS=0:41;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.00048;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82;HIAF=0.3504;ADJAF=0.0909;SHIFT3=25;MSI=9;MSILEN=4;NM=1.2;HICNT=41;HICOV=117;LSEQ=AGGGCAACATCTCGCTTTAT;RSEQ=TTTATTTATTTATTTATTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:121:41:43,41:0.3388:11,32:0,41
chr1	20978410	.	T	C	183	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=60;END=20978410;VD=31;AF=0.5167;BIAS=1:1;REFBIAS=0:29;VARBIAS=0:31;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=0.5254;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=31;HICOV=59;LSEQ=CTCACTGCAAGCTCTGCCTC;RSEQ=TGGATTCATGCCTTTCTCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:60:31:29,31:0.5167:0,29:0,31
chr1	22443760	.	C	T	260	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=351;END=22443760;VD=177;AF=0.5043;BIAS=2:2;REFBIAS=135:39;VARBIAS=143:34;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.51149;ODDRATIO=1.21435857580026;MQ=60;SN=18.667;HIAF=0.4970;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=168;HICOV=338;LSEQ=TCCCATGACCTTCTCCAAGT;RSEQ=TCTTCTCCCTATTCTATAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:351:177:174,177:0.5043:135,39:143,34
chr1	22444409	.	AT	A	100	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=588;END=22444410;VD=7;AF=0.0119;BIAS=2:2;REFBIAS=271:309;VARBIAS=3:4;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.16905;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0122;ADJAF=0.0051;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=7;HICOV=575;LSEQ=CTCTGCTAGTGAGGCATAGT;RSEQ=TTTTTTTGGGCTTAGTAGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:588:7:580,7:0.0119:271,309:3,4
chr1	22444490	.	A	C	336	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=612;END=22444490;VD=612;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=317:295;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=101;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=606;HICOV=606;LSEQ=GCAGCTGTGGCGACAGTTGG;RSEQ=TCAGCTTTCATCCACATCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:612:612:0,612:1:0,0:317,295
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chr1	22444859	.	T	G	336	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=606;END=22444859;VD=603;AF=0.995;BIAS=2:2;REFBIAS=1:1;VARBIAS=275:328;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.19238;MQ=60;SN=200;HIAF=0.9950;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=600;HICOV=603;LSEQ=GGCAGTCTGGAAAGTGGGCT;RSEQ=ACAGCAACTTCCTCTGGTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:606:603:2,603:0.995:1,1:275,328
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chr1	22447316	.	A	G	96	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=20;END=22447316;VD=8;AF=0.4;BIAS=2:2;REFBIAS=5:7;VARBIAS=5:3;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=0.64992;ODDRATIO=2.23408771028351;MQ=60;SN=7;HIAF=0.3684;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=7;HICOV=19;LSEQ=CACTGCTGCATTTAACCTCC;RSEQ=CGGGAACCTTGGGGAGTAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:20:8:12,8:0.4:5,7:5,3
chr1	22447523	.	G	A	257	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=146;END=22447523;VD=146;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=146:0;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=144;HICOV=144;LSEQ=CACTTACCCCATTCTGTAAC;RSEQ=CCTGCCTGCCTGTCTGTACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:146:146:0,146:1:0,0:146,0
chr1	22447645	.	C	CTG	300	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=331;END=22447645;VD=325;AF=0.9819;BIAS=0:2;REFBIAS=3:0;VARBIAS=241:84;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.57268;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=324;HIAF=0.9878;ADJAF=0.139;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=324;HICOV=328;LSEQ=GGCCGTGTGGGTGGGAGAGT;RSEQ=TGGGGCCCTGCCCATGCTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:331:325:3,325:0.9819:3,0:241,84
chr1	22455728	.	C	T	95	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=8;END=22455728;VD=6;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=6;HICOV=8;LSEQ=CCAGAGCCTCGGGTCTGAGC;RSEQ=CTGACTGCTTCTCTTCCTCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:8:6:2,6:0.75:2,0:6,0
chr1	22469615	.	TGCGGCGGCG	T	99	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=26;END=22469624;VD=7;AF=0.2692;BIAS=1:2;REFBIAS=0:19;VARBIAS=2:5;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.06462;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.2692;ADJAF=0.0769;SHIFT3=22;MSI=10;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=7;HICOV=26;LSEQ=GCGCCGCCCCAGAGCCGGGA;RSEQ=GCGGCGGCGGCGGCGGCGGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:26:7:19,7:0.2692:0,19:2,5
chr1	22469647	.	A	C	73	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=11;END=22469647;VD=5;AF=0.4545;BIAS=2:0;REFBIAS=2:3;VARBIAS=0:5;PMEAN=10.2;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.44444;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=4;HICOV=6;LSEQ=GGCGGCGGCGGCGGCGGCGG;RSEQ=GGCGGGCGGGCGGGCGGGCG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:11:5:5,5:0.4545:2,3:0,5
chr1	22470115	.	G	A	204	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=81;END=22470115;VD=80;AF=0.9877;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=67:13;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=70;HICOV=70;LSEQ=CAGGCGCTGGCGCTCCGGGT;RSEQ=CCTGGGGCTGCACATCGGGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:81:80:0,80:0.9877:0,0:67,13
chr1	26516845	.	T	C	179	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=32;END=26516845;VD=32;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=31;HICOV=31;LSEQ=CTGGATCCAAGGCAGGGACA;RSEQ=GTCCCTGTGACTCCATTCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:32:32:0,32:1:0,0:32,0
chr1	26517667	.	T	C	251	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=240;END=26517667;VD=119;AF=0.4958;BIAS=2:2;REFBIAS=107:14;VARBIAS=112:7;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.16965;ODDRATIO=2.087203356223;MQ=60;SN=58.5;HIAF=0.4979;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=117;HICOV=235;LSEQ=CATGATCCACTCTCAGATGA;RSEQ=TTCCCCCCTCTAGAGTGGGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:240:119:121,119:0.4958:107,14:112,7
chr1	26519964	.	A	G	117	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=18;END=26519964;VD=9;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=24.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=9;HICOV=18;LSEQ=GAAGTTAGGGACAAAAGTTC;RSEQ=TAGTCAGACAACCATCTTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:18:9:9,9:0.5:9,0:9,0
chr1	26520477	.	ATG	A	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=181;END=26520479;VD=3;AF=0.0166;BIAS=1:0;REFBIAS=4:174;VARBIAS=0:3;PMEAN=21.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=180;LSEQ=TACAAACTGAGGGTGTGAGT;RSEQ=TGTGTGTGTGTAGACAGAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:181:3:178,3:0.0166:4,174:0,3
chr1	26524016	.	T	A	218	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=124;END=26524016;VD=65;AF=0.5242;BIAS=1:1;REFBIAS=55:1;VARBIAS=64:1;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.16216907235665;MQ=60;SN=64;HIAF=0.5517;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=64;HICOV=116;LSEQ=GTACACGTGTGTTTTGTGGC;RSEQ=TGTTTGGGGGGCGGCAGGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:124:65:56,65:0.5242:55,1:64,1
chr1	26524706	.	A	G	265	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=303;END=26524706;VD=152;AF=0.5017;BIAS=2:2;REFBIAS=68:83;VARBIAS=72:80;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.73001;ODDRATIO=1.09818908619686;MQ=60;SN=151;HIAF=0.5017;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=151;HICOV=301;LSEQ=TTCCTCAGCAGCGTTCATTT;RSEQ=CATGACATTTGTGTGTCCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:303:152:151,152:0.5017:68,83:72,80
chr1	26527163	.	C	A	211	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=151;END=26527163;VD=78;AF=0.5166;BIAS=1:1;REFBIAS=73:0;VARBIAS=78:0;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.143;HIAF=0.4965;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=71;HICOV=143;LSEQ=GTGCATTTAAAGTTGGGTTC;RSEQ=CCCAGCAAGGCAGTGAGGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:151:78:73,78:0.5166:73,0:78,0
chr1	26527863	.	C	T	263	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=378;END=26527863;VD=181;AF=0.4788;BIAS=2:2;REFBIAS=117:80;VARBIAS=108:73;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01156215543664;MQ=60;SN=29.167;HIAF=0.4704;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=175;HICOV=372;LSEQ=AGGATTGTGGAGGAGGTGCG;RSEQ=GCAATCCGCTTCAACCAGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:378:181:197,181:0.4788:117,80:108,73
chr1	26528069	.	C	T	44	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=270;END=26528069;VD=3;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=58:209;VARBIAS=1:2;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.52423;ODDRATIO=1.79717125244865;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0075;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=266;LSEQ=GACACTCTGCTCAGCCCAGC;RSEQ=CAGCCGGGCCTCTGGACCAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:270:3:267,3:0.0111:58,209:1,2
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chr1	26528922	.	C	G	278	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=222;END=26528922;VD=221;AF=0.9955;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=160:61;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=109.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=219;HICOV=219;LSEQ=AGACTGGAGGAGGTGAGTAA;RSEQ=GGAGGCTGCCATATCGGGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:222:221:0,221:0.9955:0,0:160,61
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chr1	36553673	.	A	G	325	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=504;END=36553673;VD=504;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=261:243;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=167;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=501;HICOV=501;LSEQ=GACACCAAGTGCATGGACAC;RSEQ=CGGCGCAAGCTGACCGTGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:504:504:0,504:1:0,0:261,243
chr1	38022342	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=139;END=38022342;VD=2;AF=0.0144;BIAS=1:0;REFBIAS=136:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=139;LSEQ=CTAGACGGAGCATAGGGACT;RSEQ=GAACTGCCGTTTTCCTCGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:139:2:137,2:0.0144:136,1:2,0
chr1	38022452	.	C	A	259	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=297;END=38022452;VD=144;AF=0.4848;BIAS=2:2;REFBIAS=131:22;VARBIAS=119:25;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.52657;ODDRATIO=1.25001;MQ=60;SN=288;HIAF=0.4848;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=144;HICOV=297;LSEQ=GAGGCACAGAATGAAACTTG;RSEQ=CGGCTGTTGGCCCCGCCCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:297:144:153,144:0.4848:131,22:119,25
chr1	38023316	.	C	T	274	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=425;END=38023316;VD=211;AF=0.4965;BIAS=2:2;REFBIAS=92:120;VARBIAS=108:103;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.11957;ODDRATIO=1.36662430131333;MQ=60;SN=25.375;HIAF=0.4903;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=203;HICOV=414;LSEQ=CCCAGATCCTACAAAGCAGG;RSEQ=AGAAGAAATCTTGAATGCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:425:211:212,211:0.4965:92,120:108,103
chr1	38025407	.	G	A	137	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=38;END=38025407;VD=15;AF=0.3947;BIAS=1:1;REFBIAS=0:23;VARBIAS=0:15;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.3784;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=14;HICOV=37;LSEQ=GGGACCGGCACTCAGCATAC;RSEQ=GAGGACCCGCACCGGCACTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:38:15:23,15:0.3947:0,23:0,15
chr1	38028023	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=148;END=38028023;VD=2;AF=0.0135;BIAS=1:0;REFBIAS=3:143;VARBIAS=0:2;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=144;LSEQ=GGCTCCAGAGGGGGTCTCTA;RSEQ=TCTCAACTCCAAATCTCTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:148:2:146,2:0.0135:3,143:0,2
chr1	38030696	.	T	C	308	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=663;END=38030696;VD=348;AF=0.5249;BIAS=2:2;REFBIAS=188:126;VARBIAS=185:163;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.08489;ODDRATIO=1.31407;MQ=60;SN=696;HIAF=0.5297;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=348;HICOV=657;LSEQ=ATTAATTTCCAACAAGACAC;RSEQ=TGGGAGTTATTTACTGTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:663:348:314,348:0.5249:188,126:185,163
chr1	38076621	.	C	T	85	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=5;END=38076621;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=29.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=TCGGCTCACTGCAGCCTCCA;RSEQ=CTCCCGGGTTCAAGTGATTC;DUPRATE=0.036;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:5:5:0,5:1:0,0:5,0
chr1	38077067	.	A	G	298	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=348;END=38077067;VD=348;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=251:97;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=338;HICOV=338;LSEQ=AGTTATATATGTGTTTGTAC;RSEQ=ATTCCTTGGTGCATGCCTAT;DUPRATE=0.036;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:348:348:0,348:1:0,0:251,97
chr1	38077349	.	CTTATCCCCATACTAGTTATTATCGAAACCATCAGCCTACTCATTCAACCAATAGCCCTGGCCGTACGCCTA	C	313	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=4;END=38077420;VD=409;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=168:241;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=818;HIAF=1.0000;ADJAF=1;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=409;HICOV=409;LSEQ=AGTCCTCCTTTATAGCTGAC;RSEQ=AGAATCCCTCCTGCTGCAAG;DUPRATE=0.036;SPLITREAD=172;SPANPAIR=3	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:4:409:0,409:1:0,0:168,241
chr1	38078171	.	G	GGT	281	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=481;END=38078171;VD=234;AF=0.4865;BIAS=2:2;REFBIAS=29:32;VARBIAS=93:141;PMEAN=46.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.30764;ODDRATIO=1.37246;MQ=60.2;SN=233;HIAF=0.4814;ADJAF=0.0229;SHIFT3=22;MSI=12;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=233;HICOV=484;LSEQ=AGTGTCTTCTGGTGGCCTCA;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.036;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:481:234:61,234:0.4865:29,32:93,141
chr1	38078300	.	A	G	292	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=532;END=38078300;VD=258;AF=0.485;BIAS=2:2;REFBIAS=138:134;VARBIAS=144:114;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.25812;ODDRATIO=1.22606115593046;MQ=60;SN=85;HIAF=0.5020;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=255;HICOV=508;LSEQ=AGCGTGTGTGTCTTGTGTCT;RSEQ=TGTATGCATGGATGGATTGG;DUPRATE=0.036;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:532:258:272,258:0.485:138,134:144,114
chr1	38078630	.	A	T	271	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=387;END=38078630;VD=189;AF=0.4884;BIAS=2:2;REFBIAS=56:141;VARBIAS=49:140;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.64742;ODDRATIO=1.13438;MQ=60;SN=46.25;HIAF=0.4856;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=185;HICOV=381;LSEQ=GCAGGAAGAATCAACAAAGG;RSEQ=TGTGCAGGGAGGCCCTGGGC;DUPRATE=0.036;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:387:189:197,189:0.4884:56,141:49,140
chr1	38081918	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=64;END=38081918;VD=2;AF=0.0312;BIAS=1:0;REFBIAS=59:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0323;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=62;LSEQ=TGTGGCTTGGGTGACAGGTT;RSEQ=GGACATGGAGGGTGACCTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:64:2:62,2:0.0312:59,3:2,0
chr1	38082122	.	GC	AT	265	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=356;END=38082123;VD=161;AF=0.4522;BIAS=2:2;REFBIAS=133:51;VARBIAS=123:38;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.39134;ODDRATIO=1.24041777270585;MQ=60;SN=160;HIAF=0.4692;ADJAF=0.0337;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=160;HICOV=341;LSEQ=CCCAGTCCAGAGCTTCTAAT;RSEQ=CCCCTGCCCCCGACAGCCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:356:161:184,161:0.4522:133,51:123,38
chr1	38095960	.	C	A	117	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=24;END=38095960;VD=12;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:12;PMEAN=31.1;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=10;HICOV=22;LSEQ=CCTTAAGTCTACCCTACAGA;RSEQ=CTCATGCTGCAGTAGTATCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:24:12:12,12:0.5:0,12:0,12
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chr1	38097163	.	A	G	31	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=3;END=38097163;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=TGTCCAGTTGAGTTTATCAA;RSEQ=CTGGGGTCTTCTGGCCCAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:3:2:1,2:0.6667:1,0:2,0
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chr1	59755356	.	TTG	T	113	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=205;END=59755358;VD=9;AF=0.0439;BIAS=2:0;REFBIAS=17:179;VARBIAS=0:9;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0446;ADJAF=0.0049;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=9;HICOV=202;LSEQ=ATTTGTGTGTCTGTGTGTGT;RSEQ=TGTGTGTGTGTAGTGTAAGT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:205:9:196,9:0.0439:17,179:0,9
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chr1	85331856	.	T	A	38	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=205;END=85331856;VD=3;AF=0.0146;BIAS=2:2;REFBIAS=60:142;VARBIAS=2:1;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.21785;ODDRATIO=4.69285278520813;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0100;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=200;LSEQ=AAAGAAGAAACAAATATCAT;RSEQ=TGTAAAATCAGTCACTAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:205:3:202,3:0.0146:60,142:2,1
chr1	85332120	.	T	C	122	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=19;END=85332120;VD=10;AF=0.5263;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:10;PMEAN=30.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.5263;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=10;HICOV=19;LSEQ=TTGCTCTGTCTGCCTCATGG;RSEQ=GGGTAATTATTGGTAGGTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:19:10:9,10:0.5263:0,9:0,10
chr1	91990444	.	TAAA	T	272	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=338;END=91990447;VD=166;AF=0.4911;BIAS=2:2;REFBIAS=82:90;VARBIAS=83:83;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.74411;ODDRATIO=1.09726123595506;MQ=60;SN=332;HIAF=0.4955;ADJAF=0.0621;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=166;HICOV=335;LSEQ=GCTCTTAACAATTTTGTAAA;RSEQ=GAAGATAATTTCCTTTTCTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:338:166:172,166:0.4911:82,90:83,83
chr1	91990555	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=188;END=91990555;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:0;REFBIAS=13:173;VARBIAS=0:2;PMEAN=56;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=CACTTAAAATTGAATTCATC;RSEQ=ATTTTTAAAAAACACTTCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:188:2:186,2:0.0106:13,173:0,2
chr1	92428495	.	C	A	256	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=348;END=92428495;VD=172;AF=0.4943;BIAS=2:2;REFBIAS=45:131;VARBIAS=51:121;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.40388;ODDRATIO=1.22627164369451;MQ=60;SN=16.2;HIAF=0.4807;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=162;HICOV=337;LSEQ=CTGTGGATGCTGTGAAACTA;RSEQ=AGTTGCCTGTATGTATGTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:348:172:176,172:0.4943:45,131:51,121
chr1	92430435	.	C	CGT	185	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=116;END=92430435;VD=43;AF=0.3707;BIAS=1:1;REFBIAS=0:54;VARBIAS=0:43;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.2;SN=20;HIAF=0.4706;ADJAF=0.1034;SHIFT3=26;MSI=14;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=40;HICOV=85;LSEQ=TCTTCGTTTGAGATACTTGA;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:116:43:54,43:0.3707:0,54:0,43
chr1	92430454	.	GTGTGTGTATATAA	TTGTTTGTGTATATAAT	53	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=107;END=92430467;VD=3;AF=0.028;BIAS=1:0;REFBIAS=0:103;VARBIAS=0:3;PMEAN=8.3;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0286;ADJAF=0.0187;SHIFT3=1;MSI=8;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=105;LSEQ=ACGTGTGTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:107:3:103,3:0.028:0,103:0,3
chr1	92430544	.	G	A	157	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=34;END=92430544;VD=22;AF=0.6471;BIAS=0:1;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:22;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.6471;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=22;HICOV=34;LSEQ=TGGTGTGATCTCAGCTCACT;RSEQ=CAACCTCTGCCCCCAGGTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:34:22:12,22:0.6471:0,12:0,22
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chr1	92445886	.	CCACCTGGGT	C	122	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=12;END=92445895;VD=10;AF=0.8333;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.8333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=10;HICOV=12;LSEQ=AGGATCACACCACCGCACTC;RSEQ=GACAGAGCAAGACCCTGGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:12:10:2,10:0.8333:2,0:10,0
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chr1	92446112	.	T	C	245	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=220;END=92446112;VD=108;AF=0.4909;BIAS=2:2;REFBIAS=92:19;VARBIAS=96:12;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.2461;ODDRATIO=1.6483969339817;MQ=60;SN=216;HIAF=0.5023;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=108;HICOV=215;LSEQ=AATGAATTTCACAAAAGACA;RSEQ=TCTTGACTTTGGAGTGGCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:220:108:111,108:0.4909:92,19:96,12
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chr1	92447004	.	A	G	246	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=276;END=92447004;VD=130;AF=0.471;BIAS=2:2;REFBIAS=73:71;VARBIAS=69:61;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.71764;ODDRATIO=1.0997712475805;MQ=60;SN=25;HIAF=0.4664;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=125;HICOV=268;LSEQ=TAGAGACAGGGTCTTGTGAT;RSEQ=TTGCCCAGGCTGGTCTTGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:276:130:144,130:0.471:73,71:69,61
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chr1	92447668	.	C	T	90	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=19;END=92447668;VD=6;AF=0.3158;BIAS=1:0;REFBIAS=0:13;VARBIAS=0:6;PMEAN=26.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3158;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=19;LSEQ=GATTATTTGAGAGCACCTTT;RSEQ=GCTTTACTCTCCATGATCTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:19:6:13,6:0.3158:0,13:0,6
chr1	92456458	.	A	G	148	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=17;END=92456458;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=17:0;PMEAN=31.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=17;HICOV=17;LSEQ=TCCGCTTCCCAGGTTTAAGC;RSEQ=ATTCTCCTGCCTCAGCCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:17:17:0,17:1:0,0:17,0
chr1	92457527	.	C	T	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=10;END=92457527;VD=3;AF=0.3;BIAS=2:0;REFBIAS=6:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.3;SN=6;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=3;HICOV=9;LSEQ=CCACTGCACTCCAGCCTGGG;RSEQ=GACAGAGCAAGACTCTGTCT;DUPRATE=0.027;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:10:3:7,3:0.3:6,1:3,0
chr1	92457548	.	CA	C	72	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=11;END=92457549;VD=4;AF=0.3636;BIAS=0:2;REFBIAS=3:0;VARBIAS=3:1;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=55;SN=8;HIAF=0.3636;ADJAF=0.0909;SHIFT3=26;MSI=27;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=4;HICOV=11;LSEQ=GACAGAGCAAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.027;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:11:4:3,4:0.3636:3,0:3,1
chr1	92457843	.	C	T	232	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=221;END=92457843;VD=89;AF=0.4027;BIAS=2:2;REFBIAS=89:41;VARBIAS=56:33;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.46729;ODDRATIO=1.27771;MQ=60;SN=178;HIAF=0.4120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=89;HICOV=216;LSEQ=AATGAAGAATGAATGCATAC;RSEQ=GCCTGAAGGAAGAACAGGCG;DUPRATE=0.027;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:221:89:130,89:0.4027:89,41:56,33
chr1	92457920	.	T	G	25	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=137;END=92457920;VD=2;AF=0.0146;BIAS=2:0;REFBIAS=84:51;VARBIAS=2:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=0.5292;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=124;LSEQ=AGGGGAAGAAATGGTTTACA;RSEQ=ATAGATTAGGGGCTTACTTT;DUPRATE=0.027;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:137:2:135,2:0.0146:84,51:2,0
chr1	92457966	.	AG	A	25	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=59;END=92457967;VD=2;AF=0.0339;BIAS=2:0;REFBIAS=33:23;VARBIAS=0:2;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=0.18149;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0385;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=52;LSEQ=ATAAGTAATAGCATGAAGAG;RSEQ=GCAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.027;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:59:2:56,2:0.0339:33,23:0,2
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chr1	180199384	.	A	AAG	219	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=229;END=180199384;VD=105;AF=0.4585;BIAS=2:2;REFBIAS=106:8;VARBIAS=98:6;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=0.78683;ODDRATIO=1.23152709359606;MQ=60;SN=25;HIAF=0.4878;ADJAF=0.0786;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=100;HICOV=205;LSEQ=AAGGAGCGGGCGGGGGAGGG;RSEQ=AGAGGAAAAAAGCCAGAGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:229:105:114,105:0.4585:106,8:98,6
chr1	180217136	.	G	A	133	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=32;END=180217136;VD=13;AF=0.4062;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=12:1;PMEAN=47.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.40625;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.4062;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=13;HICOV=32;LSEQ=TAGCTGCTGCTGCTAGCCTT;RSEQ=TGGTGCCCTTAGAAACGAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:32:13:19,13:0.4062:19,0:12,1
chr1	180217152	.	C	T	148	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=46;END=180217152;VD=20;AF=0.4348;BIAS=1:1;REFBIAS=26:0;VARBIAS=19:1;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.43478;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9;HIAF=0.4186;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=18;HICOV=43;LSEQ=CCTTGTGGTGCCCTTAGAAA;RSEQ=GAGTGATTCCTCTGGGCCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:46:20:26,20:0.4348:26,0:19,1
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chr1	204165692	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=154;END=204165692;VD=2;AF=0.013;BIAS=2:2;REFBIAS=30:122;VARBIAS=1:1;PMEAN=9.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.36313;ODDRATIO=4.01687085760193;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=153;LSEQ=CACAGGCCCACTCTGCCGCC;RSEQ=CTCCCTCCTCCTCAGACCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:154:2:152,2:0.013:30,122:1,1
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chr1	205114653	.	G	GT	39	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=85;END=205114653;VD=2;AF=0.0235;BIAS=1:0;REFBIAS=1:63;VARBIAS=0:2;PMEAN=29.3;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=4;HIAF=0.0385;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=2;HICOV=52;LSEQ=GCGACTCATCTTTGTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTGTTTTTTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:85:2:64,2:0.0235:1,63:0,2
chr1	205114664	.	TG	T	177	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=71;END=205114665;VD=28;AF=0.3944;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:28;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=56;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=20;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=28;HICOV=63;LSEQ=TTGTTTTTTGTTTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTGAGATAGAGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:71:28:0,28:0.3944:0,0:0,28
chr1	205114665	.	G	T	183	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=71;END=205114665;VD=37;AF=0.5211;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:36;PMEAN=27.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57;SN=17.5;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=9;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=35;HICOV=63;LSEQ=TGTTTTTTGTTTTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTGAGATAGAGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:71:37:0,37:0.5211:0,0:1,36
chr1	205114873	.	C	G	103	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=7;END=205114873;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:7;PMEAN=29.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=GGACCTGTTTTACAAACTCT;RSEQ=GGGCTGAACACAGGGGCCAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:7:7:0,7:1:0,0:0,7
chr1	214510115	.	T	G	181	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=45;END=214510115;VD=37;AF=0.8222;BIAS=0:1;REFBIAS=8:0;VARBIAS=36:1;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.5;HIAF=0.8140;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=35;HICOV=43;LSEQ=TCTGAGATCAAACAGGAAAT;RSEQ=GAAAGCCACTGAAACTATGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:45:37:8,37:0.8222:8,0:36,1
chr1	214510375	.	GGACA	G	246	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=322;END=214510379;VD=108;AF=0.3354;BIAS=2:2;REFBIAS=105:107;VARBIAS=55:53;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.90593;ODDRATIO=1.05728362690575;MQ=60;SN=107;HIAF=0.3441;ADJAF=0.0497;SHIFT3=6;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.4;HICNT=107;HICOV=311;LSEQ=GGTTTCATATGTTATACTTT;RSEQ=GACAGAGTTTTAAAAATGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:322:108:212,108:0.3354:105,107:55,53
chr1	236711938	.	C	A	45	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=185;END=236711938;VD=3;AF=0.0162;BIAS=2:2;REFBIAS=169:13;VARBIAS=1:2;PMEAN=23.3;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=0.01763;ODDRATIO=24.81757;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=182;LSEQ=ATCAACTCCTAAGGGGTCCT;RSEQ=TGGGATTAGTTATGCAGATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:185:3:182,3:0.0162:169,13:1,2
chr1	240255203	.	G	T	111	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=8;END=240255203;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=GCAGCCGCAGCCGCAGCGAC;RSEQ=GCAGCCACGGGAGCCGCCGC;DUPRATE=0.015;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0
chr1	240255568	.	GGGC	G	247	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=144;END=240255571;VD=109;AF=0.7569;BIAS=2:2;REFBIAS=22:12;VARBIAS=77:32;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.52862;ODDRATIO=1.3098949464253;MQ=60;SN=53.5;HIAF=0.7431;ADJAF=0.0347;SHIFT3=14;MSI=5;MSILEN=3;NM=1.1;HICNT=107;HICOV=144;LSEQ=AAGCACGGCAAGGGGGGAGG;RSEQ=GGCGGCGGCGGCGGGGAGTC;DUPRATE=0.015;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:144:109:34,109:0.7569:22,12:77,32
chr1	245867743	.	G	A	118	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=10;END=245867743;VD=10;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=TATCAGAACAGGGTTCAGGT;RSEQ=GCCCTGTTGGCTCATGTGCT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:10:10:0,10:1:0,0:10,0
chr1	245867921	.	G	A	240	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=117;END=245867921;VD=115;AF=0.9829;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=114:1;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=111;HICOV=111;LSEQ=CATGGCTCGTTCTTCCTTCT;RSEQ=TGTATCTCCCAAGTCTGACA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:117:115:1,115:0.9829:1,0:114,1
chr1	245868167	.	G	GTCTT	302	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=374;END=245868167;VD=358;AF=0.9572;BIAS=2:2;REFBIAS=5:18;VARBIAS=186:171;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.00497;ODDRATIO=3.90304828070723;MQ=60.1;SN=178;HIAF=0.9393;ADJAF=0.1364;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=356;HICOV=379;LSEQ=AAACATATAGTTCATGAAAA;RSEQ=TCTTTAATTGGAGATTTTCA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:374:358:23,358:0.9572:5,18:186,171
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chr1	248512637	.	C	T	236	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=214;END=248512637;VD=103;AF=0.4813;BIAS=2:2;REFBIAS=83:26;VARBIAS=75:28;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.63728;ODDRATIO=1.1908;MQ=60;SN=24.75;HIAF=0.4806;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=99;HICOV=206;LSEQ=TCTCTGCTGAAGCTCTCTTG;RSEQ=TCTGACACCTTCAGCAATGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:214:103:109,103:0.4813:83,26:75,28
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chr2	26676074	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=152;END=26676074;VD=2;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=146:4;VARBIAS=2:0;PMEAN=64.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=GTCCCTGTGTAAATGTCTCC;RSEQ=TGGGCAAGCTGTCACTTTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:152:2:150,2:0.0132:146,4:2,0
chr2	26676322	.	A	G	319	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=474;END=26676322;VD=474;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=233:241;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66.714;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.8;HICNT=467;HICOV=467;LSEQ=CTGGTGGAAGGGGAGAAGGA;RSEQ=GAAGAGGAGGAGACCCCACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:474:474:0,474:1:0,0:233,241
chr2	26676395	.	G	T	295	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=388;END=26676395;VD=385;AF=0.9923;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=148:237;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.263;HIAF=0.9973;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=366;HICOV=367;LSEQ=TCAAGATTCTGGAGGCCTTC;RSEQ=TCATGGGTCTGAAGAAGCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:388:385:1,385:0.9923:0,1:148,237
chr2	26678147	.	G	T	38	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=273;END=26678147;VD=3;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=70:200;VARBIAS=2:1;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.17096;ODDRATIO=5.67022000453618;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=271;LSEQ=GGGCAGCGGGAGACACGGGT;RSEQ=GGGCAGGGGCACTGGAGCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:273:3:270,3:0.011:70,200:2,1
chr2	26678169	.	G	A	287	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=241;END=26678169;VD=241;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=42:199;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=59.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=237;HICOV=237;LSEQ=GGCAGGGGCACTGGAGCTGG;RSEQ=ATTAGGGAACGAGGAGTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:241:241:0,241:1:0,0:42,199
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chr2	39210719	.	T	TTA	337	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=719;END=39210719;VD=679;AF=0.9444;BIAS=2:2;REFBIAS=14:21;VARBIAS=296:383;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.7291;ODDRATIO=1.15903058681719;MQ=60;SN=225.333;HIAF=0.9508;ADJAF=0.1029;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.2;HICNT=676;HICOV=711;LSEQ=GTTGAAAAGGGGTTATCACC;RSEQ=TATTGAAGGCTAACACATTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:719:679:35,679:0.9444:14,21:296,383
chr2	39211121	.	T	C	336	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=631;END=39211121;VD=628;AF=0.9952;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=332:296;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=77.5;HIAF=0.9968;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=620;HICOV=622;LSEQ=CTAACAAATAAATAAGAAAA;RSEQ=AGGATAGACTGCTTAATGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:631:628:0,628:0.9952:0,0:332,296
chr2	39211358	.	TA	T	342	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=643;END=39211359;VD=640;AF=0.9953;BIAS=2:2;REFBIAS=2:1;VARBIAS=314:326;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.61808;ODDRATIO=2.07415;MQ=60;SN=212.333;HIAF=0.9922;ADJAF=0.1089;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=637;HICOV=642;LSEQ=GCAGATGCTGATGAACCAGA;RSEQ=AACTCTCTAAGGATGGAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:643:640:3,640:0.9953:2,1:314,326
chr2	39212564	.	T	TTTG	102	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=560;END=39212564;VD=7;AF=0.0125;BIAS=2:2;REFBIAS=282:271;VARBIAS=5:2;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.45121;ODDRATIO=2.39911712489804;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0131;ADJAF=0.0018;SHIFT3=2;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=7;HICOV=536;LSEQ=TATTAAGATCCCTGTTTAAG;RSEQ=TTTTTTTTTTAAAAGTGCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:560:7:553,7:0.0125:282,271:5,2
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chr2	129025587	.	CA	TG	223	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=683;END=129025588;VD=82;AF=0.1201;BIAS=2:2;REFBIAS=276:316;VARBIAS=23:59;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.0019;ODDRATIO=2.23798;MQ=36.4;SN=81;HIAF=0.1213;ADJAF=0.0293;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=81;HICOV=668;LSEQ=ATCCCTGCCCAGCCCCACTA;RSEQ=TCCCTGCTCTGTTTTTTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:683:82:592,82:0.1201:276,316:23,59
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chr2	129025799	.	A	G	101	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=597;END=129025799;VD=8;AF=0.0134;BIAS=2:2;REFBIAS=305:279;VARBIAS=1:7;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.03243;ODDRATIO=7.63148;MQ=23.5;SN=7;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=7;HICOV=571;LSEQ=ACGCGGCCCGGCTCGTCGGC;RSEQ=TCCTCCCGCGGCAGTGCCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:597:8:584,8:0.0134:305,279:1,7
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chr2	129025860	.	C	T	124	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=608;END=129025860;VD=11;AF=0.0181;BIAS=2:2;REFBIAS=297:300;VARBIAS=4:7;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.5453;ODDRATIO=1.73096;MQ=18.3;SN=22;HIAF=0.0183;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=11;HICOV=600;LSEQ=GCTCCTCGCGGCTCCTCAGG;RSEQ=GCTGCTCCCTGCGCTCCAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:608:11:597,11:0.0181:297,300:4,7
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chr2	186611938	.	G	A	220	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=150;END=186611938;VD=72;AF=0.48;BIAS=1:2;REFBIAS=77:1;VARBIAS=68:4;PMEAN=46.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.19498;ODDRATIO=4.48962;MQ=60;SN=71;HIAF=0.4830;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=71;HICOV=147;LSEQ=TTATGCTTAACCTGATTTCT;RSEQ=TTAGGCCCTGACTTGTTTAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:150:72:78,72:0.48:77,1:68,4
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chr2	219221479	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=198;END=219221479;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=180:16;VARBIAS=1:1;PMEAN=16;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.16474;ODDRATIO=10.94468;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=195;LSEQ=AGCTTGTGCTGAGCCCCAAA;RSEQ=CTGCAGTGTCAGTTCCCTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:198:2:196,2:0.0101:180,16:1,1
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chr2	228399480	.	T	C	240	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=267;END=228399480;VD=119;AF=0.4457;BIAS=2:2;REFBIAS=117:29;VARBIAS=105:14;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.09382;ODDRATIO=1.85473699829364;MQ=60;SN=38.667;HIAF=0.4514;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=116;HICOV=257;LSEQ=AAATCCATTTTAAGTTTACC;RSEQ=GTGTTTCATGGCAAATGTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:267:119:146,119:0.4457:117,29:105,14
chr2	228401293	.	CT	C	122	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=209;END=228401294;VD=10;AF=0.0478;BIAS=2:2;REFBIAS=153:43;VARBIAS=8:2;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.12355763288878;MQ=60;SN=20;HIAF=0.0505;ADJAF=0.0048;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=10;HICOV=198;LSEQ=ACCCTGTAAATCGTTACTTT;RSEQ=TTTTTTTTTAAGAAAAAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:209:10:196,10:0.0478:153,43:8,2
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chr2	232389450	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=153;END=232389450;VD=2;AF=0.0131;BIAS=2:0;REFBIAS=134:17;VARBIAS=2:0;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=153;LSEQ=CAGTGGTGGCAGGGAGTCCC;RSEQ=AGAGGGAGGACTGCTGAGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:153:2:151,2:0.0131:134,17:2,0
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chr2	232389587	.	CCCT	C	277	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=390;END=232389590;VD=183;AF=0.4692;BIAS=2:2;REFBIAS=98:107;VARBIAS=86:97;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.91899;ODDRATIO=1.03296;MQ=60;SN=366;HIAF=0.4753;ADJAF=0.0282;SHIFT3=6;MSI=3;MSILEN=3;NM=1.5;HICNT=183;HICOV=385;LSEQ=AGTCCTCAGCAGTCAGGGAT;RSEQ=CCTCCTGCTGTTTCCCTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:390:183:205,183:0.4692:98,107:86,97
chr2	232389744	.	A	G	232	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=155;END=232389744;VD=82;AF=0.529;BIAS=1:1;REFBIAS=0:72;VARBIAS=0:82;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=81;HIAF=0.5510;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=81;HICOV=147;LSEQ=CCTCCAGGTGAAGCCACTTT;RSEQ=AGGCTCCACTCAGGATGGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:155:82:72,82:0.529:0,72:0,82
chr3	886023	.	A	C	138	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=15;END=886023;VD=15;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=15;HICOV=15;LSEQ=CTGATCTGTAAATATTTCAG;RSEQ=TCCTTGCCTGTATCTATTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:15:15:0,15:1:0,0:15,0
chr3	886106	.	T	G	218	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=69;END=886106;VD=69;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=68:1;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=67;HICOV=67;LSEQ=TCACTGACATTTTACTGCTA;RSEQ=CCAATGAGTAAATCATTGTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:69:69:0,69:1:0,0:68,1
chr3	886304	.	C	A	264	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=324;END=886304;VD=162;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=113:49;VARBIAS=112:50;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02944;MQ=60;SN=53;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=159;HICOV=318;LSEQ=CAGAGCCCTAATTGTAATAG;RSEQ=CTTTGCCTGAGTTACCTAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:324:162:162,162:0.5:113,49:112,50
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chr3	12650878	.	A	G	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=190;END=12650878;VD=2;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=43:145;VARBIAS=1:1;PMEAN=9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.41047;ODDRATIO=3.34492908750335;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=TGAAATGTTTAAACAAGATC;RSEQ=AAGTTCAATAGAAATAACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:190:2:188,2:0.0105:43,145:1,1
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chr3	12660291	.	C	T	298	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=284;END=12660291;VD=284;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=28:256;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=283;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=283;HICOV=283;LSEQ=AACTCTAGAACAAAAGTATT;RSEQ=AACCCAAGAACACAATACAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:284:284:0,284:1:0,0:28,256
chr3	12660466	.	G	C	154	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=34;END=12660466;VD=18;AF=0.5294;BIAS=1:1;REFBIAS=0:16;VARBIAS=0:18;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.5294;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=18;HICOV=34;LSEQ=AAGATTTAGCAAGCAACTGC;RSEQ=GGGCACGGTGGCTCACGCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:34:18:16,18:0.5294:0,16:0,18
chr3	12704894	.	G	T	257	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=270;END=12704894;VD=135;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=77:57;VARBIAS=68:67;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.2717;ODDRATIO=1.32957;MQ=60;SN=134;HIAF=0.5038;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=134;HICOV=266;LSEQ=CCTCACGTCGTCTCTAAAAG;RSEQ=GTGTCACTTGACTGAAGTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:270:135:134,135:0.5:77,57:68,67
chr3	12705158	.	TA	T	110	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=195;END=12705159;VD=10;AF=0.0513;BIAS=2:0;REFBIAS=137:46;VARBIAS=10:0;PMEAN=49.2;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=0.12105;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9;HIAF=0.0539;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=9;HICOV=167;LSEQ=CCGGGGCCCCCGCCCAACGC;RSEQ=CCCCAGGGTGACAACGGCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:195:10:183,10:0.0513:137,46:10,0
chr3	12705159	.	AC	A	127	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=210;END=12705160;VD=12;AF=0.0571;BIAS=2:2;REFBIAS=13:6;VARBIAS=9:3;PMEAN=9.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.37036986282598;MQ=60;SN=24;HIAF=0.0594;ADJAF=0.0524;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=12;HICOV=202;LSEQ=CGGGGCCCCCGCCCAACGCT;RSEQ=CCCAGGGTGACAACGGCCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:210:12:19,12:0.0571:13,6:9,3
chr3	12705163	.	CA	G	274	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=210;END=12705164;VD=179;AF=0.8524;BIAS=2:2;REFBIAS=13:6;VARBIAS=138:41;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.40191;ODDRATIO=1.54969083667808;MQ=60;SN=358;HIAF=0.8861;ADJAF=0.0429;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=179;HICOV=202;LSEQ=GCCCCCGCCCAACGCTACCC;RSEQ=GGGTGACAACGGCCTGGCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:210:179:19,179:0.8524:13,6:138,41
chr3	12705164	.	A	G	175	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=30;END=12705164;VD=29;AF=0.9667;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=24:5;PMEAN=19.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=28;HICOV=28;LSEQ=CCCCCGCCCAACGCTACCCC;RSEQ=GGGTGACAACGGCCTGGCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:30:29:0,29:0.9667:0,0:24,5
chr3	12705173	.	A	G	279	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=208;END=12705173;VD=208;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=163:45;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=103;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=206;HICOV=206;LSEQ=AACGCTACCCCAGGGTGACA;RSEQ=CGGCCTGGCCCAAGCCCTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:208:208:0,208:1:0,0:163,45
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chr3	16636550	.	AG	A	150	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=41;END=16636551;VD=18;AF=0.439;BIAS=1:1;REFBIAS=22:1;VARBIAS=17:1;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.28591;MQ=60;SN=36;HIAF=0.4390;ADJAF=0.0732;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=18;HICOV=41;LSEQ=TTTCGGCTATTTGACAGCAA;RSEQ=ATGAAAAAATACATGCTGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:41:18:23,18:0.439:22,1:17,1
chr3	16636585	.	C	T	193	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=75;END=16636585;VD=40;AF=0.5333;BIAS=1:1;REFBIAS=34:1;VARBIAS=39:1;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.14495076711701;MQ=60;SN=80;HIAF=0.5405;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=40;HICOV=74;LSEQ=TGCTGAAATACAGAAGGGGA;RSEQ=ACCGAATCTCATAAAACTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:75:40:35,40:0.5333:34,1:39,1
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chr3	16645871	.	G	C	236	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=203;END=16645871;VD=97;AF=0.4778;BIAS=2:2;REFBIAS=97:9;VARBIAS=84:13;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.36634;ODDRATIO=1.66377;MQ=60;SN=23.25;HIAF=0.4697;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=93;HICOV=198;LSEQ=ACATTTTGTCAAAGGATCCT;RSEQ=GTTTATCGAGAGGGAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:203:97:106,97:0.4778:97,9:84,13
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chr3	16646510	.	C	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=170;END=16646510;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:0;REFBIAS=130:38;VARBIAS=0:2;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.0543;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=170;LSEQ=TTGCCGCCCTTGGCGTCCCG;RSEQ=GCCTGCCTCTCTGTGTAGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:170:2:168,2:0.0118:130,38:0,2
chr3	16646745	.	C	G	319	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=448;END=16646745;VD=446;AF=0.9955;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=244:202;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62.714;HIAF=0.9955;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=439;HICOV=441;LSEQ=CAGCAGTTCCCGACCGGCTC;RSEQ=AGGAGGAGCAGAGGCTGTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:448:446:0,446:0.9955:0,0:244,202
chr3	16647017	.	G	GC	286	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=248;END=16647017;VD=225;AF=0.9073;BIAS=2:2;REFBIAS=14:12;VARBIAS=57:168;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.00467;ODDRATIO=3.41861;MQ=60.1;SN=450;HIAF=0.9036;ADJAF=0.0242;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=225;HICOV=249;LSEQ=CTCAGCCAATGGGTGGCAGC;RSEQ=CCCCGCCCCCTGCGTGGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:248:225:26,225:0.9073:14,12:57,168
chr3	27152664	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=174;END=27152664;VD=2;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=149:23;VARBIAS=1:1;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.25752;ODDRATIO=6.36311;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=ATCTTGGTCTTTTCCACACC;RSEQ=TCTAGCAGCACCCAATCCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:174:2:172,2:0.0115:149,23:1,1
chr3	27152703	.	G	T	38	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=258;END=27152703;VD=3;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=164:91;VARBIAS=2:1;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.109323867103;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0079;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=252;LSEQ=TTGGGCATCTTGCAATAGCG;RSEQ=CTGAAGTCCAGAACTTGAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:258:3:255,3:0.0116:164,91:2,1
chr3	27152911	.	A	G	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=192;END=27152911;VD=2;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=15:173;VARBIAS=1:1;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.16174;ODDRATIO=11.1994624258036;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=TCAGGCATATAAGTAAATAA;RSEQ=TCACAGTAAATAAAAAGACG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:192:2:188,2:0.0104:15,173:1,1
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chr3	27387463	.	C	GTAAA	225	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=160;END=27387463;VD=79;AF=0.4938;BIAS=1:1;REFBIAS=77:1;VARBIAS=76:3;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.62018;ODDRATIO=3.01993;MQ=60;SN=158;HIAF=0.5163;ADJAF=0.1437;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=0.3;HICNT=79;HICOV=153;LSEQ=AAATATTAAATTAAGAATCG;RSEQ=TATGGTAAATTTTGAAGCGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:160:79:78,79:0.4938:77,1:76,3
chr3	27394320	.	C	T	289	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=545;END=27394320;VD=274;AF=0.5028;BIAS=2:2;REFBIAS=140:131;VARBIAS=129:145;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.30436;ODDRATIO=1.20084;MQ=60;SN=33.25;HIAF=0.5009;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=266;HICOV=531;LSEQ=TACCTGATGGTGATTTCTTG;RSEQ=TGTTTATCAGTTGATTTTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:545:274:271,274:0.5028:140,131:129,145
chr3	30049622	.	AT	A	74	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=132;END=30049623;VD=4;AF=0.0303;BIAS=1:0;REFBIAS=127:1;VARBIAS=4:0;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0305;ADJAF=0.0076;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=131;LSEQ=GGGATATTTGCTAAATACCT;RSEQ=TTTTTTTTACAGTGGCCTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:132:4:128,4:0.0303:127,1:4,0
chr3	39149092	.	A	G	268	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=163;END=39149092;VD=163;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=138:25;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=326;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=5;NM=1.3;HICNT=163;HICOV=163;LSEQ=CGCCTACCCGGACCGACCCG;RSEQ=CGCCAGTAGCACCGACTCGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:163:163:0,163:1:0,0:138,25
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chr3	39169693	.	A	G	240	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=164;END=39169693;VD=163;AF=0.9939;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=162:1;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8.588;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=146;HICOV=146;LSEQ=CCCTGAGTGAAGCAGAACAA;RSEQ=ACTGGCTAAAATACTCAATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:164:163:0,163:0.9939:0,0:162,1
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chr3	39174462	.	T	C	288	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=267;END=39174462;VD=266;AF=0.9963;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=219:47;PMEAN=31.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37;HIAF=0.9962;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=259;HICOV=260;LSEQ=CATTTTTCATACTTCTGGCT;RSEQ=TGAATTAAGAACTTAGGACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:267:266:0,266:0.9963:0,0:219,47
chr3	39175576	.	G	T	196	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=74;END=39175576;VD=71;AF=0.9595;BIAS=0:1;REFBIAS=3:0;VARBIAS=71:0;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=31.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.875;HIAF=0.9844;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=63;HICOV=64;LSEQ=GGGAAGGCCAGGACGTTCAC;RSEQ=TGGGGAATTCGAGACATATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:74:71:3,71:0.9595:3,0:71,0
chr3	39176106	.	C	T	99	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=21;END=39176106;VD=7;AF=0.3333;BIAS=1:0;REFBIAS=1:13;VARBIAS=0:7;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=7;HICOV=21;LSEQ=ACTGTAGGTGAAGGCAAGGG;RSEQ=GGGACAGGTTCCTGGGGCTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:21:7:14,7:0.3333:1,13:0,7
chr3	39177653	.	T	G	38	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=103;END=39177653;VD=3;AF=0.0291;BIAS=1:0;REFBIAS=99:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=29.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0220;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=91;LSEQ=GCTATATAAGTGTTAGCTGC;RSEQ=ATTCTTTACTATTTTTAAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:103:3:99,3:0.0291:99,0:3,0
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chr3	57149098	.	G	T	31	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=49;END=57149098;VD=2;AF=0.0408;BIAS=1:0;REFBIAS=0:47;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0408;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=49;LSEQ=TTAAATTCCAGGGCAATGTT;RSEQ=GGAGGATCTTATACAGTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:49:2:47,2:0.0408:0,47:0,2
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chr3	113010303	.	G	A	334	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=656;END=113010303;VD=652;AF=0.9939;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=332:320;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.467;HIAF=0.9953;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=637;HICOV=640;LSEQ=CTGGTTTTACACTTTCAGGC;RSEQ=AGTTCAGTTTAAAGTAATAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:656:652:0,652:0.9939:0,0:332,320
chr3	113010466	.	T	C	330	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=558;END=113010466;VD=557;AF=0.9982;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=231:326;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=110.4;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=552;HICOV=553;LSEQ=AATGGGTGGGAGGATAAGAC;RSEQ=GCCTTTCCTACGCAAAAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:558:557:0,557:0.9982:0,0:231,326
chr3	113010950	.	C	T	119	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=11;END=113010950;VD=11;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:11;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=AGAATGAAATCTTCTGTTTC;RSEQ=TCATCGGAGTTATTTCCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:11:11:0,11:1:0,0:0,11
chr3	113013191	.	T	A	171	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=27;END=113013191;VD=27;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=27:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=27;HICOV=27;LSEQ=CACTTCAAGTCAAATGAAAT;RSEQ=TGCAGATATTGGAAATACAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:27:27:0,27:1:0,0:27,0
chr3	113013848	.	A	AT	249	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=129;END=113013848;VD=126;AF=0.9767;BIAS=0:1;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:126;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=0.9840;ADJAF=0.155;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=123;HICOV=125;LSEQ=TGGGTCTGGTTTGATTAAAG;RSEQ=TAAGAATATAAGTATGCTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:129:126:2,126:0.9767:0,2:0,126
chr3	113014064	.	G	A	111	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=8;END=113014064;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:8;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=CCTTAAGGTAGCTGGCTTGA;RSEQ=TGGCCACACATCTGTATAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:8:8:0,8:1:0,0:0,8
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chr3	113139212	.	GA	G	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=82;END=113139213;VD=2;AF=0.0244;BIAS=1:0;REFBIAS=1:79;VARBIAS=0:2;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0244;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=82;LSEQ=TTTGTTTTTAAATTAGGTGA;RSEQ=AAAAAAAGGCCTGGGCAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:82:2:80,2:0.0244:1,79:0,2
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chr3	113152612	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=122;END=113152612;VD=2;AF=0.0164;BIAS=1:0;REFBIAS=2:118;VARBIAS=0:2;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0164;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=122;LSEQ=TCATTAGCACCAAACACCAT;RSEQ=TGTGTCAATAATCCTTGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:122:2:120,2:0.0164:2,118:0,2
chr3	113160264	.	G	C	276	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=375;END=113160264;VD=180;AF=0.48;BIAS=2:2;REFBIAS=152:43;VARBIAS=142:38;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.90018;ODDRATIO=1.057004238587;MQ=60;SN=360;HIAF=0.4839;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=180;HICOV=372;LSEQ=CCACAGATTTAAGGGGGAGG;RSEQ=TGTGGAAACTGCCGGCTGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:375:180:195,180:0.48:152,43:142,38
chr3	119421554	.	G	C	74	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=4;END=119421554;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=AAAGGGCTGGGGGGAGGGGC;RSEQ=GGGAGGCACCCAATTATTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:4:4:0,4:1:0,0:4,0
chr3	119421712	.	T	C	106	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=8;END=119421712;VD=8;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:1;PMEAN=22.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=54.1;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=GCCAGCCTTTTCCTCCCCCA;RSEQ=CCTGCCCCTCCCCTCTCTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:8:8:0,8:1:0,0:7,1
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chr3	119463276	.	C	A	213	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=62;END=119463276;VD=62;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:62;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=60;HICOV=60;LSEQ=CACGTGTATAGAATTAGAAA;RSEQ=TGTAATGAGTTCCATGAAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:62:62:0,62:1:0,0:0,62
chr3	119467139	.	A	G	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=3;END=119467139;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:3;PMEAN=10.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=ACCGTGAATGTTAAAAAGGA;RSEQ=GGGTGCTAGAAAGGTCTAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:3:3:0,3:1:0,0:0,3
chr3	119499015	.	A	G	167	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=23;END=119499015;VD=23;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=23;HICOV=23;LSEQ=GACTTCACACCACAGACCCA;RSEQ=AGGAAAAGAGACCCAAAGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:23:23:0,23:1:0,0:23,0
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chr3	119526654	.	T	C	111	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=8;END=119526654;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:8;PMEAN=21.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=AATGGCATAAAATAAATGCT;RSEQ=AGACCATGGGAAGAGAAACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:8:8:0,8:1:0,0:0,8
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chr3	119529249	.	A	C	31	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=121;END=119529249;VD=2;AF=0.0165;BIAS=1:0;REFBIAS=1:118;VARBIAS=0:2;PMEAN=59;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=114;LSEQ=GGAGATGGAGGGAGTCGGTA;RSEQ=TCTCTGCCCTGGGATGTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:121:2:119,2:0.0165:1,118:0,2
chr3	119530027	.	G	A	115	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=11;END=119530027;VD=11;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=CACAAAGGAGAAACCTGGAG;RSEQ=CAGGAGAGGTTAAGGAGGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:11:11:0,11:1:0,0:11,0
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chr3	119530858	.	G	A	167	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=41;END=119530858;VD=23;AF=0.561;BIAS=1:1;REFBIAS=0:18;VARBIAS=1:22;PMEAN=29.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.5610;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=23;HICOV=41;LSEQ=AGGGAGGGGCAGGACCCCCC;RSEQ=GTGATTCTGTTGCAGGTTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:41:23:18,23:0.561:0,18:1,22
chr3	119533733	.	G	A	249	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=218;END=119533733;VD=115;AF=0.5275;BIAS=2:2;REFBIAS=90:13;VARBIAS=100:15;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03829;MQ=60;SN=56.5;HIAF=0.5256;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=113;HICOV=215;LSEQ=CCATCCTCCCTCTTCCTCTC;RSEQ=CCCCCAACTTCTGGATTATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:218:115:103,115:0.5275:90,13:100,15
chr3	119533773	.	T	C	296	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=277;END=119533773;VD=276;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=224:52;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=275;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=275;HICOV=275;LSEQ=GGGATGGCTGCTGGTGCCGG;RSEQ=CTGTGGGCTGCCTCCCAGGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:277:276:0,276:0.9964:0,0:224,52
chr3	119533910	.	T	C	311	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=389;END=119533910;VD=389;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=216:173;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=76.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=384;HICOV=384;LSEQ=AGATTCAACACAGTGTTCAA;RSEQ=GCGGAGACTGGAACCTGGGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:389:389:0,389:1:0,0:216,173
chr3	119534153	.	C	T	271	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=374;END=119534153;VD=182;AF=0.4866;BIAS=2:2;REFBIAS=79:113;VARBIAS=81:101;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.53168;ODDRATIO=1.14671008875536;MQ=60;SN=59.667;HIAF=0.4825;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=179;HICOV=371;LSEQ=CTGAGAAGCTGCCCCTCCAT;RSEQ=CTGTTACCATCCACAGGTGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:374:182:192,182:0.4866:79,113:81,101
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chr3	119534652	.	A	C	49	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=241;END=119534652;VD=4;AF=0.0166;BIAS=2:2;REFBIAS=126:111;VARBIAS=3:1;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=0.62564;ODDRATIO=2.63310337563853;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=3;HICOV=233;LSEQ=ACTCTGAAGTCCTACATTGA;RSEQ=TGCAATCGGCCCCAGCCTGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:241:4:237,4:0.0166:126,111:3,1
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chr3	119537291	.	T	C	278	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=511;END=119537291;VD=262;AF=0.5127;BIAS=2:2;REFBIAS=103:145;VARBIAS=108:154;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01288;MQ=60;SN=19.154;HIAF=0.5051;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=249;HICOV=493;LSEQ=ATGTAGCCCTGGGTTTAATG;RSEQ=CAAATCAAGGCAAAAGGAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:511:262:248,262:0.5127:103,145:108,154
chr3	119537353	.	T	C	307	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=390;END=119537353;VD=382;AF=0.9795;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=96:286;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46.75;HIAF=0.9868;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=374;HICOV=379;LSEQ=GAGGGGTAAACTTTTTTGGC;RSEQ=TTTTTCTGGGGAAAATAATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:390:382:0,382:0.9795:0,0:96,286
chr3	119551970	.	C	A	62	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=145;END=119551970;VD=4;AF=0.0276;BIAS=1:2;REFBIAS=1:140;VARBIAS=2:2;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.00171;ODDRATIO=109.051254089422;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0284;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=4;HICOV=141;LSEQ=TCCTTGCTGTCTGCATCCCC;RSEQ=CACCCCCCGCCCACAAATGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:145:4:141,4:0.0276:1,140:2,2
chr3	123418913	.	G	A	250	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=115;END=123418913;VD=114;AF=0.9913;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=114:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=113;HIAF=0.9912;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=113;HICOV=114;LSEQ=GTGGTCTTGAGGGTCTTTCC;RSEQ=TTCAGCGTCCAGATGATGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:115:114:0,114:0.9913:0,0:114,0
chr3	123419116	.	GTTC	G	271	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=336;END=123419119;VD=172;AF=0.5119;BIAS=2:2;REFBIAS=87:75;VARBIAS=92:80;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00867;MQ=60;SN=171;HIAF=0.5166;ADJAF=0.0536;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.3;HICNT=171;HICOV=331;LSEQ=ATTCTTAACGTCTTTCTTGA;RSEQ=TTCTTTGCTAGCGGATTTCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:336:172:162,172:0.5119:87,75:92,80
chr3	123419288	.	C	T	202	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=155;END=123419288;VD=75;AF=0.4839;BIAS=1:1;REFBIAS=0:79;VARBIAS=0:75;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8.375;HIAF=0.4653;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=67;HICOV=144;LSEQ=TTGCTCAGGGGCTTGGAACT;RSEQ=TCCACTGCCTTGGCATTCAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:155:75:79,75:0.4839:0,79:0,75
chr3	123419338	.	C	A	44	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=117;END=123419338;VD=3;AF=0.0256;BIAS=1:0;REFBIAS=1:113;VARBIAS=0:3;PMEAN=62.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=114;LSEQ=ACTGCTGCTGCCATTCTCTG;RSEQ=TGGTAATTTCTTCTTGCCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:117:3:114,3:0.0256:1,113:0,3
chr3	132106045	.	C	T	124	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=24;END=132106045;VD=12;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=12:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=0.4783;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=11;HICOV=23;LSEQ=ACAATATGCAATAATAGTGA;RSEQ=ATCTTTCAGAAAGAGATGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:24:12:12,12:0.5:12,0:12,0
chr3	132106200	.	T	C	219	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=128;END=132106200;VD=67;AF=0.5234;BIAS=1:1;REFBIAS=61:0;VARBIAS=67:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.5;HIAF=0.5159;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=65;HICOV=126;LSEQ=AGAAGGGTGAGACTATAATG;RSEQ=ACCTGATAGCAAATGGGAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:128:67:61,67:0.5234:61,0:67,0
chr3	132106358	.	A	G	272	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=363;END=132106358;VD=194;AF=0.5344;BIAS=2:2;REFBIAS=106:63;VARBIAS=130:64;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.44022;ODDRATIO=1.20662194121338;MQ=60;SN=37.8;HIAF=0.5339;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=189;HICOV=354;LSEQ=TGTTCCAAAAAGCCAAAAAC;RSEQ=TGTATTATCCAACTCTAATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:363:194:169,194:0.5344:106,63:130,64
chr3	132106423	.	CCAGA	C	291	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=480;END=132106427;VD=248;AF=0.5167;BIAS=2:2;REFBIAS=115:115;VARBIAS=131:117;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.58282;ODDRATIO=1.11939463138335;MQ=60;SN=123;HIAF=0.5245;ADJAF=0.0458;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=246;HICOV=469;LSEQ=AGAGTCATCACCTAAATTAC;RSEQ=CAGTCACCTGTATTCCAGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:480:248:230,248:0.5167:115,115:131,117
chr3	132106523	.	T	TA	114	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=307;END=132106523;VD=8;AF=0.0261;BIAS=2:2;REFBIAS=66:217;VARBIAS=3:5;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=38.3;QSTD=1;SBF=0.39948;ODDRATIO=1.96749695037973;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0281;ADJAF=0.0033;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=8;HICOV=285;LSEQ=ATGAGTTAGGATTCCAAATT;RSEQ=AAAAAAAAACTACAAGATTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:307:8:283,8:0.0261:66,217:3,5
chr3	132106634	.	G	A	223	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=167;END=132106634;VD=70;AF=0.4192;BIAS=1:1;REFBIAS=0:97;VARBIAS=0:70;PMEAN=30.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=69;HIAF=0.4233;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=69;HICOV=163;LSEQ=ATGCAATTGAAGTAGCATAC;RSEQ=TTATTGAAAATGATAATTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:167:70:97,70:0.4192:0,97:0,70
chr3	132106723	.	G	A	180	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=65;END=132106723;VD=34;AF=0.5231;BIAS=1:1;REFBIAS=0:30;VARBIAS=0:34;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.4;SN=33;HIAF=0.5238;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=33;HICOV=63;LSEQ=CAACATCTTGAGAACTCATC;RSEQ=TTGTTTGAAGGGTCCTTGTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:65:34:30,34:0.5231:0,30:0,34
chr3	137785565	.	G	A	44	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=281;END=137785565;VD=3;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=102:176;VARBIAS=2:1;PMEAN=56.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.55724;ODDRATIO=3.4351276149909;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=278;LSEQ=AGCCTTCTCTCACACGCCTC;RSEQ=AGCTTCCACAGAAGAAGGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:281:3:278,3:0.0107:102,176:2,1
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chr3	180360141	.	G	GT	120	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=113;END=180360141;VD=9;AF=0.0796;BIAS=1:0;REFBIAS=0:96;VARBIAS=0:9;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=38;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=18;HIAF=0.0947;ADJAF=0.0177;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=9;HICOV=95;LSEQ=TAGGCCTAAAATTGATCATA;RSEQ=TTTTTTTTTTTCTTTTAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:113:9:96,9:0.0796:0,96:0,9
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chr3	180365929	.	G	T	55	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=395;END=180365929;VD=4;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=277:114;VARBIAS=2:2;PMEAN=25.2;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.58421;ODDRATIO=2.42365;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0079;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=379;LSEQ=TGTAATAAATCAATATGGAA;RSEQ=ATATTCATAAAAGTAACATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:395:4:391,4:0.0101:277,114:2,2
chr3	180369552	.	GC	AT	158	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=37;END=180369553;VD=22;AF=0.5946;BIAS=1:1;REFBIAS=1:13;VARBIAS=1:21;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.5932;MQ=60;SN=44;HIAF=0.5946;ADJAF=0.027;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=22;HICOV=37;LSEQ=AACGTAGTAGCTGGCCAGGC;RSEQ=GGTGGCTCACGCCTGTAATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:37:22:14,22:0.5946:1,13:1,21
chr3	180369977	.	C	T	248	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=264;END=180369977;VD=131;AF=0.4962;BIAS=2:2;REFBIAS=91:41;VARBIAS=77:54;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.09602;ODDRATIO=1.55387;MQ=60;SN=31.75;HIAF=0.5060;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=127;HICOV=251;LSEQ=GTTTCTTCATGAATGTCCTT;RSEQ=TTTATCTTGGAAATATTTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:264:131:132,131:0.4962:91,41:77,54
chr3	180378190	.	AT	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=163;END=180378191;VD=2;AF=0.0123;BIAS=1:0;REFBIAS=161:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0124;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=161;LSEQ=ATGGGTATTTGAATATAGTC;RSEQ=TTTTTCTACAGAGAAGACAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:163:2:161,2:0.0123:161,0:2,0
chr3	180379569	.	G	GA	130	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=280;END=180379569;VD=10;AF=0.0357;BIAS=2:2;REFBIAS=210:44;VARBIAS=9:1;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.88199868260092;MQ=63.6;SN=20;HIAF=0.0400;ADJAF=0.0036;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=10;HICOV=250;LSEQ=TGTATGCCTTTCCCATACAA;RSEQ=AAAAAAAAAAGTCAATGCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:280:10:254,10:0.0357:210,44:9,1
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chr4	88998190	.	CA	C	157	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=562;END=88998191;VD=20;AF=0.0356;BIAS=2:2;REFBIAS=277:263;VARBIAS=9:11;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.65234;ODDRATIO=1.2867;MQ=60;SN=40;HIAF=0.0359;ADJAF=0.0018;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=20;HICOV=557;LSEQ=ATGGGGAGAAATCTATTTCT;RSEQ=AAAAAAAAAATCTTCTTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:562:20:540,20:0.0356:277,263:9,11
chr4	88999087	.	C	A	38	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=250;END=88999087;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:0;REFBIAS=41:206;VARBIAS=0:3;PMEAN=9.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=244;LSEQ=CAATTCAGGTACCCAGTTAG;RSEQ=CTTTAAGCACAGGGCTGTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:250:3:247,3:0.012:41,206:0,3
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chr4	147830730	.	C	CA	77	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=13;END=147830730;VD=4;AF=0.3077;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:4;PMEAN=47.1;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=8;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=4;HICOV=12;LSEQ=TTGATATATCAGCCTCCCAC;RSEQ=AAAAAAAACCTCAACAAGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:13:4:8,4:0.3077:0,8:0,4
chr4	147860794	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=197;END=147860794;VD=2;AF=0.0102;BIAS=1:0;REFBIAS=195:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=14;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=194;LSEQ=ATTTGCAGTATTTGAATGTG;RSEQ=TTCATAAATCCTTTTGAAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:197:2:195,2:0.0102:195,0:2,0
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chr5	13736075	.	G	T	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=195;END=13736075;VD=3;AF=0.0154;BIAS=2:2;REFBIAS=43:149;VARBIAS=1:2;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53777;ODDRATIO=1.72699640784747;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0154;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=195;LSEQ=AGCAAGGTTGCATGTGCTAC;RSEQ=AGAGAGGAAAATAAATGATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:195:3:192,3:0.0154:43,149:1,2
chr5	13737058	.	C	A	156	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=54;END=13737058;VD=23;AF=0.4259;BIAS=1:1;REFBIAS=31:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.5;HIAF=0.4118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=21;HICOV=51;LSEQ=GCACTAATTCCTCAGATTTC;RSEQ=CTAATTTGTAGTCATCAGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:54:23:31,23:0.4259:31,0:23,0
chr5	13737169	.	C	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=147;END=13737169;VD=2;AF=0.0136;BIAS=1:0;REFBIAS=141:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=139;LSEQ=CTAACATGAATGACAAGTAC;RSEQ=CAGGAAATTTATACCATTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:147:2:144,2:0.0136:141,3:2,0
chr5	13737196	.	T	A	236	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=177;END=13737196;VD=97;AF=0.548;BIAS=1:1;REFBIAS=77:2;VARBIAS=96:1;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.5882;ODDRATIO=2.48083554541169;MQ=59.9;SN=96;HIAF=0.5549;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=96;HICOV=173;LSEQ=ATTTATACCATTATAAAAAA;RSEQ=TTTTGACCTCCATTTTACGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:177:97:79,97:0.548:77,2:96,1
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chr5	13864307	.	A	G	230	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=157;END=13864307;VD=91;AF=0.5796;BIAS=1:1;REFBIAS=66:0;VARBIAS=91:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.333;HIAF=0.5752;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=88;HICOV=153;LSEQ=TAATAATCTGTAAATGCAGG;RSEQ=CTGCATTGTTATATCCTGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:157:91:66,91:0.5796:66,0:91,0
chr5	13864728	.	C	A	273	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=404;END=13864728;VD=201;AF=0.4975;BIAS=2:2;REFBIAS=63:140;VARBIAS=65:136;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.83082;ODDRATIO=1.06190931294467;MQ=60;SN=49.25;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=197;HICOV=394;LSEQ=GCCTGCCAGTCCTTCAAGGC;RSEQ=CGGGGAAGCTTTCGACATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:404:201:203,201:0.4975:63,140:65,136
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chr5	13872094	.	T	C	179	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=76;END=13872094;VD=40;AF=0.5263;BIAS=1:1;REFBIAS=0:36;VARBIAS=0:40;PMEAN=30.2;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9;HIAF=0.5070;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=36;HICOV=71;LSEQ=TGTTATCATCCCTAGCTAAA;RSEQ=GGGAGAGGAGCAGTTTCTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:76:40:36,40:0.5263:0,36:0,40
chr5	13876605	.	T	C	268	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=178;END=13876605;VD=176;AF=0.9888;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=175:1;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=57.667;HIAF=0.9886;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=173;HICOV=175;LSEQ=ATGAGAGTAGGAATAATTTT;RSEQ=TTTCACCTTGCAATCTAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:178:176:0,176:0.9888:0,0:175,1
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chr5	13914193	.	T	A	228	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=194;END=13914193;VD=76;AF=0.3918;BIAS=2:1;REFBIAS=8:110;VARBIAS=2:74;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.32067;ODDRATIO=2.67905;MQ=60;SN=75;HIAF=0.3886;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=75;HICOV=193;LSEQ=TCATAGTTTCATGCCTTTGC;RSEQ=TGTACTCACTCATCAGCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:194:76:118,76:0.3918:8,110:2,74
chr5	13914360	.	A	T	181	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=63;END=13914360;VD=30;AF=0.4762;BIAS=2:2;REFBIAS=16:16;VARBIAS=23:7;PMEAN=30.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.03778;ODDRATIO=3.22081937644937;MQ=60;SN=60;HIAF=0.4839;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=30;HICOV=62;LSEQ=ACTCTCTCTCCATTCATCTT;RSEQ=AAGATGCTTAAGGAAAACTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:63:30:32,30:0.4762:16,16:23,7
chr5	13914556	.	A	G	244	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=254;END=13914556;VD=132;AF=0.5197;BIAS=2:2;REFBIAS=99:23;VARBIAS=101:31;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.44316;ODDRATIO=1.31969;MQ=60;SN=25.4;HIAF=0.5184;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=127;HICOV=245;LSEQ=CCAATGATATAATAATTACA;RSEQ=AATGATTTAAGATGGTCTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:254:132:122,132:0.5197:99,23:101,31
chr5	13914775	.	G	T	261	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=362;END=13914775;VD=171;AF=0.4724;BIAS=2:2;REFBIAS=53:137;VARBIAS=39:132;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.27891;ODDRATIO=1.30839;MQ=60;SN=27.5;HIAF=0.4701;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=165;HICOV=351;LSEQ=GGATTTTCCAATAAAATGAT;RSEQ=TTAAGCACATAAAACAGCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:362:171:190,171:0.4724:53,137:39,132
chr5	13914796	.	T	C	258	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=338;END=13914796;VD=157;AF=0.4645;BIAS=2:2;REFBIAS=40:140;VARBIAS=25:132;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.16691;ODDRATIO=1.50674;MQ=60;SN=38.25;HIAF=0.4636;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=153;HICOV=330;LSEQ=TTAAGCACATAAAACAGCCA;RSEQ=GGATTGTAAACTGGACTAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:338:157:180,157:0.4645:40,140:25,132
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chr5	13931080	.	C	G	251	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=238;END=13931080;VD=124;AF=0.521;BIAS=1:1;REFBIAS=111:2;VARBIAS=118:6;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.28497;ODDRATIO=2.81099;MQ=60;SN=61;HIAF=0.5214;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=122;HICOV=234;LSEQ=TCATTCTGCAAGCACCAGTA;RSEQ=AGAGTCAGAATGGAGCCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:238:124:113,124:0.521:111,2:118,6
chr5	13931205	.	G	C	278	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=442;END=13931205;VD=211;AF=0.4774;BIAS=2:2;REFBIAS=135:96;VARBIAS=122:89;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.92326;ODDRATIO=1.02582;MQ=60;SN=41.2;HIAF=0.4736;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=206;HICOV=435;LSEQ=TCATCAAGTCAGTGAGAAGT;RSEQ=AAACGCATCCCACCTGATTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:442:211:231,211:0.4774:135,96:122,89
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chr5	23527323	.	C	G	169	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=453;END=23527323;VD=77;AF=0.17;BIAS=2:2;REFBIAS=175:196;VARBIAS=44:33;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=27.1;QSTD=1;SBF=0.13268;ODDRATIO=1.49198060425214;MQ=13.4;SN=1.852;HIAF=0.1393;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=50;HICOV=359;LSEQ=CTGGCAGTCAGTCCTCCTCA;RSEQ=TCACCAGAGGACACACACAG;DUPRATE=0.075;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:453:77:371,77:0.17:175,196:44,33
chr5	23527385	.	A	C	159	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=458;END=23527385;VD=44;AF=0.0961;BIAS=2:2;REFBIAS=250:160;VARBIAS=23:21;PMEAN=27.8;PSTD=1;QUAL=29.2;QSTD=1;SBF=0.26254;ODDRATIO=1.42545;MQ=20.7;SN=3.4;HIAF=0.0863;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=34;HICOV=394;LSEQ=GGGAGTGTGGGCGGGGCTTT;RSEQ=GCAATAAGTCACACCTCCTC;DUPRATE=0.075;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:458:44:410,44:0.0961:250,160:23,21
chr5	23527387	.	CA	AG	102	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=453;END=23527388;VD=11;AF=0.0243;BIAS=2:2;REFBIAS=252:173;VARBIAS=10:1;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=29.5;QSTD=1;SBF=0.05638;ODDRATIO=6.84322178881817;MQ=32.3;SN=10;HIAF=0.0256;ADJAF=0.0022;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=10;HICOV=390;LSEQ=GAGTGTGGGCGGGGCTTTAG;RSEQ=ATAAGTCACACCTCCTCAGA;DUPRATE=0.075;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:453:11:425,11:0.0243:252,173:10,1
chr5	23527472	.	G	A	62	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=281;END=23527472;VD=6;AF=0.0214;BIAS=2:2;REFBIAS=140:97;VARBIAS=4:2;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.38391065472813;MQ=16.7;SN=2;HIAF=0.0207;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=4;HICOV=193;LSEQ=AGTGTGGGCGGGGCTTTCGC;RSEQ=ATAAGTCACACCTCCTCAGA;DUPRATE=0.075;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:281:6:237,6:0.0214:140,97:4,2
chr5	23527491	.	GA	CT	48	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=295;END=23527492;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=155:126;VARBIAS=2:1;PMEAN=18.7;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.6231394763752;MQ=29;SN=2;HIAF=0.0080;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=249;LSEQ=CGATAAGTCACACCTCCTCA;RSEQ=CACCAGAGGACACACACAGG;DUPRATE=0.075;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:295:3:281,3:0.0102:155,126:2,1
chr5	23527492	.	ACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTATGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTAGAGATAAGTCAAACCTCCTCAGTCACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTATGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTAGCAATAAGTCACACCTCCTCAGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTATGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTCGCAATAAGTCACACCTCCTCAGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTACGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTAGCGATAGGTCAAGCCTCTGCTAT	A	126	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=304;END=23527828;VD=14;AF=0.0461;BIAS=2:2;REFBIAS=159:142;VARBIAS=5:9;PMEAN=29.9;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=0.27625;ODDRATIO=2.01107;MQ=47.1;SN=28;HIAF=0.0465;ADJAF=0.0461;SHIFT3=32;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=14;HICOV=301;LSEQ=GATAAGTCACACCTCCTCAG;RSEQ=CACCAGAGGACACACACAGG;DUPRATE=0.075;SPLITREAD=13;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:304:14:301,14:0.0461:159,142:5,9
chr5	23527575	.	GTCACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTATGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTAGCAATAAGTCACACCTCCTCAGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTATGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTCGCAATAAGTCACACCTCCTCAGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTACGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTAGCGATAGGTCAAGCCTCTGCTA	G	98	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=349;END=23527827;VD=9;AF=0.0258;BIAS=2:2;REFBIAS=197:127;VARBIAS=4:5;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=31.1;QSTD=1;SBF=0.32723;ODDRATIO=1.93503;MQ=54.7;SN=18;HIAF=0.0298;ADJAF=0.0258;SHIFT3=33;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=9;HICOV=302;LSEQ=AGATAAGTCAAACCTCCTCA;RSEQ=TCACCAGAGGACACACACAG;DUPRATE=0.075;SPLITREAD=7;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:349:9:324,9:0.0258:197,127:4,5
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chr5	32109145	.	AAGTC	A	273	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=377;END=32109149;VD=173;AF=0.4589;BIAS=2:2;REFBIAS=117:86;VARBIAS=84:89;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.09688;ODDRATIO=1.44;MQ=60;SN=346;HIAF=0.4688;ADJAF=0.0398;SHIFT3=9;MSI=3;MSILEN=4;NM=1.1;HICNT=173;HICOV=369;LSEQ=AGAGCAGACAAAAATATCAC;RSEQ=AGTCAGTCACTGGGTTTCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:377:173:203,173:0.4589:117,86:84,89
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chr5	54529391	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=185;END=54529391;VD=2;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=36:146;VARBIAS=1:1;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.36262;ODDRATIO=4.01412973667309;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=180;LSEQ=TTTACTACCTTCAACGCCCG;RSEQ=GCTGCGGCGGGCAGCAAACG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:185:2:182,2:0.0108:36,146:1,1
chr5	54529458	.	C	G	213	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=115;END=54529458;VD=58;AF=0.5043;BIAS=1:1;REFBIAS=0:57;VARBIAS=0:58;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=116;HIAF=0.5088;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=58;HICOV=114;LSEQ=GGCTCAGAGGCTGGCGCGGT;RSEQ=CTAAGTACCCGGCCGGCTCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:115:58:57,58:0.5043:0,57:0,58
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chr5	56191191	.	TTG	T	283	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=474;END=56191193;VD=228;AF=0.481;BIAS=2:2;REFBIAS=147:95;VARBIAS=127:101;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.30329;ODDRATIO=1.23003;MQ=60;SN=113;HIAF=0.4839;ADJAF=0.1139;SHIFT3=1;MSI=18;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=226;HICOV=467;LSEQ=ACTTGACTTTCTTTTTTATT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGACTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:474:228:242,228:0.481:147,95:127,101
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chr5	134343799	.	A	G	274	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=423;END=134343799;VD=210;AF=0.4965;BIAS=2:2;REFBIAS=115:97;VARBIAS=100:110;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.2055;ODDRATIO=1.30328;MQ=60;SN=34;HIAF=0.4916;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=204;HICOV=415;LSEQ=AACTGGGGGAACCTGGCTGC;RSEQ=GCTTTTTTCACCCTCTTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:423:210:212,210:0.4965:115,97:100,110
chr5	134344497	.	T	C	308	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=352;END=134344497;VD=351;AF=0.9972;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=228:123;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=347;HICOV=347;LSEQ=GAGGCCTGTGCCACTGGGTC;RSEQ=GGGCCCTCAGCATACTCTTC;DUPRATE=0.029;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:352:351:0,351:0.9972:0,0:228,123
chr5	134344902	.	T	C	245	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=221;END=134344902;VD=112;AF=0.5068;BIAS=2:2;REFBIAS=60:49;VARBIAS=53:59;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.28256;ODDRATIO=1.36117;MQ=60;SN=111;HIAF=0.5068;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=111;HICOV=219;LSEQ=GGTGGGGCTTAAGAAGCCTC;RSEQ=GCAGCTACAGTTGGCAGCTT;DUPRATE=0.029;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:221:112:109,112:0.5068:60,49:53,59
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chr5	134345259	.	T	TGGTGCCTGTGTAGAGAGCAGGTGGCCTCAGGCATCTGCAGC	274	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=203;END=134345259;VD=191;AF=0.9409;BIAS=2:1;REFBIAS=16:23;VARBIAS=0:191;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=382;HIAF=0.8414;ADJAF=0.7389;SHIFT3=41;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=191;HICOV=227;LSEQ=ATGGCCAGGAGGAGGGGCCG;RSEQ=GGTGCCTGTGTAGAGAGCAG;DUPRATE=0.029;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:203:191:39,191:0.9409:16,23:0,191
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chr6	31708749	.	G	GA	100	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=105;END=31708749;VD=6;AF=0.0571;BIAS=2:0;REFBIAS=85:7;VARBIAS=6:0;PMEAN=30.9;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=12;HIAF=0.0652;ADJAF=0.019;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=6;HICOV=92;LSEQ=CTCCGTCTCAAAGAAAGAAA;RSEQ=AAAAAAAAAACAGGGTTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:105:6:92,6:0.0571:85,7:6,0
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chr6	31709147	.	C	A	218	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=211;END=31709147;VD=99;AF=0.4692;BIAS=2:2;REFBIAS=28:84;VARBIAS=16:83;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=32.9;QSTD=1;SBF=0.12874;ODDRATIO=1.72471;MQ=59;SN=10;HIAF=0.4478;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=22;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=90;HICOV=201;LSEQ=CACACACACACACACACACA;RSEQ=ACACACACACACATATTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:211:99:112,99:0.4692:28,84:16,83
chr6	31709162	.	A	AT	78	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=193;END=31709162;VD=4;AF=0.0207;BIAS=2:0;REFBIAS=27:152;VARBIAS=0:4;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=8;HIAF=0.0230;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=4;HICOV=174;LSEQ=ACACACACACACACACACAT;RSEQ=TTTTTTTTTTCTAGACAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:193:4:179,4:0.0207:27,152:0,4
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chr6	32008198	.	C	T	263	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=627;END=32008198;VD=178;AF=0.2839;BIAS=2:2;REFBIAS=259:188;VARBIAS=106:72;PMEAN=31.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.72021;ODDRATIO=1.06855872798769;MQ=15.6;SN=21.25;HIAF=0.2769;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=170;HICOV=614;LSEQ=CCCAGATTCAGCAGCGACTG;RSEQ=AGGAGGAGCTAGACCACGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:627:178:447,178:0.2839:259,188:106,72
chr6	32008625	.	C	T	282	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=1012;END=32008625;VD=225;AF=0.2223;BIAS=2:2;REFBIAS=423:363;VARBIAS=130:95;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.32355;ODDRATIO=1.17413612934284;MQ=32.8;SN=55.25;HIAF=0.2197;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.2;HICNT=221;HICOV=1006;LSEQ=CCGCTGAACGCCTCCCCACC;RSEQ=ACCTGTCCACCCGCCCGCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:1012:225:786,225:0.2223:423,363:130,95
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chr6	88221892	.	T	G	246	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=260;END=88221892;VD=127;AF=0.4885;BIAS=2:2;REFBIAS=17:116;VARBIAS=11:116;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.32126;ODDRATIO=1.54288;MQ=60;SN=24.4;HIAF=0.4861;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=122;HICOV=251;LSEQ=TATCTGGTTCATATTTCTTT;RSEQ=CTGTTAGATGATACACATTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:260:127:133,127:0.4885:17,116:11,116
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chr7	814788	.	G	A	284	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=445;END=814788;VD=227;AF=0.5101;BIAS=2:2;REFBIAS=80:138;VARBIAS=102:125;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.08311;ODDRATIO=1.40648954275025;MQ=60;SN=112.5;HIAF=0.5149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=225;HICOV=437;LSEQ=GGATCCAGAGAAACTCATCA;RSEQ=GATTTATCCTGGTAGGACAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:445:227:218,227:0.5101:80,138:102,125
chr7	815148	.	GGTGT	G	149	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=27;END=815152;VD=17;AF=0.6296;BIAS=0:1;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:17;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.6296;ADJAF=0.1481;SHIFT3=24;MSI=14;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=17;HICOV=27;LSEQ=ACCTTGTCTTTAAAAGTAGG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:27:17:8,17:0.6296:0,8:0,17
chr7	819224	.	C	T	74	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=7;END=819224;VD=4;AF=0.5714;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=4;HICOV=7;LSEQ=GCTGGGCAGGGTGGCCAGCT;RSEQ=GGGGATCTGAGCATCTGGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:7:4:3,4:0.5714:3,0:4,0
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chr7	21747630	.	A	G	222	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=151;END=21747630;VD=70;AF=0.4636;BIAS=1:1;REFBIAS=1:80;VARBIAS=0:70;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.4626;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=68;HICOV=147;LSEQ=TTAAGACTAGATTTGAATAA;RSEQ=TACTTGATTTGCATTCAGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:151:70:81,70:0.4636:1,80:0,70
chr7	21747666	.	C	G	210	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=111;END=21747666;VD=52;AF=0.4685;BIAS=1:1;REFBIAS=1:58;VARBIAS=0:52;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.4685;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=52;HICOV=111;LSEQ=CAGCAGATTTGTACTCAGAG;RSEQ=TGTTGTATTTTATCCCACGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:111:52:59,52:0.4685:1,58:0,52
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chr7	21829048	.	T	C	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=156;END=21829048;VD=2;AF=0.0128;BIAS=2:2;REFBIAS=11:143;VARBIAS=1:1;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.14839;ODDRATIO=12.4906320259805;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=153;LSEQ=CCCTCAGACAGCACCATATC;RSEQ=GAGCCCTATCAAGCAGAAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:156:2:154,2:0.0128:11,143:1,1
chr7	21841304	.	A	G	38	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=7;END=21841304;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:3;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=6;LSEQ=AGCATGTTTTTCTTAAAACA;RSEQ=GTTATAAAACTCAGGATGGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:7:3:4,3:0.4286:0,4:0,3
chr7	21847457	.	A	G	259	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=304;END=21847457;VD=162;AF=0.5329;BIAS=2:2;REFBIAS=118:24;VARBIAS=128:34;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.38385;ODDRATIO=1.30484;MQ=60;SN=22.143;HIAF=0.5236;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=155;HICOV=296;LSEQ=TAAGCATTTGTGGAGTTGAC;RSEQ=TTCAGCCTGCAATTACAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:304:162:142,162:0.5329:118,24:128,34
chr7	21855734	.	A	G	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=3;END=21855734;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=CTTATGTGGGGGTGGGGGGC;RSEQ=TGGATTGCTCCATGGGCAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:3:2:1,2:0.6667:1,0:2,0
chr7	21855757	.	T	C	74	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=5;END=21855757;VD=4;AF=0.8;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.8000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=5;LSEQ=GATTGCTCCATGGGCAAATA;RSEQ=ATTTCTGGTGTCCTGCCATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:5:4:1,4:0.8:1,0:4,0
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chr7	21923867	.	C	G	263	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=311;END=21923867;VD=146;AF=0.4695;BIAS=2:2;REFBIAS=122:43;VARBIAS=117:29;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.22602;ODDRATIO=1.42037384239532;MQ=60;SN=145;HIAF=0.4723;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=145;HICOV=307;LSEQ=GTTGGCTACTCTGAGGCAGA;RSEQ=TCTGCACCCAGCAGTGAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:311:146:165,146:0.4695:122,43:117,29
chr7	21924014	.	A	G	270	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=417;END=21924014;VD=192;AF=0.4604;BIAS=2:2;REFBIAS=79:145;VARBIAS=67:125;PMEAN=43.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01643;MQ=60;SN=26.429;HIAF=0.4557;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=185;HICOV=406;LSEQ=GGGTGTATTTAGAAGAATTC;RSEQ=TGAATCCATCTCTGGTAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:417:192:224,192:0.4604:79,145:67,125
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chr7	37896599	.	A	C	162	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=63;END=37896599;VD=23;AF=0.3651;BIAS=1:1;REFBIAS=39:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=43.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.3770;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=23;HICOV=61;LSEQ=AAGGATAGTTGAACAGGGAC;RSEQ=GTAAAAGAAGGGCAGGACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:63:23:39,23:0.3651:39,0:23,0
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chr7	37927702	.	G	A	214	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=135;END=37927702;VD=64;AF=0.4741;BIAS=1:1;REFBIAS=71:0;VARBIAS=64:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=63;HIAF=0.4701;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=63;HICOV=134;LSEQ=ATCCTTTCTTCCTAATGACC;RSEQ=TTATCCTTGAAAAGAAGTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:135:64:71,64:0.4741:71,0:64,0
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chr7	37928170	.	A	C	25	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=157;END=37928170;VD=2;AF=0.0127;BIAS=1:0;REFBIAS=0:155;VARBIAS=0:2;PMEAN=50.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0130;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=154;LSEQ=GATGAGTACTCCTATCCTTC;RSEQ=TTTAGATTCAACAATTAACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:157:2:155,2:0.0127:0,155:0,2
chr7	37933983	.	C	G	277	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=234;END=37933983;VD=234;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=219:15;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=225;HICOV=225;LSEQ=CAATATGCAAATTAAACTAT;RSEQ=ATTTTCCTTAGTTATTTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:234:234:0,234:1:0,0:219,15
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chr7	83589551	.	G	A	332	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=558;END=83589551;VD=556;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=255:301;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=138;HIAF=0.9964;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=552;HICOV=554;LSEQ=TCATGCAGGGATTCAAGCAC;RSEQ=GAATTAAGACACATTTTCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:558:556:0,556:0.9964:0,0:255,301
chr7	83589703	.	G	GT	140	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=492;END=83589703;VD=13;AF=0.0264;BIAS=2:2;REFBIAS=210:240;VARBIAS=7:6;PMEAN=48.7;PSTD=1;QUAL=38;QSTD=1;SBF=0.7795;ODDRATIO=1.33249830106467;MQ=63.2;SN=26;HIAF=0.0287;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=13;HICOV=453;LSEQ=TTTTCCTGCTTAAATGTTCT;RSEQ=TTTTTTTTTCTAAGAACATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:492:13:450,13:0.0264:210,240:7,6
chr7	83590138	.	A	AT	106	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=549;END=83590138;VD=8;AF=0.0146;BIAS=2:0;REFBIAS=290:238;VARBIAS=0:8;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.00185;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0164;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=8;HICOV=489;LSEQ=TTCTGGATGATGGATGGCTT;RSEQ=TGTTTTTTTTTTTTTTTAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:549:8:528,8:0.0146:290,238:0,8
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chr7	83823737	.	AG	A	74	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=195;END=83823738;VD=4;AF=0.0205;BIAS=2:0;REFBIAS=168:23;VARBIAS=4:0;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0235;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=4;HICOV=170;LSEQ=GGAGGGAGTTCAAGGAATTA;RSEQ=GGGGGGGGCGGTTATTACAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:195:4:191,4:0.0205:168,23:4,0
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chr7	83824112	.	GA	G	253	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=433;END=83824113;VD=133;AF=0.3072;BIAS=2:2;REFBIAS=90:136;VARBIAS=74:59;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.00433;ODDRATIO=1.89186121306141;MQ=60;SN=132;HIAF=0.3483;ADJAF=0.0739;SHIFT3=16;MSI=17;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=132;HICOV=379;LSEQ=AACTTCAAACCCTCCAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAATTCC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:433:133:226,133:0.3072:90,136:74,59
chr7	83824340	.	AAG	A	204	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=127;END=83824342;VD=46;AF=0.3622;BIAS=1:1;REFBIAS=3:72;VARBIAS=0:46;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.28719;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92;HIAF=0.3680;ADJAF=0.0157;SHIFT3=27;MSI=14;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=46;HICOV=125;LSEQ=CAGAGAGAGAGAGAGAGAGA;RSEQ=AGAGAGAGAGAGAGAGAGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:127:46:75,46:0.3622:3,72:0,46
chr7	83936339	.	C	T	202	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=88;END=83936339;VD=47;AF=0.5341;BIAS=1:1;REFBIAS=41:0;VARBIAS=46:1;PMEAN=31.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.5287;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=46;HICOV=87;LSEQ=CTACAAACTGATTTTTATTT;RSEQ=AAATGTTGGAGCCCTCTCAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:88:47:41,47:0.5341:41,0:46,1
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chr7	89933957	.	GTAGATAGATAGATAGATAGA	G	270	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=487;END=89933977;VD=189;AF=0.3881;BIAS=2:2;REFBIAS=56:46;VARBIAS=70:119;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.00428;ODDRATIO=2.06425;MQ=60;SN=62;HIAF=0.3875;ADJAF=0.1499;SHIFT3=25;MSI=11;MSILEN=4;NM=0.5;HICNT=186;HICOV=480;LSEQ=TTGCATTTGTTTTTAGATAG;RSEQ=TAGATAGATAGATAGATAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:487:189:102,189:0.3881:56,46:70,119
chr7	89936945	.	A	G	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=88;END=89936945;VD=2;AF=0.0227;BIAS=1:0;REFBIAS=86:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=55.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0227;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=88;LSEQ=CATTATAATTTTATTTCTAC;RSEQ=GTCTTAAATTTTTAAAAGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:88:2:86,2:0.0227:86,0:2,0
chr7	89937027	.	CA	C	221	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=148;END=89937028;VD=70;AF=0.473;BIAS=2:2;REFBIAS=53:19;VARBIAS=51:19;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03895;MQ=60;SN=34;HIAF=0.4789;ADJAF=0.0541;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=68;HICOV=142;LSEQ=GACAGAGTGAGGTTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAGAAAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:148:70:72,70:0.473:53,19:51,19
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chr7	99786052	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=198;END=99786052;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=138:58;VARBIAS=2:0;PMEAN=58.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=197;LSEQ=CCTGTTATTTTCCTTGTAAG;RSEQ=ACCTCATATCCTTCATTCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:198:2:196,2:0.0101:138,58:2,0
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chr7	117178807	.	TA	T	195	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=88;END=117178808;VD=40;AF=0.4545;BIAS=1:1;REFBIAS=48:0;VARBIAS=40:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80;HIAF=0.4598;ADJAF=0.0341;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=40;HICOV=87;LSEQ=GTGACTTGCTTAAGATGGCA;RSEQ=AGCTGTAACTGGCAGAACCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:88:40:48,40:0.4545:48,0:40,0
chr7	117180400	.	G	T	67	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=579;END=117180400;VD=6;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=266:306;VARBIAS=2:4;PMEAN=44.7;PSTD=1;QUAL=26.3;QSTD=1;SBF=0.69085;ODDRATIO=1.73696;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=557;LSEQ=GGAGCAATAAACAAAATACA;RSEQ=GTAATGTACCATAATGCTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:579:6:572,6:0.0104:266,306:2,4
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chr7	117189032	.	C	T	237	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=724;END=117189032;VD=91;AF=0.1257;BIAS=2:2;REFBIAS=207:423;VARBIAS=24:67;PMEAN=50.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.23146;ODDRATIO=1.36556;MQ=37.8;SN=182;HIAF=0.1342;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=91;HICOV=678;LSEQ=CTTGTATAATAGAAATTGTT;RSEQ=CACTGATAATTTACTCTAGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:724:91:630,91:0.1257:207,423:24,67
chr7	117189042	.	T	C	233	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=705;END=117189042;VD=93;AF=0.1319;BIAS=2:2;REFBIAS=186:424;VARBIAS=21:72;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.14252;ODDRATIO=1.50323;MQ=38;SN=92;HIAF=0.1349;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=92;HICOV=682;LSEQ=AGAAATTGTTCCACTGATAA;RSEQ=TTACTCTAGTTTTTTATTTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:705:93:610,93:0.1319:186,424:21,72
chr7	117189071	.	AT	A	244	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=600;END=117189072;VD=104;AF=0.1733;BIAS=2:2;REFBIAS=102:392;VARBIAS=26:78;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.35713;ODDRATIO=1.28049170881619;MQ=38.1;SN=208;HIAF=0.1748;ADJAF=0.015;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=104;HICOV=595;LSEQ=GTTTTTTATTTCCTCATATT;RSEQ=TTTCAGTGGCTTTTTCTTCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:600:104:494,104:0.1733:102,392:26,78
chr7	117189089	.	T	C	203	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=511;END=117189089;VD=60;AF=0.1174;BIAS=2:2;REFBIAS=82:369;VARBIAS=13:47;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.48467;ODDRATIO=1.24412152579064;MQ=43.1;SN=14;HIAF=0.1129;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=56;HICOV=496;LSEQ=TTATTTTCAGTGGCTTTTTC;RSEQ=TCCACATCTTTATATTTTGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:511:60:451,60:0.1174:82,369:13,47
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chr7	117235196	.	CAT	C	258	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=317;END=117235198;VD=135;AF=0.4259;BIAS=2:2;REFBIAS=30:152;VARBIAS=31:104;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.15288;ODDRATIO=1.50822738035986;MQ=60;SN=134;HIAF=0.4254;ADJAF=0.0568;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=134;HICOV=315;LSEQ=TATACATATATATGCACACA;RSEQ=AAATATGTATATATACACAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:317:135:182,135:0.4259:30,152:31,104
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chr7	121942847	.	G	C	284	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=469;END=121942847;VD=233;AF=0.4968;BIAS=2:2;REFBIAS=151:84;VARBIAS=168:65;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.07448;ODDRATIO=1.43665775938856;MQ=60;SN=76.667;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=230;HICOV=460;LSEQ=TGAGAGACATTTCCTGGTTT;RSEQ=CATACCTTTTTGATGAAACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:469:233:235,233:0.4968:151,84:168,65
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chr7	137801413	.	A	C	310	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=376;END=137801413;VD=373;AF=0.992;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=163:210;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=73.6;HIAF=0.9973;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=368;HICOV=369;LSEQ=TCATGATGAATACTGACTGC;RSEQ=GGGAGTTCCTGAACAGATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:376:373:1,373:0.992:0,1:163,210
chr7	137801444	.	C	T	307	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=343;END=137801444;VD=341;AF=0.9942;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=102:239;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=340;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=340;HICOV=340;LSEQ=GAACAGATTTTTCACTCCCA;RSEQ=GAGTGCCAAGACGGTGCAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:343:341:0,341:0.9942:0,0:102,239
chr7	137802719	.	A	C	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=4;END=137802719;VD=3;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=AGCTTGCAGTGAGCCGAGAT;RSEQ=GCGCCACTGCAGTCCGGCCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:4:3:1,3:0.75:1,0:3,0
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chr9	34521148	.	G	A	229	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=149;END=34521148;VD=145;AF=0.9732;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:142;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=32;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8.667;HIAF=0.9924;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=130;HICOV=131;LSEQ=GGTTCCAGTTTGCTTCCCCA;RSEQ=CCTAGAGGGCCTAGAGGTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:149:145:0,145:0.9732:0,0:3,142
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chr9	114467813	.	A	C	25	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=125;END=114467813;VD=2;AF=0.016;BIAS=1:0;REFBIAS=0:123;VARBIAS=0:2;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=120;LSEQ=TGAAGAAGAAAATAAAAACC;RSEQ=TGTTATCCTACCGAGAAATA;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:125:2:123,2:0.016:0,123:0,2
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chr9	135974288	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=127;END=135974288;VD=2;AF=0.0157;BIAS=1:0;REFBIAS=4:121;VARBIAS=0:2;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=123;LSEQ=ATACAGCTCCAGAACTCCAA;RSEQ=GACCCCTCTCAATGACTCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:127:2:125,2:0.0157:4,121:0,2
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chr9	138590680	.	G	C	269	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=162;END=138590680;VD=162;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=150:12;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=161;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=161;HICOV=161;LSEQ=CTGCAGGATGTTCCCCAACA;RSEQ=GGCTTTTCTGGTTTACTTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:162:162:0,162:1:0,0:150,12
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chr10	75072124	.	TA	T	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=235;END=75072125;VD=3;AF=0.0128;BIAS=1:0;REFBIAS=230:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=233;LSEQ=CCCAGAACTTAAAGTAAAAT;RSEQ=AAAAAAAATGCAAACTAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:235:3:232,3:0.0128:230,2:3,0
chr10	75072467	.	AT	A	103	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=370;END=75072468;VD=7;AF=0.0189;BIAS=2:0;REFBIAS=69:292;VARBIAS=0:7;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.35594;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0192;ADJAF=0.0027;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=7;HICOV=364;LSEQ=ACTTGAAAGAAATACACATT;RSEQ=TTTTTTTTACCATTTAGTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:370:7:361,7:0.0189:69,292:0,7
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chr10	112773661	.	A	G	204	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=62;END=112773661;VD=61;AF=0.9839;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:60;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=57;HICOV=57;LSEQ=AGTCATGCTGTGTGTAAACA;RSEQ=TATAATGACAAGTTATAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:62:61:0,61:0.9839:0,0:1,60
chr10	120789223	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=83;END=120789223;VD=2;AF=0.0241;BIAS=2:0;REFBIAS=71:10;VARBIAS=2:0;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0244;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=82;LSEQ=AGGCGGCGCGGCGGCCCCAC;RSEQ=CCGCGGCAGGCCGGCGGGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:83:2:81,2:0.0241:71,10:2,0
chr10	120789634	.	GGAC	G	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=279;END=120789637;VD=3;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=134:142;VARBIAS=1:2;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.88319;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0108;ADJAF=0.0036;SHIFT3=12;MSI=5;MSILEN=3;NM=2.7;HICNT=3;HICOV=278;LSEQ=GGGCCGCCCGACTACGACGA;RSEQ=GACGACGACGACAGCGACGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:279:3:276,3:0.0108:134,142:1,2
chr10	120789812	.	C	CCCG	259	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=331;END=120789812;VD=143;AF=0.432;BIAS=2:2;REFBIAS=111:67;VARBIAS=79:63;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.25237;ODDRATIO=1.32;MQ=60;SN=141;HIAF=0.4406;ADJAF=0.0725;SHIFT3=20;MSI=7;MSILEN=3;NM=0.9;HICNT=141;HICOV=320;LSEQ=CCGTGCTGCTGGGCTGCGCG;RSEQ=CCGCCGCCGCCGCCGCCGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:331:143:178,143:0.432:111,67:79,63
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chr10	122664967	.	C	T	230	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=211;END=122664967;VD=94;AF=0.4455;BIAS=2:2;REFBIAS=38:77;VARBIAS=26:68;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.45198;ODDRATIO=1.28913;MQ=60;SN=17.8;HIAF=0.4428;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=89;HICOV=201;LSEQ=CAATAGGTGCCCTCAACATT;RSEQ=GGGATAGAAAGCTCAGTCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:211:94:115,94:0.4455:38,77:26,68
chr10	122665199	.	C	A	31	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=173;END=122665199;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:0;REFBIAS=145:26;VARBIAS=2:0;PMEAN=59;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=170;LSEQ=ACTACAGTCCAGAGGTATAG;RSEQ=CAGGCCCTGGGTCCCGTAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:173:2:171,2:0.0116:145,26:2,0
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chr10	122668604	.	G	A	285	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=549;END=122668604;VD=246;AF=0.4481;BIAS=2:2;REFBIAS=158:144;VARBIAS=147:99;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.08454;ODDRATIO=1.35252109932915;MQ=60;SN=40;HIAF=0.4453;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=240;HICOV=539;LSEQ=CTATAGTAAATGAAATTTGT;RSEQ=AGATGTTTTCTCAAATATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:549:246:302,246:0.4481:158,144:147,99
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chr10	135369054	.	A	G	325	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=513;END=135369054;VD=511;AF=0.9961;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=309:202;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=101.2;HIAF=0.9980;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=506;HICOV=507;LSEQ=GAGAGAGGAGATACAACATC;RSEQ=GTCATCTTCCTGGTGGGGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:513:511:0,511:0.9961:0,0:309,202
chr10	135370060	.	G	C	232	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=82;END=135370060;VD=81;AF=0.9878;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=79:2;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=80;HICOV=80;LSEQ=GTGATGGAAGACTTGACCTT;RSEQ=GTCTCATCAGAGATCCCCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:82:81:0,81:0.9878:0,0:79,2
chr10	135371466	.	T	C	289	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=288;END=135371466;VD=286;AF=0.9931;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=135:151;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=56.2;HIAF=0.9965;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=281;HICOV=282;LSEQ=TATGAGAACCTGTCAAGGTA;RSEQ=TGGGTTTTGGCAGGGGGAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:288:286:0,286:0.9931:0,0:135,151
chr10	135372304	.	G	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=162;END=135372304;VD=2;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=118:42;VARBIAS=1:1;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.46162;ODDRATIO=2.7884;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0124;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=161;LSEQ=CCCTTGGCCATGGCAAGGAT;RSEQ=CTGATTATCTGGAATACAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:162:2:160,2:0.0123:118,42:1,1
chr10	135373271	.	CAA	C	173	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=26;END=135373273;VD=26;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=21:5;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1154;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=26;HICOV=26;LSEQ=GCTGGCAGGAGCCTAGCGAG;RSEQ=AGAGGGAGTAGCGGGTGAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:26:26:0,26:1:0,0:21,5
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chr11	30255823	.	A	G	333	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=652;END=30255823;VD=649;AF=0.9954;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=303:346;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=53.083;HIAF=0.9984;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=637;HICOV=638;LSEQ=AACTTAGAAACACAACAATG;RSEQ=CTTCTTTAGATCAGAAAGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:652:649:0,649:0.9954:0,0:303,346
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chr11	32409549	.	AACACAC	A	296	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=727;END=32409555;VD=299;AF=0.4113;BIAS=2:2;REFBIAS=84:29;VARBIAS=150:149;PMEAN=44.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1e-05;ODDRATIO=2.87003;MQ=60;SN=98.667;HIAF=0.4175;ADJAF=0.0509;SHIFT3=28;MSI=17;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=296;HICOV=709;LSEQ=TAAAAAACAAAACACAACAC;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:727:299:113,299:0.4113:84,29:150,149
chr11	32409554	.	AC	A	101	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=687;END=32409555;VD=8;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=217:146;VARBIAS=5:3;PMEAN=20.1;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.12103853009428;MQ=60;SN=7;HIAF=0.0198;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=5;NM=0.5;HICNT=7;HICOV=353;LSEQ=AACAAAACACAACACAACAC;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:687:8:363,8:0.0116:217,146:5,3
chr11	32409625	.	A	AT	295	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=777;END=32409625;VD=360;AF=0.4633;BIAS=2:2;REFBIAS=202:192;VARBIAS=187:173;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.88408;ODDRATIO=1.02739022335463;MQ=60.1;SN=24.714;HIAF=0.4727;ADJAF=0.0309;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=346;HICOV=732;LSEQ=TTCCTCACCCAGTAAGTCTC;RSEQ=TTTTTTTCACATATACTTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:777:360:394,360:0.4633:202,192:187,173
chr11	32410002	.	T	C	301	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=707;END=32410002;VD=338;AF=0.4781;BIAS=2:2;REFBIAS=198:168;VARBIAS=179:159;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.76293;ODDRATIO=1.04685;MQ=60;SN=83.5;HIAF=0.4799;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=334;HICOV=696;LSEQ=GGTACTGGTTAGTTCTGATT;RSEQ=TTTCTTCAGCTGCTTGAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:707:338:366,338:0.4781:198,168:179,159
chr11	32410337	.	C	G	305	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=778;END=32410337;VD=372;AF=0.4781;BIAS=2:2;REFBIAS=217:187;VARBIAS=185:187;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.28119;ODDRATIO=1.17273;MQ=60;SN=36.2;HIAF=0.4757;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=362;HICOV=761;LSEQ=TTCTTACAGTAGAAAATCCA;RSEQ=ACCAAATGGCAATGGGCTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:778:372:404,372:0.4781:217,187:185,187
chr11	32410774	.	A	G	266	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=340;END=32410774;VD=163;AF=0.4794;BIAS=2:2;REFBIAS=41:134;VARBIAS=35:128;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.69714;ODDRATIO=1.1186;MQ=60;SN=80.5;HIAF=0.4806;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=161;HICOV=335;LSEQ=CTTGCAACAAAGAGACAGGC;RSEQ=CAAGTTCAACTATCAAGGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:340:163:175,163:0.4794:41,134:35,128
chr11	32413382	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=106;END=32413382;VD=2;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=104:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=13;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0198;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=101;LSEQ=TATTATTTAAAGATAGCCAC;RSEQ=CACTATTCCTTCTCTCAACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:106:2:104,2:0.0189:104,0:2,0
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chr11	32439038	.	T	C	239	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=186;END=32439038;VD=97;AF=0.5215;BIAS=2:2;REFBIAS=77:12;VARBIAS=81:16;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.68238;ODDRATIO=1.26588;MQ=60;SN=47.5;HIAF=0.5191;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=95;HICOV=183;LSEQ=CTTTCTTCTAAAACTGTACT;RSEQ=TCTTCATAAGTTCTAAGCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:186:97:89,97:0.5215:77,12:81,16
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chr11	32451920	.	T	G	204	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=130;END=32451920;VD=54;AF=0.4154;BIAS=1:1;REFBIAS=76:0;VARBIAS=54:0;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59;SN=53;HIAF=0.4109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=53;HICOV=129;LSEQ=GCACCCACTATTGCCCGGAG;RSEQ=GAAGGCCGAATTTCTGAAAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:130:54:76,54:0.4154:76,0:54,0
chr11	32451950	.	A	C	213	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=156;END=32451950;VD=60;AF=0.3846;BIAS=1:1;REFBIAS=92:2;VARBIAS=60:0;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.52126;ODDRATIO=0;MQ=54.1;SN=120;HIAF=0.4054;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=60;HICOV=148;LSEQ=ATTTCTGAAAGGACACTAAA;RSEQ=AGAGAGAGAGAGAAAGAGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:156:60:94,60:0.3846:92,2:60,0
chr11	32451991	.	AGAGAGG	A	85	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=221;END=32451997;VD=5;AF=0.0226;BIAS=2:2;REFBIAS=175:40;VARBIAS=4:1;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.09331;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0236;ADJAF=0.009;SHIFT3=3;MSI=7;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=5;HICOV=212;LSEQ=ACAGACACAGAGAGAGAGAG;RSEQ=GAGGGAGAGAGAGAGAGAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:221:5:215,5:0.0226:175,40:4,1
chr11	32451997	.	G	A	198	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=218;END=32451997;VD=64;AF=0.2936;BIAS=2:2;REFBIAS=128:15;VARBIAS=41:23;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=3e-05;ODDRATIO=4.74393;MQ=48;SN=8.143;HIAF=0.3081;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=57;HICOV=185;LSEQ=ACAGAGAGAGAGAGAGAGAG;RSEQ=GAGGGAGAGAGAGAGAGAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:218:64:143,64:0.2936:128,15:41,23
chr11	32452001	.	GGAGA	G	219	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=223;END=32452005;VD=68;AF=0.3049;BIAS=2:2;REFBIAS=98:34;VARBIAS=57:11;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.15341;ODDRATIO=1.79278940102906;MQ=60;SN=136;HIAF=0.3163;ADJAF=0.009;SHIFT3=32;MSI=18;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=68;HICOV=215;LSEQ=AGAGAGAGAGAGAGAGGGAG;RSEQ=GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:223:68:132,68:0.3049:98,34:57,11
chr11	32452240	.	GC	G	284	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=433;END=32452241;VD=208;AF=0.4804;BIAS=2:2;REFBIAS=87:138;VARBIAS=96:112;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.12034;ODDRATIO=1.35862181403185;MQ=60;SN=416;HIAF=0.4815;ADJAF=0.0647;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=208;HICOV=432;LSEQ=CAGAACTCGGGCCCAAGGAT;RSEQ=CCGTGGCCCGCGAGCCCTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:433:208:225,208:0.4804:87,138:96,112
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chr11	32455853	.	G	T	133	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=27;END=32455853;VD=14;AF=0.5185;BIAS=1:1;REFBIAS=13:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=13;HICOV=26;LSEQ=AGTCCAGACGTCTGAAAAGC;RSEQ=CTACGCTTGGTGACAATTTG;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:27:14:13,14:0.5185:13,0:14,0
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chr11	62392229	.	C	A	281	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=277;END=62392229;VD=276;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=182:94;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.091;HIAF=0.9962;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=265;HICOV=266;LSEQ=AAAAGAAAAAAAAAGGAAAG;RSEQ=AAATGTAAGGTCTCTAGGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:277:276:0,276:0.9964:0,0:182,94
chr11	62392246	.	G	T	61	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=324;END=62392246;VD=5;AF=0.0154;BIAS=2:2;REFBIAS=208:111;VARBIAS=4:1;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.66262;ODDRATIO=2.13028844105492;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0094;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=3;HICOV=318;LSEQ=AAGCAAATGTAAGGTCTCTA;RSEQ=GCTTCTAGGGTCTGTGGCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:324:5:319,5:0.0154:208,111:4,1
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chr11	62397177	.	C	G	322	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=464;END=62397177;VD=461;AF=0.9935;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=307:154;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=229.5;HIAF=0.9957;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=459;HICOV=461;LSEQ=CTGGGTGAGGAGAGAAGAGA;RSEQ=GGGTAGTGAGGAGCAAAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:464:461:0,461:0.9935:0,0:307,154
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chr11	62398851	.	A	C	38	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=119;END=62398851;VD=3;AF=0.0252;BIAS=1:0;REFBIAS=1:114;VARBIAS=0:3;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0208;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=96;LSEQ=GCAGTACAGCCCCCACCCCT;RSEQ=CCCCACCAGTTTGGGGTGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:119:3:115,3:0.0252:1,114:0,3
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chr11	62401498	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=37;END=62401498;VD=2;AF=0.0541;BIAS=1:0;REFBIAS=34:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0588;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=34;LSEQ=GCCCAGAACCTCAGGTGCCC;RSEQ=TCAGCTGAGAGTCAGGAACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:37:2:35,2:0.0541:34,1:2,0
chr11	62401716	.	A	G	279	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=206;END=62401716;VD=205;AF=0.9951;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=143:62;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=67.333;HIAF=0.9951;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=202;HICOV=203;LSEQ=GGTCTGGGGCACCTCCCCCC;RSEQ=AAGGCTAGAGTGAGGAATGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:206:205:0,205:0.9951:0,0:143,62
chr11	62402661	.	CT	C	103	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=99;END=62402662;VD=7;AF=0.0707;BIAS=1:0;REFBIAS=1:91;VARBIAS=0:7;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0753;ADJAF=0.0101;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=7;HICOV=93;LSEQ=AGCATATTTATTACTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTGAGACGGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:99:7:92,7:0.0707:1,91:0,7
chr11	62402790	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=16;END=62402790;VD=2;AF=0.125;BIAS=1:2;REFBIAS=0:14;VARBIAS=1:1;PMEAN=50.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.125;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1250;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=16;LSEQ=CCTCAGCCTCCAAATAGCTG;RSEQ=GATTACAGGCATGCACCACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:16:2:14,2:0.125:0,14:1,1
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chr11	71145687	.	T	C	300	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=306;END=71145687;VD=305;AF=0.9967;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=229:76;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=300;HICOV=300;LSEQ=AGCCAGAGTCTGCACAGTCA;RSEQ=AGGGCAAGCAGAAAATTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:306:305:0,305:0.9967:0,0:229,76
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chr11	73670793	.	TTATTA	T	253	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=247;END=73670798;VD=126;AF=0.5101;BIAS=2:2;REFBIAS=13:108;VARBIAS=23:103;PMEAN=29.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.10661;ODDRATIO=1.85051536853014;MQ=60;SN=125;HIAF=0.5102;ADJAF=0.1255;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=125;HICOV=245;LSEQ=GTTTTGTTTTTATTTTTACT;RSEQ=TTTTATTTTATTTACTTATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:247:126:121,126:0.5101:13,108:23,103
chr11	73675851	.	TGTGTGT	AGCGCGCGCGCGC	114	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=103;END=73675857;VD=10;AF=0.0971;BIAS=2:0;REFBIAS=67:22;VARBIAS=10:0;PMEAN=16.7;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.11116;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.1087;ADJAF=0.0874;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=0.2;HICNT=10;HICOV=92;LSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;RSEQ=GCGCGCGCGCGCATGTCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:103:10:89,10:0.0971:67,22:10,0
chr11	73675857	.	T	C	151	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=96;END=73675857;VD=21;AF=0.2188;BIAS=2:1;REFBIAS=47:24;VARBIAS=21:0;PMEAN=54.5;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.00119;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9.5;HIAF=0.2500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=16;MSILEN=2;NM=5.0;HICNT=19;HICOV=76;LSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;RSEQ=GCGCGCGCGCGCATGTCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:96:21:71,21:0.2188:47,24:21,0
chr11	73675860	.	G	GCGCGCGCGCGCGCC	161	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=114;END=73675860;VD=23;AF=0.2018;BIAS=2:2;REFBIAS=53:17;VARBIAS=8:14;PMEAN=20.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.00144;ODDRATIO=5.33769;MQ=60.5;SN=46;HIAF=0.2150;ADJAF=0.1316;SHIFT3=9;MSI=5;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=23;HICOV=107;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGC;RSEQ=CGCGCGCGCATGTCTGGGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:114:23:70,23:0.2018:53,17:8,14
chr11	73677352	.	C	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=195;END=73677352;VD=2;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=46:147;VARBIAS=1:1;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.4249;ODDRATIO=3.17218627077782;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=193;LSEQ=GAGCTCAGGCGGTGGGAAGA;RSEQ=TGAGGAGGAAAGGAAGGGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:195:2:193,2:0.0103:46,147:1,1
chr11	73679382	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=151;END=73679382;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=101:48;VARBIAS=1:1;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.54517;ODDRATIO=2.09292;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=TTGTCACCTTTTGGCGTCCC;RSEQ=TGCCCAGGGCCCCAACATCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:151:2:149,2:0.0132:101,48:1,1
chr11	73679532	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=159;END=73679532;VD=2;AF=0.0126;BIAS=2:2;REFBIAS=69:88;VARBIAS=1:1;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.27338248589729;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=158;LSEQ=GCAAAGTGCAGGAGCAGCGG;RSEQ=GAGGAGATCAGAGTGAGCCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:159:2:157,2:0.0126:69,88:1,1
chr11	73680063	.	G	A	173	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=63;END=73680063;VD=34;AF=0.5397;BIAS=1:1;REFBIAS=29:0;VARBIAS=33:1;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=0.5410;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=33;HICOV=61;LSEQ=CCCACAAACGCTTTTATTCT;RSEQ=TCTCCATCATTACATTTATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:63:34:29,34:0.5397:29,0:33,1
chr11	73680469	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=164;END=73680469;VD=2;AF=0.0122;BIAS=2:0;REFBIAS=22:140;VARBIAS=0:2;PMEAN=55;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0124;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=161;LSEQ=GTAGAGTTGTACAGGCTGCC;RSEQ=CCAGCAGAAGGGTTCCCTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:164:2:162,2:0.0122:22,140:0,2
chr11	73680790	.	TAAAC	T	146	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=49;END=73680794;VD=16;AF=0.3265;BIAS=2:2;REFBIAS=30:2;VARBIAS=14:2;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.59215;ODDRATIO=2.10626;MQ=60;SN=32;HIAF=0.3333;ADJAF=0.0816;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=16;HICOV=48;LSEQ=ACTTCCCGTTTCCCATGTCT;RSEQ=AAAGTTTCTGGAATCCTCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:49:16:32,16:0.3265:30,2:14,2
chr11	101918327	.	A	G	293	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=265;END=101918327;VD=265;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=181:84;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=65.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=261;HICOV=261;LSEQ=CAGTGGTGAGGAACCGAGGC;RSEQ=CAGGGAGAGAAGAGGCCCTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:265:265:0,265:1:0,0:181,84
chr11	101918686	.	A	C	277	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=207;END=101918686;VD=207;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=55:152;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=204;HICOV=204;LSEQ=GATTTTTAAACTTCCCCCCA;RSEQ=GTTGGCATAGATTCTTGTGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:207:207:0,207:1:0,0:55,152
chr11	101929668	.	G	T	44	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=190;END=101929668;VD=3;AF=0.0158;BIAS=2:0;REFBIAS=99:88;VARBIAS=0:3;PMEAN=13;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.10797;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=181;LSEQ=AGTTACTTTCAGATTCTTCT;RSEQ=GACAATGGATCATATTAGGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:190:3:187,3:0.0158:99,88:0,3
chr11	101929900	.	T	C	197	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=50;END=101929900;VD=50;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:50;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=47;HICOV=47;LSEQ=ACATAAGAGCAATTTTTCTC;RSEQ=CTTTTTATTCATATAAAAGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:50:50:0,50:1:0,0:0,50
chr11	101930012	.	ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	A	95	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=6;END=101930034;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:6;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0.8333;SHIFT3=19;MSI=20;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=AATGAACTTGATATGTTAAA;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:6:6:0,6:1:0,0:0,6
chr11	101937489	.	C	A	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=184;END=101937489;VD=3;AF=0.0163;BIAS=2:0;REFBIAS=10:171;VARBIAS=0:3;PMEAN=25.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0168;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=179;LSEQ=AATACCTTGTCATAAAATAC;RSEQ=ACCTATTTATAAGTAATGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:184:3:181,3:0.0163:10,171:0,3
chr11	101952382	.	A	G	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=2;END=101952382;VD=2;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:1;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=CACGCCTGTAATCCCATTTT;RSEQ=GGGGGCCGAGGCAGGCAGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:2:2:0,2:1:0,0:1,1
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chr11	113233059	.	G	A	242	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=242;END=113233059;VD=113;AF=0.4669;BIAS=2:2;REFBIAS=98:31;VARBIAS=86:27;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0075262208699;MQ=60;SN=27.25;HIAF=0.4719;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=109;HICOV=231;LSEQ=CCTCACCAAACTCCCCGTTA;RSEQ=CTTTTAAAGGTTGTCAGCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:242:113:129,113:0.4669:98,31:86,27
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chr11	115513471	.	C	CT	282	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=249;END=115513471;VD=244;AF=0.9799;BIAS=2:2;REFBIAS=3:1;VARBIAS=56:188;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.0429;ODDRATIO=9.95093;MQ=60;SN=80.333;HIAF=0.9837;ADJAF=0.1847;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=241;HICOV=245;LSEQ=AAGGGCTGGGGAAGCGAGGG;RSEQ=TGGGAGGATGGCAGAAACTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:249:244:4,244:0.9799:3,1:56,188
chr11	115513538	.	T	A	262	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=177;END=115513538;VD=177;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:176;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=171;HICOV=171;LSEQ=AGCAGGTGTCATGGTGATAA;RSEQ=CAGCCTGTCTCCTGCTCTGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:177:177:0,177:1:0,0:1,176
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chr11	119077218	.	G	T	68	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=351;END=119077218;VD=4;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=143:204;VARBIAS=2:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.42506982842159;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=347;LSEQ=GCCTGATTGGGCTCATGAAG;RSEQ=ACGCCTTCCAGCCGCACCAC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:351:4:347,4:0.0114:143,204:2,2
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chr11	119144809	.	A	T	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=259;END=119144809;VD=3;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=64:187;VARBIAS=1:2;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.4585764294049;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=3;HICOV=240;LSEQ=AGCTTTTTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=AATAACATTTGGGGTTTTTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:259:3:251,3:0.0116:64,187:1,2
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chr11	119149126	.	CT	C	85	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=387;END=119149127;VD=5;AF=0.0129;BIAS=2:2;REFBIAS=157:225;VARBIAS=2:3;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04655;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0133;ADJAF=0.0026;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=5;HICOV=377;LSEQ=GGGTTAGGTTTAAACTTTTA;RSEQ=TTTTTTTGATCTCTAGGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:387:5:382,5:0.0129:157,225:2,3
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chr11	119176468	.	G	GT	119	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=639;END=119176468;VD=9;AF=0.0141;BIAS=2:2;REFBIAS=323:273;VARBIAS=2:7;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=37.6;QSTD=1;SBF=0.08869;ODDRATIO=4.13235;MQ=63.2;SN=18;HIAF=0.0154;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=9;HICOV=585;LSEQ=TATAAAAGCTTTCCTTTTCT;RSEQ=TTTTTTTTTAAAACTATGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:639:9:596,9:0.0141:323,273:2,7
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chr11	119178050	.	C	G	308	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=748;END=119178050;VD=352;AF=0.4706;BIAS=2:2;REFBIAS=177:217;VARBIAS=183:169;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.05667;ODDRATIO=1.32701673368101;MQ=60;SN=175;HIAF=0.4730;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=350;HICOV=740;LSEQ=CATTAATTACCTAGTTGTGT;RSEQ=GAGGAGTATAGGATGGACTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:748:352:394,352:0.4706:177,217:183,169
chr11	119179007	.	T	C	260	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=288;END=119179007;VD=138;AF=0.4792;BIAS=2:2;REFBIAS=44:106;VARBIAS=40:98;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01692;MQ=60;SN=137;HIAF=0.4807;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=137;HICOV=285;LSEQ=GAAAGCATAGGAAGGGGACA;RSEQ=AGCTCCTGCTAACAGCCTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:288:138:150,138:0.4792:44,106:40,98
chr11	125773957	.	G	C	138	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=17;END=125773957;VD=16;AF=0.9412;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=30.9;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.9375;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=15;HICOV=16;LSEQ=TCAGATTTTGTCTCCACTTT;RSEQ=CTAACCAATTCGCTAACCTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:17:16:0,16:0.9412:0,0:16,0
chr11	125774051	.	C	T	193	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=72;END=125774051;VD=42;AF=0.5833;BIAS=1:1;REFBIAS=29:1;VARBIAS=42:0;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.41667;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=42;HICOV=70;LSEQ=GTAAAGCGCGGCGGGGAGTC;RSEQ=GGGGGGCTCCCGCCTGGAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:72:42:30,42:0.5833:29,1:42,0
chr11	125774086	.	G	T	179	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=75;END=125774086;VD=34;AF=0.4533;BIAS=1:1;REFBIAS=41:0;VARBIAS=33:1;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.45333;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=0.4459;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=33;HICOV=74;LSEQ=TGGAGGGCTGTGTGAGCGGC;RSEQ=GGCCGCGGGGCGGCGCGGGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:75:34:41,34:0.4533:41,0:33,1
chr11	125774154	.	G	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=104;END=125774154;VD=2;AF=0.0192;BIAS=1:2;REFBIAS=99:3;VARBIAS=1:1;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.0758;ODDRATIO=28.74616;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0196;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=102;LSEQ=CCCTCTGCCCTCCGGTCCGC;RSEQ=CCCTTTCGCCCCGCTCTCTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:104:2:102,2:0.0192:99,3:1,1
chr11	125774160	.	TCGCCCCGCTCTCTGCCCTC	T	216	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=121;END=125774179;VD=61;AF=0.5041;BIAS=1:2;REFBIAS=58:2;VARBIAS=52:9;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.05367;ODDRATIO=4.96053;MQ=59.2;SN=122;HIAF=0.5083;ADJAF=0.2149;SHIFT3=36;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=61;HICOV=120;LSEQ=GCCCTCCGGTCCGCGCCCTT;RSEQ=CGCCCCGCTCTCTGCCCTCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:121:61:60,61:0.5041:58,2:52,9
chr11	125774212	.	GC	G	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=162;END=125774213;VD=2;AF=0.0123;BIAS=2:0;REFBIAS=135:25;VARBIAS=2:0;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=TGCCCTCCGCCCCGCTCTCT;RSEQ=CCCCCGCCCCGCTCTCTGCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:162:2:160,2:0.0123:135,25:2,0
chr11	125774996	.	C	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=125;END=125774996;VD=2;AF=0.016;BIAS=2:0;REFBIAS=116:7;VARBIAS=2:0;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0164;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=122;LSEQ=ACCTAATATTGCAAAGGAAG;RSEQ=AATACCCGGGTGTCCTTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:125:2:123,2:0.016:116,7:2,0
chr11	125775800	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=164;END=125775800;VD=2;AF=0.0122;BIAS=2:0;REFBIAS=138:24;VARBIAS=2:0;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=163;LSEQ=AGCGTAAGAAACTGAATCCT;RSEQ=ATAAAGAACGAATCCTCAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:164:2:162,2:0.0122:138,24:2,0
chr11	125776216	.	A	ATT	267	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=242;END=125776216;VD=190;AF=0.7851;BIAS=2:2;REFBIAS=9:31;VARBIAS=27:163;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.22959;ODDRATIO=1.7478;MQ=60.2;SN=94;HIAF=0.7801;ADJAF=0.1281;SHIFT3=9;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=188;HICOV=241;LSEQ=TTTGTTTTCTGATATTCAAT;RSEQ=TTTTTTTTTGTTATTTGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:242:190:40,190:0.7851:9,31:27,163
chr11	125776259	.	G	C	262	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=149;END=125776259;VD=149;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:149;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=298;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=149;HICOV=149;LSEQ=GAGTCTCACTCTGTCCCCCA;RSEQ=GCTGGAGTGCAGTGATACGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:149:149:0,149:1:0,0:0,149
chr11	125776367	.	C	T	180	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=82;END=125776367;VD=44;AF=0.5366;BIAS=1:1;REFBIAS=0:38;VARBIAS=0:44;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.8;HIAF=0.5132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=39;HICOV=76;LSEQ=ACTACAGGCATGCACCACCA;RSEQ=GCCCAGTTAATTTTTAATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:82:44:38,44:0.5366:0,38:0,44
chr11	125778074	.	AT	A	307	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=360;END=125778075;VD=326;AF=0.9056;BIAS=2:2;REFBIAS=20:4;VARBIAS=246:80;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.46636;ODDRATIO=1.62406;MQ=60;SN=652;HIAF=0.9132;ADJAF=0.1;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=326;HICOV=357;LSEQ=CTATAATCTGTAAGTGTTTG;RSEQ=TTTTTTTTTTGACAGAAAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:360:326:24,326:0.9056:20,4:246,80
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chr11	125788255	.	C	A	216	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=66;END=125788255;VD=65;AF=0.9848;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=65:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=64;HICOV=64;LSEQ=TCATTTTGTCATCATAGCAC;RSEQ=TGTGAGGCAGATGTAGCACA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:66:65:0,65:0.9848:0,0:65,0
chr11	125788678	.	T	C	304	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=359;END=125788678;VD=359;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=124:235;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34.9;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=349;HICOV=349;LSEQ=CTCATAACAACTAATGTTTG;RSEQ=GCCCGAGGTGTGTGTTAAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:359:359:0,359:1:0,0:124,235
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chr11	125790722	.	T	C	118	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=10;END=125790722;VD=10;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=GGCAAGCGGGTGTGAGACTA;RSEQ=GGGGCCTGCTGGGGACTTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:10:10:0,10:1:0,0:10,0
chr11	125790814	.	TACAC	T	140	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=29;END=125790818;VD=14;AF=0.4828;BIAS=0:1;REFBIAS=3:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=30.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4516;ADJAF=0.1034;SHIFT3=30;MSI=17;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=14;HICOV=31;LSEQ=CTCTCCACCACACACACACA;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:29:14:3,14:0.4828:3,0:14,0
chr11	125791516	.	C	T	194	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=46;END=125791516;VD=45;AF=0.9783;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:45;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.9778;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=44;HICOV=45;LSEQ=TGAGCTCAGGCCGGGTGTGG;RSEQ=AGCTCACACCTGTAATCCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:46:45:0,45:0.9783:0,0:0,45
chr11	125792416	.	T	C	137	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=14;END=125792416;VD=14;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=21.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=14;HICOV=14;LSEQ=CACTGTCGCTATGGTGAGCT;RSEQ=CTAAGGCCCTGGTCTCAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:14:14:0,14:1:0,0:14,0
chr11	125792974	.	TA	T	95	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=495;END=125792975;VD=6;AF=0.0121;BIAS=2:2;REFBIAS=190:296;VARBIAS=3:3;PMEAN=54.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.68349;ODDRATIO=1.55639600940063;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=6;HICOV=488;LSEQ=AAGCTTGTGATCCTTTTGAA;RSEQ=AAAAAAAGGCAAGATTATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:495:6:486,6:0.0121:190,296:3,3
chr11	125793056	.	T	G	266	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=292;END=125793056;VD=159;AF=0.5445;BIAS=2:2;REFBIAS=32:101;VARBIAS=35:124;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.67817;ODDRATIO=1.12204;MQ=60;SN=158;HIAF=0.5448;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=158;HICOV=290;LSEQ=TATGGGGGTGTTTTTGGATT;RSEQ=GGTTGATACAATCTGAGCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:292:159:133,159:0.5445:32,101:35,124
chr11	130745719	.	C	T	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=3;END=130745719;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=16;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=TGCATGTTGTGCACATGTTC;RSEQ=CTAGAACTTAATGTATAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0
chr11	130746130	.	T	TCCAG	307	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=373;END=130746130;VD=369;AF=0.9893;BIAS=2:2;REFBIAS=2:2;VARBIAS=195:174;PMEAN=44.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.12034775594344;MQ=60;SN=91.25;HIAF=0.9865;ADJAF=0.0938;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=365;HICOV=370;LSEQ=TGTCAGCTGGGAGTATCTTT;RSEQ=CTACCTGTGGCTCTCTACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:373:369:4,369:0.9893:2,2:195,174
chr11	130746146	.	T	C	307	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=353;END=130746146;VD=352;AF=0.9972;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=171:181;PMEAN=44.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=175;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=350;HICOV=350;LSEQ=CTTTTCTACCTGTGGCTCTC;RSEQ=ACCAATTGTTACTCTCTTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:353:352:0,352:0.9972:0,0:171,181
chr11	130746496	.	AAGGT	A	127	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=15;END=130746500;VD=11;AF=0.7333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:11;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.7333;ADJAF=0.0667;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.3;HICNT=11;HICOV=15;LSEQ=GGCTAAGTACACATGAGGGG;RSEQ=AGGTATGGGGAGAGAAAAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:15:11:4,11:0.7333:0,4:0,11
chr11	134632636	.	G	C	154	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=19;END=134632636;VD=19;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=18:1;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=19;HICOV=19;LSEQ=CTGGTGCGTGGGGACTGGGG;RSEQ=GCGGGTGAGCGCTGTCCTTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:19:19:0,19:1:0,0:18,1
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chr12	18849256	.	CTATATATA	C	208	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=85;END=18849264;VD=54;AF=0.6353;BIAS=2:2;REFBIAS=8:6;VARBIAS=6:48;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.00068;ODDRATIO=10.12013;MQ=60;SN=108;HIAF=0.6506;ADJAF=0.1412;SHIFT3=21;MSI=14;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=54;HICOV=83;LSEQ=CAAATAAATTTAAAAAGCCA;RSEQ=TATATATATATATATATATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:85:54:14,54:0.6353:8,6:6,48
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chr12	18857893	.	GTA	G	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=81;END=18857895;VD=2;AF=0.0247;BIAS=1:0;REFBIAS=79:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0247;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=81;LSEQ=AATCAAAATGTGGGTTGTAT;RSEQ=TATATATATAAATTTTAATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:81:2:79,2:0.0247:79,0:2,0
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chr12	25358969	.	T	G	305	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=447;END=25358969;VD=443;AF=0.9911;BIAS=2:2;REFBIAS=1:3;VARBIAS=223:220;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.37219;ODDRATIO=3.03416469445962;MQ=60;SN=22.316;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=424;HICOV=424;LSEQ=CTTTTTGACAAATGGAAATC;RSEQ=TCAGATAGTTTTTGCTGTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:447:443:4,443:0.9911:1,3:223,220
chr12	25358989	.	TA	T	117	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=446;END=25358990;VD=9;AF=0.0202;BIAS=2:2;REFBIAS=232:205;VARBIAS=6:3;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.51239;ODDRATIO=1.7650692789692;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0203;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=9;HICOV=443;LSEQ=TTCAGATAGTTTTTGCTGTC;RSEQ=AAAAAAAATCCCCTAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:446:9:437,9:0.0202:232,205:6,3
chr12	25359045	.	GA	G	129	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=481;END=25359046;VD=12;AF=0.0249;BIAS=2:2;REFBIAS=289:177;VARBIAS=9:3;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.54817;ODDRATIO=1.83523279928059;MQ=60;SN=24;HIAF=0.0255;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=12;HICOV=471;LSEQ=TGAAGAAAAAATGTTTAGAA;RSEQ=AAAAAAAAATCAATGGAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:481:12:466,12:0.0249:289,177:9,3
chr12	25359328	.	A	T	328	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=511;END=25359328;VD=508;AF=0.9941;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=250:258;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.49312;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1016;HIAF=0.9961;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=508;HICOV=510;LSEQ=TATGTAATTTAGCTTTTTTT;RSEQ=AAAAAACTTCAACAAGGATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:511:508:1,508:0.9941:1,0:250,258
chr12	25359352	.	G	A	327	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=513;END=25359352;VD=511;AF=0.9961;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=264:247;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=169.333;HIAF=0.9980;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=508;HICOV=509;LSEQ=AAACTTCAACAAGGATTTTT;RSEQ=TCTTTAAGGCTGTAATAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:513:511:0,511:0.9961:0,0:264,247
chr12	25359464	.	TA	T	335	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=572;END=25359465;VD=561;AF=0.9808;BIAS=0:2;REFBIAS=7:0;VARBIAS=312:249;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.02008;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=139.25;HIAF=0.9806;ADJAF=0.0944;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=557;HICOV=568;LSEQ=AAAGTTCACATAAAGGTAAT;RSEQ=ACCACTACCTTAAAAAAATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:572:561:7,561:0.9808:7,0:312,249
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chr12	25368462	.	C	T	317	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=427;END=25368462;VD=426;AF=0.9977;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=161:265;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=212;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=424;HICOV=424;LSEQ=AATCTGTATTGTCGGATCTC;RSEQ=CTCACCAATGTATAAAAAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:427:426:0,426:0.9977:0,0:161,265
chr12	25378220	.	TTATATATATATATATATATATATATA	T	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=25;END=25378246;VD=3;AF=0.12;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.1200;ADJAF=0;SHIFT3=23;MSI=24;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=25;LSEQ=AAAATTTGTTGCCCTGTTCT;RSEQ=TATATATATATATATATATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:25:3:0,3:0.12:0,0:3,0
chr12	25378224	.	ATATATATATATATATATATATATATA	T	156	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=25;END=25378250;VD=20;AF=0.8;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=20:0;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=0.8000;ADJAF=0.36;SHIFT3=23;MSI=24;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=20;HICOV=25;LSEQ=TTTGTTGCCCTGTTCTTTAT;RSEQ=TATATATATATATATATATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:25:20:0,20:0.8:0,0:20,0
chr12	25378250	.	A	T	55	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=5;END=25378250;VD=4;AF=0.8;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=24;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=4;LSEQ=ATATATATATATATATATAT;RSEQ=TATATATATATATATATATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:5:4:1,4:0.8:1,0:4,0
chr12	25378297	.	C	A	31	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=45;END=25378297;VD=2;AF=0.0444;BIAS=1:0;REFBIAS=43:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=45;LSEQ=TGGGAAAAAAAAATCCCCAC;RSEQ=TCTTGAATTCTAAATGTTAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:45:2:43,2:0.0444:43,0:2,0
chr12	25379793	.	C	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=2;END=25379793;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=12.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=CTATGCTATACACACGATTG;RSEQ=TTTTAAGACTGTTAAAGTGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0
chr12	25403496	.	GCGCCGCCGCGTCCGCGCGCCTCCCCCCTGCAGACCCCTCTCACCCAGCCCGCCCCGACCCCGCGCCCGCGCCCCCCACCCGCCCCTCCGGGGACCCCTAATTCATTCACTCGCCGCCGGCCCCGCCCGGCGCCGGCAAAGAGGGTCGGGACCCGGGCAGGGGCCCAGGAGGGGTGGTCCGCTCCGTACCTCTCTCCCGCACCTGGGAGCCGCTGAGCCTCTGGCCCCGCCGCCGCCTTCAGTGCCTGCGCCGCGCTCGCTCCCAGTCCGAAATGGCGGGGGCCGGGAGTACTGGCCGAGCCGCCGCCACCTTCGCCGCCGCCACTGCCGCCGCCGCTGCTGCCTC	G	77	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=151;END=25403841;VD=5;AF=0.0331;BIAS=2:2;REFBIAS=139:10;VARBIAS=3:2;PMEAN=48.2;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=0.04898;ODDRATIO=8.97791;MQ=48.6;SN=10;HIAF=0.0327;ADJAF=0.0331;SHIFT3=10;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=5;HICOV=153;LSEQ=CCGCCCATTCCTCACTCCCC;RSEQ=CGCCGCCGCGGCCGCCGCCT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=3;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:151:5:149,5:0.0331:139,10:3,2
chr12	44902521	.	G	T	38	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=154;END=44902521;VD=3;AF=0.0195;BIAS=1:0;REFBIAS=148:3;VARBIAS=3:0;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=CACAGTAGAGGCAGACTTGA;RSEQ=GTCTAATTTTGCCCCAGTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:154:3:151,3:0.0195:148,3:3,0
chr12	44902573	.	A	G	236	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=203;END=44902573;VD=94;AF=0.4631;BIAS=1:1;REFBIAS=106:2;VARBIAS=92:2;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.15136;MQ=60;SN=93;HIAF=0.4650;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=93;HICOV=200;LSEQ=TGATTTTGTCAAGCTCCACA;RSEQ=ATTTCATAATTGAAAGTTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:203:94:108,94:0.4631:106,2:92,2
chr12	44916014	.	GCA	G	74	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=297;END=44916016;VD=4;AF=0.0135;BIAS=2:2;REFBIAS=51:241;VARBIAS=2:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.14837;ODDRATIO=4.6899915580152;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.8;HICNT=4;HICOV=292;LSEQ=CCTCCATTTCTCAGTAACAC;RSEQ=CACACACACACGCACACACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:297:4:292,4:0.0135:51,241:2,2
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chr12	45174113	.	T	C	137	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=33;END=45174113;VD=14;AF=0.4242;BIAS=1:1;REFBIAS=0:19;VARBIAS=0:14;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4242;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=14;HICOV=33;LSEQ=GACCTAAAAAATCCTCAAGA;RSEQ=GAGCCTGCTTTCTCTAGCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:33:14:19,14:0.4242:0,19:0,14
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chr12	45269284	.	C	T	316	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=430;END=45269284;VD=430;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=226:204;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=85;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=425;HICOV=425;LSEQ=GCCTCCTCCTCCGCCGAGAG;RSEQ=CTTACCTGAGATCAGCAGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:430:430:0,430:1:0,0:226,204
chr12	45269439	.	GA	G	177	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=355;END=45269440;VD=28;AF=0.0789;BIAS=2:2;REFBIAS=153:170;VARBIAS=17:11;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.23665;ODDRATIO=1.71453064723532;MQ=60;SN=56;HIAF=0.0805;ADJAF=0.0056;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=28;HICOV=348;LSEQ=CGGTCTCCAAGGCAAGCACA;RSEQ=AAAAAAAAAAATCCATATCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:355:28:323,28:0.0789:153,170:17,11
chr12	45269703	.	A	T	237	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=288;END=45269703;VD=125;AF=0.434;BIAS=2:2;REFBIAS=44:112;VARBIAS=31:94;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.58782;ODDRATIO=1.1905;MQ=60;SN=12.889;HIAF=0.4514;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=116;HICOV=257;LSEQ=TCTTTAAAAATAAAAATAAA;RSEQ=ATCGAAGAGGTTCTTGGAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:288:125:156,125:0.434:44,112:31,94
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chr12	49314862	.	C	A	289	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=554;END=49314862;VD=278;AF=0.5018;BIAS=2:2;REFBIAS=145:129;VARBIAS=155:123;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.54982;ODDRATIO=1.12087517934003;MQ=60;SN=26.8;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=268;HICOV=536;LSEQ=GAGCTTACTGAGGAGCTCAC;RSEQ=AAGGTAAAGCCCGGGGGATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:554:278:274,278:0.5018:145,129:155,123
chr12	49314994	.	A	G	293	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=555;END=49314994;VD=280;AF=0.5045;BIAS=2:2;REFBIAS=150:124;VARBIAS=142:138;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.35045;ODDRATIO=1.17525;MQ=60;SN=45.667;HIAF=0.5018;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=274;HICOV=546;LSEQ=GGAGAATTTCTGGAAAAGGT;RSEQ=CAACAAAGTGAAACTGGAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:555:280:274,280:0.5045:150,124:142,138
chr12	49484450	.	C	CTATGTATG	139	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=63;END=49484450;VD=14;AF=0.2222;BIAS=1:1;REFBIAS=1:35;VARBIAS=1:13;PMEAN=47.8;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.48571;ODDRATIO=2.63116350049992;MQ=61.6;SN=28;HIAF=0.2857;ADJAF=0.0159;SHIFT3=47;MSI=13;MSILEN=4;NM=0.3;HICNT=14;HICOV=49;LSEQ=TTTCCTTTTTCTTCTCTTTT;RSEQ=TATGTATGTATGTATGTATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:63:14:36,14:0.2222:1,35:1,13
chr12	49484494	.	G	T	141	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=38;END=49484494;VD=20;AF=0.5263;BIAS=2:2;REFBIAS=4:13;VARBIAS=3:17;PMEAN=29.8;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=0.68;ODDRATIO=1.71725;MQ=60;SN=19;HIAF=0.5278;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=8;MSILEN=4;NM=1.9;HICNT=19;HICOV=36;LSEQ=GTATGTATGTATGTATGTAT;RSEQ=TATTTTGAGATAGAATCTCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:38:20:17,20:0.5263:4,13:3,17
chr12	49485373	.	C	G	215	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=114;END=49485373;VD=57;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:56;VARBIAS=0:57;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=114;HIAF=0.5089;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=57;HICOV=112;LSEQ=CGTCGTTGGAGAACTGTGGG;RSEQ=TCACCTCTGAGGTTGAGAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:114:57:56,57:0.5:0,56:0,57
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chr12	63987546	.	T	G	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=5;END=63987546;VD=2;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=5;LSEQ=TAACCTGCACATTGTGCACA;RSEQ=GTACCCTAAAACTTAAAGTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:5:2:3,2:0.4:3,0:2,0
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chr12	70352198	.	CT	C	216	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=125;END=70352199;VD=63;AF=0.504;BIAS=1:1;REFBIAS=61:0;VARBIAS=63:0;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=126;HIAF=0.5081;ADJAF=0.096;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=63;HICOV=124;LSEQ=TAATTTTTACATTAATCTTC;RSEQ=TTTTTTTTTTCTCCTTTTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:125:63:61,63:0.504:61,0:63,0
chr12	70352410	.	A	ACAT	272	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=424;END=70352410;VD=194;AF=0.4575;BIAS=2:2;REFBIAS=125:101;VARBIAS=98:96;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.32905;ODDRATIO=1.2118;MQ=60;SN=96;HIAF=0.4672;ADJAF=0.0472;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=192;HICOV=411;LSEQ=TCTTTTTTCTTCTTTGTAAA;RSEQ=CATTTACGTTTATTGCTGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:424:194:226,194:0.4575:125,101:98,96
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chr12	130855668	.	GAATCACCCT	G	274	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=359;END=130855677;VD=181;AF=0.5042;BIAS=2:2;REFBIAS=147:31;VARBIAS=149:32;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01835;MQ=60;SN=180;HIAF=0.5042;ADJAF=0.0891;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=180;HICOV=357;LSEQ=CTTTTCACTGTAAGAAACTG;RSEQ=AATTTTAGTTTTCAGCACAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:359:181:178,181:0.5042:147,31:149,32
chr12	130856177	.	GA	TT	67	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=551;END=130856178;VD=6;AF=0.0109;BIAS=2:0;REFBIAS=149:372;VARBIAS=6:0;PMEAN=57.2;PSTD=1;QUAL=26;QSTD=1;SBF=6e-04;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=0.0112;ADJAF=0.0073;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=5;HICOV=448;LSEQ=ATGCAGCCGCTTTTCTTTTT;RSEQ=AATGACTTTGGGATTTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:551:6:521,6:0.0109:149,372:6,0
chr12	130856212	.	C	CT	102	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=515;END=130856212;VD=8;AF=0.0155;BIAS=2:2;REFBIAS=116:329;VARBIAS=4:4;PMEAN=50.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.21688;ODDRATIO=2.82845424975251;MQ=63.2;SN=7;HIAF=0.0171;ADJAF=0.0058;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=7;HICOV=409;LSEQ=TTTTTTTAAGCTTTTATTTA;RSEQ=TTTTTTTTTAACTGTTATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:515:8:445,8:0.0155:116,329:4,4
chr12	130856316	.	C	T	294	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=542;END=130856316;VD=266;AF=0.4908;BIAS=2:2;REFBIAS=129:146;VARBIAS=129:137;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.73109;ODDRATIO=1.06556416294607;MQ=60;SN=265;HIAF=0.5067;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=265;HICOV=523;LSEQ=ACCGGCTTCCTTATTTTATA;RSEQ=GTAAAAATTAAGATTTTATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:542:266:275,266:0.4908:129,146:129,137
chr12	130856961	.	A	C	31	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=193;END=130856961;VD=2;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=21:169;VARBIAS=1:1;PMEAN=11.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.21657;ODDRATIO=7.88581342165444;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=TGCATACAATTCCATTCATA;RSEQ=AAGCTAAATTAGCCTGACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:193:2:190,2:0.0104:21,169:1,1
chr13	32313428	.	A	ATTG	204	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=51;END=32313428;VD=52;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=52:0;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51;HIAF=1.0000;ADJAF=0.2115;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=51;HICOV=51;LSEQ=TTTGGATTTAAACAGAGCAA;RSEQ=TTGTACATGCTTTGGAGGAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:51:52:0,52:1:0,0:52,0
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chr13	52605675	.	A	G	266	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=354;END=52605675;VD=173;AF=0.4887;BIAS=2:2;REFBIAS=81:97;VARBIAS=74:99;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.66734;ODDRATIO=1.11681;MQ=60;SN=56.667;HIAF=0.4857;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=170;HICOV=350;LSEQ=TTGTTTTTGTTTATGCTGTC;RSEQ=GCACATTTGTGTGGGTCTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:354:173:178,173:0.4887:81,97:74,99
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chr13	52605893	.	C	A	44	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=278;END=52605893;VD=3;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=76:199;VARBIAS=2:1;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.19103;ODDRATIO=5.20020800832033;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=271;LSEQ=AAGCAGTTAGCACATCTGGG;RSEQ=CTACCTTCAGCTTCTTCATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:278:3:275,3:0.0108:76,199:2,1
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chr13	111098226	.	C	T	268	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=393;END=111098226;VD=182;AF=0.4631;BIAS=2:2;REFBIAS=116:93;VARBIAS=96:86;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.61173;ODDRATIO=1.11706;MQ=60;SN=35.4;HIAF=0.4597;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=177;HICOV=385;LSEQ=CCTGATGGACCCCGGGGACC;RSEQ=AAGGTGAGCCCGTTTCTCAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:393:182:209,182:0.4631:116,93:96,86
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chr14	39819985	.	T	C	31	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=193;END=39819985;VD=2;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=78:113;VARBIAS=1:1;PMEAN=69.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.44583887571569;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=189;LSEQ=GTCTTTTGTGTTCAATTATG;RSEQ=TATGACAAATGTGCTCTCTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:193:2:191,2:0.0104:78,113:1,1
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chr14	50101370	.	G	A	280	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=509;END=50101370;VD=250;AF=0.4912;BIAS=2:2;REFBIAS=136:122;VARBIAS=144:106;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.28502;ODDRATIO=1.2181603342632;MQ=60;SN=61.5;HIAF=0.4891;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=246;HICOV=503;LSEQ=TCGACGGCCTCCAGGGCCGT;RSEQ=GCGTCCAGCATCTGGCGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:509:250:258,250:0.4912:136,122:144,106
chr14	50101682	.	C	G	288	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=534;END=50101682;VD=245;AF=0.4588;BIAS=2:2;REFBIAS=129:160;VARBIAS=130:115;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.05625;ODDRATIO=1.40116857459121;MQ=60;SN=48;HIAF=0.4554;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=240;HICOV=527;LSEQ=AACCGCACTTCCACCCCGCG;RSEQ=TCACGCTCTAGCGCGGTGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:534:245:289,245:0.4588:129,160:130,115
chr14	50102091	.	G	C	221	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=144;END=50102091;VD=67;AF=0.4653;BIAS=1:1;REFBIAS=1:76;VARBIAS=1:66;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.15037732376219;MQ=58.1;SN=134;HIAF=0.4653;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=67;HICOV=144;LSEQ=AGGCCGGGCGCGGTGGCTCA;RSEQ=GCCTGTAATCCCAGCACTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:144:67:77,67:0.4653:1,76:1,66
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chr14	60928385	.	C	A	44	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=293;END=60928385;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=30:260;VARBIAS=1:2;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.28588;ODDRATIO=4.29756328161932;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=287;LSEQ=TTTGCTTGTCGTTAGCAACT;RSEQ=AGAACTCTCATTTCATTAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:293:3:290,3:0.0102:30,260:1,2
chr14	60928464	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=176;END=60928464;VD=2;AF=0.0114;BIAS=1:0;REFBIAS=1:172;VARBIAS=0:2;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=171;LSEQ=AACAACTACACACATTAACT;RSEQ=AAACCACTACATACAAAACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:176:2:173,2:0.0114:1,172:0,2
chr14	60932438	.	G	T	205	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=56;END=60932438;VD=56;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=56:0;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=53;HICOV=53;LSEQ=ATGTACAGAGCTTGGTATTT;RSEQ=AAAATATCTTTTTCTATTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:56:56:0,56:1:0,0:56,0
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chr14	74164404	.	C	G	229	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=184;END=74164404;VD=85;AF=0.462;BIAS=2:2;REFBIAS=70:28;VARBIAS=62:23;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.86959;ODDRATIO=1.07779526201203;MQ=60;SN=41.5;HIAF=0.4611;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=83;HICOV=180;LSEQ=TGCAGTGAGCCGAGATTGCG;RSEQ=CATTGCACTCCAGCCTGGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:184:85:98,85:0.462:70,28:62,23
chr14	74164491	.	C	G	266	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=263;END=74164491;VD=259;AF=0.9848;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=195:64;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.773;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=237;HICOV=237;LSEQ=GGAAAACTTGGTCTAACACC;RSEQ=TTTTAGTTTTCTTTTCTCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:263:259:0,259:0.9848:0,0:195,64
chr14	74165101	.	A	T	337	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=625;END=74165101;VD=624;AF=0.9984;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=208:416;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=77;HIAF=0.9984;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=616;HICOV=617;LSEQ=TGCTGCAAATTTAGCTGATA;RSEQ=AACTGCCTTTGGTTTATGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:625:624:0,624:0.9984:0,0:208,416
chr14	74165223	.	G	GT	117	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=403;END=74165223;VD=8;AF=0.0199;BIAS=2:2;REFBIAS=109:261;VARBIAS=1:7;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.44647;ODDRATIO=2.9169;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0216;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=8;HICOV=371;LSEQ=ATTTAAATTTTTTCTATTCT;RSEQ=TTTTTTTTTGTTTGTTTGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:403:8:370,8:0.0199:109,261:1,7
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chr14	92076810	.	A	AT	175	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=417;END=92076810;VD=27;AF=0.0647;BIAS=2:2;REFBIAS=263:102;VARBIAS=19:8;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.82694;ODDRATIO=1.08542;MQ=61.6;SN=26;HIAF=0.0672;ADJAF=0.0096;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=26;HICOV=387;LSEQ=TCTTAAACCAATATACTTAG;RSEQ=TTTTTTTTTTTACCGGCAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:417:27:365,27:0.0647:263,102:19,8
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chr14	104441925	.	C	T	279	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=370;END=104441925;VD=209;AF=0.5649;BIAS=2:2;REFBIAS=54:106;VARBIAS=52:157;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.06454;ODDRATIO=1.53623;MQ=60;SN=103.5;HIAF=0.5718;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=207;HICOV=362;LSEQ=GCTGTTTCTTTTATAGTGAG;RSEQ=GTACTCTTGTATTGGATCAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:370:209:160,209:0.5649:54,106:52,157
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chr14	104481083	.	T	C	240	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=198;END=104481083;VD=102;AF=0.5152;BIAS=2:2;REFBIAS=64:32;VARBIAS=65:37;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.76553;ODDRATIO=1.13771;MQ=60;SN=50;HIAF=0.5155;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=100;HICOV=194;LSEQ=TGGCTGAATTATATGAAGAA;RSEQ=TGAAGACTAGAATCTCACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:198:102:96,102:0.5152:64,32:65,37
chr14	104481200	.	A	AT	235	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=198;END=104481200;VD=87;AF=0.4394;BIAS=2:2;REFBIAS=43:60;VARBIAS=35:52;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.88283;ODDRATIO=1.06439;MQ=60.6;SN=86;HIAF=0.4599;ADJAF=0.0657;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=86;HICOV=187;LSEQ=TGTGCTGAAGTTTCCTGGAT;RSEQ=TTTTTTTTCCTGATTCTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:198:87:103,87:0.4394:43,60:35,52
chr14	104481220	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=174;END=104481220;VD=2;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=53:119;VARBIAS=1:1;PMEAN=10.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.52561;ODDRATIO=2.2337383845604;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=171;LSEQ=ATTTTTTTTCCTGATTCTTT;RSEQ=TGCTTACAAGGTCTTGTGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:174:2:172,2:0.0115:53,119:1,1
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chr14	104507049	.	T	C	58	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=9;END=104507049;VD=3;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:3;PMEAN=18.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=9;LSEQ=GAAAGGAGGACACAAGGTCC;RSEQ=GCCCCTCTGCCCTTCTCCCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:9:3:6,3:0.3333:0,6:0,3
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chr15	24413466	.	C	T	287	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=273;END=24413466;VD=271;AF=0.9927;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=246:25;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.8;SN=29.111;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=262;HICOV=262;LSEQ=CCCATGGCCATCCCTGTAAA;RSEQ=GGTAATTCCTTTGCTCCGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:273:271:0,271:0.9927:0,0:246,25
chr15	24413476	.	T	C	258	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=294;END=24413476;VD=134;AF=0.4558;BIAS=2:2;REFBIAS=138:19;VARBIAS=123:11;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.33523;ODDRATIO=1.53727901614143;MQ=53.6;SN=133;HIAF=0.4586;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=133;HICOV=290;LSEQ=TCCCTGTAAACGGTAATTCC;RSEQ=TTGCTCCGGCCATGGCAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:294:134:157,134:0.4558:138,19:123,11
chr15	24413485	.	G	A	260	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=307;END=24413485;VD=139;AF=0.4528;BIAS=2:2;REFBIAS=145:22;VARBIAS=122:17;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.86434;ODDRATIO=1.08850646028584;MQ=53.6;SN=278;HIAF=0.4618;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=139;HICOV=301;LSEQ=ACGGTAATTCCTTTGCTCCG;RSEQ=CCATGGCAATTCCTTGCTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:307:139:167,139:0.4528:145,22:122,17
chr15	24413494	.	A	C	260	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=333;END=24413494;VD=152;AF=0.4565;BIAS=2:2;REFBIAS=151:30;VARBIAS=131:21;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.54267;ODDRATIO=1.23855881296523;MQ=54.2;SN=29.4;HIAF=0.4742;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=147;HICOV=310;LSEQ=CCTTTGCTCCGGCCATGGCA;RSEQ=TTCCTTGCTAAATCATGTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:333:152:181,152:0.4565:151,30:131,21
chr15	24413848	.	T	C	310	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=848;END=24413848;VD=398;AF=0.4693;BIAS=2:2;REFBIAS=261:187;VARBIAS=214:184;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.21152;ODDRATIO=1.19979;MQ=53;SN=55.857;HIAF=0.4705;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=391;HICOV=831;LSEQ=TTCCATTCTGTCCTTTGGTA;RSEQ=AGCTAGCAGCTGGCATCTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:848:398:448,398:0.4693:261,187:214,184
chr15	24414271	.	G	A	312	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=790;END=24414271;VD=401;AF=0.5076;BIAS=2:2;REFBIAS=194:195;VARBIAS=177:224;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.11682;ODDRATIO=1.25867;MQ=59.9;SN=65.833;HIAF=0.5090;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=395;HICOV=776;LSEQ=CCTTCAACCAGACCTCTATG;RSEQ=GTTGGAAAGACGTTTCTAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:790:401:389,401:0.5076:194,195:177,224
chr15	24414338	.	G	C	310	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=784;END=24414338;VD=378;AF=0.4821;BIAS=2:2;REFBIAS=222:183;VARBIAS=188:190;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.17371;ODDRATIO=1.22569;MQ=60;SN=125;HIAF=0.4851;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=375;HICOV=773;LSEQ=ACTCATGGTCCTAAAAGGAA;RSEQ=ACTTGTGGAAATCTCACCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:784:378:405,378:0.4821:222,183:188,190
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chr15	25229998	.	C	G	242	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=185;END=25229998;VD=107;AF=0.5784;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=53:54;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=52.5;HIAF=0.5833;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=105;HICOV=180;LSEQ=GTGTGTGTGTGTATGCGCGC;RSEQ=CGCGTTTGTTTCCTTCATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:185:107:0,107:0.5784:0,0:53,54
chr15	25230835	.	CT	C	162	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=432;END=25230836;VD=21;AF=0.0486;BIAS=2:2;REFBIAS=244:163;VARBIAS=11:10;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.50216;ODDRATIO=1.35982;MQ=60;SN=42;HIAF=0.0502;ADJAF=0.0023;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=21;HICOV=418;LSEQ=TACTTAGGAGCTCCTATGCT;RSEQ=TTTTTTTTTTAACCCTGTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:432:21:407,21:0.0486:244,163:11,10
chr15	25233591	.	A	G	31	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=194;END=25233591;VD=2;AF=0.0103;BIAS=1:0;REFBIAS=2:190;VARBIAS=0:2;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=190;LSEQ=ACTGTAAAATTAGCCACTTC;RSEQ=GTTGAGACTCCTCCAGGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:194:2:192,2:0.0103:2,190:0,2
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chr15	51529505	.	C	A	154	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=32;END=51529505;VD=19;AF=0.5938;BIAS=1:1;REFBIAS=0:13;VARBIAS=0:19;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.5938;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=19;HICOV=32;LSEQ=TGTGTGTGCTAATTTCTTCC;RSEQ=AGGTTAACTGGTATCAGTGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:32:19:13,19:0.5938:0,13:0,19
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chr15	51610427	.	T	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=97;END=51610427;VD=2;AF=0.0206;BIAS=1:0;REFBIAS=94:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0211;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=95;LSEQ=TAAAAATGTAAAAAAAAAAA;RSEQ=TTACAGGTGAATATGAAGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:97:2:95,2:0.0206:94,1:2,0
chr15	55709564	.	T	C	132	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=22;END=55709564;VD=12;AF=0.5455;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.5455;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=12;HICOV=22;LSEQ=TGGTACTTCAGTGGAATGGC;RSEQ=TTCCCTAACCCCCAACACTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:22:12:10,12:0.5455:10,0:12,0
chr15	55709622	.	A	AT	39	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=39;END=55709622;VD=2;AF=0.0513;BIAS=1:0;REFBIAS=36:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0556;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=36;LSEQ=TGTCTTCATTAATATCTTGT;RSEQ=TTTTTTTTTCTTCATAGCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:39:2:36,2:0.0513:36,0:2,0
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chr15	74630696	.	A	C	55	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=145;END=74630696;VD=4;AF=0.0276;BIAS=2:0;REFBIAS=98:43;VARBIAS=4:0;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.31879;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0226;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=133;LSEQ=TCCCATCACCACCATGGGGA;RSEQ=TGGATGGCCAGGGGCATCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:145:4:141,4:0.0276:98,43:4,0
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chr16	2141317	.	GAG	C	55	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=102;END=2141319;VD=3;AF=0.0294;BIAS=2:2;REFBIAS=77:22;VARBIAS=1:2;PMEAN=10.3;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.13717;ODDRATIO=6.8278;MQ=40;SN=6;HIAF=0.0303;ADJAF=0.0098;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=3;HICOV=99;LSEQ=GCGAGGGGGCGGGACGCTGC;RSEQ=GGGGCGGGGCGCTGCGAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:102:3:99,3:0.0294:77,22:1,2
chr16	2141326	.	GGGCGCTGCGAGGGGTGA	C	33	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=119;END=2141343;VD=2;AF=0.0168;BIAS=2:2;REFBIAS=88:29;VARBIAS=1:1;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=0.44224;ODDRATIO=3.00038;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0174;ADJAF=0.0168;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=115;LSEQ=CGGGACGCTGCGAGGGGGCG;RSEQ=GACGCTGCCGGGGCGGGGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:119:2:117,2:0.0168:88,29:1,1
chr16	2144146	.	G	A	279	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=420;END=2144146;VD=208;AF=0.4952;BIAS=2:2;REFBIAS=73:138;VARBIAS=79:129;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.47885;ODDRATIO=1.15728685669317;MQ=60;SN=103;HIAF=0.4952;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=206;HICOV=416;LSEQ=CCCAGTTCAGGCCTGGGCTG;RSEQ=GTGGCCCCAGCTCCCCCAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:420:208:211,208:0.4952:73,138:79,129
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chr16	4837774	.	C	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=140;END=4837774;VD=2;AF=0.0143;BIAS=2:2;REFBIAS=10:127;VARBIAS=1:1;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.15254;ODDRATIO=12.156576707999;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=CTTGGCCGTTGGCCAACCCC;RSEQ=TCCACACTTCATGCCTCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:140:2:137,2:0.0143:10,127:1,1
chr16	4837965	.	T	C	177	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=47;END=4837965;VD=30;AF=0.6383;BIAS=2:2;REFBIAS=11:6;VARBIAS=22:8;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.74086;ODDRATIO=1.48672355862151;MQ=60;SN=60;HIAF=0.6383;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=30;HICOV=47;LSEQ=TCGCTTCCCCCAGCAGAGCC;RSEQ=GGAGGGCCAGGCAAAGTCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:47:30:17,30:0.6383:11,6:22,8
chr16	4838070	.	A	C	25	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=116;END=4838070;VD=2;AF=0.0172;BIAS=1:0;REFBIAS=112:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=58;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0189;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=106;LSEQ=TGGCTCCCGTCCCAGCAGGA;RSEQ=ACTTGGGCAGGGGGCTCAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:116:2:114,2:0.0172:112,2:2,0
chr16	4838140	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=184;END=4838140;VD=2;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=167:15;VARBIAS=1:1;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.16679;ODDRATIO=10.81225;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=CACACAGCAGAGTTGATAGA;RSEQ=AGCGAGAAAGACGGCACAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:184:2:182,2:0.0109:167,15:1,1
chr16	4838178	.	CAG	C	74	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=239;END=4838180;VD=4;AF=0.0167;BIAS=2:0;REFBIAS=189:45;VARBIAS=4:0;PMEAN=50.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0179;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=224;LSEQ=AGGCATGAAGGTGACGGAGA;RSEQ=AGAGAGAGAGACCAAGGTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:239:4:234,4:0.0167:189,45:4,0
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chr16	89806343	.	C	A	291	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=547;END=89806343;VD=264;AF=0.4826;BIAS=2:2;REFBIAS=139:141;VARBIAS=129:135;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.86417;ODDRATIO=1.03162;MQ=60;SN=65;HIAF=0.4824;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=260;HICOV=539;LSEQ=GGCTCGTTCTTAACCATTTG;RSEQ=AAGATGCCTCTGAAAAGAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:547:264:280,264:0.4826:139,141:129,135
chr16	89806347	.	A	T	304	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=543;END=89806347;VD=537;AF=0.989;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=264:273;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.205;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=493;HICOV=493;LSEQ=CGTTCTTAACCATTTGCAAG;RSEQ=TGCCTCTGAAAAGAGCGGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:543:537:0,537:0.989:0,0:264,273
chr16	89806614	.	T	A	220	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=133;END=89806614;VD=70;AF=0.5263;BIAS=1:1;REFBIAS=1:60;VARBIAS=0:70;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.46565;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=69;HIAF=0.5267;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=69;HICOV=131;LSEQ=CATTTCCTCTTTGCTTATTG;RSEQ=AAGTCTTAAAACTGGTGACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:133:70:61,70:0.5263:1,60:0,70
chr16	89806732	.	G	A	157	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=54;END=89806732;VD=22;AF=0.4074;BIAS=2:1;REFBIAS=3:29;VARBIAS=0:22;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.26205;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=0.4038;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=21;HICOV=52;LSEQ=CACCAAGGCTGCTGCACCAC;RSEQ=TCCTCAAATAAGACATTAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:54:22:32,22:0.4074:3,29:0,22
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chr16	89859015	.	GT	G	254	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=128;END=89859016;VD=119;AF=0.9297;BIAS=2:2;REFBIAS=3:6;VARBIAS=27:92;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.43665;ODDRATIO=1.69579;MQ=60;SN=238;HIAF=0.9370;ADJAF=0.0234;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=119;HICOV=127;LSEQ=TCAAAAAGTTGTGGGTTTTT;RSEQ=TAAGGACCAGCCCCACAGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:128:119:9,119:0.9297:3,6:27,92
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chr17	4649080	.	C	A	44	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=155;END=4649080;VD=3;AF=0.0194;BIAS=2:2;REFBIAS=111:41;VARBIAS=2:1;PMEAN=54.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.35085;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=CGACCCCTGGGAGTCCCGCC;RSEQ=CGTGGTCCCTGACTGCGCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:155:3:152,3:0.0194:111,41:2,1
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chr17	7630301	.	C	G	258	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=193;END=7630301;VD=190;AF=0.9845;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=190:0;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.833;HIAF=0.9944;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=178;HICOV=179;LSEQ=TTTCTTCCAAAGCTGGAAAG;RSEQ=TATCTTTCAGTTTCTCCTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:193:190:0,190:0.9845:0,0:190,0
chr17	7637329	.	C	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=137;END=7637329;VD=2;AF=0.0146;BIAS=1:0;REFBIAS=135:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0148;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=135;LSEQ=TAACTCCATGAGGTTTCCCT;RSEQ=TTGCCTTTGGTCATTTCTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:137:2:135,2:0.0146:135,0:2,0
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chr17	7641868	.	C	T	117	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=9;END=7641868;VD=9;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:3;PMEAN=29.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=CGTGTTAGCCAGGGTGGTCT;RSEQ=GATCTCCTGACCTTGTGATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:9:9:0,9:1:0,0:6,3
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chr17	7643509	.	T	G	31	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=138;END=7643509;VD=2;AF=0.0145;BIAS=2:0;REFBIAS=82:54;VARBIAS=0:2;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.16291;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0153;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=131;LSEQ=GATATATGACATTGGGCAAA;RSEQ=TACTCCACCAGCTGTCTCCA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:138:2:136,2:0.0145:82,54:0,2
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chr17	7644595	.	TCTTTCTTTCTTTCTTTCTTC	T	164	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=55;END=7644615;VD=28;AF=0.5091;BIAS=1:1;REFBIAS=0:28;VARBIAS=0:28;PMEAN=25.2;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=0.4815;ADJAF=0.3636;SHIFT3=3;MSI=10;MSILEN=4;NM=2.6;HICNT=26;HICOV=54;LSEQ=TCTTTCTTTCTTTCTTTCTT;RSEQ=CTTCCTTCCCTCCCTCCCTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:55:28:28,28:0.5091:0,28:0,28
chr17	7644617	.	T	C	103	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=26;END=7644617;VD=7;AF=0.2692;BIAS=1:0;REFBIAS=0:18;VARBIAS=0:7;PMEAN=48.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59;SN=14;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=7;HICOV=21;LSEQ=TTTCTTTCTTTCTTTCTTCC;RSEQ=TCCTTCCCTCCCTCCCTCCC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:26:7:18,7:0.2692:0,18:0,7
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chr17	7644641	.	C	CTCCCTCCTTCCTTCCT	85	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=19;END=7644641;VD=5;AF=0.2632;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:5;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.6;SN=10;HIAF=0.2778;ADJAF=0.2105;SHIFT3=3;MSI=12;MSILEN=4;NM=4.2;HICNT=5;HICOV=18;LSEQ=TTCCCTCCCTCCCTCCCTCC;RSEQ=TCCTTCCTTCCTTCCTTCCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:19:5:9,5:0.2632:0,9:0,5
chr17	7646166	.	A	G	294	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=268;END=7646166;VD=268;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=247:21;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=133;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=266;HICOV=266;LSEQ=GGGTATGTGCGCATGCGCGC;RSEQ=TGTGTAGGTCTCAGGGAGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:268:268:0,268:1:0,0:247,21
chr17	7646596	.	CT	C	127	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=536;END=7646597;VD=11;AF=0.0205;BIAS=2:2;REFBIAS=173:351;VARBIAS=4:7;PMEAN=46.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.75794;ODDRATIO=1.15903058681719;MQ=60;SN=22;HIAF=0.0214;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=11;HICOV=513;LSEQ=TGTTTGCTATCGTCATTTTA;RSEQ=TTTTTTTTTCTTCTTTTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:536:11:524,11:0.0205:173,351:4,7
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chr17	7721231	.	T	C	332	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=570;END=7721231;VD=567;AF=0.9947;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=244:323;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=112.4;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=562;HICOV=563;LSEQ=CTGAGGCCCCACCTCTCCCG;RSEQ=AGTGTTCCTTCACCTTCCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:570:567:0,567:0.9947:0,0:244,323
chr17	7721542	.	G	A	279	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=467;END=7721542;VD=240;AF=0.5139;BIAS=2:2;REFBIAS=100:126;VARBIAS=92:148;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.22099;ODDRATIO=1.27606;MQ=60;SN=33.286;HIAF=0.5076;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=233;HICOV=459;LSEQ=CTGGGGCCTTAGGACAGGCT;RSEQ=AGTCGCTGCCCCTGGATGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:467:240:226,240:0.5139:100,126:92,148
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chr17	11597938	.	T	G	264	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=154;END=11597938;VD=153;AF=0.9935;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:153;PMEAN=11.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=306;HIAF=0.9935;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=153;HICOV=154;LSEQ=GCTTTCTTGCTTTCTTGCTT;RSEQ=CTTGCTTTCTTGCTTTCTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:154:153:0,153:0.9935:0,0:0,153
chr17	11597946	.	T	G	222	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=72;END=11597946;VD=71;AF=0.9861;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:71;PMEAN=8.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.5;SN=70;HIAF=0.9859;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=70;HICOV=71;LSEQ=GCTTTCTTGCTTTCTTGCTT;RSEQ=CTTGCTTTCTTGCTTTCTCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:72:71:1,71:0.9861:0,1:0,71
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chr17	11659591	.	CAAA	C	85	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=11;END=11659594;VD=5;AF=0.4545;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=55.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=16;MSI=19;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=11;LSEQ=GTGACAGAGCGAGACTCTGT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAATCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:11:5:4,5:0.4545:4,0:5,0
chr17	11659599	.	A	C	99	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=15;END=11659599;VD=7;AF=0.4667;BIAS=0:0;REFBIAS=8:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=19;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=7;HICOV=15;LSEQ=GCGAGACTCTGTCAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAATCAGATCTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:15:7:8,7:0.4667:8,0:7,0
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chr17	11737899	.	T	G	256	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=269;END=11737899;VD=133;AF=0.4944;BIAS=2:2;REFBIAS=113:23;VARBIAS=106:27;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.53192;ODDRATIO=1.25039;MQ=60;SN=132;HIAF=0.4944;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=132;HICOV=267;LSEQ=CAGGCCAGTGACTAGTCCAG;RSEQ=GCCCACAGTCCCTCCAGTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:269:133:136,133:0.4944:113,23:106,27
chr17	11737938	.	G	A	271	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=351;END=11737938;VD=170;AF=0.4843;BIAS=2:2;REFBIAS=140:41;VARBIAS=130:40;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.89936;ODDRATIO=1.05054;MQ=60;SN=169;HIAF=0.4856;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=169;HICOV=348;LSEQ=CACAACTCCTGATAAGTCCC;RSEQ=TGCTTCTCCAATGCAGGTGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:351:170:181,170:0.4843:140,41:130,40
chr17	11737941	.	C	T	267	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=355;END=11737941;VD=169;AF=0.4761;BIAS=2:2;REFBIAS=140:43;VARBIAS=131:38;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.89926;ODDRATIO=1.05869399508766;MQ=60;SN=83.5;HIAF=0.4799;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=167;HICOV=348;LSEQ=AACTCCTGATAAGTCCCGTG;RSEQ=TTCTCCAATGCAGGTGGATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:355:169:183,169:0.4761:140,43:131,38
chr17	11738314	.	A	G	255	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=323;END=11738314;VD=151;AF=0.4675;BIAS=2:2;REFBIAS=30:141;VARBIAS=23:128;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.65216;ODDRATIO=1.18347;MQ=60;SN=29.2;HIAF=0.4620;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.7;HICNT=146;HICOV=316;LSEQ=TGCAAGGACAATGTTGGGAG;RSEQ=GTTTAGGGTGGGCTCCAACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:323:151:171,151:0.4675:30,141:23,128
chr17	11738332	.	A	G	259	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=279;END=11738332;VD=135;AF=0.4839;BIAS=2:2;REFBIAS=13:130;VARBIAS=11:124;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.8332;ODDRATIO=1.12679;MQ=60;SN=270;HIAF=0.4927;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=135;HICOV=274;LSEQ=AGAGTTTAGGGTGGGCTCCA;RSEQ=CTGTCACTGATTTGCTCATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:279:135:143,135:0.4839:13,130:11,124
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chr17	64024992	.	C	CTT	192	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=39;END=64024992;VD=39;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=38:1;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1026;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=39;HICOV=39;LSEQ=TATGTTTCCTCCTTTTAAGA;RSEQ=TGGCACTTAAAATGATTAGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:39:39:0,39:1:0,0:38,1
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chr17	74272646	.	A	C	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=84;END=74272646;VD=2;AF=0.0238;BIAS=1:0;REFBIAS=81:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=64;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0303;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=66;LSEQ=GCACATTTGGAGTGAGGGGA;RSEQ=TGGAGAAGGAAGACACCCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:84:2:82,2:0.0238:81,1:2,0
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chr17	74283124	.	AACACACACACACACACACACACACACAC	A	136	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=32;END=74283152;VD=14;AF=0.4375;BIAS=1:1;REFBIAS=18:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4375;ADJAF=0.4375;SHIFT3=17;MSI=22;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=14;HICOV=32;LSEQ=CCCCTGCCCACACACCACAT;RSEQ=ACACACACACACACACATGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:32:14:18,14:0.4375:18,0:14,0
chr17	74283142	.	CACACACACACACACACACACACACACAT	C	85	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=19;END=74283170;VD=5;AF=0.2632;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0.0526;SHIFT3=0;MSI=9;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=ATAACACACACACACACACA;RSEQ=GATGGGAGGGACCTAGTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:19:5:0,5:0.2632:0,0:5,0
chr17	74283170	.	T	C	184	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=38;END=74283170;VD=34;AF=0.8947;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=33:1;PMEAN=12.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.5;HICNT=33;HICOV=33;LSEQ=CACACACACACACACACACA;RSEQ=GATGGGAGGGACCTAGTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:38:34:0,34:0.8947:0,0:33,1
chr17	74283253	.	A	G	269	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=159;END=74283253;VD=159;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=90:69;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=318;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=159;HICOV=159;LSEQ=GGCCCTTGGTCCCTGGAGCT;RSEQ=AAGAGTGGGGAATCCTCACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:159:159:0,159:1:0,0:90,69
chr17	74283535	.	C	T	214	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=69;END=74283535;VD=69;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=13:56;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=68;HICOV=68;LSEQ=GGATTTTGTCTAGGGAGTCC;RSEQ=GGGCTATGCCTCTGTCCTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:69:69:0,69:1:0,0:13,56
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chr17	74288192	.	C	G	96	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=582;END=74288192;VD=11;AF=0.0189;BIAS=2:2;REFBIAS=226:336;VARBIAS=8:3;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=27.9;QSTD=1;SBF=0.05773;ODDRATIO=3.95522683225883;MQ=45.5;SN=4.5;HIAF=0.0168;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=9;HICOV=536;LSEQ=CGCTGATCCACTCCAGGTTG;RSEQ=ACCAAACCACGCTGATCCAC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:582:11:562,11:0.0189:226,336:8,3
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chr17	74288333	.	TCCAGGTTGGACCAAACCACGCTGAACTGCA	T	159	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=458;END=74288363;VD=24;AF=0.0524;BIAS=2:2;REFBIAS=195:238;VARBIAS=16:8;PMEAN=8.1;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.05645;ODDRATIO=2.43635034717992;MQ=57.6;SN=48;HIAF=0.0536;ADJAF=0.0524;SHIFT3=8;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=24;HICOV=448;LSEQ=ACCAAACCACGCTGATCCAC;RSEQ=CCAGGTTGCACCAAACCACG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:458:24:433,24:0.0524:195,238:16,8
chr17	74288372	.	C	G	199	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=371;END=74288372;VD=81;AF=0.2183;BIAS=2:2;REFBIAS=115:160;VARBIAS=48:33;PMEAN=13.7;PSTD=1;QUAL=31.5;QSTD=1;SBF=0.0075;ODDRATIO=2.01967160139761;MQ=57.2;SN=4.786;HIAF=0.2233;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=67;HICOV=300;LSEQ=CGCTGAACTGCACCAGGTTG;RSEQ=ACCAAACCACGCTGAACTGC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:371:81:275,81:0.2183:115,160:48,33
chr17	74288392	.	CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT	C	191	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=387;END=74288422;VD=37;AF=0.0956;BIAS=2:2;REFBIAS=184:160;VARBIAS=8:29;PMEAN=65.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.00022;ODDRATIO=4.15432;MQ=58.4;SN=74;HIAF=0.1057;ADJAF=0;SHIFT3=17;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=37;HICOV=350;LSEQ=CACCAAACCACGCTGAACTG;RSEQ=ACCAGGTTGCACCAAACTAC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:387:37:344,37:0.0956:184,160:8,29
chr17	74288410	.	C	T	201	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=355;END=74288410;VD=87;AF=0.2451;BIAS=2:2;REFBIAS=114:81;VARBIAS=27:60;PMEAN=15.4;PSTD=1;QUAL=31.2;QSTD=1;SBF=3e-05;ODDRATIO=3.11472;MQ=58.6;SN=4.118;HIAF=0.2767;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=70;HICOV=253;LSEQ=TGCACCAGGTTGCACCAAAC;RSEQ=ACGCTGAACTATACCAGGTT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:355:87:195,87:0.2451:114,81:27,60
chr17	74288421	.	AT	GC	280	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=389;END=74288422;VD=241;AF=0.6195;BIAS=0:2;REFBIAS=3:0;VARBIAS=150:91;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.29554;ODDRATIO=0;MQ=58.6;SN=47.2;HIAF=0.7638;ADJAF=0.1311;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=236;HICOV=309;LSEQ=GCACCAAACCACGCTGAACT;RSEQ=ACCAGGTTGCACCAAACTAC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:389:241:3,241:0.6195:3,0:150,91
chr17	74288564	.	CTGA	C	332	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=557;END=74288567;VD=539;AF=0.9677;BIAS=2:2;REFBIAS=11:5;VARBIAS=276:263;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.20781;ODDRATIO=2.09371;MQ=58.8;SN=133.75;HIAF=0.9763;ADJAF=0.1113;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=535;HICOV=548;LSEQ=CCAGGTGGGACCAAACCACG;RSEQ=TGATCTGCACGAGGTTGTGC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:557:539:16,539:0.9677:11,5:276,263
chr17	74288760	.	GGCTGCACCAAAGCACGCTGAAATCTGCCAGGTTGGACCATGCCAGGCTGATCTACACCAGGCTGTACCAAGACACCCTGACCTGTGCCAGATTGGACCAAATCATGCTGACCTGTGCCAGGCTGGATCAAACCATGCTGATCTCTACCAGGTTGGGCCAAACCAGACTGATCCATTCCAGGCCAGACCAAACCACGCTGATCTGCACCAGGTTGGGCCAAACCAGACTGATCCATTCCAGGCCGGACCAAACCACGCTGATCTGCACCAGGTTGGACCAAGCCAGGCTGATATGCACCAC	G	130	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=603;END=74289060;VD=17;AF=0.0282;BIAS=2:2;REFBIAS=284:313;VARBIAS=10:7;PMEAN=214.5;PSTD=1;QUAL=31.9;QSTD=1;SBF=0.46209;ODDRATIO=1.57326704634845;MQ=39;SN=7.5;HIAF=0.0257;ADJAF=0.0282;SHIFT3=30;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.4;HICNT=15;HICOV=583;LSEQ=AGCCAGGCTGATATGCACCA;RSEQ=GCTGCACCAAAGCACGCTGA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=17;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:603:17:597,17:0.0282:284,313:10,7
chr17	74289500	.	G	A	343	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=722;END=74289500;VD=721;AF=0.9986;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=356:365;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=79.111;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=712;HICOV=712;LSEQ=AACATACGTTGCTCATCCAC;RSEQ=ACAAATGGTATCAATTCCCG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:722:721:0,721:0.9986:0,0:356,365
chr17	74289705	.	A	G	335	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=573;END=74289705;VD=571;AF=0.9965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=232:339;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=141.75;HIAF=0.9965;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=567;HICOV=569;LSEQ=TACTGGGCTGGTCTCTGGCC;RSEQ=AGGGTAAGTCCTGTTGAACT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:573:571:1,571:0.9965:0,1:232,339
chr17	74289839	.	G	A	329	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=560;END=74289839;VD=559;AF=0.9982;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=303:256;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54.9;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=549;HICOV=549;LSEQ=GACTGATGGAGTCGTGGCAC;RSEQ=CCAGCTTCATCACGGGCCCT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:560:559:0,559:0.9982:0,0:303,256
chr17	74289875	.	C	T	330	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=559;END=74289875;VD=558;AF=0.9982;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=311:247;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78.714;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=551;HICOV=551;LSEQ=GCCCTCGGCTGCTGCTGTCT;RSEQ=CCAGTACCAGAGGGGACCTT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:559:558:0,558:0.9982:0,0:311,247
chr17	74289908	.	A	G	331	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=540;END=74289908;VD=540;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=286:254;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=134;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=536;HICOV=536;LSEQ=GGGACCTTGCTTTGTTCCCT;RSEQ=CTGGAAACCCCATCAGAGGG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:540:540:0,540:1:0,0:286,254
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chr17	76425141	.	C	T	52	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=260;END=76425141;VD=3;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=220:37;VARBIAS=1:2;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.05971;ODDRATIO=11.70176;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.3;HICNT=3;HICOV=246;LSEQ=ACTCCATTTGTGCTGGCAGG;RSEQ=TCTCACCGGGAGGCACGAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:260:3:257,3:0.0115:220,37:1,2
chr17	76425400	.	G	A	258	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=300;END=76425400;VD=163;AF=0.5433;BIAS=2:2;REFBIAS=43:93;VARBIAS=57:106;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.62262;ODDRATIO=1.16242575005522;MQ=60;SN=31.6;HIAF=0.5392;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=158;HICOV=293;LSEQ=ACCTGAGGAAGGATGACAGC;RSEQ=GGTAGGGGAAAGTGCCCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:300:163:136,163:0.5433:43,93:57,106
chr17	76429996	.	G	GGGAGGGACGGAA	160	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=237;END=76429996;VD=22;AF=0.0928;BIAS=1:1;REFBIAS=206:0;VARBIAS=22:0;PMEAN=10.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.8;SN=21;HIAF=0.0950;ADJAF=0.0844;SHIFT3=7;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=21;HICOV=221;LSEQ=AGACAAAGACCAAAAGGAAA;RSEQ=GGAGGGAAGGAAGGAGGGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:237:22:206,22:0.0928:206,0:22,0
chr17	76430004	.	A	AGGAAGGAGGGAG	230	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=248;END=76430004;VD=83;AF=0.3347;BIAS=1:1;REFBIAS=90:0;VARBIAS=83:0;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=166;HIAF=0.4392;ADJAF=0.004;SHIFT3=59;MSI=4.917;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=83;HICOV=189;LSEQ=ACCAAAAGGAAAGGGAGGGA;RSEQ=GGAAGGAGGGAGGGAAGGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:248:83:90,83:0.3347:90,0:83,0
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chr17	76449613	.	C	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=186;END=76449613;VD=2;AF=0.0108;BIAS=2:0;REFBIAS=25:159;VARBIAS=0:2;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=185;LSEQ=ATGGAACGGTGCGCACGCTC;RSEQ=GACCAGCAGCCCCTGCCCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:186:2:184,2:0.0108:25,159:0,2
chr17	76450996	.	GT	G	74	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=80;END=76450997;VD=4;AF=0.05;BIAS=1:0;REFBIAS=0:75;VARBIAS=0:4;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0563;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=71;LSEQ=GCACAGCAACACCGGGCCAC;RSEQ=TTTTTTTTTCCCCTGACAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:80:4:75,4:0.05:0,75:0,4
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chr17	76456403	.	C	CGTGCATGTGT	237	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=249;END=76456403;VD=89;AF=0.3574;BIAS=2:1;REFBIAS=22:62;VARBIAS=2:87;PMEAN=50;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=15.23525;MQ=60.5;SN=178;HIAF=0.4300;ADJAF=0.004;SHIFT3=38;MSI=3.8;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=89;HICOV=207;LSEQ=TGTGCCTGTGGGGGCGTGTA;RSEQ=GTGCATGTGTGTGCATGTGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:249:89:84,89:0.3574:22,62:2,87
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chr17	76456473	.	T	TGCAC	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=150;END=76456473;VD=2;AF=0.0133;BIAS=1:0;REFBIAS=2:146;VARBIAS=0:2;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0135;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=148;LSEQ=TGAGTGTATGTGTGCATATA;RSEQ=GTGCATGAGTGTATGTGTGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:150:2:148,2:0.0133:2,146:0,2
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chr17	76458640	.	A	G	162	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=61;END=76458640;VD=25;AF=0.4098;BIAS=1:1;REFBIAS=35:0;VARBIAS=25:0;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=24;HICOV=60;LSEQ=TTGTATTGACTGCATTGGGC;RSEQ=TGATGATCAAATCTCACCCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:61:25:35,25:0.4098:35,0:25,0
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chr17	76462770	.	G	A	308	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=425;END=76462770;VD=424;AF=0.9976;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=185:239;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.286;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=410;HICOV=410;LSEQ=GTCTCCTCCAGGAAGCGGGC;RSEQ=CTGACGGACACCAGCGCATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:425:424:0,424:0.9976:0,0:185,239
chr17	76464395	.	C	G	194	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=49;END=76464395;VD=49;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=47:2;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=47;HICOV=47;LSEQ=CGACACTGTTTTATATCGGG;RSEQ=CCTTGAGCATCCATCCCTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:49:49:0,49:1:0,0:47,2
chr17	76470958	.	CCTTCACCTCAGTCACATGGGCCGGGAGGTTTCACACG	C	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=4;END=76470995;VD=2;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=46;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0.25;SHIFT3=16;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=CGGGCCGGAAGATTTCACAC;RSEQ=CTTCACCTCAGTCACACGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:4:2:2,2:0.5:2,0:2,0
chr17	76471069	.	G	C	129	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=34;END=76471069;VD=12;AF=0.3529;BIAS=1:0;REFBIAS=16:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.3636;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=12;HICOV=33;LSEQ=TGGGCTGGAAGGTTTCACAC;RSEQ=CTTCACCTCAGTCACATGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:34:12:16,12:0.3529:16,0:12,0
chr17	76471136	.	G	A	197	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=97;END=76471136;VD=48;AF=0.4948;BIAS=1:1;REFBIAS=48:0;VARBIAS=48:0;PMEAN=31.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23;HIAF=0.4894;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=46;HICOV=94;LSEQ=ACCCTTCACCTCAGTCACAC;RSEQ=GGCTGGAAGGTTTCACACTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:97:48:48,48:0.4948:48,0:48,0
chr17	76471366	.	G	A	278	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=423;END=76471366;VD=211;AF=0.4988;BIAS=2:2;REFBIAS=145:67;VARBIAS=146:65;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.9165;ODDRATIO=1.03780732069284;MQ=60;SN=51.75;HIAF=0.4964;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=207;HICOV=417;LSEQ=CAGTAAGCTCTCACCTTGAG;RSEQ=TCGGGGATCCCGTAGCCCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:423:211:212,211:0.4988:145,67:146,65
chr17	76471679	.	G	A	275	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=453;END=76471679;VD=225;AF=0.4967;BIAS=2:2;REFBIAS=117:110;VARBIAS=121:104;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.639;ODDRATIO=1.09363721866183;MQ=60;SN=27.125;HIAF=0.4898;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=217;HICOV=443;LSEQ=CCACACAATGCCACTCGGAT;RSEQ=TCGATAATGCAACCGGAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:453:225:227,225:0.4967:117,110:121,104
chr17	76471925	.	G	GA	129	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Insertion;DP=354;END=76471925;VD=10;AF=0.0282;BIAS=2:2;REFBIAS=110:206;VARBIAS=3:7;PMEAN=51.6;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.24518;MQ=63.2;SN=20;HIAF=0.0350;ADJAF=0.0028;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=10;HICOV=286;LSEQ=TCACCAAGATCCTAGAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAGACGATACTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:354:10:316,10:0.0282:110,206:3,7
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chr17	76480656	.	TC	T	192	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=39;END=76480657;VD=39;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=39:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1026;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=39;HICOV=39;LSEQ=GTGGAAGGGGGGAAGGAGGA;RSEQ=CCCCCCTCCGCGGGGGCTCT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:39:39:0,39:1:0,0:39,0
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chr17	76480755	.	A	C	25	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=130;END=76480755;VD=2;AF=0.0154;BIAS=1:0;REFBIAS=127:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=51.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0168;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=119;LSEQ=CCTACCCTGGCCCTACCTCA;RSEQ=TGCCTTGTGGCCCCACAAAC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:130:2:127,2:0.0154:127,0:2,0
chr17	76480774	.	A	G	225	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=137;END=76480774;VD=136;AF=0.9927;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=136:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8.714;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=122;HICOV=122;LSEQ=AATGCCTTGTGGCCCCACAA;RSEQ=CTTGGGGGCCCAGCTACGAC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:137:136:0,136:0.9927:0,0:136,0
chr17	76480848	.	T	C	197	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=43;END=76480848;VD=43;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=31:12;PMEAN=13;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=43;HICOV=43;LSEQ=CCACCGCCCCACACCAGTCC;RSEQ=GCCCTACTGCCCTGGGGCTC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:43:43:0,43:1:0,0:31,12
chr17	76481180	.	G	A	241	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=257;END=76481180;VD=133;AF=0.5175;BIAS=2:2;REFBIAS=25:94;VARBIAS=32:101;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.65135;ODDRATIO=1.19046201830931;MQ=60;SN=13.778;HIAF=0.5061;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=124;HICOV=245;LSEQ=CAGAGCCTGTTAGGTAGGGA;RSEQ=GGGCGCTACCTGCTTCCCCG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:257:133:119,133:0.5175:25,94:32,101
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chr17	76494962	.	C	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=169;END=76494962;VD=2;AF=0.0118;BIAS=1:0;REFBIAS=167:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=57.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=GGGCAAGAGCTCAATGGCAC;RSEQ=ACACCACCCTTCGGTGCTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:169:2:167,2:0.0118:167,0:2,0
chr17	76495050	.	C	T	276	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=216;END=76495050;VD=216;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=144:72;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=211;HICOV=211;LSEQ=AGGAAAGCTGACGAGCCAGT;RSEQ=ACCCGACGTGACCCCGAGGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:216:216:0,216:1:0,0:144,72
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chr17	76571269	.	A	C	231	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=171;END=76571269;VD=86;AF=0.5029;BIAS=1:1;REFBIAS=1:84;VARBIAS=0:86;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.49708;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.5030;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=84;HICOV=167;LSEQ=GTTTCTACCGGAGCAGGAAC;RSEQ=AAACAGTTGGTCGAGAGTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:171:86:85,86:0.5029:1,84:0,86
chr17	76571282	.	G	T	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=153;END=76571282;VD=2;AF=0.0131;BIAS=1:0;REFBIAS=1:150;VARBIAS=0:2;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=CAGGAACAAAACAGTTGGTC;RSEQ=AGAGTGTGCAGTTTTTAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:153:2:151,2:0.0131:1,150:0,2
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chr17	78061270	.	G	C	222	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=144;END=78061270;VD=65;AF=0.4514;BIAS=1:1;REFBIAS=78:0;VARBIAS=63:2;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.20487;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=130;HIAF=0.4577;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=65;HICOV=142;LSEQ=AGATTCAGGCAGGAGCGCCA;RSEQ=GAACGACAAGAGGGAGGGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:144:65:78,65:0.4514:78,0:63,2
chr17	78061317	.	A	C	240	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=210;END=78061317;VD=100;AF=0.4762;BIAS=2:2;REFBIAS=101:9;VARBIAS=86:14;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.19198;ODDRATIO=1.82162;MQ=60;SN=49;HIAF=0.4804;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=98;HICOV=204;LSEQ=GAGCTACAGGGAGAGACAAA;RSEQ=CCTGGCTCACCTCTCGGACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:210:100:110,100:0.4762:101,9:86,14
chr17	78061353	.	G	A	247	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=260;END=78061353;VD=124;AF=0.4769;BIAS=2:2;REFBIAS=115:19;VARBIAS=100:24;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.31652;ODDRATIO=1.45051;MQ=60;SN=40.333;HIAF=0.4727;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=121;HICOV=256;LSEQ=GGACACTGCTGCCTGCGGGC;RSEQ=AGGACCCGTACCCTCCTGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:260:124:134,124:0.4769:115,19:100,24
chr17	78061804	.	AT	CA	46	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Complex;DP=218;END=78061805;VD=4;AF=0.0183;BIAS=2:0;REFBIAS=43:147;VARBIAS=4:0;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=23.4;QSTD=1;SBF=0.00312;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0205;ADJAF=0.0138;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=3;HICOV=146;LSEQ=GCTGTCCCGCCCCCTCCCCC;RSEQ=GCAGGCCTCTGAGAGGGAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:218:4:190,4:0.0183:43,147:4,0
chr17	78061872	.	G	A	245	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=210;END=78061872;VD=109;AF=0.519;BIAS=2:2;REFBIAS=36:65;VARBIAS=42:67;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.67127;ODDRATIO=1.1311705352699;MQ=60;SN=108;HIAF=0.5243;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=108;HICOV=206;LSEQ=CAGCTCAGCGAGGAGAAGGC;RSEQ=ACCCTCCTGAATCAACTGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:210:109:101,109:0.519:36,65:42,67
chr17	78061979	.	A	C	232	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=164;END=78061979;VD=80;AF=0.4878;BIAS=2:2;REFBIAS=12:70;VARBIAS=14:66;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.67234;ODDRATIO=1.2357426195272;MQ=60;SN=79;HIAF=0.4907;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=79;HICOV=161;LSEQ=CTGTCCGTTGAAGACCATGT;RSEQ=GGAGGCCAGGTGTGGCAGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:164:80:82,80:0.4878:12,70:14,66
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chr19	20074065	.	T	C	235	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=211;END=20074065;VD=95;AF=0.4502;BIAS=2:2;REFBIAS=85:30;VARBIAS=70:25;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01185;MQ=60;SN=94;HIAF=0.4519;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=94;HICOV=208;LSEQ=TATGTTGAGTTGCCGGAGGC;RSEQ=GCCTGGGATGGGCTATCTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:211:95:115,95:0.4502:85,30:70,25
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chr19	46274203	.	AG	A	37	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=189;END=46274204;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=92:95;VARBIAS=1:1;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.03243924095067;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=189;LSEQ=AGCGCGGGGCGCGACGGCGG;RSEQ=GGGGGCGTGGGCAGCCGGAC;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:189:2:187,2:0.0106:92,95:1,1
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chr19	46274972	.	A	C	270	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=340;END=46274972;VD=172;AF=0.5059;BIAS=2:2;REFBIAS=103:64;VARBIAS=104:68;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.82471;ODDRATIO=1.05216;MQ=60;SN=171;HIAF=0.5135;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=171;HICOV=333;LSEQ=TCCGGGCCGGACGAGAGGGG;RSEQ=TGCCAAGGGTTGCCACCGGC;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:340:172:167,172:0.5059:103,64:104,68
chr19	46276056	.	C	A	208	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=107;END=46276056;VD=55;AF=0.514;BIAS=2:2;REFBIAS=11:41;VARBIAS=16:39;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.38027;ODDRATIO=1.52306684740393;MQ=60;SN=54;HIAF=0.5094;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=54;HICOV=106;LSEQ=AGGGAGACAGAATGCTGATT;RSEQ=TCTGGTGGAGAACCAGAACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:107:55:52,55:0.514:11,41:16,39
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chr19	55673807	.	G	T	44	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=229;END=55673807;VD=3;AF=0.0131;BIAS=2:2;REFBIAS=108:118;VARBIAS=2:1;PMEAN=52.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.60903;ODDRATIO=2.1779849283443;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0090;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=221;LSEQ=CAAAAACTACATGAAGAACA;RSEQ=GGCCGGACATGGTGGCGGGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:229:3:226,3:0.0131:108,118:2,1
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chr19	55674365	.	CTTTTTTTTT	C	109	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=Deletion;DP=15;END=55674374;VD=8;AF=0.5333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:8;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.5333;ADJAF=0.2;SHIFT3=21;MSI=30;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=8;HICOV=15;LSEQ=TTTCTTTTTCTTTTCTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/0:15:8:6,8:0.5333:0,6:0,8
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chr21	43892641	.	T	C	279	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=521;END=43892641;VD=231;AF=0.4434;BIAS=2:2;REFBIAS=139:150;VARBIAS=94:137;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.09295;ODDRATIO=1.34977;MQ=60;SN=37.5;HIAF=0.4464;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=225;HICOV=504;LSEQ=CGTTTATTTGCATTTGTCAA;RSEQ=CAACTTAACATACAGCTGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:521:231:289,231:0.4434:139,150:94,137
chr21	43892775	.	G	A	261	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=361;END=43892775;VD=153;AF=0.4238;BIAS=2:2;REFBIAS=106:101;VARBIAS=93:60;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.08615;ODDRATIO=1.47525263701409;MQ=60;SN=37.25;HIAF=0.4221;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=149;HICOV=353;LSEQ=CCAGGCTGGAGAGCAGTGGC;RSEQ=CGATCTCCACTCACTGCAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	0/1:361:153:207,153:0.4238:106,101:93,60
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chr21	43913378	.	A	G	219	PASS	SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19147;TYPE=SNV;DP=68;END=43913378;VD=68;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:68;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=66;HICOV=66;LSEQ=CCTGGGCTAGATGAGGCACT;RSEQ=GACCAAGGCCACACCCCAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0	GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD	1/1:68:68:0,68:1:0,0:0,68
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