1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162636465666768 |
- set -e
- function usage() {
- echo "Usage: $0 [ -s <sample> ] [ -o <out_dir> ] [ -x <script_dir> ]
- [ -c <WES_CNV_outdir> ] [ -p <pseudo_panel> ]"
- echo "-s Sample Name"
- echo "-o Output dir"
- echo "-p Pseudo Panel[MBY2|FeBY2]"
- echo "-x script_dir"
- echo "-c WES CNV outdir"
- }
- if [ $# -eq 0 ]
- then
- usage
- exit
- fi
- while getopts ":s:o:p:x:c:h" opt; do
- case $opt in
- s)
- sample=$OPTARG
- ;;
- o)
- out_dir=$OPTARG
- ;;
- c)
- cnv_dir=$OPTARG
- ;;
- p)
- panel=$OPTARG
- ;;
- x)
- script_dir=$OPTARG
- ;;
- h)
- usage
- exit
- ;;
- \?)
- echo "Invalid option: -$OPTARG"
- usage
- exit
- ;;
- esac
- done
- if [ -d $cnv_dir ]
- then
- echo $cnv_dir.
- else
- echo $cnv_dir " NOT exist!"
- exit
- fi
- cd $cnv_dir
- echo "out_dir:" $out_dir
- . $script_dir/conf/conf.cfg
- ## CNV call
- sh $module/run_CNV_call.sh -s $sample -o $out_dir -x $script_dir -c $cnv_dir
- ## Merge,Filter,Annotation,Plot
- sh $module/run_CNV_trim.sh -s $sample -o $out_dir -x $script_dir -c $cnv_dir
- ## CNV plot
- #sh $module/run_CNV_plot.sh -s $sample -o $out_dir -x $script_dir -c $cnv_dir
- ## AZF
- if [ "$panel" = "MBY2" ]
- then
- . $module/run_MBY2AZF_hg19_200113.sh $sample
- fi
|