- #!/bin/sh
- #PBS -N WES_cnv_call
- #PBS -j oe
- #PBS -l ncpus=8
- #PBS -l nodes=1
- #PBS -l mem=20G
- set -e
- sams=(`cut -f1 $sam_list`)
- panels=(`cut -f2 $sam_list`)
- echo "Samples:" ${sams[*]}
- echo $script_dir
- echo "CNV_dir:" $cnv_dir
- sh $script_dir/run_WES_cnv_call_L2.sh -x $script_dir -o $out_dir -p ${panels[${PBS_ARRAY_INDEX}]} -c $cnv_dir -s ${sams[${PBS_ARRAY_INDEX}]} &> $log.${sams[${PBS_ARRAY_INDEX}]}
|