| 12345678910111213141516171819202122 |
- #!/bin/sh
- #PBS -N Result_Copy
- #PBS -j oe
- #PBS -l ncpus=8
- #PBS -l nodes=1
- #PBS -l mem=10G
- set -e
- sams=(`cut -f1 $sam_list`)
- echo "Samples:" ${sams[*]}
- echo $script_dir
- sh $script_dir/module/run_Copy_Result.sh -l $sam_list -o $out_dir -x $script_dir -c $cnv_dir -r $res_dir
- sh $script_dir/module/run_keyan.sh -l $sam_list -o $out_dir -x $script_dir -c $cnv_dir -r $res_dir
- cd $cnv_dir
- sh $script_dir/module/run_check_sex.sh $samplesheet
- cd $out_dir/log && touch WES.finished
- prefix=`basename $out_dir`
- cd $out_dir
- sh $script_dir/module/run_summary.sh $prefix
- ## ziyue-pair
- sh $script_dir/module/run_ziyue_V2.sh -o $out_dir -r $res_dir -x $script_dir
|
