##fileformat=VCFv4.1 ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= 1 indicates MSI"> ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER== 5.25, thus likely false positive"> ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER= ##FILTER==14)"> ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT CG0584V5D6-Lib19146 chr1 11845518 . G C 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=11845518;VD=71;AF=0.5035;BIAS=1:1;REFBIAS=69:1;VARBIAS=70:1;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01439425447094;MQ=60;SN=34.5;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=69;HICOV=138;LSEQ=AGAATCAGCTTGATTCAGCC;RSEQ=GTGGTGGCAGCATGGCTGGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:141:71:70,71:0.5035:69,1:70,1 chr1 11845570 . C T 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=156;END=11845570;VD=80;AF=0.5128;BIAS=1:1;REFBIAS=75:1;VARBIAS=79:1;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.05300844512773;MQ=60;SN=39;HIAF=0.5065;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=78;HICOV=154;LSEQ=GGGCCCAGCAACCTCGTATG;RSEQ=ACCACCTCTCCCCAGTTCTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:156:80:76,80:0.5128:75,1:79,1 chr1 11846092 . 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C G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=11851950;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=23.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=CTCCTCCTGCTCATGTTCCC;RSEQ=GTTTCCCCAGATGGTGCAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:5,0 chr1 11853599 . G C 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=11853599;VD=13;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=ACAAATATGGCTTACTGGAG;RSEQ=CTCAACCTCTCGGACTCAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:13:13:0,13:1:0,0:13,0 chr1 11854457 . 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T C 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=11860120;VD=133;AF=0.9925;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=131:2;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=266;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=133;HICOV=133;LSEQ=ATACAAAAGGAGCAAGGACA;RSEQ=GGTGCAGTTCACCTCTGCAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:134:133:0,133:0.9925:0,0:131,2 chr1 11860442 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=11860442;VD=2;AF=0.0129;BIAS=2:2;REFBIAS=29:123;VARBIAS=1:1;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.35269;ODDRATIO=4.18707867520831;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=CCTCCAGAGACCCTTTCTGT;RSEQ=CCCTCTACCTAGCCCCGACA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:2:152,2:0.0129:29,123:1,1 chr1 11860542 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=11860542;VD=2;AF=0.029;BIAS=1:2;REFBIAS=1:66;VARBIAS=1:1;PMEAN=51.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.05754;ODDRATIO=47.0145745181006;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0290;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=69;LSEQ=CTTTCTAGCACTTGGTAAGA;RSEQ=AGCAGGAGGGAAAAAAGCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:69:2:67,2:0.029:1,66:1,1 chr1 11860683 . T C 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=11860683;VD=16;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:15;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=16;HICOV=16;LSEQ=TCCCTACTTCTACCTGGGCA;RSEQ=GCCTGCCACCCTCTCCCATC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:1,15 chr1 11860843 . G A 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=11860843;VD=10;AF=0.5882;BIAS=0:0;REFBIAS=7:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9;HIAF=0.5625;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=9;HICOV=16;LSEQ=TTAGGTGGCCTGACAACAGC;RSEQ=GGCACCAGAGGCCTGACCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:17:10:7,10:0.5882:7,0:10,0 chr1 11861723 . C T 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=11861723;VD=27;AF=0.4091;BIAS=1:1;REFBIAS=0:39;VARBIAS=0:27;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.4154;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=27;HICOV=65;LSEQ=CTGGGCGTGGTGGCTCACGC;RSEQ=TGTAATCCCAGCACTTCAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:66:27:39,27:0.4091:0,39:0,27 chr1 11862533 . T TA 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=25;END=11862533;VD=2;AF=0.08;BIAS=1:0;REFBIAS=20:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=15.4;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=4;HIAF=0.0870;ADJAF=0.04;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=23;LSEQ=TACAGTAAAAGGCATAAACT;RSEQ=AAAAAAAAAACTGCAATTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:25:2:20,2:0.08:20,0:2,0 chr1 11863277 . G A 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=734;END=11863277;VD=359;AF=0.4891;BIAS=2:2;REFBIAS=166:207;VARBIAS=173:186;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.33551;ODDRATIO=1.15959506940176;MQ=60;SN=28.917;HIAF=0.4846;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=347;HICOV=716;LSEQ=GGCAGGTTCAAGCCGGAGGC;RSEQ=CTGTATTTCCACACAGGAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:734:359:373,359:0.4891:166,207:173,186 chr1 11864505 . C CA 33 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=2;END=11864505;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=29.9;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=ACAAAAGCAAAACTCCATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAACAAAAACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:0,2 chr1 11865284 . A AC 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=279;END=11865284;VD=124;AF=0.4444;BIAS=2:1;REFBIAS=135:17;VARBIAS=118:6;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.07873;ODDRATIO=2.46919677029062;MQ=60;SN=40.333;HIAF=0.4549;ADJAF=0.0036;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=121;HICOV=266;LSEQ=TCTTTCCCCAGTTCCCTGAG;RSEQ=CAGGACCGGTGTCCTGCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:124:152,124:0.4444:135,17:118,6 chr1 11865341 . C T 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=402;END=11865341;VD=194;AF=0.4826;BIAS=2:2;REFBIAS=152:54;VARBIAS=140:54;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.73634;ODDRATIO=1.08549;MQ=60;SN=37.8;HIAF=0.4797;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=189;HICOV=394;LSEQ=TGGCACACGGTGATAGCCAA;RSEQ=ATTCACTGAGCGCCAAAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:402:194:206,194:0.4826:152,54:140,54 chr1 11865664 . T C 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=739;END=11865664;VD=360;AF=0.4871;BIAS=2:2;REFBIAS=153:224;VARBIAS=163:197;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.20624;ODDRATIO=1.2110496167028;MQ=60;SN=179;HIAF=0.4918;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=358;HICOV=728;LSEQ=AGGACACGGGCCTGGGCCGG;RSEQ=CAGAGGGGCGGGATCGTCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:739:360:377,360:0.4871:153,224:163,197 chr1 11865804 . A G 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=665;END=11865804;VD=323;AF=0.4857;BIAS=2:2;REFBIAS=182:156;VARBIAS=157:166;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.18636;ODDRATIO=1.23314;MQ=60;SN=322;HIAF=0.5055;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=322;HICOV=637;LSEQ=AATCCCGCGAAGGGTGCGCA;RSEQ=GGGAGGCGGCAGCCCCCCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:665:323:338,323:0.4857:182,156:157,166 chr1 11865816 . G GC 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=647;END=11865816;VD=14;AF=0.0216;BIAS=2:2;REFBIAS=327:277;VARBIAS=8:6;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=37.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.12922896246443;MQ=62.8;SN=28;HIAF=0.0229;ADJAF=0.0015;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=14;HICOV=612;LSEQ=GGTGCGCAAGGGAGGCGGCA;RSEQ=CCCCCCCCAAGAAGAGAGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:647:14:604,14:0.0216:327,277:8,6 chr1 11994997 . G T 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=406;END=11994997;VD=5;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=123:278;VARBIAS=2:3;PMEAN=25.4;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.64559;ODDRATIO=1.50516270808874;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0100;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=402;LSEQ=TCCCTGGGAACGACCTGAAT;RSEQ=GGAGGCCTGGGCTGGAGAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:406:5:401,5:0.0123:123,278:2,3 chr1 11995245 . G GT 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=51;END=11995245;VD=22;AF=0.4314;BIAS=1:1;REFBIAS=0:29;VARBIAS=0:22;PMEAN=30.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.4400;ADJAF=0.0588;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=22;HICOV=50;LSEQ=TAGGCATGATTGCTACCCTG;RSEQ=TAAGTGTTTCCTTCTATTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:51:22:29,22:0.4314:0,29:0,22 chr1 12004327 . C T 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=12004327;VD=19;AF=0.2923;BIAS=1:1;REFBIAS=45:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8.5;HIAF=0.2742;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=17;HICOV=62;LSEQ=TCTGGCACACAGAAAATGCT;RSEQ=GATGAAGGTAAGCCATTATT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:65:19:45,19:0.2923:45,0:19,0 chr1 12004467 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=12004467;VD=2;AF=0.0152;BIAS=2:2;REFBIAS=114:16;VARBIAS=1:1;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.24185;ODDRATIO=6.94249;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0174;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=115;LSEQ=CCATCAAGAATCCTGAATTG;RSEQ=GCATGCACGCGTACACACAC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:2:130,2:0.0152:114,16:1,1 chr1 12004479 . T TACACACAC 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=167;END=12004479;VD=55;AF=0.3293;BIAS=2:2;REFBIAS=37:8;VARBIAS=42:13;PMEAN=23.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.62264;ODDRATIO=1.42647;MQ=60.6;SN=110;HIAF=0.5500;ADJAF=0.1198;SHIFT3=32;MSI=20;MSILEN=2;NM=2.7;HICNT=55;HICOV=100;LSEQ=CTGAATTGCGCATGCACGCG;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:55:45,55:0.3293:37,8:42,13 chr1 12004512 . T A 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=12004512;VD=87;AF=0.4628;BIAS=2:2;REFBIAS=74:26;VARBIAS=70:17;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.3839;ODDRATIO=1.4438973677751;MQ=60;SN=13.5;HIAF=0.4737;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=4;NM=2.8;HICNT=81;HICOV=171;LSEQ=ACACACACACACACACACAC;RSEQ=CACTCACATGCTCTCACGCT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:188:87:100,87:0.4628:74,26:70,17 chr1 12004694 . C T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=463;END=12004694;VD=225;AF=0.486;BIAS=2:2;REFBIAS=98:139;VARBIAS=114:111;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.04996;ODDRATIO=1.45547695979973;MQ=60;SN=44;HIAF=0.4825;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=220;HICOV=456;LSEQ=TCCCCAAGTGTGAGCAGCAT;RSEQ=CCTCGTTTCTGGATCCCAGG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:463:225:237,225:0.486:98,139:114,111 chr1 12004999 . G A 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=12004999;VD=45;AF=0.5625;BIAS=1:1;REFBIAS=0:35;VARBIAS=0:45;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=90;HIAF=0.5625;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=45;HICOV=80;LSEQ=TCAATCTGGCCACCAGGTGA;RSEQ=AAGTGTAAGCTGCAGACCCT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:80:45:35,45:0.5625:0,35:0,45 chr1 12007983 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=12007983;VD=2;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=120:57;VARBIAS=1:1;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.54428;ODDRATIO=2.09576;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=177;LSEQ=AACAAAGACCTCCTCCCTGT;RSEQ=ACCTCCCTCATCCTCCATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:2:177,2:0.0112:120,57:1,1 chr1 12009462 . G A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=12009462;VD=7;AF=0.7;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=18.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.7000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=7;HICOV=10;LSEQ=CAGAGTTGCTGGACCCACAG;RSEQ=AGCAAAAAAATTATTTCTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:7:3,7:0.7:3,0:7,0 chr1 12010778 . A G 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=12010778;VD=50;AF=0.4032;BIAS=1:1;REFBIAS=0:73;VARBIAS=0:50;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.4068;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=48;HICOV=118;LSEQ=CAACAGACACGCAGCCCCAT;RSEQ=GACAGAACCCAGGAGTCACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:50:73,50:0.4032:0,73:0,50 chr1 12010937 . G A 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=12010937;VD=7;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:7;PMEAN=49.4;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=6;HICOV=13;LSEQ=CTCAGCTCACTGCAGCCTCC;RSEQ=CCTCTTGGGCTCAAGCAATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:14:7:7,7:0.5:0,7:0,7 chr1 12012846 . C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=12012846;VD=3;AF=0.0164;BIAS=2:2;REFBIAS=46:134;VARBIAS=1:2;PMEAN=22.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.45327713995059;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0168;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=179;LSEQ=CTGGGGATCCACCGGCCAGG;RSEQ=TGCACGGGAACAGCTCCTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:3:180,3:0.0164:46,134:1,2 chr1 12012937 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=12012937;VD=2;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=0:104;VARBIAS=0:2;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0192;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=104;LSEQ=AAACTGCCATAGGCTGGGTG;RSEQ=CTCCCAAACAACGGATGTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:2:104,2:0.0189:0,104:0,2 chr1 12012981 . G C 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=85;END=12012981;VD=42;AF=0.4941;BIAS=1:1;REFBIAS=0:42;VARBIAS=0:42;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=0.4881;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=41;HICOV=84;LSEQ=TCTCATGGTTCTGGAGGCCG;RSEQ=AAGGGTGAGATCACAGTTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:85:42:42,42:0.4941:0,42:0,42 chr1 12013033 . C G 174 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=54;END=12013033;VD=27;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:27;VARBIAS=1:26;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.5094;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=27;HICOV=53;LSEQ=AGCCCTCTAACTGGTACAGA;RSEQ=ACAGCTGACTTCTCTCTGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:54:27:27,27:0.5:0,27:1,26 chr1 12014784 . T A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=12014784;VD=3;AF=0.0248;BIAS=2:0;REFBIAS=100:17;VARBIAS=3:0;PMEAN=21.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=105;LSEQ=GGCAGAGTCGGTGTGGGGAA;RSEQ=GAGGGCTGAACTTGGGGACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:121:3:117,3:0.0248:100,17:3,0 chr1 12014812 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=12014812;VD=2;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=121:41;VARBIAS=1:1;PMEAN=58;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.44778;ODDRATIO=2.92772;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=163;LSEQ=GAACTTGGGGACAGATTCCC;RSEQ=ACACTGGGTGAGATGTAGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:162,2:0.0122:121,41:1,1 chr1 12015244 . T G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=55;END=12015244;VD=3;AF=0.0545;BIAS=1:0;REFBIAS=0:52;VARBIAS=0:3;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=52;LSEQ=TCCTTACAGGTGGGCCCTCT;RSEQ=TCCCCACTTTCCCGGCCCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:55:3:52,3:0.0545:0,52:0,3 chr1 12015299 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=12015299;VD=2;AF=0.0833;BIAS=1:0;REFBIAS=0:22;VARBIAS=0:2;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0833;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=24;LSEQ=AAGGAGTCCTGGGCTAGGGG;RSEQ=AGGAACTCAGCTGGTGGGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:24:2:22,2:0.0833:0,22:0,2 chr1 12016819 . AT A 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=64;END=12016820;VD=32;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=32:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.5079;ADJAF=0.0312;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=32;HICOV=63;LSEQ=ATGAAGAAGGGATTATTCCT;RSEQ=TTTATAGATGAGGAAACTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:64:32:32,32:0.5:32,0:32,0 chr1 12017069 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=12017069;VD=3;AF=0.0127;BIAS=2:2;REFBIAS=138:95;VARBIAS=1:2;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.56988;ODDRATIO=2.89209;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0090;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=222;LSEQ=TCCATGGCAACGGGCCAACC;RSEQ=AGGTAGGGGGTCCCCAGCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:236:3:233,3:0.0127:138,95:1,2 chr1 12017731 . A G 179 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=68;END=12017731;VD=30;AF=0.4412;BIAS=1:1;REFBIAS=38:0;VARBIAS=30:0;PMEAN=44.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=30;HICOV=65;LSEQ=GCCCTCCCCTGCCCTCTCTC;RSEQ=GAGCGGCTTGGTGATCTCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:68:30:38,30:0.4412:38,0:30,0 chr1 12018948 . C T 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=12018948;VD=46;AF=0.3802;BIAS=1:1;REFBIAS=1:72;VARBIAS=0:46;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92;HIAF=0.3898;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=46;HICOV=118;LSEQ=CATTACTCAACCTCTCTGTG;RSEQ=TTTAGTTTCTCATCTATAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:121:46:73,46:0.3802:1,72:0,46 chr1 12020412 . A G 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=12020412;VD=19;AF=0.4634;BIAS=1:1;REFBIAS=22:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.4634;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=19;HICOV=41;LSEQ=TGGGCCACACCCAGGAATCA;RSEQ=CAATGTCTCTGGATGTGGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:41:19:22,19:0.4634:22,0:19,0 chr1 12020687 . C T 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=288;END=12020687;VD=168;AF=0.5833;BIAS=2:2;REFBIAS=74:43;VARBIAS=120:48;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.15688;ODDRATIO=1.45072608840725;MQ=60;SN=20;HIAF=0.5818;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=160;HICOV=275;LSEQ=TCACCCCCGCATCCCCTTCC;RSEQ=CATCCCCAACCCCAGGAGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:288:168:117,168:0.5833:74,43:120,48 chr1 12020691 . C G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=295;END=12020691;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=191:96;VARBIAS=2:1;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0052170766277;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0075;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=266;LSEQ=CCCCGCATCCCCTTCCCCAT;RSEQ=CCCAACCCCAGGAGCAGCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:3:287,3:0.0102:191,96:2,1 chr1 12021284 . TA T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=11;END=12021285;VD=3;AF=0.2727;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:3;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.2727;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=11;LSEQ=GACCCTATCTCTTCAAAAAT;RSEQ=AAAAAAAATAGCCAAGTGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:3:8,3:0.2727:0,8:0,3 chr1 12023765 . TTCC T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=174;END=12023768;VD=6;AF=0.0345;BIAS=2:2;REFBIAS=35:132;VARBIAS=1:5;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.32375;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0370;ADJAF=0.0115;SHIFT3=14;MSI=5;MSILEN=3;NM=0.8;HICNT=6;HICOV=162;LSEQ=GGGTGGCAGCCCTCCTTGCC;RSEQ=TCCTCCTCCTCCTCATCCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:6:167,6:0.0345:35,132:1,5 chr1 12023828 . C CTCCTCCTCGTCT 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=146;END=12023828;VD=70;AF=0.4795;BIAS=2:2;REFBIAS=6:61;VARBIAS=4:66;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.52592;ODDRATIO=1.61725;MQ=60.5;SN=69;HIAF=0.5000;ADJAF=0.2055;SHIFT3=19;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=69;HICOV=138;LSEQ=TCCTTCTCCTGCTCCTCTTT;RSEQ=TCCTCCTCGTCTTCCTCCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:146:70:67,70:0.4795:6,61:4,66 chr1 12024038 . G T 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=12024038;VD=56;AF=0.4553;BIAS=1:2;REFBIAS=64:3;VARBIAS=53:3;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.20568;MQ=60;SN=55;HIAF=0.4583;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=55;HICOV=120;LSEQ=TGCCCTGTCTGCTCCTGGCT;RSEQ=CCCCATGGGAGGGAGCAGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:123:56:67,56:0.4553:64,3:53,3 chr1 12024869 . C T 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=414;END=12024869;VD=203;AF=0.4903;BIAS=2:2;REFBIAS=78:131;VARBIAS=83:120;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.48065;ODDRATIO=1.16122439500209;MQ=60;SN=24.375;HIAF=0.4827;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=195;HICOV=404;LSEQ=CAGGAGCGGGCAGCACAGGA;RSEQ=GCCCTCTGGATGGGGCAGGC;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:414:203:209,203:0.4903:78,131:83,120 chr1 12024923 . T C 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=331;END=12024923;VD=172;AF=0.5196;BIAS=2:2;REFBIAS=38:120;VARBIAS=38:134;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.69619;ODDRATIO=1.11629;MQ=60;SN=171;HIAF=0.5213;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=171;HICOV=328;LSEQ=TCCAGCTCTGACCCTCATGG;RSEQ=GGGCCGCCTTGTCACCGTAG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:331:172:158,172:0.5196:38,120:38,134 chr1 12025277 . A G 145 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=12025277;VD=17;AF=0.5312;BIAS=2:2;REFBIAS=12:3;VARBIAS=14:3;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.16103564379426;MQ=60;SN=34;HIAF=0.5667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=17;HICOV=30;LSEQ=CAACATTTCAGGACCAGAAC;RSEQ=CGCTCCTTTTCTTTTACGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:32:17:15,17:0.5312:12,3:14,3 chr1 12025353 . T C 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=12025353;VD=36;AF=0.4932;BIAS=1:1;REFBIAS=37:0;VARBIAS=36:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=0.4932;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=36;HICOV=73;LSEQ=GACTTCCCTGATCACATTCT;RSEQ=AGTGTCAGGCCTGGGCTGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:36:37,36:0.4932:37,0:36,0 chr1 12025401 . T C 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=83;END=12025401;VD=42;AF=0.506;BIAS=1:1;REFBIAS=41:0;VARBIAS=42:0;PMEAN=45.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=0.5190;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=41;HICOV=79;LSEQ=GACATAGCGGTGACTGCACT;RSEQ=GGTCTCTGATATTGGGAACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:83:42:41,42:0.506:41,0:42,0 chr1 12025508 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=12025508;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:0;REFBIAS=96:54;VARBIAS=2:0;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53886;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=CAGGGGAGGGGTGGGGGAGC;RSEQ=CCTCTTCCACCGGGCCTGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:2:150,2:0.0132:96,54:2,0 chr1 12026090 . A G 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=50;END=12026090;VD=18;AF=0.36;BIAS=1:1;REFBIAS=32:0;VARBIAS=17:1;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.36;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.3600;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=18;HICOV=50;LSEQ=ACATGCCTGCACACAGACAT;RSEQ=TACACACAAGCACACACATG;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:50:18:32,18:0.36:32,0:17,1 chr1 12026381 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=12026381;VD=2;AF=0.0122;BIAS=2:0;REFBIAS=48:114;VARBIAS=0:2;PMEAN=48.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=163;LSEQ=GCTGGTGGAGACGGTAAGGG;RSEQ=CATGGACACCCTCTTGGACC;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:162,2:0.0122:48,114:0,2 chr1 12027188 . G A 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=229;END=12027188;VD=127;AF=0.5546;BIAS=2:2;REFBIAS=45:57;VARBIAS=44:83;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.17275;ODDRATIO=1.48658;MQ=60;SN=17.143;HIAF=0.5405;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=120;HICOV=222;LSEQ=GCTGGGGCCGCAGGGAGGCT;RSEQ=CCTCTCCATCAGTGCCGCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:229:127:102,127:0.5546:45,57:44,83 chr1 12027211 . T A 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=12027211;VD=108;AF=0.5775;BIAS=2:2;REFBIAS=22:56;VARBIAS=25:83;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.49506;ODDRATIO=1.30238;MQ=60;SN=216;HIAF=0.5870;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=108;HICOV=184;LSEQ=TCTCCATCAGTGCCGCTCAC;RSEQ=GTCTGGGGTCTTCTGGCAAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:187:108:78,108:0.5775:22,56:25,83 chr1 12030995 . A G 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=12030995;VD=8;AF=0.2;BIAS=1:0;REFBIAS=1:24;VARBIAS=0:8;PMEAN=11.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.2581;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=8;HICOV=31;LSEQ=GGAGGGGCCGAGGTGGAGTG;RSEQ=GGGTGTGGGGAGCGTGGGAG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:40:8:25,8:0.2:1,24:0,8 chr1 12033113 . A G 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=313;END=12033113;VD=135;AF=0.4313;BIAS=2:2;REFBIAS=54:121;VARBIAS=39:96;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.8027;ODDRATIO=1.0982;MQ=60;SN=66.5;HIAF=0.4332;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=133;HICOV=307;LSEQ=GGGATGAGGAGGGCTAGCTG;RSEQ=GGAGAGGCTTCAGGGTGGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:313:135:175,135:0.4313:54,121:39,96 chr1 12033120 . G C 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=302;END=12033120;VD=133;AF=0.4404;BIAS=2:2;REFBIAS=50:119;VARBIAS=35:98;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.60644;ODDRATIO=1.17584;MQ=60;SN=43.333;HIAF=0.4362;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=130;HICOV=298;LSEQ=GGAGGGCTAGCTGAGGAGAG;RSEQ=CTTCAGGGTGGTTGAGGCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:302:133:169,133:0.4404:50,119:35,98 chr1 12033185 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=218;END=12033185;VD=3;AF=0.0138;BIAS=2:2;REFBIAS=18:197;VARBIAS=1:2;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.24035;ODDRATIO=5.39257981018119;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0100;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=200;LSEQ=GAGAACCAGAAAAAAAAGGA;RSEQ=GTGGGTCTGTGGGAGGGCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:218:3:215,3:0.0138:18,197:1,2 chr1 12033430 . A G 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=12033430;VD=9;AF=0.45;BIAS=0:0;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:9;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=9;HICOV=18;LSEQ=AGCTGGGCGTGGTAGCACAC;RSEQ=CCTGTAATCTTAGCTACCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:20:9:11,9:0.45:0,11:0,9 chr1 12034509 . G A 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=108;END=12034509;VD=45;AF=0.4167;BIAS=1:1;REFBIAS=63:0;VARBIAS=45:0;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.5;HIAF=0.4175;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=43;HICOV=103;LSEQ=CTTGGCCTGCCAAAGTGCTG;RSEQ=GATTACAGGCGTGAGCCACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:108:45:63,45:0.4167:63,0:45,0 chr1 12034805 . T C 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=538;END=12034805;VD=267;AF=0.4963;BIAS=2:2;REFBIAS=163:102;VARBIAS=167:100;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.85825;ODDRATIO=1.04496483693324;MQ=60;SN=132.5;HIAF=0.5048;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=265;HICOV=525;LSEQ=GGACGACTCACGCATTACCA;RSEQ=GAGGGGCTCCCCACCACCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:538:267:265,267:0.4963:163,102:167,100 chr1 12035305 . G C 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=675;END=12035305;VD=326;AF=0.483;BIAS=2:2;REFBIAS=168:178;VARBIAS=163:163;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.75753;ODDRATIO=1.05941181456056;MQ=60;SN=14.524;HIAF=0.4743;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=305;HICOV=643;LSEQ=ACCAGGGACTTCTGCTTCAA;RSEQ=TTTTGGGGTAAAGACACCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:675:326:346,326:0.483:168,178:163,163 chr1 12035677 . C CT 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=286;END=12035677;VD=82;AF=0.2867;BIAS=2:2;REFBIAS=39:98;VARBIAS=13:68;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=0.04802;ODDRATIO=2.075;MQ=60;SN=5.75;HIAF=0.3350;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=69;HICOV=206;LSEQ=AGAGAGGTTTTAAGAGCCCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTCTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:286:82:137,82:0.2867:39,98:13,68 chr1 12035725 . C T 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=12035725;VD=101;AF=0.543;BIAS=1:1;REFBIAS=3:82;VARBIAS=1:100;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.33315;ODDRATIO=3.63473;MQ=60;SN=32.667;HIAF=0.5414;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=98;HICOV=181;LSEQ=CAGAGTCTCACTCTGTCTTC;RSEQ=AGGCTGGAGTGCAATGACGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:186:101:85,101:0.543:3,82:1,100 chr1 17732965 . G GCCT 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=33;END=17732965;VD=31;AF=0.9394;BIAS=0:1;REFBIAS=2:0;VARBIAS=30:1;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.6;SN=62;HIAF=0.9394;ADJAF=0.1818;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.1;HICNT=31;HICOV=33;LSEQ=ATGCAGTCACCGCGCTGGAT;RSEQ=CCTCCCATGACTTATTTTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:33:31:2,31:0.9394:2,0:30,1 chr1 17733136 . C T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=86;END=17733136;VD=86;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=68:18;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=85;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=85;HICOV=85;LSEQ=AGTTTAAACCTGGAAGCTCC;RSEQ=CTGGGGCCACATGTCTCCTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:86:86:0,86:1:0,0:68,18 chr1 17733147 . A C 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=88;END=17733147;VD=87;AF=0.9886;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=62:25;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=0.9885;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=86;HICOV=87;LSEQ=GGAAGCTCCCCTGGGGCCAC;RSEQ=TGTCTCCTGGCACCACCTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:88:87:0,87:0.9886:0,0:62,25 chr1 17733267 . ATGT A 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=154;END=17733270;VD=143;AF=0.9286;BIAS=2:2;REFBIAS=3:7;VARBIAS=55:88;PMEAN=46.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.74294;ODDRATIO=1.45490521292538;MQ=59.9;SN=286;HIAF=0.9533;ADJAF=0.0779;SHIFT3=7;MSI=3;MSILEN=3;NM=0.6;HICNT=143;HICOV=150;LSEQ=AAAATCCAAGACAGTAGACA;RSEQ=TGTTGTTTATTTAAAATGTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:154:143:10,143:0.9286:3,7:55,88 chr1 17733564 . T G 134 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=17733564;VD=15;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:15;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=14;HICOV=14;LSEQ=TAACCCATTAGGAAGCCCAT;RSEQ=TTTCAATCTAAGCCAGAAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:15:15:0,15:1:0,0:0,15 chr1 20977854 . A ATTC 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=23;END=20977854;VD=10;AF=0.4348;BIAS=1:0;REFBIAS=13:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.6;SN=20;HIAF=0.4348;ADJAF=0.0435;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=10;HICOV=23;LSEQ=AATATTTGGCTTTAAGAATG;RSEQ=TTCTTATACTCTGAAGGTGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:23:10:13,10:0.4348:13,0:10,0 chr1 20978027 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=135;END=20978027;VD=2;AF=0.0148;BIAS=1:0;REFBIAS=131:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=134;LSEQ=TGTTCTAGTTTTCTCTTCCC;RSEQ=AGCACTGTCATCTAGATTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:135:2:133,2:0.0148:131,2:2,0 chr1 20978058 . G A 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=20978058;VD=90;AF=0.5806;BIAS=2:2;REFBIAS=56:6;VARBIAS=85:5;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.35701;ODDRATIO=1.81399314310592;MQ=60;SN=17;HIAF=0.5782;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=85;HICOV=147;LSEQ=TCTAGATTTTCCATTTCAGT;RSEQ=ATTCCCACCCCTCGGTCTAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:155:90:62,90:0.5806:56,6:85,5 chr1 20978126 . C CCAT 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=207;END=20978126;VD=109;AF=0.5266;BIAS=2:2;REFBIAS=71:27;VARBIAS=79:29;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03577569241605;MQ=60.3;SN=218;HIAF=0.5423;ADJAF=0.0966;SHIFT3=6;MSI=3;MSILEN=3;NM=1.1;HICNT=109;HICOV=201;LSEQ=TGAGGAGACGTTAGGGAGAA;RSEQ=CATCATTTCACAGTTAAAAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:207:109:98,109:0.5266:71,27:79,29 chr1 20978183 . C CACTT 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=291;END=20978183;VD=287;AF=0.9863;BIAS=2:2;REFBIAS=8:2;VARBIAS=127:160;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.0473;ODDRATIO=5.01492;MQ=60.1;SN=574;HIAF=0.9663;ADJAF=0.1168;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=287;HICOV=297;LSEQ=TAGGCAAAATTTCATGAAGC;RSEQ=ACTTAGGATTTTGTATCCAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:291:287:10,287:0.9863:8,2:127,160 chr1 20978221 . C T 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=264;END=20978221;VD=138;AF=0.5227;BIAS=2:2;REFBIAS=51:72;VARBIAS=41:97;PMEAN=48.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.0523;ODDRATIO=1.6725;MQ=60;SN=33.5;HIAF=0.5234;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=134;HICOV=256;LSEQ=CAGTCAGTCATCACCCACAG;RSEQ=AACCCCCACCCACAGCCATT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:264:138:123,138:0.5227:51,72:41,97 chr1 20978294 . TTTTA T 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=136;END=20978298;VD=49;AF=0.3603;BIAS=2:2;REFBIAS=17:25;VARBIAS=3:46;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=9e-05;ODDRATIO=10.15474;MQ=60;SN=98;HIAF=0.3740;ADJAF=0.0515;SHIFT3=33;MSI=9;MSILEN=4;NM=0.4;HICNT=49;HICOV=131;LSEQ=AGGGCAACATCTCGCTTTAT;RSEQ=TTTATTTATTTATTTATTTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:136:49:42,49:0.3603:17,25:3,46 chr1 20978410 . T C 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=20978410;VD=42;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:40;VARBIAS=0:42;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84;HIAF=0.5316;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=42;HICOV=79;LSEQ=CTCACTGCAAGCTCTGCCTC;RSEQ=TGGATTCATGCCTTTCTCCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:84:42:40,42:0.5:0,40:0,42 chr1 22443689 . A G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=22443689;VD=3;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=237:14;VARBIAS=2:1;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.16753;ODDRATIO=8.29731;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=244;LSEQ=GGCCCTCAAACCACCTATTA;RSEQ=GAAGGCAAAGGGGCCCCTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:3:251,3:0.0118:237,14:2,1 chr1 22443760 . C T 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=427;END=22443760;VD=209;AF=0.4895;BIAS=2:2;REFBIAS=159:58;VARBIAS=168:41;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.08646;ODDRATIO=1.49327280600893;MQ=60;SN=25.125;HIAF=0.4832;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=201;HICOV=416;LSEQ=TCCCATGACCTTCTCCAAGT;RSEQ=TCTTCTCCCTATTCTATAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:427:209:217,209:0.4895:159,58:168,41 chr1 22444409 . AT A 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=728;END=22444410;VD=9;AF=0.0124;BIAS=2:2;REFBIAS=362:357;VARBIAS=6:3;PMEAN=21.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.50533;ODDRATIO=1.9705986678753;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0125;ADJAF=0.0027;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=9;HICOV=720;LSEQ=CTCTGCTAGTGAGGCATAGT;RSEQ=TTTTTTTGGGCTTAGTAGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:728:9:719,9:0.0124:362,357:6,3 chr1 22444490 . A C 344 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=719;END=22444490;VD=716;AF=0.9958;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=367:349;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=88.5;HIAF=0.9972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=708;HICOV=710;LSEQ=GCAGCTGTGGCGACAGTTGG;RSEQ=TCAGCTTTCATCCACATCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:719:716:0,716:0.9958:0,0:367,349 chr1 22444810 . C A 332 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=753;END=22444810;VD=751;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=375:376;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.088;HIAF=0.9986;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=717;HICOV=718;LSEQ=ATCACAGAGCATAAAATCTC;RSEQ=GACCTGAAACTTAGAGCCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:753:751:1,751:0.9973:1,0:375,376 chr1 22444859 . T G 350 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=766;END=22444859;VD=764;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=405:359;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.47059;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=190;HIAF=0.9987;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=760;HICOV=761;LSEQ=GGCAGTCTGGAAAGTGGGCT;RSEQ=ACAGCAACTTCCTCTGGTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:766:764:1,764:0.9974:0,1:405,359 chr1 22444975 . C T 338 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=741;END=22444975;VD=738;AF=0.996;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=377:361;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.52;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=713;HICOV=713;LSEQ=CGGGGCTCGTGATGGTTTGG;RSEQ=GGTTGTACAGGGTCAGGCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:741:738:0,738:0.996:0,0:377,361 chr1 22445616 . CAG C 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=649;END=22445618;VD=649;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=378:271;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=107.167;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1125;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=643;HICOV=643;LSEQ=CAGTGCTGTGAAAGGTGACT;RSEQ=GGGCATGACTGCAAAGGCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:649:649:0,649:1:0,0:378,271 chr1 22445664 . GGT G 115 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=593;END=22445666;VD=11;AF=0.0185;BIAS=2:2;REFBIAS=291:283;VARBIAS=7:4;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=0.54574;ODDRATIO=1.70036217714373;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0196;ADJAF=0.0017;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=10;HICOV=511;LSEQ=TTTCCTCCCTCTCTCTCGCA;RSEQ=GTGTGTGTGTGTCCGTGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:593:11:574,11:0.0185:291,283:7,4 chr1 22445679 . CC GT 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=562;END=22445680;VD=9;AF=0.016;BIAS=2:2;REFBIAS=286:213;VARBIAS=1:8;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=31.3;QSTD=1;SBF=0.01222;ODDRATIO=10.70127;MQ=53.1;SN=3.5;HIAF=0.0166;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=7;HICOV=421;LSEQ=TCGCAGGTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:562:9:499,9:0.016:286,213:1,8 chr1 22445680 . C CGTGTGTGTGG 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=579;END=22445680;VD=21;AF=0.0363;BIAS=2:2;REFBIAS=132:112;VARBIAS=6:14;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=0.06022;ODDRATIO=2.7398;MQ=59.2;SN=42;HIAF=0.0963;ADJAF=0.0328;SHIFT3=9;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=21;HICOV=218;LSEQ=CGCAGGTGTGTGTGTGTGTC;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:579:21:244,21:0.0363:132,112:6,14 chr1 22445721 . G T 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=563;END=22445721;VD=215;AF=0.3819;BIAS=2:2;REFBIAS=97:26;VARBIAS=50:165;PMEAN=30.1;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=12.19576;MQ=59.4;SN=16.917;HIAF=0.3852;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=16;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=203;HICOV=527;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=TTTCAGTTTCATGGAGGAAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:563:215:123,215:0.3819:97,26:50,165 chr1 22445725 . CAGTTTCATGGAGG TTCAGTGTCAGAGGGA 97 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=499;END=22445738;VD=8;AF=0.016;BIAS=2:2;REFBIAS=159:317;VARBIAS=2:6;PMEAN=9.4;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.50355;MQ=60;SN=7;HIAF=0.0163;ADJAF=0.014;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=7;HICOV=429;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTTT;RSEQ=AACAGCGCTGTGAAAGGTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:499:8:476,8:0.016:159,317:2,6 chr1 22447105 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=22447105;VD=2;AF=0.0103;BIAS=1:0;REFBIAS=4:188;VARBIAS=0:2;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=193;LSEQ=AGCCGAGCATCGGGGTCCCT;RSEQ=GGGCTGACGCTGCAGTCAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:2:192,2:0.0103:4,188:0,2 chr1 22447148 . G C 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=22447148;VD=137;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:137;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=67.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=135;HICOV=135;LSEQ=TGCCGTTGTGCCTCCTCTTA;RSEQ=GAATTACGCGGTACTGGGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:137:137:0,137:1:0,0:0,137 chr1 22447316 . A G 179 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=22447316;VD=31;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=11:20;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=31;HICOV=31;LSEQ=CACTGCTGCATTTAACCTCC;RSEQ=CGGGAACCTTGGGGAGTAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:31:31:0,31:1:0,0:11,20 chr1 22447523 . G A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=226;END=22447523;VD=225;AF=0.9956;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=224:1;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=55.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=221;HICOV=221;LSEQ=CACTTACCCCATTCTGTAAC;RSEQ=CCTGCCTGCCTGTCTGTACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:226:225:0,225:0.9956:0,0:224,1 chr1 22447645 . C CTG 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=438;END=22447645;VD=417;AF=0.9521;BIAS=0:2;REFBIAS=10:0;VARBIAS=280:137;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.03455;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=207.5;HIAF=0.9629;ADJAF=0.0776;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=415;HICOV=431;LSEQ=GGCCGTGTGGGTGGGAGAGT;RSEQ=TGGGGCCCTGCCCATGCTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:438:417:10,417:0.9521:10,0:280,137 chr1 22447648 . G T 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=441;END=22447648;VD=6;AF=0.0136;BIAS=2:0;REFBIAS=297:138;VARBIAS=6:0;PMEAN=12.2;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=0.18336;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=5;HICOV=437;LSEQ=CGTGTGGGTGGGAGAGTCTG;RSEQ=GGCCCTGCCCATGCTATCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:441:6:435,6:0.0136:297,138:6,0 chr1 22455915 . A C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=22455915;VD=2;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=149:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=51.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=150;LSEQ=GGCCCCCATCCCACACATAC;RSEQ=TCCCACCTGGATCATCCTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:2:149,2:0.0132:149,0:2,0 chr1 22456347 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=369;END=22456347;VD=4;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=89:276;VARBIAS=2:2;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.25542;ODDRATIO=3.08928019771393;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=367;LSEQ=GACAGCTTGGCCAGGTACCT;RSEQ=GGGAGAGGGTGACACGTGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:369:4:365,4:0.0108:89,276:2,2 chr1 22466582 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=22466582;VD=2;AF=0.0136;BIAS=1:0;REFBIAS=142:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=61.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=145;LSEQ=CTGGCTCTCGCCACTGGCCA;RSEQ=CAGACCCACCCTGGACTCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:2:145,2:0.0136:142,3:2,0 chr1 22466830 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=22466830;VD=2;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=54:141;VARBIAS=1:1;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.48146;ODDRATIO=2.59645843070052;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=194;LSEQ=TGGGCAGTTACCTCTGCGAT;RSEQ=CCCAATCTTCTCATCTGTAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:2:195,2:0.0102:54,141:1,1 chr1 22469243 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=22469243;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=109:40;VARBIAS=1:1;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.47064;ODDRATIO=2.70388;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0134;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=149;LSEQ=GCCGAGACACCTGCCGGGCT;RSEQ=CCCCGCGCCCGCTGCCCCGC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:2:149,2:0.0132:109,40:1,1 chr1 22469427 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=22469427;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=55:95;VARBIAS=1:1;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.72069653795857;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=GGGACTCATGGTGCCGCCGC;RSEQ=GGCGCCCGGCCCGGGGCAGC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:2:150,2:0.0132:55,95:1,1 chr1 22469513 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=126;END=22469513;VD=2;AF=0.0159;BIAS=2:2;REFBIAS=13:110;VARBIAS=1:1;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.21226;ODDRATIO=8.19000819000819;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=CCGCGGGCGGGCCGGGGCGC;RSEQ=CGCGGCGGGGCTCTGCCTCC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:2:123,2:0.0159:13,110:1,1 chr1 22469647 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=22469647;VD=3;AF=0.2;BIAS=2:0;REFBIAS=2:10;VARBIAS=0:3;PMEAN=15.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.1538;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=13;LSEQ=GGCGGCGGCGGCGGCGGCGG;RSEQ=GGCGGGCGGGCGGGCGGGCG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:15:3:12,3:0.2:2,10:0,3 chr1 22470115 . G A 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=107;END=22470115;VD=104;AF=0.972;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=82:22;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=98;HICOV=98;LSEQ=CAGGCGCTGGCGCTCCGGGT;RSEQ=CCTGGGGCTGCACATCGGGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:107:104:0,104:0.972:0,0:82,22 chr1 22470407 . C T 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=336;END=22470407;VD=161;AF=0.4792;BIAS=2:2;REFBIAS=69:106;VARBIAS=78:83;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.10015;ODDRATIO=1.44206503713317;MQ=60;SN=79.5;HIAF=0.4775;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=159;HICOV=333;LSEQ=TCCGGGAAGTGGGCTTAAGA;RSEQ=GCTGTGATTGGGAGGACAGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:336:161:175,161:0.4792:69,106:78,83 chr1 22470451 . G C 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=356;END=22470451;VD=166;AF=0.4663;BIAS=2:2;REFBIAS=69:120;VARBIAS=66:100;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.58404;ODDRATIO=1.14738110263324;MQ=60;SN=54.333;HIAF=0.4697;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=163;HICOV=347;LSEQ=AGTTTAGGGAAGCTCTCTTG;RSEQ=CTCACTCACCAAGTCTTACT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:356:166:189,166:0.4663:69,120:66,100 chr1 22470642 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=22470642;VD=2;AF=0.0215;BIAS=1:0;REFBIAS=0:91;VARBIAS=0:2;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0230;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=87;LSEQ=GGCTAGTCCAGAGAGCTCAA;RSEQ=TCCACATCACTGTAACCCCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:2:91,2:0.0215:0,91:0,2 chr1 22470882 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=22470882;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:2;PMEAN=23.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=ATGCCCTCACCCCCTGATCT;RSEQ=AGTTCTTCACTGATTTTGGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:3:2:1,2:0.6667:0,1:0,2 chr1 26516845 . T C 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=26516845;VD=46;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=46:0;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=46;HICOV=46;LSEQ=CTGGATCCAAGGCAGGGACA;RSEQ=GTCCCTGTGACTCCATTCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:46:46:0,46:1:0,0:46,0 chr1 26517013 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=227;END=26517013;VD=3;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=219:5;VARBIAS=3:0;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0091;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=219;LSEQ=GGTTGGAATTCCTCAGTAGA;RSEQ=TGCAGACGGCTGGAGGTCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:227:3:224,3:0.0132:219,5:3,0 chr1 26517134 . A C 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=432;END=26517134;VD=5;AF=0.0116;BIAS=2:0;REFBIAS=309:116;VARBIAS=0:5;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.00166;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0075;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=3;HICOV=402;LSEQ=CAAACATGAGGGATAATGAA;RSEQ=AGGCCTGGTGGCAGCAATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:432:5:425,5:0.0116:309,116:0,5 chr1 26517267 . A G 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=526;END=26517267;VD=248;AF=0.4715;BIAS=2:2;REFBIAS=125:150;VARBIAS=113:135;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00443962313425;MQ=60;SN=123;HIAF=0.4786;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=246;HICOV=514;LSEQ=TCCCCTGCAGAGTACCATTC;RSEQ=CGAGTCCTACGGTCGGCCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:526:248:275,248:0.4715:125,150:113,135 chr1 26517408 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=26517408;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=40:254;VARBIAS=1:2;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.36064;ODDRATIO=3.15726328418527;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0069;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=290;LSEQ=AGGCCCTCATGGTAACTCTG;RSEQ=CCCTCTACCCTCTAAACGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:3:294,3:0.0101:40,254:1,2 chr1 26517667 . T C 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=261;END=26517667;VD=119;AF=0.4559;BIAS=1:2;REFBIAS=136:6;VARBIAS=111:8;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.41753;ODDRATIO=1.63052;MQ=60;SN=238;HIAF=0.4612;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=119;HICOV=258;LSEQ=CATGATCCACTCTCAGATGA;RSEQ=TTCCCCCCTCTAGAGTGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:261:119:142,119:0.4559:136,6:111,8 chr1 26517773 . T C 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=450;END=26517773;VD=182;AF=0.4044;BIAS=2:2;REFBIAS=178:89;VARBIAS=117:65;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.61391;ODDRATIO=1.11085;MQ=60;SN=181;HIAF=0.4086;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=181;HICOV=443;LSEQ=GAAGGAAGGTCCTGCCCTCT;RSEQ=CCAGGACGCCTGGGACATGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:450:182:267,182:0.4044:178,89:117,65 chr1 26517794 . A G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=476;END=26517794;VD=195;AF=0.4097;BIAS=2:2;REFBIAS=175:106;VARBIAS=115:80;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.50407;ODDRATIO=1.14814;MQ=60;SN=96.5;HIAF=0.4124;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=193;HICOV=468;LSEQ=CCAGGACGCCTGGGACATGC;RSEQ=GGAGTTCATCACTCACATGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:476:195:281,195:0.4097:175,106:115,80 chr1 26517891 . C T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=525;END=26517891;VD=228;AF=0.4343;BIAS=2:2;REFBIAS=139:153;VARBIAS=105:123;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.79055;ODDRATIO=1.06409;MQ=60;SN=56;HIAF=0.4375;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=224;HICOV=512;LSEQ=GTGATCAATGCCATCACCAT;RSEQ=GCTCTCCGTACCAACTCCTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:525:228:292,228:0.4343:139,153:105,123 chr1 26519964 . A G 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=26519964;VD=10;AF=0.4348;BIAS=1:0;REFBIAS=13:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4348;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=10;HICOV=23;LSEQ=GAAGTTAGGGACAAAAGTTC;RSEQ=TAGTCAGACAACCATCTTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:23:10:13,10:0.4348:13,0:10,0 chr1 26520269 . C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=295;END=26520269;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=177:115;VARBIAS=2:1;PMEAN=9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.29831349077548;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=291;LSEQ=CCCCTCTTTTTTCTCTGTCT;RSEQ=CCATGTAGAAACACTATGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:3:292,3:0.0102:177,115:2,1 chr1 26520613 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=26520613;VD=2;AF=0.0208;BIAS=1:0;REFBIAS=2:92;VARBIAS=0:2;PMEAN=8.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0217;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=92;LSEQ=TTCCCCAGCTCTGTAGTCTT;RSEQ=GACAAACCTGACTTCCTTGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:2:94,2:0.0208:2,92:0,2 chr1 26524016 . T A 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=26524016;VD=101;AF=0.5611;BIAS=1:1;REFBIAS=77:0;VARBIAS=101:0;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.667;HIAF=0.6087;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=98;HICOV=161;LSEQ=GTACACGTGTGTTTTGTGGC;RSEQ=TGTTTGGGGGGCGGCAGGGT;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:180:101:77,101:0.5611:77,0:101,0 chr1 26524401 . A G 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=369;END=26524401;VD=127;AF=0.3442;BIAS=2:2;REFBIAS=121:108;VARBIAS=120:7;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=15.2021891152326;MQ=60;SN=254;HIAF=0.4276;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=127;HICOV=297;LSEQ=GTGGGGGTAATGAGGAGGGA;RSEQ=GGGGCTGGGAAGGGCCTAGG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:369:127:229,127:0.3442:121,108:120,7 chr1 26524706 . A G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=449;END=26524706;VD=227;AF=0.5056;BIAS=2:2;REFBIAS=95:126;VARBIAS=105:122;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.50678;ODDRATIO=1.14116170261326;MQ=60;SN=74.667;HIAF=0.5103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=224;HICOV=439;LSEQ=TTCCTCAGCAGCGTTCATTT;RSEQ=CATGACATTTGTGTGTCCTA;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:449:227:221,227:0.5056:95,126:105,122 chr1 26526348 . G C 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=445;END=26526348;VD=229;AF=0.5146;BIAS=2:2;REFBIAS=155:60;VARBIAS=154:75;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.30215;ODDRATIO=1.25746;MQ=60;SN=75.333;HIAF=0.5160;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=226;HICOV=438;LSEQ=GCTTGAAGGGCCAGGGAAAT;RSEQ=ATGGGGCCCCTGCCTGCCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:445:229:215,229:0.5146:155,60:154,75 chr1 26526439 . A G 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=570;END=26526439;VD=293;AF=0.514;BIAS=2:2;REFBIAS=148:126;VARBIAS=167:126;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.49923;ODDRATIO=1.12813339049209;MQ=60;SN=96.667;HIAF=0.5188;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=290;HICOV=559;LSEQ=ACTTTACCATCTTCATCACC;RSEQ=TCGGTGCCTTCATTGGCATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:570:293:274,293:0.514:148,126:167,126 chr1 26527414 . C A 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=553;END=26527414;VD=6;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=283:264;VARBIAS=4:2;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.68716;ODDRATIO=1.86368973293326;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0073;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=4;HICOV=545;LSEQ=CTGGTCTCCTCCAGGAACCC;RSEQ=TTGCGGGAGGCCCCCTGTCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:553:6:547,6:0.0108:283,264:4,2 chr1 26527699 . T C 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=384;END=26527699;VD=187;AF=0.487;BIAS=2:2;REFBIAS=94:101;VARBIAS=105:82;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.12565;ODDRATIO=1.37466492542443;MQ=60;SN=61.333;HIAF=0.4907;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=184;HICOV=375;LSEQ=AATCCAGACTCCAGGTTCCT;RSEQ=CCATCTCACACAAGGGCACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:384:187:195,187:0.487:94,101:105,82 chr1 26528181 . CTT C 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=141;END=26528183;VD=40;AF=0.2837;BIAS=1:1;REFBIAS=0:82;VARBIAS=1:39;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.32787;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=0.3071;ADJAF=0.0355;SHIFT3=15;MSI=17;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=39;HICOV=127;LSEQ=TCTTTTTCTTTCTTTCTTTC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGAGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:40:82,40:0.2837:0,82:1,39 chr1 36549664 . G A 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=303;END=36549664;VD=125;AF=0.4125;BIAS=2:2;REFBIAS=105:47;VARBIAS=80:45;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=0.44192;ODDRATIO=1.2556;MQ=60;SN=7.333;HIAF=0.4044;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=110;HICOV=272;LSEQ=GGCCGCGGGGGGTTGGGGGG;RSEQ=TAGGGGAGGGGTGGTTGCCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:303:125:152,125:0.4125:105,47:80,45 chr1 36549723 . G A 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=373;END=36549723;VD=181;AF=0.4853;BIAS=2:2;REFBIAS=105:87;VARBIAS=85:96;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.14756;ODDRATIO=1.36192;MQ=60;SN=44.25;HIAF=0.4849;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=177;HICOV=365;LSEQ=ACACTGGAGCTCAGAGCGGG;RSEQ=GGCGCGGAGAGCGAAGCGGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:373:181:192,181:0.4853:105,87:85,96 chr1 36550425 . G A 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=469;END=36550425;VD=226;AF=0.4819;BIAS=2:2;REFBIAS=149:93;VARBIAS=135:91;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.70554;ODDRATIO=1.07979;MQ=60;SN=55.5;HIAF=0.4837;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=222;HICOV=459;LSEQ=CGCAGGGGGCGTGTGATCCA;RSEQ=GAGGTCTCCGGAAAGGTCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:469:226:242,226:0.4819:149,93:135,91 chr1 36550658 . C T 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=665;END=36550658;VD=333;AF=0.5008;BIAS=2:2;REFBIAS=171:160;VARBIAS=171:162;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.93829;ODDRATIO=1.01248;MQ=60;SN=29.273;HIAF=0.4985;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=322;HICOV=646;LSEQ=GCCAGGAGGCCCGGGTGCTC;RSEQ=GCAACGAGACCAACAACCAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:665:333:331,333:0.5008:171,160:171,162 chr1 36551895 . A G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=36551895;VD=65;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=10:55;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=63;HICOV=63;LSEQ=AAGCATGAGAGGTGACACCC;RSEQ=TTTGCCACCACCCCTGAGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:65:65:0,65:1:0,0:10,55 chr1 36552111 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=36552111;VD=3;AF=0.0224;BIAS=1:0;REFBIAS=128:3;VARBIAS=3:0;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0169;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=118;LSEQ=GTGGGGGCAGCATTTTTATC;RSEQ=TACGGTGTGTAGGGCATGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:134:3:131,3:0.0224:128,3:3,0 chr1 36552114 . C T 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=36552114;VD=63;AF=0.4599;BIAS=1:1;REFBIAS=72:1;VARBIAS=61:2;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.59622;ODDRATIO=2.34615;MQ=60;SN=126;HIAF=0.4922;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=63;HICOV=128;LSEQ=GGGGCAGCATTTTTATCCTA;RSEQ=GGTGTGTAGGGCATGTGGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:63:73,63:0.4599:72,1:61,2 chr1 36553673 . A G 331 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=557;END=36553673;VD=557;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=299:258;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=138.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=553;HICOV=553;LSEQ=GACACCAAGTGCATGGACAC;RSEQ=CGGCGCAAGCTGACCGTGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:557:557:0,557:1:0,0:299,258 chr1 36553825 . G GC 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=432;END=36553825;VD=7;AF=0.0162;BIAS=2:0;REFBIAS=204:205;VARBIAS=0:7;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=25.5;QSTD=1;SBF=0.01496;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0183;ADJAF=0.0139;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=6;HICOV=328;LSEQ=AGGAGGGCAGGGTTGGGTGG;RSEQ=CAATGGAAGGAGGGAGGAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:432:7:409,7:0.0162:204,205:0,7 chr1 38022452 . C A 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=348;END=38022452;VD=163;AF=0.4684;BIAS=2:2;REFBIAS=152:33;VARBIAS=139:24;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.47016;ODDRATIO=1.25658134479336;MQ=60;SN=80.5;HIAF=0.4667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=161;HICOV=345;LSEQ=GAGGCACAGAATGAAACTTG;RSEQ=CGGCTGTTGGCCCCGCCCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:348:163:185,163:0.4684:152,33:139,24 chr1 38023316 . C T 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=503;END=38023316;VD=234;AF=0.4652;BIAS=2:2;REFBIAS=111:158;VARBIAS=110:124;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.20804;ODDRATIO=1.26211631663974;MQ=60;SN=38;HIAF=0.4625;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=228;HICOV=493;LSEQ=CCCAGATCCTACAAAGCAGG;RSEQ=AGAAGAAATCTTGAATGCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:503:234:269,234:0.4652:111,158:110,124 chr1 38025407 . G A 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=38025407;VD=26;AF=0.4483;BIAS=1:1;REFBIAS=0:32;VARBIAS=1:25;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=0.44828;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=24;HICOV=56;LSEQ=GGGACCGGCACTCAGCATAC;RSEQ=GAGGACCCGCACCGGCACTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:26:32,26:0.4483:0,32:1,25 chr1 38026980 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=38026980;VD=2;AF=0.0112;BIAS=1:0;REFBIAS=175:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=49.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=178;LSEQ=TCAGAGGAGTGACTGCATGG;RSEQ=AAGGCTCTTTGGGCCACTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:2:176,2:0.0112:175,1:2,0 chr1 38030696 . T C 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=723;END=38030696;VD=363;AF=0.5021;BIAS=2:2;REFBIAS=187:173;VARBIAS=215:148;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.05185;ODDRATIO=1.34336378291241;MQ=60;SN=32;HIAF=0.4979;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=352;HICOV=707;LSEQ=ATTAATTTCCAACAAGACAC;RSEQ=TGGGAGTTATTTACTGTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:723:363:360,363:0.5021:187,173:215,148 chr1 38076621 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=38076621;VD=2;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=11;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=6;LSEQ=TCGGCTCACTGCAGCCTCCA;RSEQ=CTCCCGGGTTCAAGTGATTC;DUPRATE=0.035;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:6:2:4,2:0.3333:4,0:2,0 chr1 38077067 . A G 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=418;END=38077067;VD=417;AF=0.9976;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=296:121;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.786;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=403;HICOV=403;LSEQ=AGTTATATATGTGTTTGTAC;RSEQ=ATTCCTTGGTGCATGCCTAT;DUPRATE=0.035;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:418:417:0,417:0.9976:0,0:296,121 chr1 38077349 . CTTATCCCCATACTAGTTATTATCGAAACCATCAGCCTACTCATTCAACCAATAGCCCTGGCCGTACGCCTA C 324 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=8;END=38077420;VD=521;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=227:294;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1042;HIAF=1.0000;ADJAF=1;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=521;HICOV=521;LSEQ=AGTCCTCCTTTATAGCTGAC;RSEQ=AGAATCCCTCCTGCTGCAAG;DUPRATE=0.035;SPLITREAD=201;SPANPAIR=1 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:521:0,521:1:0,0:227,294 chr1 38078171 . G GGTGT 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=590;END=38078171;VD=261;AF=0.4424;BIAS=2:2;REFBIAS=38:43;VARBIAS=103:157;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.24823;ODDRATIO=1.34581;MQ=60;SN=51;HIAF=0.4329;ADJAF=0.0746;SHIFT3=22;MSI=13;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=255;HICOV=589;LSEQ=AGTGTCTTCTGGTGGCCTCA;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.035;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:590:261:81,261:0.4424:38,43:103,157 chr1 38078196 . G A 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=623;END=38078196;VD=23;AF=0.0369;BIAS=2:2;REFBIAS=236:361;VARBIAS=11:12;PMEAN=12.8;PSTD=1;QUAL=32;QSTD=1;SBF=0.51592;ODDRATIO=1.40136492944128;MQ=60;SN=6.667;HIAF=0.0329;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=20;HICOV=608;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTAT;RSEQ=TGTGTGTGTGGTGTCTGTGT;DUPRATE=0.035;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:623:23:597,23:0.0369:236,361:11,12 chr1 38078300 . A G 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=612;END=38078300;VD=290;AF=0.4739;BIAS=2:2;REFBIAS=167:146;VARBIAS=156:134;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.93498;ODDRATIO=1.01775991043713;MQ=60;SN=580;HIAF=0.4899;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=290;HICOV=592;LSEQ=AGCGTGTGTGTCTTGTGTCT;RSEQ=TGTATGCATGGATGGATTGG;DUPRATE=0.035;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:612:290:313,290:0.4739:167,146:156,134 chr1 38078630 . A T 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=454;END=38078630;VD=215;AF=0.4736;BIAS=2:2;REFBIAS=63:175;VARBIAS=55:160;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.91467;ODDRATIO=1.04719;MQ=60;SN=29.714;HIAF=0.4717;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=208;HICOV=441;LSEQ=GCAGGAAGAATCAACAAAGG;RSEQ=TGTGCAGGGAGGCCCTGGGC;DUPRATE=0.035;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:454:215:238,215:0.4736:63,175:55,160 chr1 38082122 . GC AT 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=452;END=38082123;VD=216;AF=0.4779;BIAS=2:2;REFBIAS=160:64;VARBIAS=156:60;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.91566;ODDRATIO=1.03992262975635;MQ=60;SN=107;HIAF=0.4864;ADJAF=0.0686;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=214;HICOV=440;LSEQ=CCCAGTCCAGAGCTTCTAAT;RSEQ=CCCCTGCCCCCGACAGCCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:452:216:224,216:0.4779:160,64:156,60 chr1 38095960 . C A 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=38095960;VD=13;AF=0.5909;BIAS=0:1;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:13;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.5909;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=13;HICOV=22;LSEQ=CCTTAAGTCTACCCTACAGA;RSEQ=CTCATGCTGCAGTAGTATCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:22:13:9,13:0.5909:0,9:0,13 chr1 38095997 . GCT G 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=10;END=38095999;VD=7;AF=0.7;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:7;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.7000;ADJAF=0.1;SHIFT3=14;MSI=8;MSILEN=2;NM=0.9;HICNT=7;HICOV=10;LSEQ=ATCCTGTCTCTTGAAGAGGA;RSEQ=CTCTCTCTCTCTCTGTCCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:7:3,7:0.7:0,3:0,7 chr1 38097163 . A G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=38097163;VD=4;AF=0.8;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=TGTCCAGTTGAGTTTATCAA;RSEQ=CTGGGGTCTTCTGGCCCAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:4:0,4:0.8:0,0:4,0 chr1 38097790 . C T 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=618;END=38097790;VD=617;AF=0.9984;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=240:377;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=204.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=614;HICOV=614;LSEQ=TTTTTTGGGGCACAAAATGT;RSEQ=CCCTATGCATCTCTGCATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:618:617:0,617:0.9984:0,0:240,377 chr1 38098036 . G A 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=336;END=38098036;VD=336;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=94:242;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=328;HICOV=328;LSEQ=ACAATCTCAGCTGGAAAATC;RSEQ=TAAGGAGGATCCAGATGTAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:336:336:0,336:1:0,0:94,242 chr1 38098061 . C T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=287;END=38098061;VD=3;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=65:219;VARBIAS=1:2;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.54484;ODDRATIO=1.68115259822134;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0071;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=282;LSEQ=GAGGATCCAGATGTAAATTT;RSEQ=ACTGAAGCAAGTGACACTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:287:3:284,3:0.0105:65,219:1,2 chr1 38098129 . T G 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=38098129;VD=147;AF=0.9932;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:145;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=144;HICOV=144;LSEQ=TTGCAAGCACTTTTTGAAAA;RSEQ=GTACATATAGAATCAACCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:148:147:0,147:0.9932:0,0:2,145 chr1 38098177 . CA C 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=113;END=38098178;VD=113;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:112;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=226;HIAF=1.0000;ADJAF=0.0708;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=113;HICOV=113;LSEQ=GGCTAAGAGTTCCTCTATAC;RSEQ=GGGGGTACAAATGACATATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:113:113:0,113:1:0,0:1,112 chr1 40958897 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=6;END=40958898;VD=2;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=17;MSI=18;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=6;LSEQ=ACAAGAGTGAAACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAATTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:6:2:4,2:0.3333:4,0:2,0 chr1 59755332 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=295;END=59755332;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:0;REFBIAS=45:247;VARBIAS=0:3;PMEAN=22.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0071;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=282;LSEQ=GTGCTACATTGTGGCTTAAT;RSEQ=TGCATTTGTGTGTCTGTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:3:292,3:0.0102:45,247:0,3 chr1 59755356 . TTG T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=261;END=59755358;VD=6;AF=0.023;BIAS=2:0;REFBIAS=21:234;VARBIAS=0:6;PMEAN=52.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0231;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=6;HICOV=260;LSEQ=ATTTGTGTGTCTGTGTGTGT;RSEQ=TGTGTGTGTGTAGTGTAAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:261:6:255,6:0.023:21,234:0,6 chr1 67861520 . C A 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=382;END=67861520;VD=183;AF=0.4791;BIAS=2:2;REFBIAS=97:101;VARBIAS=87:96;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.8375;ODDRATIO=1.05957;MQ=60;SN=44.75;HIAF=0.4786;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=179;HICOV=374;LSEQ=AGGGGCTCCGACCCAAAGCC;RSEQ=GAAAACCCAGCCTGTCCCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:382:183:198,183:0.4791:97,101:87,96 chr1 67861609 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=281;END=67861609;VD=3;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=70:208;VARBIAS=1:2;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.48343742119239;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=278;LSEQ=CTCCAACATAGATGACCTCC;RSEQ=CTCACATGAGGCACCTCTCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:281:3:278,3:0.0107:70,208:1,2 chr1 85331664 . G GA 59 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=182;END=85331664;VD=3;AF=0.0165;BIAS=1:0;REFBIAS=161:6;VARBIAS=3:0;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=37.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0179;ADJAF=0.011;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=168;LSEQ=CCGCGATGACCAGAGAATTA;RSEQ=AAAAAAAAATAAACAGGCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:3:167,3:0.0165:161,6:3,0 chr1 85331808 . G GAGA 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=327;END=85331808;VD=314;AF=0.9602;BIAS=2:2;REFBIAS=13:8;VARBIAS=140:173;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.17392;ODDRATIO=2.00387;MQ=60;SN=313;HIAF=0.9399;ADJAF=0.0765;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=313;HICOV=333;LSEQ=AGTGACACTCATTCATTGTG;RSEQ=AGAAGTGAACATCCTAGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:327:314:21,314:0.9602:13,8:140,173 chr1 85332120 . T C 138 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=85332120;VD=15;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:15;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=15;HICOV=15;LSEQ=TTGCTCTGTCTGCCTCATGG;RSEQ=GGGTAATTATTGGTAGGTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:15:15:0,15:1:0,0:0,15 chr1 91990444 . TAAA T 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=370;END=91990447;VD=367;AF=0.9919;BIAS=0:2;REFBIAS=3:0;VARBIAS=183:184;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.24799;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=182.5;HIAF=0.9918;ADJAF=0.0811;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=365;HICOV=368;LSEQ=GCTCTTAACAATTTTGTAAA;RSEQ=GAAGATAATTTCCTTTTCTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:370:367:3,367:0.9919:3,0:183,184 chr1 91990447 . A T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=353;END=91990447;VD=6;AF=0.017;BIAS=2:2;REFBIAS=5:3;VARBIAS=1:5;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.13753;ODDRATIO=7.05439;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.7;HICNT=6;HICOV=14;LSEQ=CTTAACAATTTTGTAAATAA;RSEQ=GAAGATAATTTCCTTTTCTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:353:6:8,6:0.017:5,3:1,5 chr1 91990731 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=91990731;VD=2;AF=0.0488;BIAS=1:0;REFBIAS=0:39;VARBIAS=0:2;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=40;LSEQ=ATTGTACGTGTTTACAGTTG;RSEQ=GAATTTAAAATAATACATAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:41:2:39,2:0.0488:0,39:0,2 chr1 92428495 . C A 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=428;END=92428495;VD=210;AF=0.4907;BIAS=2:2;REFBIAS=55:158;VARBIAS=45:165;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.30462;ODDRATIO=1.27563;MQ=60;SN=41;HIAF=0.4916;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=205;HICOV=417;LSEQ=CTGTGGATGCTGTGAAACTA;RSEQ=AGTTGCCTGTATGTATGTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:428:210:213,210:0.4907:55,158:45,165 chr1 92430544 . G A 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=55;END=92430544;VD=32;AF=0.5818;BIAS=1:1;REFBIAS=0:23;VARBIAS=0:32;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.5818;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=32;HICOV=55;LSEQ=TGGTGTGATCTCAGCTCACT;RSEQ=CAACCTCTGCCCCCAGGTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:55:32:23,32:0.5818:0,23:0,32 chr1 92433595 . C T 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=267;END=92433595;VD=130;AF=0.4869;BIAS=1:1;REFBIAS=130:5;VARBIAS=128:2;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.44744;ODDRATIO=2.45380708168724;MQ=60;SN=31.5;HIAF=0.4865;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=126;HICOV=259;LSEQ=AATTTATAAGAGATGAATAC;RSEQ=GTCTAGGAGTACTATGTTAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:267:130:135,130:0.4869:130,5:128,2 chr1 92441626 . C G 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=92441626;VD=71;AF=0.5547;BIAS=1:1;REFBIAS=57:0;VARBIAS=71:0;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=142;HIAF=0.5591;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=71;HICOV=127;LSEQ=GATAAACCTACCATTAATAA;RSEQ=AAATGTTGAAGTCTCCATTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:128:71:57,71:0.5547:57,0:71,0 chr1 92442039 . A AT 89 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=387;END=92442039;VD=6;AF=0.0155;BIAS=2:2;REFBIAS=95:263;VARBIAS=3:3;PMEAN=50.9;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.34941;ODDRATIO=2.75930575867112;MQ=63.6;SN=5;HIAF=0.0141;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=5;HICOV=354;LSEQ=TCATTGCTTTTTAACACTGG;RSEQ=TTTTTTTTTTCCATTTATAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:387:6:358,6:0.0155:95,263:3,3 chr1 92442695 . A C 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=682;END=92442695;VD=325;AF=0.4765;BIAS=2:2;REFBIAS=236:121;VARBIAS=206:119;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.47082;ODDRATIO=1.1265;MQ=60;SN=80.25;HIAF=0.4856;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=321;HICOV=661;LSEQ=TCTCCAACATTCACAGAAAA;RSEQ=TCAGTGGCACTGCCACCTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:682:325:357,325:0.4765:236,121:206,119 chr1 92444125 . A C 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=92444125;VD=39;AF=0.5417;BIAS=1:1;REFBIAS=0:33;VARBIAS=0:39;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.5352;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=38;HICOV=71;LSEQ=GCTGCCCTGCATACAAAGGA;RSEQ=ACTGGGGAAATATTAGTGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:72:39:33,39:0.5417:0,33:0,39 chr1 92444199 . A G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=92444199;VD=9;AF=0.36;BIAS=1:0;REFBIAS=0:16;VARBIAS=0:9;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.3600;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=9;HICOV=25;LSEQ=CTAGAGCCCATGTCCCACTG;RSEQ=GGGGACAGTCTAAATGGCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:25:9:16,9:0.36:0,16:0,9 chr1 92445886 . CCACCTGGGT C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=18;END=92445895;VD=9;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.5000;ADJAF=0.0556;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=9;HICOV=18;LSEQ=AGGATCACACCACCGCACTC;RSEQ=GACAGAGCAAGACCCTGGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:18:9:9,9:0.5:9,0:9,0 chr1 92445902 . G T 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=92445902;VD=10;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.5263;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=10;HICOV=19;LSEQ=ACTCCCACCTGGGTGACAGA;RSEQ=CAAGACCCTGGCTCAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:20:10:10,10:0.5:10,0:10,0 chr1 92446001 . C T 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=92446001;VD=53;AF=0.438;BIAS=1:1;REFBIAS=68:0;VARBIAS=53:0;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.4483;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=52;HICOV=116;LSEQ=ATTTAAGTTTATGGGTTCAG;RSEQ=ACATGATAGTTTTTGTAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:121:53:68,53:0.438:68,0:53,0 chr1 92446112 . T C 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=262;END=92446112;VD=126;AF=0.4809;BIAS=2:2;REFBIAS=113:22;VARBIAS=113:13;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.20315;ODDRATIO=1.68893242581364;MQ=60;SN=125;HIAF=0.4845;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=125;HICOV=258;LSEQ=AATGAATTTCACAAAAGACA;RSEQ=TCTTGACTTTGGAGTGGCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:262:126:135,126:0.4809:113,22:113,13 chr1 92446398 . T A 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=816;END=92446398;VD=400;AF=0.4902;BIAS=2:2;REFBIAS=234:180;VARBIAS=231:169;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.77694;ODDRATIO=1.05133677470904;MQ=60;SN=65.667;HIAF=0.4913;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=394;HICOV=802;LSEQ=TATCTTTTATTATGATAGCT;RSEQ=ATTAAGACAATAACGATAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:816:400:414,400:0.4902:234,180:231,169 chr1 92446961 . TTGTA T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=373;END=92446965;VD=4;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=179:190;VARBIAS=3:1;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.36127;ODDRATIO=3.17540962784199;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=20;MSI=6;MSILEN=4;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=362;LSEQ=AGGTGGCAGTTTTTGTTTGT;RSEQ=TGTATGTATGTATGTATGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:373:4:369,4:0.0107:179,190:3,1 chr1 92447004 . A G 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=326;END=92447004;VD=141;AF=0.4325;BIAS=2:2;REFBIAS=98:87;VARBIAS=75:66;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00878653068224;MQ=60;SN=46;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=138;HICOV=322;LSEQ=TAGAGACAGGGTCTTGTGAT;RSEQ=TTGCCCAGGCTGGTCTTGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:326:141:185,141:0.4325:98,87:75,66 chr1 92447227 . GAGC G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=571;END=92447230;VD=6;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=347:218;VARBIAS=1:5;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.03601;ODDRATIO=7.93059;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=18;MSI=7;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=6;HICOV=569;LSEQ=AATGTTTCCCGACTGAGTGA;RSEQ=AGCAGCAGCAGCAGCAGCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:571:6:565,6:0.0105:347,218:1,5 chr1 92456458 . A G 141 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=92456458;VD=16;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=15;HICOV=15;LSEQ=TCCGCTTCCCAGGTTTAAGC;RSEQ=ATTCTCCTGCCTCAGCCTCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:16,0 chr1 92457843 . C T 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=242;END=92457843;VD=108;AF=0.4463;BIAS=2:2;REFBIAS=86:47;VARBIAS=67:41;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.68857;ODDRATIO=1.11919;MQ=60;SN=35;HIAF=0.4526;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=105;HICOV=232;LSEQ=AATGAAGAATGAATGCATAC;RSEQ=GCCTGAAGGAAGAACAGGCG;DUPRATE=0.029;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:242:108:133,108:0.4463:86,47:67,41 chr1 92467439 . T C 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=92467439;VD=48;AF=0.5053;BIAS=1:1;REFBIAS=47:0;VARBIAS=48:0;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47;HIAF=0.5054;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=47;HICOV=93;LSEQ=TTCAAATGAGAAATATTTTA;RSEQ=AGTATAACAAGTCCCTAACT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:95:48:47,48:0.5053:47,0:48,0 chr1 92467716 . A AT 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=267;END=92467716;VD=3;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=125:124;VARBIAS=2:1;PMEAN=22.6;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.97878739908184;MQ=63.6;SN=6;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=3;HICOV=240;LSEQ=CTGTACAGAAGGTAAAAGTA;RSEQ=TTTTTTTTTTCTAACAAATC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:267:3:249,3:0.0112:125,124:2,1 chr1 92467929 . G GT 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=63;END=92467929;VD=3;AF=0.0476;BIAS=1:0;REFBIAS=0:57;VARBIAS=0:3;PMEAN=48.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0508;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=3;HICOV=59;LSEQ=GTTTGTGTTTTTTTGTTGTT;RSEQ=TTTTTTTTTGAGATGGAGTC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:63:3:57,3:0.0476:0,57:0,3 chr1 92480009 . C T 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=92480009;VD=59;AF=0.513;BIAS=1:1;REFBIAS=0:55;VARBIAS=0:59;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=118;HIAF=0.5364;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=59;HICOV=110;LSEQ=CTATATGCTTATTTTTTAAA;RSEQ=GACATAATTCAAAGGAAATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:115:59:55,59:0.513:0,55:0,59 chr1 92480171 . G GAC 82 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=10;END=92480171;VD=6;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:6;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=5;HICOV=9;LSEQ=TGTTTAAAAATGAAGAGTAT;RSEQ=TTTTCTAATTCAATAAGTGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:6:4,6:0.6:0,4:0,6 chr1 115248250 . C CT 131 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=620;END=115248250;VD=12;AF=0.0194;BIAS=2:2;REFBIAS=265:309;VARBIAS=5:7;PMEAN=45.8;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.20028;MQ=63.2;SN=11;HIAF=0.0197;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=11;HICOV=559;LSEQ=AAATTCACACCTAGGTGTAA;RSEQ=TTTTTTTTTGGAGACAAGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:620:12:574,12:0.0194:265,309:5,7 chr1 115249239 . G GA 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=752;END=115249239;VD=14;AF=0.0186;BIAS=2:2;REFBIAS=371:328;VARBIAS=8:6;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.79437;ODDRATIO=1.17852260406355;MQ=63.2;SN=13;HIAF=0.0194;ADJAF=0.0027;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=13;HICOV=671;LSEQ=GAGTTTCTACATGGCTAAAA;RSEQ=AAAAAAAAATGTTTAAATAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:752:14:699,14:0.0186:371,328:8,6 chr1 115250305 . G GA 150 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=772;END=115250305;VD=19;AF=0.0246;BIAS=2:2;REFBIAS=350:302;VARBIAS=11:7;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.63502;ODDRATIO=1.35530738371463;MQ=60.3;SN=18;HIAF=0.0305;ADJAF=0.0026;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=18;HICOV=590;LSEQ=TCTAAGTTCAACAGTAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAATCACCAGCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:772:19:652,19:0.0246:350,302:11,7 chr1 115252007 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=115252007;VD=2;AF=0.0177;BIAS=1:0;REFBIAS=111:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0179;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=112;LSEQ=CAGAGGCTGCAGTGAGCTGA;RSEQ=ATCACACCACTGCACTCCAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:2:111,2:0.0177:111,0:2,0 chr1 115252054 . TA T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=160;END=115252055;VD=5;AF=0.0312;BIAS=1:0;REFBIAS=154:1;VARBIAS=5:0;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0329;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=5;HICOV=152;LSEQ=AGATAGAGTGAGACTCTGCC;RSEQ=AAAAAAAATAAAAAATAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:5:155,5:0.0312:154,1:5,0 chr1 115252609 . G C 190 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=115252609;VD=40;AF=0.9756;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:40;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=0.9750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=39;HICOV=40;LSEQ=AGATCACAAGGTCAGGAGTT;RSEQ=AAGACCAGCCTGGCCAATAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:41:40:0,40:0.9756:0,0:0,40 chr1 115256635 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=115256635;VD=2;AF=0.0141;BIAS=2:2;REFBIAS=53:87;VARBIAS=1:1;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.6354834489075;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0189;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=106;LSEQ=GTAAGGGGGCAGGGAGGGAG;RSEQ=GAAGTTCAATTTTTATTAAA;DUPRATE=0.019;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:2:140,2:0.0141:53,87:1,1 chr1 115256669 . G A 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=115256669;VD=193;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=22:171;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=63.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=5;NM=1.8;HICNT=190;HICOV=190;LSEQ=TATTAAAAACCACAGGGAAT;RSEQ=CAATGCTATTGCCAAGGTTA;DUPRATE=0.019;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:193:193:0,193:1:0,0:22,171 chr1 115259550 . A G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=360;END=115259550;VD=185;AF=0.5139;BIAS=2:2;REFBIAS=19:153;VARBIAS=18:167;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.73015;ODDRATIO=1.15168;MQ=60;SN=25.429;HIAF=0.5298;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=178;HICOV=336;LSEQ=TAGGTGCTAGTGTCTCAAAA;RSEQ=TCAGTAAAACTTTATTCGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:360:185:172,185:0.5139:19,153:18,167 chr1 119957883 . T G 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=672;END=119957883;VD=320;AF=0.4762;BIAS=2:2;REFBIAS=158:193;VARBIAS=132:188;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.34944;ODDRATIO=1.16569;MQ=60;SN=105.667;HIAF=0.4781;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=317;HICOV=663;LSEQ=AGTTGTGGGGTCATGGAATT;RSEQ=TTGTAAAAAATGGGGTGGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:672:320:351,320:0.4762:158,193:132,188 chr1 119961853 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=119961853;VD=3;AF=0.0207;BIAS=1:0;REFBIAS=142:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0142;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=141;LSEQ=AACAGATGTTTGCTCTTTCC;RSEQ=AATAAACTGCTACACATGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:3:142,3:0.0207:142,0:3,0 chr1 119962351 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=119962351;VD=3;AF=0.0134;BIAS=1:0;REFBIAS=2:219;VARBIAS=0:3;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0092;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=218;LSEQ=TCACTACTGACTGGGGAGTT;RSEQ=AAGGCTGGTAACCTCAGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:224:3:221,3:0.0134:2,219:0,3 chr1 119964088 . G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=119964088;VD=3;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=47;SN=6;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=3;HICOV=5;LSEQ=ATATATATGTATATATATAT;RSEQ=TATATATATATGTATATATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:5:3:2,3:0.6:2,0:3,0 chr1 119964100 . G GTA 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=7;END=119964100;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=16;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=6;HIAF=0.4286;ADJAF=0.1429;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=7;LSEQ=ATATATATGTATATATATAT;RSEQ=TATATATATATTTTATAATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:4,3:0.4286:4,0:3,0 chr1 119964117 . AAT A 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=10;END=119964119;VD=4;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=24.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0.1;SHIFT3=15;MSI=8;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=TATGTATATATATATTTTAT;RSEQ=ATATATATATATATACACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:4:6,4:0.4:6,0:4,0 chr1 119964122 . A ATAT 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=10;END=119964122;VD=4;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=8;MSILEN=2;NM=4.0;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=ATATATATATTTTATAATAT;RSEQ=TATATATATATACACACACG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:4:6,4:0.4:6,0:4,0 chr1 119964135 . C T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=119964135;VD=6;AF=0.375;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=53.5;SN=12;HIAF=0.3750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=3.5;HICNT=6;HICOV=16;LSEQ=ATAATATATATATATATATA;RSEQ=ACACACGTATACATACACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:6:10,6:0.375:10,0:6,0 chr1 119964255 . T C 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=156;END=119964255;VD=78;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=77:1;VARBIAS=78:0;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=77;HIAF=0.5066;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=77;HICOV=152;LSEQ=TCAGTTTCTTTTTATTTTTG;RSEQ=GTTTTTCCTACGGCTGTATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:156:78:78,78:0.5:77,1:78,0 chr1 119965519 . C T 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=936;END=119965519;VD=428;AF=0.4573;BIAS=2:2;REFBIAS=238:265;VARBIAS=197:231;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.74179;ODDRATIO=1.05303;MQ=60;SN=20.4;HIAF=0.4559;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=408;HICOV=895;LSEQ=TCTGAACAATTGTGGTCTCT;RSEQ=TTAACTTGAGGTTCTCTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:936:428:503,428:0.4573:238,265:197,231 chr1 119965564 . C G 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=839;END=119965564;VD=401;AF=0.4779;BIAS=2:2;REFBIAS=174:260;VARBIAS=145:256;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.25453;ODDRATIO=1.1813;MQ=60;SN=29.846;HIAF=0.4784;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=388;HICOV=811;LSEQ=AATAGAGCTCCATTTCCCCT;RSEQ=TTAAATGAGAAAGCATTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:839:401:434,401:0.4779:174,260:145,256 chr1 120049946 . CA C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=473;END=120049947;VD=5;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=287:181;VARBIAS=3:2;PMEAN=54.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.05696;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=462;LSEQ=GTGGGGACACAGAATGTTTG;RSEQ=AAAAAAATGGGGTGGAGGAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:473:5:468,5:0.0106:287,181:3,2 chr1 120050463 . A G 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=120050463;VD=69;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:68;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=67;HICOV=67;LSEQ=CTAGATTCTGGCCCTGACCC;RSEQ=GAACTTGAGAAGCAGCCACC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:69:69:0,69:1:0,0:1,68 chr1 120056114 . T A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=120056114;VD=2;AF=0.125;BIAS=1:2;REFBIAS=14:0;VARBIAS=1:1;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.125;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1250;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=16;LSEQ=TGATCTGACTTTAATGGTAC;RSEQ=GATTACAAATCATAATTTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:2:14,2:0.125:14,0:1,1 chr1 120056195 . TAC T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=69;END=120056197;VD=2;AF=0.029;BIAS=1:0;REFBIAS=66:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0294;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=68;LSEQ=GTCCCTTTCCAAAATTAAAG;RSEQ=ACACACACACACATCCATGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:69:2:67,2:0.029:66,1:2,0 chr1 120057158 . C T 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=671;END=120057158;VD=662;AF=0.9866;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=382:280;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.6;SN=33.842;HIAF=0.9938;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=643;HICOV=647;LSEQ=ATAAGAAGGCTCAGCGAGAT;RSEQ=TGGCGTATAAGCCACTCTAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:671:662:0,662:0.9866:0,0:382,280 chr1 120057246 . C A 341 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=736;END=120057246;VD=733;AF=0.9959;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=386:347;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.2;SN=55.385;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=720;HICOV=720;LSEQ=TGTGGACCGGCACAAGGAGA;RSEQ=CCTGAAGTCCAAGACTCAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:736:733:1,733:0.9959:1,0:386,347 chr1 120057982 . G T 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=120057982;VD=45;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:45;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=90;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=45;HICOV=45;LSEQ=ACAGTCACACTAACTGATTA;RSEQ=TGGCTATGCCTGCTACCAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:45:45:0,45:1:0,0:0,45 chr1 179520108 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=179520108;VD=3;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=18.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=TGCTCTGACTAGATGAGTCA;RSEQ=GGAAACATGTTGTCTGCCTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:3:3,3:0.5:3,0:3,0 chr1 179520151 . C T 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=179520151;VD=22;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=22:0;PMEAN=28.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=CTGTCATTACATCATTTCAC;RSEQ=GTCTTCTCATGGATGGTGCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:22:22:0,22:1:0,0:22,0 chr1 179520422 . T C 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=179520422;VD=110;AF=0.4911;BIAS=2:2;REFBIAS=76:38;VARBIAS=78:32;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.56458;ODDRATIO=1.21767083921874;MQ=60;SN=109;HIAF=0.5023;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=109;HICOV=217;LSEQ=GGAGAAGACAGGCAATTCAG;RSEQ=AGGTCAAATGGCAAAGGTAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:224:110:114,110:0.4911:76,38:78,32 chr1 179520660 . C G 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=179520660;VD=88;AF=0.5087;BIAS=1:1;REFBIAS=2:83;VARBIAS=4:84;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.68225;ODDRATIO=1.96869770646717;MQ=60;SN=176;HIAF=0.5087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=88;HICOV=173;LSEQ=CACCACTATGCAGTATGACT;RSEQ=AGCAGACAAGCACTGAGCAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:173:88:85,88:0.5087:2,83:4,84 chr1 179520844 . G A 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=179520844;VD=23;AF=0.561;BIAS=1:1;REFBIAS=0:18;VARBIAS=0:23;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.5;HIAF=0.5385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=21;HICOV=39;LSEQ=AGGGGAGTTATTAGCATCTG;RSEQ=TGGGCCTTGAAAGATTAGGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:41:23:18,23:0.561:0,18:0,23 chr1 180199094 . C CGGAGGCGGGG 35 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=3;END=180199094;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=86;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0.3333;SHIFT3=2;MSI=8;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=GGCGGAGGCGGAGGCGGAGG;RSEQ=GGGGAGGGGGGGGGGGTGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:3:2:1,2:0.6667:1,0:2,0 chr1 180199384 . A AAG 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=281;END=180199384;VD=129;AF=0.4591;BIAS=2:2;REFBIAS=117:15;VARBIAS=120:9;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=0.28487;ODDRATIO=1.70593152390863;MQ=60.3;SN=42;HIAF=0.4884;ADJAF=0.0819;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=126;HICOV=258;LSEQ=AAGGAGCGGGCGGGGGAGGG;RSEQ=AGAGGAAAAAAGCCAGAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:281:129:132,129:0.4591:117,15:120,9 chr1 180199828 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=283;END=180199828;VD=4;AF=0.0141;BIAS=2:2;REFBIAS=44:235;VARBIAS=1:3;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.5018;ODDRATIO=1.77594657952689;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=3;HICOV=280;LSEQ=GCGGGCCGGACGCCGCTCAG;RSEQ=GGCCGGGAGGGGCTGGCGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:4:279,4:0.0141:44,235:1,3 chr1 180217136 . G A 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=180217136;VD=12;AF=0.2727;BIAS=1:0;REFBIAS=32:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.2791;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=12;HICOV=43;LSEQ=TAGCTGCTGCTGCTAGCCTT;RSEQ=TGGTGCCCTTAGAAACGAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:12:32,12:0.2727:32,0:12,0 chr1 180217152 . C T 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=180217152;VD=20;AF=0.3571;BIAS=1:1;REFBIAS=36:0;VARBIAS=20:0;PMEAN=28.2;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=0.3519;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=19;HICOV=54;LSEQ=CCTTGTGGTGCCCTTAGAAA;RSEQ=GAGTGATTCCTCTGGGCCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:56:20:36,20:0.3571:36,0:20,0 chr1 180217192 . C A 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=86;END=180217192;VD=37;AF=0.4302;BIAS=1:1;REFBIAS=49:0;VARBIAS=37:0;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.4235;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=36;HICOV=85;LSEQ=AAGTCACCCCAAGCCAGAAT;RSEQ=CACAGCCTGGCCAGCAAAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:86:37:49,37:0.4302:49,0:37,0 chr1 180217250 . C T 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=180217250;VD=74;AF=0.4933;BIAS=1:1;REFBIAS=75:1;VARBIAS=74:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=73;HIAF=0.4899;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.9;HICNT=73;HICOV=149;LSEQ=CCCCACTTGTTCCTTGACTA;RSEQ=GTACGTTTGTGTGCAATGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:150:74:76,74:0.4933:75,1:74,0 chr1 180217791 . C T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=180217791;VD=86;AF=0.455;BIAS=1:1;REFBIAS=0:100;VARBIAS=2:84;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.21244;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.4590;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=84;HICOV=183;LSEQ=ATCACTGCCAGAGGTTCAGC;RSEQ=TCTAGACCTCATTTGATCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:86:100,86:0.455:0,100:2,84 chr1 180217987 . G A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=180217987;VD=6;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:6;PMEAN=30.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.2;HICNT=6;HICOV=10;LSEQ=ACATTCCCACAACTTTCAGA;RSEQ=CAGCTGCTTTTAGGTTCATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:6:4,6:0.6:0,4:0,6 chr1 180240164 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=180240164;VD=2;AF=0.1538;BIAS=0:0;REFBIAS=11:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1538;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=13;LSEQ=CCTTCACAGCTCTGGCAAGA;RSEQ=CTCATGAGGATGTGTGAGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:2:11,2:0.1538:11,0:2,0 chr1 180243524 . A G 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=783;END=180243524;VD=372;AF=0.4751;BIAS=2:2;REFBIAS=223:182;VARBIAS=196:176;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.51748;ODDRATIO=1.10011;MQ=60;SN=371;HIAF=0.4907;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=371;HICOV=756;LSEQ=ATCCCACGCTCCTTTGCTCA;RSEQ=TGGGCTGGATTACACGGTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:783:372:405,372:0.4751:223,182:196,176 chr1 196709736 . CT C 161 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=396;END=196709737;VD=21;AF=0.053;BIAS=2:2;REFBIAS=249:126;VARBIAS=15:6;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.81285;ODDRATIO=1.26436636279728;MQ=60;SN=42;HIAF=0.0540;ADJAF=0.0051;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=21;HICOV=389;LSEQ=TAGTGAAACCTGAATTCATT;RSEQ=TTTTTTTTTAGGCCTTCCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:396:21:375,21:0.053:249,126:15,6 chr1 196709774 . G T 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=416;END=196709774;VD=196;AF=0.4712;BIAS=2:2;REFBIAS=131:86;VARBIAS=106:90;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.23181;ODDRATIO=1.29251;MQ=60;SN=64.333;HIAF=0.4825;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=193;HICOV=400;LSEQ=CCTTGTAAATCTCCACCTGA;RSEQ=ATTTCTCATGGTGTTGTAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:416:196:217,196:0.4712:131,86:106,90 chr1 196710157 . C T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=196710157;VD=6;AF=0.5455;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:6;PMEAN=22.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.5455;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=11;LSEQ=CATCCTCTGATGTATATTCT;RSEQ=AGACTTCTCATCTCTGTTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:11:6:5,6:0.5455:0,5:0,6 chr1 204159275 . A AT 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=135;END=204159275;VD=5;AF=0.037;BIAS=1:0;REFBIAS=121:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=10;HIAF=0.0407;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=5;HICOV=123;LSEQ=ATTTTCAGTGATCCATTTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTAAGTACCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:135:5:121,5:0.037:121,0:5,0 chr1 204161695 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=204161695;VD=2;AF=0.0133;BIAS=1:0;REFBIAS=148:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=147;LSEQ=TAAGCCCTGGAACCTAGGTG;RSEQ=GCGGACTGAGGCCATCACAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:150:2:148,2:0.0133:148,0:2,0 chr1 204162177 . G T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=204162177;VD=4;AF=0.0163;BIAS=1:0;REFBIAS=7:234;VARBIAS=0:4;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=3;HICOV=236;LSEQ=TTTGGAGGCTCCTGGTAGAG;RSEQ=GATGAGTCTAAACAAATATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:4:241,4:0.0163:7,234:0,4 chr1 205114493 . TATC T 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=346;END=205114496;VD=173;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=96:76;VARBIAS=85:88;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.23624;ODDRATIO=1.3067;MQ=60;SN=346;HIAF=0.5029;ADJAF=0.052;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=173;HICOV=344;LSEQ=GGAGCTACTATGCTCAAACA;RSEQ=ATGATCAGAGCCCAGGATAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:346:173:172,173:0.5:96,76:85,88 chr1 205114646 . G GT 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=126;END=205114646;VD=2;AF=0.0159;BIAS=1:0;REFBIAS=0:109;VARBIAS=0:2;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=38.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62;SN=4;HIAF=0.0227;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=2;HICOV=88;LSEQ=CAGATGTGCGACTCATCTTT;RSEQ=TTTTTTGTTTTTTTTTTTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:2:109,2:0.0159:0,109:0,2 chr1 205114653 . G GT 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=112;END=205114653;VD=49;AF=0.4375;BIAS=1:1;REFBIAS=0:46;VARBIAS=0:49;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=48;HIAF=0.5393;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=48;HICOV=89;LSEQ=GCGACTCATCTTTGTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTGTTTTTTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:49:46,49:0.4375:0,46:0,49 chr1 205114665 . G T 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=107;END=205114665;VD=19;AF=0.1776;BIAS=1:1;REFBIAS=0:57;VARBIAS=0:19;PMEAN=24.9;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.5;SN=18;HIAF=0.1957;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=18;HICOV=92;LSEQ=TGTTTTTTGTTTTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTGAGATAGAGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:107:19:57,19:0.1776:0,57:0,19 chr1 205114873 . C G 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=205114873;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:8;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=GGACCTGTTTTACAAACTCT;RSEQ=GGGCTGAACACAGGGGCCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:0,8 chr1 214510115 . T G 190 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=214510115;VD=40;AF=0.7018;BIAS=1:1;REFBIAS=17:0;VARBIAS=39:1;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=0.6964;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=39;HICOV=56;LSEQ=TCTGAGATCAAACAGGAAAT;RSEQ=GAAAGCCACTGAAACTATGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:57:40:17,40:0.7018:17,0:39,1 chr1 214510375 . GGACA G 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=376;END=214510379;VD=128;AF=0.3404;BIAS=2:2;REFBIAS=105:141;VARBIAS=61:67;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.38132;ODDRATIO=1.22192624453188;MQ=60;SN=127;HIAF=0.3499;ADJAF=0.0293;SHIFT3=6;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.3;HICNT=127;HICOV=363;LSEQ=GGTTTCATATGTTATACTTT;RSEQ=GACAGAGTTTTAAAAATGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:376:128:246,128:0.3404:105,141:61,67 chr1 236710935 . GGAGT G 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=11;END=236710939;VD=10;AF=0.9091;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.9091;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.4;HICNT=10;HICOV=11;LSEQ=GAACTAAAGCAACCATATTA;RSEQ=GAGTTTTCCTGCTTTAGGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:10:1,10:0.9091:1,0:10,0 chr1 236710980 . A AG 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=19;END=236710980;VD=19;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=37.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.2;SN=38;HIAF=1.0000;ADJAF=0.3684;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=19;HICOV=19;LSEQ=AGTCCCCAGCATCGGCGAGG;RSEQ=GGGGCAGCACTCTGGCTTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:19:19:0,19:1:0,0:19,0 chr1 236711174 . T TCA 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=176;END=236711174;VD=171;AF=0.9716;BIAS=0:1;REFBIAS=5:0;VARBIAS=169:2;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=342;HIAF=0.9771;ADJAF=0.1477;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=171;HICOV=175;LSEQ=TTAGATTAGGGTCTTGGAAG;RSEQ=CAGAAGGAAGTCAGCAGCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:176:171:5,171:0.9716:5,0:169,2 chr1 236711297 . A T 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=418;END=236711297;VD=417;AF=0.9976;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=292:125;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.062;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=401;HICOV=401;LSEQ=GGGAACCACTAATGGCATGT;RSEQ=TCCTTTCCTTTCAGATGATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:418:417:0,417:0.9976:0,0:292,125 chr1 236711323 . T C 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=441;END=236711323;VD=440;AF=0.9977;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=274:166;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.444;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=422;HICOV=422;LSEQ=TCCTTTCAGATGATAATTTA;RSEQ=TGTGATGTTAGAGAATTCAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:441:440:0,440:0.9977:0,0:274,166 chr1 236711586 . G A 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=236711586;VD=92;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:91;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=87;HICOV=87;LSEQ=ATGAGCTTGTGCACCATTAG;RSEQ=TCCTGCTGGGTGTTCTCAGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:92:92:0,92:1:0,0:1,91 chr1 236711810 . A G 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=94;END=236711810;VD=94;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=91:3;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=93;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.9;HICNT=93;HICOV=93;LSEQ=TTTTTTTGGTAAAACTGTGA;RSEQ=GAGCTAGGATATATACTTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:94:94:0,94:1:0,0:91,3 chr1 236711882 . G T 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=163;END=236711882;VD=162;AF=0.9939;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=161:1;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.143;HIAF=0.9936;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.3;HICNT=155;HICOV=156;LSEQ=GAGCTTCGACTCTTCTGTGC;RSEQ=CTACTGCTGCGCACTGCTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:163:162:0,162:0.9939:0,0:161,1 chr1 236711886 . C T 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=163;END=236711886;VD=163;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=162:1;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=161;HICOV=161;LSEQ=TTCGACTCTTCTGTGCGCTA;RSEQ=TGCTGCGCACTGCTTTTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:163:163:0,163:1:0,0:162,1 chr1 236711951 . T A 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=244;END=236711951;VD=243;AF=0.9959;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=205:38;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=242;HIAF=0.9959;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=242;HICOV=243;LSEQ=GGGTCCTCTGGGATTAGTTA;RSEQ=GCAGATATTAAATCACCCGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:244:243:0,243:0.9959:0,0:205,38 chr1 236711956 . A C 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=252;END=236711956;VD=251;AF=0.996;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=207:44;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.308;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.9;HICNT=238;HICOV=238;LSEQ=CTCTGGGATTAGTTATGCAG;RSEQ=TATTAAATCACCCGAAGACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:252:251:1,251:0.996:1,0:207,44 chr1 236711981 . C T 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=312;END=236711981;VD=311;AF=0.9968;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=235:76;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.923;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=298;HICOV=298;LSEQ=AAATCACCCGAAGACACTAA;RSEQ=TTACAGAAGACACAACTCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:312:311:0,311:0.9968:0,0:235,76 chr1 236712074 . TTTTC T 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=420;END=236712078;VD=409;AF=0.9738;BIAS=2:2;REFBIAS=5:5;VARBIAS=204:205;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00489;MQ=60;SN=135.333;HIAF=0.9713;ADJAF=0.0667;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=406;HICOV=418;LSEQ=ACTGATGTTGACTGACATCA;RSEQ=TTTATCGTAATAAACATGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:420:409:10,409:0.9738:5,5:204,205 chr1 240255562 . GGGA G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=199;END=240255565;VD=3;AF=0.0151;BIAS=2:2;REFBIAS=135:61;VARBIAS=2:1;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.10598;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0160;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=9;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=3;HICOV=187;LSEQ=CTAGGCAAGCACGGCAAGGG;RSEQ=GGGGGCGGCGGCGGCGGCGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:3:196,3:0.0151:135,61:2,1 chr1 240255568 . GGGC G 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=219;END=240255571;VD=99;AF=0.4521;BIAS=2:2;REFBIAS=71:49;VARBIAS=61:38;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.78178;ODDRATIO=1.10733387223582;MQ=60;SN=32;HIAF=0.4683;ADJAF=0.1096;SHIFT3=14;MSI=5;MSILEN=3;NM=1.1;HICNT=96;HICOV=205;LSEQ=AAGCACGGCAAGGGGGGAGG;RSEQ=GGCGGCGGCGGCGGGGAGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:219:99:120,99:0.4521:71,49:61,38 chr1 240255571 . C G 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=207;END=240255571;VD=10;AF=0.0483;BIAS=2:2;REFBIAS=73:47;VARBIAS=2:8;PMEAN=15.1;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.01769;ODDRATIO=6.12957;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0556;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=3;NM=2.3;HICNT=6;HICOV=108;LSEQ=CACGGCAAGGGGGGAGGGGG;RSEQ=GGCGGCGGCGGCGGGGAGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:207:10:120,10:0.0483:73,47:2,8 chr1 240255603 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=213;END=240255603;VD=3;AF=0.0141;BIAS=2:2;REFBIAS=93:116;VARBIAS=1:2;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.60003;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=3;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=CGGGGAGTCGGGCAAGAAGA;RSEQ=GAGCAAGTCCGACTCCAGAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:213:3:209,3:0.0141:93,116:1,2 chr1 240255631 . GT G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=192;END=240255632;VD=2;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=69:121;VARBIAS=1:1;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.74812950143347;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=184;LSEQ=TCCGACTCCAGAGCCTCGGT;RSEQ=TTTCCAACCTGCGGATCAGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:2:190,2:0.0104:69,121:1,1 chr1 245867743 . G A 102 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=245867743;VD=8;AF=0.5333;BIAS=0:0;REFBIAS=7:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=8;HICOV=14;LSEQ=TATCAGAACAGGGTTCAGGT;RSEQ=GCCCTGTTGGCTCATGTGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:15:8:7,8:0.5333:7,0:8,0 chr1 245867921 . G A 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=157;END=245867921;VD=156;AF=0.9936;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=155:1;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=152;HICOV=152;LSEQ=CATGGCTCGTTCTTCCTTCT;RSEQ=TGTATCTCCCAAGTCTGACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:157:156:0,156:0.9936:0,0:155,1 chr1 245868167 . G GTCTT 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=427;END=245868167;VD=408;AF=0.9555;BIAS=2:2;REFBIAS=7:20;VARBIAS=177:231;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.10621;ODDRATIO=2.1855534914217;MQ=60.1;SN=816;HIAF=0.9401;ADJAF=0.1148;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=408;HICOV=434;LSEQ=AAACATATAGTTCATGAAAA;RSEQ=TCTTTAATTGGAGATTTTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:427:408:27,408:0.9555:7,20:177,231 chr1 245868173 . A C 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=395;END=245868173;VD=6;AF=0.0152;BIAS=2:2;REFBIAS=166:222;VARBIAS=2:4;PMEAN=11.8;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.49403;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=4;HICOV=389;LSEQ=ATAGTTCATGAAAAGTCTTT;RSEQ=ATTGGAGATTTTCAAAGGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:395:6:388,6:0.0152:166,222:2,4 chr1 245868350 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=245868350;VD=2;AF=0.0142;BIAS=1:0;REFBIAS=0:138;VARBIAS=0:2;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=CTTCCTGGACTGAAACCGAT;RSEQ=GAATCCTTCCGAGGGGAGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:2:138,2:0.0142:0,138:0,2 chr1 245868363 . G T 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=245868363;VD=131;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:131;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=128;HICOV=128;LSEQ=AACCGATGGAATCCTTCCGA;RSEQ=GGGAGTGGCATTCGGCTTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:131:131:0,131:1:0,0:0,131 chr1 245868388 . T C 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=97;END=245868388;VD=48;AF=0.4948;BIAS=1:1;REFBIAS=0:49;VARBIAS=0:48;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47;HIAF=0.4896;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=47;HICOV=96;LSEQ=GTGGCATTCGGCTTGCCTCC;RSEQ=GCCTAAATCTGCTTTTATCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:97:48:49,48:0.4948:0,49:0,48 chr1 248512498 . A G 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=104;END=248512498;VD=103;AF=0.9904;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=103:0;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=102;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=102;HICOV=102;LSEQ=GAACTCTCGAATCTGCATCC;RSEQ=GATGACACTGGCCTCCCTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:104:103:0,103:0.9904:0,0:103,0 chr1 248512571 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=143;END=248512571;VD=2;AF=0.014;BIAS=1:0;REFBIAS=141:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0145;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=138;LSEQ=GGCAGCACATTCCAGCTGCC;RSEQ=TTCTGTCGGTCCAACGTTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:143:2:141,2:0.014:141,0:2,0 chr1 248512878 . C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=247;END=248512878;VD=3;AF=0.0121;BIAS=2:2;REFBIAS=37:207;VARBIAS=1:2;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.39552;ODDRATIO=2.78164116828929;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0124;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=242;LSEQ=CTGCGATACCTGCAGCCACC;RSEQ=AGGATCTGATCCTTTCTGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:247:3:244,3:0.0121:37,207:1,2 chr1 248512930 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=248512930;VD=3;AF=0.0152;BIAS=1:0;REFBIAS=0:195;VARBIAS=0:3;PMEAN=52.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=189;LSEQ=AATGCCTCCCCTCTTTAACC;RSEQ=TATTATTTACAGTCTTAGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:3:195,3:0.0152:0,195:0,3 chr2 10050947 . T C 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=449;END=10050947;VD=218;AF=0.4855;BIAS=2:2;REFBIAS=136:95;VARBIAS=129:89;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0124531740407;MQ=60;SN=71.667;HIAF=0.4831;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=215;HICOV=445;LSEQ=CTGACATTTGATCCTATAGC;RSEQ=AAAATGGCAAAAACTGTTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:449:218:231,218:0.4855:136,95:129,89 chr2 10050960 . A G 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=448;END=10050960;VD=217;AF=0.4844;BIAS=2:2;REFBIAS=127:104;VARBIAS=123:94;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.77531;ODDRATIO=1.07136352435745;MQ=60;SN=35.167;HIAF=0.4965;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=211;HICOV=425;LSEQ=CTATAGCTAAAATGGCAAAA;RSEQ=CTGTTAAGTACGATGTACAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:448:217:231,217:0.4844:127,104:123,94 chr2 10051053 . G C 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=317;END=10051053;VD=138;AF=0.4353;BIAS=2:2;REFBIAS=39:138;VARBIAS=28:110;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.78182;ODDRATIO=1.10988;MQ=60;SN=14.333;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=129;HICOV=301;LSEQ=GTTTCGAGTGGTAAGTGTAC;RSEQ=TCAATTTTATGACAAGTAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:317:138:177,138:0.4353:39,138:28,110 chr2 10051161 . T C 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=157;END=10051161;VD=67;AF=0.4268;BIAS=1:1;REFBIAS=0:89;VARBIAS=0:67;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.167;HIAF=0.4040;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=61;HICOV=151;LSEQ=GCTAAAGAAAAAATTTGTAC;RSEQ=GTATTTACCTAATTATATGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:67:89,67:0.4268:0,89:0,67 chr2 23866082 . C T 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=347;END=23866082;VD=344;AF=0.9914;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=170:174;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.9970;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=336;HICOV=337;LSEQ=TGAGAGTCATCCACTCCTCT;RSEQ=AGGGCACCGCAGAACAGTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:347:344:0,344:0.9914:0,0:170,174 chr2 23866090 . C CGCA 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=366;END=23866090;VD=364;AF=0.9945;BIAS=2:2;REFBIAS=8:1;VARBIAS=164:199;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.01375;ODDRATIO=9.66058;MQ=60;SN=181;HIAF=0.9784;ADJAF=0.1257;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=362;HICOV=370;LSEQ=ATCCACTCCTCTCAGGGCAC;RSEQ=GCAGAACAGTCCCTTTGGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:366:364:9,364:0.9945:8,1:164,199 chr2 25383492 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=25383492;VD=2;AF=0.0104;BIAS=1:0;REFBIAS=187:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=CCGGGGTCACTCTTGCAGGA;RSEQ=TCCTGCCTTTACACGTGTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:2:189,2:0.0104:187,2:2,0 chr2 25384169 . G A 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=684;END=25384169;VD=341;AF=0.4985;BIAS=2:2;REFBIAS=172:169;VARBIAS=163:178;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.54006;ODDRATIO=1.11124;MQ=60;SN=41.625;HIAF=0.4963;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=333;HICOV=671;LSEQ=TGGGCCCCTGCGCCGTCATC;RSEQ=GCAGGGCCGTCGGGGCCATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:684:341:341,341:0.4985:172,169:163,178 chr2 25384472 . G A 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=644;END=25384472;VD=334;AF=0.5186;BIAS=2:2;REFBIAS=143:166;VARBIAS=168:166;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.34331;ODDRATIO=1.1745222630695;MQ=60;SN=13.522;HIAF=0.5032;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=311;HICOV=618;LSEQ=CCTGCGCCGCTGCTGCCGCT;RSEQ=CTGCTGCTGTTGCGGCGGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:644:334:309,334:0.5186:143,166:168,166 chr2 25384833 . T C 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=25384833;VD=93;AF=0.5082;BIAS=1:1;REFBIAS=0:89;VARBIAS=0:93;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=45.5;HIAF=0.5170;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=91;HICOV=176;LSEQ=GGCATCTAAGATCTTGCCAC;RSEQ=GCCTCTTTTGTCCCATCCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:183:93:89,93:0.5082:0,89:0,93 chr2 25384961 . T C 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=25384961;VD=20;AF=0.4545;BIAS=1:1;REFBIAS=0:24;VARBIAS=0:20;PMEAN=31.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=0.4651;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=20;HICOV=43;LSEQ=CAGGACCAAAGTCTTACTGT;RSEQ=ATATGCCTGACATAAAGGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:20:24,20:0.4545:0,24:0,20 chr2 25387181 . T G 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=25387181;VD=14;AF=0.4667;BIAS=1:1;REFBIAS=16:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=14;HICOV=28;LSEQ=TAGTTTGGGAAGCTAAAGAT;RSEQ=TAAAGTACAGAATAGATTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:30:14:16,14:0.4667:16,0:14,0 chr2 25387858 . G GACC 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=177;END=25387858;VD=174;AF=0.9831;BIAS=0:1;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:174;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=173;HIAF=0.9830;ADJAF=0.1017;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=173;HICOV=176;LSEQ=GTGATAAGGAGGAGGGAATG;RSEQ=TGGGTAAACTGTGACCATTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:177:174:3,174:0.9831:0,3:0,174 chr2 25391691 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=25391691;VD=2;AF=0.0179;BIAS=1:0;REFBIAS=0:110;VARBIAS=0:2;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0189;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=106;LSEQ=GCCCTCAGGAAGAACTTAAT;RSEQ=ATGGATGGCGTTGGGTCTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:2:110,2:0.0179:0,110:0,2 chr2 26636983 . CATTATT C 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=78;END=26636989;VD=48;AF=0.6154;BIAS=2:1;REFBIAS=28:2;VARBIAS=48:0;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.14486;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=0.6234;ADJAF=0.0897;SHIFT3=24;MSI=10;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=48;HICOV=77;LSEQ=TATATGAAGTACAATGGAAC;RSEQ=ATTATTATTATTATTATTAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:78:48:30,48:0.6154:28,2:48,0 chr2 26637068 . C T 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=26637068;VD=72;AF=0.4528;BIAS=1:1;REFBIAS=86:1;VARBIAS=70:2;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.59025;ODDRATIO=2.44356;MQ=60;SN=71;HIAF=0.4522;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=71;HICOV=157;LSEQ=TTGGCCATGCTGATCTTGAA;RSEQ=TCCTGGCCTTAAGCAATCCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:72:87,72:0.4528:86,1:70,2 chr2 26643814 . T G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=26643814;VD=5;AF=0.5556;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=9;LSEQ=GCTAATTTTTGAATTTTTAG;RSEQ=AGAGATGGGGTTTCACCATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:5:4,5:0.5556:4,0:5,0 chr2 26646886 . ATG A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=65;END=26646888;VD=2;AF=0.0308;BIAS=1:0;REFBIAS=60:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=55.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0345;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=58;LSEQ=GTGCGTGTGCACGCGTGTGT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTAGCCTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:65:2:61,2:0.0308:60,1:2,0 chr2 26647277 . T G 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=534;END=26647277;VD=273;AF=0.5112;BIAS=2:2;REFBIAS=123:138;VARBIAS=129:144;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0050756319413;MQ=60;SN=44.5;HIAF=0.5164;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=267;HICOV=517;LSEQ=ACCCAACAGCTGCACTGTGC;RSEQ=GGACTCTTAGAAGATAAGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:534:273:261,273:0.5112:123,138:129,144 chr2 26647529 . T C 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=105;END=26647529;VD=45;AF=0.4286;BIAS=1:1;REFBIAS=0:59;VARBIAS=0:45;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.5;HIAF=0.4300;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=43;HICOV=100;LSEQ=CATAACCATTTTAAAGTGTA;RSEQ=AGTTCATGGGCTGGATGAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:105:45:59,45:0.4286:0,59:0,45 chr2 26652671 . A G 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=286;END=26652671;VD=130;AF=0.4545;BIAS=2:2;REFBIAS=30:126;VARBIAS=24:106;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.8808;ODDRATIO=1.05142;MQ=60;SN=31.5;HIAF=0.4532;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=126;HICOV=278;LSEQ=GACCTGGTTTCTGCTCTTGG;RSEQ=GGGCCCCTGGGAGGAGGTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:286:130:156,130:0.4545:30,126:24,106 chr2 26654058 . A G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=26654058;VD=9;AF=0.5294;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:9;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.5294;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=9;HICOV=17;LSEQ=GGTCTCGATCTCCTGACCTC;RSEQ=TGATCCTCTCGTCTCGGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:17:9:8,9:0.5294:0,8:0,9 chr2 26654684 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=235;END=26654684;VD=3;AF=0.0128;BIAS=2:2;REFBIAS=195:36;VARBIAS=2:1;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.40475;ODDRATIO=2.6928;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0086;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=232;LSEQ=CCCTGTGTCATGCTGGGCAG;RSEQ=CCATCCGAAGGATTGAGGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:235:3:231,3:0.0128:195,36:2,1 chr2 26655040 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=26655040;VD=2;AF=0.0167;BIAS=1:0;REFBIAS=1:116;VARBIAS=0:2;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0169;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=118;LSEQ=TGTTCATATCTGAAGGAGCT;RSEQ=ATGTACAGGAGGGATGCTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:2:117,2:0.0167:1,116:0,2 chr2 26663187 . T TTG 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=211;END=26663187;VD=68;AF=0.3223;BIAS=2:2;REFBIAS=91:13;VARBIAS=61:7;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.80902;ODDRATIO=1.24334808773064;MQ=60;SN=66;HIAF=0.4151;ADJAF=0.0142;SHIFT3=27;MSI=14;MSILEN=2;NM=0.9;HICNT=66;HICOV=159;LSEQ=CAGGTGTAGAGTTAGTGTGT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:211:68:104,68:0.3223:91,13:61,7 chr2 26663215 . A G 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=232;END=26663215;VD=20;AF=0.0862;BIAS=2:2;REFBIAS=152:58;VARBIAS=16:4;PMEAN=19.1;PSTD=1;QUAL=31.4;QSTD=1;SBF=0.60195;ODDRATIO=1.52373986712988;MQ=60;SN=9;HIAF=0.0829;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=18;HICOV=217;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=TATATATATATATAGTTTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:232:20:210,20:0.0862:152,58:16,4 chr2 26667130 . A G 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=554;END=26667130;VD=276;AF=0.4982;BIAS=2:2;REFBIAS=164:111;VARBIAS=159:117;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.66563;ODDRATIO=1.08703;MQ=60;SN=54.2;HIAF=0.5019;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=271;HICOV=540;LSEQ=ATCTGAGATCAAAATATGCC;RSEQ=AGCAAATAAAGCAGTTTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:554:276:275,276:0.4982:164,111:159,117 chr2 26667615 . T C 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=519;END=26667615;VD=518;AF=0.9981;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=363:155;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46.091;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=507;HICOV=507;LSEQ=TTATTGATGATGAGAAGTTT;RSEQ=GGGAGATTTGGCTGATGAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:519:518:0,518:0.9981:0,0:363,155 chr2 26671379 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=102;END=26671379;VD=2;AF=0.0196;BIAS=1:0;REFBIAS=100:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0200;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=100;LSEQ=CTCTGATTCCGACCCCCTAG;RSEQ=CCGCCTTCCCGCCACGTAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:102:2:100,2:0.0196:100,0:2,0 chr2 26671544 . A G 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=389;END=26671544;VD=181;AF=0.4653;BIAS=2:2;REFBIAS=132:73;VARBIAS=131:50;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.10131;ODDRATIO=1.44753412561701;MQ=60;SN=180;HIAF=0.4800;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=180;HICOV=375;LSEQ=TTTCTTTCTCTCTCCTCCCC;RSEQ=TGACCCAACTGCAGAAGAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:389:181:205,181:0.4653:132,73:131,50 chr2 26672014 . T G 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=26672014;VD=9;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:9;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.5294;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=9;HICOV=17;LSEQ=TGAACCAACTTGCTAAGTGA;RSEQ=GTGGCCACACTGACATGGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:18:9:9,9:0.5:0,9:0,9 chr2 26672831 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=26672831;VD=3;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=185:85;VARBIAS=2:1;PMEAN=27.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.08789;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=270;LSEQ=ACTCGCTCCTGAAACCTGTC;RSEQ=CCGACAGGAGATGCCTTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:273:3:270,3:0.011:185,85:2,1 chr2 26672992 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=265;END=26672992;VD=3;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=75:187;VARBIAS=1:2;PMEAN=13.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.2456247430899;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0076;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=262;LSEQ=GGAGGACACGGGTGGGGCTG;RSEQ=AGCCGGCCGTGTTCTCAGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:265:3:262,3:0.0113:75,187:1,2 chr2 26676322 . A G 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=527;END=26676322;VD=525;AF=0.9962;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=272:253;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.5;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.6;HICNT=515;HICOV=516;LSEQ=CTGGTGGAAGGGGAGAAGGA;RSEQ=GAAGAGGAGGAGACCCCACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:527:525:0,525:0.9962:0,0:272,253 chr2 26676395 . G T 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=442;END=26676395;VD=209;AF=0.4729;BIAS=2:2;REFBIAS=94:137;VARBIAS=77:132;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.43412;ODDRATIO=1.17579;MQ=60;SN=16.417;HIAF=0.4657;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=197;HICOV=423;LSEQ=TCAAGATTCTGGAGGCCTTC;RSEQ=TCATGGGTCTGAAGAAGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:442:209:231,209:0.4729:94,137:77,132 chr2 26676754 . C T 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=26676754;VD=5;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:5;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=5;HICOV=15;LSEQ=TGTTCAGAGGAGGAAGTGGC;RSEQ=GTTTCCATTTGGCATGTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:15:5:10,5:0.3333:0,10:0,5 chr2 26677303 . G T 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=26677303;VD=64;AF=0.4672;BIAS=1:1;REFBIAS=73:0;VARBIAS=64:0;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.4580;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=60;HICOV=131;LSEQ=GAGAGGGGTGGATGAAGCAC;RSEQ=GATTATGCCCTCACGAAGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:64:73,64:0.4672:73,0:64,0 chr2 26677810 . A G 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=290;END=26677810;VD=134;AF=0.4621;BIAS=2:2;REFBIAS=55:100;VARBIAS=46:88;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.90169;ODDRATIO=1.05202;MQ=60;SN=133;HIAF=0.4650;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=133;HICOV=286;LSEQ=GTGGGTGGATCATGTGGGGC;RSEQ=GTTGGCTCTTGGGCCCTGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:290:134:155,134:0.4621:55,100:46,88 chr2 26678169 . G A 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=271;END=26678169;VD=128;AF=0.4723;BIAS=2:2;REFBIAS=24:114;VARBIAS=18:110;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.50343;ODDRATIO=1.28533;MQ=60;SN=256;HIAF=0.4776;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=128;HICOV=268;LSEQ=GGCAGGGGCACTGGAGCTGG;RSEQ=ATTAGGGAACGAGGAGTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:271:128:138,128:0.4723:24,114:18,110 chr2 26679094 . G A 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=26679094;VD=55;AF=0.6044;BIAS=1:1;REFBIAS=36:0;VARBIAS=55:0;PMEAN=28.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.6136;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=54;HICOV=88;LSEQ=GAAGACTGCAGAGAATGGAC;RSEQ=GGCGGGAGATGAAGAACGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:91:55:36,55:0.6044:36,0:55,0 chr2 29287699 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=29287699;VD=2;AF=0.013;BIAS=1:0;REFBIAS=151:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=150;LSEQ=CTGTCACACTTGGCCTTCTG;RSEQ=GGTGACTGCGTGAGTGTGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:2:152,2:0.013:151,1:2,0 chr2 29287708 . C T 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=29287708;VD=158;AF=0.9937;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=157:1;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.6;HIAF=0.9935;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=153;HICOV=154;LSEQ=TTGGCCTTCTGGGGTGACTG;RSEQ=GTGAGTGTGGCCCCCTCGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:159:158:1,158:0.9937:1,0:157,1 chr2 29287926 . C CGCT 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=463;END=29287926;VD=465;AF=1;BIAS=2:2;REFBIAS=15:11;VARBIAS=216:248;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.3151;ODDRATIO=1.56421;MQ=60;SN=464;HIAF=0.9489;ADJAF=0.1484;SHIFT3=11;MSI=4;MSILEN=3;NM=0.3;HICNT=464;HICOV=489;LSEQ=GTCCTTCTTAGGGCTCTCCT;RSEQ=GCTGCTGCTGCCGAGAGAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:463:465:26,465:1:15,11:216,248 chr2 29288109 . A G 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=29288109;VD=168;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:164;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=83;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=166;HICOV=166;LSEQ=CTTGCCAGGCTGGTGCCGCC;RSEQ=TTGCCGTGTGCCTGCAGGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:168:168:0,168:1:0,0:4,164 chr2 29288224 . G C 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=29288224;VD=105;AF=0.9906;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:104;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.9899;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=98;HICOV=99;LSEQ=ACAAAGCAACTCCCTCAGAA;RSEQ=CTCTGGGAGCTGGGCCTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:106:105:0,105:0.9906:0,0:1,104 chr2 31749714 . C T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=207;END=31749714;VD=90;AF=0.4348;BIAS=2:2;REFBIAS=24:93;VARBIAS=18:72;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03211;MQ=60;SN=89;HIAF=0.4428;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=89;HICOV=201;LSEQ=ATTTATATGATTGCAATTTG;RSEQ=ATTTTTCAGTAATCTACATC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:207:90:117,90:0.4348:24,93:18,72 chr2 31749941 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=83;END=31749941;VD=2;AF=0.0241;BIAS=2:2;REFBIAS=57:23;VARBIAS=1:1;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.50226;ODDRATIO=2.44728;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=80;LSEQ=ATATCTCAGCACTCATGCTG;RSEQ=GGTGACCCCTTCACAAGAGT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:83:2:80,2:0.0241:57,23:1,1 chr2 31750417 . T C 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=835;END=31750417;VD=435;AF=0.521;BIAS=2:2;REFBIAS=211:187;VARBIAS=226:209;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.78137;ODDRATIO=1.04344;MQ=60;SN=107.75;HIAF=0.5224;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=431;HICOV=825;LSEQ=CATTATTTGGATATTGCCAC;RSEQ=AGTTTCCAAAAACATGAGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:835:435:398,435:0.521:211,187:226,209 chr2 31751175 . GGGA ATATATATATATATATATAGGT 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=651;END=31751178;VD=261;AF=0.4009;BIAS=2:2;REFBIAS=154:198;VARBIAS=114:147;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00292;MQ=60;SN=522;HIAF=0.4078;ADJAF=0.2519;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=0.2;HICNT=261;HICOV=640;LSEQ=ACCTACTATTACATATATAC;RSEQ=CTATTATATCATGAAAATTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:651:261:352,261:0.4009:154,198:114,147 chr2 31751178 . A T 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=478;END=31751178;VD=20;AF=0.0418;BIAS=2:2;REFBIAS=145:195;VARBIAS=11:9;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=31.9;QSTD=1;SBF=0.35409;ODDRATIO=1.64133539047369;MQ=60;SN=5.667;HIAF=0.0484;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=17;HICOV=351;LSEQ=TACTATTACATATATACGGG;RSEQ=CTATTATATCATGAAAATTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:478:20:340,20:0.0418:145,195:11,9 chr2 31754681 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=31754681;VD=2;AF=0.011;BIAS=1:0;REFBIAS=0:179;VARBIAS=0:2;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=179;LSEQ=GAGTTTGGTGGAATCCTCTT;RSEQ=GGGAGAAGGGGAAACAAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:2:179,2:0.011:0,179:0,2 chr2 31756406 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=275;END=31756406;VD=3;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=174:98;VARBIAS=2:1;PMEAN=62.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.12597396748187;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0073;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=273;LSEQ=TCCCTGGGACAGGCTCCAGG;RSEQ=AAGAGTGAGAGTCTGGGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:275:3:272,3:0.0109:174,98:2,1 chr2 31756618 . T TAACCTGACAGGAGGGGCATTTAATTCCAA 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=160;END=31756618;VD=15;AF=0.0938;BIAS=2:1;REFBIAS=11:134;VARBIAS=0:15;PMEAN=26.1;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.60126;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.0943;ADJAF=0.0875;SHIFT3=2;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=15;HICOV=159;LSEQ=GCTTTTTTCACAAACTAAGC;RSEQ=AAAATGAAAGGAGGGGCATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:15:145,15:0.0938:11,134:0,15 chr2 31756627 . A G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=31756627;VD=17;AF=0.1206;BIAS=1:1;REFBIAS=3:121;VARBIAS=0:17;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.1298;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=17;HICOV=131;LSEQ=ACAAACTAAGCTAAAATGAA;RSEQ=GGAGGGGCATTTAATTTCTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:17:124,17:0.1206:3,121:0,17 chr2 31756631 . G GGGGCATTTAATTCCAAAAAATGAAGGGAA 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=175;END=31756631;VD=55;AF=0.3143;BIAS=1:1;REFBIAS=1:89;VARBIAS=1:54;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.64217094999589;MQ=60.9;SN=110;HIAF=0.3395;ADJAF=0.2343;SHIFT3=12;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=55;HICOV=162;LSEQ=ACTAAGCTAAAATGAAAGGA;RSEQ=GGGCATTTAATTTCTAAATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:55:90,55:0.3143:1,89:1,54 chr2 31805370 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=31805370;VD=2;AF=0.125;BIAS=1:0;REFBIAS=13:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=16;LSEQ=GTCCTGTCCAATAGGTCTCC;RSEQ=CAACCTGAGCTTTCCAGGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:2:14,2:0.125:13,1:2,0 chr2 31805524 . C T 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=31805524;VD=72;AF=0.507;BIAS=1:1;REFBIAS=67:2;VARBIAS=72:0;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.23769;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71;HIAF=0.5071;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=71;HICOV=140;LSEQ=ACTCTCTAGCGTCCAAGCCC;RSEQ=GGCCCCGGCCCCCGCCAGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:142:72:69,72:0.507:67,2:72,0 chr2 31805619 . T C 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=241;END=31805619;VD=241;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=224:17;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=240;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=240;HICOV=240;LSEQ=GCGTTCCTCGGTGCGCGCTC;RSEQ=ACGCTGCGCTCCTGGACGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:241:241:0,241:1:0,0:224,17 chr2 31805675 . A G 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=342;END=31805675;VD=341;AF=0.9971;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=261:80;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.23684;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=340;HIAF=0.9971;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=340;HICOV=341;LSEQ=CGCTGCACTGGGCGCCCGCA;RSEQ=GGGAAAAACGCTACCTGTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:342:341:1,341:0.9971:0,1:261,80 chr2 31805706 . G C 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=451;END=31805706;VD=450;AF=0.9978;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=341:109;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=89;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=445;HICOV=445;LSEQ=CTACCTGTGGAAGTAATGTA;RSEQ=GCAGAAGAGGCCCAGAAGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:451:450:0,450:0.9978:0,0:341,109 chr2 31805880 . A AG 338 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=657;END=31805880;VD=644;AF=0.9802;BIAS=2:2;REFBIAS=7:6;VARBIAS=283:361;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.57641;ODDRATIO=1.48729;MQ=60;SN=63.4;HIAF=0.9814;ADJAF=0.1126;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=634;HICOV=646;LSEQ=CGTGTGCTTCCCGTAGCCGG;RSEQ=GGCTTCGCGACGTACAAGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:657:644:13,644:0.9802:7,6:283,361 chr2 31806031 . C G 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=418;END=31806031;VD=417;AF=0.9976;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=78:339;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=103.25;HIAF=0.9976;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=413;HICOV=414;LSEQ=AGAGCGCGGCCCCCGCAACC;RSEQ=CTTTATGGAGCGCCAGACGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:418:417:0,417:0.9976:0,0:78,339 chr2 31806130 . G GC 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=224;END=31806130;VD=224;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:217;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0.2009;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=219;HICOV=219;LSEQ=CCGCGTCCAGCCCTGGCGCG;RSEQ=TTCGCAGCAATACCCCTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:224:224:0,224:1:0,0:7,217 chr2 31806286 . CAT GCA 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=37;END=31806288;VD=37;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:37;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74;HIAF=1.0000;ADJAF=0.2432;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=37;HICOV=37;LSEQ=AACTATTAGCGTCTGATGCG;RSEQ=ACTTCTGGAACTAAGACACG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:37:37:0,37:1:0,0:0,37 chr2 36779349 . G GA 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=116;END=36779349;VD=4;AF=0.0345;BIAS=1:0;REFBIAS=106:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=12.7;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=8;HIAF=0.0381;ADJAF=0.0086;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=4;HICOV=105;LSEQ=AAAGAATCTAGCACTGTAAG;RSEQ=AAAAAAAAAATACAACACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:116:4:106,4:0.0345:106,0:4,0 chr2 39208512 . A AG 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=98;END=39208512;VD=53;AF=0.5408;BIAS=1:1;REFBIAS=43:0;VARBIAS=53:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.5474;ADJAF=0.1122;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=52;HICOV=95;LSEQ=AATCAGCAGATTTGACACAG;RSEQ=GGAAATGTGGAACTTCTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:98:53:43,53:0.5408:43,0:53,0 chr2 39209047 . A G 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=722;END=39209047;VD=349;AF=0.4834;BIAS=2:2;REFBIAS=219:149;VARBIAS=190:159;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.17513;ODDRATIO=1.22962;MQ=60;SN=115.333;HIAF=0.4971;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=346;HICOV=696;LSEQ=CACCAGATATTTGCACCCCA;RSEQ=AGTTCCCTGCCCAAATCCCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:722:349:368,349:0.4834:219,149:190,159 chr2 39209426 . A G 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=729;END=39209426;VD=353;AF=0.4842;BIAS=2:2;REFBIAS=202:174;VARBIAS=166:187;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.07551;ODDRATIO=1.30728;MQ=60;SN=21.062;HIAF=0.4773;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=337;HICOV=706;LSEQ=CAAGTGCTTTTGTTGTTTAG;RSEQ=TTTATAATATAGACTTCATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:729:353:376,353:0.4842:202,174:166,187 chr2 39210398 . A T 346 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=778;END=39210398;VD=777;AF=0.9987;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=388:389;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58.769;HIAF=0.9987;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=764;HICOV=765;LSEQ=TGATTAAATAGATTTTCATT;RSEQ=CTACAAGGATAAATTTGTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:778:777:0,777:0.9987:0,0:388,389 chr2 39210719 . T TTA 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=757;END=39210719;VD=336;AF=0.4439;BIAS=2:2;REFBIAS=193:227;VARBIAS=143:193;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.37698;ODDRATIO=1.14729;MQ=60;SN=111;HIAF=0.4464;ADJAF=0.07;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.2;HICNT=333;HICOV=746;LSEQ=GTTGAAAAGGGGTTATCACC;RSEQ=TATTGAAGGCTAACACATTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:757:336:420,336:0.4439:193,227:143,193 chr2 39211121 . T C 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=742;END=39211121;VD=346;AF=0.4663;BIAS=2:2;REFBIAS=192:201;VARBIAS=179:167;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.46122;ODDRATIO=1.12191893013811;MQ=60;SN=27.833;HIAF=0.4684;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=334;HICOV=713;LSEQ=CTAACAAATAAATAAGAAAA;RSEQ=AGGATAGACTGCTTAATGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:742:346:393,346:0.4663:192,201:179,167 chr2 39211358 . TA T 351 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=757;END=39211359;VD=738;AF=0.9749;BIAS=2:2;REFBIAS=10:9;VARBIAS=358:380;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.8179;ODDRATIO=1.17913;MQ=60;SN=1476;HIAF=0.9762;ADJAF=0.0911;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=738;HICOV=756;LSEQ=GCAGATGCTGATGAACCAGA;RSEQ=AACTCTCTAAGGATGGAATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:757:738:19,738:0.9749:10,9:358,380 chr2 39211628 . A AACTT 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=685;END=39211628;VD=339;AF=0.4949;BIAS=2:2;REFBIAS=163:182;VARBIAS=147:191;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.35642;ODDRATIO=1.16341;MQ=60.1;SN=338;HIAF=0.4971;ADJAF=0.0745;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=338;HICOV=680;LSEQ=CTGTATACTTGTTGCTTAGG;RSEQ=ACTTAAAACTTACTTACAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:685:339:345,339:0.4949:163,182:147,191 chr2 39212160 . G T 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=729;END=39212160;VD=347;AF=0.476;BIAS=2:2;REFBIAS=179:202;VARBIAS=147:200;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.23259;ODDRATIO=1.20531;MQ=60;SN=85.75;HIAF=0.4784;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=343;HICOV=717;LSEQ=AATGACAATCTAGCATAGAT;RSEQ=AACAGTCTCCTAAATGCAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:729:347:381,347:0.476:179,202:147,200 chr2 39212198 . A AT 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=741;END=39212198;VD=9;AF=0.0121;BIAS=2:2;REFBIAS=337:356;VARBIAS=4:5;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.183;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=8;HICOV=684;LSEQ=AAATAGAATAGTTGACAGTT;RSEQ=TTTTTTTTTAAAAAGTTCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:741:9:693,9:0.0121:337,356:4,5 chr2 39212563 . G GTT 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=711;END=39212563;VD=288;AF=0.4051;BIAS=2:2;REFBIAS=148:118;VARBIAS=178:109;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.14153;ODDRATIO=1.30137164571458;MQ=60;SN=286;HIAF=0.4767;ADJAF=0.0408;SHIFT3=11;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=286;HICOV=600;LSEQ=ATATTAAGATCCCTGTTTAA;RSEQ=TTTTTTTTTTTAAAAGTGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:711:288:266,288:0.4051:148,118:178,109 chr2 39212565 . T TTG 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=739;END=39212565;VD=348;AF=0.4709;BIAS=2:2;REFBIAS=236:151;VARBIAS=191:157;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.0999;ODDRATIO=1.28425;MQ=60;SN=173;HIAF=0.4806;ADJAF=0.0704;SHIFT3=1;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=346;HICOV=720;LSEQ=ATTAAGATCCCTGTTTAAGT;RSEQ=TTTTTTTTTAAAAGTGCATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:739:348:387,348:0.4709:236,151:191,157 chr2 39213538 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=39213538;VD=3;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=17:248;VARBIAS=1:2;PMEAN=48.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.18892;ODDRATIO=7.17617509867241;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=260;LSEQ=AAGAATTAAGTTGGGGTTTT;RSEQ=AAACATGCTATTGGCAGGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:3:265,3:0.0112:17,248:1,2 chr2 39213613 . A T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=127;END=39213613;VD=3;AF=0.0236;BIAS=1:0;REFBIAS=2:113;VARBIAS=0:3;PMEAN=12.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0263;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=114;LSEQ=TTCTTTTTAATTAAAAAAAA;RSEQ=TTTTTTTTTTTGAGACAATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:127:3:115,3:0.0236:2,113:0,3 chr2 39214821 . A C 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=39214821;VD=148;AF=0.9867;BIAS=0:1;REFBIAS=0:2;VARBIAS=1:147;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.9931;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=144;HICOV=145;LSEQ=CTTAGCTGGAAATTGCTTAT;RSEQ=ATTAAAAGTAATGTGTAGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:150:148:2,148:0.9867:0,2:1,147 chr2 39216086 . C CTT 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=24;END=39216086;VD=12;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64.8;SN=11;HIAF=0.4783;ADJAF=0.2083;SHIFT3=13;MSI=15;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=11;HICOV=23;LSEQ=ATGCGCATGCATGCTCTTGC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTCAAAGTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:24:12:2,12:0.5:2,0:12,0 chr2 39216536 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=244;END=39216536;VD=3;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=48:193;VARBIAS=1:2;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.49116;ODDRATIO=2.00360649168503;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=237;LSEQ=GCAAAAATTTGTATTATGAT;RSEQ=AAAATGTTATTGTCATTGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:244:3:241,3:0.0123:48,193:1,2 chr2 39216697 . TA T 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=59;END=39216698;VD=48;AF=0.8136;BIAS=0:1;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:48;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=0.8136;ADJAF=0.0508;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=48;HICOV=59;LSEQ=TATTAAATGAAAAACATTCA;RSEQ=AAAAAATCGTATATTACTGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:59:48:11,48:0.8136:0,11:0,48 chr2 39216773 . T C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=39216773;VD=7;AF=0.4118;BIAS=0:0;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:7;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4375;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=7;HICOV=16;LSEQ=AAAAAGTTCAGCTGGATGTA;RSEQ=ATAAATATGCCATTTAGTAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:17:7:10,7:0.4118:0,10:0,7 chr2 39222915 . T C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=39222915;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:5;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=ACTGTGAATTACAATACCTT;RSEQ=CTATTCTGTAATACAGTGAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:0,5 chr2 39224351 . 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A ATT 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=100;END=39224747;VD=57;AF=0.57;BIAS=1:1;REFBIAS=0:21;VARBIAS=0:57;PMEAN=53.5;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61;SN=13.25;HIAF=0.5824;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=17;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=53;HICOV=91;LSEQ=AGTATCTGTGAAAGACTTAA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTCCTCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:100:57:21,57:0.57:0,21:0,57 chr2 39233500 . G A 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=216;END=39233500;VD=216;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=169:47;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=107;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=5;NM=1.2;HICNT=214;HICOV=214;LSEQ=ATTCAGTCATTTAATGAAAT;RSEQ=AGTGTTTTGTTTTATCCAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:216:216:0,216:1:0,0:169,47 chr2 39233678 . 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A G 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=39249415;VD=22;AF=0.4889;BIAS=1:1;REFBIAS=23:0;VARBIAS=22:0;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=0.4773;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=21;HICOV=44;LSEQ=AAAACTTTTTAGATCCCAAT;RSEQ=ATGATGATTTACTACTAACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:45:22:23,22:0.4889:23,0:22,0 chr2 39250673 . A G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=39250673;VD=6;AF=0.3529;BIAS=2:0;REFBIAS=1:10;VARBIAS=0:6;PMEAN=24.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3529;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=6;HICOV=17;LSEQ=CTAATAAAAAGTAGCCCAAT;RSEQ=CAGTAAAAAAAAGTAATCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:17:6:11,6:0.3529:1,10:0,6 chr2 39250771 . 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T A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=39251627;VD=7;AF=0.7;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:7;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.7000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=7;HICOV=10;LSEQ=CTAAGCATGTAGACGAGGTT;RSEQ=TTTTTTTTTTAAGTGTGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:7:3,7:0.7:0,3:0,7 chr2 39262068 . C T 165 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=39262068;VD=29;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=27;HICOV=27;LSEQ=CAAAAAGTAAAGGTACAAGA;RSEQ=AAAAATATCTGACAATTGCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:29:29:0,29:1:0,0:29,0 chr2 39262296 . CA C 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=295;END=39262297;VD=10;AF=0.0339;BIAS=2:2;REFBIAS=215:69;VARBIAS=7:3;PMEAN=29.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.71096;ODDRATIO=1.334;MQ=60;SN=20;HIAF=0.0346;ADJAF=0.0068;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=10;HICOV=289;LSEQ=ATAATTTACAAATGAAGTAG;RSEQ=AAAAAAAAAATTCACACTTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:10:284,10:0.0339:215,69:7,3 chr2 39262472 . A AT 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=449;END=39262472;VD=13;AF=0.029;BIAS=2:2;REFBIAS=226:185;VARBIAS=6:7;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.58021;ODDRATIO=1.42401;MQ=63.6;SN=12;HIAF=0.0291;ADJAF=0.0022;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=12;HICOV=412;LSEQ=CTGGAAAAAAAAGTGATTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTAAGTTTACTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:449:13:411,13:0.029:226,185:6,7 chr2 39262572 . G T 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=453;END=39262572;VD=5;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=174:274;VARBIAS=1:4;PMEAN=23.8;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.65314;ODDRATIO=2.53568;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0071;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=3;HICOV=421;LSEQ=AGGCTTTGATAACTGACTAA;RSEQ=GAAACGATCATGAAAACCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:453:5:448,5:0.011:174,274:1,4 chr2 39278066 . C T 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=39278066;VD=120;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=120:0;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=59;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=118;HICOV=118;LSEQ=TGTAATACCTCCCCCCTTGG;RSEQ=GGTATCTGTCTTTCTATAAT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:120:120:0,120:1:0,0:120,0 chr2 39281366 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=39281366;VD=2;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=GCGTGAGCCACCGTGCCCAG;RSEQ=AGAACTGTTTCTTATTCATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:2:2,2:0.5:2,0:2,0 chr2 39281730 . G C 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=39281730;VD=271;AF=0.9963;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=206:65;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44.167;HIAF=0.9962;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=265;HICOV=266;LSEQ=TTTCACAACACATTCAATGA;RSEQ=AGGCATATATACAATGATAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:272:271:0,271:0.9963:0,0:206,65 chr2 39282079 . A G 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=143;END=39282079;VD=143;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:143;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.833;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=137;HICOV=137;LSEQ=AATGATAAAAAAGCAGACAA;RSEQ=CAAATTTCTCTTCTTGGATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:143:143:0,143:1:0,0:0,143 chr2 39285551 . TAAAC T 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=90;END=39285555;VD=87;AF=0.9667;BIAS=0:1;REFBIAS=2:0;VARBIAS=86:1;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1889;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=86;HICOV=86;LSEQ=GGTCCTAATTACATCTGAGA;RSEQ=AAAATCCACAATAACTTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:90:87:2,87:0.9667:2,0:86,1 chr2 39285762 . G C 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=465;END=39285762;VD=231;AF=0.4968;BIAS=2:2;REFBIAS=172:61;VARBIAS=178:53;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.45105;ODDRATIO=1.19064628280231;MQ=60;SN=20;HIAF=0.5011;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=220;HICOV=439;LSEQ=TATTCTTATTGTATAAAAAT;RSEQ=GTGGGTTTTATTTTTCCCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:465:231:233,231:0.4968:172,61:178,53 chr2 39294566 . CA C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=144;END=39294567;VD=7;AF=0.0486;BIAS=1:0;REFBIAS=137:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0496;ADJAF=0.0139;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=7;HICOV=141;LSEQ=ACTGAAAACATTCCAAAATC;RSEQ=AAAAAAAAACCTCAAAATCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:144:7:137,7:0.0486:137,0:7,0 chr2 39294787 . T G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=435;END=39294787;VD=203;AF=0.4667;BIAS=2:2;REFBIAS=114:117;VARBIAS=109:94;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.38725;ODDRATIO=1.18961230534969;MQ=60;SN=49.75;HIAF=0.4749;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=199;HICOV=419;LSEQ=ACCTCTACATCTGAAGCACT;RSEQ=CGGGGCTGAGCTTGGCATAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:435:203:231,203:0.4667:114,117:109,94 chr2 39294988 . G A 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=229;END=39294988;VD=98;AF=0.4279;BIAS=2:2;REFBIAS=25:106;VARBIAS=14:84;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.37812;ODDRATIO=1.41298;MQ=60;SN=31.667;HIAF=0.4241;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=95;HICOV=224;LSEQ=GTGGGTTTGTGGCCGGGCAC;RSEQ=GTGGCTCATGCCTGTAATGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:229:98:131,98:0.4279:25,106:14,84 chr2 39295282 . T C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=39295282;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:8;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=AAATAAGAAGTGGGTTTGTA;RSEQ=TTAAAAATGTGGTCTGGCTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:0,8 chr2 39347388 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=39347388;VD=2;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=155:33;VARBIAS=1:1;PMEAN=11.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.32665;ODDRATIO=4.64231;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=185;LSEQ=CGAGACCGGGAAGAAAGACG;RSEQ=CCCTGCGCGCGCCCCGCCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:2:188,2:0.0105:155,33:1,1 chr2 48914615 . C G 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=301;END=48914615;VD=142;AF=0.4718;BIAS=2:2;REFBIAS=135:20;VARBIAS=119:23;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=0.50951;ODDRATIO=1.30344;MQ=60;SN=8.467;HIAF=0.4652;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=127;HICOV=273;LSEQ=TTTCTATAAAAATTTCTAAA;RSEQ=ACTCTCAACTTCAGTATTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:301:142:155,142:0.4718:135,20:119,23 chr2 48914782 . A AT 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=590;END=48914782;VD=8;AF=0.0136;BIAS=2:2;REFBIAS=315:235;VARBIAS=5:3;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.24291538232077;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0148;ADJAF=0.0017;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=8;HICOV=541;LSEQ=TAAAATTACTGGTACAGGTA;RSEQ=TTTTTTTTTACAGGTTTAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:590:8:550,8:0.0136:315,235:5,3 chr2 48915871 . A G 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=699;END=48915871;VD=342;AF=0.4893;BIAS=2:2;REFBIAS=135:220;VARBIAS=138:204;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.53571;ODDRATIO=1.10224416912835;MQ=60;SN=41.75;HIAF=0.4978;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=334;HICOV=671;LSEQ=AGGAAGTCATAGCCCATAAT;RSEQ=TCTTCACAGGGATTAAAAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:699:342:355,342:0.4893:135,220:138,204 chr2 48916323 . C T 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=48916323;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:7;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=CATATATACATATATACACA;RSEQ=ATATATATACTATACATACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:0,7 chr2 48921375 . T C 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=394;END=48921375;VD=193;AF=0.4898;BIAS=2:2;REFBIAS=124:77;VARBIAS=116:77;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.75771;ODDRATIO=1.06877;MQ=60;SN=95.5;HIAF=0.4910;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=191;HICOV=389;LSEQ=ATACTTACAGTGTTTTGTTA;RSEQ=TCACTTTCCTTACTGTGCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:394:193:201,193:0.4898:124,77:116,77 chr2 48925675 . G T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=307;END=48925675;VD=4;AF=0.013;BIAS=2:0;REFBIAS=262:41;VARBIAS=4:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0101;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=3;HICOV=296;LSEQ=AGGGAGTGAAGGGGAGTGGA;RSEQ=CTGTCTACTCATTGACTATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:307:4:303,4:0.013:262,41:4,0 chr2 48925746 . C T 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=456;END=48925746;VD=223;AF=0.489;BIAS=2:2;REFBIAS=164:67;VARBIAS=167:56;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.39829;ODDRATIO=1.21777463862538;MQ=60;SN=73.333;HIAF=0.4922;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=220;HICOV=447;LSEQ=TAGGCTTTACCTTTTGGTTT;RSEQ=TACTTACTCTTTTGTTGGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:456:223:231,223:0.489:164,67:167,56 chr2 48925986 . AT A 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=291;END=48925987;VD=213;AF=0.732;BIAS=2:2;REFBIAS=8:62;VARBIAS=31:182;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.68941;ODDRATIO=1.31887842578671;MQ=60;SN=212;HIAF=0.7387;ADJAF=0.055;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=212;HICOV=287;LSEQ=TTTATTTATTTATTTTATAC;RSEQ=TTTTTTTTTTTGAGACGGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:291:213:70,213:0.732:8,62:31,182 chr2 48926182 . G C 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=48926182;VD=40;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:39;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=80;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=40;HICOV=40;LSEQ=ACCGTGTTAGCCAGGATGGT;RSEQ=TCGATCTTCTGACCTCGTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:40:40:0,40:1:0,0:1,39 chr2 48935687 . CCACA C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=5;END=48935691;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=27.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.8333;ADJAF=0.2;SHIFT3=20;MSI=12;MSILEN=2;NM=0.2;HICNT=5;HICOV=6;LSEQ=GGCAATTTGGAGATACCCAC;RSEQ=CACACACACACACACACACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:1,5:1:1,0:5,0 chr2 48935849 . T C 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=48935849;VD=101;AF=0.9806;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=101:0;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=202;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=101;HICOV=101;LSEQ=GAGCCAACCCCTGCTGACAC;RSEQ=TTGATTTTGGACATCTAGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:103:101:0,101:0.9806:0,0:101,0 chr2 48936459 . A G 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=48936459;VD=8;AF=0.6154;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:8;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.6154;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=8;HICOV=13;LSEQ=TGGAGTTATGAAAGTTTACC;RSEQ=CCAGACAGCTGGATAAGGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:8:5,8:0.6154:0,5:0,8 chr2 48941072 . CA C 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=263;END=48941073;VD=141;AF=0.5361;BIAS=2:2;REFBIAS=74:48;VARBIAS=84:57;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.89987;ODDRATIO=1.04598;MQ=60;SN=282;HIAF=0.5361;ADJAF=0.0875;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=141;HICOV=263;LSEQ=ATTGAATGTGATCTTGTAGC;RSEQ=GAGTAATATTTCATTTTTAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:263:141:122,141:0.5361:74,48:84,57 chr2 48952574 . C T 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=61;END=48952574;VD=61;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=61:0;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=60;HICOV=60;LSEQ=AAATCACTACAGAGGGGTGA;RSEQ=GTTCTTCCCAGGTGTTTAGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:61:61:0,61:1:0,0:61,0 chr2 48952624 . G A 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=104;END=48952624;VD=104;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=104:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=103;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=2.8;HICNT=103;HICOV=103;LSEQ=ATGTTGGGAACCACTTACAT;RSEQ=TATGTAAAAGCACCCAGCTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:104:104:0,104:1:0,0:104,0 chr2 48952649 . G A 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=48952649;VD=59;AF=0.4538;BIAS=1:1;REFBIAS=71:0;VARBIAS=59:0;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=118;HIAF=0.4646;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=59;HICOV=127;LSEQ=TAAAAGCACCCAGCTCGGTG;RSEQ=CTGACAAGAAATGACAATTA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:59:71,59:0.4538:71,0:59,0 chr2 48952701 . 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T A 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=217;END=48956431;VD=107;AF=0.4931;BIAS=2:2;REFBIAS=20:90;VARBIAS=21:86;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.86287;ODDRATIO=1.09835795485749;MQ=60;SN=14.286;HIAF=0.4762;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=100;HICOV=210;LSEQ=AATGACCGTGTCTGCATGAT;RSEQ=ATGAGCTATGTGTGTGACCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:217:107:110,107:0.4931:20,90:21,86 chr2 48956475 . C T 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=48956475;VD=73;AF=0.4451;BIAS=1:1;REFBIAS=0:90;VARBIAS=0:73;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=146;HIAF=0.4506;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=73;HICOV=162;LSEQ=AACTGGGGACACCACTGTGT;RSEQ=CCCCTGAAAAGAACAAAGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:73:90,73:0.4451:0,90:0,73 chr2 48956479 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=48956479;VD=2;AF=0.0124;BIAS=1:0;REFBIAS=0:159;VARBIAS=0:2;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=158;LSEQ=GGGGACACCACTGTGTCCCC;RSEQ=TGAAAAGAACAAAGATGTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:2:159,2:0.0124:0,159:0,2 chr2 48956502 . G A 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=48956502;VD=80;AF=0.5479;BIAS=1:1;REFBIAS=0:66;VARBIAS=0:80;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.667;HIAF=0.5385;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=77;HICOV=143;LSEQ=AAAAGAACAAAGATGTGCAA;RSEQ=TTGTCCCCAAATCATACAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:146:80:66,80:0.5479:0,66:0,80 chr2 48956512 . A G 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=48956512;VD=62;AF=0.446;BIAS=1:1;REFBIAS=0:76;VARBIAS=0:62;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=124;HIAF=0.4593;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=62;HICOV=135;LSEQ=AGATGTGCAAGTTGTCCCCA;RSEQ=ATCATACAGTGCTAACATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:139:62:76,62:0.446:0,76:0,62 chr2 48982358 . G A 134 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=48982358;VD=15;AF=0.4688;BIAS=1:1;REFBIAS=16:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=27.1;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4828;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.9;HICNT=14;HICOV=29;LSEQ=ACCCATATTCCCTTCAAGCA;RSEQ=CGGCAGAGAGCAGGCCTTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:32:15:16,15:0.4688:16,0:15,0 chr2 48982485 . T C 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=48982485;VD=67;AF=0.4855;BIAS=1:1;REFBIAS=70:0;VARBIAS=67:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.5;HIAF=0.4924;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=65;HICOV=132;LSEQ=TGGTAAAAACAACCACCAAG;RSEQ=TTTGGGTTCTCATCACCCTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:67:70,67:0.4855:70,0:67,0 chr2 48982622 . C G 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=420;END=48982622;VD=209;AF=0.4976;BIAS=2:2;REFBIAS=153:56;VARBIAS=158:51;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.65405;ODDRATIO=1.13358120975787;MQ=60;SN=103.5;HIAF=0.4976;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=207;HICOV=416;LSEQ=GGAGGGTCCTGCATCAAGGG;RSEQ=GCCGCGACGGGAGCGCTGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:420:209:209,209:0.4976:153,56:158,51 chr2 49189637 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=298;END=49189637;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=258:37;VARBIAS=3:0;PMEAN=8;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=269;LSEQ=TGCAAAAATAACATATATAA;RSEQ=GATAAAATATGTAATACAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:298:3:295,3:0.0101:258,37:3,0 chr2 49189921 . C T 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=810;END=49189921;VD=802;AF=0.9901;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=432:370;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.46202;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.822;HIAF=0.9961;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=757;HICOV=760;LSEQ=CAAGTATGTAAGTGGAACCA;RSEQ=TGGTGACTCTGGGAGCTGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:810:802:1,802:0.9901:0,1:432,370 chr2 49191041 . C T 334 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=663;END=49191041;VD=662;AF=0.9985;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=259:403;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46.286;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=648;HICOV=648;LSEQ=AGAGGATCTCTGACCCCTAG;RSEQ=CTGAGTCATATAATCAACTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:663:662:0,662:0.9985:0,0:259,403 chr2 49191207 . AT A 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=267;END=49191208;VD=12;AF=0.0449;BIAS=2:2;REFBIAS=22:231;VARBIAS=1:11;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.04744;MQ=60;SN=24;HIAF=0.0486;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=12;HICOV=247;LSEQ=ATGATGAGTTTCTTCCTGAG;RSEQ=TTTTTTTTTTTCTTCTCACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:267:12:253,12:0.0449:22,231:1,11 chr2 49215964 . T A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=157;END=49215964;VD=2;AF=0.0127;BIAS=1:0;REFBIAS=154:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=CACATTGTGATTCTGAAATG;RSEQ=AAAGATGAGAGAGGAACGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:2:155,2:0.0127:154,1:2,0 chr2 49215977 . G A 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=162;END=49215977;VD=162;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=161:1;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.143;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=155;HICOV=155;LSEQ=TGAAATGTAAAGATGAGAGA;RSEQ=GAACGCAGAACTGGAGAGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:162:162:0,162:1:0,0:161,1 chr2 49216284 . C T 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=49216284;VD=179;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:174;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=176;HICOV=176;LSEQ=AACTGGCATGATGCGGTCTT;RSEQ=AGCTGAGGTAATGTATTAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:179:179:0,179:1:0,0:5,174 chr2 49216412 . CTTTTTTTT C 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=41;END=49216420;VD=17;AF=0.4146;BIAS=0:1;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:17;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=32.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.4444;ADJAF=0.0976;SHIFT3=17;MSI=25;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=16;HICOV=36;LSEQ=GAATTGCAGACATTCAGTGT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:41:17:11,17:0.4146:0,11:0,17 chr2 49217619 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=49217619;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=147:23;VARBIAS=1:1;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.2603;ODDRATIO=6.27799;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=CATTTGGAGGATGTAGACTA;RSEQ=ACAATGCATATTAAAGGCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:170,2:0.0116:147,23:1,1 chr2 49217916 . T G 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=49217916;VD=89;AF=0.9674;BIAS=0:1;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:89;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.5;HIAF=0.9886;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=87;HICOV=88;LSEQ=AAGCCCGTATATACGTGAAT;RSEQ=AGGCTCATGTTTTCTATTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:92:89:2,89:0.9674:0,2:0,89 chr2 49217994 . T G 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=49217994;VD=46;AF=0.9787;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:46;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6.667;HIAF=0.9756;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=40;HICOV=41;LSEQ=CAGAGAAAAGAAACTTACAC;RSEQ=TCAGTCACAAGGGGATTAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:47:46:1,46:0.9787:0,1:0,46 chr2 49218031 . T TAA 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=23;END=49218031;VD=14;AF=0.6087;BIAS=0:1;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:14;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=28;HIAF=0.6087;ADJAF=0.087;SHIFT3=10;MSI=12;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=14;HICOV=23;LSEQ=TAGGATGCCACAGTATACAT;RSEQ=AAAAAAAAAACGATTGATAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:23:14:4,14:0.6087:0,4:0,14 chr2 49218162 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=49218162;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=TCCTTTCTCCACTCCAAGCG;RSEQ=TTCTCTTGGGATTAGAGCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:0,2 chr2 49224430 . G C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=521;END=49224430;VD=519;AF=0.9962;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=245:274;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.897;HIAF=0.9980;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=490;HICOV=491;LSEQ=TCACATTTTCAAAACTAGAA;RSEQ=TATTTAACTCTCATATTTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:521:519:0,519:0.9962:0,0:245,274 chr2 49224438 . C T 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=533;END=49224438;VD=250;AF=0.469;BIAS=2:2;REFBIAS=131:151;VARBIAS=110:140;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.601;ODDRATIO=1.10395;MQ=60;SN=21.727;HIAF=0.4799;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=239;HICOV=498;LSEQ=TCAAAACTAGAAGTATTTAA;RSEQ=TCTCATATTTAACTGGAACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:533:250:282,250:0.469:131,151:110,140 chr2 49224580 . G T 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=308;END=49224580;VD=308;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=65:243;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=296;HICOV=296;LSEQ=TTGGCTGCAGATTCTGTTCG;RSEQ=ACCTAGCATCCTAGATTTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:308:308:0,308:1:0,0:65,243 chr2 49224804 . G A 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=49224804;VD=41;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:41;PMEAN=45.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=41;HICOV=41;LSEQ=TTTTAGGACAACTTAGCCCC;RSEQ=TGACCAGGAATTGTTACTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:41:41:0,41:1:0,0:0,41 chr2 49244387 . T A 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=49244387;VD=56;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=56:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=112;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=56;HICOV=56;LSEQ=AGGTCCATGTGACCGTCCCA;RSEQ=TAATGCAAATGGCATTTCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:56:56:0,56:1:0,0:56,0 chr2 49244559 . A G 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=232;END=49244559;VD=227;AF=0.9784;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=158:69;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44.4;HIAF=0.9867;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=222;HICOV=225;LSEQ=TGCTCCCCAGAGTATCAAGT;RSEQ=GGCCTTTTAGTAAAATAGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:232:227:0,227:0.9784:0,0:158,69 chr2 49244994 . T C 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=49244994;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:17;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=16;HICOV=16;LSEQ=GCATTGGCTGGGTGGGTTCT;RSEQ=GTCACCCTGAGCAGAGCTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:17:0,17:1:0,0:0,17 chr2 49247646 . ATT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=9;END=49247648;VD=3;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:3;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.3750;ADJAF=0;SHIFT3=14;MSI=16;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=8;LSEQ=TAGACCACGGGTCAGTAAAC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTACAGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:3:0,3:0.3333:0,0:0,3 chr2 49295476 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=49295476;VD=5;AF=0.0179;BIAS=2:2;REFBIAS=75:199;VARBIAS=1:4;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.5056;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=3;HICOV=268;LSEQ=CACAACCTATCCATTAATAA;RSEQ=TAATTGAGTTGCTAATGTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:5:274,5:0.0179:75,199:1,4 chr2 49295672 . C T 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=54;END=49295672;VD=54;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:53;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=52;HICOV=52;LSEQ=AAAAAATTTACCCAGGGTCA;RSEQ=ATGGCTGATACATGACAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:54:54:0,54:1:0,0:1,53 chr2 49381585 . C T 342 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=726;END=49381585;VD=722;AF=0.9945;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=337:385;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=79.222;HIAF=0.9958;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=713;HICOV=716;LSEQ=ATCCATCCACCTGATTTCTT;RSEQ=CTGCATTTGCAGAGAAAAAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:726:722:0,722:0.9945:0,0:337,385 chr2 49381696 . CTTT C 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=561;END=49381699;VD=351;AF=0.6257;BIAS=2:2;REFBIAS=46:44;VARBIAS=129:222;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.01563;ODDRATIO=1.79672;MQ=60;SN=42.875;HIAF=0.6411;ADJAF=0.0713;SHIFT3=14;MSI=17;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=343;HICOV=535;LSEQ=ATGTGACCCACCAAGGGATG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTGTTACT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:561:351:90,351:0.6257:46,44:129,222 chr2 74786291 . AT A 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=63;END=74786292;VD=30;AF=0.4762;BIAS=1:1;REFBIAS=0:33;VARBIAS=0:30;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=0.5085;ADJAF=0.0476;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=30;HICOV=59;LSEQ=TTTTAGCTAAGACAAAATGA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTGACAGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:63:30:33,30:0.4762:0,33:0,30 chr2 74789700 . A T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=231;END=74789700;VD=230;AF=0.9957;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:227;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=114;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=228;HICOV=228;LSEQ=GGTAGGGAGGGACTTCCTGC;RSEQ=TGAATCATCAATATCACAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:231:230:0,230:0.9957:0,0:3,227 chr2 74802217 . A G 128 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=74802217;VD=16;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=13;HICOV=13;LSEQ=CAATGTCTGGCATAGACTAA;RSEQ=TGCTCTTCATTTAAATGAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:16,0 chr2 74802971 . GT G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=78;END=74802972;VD=2;AF=0.0256;BIAS=1:0;REFBIAS=0:74;VARBIAS=0:2;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0274;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=73;LSEQ=CATTATTGCTAATTCATTGT;RSEQ=TTTTTTGTTTTGTTTTGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:78:2:74,2:0.0256:0,74:0,2 chr2 74841920 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=74841920;VD=2;AF=0.0111;BIAS=1:0;REFBIAS=177:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=65;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=CTACATTAAGAACTGTACAG;RSEQ=TTATAGGAAGAAGAGAAACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:2:178,2:0.0111:177,1:2,0 chr2 74867590 . A TT 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=109;END=74867590;VD=2;AF=0.0183;BIAS=1:0;REFBIAS=0:107;VARBIAS=0:2;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0222;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=90;LSEQ=AAGCTTGTCCAGGCCATCCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTGAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:2:107,2:0.0183:0,107:0,2 chr2 99613651 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=99613651;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=187:10;VARBIAS=2:0;PMEAN=61;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=194;LSEQ=TAAACGAAACCTAAATCAGA;RSEQ=CACTTTCCTACATCACTATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:2:197,2:0.0101:187,10:2,0 chr2 99652116 . 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G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=99695405;VD=3;AF=0.0171;BIAS=1:0;REFBIAS=0:171;VARBIAS=0:3;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=TATTCAATTACTAACAATGA;RSEQ=TACTATATCCCAAATTAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:3:171,3:0.0171:0,171:0,3 chr2 99697888 . T A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=99697888;VD=2;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=40:132;VARBIAS=1:1;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.41678;ODDRATIO=3.27182305980893;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0121;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=165;LSEQ=TATTTTAATAATAAAACTAA;RSEQ=TCTGAAATTTTTGTTTTGTC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:2:172,2:0.0115:40,132:1,1 chr2 99720256 . 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A AT 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=403;END=99725479;VD=395;AF=0.9801;BIAS=2:2;REFBIAS=2:2;VARBIAS=94:301;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.24538;ODDRATIO=3.19059;MQ=60;SN=130.667;HIAF=0.9899;ADJAF=0.1017;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=392;HICOV=396;LSEQ=AATTATATAAGGAATTTGAA;RSEQ=TCTTCTTTGATATATAGTAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:403:395:4,395:0.9801:2,2:94,301 chr2 99725575 . T C 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=262;END=99725575;VD=261;AF=0.9962;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=66:195;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=252;HICOV=252;LSEQ=TATATAATGAAAGGAAATTA;RSEQ=AAAAAATAAGTTTAAAAACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:262:261:0,261:0.9962:0,0:66,195 chr2 99726043 . A G 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=323;END=99726043;VD=319;AF=0.9876;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=46:273;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.269;HIAF=0.9966;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=293;HICOV=294;LSEQ=GCCAAAGAGGAAAAAATTAG;RSEQ=CCATTATTTCAAGCTAAACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:323:319:0,319:0.9876:0,0:46,273 chr2 99727391 . TA T 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=183;END=99727392;VD=116;AF=0.6339;BIAS=2:2;REFBIAS=17:24;VARBIAS=38:78;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.3444;ODDRATIO=1.45032;MQ=60;SN=232;HIAF=0.6517;ADJAF=0.0383;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=116;HICOV=178;LSEQ=AGATCAATCTGAAGAAAAAG;RSEQ=AAAAAAAAAAAAATTATTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:183:116:41,116:0.6339:17,24:38,78 chr2 99734913 . CA C 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=129;END=99734914;VD=71;AF=0.5504;BIAS=1:1;REFBIAS=32:1;VARBIAS=71:0;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.31731;ODDRATIO=0;MQ=59.7;SN=142;HIAF=0.5680;ADJAF=0.0775;SHIFT3=17;MSI=18;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=71;HICOV=125;LSEQ=GACACAGCAAGACTCTATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAGTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:129:71:33,71:0.5504:32,1:71,0 chr2 99735052 . G T 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=354;END=99735052;VD=350;AF=0.9887;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=236:114;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86.5;HIAF=0.9971;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=346;HICOV=347;LSEQ=AAATCAATCAAGTATTTGCT;RSEQ=CCTAATGTGGAGGAACACAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:354:350:0,350:0.9887:0,0:236,114 chr2 99735158 . GA G 120 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=300;END=99735159;VD=10;AF=0.0333;BIAS=2:2;REFBIAS=69:218;VARBIAS=2:8;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.2651;MQ=60;SN=20;HIAF=0.0344;ADJAF=0.0033;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=10;HICOV=291;LSEQ=GTATCCAAATGCCTTTAAAG;RSEQ=AAAAAAAAATTAGACCCATT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:300:10:287,10:0.0333:69,218:2,8 chr2 99735245 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=99735245;VD=2;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=12:183;VARBIAS=1:1;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.12794;ODDRATIO=14.6907595122668;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=190;LSEQ=AGATAGGTTAGATACCTGCC;RSEQ=TCAGGGAACTCTTTGTTTAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:2:195,2:0.0102:12,183:1,1 chr2 99743419 . G A 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=342;END=99743419;VD=340;AF=0.9942;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=267:73;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=55.667;HIAF=0.9970;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=334;HICOV=335;LSEQ=ATAACATTTAAATGAGCTCT;RSEQ=AATTAGTAGTTATTTATTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:342:340:0,340:0.9942:0,0:267,73 chr2 99743787 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=99743787;VD=2;AF=0.0112;BIAS=1:0;REFBIAS=0:177;VARBIAS=0:2;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=170;LSEQ=GAGGATTTCATCAAACTTTA;RSEQ=CTTCTTAAAATTTATAAAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:2:177,2:0.0112:0,177:0,2 chr2 99757696 . T C 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=366;END=99757696;VD=363;AF=0.9918;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=248:115;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.25;HIAF=0.9972;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=351;HICOV=352;LSEQ=CCTCCCTTCCCACCCCCAAA;RSEQ=CGTCCTGGCCCCGCCCCGGC;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:366:363:0,363:0.9918:0,0:248,115 chr2 99758020 . G GCGCAGGCGCACGCCCA 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=518;END=99758020;VD=474;AF=0.9151;BIAS=2:2;REFBIAS=30:24;VARBIAS=179:295;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.01274;ODDRATIO=2.05715;MQ=60.1;SN=473;HIAF=0.8727;ADJAF=0.3533;SHIFT3=21;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=473;HICOV=542;LSEQ=CTTCCTGGCCCATCCGCGCC;RSEQ=CGCAGGCGCACGCCCACGCA;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:518:474:54,474:0.9151:30,24:179,295 chr2 99771268 . G C 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=99771268;VD=149;AF=0.9933;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=29:120;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.667;HIAF=0.9932;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=146;HICOV=147;LSEQ=CGTAGCCTGCGTCCCTGCCT;RSEQ=GAACCTGGTTCCCGCCCTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:150:149:0,149:0.9933:0,0:29,120 chr2 99771272 . C T 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=99771272;VD=148;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=29:119;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=144;HICOV=144;LSEQ=GCCTGCGTCCCTGCCTGGAA;RSEQ=CTGGTTCCCGCCCTGAAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:148:148:0,148:1:0,0:29,119 chr2 99771533 . C T 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=99771533;VD=13;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:13;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=AGGTGGGTGAAGCGGAAACG;RSEQ=TTCAAACCGGGATGTTGCGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:13:13:0,13:1:0,0:0,13 chr2 99771590 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=99771590;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=GGCCGTGGGGTCTTGGGCGC;RSEQ=CGCGGTGTTTCTGGCGGTGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr2 129023282 . G C 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=604;END=129023282;VD=279;AF=0.4619;BIAS=2:2;REFBIAS=201:123;VARBIAS=163:116;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.40385;ODDRATIO=1.16266;MQ=48.2;SN=38.857;HIAF=0.4602;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=272;HICOV=591;LSEQ=AAAGTTCACAGCCTTGTTTT;RSEQ=TGGGCAGTTCTGCTGTTCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:604:279:324,279:0.4619:201,123:163,116 chr2 129023512 . C A 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=757;END=129023512;VD=319;AF=0.4214;BIAS=2:2;REFBIAS=214:222;VARBIAS=132:187;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.03855;ODDRATIO=1.36503;MQ=38;SN=78.75;HIAF=0.4183;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=315;HICOV=753;LSEQ=CCAGGCTGGACACTTGGGGG;RSEQ=TGAGGGCACTGCCAGCTGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:757:319:436,319:0.4214:214,222:132,187 chr2 129024900 . C A 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=862;END=129024900;VD=131;AF=0.152;BIAS=2:2;REFBIAS=347:383;VARBIAS=119:12;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=10.9206071857595;MQ=17.7;SN=64.5;HIAF=0.1502;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=129;HICOV=859;LSEQ=CAGGCCTGCCTGGATGGTCA;RSEQ=CTCCAAGGGCCAGCCGCGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:862:131:730,131:0.152:347,383:119,12 chr2 129024915 . C T 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=852;END=129024915;VD=124;AF=0.1455;BIAS=2:2;REFBIAS=335:393;VARBIAS=114:10;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=13.3404482390608;MQ=17.4;SN=23.8;HIAF=0.1413;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.2;HICNT=119;HICOV=842;LSEQ=GGTCACCTCCAAGGGCCAGC;RSEQ=GCGGACTCACGCACAAGTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:852:124:728,124:0.1455:335,393:114,10 chr2 129024925 . C CGCACAAGT 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=861;END=129024925;VD=64;AF=0.0743;BIAS=2:2;REFBIAS=384:356;VARBIAS=58:5;PMEAN=22.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=10.7307651035519;MQ=14.9;SN=128;HIAF=0.0799;ADJAF=0.043;SHIFT3=9;MSI=1.125;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=64;HICOV=801;LSEQ=AAGGGCCAGCCGCGGACTCA;RSEQ=GCACAAGTGGCAGCATCCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:861:64:740,64:0.0743:384,356:58,5 chr2 129024984 . GA AC 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=998;END=129024985;VD=259;AF=0.2595;BIAS=2:2;REFBIAS=327:405;VARBIAS=179:80;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=2.7683193533206;MQ=24.9;SN=258;HIAF=0.2611;ADJAF=0.0341;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=258;HICOV=988;LSEQ=CCTGGGCTGCCAGTTGGCCC;RSEQ=GGAAGGCCGGCAATGCAGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:998:259:732,259:0.2595:327,405:179,80 chr2 129025140 . GC G 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=1202;END=129025141;VD=210;AF=0.1747;BIAS=2:2;REFBIAS=512:478;VARBIAS=133:77;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.00228;ODDRATIO=1.611915277733;MQ=32;SN=209;HIAF=0.1764;ADJAF=0.0283;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=209;HICOV=1185;LSEQ=GGGGAGCAGGCTTCCTGGGG;RSEQ=TGGACTCGAGTCTTCTCTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1202:210:990,210:0.1747:512,478:133,77 chr2 129025411 . TGC CAT 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=893;END=129025413;VD=151;AF=0.1691;BIAS=2:2;REFBIAS=362:375;VARBIAS=63:88;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.10763;ODDRATIO=1.34794;MQ=15.9;SN=302;HIAF=0.1736;ADJAF=0.0728;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=151;HICOV=870;LSEQ=TTTCCGCTGTCCTCGTCTCT;RSEQ=GCAAACCTTCAGTTTTTGCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:893:151:737,151:0.1691:362,375:63,88 chr2 129025587 . CA TG 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=926;END=129025588;VD=222;AF=0.2397;BIAS=2:2;REFBIAS=315:358;VARBIAS=58:164;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=2.48552;MQ=33.2;SN=73;HIAF=0.2441;ADJAF=0.0497;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=219;HICOV=897;LSEQ=ATCCCTGCCCAGCCCCACTA;RSEQ=TCCCTGCTCTGTTTTTTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:926:222:673,222:0.2397:315,358:58,164 chr2 129025599 . G GT 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=850;END=129025599;VD=153;AF=0.18;BIAS=2:2;REFBIAS=293:341;VARBIAS=20:132;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=5.65934;MQ=32.4;SN=37.25;HIAF=0.1918;ADJAF=0.0059;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=149;HICOV=777;LSEQ=CCCCACTACATCCCTGCTCT;RSEQ=TTTTTTTTCAGGACGCAGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:850:153:634,153:0.18:293,341:20,132 chr2 129025860 . C T 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=768;END=129025860;VD=30;AF=0.0391;BIAS=2:2;REFBIAS=356:382;VARBIAS=10:20;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.13577;ODDRATIO=1.86241;MQ=13.2;SN=29;HIAF=0.0381;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=29;HICOV=762;LSEQ=GCTCCTCGCGGCTCCTCAGG;RSEQ=GCTGCTCCCTGCGCTCCAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:768:30:738,30:0.0391:356,382:10,20 chr2 129026749 . A G 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=129026749;VD=43;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:43;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=43;HICOV=43;LSEQ=ACCAATACCGCATCCAGAGA;RSEQ=GTCGCAGAGCCACAGCCGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:43:43:0,43:1:0,0:0,43 chr2 129075474 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=129075474;VD=3;AF=0.011;BIAS=2:0;REFBIAS=241:28;VARBIAS=3:0;PMEAN=50.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=271;LSEQ=GGGCGCTCGGCAGGTCGGGA;RSEQ=GGGTGCCGGCGAGTGGGGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:272:3:269,3:0.011:241,28:3,0 chr2 129075797 . A C 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=621;END=129075797;VD=46;AF=0.0741;BIAS=2:2;REFBIAS=233:341;VARBIAS=20:26;PMEAN=30.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.75593;ODDRATIO=1.12556841204808;MQ=11.4;SN=45;HIAF=0.0735;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=45;HICOV=612;LSEQ=CGGGCCGGCAGTCGCACGGC;RSEQ=CCTCGAGGCGTACGTTCTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:621:46:574,46:0.0741:233,341:20,26 chr2 129075877 . G T 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=548;END=129075877;VD=95;AF=0.1734;BIAS=2:2;REFBIAS=197:256;VARBIAS=14:81;PMEAN=51.8;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=4.44139;MQ=11.5;SN=12.571;HIAF=0.1642;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.3;HICNT=88;HICOV=536;LSEQ=ATGTGCAGGAAGACGATCAC;RSEQ=TCGTCGCCCTTCATGTCGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:548:95:453,95:0.1734:197,256:14,81 chr2 129075919 . G A 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=478;END=129075919;VD=37;AF=0.0774;BIAS=2:2;REFBIAS=173:268;VARBIAS=4:33;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.00032;ODDRATIO=5.31164;MQ=11.6;SN=17.5;HIAF=0.0751;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=35;HICOV=466;LSEQ=CGCAGCGAGCGCTCCAGCTC;RSEQ=CGGACCGGGAAGTAGTACTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:478:37:441,37:0.0774:173,268:4,33 chr2 129075961 . T C 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=393;END=129075961;VD=388;AF=0.9873;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=151:237;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=35.5;SN=34.273;HIAF=0.9921;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=377;HICOV=380;LSEQ=TTCTCGTAGTGGGGGTCGGG;RSEQ=GTGGGGAACAGGTCCAGGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:393:388:0,388:0.9873:0,0:151,237 chr2 129076387 . C A 145 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=129076387;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:17;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=52.6;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=17;HICOV=17;LSEQ=CGGCCCCGGCCAGCACAGCG;RSEQ=TCTCCGCGCCCCCAGCACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:17:0,17:1:0,0:0,17 chr2 129076396 . C G 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=129076396;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:12;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=55.7;SN=24;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=CCAGCACAGCGCTCTCCGCG;RSEQ=CCCCAGCACCAGCCCGCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:0,12 chr2 135677161 . A G 138 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=135677161;VD=16;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=15:0;VARBIAS=15:1;PMEAN=29.9;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.4839;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=15;HICOV=31;LSEQ=CCAGGGCCCTCAGCGCTGTT;RSEQ=GAGTGAAAAGATCAGCAGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:32:16:15,16:0.5:15,0:15,1 chr2 135677270 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=135677270;VD=3;AF=0.0163;BIAS=1:0;REFBIAS=181:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=TCTTTATTTCCAGTTTGGGG;RSEQ=TTGGATTTGAATGGGAGGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:3:181,3:0.0163:181,0:3,0 chr2 169788853 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=211;END=169788853;VD=3;AF=0.0142;BIAS=1:0;REFBIAS=206:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.7;SN=2;HIAF=0.0099;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=202;LSEQ=GCAAAGGACATGAACTCATC;RSEQ=TTTTTTATGGCTGCATAGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:211:3:208,3:0.0142:206,2:3,0 chr2 169789306 . T C 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=94;END=169789306;VD=94;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:94;PMEAN=28.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=91;HICOV=91;LSEQ=CAGACCTCCAAACCTTTATT;RSEQ=GACCACAATAGCTTCCTTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:94:94:0,94:1:0,0:0,94 chr2 179387943 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=276;END=179387943;VD=3;AF=0.0109;BIAS=2:0;REFBIAS=179:94;VARBIAS=3:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.55331;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=272;LSEQ=CCTCCCCCCGCGTCTTCAGA;RSEQ=GAGCGCTGTTTCTGGAGGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:276:3:273,3:0.0109:179,94:3,0 chr2 179388027 . TCTGA T 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=370;END=179388031;VD=179;AF=0.4838;BIAS=2:2;REFBIAS=87:104;VARBIAS=77:102;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.67558;ODDRATIO=1.10783;MQ=60;SN=358;HIAF=0.4864;ADJAF=0.0243;SHIFT3=6;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.3;HICNT=179;HICOV=368;LSEQ=GGCCGTTCTGTTGGAGCGCC;RSEQ=CTGACTTCCCCCATGTGTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:370:179:191,179:0.4838:87,104:77,102 chr2 186604491 . A T 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=186604491;VD=49;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:49;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=46;HICOV=46;LSEQ=ATATATACTTATATAGTAAG;RSEQ=TTTGATGTACTTAGAAACAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:49:49:0,49:1:0,0:0,49 chr2 186607495 . T C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=186607495;VD=7;AF=0.875;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.8750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=7;HICOV=8;LSEQ=ATCTTTTGAATAGAATATTT;RSEQ=GATTCGAGAGAGGGAGAAGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:7:1,7:0.875:1,0:7,0 chr2 186607519 . T A 96 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=186607519;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=TCGAGAGAGGGAGAAGGAAA;RSEQ=GAGAGAATCCTAGCGTTGGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr2 186608339 . G T 149 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=186608339;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:19;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=19;HICOV=19;LSEQ=TCTCTGTCTTTAATGGCACT;RSEQ=TATACTTGTCAAGAATTATG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:1,19 chr2 186608714 . T G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=186608714;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=TGGGACTACAGGCACATGCC;RSEQ=CCCAGCTGGTTAATTTTTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chr2 186608727 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=6;END=186608728;VD=2;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.3333;ADJAF=0.1667;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=6;LSEQ=ACATGCCTCCCAGCTGGTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTAGAGATGGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:6:2:4,2:0.3333:4,0:2,0 chr2 186609432 . C A 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=186609432;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:8;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=CCCTGAGCTAATGCCAATAA;RSEQ=AAACATCTCTTGTGGCAGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:0,8 chr2 186609866 . T C 165 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=186609866;VD=29;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=27;HICOV=27;LSEQ=TTTAATATATTTCTAAGTAT;RSEQ=CTGTATTTTCCCCACTTCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:29:29:0,29:1:0,0:29,0 chr2 186609918 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=186609918;VD=2;AF=0.0385;BIAS=1:0;REFBIAS=50:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0400;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=50;LSEQ=TGTTTCTTCTCTACTTCCTG;RSEQ=ATATTTTTATTTAACTTATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:52:2:50,2:0.0385:50,0:2,0 chr2 186610344 . T G 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=333;END=186610344;VD=333;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=79:254;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=323;HICOV=323;LSEQ=GGGTATGTTGTGGACCCAAA;RSEQ=AAGCTGGAAAATACTAGAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:333:333:0,333:1:0,0:79,254 chr2 186610388 . G A 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=257;END=186610388;VD=255;AF=0.9922;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=39:216;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.429;HIAF=0.9960;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=248;HICOV=249;LSEQ=TTGAAGACAATTTAAGTACT;RSEQ=GACACCATTCTCCTGGATCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:257:255:0,255:0.9922:0,0:39,216 chr2 186610585 . G A 166 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=186610585;VD=36;AF=0.973;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:36;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=33;HICOV=33;LSEQ=TCAAACAATATATTCAAACA;RSEQ=TAACAGCTTTTTAAGATTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:37:36:0,36:0.973:0,0:0,36 chr2 186611015 . GT G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=10;END=186611016;VD=9;AF=0.9;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=31.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.9000;ADJAF=0.1;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=9;HICOV=10;LSEQ=TTAGAGAATTCAAATGGACT;RSEQ=TTTTTTTTTTCCACATTTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:10:9:1,9:0.9:1,0:9,0 chr2 186611209 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=186611209;VD=2;AF=0.0133;BIAS=1:0;REFBIAS=148:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0142;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=141;LSEQ=AGACCTTATAATAAGTAAAA;RSEQ=ATGGTGAGCTGGTGGGTTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:150:2:148,2:0.0133:148,0:2,0 chr2 186611566 . C A 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=368;END=186611566;VD=367;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=87:280;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.778;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=358;HICOV=358;LSEQ=CAACAACTTTAAAATATTAA;RSEQ=AGAAAAATTGTGTACAGTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:368:367:1,367:0.9973:0,1:87,280 chr2 186611938 . G A 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=186611938;VD=172;AF=0.9885;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=168:4;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=85;HIAF=0.9942;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=170;HICOV=171;LSEQ=TTATGCTTAACCTGATTTCT;RSEQ=TTAGGCCCTGACTTGTTTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:174:172:0,172:0.9885:0,0:168,4 chr2 186612161 . C G 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=358;END=186612161;VD=356;AF=0.9944;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=126:230;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.385;HIAF=0.9942;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=343;HICOV=345;LSEQ=TGACAGGAAGGTAGGGTGAG;RSEQ=TTTAACCTCTAACTTGAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:358:356:0,356:0.9944:0,0:126,230 chr2 186612434 . T C 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=186612434;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:17;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=17;HICOV=17;LSEQ=TGATTAACTTTTTTTAGAAC;RSEQ=AGCAGTTCTTTGTCAGATTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:17:0,17:1:0,0:0,17 chr2 186618253 . A T 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=186618253;VD=52;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=52:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=52;HICOV=52;LSEQ=TATGTAGAGAGGTAAATTGC;RSEQ=TACATGTTAAATATATTCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:52:52:0,52:1:0,0:52,0 chr2 186618355 . 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T C 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=186620789;VD=91;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=91:0;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=89;HICOV=89;LSEQ=CACTGTATCTTCTCCAATTT;RSEQ=TCTCGCAATCCCACATACAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:91:91:0,91:1:0,0:91,0 chr2 186620893 . TA T 35 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=184;END=186620894;VD=2;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=143:39;VARBIAS=1:1;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.38845;ODDRATIO=3.63358;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0.0054;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=182;LSEQ=GTCATCATCATAAGTAAAAA;RSEQ=AATGTTTTATTATATTTCTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:2:182,2:0.0109:143,39:1,1 chr2 186621286 . 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A T 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=186625671;VD=5;AF=0.0424;BIAS=2:2;REFBIAS=23:3;VARBIAS=1:4;PMEAN=15.8;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.00507;ODDRATIO=25.24754;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0345;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=14;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=116;LSEQ=TGTACTTTCCTAAAGCTGTT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAACTATAGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:118:5:26,5:0.0424:23,3:1,4 chr2 186625770 . A G 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=223;END=186625770;VD=219;AF=0.9821;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=129:90;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.688;HIAF=0.9951;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=203;HICOV=204;LSEQ=AGTTCAAATAATTTTACGAA;RSEQ=AAAAACTCAGCTTCTGTTGT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:223:219:0,219:0.9821:0,0:129,90 chr2 186625838 . A C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=185;END=186625838;VD=2;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=88:95;VARBIAS=1:1;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07907458563536;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=177;LSEQ=TATAAATCAAAAGGTATACA;RSEQ=TTATGCTTTAAAGTTTTGTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:185:2:183,2:0.0108:88,95:1,1 chr2 186625953 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=186625953;VD=2;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=0:104;VARBIAS=0:2;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0192;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=104;LSEQ=TAGGGATACTGAGTTTTATT;RSEQ=ATGAAACATGATCCATTTTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:2:104,2:0.0189:0,104:0,2 chr2 186627016 . G C 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=186627016;VD=34;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:34;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=34;HICOV=34;LSEQ=CAGATAAAGACGCTGGCATA;RSEQ=TGGCTTCAGGAGATTGGAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:34:34:0,34:1:0,0:0,34 chr2 186627040 . A G 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=186627040;VD=25;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:25;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=24;HICOV=24;LSEQ=CTTCAGGAGATTGGAATACA;RSEQ=AGAACTATCCCCAAGATTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:25:25:0,25:1:0,0:0,25 chr2 186627536 . C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=186627536;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=TTTTCTATGAAACAATCTTC;RSEQ=TAAATCACAGCTTTGTTTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chr2 186627943 . T C 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=186627943;VD=279;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=179:100;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=275;HICOV=275;LSEQ=TTCAGGCCAAGGTTCAATTA;RSEQ=TTCAGCGCAGGTATCACCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:279:279:0,279:1:0,0:179,100 chr2 186628120 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=186628120;VD=2;AF=0.0121;BIAS=1:0;REFBIAS=0:163;VARBIAS=0:2;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=ATTTATGTAACCATACAAAA;RSEQ=AACTTTATTCCCTGAAATTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:2:163,2:0.0121:0,163:0,2 chr2 186628203 . G A 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=107;END=186628203;VD=107;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:106;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=104;HICOV=104;LSEQ=TTAAATGTAAGCTACAAGAT;RSEQ=TTAGTTCATGGTACGTATCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:107:107:0,107:1:0,0:1,106 chr2 186629183 . AT A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=261;END=186629184;VD=4;AF=0.0153;BIAS=2:2;REFBIAS=175:82;VARBIAS=3:1;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.40402111647759;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0156;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=4;HICOV=257;LSEQ=GTTGATGTTTGAGTCCTAAA;RSEQ=TTTTTTTTGTGGATCTATTT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:261:4:257,4:0.0153:175,82:3,1 chr2 186629349 . G A 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=250;END=186629349;VD=247;AF=0.988;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=75:172;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=494;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=247;HICOV=247;LSEQ=TTCTATTTATTCTTTCAACT;RSEQ=ACATTTACTGAGTTTTTGCT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:250:247:0,247:0.988:0,0:75,172 chr2 186629675 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=186629675;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=56.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=ATGTTGACAACCAAAATTTG;RSEQ=AAAAAAATTAAAGTTTTTGT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:0,2 chr2 186647021 . TTCAGGTA T 35 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=2;END=186647028;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0.5;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=AGCACTGGGAAGGGTATTTA;RSEQ=CGTATCAAGGAAGGCTTTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0 chr2 186647573 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=186647573;VD=2;AF=0.0146;BIAS=2:2;REFBIAS=16:119;VARBIAS=1:1;PMEAN=11.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.23358;ODDRATIO=7.24480185466927;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0154;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=130;LSEQ=CATAAGCAAATGATTCCATG;RSEQ=AATCCTCCATTTTTATAGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:2:135,2:0.0146:16,119:1,1 chr2 186650920 . A G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=260;END=186650920;VD=4;AF=0.0154;BIAS=2:2;REFBIAS=176:80;VARBIAS=2:2;PMEAN=29.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.59266;ODDRATIO=2.19268;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0154;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=260;LSEQ=CAATAATTAGAAATTTTGGG;RSEQ=AAAGTTTTATAAATTTTTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:260:4:256,4:0.0154:176,80:2,2 chr2 186651237 . C T 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=97;END=186651237;VD=97;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:97;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=96;HICOV=96;LSEQ=ATAATATTGACCCTTCAAGA;RSEQ=GAGGTCTCATGGGTATAGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:97:97:0,97:1:0,0:0,97 chr2 186654592 . A G 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=672;END=186654592;VD=672;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=310:362;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.3;HICNT=658;HICOV=658;LSEQ=TTATATAGAGGAAGCAATCA;RSEQ=TGCTATACTAGGTTATATAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:672:672:0,672:1:0,0:310,362 chr2 186654867 . G C 338 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=801;END=186654867;VD=764;AF=0.9538;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=381:383;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.467;HIAF=0.9645;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=734;HICOV=761;LSEQ=CAGGCATGGTTCTTTATTCT;RSEQ=ATGATGAAAATGAGGAAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:801:764:0,764:0.9538:0,0:381,383 chr2 186655726 . G A 342 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=681;END=186655726;VD=677;AF=0.9941;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=331:346;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=111.833;HIAF=0.9970;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=671;HICOV=673;LSEQ=GGGCTTCAAATCTTCATTAC;RSEQ=ATCTCAACTTAGTAAGTACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:681:677:0,677:0.9941:0,0:331,346 chr2 186656657 . C T 348 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=834;END=186656657;VD=830;AF=0.9952;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=400:430;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47.824;HIAF=0.9975;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=813;HICOV=815;LSEQ=AAACTGGAAGGGTTTGCCAA;RSEQ=GGACATTTAGAAATTTTGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:834:830:0,830:0.9952:0,0:400,430 chr2 186656956 . T C 342 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=731;END=186656956;VD=728;AF=0.9959;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=346:382;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47.533;HIAF=0.9958;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=713;HICOV=716;LSEQ=TTCCGATATGTTTAATGAAA;RSEQ=GGAATCTGAAGGGGGAGGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:731:728:0,728:0.9959:0,0:346,382 chr2 186657089 . C A 345 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=696;END=186657089;VD=694;AF=0.9971;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=344:350;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=230.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=691;HICOV=691;LSEQ=AAAATTATTGATGAGAGATC;RSEQ=CCACAAAGAGAAGAAGTGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:696:694:0,694:0.9971:0,0:344,350 chr2 186658056 . G A 352 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=903;END=186658056;VD=898;AF=0.9945;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=492:406;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80.636;HIAF=0.9955;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=887;HICOV=891;LSEQ=ACAGTTCTGACAAAGAGATC;RSEQ=ATTTAGATCAGCAAAAAGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:903:898:0,898:0.9945:0,0:492,406 chr2 186658438 . C T 351 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=803;END=186658438;VD=801;AF=0.9975;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=379:422;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=99.125;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=793;HICOV=793;LSEQ=GCCCCTGACATTTTGTGATA;RSEQ=GTTTCCAAAAATAGACTGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:803:801:0,801:0.9975:0,0:379,422 chr2 186658565 . G T 349 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=840;END=186658565;VD=837;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=3:0;VARBIAS=412:425;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.12015;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68.75;HIAF=0.9988;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=825;HICOV=826;LSEQ=AATCAGATAACTGTAGTAGA;RSEQ=AAAGAAGACACTCAGAAATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:840:837:3,837:0.9964:3,0:412,425 chr2 186659359 . G T 347 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=722;END=186659359;VD=721;AF=0.9986;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=381:340;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=239.333;HIAF=0.9986;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=718;HICOV=719;LSEQ=TAAGTTGTATCAAAGAGTAA;RSEQ=GGAAGTCACAGGCCATTTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:722:721:0,721:0.9986:0,0:381,340 chr2 186661673 . A G 347 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=860;END=186661673;VD=849;AF=0.9872;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=457:392;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.50251;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.913;HIAF=0.9892;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=826;HICOV=835;LSEQ=CTCCCTGAAGGCAGTTTCTT;RSEQ=CAAAAGCTGCTTAGGAAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:860:849:2,849:0.9872:2,0:457,392 chr2 186664473 . T C 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=406;END=186664473;VD=401;AF=0.9877;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=307:94;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.588;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=384;HICOV=384;LSEQ=ACATGGTCAAGGAAAAAATA;RSEQ=GAATCAAAACAGTTCCTAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:406:401:0,401:0.9877:0,0:307,94 chr2 186664963 . C A 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=704;END=186664963;VD=700;AF=0.9943;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=363:337;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62.636;HIAF=0.9942;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=689;HICOV=693;LSEQ=ATAGAAATAATAGTGTACCC;RSEQ=TTTGCAACAAAATCAATAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:704:700:1,700:0.9943:1,0:363,337 chr2 186665432 . G A 353 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=870;END=186665432;VD=868;AF=0.9977;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=440:428;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=61;HIAF=0.9988;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=854;HICOV=855;LSEQ=GCTTCAAAGTGTAGAAGATG;RSEQ=AAAATCTGATTATCGTAAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:870:868:0,868:0.9977:0,0:440,428 chr2 186665824 . A G 354 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=874;END=186665824;VD=871;AF=0.9966;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=438:433;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78.182;HIAF=0.9988;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=860;HICOV=861;LSEQ=CCAAAATACAAGCACCATTT;RSEQ=ACAAGCATTGTGCAGTAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:874:871:0,871:0.9966:0,0:438,433 chr2 186667121 . T C 341 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=819;END=186667121;VD=817;AF=0.9976;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=391:426;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.259;HIAF=0.9987;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=790;HICOV=791;LSEQ=TGACAAAGAACAGGCTTTCT;RSEQ=TTCTTTCAATACAGATATTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:819:817:0,817:0.9976:0,0:391,426 chr2 186670104 . A C 347 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=840;END=186670104;VD=835;AF=0.994;BIAS=0:2;REFBIAS=0:2;VARBIAS=434:401;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.23153;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.188;HIAF=0.9988;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=819;HICOV=820;LSEQ=ATATCCAATTTTGTATATGA;RSEQ=CAGTTCATAGAAAAATGCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:840:835:2,835:0.994:0,2:434,401 chr2 186670780 . T A 324 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=625;END=186670780;VD=623;AF=0.9968;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=309:314;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.087;HIAF=0.9983;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=600;HICOV=601;LSEQ=AAGGGAAAGATGATGAGATA;RSEQ=ACACACATTTTTCATTAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:625:623:0,623:0.9968:0,0:309,314 chr2 186670979 . T C 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=684;END=186670979;VD=684;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=321:363;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.615;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=671;HICOV=671;LSEQ=AGATACTTTGGAAATAAGAA;RSEQ=TCGAACATCAAGCAATGAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:684:684:0,684:1:0,0:321,363 chr2 186671357 . G A 335 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=846;END=186671357;VD=836;AF=0.9882;BIAS=2:2;REFBIAS=1:1;VARBIAS=428:408;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04897672320651;MQ=60;SN=19.39;HIAF=0.9938;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=795;HICOV=800;LSEQ=AGATGATCCTCAAAACCAAC;RSEQ=AGAAAGTAAACCTGGAATTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:846:836:2,836:0.9882:1,1:428,408 chr2 186671912 . G A 352 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=803;END=186671912;VD=802;AF=0.9988;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=373:429;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=132.667;HIAF=0.9987;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=796;HICOV=797;LSEQ=GATAAATGAAATTTTCCAAC;RSEQ=TCAGGTTAACTTGATATTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:803:802:0,802:0.9988:0,0:373,429 chr2 186678241 . A AT 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=402;END=186678241;VD=403;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=6:0;VARBIAS=298:105;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.34525;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=133.333;HIAF=0.9852;ADJAF=0.1042;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=400;HICOV=406;LSEQ=GAAAGTGATTTAGGCATTTG;RSEQ=TTTTAATATTTGCTATACCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:402:403:6,403:1:6,0:298,105 chr2 186678887 . T C 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=278;END=186678887;VD=275;AF=0.9892;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=32:243;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.9925;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=264;HICOV=266;LSEQ=AATGAATTCAATCTCAAGCC;RSEQ=GGTGATATTTACAGGATAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:278:275:0,275:0.9892:0,0:32,243 chr2 186680041 . G T 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=186680041;VD=146;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=128:18;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=143;HICOV=143;LSEQ=ACTGCAAAAAATGCCATAAG;RSEQ=TAAGAAAATATATCCCAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:146:146:0,146:1:0,0:128,18 chr2 186680429 . A C 176 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=186680429;VD=37;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:37;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=34;HICOV=34;LSEQ=TAGTTTTCAAACCAGTTTCT;RSEQ=GTGTATCAGTGTCTTATATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:37:37:0,37:1:0,0:0,37 chr2 186689258 . G GT 138 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=295;END=186689258;VD=13;AF=0.0441;BIAS=2:2;REFBIAS=109:152;VARBIAS=5:8;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.14677;MQ=63.6;SN=26;HIAF=0.0518;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=13;HICOV=251;LSEQ=ATTTTTTACTACTTTGATGT;RSEQ=TTTTTTTTTTAGTTATCAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:13:261,13:0.0441:109,152:5,8 chr2 186689559 . T C 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=186689559;VD=14;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:14;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=13;HICOV=13;LSEQ=TAATTATTTCTTTGAAGGAT;RSEQ=ATGCCTCTTTTTAAAGCTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:14:0,14:1:0,0:0,14 chr2 186692859 . CT C 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=298;END=186692860;VD=31;AF=0.104;BIAS=2:2;REFBIAS=185:78;VARBIAS=22:9;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03052412456976;MQ=60;SN=62;HIAF=0.1103;ADJAF=0.0235;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=31;HICOV=281;LSEQ=CTCAGAAAGAGACTATTTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTAATCTCTAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:298:31:263,31:0.104:185,78:22,9 chr2 186696258 . C G 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=186696258;VD=34;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=34:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=34;HICOV=34;LSEQ=TAGAGGGGGCAGACAGAGCT;RSEQ=AGATTTTTCATGAGTTAATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:34:34:0,34:1:0,0:34,0 chr2 186696369 . C G 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=116;END=186696369;VD=116;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=116:0;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=112;HICOV=112;LSEQ=TCTTACTTTGCAAAAATTAT;RSEQ=AGCCTCAGTCTTACTGAACA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:116:116:0,116:1:0,0:116,0 chr2 186696759 . C T 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=186696759;VD=177;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:177;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=174;HICOV=174;LSEQ=AATAATATTCTTACTGTTTG;RSEQ=ATAAATACCAATTTTCAGTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:177:177:0,177:1:0,0:0,177 chr2 186697876 . A G 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=481;END=186697876;VD=479;AF=0.9958;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=260:219;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=238.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=477;HICOV=477;LSEQ=TGCTGACAAAAATGTCTTCA;RSEQ=CTTTGTCAAAGGTGTTTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:481:479:0,479:0.9958:0,0:260,219 chr2 186698379 . A C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=186698379;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=CTCGAATAAAAGGATTTATA;RSEQ=CAGATAAATTTTTCCCACCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr2 217084078 . G GACAC 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=470;END=217084078;VD=232;AF=0.4936;BIAS=2:2;REFBIAS=126:111;VARBIAS=130:101;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.51662;ODDRATIO=1.13359405996713;MQ=60;SN=464;HIAF=0.5022;ADJAF=0.0532;SHIFT3=5;MSI=4;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=232;HICOV=462;LSEQ=GGAGGGAGGGGATTGAACTA;RSEQ=ACACAGACACATGAGCAGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:470:232:237,232:0.4936:126,111:130,101 chr2 219221355 . A T 179 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=219221355;VD=32;AF=0.5333;BIAS=1:1;REFBIAS=28:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=0.5254;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=31;HICOV=59;LSEQ=GAGGCAGAGGTTGCAGTGAG;RSEQ=TGAGAATGCGCCACTGCACT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:60:32:28,32:0.5333:28,0:32,0 chr2 219221982 . G GTC 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=213;END=219221982;VD=66;AF=0.3099;BIAS=2:2;REFBIAS=9:19;VARBIAS=13:52;PMEAN=45.3;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.28697;ODDRATIO=1.88088;MQ=60;SN=64;HIAF=0.4706;ADJAF=0.0094;SHIFT3=31;MSI=16;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=64;HICOV=136;LSEQ=AGAGGAGGGAAGAAAGTCCA;RSEQ=TCTCTCTCTCTCTCTCTCTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:213:66:28,66:0.3099:9,19:13,52 chr2 219222123 . C T 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=307;END=219222123;VD=160;AF=0.5212;BIAS=2:2;REFBIAS=104:41;VARBIAS=125:35;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.23305;ODDRATIO=1.40635108148398;MQ=60;SN=39;HIAF=0.5166;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=156;HICOV=302;LSEQ=GGCAGGAGTCTTCACCTGTC;RSEQ=GTGCCAGTGAGGAAGGCTGT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:307:160:145,160:0.5212:104,41:125,35 chr2 219222225 . C A 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=432;END=219222225;VD=5;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=316:111;VARBIAS=2:3;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.11746;ODDRATIO=4.25278;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0094;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=4;HICOV=425;LSEQ=TTGGGGCCCAGGAGCAGGGG;RSEQ=TTTATCTGTTCCCACGGGCC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:432:5:427,5:0.0116:316,111:2,3 chr2 219225162 . T C 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=219225162;VD=140;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=140:0;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=280;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=140;HICOV=140;LSEQ=GGATTACAGGCGTGAGCCAC;RSEQ=GTGCCCGGCCCGGCTGCTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:140:140:0,140:1:0,0:140,0 chr2 219225179 . CT C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=167;END=219225180;VD=4;AF=0.024;BIAS=1:0;REFBIAS=162:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0250;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=160;LSEQ=CACTGTGCCCGGCCCGGCTG;RSEQ=TTTTTTTTAAGTCACAATCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:4:162,4:0.024:162,0:4,0 chr2 219225555 . T G 155 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=219225555;VD=37;AF=0.3246;BIAS=1:1;REFBIAS=0:71;VARBIAS=0:37;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=29.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5.167;HIAF=0.3229;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=18;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=31;HICOV=96;LSEQ=TGGTTGGGGCACAGCTTGTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGAGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:114:37:71,37:0.3246:0,71:0,37 chr2 219227356 . C CA 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=242;END=219227356;VD=7;AF=0.0289;BIAS=1:0;REFBIAS=205:4;VARBIAS=7:0;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0323;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=7;HICOV=217;LSEQ=CAAAAAGCGAAACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAACAAAACCGTAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:242:7:209,7:0.0289:205,4:7,0 chr2 219227756 . T C 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=229;END=219227756;VD=111;AF=0.4847;BIAS=1:1;REFBIAS=0:117;VARBIAS=1:110;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.48684;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=222;HIAF=0.4933;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=111;HICOV=225;LSEQ=GAAAACAGCACAGGTGGGAA;RSEQ=GGGGCTTTCAAGGGCAGGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:229:111:117,111:0.4847:0,117:1,110 chr2 219229083 . AC A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=35;END=219229084;VD=2;AF=0.0571;BIAS=1:0;REFBIAS=32:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0571;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=35;LSEQ=TCCTACCTCTCCGCTCCCAC;RSEQ=CCCCCCGCATACCGCTTCTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:35:2:33,2:0.0571:32,1:2,0 chr2 219229842 . A G 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=219229842;VD=5;AF=0.7143;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:5;PMEAN=16.2;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.8000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=5;LSEQ=CAAAGCACTGGCTCCAAATC;RSEQ=TAAGAAAATTCAGGGCTGGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:7:5:2,5:0.7143:0,2:0,5 chr2 219231807 . C T 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=434;END=219231807;VD=429;AF=0.9885;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=201:228;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.46977;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46.667;HIAF=0.9882;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=420;HICOV=425;LSEQ=TGCATCATCACCAAGATGCC;RSEQ=ATCTTGAGGGAAGAGGGTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:434:429:1,429:0.9885:1,0:201,228 chr2 219232354 . C A 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=415;END=219232354;VD=205;AF=0.494;BIAS=2:2;REFBIAS=126:83;VARBIAS=131:74;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.47893;ODDRATIO=1.16569137155247;MQ=60;SN=21.778;HIAF=0.4864;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=196;HICOV=403;LSEQ=TAGGGGCTAGAAGGCTCCAG;RSEQ=GCCCCTTAGCTCTCCTTGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:415:205:209,205:0.494:126,83:131,74 chr2 219870618 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=225;END=219870618;VD=3;AF=0.0133;BIAS=1:2;REFBIAS=213:9;VARBIAS=2:1;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.12804;ODDRATIO=11.46667;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0092;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=217;LSEQ=TGGGCCCAGAGGCGCTCAAT;RSEQ=AGCCCCACTGCTGCTGCCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:225:3:222,3:0.0133:213,9:2,1 chr2 219870675 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=291;END=219870675;VD=3;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=244:44;VARBIAS=1:2;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.06612;ODDRATIO=10.94042;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0071;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=283;LSEQ=ATGGGTTGGGTCTGGGCAGC;RSEQ=CCTGCTCTGGAGTGGAAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:291:3:288,3:0.0103:244,44:1,2 chr2 219873890 . CAG C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=479;END=219873892;VD=5;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=236:237;VARBIAS=2:3;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.49243;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=5;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=466;LSEQ=AGTACAGCTATGGCCCAGGA;RSEQ=AGAGAGAGAAGGCCAAGGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:479:5:473,5:0.0104:236,237:2,3 chr2 219877655 . C G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=219877655;VD=9;AF=0.4091;BIAS=1:0;REFBIAS=12:1;VARBIAS=9:0;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.4091;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=9;HICOV=22;LSEQ=GTTGTATGTTTATGTATATA;RSEQ=TGGGGTGTAAGCATATATAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:9:13,9:0.4091:12,1:9,0 chr2 219884464 . C G 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=397;END=219884464;VD=203;AF=0.5113;BIAS=2:2;REFBIAS=56:138;VARBIAS=54:149;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.65428;ODDRATIO=1.11938;MQ=60;SN=100.5;HIAF=0.5154;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=201;HICOV=390;LSEQ=GGGGAGGGGGGTGAGGAAGA;RSEQ=AGAAGTGGGCTTGCCTCCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:397:203:194,203:0.5113:56,138:54,149 chr2 219884484 . A G 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=340;END=219884484;VD=179;AF=0.5265;BIAS=2:2;REFBIAS=34:126;VARBIAS=35:144;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.78717;ODDRATIO=1.10986;MQ=60;SN=34.8;HIAF=0.5273;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=174;HICOV=330;LSEQ=CAGAAGTGGGCTTGCCTCCC;RSEQ=CCTTCCCTGGAGGGGGCATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:340:179:160,179:0.5265:34,126:35,144 chr2 219884769 . G GT 120 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=16;END=219884769;VD=8;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:8;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=40;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64.8;SN=16;HIAF=0.5714;ADJAF=0.125;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=8;HICOV=14;LSEQ=CTTTTAACACATACAATTCA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTGTATATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:16:8:6,8:0.5:0,6:0,8 chr2 219885705 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=219885705;VD=2;AF=0.0122;BIAS=1:0;REFBIAS=161:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=158;LSEQ=TATGGACACTCATCTGGACA;RSEQ=ACATGTCTGGTGTGTGGCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:162,2:0.0122:161,1:2,0 chr2 219890744 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=219890744;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=173:121;VARBIAS=2:1;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.39731157253444;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=285;LSEQ=GCTGTTGGGGCCACGCTTAC;RSEQ=TTGGGGACATCTAGGGAATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:3:294,3:0.0101:173,121:2,1 chr2 219891985 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=143;END=219891985;VD=3;AF=0.021;BIAS=1:0;REFBIAS=138:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=123;LSEQ=GTGCTGCTGACTTTGTCTCT;RSEQ=GGCCCAGCTTCCTGCCCGCT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:143:3:140,3:0.021:138,2:3,0 chr2 219896568 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=219896568;VD=2;AF=0.0109;BIAS=1:0;REFBIAS=1:180;VARBIAS=0:2;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=174;LSEQ=AACATTAGAGCCTCTTTTGT;RSEQ=GAAAAAGTATTTTGAGGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:2:181,2:0.0109:1,180:0,2 chr2 219903258 . T G 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=655;END=219903258;VD=343;AF=0.5237;BIAS=2:2;REFBIAS=135:176;VARBIAS=149:194;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00129166624946;MQ=60;SN=41.875;HIAF=0.5251;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=335;HICOV=638;LSEQ=TGGAGCCTGGGTGAGCATCA;RSEQ=GTCCTTGGGACACAGTCCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:655:343:311,343:0.5237:135,176:149,194 chr2 219903723 . C T 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=710;END=219903723;VD=334;AF=0.4704;BIAS=2:2;REFBIAS=173:201;VARBIAS=145:189;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.45043;ODDRATIO=1.12169;MQ=60;SN=54.667;HIAF=0.4699;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=328;HICOV=698;LSEQ=AATGAGACTGATGGATTCTC;RSEQ=ACCTTCTGGGTTTTCTCCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:710:334:374,334:0.4704:173,201:145,189 chr2 219903787 . T C 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=581;END=219903787;VD=256;AF=0.4406;BIAS=2:2;REFBIAS=81:241;VARBIAS=70:186;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.56841;ODDRATIO=1.11951994984551;MQ=60;SN=41.667;HIAF=0.4386;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=2.1;HICNT=250;HICOV=570;LSEQ=ACATCACTGAAATAAATCAA;RSEQ=CAAAGCATAAGTCAATCCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:581:256:322,256:0.4406:81,241:70,186 chr2 219905699 . C CAT 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=7;END=219905699;VD=4;AF=0.5714;BIAS=0:2;REFBIAS=0:3;VARBIAS=1:3;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=7;LSEQ=GAAAAAGCACTAAACAAACA;RSEQ=GTTATAGTAATTAACAACCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:7:4:3,4:0.5714:0,3:1,3 chr2 219906066 . C A 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=244;END=219906066;VD=113;AF=0.4631;BIAS=1:1;REFBIAS=130:0;VARBIAS=111:2;PMEAN=43.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.21522;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.667;HIAF=0.4661;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=110;HICOV=236;LSEQ=GATCTCGCCCAAGACTCAGT;RSEQ=CCATGGGGCTCTCTGAAGGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:244:113:130,113:0.4631:130,0:111,2 chr2 219906565 . C T 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=219906565;VD=27;AF=0.4737;BIAS=1:1;REFBIAS=0:30;VARBIAS=1:26;PMEAN=29.6;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.47368;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.4821;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=27;HICOV=56;LSEQ=TGCAATTGTTAACTTAAAAG;RSEQ=AGCCCGCAGTTATTTCTTAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:57:27:30,27:0.4737:0,30:1,26 chr2 227896724 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=227896724;VD=3;AF=0.0316;BIAS=1:0;REFBIAS=91:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=55;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0230;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=87;LSEQ=ACCCGGGTCAGGAATGTCCT;RSEQ=AGGAGCTCTTCCTGTGGCAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:3:91,3:0.0316:91,0:3,0 chr2 228337032 . A C 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=505;END=228337032;VD=7;AF=0.0139;BIAS=2:0;REFBIAS=252:245;VARBIAS=0:7;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=24.4;QSTD=1;SBF=0.01498;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2.5;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=5;HICOV=462;LSEQ=GGCGCGGGCGGCGCGCGCAG;RSEQ=CGGAGGGCGGCGGCCGCGGC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:505:7:497,7:0.0139:252,245:0,7 chr2 228337442 . C G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=228337442;VD=3;AF=0.0181;BIAS=1:0;REFBIAS=0:163;VARBIAS=0:3;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=40;SN=2;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=GGGCGGCCGTTGGGCGCCGG;RSEQ=TGGCGGGCGCGGCGTGGGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:3:163,3:0.0181:0,163:0,3 chr2 228337674 . G T 96 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=228337674;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:8;PMEAN=15.8;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=TACCCGGGGCGCCGGGCTGT;RSEQ=GGGGGTGGGGGAAGACGCTA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:0,8 chr2 228356362 . TG T 102 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=303;END=228356363;VD=10;AF=0.033;BIAS=2:0;REFBIAS=131:155;VARBIAS=0:10;PMEAN=29.2;PSTD=1;QUAL=30.8;QSTD=1;SBF=0.00279;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9;HIAF=0.0327;ADJAF=0.0132;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=9;HICOV=275;LSEQ=AAACATGGAAATGAAGTAAG;RSEQ=GTTTTTTTTTTTTTTTGCAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:303:10:286,10:0.033:131,155:0,10 chr2 228356364 . GT G 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=306;END=228356365;VD=136;AF=0.4444;BIAS=2:2;REFBIAS=74:61;VARBIAS=49:87;PMEAN=43.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.00228;ODDRATIO=2.14767;MQ=60;SN=272;HIAF=0.4823;ADJAF=0;SHIFT3=14;MSI=15;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=136;HICOV=282;LSEQ=ACATGGAAATGAAGTAAGTG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTGCAATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:306:136:135,136:0.4444:74,61:49,87 chr2 228356380 . GC G 50 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=291;END=228356381;VD=3;AF=0.0103;BIAS=2:0;REFBIAS=60:205;VARBIAS=3:0;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=32;QSTD=1;SBF=0.01252;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0139;ADJAF=0.0069;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=216;LSEQ=AGTGGTTTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=AATTTTTGACTTTTTTGTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:291:3:265,3:0.0103:60,205:3,0 chr2 228388443 . AT A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=370;END=228388444;VD=5;AF=0.0135;BIAS=2:0;REFBIAS=288:74;VARBIAS=5:0;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.58762;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0141;ADJAF=0.0027;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=5;HICOV=355;LSEQ=TTTGATATAGAATTACCTAC;RSEQ=TTTTTTTTAGTTAACTGTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:370:5:362,5:0.0135:288,74:5,0 chr2 228389979 . G C 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=228389979;VD=22;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:22;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=TTGTTTCATTTGTCATTCCA;RSEQ=TCACTGTCATATTATTTTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:22:22:0,22:1:0,0:0,22 chr2 228395379 . AAGTATTTCAGTTATTATTCAGATTC A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=4;END=228395404;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0.5;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=CATTTTTGTATTATTATTTT;RSEQ=ACATAGTTGATTACCATTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:4,0 chr2 228395572 . G A 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=228395572;VD=64;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=64:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=128;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=64;HICOV=64;LSEQ=GGTCATATACAGAGTATTGT;RSEQ=TCCAAATTTATCATTGCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:64:64:0,64:1:0,0:64,0 chr2 228395648 . C A 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=228395648;VD=164;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=164:0;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=81;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=162;HICOV=162;LSEQ=AATTACCTGTAATTGGGTTA;RSEQ=ATGCTGGTAGGGTTTAAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:164:164:0,164:1:0,0:164,0 chr2 228396241 . C CTT 89 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=21;END=228396241;VD=6;AF=0.2857;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:6;PMEAN=48.1;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=65.6;SN=12;HIAF=0.3158;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=17;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=6;HICOV=19;LSEQ=GTATTTCTCTCTCTCTGTCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGGCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:21:6:9,6:0.2857:0,9:0,6 chr2 228396312 . AT A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=8;END=228396313;VD=5;AF=0.625;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:5;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.6250;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=5;HICOV=8;LSEQ=ATGCCACCACTCCCAGCTAA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGGTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:5:2,5:0.625:0,2:0,5 chr2 228396511 . A G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=228396511;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=GGCTGACATTATACCTCTTA;RSEQ=TAAAGGAAGCTGGTTGCTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:12,0 chr2 228398001 . A AC 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=51;END=228398001;VD=51;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=51:0;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.9796;ADJAF=0.1569;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=48;HICOV=49;LSEQ=AAACCAGGTAGTGTGGAGAT;RSEQ=CCCCTCCATGAATTACATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:51:1,51:1:1,0:51,0 chr2 228399480 . T C 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=312;END=228399480;VD=311;AF=0.9968;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=255:56;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.294;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=294;HICOV=294;LSEQ=AAATCCATTTTAAGTTTACC;RSEQ=GTGTTTCATGGCAAATGTGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:312:311:0,311:0.9968:0,0:255,56 chr2 228401151 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=228401151;VD=2;AF=0.0267;BIAS=1:0;REFBIAS=73:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=23.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0303;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=66;LSEQ=TGTATTTTTTATTTTTTTAT;RSEQ=ATGATTCTTAATGAAGCAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:75:2:73,2:0.0267:73,0:2,0 chr2 228401293 . CT C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=231;END=228401294;VD=8;AF=0.0346;BIAS=2:2;REFBIAS=174:47;VARBIAS=6:2;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.68091;ODDRATIO=1.23285;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0356;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=8;HICOV=225;LSEQ=ACCCTGTAAATCGTTACTTT;RSEQ=TTTTTTTTTAAGAAAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:231:8:221,8:0.0346:174,47:6,2 chr2 228416498 . C T 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=228416498;VD=152;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=152:0;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=149;HICOV=149;LSEQ=AATAAAATTTCTACAAGTTA;RSEQ=GTTAAACTGTGTAGCACTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:152:152:0,152:1:0,0:152,0 chr2 228416712 . A G 328 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=558;END=228416712;VD=556;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=348:208;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68.5;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=548;HICOV=549;LSEQ=GCATCCATGAGCATGCCCAC;RSEQ=GGATTCGGCACTCCTGCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:558:556:0,556:0.9964:0,0:348,208 chr2 228418211 . C CA 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=71;END=228418211;VD=30;AF=0.4225;BIAS=1:1;REFBIAS=22:0;VARBIAS=30:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62;SN=29;HIAF=0.4462;ADJAF=0;SHIFT3=17;MSI=18;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=29;HICOV=65;LSEQ=AATAGAGTGAGATCATGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:30:22,30:0.4225:22,0:30,0 chr2 228418957 . A G 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=228418957;VD=105;AF=0.9906;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=102:3;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=103;HICOV=103;LSEQ=TTTGAAGTACTGGATATGAA;RSEQ=GACGTAGCACAGTTCATGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:106:105:0,105:0.9906:0,0:102,3 chr2 228422308 . GTTTA G 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=322;END=228422312;VD=286;AF=0.8882;BIAS=2:2;REFBIAS=12:23;VARBIAS=28:258;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.00029;ODDRATIO=4.77204;MQ=60;SN=70.5;HIAF=0.8924;ADJAF=0.1273;SHIFT3=8;MSI=3;MSILEN=4;NM=0.4;HICNT=282;HICOV=316;LSEQ=CTGAGATATTTTTAAAACAT;RSEQ=TTTATTTAAGTATAACAGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:322:286:35,286:0.8882:12,23:28,258 chr2 228422456 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=228422456;VD=3;AF=0.0195;BIAS=2:2;REFBIAS=69:82;VARBIAS=1:2;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.67748;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=TAAATCTGGCTTAATAAAAG;RSEQ=AGTGAGATTTTCATGCTGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:3:151,3:0.0195:69,82:1,2 chr2 228423110 . GT G 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=648;END=228423111;VD=36;AF=0.0556;BIAS=2:2;REFBIAS=312:294;VARBIAS=16:20;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.49325;ODDRATIO=1.32594;MQ=60;SN=72;HIAF=0.0578;ADJAF=0.0031;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=36;HICOV=623;LSEQ=ATCAGTACAGTTTATTCTTG;RSEQ=TTTTTTTTTTAACTTTAGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:648:36:606,36:0.0556:312,294:16,20 chr2 228423689 . G A 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=571;END=228423689;VD=567;AF=0.993;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=335:232;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.35;HIAF=0.9945;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=547;HICOV=550;LSEQ=TTATATCCAGTATTTGGAGA;RSEQ=CTTTTATATTGTTAATTCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:571:567:0,567:0.993:0,0:335,232 chr2 228423771 . C G 337 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=683;END=228423771;VD=682;AF=0.9985;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=388:294;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.118;HIAF=0.9985;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=665;HICOV=666;LSEQ=TGGGCACTGAGGTATTTAAT;RSEQ=TGCAAAGACCCAAGTATCGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:683:682:0,682:0.9985:0,0:388,294 chr2 228424730 . C T 342 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=712;END=228424730;VD=710;AF=0.9972;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=329:381;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=53.615;HIAF=0.9971;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=697;HICOV=699;LSEQ=TTATTCTCATACCCCAGAGG;RSEQ=ATATAATTTCTTGTATTCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:712:710:0,710:0.9972:0,0:329,381 chr2 228425147 . TCTCTC ATCTCTCTAAT 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=714;END=228425152;VD=53;AF=0.0742;BIAS=2:2;REFBIAS=354:306;VARBIAS=24:29;PMEAN=9.3;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.25523;ODDRATIO=1.3972;MQ=60;SN=106;HIAF=0.0752;ADJAF=0.0714;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=53;HICOV=705;LSEQ=CATTTAAAGAAGAAAAAAAA;RSEQ=TGACTATCTGAAGATATATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:714:53:660,53:0.0742:354,306:24,29 chr2 228425152 . C CTAAT 325 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=611;END=228425152;VD=588;AF=0.9624;BIAS=2:2;REFBIAS=5:8;VARBIAS=303:285;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.40898;ODDRATIO=1.69955301755638;MQ=60;SN=293;HIAF=0.9799;ADJAF=0.1146;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=586;HICOV=598;LSEQ=AAAGAAGAAAAAAAATCTCT;RSEQ=TGACTATCTGAAGATATATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:611:588:13,588:0.9624:5,8:303,285 chr2 228426163 . A AT 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=126;END=228426163;VD=4;AF=0.0317;BIAS=1:0;REFBIAS=2:114;VARBIAS=0:4;PMEAN=24.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0345;ADJAF=0.0079;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=4;HICOV=116;LSEQ=TTTGTTACTTAATTTGCAAT;RSEQ=TTTTTTTTTCAAAGATGGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:4:116,4:0.0317:2,114:0,4 chr2 228426182 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=95;END=228426183;VD=2;AF=0.0211;BIAS=1:0;REFBIAS=1:92;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0225;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=89;LSEQ=TATTTTTTTTTCAAAGATGG;RSEQ=TTTTTTTTTTCTGGAGTACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:2:93,2:0.0211:1,92:0,2 chr2 232389191 . C G 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=232389191;VD=14;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=14;HICOV=14;LSEQ=CAGGAGAATCGCTTGAACCC;RSEQ=GGAGGCGGAGGTTGCAGTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:14:0,14:1:0,0:14,0 chr2 232389220 . C T 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=232389220;VD=26;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=26:0;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.4;HICNT=26;HICOV=26;LSEQ=AGGTTGCAGTGAGCCAAAAT;RSEQ=GCGCCACTGCACTCTAGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:26:26:0,26:1:0,0:26,0 chr2 232389301 . T C 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=232389301;VD=99;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=99:0;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=96;HICOV=96;LSEQ=TAGACTGATATGCTTGATGG;RSEQ=GCATGACAAGGTGGTGACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:99:99:0,99:1:0,0:99,0 chr2 232389529 . CA GG 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=396;END=232389530;VD=389;AF=0.9823;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=232:157;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=778;HIAF=0.9898;ADJAF=0.0808;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=389;HICOV=393;LSEQ=ACTGGGGGAGTGGCAGTGGA;RSEQ=GATAAGAAGCACAAGGTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:396:389:0,389:0.9823:0,0:232,157 chr2 232389587 . CCCT C 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=468;END=232389590;VD=452;AF=0.9658;BIAS=2:2;REFBIAS=4:12;VARBIAS=222:230;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.07455;ODDRATIO=2.88983932493353;MQ=60;SN=451;HIAF=0.9657;ADJAF=0.0705;SHIFT3=6;MSI=3;MSILEN=3;NM=1.5;HICNT=451;HICOV=467;LSEQ=AGTCCTCAGCAGTCAGGGAT;RSEQ=CCTCCTGCTGTTTCCCTCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:468:452:16,452:0.9658:4,12:222,230 chr2 232389744 . A G 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=206;END=232389744;VD=206;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:205;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=205;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=205;HICOV=205;LSEQ=CCTCCAGGTGAAGCCACTTT;RSEQ=AGGCTCCACTCAGGATGGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:206:206:0,206:1:0,0:1,205 chr3 886023 . A C 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=886023;VD=11;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=10:1;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=CTGATCTGTAAATATTTCAG;RSEQ=TCCTTGCCTGTATCTATTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:10,1 chr3 886106 . T G 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=886106;VD=59;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=58:1;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=55;HICOV=55;LSEQ=TCACTGACATTTTACTGCTA;RSEQ=CCAATGAGTAAATCATTGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:59:59:0,59:1:0,0:58,1 chr3 886382 . ATAT A 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=423;END=886385;VD=414;AF=0.9787;BIAS=0:2;REFBIAS=7:0;VARBIAS=208:206;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.015;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=828;HIAF=0.9834;ADJAF=0.0851;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=414;HICOV=421;LSEQ=AGAAAAGGGCACACAAAATG;RSEQ=TATCTCGATCACCCAGCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:423:414:7,414:0.9787:7,0:208,206 chr3 886605 . G A 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=886605;VD=121;AF=0.9837;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:121;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.333;HIAF=0.9833;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=118;HICOV=120;LSEQ=AGACTCATAGATTTTCCCAG;RSEQ=GCTAAAAATCAGAGCCAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:123:121:0,121:0.9837:0,0:0,121 chr3 4403357 . A C 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=4403357;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=ATAGCTAAAAAATAATCTAT;RSEQ=ATAAATTCTCACTATGAAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr3 4403364 . TCTCA T 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=9;END=4403368;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0.2222;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=AAAAATAATCTATAATAAAT;RSEQ=CTATGAAGTCACAATAGAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chr3 4403537 . C T 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=4403537;VD=110;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=109:1;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=107;HICOV=107;LSEQ=GTGGCAGAGCCTGCGTAGGA;RSEQ=GCGGGCCTCCTGAAGCCTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:110:110:0,110:1:0,0:109,1 chr3 4403767 . A G 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=385;END=4403767;VD=384;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=186:198;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.909;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=373;HICOV=373;LSEQ=GGATCGTTCAAAGTTCTGAG;RSEQ=AAAGCCCAATGTAGGTCAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:385:384:0,384:0.9974:0,0:186,198 chr3 4403817 . TT AC 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=366;END=4403818;VD=355;AF=0.9699;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=111:244;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=354;HIAF=0.9972;ADJAF=0.0765;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=354;HICOV=355;LSEQ=TCCTTGGACTGGGGAAGACT;RSEQ=CCTTGGTTGTCAGTCCATAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:366:355:0,355:0.9699:0,0:111,244 chr3 4403837 . A G 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=341;END=4403837;VD=341;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=88:253;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=67.2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=336;HICOV=336;LSEQ=TTCCTTGGTTGTCAGTCCAT;RSEQ=GTGGGCAGGCGGTCGGCTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:341:341:0,341:1:0,0:88,253 chr3 4404087 . A G 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=4404087;VD=48;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:47;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=48;HICOV=48;LSEQ=ATGTATGCTTTAAAAAGGGC;RSEQ=GCACATTCAAGAACTAACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:48:48:0,48:1:0,0:1,47 chr3 7620382 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=7620382;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=GGGCTGTGATTCCTGTCTTC;RSEQ=TGGCAATGTTGGGGATCATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:3,3:0.4286:3,0:3,0 chr3 7620789 . T C 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=511;END=7620789;VD=509;AF=0.9961;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=256:253;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=83.833;HIAF=0.9960;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.6;HICNT=503;HICOV=505;LSEQ=CCCAACATCATCATAGACTA;RSEQ=GATGAACACAAGACAATGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:511:509:0,509:0.9961:0,0:256,253 chr3 7620828 . G A 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=475;END=7620828;VD=231;AF=0.4863;BIAS=2:2;REFBIAS=100:144;VARBIAS=90:141;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.70793;ODDRATIO=1.08777;MQ=60;SN=45.2;HIAF=0.4871;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=226;HICOV=464;LSEQ=AACCCTGAGCAAGCCAGAGG;RSEQ=GTTCTCAAGTGTGACATTAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:475:231:244,231:0.4863:100,144:90,141 chr3 7621012 . AT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=164;END=7621013;VD=3;AF=0.0183;BIAS=1:0;REFBIAS=0:161;VARBIAS=0:3;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0192;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=156;LSEQ=TATGGCTTGCCTTCATTCCA;RSEQ=TTTTTTTGGCACCGCTCAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:3:161,3:0.0183:0,161:0,3 chr3 7621093 . T A 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=7621093;VD=19;AF=0.4419;BIAS=1:1;REFBIAS=0:24;VARBIAS=0:19;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=18;HICOV=42;LSEQ=TTTTTAAAAATGTGTTCATT;RSEQ=TTGTAAGTACTGAAACCAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:43:19:24,19:0.4419:0,24:0,19 chr3 7621158 . T C 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=7621158;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:12;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=29.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=CGTATATGCAGAATGGTATT;RSEQ=CCAAGAGTAGAGAACTAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:0,12 chr3 12631981 . A G 174 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=12631981;VD=27;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=27:0;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=27;HICOV=27;LSEQ=TTATAGGCATGTGCCACCAG;RSEQ=CTTGGTTCATTCTTGTATTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:27:27:0,27:1:0,0:27,0 chr3 12631983 . T C 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=12631983;VD=29;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=ATAGGCATGTGCCACCAGAC;RSEQ=TGGTTCATTCTTGTATTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:29:29:0,29:1:0,0:29,0 chr3 12632874 . TA T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=22;END=12632875;VD=3;AF=0.1364;BIAS=2:0;REFBIAS=15:3;VARBIAS=3:0;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.1579;ADJAF=0.0455;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=19;LSEQ=AAAATAAGGCAACTCAGCTA;RSEQ=AAAAAAAGGGTTCTGGGAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:3:18,3:0.1364:15,3:3,0 chr3 12633016 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=12633016;VD=2;AF=0.0153;BIAS=1:0;REFBIAS=128:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=129;LSEQ=TAAAAAGGGGCTCTTCGAAA;RSEQ=GCTTGACAACCACATAAACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:2:129,2:0.0153:128,1:2,0 chr3 12648048 . C CT 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=60;END=12648048;VD=2;AF=0.0333;BIAS=1:0;REFBIAS=0:54;VARBIAS=0:2;PMEAN=75.8;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0357;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=56;LSEQ=CCTGTGTGCTTTTTCTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTAAGATGGAGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:2:54,2:0.0333:0,54:0,2 chr3 12650175 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=345;END=12650175;VD=5;AF=0.0145;BIAS=2:2;REFBIAS=279:61;VARBIAS=4:1;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.14302;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0092;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=3;HICOV=327;LSEQ=TTAAATGAGTCTAGAATCCA;RSEQ=ACCTGTCAGTCAAAATCTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:345:5:340,5:0.0145:279,61:4,1 chr3 12650482 . T A 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=427;END=12650482;VD=425;AF=0.9953;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=125:300;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84;HIAF=0.9953;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=420;HICOV=422;LSEQ=AAAAGATGACAAAAGACAAC;RSEQ=TCATTTCTTGGCCTCCAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:427:425:0,425:0.9953:0,0:125,300 chr3 12650546 . C A 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=328;END=12650546;VD=4;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=105:219;VARBIAS=1:3;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.43687;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0095;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=3;HICOV=315;LSEQ=CTTCCAGCATGTACAGAATT;RSEQ=ATAATCACAAATTAGAGTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:328:4:324,4:0.0122:105,219:1,3 chr3 12650635 . CTA C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=265;END=12650637;VD=5;AF=0.0189;BIAS=2:2;REFBIAS=164:95;VARBIAS=4:1;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.65592;ODDRATIO=2.31074960717257;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0191;ADJAF=0.0038;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=262;LSEQ=AAGAACTTTAAACAATCCAA;RSEQ=TATATATATATACATACGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:265:5:259,5:0.0189:164,95:4,1 chr3 12659889 . G GA 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=182;END=12659889;VD=8;AF=0.044;BIAS=1:0;REFBIAS=150:1;VARBIAS=8:0;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=16;HIAF=0.0510;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=8;HICOV=157;LSEQ=AAAAAATAAATCTGCAGTTA;RSEQ=AAAAAAAAAAATAAAGACCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:8:151,8:0.044:150,1:8,0 chr3 12660291 . C T 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=12660291;VD=299;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=32:267;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.833;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=293;HICOV=293;LSEQ=AACTCTAGAACAAAAGTATT;RSEQ=AACCCAAGAACACAATACAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:299:299:0,299:1:0,0:32,267 chr3 12704894 . G T 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=328;END=12704894;VD=327;AF=0.997;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=178:149;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=53.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=321;HICOV=321;LSEQ=CCTCACGTCGTCTCTAAAAG;RSEQ=GTGTCACTTGACTGAAGTAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:328:327:0,327:0.997:0,0:178,149 chr3 12705158 . TA T 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=257;END=12705159;VD=9;AF=0.035;BIAS=2:2;REFBIAS=171:77;VARBIAS=8:1;PMEAN=45.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.28419;ODDRATIO=3.58886017800746;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0409;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=9;HICOV=220;LSEQ=CCGGGGCCCCCGCCCAACGC;RSEQ=CCCCAGGGTGACAACGGCCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:257:9:248,9:0.035:171,77:8,1 chr3 12705159 . AC A 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=269;END=12705160;VD=19;AF=0.0706;BIAS=2:2;REFBIAS=9:1;VARBIAS=12:7;PMEAN=23.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.20081;ODDRATIO=4.9954;MQ=60;SN=38;HIAF=0.0728;ADJAF=0.0446;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=19;HICOV=261;LSEQ=CGGGGCCCCCGCCCAACGCT;RSEQ=CCCAGGGTGACAACGGCCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:269:19:10,19:0.0706:9,1:12,7 chr3 12705163 . CA G 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=269;END=12705164;VD=239;AF=0.8885;BIAS=2:2;REFBIAS=9:1;VARBIAS=166:73;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.2892;ODDRATIO=3.94172;MQ=60;SN=478;HIAF=0.9157;ADJAF=0.0632;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=239;HICOV=261;LSEQ=GCCCCCGCCCAACGCTACCC;RSEQ=GGGTGACAACGGCCTGGCCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:269:239:10,239:0.8885:9,1:166,73 chr3 12705164 . A G 170 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=12705164;VD=34;AF=0.9714;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=26:8;PMEAN=22.3;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=31;HICOV=31;LSEQ=CCCCCGCCCAACGCTACCCC;RSEQ=GGGTGACAACGGCCTGGCCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:35:34:0,34:0.9714:0,0:26,8 chr3 12705173 . A G 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=277;END=12705173;VD=277;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=198:79;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=273;HICOV=273;LSEQ=AACGCTACCCCAGGGTGACA;RSEQ=CGGCCTGGCCCAAGCCCTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:277:277:0,277:1:0,0:198,79 chr3 12705208 . G A 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=319;END=12705208;VD=318;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=210:108;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=105;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=315;HICOV=315;LSEQ=CCCTCTGCCCGGCAGCCGCG;RSEQ=GGCCGCTCCATCAGCGCCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:319:318:0,318:0.9969:0,0:210,108 chr3 12705776 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=288;END=12705776;VD=3;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=47:238;VARBIAS=1:2;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.42251;ODDRATIO=2.52117789431222;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=285;LSEQ=GCCTGAACTCAGGCCCCGCC;RSEQ=CCGGGGCGTGGCCTAGCGAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:288:3:285,3:0.0104:47,238:1,2 chr3 15295364 . A G 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=15295364;VD=7;AF=0.35;BIAS=1:0;REFBIAS=13:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.3500;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=7;HICOV=20;LSEQ=ACTTTATCCTAGCTTGGGCT;RSEQ=TTTTCCAGATGGTGTTTCTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:20:7:13,7:0.35:13,0:7,0 chr3 15295778 . T TTAAC 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=387;END=15295778;VD=158;AF=0.4083;BIAS=2:2;REFBIAS=100:125;VARBIAS=73:84;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.75411;ODDRATIO=1.08607113765952;MQ=60;SN=316;HIAF=0.4169;ADJAF=0.0646;SHIFT3=6;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.4;HICNT=158;HICOV=379;LSEQ=TTTCCTAGATGAAATATTTA;RSEQ=TAACTACTAGGTAAAACACT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:387:158:225,158:0.4083:100,125:73,84 chr3 15296013 . AC A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=84;END=15296014;VD=3;AF=0.0357;BIAS=1:0;REFBIAS=2:79;VARBIAS=0:3;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0370;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=81;LSEQ=AAAGTCTAATGCCCCAGTGT;RSEQ=CCCCCCCAGTTAATTAATTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:84:3:81,3:0.0357:2,79:0,3 chr3 16628314 . C G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=529;END=16628314;VD=257;AF=0.4858;BIAS=2:2;REFBIAS=183:87;VARBIAS=165:92;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.40833;ODDRATIO=1.17247;MQ=60;SN=20.417;HIAF=0.4980;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=245;HICOV=492;LSEQ=AACACTTTTGAAGAAAAAAA;RSEQ=TTTATTTTTATTCATGTATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:529:257:270,257:0.4858:183,87:165,92 chr3 16628489 . G A 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=670;END=16628489;VD=315;AF=0.4701;BIAS=2:2;REFBIAS=176:178;VARBIAS=156:159;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00777;MQ=60;SN=77.75;HIAF=0.4799;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=311;HICOV=648;LSEQ=TTCCCTTACTTTTCCTTAAG;RSEQ=TCATATTGGAATAATTAGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:670:315:354,315:0.4701:176,178:156,159 chr3 16629031 . T TG 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=712;END=16629031;VD=317;AF=0.4452;BIAS=2:2;REFBIAS=165:225;VARBIAS=145:172;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.36185;ODDRATIO=1.14934602211342;MQ=60;SN=104.667;HIAF=0.4473;ADJAF=0.0239;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=314;HICOV=702;LSEQ=AGGCTGGAAACGAAAGACTG;RSEQ=GGTATAGCAAAAGGGCTCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:712:317:390,317:0.4452:165,225:145,172 chr3 16629034 . TATAGCA GTATAGC 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=731;END=16629040;VD=8;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=315:405;VARBIAS=4:4;PMEAN=10.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.73507;ODDRATIO=1.28526444315918;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0113;ADJAF=0.0096;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=8;HICOV=710;LSEQ=CTGGAAACGAAAGACTGTGG;RSEQ=AAAGGGCTCTGATGCTCTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:731:8:720,8:0.0109:315,405:4,4 chr3 16629321 . A T 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=608;END=16629321;VD=292;AF=0.4803;BIAS=2:2;REFBIAS=158:158;VARBIAS=158:134;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.33008;ODDRATIO=1.1787865571181;MQ=60;SN=72;HIAF=0.4824;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=288;HICOV=597;LSEQ=TACTCTGATTAACCTCTAAG;RSEQ=GACATAAAAAAGTTGCAGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:608:292:316,292:0.4803:158,158:158,134 chr3 16635866 . C G 190 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=16635866;VD=48;AF=0.4404;BIAS=1:1;REFBIAS=61:0;VARBIAS=48:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=45;HICOV=105;LSEQ=AGAAGAAGGCACTGTTGCTC;RSEQ=CATGGGAGTTTCTAACTGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:48:61,48:0.4404:61,0:48,0 chr3 16635985 . CA C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=281;END=16635986;VD=6;AF=0.0214;BIAS=2:2;REFBIAS=194:80;VARBIAS=4:2;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.2116;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0217;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=6;HICOV=277;LSEQ=AATCAAGAAATATAGTTAAA;RSEQ=AAAAAAAATACTTTAAAATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:281:6:274,6:0.0214:194,80:4,2 chr3 16636108 . G A 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=339;END=16636108;VD=5;AF=0.0147;BIAS=2:2;REFBIAS=133:190;VARBIAS=2:3;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04985;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0198;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=5;HICOV=252;LSEQ=CATCTTAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=GAAACCAAAATTATTCAAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:339:5:323,5:0.0147:133,190:2,3 chr3 16636402 . T A 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=16636402;VD=13;AF=0.4483;BIAS=2:1;REFBIAS=2:14;VARBIAS=1:12;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.6838;MQ=60;SN=26;HIAF=0.4643;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=13;HICOV=28;LSEQ=AGTCATATCTATGTAAAGAG;RSEQ=CTCAAAGAACTACTATCATG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:13:16,13:0.4483:2,14:1,12 chr3 16636465 . C G 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=16636465;VD=7;AF=0.4375;BIAS=2:2;REFBIAS=5:4;VARBIAS=4:3;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.06234927919601;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4375;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=7;HICOV=16;LSEQ=TACAATTTGAATTCTGTGCT;RSEQ=TAAGAATTGGATAATTTTAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:7:9,7:0.4375:5,4:4,3 chr3 16636585 . C T 190 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=16636585;VD=40;AF=0.6154;BIAS=1:1;REFBIAS=25:0;VARBIAS=40:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=0.6094;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=39;HICOV=64;LSEQ=TGCTGAAATACAGAAGGGGA;RSEQ=ACCGAATCTCATAAAACTGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:65:40:25,40:0.6154:25,0:40,0 chr3 16638775 . T C 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=16638775;VD=68;AF=0.4823;BIAS=2:2;REFBIAS=26:47;VARBIAS=31:37;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.23574;ODDRATIO=1.51002657646775;MQ=60;SN=136;HIAF=0.4857;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=68;HICOV=140;LSEQ=GTTGATCAAAAACTTTTCAT;RSEQ=ACCCTGCCCTGTCTCCAACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:68:73,68:0.4823:26,47:31,37 chr3 16639754 . G T 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=351;END=16639754;VD=160;AF=0.4558;BIAS=2:2;REFBIAS=94:97;VARBIAS=61:99;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.04072;ODDRATIO=1.57068;MQ=60;SN=39;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=156;HICOV=338;LSEQ=TTTTAATTTTACTAAAAGAA;RSEQ=GTTCGATGATGTGACAATTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:351:160:191,160:0.4558:94,97:61,99 chr3 16646194 . G T 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=470;END=16646194;VD=220;AF=0.4681;BIAS=2:2;REFBIAS=68:179;VARBIAS=47:173;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.13276;ODDRATIO=1.3973;MQ=60;SN=19;HIAF=0.4686;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=209;HICOV=446;LSEQ=CTAAGGAAGCTCCGGCCCTC;RSEQ=AAGTTTAAGAAGGCAAGTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:470:220:247,220:0.4681:68,179:47,173 chr3 16646570 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=253;END=16646570;VD=3;AF=0.0119;BIAS=2:0;REFBIAS=228:21;VARBIAS=3:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=236;LSEQ=CTCTCCCAACTCTGTGGGCC;RSEQ=TGGCTGTGGTGCGTCCAGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:253:3:249,3:0.0119:228,21:3,0 chr3 16646595 . GC G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=299;END=16646596;VD=3;AF=0.01;BIAS=2:2;REFBIAS=252:43;VARBIAS=2:1;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.38186;ODDRATIO=2.91556;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0102;ADJAF=0.0067;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=294;LSEQ=TGTGGTGCGTCCAGGCAGGT;RSEQ=CCCCCAAACAGGAAAGCCGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:299:3:295,3:0.01:252,43:2,1 chr3 16646745 . C G 332 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=560;END=16646745;VD=557;AF=0.9946;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=315:242;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=110.4;HIAF=0.9946;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=552;HICOV=555;LSEQ=CAGCAGTTCCCGACCGGCTC;RSEQ=AGGAGGAGCAGAGGCTGTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:560:557:0,557:0.9946:0,0:315,242 chr3 16647017 . G GC 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=367;END=16647017;VD=346;AF=0.9428;BIAS=2:2;REFBIAS=10:16;VARBIAS=90:256;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.17375;ODDRATIO=1.77467;MQ=60.1;SN=172;HIAF=0.9272;ADJAF=0.1117;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=344;HICOV=371;LSEQ=CTCAGCCAATGGGTGGCAGC;RSEQ=CCCCGCCCCCTGCGTGGGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:367:346:26,346:0.9428:10,16:90,256 chr3 16647022 . G C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=356;END=16647022;VD=6;AF=0.0169;BIAS=2:2;REFBIAS=82:256;VARBIAS=1:5;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.59958;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=6;HICOV=343;LSEQ=CCAATGGGTGGCAGCGCCCC;RSEQ=CCCCCTGCGTGGGGGGGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:356:6:338,6:0.0169:82,256:1,5 chr3 27161155 . TA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=139;END=27161156;VD=2;AF=0.0144;BIAS=1:0;REFBIAS=135:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=TAATCAAAACAAGCTCTATT;RSEQ=AAAAAAAATTGGAGATAATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:139:2:136,2:0.0144:135,1:2,0 chr3 27184844 . G T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=292;END=27184844;VD=4;AF=0.0137;BIAS=2:2;REFBIAS=228:60;VARBIAS=3:1;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.26557;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=3;HICOV=246;LSEQ=TCATAGTTTATAGATTCATA;RSEQ=ATTTTAATGAGTTAAAATCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:292:4:288,4:0.0137:228,60:3,1 chr3 27203626 . G A 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=27203626;VD=19;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=18;HICOV=18;LSEQ=ATGTAGGTGTAGAGTTTACA;RSEQ=AAATACCTATGTAAAACATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:19:19:0,19:1:0,0:19,0 chr3 27204567 . T C 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=27204567;VD=16;AF=0.9412;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:16;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=15;HICOV=15;LSEQ=AAGATTTAAAATGTTATATA;RSEQ=AGTATTTTCTATGATTTGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:16:1,16:0.9412:0,1:0,16 chr3 27204606 . C CA 89 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=6;END=27204606;VD=5;AF=0.8333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:5;PMEAN=21.1;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0.3333;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=TCCCTGCTCTATTAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAACCTTATACCTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:5:1,5:0.8333:0,1:0,5 chr3 27215802 . T A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=266;END=27215802;VD=3;AF=0.0113;BIAS=1:0;REFBIAS=262:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=260;LSEQ=GACAGACACATCTGTCCTAA;RSEQ=TAGCACTGCACCTGAAAAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:266:3:262,3:0.0113:262,0:3,0 chr3 27242823 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=27242823;VD=2;AF=0.0143;BIAS=1:0;REFBIAS=138:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=56.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0148;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=135;LSEQ=GAACGCTCTACTTCCTCTTG;RSEQ=ACACTTAAGTAGCATCCAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:138,2:0.0143:138,0:2,0 chr3 27244113 . T C 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=274;END=27244113;VD=145;AF=0.5292;BIAS=2:2;REFBIAS=13:116;VARBIAS=18:127;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.57217;ODDRATIO=1.26361545654426;MQ=60;SN=144;HIAF=0.5294;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=144;HICOV=272;LSEQ=TCCGCTCAGAAAGATCCAAT;RSEQ=TTCAAGCTTTATTGGAGTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:274:145:129,145:0.5292:13,116:18,127 chr3 27244211 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=27244211;VD=2;AF=0.0152;BIAS=1:0;REFBIAS=0:129;VARBIAS=0:2;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0154;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=130;LSEQ=AGTCTGTTTGAAATTTCCCA;RSEQ=CCTTAGATGAACCAGGAAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:2:129,2:0.0152:0,129:0,2 chr3 27244258 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=27244258;VD=2;AF=0.0308;BIAS=1:0;REFBIAS=0:63;VARBIAS=0:2;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=60;LSEQ=ATTCCAGCTTAAGCACTAAA;RSEQ=ACCAGTAACTCATATAAGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:65:2:63,2:0.0308:0,63:0,2 chr3 27333228 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=27333228;VD=2;AF=0.0116;BIAS=1:0;REFBIAS=0:170;VARBIAS=0:2;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=168;LSEQ=ACTGCAAGCTCTGCCTCCCA;RSEQ=GTTCACGCCATTCTCCTGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:2:170,2:0.0116:0,170:0,2 chr3 27333368 . C T 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=27333368;VD=18;AF=0.45;BIAS=1:1;REFBIAS=1:21;VARBIAS=0:18;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.3;SN=17;HIAF=0.4474;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=17;HICOV=38;LSEQ=TGGTCTCGATCTCCTGACCT;RSEQ=GTGATCCGCCCGTCTTGGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:40:18:22,18:0.45:1,21:0,18 chr3 27352213 . G GA 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=93;END=27352213;VD=2;AF=0.0215;BIAS=1:0;REFBIAS=86:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=68;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0238;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=84;LSEQ=GTTGGTATTAAATGGCATAG;RSEQ=AAAAAAAAGAAAAGAGTTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:2:87,2:0.0215:86,1:2,0 chr3 27352339 . A G 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=222;END=27352339;VD=97;AF=0.4369;BIAS=2:1;REFBIAS=110:14;VARBIAS=94:3;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.024;ODDRATIO=3.96636522290973;MQ=60;SN=96;HIAF=0.4364;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=96;HICOV=220;LSEQ=CCAGGCTGGTAGGTTTGTGG;RSEQ=TTCTAATTACACATGACTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:222:97:124,97:0.4369:110,14:94,3 chr3 27353452 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=27353452;VD=2;AF=0.0116;BIAS=1:0;REFBIAS=170:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=TGCCACTGAATATAACAATT;RSEQ=GCCTGGATGCTCAACACCTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:170,2:0.0116:170,0:2,0 chr3 27355742 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=382;END=27355742;VD=4;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=232:146;VARBIAS=1:3;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.30373;ODDRATIO=4.74797;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=367;LSEQ=TTAATTCTTGCTCATAGCAG;RSEQ=CACAAAATGAAAAGGCAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:382:4:378,4:0.0105:232,146:1,3 chr3 27363637 . T TA 155 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=445;END=27363637;VD=18;AF=0.0404;BIAS=2:2;REFBIAS=261:138;VARBIAS=11:6;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=37.3;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.03157;MQ=60.4;SN=36;HIAF=0.0449;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=18;HICOV=401;LSEQ=TATTACAACTTTATAACAAG;RSEQ=AAAAAAAAAAATTGTATTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:445:18:399,18:0.0404:261,138:11,6 chr3 27387462 . G GGTAA 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=178;END=27387462;VD=5;AF=0.0281;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0284;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=5;HICOV=176;LSEQ=AAAATATTAAATTAAGAATC;RSEQ=CTATGGTAAATTTTGAAGCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:5:4,5:0.0281:4,0:5,0 chr3 27387463 . C GTAAA 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=178;END=27387463;VD=169;AF=0.9494;BIAS=0:1;REFBIAS=4:0;VARBIAS=169:0;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=338;HIAF=0.9602;ADJAF=0.191;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=0.4;HICNT=169;HICOV=176;LSEQ=AAATATTAAATTAAGAATCG;RSEQ=TATGGTAAATTTTGAAGCGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:178:169:4,169:0.9494:4,0:169,0 chr3 30049563 . AT A 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=102;END=30049564;VD=52;AF=0.5098;BIAS=1:1;REFBIAS=50:0;VARBIAS=52:0;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.5098;ADJAF=0.0784;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=52;HICOV=102;LSEQ=TGCATGACTCCAAAAAAGTA;RSEQ=TTTTTTTTCCCAAAAAAACC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:102:52:50,52:0.5098:50,0:52,0 chr3 30049622 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=161;END=30049623;VD=4;AF=0.0248;BIAS=1:0;REFBIAS=157:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0252;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=159;LSEQ=GGGATATTTGCTAAATACCT;RSEQ=TTTTTTTTACAGTGGCCTAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:4:157,4:0.0248:157,0:4,0 chr3 30049827 . C CAGAG 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=412;END=30049827;VD=194;AF=0.4709;BIAS=2:2;REFBIAS=111:105;VARBIAS=85:109;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.13792;ODDRATIO=1.3546;MQ=60;SN=388;HIAF=0.4778;ADJAF=0.0461;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.2;HICNT=194;HICOV=406;LSEQ=ACTGCAGATGAGCTGATAAG;RSEQ=AGAAATTCTCAAGTGGGTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:412:194:216,194:0.4709:111,105:85,109 chr3 39149020 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=39149020;VD=2;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=150:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=150;LSEQ=TGCGGGCTGCTCAGCGCTGA;RSEQ=GCCCAGGCCCATGGCAGCGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:2:150,2:0.0132:150,0:2,0 chr3 39149092 . A G 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=238;END=39149092;VD=238;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=201:37;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=237;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=5;NM=1.4;HICNT=237;HICOV=237;LSEQ=CGCCTACCCGGACCGACCCG;RSEQ=CGCCAGTAGCACCGACTCGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:238:238:0,238:1:0,0:201,37 chr3 39149277 . C T 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=462;END=39149277;VD=243;AF=0.526;BIAS=2:2;REFBIAS=111:106;VARBIAS=128:115;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.77944;ODDRATIO=1.06275572559647;MQ=60;SN=120.5;HIAF=0.5297;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=241;HICOV=455;LSEQ=ACGACCCTGCCTCGGGAATC;RSEQ=CGCTCTGCACCGCCCCACCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:462:243:217,243:0.526:111,106:128,115 chr3 39149574 . C T 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=108;END=39149574;VD=65;AF=0.6019;BIAS=1:1;REFBIAS=1:41;VARBIAS=2:63;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.29848207445496;MQ=60;SN=15.25;HIAF=0.5980;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=61;HICOV=102;LSEQ=CCCCGTTTCTTGAGCTACCC;RSEQ=AAACCAGCTCATCCAATCAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:108:65:42,65:0.6019:1,41:2,63 chr3 39152668 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=242;END=39152668;VD=3;AF=0.0124;BIAS=1:0;REFBIAS=1:238;VARBIAS=0:3;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=239;LSEQ=AGTTGCCCCACGCGTGTTGT;RSEQ=TCTGGGCTTAGCAGAGGTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:242:3:239,3:0.0124:1,238:0,3 chr3 39154252 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=39154252;VD=3;AF=0.012;BIAS=1:0;REFBIAS=5:240;VARBIAS=0:3;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0081;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=246;LSEQ=ACACAGCAGTCCAAGGTCCA;RSEQ=TCTACTTCTCAGATTTCTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:3:245,3:0.012:5,240:0,3 chr3 39156341 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=39156341;VD=3;AF=0.01;BIAS=2:2;REFBIAS=49:247;VARBIAS=1:2;PMEAN=8.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.42363;ODDRATIO=2.51022918392449;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0068;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=295;LSEQ=GGTAAATATCGCCCATAGAG;RSEQ=AACTGGGAATTGTGCTATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:299:3:296,3:0.01:49,247:1,2 chr3 39156421 . A C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=39156421;VD=2;AF=0.0117;BIAS=1:0;REFBIAS=4:165;VARBIAS=0:2;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=CAAATGAAATACACATGATA;RSEQ=CATGAGGCTAGGAGCTGTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:2:169,2:0.0117:4,165:0,2 chr3 39159517 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=39159517;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=190:56;VARBIAS=2:1;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.54319;ODDRATIO=1.69235;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0083;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=240;LSEQ=ACACACCATCCCAGCTTTGC;RSEQ=TATCAATACTCTCAATTCAT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:3:246,3:0.012:190,56:2,1 chr3 39159521 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=258;END=39159521;VD=3;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=195:59;VARBIAS=1:2;PMEAN=20.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.14115;ODDRATIO=6.5481;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0078;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=256;LSEQ=ACCATCCCAGCTTTGCCTAT;RSEQ=AATACTCTCAATTCATGTGC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:258:3:254,3:0.0116:195,59:1,2 chr3 39161145 . A G 121 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=39161145;VD=12;AF=0.4138;BIAS=1:0;REFBIAS=17:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=18.9;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.4138;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=12;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=12;HICOV=29;LSEQ=AAAAAAAAAAGAAAAAAAAG;RSEQ=AAAAAAAAAAACAAATTCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:12:17,12:0.4138:17,0:12,0 chr3 39162343 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=196;END=39162343;VD=2;AF=0.0102;BIAS=1:0;REFBIAS=193:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=196;LSEQ=GAGCCAGACAGCAACACAGA;RSEQ=CCAGCTGCCTAGACACACGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:2:194,2:0.0102:193,1:2,0 chr3 39166355 . G A 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=39166355;VD=47;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=47:0;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=46;HICOV=46;LSEQ=ACAGCCAGAACATGAGCTAG;RSEQ=GATGTTTTTCTGTATTGCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:47:47:0,47:1:0,0:47,0 chr3 39166484 . C T 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=39166484;VD=160;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=145:15;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=320;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=160;HICOV=160;LSEQ=TTCCACTGTCTTATCCATGC;RSEQ=CCTTGACCTGATGGGCTGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:160:160:0,160:1:0,0:145,15 chr3 39166509 . A G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=39166509;VD=181;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=148:33;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=180;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=180;HICOV=180;LSEQ=GACCTGATGGGCTGCTGGCT;RSEQ=TGCTTCAGTGTTAGCTGCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:181:181:0,181:1:0,0:148,33 chr3 39166743 . T C 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=353;END=39166743;VD=351;AF=0.9943;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=198:153;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=174.5;HIAF=0.9943;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=349;HICOV=351;LSEQ=ATAGAAAGCATGCAAGGTGG;RSEQ=CTGGACCTTCACTTTGCCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:353:351:0,351:0.9943:0,0:198,153 chr3 39167905 . G A 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=343;END=39167905;VD=341;AF=0.9942;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=140:201;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.231;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=328;HICOV=328;LSEQ=AGCGGGGGATCCTGACAGCC;RSEQ=GGTGGGGCCTTGCAAACACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:343:341:0,341:0.9942:0,0:140,201 chr3 39167966 . TACACACACACACAC T 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=240;END=39167980;VD=84;AF=0.35;BIAS=2:2;REFBIAS=64:62;VARBIAS=15:69;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=4.71287;MQ=60;SN=168;HIAF=0.3684;ADJAF=0.1167;SHIFT3=32;MSI=23;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=84;HICOV=228;LSEQ=AGGCTCCTTGCCTAGGATAC;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:240:84:126,84:0.35:64,62:15,69 chr3 39168074 . TACAC T 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=147;END=39168078;VD=82;AF=0.5578;BIAS=1:1;REFBIAS=2:55;VARBIAS=2:80;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.45051;MQ=59.7;SN=81;HIAF=0.5827;ADJAF=0.068;SHIFT3=15;MSI=9;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=81;HICOV=139;LSEQ=ATGCTCCTTGCCTGGGGTAC;RSEQ=ACACACACACACACATGCAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:147:82:57,82:0.5578:2,55:2,80 chr3 39168117 . TACACAC T 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=111;END=39168123;VD=64;AF=0.5766;BIAS=2:1;REFBIAS=1:10;VARBIAS=1:63;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.27351;ODDRATIO=6.05432;MQ=59.6;SN=128;HIAF=0.5818;ADJAF=0.1081;SHIFT3=18;MSI=12;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=64;HICOV=110;LSEQ=ATGCTCCTTGCCTGGTGTAC;RSEQ=ACACACACACACACACACGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:111:64:11,64:0.5766:1,10:1,63 chr3 39168283 . T C 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=39168283;VD=13;AF=0.4062;BIAS=1:1;REFBIAS=1:18;VARBIAS=0:13;PMEAN=44.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3871;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=12;HICOV=31;LSEQ=TTGTGGATTTACTCATTTGA;RSEQ=CTGTGCTGGTAATAGTTATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:32:13:19,13:0.4062:1,18:0,13 chr3 39169538 . G T 143 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=39169538;VD=21;AF=0.4286;BIAS=1:1;REFBIAS=26:1;VARBIAS=21:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.7;HICNT=18;HICOV=45;LSEQ=TGTGTTCCCCTGAGCTTCTG;RSEQ=ATGGAGCTGTGAAGTGACTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:49:21:27,21:0.4286:26,1:21,0 chr3 39169693 . A G 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=202;END=39169693;VD=197;AF=0.9752;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=195:2;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=31.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6.88;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=172;HICOV=172;LSEQ=CCCTGAGTGAAGCAGAACAA;RSEQ=ACTGGCTAAAATACTCAATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:202:197:0,197:0.9752:0,0:195,2 chr3 39169712 . T C 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=39169712;VD=245;AF=0.9761;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=222:23;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.611;HIAF=0.9913;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=227;HICOV=229;LSEQ=AAACTGGCTAAAATACTCAA;RSEQ=TTTGTATATTTCTGGGGAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:251:245:0,245:0.9761:0,0:222,23 chr3 39170090 . C T 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=452;END=39170090;VD=449;AF=0.9934;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=192:257;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=55.125;HIAF=0.9977;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=441;HICOV=442;LSEQ=GTCCCGTAGATCTTTCTGCT;RSEQ=GTCCAAAGGCAGGGGTAGGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:452:449:0,449:0.9934:0,0:192,257 chr3 39171301 . G A 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=39171301;VD=24;AF=0.5581;BIAS=1:1;REFBIAS=18:1;VARBIAS=24:0;PMEAN=30.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.44186;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=24;HICOV=42;LSEQ=TTAGAAAGAGTGACATTGCT;RSEQ=CCTCATGGAGAGGGATCTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:43:24:19,24:0.5581:18,1:24,0 chr3 39172167 . G A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=428;END=39172167;VD=208;AF=0.486;BIAS=2:2;REFBIAS=156:64;VARBIAS=148:60;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01194090265129;MQ=60;SN=68.333;HIAF=0.4881;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=205;HICOV=420;LSEQ=AGGGCAGAACCAGGCCAGAG;RSEQ=CTAATATTTACTGTTTGCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:428:208:220,208:0.486:156,64:148,60 chr3 39172794 . C G 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=39172794;VD=60;AF=0.5217;BIAS=1:1;REFBIAS=1:54;VARBIAS=0:60;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.47826;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=59;HIAF=0.5268;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=59;HICOV=112;LSEQ=GTGCTCTGAGCTGTGGTGGG;RSEQ=TGGGAAAGGCAGGAAGTAAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:115:60:55,60:0.5217:1,54:0,60 chr3 39174437 . T A 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=39174437;VD=193;AF=0.9948;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=186:7;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=95.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=191;HICOV=191;LSEQ=AATTTGCCCAAGGGCACTTA;RSEQ=GTGTCATTTTTCATACTTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:194:193:0,193:0.9948:0,0:186,7 chr3 39174438 . G GA 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=218;END=39174438;VD=214;AF=0.9817;BIAS=0:2;REFBIAS=3:0;VARBIAS=198:16;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52.5;HIAF=0.9859;ADJAF=0.1147;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=210;HICOV=213;LSEQ=ATTTGCCCAAGGGCACTTAT;RSEQ=TGTCATTTTTCATACTTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:218:214:3,214:0.9817:3,0:198,16 chr3 39174462 . T C 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=280;END=39174462;VD=280;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=235:45;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=69;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=276;HICOV=276;LSEQ=CATTTTTCATACTTCTGGCT;RSEQ=TGAATTAAGAACTTAGGACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:280:280:0,280:1:0,0:235,45 chr3 39175576 . G T 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=39175576;VD=68;AF=0.9714;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=68:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.9846;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=64;HICOV=65;LSEQ=GGGAAGGCCAGGACGTTCAC;RSEQ=TGGGGAATTCGAGACATATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:70:68:0,68:0.9714:0,0:68,0 chr3 39175949 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=39175949;VD=2;AF=0.0143;BIAS=1:0;REFBIAS=1:137;VARBIAS=0:2;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=CACACCTCTGAGGAGCTGTC;RSEQ=GGCAGAGAGGACTCAGTGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:138,2:0.0143:1,137:0,2 chr3 39176106 . C T 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=39176106;VD=27;AF=0.9643;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:25;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=27;HICOV=27;LSEQ=ACTGTAGGTGAAGGCAAGGG;RSEQ=GGGACAGGTTCCTGGGGCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:28:27:0,27:0.9643:0,0:2,25 chr3 39177544 . G A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=39177544;VD=7;AF=0.3182;BIAS=1:0;REFBIAS=15:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.1;SN=14;HIAF=0.3182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=7;HICOV=22;LSEQ=GGGTGACAGGGCGAGACTCC;RSEQ=TCTCAAAAAAAAAAAAAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:7:15,7:0.3182:15,0:7,0 chr3 39178238 . A C 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=39178238;VD=238;AF=0.9958;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=123:115;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46.6;HIAF=0.9957;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=233;HICOV=234;LSEQ=CACCAGCCTGCATCCAACAC;RSEQ=CAGGTCCGACGCCCGCATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:239:238:0,238:0.9958:0,0:123,115 chr3 39178899 . C T 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=628;END=39178899;VD=291;AF=0.4634;BIAS=2:2;REFBIAS=163:171;VARBIAS=139:152;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.81017;ODDRATIO=1.04232;MQ=60;SN=57.2;HIAF=0.4620;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=286;HICOV=619;LSEQ=GTGTGGCTGGTGGGGACTGG;RSEQ=GGGCATGGGCAGGTGGCAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:628:291:334,291:0.4634:163,171:139,152 chr3 39179496 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=39179496;VD=2;AF=0.0175;BIAS=2:2;REFBIAS=75:37;VARBIAS=1:1;PMEAN=64;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=2.01353;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=114;LSEQ=CTGGAGGGACTTTTGCAGGT;RSEQ=AGAGCAGGCCAGGAATGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:114:2:112,2:0.0175:75,37:1,1 chr3 39179522 . G A 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=136;END=39179522;VD=61;AF=0.4485;BIAS=2:2;REFBIAS=61:14;VARBIAS=47:14;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.67036;ODDRATIO=1.29535;MQ=60;SN=60;HIAF=0.4511;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=60;HICOV=133;LSEQ=AGGCCAGGAATGGGAGTGGC;RSEQ=GAACAGGAGGGCTACAGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:136:61:75,61:0.4485:61,14:47,14 chr3 39179536 . A G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=39179536;VD=147;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=123:24;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=144;HICOV=144;LSEQ=AGTGGCGGAACAGGAGGGCT;RSEQ=CAGGGAAAGGGGTTACGCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:147:147:0,147:1:0,0:123,24 chr3 39179909 . G A 334 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=651;END=39179909;VD=648;AF=0.9954;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=320:328;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35;HIAF=0.9984;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=630;HICOV=631;LSEQ=CAGCCAGGGTGCACGTGAAT;RSEQ=GACGTGGGAGGGAGGTGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:651:648:0,648:0.9954:0,0:320,328 chr3 39180099 . T C 334 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=607;END=39180099;VD=604;AF=0.9951;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=316:288;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74.5;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=596;HICOV=598;LSEQ=AAGAAATTTGTGGAGGCCAT;RSEQ=GAAATCTGCAACGATGTAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:607:604:0,604:0.9951:0,0:316,288 chr3 39180162 . A C 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=592;END=39180162;VD=591;AF=0.9983;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=340:251;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52.727;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=580;HICOV=580;LSEQ=CCTGGTGTAGTGGTGGGGAA;RSEQ=CCTGCATGATACTGCACACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:592:591:0,591:0.9983:0,0:340,251 chr3 39180219 . C T 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=600;END=39180219;VD=294;AF=0.49;BIAS=2:2;REFBIAS=172:129;VARBIAS=157:137;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.36561;ODDRATIO=1.16318;MQ=60;SN=35.75;HIAF=0.4914;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=286;HICOV=582;LSEQ=CAGGTCCTCAGGGAGCACCC;RSEQ=GACTACCCCAAGATCAGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:600:294:301,294:0.49:172,129:157,137 chr3 39180263 . G A 332 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=626;END=39180263;VD=623;AF=0.9952;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=288:335;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40.533;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=608;HICOV=608;LSEQ=AATTTTGGAAAAGGCCCGAA;RSEQ=GTCCCTGAGGCCCTAGCTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:626:623:0,623:0.9952:0,0:288,335 chr3 39180486 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=265;END=39180486;VD=3;AF=0.0113;BIAS=2:0;REFBIAS=17:245;VARBIAS=0:3;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0078;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=258;LSEQ=TTTTGCTCTGGGAAGAAAGA;RSEQ=ATCAACTGGCTTAACTTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:265:3:262,3:0.0113:17,245:0,3 chr3 50378141 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=50378141;VD=2;AF=0.1;BIAS=1:2;REFBIAS=18:0;VARBIAS=1:1;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=20;LSEQ=GCGGTGCCCCGCGCGATGCG;RSEQ=AGCGCGTTGGCACGCTCCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:20:2:18,2:0.1:18,0:1,1 chr3 50378437 . GC G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=334;END=50378438;VD=5;AF=0.015;BIAS=2:2;REFBIAS=249:80;VARBIAS=3:2;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.59975;ODDRATIO=2.0698;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0151;ADJAF=0.003;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=5;HICOV=332;LSEQ=GCTGGGCGCGCTCTCGCAGA;RSEQ=CCCCCCCGCCTTGCCCTTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:334:5:329,5:0.015:249,80:3,2 chr3 52350173 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=52350173;VD=3;AF=0.0196;BIAS=1:0;REFBIAS=148:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=GCCCACTGTGTTGCTTGGCA;RSEQ=CTTTCCAGGATTAGCATTCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:3:150,3:0.0196:148,2:3,0 chr3 52356209 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=127;END=52356209;VD=2;AF=0.0157;BIAS=1:0;REFBIAS=125:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=71.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=124;LSEQ=GTGGGCTCATTTCTCACATG;RSEQ=AGTGTCCAGGGCAGGCCCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:127:2:125,2:0.0157:125,0:2,0 chr3 52365603 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=52365603;VD=2;AF=0.0175;BIAS=1:0;REFBIAS=0:111;VARBIAS=0:2;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0192;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=104;LSEQ=GGATGGGCACTTGAACAGCC;RSEQ=TGCCTGTATAACTCCTTGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:114:2:111,2:0.0175:0,111:0,2 chr3 52384497 . A C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=255;END=52384497;VD=3;AF=0.0118;BIAS=2:0;REFBIAS=140:112;VARBIAS=3:0;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.25818;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0081;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=247;LSEQ=CACCTCCCTGGCACACGTGA;RSEQ=GTTCTCATTACCACCTGTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:255:3:252,3:0.0118:140,112:3,0 chr3 52384670 . C A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=227;END=52384670;VD=3;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=98:126;VARBIAS=2:1;PMEAN=13.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.58411;ODDRATIO=2.56088504187047;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=226;LSEQ=TGAGGGGAGCTGCTGAGCTG;RSEQ=AGAGGCTCCCAAATGCCCCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:227:3:224,3:0.0132:98,126:2,1 chr3 52388705 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=52388705;VD=3;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=155:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=156;LSEQ=TTCAGATGAGGGGCTCACAC;RSEQ=GGACTTGTTGCCAGACAAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:3:156,3:0.0189:155,1:3,0 chr3 52390772 . 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T G 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=87;END=52391053;VD=37;AF=0.4253;BIAS=1:1;REFBIAS=0:45;VARBIAS=0:37;PMEAN=23.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=13;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=36;HICOV=84;LSEQ=TGTTTGTCTGTTTTTTTTTT;RSEQ=TTGTTTTTTTTTTTGAAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:87:37:45,37:0.4253:0,45:0,37 chr3 52391056 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=82;END=52391056;VD=4;AF=0.0488;BIAS=1:0;REFBIAS=0:71;VARBIAS=0:4;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.8;SN=3;HIAF=0.0423;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=11;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=3;HICOV=71;LSEQ=TTGTCTGTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTGAAACAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:82:4:71,4:0.0488:0,71:0,4 chr3 52393615 . 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G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=52406495;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=63:231;VARBIAS=1:2;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.51851;ODDRATIO=1.82895603189699;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0069;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=291;LSEQ=CTCCACCAAATTATGCTCCT;RSEQ=GGTTTGCCAGGAACCTCCCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:3:294,3:0.0101:63,231:1,2 chr3 52406647 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=52406647;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=66:108;VARBIAS=1:1;PMEAN=56;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.63153429485088;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=168;LSEQ=GGCTGTGCCCTTGGACAGGG;RSEQ=CCTGGGTCTGTCTGTGAGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:174,2:0.0114:66,108:1,1 chr3 52406674 . 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G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=119;END=52407210;VD=2;AF=0.0168;BIAS=1:0;REFBIAS=1:116;VARBIAS=0:2;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0169;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=118;LSEQ=TTAAAATTAAAGGGGAGGAG;RSEQ=GGGGCCGGCTGGGGGAGGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:119:2:117,2:0.0168:1,116:0,2 chr3 52407324 . T G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=52407324;VD=3;AF=0.1;BIAS=1:0;REFBIAS=1:26;VARBIAS=0:3;PMEAN=8;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0870;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=23;LSEQ=TCTCAGTCCCCAGGTGGCGG;RSEQ=GGTGGCCGCGGGGGCGCGAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:30:3:27,3:0.1:1,26:0,3 chr3 52409058 . 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G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=52416143;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:0;REFBIAS=123:63;VARBIAS=2:0;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.552;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=TGGGAGGATGGAAGGGAAGG;RSEQ=CATTTGGACTGAGGGAACAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:188:2:186,2:0.0106:123,63:2,0 chr3 52417242 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=52417242;VD=2;AF=0.0142;BIAS=1:0;REFBIAS=137:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0147;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=136;LSEQ=GCAAGTCCTAGACTATGACT;RSEQ=CAGGCTAGTCTGTTATGAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:2:137,2:0.0142:137,0:2,0 chr3 52419146 . 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C A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=185;END=52422013;VD=2;AF=0.0108;BIAS=1:0;REFBIAS=182:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=TGGGGACCAAAGATTACCTT;RSEQ=TGGCCAGCCTTTCTGGGCTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:185:2:183,2:0.0108:182,1:2,0 chr3 52425905 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=52425905;VD=2;AF=0.0267;BIAS=1:0;REFBIAS=1:72;VARBIAS=0:2;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0278;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=72;LSEQ=TCACCTCCTCCAGGGACCCC;RSEQ=TCTCTCCTACTGAGCCCTCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:75:2:73,2:0.0267:1,72:0,2 chr3 52426720 . GCCCACCCACCTGCCCCGGGAGTGCCCCGGGCCT G 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=345;END=52426753;VD=11;AF=0.0319;BIAS=2:0;REFBIAS=118:201;VARBIAS=11:0;PMEAN=74.7;PSTD=1;QUAL=27.1;QSTD=1;SBF=2e-05;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.0386;ADJAF=0.0319;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=11;HICOV=285;LSEQ=ATCCAGGTCAGCTGCTGCCT;RSEQ=GCCCCCCACCTCTCCCTGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:345:11:319,11:0.0319:118,201:11,0 chr3 52430698 . A G 328 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=620;END=52430698;VD=602;AF=0.971;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=263:339;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34.412;HIAF=0.9815;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=585;HICOV=596;LSEQ=TGGGAACGCCCTGGAGCGCC;RSEQ=TAAGTTTGGGCCCCTGGGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:620:602:0,602:0.971:0,0:263,339 chr3 52431224 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=52431224;VD=2;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=0:149;VARBIAS=0:2;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=CACAAAGACAGCCTTGGCGA;RSEQ=GGAGTCAGACCCTGCCCACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:2:149,2:0.0132:0,149:0,2 chr3 57130745 . T A 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=57130745;VD=32;AF=0.5614;BIAS=1:1;REFBIAS=0:25;VARBIAS=1:31;PMEAN=24.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.5614;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=32;HICOV=57;LSEQ=GAAGAGATATTTCTTAAAAG;RSEQ=CAAGCGTTTAGGCCGGGCGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:57:32:25,32:0.5614:0,25:1,31 chr3 57136705 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=57136705;VD=2;AF=0.0167;BIAS=2:0;REFBIAS=16:102;VARBIAS=0:2;PMEAN=62;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0174;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=115;LSEQ=TTTCTTTTTAAACATAAGCC;RSEQ=CATAACAGGTTCTAGGACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:2:118,2:0.0167:16,102:0,2 chr3 57137198 . AT A 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=332;END=57137199;VD=6;AF=0.0181;BIAS=2:2;REFBIAS=127:199;VARBIAS=2:4;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.27546;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0183;ADJAF=0.006;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=6;HICOV=327;LSEQ=AAAACAGAGGATGCTGCATT;RSEQ=TTTTTTTTAAAGTGATATAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:332:6:326,6:0.0181:127,199:2,4 chr3 57137208 . A T 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=302;END=57137208;VD=5;AF=0.0166;BIAS=2:2;REFBIAS=108:189;VARBIAS=1:4;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=0.65711;ODDRATIO=2.28034;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0134;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=298;LSEQ=ATGCTGCATTATTTTTTTTT;RSEQ=AAGTGATATATACCAGGTAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:302:5:297,5:0.0166:108,189:1,4 chr3 57139582 . T A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=57139582;VD=3;AF=0.0857;BIAS=1:0;REFBIAS=32:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=8.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=2;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=28;LSEQ=CTCAAAAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=ATATATATATATATATTTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:35:3:32,3:0.0857:32,0:3,0 chr3 57154360 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=294;END=57154360;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=122:168;VARBIAS=2:1;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.57578;ODDRATIO=2.74461369562234;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=279;LSEQ=CCCTGTGGGAAAACAAGAGA;RSEQ=CATGATGCAGAGTGAAGCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:294:3:290,3:0.0102:122,168:2,1 chr3 57176823 . TA T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=37;END=57176824;VD=4;AF=0.1081;BIAS=1:0;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:4;PMEAN=21.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.1081;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=4;HICOV=37;LSEQ=CCTGGGGATAAAGCTTCATT;RSEQ=AAAAAAAAAACTTTAAACTG;DUPRATE=0.019;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:37:4:32,4:0.1081:0,32:0,4 chr3 57198834 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=261;END=57198834;VD=3;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=212:46;VARBIAS=2:1;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.45019;ODDRATIO=2.29508;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=259;LSEQ=GGCTCGGGGGATCCCAGCCC;RSEQ=GGACACGCAGCCCTGGGACG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:261:3:258,3:0.0115:212,46:2,1 chr3 71820969 . T C 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=512;END=71820969;VD=506;AF=0.9883;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=259:247;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.323;HIAF=0.9937;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=475;HICOV=478;LSEQ=TTTAAATTACAACTTAATAC;RSEQ=GCTTTAAAAATGGTAATTAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:512:506:0,506:0.9883:0,0:259,247 chr3 71821490 . T C 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=616;END=71821490;VD=615;AF=0.9984;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=272:343;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.44318;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.636;HIAF=0.9983;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=582;HICOV=583;LSEQ=AAGCTGTAGGTGTATTTGTG;RSEQ=GGCAGGGCACAAATGGGGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:616:615:1,615:0.9984:1,0:272,343 chr3 71821710 . T TA 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=616;END=71821710;VD=176;AF=0.2857;BIAS=2:2;REFBIAS=171:178;VARBIAS=99:76;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.11523;ODDRATIO=1.3551604509974;MQ=60;SN=86.5;HIAF=0.3314;ADJAF=0.0032;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=173;HICOV=522;LSEQ=AAAGTAAAATTCTCTTTCGA;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAATCATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:616:176:349,176:0.2857:171,178:99,76 chr3 71823582 . C T 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=651;END=71823582;VD=316;AF=0.4854;BIAS=2:2;REFBIAS=167:166;VARBIAS=161:155;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.87526;ODDRATIO=1.03244990036858;MQ=60;SN=104.333;HIAF=0.4860;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=313;HICOV=644;LSEQ=TCTTTCGGTGGTACCACATT;RSEQ=GCATTCTTCTTACCTCCTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:651:316:333,316:0.4854:167,166:161,155 chr3 71830862 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=71830862;VD=3;AF=0.0127;BIAS=1:0;REFBIAS=7:226;VARBIAS=0:3;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0093;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=216;LSEQ=CACTTGGACTTTAATAATCA;RSEQ=GTATATTTTTTAAATGATAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:236:3:233,3:0.0127:7,226:0,3 chr3 71834718 . G C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=71834718;VD=4;AF=0.4444;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:4;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=4;HICOV=9;LSEQ=ACTACGTGCGGGGCGCTGTG;RSEQ=ACACATAGGGGGCGGGGGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:4:5,4:0.4444:0,5:0,4 chr3 113005743 . G GT 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=219;END=113005743;VD=80;AF=0.3653;BIAS=1:1;REFBIAS=112:0;VARBIAS=80:0;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.4;SN=39;HIAF=0.3939;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=78;HICOV=198;LSEQ=TCCCAGAAAGACTATATATT;RSEQ=TTTTTTTTTTAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:219:80:112,80:0.3653:112,0:80,0 chr3 113005753 . TA T 121 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=276;END=113005754;VD=10;AF=0.0362;BIAS=0:2;REFBIAS=7:0;VARBIAS=9:1;PMEAN=26.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.0373;ADJAF=0.0181;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=10;HICOV=268;LSEQ=ACTATATATTGTTTTTTTTT;RSEQ=AAAAAAAAAAGAAGAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:276:10:7,10:0.0362:7,0:9,1 chr3 113005754 . A T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=276;END=113005754;VD=244;AF=0.8841;BIAS=0:2;REFBIAS=7:0;VARBIAS=231:13;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.5;HIAF=0.8806;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=236;HICOV=268;LSEQ=CTATATATTGTTTTTTTTTT;RSEQ=AAAAAAAAAAGAAGAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:276:244:7,244:0.8841:7,0:231,13 chr3 113007503 . G T 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=819;END=113007503;VD=401;AF=0.4896;BIAS=2:2;REFBIAS=204:214;VARBIAS=209:192;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.36371;ODDRATIO=1.14170890989633;MQ=60;SN=35.455;HIAF=0.4943;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=390;HICOV=789;LSEQ=AAGGTAGCTGTCAAAATGAA;RSEQ=TCTGGTGAACTTTTCTGAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:819:401:418,401:0.4896:204,214:209,192 chr3 113007525 . G A 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=827;END=113007525;VD=415;AF=0.5018;BIAS=2:2;REFBIAS=202:208;VARBIAS=210:205;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.7279;ODDRATIO=1.05472993639978;MQ=60;SN=68.167;HIAF=0.5025;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=409;HICOV=814;LSEQ=CTGGTGAACTTTTCTGAAGT;RSEQ=ATAGGTGAAACATCTGCTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:827:415:410,415:0.5018:202,208:210,205 chr3 113007603 . A G 337 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=758;END=113007603;VD=753;AF=0.9934;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=372:381;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.12;HIAF=0.9986;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=728;HICOV=729;LSEQ=GCTCTAAAGAGAAATTTAGC;RSEQ=CATGGCTCACAGACCTCCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:758:753:0,753:0.9934:0,0:372,381 chr3 113009036 . T TA 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=660;END=113009036;VD=31;AF=0.047;BIAS=2:2;REFBIAS=354:197;VARBIAS=19:12;PMEAN=53.5;PSTD=1;QUAL=38;QSTD=0;SBF=0.8477;ODDRATIO=1.13466;MQ=61.5;SN=62;HIAF=0.0534;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=31;HICOV=581;LSEQ=ATACAACACAGAAAGTGATT;RSEQ=AAAAAAAAAAGTGGGTGCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:660:31:551,31:0.047:354,197:19,12 chr3 113009188 . GC TG 347 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=797;END=113009189;VD=777;AF=0.9749;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=410:367;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=258;HIAF=0.9898;ADJAF=0.054;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=774;HICOV=782;LSEQ=GTGGCCACCTCTAAGAATAT;RSEQ=TGATGTACAAAGAAAGCAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:797:777:0,777:0.9749:0,0:410,367 chr3 113010466 . T C 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=676;END=113010466;VD=364;AF=0.5385;BIAS=2:2;REFBIAS=118:192;VARBIAS=171:193;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.02348;ODDRATIO=1.44083914471788;MQ=60;SN=90;HIAF=0.5397;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=360;HICOV=667;LSEQ=AATGGGTGGGAGGATAAGAC;RSEQ=GCCTTTCCTACGCAAAAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:676:364:310,364:0.5385:118,192:171,193 chr3 113013169 . C T 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=113013169;VD=13;AF=0.65;BIAS=0:1;REFBIAS=7:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=45.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.6500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=13;HICOV=20;LSEQ=AGATTTCACCACTCAAGATG;RSEQ=CCACTTCAAGTCAAATGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:20:13:7,13:0.65:7,0:13,0 chr3 113013191 . T A 176 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=113013191;VD=37;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=37:0;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=34;HICOV=34;LSEQ=CACTTCAAGTCAAATGAAAT;RSEQ=TGCAGATATTGGAAATACAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:37:37:0,37:1:0,0:37,0 chr3 113015213 . C A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=113015213;VD=2;AF=0.0833;BIAS=1:0;REFBIAS=22:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0833;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=24;LSEQ=TGGTTTTAATTTGCATTTCT;RSEQ=CAATGATTAGTGATGCTGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:24:2:22,2:0.0833:22,0:2,0 chr3 113015464 . G A 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=276;END=113015464;VD=132;AF=0.4783;BIAS=2:2;REFBIAS=128:16;VARBIAS=117:15;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02555;MQ=60;SN=264;HIAF=0.4800;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=132;HICOV=275;LSEQ=GGCAGCCAAAGGGGGCTCGC;RSEQ=GACCAGCTCCAGCTACACAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:276:132:144,132:0.4783:128,16:117,15 chr3 113022870 . T C 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=494;END=113022870;VD=492;AF=0.996;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=215:277;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.43813;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.846;HIAF=0.9958;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=479;HICOV=481;LSEQ=AATTTTCCTCCTGGAGCTCA;RSEQ=GGATTCGTTCTTGCAGCCGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:494:492:1,492:0.996:1,0:215,277 chr3 113023509 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=113023509;VD=2;AF=0.2857;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=6;LSEQ=CCCTCACCAATGAGTAGAGA;RSEQ=TAAGCAAAGGTCATTTTAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:2:4,2:0.2857:4,0:2,0 chr3 113023675 . G T 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=76;END=113023675;VD=76;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=76:0;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=75;HICOV=75;LSEQ=CTGATTTCCAAAGTGCTAAT;RSEQ=GGCCACAGGGAAATATCCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:76:76:0,76:1:0,0:76,0 chr3 113024018 . T C 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=210;END=113024018;VD=210;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=67:143;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=206;HICOV=206;LSEQ=ACCTGTAGAAAGCCCCGTGT;RSEQ=GTGAAATGGTGACAAGACTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:210:210:0,210:1:0,0:67,143 chr3 113024784 . A G 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=113024784;VD=36;AF=0.4932;BIAS=1:1;REFBIAS=37:0;VARBIAS=36:0;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35;HIAF=0.4861;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=35;HICOV=72;LSEQ=AATACATATACATTTATTGT;RSEQ=TGGGGAGGGGCTCCATTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:36:37,36:0.4932:37,0:36,0 chr3 113024805 . AT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=93;END=113024806;VD=3;AF=0.0323;BIAS=1:0;REFBIAS=90:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=27.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0333;ADJAF=0.0108;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=90;LSEQ=TGGGGAGGGGCTCCATTTTC;RSEQ=TTTTTTTACTTATACAGTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:3:90,3:0.0323:90,0:3,0 chr3 113024923 . C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=258;END=113024923;VD=3;AF=0.0116;BIAS=1:0;REFBIAS=245:10;VARBIAS=3:0;PMEAN=12.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=251;LSEQ=TAGGGAGAAAAAAACCTGCC;RSEQ=TTAACATTTGAAATGTTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:258:3:255,3:0.0116:245,10:3,0 chr3 113027214 . A C 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=113027214;VD=63;AF=0.5207;BIAS=1:1;REFBIAS=0:58;VARBIAS=0:63;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=0.5167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=62;HICOV=120;LSEQ=TTCAATGAGTTAGTCACTAG;RSEQ=AAAATAACTCAATATAAGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:121:63:58,63:0.5207:0,58:0,63 chr3 113027283 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=113027283;VD=2;AF=0.0345;BIAS=1:0;REFBIAS=0:56;VARBIAS=0:2;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0345;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=58;LSEQ=CAAACCCAAATGCCTGCAGA;RSEQ=GGTTGTGCAGTTACTATCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:2:56,2:0.0345:0,56:0,2 chr3 113027433 . C CT 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=18;END=113027433;VD=3;AF=0.1667;BIAS=1:0;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:3;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=6;HIAF=0.1875;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=3;HICOV=16;LSEQ=TCAGACAAAAATTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTCTTTTTTCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:18:3:15,3:0.1667:0,15:0,3 chr3 113044930 . CA C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=8;END=113044931;VD=5;AF=0.625;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.7143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=7;LSEQ=AAAGAACTCTCCAAACTCAA;RSEQ=GTAAAAAAAGCAAATGATCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:5:3,5:0.625:3,0:5,0 chr3 113045149 . C T 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=113045149;VD=90;AF=0.4787;BIAS=1:1;REFBIAS=98:0;VARBIAS=90:0;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.4783;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=88;HICOV=184;LSEQ=GAAGACCCTAAGGTTTATGT;RSEQ=TTCTCCTCTTTAGCCCCCAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:188:90:98,90:0.4787:98,0:90,0 chr3 113045215 . T G 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=293;END=113045215;VD=147;AF=0.5017;BIAS=2:2;REFBIAS=129:17;VARBIAS=131:16;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.85557;ODDRATIO=1.07866719880915;MQ=60;SN=28.4;HIAF=0.4982;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=142;HICOV=285;LSEQ=AGTGAAAAAAATAAGGTATC;RSEQ=AATAGGTCCCTTAGTTACCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:293:147:146,147:0.5017:129,17:131,16 chr3 113045561 . A G 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=232;END=113045561;VD=123;AF=0.5302;BIAS=1:1;REFBIAS=2:106;VARBIAS=0:123;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.2175;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60.5;HIAF=0.5330;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=121;HICOV=227;LSEQ=AGAGAGCAATGTACTTTACA;RSEQ=TACAAGGTTACAGTTTACAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:232:123:108,123:0.5302:2,106:0,123 chr3 113045745 . T C 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=113045745;VD=6;AF=0.2857;BIAS=1:0;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:6;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=6;HICOV=20;LSEQ=CCCCCAAAATCTAAATTAAA;RSEQ=TGAAACTTTTCCTTGAAATT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:21:6:15,6:0.2857:0,15:0,6 chr3 113046607 . T C 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=499;END=113046607;VD=287;AF=0.5752;BIAS=2:2;REFBIAS=71:139;VARBIAS=121:166;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.06266;ODDRATIO=1.42600462025497;MQ=60;SN=94.667;HIAF=0.5784;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=284;HICOV=491;LSEQ=TTCATCTGAGTATCTAGTTT;RSEQ=AGTTTCTGATGTCTAAGGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:499:287:210,287:0.5752:71,139:121,166 chr3 113046640 . A G 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=454;END=113046640;VD=180;AF=0.3965;BIAS=2:2;REFBIAS=89:184;VARBIAS=45:135;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.09263;ODDRATIO=1.4499;MQ=60;SN=360;HIAF=0.3991;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=180;HICOV=451;LSEQ=CTAAGGAGACGGAGTTCTGC;RSEQ=TCGAAAGTGACAACCAGTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:454:180:273,180:0.3965:89,184:45,135 chr3 113046785 . TTG T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=175;END=113046787;VD=6;AF=0.0343;BIAS=1:0;REFBIAS=0:167;VARBIAS=0:6;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0351;ADJAF=0.0057;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.2;HICNT=6;HICOV=171;LSEQ=ATGCCCTTATGGATGGAGAA;RSEQ=TGTGTGTGTGTATAGTCACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:6:167,6:0.0343:0,167:0,6 chr3 113047050 . G A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=113047050;VD=3;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:3;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=4;LSEQ=TAGTAAGCACAAATAAATAC;RSEQ=TTTCCCAACTTCTTATGTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:3:1,3:0.75:0,1:0,3 chr3 113048792 . C CA 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=138;END=113048792;VD=5;AF=0.0362;BIAS=1:0;REFBIAS=126:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=10;HIAF=0.0388;ADJAF=0.0072;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=5;HICOV=129;LSEQ=TCTTTGTCAGCTTTCCAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAGTTTAAAAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:5:126,5:0.0362:126,0:5,0 chr3 113048976 . T C 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=436;END=113048976;VD=217;AF=0.4977;BIAS=2:2;REFBIAS=148:67;VARBIAS=150:67;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01347927434884;MQ=60;SN=20.7;HIAF=0.4917;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=207;HICOV=421;LSEQ=CAATTTTTTCCCTTCTCTTC;RSEQ=CTCTTTCAGCTTTAACTAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:436:217:215,217:0.4977:148,67:150,67 chr3 113049270 . T G 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=804;END=113049270;VD=388;AF=0.4826;BIAS=2:2;REFBIAS=206:209;VARBIAS=199:189;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.6719;ODDRATIO=1.0681478316599;MQ=60;SN=54.429;HIAF=0.4866;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=381;HICOV=783;LSEQ=ACTCCGGGGGACTTTTCATC;RSEQ=TTACTTTTCATTTGCTGTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:804:388:415,388:0.4826:206,209:199,189 chr3 113049873 . A G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=113049873;VD=4;AF=0.2353;BIAS=0:0;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:4;PMEAN=58.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.2500;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=16;LSEQ=CTCTCTCCAGGGAGGAAGGG;RSEQ=AAGGCAATTAATTCATTTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:17:4:12,4:0.2353:0,12:0,4 chr3 113052000 . T C 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=113052000;VD=29;AF=0.5577;BIAS=1:1;REFBIAS=22:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=28;HICOV=49;LSEQ=CCATCTATAACCCCCAGATA;RSEQ=ACTGTAAGTATTTGCAGCTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:52:29:22,29:0.5577:22,0:29,0 chr3 113052215 . G T 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=490;END=113052215;VD=260;AF=0.5306;BIAS=2:2;REFBIAS=178:51;VARBIAS=201:59;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02444;MQ=60;SN=25;HIAF=0.5263;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=250;HICOV=475;LSEQ=AATTTAATTAAGAACCCAGG;RSEQ=TGCCTTCTCCATTGTCATAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:490:260:229,260:0.5306:178,51:201,59 chr3 113052456 . CA C 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=419;END=113052457;VD=6;AF=0.0143;BIAS=2:2;REFBIAS=40:160;VARBIAS=1:5;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=31.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.24873;MQ=60;SN=5;HIAF=0.0132;ADJAF=0.0024;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=5;HICOV=380;LSEQ=AGAAAAACAGACAACCCCCC;RSEQ=CACACAAATATGACAATAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:419:6:200,6:0.0143:40,160:1,5 chr3 113052457 . A C 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=419;END=113052457;VD=212;AF=0.506;BIAS=2:2;REFBIAS=40:160;VARBIAS=26:186;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=0.04327;ODDRATIO=1.78591;MQ=60;SN=7.48;HIAF=0.4921;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=187;HICOV=380;LSEQ=GAAAAACAGACAACCCCCCC;RSEQ=CACACAAATATGACAATAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:419:212:200,212:0.506:40,160:26,186 chr3 113052809 . T A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=113052809;VD=4;AF=0.8;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:4;PMEAN=17.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.8000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=16;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=4;HICOV=5;LSEQ=AAAGTCAATTAAACTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTGAGACGGAGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:4:1,4:0.8:0,1:0,4 chr3 113060194 . A AT 115 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=9;END=113060194;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=26.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0.2222;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=CACTCCCATATCAATACTGG;RSEQ=TTTTTTTTTTTAAAAGAAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chr3 113060576 . T TA 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=441;END=113060576;VD=209;AF=0.4739;BIAS=2:2;REFBIAS=156:60;VARBIAS=132:76;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.06111;ODDRATIO=1.49551;MQ=60.2;SN=208;HIAF=0.4906;ADJAF=0.0408;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=208;HICOV=424;LSEQ=TAAAAAGATAAGAGTTTAGG;RSEQ=AAAAAAAAACTCACAGTTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:441:209:216,209:0.4739:156,60:132,76 chr3 113063907 . A G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=113063907;VD=3;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:3;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=5;LSEQ=AATAGAATCCATCTCCCTAC;RSEQ=TATTATATATAATAGACTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:5:3:2,3:0.6:0,2:0,3 chr3 113077374 . G C 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=113077374;VD=77;AF=0.4813;BIAS=1:1;REFBIAS=80:0;VARBIAS=77:0;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.25;HIAF=0.4867;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=73;HICOV=150;LSEQ=TATTATATAATTTTTAAAAT;RSEQ=TAAGTGTTAAACAAATTTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:77:80,77:0.4813:80,0:77,0 chr3 113081702 . T A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=496;END=113081702;VD=5;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=409:82;VARBIAS=4:1;PMEAN=26.4;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.24636;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0062;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=3;HICOV=483;LSEQ=TGTCTCTATAAAAGAAAACT;RSEQ=AAAAGAACTCTTGGGTTCTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:496:5:491,5:0.0101:409,82:4,1 chr3 113082488 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=113082488;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=9:159;VARBIAS=1:1;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.11451;ODDRATIO=16.8123739071957;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=6;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=ATTGGTTCGGTTTTCTTTTT;RSEQ=TGCCAATTTCTAATAATTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:2:168,2:0.0118:9,159:1,1 chr3 113085434 . G T 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=113085434;VD=12;AF=0.4138;BIAS=1:0;REFBIAS=0:17;VARBIAS=0:12;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=0.3929;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=11;HICOV=28;LSEQ=AGAAGAAGATATCAAAGGGG;RSEQ=TCACTTCCAAGATGGCCAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:12:17,12:0.4138:0,17:0,12 chr3 113092197 . A G 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=427;END=113092197;VD=217;AF=0.5082;BIAS=2:2;REFBIAS=160:50;VARBIAS=159:58;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.50579;ODDRATIO=1.16687;MQ=60;SN=35.167;HIAF=0.5060;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=211;HICOV=417;LSEQ=AATTGACAATATCCATGATG;RSEQ=ACAAAAGCATAGACACTAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:427:217:210,217:0.5082:160,50:159,58 chr3 113092564 . A G 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=113092564;VD=69;AF=0.457;BIAS=1:1;REFBIAS=0:80;VARBIAS=0:69;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.5;HIAF=0.4589;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=67;HICOV=146;LSEQ=TAGATTTATTATTTCTATAA;RSEQ=GCATCTCCTTTATCCATTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:69:80,69:0.457:0,80:0,69 chr3 113092679 . C T 165 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=113092679;VD=26;AF=0.5778;BIAS=1:1;REFBIAS=0:19;VARBIAS=0:26;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.5778;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=26;HICOV=45;LSEQ=CACCTCTGACTCCCTACCTA;RSEQ=AGAATTTCATTTTATTTCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:45:26:19,26:0.5778:0,19:0,26 chr3 113097809 . C T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=113097809;VD=5;AF=0.3846;BIAS=0:0;REFBIAS=8:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.3846;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=5;HICOV=13;LSEQ=CAGTCTTGGTTGGAAAAACC;RSEQ=CTAGCCTTTTGCCTTTCTAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:5:8,5:0.3846:8,0:5,0 chr3 113098034 . T TA 60 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=156;END=113098034;VD=3;AF=0.0192;BIAS=1:0;REFBIAS=145:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=38.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0207;ADJAF=0.0064;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=3;HICOV=145;LSEQ=AGTATTTAATAAATGAAATC;RSEQ=AAAAAAAAATAAATAGATAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:3:145,3:0.0192:145,0:3,0 chr3 113098217 . G A 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=413;END=113098217;VD=199;AF=0.4818;BIAS=2:2;REFBIAS=120:94;VARBIAS=112:87;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00841014057237;MQ=60;SN=198;HIAF=0.4925;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=198;HICOV=402;LSEQ=GGATGGGAGAGGGGGTTGAC;RSEQ=GAATAAATATTTCAGGTAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:413:199:214,199:0.4818:120,94:112,87 chr3 113098448 . T C 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=225;END=113098448;VD=105;AF=0.4667;BIAS=2:2;REFBIAS=15:105;VARBIAS=14:91;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07655373617974;MQ=60;SN=12.125;HIAF=0.4512;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=97;HICOV=215;LSEQ=AAACAATTATGACTCATTCG;RSEQ=TCATTTACACCATTAGGGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:225:105:120,105:0.4667:15,105:14,91 chr3 113099499 . C T 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=113099499;VD=32;AF=0.6154;BIAS=1:1;REFBIAS=20:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.6275;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=32;HICOV=51;LSEQ=CAGTCATCTTTGACCTCCTC;RSEQ=CATCCCTCTATCAGGATCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:52:32:20,32:0.6154:20,0:32,0 chr3 113099542 . C T 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=94;END=113099542;VD=40;AF=0.4255;BIAS=1:1;REFBIAS=54:0;VARBIAS=40:0;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=0.4176;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=38;HICOV=91;LSEQ=CTCTTTTCCTCTGCAGACCC;RSEQ=TAAAATTTCCTTCTTTGCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:94:40:54,40:0.4255:54,0:40,0 chr3 113099687 . A G 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=319;END=113099687;VD=165;AF=0.5172;BIAS=2:2;REFBIAS=130:24;VARBIAS=135:30;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.55384;ODDRATIO=1.203;MQ=60;SN=54;HIAF=0.5176;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=162;HICOV=313;LSEQ=ATCAGCACTTAACATAGGAT;RSEQ=TTTTATATTCTAAGGAAAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:319:165:154,165:0.5172:130,24:135,30 chr3 113100123 . G A 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=63;END=113100123;VD=30;AF=0.4762;BIAS=1:1;REFBIAS=0:33;VARBIAS=1:29;PMEAN=29.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.47619;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29;HIAF=0.4833;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=29;HICOV=60;LSEQ=ATCATTATTAAGTGATTAAA;RSEQ=ATTAATAATTATTAAAATTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:63:30:33,30:0.4762:0,33:1,29 chr3 113114780 . G T 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=113114780;VD=77;AF=0.4843;BIAS=1:1;REFBIAS=1:80;VARBIAS=2:75;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.61318;ODDRATIO=2.12345783874461;MQ=60;SN=24.667;HIAF=0.4933;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=74;HICOV=150;LSEQ=TATAGATCACAAAAAAGCAT;RSEQ=TAATAACATAACGCTATCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:77:81,77:0.4843:1,80:2,75 chr3 113114879 . G A 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=101;END=113114879;VD=46;AF=0.4554;BIAS=1:1;REFBIAS=1:54;VARBIAS=0:46;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92;HIAF=0.4646;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=46;HICOV=99;LSEQ=GCTCAATTTTCCCCATTAGA;RSEQ=CATTTGGAAAACCATGTGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:101:46:55,46:0.4554:1,54:0,46 chr3 113115060 . T C 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=113115060;VD=16;AF=0.5517;BIAS=2:2;REFBIAS=11:2;VARBIAS=14:2;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.26210038746482;MQ=60;SN=32;HIAF=0.5517;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=16;HICOV=29;LSEQ=CATAACTATGCTGAATAAAA;RSEQ=ACTGATTATAAATAATACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:29:16:13,16:0.5517:11,2:14,2 chr3 113115698 . T C 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=113115698;VD=77;AF=0.4326;BIAS=1:1;REFBIAS=0:100;VARBIAS=0:77;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.5;HIAF=0.4310;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=75;HICOV=174;LSEQ=CCCATTGGCAATTCTTTATA;RSEQ=CACTTTCTGGTAACCTCTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:77:100,77:0.4326:0,100:0,77 chr3 113115770 . A G 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=101;END=113115770;VD=41;AF=0.4059;BIAS=1:1;REFBIAS=0:60;VARBIAS=0:41;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.2;HIAF=0.3789;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=36;HICOV=95;LSEQ=CCACAGGAAGGATAAACAAC;RSEQ=TTAATTCAAACACTGAATGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:101:41:60,41:0.4059:0,60:0,41 chr3 113115862 . A G 119 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=113115862;VD=11;AF=0.3235;BIAS=1:0;REFBIAS=0:23;VARBIAS=0:11;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=10;HICOV=30;LSEQ=CTCAGTGGTGAATATAAACC;RSEQ=ACTCAGTGCTTGGTTTCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:11:23,11:0.3235:0,23:0,11 chr3 113118906 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=113118906;VD=2;AF=0.0119;BIAS=2:2;REFBIAS=36:130;VARBIAS=1:1;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.393;ODDRATIO=3.57538703564661;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=CATAATTTTTTTAAGTCTTG;RSEQ=CTCACTTTTTACATGTTGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:168:2:166,2:0.0119:36,130:1,1 chr3 113119301 . C T 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=113119301;VD=89;AF=0.4684;BIAS=2:2;REFBIAS=91:9;VARBIAS=77:12;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.36109;ODDRATIO=1.57194;MQ=60;SN=43.5;HIAF=0.4677;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=87;HICOV=186;LSEQ=TCCCCTTTTGGGAAAATCCC;RSEQ=AAATGCTCTTAAGTCAAACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:89:100,89:0.4684:91,9:77,12 chr3 113119368 . T C 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=290;END=113119368;VD=142;AF=0.4897;BIAS=2:2;REFBIAS=90:57;VARBIAS=95:47;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.32913;ODDRATIO=1.27903407346772;MQ=60;SN=27.4;HIAF=0.4858;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=137;HICOV=282;LSEQ=ACAAAACAAGGCCAGACATA;RSEQ=TTTTATTAAGAGTTCCTACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:290:142:147,142:0.4897:90,57:95,47 chr3 113119921 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=113119921;VD=2;AF=0.0144;BIAS=1:0;REFBIAS=133:4;VARBIAS=2:0;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0153;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=131;LSEQ=TGAGATAGATTCTTTTTTAT;RSEQ=TAAAATCATAACGAGAGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:139:2:137,2:0.0144:133,4:2,0 chr3 113120069 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=336;END=113120069;VD=4;AF=0.0119;BIAS=2:2;REFBIAS=208:124;VARBIAS=2:2;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.63248;ODDRATIO=1.67465;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0097;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=310;LSEQ=TGAAAGTTAGGAGAAAATAA;RSEQ=AATAATAGGCAACTTACAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:336:4:332,4:0.0119:208,124:2,2 chr3 113120614 . A G 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=343;END=113120614;VD=159;AF=0.4636;BIAS=2:2;REFBIAS=23:158;VARBIAS=32:127;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.0765;ODDRATIO=1.72807078177922;MQ=60;SN=12.25;HIAF=0.4594;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=147;HICOV=320;LSEQ=AATGAAAAGAAAATACTTTA;RSEQ=TCGATCAGTAGTTTCTGAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:343:159:181,159:0.4636:23,158:32,127 chr3 113120662 . G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=255;END=113120662;VD=3;AF=0.0118;BIAS=1:0;REFBIAS=12:240;VARBIAS=0:3;PMEAN=10.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=235;LSEQ=TTCTAAGCCAGAAAAACCCT;RSEQ=ATTTTTTTTTCAAAAGTCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:255:3:252,3:0.0118:12,240:0,3 chr3 113120716 . A G 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=144;END=113120716;VD=66;AF=0.4583;BIAS=1:1;REFBIAS=0:76;VARBIAS=0:66;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.2;HIAF=0.4552;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=61;HICOV=134;LSEQ=ATGAAAAGTAACAATGAACA;RSEQ=GTGTGATAAGAACACCAGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:144:66:76,66:0.4583:0,76:0,66 chr3 113122524 . T G 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=113122524;VD=85;AF=0.503;BIAS=1:1;REFBIAS=84:0;VARBIAS=85:0;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.333;HIAF=0.4970;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=82;HICOV=165;LSEQ=TAAAATGCAGTAAATTAATT;RSEQ=TGACAAGAATGCAAATATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:169:85:84,85:0.503:84,0:85,0 chr3 113122993 . TA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=196;END=113122994;VD=2;AF=0.0102;BIAS=1:0;REFBIAS=0:194;VARBIAS=0:2;PMEAN=51.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=193;LSEQ=AAAATTTTTAAATGGAAAAA;RSEQ=AAAAAATACAGAAATGAAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:2:194,2:0.0102:0,194:0,2 chr3 113125456 . G A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=113125456;VD=4;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=ACTCCAGCCTGGGCAACAGA;RSEQ=CGAGACCCTGTCTCAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:4:6,4:0.4:6,0:4,0 chr3 113125929 . T A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=113125929;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=34:134;VARBIAS=1:1;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=0.37034;ODDRATIO=3.89893948845914;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=163;LSEQ=GAATGTACCTCAAAGATATT;RSEQ=TATTGATTTTTATTTTAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:2:168,2:0.0118:34,134:1,1 chr3 113126004 . CATTT C 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=99;END=113126008;VD=50;AF=0.5051;BIAS=1:1;REFBIAS=0:50;VARBIAS=0:50;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49;HIAF=0.5000;ADJAF=0.0707;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=49;HICOV=98;LSEQ=TATTATTTCATTCATTCATT;RSEQ=ATCTGATTAAGATTTATTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:99:50:50,50:0.5051:0,50:0,50 chr3 113126043 . C T 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=113126043;VD=72;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:72;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=71;HICOV=71;LSEQ=TATTAAGTATCTACTACCTG;RSEQ=CCGGCAAGGTTGTAGGCAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:72:72:0,72:1:0,0:0,72 chr3 113126090 . C A 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=113126090;VD=26;AF=0.5417;BIAS=1:1;REFBIAS=0:21;VARBIAS=0:26;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.5652;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=26;HICOV=46;LSEQ=TCTGCAATGATCAAAACAGG;RSEQ=GAAAAATAAAATTTCCTGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:48:26:21,26:0.5417:0,21:0,26 chr3 113127728 . A G 96 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=113127728;VD=13;AF=0.2955;BIAS=1:1;REFBIAS=25:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=26.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1.6;HIAF=0.2286;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=19;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=8;HICOV=35;LSEQ=TTCAAAAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AGCCCTTATTTTATCTATGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:13:25,13:0.2955:25,0:13,0 chr3 113127991 . C A 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=473;END=113127991;VD=237;AF=0.5011;BIAS=2:2;REFBIAS=150:85;VARBIAS=163:74;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.28428;ODDRATIO=1.24759837313172;MQ=60;SN=78;HIAF=0.5154;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=234;HICOV=454;LSEQ=GATGTAGTAAGCTGCTCTTC;RSEQ=TTATCAGGATTGAAAGTAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:473:237:235,237:0.5011:150,85:163,74 chr3 113128342 . T G 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=113128342;VD=120;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:120;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=117;HICOV=117;LSEQ=GGCTTTAGAATGAATTATGT;RSEQ=ATATGAAAGGGGAGGGTAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:120:120:0,120:1:0,0:0,120 chr3 113135035 . GT G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=6;END=113135036;VD=3;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=55;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=GCAACCCTTGGTGTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTCCTTTCCATTTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:3:3,3:0.5:3,0:3,0 chr3 113135345 . A C 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=276;END=113135345;VD=146;AF=0.529;BIAS=2:2;REFBIAS=93:37;VARBIAS=108:38;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.68553;ODDRATIO=1.13022446257827;MQ=60;SN=47.667;HIAF=0.5257;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=143;HICOV=272;LSEQ=GTTGTTATCCTTGAACATGA;RSEQ=ATATTTAAATATGCTTCTGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:276:146:130,146:0.529:93,37:108,38 chr3 113138763 . T G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=336;END=113138763;VD=162;AF=0.4821;BIAS=2:2;REFBIAS=156:18;VARBIAS=146:16;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0527423939362;MQ=60;SN=31.4;HIAF=0.4787;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=157;HICOV=328;LSEQ=CTCATGTGAACCCACAATAC;RSEQ=GTGCATGGTGTTGGCATCTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:336:162:174,162:0.4821:156,18:146,16 chr3 113139215 . A C 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=105;END=113139215;VD=54;AF=0.5143;BIAS=1:1;REFBIAS=2:49;VARBIAS=0:54;PMEAN=29.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.23352;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=108;HIAF=0.5143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=54;HICOV=105;LSEQ=GTTTTTAAATTAGGTGAGAA;RSEQ=AAAAAGGCCTGGGCAGGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:105:54:51,54:0.5143:2,49:0,54 chr3 113144706 . AT A 35 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=103;END=113144707;VD=2;AF=0.0194;BIAS=1:0;REFBIAS=101:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0198;ADJAF=0.0097;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=101;LSEQ=CCTAATATGGGTTGGCACAC;RSEQ=TTTTTTATAAAGGGAAGGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:103:2:101,2:0.0194:101,0:2,0 chr3 113144754 . G C 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=113144754;VD=82;AF=0.4767;BIAS=1:1;REFBIAS=90:0;VARBIAS=82:0;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=164;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=82;HICOV=164;LSEQ=AGTTTTTGCCTTGTGAGCCA;RSEQ=ATGGTCTCTGTCACAACTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:82:90,82:0.4767:90,0:82,0 chr3 113145206 . A G 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=256;END=113145206;VD=124;AF=0.4844;BIAS=2:2;REFBIAS=16:113;VARBIAS=14:110;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.84716;ODDRATIO=1.11205;MQ=60;SN=40.333;HIAF=0.4821;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=121;HICOV=251;LSEQ=CAACTTGAATTGTAGTTCCC;RSEQ=TAATCTCCACATGTCATGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:256:124:129,124:0.4844:16,113:14,110 chr3 113145642 . G A 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=113145642;VD=11;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=GAAGATAGGAAGCAGTCATC;RSEQ=GTGAGCATGGAAGGAAGAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:11,0 chr3 113146130 . TG CA 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=510;END=113146131;VD=244;AF=0.4784;BIAS=2:2;REFBIAS=111:151;VARBIAS=91:153;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.27578;ODDRATIO=1.23541;MQ=60;SN=80.333;HIAF=0.4859;ADJAF=0.0216;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=241;HICOV=496;LSEQ=TAAATATGATCCTTCCCCTT;RSEQ=GTAAATGTTTCATCTGTGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:510:244:262,244:0.4784:111,151:91,153 chr3 113146271 . T C 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=221;END=113146271;VD=112;AF=0.5068;BIAS=1:1;REFBIAS=3:106;VARBIAS=1:111;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.36484;ODDRATIO=3.12668;MQ=60;SN=11.444;HIAF=0.4976;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=103;HICOV=207;LSEQ=TAAAACTTCCAATTTCCTTG;RSEQ=GCTATAGATGTAATAAATCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:221:112:109,112:0.5068:3,106:1,111 chr3 113146448 . A G 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=113146448;VD=10;AF=0.4167;BIAS=1:0;REFBIAS=0:14;VARBIAS=0:10;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=32;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9;HIAF=0.3913;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.4;HICNT=9;HICOV=23;LSEQ=ACAAGAAGTAAAAGATAAAA;RSEQ=GAAAGAGGTTAGTATGCTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:24:10:14,10:0.4167:0,14:0,10 chr3 113152265 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=55;END=113152265;VD=2;AF=0.0364;BIAS=1:0;REFBIAS=53:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=40;LSEQ=TAGCCTGGGCAACAAGAGCA;RSEQ=AACTCCATCTCAAAAAAAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:55:2:53,2:0.0364:53,0:2,0 chr3 113152611 . T C 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=113152611;VD=62;AF=0.4429;BIAS=1:1;REFBIAS=0:78;VARBIAS=0:62;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=124;HIAF=0.4429;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=62;HICOV=140;LSEQ=TTCATTAGCACCAAACACCA;RSEQ=GTGTGTCAATAATCCTTGTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:62:78,62:0.4429:0,78:0,62 chr3 113160078 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=107;END=113160078;VD=2;AF=0.0187;BIAS=1:0;REFBIAS=105:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=16.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=105;LSEQ=CCTGGCTGGCTTCCGCCCGG;RSEQ=CAGACTGACAGGGTCTTGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:107:2:105,2:0.0187:105,0:2,0 chr3 113160147 . T A 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=200;END=113160147;VD=99;AF=0.495;BIAS=1:1;REFBIAS=100:1;VARBIAS=98:1;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02031;MQ=60;SN=198;HIAF=0.5103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=99;HICOV=194;LSEQ=TCCGAGCCTGAGAATACTCG;RSEQ=GGCTTCAAAAGTTTGCTGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:200:99:101,99:0.495:100,1:98,1 chr3 113161265 . G A 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=113161265;VD=13;AF=0.5417;BIAS=0:1;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:13;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.5417;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=13;HICOV=24;LSEQ=CATACACTGCTGTTGGGAAT;RSEQ=TAAAATGGCATAACCACTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:24:13:11,13:0.5417:0,11:0,13 chr3 113161331 . G C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=113161331;VD=2;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:2;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=5;LSEQ=AAAAGTTAAACATACACAAA;RSEQ=TCATTCCACATCCAAGATAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:5:2:3,2:0.4:0,3:0,2 chr3 119421776 . C G 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=119421776;VD=49;AF=0.4298;BIAS=1:1;REFBIAS=62:1;VARBIAS=47:2;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.58013;ODDRATIO=2.61576;MQ=60;SN=23.5;HIAF=0.4393;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=47;HICOV=107;LSEQ=CTGACCCTGGCCTGGCCACT;RSEQ=CTGCTTTCACTTCTCTCCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:114:49:63,49:0.4298:62,1:47,2 chr3 119422204 . T C 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=119422204;VD=266;AF=0.9925;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=38:228;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=65.5;HIAF=0.9962;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=262;HICOV=263;LSEQ=CCTCTTGCCCACGGTTGTCC;RSEQ=TGGTCGGGTGGGGGCAGCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:268:266:0,266:0.9925:0,0:38,228 chr3 119422312 . T C 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=119422312;VD=150;AF=0.974;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:150;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49;HIAF=0.9866;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=147;HICOV=149;LSEQ=GCTCCGCTTCGGGGGGCGAT;RSEQ=TTCCTGAAACCTGTTCCGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:154:150:0,150:0.974:0,0:0,150 chr3 119422416 . G T 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=54;END=119422416;VD=54;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:54;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=53;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=53;HICOV=53;LSEQ=ATAAAATGCCCTACAAAAAT;RSEQ=ATCTTTTCTCTCCAACTCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:54:54:0,54:1:0,0:0,54 chr3 119425349 . A G 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=39;END=119425349;VD=39;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=39:0;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=37;HICOV=37;LSEQ=GCTCAAAAGGAGTTTTGTTC;RSEQ=TAGGAGAGAAGAAAGTGTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:39:39:0,39:1:0,0:39,0 chr3 119425908 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=119425908;VD=3;AF=0.0122;BIAS=2:0;REFBIAS=19:223;VARBIAS=0:3;PMEAN=23.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=231;LSEQ=ATACGTGTGGCTCATTGTGA;RSEQ=GATTAAGTCACCAATAATGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:3:242,3:0.0122:19,223:0,3 chr3 119426307 . T C 329 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=579;END=119426307;VD=577;AF=0.9965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=311:266;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47.083;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=565;HICOV=565;LSEQ=CTGATCCATTATCCAAGATA;RSEQ=TCTCTATATTGGAGCAAGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:579:577:0,577:0.9965:0,0:311,266 chr3 119427111 . CA C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=10;END=119427112;VD=5;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=19;MSI=20;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=5;HICOV=10;LSEQ=GACAGAGCGAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:5:4,5:0.5:4,0:5,0 chr3 119427673 . G A 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=119427673;VD=159;AF=0.9938;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:159;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78.5;HIAF=0.9937;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=157;HICOV=158;LSEQ=TGATCTAATCGTTAAAACAG;RSEQ=AATGTAGGCTAAGATATATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:160:159:0,159:0.9938:0,0:0,159 chr3 119427752 . A C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=119427752;VD=2;AF=0.0274;BIAS=1:0;REFBIAS=0:71;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0278;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=72;LSEQ=GATGATAAATAGATTGCTCA;RSEQ=GGTCATATAAGCTAGCAAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:2:71,2:0.0274:0,71:0,2 chr3 119427764 . C A 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=119427764;VD=64;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:64;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=60;HICOV=60;LSEQ=ATTGCTCAAGGTCATATAAG;RSEQ=TAGCAAGGGGTAGATCTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:64:64:0,64:1:0,0:0,64 chr3 119428425 . T A 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=98;END=119428425;VD=98;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=98:0;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=96;HICOV=96;LSEQ=CCCATCTGAAGAGAAAATAC;RSEQ=GGAGTGTTTATTAAGAATGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:98:98:0,98:1:0,0:98,0 chr3 119434527 . G C 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=472;END=119434527;VD=471;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=223:248;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=459;HICOV=459;LSEQ=TTCAAACAGATCCATACTCT;RSEQ=CAGAATATGTAGTATGTCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:472:471:0,471:0.9979:0,0:223,248 chr3 119444814 . C T 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=135;END=119444814;VD=133;AF=0.9852;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=133:0;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=266;HIAF=0.9852;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=133;HICOV=135;LSEQ=CATGCAACTAAAATGTCTTA;RSEQ=GGCTCAATTACTAGCAAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:135:133:0,133:0.9852:0,0:133,0 chr3 119449448 . A AGTGTGTGTGTGTGTGT 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=70;END=119449448;VD=15;AF=0.2143;BIAS=1:1;REFBIAS=0:24;VARBIAS=0:15;PMEAN=56.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.8;SN=30;HIAF=0.3659;ADJAF=0.1571;SHIFT3=49;MSI=32;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=15;HICOV=41;LSEQ=GGTAGTCGAGTTACTGAGAT;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:70:15:24,15:0.2143:0,24:0,15 chr3 119456591 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=50;END=119456591;VD=2;AF=0.04;BIAS=1:0;REFBIAS=0:48;VARBIAS=0:2;PMEAN=63;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0408;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=49;LSEQ=AATCAGCATCAGAAGGTAGT;RSEQ=CTCATGTATATGAAATAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:50:2:48,2:0.04:0,48:0,2 chr3 119459679 . CATT ATTTTG 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=153;END=119459682;VD=8;AF=0.0523;BIAS=1:0;REFBIAS=0:141;VARBIAS=0:8;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=26.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0550;ADJAF=0.0392;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=6;HICOV=109;LSEQ=CAATCCCATCACTCTGTCAG;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:8:141,8:0.0523:0,141:0,8 chr3 119459682 . T TTG 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=145;END=119459682;VD=99;AF=0.6828;BIAS=1:1;REFBIAS=0:30;VARBIAS=0:99;PMEAN=47.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.3;SN=198;HIAF=0.7388;ADJAF=0.0414;SHIFT3=40;MSI=21;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=99;HICOV=134;LSEQ=TCCCATCACTCTGTCAGCAT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:145:99:30,99:0.6828:0,30:0,99 chr3 119462668 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=163;END=119462668;VD=2;AF=0.0123;BIAS=1:0;REFBIAS=161:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=156;LSEQ=TTTCCTCATAAGAACTTGGG;RSEQ=TGGAGCCAATTGAGAGGTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:163:2:161,2:0.0123:161,0:2,0 chr3 119465929 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=475;END=119465929;VD=5;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=373:97;VARBIAS=4:1;PMEAN=46.8;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0401389625654;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0068;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=3;HICOV=444;LSEQ=TGTTGTTTACAACAGCATAC;RSEQ=TGTTTTAGTGAGGGTATTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:475:5:470,5:0.0105:373,97:4,1 chr3 119467139 . A G 115 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=119467139;VD=11;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:11;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=ACCGTGAATGTTAAAAAGGA;RSEQ=GGGTGCTAGAAAGGTCTAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:0,11 chr3 119469439 . C T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=119469439;VD=6;AF=0.375;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3750;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=6;HICOV=16;LSEQ=TCACATGAAGTGCTTCAATG;RSEQ=TGAATAGGTTGGTACAAACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:6:9,6:0.375:9,0:6,0 chr3 119499015 . A G 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=119499015;VD=32;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=32;HICOV=32;LSEQ=GACTTCACACCACAGACCCA;RSEQ=AGGAAAAGAGACCCAAAGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:32:32:0,32:1:0,0:32,0 chr3 119499151 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=225;END=119499151;VD=3;AF=0.0133;BIAS=1:0;REFBIAS=222:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0090;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=221;LSEQ=AAGAGAGAGAAGGTCAGGCC;RSEQ=TTGTGAGCCAGAAGGGATTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:225:3:222,3:0.0133:222,0:3,0 chr3 119499507 . T C 348 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=817;END=119499507;VD=814;AF=0.9963;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=384:430;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=57.143;HIAF=0.9988;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.7;HICNT=800;HICOV=801;LSEQ=AGTATTTCACTTACTCTTTT;RSEQ=CTTTCCAATATCCTCATGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:817:814:0,814:0.9963:0,0:384,430 chr3 119499608 . A G 352 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=842;END=119499608;VD=840;AF=0.9976;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=448:392;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.9988;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=832;HICOV=833;LSEQ=AGTGGGATTTGTAATCCAAT;RSEQ=CCTCCTAGCCCTAGCAGAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:842:840:0,840:0.9976:0,0:448,392 chr3 119500664 . A G 348 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=867;END=119500664;VD=861;AF=0.9931;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=395:466;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.05;HIAF=0.9964;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=841;HICOV=844;LSEQ=CCCTCAGACTGATGAAATGC;RSEQ=CTCAGAATTACTTAGACAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:867:861:1,861:0.9931:0,1:395,466 chr3 119501039 . C A 336 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=693;END=119501039;VD=683;AF=0.9856;BIAS=0:2;REFBIAS=0:2;VARBIAS=309:374;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.50406;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.176;HIAF=0.9925;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=666;HICOV=671;LSEQ=GCTAATACTCCTGTCCTGAA;RSEQ=AAGGCAGCGGCTCCTTGGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:693:683:2,683:0.9856:0,2:309,374 chr3 119501307 . GA G 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=293;END=119501308;VD=12;AF=0.041;BIAS=2:2;REFBIAS=74:205;VARBIAS=3:9;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.08263;MQ=60;SN=24;HIAF=0.0424;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=12;HICOV=283;LSEQ=GTCTCCTCATTTCTAGGGTG;RSEQ=AAAAAAAAAGCATGAAAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:293:12:279,12:0.041:74,205:3,9 chr3 119501506 . T G 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=364;END=119501506;VD=168;AF=0.4615;BIAS=2:2;REFBIAS=139:57;VARBIAS=130:38;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.1881;ODDRATIO=1.40156133933202;MQ=60;SN=336;HIAF=0.4706;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=168;HICOV=357;LSEQ=AATACCACCTCCAAGGACTG;RSEQ=GGGAGCTGGGGACTATGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:364:168:196,168:0.4615:139,57:130,38 chr3 119501780 . G A 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=321;END=119501780;VD=320;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=73:247;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=304;HICOV=304;LSEQ=GCATGTGGTCAGTGCCACCA;RSEQ=GTCCTTCTTCTCTCCACTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:321:320:0,320:0.9969:0,0:73,247 chr3 119501798 . T A 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=280;END=119501798;VD=278;AF=0.9929;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=47:231;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.636;HIAF=0.9922;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=256;HICOV=258;LSEQ=CAGGTCCTTCTTCTCTCCAC;RSEQ=TTACAGCCCAGCTCGGCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:280:278:0,278:0.9929:0,0:47,231 chr3 119501960 . T C 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=104;END=119501960;VD=104;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:103;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=102;HICOV=102;LSEQ=CATGGCCTCTAATGATATGG;RSEQ=CAGAGTTGAAAGGATGCTAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:104:104:0,104:1:0,0:1,103 chr3 119502069 . T C 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=119502069;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:20;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=CTTTAAAAATATTTTAGTTA;RSEQ=GTCATAAAAGTCTAAACCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:0,20 chr3 119525924 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=119525924;VD=2;AF=0.0137;BIAS=1:0;REFBIAS=143:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=16;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0140;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=143;LSEQ=TCTTTATAACAATTCCAACC;RSEQ=CCATTCCCCGCTTTTTTTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:146:2:144,2:0.0137:143,1:2,0 chr3 119526349 . G A 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=294;END=119526349;VD=151;AF=0.5136;BIAS=2:2;REFBIAS=40:103;VARBIAS=35:116;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.35275;ODDRATIO=1.28598;MQ=60;SN=36.75;HIAF=0.5104;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=147;HICOV=288;LSEQ=CCACTGACCCACTGGGTAAC;RSEQ=TCTCAGGGCCTCAGCTTGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:294:151:143,151:0.5136:40,103:35,116 chr3 119526372 . G A 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=246;END=119526372;VD=134;AF=0.5447;BIAS=2:2;REFBIAS=12:100;VARBIAS=20:114;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.34862;ODDRATIO=1.45976877262642;MQ=60;SN=11.182;HIAF=0.5234;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=123;HICOV=235;LSEQ=TCAGGGCCTCAGCTTGACCT;RSEQ=TCCCCCAGGTTCAGAGTGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:246:134:112,134:0.5447:12,100:20,114 chr3 119526654 . T C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=119526654;VD=6;AF=0.375;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:6;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=16;LSEQ=AATGGCATAAAATAAATGCT;RSEQ=AGACCATGGGAAGAGAAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:6:9,6:0.375:0,9:0,6 chr3 119529113 . G T 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=375;END=119529113;VD=173;AF=0.4613;BIAS=2:2;REFBIAS=56:146;VARBIAS=53:120;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.56929;ODDRATIO=1.15105263763712;MQ=60;SN=27.833;HIAF=0.4563;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=167;HICOV=366;LSEQ=AAGGACGTGCCGTGGGTGTG;RSEQ=GCATGCTTGTGTGGAGATGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:375:173:202,173:0.4613:56,146:53,120 chr3 119530027 . G A 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=119530027;VD=5;AF=0.4167;BIAS=0:0;REFBIAS=7:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=28.4;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.4167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=5;HICOV=12;LSEQ=CACAAAGGAGAAACCTGGAG;RSEQ=CAGGAGAGGTTAAGGAGGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:5:7,5:0.4167:7,0:5,0 chr3 119530858 . G A 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=119530858;VD=31;AF=0.4769;BIAS=1:1;REFBIAS=1:32;VARBIAS=0:31;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.4762;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=30;HICOV=63;LSEQ=AGGGAGGGGCAGGACCCCCC;RSEQ=GTGATTCTGTTGCAGGTTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:65:31:33,31:0.4769:1,32:0,31 chr3 119533733 . G A 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=282;END=119533733;VD=132;AF=0.4681;BIAS=2:2;REFBIAS=128:22;VARBIAS=105:27;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.2115;ODDRATIO=1.49393;MQ=60;SN=65;HIAF=0.4676;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=130;HICOV=278;LSEQ=CCATCCTCCCTCTTCCTCTC;RSEQ=CCCCCAACTTCTGGATTATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:282:132:150,132:0.4681:128,22:105,27 chr3 119533773 . T C 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=359;END=119533773;VD=357;AF=0.9944;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=277:80;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.625;HIAF=0.9943;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=349;HICOV=351;LSEQ=GGGATGGCTGCTGGTGCCGG;RSEQ=CTGTGGGCTGCCTCCCAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:359:357:1,357:0.9944:1,0:277,80 chr3 119533910 . T C 325 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=490;END=119533910;VD=489;AF=0.998;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=275:214;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=483;HICOV=483;LSEQ=AGATTCAACACAGTGTTCAA;RSEQ=GCGGAGACTGGAACCTGGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:490:489:0,489:0.998:0,0:275,214 chr3 119534153 . C T 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=454;END=119534153;VD=226;AF=0.4978;BIAS=2:2;REFBIAS=101:127;VARBIAS=92:134;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.44908;ODDRATIO=1.15796;MQ=60;SN=74.333;HIAF=0.4989;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=223;HICOV=447;LSEQ=CTGAGAAGCTGCCCCTCCAT;RSEQ=CTGTTACCATCCACAGGTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:454:226:228,226:0.4978:101,127:92,134 chr3 119535674 . GA G 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=88;END=119535675;VD=40;AF=0.4545;BIAS=1:1;REFBIAS=37:1;VARBIAS=39:1;PMEAN=27.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.05336338930204;MQ=60;SN=80;HIAF=0.4819;ADJAF=0.1136;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=40;HICOV=83;LSEQ=CGAGATCCTGTCCCTTTAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAGACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:88:40:38,40:0.4545:37,1:39,1 chr3 119535796 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=119535796;VD=3;AF=0.011;BIAS=2:0;REFBIAS=246:24;VARBIAS=3:0;PMEAN=25.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=261;LSEQ=CTTACGGAATTCAGCCAAGC;RSEQ=TTGTCTCTTGGCTGACCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:273:3:270,3:0.011:246,24:3,0 chr3 119536429 . G A 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=833;END=119536429;VD=398;AF=0.4778;BIAS=2:2;REFBIAS=218:215;VARBIAS=199:199;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.94469;ODDRATIO=1.01394;MQ=60;SN=43.222;HIAF=0.4756;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=389;HICOV=818;LSEQ=GGGACCAAGCGACCAAGGAT;RSEQ=GGCCATCTGGGGTCTATGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:833:398:433,398:0.4778:218,215:199,199 chr3 119536581 . C T 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=683;END=119536581;VD=322;AF=0.4714;BIAS=2:2;REFBIAS=160:200;VARBIAS=144:178;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0112245929821;MQ=60;SN=63.4;HIAF=0.4703;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=317;HICOV=674;LSEQ=GGCCTGTACTCATCGGCAGG;RSEQ=GCATGAGTATCTGTGGGAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:683:322:360,322:0.4714:160,200:144,178 chr3 119536817 . G A 335 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=646;END=119536817;VD=639;AF=0.9892;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=343:296;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52.25;HIAF=0.9937;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=627;HICOV=631;LSEQ=AAACAAACAGAAACACAAAC;RSEQ=ATTTGGATCAAAAGGAGAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:646:639:0,639:0.9892:0,0:343,296 chr3 119536926 . A G 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=667;END=119536926;VD=666;AF=0.9985;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=428:238;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=658;HICOV=658;LSEQ=GTACCCAAGTGAAGGTTCCC;RSEQ=AGGACATGAGTCTGTAGGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:667:666:0,666:0.9985:0,0:428,238 chr3 119537254 . A C 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=572;END=119537254;VD=280;AF=0.4895;BIAS=2:2;REFBIAS=122:170;VARBIAS=121:159;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.73582;ODDRATIO=1.0602879742138;MQ=60;SN=55;HIAF=0.4946;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=275;HICOV=556;LSEQ=TATAAGGCATTCCACACCTA;RSEQ=GAACTAGTTTTGGGAAATGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:572:280:292,280:0.4895:122,170:121,159 chr3 119537291 . T C 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=540;END=119537291;VD=255;AF=0.4722;BIAS=2:2;REFBIAS=97:188;VARBIAS=87:168;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.003673444808;MQ=60;SN=14.938;HIAF=0.4641;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=239;HICOV=515;LSEQ=ATGTAGCCCTGGGTTTAATG;RSEQ=CAAATCAAGGCAAAAGGAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:540:255:285,255:0.4722:97,188:87,168 chr3 119537353 . T C 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=412;END=119537353;VD=409;AF=0.9927;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=75:334;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.182;HIAF=0.9925;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=398;HICOV=401;LSEQ=GAGGGGTAAACTTTTTTGGC;RSEQ=TTTTTCTGGGGAAAATAATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:412:409:0,409:0.9927:0,0:75,334 chr3 119552507 . CT C 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=62;END=119552508;VD=30;AF=0.4839;BIAS=1:1;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:30;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=0.4839;ADJAF=0.0645;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=30;HICOV=62;LSEQ=CTTTTTGTGTTTTACATGCA;RSEQ=TTATAAGTACACTTGGAAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:62:30:32,30:0.4839:0,32:0,30 chr3 119552511 . AT A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=58;END=119552512;VD=4;AF=0.069;BIAS=1:0;REFBIAS=0:54;VARBIAS=0:4;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0556;ADJAF=0.0517;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=54;LSEQ=TTGTGTTTTACATGCACTTT;RSEQ=AAGTACACTTGGAAACATTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:4:54,4:0.069:0,54:0,4 chr3 123418888 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=123418888;VD=2;AF=0.0156;BIAS=1:0;REFBIAS=124:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=120;LSEQ=TTCCTGGGAGAGGATGATGA;RSEQ=CTTGGTGGTCTTGAGGGTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:128:2:125,2:0.0156:124,1:2,0 chr3 123418913 . G A 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=123418913;VD=144;AF=0.9863;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=143:1;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=288;HIAF=0.9931;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=144;HICOV=145;LSEQ=GTGGTCTTGAGGGTCTTTCC;RSEQ=TTCAGCGTCCAGATGATGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:146:144:0,144:0.9863:0,0:143,1 chr3 123419116 . GTTC G 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=451;END=123419119;VD=223;AF=0.4945;BIAS=2:2;REFBIAS=123:105;VARBIAS=133:90;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.25404;ODDRATIO=1.26085914942442;MQ=60;SN=446;HIAF=0.5057;ADJAF=0.051;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.2;HICNT=223;HICOV=441;LSEQ=ATTCTTAACGTCTTTCTTGA;RSEQ=TTCTTTGCTAGCGGATTTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:451:223:228,223:0.4945:123,105:133,90 chr3 123419288 . C T 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=123419288;VD=102;AF=0.5178;BIAS=1:1;REFBIAS=4:90;VARBIAS=0:102;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.05114;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.5;HIAF=0.5131;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=98;HICOV=191;LSEQ=TTGCTCAGGGGCTTGGAACT;RSEQ=TCCACTGCCTTGGCATTCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:197:102:94,102:0.5178:4,90:0,102 chr3 123419385 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=123419385;VD=2;AF=0.0167;BIAS=1:0;REFBIAS=1:117;VARBIAS=0:2;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=120;LSEQ=CTGAGCGAAAATCCGGGGTG;RSEQ=CAGGTTTTGGCGGTGGCACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:2:118,2:0.0167:1,117:0,2 chr3 123419408 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=108;END=123419408;VD=2;AF=0.0185;BIAS=1:0;REFBIAS=2:104;VARBIAS=0:2;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0185;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=108;LSEQ=GGTTTTGGCGGTGGCACCTT;RSEQ=TCAGGCACGGGGGTCTTGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:108:2:106,2:0.0185:2,104:0,2 chr3 128344786 . G A 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=486;END=128344786;VD=483;AF=0.9938;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=262:221;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.833;HIAF=0.9979;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=465;HICOV=466;LSEQ=ATCACAGGGCGGCCAAATGT;RSEQ=TCCAGATAGGTGTAGTGCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:486:483:0,483:0.9938:0,0:262,221 chr3 128345179 . A G 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=128345179;VD=11;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:11;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=CTGTACATCCTACCCAGTGA;RSEQ=TCCCTGGGAGGCTTGAACAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:0,11 chr3 132106045 . C T 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=132106045;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=19:1;PMEAN=26.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=ACAATATGCAATAATAGTGA;RSEQ=ATCTTTCAGAAAGAGATGTT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:19,1 chr3 132106200 . T C 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=132106200;VD=146;AF=0.9932;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=146:0;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=145;HIAF=0.9932;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=145;HICOV=146;LSEQ=AGAAGGGTGAGACTATAATG;RSEQ=ACCTGATAGCAAATGGGAAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:147:146:0,146:0.9932:0,0:146,0 chr3 132106358 . A G 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=428;END=132106358;VD=427;AF=0.9977;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=304:123;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.467;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=412;HICOV=412;LSEQ=TGTTCCAAAAAGCCAAAAAC;RSEQ=TGTATTATCCAACTCTAATA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:428:427:0,427:0.9977:0,0:304,123 chr3 132106423 . CCAGA C 330 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=539;END=132106427;VD=531;AF=0.9852;BIAS=2:2;REFBIAS=3:2;VARBIAS=290:241;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.24605;MQ=60;SN=176;HIAF=0.9925;ADJAF=0.0816;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=528;HICOV=532;LSEQ=AGAGTCATCACCTAAATTAC;RSEQ=CAGTCACCTGTATTCCAGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:539:531:5,531:0.9852:3,2:290,241 chr3 132106523 . T TA 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=393;END=132106523;VD=6;AF=0.0153;BIAS=2:2;REFBIAS=76:290;VARBIAS=1:5;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.30946;MQ=63.2;SN=12;HIAF=0.0164;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=6;HICOV=365;LSEQ=ATGAGTTAGGATTCCAAATT;RSEQ=AAAAAAAAACTACAAGATTA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:393:6:366,6:0.0153:76,290:1,5 chr3 132106723 . G A 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=132106723;VD=51;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:50;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=49;HICOV=49;LSEQ=CAACATCTTGAGAACTCATC;RSEQ=TTGTTTGAAGGGTCCTTGTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:51:0,51:1:0,0:1,50 chr3 132106830 . G A 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=132106830;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:9;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.7;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=TGCCATTTATTTAGTTCATG;RSEQ=TGGTCCTTCACCTGGTTTCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:0,9 chr3 137785127 . T G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=137785127;VD=2;AF=0.1429;BIAS=0:0;REFBIAS=12:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1429;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=14;LSEQ=CTTCAAGTTGTAACTGAGGT;RSEQ=TACCTTGGAGGCTACTTTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:14:2:12,2:0.1429:12,0:2,0 chr3 151153039 . TATCA T 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=18;END=151153043;VD=11;AF=0.6111;BIAS=0:0;REFBIAS=7:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=23.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.6111;ADJAF=0.2778;SHIFT3=8;MSI=3;MSILEN=4;NM=0.6;HICNT=11;HICOV=18;LSEQ=CAAATGGAGTCAGCTATACC;RSEQ=ATCAATCACAGTTCTTGGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:18:11:7,11:0.6111:7,0:11,0 chr3 151153218 . A ATAAG 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=165;END=151153218;VD=69;AF=0.4182;BIAS=1:1;REFBIAS=92:0;VARBIAS=67:2;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.18214;ODDRATIO=0;MQ=60.7;SN=138;HIAF=0.4367;ADJAF=0.0788;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.2;HICNT=69;HICOV=158;LSEQ=ACAGGGTACTAACATCAGAC;RSEQ=TAAGTTGCAACCAGGTCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:69:92,69:0.4182:92,0:67,2 chr3 151153412 . T TTAAG 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=421;END=151153412;VD=195;AF=0.4632;BIAS=2:2;REFBIAS=116:108;VARBIAS=91:103;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.3284;ODDRATIO=1.21513;MQ=60;SN=390;HIAF=0.4745;ADJAF=0.0594;SHIFT3=10;MSI=3;MSILEN=4;NM=0.3;HICNT=195;HICOV=411;LSEQ=TTATAAAGCTCCTATAATTC;RSEQ=TAAGTAAGTACTAGGTGAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:421:195:224,195:0.4632:116,108:91,103 chr3 154018887 . G C 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=447;END=154018887;VD=210;AF=0.4698;BIAS=2:2;REFBIAS=143:93;VARBIAS=109:101;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.06957;ODDRATIO=1.42361;MQ=60;SN=51.5;HIAF=0.4758;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=206;HICOV=433;LSEQ=TGAAACCCCTCTTAAACTGG;RSEQ=ATCTGTGTTCTTTTTGTTCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:447:210:236,210:0.4698:143,93:109,101 chr3 154019113 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=154019113;VD=3;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=0:156;VARBIAS=0:3;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=TATTTTGGATAAAAATCATT;RSEQ=TTCTTTATTGAAGTATATAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:3:156,3:0.0189:0,156:0,3 chr3 172631633 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=172631633;VD=2;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=15:166;VARBIAS=1:1;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.16766;ODDRATIO=10.7480653482373;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=180;LSEQ=TTAAAAAATCATTTGTACGC;RSEQ=GATGATTTTATTACTCATCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:2:181,2:0.0109:15,166:1,1 chr3 172634025 . T TTG 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=331;END=172634025;VD=125;AF=0.3776;BIAS=2:2;REFBIAS=167:35;VARBIAS=105:20;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.87922;ODDRATIO=1.1000132001584;MQ=60;SN=124;HIAF=0.3827;ADJAF=0.0725;SHIFT3=1;MSI=17;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=124;HICOV=324;LSEQ=CATTTATTACCACAGGATTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTCCCCAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:331:125:202,125:0.3776:167,35:105,20 chr3 172642105 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=264;END=172642105;VD=3;AF=0.0114;BIAS=2:0;REFBIAS=102:159;VARBIAS=0:3;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.28604;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0080;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=251;LSEQ=CAGACCGAAAGGTGTTTTAT;RSEQ=CTCTAAAAATTGTAACAATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:264:3:261,3:0.0114:102,159:0,3 chr3 172642861 . A G 166 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=172642861;VD=27;AF=0.45;BIAS=1:1;REFBIAS=31:1;VARBIAS=27:0;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.4407;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=26;HICOV=59;LSEQ=TCTACCTCTGCTAATTGATA;RSEQ=TGATGAAAACTAGTATTCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:27:32,27:0.45:31,1:27,0 chr3 172694861 . T TA 110 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=218;END=172694861;VD=7;AF=0.0321;BIAS=2:2;REFBIAS=67:131;VARBIAS=4:3;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=1;SBF=0.23834;ODDRATIO=2.59383186781833;MQ=63.6;SN=14;HIAF=0.0355;ADJAF=0.0046;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=7;HICOV=197;LSEQ=TCCTAAGAACAAGGACAGAT;RSEQ=AAAAAAAAAACAAAAACAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:218:7:198,7:0.0321:67,131:4,3 chr3 172835082 . C T 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=753;END=172835082;VD=359;AF=0.4768;BIAS=2:2;REFBIAS=222:168;VARBIAS=196:163;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.55591;ODDRATIO=1.0988;MQ=60;SN=58.833;HIAF=0.4836;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=353;HICOV=730;LSEQ=CTTGGCATGTTGGCTGACTC;RSEQ=CAGTAGACATGAAGGACTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:753:359:390,359:0.4768:222,168:196,163 chr3 172835125 . T C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=824;END=172835125;VD=397;AF=0.4818;BIAS=2:2;REFBIAS=226:197;VARBIAS=198:199;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.32788;ODDRATIO=1.1528;MQ=60;SN=35.091;HIAF=0.4855;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=386;HICOV=795;LSEQ=AAACTCATAGCGAACACCCA;RSEQ=TTCATCAATGTAGACCAACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:824:397:423,397:0.4818:226,197:198,199 chr3 172835290 . C T 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=886;END=172835290;VD=432;AF=0.4876;BIAS=2:2;REFBIAS=230:223;VARBIAS=225:207;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.73663;ODDRATIO=1.05378519642556;MQ=60;SN=42.2;HIAF=0.4884;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=422;HICOV=864;LSEQ=CCGTTTAAAGGCTGCTTTCT;RSEQ=TAAATCATTGCTTTGTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:886:432:453,432:0.4876:230,223:225,207 chr3 172835938 . 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C T 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=687;END=180334458;VD=345;AF=0.5022;BIAS=2:2;REFBIAS=171:167;VARBIAS=159:186;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.25122;ODDRATIO=1.19751;MQ=60;SN=48.286;HIAF=0.5045;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=338;HICOV=670;LSEQ=CTTTTGTGTCTTTCAAAAGA;RSEQ=GGATTTCCTTTGTGAGTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:687:345:338,345:0.5022:171,167:159,186 chr3 180337440 . GA G 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=156;END=180337441;VD=154;AF=0.9872;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=129:25;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=308;HIAF=0.9872;ADJAF=0.0962;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=154;HICOV=156;LSEQ=ACACCCTAGAAAACCACTTA;RSEQ=AAAAAAAATGTCGTGGGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:156:154:2,154:0.9872:2,0:129,25 chr3 180349092 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=180349092;VD=2;AF=0.0125;BIAS=1:0;REFBIAS=158:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=156;LSEQ=TTAGGAATGAATGTTTTGGC;RSEQ=TTTGTTAAGTGTAATAGTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:2:158,2:0.0125:158,0:2,0 chr3 180360141 . GT G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=127;END=180360142;VD=6;AF=0.0472;BIAS=1:0;REFBIAS=0:119;VARBIAS=0:6;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0488;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=6;HICOV=123;LSEQ=TAGGCCTAAAATTGATCATA;RSEQ=TTTTTTTTTTCTTTTAAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:127:6:119,6:0.0472:0,119:0,6 chr3 180361769 . G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=235;END=180361769;VD=3;AF=0.0128;BIAS=1:0;REFBIAS=230:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0140;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=214;LSEQ=AAGACTGGAGGGAAATTATA;RSEQ=ACTTTAACACTGTTTATATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:235:3:231,3:0.0128:230,1:3,0 chr3 180365043 . TA T 176 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=430;END=180365044;VD=29;AF=0.0674;BIAS=2:2;REFBIAS=123:275;VARBIAS=12:17;PMEAN=45.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.30038;ODDRATIO=1.57641680460314;MQ=60;SN=28;HIAF=0.0657;ADJAF=0.0047;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=28;HICOV=426;LSEQ=GTGAAAATCCTGTTACAGTT;RSEQ=AAAAAAAAAAGGTATTACAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:430:29:398,29:0.0674:123,275:12,17 chr3 180365066 . G GA 100 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=399;END=180365066;VD=6;AF=0.015;BIAS=2:2;REFBIAS=91:270;VARBIAS=2:4;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.64576;ODDRATIO=1.48178881545802;MQ=63.2;SN=12;HIAF=0.0203;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=6;HICOV=295;LSEQ=AAAAAAAAAGGTATTACAAA;RSEQ=AAAAAAAAAGCATTTCTACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:399:6:361,6:0.015:91,270:2,4 chr3 180368983 . C CA 100 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=92;END=180368983;VD=6;AF=0.0652;BIAS=1:0;REFBIAS=82:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=45.8;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=12;HIAF=0.0690;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=6;HICOV=87;LSEQ=ACAAGAGCCAGACTTCATCA;RSEQ=AAAAAAAAAGAAAAAAGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:92:6:82,6:0.0652:82,0:6,0 chr3 180369552 . G A 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=180369552;VD=37;AF=0.5692;BIAS=1:2;REFBIAS=1:27;VARBIAS=2:35;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.53298994358597;MQ=60;SN=74;HIAF=0.5692;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=37;HICOV=65;LSEQ=AACGTAGTAGCTGGCCAGGC;RSEQ=CGGTGGCTCACGCCTGTAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:65:37:28,37:0.5692:1,27:2,35 chr3 180372455 . T C 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=221;END=180372455;VD=210;AF=0.9502;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=190:20;PMEAN=27.8;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5.364;HIAF=0.9888;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=177;HICOV=179;LSEQ=AAAAAAAAAAAAACTAGAAG;RSEQ=AGTTTCTTTATCACAGGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:221:210:0,210:0.9502:0,0:190,20 chr3 180377071 . C T 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=180377071;VD=223;AF=0.9955;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=223:0;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=73.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=220;HICOV=220;LSEQ=CACTCAAATAATCTTCATCA;RSEQ=ATTTCCAAATGGATATAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:224:223:0,223:0.9955:0,0:223,0 chr3 180379569 . G GA 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=310;END=180379569;VD=9;AF=0.029;BIAS=2:0;REFBIAS=254:28;VARBIAS=9:0;PMEAN=49.3;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=18;HIAF=0.0331;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=9;HICOV=272;LSEQ=TGTATGCCTTTCCCATACAA;RSEQ=AAAAAAAAAAGTCAATGCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:310:9:282,9:0.029:254,28:9,0 chr3 180381232 . G A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=180381232;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=GCACTTTGGGAGGCTGAGGC;RSEQ=GGAGGATCACCTGAGGTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:7,0 chr3 180396974 . G A 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=214;END=180396974;VD=211;AF=0.986;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=210:1;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=69.333;HIAF=0.9858;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=208;HICOV=211;LSEQ=GAGTGTTAGAGGAAGCACAG;RSEQ=ATTAGGAAAGGAGAGAAATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:214:211:0,211:0.986:0,0:210,1 chr3 181429539 . 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G A 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=766;END=181431659;VD=363;AF=0.4739;BIAS=2:2;REFBIAS=209:194;VARBIAS=183:180;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.7176;ODDRATIO=1.05956;MQ=60;SN=71.6;HIAF=0.4786;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=358;HICOV=748;LSEQ=GCCAATATTTTTCAAGGAGA;RSEQ=GCTTCTTGCTGAATTTTGAT;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:766:363:403,363:0.4739:209,194:183,180 chr4 5749616 . T G 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=61;END=5749616;VD=25;AF=0.4098;BIAS=1:1;REFBIAS=36:0;VARBIAS=25:0;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.4098;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=25;HICOV=61;LSEQ=TAGGCTGGACAAGCTACTGC;RSEQ=TTCTTTCCTTAGCAGCAGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:61:25:36,25:0.4098:36,0:25,0 chr4 5749784 . G A 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=240;END=5749784;VD=237;AF=0.9875;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=212:25;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58.25;HIAF=0.9873;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=233;HICOV=236;LSEQ=TAGAATCTTTGTTTGTGATA;RSEQ=GGAGTGAATTGTAATTCCCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:240:237:0,237:0.9875:0,0:212,25 chr4 5749804 . G A 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=5749804;VD=272;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=223:49;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=89.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=269;HICOV=269;LSEQ=GGGAGTGAATTGTAATTCCC;RSEQ=AGCACGCACCGTTTGGCTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:272:272:0,272:1:0,0:223,49 chr4 5749814 . C T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=308;END=5749814;VD=148;AF=0.4805;BIAS=2:2;REFBIAS=125:33;VARBIAS=113:35;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.58437;ODDRATIO=1.17262;MQ=60;SN=15.444;HIAF=0.4777;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=139;HICOV=291;LSEQ=TGTAATTCCCGAGCACGCAC;RSEQ=GTTTGGCTTTCTTAAGTAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:308:148:158,148:0.4805:125,33:113,35 chr4 5749904 . T C 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=446;END=5749904;VD=446;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=235:211;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62.714;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=439;HICOV=439;LSEQ=TTCTGGAAACAGATGGCAAA;RSEQ=ATCCAGCACTTTCTTGTGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:446:446:0,446:1:0,0:235,211 chr4 5749961 . G C 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=382;END=5749961;VD=380;AF=0.9948;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=141:239;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37;HIAF=0.9973;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=3;NM=2.1;HICNT=370;HICOV=371;LSEQ=AGCTCCAAAGCCCGACAGCT;RSEQ=ATGATGACTCTGACGGAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:382:380:0,380:0.9948:0,0:141,239 chr4 5750084 . A T 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=5750084;VD=197;AF=0.9949;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:195;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=192;HICOV=192;LSEQ=AAGATATTCAGACTAGAGAT;RSEQ=TGGAATCCTGAGGCTTGACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:198:197:0,197:0.9949:0,0:2,195 chr4 5750156 . A G 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=5750156;VD=111;AF=0.9823;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:110;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.9818;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=108;HICOV=110;LSEQ=GGTTATATAGAGCCTCAGGG;RSEQ=AAAAAAAACCAACAACAACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:113:111:0,111:0.9823:0,0:1,110 chr4 5750227 . C T 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=5750227;VD=30;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:30;PMEAN=25.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.5;SN=29;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=CCATCCATCCACCCATCCAT;RSEQ=CACCCATTGACCCTTCCATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:30:30:0,30:1:0,0:0,30 chr4 5750249 . A ATCCATCCATCTACGTG 138 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=18;END=5750249;VD=12;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:12;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.8;SN=24;HIAF=0.6667;ADJAF=0.3333;SHIFT3=13;MSI=4;MSILEN=4;NM=3.1;HICNT=12;HICOV=18;LSEQ=ACCCATTGACCCTTCCATCC;RSEQ=TCCATCCATCTACCCATCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:18:12:6,12:0.6667:0,6:0,12 chr4 5750305 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=5750305;VD=2;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=37.5;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=4;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=ACCCATTTATCCATCCATCC;RSEQ=TCCACCCATCCATCCATCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:2:0,2:0.5:0,0:0,2 chr4 5750310 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=5750310;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=37.5;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=TTTATCCATCCATCCATCCA;RSEQ=CCATCCATCCATCCATCCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:0,2 chr4 5750318 . T TCCACCCAC 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=5;END=5750318;VD=2;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:2;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=37.5;SN=4;HIAF=0.4000;ADJAF=0.2;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=4;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=5;LSEQ=TCCATCCATCCACCCATCCA;RSEQ=CCATCCATCCACCCATCCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:5:2:3,2:0.4:0,3:0,2 chr4 5750326 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=5750326;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:2;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=4;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=TCCACCCATCCATCCATCCA;RSEQ=CCACCCATCCATCCACCCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:3:2:1,2:0.6667:0,1:0,2 chr4 26416886 . G A 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=26416886;VD=83;AF=0.9881;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=83:0;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=166;HIAF=0.9881;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=83;HICOV=84;LSEQ=ATGCATAACTCCAATATTTT;RSEQ=CCTGAACAGATTTAGTCATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:84:83:0,83:0.9881:0,0:83,0 chr4 26417068 . GT G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=291;END=26417069;VD=19;AF=0.0653;BIAS=2:2;REFBIAS=176:94;VARBIAS=13:6;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.15665772184695;MQ=60;SN=38;HIAF=0.0669;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=19;HICOV=284;LSEQ=CTAATTGATTTTTGCTTCTT;RSEQ=TTTTTTTTTTCCCCTATTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:291:19:270,19:0.0653:176,94:13,6 chr4 26417080 . C T 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=305;END=26417080;VD=5;AF=0.0164;BIAS=2:2;REFBIAS=178:111;VARBIAS=4:1;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.65272;ODDRATIO=2.48774784187875;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0152;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=4;HICOV=263;LSEQ=TGCTTCTTGTTTTTTTTTTT;RSEQ=CCCTATTATTCTTCAGGTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:305:5:289,5:0.0164:178,111:4,1 chr4 26417145 . G GA 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=359;END=26417145;VD=8;AF=0.0223;BIAS=2:2;REFBIAS=180:153;VARBIAS=2:6;PMEAN=44.9;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.15255;ODDRATIO=3.51726;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0254;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=8;HICOV=315;LSEQ=CTTATGGGCAGTGGATGGAA;RSEQ=AAAAAAAAAGAACAAATGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:359:8:333,8:0.0223:180,153:2,6 chr4 26417395 . AC A 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=57;END=26417396;VD=57;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:57;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=114;HIAF=1.0000;ADJAF=0.0877;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=57;HICOV=57;LSEQ=TCTTGAATATATAAACTAGG;RSEQ=CAAAAAACATGCCTCTCATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:57:57:0,57:1:0,0:0,57 chr4 26417445 . C T 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=26417445;VD=15;AF=0.4688;BIAS=1:1;REFBIAS=0:17;VARBIAS=0:15;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4516;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=14;HICOV=31;LSEQ=CTAGTCACTCATGAAGCTTA;RSEQ=GCTGCTGACATTGGAAGGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:32:15:17,15:0.4688:0,17:0,15 chr4 40814641 . TGAG T 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=423;END=40814644;VD=418;AF=0.9882;BIAS=0:2;REFBIAS=6:0;VARBIAS=222:196;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.0328;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=836;HIAF=0.9976;ADJAF=0.0733;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=418;HICOV=419;LSEQ=GTCATGTTGTGGTGAAATCT;RSEQ=GAGTTTGTGTTGCAATGCCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:423:418:6,418:0.9882:6,0:222,196 chr4 57676023 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=57676023;VD=2;AF=0.0116;BIAS=1:0;REFBIAS=169:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0121;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=165;LSEQ=TTTTCAACAGAGAACAGTAG;RSEQ=AACTGAATTCAATGCTGATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:170,2:0.0116:169,1:2,0 chr4 57676518 . G T 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=108;END=57676518;VD=58;AF=0.537;BIAS=1:1;REFBIAS=0:50;VARBIAS=0:58;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=31.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.286;HIAF=0.5258;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=51;HICOV=97;LSEQ=AGGAAACAAAGAGGGTGAAA;RSEQ=TCCCCACTCTGTCATTTTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:108:58:50,58:0.537:0,50:0,58 chr4 57677523 . G A 96 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=57677523;VD=8;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=8:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7;HIAF=0.4667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=7;HICOV=15;LSEQ=GGTCAGGCGCGGTGGCTCAC;RSEQ=CCTGTAATCCCAGCACTTTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:16:8:8,8:0.5:8,0:8,0 chr4 57677780 . CA C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=115;END=57677781;VD=9;AF=0.0783;BIAS=2:2;REFBIAS=94:12;VARBIAS=7:2;PMEAN=52.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.30069;ODDRATIO=2.21814;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0796;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=9;HICOV=113;LSEQ=GTGACAGAGTGAGACTCTGT;RSEQ=AAAAAAAAAAGAAGAAAAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:9:106,9:0.0783:94,12:7,2 chr4 57678107 . T TC 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=61;END=57678107;VD=28;AF=0.459;BIAS=1:1;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:28;PMEAN=24.3;PSTD=1;QUAL=29.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.6;HIAF=0.4107;ADJAF=0.2295;SHIFT3=0;MSI=19;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=23;HICOV=56;LSEQ=TCCAGAAAAATTTTTTCTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGAGAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:61:28:32,28:0.459:0,32:0,28 chr4 57678262 . G A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=57678262;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:3;PMEAN=21.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=AGTAGAGACAGGGTTTCACC;RSEQ=TGTTGACCAAGCTGGTCTCG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:0,3 chr4 57686821 . T A 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=57686821;VD=91;AF=0.4461;BIAS=2:2;REFBIAS=22:79;VARBIAS=16:75;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.58675;ODDRATIO=1.30357;MQ=60;SN=29.333;HIAF=0.4467;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=88;HICOV=197;LSEQ=CATGAAGTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=AAATGAAGTCTTGCTATGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:204:91:101,91:0.4461:22,79:16,75 chr4 57686922 . C G 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=57686922;VD=47;AF=0.4747;BIAS=1:1;REFBIAS=0:52;VARBIAS=0:47;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.4792;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=46;HICOV=96;LSEQ=GCTGGAATTTGAGGCATTAG;RSEQ=CACCACATCCAGCTTCATAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:47:52,47:0.4747:0,52:0,47 chr4 57686993 . T C 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=57686993;VD=21;AF=0.4773;BIAS=1:1;REFBIAS=0:23;VARBIAS=0:21;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.4773;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=21;HICOV=44;LSEQ=CCAGGCCACATCTTCTATTT;RSEQ=CCCCTCTAATGCCTACCTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:21:23,21:0.4773:0,23:0,21 chr4 57687304 . A G 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=57687304;VD=75;AF=0.4717;BIAS=1:1;REFBIAS=84:0;VARBIAS=75:0;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=72;HICOV=156;LSEQ=TCATGATGTTATTTTCCTTT;RSEQ=CAACTCGGGGTAACAAATAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:75:84,75:0.4717:84,0:75,0 chr4 57687849 . C G 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=57687849;VD=142;AF=0.5201;BIAS=2:2;REFBIAS=21:109;VARBIAS=25:117;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.87154;ODDRATIO=1.10865974123882;MQ=60;SN=27.4;HIAF=0.5310;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=137;HICOV=258;LSEQ=CCTCCTCCCGCGCCGGCTGT;RSEQ=TTGCCCCTGCGGTCTGTTAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:273:142:130,142:0.5201:21,109:25,117 chr4 57687851 . T A 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=269;END=57687851;VD=137;AF=0.5093;BIAS=2:2;REFBIAS=21:108;VARBIAS=24:113;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=31.9;QSTD=1;SBF=0.87044;ODDRATIO=1.09191762573431;MQ=60;SN=5.85;HIAF=0.5043;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=117;HICOV=232;LSEQ=TCCTCCCGCGCCGGCTGTCT;RSEQ=GCCCCTGCGGTCTGTTACCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:269:137:129,137:0.5093:21,108:24,113 chr4 57688144 . A G 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=57688144;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:20;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=CAACACCTTCCCCTCCCCCC;RSEQ=AGGAGACGAAGGGGAAGACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:0,20 chr4 68602903 . T C 190 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=68602903;VD=38;AF=0.5205;BIAS=1:1;REFBIAS=35:0;VARBIAS=38:0;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37;HIAF=0.5286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=37;HICOV=70;LSEQ=ATGAGTTCATTTTGGGAATT;RSEQ=GGAATTACAGGAATTCACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:73:38:35,38:0.5205:35,0:38,0 chr4 68603535 . C A 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=595;END=68603535;VD=288;AF=0.484;BIAS=2:2;REFBIAS=136:171;VARBIAS=108:180;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.09597;ODDRATIO=1.32489;MQ=60;SN=95;HIAF=0.4965;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=285;HICOV=574;LSEQ=AGAAACCAAGATAGAATCTC;RSEQ=AATATCTGATATATTAGATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:595:288:307,288:0.484:136,171:108,180 chr4 68603702 . C T 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=373;END=68603702;VD=159;AF=0.4263;BIAS=2:2;REFBIAS=69:145;VARBIAS=55:104;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.65765;ODDRATIO=1.11102469807904;MQ=60;SN=78.5;HIAF=0.4448;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=157;HICOV=353;LSEQ=GCCATATTTATCTTTTGTGC;RSEQ=ATAAATTTTAGTTTATATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:373:159:214,159:0.4263:69,145:55,104 chr4 68604032 . C T 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=337;END=68604032;VD=160;AF=0.4748;BIAS=2:2;REFBIAS=111:65;VARBIAS=111:49;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.24924;ODDRATIO=1.32539861363305;MQ=60;SN=19;HIAF=0.4706;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=152;HICOV=323;LSEQ=CTGGTCCATCCCTCTCAGGA;RSEQ=TGTGTTTTTAAATGCATAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:337:160:176,160:0.4748:111,65:111,49 chr4 68604133 . G T 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=481;END=68604133;VD=5;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=327:149;VARBIAS=1:4;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.03737;ODDRATIO=8.73719;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0067;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=3;HICOV=450;LSEQ=TGTAGGTTAAGAACCCCTGA;RSEQ=TCAAGATTTCGAATAGCCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:481:5:476,5:0.0104:327,149:1,4 chr4 68604166 . TA T 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=581;END=68604167;VD=44;AF=0.0757;BIAS=2:2;REFBIAS=336:191;VARBIAS=24:20;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.25566;ODDRATIO=1.46489;MQ=60;SN=88;HIAF=0.0773;ADJAF=0.0086;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=44;HICOV=569;LSEQ=ATAGCCCTTTAGTTAATGTG;RSEQ=AAAAAAAAAAATGCCTGAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:581:44:527,44:0.0757:336,191:24,20 chr4 68605369 . A G 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=682;END=68605369;VD=312;AF=0.4575;BIAS=2:2;REFBIAS=196:170;VARBIAS=149:163;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.14334;ODDRATIO=1.26083;MQ=60;SN=18.5;HIAF=0.4471;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=296;HICOV=662;LSEQ=ATTCTTCACATTAAAATAGA;RSEQ=GTCATACTATGCATAGAGCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:682:312:366,312:0.4575:196,170:149,163 chr4 68605684 . A AT 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=670;END=68605684;VD=7;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=305:327;VARBIAS=3:4;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.24321;MQ=62.8;SN=14;HIAF=0.0111;ADJAF=0.003;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=7;HICOV=632;LSEQ=CCAAAGAGAAAAATAGATTC;RSEQ=TTTTTTTTCTTTTTAACTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:670:7:632,7:0.0104:305,327:3,4 chr4 68619601 . G A 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=710;END=68619601;VD=349;AF=0.4915;BIAS=2:2;REFBIAS=213:146;VARBIAS=207:142;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00079;MQ=60;SN=86.25;HIAF=0.4929;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=345;HICOV=700;LSEQ=GACTGTCCGACTTTGCTGTT;RSEQ=CTTTTCAAAGCTAGGGGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:710:349:359,349:0.4915:213,146:207,142 chr4 68620277 . T C 344 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=729;END=68620277;VD=727;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=328:399;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71.7;HIAF=0.9986;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=717;HICOV=718;LSEQ=CTAAAACAGAGCAGGCCAAA;RSEQ=GCATTCTGAGGGCCACATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:729:727:0,727:0.9973:0,0:328,399 chr4 68621585 . CA C 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=678;END=68621586;VD=27;AF=0.0398;BIAS=2:2;REFBIAS=361:289;VARBIAS=18:9;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.3235;ODDRATIO=1.60002560040961;MQ=60;SN=54;HIAF=0.0402;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=27;HICOV=672;LSEQ=TGACTCATCTAGGAGAATTA;RSEQ=AAAAAAAAATTGTGCCTACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:678:27:650,27:0.0398:361,289:18,9 chr4 68621623 . G C 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=695;END=68621623;VD=339;AF=0.4878;BIAS=2:2;REFBIAS=189:161;VARBIAS=195:144;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.35839;ODDRATIO=1.15330942138466;MQ=60;SN=12.56;HIAF=0.4816;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=314;HICOV=652;LSEQ=TACTATATTAGCTATAATAA;RSEQ=TTCCTTATAAGCAATCAGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:695:339:350,339:0.4878:189,161:195,144 chr4 68622024 . TCCTC T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=90;END=68622028;VD=2;AF=0.0222;BIAS=1:0;REFBIAS=0:88;VARBIAS=0:2;PMEAN=64.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0227;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=4;MSILEN=4;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=88;LSEQ=TCCTCCTTTCATTCCTCTCT;RSEQ=CCTCCCTCCCTCCCTTTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:90:2:88,2:0.0222:0,88:0,2 chr4 83849057 . G A 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=83849057;VD=22;AF=0.4889;BIAS=2:1;REFBIAS=2:21;VARBIAS=1:21;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.97042;MQ=60;SN=44;HIAF=0.4889;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=22;HICOV=45;LSEQ=AAAAATTCAATTTAGAAGGG;RSEQ=CATAAGCAGATTTAACTAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:45:22:23,22:0.4889:2,21:1,21 chr4 88929173 . CGAG C 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=523;END=88929176;VD=20;AF=0.0382;BIAS=2:2;REFBIAS=252:249;VARBIAS=11:9;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.8205;ODDRATIO=1.20723374459763;MQ=60;SN=40;HIAF=0.0383;ADJAF=0.0038;SHIFT3=16;MSI=6;MSILEN=3;NM=0.8;HICNT=20;HICOV=522;LSEQ=GATAACCCCGGCTTCGAGGC;RSEQ=GAGGAGGAGGAGGAGGTGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:523:20:501,20:0.0382:252,249:11,9 chr4 88929453 . G A 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=452;END=88929453;VD=222;AF=0.4912;BIAS=2:2;REFBIAS=106:115;VARBIAS=127:95;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.05722;ODDRATIO=1.44908635105566;MQ=60;SN=21.2;HIAF=0.4907;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=212;HICOV=432;LSEQ=AGCCGCCCCGAGTGGCCTGG;RSEQ=CGGAGAGGCTGGTTCGCGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:452:222:221,222:0.4912:106,115:127,95 chr4 88929687 . T C 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=216;END=88929687;VD=215;AF=0.9954;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:213;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.9953;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=210;HICOV=211;LSEQ=ACTGCTCTTTTGTTGGTGCA;RSEQ=ATTTATTGGATACCTCCTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:216:215:0,215:0.9954:0,0:2,213 chr4 88929752 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=125;END=88929752;VD=2;AF=0.016;BIAS=1:0;REFBIAS=0:123;VARBIAS=0:2;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=TTTTACTGAAAATTAGTGAA;RSEQ=GCCTAATTAGAGTGAAAGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:125:2:123,2:0.016:0,123:0,2 chr4 88929787 . G GT 77 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=91;END=88929787;VD=4;AF=0.044;BIAS=1:0;REFBIAS=0:81;VARBIAS=0:4;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=8;HIAF=0.0519;ADJAF=0.022;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=4;HICOV=77;LSEQ=AAAGAGTACATCTGGGTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTCTTGTAGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:4:81,4:0.044:0,81:0,4 chr4 88959381 . G A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=503;END=88959381;VD=250;AF=0.497;BIAS=2:2;REFBIAS=186:63;VARBIAS=181:69;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.61206;ODDRATIO=1.12523;MQ=60;SN=21.727;HIAF=0.4898;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=239;HICOV=488;LSEQ=CTGAGCTTGGAACTTTTTCA;RSEQ=AGATGTTTCCTTTGCTTTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:503:250:249,250:0.497:186,63:181,69 chr4 88959715 . CCATT C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=455;END=88959719;VD=5;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=140:308;VARBIAS=3:2;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.18328;ODDRATIO=3.29023130326062;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0112;ADJAF=0.0022;SHIFT3=13;MSI=4;MSILEN=4;NM=0.6;HICNT=5;HICOV=445;LSEQ=ATTTATTCTCTGAACTCCCA;RSEQ=CATTCATTCATTCCCTGACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:455:5:448,5:0.011:140,308:3,2 chr4 88959745 . A G 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=391;END=88959745;VD=196;AF=0.5013;BIAS=2:2;REFBIAS=44:148;VARBIAS=47:149;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.81188;ODDRATIO=1.06081661663148;MQ=60;SN=27;HIAF=0.4987;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=189;HICOV=379;LSEQ=ATTCATTCCCTGACACCTTC;RSEQ=CCAAGGCAAAAATAAGTTCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:391:196:192,196:0.5013:44,148:47,149 chr4 88959857 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=88959857;VD=2;AF=0.0106;BIAS=1:0;REFBIAS=1:185;VARBIAS=0:2;PMEAN=61;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=187;LSEQ=TAGCCTTCTTTTAGTTTCTA;RSEQ=ATGCATATTTTTCAGAAGAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:188:2:186,2:0.0106:1,185:0,2 chr4 88968327 . G GT 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=29;END=88968327;VD=9;AF=0.3103;BIAS=1:0;REFBIAS=0:18;VARBIAS=0:9;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.3077;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=8;HICOV=26;LSEQ=GAAAACAGTTTTTTTTCTTT;RSEQ=TTTTTTTTTCCACTAATGAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:9:18,9:0.3103:0,18:0,9 chr4 88968343 . A G 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=88968343;VD=10;AF=0.5263;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:10;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=10;HICOV=18;LSEQ=CTTTGTTTTTTTTTCCACTA;RSEQ=TGATATTTTTCTTCAACTGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:10:9,10:0.5263:0,9:0,10 chr4 88973427 . A G 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=88973427;VD=79;AF=0.4817;BIAS=1:1;REFBIAS=0:85;VARBIAS=0:79;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78;HIAF=0.4785;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=78;HICOV=163;LSEQ=GTGACCAGCCAAAGCTGCTC;RSEQ=ATATTTACTTTGAGACAGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:79:85,79:0.4817:0,85:0,79 chr4 88973620 . T C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=88973620;VD=9;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:9;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=9;HICOV=15;LSEQ=TTCGTAGAGACAAGGTCTCA;RSEQ=TATGTTGCCCAGGCTGGTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:15:9:6,9:0.6:0,6:0,9 chr4 88973639 . T C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=88973639;VD=5;AF=0.7143;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:5;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.7143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=5;HICOV=7;LSEQ=ATTATGTTGCCCAGGCTGGT;RSEQ=TTGAACTCCTGGGTTCAAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:7:5:2,5:0.7143:0,2:0,5 chr4 88979487 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=71;END=88979488;VD=2;AF=0.0282;BIAS=1:0;REFBIAS=0:69;VARBIAS=0:2;PMEAN=61.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0282;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=71;LSEQ=GTATATGTGTCTATTCAATG;RSEQ=AAAAAAATTAGATCTCTTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:2:69,2:0.0282:0,69:0,2 chr4 88979529 . C A 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=39;END=88979529;VD=21;AF=0.5385;BIAS=1:1;REFBIAS=0:18;VARBIAS=0:21;PMEAN=28.6;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.5405;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=20;HICOV=37;LSEQ=ATGGTCTTTCATTTCTCTCT;RSEQ=TATATATGTATCTATTCCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:39:21:18,21:0.5385:0,18:0,21 chr4 88982889 . C CAA 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=50;END=88982889;VD=13;AF=0.26;BIAS=1:1;REFBIAS=28:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=26;HIAF=0.2766;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=13;HICOV=47;LSEQ=AACACAGTGAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAATTTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:50:13:28,13:0.26:28,0:13,0 chr4 88986851 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=391;END=88986851;VD=4;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=180:206;VARBIAS=3:1;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.34503;ODDRATIO=3.42325071888265;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=3;HICOV=357;LSEQ=CCTCCTGCATTTTGATGTCT;RSEQ=TGTGTTGAGGGTGAACTGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:391:4:386,4:0.0102:180,206:3,1 chr4 88987142 . ACT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=171;END=88987144;VD=4;AF=0.0234;BIAS=1:0;REFBIAS=1:166;VARBIAS=0:4;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0240;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=167;LSEQ=TCTTGCCCATTCCCCACCAC;RSEQ=CTCTCTCTCTCTCAGTCGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:4:167,4:0.0234:1,166:0,4 chr4 88987157 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=88987157;VD=2;AF=0.0118;BIAS=1:0;REFBIAS=1:166;VARBIAS=0:2;PMEAN=66.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=ACCACACTCTCTCTCTCTCT;RSEQ=AGTCGGTTTATGTGTTAGTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:2:167,2:0.0118:1,166:0,2 chr4 88989621 . CA C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=6;END=88989622;VD=3;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:3;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=GACAGTGCAAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAACTTGTCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:3:2,3:0.5:0,2:0,3 chr4 88995762 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=88995762;VD=2;AF=0.0126;BIAS=1:0;REFBIAS=156:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=158;LSEQ=TAAGACTTCTGATACGCGCT;RSEQ=ACTTGCAGGAAAGTTGTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:2:157,2:0.0126:156,1:2,0 chr4 88995795 . T C 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=88995795;VD=193;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=192:1;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=192;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=192;HICOV=192;LSEQ=GTTGTTTCAGTTAACACTCC;RSEQ=ACCAGCGGCATCCGAGAGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:193:193:0,193:1:0,0:192,1 chr4 88997021 . A AT 123 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=734;END=88997021;VD=9;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=332:320;VARBIAS=4:5;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.74852;ODDRATIO=1.29636;MQ=63.2;SN=18;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=9;HICOV=649;LSEQ=ACTTTACCCATGGTTCAAAG;RSEQ=TTTTTTTTTCTTTTTCTCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:734:9:652,9:0.0123:332,320:4,5 chr4 88997102 . C T 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=766;END=88997102;VD=368;AF=0.4804;BIAS=2:2;REFBIAS=227:166;VARBIAS=200:168;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.38048;ODDRATIO=1.14846;MQ=60;SN=45;HIAF=0.4845;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=360;HICOV=743;LSEQ=TCTTCATGATGTGTATTGAG;RSEQ=GGTACGCCCAGTTGCCACCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:766:368:393,368:0.4804:227,166:200,168 chr4 88998190 . C CA 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=678;END=88998190;VD=34;AF=0.0501;BIAS=2:2;REFBIAS=293:258;VARBIAS=18:16;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00946;MQ=60.2;SN=68;HIAF=0.0627;ADJAF=0.0044;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=34;HICOV=542;LSEQ=ATGGGGAGAAATCTATTTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAATCTTCTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:678:34:551,34:0.0501:293,258:18,16 chr4 88999306 . T G 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=88999306;VD=44;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:44;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=88;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=44;HICOV=44;LSEQ=GTAAAATGCTGAGAAACAGT;RSEQ=TAGGACAAATGAGAACAAAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:44:44:0,44:1:0,0:0,44 chr4 103748797 . A G 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=295;END=103748797;VD=295;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=191:104;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=290;HICOV=290;LSEQ=ACGCCGCCGTCCCGAGCACA;RSEQ=GACCGATGTGAGGCCGAAGC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:295:295:0,295:1:0,0:191,104 chr4 103748875 . T TCTC 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=354;END=103748875;VD=333;AF=0.9407;BIAS=2:2;REFBIAS=3:6;VARBIAS=184:149;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.30932;ODDRATIO=2.46341823914864;MQ=60;SN=666;HIAF=0.9487;ADJAF=0.1667;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=333;HICOV=351;LSEQ=ACGTGTCAAGCCCTTTTCCT;RSEQ=CTTCTCGGAACAGCACCTTC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:354:333:9,333:0.9407:3,6:184,149 chr4 103748877 . T TCCG 63 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=358;END=103748877;VD=5;AF=0.014;BIAS=2:0;REFBIAS=188:165;VARBIAS=0:5;PMEAN=58.8;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.0234;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0150;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=5;HICOV=334;LSEQ=GTGTCAAGCCCTTTTCCTTC;RSEQ=TCTCGGAACAGCACCTTCTT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:358:5:353,5:0.014:188,165:0,5 chr4 103748943 . G A 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=237;END=103748943;VD=227;AF=0.9578;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=97:130;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=29.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3.729;HIAF=0.9944;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=179;HICOV=180;LSEQ=GGAGGGCGGGGGAGGGAGGA;RSEQ=GATCATGAGCTGGGGGGAGG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:237:227:0,227:0.9578:0,0:97,130 chr4 104510766 . G A 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=693;END=104510766;VD=331;AF=0.4776;BIAS=2:2;REFBIAS=207:154;VARBIAS=175:156;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.25149;ODDRATIO=1.1979;MQ=60;SN=46.286;HIAF=0.4786;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=324;HICOV=677;LSEQ=GGGTATATAGGACAGGACTG;RSEQ=TAAATAGGAGAATGGGGTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:693:331:361,331:0.4776:207,154:175,156 chr4 104640935 . A G 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=478;END=104640935;VD=221;AF=0.4623;BIAS=2:2;REFBIAS=69:188;VARBIAS=54:167;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.60012;ODDRATIO=1.13475;MQ=60;SN=109.5;HIAF=0.4620;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=219;HICOV=474;LSEQ=CCTGGTCACTTTGGTGCCGG;RSEQ=GTCTTCAGATAAGACTGGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:478:221:257,221:0.4623:69,188:54,167 chr4 104641103 . G C 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=127;END=104641103;VD=57;AF=0.4488;BIAS=1:1;REFBIAS=1:69;VARBIAS=1:56;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.23010308263833;MQ=60;SN=56;HIAF=0.4516;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=56;HICOV=124;LSEQ=GTTATCGAGTCACATCACAC;RSEQ=TAGGGAGGGTGCCAGCTGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:127:57:70,57:0.4488:1,69:1,56 chr4 119237348 . T C 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=323;END=119237348;VD=159;AF=0.4923;BIAS=2:2;REFBIAS=106:58;VARBIAS=101:58;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.90771;ODDRATIO=1.04938;MQ=60;SN=78.5;HIAF=0.4984;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=157;HICOV=315;LSEQ=GAACCTTACTTAAATCCCAA;RSEQ=TGTCGACAAACCACGTATGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:323:159:164,159:0.4923:106,58:101,58 chr4 119237357 . A C 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=336;END=119237357;VD=173;AF=0.5149;BIAS=2:2;REFBIAS=95:68;VARBIAS=104:69;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.74035;ODDRATIO=1.07863229425089;MQ=60;SN=42.25;HIAF=0.5216;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=169;HICOV=324;LSEQ=TTAAATCCCAATTGTCGACA;RSEQ=ACCACGTATGTATTCAGCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:336:173:163,173:0.5149:95,68:104,69 chr4 119237521 . C CA 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=197;END=119237521;VD=2;AF=0.0102;BIAS=1:2;REFBIAS=0:186;VARBIAS=1:1;PMEAN=23.9;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=1;SBF=0.01064;ODDRATIO=0;MQ=62.4;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0.0051;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=AGACTAAGCAAATCAACTTT;RSEQ=AAAAAAAGGCAAAACAACAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:2:186,2:0.0102:0,186:1,1 chr4 119947961 . AAAG A 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=401;END=119947964;VD=199;AF=0.4963;BIAS=2:2;REFBIAS=108:93;VARBIAS=106:93;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01883;MQ=60;SN=398;HIAF=0.5038;ADJAF=0.0499;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=199;HICOV=395;LSEQ=AGTTCCCCTAGCTGAGAACC;RSEQ=AAGTGGTCCCGACTGTGCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:401:199:201,199:0.4963:108,93:106,93 chr4 119947985 . G C 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=367;END=119947985;VD=191;AF=0.5204;BIAS=2:2;REFBIAS=89:87;VARBIAS=92:99;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.67662;ODDRATIO=1.10054;MQ=60;SN=190;HIAF=0.5205;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=190;HICOV=365;LSEQ=AAGTGGTCCCGACTGTGCAG;RSEQ=CAGCTTGAAAGAAGAAACAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:367:191:176,191:0.5204:89,87:92,99 chr4 121957051 . C T 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=121957051;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=18.7;PSTD=1;QUAL=29.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=TATATATATCCTAGCATCTA;RSEQ=AGAGAGGAATGATTTGCATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chr4 121957734 . T C 350 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=867;END=121957734;VD=866;AF=0.9988;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=416:450;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44.579;HIAF=0.9988;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=847;HICOV=848;LSEQ=CCTAGCCAAGCCACGGTGGC;RSEQ=GAGGAACAGGTACGGAGCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:867:866:0,866:0.9988:0,0:416,450 chr4 121958091 . T G 349 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=787;END=121958091;VD=784;AF=0.9962;BIAS=2:2;REFBIAS=1:1;VARBIAS=343:441;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.28529;MQ=60;SN=97;HIAF=0.9987;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=776;HICOV=777;LSEQ=TCTGTTATCTTCCCATCTTT;RSEQ=AGCTCGACTGTCTTCTGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:787:784:2,784:0.9962:1,1:343,441 chr4 121958187 . A G 341 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=743;END=121958187;VD=739;AF=0.9946;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=342:397;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.471;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=722;HICOV=722;LSEQ=TTGATGTTGACCACAAATAC;RSEQ=TCAAAGTAGTACTGCGTGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:743:739:0,739:0.9946:0,0:342,397 chr4 121958697 . G A 340 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=714;END=121958697;VD=713;AF=0.9986;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=351:362;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46.533;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=698;HICOV=698;LSEQ=AGATCCAACTGATATAAACC;RSEQ=GATGGGGAACTAGACGATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:714:713:0,713:0.9986:0,0:351,362 chr4 121959017 . A T 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=104;END=121959017;VD=104;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:104;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=103;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=103;HICOV=103;LSEQ=TGTGTAAGGCTTCTCTGAAT;RSEQ=TAAATTATTTCTTCAGAGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:104:104:0,104:1:0,0:0,104 chr4 121961012 . G T 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=121961012;VD=5;AF=0.0167;BIAS=2:2;REFBIAS=269:25;VARBIAS=4:1;PMEAN=30.4;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.3675;ODDRATIO=2.67694;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=289;LSEQ=CCTTTTCTTACTAACACATA;RSEQ=AAGGTTGTATGTTTCACAAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:299:5:294,5:0.0167:269,25:4,1 chr4 121961295 . A AT 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=210;END=121961295;VD=184;AF=0.8762;BIAS=2:1;REFBIAS=2:25;VARBIAS=0:184;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.01584;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=35.8;HIAF=0.8443;ADJAF=0.0381;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=179;HICOV=212;LSEQ=AGAAAAATCATTTGGTTTTA;RSEQ=TTTTTTTTTCATTTTATAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:210:184:27,184:0.8762:2,25:0,184 chr4 121966807 . C T 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=521;END=121966807;VD=514;AF=0.9866;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=359:155;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38.538;HIAF=0.9960;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=501;HICOV=503;LSEQ=ATACTGCAGGGAGAATACCT;RSEQ=TTAGGTGTATCTCTAAAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:521:514:0,514:0.9866:0,0:359,155 chr4 121967323 . G A 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=121967323;VD=20;AF=0.9524;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:20;PMEAN=46.7;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=ATATGGACATTGTAGATAAC;RSEQ=CTATATCAATGTCTCAAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:20:0,20:0.9524:0,0:0,20 chr4 141363992 . CTGTG C 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=167;END=141363996;VD=14;AF=0.0838;BIAS=2:2;REFBIAS=70:81;VARBIAS=8:6;PMEAN=50.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.57782;ODDRATIO=1.53879297079371;MQ=60;SN=28;HIAF=0.0848;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.8;HICNT=14;HICOV=165;LSEQ=GAAAAAAACTCCCAAATAAT;RSEQ=TGTTAAGAAGGCAATGATGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:14:151,14:0.0838:70,81:8,6 chr4 141364136 . T A 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=141364136;VD=70;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:70;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=68;HICOV=68;LSEQ=GTTTTAAATGCATCTATTAA;RSEQ=AGACAAGAAGACATTGTGGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:70:70:0,70:1:0,0:0,70 chr4 141364333 . G A 134 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=141364333;VD=14;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:14;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=14;HICOV=14;LSEQ=ACTATCGAAGTCAATAAAGT;RSEQ=CAGTTCTTAATTTAAAAAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:14:0,14:1:0,0:0,14 chr4 141446510 . C CTAAT 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=130;END=141446510;VD=126;AF=0.9692;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=78:48;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.52756;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=0.9688;ADJAF=0.1923;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=124;HICOV=128;LSEQ=GATTTGATCAGTTGTATAAA;RSEQ=TTTTTAAATTTTAAAATTCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:130:126:2,126:0.9692:2,0:78,48 chr4 141446574 . GA G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=99;END=141446575;VD=3;AF=0.0303;BIAS=2:2;REFBIAS=33:63;VARBIAS=1:2;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.04713;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0309;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=97;LSEQ=TGTATGTTTCCCTCCTCCAG;RSEQ=AAAAAAAATGTTTATTTCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:3:96,3:0.0303:33,63:1,2 chr4 141446767 . G T 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=141446767;VD=31;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:31;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=31;HICOV=31;LSEQ=AGTACTAATAAAAGTTTAAC;RSEQ=GAGTGTTTTTCTCAGGACTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:31:31:0,31:1:0,0:0,31 chr4 147628705 . TA T 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=494;END=147628706;VD=13;AF=0.0263;BIAS=2:2;REFBIAS=190:289;VARBIAS=2:11;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.08942;ODDRATIO=3.60835;MQ=60;SN=26;HIAF=0.0267;ADJAF=0.0061;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=13;HICOV=487;LSEQ=GTGGATCCTCTAAACTCTTC;RSEQ=AAAAAAAAATACACAAAGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:494:13:479,13:0.0263:190,289:2,11 chr4 147628903 . C T 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=147628903;VD=151;AF=0.9805;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:147;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.875;HIAF=0.9862;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=143;HICOV=145;LSEQ=CCACATGTTCCTGTACAGCA;RSEQ=GATCTTGTCAATCCCCCATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:154:151:0,151:0.9805:0,0:4,147 chr4 147724354 . G GA 76 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=55;END=147724354;VD=4;AF=0.0727;BIAS=1:0;REFBIAS=47:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=45.8;PSTD=1;QUAL=38.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=8;HIAF=0.0769;ADJAF=0.0182;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=52;LSEQ=TGTTGACTAAGATAACTGGT;RSEQ=AAAAAAAAAACAGCATGAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:55:4:47,4:0.0727:47,0:4,0 chr4 147724943 . C G 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=246;END=147724943;VD=123;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:123;VARBIAS=0:123;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=122;HIAF=0.5041;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=122;HICOV=242;LSEQ=CACTGACCTTTCGACAGTTA;RSEQ=AGCAGTTCATCTTCAAGAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:246:123:123,123:0.5:0,123:0,123 chr4 147754592 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=147754592;VD=2;AF=0.25;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2500;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=8;LSEQ=AAATGGAAACTTTCCTCAAA;RSEQ=AAGAGATCTGGAAAGGTTAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:2:6,2:0.25:6,0:2,0 chr4 147754819 . T C 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=210;END=147754819;VD=100;AF=0.4762;BIAS=1:1;REFBIAS=110:0;VARBIAS=99:1;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.47619;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=200;HIAF=0.4785;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=100;HICOV=209;LSEQ=AACTGGTTTAAAATAACTTA;RSEQ=GATGAAAGGGTCACTTAAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:210:100:110,100:0.4762:110,0:99,1 chr4 147788409 . T C 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=147788409;VD=79;AF=0.9875;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=79:0;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=75;HICOV=75;LSEQ=ATATTACTCTATTTATTTAA;RSEQ=TTTCACATATCCCAAAGCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:80:79:0,79:0.9875:0,0:79,0 chr4 147788709 . C T 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=449;END=147788709;VD=216;AF=0.4811;BIAS=2:2;REFBIAS=108:124;VARBIAS=94:122;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.56877;ODDRATIO=1.13009;MQ=60;SN=215;HIAF=0.4909;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=215;HICOV=438;LSEQ=TAAGCCCAAGTAGTAAGAGG;RSEQ=TTCCGCTTCCATCTTTTTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:449:216:232,216:0.4811:108,124:94,122 chr4 147788880 . GA G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=179;END=147788881;VD=4;AF=0.0223;BIAS=1:0;REFBIAS=0:175;VARBIAS=0:4;PMEAN=60.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0226;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=177;LSEQ=CCAAAACCTAGCTATATACT;RSEQ=AAAAAAAAGGCTGATGTAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:4:175,4:0.0223:0,175:0,4 chr4 147788999 . T C 161 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=147788999;VD=32;AF=0.6809;BIAS=1:1;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:32;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=32.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9.667;HIAF=0.6905;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=29;HICOV=42;LSEQ=CATACCATTTGGCAAATATA;RSEQ=AACTTGCTTATATTTAGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:47:32:15,32:0.6809:0,15:0,32 chr4 147824419 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=147824419;VD=2;AF=0.0282;BIAS=1:0;REFBIAS=69:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0290;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=69;LSEQ=ATCCTGTGTGTAGAGGGGTT;RSEQ=GGGAGAATGCTTTCTCTTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:2:69,2:0.0282:69,0:2,0 chr4 147824463 . T C 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=101;END=147824463;VD=51;AF=0.505;BIAS=1:1;REFBIAS=50:0;VARBIAS=51:0;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=50;HICOV=100;LSEQ=GGATGTTACCGGGTGGGAAC;RSEQ=GTAGGCTGAGCACTCAGGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:101:51:50,51:0.505:50,0:51,0 chr4 147824864 . G A 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=490;END=147824864;VD=488;AF=0.9959;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=130:358;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=482;HICOV=482;LSEQ=CAGAGCATACAAGTTATTAT;RSEQ=TACATCTTCGAAGGATTCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:490:488:0,488:0.9959:0,0:130,358 chr4 147830499 . C T 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=147830499;VD=118;AF=0.4816;BIAS=1:1;REFBIAS=2:124;VARBIAS=0:118;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.49848;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.5;HIAF=0.4831;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=114;HICOV=236;LSEQ=TAAAGGTTGAATCATGTTGC;RSEQ=TTTTATCCCTCAGTGAAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:118:126,118:0.4816:2,124:0,118 chr4 147830730 . C CA 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=17;END=147830730;VD=13;AF=0.7647;BIAS=0:1;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:13;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=37.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=26;HIAF=0.7647;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=13;HICOV=17;LSEQ=TTGATATATCAGCCTCCCAC;RSEQ=AAAAAAAACCTCAACAAGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:17:13:3,13:0.7647:0,3:0,13 chr4 147858464 . T C 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=53;END=147858464;VD=53;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=53:0;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=52;HICOV=52;LSEQ=GGAGACAACACACCTTAAAA;RSEQ=GAAGGTTAACAAGCAATTAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:53:53:0,53:1:0,0:53,0 chr4 147859040 . G A 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=147859040;VD=34;AF=0.4789;BIAS=1:1;REFBIAS=0:36;VARBIAS=0:34;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=0.4857;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=34;HICOV=70;LSEQ=GGAAGAATATTAAACCCAGT;RSEQ=TGTAAACAAATAAAACACCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:34:36,34:0.4789:0,36:0,34 chr4 147863829 . G A 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=450;END=147863829;VD=222;AF=0.4933;BIAS=2:2;REFBIAS=73:154;VARBIAS=70:152;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=0.91948;ODDRATIO=1.02926;MQ=60;SN=12.059;HIAF=0.4835;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=205;HICOV=424;LSEQ=TAAGTTCTTAACCCACACCA;RSEQ=TGTAGCCCTAGTAAATTTAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:450:222:227,222:0.4933:73,154:70,152 chr4 156651535 . AATGT A 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=477;END=156651539;VD=213;AF=0.4465;BIAS=2:2;REFBIAS=125:137;VARBIAS=91:122;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.30836;ODDRATIO=1.2227;MQ=60;SN=212;HIAF=0.4589;ADJAF=0.044;SHIFT3=5;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=212;HICOV=462;LSEQ=TCTCCTGTTTAACATGACAA;RSEQ=ATGTACTCACTTCAGTACTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:477:213:262,213:0.4465:125,137:91,122 chr4 156651774 . CA C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=112;END=156651775;VD=3;AF=0.0268;BIAS=1:0;REFBIAS=1:108;VARBIAS=0:3;PMEAN=53.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0270;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=111;LSEQ=TGTGTTTGTGATAGTGTCGT;RSEQ=AAAAAAAGGTTTTTGAATAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:3:109,3:0.0268:1,108:0,3 chr4 164449236 . A C 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=164449236;VD=53;AF=0.5699;BIAS=1:1;REFBIAS=40:0;VARBIAS=53:0;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=52;HICOV=91;LSEQ=ACAGAGCTAATTATATCCGA;RSEQ=CATTTTCTGAAAATCTTTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:93:53:40,53:0.5699:40,0:53,0 chr4 164449273 . G A 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=164449273;VD=61;AF=0.4296;BIAS=1:1;REFBIAS=81:0;VARBIAS=61:0;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=122;HIAF=0.4388;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=61;HICOV=139;LSEQ=TTTGCGTGACTTAAACAAAC;RSEQ=TAATTAATTCCAAATATCAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:61:81,61:0.4296:81,0:61,0 chr4 164449477 . G GTTA 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=489;END=164449477;VD=203;AF=0.4151;BIAS=2:2;REFBIAS=162:120;VARBIAS=118:85;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.92584;ODDRATIO=1.02826706152122;MQ=60.1;SN=406;HIAF=0.4274;ADJAF=0.0491;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.2;HICNT=203;HICOV=475;LSEQ=GCTTAAAACCAAATATGTTA;RSEQ=TTATTTCCAGATGAGACAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:489:203:282,203:0.4151:162,120:118,85 chr4 164449736 . C CTGTT 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=109;END=164449736;VD=42;AF=0.3853;BIAS=1:1;REFBIAS=1:64;VARBIAS=0:42;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.2;SN=84;HIAF=0.4000;ADJAF=0.0642;SHIFT3=9;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=42;HICOV=105;LSEQ=TGGGCTCCTGGGCATTTGGT;RSEQ=TGTTTGTTTTTCTCCTTTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:42:65,42:0.3853:1,64:0,42 chr4 164449779 . A T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=164449779;VD=3;AF=0.0517;BIAS=1:2;REFBIAS=0:55;VARBIAS=1:2;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.05172;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0357;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=56;LSEQ=TTTGAACAAAGTCAGGAAAA;RSEQ=TGTGTCAGTAGGAGAAAGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:3:55,3:0.0517:0,55:1,2 chr4 177137785 . C T 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=98;END=177137785;VD=49;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=49:0;VARBIAS=49:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=98;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=49;HICOV=98;LSEQ=GCTGGGATTACAGGTGTGAG;RSEQ=CACCACACTCGGCTGATATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:98:49:49,49:0.5:49,0:49,0 chr4 177137796 . G A 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=177137796;VD=60;AF=0.5128;BIAS=1:1;REFBIAS=57:0;VARBIAS=60:0;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=59;HIAF=0.5130;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=59;HICOV=115;LSEQ=AGGTGTGAGCCACCACACTC;RSEQ=GCTGATATCTTCTTTATAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:117:60:57,60:0.5128:57,0:60,0 chr4 177137988 . C T 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=479;END=177137988;VD=215;AF=0.4489;BIAS=2:2;REFBIAS=162:101;VARBIAS=125:90;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.45407;ODDRATIO=1.1545;MQ=60;SN=70.667;HIAF=0.4549;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=212;HICOV=466;LSEQ=CCTTCATGTTGAAGCAATAT;RSEQ=CTTTCCACCATACTGCTAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:479:215:263,215:0.4489:162,101:125,90 chr4 187516450 . GGT G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=4;END=187516452;VD=3;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=19;MSI=10;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=4;LSEQ=TCACATCTCTTCTTAGAGGG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:3:1,3:0.75:1,0:3,0 chr4 187516655 . T A 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=187516655;VD=63;AF=0.4599;BIAS=1:1;REFBIAS=73:0;VARBIAS=63:0;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=60;HICOV=132;LSEQ=CAAGTTCAAACACCTATTCA;RSEQ=TAAGAACAGTTTGGCTATTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:63:73,63:0.4599:73,0:63,0 chr4 187516880 . A G 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=435;END=187516880;VD=434;AF=0.9977;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=224:210;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=61;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=427;HICOV=427;LSEQ=TCGGACTGGAAGGAGCTCAG;RSEQ=GACTGCACTTCAGACAGGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:435:434:0,434:0.9977:0,0:224,210 chr5 7870973 . A G 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=519;END=7870973;VD=263;AF=0.5067;BIAS=2:2;REFBIAS=121:134;VARBIAS=133:130;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.4834;ODDRATIO=1.13272090889526;MQ=60;SN=51.6;HIAF=0.5069;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=258;HICOV=509;LSEQ=AAGGCCATCGCAGAAGAAAT;RSEQ=TGTGAGCAAGCTGTGGTACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:519:263:255,263:0.5067:121,134:133,130 chr5 7871126 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=244;END=7871126;VD=3;AF=0.0123;BIAS=1:2;REFBIAS=2:239;VARBIAS=1:2;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.03658;ODDRATIO=52.7426160337553;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0086;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=233;LSEQ=GAAACAAAAGGACACTAATA;RSEQ=CACCACATAGTCTTTGTTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:244:3:241,3:0.0123:2,239:1,2 chr5 7871186 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=7871186;VD=3;AF=0.0166;BIAS=1:0;REFBIAS=0:178;VARBIAS=0:3;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=177;LSEQ=TCAATGGTATAGTAAGATAT;RSEQ=ACCAGCATTTTTTTAATATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:3:178,3:0.0166:0,178:0,3 chr5 13700611 . A T 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=13700611;VD=2;AF=0.0116;BIAS=1:0;REFBIAS=170:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=58;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=AGTCAGTAAGTCCCCATTAA;RSEQ=CATGGGTGTGAATGTAAAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:170,2:0.0116:170,0:2,0 chr5 13701167 . A G 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=234;END=13701167;VD=232;AF=0.9915;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=122:110;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.647;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=215;HICOV=215;LSEQ=AGCTAGGTCTACTTTAAAAA;RSEQ=AAATAGAAAATCAAATCAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:234:232:1,232:0.9915:1,0:122,110 chr5 13701617 . GA G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=315;END=13701618;VD=18;AF=0.0571;BIAS=2:2;REFBIAS=45:248;VARBIAS=3:15;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.74693;ODDRATIO=1.10189194847553;MQ=60;SN=36;HIAF=0.0586;ADJAF=0.0032;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=18;HICOV=307;LSEQ=GTAAACCAGCTATGTTCACT;RSEQ=AAAAAAAAAAAGATGAAATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:315:18:293,18:0.0571:45,248:3,15 chr5 13708058 . TA T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=188;END=13708059;VD=3;AF=0.016;BIAS=1:0;REFBIAS=185:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0164;ADJAF=0.0053;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=183;LSEQ=ACCTGATTCGTGGGATTTGC;RSEQ=AAAAAAAACTTCCTTCCCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:188:3:185,3:0.016:185,0:3,0 chr5 13708585 . G GA 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=141;END=13708585;VD=13;AF=0.0922;BIAS=1:1;REFBIAS=1:109;VARBIAS=0:13;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=26;HIAF=0.1238;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=13;HICOV=105;LSEQ=AATTTATTGCATGGCAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAAGAAAAGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:13:110,13:0.0922:1,109:0,13 chr5 13717471 . T C 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=495;END=13717471;VD=493;AF=0.996;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=312:181;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.3;HIAF=0.9979;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=483;HICOV=484;LSEQ=GTTTTGGATGAACTGCACAG;RSEQ=GGCATTAAAGTCCGCTTGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:495:493:1,493:0.996:1,0:312,181 chr5 13717799 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=13717799;VD=2;AF=0.0208;BIAS=1:0;REFBIAS=0:94;VARBIAS=0:2;PMEAN=66.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0213;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=94;LSEQ=TAACTTTTGGGTGTCCAGAG;RSEQ=CCATTTCTCTCTGAAAAATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:2:94,2:0.0208:0,94:0,2 chr5 13720970 . T TA 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=241;END=13720970;VD=103;AF=0.4274;BIAS=2:1;REFBIAS=109:9;VARBIAS=101:2;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.0655;ODDRATIO=4.14645270970685;MQ=60.5;SN=206;HIAF=0.4661;ADJAF=0.0456;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=103;HICOV=221;LSEQ=TTTCAATGTTAGCTTAAATT;RSEQ=AAAAAAAAAACGCTGTTTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:241:103:118,103:0.4274:109,9:101,2 chr5 13727212 . A C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=13727212;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=CACTGTCCTTCCCCCACTCT;RSEQ=TTCACCCTAATGCCTTTATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chr5 13727350 . A T 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=13727350;VD=71;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=71:0;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=70;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=70;HICOV=70;LSEQ=TACCTGTATGTTATACCTAT;RSEQ=TGCCAACCTTAGAATCATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:71:71:0,71:1:0,0:71,0 chr5 13728002 . A G 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=88;END=13728002;VD=88;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:88;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=87;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=87;HICOV=87;LSEQ=ATTTCAAAGTAGGGAGAGTC;RSEQ=TGGGATATTTAATTTCTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:88:88:0,88:1:0,0:0,88 chr5 13729714 . A G 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=392;END=13729714;VD=388;AF=0.9898;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=54:334;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.516;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=357;HICOV=357;LSEQ=CAGATTTCCCTTCCTTCACT;RSEQ=TAAAACAATCTATTTAGTAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:392:388:0,388:0.9898:0,0:54,334 chr5 13735147 . C A 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=13735147;VD=106;AF=0.4257;BIAS=2:2;REFBIAS=133:9;VARBIAS=100:6;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.12725592091172;MQ=60;SN=105;HIAF=0.4251;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=105;HICOV=247;LSEQ=CAGTCTTACATAATGCAAGG;RSEQ=AATTGTTATAACCAAAAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:106:142,106:0.4257:133,9:100,6 chr5 13735892 . T C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=250;END=13735892;VD=113;AF=0.452;BIAS=2:2;REFBIAS=93:43;VARBIAS=81:32;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.58247;ODDRATIO=1.1696180027603;MQ=60;SN=112;HIAF=0.4590;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=112;HICOV=244;LSEQ=ATCATTTTAGTGCACAGATA;RSEQ=AGAATTCAGCTTGGCTTCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:250:113:136,113:0.452:93,43:81,32 chr5 13737058 . C A 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=13737058;VD=29;AF=0.4677;BIAS=1:1;REFBIAS=33:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4912;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=28;HICOV=57;LSEQ=GCACTAATTCCTCAGATTTC;RSEQ=CTAATTTGTAGTCATCAGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:62:29:33,29:0.4677:33,0:29,0 chr5 13737700 . A G 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=255;END=13737700;VD=120;AF=0.4706;BIAS=2:1;REFBIAS=10:124;VARBIAS=3:117;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.09039;ODDRATIO=3.13256;MQ=60;SN=39;HIAF=0.4718;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=117;HICOV=248;LSEQ=ATGGCTGCTTTGAAGCTCCC;RSEQ=TACTGTATTTATCATAATCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:255:120:134,120:0.4706:10,124:3,117 chr5 13737878 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=30;END=13737879;VD=2;AF=0.0667;BIAS=1:0;REFBIAS=1:27;VARBIAS=0:2;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0667;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=30;LSEQ=ACCCCATCTCTACTAAAATA;RSEQ=AAAAAAAATAGCTGGGCGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:30:2:28,2:0.0667:1,27:0,2 chr5 13750867 . C A 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=13750867;VD=14;AF=0.56;BIAS=0:1;REFBIAS=11:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.5600;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=14;HICOV=25;LSEQ=TGAATTCATAATAGAACACA;RSEQ=TTTTCAGAACAATCAAGTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:25:14:11,14:0.56:11,0:14,0 chr5 13750898 . A G 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=55;END=13750898;VD=30;AF=0.5455;BIAS=1:1;REFBIAS=25:0;VARBIAS=30:0;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=28;HICOV=52;LSEQ=AATCAAGTAATTTAAGAACA;RSEQ=AGTAATGATGCTGAAAATGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:55:30:25,30:0.5455:25,0:30,0 chr5 13750931 . G A 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=77;END=13750931;VD=46;AF=0.5974;BIAS=1:1;REFBIAS=31:0;VARBIAS=46:0;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=45;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=45;HICOV=75;LSEQ=GAAAATGAGACTGATTCCTC;RSEQ=TAGTTTCATCATCAGTCTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:77:46:31,46:0.5974:31,0:46,0 chr5 13754106 . A T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=13754106;VD=2;AF=0.0194;BIAS=1:0;REFBIAS=98:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0194;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=103;LSEQ=TCTTTCTCTGAAATGGCTGG;RSEQ=GGCACACACACACACACAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:103:2:101,2:0.0194:98,3:2,0 chr5 13754222 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=13754222;VD=3;AF=0.01;BIAS=2:0;REFBIAS=252:44;VARBIAS=3:0;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=285;LSEQ=ATGTATACATGCGCCATGTT;RSEQ=GACACACAAAGGAATTTGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:299:3:296,3:0.01:252,44:3,0 chr5 13762631 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=13762631;VD=2;AF=0.0143;BIAS=1:0;REFBIAS=138:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=GAGTCTGTCCCTGCTTAGAG;RSEQ=CTCATATGGTTCTGATTAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:138,2:0.0143:138,0:2,0 chr5 13763277 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=13763277;VD=2;AF=0.0476;BIAS=1:0;REFBIAS=0:40;VARBIAS=0:2;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0588;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=34;LSEQ=TAATGAGATCCAGGGAAAGA;RSEQ=TAAATTATTTAGGTGATGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:2:40,2:0.0476:0,40:0,2 chr5 13765711 . C T 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=13765711;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=TTATACATTTAAAATTTGTG;RSEQ=ATTTATTCATGTTAAGTTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:7,0 chr5 13766584 . C A 156 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=13766584;VD=30;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:30;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=31.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=26;HICOV=26;LSEQ=AGAAAAAAGAAAGGCATAAT;RSEQ=TGAAAGAAAAAGAATAGTCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:30:30:0,30:1:0,0:0,30 chr5 13769353 . G GT 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=258;END=13769353;VD=3;AF=0.0116;BIAS=2:0;REFBIAS=48:193;VARBIAS=0:3;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0145;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=3;HICOV=207;LSEQ=TTGTTCACTTACCCAGTTTT;RSEQ=TTGTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:258:3:241,3:0.0116:48,193:0,3 chr5 13776971 . A C 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=200;END=13776971;VD=199;AF=0.995;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=16:183;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=194;HICOV=194;LSEQ=ATGAAATACACTACGTTTTA;RSEQ=AATAAATAAATGATTCTACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:200:199:0,199:0.995:0,0:16,183 chr5 13786112 . 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G GA 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=400;END=13807852;VD=7;AF=0.0175;BIAS=2:2;REFBIAS=79:291;VARBIAS=1:6;PMEAN=63.4;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.62701;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0201;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=7;HICOV=349;LSEQ=AGCCTAAAATAGAGGGAATT;RSEQ=AAAAAAAAAGAAATGAAATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:400:7:370,7:0.0175:79,291:1,6 chr5 13808806 . C T 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=13808806;VD=16;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=14;HICOV=14;LSEQ=TGGCTGGGCACGGTGGCTCA;RSEQ=GCCTGTAATCCCAGCACTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:16,0 chr5 13809957 . 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G A 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=13810441;VD=235;AF=0.9958;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=22:213;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.375;HIAF=0.9956;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=227;HICOV=228;LSEQ=TTGCTCTAGGGTTTCAATGG;RSEQ=AACAGTAAACATAGAAACAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:236:235:0,235:0.9958:0,0:22,213 chr5 13810467 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=13810467;VD=2;AF=0.0114;BIAS=1:0;REFBIAS=4:170;VARBIAS=0:2;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=TAAACATAGAAACAAGACAC;RSEQ=AGTTGCCCTCCAAGAACAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:174,2:0.0114:4,170:0,2 chr5 13810529 . C G 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=100;END=13810529;VD=99;AF=0.99;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:99;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=98;HIAF=0.9899;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=98;HICOV=99;LSEQ=AGAACAAATGAAGAACTGAT;RSEQ=TCTGAGAATAGCAAGCTGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:100:99:0,99:0.99:0,0:0,99 chr5 13811418 . G A 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=13811418;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=ATATCTCATGTACCCCATAA;RSEQ=TATGTATACCTACTATGTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chr5 13811490 . C T 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=13811490;VD=46;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=46:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=45;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=45;HICOV=45;LSEQ=AGTAATAATTTTGGGATACC;RSEQ=GTTGCATGACTTTGTTAACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:46:46:0,46:1:0,0:46,0 chr5 13811775 . T C 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=506;END=13811775;VD=504;AF=0.996;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=351:153;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=83;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=498;HICOV=498;LSEQ=CCTTCAGAGGAATCAGGCCT;RSEQ=GAAGCATGTTAATGCTCTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:506:504:0,504:0.996:0,0:351,153 chr5 13814450 . C G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=13814450;VD=64;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=63:1;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=62;HICOV=62;LSEQ=CCTCAGACACAGTTTGGCAA;RSEQ=ACTGTTGGTTCATACAGGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:64:64:0,64:1:0,0:63,1 chr5 13814682 . T C 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=469;END=13814682;VD=467;AF=0.9957;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=354:113;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.917;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=455;HICOV=455;LSEQ=CTAAAGGATCTGTTTTCCTT;RSEQ=TTAATTATACAAAAGAAGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:469:467:0,467:0.9957:0,0:354,113 chr5 13814976 . GA G 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=525;END=13814977;VD=19;AF=0.0362;BIAS=2:2;REFBIAS=121:384;VARBIAS=4:15;PMEAN=49.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.18128;MQ=60;SN=38;HIAF=0.0365;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=19;HICOV=520;LSEQ=CTAGAATACCCCACCAAAGG;RSEQ=AAAAAAAAATACATACACTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:525:19:505,19:0.0362:121,384:4,15 chr5 13815049 . AG CT 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=370;END=13815050;VD=334;AF=0.9027;BIAS=2:2;REFBIAS=1:4;VARBIAS=44:290;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.51162;ODDRATIO=1.64484;MQ=60;SN=166;HIAF=0.9881;ADJAF=0.1378;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=332;HICOV=336;LSEQ=GCTTGAAGAACTATTATATT;RSEQ=ATGTAATTTTCATTAATTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:370:334:5,334:0.9027:1,4:44,290 chr5 13815288 . T C 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=13815288;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:20;PMEAN=30.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=19;HICOV=19;LSEQ=AGAGCTTACATTCTAAGGAG;RSEQ=AGAGATGACAAGCAAACAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:0,20 chr5 13817371 . T C 165 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=13817371;VD=33;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=33:0;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=32.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=31;HICOV=31;LSEQ=TAAAATCACTTTATTCAATA;RSEQ=TATCAATTTTCCTTAACAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:33:33:0,33:1:0,0:33,0 chr5 13817437 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=100;END=13817438;VD=2;AF=0.02;BIAS=1:0;REFBIAS=98:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0213;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=94;LSEQ=TATCACAGGGATACAGACAT;RSEQ=TTTTTTAGAAAATATTATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:100:2:98,2:0.02:98,0:2,0 chr5 13817881 . G A 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=326;END=13817881;VD=325;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=37:288;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=320;HICOV=320;LSEQ=GCAACATTGCACTAATTTGT;RSEQ=GTGTACTGTCAGCAGGTGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:326:325:0,325:0.9969:0,0:37,288 chr5 13818209 . T A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=13818209;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:7;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=ATTATCAGCTTTGATTTGTG;RSEQ=TATGTTTTCTTGCTCACCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:0,7 chr5 13820176 . T C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=13820176;VD=21;AF=0.4565;BIAS=1:1;REFBIAS=25:0;VARBIAS=21:0;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=3;NM=1.9;HICNT=20;HICOV=45;LSEQ=ATTTTTATACAAAATGGGGA;RSEQ=AATAATAACCACCTCTCAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:46:21:25,21:0.4565:25,0:21,0 chr5 13820267 . G GT 100 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=198;END=13820267;VD=6;AF=0.0303;BIAS=1:0;REFBIAS=182:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=12;HIAF=0.0324;ADJAF=0.0051;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=6;HICOV=185;LSEQ=GCATAAAGTCACCTAAAAAT;RSEQ=TTTTTTTTTCTCTCTGGTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:6:182,6:0.0303:182,0:6,0 chr5 13820656 . G A 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=326;END=13820656;VD=326;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=55:271;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=53.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=320;HICOV=320;LSEQ=GAAACACAACAATGATGGCC;RSEQ=GACACGGTGGCTCACGCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:326:326:0,326:1:0,0:55,271 chr5 13820693 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=13820693;VD=3;AF=0.0126;BIAS=2:2;REFBIAS=27:209;VARBIAS=1:2;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.31305;ODDRATIO=3.83567949062176;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=231;LSEQ=CCTGTAATCCCAACAATTTG;RSEQ=GAGGCCGAGGCGGGCAGATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:239:3:236,3:0.0126:27,209:1,2 chr5 13820710 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=13820710;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=13:183;VARBIAS=1:1;PMEAN=10.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.13675;ODDRATIO=13.6017410228509;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=194;LSEQ=TTGGGAGGCCGAGGCGGGCA;RSEQ=ATCACAAGGTCAGGAGTTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:2:196,2:0.0101:13,183:1,1 chr5 13820882 . C T 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=13820882;VD=31;AF=0.9688;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:31;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=31;HICOV=31;LSEQ=AGGCAGAGGTTGCAGTAAGC;RSEQ=GAGATTGCACCACTGCACTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:32:31:0,31:0.9688:0,0:0,31 chr5 13820950 . A AAG 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=5;END=13820950;VD=3;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:3;PMEAN=27.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=55.7;SN=6;HIAF=0.6000;ADJAF=0.4;SHIFT3=1;MSI=20;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=5;LSEQ=TCTCAAAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AAACACATCAATGACAATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:5:3:0,3:0.6:0,0:0,3 chr5 13823262 . T C 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=13823262;VD=184;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=182:2;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=368;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=184;HICOV=184;LSEQ=AGTGTTAGCCTCACTGTTGT;RSEQ=ATTTTTGCTGCTCAGAGTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:184:184:0,184:1:0,0:182,2 chr5 13823588 . T A 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=13823588;VD=134;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:134;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=133;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=133;HICOV=133;LSEQ=GGTTATTGCAATGTAACCAC;RSEQ=AACAAATAACATATCACCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:134:134:0,134:1:0,0:0,134 chr5 13823971 . G A 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=13823971;VD=23;AF=0.9583;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=22;HICOV=22;LSEQ=AACTATCACACACTTGTAGA;RSEQ=TTTACACATTATTTCCTACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:24:23:0,23:0.9583:0,0:23,0 chr5 13824080 . A T 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=13824080;VD=130;AF=0.9924;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=130:0;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=128;HICOV=128;LSEQ=TCTTAACATGTGTATTTTTT;RSEQ=AAATCCACTGCAATTCTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:131:130:0,130:0.9924:0,0:130,0 chr5 13829451 . T TA 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=168;END=13829451;VD=166;AF=0.9881;BIAS=0:1;REFBIAS=7:0;VARBIAS=166:0;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=332;HIAF=0.9595;ADJAF=0.125;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=166;HICOV=173;LSEQ=ATTTATTTAAATGTACTTCT;RSEQ=AAAAAACTATGCATATAAAA;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:168:166:7,166:0.9881:7,0:166,0 chr5 13829608 . G A 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=476;END=13829608;VD=473;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=330:143;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66.571;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=466;HICOV=466;LSEQ=CTAAGTGCATAAGACCTCCA;RSEQ=GATGACACACCTGCTTAGAA;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:476:473:0,473:0.9937:0,0:330,143 chr5 13829799 . G A 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=475;END=13829799;VD=471;AF=0.9916;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=165:306;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=93.2;HIAF=0.9957;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=466;HICOV=468;LSEQ=TCAGGGAGTTCCTGCCGTCC;RSEQ=GCATAGCCAGGATTCTAAAC;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:475:471:0,471:0.9916:0,0:165,306 chr5 13829933 . G A 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=401;END=13829933;VD=401;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=217:184;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=79.2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=396;HICOV=396;LSEQ=CAACCAGGGAACTCATTTAC;RSEQ=TATCTCAATCTCGTTTTACC;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:401:401:0,401:1:0,0:217,184 chr5 13830007 . TTTTCAAAAGGAGGTAAAGTTACAATCCCAA T 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=453;END=13830037;VD=440;AF=0.9713;BIAS=2:2;REFBIAS=6:6;VARBIAS=321:119;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.1008;ODDRATIO=2.6906312220847;MQ=60;SN=439;HIAF=0.9756;ADJAF=0.4636;SHIFT3=4;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=439;HICOV=450;LSEQ=CTTTGCTTAACACCAAAAGG;RSEQ=TTTCCATTCAGGAAAACAGA;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:453:440:12,440:0.9713:6,6:321,119 chr5 13830048 . G A 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=396;END=13830048;VD=396;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=291:105;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=131;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=393;HICOV=393;LSEQ=ACAATCCCAATTTCCATTCA;RSEQ=GAAAACAGATGACATATGAC;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:396:396:0,396:1:0,0:291,105 chr5 13830524 . CA C 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=222;END=13830525;VD=208;AF=0.9369;BIAS=2:2;REFBIAS=3:11;VARBIAS=132:76;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.00315;ODDRATIO=6.31592244047243;MQ=60;SN=207;HIAF=0.9452;ADJAF=0.0811;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=207;HICOV=219;LSEQ=CACCCAAGATAAAGGAATAT;RSEQ=AAAAAAAGTCAGGAGGAAGT;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:222:208:14,208:0.9369:3,11:132,76 chr5 13831281 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=13831281;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:5;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=TATATTCTGTGAAACAGATC;RSEQ=GGATCCTTTCAAATAGATTA;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:0,5 chr5 13839092 . T TA 116 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=10;END=13839092;VD=8;AF=0.8;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=7:1;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=38.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=65.2;SN=16;HIAF=0.8889;ADJAF=0.2;SHIFT3=14;MSI=15;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=8;HICOV=9;LSEQ=TACTCAATTTCTTTCCTGCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAGAAAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:10:8:2,8:0.8:2,0:7,1 chr5 13839695 . C T 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=348;END=13839695;VD=346;AF=0.9943;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=63:283;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.25;HIAF=0.9941;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=338;HICOV=340;LSEQ=AATCACTCATTAAATATACA;RSEQ=GTTATTAGCATTCATGTAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:348:346:0,346:0.9943:0,0:63,283 chr5 13840860 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=182;END=13840860;VD=3;AF=0.0165;BIAS=1:0;REFBIAS=179:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=64;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=ACTTACGTTCAGTTAAGACT;RSEQ=AAAAGAAAGCTGATAAGCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:3:179,3:0.0165:179,0:3,0 chr5 13841309 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=243;END=13841309;VD=3;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=18:222;VARBIAS=2:1;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.01842;ODDRATIO=23.8322211630124;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=238;LSEQ=TTTAAATAGAAATACAATGT;RSEQ=ATCAACAGCTGTGATTGTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:243:3:240,3:0.0123:18,222:2,1 chr5 13841459 . T G 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=13841459;VD=66;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=11:55;PMEAN=28.7;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=65;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=65;HICOV=65;LSEQ=TGTTTCCTGTATTTTAATGC;RSEQ=GAATCTATTTTTCTTTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:66:66:0,66:1:0,0:11,55 chr5 13842052 . A T 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=241;END=13842052;VD=218;AF=0.9046;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=22:196;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=26.25;HIAF=0.9211;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=210;HICOV=228;LSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAGCTAT;RSEQ=GTCATATAAAAAGTAAAAAC;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:241:218:0,218:0.9046:0,0:22,196 chr5 13842159 . T TA 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=128;END=13842159;VD=91;AF=0.7109;BIAS=1:1;REFBIAS=0:30;VARBIAS=0:91;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=182;HIAF=0.7109;ADJAF=0.0078;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=91;HICOV=128;LSEQ=TATAAACTACTTCAAAACAA;RSEQ=AAAAAAAAAAGCCATGAAAT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:128:91:30,91:0.7109:0,30:0,91 chr5 13842211 . A G 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=13842211;VD=47;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:46;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=46;HICOV=46;LSEQ=TACAAAATCAATTCCAGGCC;RSEQ=GGCACAGTGGCTCACACCTG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:47:47:0,47:1:0,0:1,46 chr5 13842396 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=13842396;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:3;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=CTAATTGAGAGGCTGAGGCA;RSEQ=GAGAATCACTTGAACACAGG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:0,3 chr5 13844714 . C A 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=13844714;VD=95;AF=0.9896;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=95:0;PMEAN=31.2;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=190;HIAF=0.9896;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=95;HICOV=96;LSEQ=CATGAATGCTACATAAATGC;RSEQ=TTCTTAATCCTAAACTAGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:96:95:0,95:0.9896:0,0:95,0 chr5 13844734 . AT A 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=122;END=13844735;VD=122;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=122:0;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=244;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1475;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=122;HICOV=122;LSEQ=CTTCTTAATCCTAAACTAGC;RSEQ=TTTTTTTAATTTGAATCTAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:122:122:0,122:1:0,0:122,0 chr5 13844874 . G A 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=335;END=13844874;VD=334;AF=0.997;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=255:79;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=330;HICOV=330;LSEQ=CTTGTTATAAACCCGTTTTC;RSEQ=AAGAGCTACTTAAAGACAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:335:334:0,334:0.997:0,0:255,79 chr5 13845045 . G A 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=522;END=13845045;VD=522;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=251:271;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=510;HICOV=510;LSEQ=TGCCCCAGAATCTCTAGAAG;RSEQ=GCAGGATCTGAGACGAAGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:522:522:0,522:1:0,0:251,271 chr5 13845107 . A G 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=340;END=13845107;VD=340;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=22:318;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.895;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=321;HICOV=321;LSEQ=TTTTTTCTCCAAGTACCTAC;RSEQ=AGGAGAGGAAAAACATAAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:340:340:0,340:1:0,0:22,318 chr5 13845151 . C G 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=13845151;VD=296;AF=0.9966;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:296;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41.286;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=289;HICOV=289;LSEQ=TATAACCACACAAAGCTGGT;RSEQ=GTTCAAGGAATAAATTAACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:297:296:0,296:0.9966:0,0:0,296 chr5 13845405 . CAGATAAAAACACTATGTAGAGAGTA C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=19;END=13845430;VD=6;AF=0.3158;BIAS=1:0;REFBIAS=0:13;VARBIAS=0:6;PMEAN=19.2;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3158;ADJAF=0.2632;SHIFT3=37;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=6;HICOV=19;LSEQ=GTATATACTAGGTAGAGAGT;RSEQ=AGATAAAAACACTATGTAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:19:6:13,6:0.3158:0,13:0,6 chr5 13845469 . C G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=13845469;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=GAGAGTAAGATAAAAACACA;RSEQ=CCAGGCAGGTTTTGGTTTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr5 13850739 . T A 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=514;END=13850739;VD=511;AF=0.9942;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=354:157;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=55.778;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=502;HICOV=502;LSEQ=TCTCAAGGATACCGAGAGCT;RSEQ=TCAAAGAGCCAGTGAACTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:514:511:0,511:0.9942:0,0:354,157 chr5 13859807 . G T 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=250;END=13859807;VD=250;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=16:234;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.727;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=239;HICOV=239;LSEQ=AAAAATCTTAATTTTTAACC;RSEQ=CTTTCTTTACAACCTTAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:250:250:0,250:1:0,0:16,234 chr5 13864189 . A G 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=13864189;VD=35;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=35:0;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=70;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=35;HICOV=35;LSEQ=GCTTTATCACCCCCAGGTGA;RSEQ=CCAAACTCATCTACCATAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:35:35:0,35:1:0,0:35,0 chr5 13865041 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=13865041;VD=2;AF=0.0455;BIAS=1:0;REFBIAS=0:42;VARBIAS=0:2;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0476;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=42;LSEQ=TAATTCAATTCTACAAACAT;RSEQ=TACTGAGAACTTACTAAGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:2:42,2:0.0455:0,42:0,2 chr5 13865484 . G A 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=13865484;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=13.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=TTTGTTCCAGATGATAATCT;RSEQ=ACATTAACTTCAAATGTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chr5 13868089 . G T 67 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=429;END=13868089;VD=6;AF=0.014;BIAS=2:2;REFBIAS=116:307;VARBIAS=1:5;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=26.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.88689;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0098;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=4;HICOV=408;LSEQ=AAGTCCATATCTGTTAAGCA;RSEQ=GGCATAAGATTCCTAAAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:429:6:423,6:0.014:116,307:1,5 chr5 13868103 . T TA 98 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=397;END=13868103;VD=7;AF=0.0176;BIAS=2:2;REFBIAS=99:269;VARBIAS=3:4;PMEAN=29.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.3955;ODDRATIO=2.03355363497712;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0166;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=6;HICOV=361;LSEQ=TAAGCAGGGCATAAGATTCC;RSEQ=AAAAAAAAATAGGAAAAACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:397:7:368,7:0.0176:99,269:3,4 chr5 13870582 . A G 166 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=13870582;VD=26;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=26:0;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=25;HICOV=25;LSEQ=AGTTAGTCCATAGCTGATTG;RSEQ=CTTCCTTTCCTGATTCCCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:26:26:0,26:1:0,0:26,0 chr5 13870919 . C A 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=540;END=13870919;VD=6;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=312:222;VARBIAS=3:3;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=0.69717;ODDRATIO=1.40448;MQ=60;SN=5;HIAF=0.0095;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=5;HICOV=525;LSEQ=CAATGGAGATTTGCTCCTCC;RSEQ=TTATTTCTTTCAGCGCTGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:540:6:534,6:0.0111:312,222:3,3 chr5 13871314 . C T 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=102;END=13871314;VD=100;AF=0.9804;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:91;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=97;HICOV=97;LSEQ=TTGTTTTTACAACAACTCAA;RSEQ=ACACATTTCAAAATGTTTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:102:100:0,100:0.9804:0,0:9,91 chr5 13871329 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=13871329;VD=2;AF=0.0215;BIAS=2:2;REFBIAS=12:78;VARBIAS=1:1;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.26398;ODDRATIO=6.28496009050343;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0230;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=7;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=87;LSEQ=CTCAACACACATTTCAAAAT;RSEQ=TTTTTTTAAAAAAGCACATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:2:90,2:0.0215:12,78:1,1 chr5 13871512 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=163;END=13871512;VD=2;AF=0.0123;BIAS=1:2;REFBIAS=156:5;VARBIAS=1:1;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.07248;ODDRATIO=28.59043;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=AGTCCAGAATCAATAATTAT;RSEQ=CAGAAGAAAATTTTTTAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:163:2:161,2:0.0123:156,5:1,1 chr5 13876605 . T C 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=218;END=13876605;VD=218;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=218:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=208;HICOV=208;LSEQ=ATGAGAGTAGGAATAATTTT;RSEQ=TTTCACCTTGCAATCTAGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:218:218:0,218:1:0,0:218,0 chr5 13876664 . T C 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=315;END=13876664;VD=313;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=294:19;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=77.25;HIAF=0.9936;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=309;HICOV=311;LSEQ=ACAAACATTTGCTGAGCACA;RSEQ=ACAAGATGCTCCCTGAAAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:315:313:1,313:0.9937:1,0:294,19 chr5 13882958 . C T 328 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=612;END=13882958;VD=607;AF=0.9918;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=390:217;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.35;HIAF=0.9966;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=587;HICOV=589;LSEQ=GGATATTTTTCAGTTCTGTC;RSEQ=TATCTGTAAAAGAAGTGGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:612:607:1,607:0.9918:1,0:390,217 chr5 13883262 . C G 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=346;END=13883262;VD=344;AF=0.9942;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=40:304;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.933;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=329;HICOV=329;LSEQ=ATACAAAATAAGATTTGCTT;RSEQ=CTTTGTAACCATAAAAATTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:346:344:0,344:0.9942:0,0:40,304 chr5 13883328 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=13883328;VD=2;AF=0.0113;BIAS=1:0;REFBIAS=0:175;VARBIAS=0:2;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=CTAATAAATATTTGTTGAAT;RSEQ=AATGAGTCAATTAAAACTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:2:175,2:0.0113:0,175:0,2 chr5 13884960 . A T 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=277;END=13884960;VD=277;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=261:16;PMEAN=29.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=91.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=274;HICOV=274;LSEQ=ATCTCAAAAAATAAAAATTT;RSEQ=AAAAAAGATGAATATTTTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:277:277:0,277:1:0,0:261,16 chr5 13885023 . GCA G 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=538;END=13885025;VD=465;AF=0.8643;BIAS=2:2;REFBIAS=29:2;VARBIAS=378:87;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.09397;ODDRATIO=3.33174;MQ=60;SN=930;HIAF=0.8692;ADJAF=0.0595;SHIFT3=18;MSI=10;MSILEN=2;NM=0.9;HICNT=465;HICOV=535;LSEQ=GTACATGCACGTGCACACGT;RSEQ=CACACACACACACACACATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:538:465:31,465:0.8643:29,2:378,87 chr5 13885613 . G C 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=13885613;VD=44;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:43;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=42;HICOV=42;LSEQ=CTATGGCTGGAAAAGCTACA;RSEQ=TGGCCCCCAAGGACCTGGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:44:44:0,44:1:0,0:1,43 chr5 13891060 . CA C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=431;END=13891061;VD=5;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=307:119;VARBIAS=4:1;PMEAN=46.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.54911468095983;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0118;ADJAF=0.0023;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=5;HICOV=422;LSEQ=GAATCACCAAAAACCTTAAA;RSEQ=AAAAAAATCAAGGTTTTAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:431:5:426,5:0.0116:307,119:4,1 chr5 13891355 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=214;END=13891355;VD=3;AF=0.014;BIAS=1:0;REFBIAS=2:209;VARBIAS=0:3;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0096;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=208;LSEQ=ATTCTCAGTTACGTATGTTC;RSEQ=CCAGATCCCCACTGATTCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:214:3:211,3:0.014:2,209:0,3 chr5 13895082 . GAAAAGAAGACGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCCGGCTAAAACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCGGGCGTAGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCCCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA G 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=170;END=13895379;VD=152;AF=0.8941;BIAS=1:1;REFBIAS=0:125;VARBIAS=0:152;PMEAN=243.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=304;HIAF=0.5487;ADJAF=0.8941;SHIFT3=10;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=152;HICOV=277;LSEQ=AGTAGCCAAAACAATAAAAA;RSEQ=AAAAGAAGACAAGGACTCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=152;SPANPAIR=53 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:170:152:125,152:0.8941:0,125:0,152 chr5 13899992 . G A 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=13899992;VD=21;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=21:0;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=GCTTCCCGCTGATACCCCTC;RSEQ=TCCCTCTTAACATCCATTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:21:0,21:1:0,0:21,0 chr5 13900170 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=13900170;VD=2;AF=0.0141;BIAS=1:0;REFBIAS=140:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=71;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0142;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=141;LSEQ=CCTGGCCCCAGCCAACTCTG;RSEQ=AGCTGCACCCCATGGCACTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:2:140,2:0.0141:140,0:2,0 chr5 13900345 . A G 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=485;END=13900345;VD=484;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=336:148;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=95.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=479;HICOV=479;LSEQ=CTGAAGTTCCTTTTGTATCT;RSEQ=TCTCGTTTCTGGAAGAGGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:485:484:0,484:0.9979:0,0:336,148 chr5 13902220 . T C 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=368;END=13902220;VD=367;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=161:206;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.938;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=351;HICOV=351;LSEQ=GTTTTGAATCTTTGCAAATG;RSEQ=AACATCCATGAACTTCCGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:368:367:0,367:0.9973:0,0:161,206 chr5 13902588 . G C 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=13902588;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:12;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=TGTGGAAAGCAGGGATCCTT;RSEQ=AAGTGCTGCCCAGTACATGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:0,12 chr5 13911700 . GAA G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=140;END=13911702;VD=137;AF=0.9786;BIAS=0:1;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:137;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=274;HIAF=0.9786;ADJAF=0.1;SHIFT3=6;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=137;HICOV=140;LSEQ=AGCCTATACAATAATTGCCA;RSEQ=AAAAAATAAGTTTAAAGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:140:137:3,137:0.9786:0,3:0,137 chr5 13911832 . T C 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=54;END=13911832;VD=52;AF=0.963;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:52;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25;HIAF=0.9615;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=50;HICOV=52;LSEQ=AGTATTTTCATGATGTTTTA;RSEQ=GTATTTTTGAAAAAATGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:54:52:0,52:0.963:0,0:0,52 chr5 13911908 . A T 145 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=13911908;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:17;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=17;HICOV=17;LSEQ=CCACTAAAATTTTATTGTTA;RSEQ=TCATATCTGAAATAATTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:17:0,17:1:0,0:0,17 chr5 13913510 . T C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=13913510;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=TGGTGTCAACTAGTGCCTGA;RSEQ=ACAGTATACTCTTCATTAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chr5 13913885 . A G 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=550;END=13913885;VD=548;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=314:234;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.25;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=532;HICOV=533;LSEQ=GCCATGTCTTCCAGCCCTTC;RSEQ=ATTGTGGAATCTTGCAGGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:550:548:0,548:0.9964:0,0:314,234 chr5 13914120 . T C 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=356;END=13914120;VD=355;AF=0.9972;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=66:289;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.308;HIAF=0.9971;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=342;HICOV=343;LSEQ=GAACAAGAAAGGTATCAACT;RSEQ=TATTTTCTTAAGTGAAGGCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:356:355:0,355:0.9972:0,0:66,289 chr5 13914193 . T A 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=13914193;VD=196;AF=0.9899;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:188;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=0.9948;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=192;HICOV=193;LSEQ=TCATAGTTTCATGCCTTTGC;RSEQ=TGTACTCACTCATCAGCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:198:196:0,196:0.9899:0,0:8,188 chr5 13914360 . A T 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=97;END=13914360;VD=97;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=61:36;PMEAN=31.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=194;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=97;HICOV=97;LSEQ=ACTCTCTCTCCATTCATCTT;RSEQ=AAGATGCTTAAGGAAAACTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:97:97:0,97:1:0,0:61,36 chr5 13914556 . A G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=300;END=13914556;VD=298;AF=0.9933;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=227:71;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.286;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=284;HICOV=284;LSEQ=CCAATGATATAATAATTACA;RSEQ=AATGATTTAAGATGGTCTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:300:298:0,298:0.9933:0,0:227,71 chr5 13914775 . G T 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=376;END=13914775;VD=374;AF=0.9947;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=94:280;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=45.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=366;HICOV=366;LSEQ=GGATTTTCCAATAAAATGAT;RSEQ=TTAAGCACATAAAACAGCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:376:374:0,374:0.9947:0,0:94,280 chr5 13914796 . T C 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=352;END=13914796;VD=351;AF=0.9972;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=67:284;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=57.5;HIAF=0.9971;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=345;HICOV=346;LSEQ=TTAAGCACATAAAACAGCCA;RSEQ=GGATTGTAAACTGGACTAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:352:351:0,351:0.9972:0,0:67,284 chr5 13914819 . G A 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=306;END=13914819;VD=306;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=36:270;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=302;HICOV=302;LSEQ=ATTGTAAACTGGACTAGAAG;RSEQ=TCCTTAACTCTTCTACTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:306:306:0,306:1:0,0:36,270 chr5 13914985 . C G 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=13914985;VD=70;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:68;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=67;HICOV=67;LSEQ=AAATCGACAATTTAGGCCAC;RSEQ=TTGTCTATGCAGGATGAATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:70:70:0,70:1:0,0:2,68 chr5 13915071 . T C 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=13915071;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:17;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=17;HICOV=17;LSEQ=TGAGTTTCCCCAAATCTCCT;RSEQ=AGGTAGCCTGCTCTAATATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:17:0,17:1:0,0:0,17 chr5 13916302 . C A 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=76;END=13916302;VD=76;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=76:0;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=75;HICOV=75;LSEQ=CTAGAATCAGCCTCTGACAT;RSEQ=AATTTAATTCTATCTCTATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:76:76:0,76:1:0,0:76,0 chr5 13916739 . C T 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=13916739;VD=41;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:41;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=40;HICOV=40;LSEQ=AATATTAATTTTATTAGTCA;RSEQ=ATATGGTTAATCAAATTTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:41:41:0,41:1:0,0:0,41 chr5 13916913 . T C 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=13916913;VD=16;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:2;PMEAN=26.6;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=16;HICOV=16;LSEQ=AGATTAAAAAAAAACATCAC;RSEQ=AGCTAATGACTTTTCCCACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:14,2 chr5 13917017 . A G 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=13917017;VD=65;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=65:0;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9.833;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=59;HICOV=59;LSEQ=TAAATGTTTTAAAATATAAC;RSEQ=TCTCATATACATCTTCAATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:65:65:0,65:1:0,0:65,0 chr5 13917090 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=126;END=13917090;VD=2;AF=0.0159;BIAS=1:0;REFBIAS=123:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0164;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=122;LSEQ=TAGAAATACAGATATTTGTG;RSEQ=GTCTGCGTGTATATACCTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:2:123,2:0.0159:123,0:2,0 chr5 13919083 . C T 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=13919083;VD=148;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=148:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=142;HICOV=142;LSEQ=CAATAACACATATACATACA;RSEQ=GTACACCAGCTAACAATTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:148:148:0,148:1:0,0:148,0 chr5 13919578 . G A 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=13919578;VD=202;AF=0.9902;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:188;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.25;HIAF=0.9949;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=194;HICOV=195;LSEQ=ATCTGGATCATGATATATGC;RSEQ=TATTCCATGCTTCCAATAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:204:202:0,202:0.9902:0,0:14,188 chr5 13919700 . T C 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=13919700;VD=38;AF=0.5278;BIAS=1:1;REFBIAS=0:34;VARBIAS=1:37;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=76;HIAF=0.5278;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=38;HICOV=72;LSEQ=ATGCTTTCCTCTTTTGAAAA;RSEQ=AGTTTATATTTTGGGGGGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:72:38:34,38:0.5278:0,34:1,37 chr5 13920362 . G A 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=13920362;VD=156;AF=0.9873;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=154:2;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51;HIAF=0.9935;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=153;HICOV=154;LSEQ=AGAAACTGGCAAAGTGCAGC;RSEQ=TTTGAGTGATATAAGTATAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:158:156:0,156:0.9873:0,0:154,2 chr5 13920898 . T C 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=13920898;VD=114;AF=0.9913;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:113;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=111;HICOV=111;LSEQ=CCACGCTGCCCCCAGACTGA;RSEQ=GGGACCTTCCAACACTTCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:115:114:0,114:0.9913:0,0:1,113 chr5 13921093 . A AT 70 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=5;END=13921093;VD=4;AF=0.8;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:4;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.4;SN=8;HIAF=0.8000;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=4;HICOV=5;LSEQ=GATAGAATGCCAGCAATTTT;RSEQ=TTTTTTTAGTAGTAAAAATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:4:1,4:0.8:0,1:0,4 chr5 13922666 . T C 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=13922666;VD=31;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:31;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=GGCAACATGGTGAAACCCCA;RSEQ=CTCTACTAAACATACAAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:31:31:0,31:1:0,0:0,31 chr5 13922707 . G C 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=13922707;VD=21;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:21;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=TTAGGCTGGTGTGGTGGCAG;RSEQ=CACCTGTAATCCCAGCTACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:21:0,21:1:0,0:0,21 chr5 13923032 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=12;END=13923033;VD=2;AF=0.1667;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1667;ADJAF=0.0833;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=12;LSEQ=CAGATGCATTTTACTTTGCA;RSEQ=AAAAAAAAAAAGTTATATAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:2:10,2:0.1667:10,0:2,0 chr5 13923121 . A T 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=13923121;VD=74;AF=0.9867;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=74:0;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=72;HICOV=72;LSEQ=AAATTATGCATGGGGAATTC;RSEQ=TTAGAAAAAGAAAGCCCTCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:75:74:1,74:0.9867:1,0:74,0 chr5 13927945 . T C 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=50;END=13927945;VD=50;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=50:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=48;HICOV=48;LSEQ=GCACAGCCTGAGAAGGAATA;RSEQ=GAGACAACTCCAATAAAGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:50:50:0,50:1:0,0:50,0 chr5 13928085 . T C 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=13928085;VD=130;AF=0.9924;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=130:0;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=129;HIAF=0.9923;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=129;HICOV=130;LSEQ=CACATGGACCCACACACGCA;RSEQ=CTCCCTCCCGCCCGCAAGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:131:130:0,130:0.9924:0,0:130,0 chr5 13930999 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=13930999;VD=2;AF=0.0125;BIAS=1:0;REFBIAS=157:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=60;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=157;LSEQ=GACAATGCCATCAGAATCAC;RSEQ=GAACTCAAATGACAATTAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:2:158,2:0.0125:157,1:2,0 chr5 13931205 . G C 327 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=490;END=13931205;VD=490;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=312:178;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=162.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=487;HICOV=487;LSEQ=TCATCAAGTCAGTGAGAAGT;RSEQ=AAACGCATCCCACCTGATTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:490:490:0,490:1:0,0:312,178 chr5 13931340 . C T 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=504;END=13931340;VD=504;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=181:323;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44.818;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=493;HICOV=493;LSEQ=CCCGCTTGGCTTCCTTCTCT;RSEQ=CCTTCAGTCTTTGCTAAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:504:504:0,504:1:0,0:181,323 chr5 13944512 . A C 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=366;END=13944512;VD=365;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=219:146;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=364;HIAF=0.9973;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=364;HICOV=365;LSEQ=GTTAAAACTCGAGTGACGCT;RSEQ=TGCTTCCAGAGCTGTCTCCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:366:365:0,365:0.9973:0,0:219,146 chr5 14011654 . C A 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=14011654;VD=141;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=135:6;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=135;HICOV=135;LSEQ=AGCCCCTCCCTGGTCTCTGC;RSEQ=GCCAACCCCGCGAGCCAGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:141:141:0,141:1:0,0:135,6 chr5 14012046 . T C 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=14012046;VD=30;AF=0.4688;BIAS=1:1;REFBIAS=0:34;VARBIAS=0:30;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=30;HICOV=60;LSEQ=CTCGGGGCCGGCTCCGGTTC;RSEQ=GGGGAAGCCCAGAGCTTCCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:64:30:34,30:0.4688:0,34:0,30 chr5 23507631 . T C 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=125;END=23507631;VD=59;AF=0.472;BIAS=2:2;REFBIAS=55:9;VARBIAS=54:5;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.40141;ODDRATIO=1.75926251715281;MQ=60;SN=118;HIAF=0.4917;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.4;HICNT=59;HICOV=120;LSEQ=ATTTAGCGCCTCCTGACTGC;RSEQ=GAATGGCGGGCTCGCCTTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:125:59:64,59:0.472:55,9:54,5 chr5 23507777 . T C 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=252;END=23507777;VD=128;AF=0.5079;BIAS=2:2;REFBIAS=60:64;VARBIAS=69:59;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.44958;ODDRATIO=1.24635441334098;MQ=60;SN=63;HIAF=0.5164;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=126;HICOV=244;LSEQ=CGGCAGGAGAGCACGGGAGA;RSEQ=TGTGAAGAGCATGGGGAGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:252:128:124,128:0.5079:60,64:69,59 chr5 23507874 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=23507874;VD=2;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=51:111;VARBIAS=1:1;PMEAN=49.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53494;ODDRATIO=2.16515827306976;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=GCTTGGGAGACCCCAGATCC;RSEQ=CTCACCCTGGGAAGCTCCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:162,2:0.0122:51,111:1,1 chr5 23510203 . A G 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=23510203;VD=66;AF=0.5455;BIAS=2:2;REFBIAS=5:49;VARBIAS=7:59;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.16126484967427;MQ=60;SN=65;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=65;HICOV=117;LSEQ=GATGGAGTTTTGCTCTTTTC;RSEQ=CCCAGGCTGGGGTGCAATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:121:66:54,66:0.5455:5,49:7,59 chr5 23510321 . G T 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=94;END=23510321;VD=54;AF=0.5745;BIAS=1:1;REFBIAS=1:39;VARBIAS=0:54;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.42553;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=53;HIAF=0.5824;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=53;HICOV=91;LSEQ=TTACAAGCATCCACCACTAC;RSEQ=CCCAGCTAATTTTTTGTAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:94:54:40,54:0.5745:1,39:0,54 chr5 23522449 . G A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=260;END=23522449;VD=3;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=161:95;VARBIAS=2:1;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.17942609126399;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0079;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=252;LSEQ=GACTGAAAGAAAGATGTATA;RSEQ=CCTGCGAGAAAGAAAGGGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:260:3:256,3:0.0115:161,95:2,1 chr5 23523348 . C T 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=233;END=23523348;VD=118;AF=0.5064;BIAS=2:2;REFBIAS=72:41;VARBIAS=82:36;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.40281;ODDRATIO=1.2955885210857;MQ=60;SN=22.6;HIAF=0.5113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=113;HICOV=221;LSEQ=GACAGTGGAGTAAAATAATT;RSEQ=TTCTGATTTTTACCCTCTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:233:118:113,118:0.5064:72,41:82,36 chr5 23524445 . A C 57 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=368;END=23524445;VD=5;AF=0.0136;BIAS=2:0;REFBIAS=288:75;VARBIAS=5:0;PMEAN=27.6;PSTD=1;QUAL=24.6;QSTD=1;SBF=0.58773;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0121;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=4;HICOV=331;LSEQ=TGCCTGCCTTGACCCCAGGT;RSEQ=TGTGAACTGTGCCCGGGATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:368:5:363,5:0.0136:288,75:5,0 chr5 23526820 . ACACCAAAGGACACATACAGGGGAGAAGCTCTACGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTAGCTGGAAGTCACACCTCCTCATTCACCAGAGGATACACACAGGGGAGAAGCCCTATGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTAGCTGGCAGTCAGTCCTCCTCACT A 123 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=922;END=23526988;VD=18;AF=0.0195;BIAS=2:2;REFBIAS=440:481;VARBIAS=2:16;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=29.6;QSTD=1;SBF=0.00159;ODDRATIO=7.30646;MQ=24.1;SN=17;HIAF=0.0183;ADJAF=0.0195;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.7;HICNT=17;HICOV=930;LSEQ=GTTAAATCAGATGTTATTAC;RSEQ=CACCAGAGGACACACACAGG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=18;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:922:18:921,18:0.0195:440,481:2,16 chr5 23526893 . CA GT 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=834;END=23526894;VD=20;AF=0.024;BIAS=2:2;REFBIAS=364:423;VARBIAS=12:8;PMEAN=26.8;PSTD=1;QUAL=32.6;QSTD=1;SBF=0.26035;ODDRATIO=1.74191750278707;MQ=43.4;SN=5.667;HIAF=0.0245;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.6;HICNT=17;HICOV=695;LSEQ=GGGGCTTTAGCTGGAAGTCA;RSEQ=CCTCCTCATTCACCAGAGGA;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:834:20:787,20:0.024:364,423:12,8 chr5 23526933 . C T 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=716;END=23526933;VD=15;AF=0.0209;BIAS=2:2;REFBIAS=310:371;VARBIAS=8:7;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.60655;ODDRATIO=1.36711006603142;MQ=17.3;SN=1.5;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=9;HICOV=603;LSEQ=GATACACACAGGGGAGAAGC;RSEQ=CTATGTCTGCAGGGAGTGTG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:716:15:681,15:0.0209:310,371:8,7 chr5 23526987 . C G 141 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=647;END=23526987;VD=25;AF=0.0386;BIAS=2:2;REFBIAS=223:389;VARBIAS=19:6;PMEAN=26.6;PSTD=1;QUAL=30.4;QSTD=1;SBF=1e-04;ODDRATIO=5.50903481710004;MQ=12;SN=4;HIAF=0.0344;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=20;HICOV=582;LSEQ=CTGGCAGTCAGTCCTCCTCA;RSEQ=TCACCAGAGGACACACACAG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:647:25:612,25:0.0386:223,389:19,6 chr5 23526999 . C G 123 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=649;END=23526999;VD=34;AF=0.0524;BIAS=2:2;REFBIAS=209:391;VARBIAS=20:14;PMEAN=27.1;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.00585;ODDRATIO=2.66816083673524;MQ=22.1;SN=1.615;HIAF=0.0393;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=3.4;HICNT=21;HICOV=534;LSEQ=CCTCCTCACTCACCAGAGGA;RSEQ=ACACACAGGGGAGAAGCCCT;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:649:34:600,34:0.0524:209,391:20,14 chr5 23527239 . C G 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=388;END=23527239;VD=124;AF=0.3196;BIAS=2:2;REFBIAS=111:142;VARBIAS=70:54;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=27.9;QSTD=1;SBF=0.02802;ODDRATIO=1.65604040738594;MQ=21.6;SN=2.263;HIAF=0.2945;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=86;HICOV=292;LSEQ=CTGGCAGTCAGTCCTCCTCA;RSEQ=TCACCAGAGGACACACACAG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:388:124:253,124:0.3196:111,142:70,54 chr5 23527323 . C G 153 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=503;END=23527323;VD=42;AF=0.0835;BIAS=2:2;REFBIAS=224:235;VARBIAS=20:22;PMEAN=30.1;PSTD=1;QUAL=28.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04843;MQ=11.8;SN=2.5;HIAF=0.0714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=30;HICOV=420;LSEQ=CTGGCAGTCAGTCCTCCTCA;RSEQ=TCACCAGAGGACACACACAG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:503:42:459,42:0.0835:224,235:20,22 chr5 23527335 . C G 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=513;END=23527335;VD=56;AF=0.1092;BIAS=2:2;REFBIAS=231:223;VARBIAS=29:27;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03681738535392;MQ=23.7;SN=2.5;HIAF=0.0928;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=3.2;HICNT=40;HICOV=431;LSEQ=CCTCCTCACTCACCAGAGGA;RSEQ=ACACACAGGGGAGAAGCCCT;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:513:56:454,56:0.1092:231,223:29,27 chr5 23527385 . A C 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=492;END=23527385;VD=34;AF=0.0691;BIAS=2:2;REFBIAS=281:174;VARBIAS=15:19;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=26.1;QSTD=1;SBF=0.04681;ODDRATIO=2.04252;MQ=24.9;SN=1.833;HIAF=0.0513;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=22;HICOV=429;LSEQ=GGGAGTGTGGGCGGGGCTTT;RSEQ=GCAATAAGTCACACCTCCTC;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:492:34:455,34:0.0691:281,174:15,19 chr5 23527387 . CA AG 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=489;END=23527388;VD=12;AF=0.0245;BIAS=2:2;REFBIAS=276:183;VARBIAS=8:4;PMEAN=26.8;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.77065;ODDRATIO=1.32531078537917;MQ=11.7;SN=24;HIAF=0.0278;ADJAF=0.0082;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=12;HICOV=432;LSEQ=GAGTGTGGGCGGGGCTTTAG;RSEQ=ATAAGTCACACCTCCTCAGA;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:489:12:459,12:0.0245:276,183:8,4 chr5 23527441 . T C 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=388;END=23527441;VD=4;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=213:159;VARBIAS=3:1;PMEAN=12.8;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.63962;ODDRATIO=2.23508638608882;MQ=12.2;SN=3;HIAF=0.0086;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=350;LSEQ=CACACAGGGGAGAAGCCCTA;RSEQ=GTCTGCAGGGAGTGTGGGCG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:388:4:372,4:0.0103:213,159:3,1 chr5 23527481 . C A 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=339;END=23527481;VD=6;AF=0.0177;BIAS=2:0;REFBIAS=192:132;VARBIAS=6:0;PMEAN=18.2;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.08481;ODDRATIO=0;MQ=14.8;SN=2;HIAF=0.0141;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=5.2;HICNT=4;HICOV=283;LSEQ=GGGGCTTTCGCGATAAGTCA;RSEQ=ACCTCCTCAGACACCAGAGG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:339:6:324,6:0.0177:192,132:6,0 chr5 23527525 . T C 77 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=386;END=23527525;VD=9;AF=0.0233;BIAS=2:0;REFBIAS=180:157;VARBIAS=9:0;PMEAN=13.2;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.00468;ODDRATIO=0;MQ=10.1;SN=2;HIAF=0.0194;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=6;HICOV=309;LSEQ=CACACAGGGGAGAAGCCCTA;RSEQ=GTCTGCAGGGAGTGTGGGCG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:386:9:337,9:0.0233:180,157:9,0 chr5 23527575 . GTCACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTATGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTAGCAATAAGTCACACCTCCTCAGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTATGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTCGCAATAAGTCACACCTCCTCAGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTACGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTAGCGATAGGTCAAGCCTCTGCTA G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=401;END=23527827;VD=15;AF=0.0374;BIAS=2:2;REFBIAS=224:151;VARBIAS=3:12;PMEAN=26.4;PSTD=1;QUAL=30.1;QSTD=1;SBF=0.0028;ODDRATIO=5.90839;MQ=36;SN=14;HIAF=0.0437;ADJAF=0.0374;SHIFT3=33;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=14;HICOV=320;LSEQ=AGATAAGTCAAACCTCCTCA;RSEQ=TCACCAGAGGACACACACAG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=11;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:401:15:375,15:0.0374:224,151:3,12 chr5 23527609 . TGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTAGCAATAAGTCACACCTCCTCAGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTATGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTCGCAATAAGTCACACCTCCTCAGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTAC T 160 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=508;END=23527777;VD=71;AF=0.1398;BIAS=2:2;REFBIAS=251:194;VARBIAS=33:38;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=26.1;QSTD=1;SBF=0.12489;ODDRATIO=1.48866;MQ=48.7;SN=1.958;HIAF=0.0985;ADJAF=0.1398;SHIFT3=30;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=47;HICOV=477;LSEQ=CACACAGGGGAGAAGCCCTA;RSEQ=GTCTGCAGGGAGTGTGGGCG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=71;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:508:71:445,71:0.1398:251,194:33,38 chr5 23527637 . A C 97 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=449;END=23527637;VD=10;AF=0.0223;BIAS=2:2;REFBIAS=247:191;VARBIAS=5:5;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=29.2;QSTD=1;SBF=0.75374;ODDRATIO=1.29243;MQ=14.3;SN=2.333;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=7;HICOV=401;LSEQ=GGGAGTGTGGGCGGGGCTTT;RSEQ=GCAATAAGTCACACCTCCTC;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:449:10:438,10:0.0223:247,191:5,5 chr5 23527693 . T C 81 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=523;END=23527693;VD=9;AF=0.0172;BIAS=2:2;REFBIAS=266:190;VARBIAS=5:4;PMEAN=14.8;PSTD=1;QUAL=25.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.11972;MQ=20.6;SN=2;HIAF=0.0152;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=6;HICOV=396;LSEQ=CACACAGGGGAGAAGCCCTA;RSEQ=GTCTGCAGGGAGTGTGGGCG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:523:9:456,9:0.0172:266,190:5,4 chr5 23527724 . A G 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=530;END=23527724;VD=27;AF=0.0509;BIAS=2:2;REFBIAS=346:117;VARBIAS=12:15;PMEAN=27.7;PSTD=1;QUAL=28.5;QSTD=1;SBF=0.0013;ODDRATIO=3.68463;MQ=13.4;SN=2.857;HIAF=0.0496;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=20;HICOV=403;LSEQ=AGTGTGGGCGGGGCTTTCGC;RSEQ=ATAAGTCACACCTCCTCAGA;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:530:27:463,27:0.0509:346,117:12,15 chr5 23527744 . ACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCCTACGTCTGCAGGGAGTGTGGGCGGGGCTTTAGCGATAGGTCAAGCCTCTGCTAT A 143 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=595;END=23527828;VD=18;AF=0.0303;BIAS=2:2;REFBIAS=398:182;VARBIAS=8:10;PMEAN=18.3;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.03974;ODDRATIO=2.72842;MQ=27.4;SN=36;HIAF=0.0309;ADJAF=0.0303;SHIFT3=45;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=18;HICOV=583;LSEQ=AATAAGTCACACCTCCTCAG;RSEQ=CACCAGAGGACACACACAGG;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=6;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:595:18:580,18:0.0303:398,182:8,10 chr5 23527919 . A G 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=709;END=23527919;VD=334;AF=0.4711;BIAS=2:2;REFBIAS=174:196;VARBIAS=176:158;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.15151;ODDRATIO=1.25434316320259;MQ=60;SN=46.714;HIAF=0.4788;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=327;HICOV=683;LSEQ=CCTCATCTCAATAGCCACAA;RSEQ=AAGACAAATGTGGTCACCAC;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:709:334:370,334:0.4711:174,196:176,158 chr5 23528007 . G A 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=747;END=23528007;VD=358;AF=0.4793;BIAS=2:2;REFBIAS=183:205;VARBIAS=182:176;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.34077;ODDRATIO=1.15817147886916;MQ=60;SN=24.571;HIAF=0.4745;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=344;HICOV=725;LSEQ=ACCCCTTATATTCCCCGAGA;RSEQ=TATAAAGAGATCGGAAATAA;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:747:358:388,358:0.4793:183,205:182,176 chr5 23528906 . TA T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=12;END=23528907;VD=4;AF=0.3333;BIAS=2:0;REFBIAS=1:6;VARBIAS=0:4;PMEAN=48.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.3636;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=11;LSEQ=TTTTAGATAAGGTGGGCAAG;RSEQ=AAAAAAAAAAAAATGGAGAC;DUPRATE=0.092;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:4:7,4:0.3333:1,6:0,4 chr5 32108688 . T TGTAA 328 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=570;END=32108688;VD=527;AF=0.9246;BIAS=2:2;REFBIAS=38:18;VARBIAS=267:259;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.01657;ODDRATIO=2.04541;MQ=60.1;SN=1054;HIAF=0.8978;ADJAF=0.1386;SHIFT3=8;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=527;HICOV=587;LSEQ=TCAATCATTTTGTATGATTT;RSEQ=GTAAGTAAATGACAGAATGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:570:527:56,527:0.9246:38,18:267,259 chr5 32109122 . C A 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=431;END=32109122;VD=429;AF=0.9954;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=237:192;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=106.25;HIAF=0.9977;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=425;HICOV=426;LSEQ=TGAATTCAAGACTGGTCAGT;RSEQ=CAAGAGCAGACAAAAATATC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:431:429:0,429:0.9954:0,0:237,192 chr5 32109145 . AAGTC A 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=455;END=32109149;VD=427;AF=0.9385;BIAS=2:2;REFBIAS=18:7;VARBIAS=212:215;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.03845;ODDRATIO=2.60261;MQ=60;SN=141.333;HIAF=0.9422;ADJAF=0.0901;SHIFT3=9;MSI=3;MSILEN=4;NM=1.2;HICNT=424;HICOV=450;LSEQ=AGAGCAGACAAAAATATCAC;RSEQ=AGTCAGTCACTGGGTTTCCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:455:427:25,427:0.9385:18,7:212,215 chr5 35641582 . A C 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=621;END=35641582;VD=617;AF=0.9936;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=413:204;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=76.125;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=609;HICOV=609;LSEQ=CTCGCTTGGAGCCAACACTT;RSEQ=ACCTTCTGGGTGTGCAGTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:621:617:2,617:0.9936:2,0:413,204 chr5 35644336 . T G 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=218;END=35644336;VD=216;AF=0.9908;BIAS=0:1;REFBIAS=2:0;VARBIAS=215:1;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=107;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=214;HICOV=214;LSEQ=GAATGGGGTTTGAATTTAGC;RSEQ=TAACTATCAACAATAGTAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:218:216:2,216:0.9908:2,0:215,1 chr5 35644621 . T C 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=410;END=35644621;VD=407;AF=0.9927;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=122:285;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.071;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=393;HICOV=393;LSEQ=GAGCAAAGATGTTTTGATAT;RSEQ=GAAAAGGTTCTATAGAACTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:410:407:0,407:0.9927:0,0:122,285 chr5 35644818 . ACT A 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=105;END=35644820;VD=103;AF=0.981;BIAS=0:1;REFBIAS=0:2;VARBIAS=2:101;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=206;HIAF=0.9810;ADJAF=0.0857;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=103;HICOV=105;LSEQ=CTCCATCCTGACTCTTGCTG;RSEQ=CTCACCTCTACTTGTGGCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:105:103:2,103:0.981:0,2:2,101 chr5 35647166 . T G 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=35647166;VD=58;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:58;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=56;HICOV=56;LSEQ=GGCAGTCTGGACTCCTGTGT;RSEQ=GAAAAAGATTCTGTGGTCAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:58:58:0,58:1:0,0:0,58 chr5 35647172 . AG A 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=55;END=35647173;VD=55;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:55;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1273;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=54;HICOV=54;LSEQ=CTGGACTCCTGTGTTGAAAA;RSEQ=ATTCTGTGGTCAATAACAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:55:55:0,55:1:0,0:0,55 chr5 35649176 . T C 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=55;END=35649176;VD=55;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=55:0;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=54;HICOV=54;LSEQ=GTATCCAAAAATGTATGTCC;RSEQ=GACTCTTTGATAATCTTTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:55:55:0,55:1:0,0:55,0 chr5 35649665 . T G 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=260;END=35649665;VD=259;AF=0.9962;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=1:258;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=128.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=257;HICOV=257;LSEQ=ATCTTGATTCAGAGAGTAAT;RSEQ=AGGGAAGATAAATGAGCTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:260:259:1,259:0.9962:0,1:1,258 chr5 35654711 . C T 336 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=624;END=35654711;VD=622;AF=0.9968;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=345:277;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=87.857;HIAF=0.9968;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=615;HICOV=617;LSEQ=TTAAATACTTACTCAGATGA;RSEQ=GAGTACATTAAAAAAATCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:624:622:0,622:0.9968:0,0:345,277 chr5 35658893 . G A 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=35658893;VD=112;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=112:0;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=224;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=112;HICOV=112;LSEQ=TTTGAATGAAGTAATAATTT;RSEQ=TTTAAAGTAATTGTGAGTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:112:112:0,112:1:0,0:112,0 chr5 35659355 . T C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=448;END=35659355;VD=445;AF=0.9933;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=96:349;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.722;HIAF=0.9977;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.3;HICNT=427;HICOV=428;LSEQ=TTTCTAAGGTTACTTTTGTT;RSEQ=CTTTCTACCAAGTCGTGGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:448:445:0,445:0.9933:0,0:96,349 chr5 35667368 . AT A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=522;END=35667369;VD=6;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=142:373;VARBIAS=1:5;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.90151;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0119;ADJAF=0.0019;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=6;HICOV=503;LSEQ=ATGTTGACAAATAAGTAAGT;RSEQ=TTTTTTTGTAATAACAGTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:522:6:515,6:0.0115:142,373:1,5 chr5 35669803 . A G 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=35669803;VD=10;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=TAAAAATATTGAGTACAGTC;RSEQ=GAACACTTAGGTTCCTTAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:10:10:0,10:1:0,0:10,0 chr5 35670025 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=35670025;VD=2;AF=0.0112;BIAS=1:0;REFBIAS=176:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=171;LSEQ=GTCATTGCACATATGGTAAC;RSEQ=TTTAAGATCATTTTTCAGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:2:176,2:0.0112:176,0:2,0 chr5 35670143 . C CT 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=442;END=35670143;VD=9;AF=0.0204;BIAS=2:2;REFBIAS=319:92;VARBIAS=6:3;PMEAN=46.8;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=0.42919;ODDRATIO=1.73111;MQ=62.8;SN=18;HIAF=0.0230;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=9;HICOV=392;LSEQ=AACCATTGATTCATCTCTAC;RSEQ=TTTTTTTTGTGCGATAGTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:442:9:411,9:0.0204:319,92:6,3 chr5 35670741 . A G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=35670741;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=GGCAAAATGAAAGAGGAGGA;RSEQ=GTCTGGGTTTTATGAATAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr5 35697515 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=35697515;VD=2;AF=0.0357;BIAS=1:0;REFBIAS=54:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=16.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0370;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=54;LSEQ=GCTAGAGCCCAAGAAGAGAG;RSEQ=TCAATCTTTCTGATTTAAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:56:2:54,2:0.0357:54,0:2,0 chr5 35705893 . CA C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=348;END=35705894;VD=4;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=77:267;VARBIAS=1:3;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.15537480358628;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=343;LSEQ=AATTCTTACGACTGAAATAG;RSEQ=AAAAAAAAGAATAAAGGTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:348:4:344,4:0.0115:77,267:1,3 chr5 35708770 . G C 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=35708770;VD=33;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=32:1;PMEAN=8.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.4;SN=66;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=33;HICOV=33;LSEQ=CTCCACCACCACTACCACCA;RSEQ=CACCATCACCACCTCTACCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:33:33:0,33:1:0,0:32,1 chr5 35708783 . CTCTACCTCCATCAC TACCACCAT 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=38;END=35708797;VD=37;AF=0.9737;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=36:1;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.6;SN=74;HIAF=0.9737;ADJAF=0.0526;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=37;HICOV=38;LSEQ=ACCACCAGCACCATCACCAC;RSEQ=CATCACCACCACTACCCATC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:38:37:1,37:0.9737:1,0:36,1 chr5 35708790 . T A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=35708790;VD=2;AF=0.0541;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=8.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=GCACCATCACCACCTCTACC;RSEQ=CCATCACCATCACCACCACT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:37:2:0,2:0.0541:0,0:2,0 chr5 35708794 . TCAC T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=38;END=35708797;VD=2;AF=0.0526;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=CATCACCACCTCTACCTCCA;RSEQ=CATCACCACCACTACCCATC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:38:2:1,2:0.0526:1,0:2,0 chr5 35709095 . C T 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=524;END=35709095;VD=521;AF=0.9943;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=295:226;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.05;HIAF=0.9960;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=501;HICOV=503;LSEQ=AGCTGAGAAAAAAGCAGCAG;RSEQ=TTCCCTGGCTGAGCTTCCAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:524:521:0,521:0.9943:0,0:295,226 chr5 35709184 . G C 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=517;END=35709184;VD=516;AF=0.9981;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=195:321;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.9980;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=504;HICOV=505;LSEQ=AAATTCATCAAAGCCATGTG;RSEQ=CTTCAAAAACTCCTACTGCA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:517:516:0,516:0.9981:0,0:195,321 chr5 35709369 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=35709369;VD=2;AF=0.0121;BIAS=1:0;REFBIAS=2:161;VARBIAS=0:2;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=163;LSEQ=CACTCAGATGGAAGTGGAAA;RSEQ=GCCCTCGGAGTAGCTAAAAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:2:163,2:0.0121:2,161:0,2 chr5 35712513 . C T 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=35712513;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=26.1;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.1;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=GGCTTTGGCATCATTTTTAT;RSEQ=ACAGATACAGTTGTCTTGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:7,0 chr5 35712556 . C T 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=35712556;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=ATAGGCACATTCAGTTGAAA;RSEQ=AAATCCAAATACAGCCATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:12,0 chr5 35712580 . C T 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=35712580;VD=21;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=21:0;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=TCCAAATACAGCCATATGCT;RSEQ=CAAATGGATTTGTGATTAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:21:0,21:1:0,0:21,0 chr5 35712599 . A T 179 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=35712599;VD=31;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=31:0;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=31;HICOV=31;LSEQ=TCCAAATGGATTTGTGATTA;RSEQ=CTTTTAAAAATGCCACAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:31:31:0,31:1:0,0:31,0 chr5 35712780 . A G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=262;END=35712780;VD=260;AF=0.9924;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=260:0;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.444;HIAF=0.9959;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=242;HICOV=243;LSEQ=TAATTTTAACTCAAAGTAAA;RSEQ=ACCTGAGCCATTTTATGCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:262:260:0,260:0.9924:0,0:260,0 chr5 35713007 . T G 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=355;END=35713007;VD=353;AF=0.9944;BIAS=2:2;REFBIAS=1:1;VARBIAS=129:224;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.73351;MQ=60;SN=24.214;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=339;HICOV=339;LSEQ=AGGTACAGCAGATAAAAATA;RSEQ=ATATAATTACATGTAATTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:355:353:2,353:0.9944:1,1:129,224 chr5 35713136 . G A 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=35713136;VD=179;AF=0.9944;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:178;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=358;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=179;HICOV=179;LSEQ=CCTTGCCAAAGAATATAGTC;RSEQ=CAAACTTTCTGCATCCTGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:180:179:0,179:0.9944:0,0:1,178 chr5 35713173 . G A 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=35713173;VD=139;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:138;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=137;HICOV=137;LSEQ=TGGCGCTTACCAAAGGCCCT;RSEQ=CTGAGAAAAGTGATGCTTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:139:139:0,139:1:0,0:1,138 chr5 35713265 . A G 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=35713265;VD=32;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:32;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=ATTTTAGCTGTTATCCTTGG;RSEQ=CTAAGCTGTGCCATCCGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:32:32:0,32:1:0,0:0,32 chr5 35713277 . C T 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=35713277;VD=29;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:29;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.1;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=ATCCTTGGACTAAGCTGTGC;RSEQ=ATCCGAAAGCTACATACTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:29:29:0,29:1:0,0:0,29 chr5 35713281 . C A 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=35713281;VD=25;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:25;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=25;HICOV=25;LSEQ=TTGGACTAAGCTGTGCCATC;RSEQ=GAAAGCTACATACTGAATCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:25:25:0,25:1:0,0:0,25 chr5 35727501 . A G 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=35727501;VD=42;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=42:0;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=41;HICOV=41;LSEQ=CTAAACTTTATAAAAGTCAC;RSEQ=TGTTCATTCTGAAAGCAAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:42:42:0,42:1:0,0:42,0 chr5 35739960 . A G 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=265;END=35739960;VD=258;AF=0.9736;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=231:27;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.2;HIAF=0.9838;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=243;HICOV=247;LSEQ=CTTGGGACTGTTCTTTTGAC;RSEQ=CTATTATTCAGAAGAACTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:265:258:0,258:0.9736:0,0:231,27 chr5 35753423 . A AT 32 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=23;END=35753423;VD=2;AF=0.087;BIAS=1:0;REFBIAS=20:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0952;ADJAF=0.0435;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=2;HICOV=21;LSEQ=GGGCTTTTTCAACCAAACAC;RSEQ=TTTTTTTTTAGGAAGGATTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:23:2:20,2:0.087:20,0:2,0 chr5 35753715 . T C 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=350;END=35753715;VD=349;AF=0.9971;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=223:126;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86.25;HIAF=0.9971;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=345;HICOV=346;LSEQ=CATAGCCACCATGCCTGTTT;RSEQ=TTCTGTTCAGGATCTGCGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:350:349:0,349:0.9971:0,0:223,126 chr5 35759958 . G GT 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=237;END=35759958;VD=175;AF=0.7384;BIAS=1:1;REFBIAS=0:45;VARBIAS=0:175;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.3;SN=13.583;HIAF=0.7342;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=163;HICOV=222;LSEQ=AAGCTCTAATAACCAAACAT;RSEQ=TTTTTTTTTTAACGTTAGTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:237:175:45,175:0.7384:0,45:0,175 chr5 35760068 . C T 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=82;END=35760068;VD=80;AF=0.9756;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:80;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=77;HICOV=77;LSEQ=AGATAAAATGTGTTTTATGA;RSEQ=GGAGTCATCCCACAGACTCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:82:80:0,80:0.9756:0,0:0,80 chr5 35763877 . AG A 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=360;END=35763878;VD=359;AF=0.9972;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=46:313;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=718;HIAF=1.0000;ADJAF=0.0972;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=359;HICOV=359;LSEQ=AAGGTTGGTAATATGCTATA;RSEQ=TGGAAAATTGACACAATGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:360:359:0,359:0.9972:0,0:46,313 chr5 35763895 . T C 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=323;END=35763895;VD=320;AF=0.9907;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=27:293;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44.714;HIAF=0.9937;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=313;HICOV=315;LSEQ=TAAGTGGAAAATTGACACAA;RSEQ=GCTCTCAAGCACTGTAGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:323:320:0,320:0.9907:0,0:27,293 chr5 35763916 . A G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=282;END=35763916;VD=282;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:276;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=273;HICOV=273;LSEQ=GCTCTCAAGCACTGTAGAAA;RSEQ=TTGTACCTTCGAAACATTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:282:282:0,282:1:0,0:6,276 chr5 35763968 . G T 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=35763968;VD=159;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:158;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=154;HICOV=154;LSEQ=AAATAGAGAAATGTGATTCA;RSEQ=TCAACAAATATTTGAGATCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:159:159:0,159:1:0,0:1,158 chr5 35764144 . AG A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=16;END=35764145;VD=6;AF=0.375;BIAS=0:0;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:6;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3750;ADJAF=0.0625;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=6;HICOV=16;LSEQ=GAAGTCACATCCCTGCTTGC;RSEQ=GGGCACATGCAATTGCCATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:6:10,6:0.375:0,10:0,6 chr5 35779097 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=35779097;VD=2;AF=0.0109;BIAS=1:0;REFBIAS=181:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=178;LSEQ=AATTGAAATTTATAAGCATG;RSEQ=AGATGGAGTTGTCTAAGAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:2:181,2:0.0109:181,0:2,0 chr5 35779615 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=35779615;VD=2;AF=0.0171;BIAS=1:0;REFBIAS=1:114;VARBIAS=0:2;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0174;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=115;LSEQ=TGTTTCATACAACATAGACC;RSEQ=TAATTAAACAAGCAGGACCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:2:115,2:0.0171:1,114:0,2 chr5 35792122 . A T 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=35792122;VD=21;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=21:0;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=TAAAATCATATATATTTTTT;RSEQ=AAAATTTAGCCTATTCTGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:21:0,21:1:0,0:21,0 chr5 35792356 . A C 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=234;END=35792356;VD=234;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=221:13;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=226;HICOV=226;LSEQ=ATATGAATAAAGAGAGTTTT;RSEQ=AAATACTCATTGCTTCTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:234:234:0,234:1:0,0:221,13 chr5 35793601 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=253;END=35793601;VD=3;AF=0.0119;BIAS=1:0;REFBIAS=1:249;VARBIAS=0:3;PMEAN=51.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0081;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=247;LSEQ=CAGCACAGGCAGTGTCAAAG;RSEQ=CCCAGCCAGAAGCCTGGCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:253:3:250,3:0.0119:1,249:0,3 chr5 35795738 . T C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=293;END=35795738;VD=288;AF=0.9829;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=246:42;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.8;HIAF=0.9929;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=278;HICOV=280;LSEQ=CAAGATTGGCTCAGTCTCTG;RSEQ=GGCTTTTAGAGGAACATCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:293:288:0,288:0.9829:0,0:246,42 chr5 35799993 . GA G 92 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=384;END=35799994;VD=6;AF=0.0156;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:4;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0162;ADJAF=0.0104;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=6;HICOV=370;LSEQ=CTTATTCCAAAGCTCCTGGG;RSEQ=GATTCTTCATTGCATGACTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:384:6:0,6:0.0156:0,0:2,4 chr5 35799994 . A G 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=384;END=35799994;VD=377;AF=0.9818;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=321:56;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.9838;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=364;HICOV=370;LSEQ=TTATTCCAAAGCTCCTGGGG;RSEQ=GATTCTTCATTGCATGACTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:384:377:0,377:0.9818:0,0:321,56 chr5 35807070 . T C 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=559;END=35807070;VD=282;AF=0.5045;BIAS=2:2;REFBIAS=123:152;VARBIAS=130:152;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.79853;ODDRATIO=1.05678083422279;MQ=60;SN=34.25;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=274;HICOV=548;LSEQ=CAGAGGTTGGTTAAATTATT;RSEQ=TGAAAAAAGTTGGCCTCAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:559:282:275,282:0.5045:123,152:130,152 chr5 35807455 . T G 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=35807455;VD=111;AF=0.4955;BIAS=1:1;REFBIAS=2:111;VARBIAS=3:108;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.68186;ODDRATIO=1.53872193755866;MQ=60;SN=222;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=111;HICOV=222;LSEQ=CATGGAAGAGAAAGAAGCTG;RSEQ=ACTCTGCCAGGCCAGGCCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:224:111:113,111:0.4955:2,111:3,108 chr5 35815010 . C G 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=35815010;VD=7;AF=0.875;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:7;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.8750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=7;HICOV=8;LSEQ=TCCACATCAGCACAGTGCTT;RSEQ=TAGGTACATCTTACAGTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:7:1,7:0.875:0,1:0,7 chr5 53815495 . A C 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=521;END=53815495;VD=227;AF=0.4357;BIAS=2:2;REFBIAS=152:142;VARBIAS=111:116;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.53735;ODDRATIO=1.1184;MQ=60;SN=36.833;HIAF=0.4342;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=221;HICOV=509;LSEQ=GTACCACTGTGGGTTTCAGA;RSEQ=TCATATTCTACAGGTGAGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:521:227:294,227:0.4357:152,142:111,116 chr5 53815560 . A C 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=435;END=53815560;VD=244;AF=0.5609;BIAS=2:2;REFBIAS=62:128;VARBIAS=87:157;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.54175;ODDRATIO=1.14368059288402;MQ=60;SN=60;HIAF=0.5647;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=240;HICOV=425;LSEQ=GGTCTTTTCCCTAGAGTGTA;RSEQ=GTTGGATTGCTCGACAGGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:435:244:190,244:0.5609:62,128:87,157 chr5 53815722 . G A 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=53815722;VD=71;AF=0.4303;BIAS=1:1;REFBIAS=0:94;VARBIAS=0:71;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=70;HIAF=0.4321;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=70;HICOV=162;LSEQ=TCTGTAATCTTGAGACGAGG;RSEQ=TAGAATTAGAAGGGGACCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:71:94,71:0.4303:0,94:0,71 chr5 53815918 . A C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=53815918;VD=3;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:3;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=CAATTCTCTGAGTTTAAGAA;RSEQ=TTCCTGCAAAGAATTCTTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:3:3,3:0.5:0,3:0,3 chr5 53815920 . T G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=53815920;VD=3;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:3;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=ATTCTCTGAGTTTAAGAAAT;RSEQ=CCTGCAAAGAATTCTTGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:3:3,3:0.5:0,3:0,3 chr5 54516058 . A T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=237;END=54516058;VD=237;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=236:1;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.625;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=229;HICOV=229;LSEQ=TTTTGTAGCAGAAATTTACA;RSEQ=TGCATCGGTATCAAGATGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:237:237:0,237:1:0,0:236,1 chr5 54516752 . C G 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=420;END=54516752;VD=419;AF=0.9976;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=193:226;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=138.667;HIAF=0.9976;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=416;HICOV=417;LSEQ=TCAGCGGTACTCTCCTCTCC;RSEQ=GGGCCCCCACGGGTCCCGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:420:419:1,419:0.9976:0,1:193,226 chr5 54517102 . C CT 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=138;END=54517102;VD=110;AF=0.7971;BIAS=1:1;REFBIAS=0:27;VARBIAS=1:109;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=32.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.3;SN=6.786;HIAF=0.7787;ADJAF=0.0652;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=95;HICOV=122;LSEQ=TGAGAATAATAATCAATTTA;RSEQ=TTTTTTTTTAAAACAAAGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:138:110:27,110:0.7971:0,27:1,109 chr5 54517752 . CA C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=42;END=54517753;VD=4;AF=0.0952;BIAS=1:0;REFBIAS=38:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.1026;ADJAF=0.0476;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=4;HICOV=39;LSEQ=GACAGAGCGAGACTCCGTCT;RSEQ=AAAAAAAAATGAATAAATAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:4:38,4:0.0952:38,0:4,0 chr5 54517835 . C G 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=200;END=54517835;VD=200;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=199:1;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.571;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=193;HICOV=193;LSEQ=TAGAATTATTCCCACTTAAC;RSEQ=AATTTGGAAACAGGTGGAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:200:200:0,200:1:0,0:199,1 chr5 54518937 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=54518937;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:0;REFBIAS=33:213;VARBIAS=0:3;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=245;LSEQ=GGCGTCCCTGTTAAAAATCT;RSEQ=GCAGGCACTATGCAATATAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:3:246,3:0.012:33,213:0,3 chr5 54522309 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=54522309;VD=2;AF=0.0114;BIAS=1:0;REFBIAS=168:5;VARBIAS=2:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=GCTGAGTGTGCCTGCGCTCC;RSEQ=GACCCGAGAGGAGCTTTTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:173,2:0.0114:168,5:2,0 chr5 54523141 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=125;END=54523141;VD=2;AF=0.016;BIAS=1:0;REFBIAS=0:123;VARBIAS=0:2;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0160;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=125;LSEQ=AGGAGGTGCTGAGAGATGGC;RSEQ=GGGGAGGGGGAGGACCGCCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:125:2:123,2:0.016:0,123:0,2 chr5 54527871 . T TA 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=212;END=54527871;VD=154;AF=0.7264;BIAS=2:2;REFBIAS=11:38;VARBIAS=19:135;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.10477;ODDRATIO=2.04857;MQ=60.3;SN=153;HIAF=0.7500;ADJAF=0.0519;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=153;HICOV=204;LSEQ=TGATCTAACTACTGTCCAAC;RSEQ=AAAAAAAAAAAGCTTGGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:212:154:49,154:0.7264:11,38:19,135 chr5 54528590 . G A 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=54528590;VD=122;AF=0.9839;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:122;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.667;HIAF=0.9835;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=119;HICOV=121;LSEQ=GTGCAGAGAGCGTCGTACAC;RSEQ=TTACCTCGCGTAATGGGCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:124:122:0,122:0.9839:0,0:0,122 chr5 56110684 . C A 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=83;END=56110684;VD=83;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=82:1;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=166;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=83;HICOV=83;LSEQ=CAATAGAGAAGGAATGTTTT;RSEQ=TTTTCAAAAGAAAACACAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:83:83:0,83:1:0,0:82,1 chr5 56110857 . G C 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=250;END=56110857;VD=250;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=187:63;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=242;HICOV=242;LSEQ=GCCCACTGCAAAGGGCAGTG;RSEQ=GAATGACAGACTGTAAACCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:250:250:0,250:1:0,0:187,63 chr5 56110937 . G A 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=443;END=56110937;VD=437;AF=0.9865;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=287:150;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.615;HIAF=0.9907;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=424;HICOV=428;LSEQ=GGAACTAATTCTTTCTTTCG;RSEQ=AAGGTGCAACTCCCCTCCCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:443:437:1,437:0.9865:1,0:287,150 chr5 56110992 . G T 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=522;END=56110992;VD=518;AF=0.9923;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=334:184;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.54184;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.185;HIAF=0.9980;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=491;HICOV=492;LSEQ=CCGGGCCGAGATTGCCGAGA;RSEQ=GAAGCGGCGCAGCGCTGCCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:522:518:2,518:0.9923:2,0:334,184 chr5 56111087 . A C 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=442;END=56111087;VD=442;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=188:254;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=87.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=437;HICOV=437;LSEQ=GCAGCGCGCAGAGTCCCGGG;RSEQ=GCCCACGCCTCCGCCTCCGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:442:442:0,442:1:0,0:188,254 chr5 56111460 . G A 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=418;END=56111460;VD=192;AF=0.4593;BIAS=2:2;REFBIAS=119:104;VARBIAS=99:93;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=0.76756;ODDRATIO=1.0747;MQ=60;SN=11;HIAF=0.4456;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=176;HICOV=395;LSEQ=TTCCCGGGCGCCAGGGCTAC;RSEQ=AGCCCTGAGGCAGGCGGCGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:418:192:223,192:0.4593:119,104:99,93 chr5 56111751 . G C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=416;END=56111751;VD=397;AF=0.9543;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=211:186;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.46985;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38.7;HIAF=0.9627;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=387;HICOV=402;LSEQ=CCGCCGCCCCACGGAGCCGC;RSEQ=AGCCGCGGCGGCGCCCACCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:416:397:1,397:0.9543:0,1:211,186 chr5 56111957 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=56111957;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:0;REFBIAS=61:183;VARBIAS=0:3;PMEAN=25.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0089;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=225;LSEQ=TGAATGAACCCCGGGCACCA;RSEQ=GCACGGCGTCCCGGGGTTCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:3:244,3:0.012:61,183:0,3 chr5 56111998 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=56111998;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=22:165;VARBIAS=1:1;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.22915;ODDRATIO=7.35835172921266;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=GCGCAGCGAGGCTACGCGCC;RSEQ=CTCGCCGGGACCTACGCCCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:2:187,2:0.0106:22,165:1,1 chr5 56112698 . C T 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=97;END=56112698;VD=97;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=96:1;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=95;HICOV=95;LSEQ=TGTTTGGAGTTTGAATTTGG;RSEQ=CTTTGAAGTTTGCATTTGGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:97:97:0,97:1:0,0:96,1 chr5 56112808 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=56112808;VD=3;AF=0.0197;BIAS=2:2;REFBIAS=98:51;VARBIAS=2:1;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.04055024296848;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0197;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=152;LSEQ=CAGCCCCTCCGGCTTGGCCC;RSEQ=GGGACTGCGGCGCGGGTGCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:3:149,3:0.0197:98,51:2,1 chr5 56116085 . A G 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=56116085;VD=164;AF=0.982;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=163:1;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.333;HIAF=0.9814;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=158;HICOV=161;LSEQ=AACTCATCTGAGATGGTAAA;RSEQ=CCTCATGATTACACAACTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:167:164:0,164:0.982:0,0:163,1 chr5 56116772 . C A 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=56116772;VD=221;AF=0.9866;BIAS=0:1;REFBIAS=0:3;VARBIAS=2:219;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.812;HIAF=0.9951;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.4;HICNT=205;HICOV=206;LSEQ=TCTGATAAGAATATATACAA;RSEQ=ACTGCATGTTCAGGCATGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:224:221:3,221:0.9866:0,3:2,219 chr5 56116790 . G GT 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=221;END=56116790;VD=6;AF=0.0271;BIAS=1:0;REFBIAS=2:189;VARBIAS=0:6;PMEAN=29.8;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=12;HIAF=0.0328;ADJAF=0.0045;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=6;HICOV=183;LSEQ=AACACTGCATGTTCAGGCAT;RSEQ=TTTTTTTTTCTTCCAAGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:221:6:191,6:0.0271:2,189:0,6 chr5 56116844 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=56116844;VD=2;AF=0.0133;BIAS=1:0;REFBIAS=1:147;VARBIAS=0:2;PMEAN=46.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=147;LSEQ=GATACGGGGAGCAAGAAATT;RSEQ=AACATCTGCTACTGCTAGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:150:2:148,2:0.0133:1,147:0,2 chr5 56160205 . CT C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=7;END=56160206;VD=4;AF=0.5714;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5714;ADJAF=0.1429;SHIFT3=16;MSI=17;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=7;LSEQ=TCTTCTTTGGATAATAGTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:7:4:3,4:0.5714:3,0:4,0 chr5 56160541 . TA T 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=370;END=56160542;VD=7;AF=0.0189;BIAS=2:2;REFBIAS=298:65;VARBIAS=5:2;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.61489;ODDRATIO=1.83026;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0193;ADJAF=0.0027;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=7;HICOV=363;LSEQ=GAAATGAGAAACGTACCTAA;RSEQ=AAAAAAAATGTTGTGAAGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:370:7:363,7:0.0189:298,65:5,2 chr5 56160917 . G T 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=56160917;VD=2;AF=0.0107;BIAS=2:0;REFBIAS=33:152;VARBIAS=0:2;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=GGCTAATATTTTTCTTTAAT;RSEQ=TATTTATGAGGTTTTACTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:2:185,2:0.0107:33,152:0,2 chr5 56161307 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=56161307;VD=3;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=94:157;VARBIAS=2:1;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.55884;ODDRATIO=3.32402606036431;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=236;LSEQ=GTTTTTAATAAATGCTTAGA;RSEQ=TAAAATTGTTAGCATATTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:3:251,3:0.0118:94,157:2,1 chr5 56161392 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=56161392;VD=3;AF=0.016;BIAS=2:2;REFBIAS=48:136;VARBIAS=1:2;PMEAN=22.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.41382723031246;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=GACCATTTTAAAGGTGTGAA;RSEQ=GTATGTAAGAATTAGTTGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:3:184,3:0.016:48,136:1,2 chr5 56161787 . G A 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=474;END=56161787;VD=473;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=152:321;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=93.6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=468;HICOV=468;LSEQ=TCATCATCTAGTACTTCTAC;RSEQ=TCTAGTTCAGAAAACAGGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:474:473:0,473:0.9979:0,0:152,321 chr5 56175100 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=56175100;VD=2;AF=0.0105;BIAS=1:0;REFBIAS=1:188;VARBIAS=0:2;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=185;LSEQ=TAAAGCTCTTAAGGACTGGC;RSEQ=GAAAGAACTACTGGCAAGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:2:189,2:0.0105:1,188:0,2 chr5 56175153 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=56175153;VD=2;AF=0.0143;BIAS=1:0;REFBIAS=0:138;VARBIAS=0:2;PMEAN=9;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=ACAAACTGCATGGATCTCCA;RSEQ=ATTATTGTATTGTGATTTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:138,2:0.0143:0,138:0,2 chr5 56175226 . A G 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=56175226;VD=58;AF=0.9831;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:58;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.9825;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=56;HICOV=57;LSEQ=GTCGATAAGAACAGTAGTTG;RSEQ=CATTTATATCTATAAGTTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:59:58:0,58:0.9831:0,0:0,58 chr5 56176306 . T C 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=56176306;VD=64;AF=0.9846;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=64:0;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=62;HICOV=62;LSEQ=GTACTTGCAAAGAGCCATTG;RSEQ=TGAAAATTCTGTGCTTAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:65:64:0,64:0.9846:0,0:64,0 chr5 56177148 . A G 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=385;END=56177148;VD=384;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=120:264;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=376;HICOV=376;LSEQ=TGTATCTTCCTACCCTCCCT;RSEQ=CACCCTCCTCAAGAATGACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:385:384:0,384:0.9974:0,0:120,264 chr5 56177743 . G A 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=788;END=56177743;VD=784;AF=0.9949;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=430:354;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.034;HIAF=0.9987;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=755;HICOV=756;LSEQ=ACAGTTCCCCTGAGTGCACA;RSEQ=TCCATTTAGAGAAAACTGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:788:784:0,784:0.9949:0,0:430,354 chr5 56177848 . TCAA T 354 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=916;END=56177851;VD=801;AF=0.8745;BIAS=2:2;REFBIAS=62:37;VARBIAS=426:375;PMEAN=45.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.08697;ODDRATIO=1.47443;MQ=60;SN=800;HIAF=0.8791;ADJAF=0.0644;SHIFT3=23;MSI=8;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=800;HICOV=910;LSEQ=TTTCAGTAGGACCTTCTAGT;RSEQ=CAACAACAACAACAACAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:916:801:99,801:0.8745:62,37:426,375 chr5 56178217 . A C 350 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=846;END=56178217;VD=845;AF=0.9988;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=452:393;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.706;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=828;HICOV=828;LSEQ=TACACAGGCCAAAGCCATCT;RSEQ=GACCTACCCCAGGTAATACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:846:845:0,845:0.9988:0,0:452,393 chr5 56179212 . C T 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=206;END=56179212;VD=206;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=204:2;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=202;HICOV=202;LSEQ=ATTACTTTTGCATTTGCTGT;RSEQ=GGTCACAAATACCTTCCATT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:206:206:0,206:1:0,0:204,2 chr5 56179341 . G A 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=479;END=56179341;VD=478;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=354:124;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52.111;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=469;HICOV=469;LSEQ=ACAGTAAAAAGATTGCTTTC;RSEQ=TTTAATATGTAGACACCAGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:479:478:0,478:0.9979:0,0:354,124 chr5 56180112 . T G 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=56180112;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=TTCTTTCAACAGTGTACTTG;RSEQ=GCGGTGCCATCTTGGGGTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:5,0 chr5 56180480 . A G 324 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=525;END=56180480;VD=521;AF=0.9924;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=370:151;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.1;HIAF=0.9961;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=511;HICOV=513;LSEQ=AAAACTTTGTGAACGTGTTT;RSEQ=TTTGAAACAGGTGACTTATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:525:521:0,521:0.9924:0,0:370,151 chr5 56181369 . T G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=56181369;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=50;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=TATGACGCCTAACTCTGGGT;RSEQ=TTCTGTTCCTCCTCCCATTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chr5 56183139 . C A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=381;END=56183139;VD=5;AF=0.0131;BIAS=2:2;REFBIAS=304:72;VARBIAS=4:1;PMEAN=45.4;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.05541;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=353;LSEQ=CCTAGTTCATTAGTATTGTA;RSEQ=TGGGCTTTTATCTGTCCTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:381:5:376,5:0.0131:304,72:4,1 chr5 56183542 . C T 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=56183542;VD=150;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:149;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=148;HICOV=148;LSEQ=CCTTGGCAATATTCAAAAAA;RSEQ=AGGTTTTAATAGATTTACTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:150:150:0,150:1:0,0:1,149 chr5 56183637 . G C 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=56183637;VD=50;AF=0.9804;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:46;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.9796;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=48;HICOV=49;LSEQ=TAAACTCAAAGTGCACATAA;RSEQ=AAATTTTTAAAAATATTCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:50:0,50:0.9804:0,0:4,46 chr5 56183743 . T G 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=56183743;VD=23;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=18:5;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.0;HICNT=22;HICOV=22;LSEQ=ATTGTTCTTCTGACTCAGCT;RSEQ=CTTCTGTCGTGTTCATAATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:23:23:0,23:1:0,0:18,5 chr5 56183941 . C G 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=277;END=56183941;VD=274;AF=0.9892;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=262:12;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.4;HIAF=0.9962;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=264;HICOV=265;LSEQ=ATTAGGTAGTCCACAGAATT;RSEQ=CTGTTTGTACCAGTTTTCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:277:274:0,274:0.9892:0,0:262,12 chr5 56184444 . T C 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=56184444;VD=46;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:46;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=46;HICOV=46;LSEQ=CTATGATACACTGGTGATGC;RSEQ=AGGCAGTGGCAGCGAGTCAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:46:46:0,46:1:0,0:0,46 chr5 56184610 . C T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=56184610;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=GACTAAGCTATAATGTTTGG;RSEQ=AGGTTAGGTGTATTAACTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr5 56188977 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=56188977;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=TTCTTAATCTAAATAGCTCT;RSEQ=TATGCTGAAGAAATAGAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0 chr5 56189234 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=56189234;VD=2;AF=0.0116;BIAS=1:0;REFBIAS=171:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=61;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=171;LSEQ=TTGATAGCAGAAAATCCTCC;RSEQ=ACTTCTGCTTCAGTTCCTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:2:171,2:0.0116:171,0:2,0 chr5 56190197 . G GA 172 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=582;END=56190197;VD=25;AF=0.043;BIAS=2:2;REFBIAS=240:256;VARBIAS=11:13;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=37.1;QSTD=1;SBF=0.83743;ODDRATIO=1.10773;MQ=61.1;SN=50;HIAF=0.0546;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=25;HICOV=458;LSEQ=CTGATCTTTTTTTCAAACCA;RSEQ=AAAAAAAAAATGAACTAGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:582:25:496,25:0.043:240,256:11,13 chr5 56190531 . G A 344 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=744;END=56190531;VD=740;AF=0.9946;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=379:361;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=73;HIAF=0.9986;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=730;HICOV=731;LSEQ=ATTCACCTTCACTACTGGTA;RSEQ=TAACATAGAGCTGCCATTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:744:740:1,740:0.9946:1,0:379,361 chr5 56191193 . GTT G 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=585;END=56191195;VD=370;AF=0.6325;BIAS=2:2;REFBIAS=67:55;VARBIAS=207:163;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.91634;ODDRATIO=1.04242676951944;MQ=60;SN=122.333;HIAF=0.6383;ADJAF=0.0667;SHIFT3=13;MSI=15;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=367;HICOV=575;LSEQ=TTGACTTTCTTTTTTATTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTGACTACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:585:370:122,370:0.6325:67,55:207,163 chr5 58148422 . A G 160 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=61;END=58148422;VD=22;AF=0.3607;BIAS=1:1;REFBIAS=39:0;VARBIAS=22:0;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.3607;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=22;HICOV=61;LSEQ=CAATTTCAGAAATATTTAGG;RSEQ=TCCATAGCAATTTAAAAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:61:22:39,22:0.3607:39,0:22,0 chr5 58148606 . A C 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=298;END=58148606;VD=123;AF=0.4128;BIAS=2:2;REFBIAS=154:21;VARBIAS=116:7;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.07226;ODDRATIO=2.25397827164946;MQ=60;SN=122;HIAF=0.4136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=122;HICOV=295;LSEQ=AAAGCTAGGATTTAGGAAGG;RSEQ=AGCAGGAATTATTTGGCAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:298:123:175,123:0.4128:154,21:116,7 chr5 58148707 . TAGAG T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=510;END=58148711;VD=218;AF=0.4275;BIAS=2:2;REFBIAS=160:132;VARBIAS=133:85;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.17489;ODDRATIO=1.29022269243671;MQ=60;SN=436;HIAF=0.4291;ADJAF=0.0314;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=218;HICOV=508;LSEQ=TTTTTTCCTCTTCTCAAAAA;RSEQ=AGGCTTCCCATGAAAGTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:510:218:292,218:0.4275:160,132:133,85 chr5 74491715 . TTCA T 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=520;END=74491718;VD=245;AF=0.4712;BIAS=2:2;REFBIAS=143:131;VARBIAS=126:119;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.9299;ODDRATIO=1.03091;MQ=60;SN=490;HIAF=0.4776;ADJAF=0.0462;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.3;HICNT=245;HICOV=513;LSEQ=TAAGAGAGTCACTCAATGGG;RSEQ=TCAATTCTTTACGATCAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:520:245:274,245:0.4712:143,131:126,119 chr5 82834299 . G A 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=82834299;VD=19;AF=0.5429;BIAS=1:1;REFBIAS=16:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.5455;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=18;HICOV=33;LSEQ=AGGGCTGACCACTCTCCCAC;RSEQ=TAGTCCTGCCTCTGTCTTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:35:19:16,19:0.5429:16,0:19,0 chr5 82834630 . T C 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=677;END=82834630;VD=297;AF=0.4387;BIAS=2:2;REFBIAS=184:195;VARBIAS=151:146;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.58766;ODDRATIO=1.09592644141725;MQ=60;SN=23.75;HIAF=0.4338;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=285;HICOV=657;LSEQ=TTGGAGGAAGATTTCAGTGG;RSEQ=GACTTTAGAGAATACTCAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:677:297:379,297:0.4387:184,195:151,146 chr5 108523293 . A T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=108523293;VD=3;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=4;LSEQ=ATAGTGACAGGATGGCGCCA;RSEQ=ACTCAGCCTTCAGGACTCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:3:1,3:0.75:1,0:3,0 chr5 108523462 . A C 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=108523462;VD=73;AF=0.5703;BIAS=1:1;REFBIAS=55:0;VARBIAS=73:0;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.25;HIAF=0.5565;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=69;HICOV=124;LSEQ=AAGGCAAATTTGTTAAAGAA;RSEQ=TAGGCAGTCCTACCAAGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:128:73:55,73:0.5703:55,0:73,0 chr5 108523743 . TAAAC T 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=402;END=108523747;VD=373;AF=0.9279;BIAS=2:2;REFBIAS=10:18;VARBIAS=132:241;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01428;MQ=60;SN=746;HIAF=0.9325;ADJAF=0.097;SHIFT3=9;MSI=3;MSILEN=4;NM=0.3;HICNT=373;HICOV=400;LSEQ=CCAAAGCAGGATTATATTTG;RSEQ=AAACAAACAGAATTTTATAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:402:373:28,373:0.9279:10,18:132,241 chr5 108524032 . 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G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=134303613;VD=3;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=222:54;VARBIAS=1:2;PMEAN=15.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.10365;ODDRATIO=8.13502;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=269;LSEQ=TCTCAGAATCCAGACGCTAA;RSEQ=GAAAATCCCTAAGCAGAGAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:3:276,3:0.0108:222,54:1,2 chr5 134303941 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=134303941;VD=2;AF=0.0105;BIAS=1:0;REFBIAS=0:188;VARBIAS=0:2;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=181;LSEQ=TCTATGATTGGTGAGGCTGG;RSEQ=ATGCTATTACCTTTATGTGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:2:188,2:0.0105:0,188:0,2 chr5 134305552 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=371;END=134305552;VD=4;AF=0.0108;BIAS=2:0;REFBIAS=324:43;VARBIAS=4:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0083;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=3;HICOV=363;LSEQ=GAGAAAGCAGAGCCTTGTCC;RSEQ=TACAAAAAGGTATGCATTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:371:4:367,4:0.0108:324,43:4,0 chr5 134305852 . A AT 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=283;END=134305852;VD=89;AF=0.3145;BIAS=2:2;REFBIAS=26:134;VARBIAS=6:83;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.04659;ODDRATIO=2.67473;MQ=60.4;SN=21.25;HIAF=0.3498;ADJAF=0.0212;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=85;HICOV=243;LSEQ=ATTTCTGGAAACATTATAAG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTCCGAGAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:89:160,89:0.3145:26,134:6,83 chr5 134331822 . G A 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=207;END=134331822;VD=108;AF=0.5217;BIAS=1:1;REFBIAS=97:1;VARBIAS=107:1;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.10256014465589;MQ=60;SN=35;HIAF=0.5198;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=105;HICOV=202;LSEQ=AGGCACACTGAGCGTGTGCT;RSEQ=TGTGCCAGAAACTCTGCCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:207:108:98,108:0.5217:97,1:107,1 chr5 134331921 . T G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=366;END=134331921;VD=191;AF=0.5219;BIAS=2:2;REFBIAS=136:39;VARBIAS=158:33;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.2389;ODDRATIO=1.37177974704381;MQ=60;SN=94.5;HIAF=0.5235;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=189;HICOV=361;LSEQ=AGGCCAGAGCTCTAGGGCTG;RSEQ=GCAGCTCGATCTGACTTCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:366:191:175,191:0.5219:136,39:158,33 chr5 134332261 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=480;END=134332261;VD=5;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=58:417;VARBIAS=1:4;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.48248;ODDRATIO=1.79471993395431;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0064;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=3;HICOV=468;LSEQ=GCCGTAGGCCCATTTGCCCC;RSEQ=AAGACACTAAGGAAATAATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:480:5:475,5:0.0104:58,417:1,4 chr5 134332316 . G A 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=351;END=134332316;VD=172;AF=0.49;BIAS=1:1;REFBIAS=1:176;VARBIAS=0:172;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.333;HIAF=0.4790;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=160;HICOV=334;LSEQ=TTCCAGTTGTTGAGTCCAAC;RSEQ=TGTGTGGCAGGTTGATCTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:351:172:177,172:0.49:1,176:0,172 chr5 134332469 . T G 174 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=134332469;VD=27;AF=0.3649;BIAS=1:1;REFBIAS=0:47;VARBIAS=0:27;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.3750;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=27;HICOV=72;LSEQ=TGAGATTTGAAAGGCGTGCC;RSEQ=GACTCCAGAGGCCACGTCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:74:27:47,27:0.3649:0,47:0,27 chr5 134343469 . G A 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=134343469;VD=103;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=103:0;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.714;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=96;HICOV=96;LSEQ=CTGATTCACTTCATTAATTC;RSEQ=TTAGTTTATTCAACCAACCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:103:103:0,103:1:0,0:103,0 chr5 134343661 . C T 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=469;END=134343661;VD=235;AF=0.5011;BIAS=2:2;REFBIAS=163:70;VARBIAS=155:80;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=0.37367;ODDRATIO=1.20137;MQ=60;SN=12.056;HIAF=0.4855;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=217;HICOV=447;LSEQ=TTGCAGACGCTGATCACCGC;RSEQ=GTGGGGCAGACAGTCTACAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:469:235:233,235:0.5011:163,70:155,80 chr5 134343799 . A G 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=561;END=134343799;VD=281;AF=0.5009;BIAS=2:2;REFBIAS=147:132;VARBIAS=146:135;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.86608;ODDRATIO=1.02969;MQ=60;SN=92.667;HIAF=0.5036;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=278;HICOV=552;LSEQ=AACTGGGGGAACCTGGCTGC;RSEQ=GCTTTTTTCACCCTCTTCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:561:281:279,281:0.5009:147,132:146,135 chr5 134344497 . T C 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=374;END=134344497;VD=370;AF=0.9893;BIAS=2:2;REFBIAS=1:1;VARBIAS=233:137;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.69811000356603;MQ=60;SN=91.5;HIAF=0.9919;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=366;HICOV=369;LSEQ=GAGGCCTGTGCCACTGGGTC;RSEQ=GGGCCCTCAGCATACTCTTC;DUPRATE=0.03;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:374:370:2,370:0.9893:1,1:233,137 chr5 134344902 . T C 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=134344902;VD=142;AF=0.5221;BIAS=2:2;REFBIAS=66:64;VARBIAS=77:65;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.62716;ODDRATIO=1.14813198925348;MQ=60;SN=70;HIAF=0.5243;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=140;HICOV=267;LSEQ=GGTGGGGCTTAAGAAGCCTC;RSEQ=GCAGCTACAGTTGGCAGCTT;DUPRATE=0.03;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:272:142:130,142:0.5221:66,64:77,65 chr5 134344929 . C G 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=260;END=134344929;VD=260;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=160:100;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=256;HICOV=256;LSEQ=ACAGTTGGCAGCTTGAGTGG;RSEQ=GGCTGGCCCTGTGTGGGGAA;DUPRATE=0.03;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:260:260:0,260:1:0,0:160,100 chr5 134345259 . T TGGTGCCTGTGTAGTGAGCAGGTGGCCTCAGGCATCTGCAGC 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=249;END=134345259;VD=96;AF=0.3855;BIAS=2:1;REFBIAS=19:129;VARBIAS=0:96;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=9e-05;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=192;HIAF=0.3951;ADJAF=0.3534;SHIFT3=13;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=96;HICOV=243;LSEQ=ATGGCCAGGAGGAGGGGCCG;RSEQ=GGTGCCTGTGTAGAGAGCAG;DUPRATE=0.03;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:96:148,96:0.3855:19,129:0,96 chr5 134346304 . G A 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=339;END=134346304;VD=170;AF=0.5015;BIAS=2:2;REFBIAS=19:150;VARBIAS=13:157;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.27153;ODDRATIO=1.52783;MQ=60;SN=169;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=169;HICOV=338;LSEQ=GCCCTGGGAGAGTGAAGGGG;RSEQ=TGATGACTGAAGTGCTGATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:339:170:169,170:0.5015:19,150:13,157 chr5 134346485 . T G 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=134346485;VD=29;AF=0.4028;BIAS=1:1;REFBIAS=0:43;VARBIAS=0:29;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=0.4143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=29;HICOV=70;LSEQ=TAAATGCCAGCTCCTTGAAG;RSEQ=CTCCAGGCCTCTCCTCACTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:72:29:43,29:0.4028:0,43:0,29 chr5 134346517 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=134346517;VD=2;AF=0.0385;BIAS=1:0;REFBIAS=0:50;VARBIAS=0:2;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=52;LSEQ=TCCTCACTAACCCCTTTTCA;RSEQ=AGTGCAGAGGAAAGACCACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:52:2:50,2:0.0385:0,50:0,2 chr5 154872209 . C A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=154872209;VD=3;AF=0.0159;BIAS=2:2;REFBIAS=70:116;VARBIAS=1:2;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.20569;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0173;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=3;HICOV=173;LSEQ=CTAACAGCAAAGAGAGACAT;RSEQ=TGAAGAAATTCAAAAAAAGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:3:186,3:0.0159:70,116:1,2 chr5 177419242 . G A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=177419242;VD=3;AF=0.0155;BIAS=2:0;REFBIAS=116:72;VARBIAS=3:0;PMEAN=20.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.29171;ODDRATIO=0;MQ=50.7;SN=2;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=GTATTTCTAGGACAGAATAA;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:3:188,3:0.0155:116,72:3,0 chr5 177419750 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=280;END=177419750;VD=3;AF=0.0107;BIAS=2:0;REFBIAS=248:24;VARBIAS=3:0;PMEAN=59.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0080;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=251;LSEQ=GCTCAAGGCTGAGGGGGAGC;RSEQ=TGGGAGGGGGTGGGGGGCAG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:280:3:272,3:0.0107:248,24:3,0 chr5 177420884 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=177420884;VD=2;AF=0.0282;BIAS=1:0;REFBIAS=69:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0299;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=67;LSEQ=AGCCGGAATTGGCATCACTA;RSEQ=TAAATATTGAGGGTAGGTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:2:69,2:0.0282:69,0:2,0 chr5 177422603 . A G 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=177422603;VD=114;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=114:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=111;HICOV=111;LSEQ=CTGTCTCACATCCCCACTGC;RSEQ=ATGTGAGCTGTTCAGCCGCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:114:114:0,114:1:0,0:114,0 chr5 177422876 . T C 334 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=586;END=177422876;VD=586;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=353:233;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=578;HICOV=578;LSEQ=GGTGTCTCTCAGGCAACAGG;RSEQ=TGCTGCCGACTCGCCCCTTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:586:586:0,586:1:0,0:353,233 chr5 177422908 . A G 329 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=561;END=177422908;VD=560;AF=0.9982;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=318:242;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=61.222;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=551;HICOV=551;LSEQ=CGCCCCTTCTTTGGCTTCTC;RSEQ=GCCTGGCGCCTCCTTTCTGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:561:560:0,560:0.9982:0,0:318,242 chr5 177423144 . T G 330 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=565;END=177423144;VD=564;AF=0.9982;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=225:339;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=93;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=558;HICOV=559;LSEQ=ATTGTTTCCTAATTCCCCCT;RSEQ=CCTTGGCTTGAGTGTCAGCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:565:564:0,564:0.9982:0,0:225,339 chr6 1390855 . T G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=107;END=1390855;VD=3;AF=0.028;BIAS=1:0;REFBIAS=103:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0208;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=96;LSEQ=CGTCGCTGCTGCCCCAGGGC;RSEQ=TCGACTTCCAGGCGCCCCCG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:107:3:104,3:0.028:103,1:3,0 chr6 1390977 . TCAC T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=187;END=1390980;VD=3;AF=0.016;BIAS=2:2;REFBIAS=139:45;VARBIAS=2:1;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.57358;ODDRATIO=1.54049;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0160;ADJAF=0;SHIFT3=18;MSI=7;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=187;LSEQ=GCCCCCAGCCACGCGCACCC;RSEQ=CACCACCACCACCACCACGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:3:184,3:0.016:139,45:2,1 chr6 1391085 . G GGGC 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=315;END=1391085;VD=299;AF=0.9492;BIAS=2:2;REFBIAS=21:18;VARBIAS=145:154;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.61038;ODDRATIO=1.23829;MQ=60;SN=148.5;HIAF=0.8866;ADJAF=0.073;SHIFT3=16;MSI=6;MSILEN=3;NM=0.7;HICNT=297;HICOV=335;LSEQ=GGGGGCGTCGGTGCGGCCGG;RSEQ=GGCGGCGGCGGCGGCGACTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:315:299:39,299:0.9492:21,18:145,154 chr6 1391273 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=1391273;VD=2;AF=0.0144;BIAS=1:0;REFBIAS=0:137;VARBIAS=0:2;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0147;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=136;LSEQ=CAGCAGCAACCCCGCCGCCT;RSEQ=GGCAGGCCTGCACTCCAGCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:139:2:137,2:0.0144:0,137:0,2 chr6 1391438 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=1391438;VD=2;AF=0.08;BIAS=1:0;REFBIAS=0:23;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0952;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=21;LSEQ=CCACTGCCACTCCCACAAAC;RSEQ=GGGACCCCGAAGCTAGGAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:25:2:23,2:0.08:0,23:0,2 chr6 31023868 . G C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=31023868;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=ATGCCAAATGATCCCTAACT;RSEQ=GAATAAATCTCACCACATTA;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:4,0 chr6 31024102 . ATCACTGCAGACCCAGGGACCACCGAGGACTCTGTCACTGCAGACCCAGGGACCACTGAGGACAATGTGACTGTGGACCCAGGGACCACCGAGGGCTCTGTCACTGCAGACCCAGCGACCACCAAGGACTATGTGTCTGCAGACCCAGGGACCACCAAGGATTCTGTCACTGCAGACCCAGGGACCACTCACTGAGAACTTTG A 51 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=189;END=31024304;VD=3;AF=0.0159;BIAS=1:2;REFBIAS=183:6;VARBIAS=2:1;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=0.10597;ODDRATIO=14.55094;MQ=39.7;SN=6;HIAF=0.0157;ADJAF=0.0159;SHIFT3=23;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.3;HICNT=3;HICOV=191;LSEQ=GAAGGACCACTGAGGACCAC;RSEQ=TCACTGCAGACCCAGGGACC;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=3;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:3:189,3:0.0159:183,6:2,1 chr6 31024263 . T C 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=375;END=31024263;VD=5;AF=0.0133;BIAS=2:2;REFBIAS=188:149;VARBIAS=3:2;PMEAN=23.4;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.18824116542694;MQ=57.8;SN=1.5;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=3;HICOV=270;LSEQ=GACCCAGGGACCACCAAGGA;RSEQ=TCTGTCACTGCAGACCCAGG;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:375:5:337,5:0.0133:188,149:3,2 chr6 31024265 . CTGTCACTGCAGACCCAGGGACCACTCACTGAGAACTT C 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=387;END=31024302;VD=11;AF=0.0284;BIAS=2:2;REFBIAS=199:155;VARBIAS=9:2;PMEAN=49.2;PSTD=1;QUAL=30.8;QSTD=1;SBF=0.12418;ODDRATIO=3.4947927587894;MQ=59.5;SN=22;HIAF=0.0343;ADJAF=0.0284;SHIFT3=24;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=11;HICOV=321;LSEQ=CCCAGGGACCACCAAGGATT;RSEQ=TGTCACTGCAGACCCAGGGA;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:387:11:354,11:0.0284:199,155:9,2 chr6 31024286 . CCACT C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=383;END=31024290;VD=358;AF=0.9347;BIAS=2:2;REFBIAS=8:5;VARBIAS=195:163;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.77884;ODDRATIO=1.3364;MQ=59.7;SN=118.333;HIAF=0.9647;ADJAF=0.0731;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=4;NM=2.5;HICNT=355;HICOV=368;LSEQ=TGTCACTGCAGACCCAGGGA;RSEQ=CACTGAGAACTTTGTCACTG;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:383:358:13,358:0.9347:8,5:195,163 chr6 31024360 . A T 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=262;END=31024360;VD=107;AF=0.4084;BIAS=2:2;REFBIAS=58:91;VARBIAS=40:67;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=0.89635;ODDRATIO=1.06728;MQ=58.8;SN=4.095;HIAF=0.4095;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.8;HICNT=86;HICOV=210;LSEQ=ACTGCAGACCCAAGGACCAC;RSEQ=GAGGACTCCGTCACTGCAGA;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:262:107:149,107:0.4084:58,91:40,67 chr6 31024364 . G A 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=248;END=31024364;VD=93;AF=0.375;BIAS=2:2;REFBIAS=52:96;VARBIAS=38:55;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=30.1;QSTD=1;SBF=0.41267;ODDRATIO=1.27420998980632;MQ=59.3;SN=4.471;HIAF=0.3689;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.9;HICNT=76;HICOV=206;LSEQ=CAGACCCAAGGACCACAGAG;RSEQ=ACTCCGTCACTGCAGACCCA;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:248:93:148,93:0.375:52,96:38,55 chr6 31024368 . CC TT 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=285;END=31024369;VD=103;AF=0.3614;BIAS=2:2;REFBIAS=49:96;VARBIAS=34:69;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=31.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03571;MQ=58.7;SN=6.357;HIAF=0.4064;ADJAF=0.1404;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=89;HICOV=219;LSEQ=CCCAAGGACCACAGAGGACT;RSEQ=GTCACTGCAGACCCAGGGAC;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:285:103:145,103:0.3614:49,96:34,69 chr6 31024385 . G A 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=31024385;VD=86;AF=0.3839;BIAS=2:2;REFBIAS=40:79;VARBIAS=23:63;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=26.1;QSTD=1;SBF=0.35768;ODDRATIO=1.3847;MQ=59.9;SN=2.308;HIAF=0.3571;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=60;HICOV=168;LSEQ=ACTCCGTCACTGCAGACCCA;RSEQ=GGACCACCAAACACTCCATC;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:224:86:119,86:0.3839:40,79:23,63 chr6 31024492 . C T 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=185;END=31024492;VD=95;AF=0.5135;BIAS=1:1;REFBIAS=1:86;VARBIAS=3:92;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=0.6223;ODDRATIO=2.78971154382637;MQ=56.9;SN=7.636;HIAF=0.5153;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=84;HICOV=163;LSEQ=ACTGCAGACCCAGGGACCAC;RSEQ=GAGGACTCCGTCACTGCAGA;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:185:95:87,95:0.5135:1,86:3,92 chr6 31024498 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=31024498;VD=2;AF=0.0112;BIAS=1:2;REFBIAS=4:172;VARBIAS=1:1;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.05554;ODDRATIO=38.550501156515;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=GACCCAGGGACCACCGAGGA;RSEQ=TCCGTCACTGCAGACCCAGG;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:2:176,2:0.0112:4,172:1,1 chr6 31024673 . T C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=31024673;VD=10;AF=0.4167;BIAS=1:0;REFBIAS=0:14;VARBIAS=0:10;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=10;HICOV=24;LSEQ=CTGTTGTGCTCTTTGTTGGA;RSEQ=TGGGCTTCATTGTGGTGAGT;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:24:10:14,10:0.4167:0,14:0,10 chr6 31024712 . C T 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=31024712;VD=7;AF=0.5385;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:7;PMEAN=24.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=7;HICOV=13;LSEQ=GTATTTGGTCTGGGAATATT;RSEQ=AGGGCATCAGGGGAACGAGG;DUPRATE=0.024;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:7:6,7:0.5385:0,6:0,7 chr6 31707532 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=31707532;VD=2;AF=0.0174;BIAS=1:0;REFBIAS=112:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0179;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=112;LSEQ=GCGGGCTTCCCACTGCGCCA;RSEQ=TCAAATCCCAGAAACAGTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:2:112,2:0.0174:112,0:2,0 chr6 31707730 . T C 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=458;END=31707730;VD=457;AF=0.9978;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=334:123;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49.778;HIAF=0.9978;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=448;HICOV=449;LSEQ=GCCTCTCCAATCAACAGCGG;RSEQ=TAGGAGGGCGGGGCGCGTGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:458:457:0,457:0.9978:0,0:334,123 chr6 31708746 . AAAG A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=127;END=31708749;VD=3;AF=0.0236;BIAS=2:0;REFBIAS=113:11;VARBIAS=3:0;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0246;ADJAF=0.0157;SHIFT3=2;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=122;LSEQ=AGACTCCGTCTCAAAGAAAG;RSEQ=AAAAAAAAAACAGGGTTGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:127:3:124,3:0.0236:113,11:3,0 chr6 31708749 . G GA 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=121;END=31708749;VD=4;AF=0.0331;BIAS=2:0;REFBIAS=100:9;VARBIAS=4:0;PMEAN=48.8;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=8;HIAF=0.0370;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=108;LSEQ=CTCCGTCTCAAAGAAAGAAA;RSEQ=AAAAAAAAAACAGGGTTGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:121:4:109,4:0.0331:100,9:4,0 chr6 31709113 . TAC T 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=281;END=31709115;VD=86;AF=0.306;BIAS=2:2;REFBIAS=71:100;VARBIAS=19:67;PMEAN=52.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.00225;ODDRATIO=2.49507;MQ=60;SN=85;HIAF=0.3148;ADJAF=0.032;SHIFT3=45;MSI=23;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=85;HICOV=270;LSEQ=CTCTGGGATTGCAGATGTGT;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:281:86:171,86:0.306:71,100:19,67 chr6 31709147 . C A 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=287;END=31709147;VD=132;AF=0.4599;BIAS=2:2;REFBIAS=50:103;VARBIAS=22:110;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=0.00251;ODDRATIO=2.41973;MQ=60;SN=15.5;HIAF=0.4576;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=22;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=124;HICOV=271;LSEQ=CACACACACACACACACACA;RSEQ=ACACACACACACATATTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:287:132:153,132:0.4599:50,103:22,110 chr6 31709161 . T C 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=260;END=31709161;VD=4;AF=0.0154;BIAS=2:2;REFBIAS=33:211;VARBIAS=2:2;PMEAN=20.8;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.09673;ODDRATIO=6.31552355690287;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0130;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=3;HICOV=231;LSEQ=CACACACACACACACACACA;RSEQ=ATTTTTTTTTTCTAGACAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:260:4:244,4:0.0154:33,211:2,2 chr6 31709162 . A AT 107 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=257;END=31709162;VD=8;AF=0.0311;BIAS=2:0;REFBIAS=40:192;VARBIAS=0:8;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.35858;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=7;HIAF=0.0300;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=7;HICOV=233;LSEQ=ACACACACACACACACACAT;RSEQ=TTTTTTTTTTCTAGACAGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:257:8:232,8:0.0311:40,192:0,8 chr6 31709349 . C T 121 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=31709349;VD=12;AF=0.2727;BIAS=1:0;REFBIAS=1:31;VARBIAS=0:12;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=0.2558;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=11;HICOV=43;LSEQ=GTGTGTGTTTTTAGCACAGA;RSEQ=GGTGTTTCACCATGTTGGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:12:32,12:0.2727:1,31:0,12 chr6 31710523 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=31710523;VD=5;AF=0.0325;BIAS=1:0;REFBIAS=147:2;VARBIAS=5:0;PMEAN=23.2;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0200;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=3;HICOV=150;LSEQ=CTACCTGTGTTCCCACTGTG;RSEQ=AGAGCACTCCCTACTCCTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:5:149,5:0.0325:147,2:5,0 chr6 31710968 . T A 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=402;END=31710968;VD=183;AF=0.4552;BIAS=2:2;REFBIAS=70:149;VARBIAS=69:114;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.24751;ODDRATIO=1.2875149673615;MQ=60;SN=44.75;HIAF=0.4509;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=179;HICOV=397;LSEQ=GTATCTCCTTCCTTTTGCTT;RSEQ=GCCTAACTCCCTGTTCCGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:402:183:219,183:0.4552:70,149:69,114 chr6 31712497 . GT G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=165;END=31712498;VD=2;AF=0.0121;BIAS=1:0;REFBIAS=2:161;VARBIAS=0:2;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0134;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=149;LSEQ=TTGAAGGAAAGGGAAGGGGG;RSEQ=TTTGAGGGAAAGAGAGGAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:2:163,2:0.0121:2,161:0,2 chr6 31712880 . CAAA C 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=45;END=31712883;VD=13;AF=0.2889;BIAS=1:1;REFBIAS=16:1;VARBIAS=13:0;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.2889;ADJAF=0.0889;SHIFT3=20;MSI=23;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=13;HICOV=45;LSEQ=GACAGAGCGAGACTCCATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:45:13:17,13:0.2889:16,1:13,0 chr6 31721510 . CTT C 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=207;END=31721512;VD=5;AF=0.0242;BIAS=2:0;REFBIAS=17:160;VARBIAS=0:5;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0237;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=14;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=4;HICOV=169;LSEQ=GTCCAATTTTATTCTACCCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTGGAGACAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:207:5:177,5:0.0242:17,160:0,5 chr6 31725613 . A AT 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=15;END=31725613;VD=9;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.6;SN=18;HIAF=0.6000;ADJAF=0.0667;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=9;HICOV=15;LSEQ=CATGCCACCAAGCCCAGTTA;RSEQ=TTTTTGTATTTTGAGTAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:15:9:6,9:0.6:6,0:9,0 chr6 31725777 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=31725777;VD=2;AF=0.0124;BIAS=1:0;REFBIAS=159:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=CTTAATTGTCTTTGTAGTTT;RSEQ=AGTGTTTGGTACAGTGCCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:2:159,2:0.0124:159,0:2,0 chr6 31728843 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=238;END=31728843;VD=3;AF=0.0126;BIAS=2:2;REFBIAS=124:111;VARBIAS=2:1;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.78612892278565;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=234;LSEQ=GAACAAAGCGTGCACCTCAC;RSEQ=ATTCAAGAACTTGCAGTGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:238:3:235,3:0.0126:124,111:2,1 chr6 32006214 . CCTG C 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=912;END=32006217;VD=14;AF=0.0154;BIAS=2:2;REFBIAS=486:411;VARBIAS=6:8;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.4296;ODDRATIO=1.57583;MQ=51.1;SN=28;HIAF=0.0155;ADJAF=0.0022;SHIFT3=13;MSI=5;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=14;HICOV=902;LSEQ=CTCGCCATGCTGCTCCTGGG;RSEQ=CTGCTGCTGCTGCCCCTGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:912:14:897,14:0.0154:486,411:6,8 chr6 32006317 . C T 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=863;END=32006317;VD=666;AF=0.7717;BIAS=2:2;REFBIAS=114:67;VARBIAS=270:396;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=2.49277;MQ=42.7;SN=7.43;HIAF=0.7643;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=587;HICOV=768;LSEQ=TTGCCCCGGGCTTCTTGCAC;RSEQ=TGCTGCAGCCCGACCTCCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:863:666:181,666:0.7717:114,67:270,396 chr6 32006337 . C A 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=858;END=32006337;VD=651;AF=0.7587;BIAS=2:2;REFBIAS=100:86;VARBIAS=279:372;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.00958;ODDRATIO=1.54953;MQ=38.3;SN=19.344;HIAF=0.7614;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=619;HICOV=813;LSEQ=CTGCTGCAGCCCGACCTCCC;RSEQ=ATCTATCTGCTTGGCCTGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:858:651:186,651:0.7587:100,86:279,372 chr6 32006387 . A T 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=762;END=32006387;VD=151;AF=0.1982;BIAS=2:2;REFBIAS=286:323;VARBIAS=52:99;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.00602;ODDRATIO=1.68461;MQ=28.8;SN=49.333;HIAF=0.1979;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=148;HICOV=748;LSEQ=CGGGCCCATCTACAGGCTCC;RSEQ=CCTTGGGCTGCAAGGTGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:762:151:609,151:0.1982:286,323:52,99 chr6 32006597 . C T 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=504;END=32006597;VD=225;AF=0.4464;BIAS=2:2;REFBIAS=85:193;VARBIAS=80:145;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.25251;ODDRATIO=1.25215997595853;MQ=46.3;SN=31.143;HIAF=0.4467;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=218;HICOV=488;LSEQ=AGCCACTTACCTGTAAGGGC;RSEQ=GGGGGCATTTTTTCTTTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:504:225:278,225:0.4464:85,193:80,145 chr6 32006760 . TG T 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=379;END=32006761;VD=159;AF=0.4195;BIAS=2:2;REFBIAS=147:73;VARBIAS=99:60;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.3839;ODDRATIO=1.21977;MQ=60;SN=158;HIAF=0.4236;ADJAF=0.0422;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=158;HICOV=373;LSEQ=TCCAGGTCCCTGGAAGCTCT;RSEQ=GGGGGGCATATCTGGTGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:379:159:220,159:0.4195:147,73:99,60 chr6 32006858 . C A 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=356;END=32006858;VD=222;AF=0.6236;BIAS=2:2;REFBIAS=32:102;VARBIAS=156:66;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=7.48502994011976;MQ=60;SN=26.75;HIAF=0.6167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=214;HICOV=347;LSEQ=TTCCCACCCTCCAGCCCCCA;RSEQ=CTCCTCCTGCAGACAAGCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:356:222:134,222:0.6236:32,102:156,66 chr6 32007308 . C A 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=409;END=32007308;VD=141;AF=0.3447;BIAS=2:2;REFBIAS=140:128;VARBIAS=70:71;PMEAN=31.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.67733;ODDRATIO=1.10909;MQ=24.6;SN=46;HIAF=0.3433;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.3;HICNT=138;HICOV=402;LSEQ=TCCTGAACTGAAAGTACTCC;RSEQ=TCCTTTTCTGGCAGGACGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:409:141:268,141:0.3447:140,128:70,71 chr6 32007315 . T C 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=399;END=32007315;VD=136;AF=0.3409;BIAS=2:2;REFBIAS=136:126;VARBIAS=72:64;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.91578;ODDRATIO=1.04218776054694;MQ=24.9;SN=67;HIAF=0.3427;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=134;HICOV=391;LSEQ=CTGAAAGTACTCCCTCCTTT;RSEQ=CTGGCAGGACGACAACTTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:399:136:262,136:0.3409:136,126:72,64 chr6 32008411 . G A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=633;END=32008411;VD=266;AF=0.4202;BIAS=2:2;REFBIAS=212:154;VARBIAS=114:152;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.00021;ODDRATIO=1.83373;MQ=32.3;SN=65.5;HIAF=0.4205;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=262;HICOV=623;LSEQ=GAAAGCCCGAGCCCAGGGAG;RSEQ=TCCTGGCCAGCCTCTAACTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:633:266:366,266:0.4202:212,154:114,152 chr6 32008874 . GG C 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=704;END=32008875;VD=26;AF=0.0369;BIAS=2:2;REFBIAS=330:345;VARBIAS=10:16;PMEAN=10.2;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.32361;ODDRATIO=1.52951;MQ=10.4;SN=52;HIAF=0.0372;ADJAF=0.0199;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=26;HICOV=699;LSEQ=CCAAGTGCGGCTGCAGCCCC;RSEQ=GGGATGGGGGCCCACAGCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:704:26:675,26:0.0369:330,345:10,16 chr6 32008963 . C T 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=645;END=32008963;VD=599;AF=0.9287;BIAS=2:2;REFBIAS=20:22;VARBIAS=298:301;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.87357;ODDRATIO=1.08887388662645;MQ=43.6;SN=15.639;HIAF=0.9337;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=563;HICOV=603;LSEQ=AGTTTCTCCTTTATTGCTCC;RSEQ=GTACGAACCCCTCCCCTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:645:599:42,599:0.9287:20,22:298,301 chr6 35911130 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=35911130;VD=2;AF=0.0105;BIAS=1:0;REFBIAS=188:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=187;LSEQ=CCATTTCCCCTATCAGTACA;RSEQ=GGAAAATACCTTGCATATAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:2:188,2:0.0105:188,0:2,0 chr6 35918896 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=35918896;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:0;REFBIAS=72:95;VARBIAS=0:2;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.50803;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=TCACCCATCCCCCCACTGCC;RSEQ=TCAATCCCTTCCCCCAACCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:2:167,2:0.0118:72,95:0,2 chr6 35927056 . CT C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=171;END=35927057;VD=7;AF=0.0409;BIAS=1:0;REFBIAS=163:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=46.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0422;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=7;HICOV=166;LSEQ=CTCAAGGGGGAATCTTGTGC;RSEQ=TTTTTTTTTCAGTCAAGCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:7:163,7:0.0409:163,0:7,0 chr6 35927158 . AT A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=335;END=35927159;VD=5;AF=0.0149;BIAS=2:2;REFBIAS=242:86;VARBIAS=4:1;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.42007128757864;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0152;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=330;LSEQ=AAAATCCCTTAGAGGTTTTG;RSEQ=TTTTTTTTTAAGAAATGACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:335:5:328,5:0.0149:242,86:4,1 chr6 35928440 . C CA 131 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=126;END=35928440;VD=10;AF=0.0794;BIAS=1:0;REFBIAS=109:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=46.4;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=20;HIAF=0.0847;ADJAF=0.0079;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=10;HICOV=118;LSEQ=ACAGAGCAAGACTCTGTCTC;RSEQ=AAAAAAAAAAATAAAAACAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:10:109,10:0.0794:109,0:10,0 chr6 35928462 . G A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=35928462;VD=3;AF=0.0156;BIAS=1:0;REFBIAS=189:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=174;LSEQ=AAAAAAAAAATAAAAACAAA;RSEQ=AACCCATCTCTACCAGTGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:3:189,3:0.0156:189,0:3,0 chr6 35930002 . CA C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=21;END=35930003;VD=7;AF=0.3333;BIAS=1:0;REFBIAS=14:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.3333;ADJAF=0.0476;SHIFT3=16;MSI=17;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=7;HICOV=21;LSEQ=AACAGAGTGAGACTCCGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAGTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:21:7:14,7:0.3333:14,0:7,0 chr6 35930263 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=35930263;VD=3;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=159:83;VARBIAS=2:1;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04384133611691;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0083;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=240;LSEQ=TCTCCCTCTCTCCAACCTCC;RSEQ=TCTGCCCTCCCCTTCCTCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:3:242,3:0.0122:159,83:2,1 chr6 35930267 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=250;END=35930267;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=158:89;VARBIAS=2:1;PMEAN=50;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.12607540200892;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0086;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=233;LSEQ=CCTCTCTCCAACCTCCCTCT;RSEQ=CCCTCCCCTTCCTCAGCCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:250:3:247,3:0.012:158,89:2,1 chr6 35936386 . G A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=35936386;VD=3;AF=0.25;BIAS=0:0;REFBIAS=8:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.7;SN=6;HIAF=0.3000;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=10;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=10;LSEQ=ATGTGTGTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=TATATATATATATATATATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:3:8,3:0.25:8,0:3,0 chr6 35936752 . 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A G 160 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=35979682;VD=22;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=22:0;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=22;HICOV=22;LSEQ=AGGCATGAGCCACTATGCCC;RSEQ=CCTATCCTTCCCCTTTCTAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:22:22:0,22:1:0,0:22,0 chr6 35991780 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=35991780;VD=2;AF=0.0476;BIAS=1:0;REFBIAS=40:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0513;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=39;LSEQ=GAGATGCTCATTATTGGGGT;RSEQ=GGGGTGCTGGAGAAGGCTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:2:40,2:0.0476:40,0:2,0 chr6 35991822 . C T 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=35991822;VD=67;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=67:0;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=66;HICOV=66;LSEQ=CGGGGCCCCTGACACATCAA;RSEQ=GGCATTTGACATGAAAAGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:67:67:0,67:1:0,0:67,0 chr6 35992332 . T C 329 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=530;END=35992332;VD=530;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=223:307;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=131.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=526;HICOV=526;LSEQ=GCTGGGATCCCACACGGCTC;RSEQ=CGCCTGGCTGGCGGCGCTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:530:530:0,530:1:0,0:223,307 chr6 35992565 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=35992565;VD=2;AF=0.0101;BIAS=1:0;REFBIAS=2:194;VARBIAS=0:2;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=186;LSEQ=AACCTGTATACCAAGGCTCC;RSEQ=TCTCTCTCCGAGGTTTTGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:196,2:0.0101:2,194:0,2 chr6 38690355 . TGG T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=65;END=38690357;VD=4;AF=0.0615;BIAS=1:0;REFBIAS=59:2;VARBIAS=4:0;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0635;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=4;HICOV=63;LSEQ=TGAAAAAGCTCCCAGGTGGG;RSEQ=GGGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:65:4:61,4:0.0615:59,2:4,0 chr6 38690359 . G T 192 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=63;END=38690359;VD=49;AF=0.7778;BIAS=1:1;REFBIAS=12:1;VARBIAS=48:1;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.37811;ODDRATIO=3.88289197794517;MQ=60;SN=23.5;HIAF=0.7833;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=47;HICOV=60;LSEQ=AAAGCTCCCAGGTGGGTGGG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:63:49:13,49:0.7778:12,1:48,1 chr6 38690361 . T G 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=38690361;VD=48;AF=0.7742;BIAS=0:1;REFBIAS=7:0;VARBIAS=47:1;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=0.8889;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=10;MSILEN=2;NM=3.6;HICNT=48;HICOV=54;LSEQ=AGCTCCCAGGTGGGTGGGGG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:62:48:7,48:0.7742:7,0:47,1 chr6 38690363 . T G 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=38690363;VD=56;AF=0.8485;BIAS=0:1;REFBIAS=2:0;VARBIAS=55:1;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.667;HIAF=0.9636;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=10;MSILEN=2;NM=3.5;HICNT=53;HICOV=55;LSEQ=CTCCCAGGTGGGTGGGGGTG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:66:56:2,56:0.8485:2,0:55,1 chr6 38690365 . T G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=38690365;VD=5;AF=0.0667;BIAS=1:0;REFBIAS=68:2;VARBIAS=5:0;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0714;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=10;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=5;HICOV=70;LSEQ=CCCAGGTGGGTGGGGGTGTG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGCTGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:75:5:70,5:0.0667:68,2:5,0 chr6 38691328 . GCAA G 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=253;END=38691331;VD=214;AF=0.8458;BIAS=2:1;REFBIAS=18:20;VARBIAS=9:205;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=20.0132;MQ=60;SN=70.333;HIAF=0.8474;ADJAF=0.1067;SHIFT3=12;MSI=5;MSILEN=3;NM=0.8;HICNT=211;HICOV=249;LSEQ=AAATAGAGTTGTCATAAACA;RSEQ=CAACAACAACAAAAATCATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:253:214:38,214:0.8458:18,20:9,205 chr6 38691373 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=38691373;VD=3;AF=0.0152;BIAS=1:0;REFBIAS=1:193;VARBIAS=0:3;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=195;LSEQ=AGAAAGACAAAGTTGGGGCA;RSEQ=GGCACAGTGGCTCATGCCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:3:194,3:0.0152:1,193:0,3 chr6 38691391 . C A 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=38691391;VD=168;AF=0.9941;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:167;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=167;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=167;HICOV=167;LSEQ=CAGGGCACAGTGGCTCATGC;RSEQ=TGTAATCCCAGCACTTTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:169:168:0,168:0.9941:0,0:1,167 chr6 38697386 . A T 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=38697386;VD=34;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=33:1;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=34;HICOV=34;LSEQ=CTTAATAATACTTCTTTTTT;RSEQ=AAAATATTTACCTCAAGTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:34:34:0,34:1:0,0:33,1 chr6 38698113 . C T 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=38698113;VD=27;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:27;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=26;HICOV=26;LSEQ=CCAGAGCCCTGCAGCTACCC;RSEQ=CTGTGGTCCTATCTCAGCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:27:27:0,27:1:0,0:0,27 chr6 38702015 . G T 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=38702015;VD=19;AF=0.5429;BIAS=1:1;REFBIAS=16:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=55.3;SN=38;HIAF=0.5429;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=19;HICOV=35;LSEQ=GGTTGCAGTGAGCTGAGATT;RSEQ=CACTACTGCACTCCAGCCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:35:19:16,19:0.5429:16,0:19,0 chr6 38702059 . 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C CA 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=62;END=38709238;VD=7;AF=0.1129;BIAS=1:0;REFBIAS=52:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=6;HIAF=0.1034;ADJAF=0.0323;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=6;HICOV=58;LSEQ=AAAACTACCTCCCCCCCGAC;RSEQ=AAAAAAAAAAACCCAAAATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:62:7:52,7:0.1129:52,0:7,0 chr6 38709291 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=38709291;VD=2;AF=0.0154;BIAS=1:0;REFBIAS=127:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=55;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0160;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=125;LSEQ=TGTCACCTTTAAATATTATG;RSEQ=TTGCTGGAGAATTTTAGTAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:2:127,2:0.0154:127,0:2,0 chr6 38718546 . TA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=129;END=38718547;VD=2;AF=0.0155;BIAS=1:0;REFBIAS=1:126;VARBIAS=0:2;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=129;LSEQ=GCAAGAAGACCCCATCTATA;RSEQ=AAAAAAAATAGTACAATTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:127,2:0.0155:1,126:0,2 chr6 38718689 . A G 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=38718689;VD=14;AF=0.5833;BIAS=0:1;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:14;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.5833;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=14;HICOV=24;LSEQ=ATGTGTTTATGAAGAATGAT;RSEQ=AACTATATTTAATATTTTAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:24:14:10,14:0.5833:0,10:0,14 chr6 38723426 . A G 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=38723426;VD=10;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=10;HICOV=20;LSEQ=AATGAACTATTAACCTTAAA;RSEQ=TGGCTCTCACCTCTAAAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:20:10:10,10:0.5:10,0:10,0 chr6 38723575 . G A 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=38723575;VD=75;AF=0.4747;BIAS=1:1;REFBIAS=83:0;VARBIAS=75:0;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4636;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=70;HICOV=151;LSEQ=TTTGTCAAAACTAATGTCCT;RSEQ=TTATCTGTTCCAGGGTCTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:75:83,75:0.4747:83,0:75,0 chr6 38724185 . G C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=38724185;VD=7;AF=0.4375;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:7;PMEAN=52.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4375;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=7;HICOV=16;LSEQ=GCTTCTTTAGCTACTCCCAT;RSEQ=AACACTATAGTTTGTGTAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:7:9,7:0.4375:0,9:0,7 chr6 38729217 . G GT 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=38;END=38729217;VD=2;AF=0.0526;BIAS=1:0;REFBIAS=35:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0541;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=2;HICOV=37;LSEQ=TTCCAATTTCAAGTTCTCTA;RSEQ=TTTTTTTTTAATGTTATTAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:38:2:35,2:0.0526:35,0:2,0 chr6 38729289 . T C 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=102;END=38729289;VD=43;AF=0.4216;BIAS=1:1;REFBIAS=58:1;VARBIAS=43:0;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.333;HIAF=0.4167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=40;HICOV=96;LSEQ=ATTCTGTTTCCCAGGCTGGC;RSEQ=TTGAACTTCTGGGCTCAAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:102:43:59,43:0.4216:58,1:43,0 chr6 38729458 . T C 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=38729458;VD=129;AF=0.4343;BIAS=2:2;REFBIAS=127:38;VARBIAS=102:27;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=0.77718;ODDRATIO=1.12989243424026;MQ=60;SN=8.923;HIAF=0.4143;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=116;HICOV=280;LSEQ=CTTTTTACATATAATTATTT;RSEQ=GTACCTATATTTATTTCAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:129:165,129:0.4343:127,38:102,27 chr6 38729555 . G A 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=402;END=38729555;VD=179;AF=0.4453;BIAS=2:2;REFBIAS=110:112;VARBIAS=91:88;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.84096;ODDRATIO=1.05273131138739;MQ=60;SN=178;HIAF=0.4518;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=178;HICOV=394;LSEQ=CATGTATGGGATCAGGAAAC;RSEQ=CCAGTTGTACTAAAGAAAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:402:179:222,179:0.4453:110,112:91,88 chr6 38738065 . T TA 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=199;END=38738065;VD=181;AF=0.9095;BIAS=1:1;REFBIAS=16:0;VARBIAS=181:0;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=362;HIAF=0.8702;ADJAF=0.0955;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=181;HICOV=208;LSEQ=GGATGAAAATATGGTATAAA;RSEQ=AAAAAAAAACTATACAGATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:199:181:16,181:0.9095:16,0:181,0 chr6 38743252 . C T 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=38743252;VD=13;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=13;HICOV=13;LSEQ=GATGAAGCTATTTAGTCAAG;RSEQ=TCCCCGCCACCCTTGAAAGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:13:13:0,13:1:0,0:13,0 chr6 38743907 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=119;END=38743908;VD=4;AF=0.0336;BIAS=1:0;REFBIAS=0:112;VARBIAS=0:4;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0360;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=111;LSEQ=TTAAACTACTCCACTAAAGG;RSEQ=TTTTTTTTGAATGAATAGTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:119:4:112,4:0.0336:0,112:0,4 chr6 38745947 . T C 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=38745947;VD=48;AF=0.5217;BIAS=1:1;REFBIAS=43:0;VARBIAS=48:0;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23;HIAF=0.5227;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=46;HICOV=88;LSEQ=TGGCATGTATTTTACATTTA;RSEQ=AGACATCTTGCTTCTAAGTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:92:48:43,48:0.5217:43,0:48,0 chr6 38746090 . A G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=220;END=38746090;VD=220;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=198:22;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=214;HICOV=214;LSEQ=TATCTTAATTCTGTAGGAAA;RSEQ=GCATTAACTGTTGTTAAACA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:220:220:0,220:1:0,0:198,22 chr6 38746098 . C T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=226;END=38746098;VD=225;AF=0.9956;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=195:30;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=224;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=224;HICOV=224;LSEQ=TTCTGTAGGAAAAGCATTAA;RSEQ=TGTTGTTAAACAAAACCAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:226:225:0,225:0.9956:0,0:195,30 chr6 38746263 . A T 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=377;END=38746263;VD=179;AF=0.4748;BIAS=2:2;REFBIAS=84:114;VARBIAS=71:108;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.60167;ODDRATIO=1.12049;MQ=60;SN=58.667;HIAF=0.4744;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=176;HICOV=371;LSEQ=ATTCATAACACTTTAAGCAG;RSEQ=GTAGTTTCTGGGGGGAATAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:377:179:198,179:0.4748:84,114:71,108 chr6 38746294 . A G 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=333;END=38746294;VD=159;AF=0.4775;BIAS=2:2;REFBIAS=52:119;VARBIAS=52:107;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.72224;ODDRATIO=1.11179053866252;MQ=60;SN=21.714;HIAF=0.4720;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=152;HICOV=322;LSEQ=GGGGGAATAACTTTAAATCT;RSEQ=AAAATACAATTTCAAATTAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:333:159:171,159:0.4775:52,119:52,107 chr6 38746556 . TA AT 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=26;END=38746557;VD=11;AF=0.4231;BIAS=1:0;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:11;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.4231;ADJAF=0.0769;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=11;HICOV=26;LSEQ=ATTGTTGGAAAGGGAACAAA;RSEQ=ATGTTTACTTCTACATACTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:26:11:15,11:0.4231:0,15:0,11 chr6 38747581 . C T 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=38747581;VD=191;AF=0.9948;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=188:3;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=190;HIAF=0.9948;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=190;HICOV=191;LSEQ=ATTGTGGGTTCCAAGAGAAC;RSEQ=AGGACTGTACCTCCTATCTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:192:191:0,191:0.9948:0,0:188,3 chr6 38747770 . G A 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=518;END=38747770;VD=252;AF=0.4865;BIAS=2:2;REFBIAS=147:116;VARBIAS=136:116;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.72312;ODDRATIO=1.08072;MQ=60;SN=41;HIAF=0.4970;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=246;HICOV=495;LSEQ=AGCTGAACATTCCCTGTCTG;RSEQ=GATTAGAAATAAACCACACA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:518:252:263,252:0.4865:147,116:136,116 chr6 38748047 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=125;END=38748047;VD=2;AF=0.016;BIAS=1:0;REFBIAS=2:121;VARBIAS=0:2;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0164;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=122;LSEQ=TCCTCTTTGCTGTGATCTTA;RSEQ=CAGTTATCCCACCATTATTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:125:2:123,2:0.016:2,121:0,2 chr6 38748134 . C T 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=38748134;VD=20;AF=0.4444;BIAS=1:1;REFBIAS=0:25;VARBIAS=0:20;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=20;HICOV=45;LSEQ=AGTATGTACCCAAAGGAATA;RSEQ=AAATCATTCTGTCATAAAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:45:20:25,20:0.4444:0,25:0,20 chr6 38748667 . A T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=38748667;VD=6;AF=0.5455;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=25.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.5455;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=6;HICOV=11;LSEQ=CCCCGTTTTCTGGTGTGTGT;RSEQ=TAGCAAAGCCCGTTTAAGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:11:6:5,6:0.5455:5,0:6,0 chr6 38748746 . T G 145 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=38748746;VD=17;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=17:0;VARBIAS=17:0;PMEAN=29.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.5152;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=17;HICOV=33;LSEQ=TTATGACAGATATTAATATG;RSEQ=AGCTATGTGCTCCGTTTGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:34:17:17,17:0.5:17,0:17,0 chr6 38749211 . A G 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=209;END=38749211;VD=107;AF=0.512;BIAS=2:2;REFBIAS=7:94;VARBIAS=16:91;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.07822;ODDRATIO=2.351668508807;MQ=60;SN=34.667;HIAF=0.5149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=104;HICOV=202;LSEQ=TTTAATATAACAAATATATC;RSEQ=TATCCTATAATATTTGTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:209:107:101,107:0.512:7,94:16,91 chr6 38749375 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=38749375;VD=2;AF=0.0286;BIAS=1:0;REFBIAS=0:68;VARBIAS=0:2;PMEAN=53.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0303;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=66;LSEQ=TTATCTCAAAGTCAGTGAAT;RSEQ=TTATAATTTTATGTCTTTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:70:2:68,2:0.0286:0,68:0,2 chr6 38750812 . T C 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=382;END=38750812;VD=179;AF=0.4686;BIAS=2:2;REFBIAS=133:69;VARBIAS=122:57;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.66339;ODDRATIO=1.11009968695189;MQ=60;SN=178;HIAF=0.4759;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=178;HICOV=374;LSEQ=ATTTTATCAAGTCCGGACGG;RSEQ=AAAGCTGTCATCCGTCAGTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:382:179:202,179:0.4686:133,69:122,57 chr6 38750888 . A G 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=345;END=38750888;VD=167;AF=0.4841;BIAS=2:2;REFBIAS=82:94;VARBIAS=71:96;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.51449;ODDRATIO=1.17893;MQ=60;SN=334;HIAF=0.4869;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=167;HICOV=343;LSEQ=TGGTCTATCACACAGCCTGG;RSEQ=TCAGAGAGATTTCACAGTTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:345:167:176,167:0.4841:82,94:71,96 chr6 38754165 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=38754165;VD=2;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=54.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=6;LSEQ=GGGAAAGAGTTTGAAATGAG;RSEQ=TGGGGCATCTTTTGTGATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:6:2:4,2:0.3333:4,0:2,0 chr6 38754502 . A G 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=374;END=38754502;VD=189;AF=0.5053;BIAS=2:2;REFBIAS=132:52;VARBIAS=132:57;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.73312;ODDRATIO=1.09588;MQ=60;SN=62;HIAF=0.5269;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=186;HICOV=353;LSEQ=ACAGCTGGAAGCAGAAAGGA;RSEQ=ATTCAGAATGAGTAATGTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:374:189:184,189:0.5053:132,52:132,57 chr6 38754605 . C A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=489;END=38754605;VD=5;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=232:252;VARBIAS=3:2;PMEAN=26.6;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.67491;ODDRATIO=1.62768364340707;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0064;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=468;LSEQ=TTGCTGGTTAATTTCGATCC;RSEQ=AAAATTTTGGAAGTTGTTCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:489:5:484,5:0.0102:232,252:3,2 chr6 38754787 . GTA G 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=232;END=38754789;VD=176;AF=0.7586;BIAS=2:2;REFBIAS=14:20;VARBIAS=15:161;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1e-05;ODDRATIO=7.40192;MQ=60;SN=175;HIAF=0.7609;ADJAF=0.1164;SHIFT3=15;MSI=8;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=175;HICOV=230;LSEQ=TTTTTTGGTAAAAAAAATAT;RSEQ=TATATATATATATATCCCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:232:176:34,176:0.7586:14,20:15,161 chr6 38757378 . C T 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=38757378;VD=52;AF=0.4771;BIAS=1:1;REFBIAS=56:0;VARBIAS=52:0;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51;HIAF=0.4811;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=51;HICOV=106;LSEQ=TGAAGATGTAGAAATTGCTA;RSEQ=TGACTTGTTTAAAGGAGATG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:52:56,52:0.4771:56,0:52,0 chr6 38757401 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=135;END=38757401;VD=2;AF=0.0148;BIAS=1:0;REFBIAS=133:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0148;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=135;LSEQ=ACTTGTTTAAAGGAGATGCT;RSEQ=AGGTAATTTACAGGTACAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:135:2:133,2:0.0148:133,0:2,0 chr6 38757489 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=203;END=38757489;VD=3;AF=0.0148;BIAS=2:2;REFBIAS=179:21;VARBIAS=2:1;PMEAN=14.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.29244;ODDRATIO=4.21245;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0101;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=199;LSEQ=GACAGGACTACGAGGAAACT;RSEQ=GGATTATGAAACCTTCCTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:203:3:200,3:0.0148:179,21:2,1 chr6 38757791 . GT G 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=210;END=38757792;VD=96;AF=0.4571;BIAS=2:2;REFBIAS=13:97;VARBIAS=25:71;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.01133;ODDRATIO=2.61485762100254;MQ=60;SN=192;HIAF=0.4706;ADJAF=0.0429;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=96;HICOV=204;LSEQ=TAGTTCAATTTTATAGCTCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTCTGCAGAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:210:96:110,96:0.4571:13,97:25,71 chr6 38758310 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=38758310;VD=2;AF=0.0141;BIAS=1:2;REFBIAS=0:140;VARBIAS=1:1;PMEAN=63;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.01408;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=139;LSEQ=ATCCGTTAGGTTTAAAATAT;RSEQ=ATGTTTTGGGCTGGGCACAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:2:140,2:0.0141:0,140:1,1 chr6 38758353 . C T 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=38758353;VD=57;AF=0.5377;BIAS=1:1;REFBIAS=1:47;VARBIAS=0:57;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.45714;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=56;HIAF=0.5385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=56;HICOV=104;LSEQ=GCTCACACCTGTAATCCCAG;RSEQ=ACTTTGGGAGGCCAAGGCGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:106:57:48,57:0.5377:1,47:0,57 chr6 38758374 . A G 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=38758374;VD=48;AF=0.5333;BIAS=1:1;REFBIAS=1:41;VARBIAS=0:48;PMEAN=31.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.46667;ODDRATIO=0;MQ=59.7;SN=47;HIAF=0.5281;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=2.3;HICNT=47;HICOV=89;LSEQ=ACTTTGGGAGGCCAAGGCGG;RSEQ=TGGATCACGAGGTCAGGAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:90:48:42,48:0.5333:1,41:0,48 chr6 38759299 . G GT 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=261;END=38759299;VD=5;AF=0.0192;BIAS=2:0;REFBIAS=181:62;VARBIAS=5:0;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.33546;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=10;HIAF=0.0207;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=5;HICOV=241;LSEQ=TAGCTCTAAAGGAAAGAAGA;RSEQ=TTTTTTTTTCTTACATTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:261:5:243,5:0.0192:181,62:5,0 chr6 38759379 . G A 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=431;END=38759379;VD=216;AF=0.5012;BIAS=2:2;REFBIAS=105:109;VARBIAS=126:90;PMEAN=44.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.066;ODDRATIO=1.45203211895047;MQ=60;SN=215;HIAF=0.5119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=215;HICOV=420;LSEQ=ATACAGTTCTGAAGGAGATA;RSEQ=CCAAAACTGTGTTGATTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:431:216:214,216:0.5012:105,109:126,90 chr6 38759555 . C CT 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=174;END=38759555;VD=67;AF=0.3851;BIAS=1:1;REFBIAS=2:91;VARBIAS=0:67;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.51014;ODDRATIO=0;MQ=60.2;SN=21.333;HIAF=0.4354;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=64;HICOV=147;LSEQ=CTGGGTCAGTAGCATTTAGA;RSEQ=TTTTTTTTTTTGTTTTTTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:67:93,67:0.3851:2,91:0,67 chr6 38770841 . C CT 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=186;END=38770841;VD=3;AF=0.0161;BIAS=1:0;REFBIAS=174:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=56.2;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0176;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=3;HICOV=170;LSEQ=CCATTTTCAGCTATCTCTAG;RSEQ=TTTTTTTTTCAAGTGAAGTT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:3:174,3:0.0161:174,0:3,0 chr6 38771299 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=86;END=38771299;VD=2;AF=0.0233;BIAS=1:0;REFBIAS=0:84;VARBIAS=0:2;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=80;LSEQ=TGGGAACCCCTCTCAAATCC;RSEQ=AGTTCCCAACCCCGGTCCAG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:86:2:84,2:0.0233:0,84:0,2 chr6 38771334 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=38771334;VD=2;AF=0.0357;BIAS=1:0;REFBIAS=0:54;VARBIAS=0:2;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=52;LSEQ=GTCCAGCGTTGCAAGTTGGC;RSEQ=TTCCTATGGATAGCAGTCTC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:56:2:54,2:0.0357:0,54:0,2 chr6 38771375 . ATT A 110 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=29;END=38771377;VD=11;AF=0.3793;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:11;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=32;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.5;HIAF=0.3462;ADJAF=0.1034;SHIFT3=13;MSI=15;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=9;HICOV=26;LSEQ=AGGCCTGCTATGCTAACTCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTCTGGTGC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:11:4,11:0.3793:0,4:0,11 chr6 38771401 . A G 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=38771401;VD=9;AF=0.45;BIAS=0:0;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:9;PMEAN=19.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.4500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=9;HICOV=20;LSEQ=TTTTTTTTTTCTGGTGCAGC;RSEQ=TTCTTATCAAGTCACTTTGA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:20:9:11,9:0.45:0,11:0,9 chr6 38771439 . CT C 32 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=7;END=38771440;VD=2;AF=0.2857;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:2;PMEAN=10.5;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2857;ADJAF=0.1429;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=7;LSEQ=TGACTATTTGATTTATTTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTGAGAAACA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:2:5,2:0.2857:0,5:0,2 chr6 38773146 . T C 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=232;END=38773146;VD=105;AF=0.4526;BIAS=1:1;REFBIAS=122:4;VARBIAS=105:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.12795;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.5;HIAF=0.4518;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=103;HICOV=228;LSEQ=CATTTTTCAAAAAACAGTTT;RSEQ=AAAAGTAAGAGCTTTTTAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:232:105:126,105:0.4526:122,4:105,0 chr6 38773172 . A G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=264;END=38773172;VD=262;AF=0.9924;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=236:26;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.111;HIAF=0.9961;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=253;HICOV=254;LSEQ=TAAGAGCTTTTTAAAAAGGA;RSEQ=CTTCCTAAGAGGATTTGGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:264:262:0,262:0.9924:0,0:236,26 chr6 38773293 . G A 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=513;END=38773293;VD=510;AF=0.9942;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=267:243;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.9980;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=500;HICOV=501;LSEQ=TGTTTTTGGAAGTGAAACAG;RSEQ=AGAGGGTGAAAACAATGACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:513:510:0,510:0.9942:0,0:267,243 chr6 38773709 . G A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=38773709;VD=4;AF=0.8;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:4;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.8000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=5;LSEQ=GAACTTTGTTCTCAGTTGTT;RSEQ=TGTTTAATGGTTATCTGTAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:4:1,4:0.8:0,1:0,4 chr6 38775075 . G C 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=38775075;VD=16;AF=0.5714;BIAS=0:1;REFBIAS=11:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=0.5926;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=16;HICOV=27;LSEQ=ATTTAAAGTGCTTCAATTTT;RSEQ=TTAGGTGAAAATTGAGTATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:28:16:11,16:0.5714:11,0:16,0 chr6 38775210 . TA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=140;END=38775211;VD=2;AF=0.0143;BIAS=1:2;REFBIAS=138:0;VARBIAS=1:1;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.01429;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=TTCATGTATTCTTATTTGTC;RSEQ=AAAAAAACAGACAAGTAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:138,2:0.0143:138,0:1,1 chr6 38775336 . T G 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=327;END=38775336;VD=177;AF=0.5413;BIAS=2:2;REFBIAS=116:34;VARBIAS=142:35;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.58689;ODDRATIO=1.18852361596425;MQ=60;SN=34.4;HIAF=0.5409;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=172;HICOV=318;LSEQ=TCATTGTTTTGGGGATGCTC;RSEQ=AGGTTTTTTGGAGGAGAGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:327:177:150,177:0.5413:116,34:142,35 chr6 38775567 . AT A 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=255;END=38775568;VD=108;AF=0.4235;BIAS=2:2;REFBIAS=13:131;VARBIAS=15:93;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.23213;ODDRATIO=1.62208632743435;MQ=60;SN=107;HIAF=0.4315;ADJAF=0.0627;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=107;HICOV=248;LSEQ=CACCTCTTATAAATTTATTA;RSEQ=TAAAAAAACTATAAAATTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:255:108:144,108:0.4235:13,131:15,93 chr6 38775674 . C T 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=38775674;VD=53;AF=0.469;BIAS=1:1;REFBIAS=0:59;VARBIAS=0:53;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.25;HIAF=0.4579;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=49;HICOV=107;LSEQ=ATGAACACCCATATTCCCAA;RSEQ=ACCCTGCCTGAGACAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:53:59,53:0.469:0,59:0,53 chr6 38775688 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=100;END=38775689;VD=2;AF=0.02;BIAS=1:0;REFBIAS=0:98;VARBIAS=0:2;PMEAN=56.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=TCCCAACACCCTGCCTGAGA;RSEQ=AAAAAAGGCTACCAGTCCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:100:2:98,2:0.02:0,98:0,2 chr6 38781461 . T C 107 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=38781461;VD=11;AF=0.5238;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=31.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.5;HIAF=0.4737;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=9;HICOV=19;LSEQ=CATGGACCAGAAACTTCCTG;RSEQ=TTAATCTTGTGAAAATATAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:21:11:10,11:0.5238:10,0:11,0 chr6 38781472 . G A 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=38781472;VD=14;AF=0.5185;BIAS=1:1;REFBIAS=13:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.5185;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=14;HICOV=27;LSEQ=AACTTCCTGTTTAATCTTGT;RSEQ=AAAATATAGATAAAGAAGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:27:14:13,14:0.5185:13,0:14,0 chr6 38781518 . A G 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=38781518;VD=32;AF=0.5161;BIAS=1:1;REFBIAS=30:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.5161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=32;HICOV=62;LSEQ=AAGTATATGCTGGTGATCTC;RSEQ=TCTTGTATCTGTTGCAGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:62:32:30,32:0.5161:30,0:32,0 chr6 38781625 . A T 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=38781625;VD=73;AF=0.4899;BIAS=1:1;REFBIAS=76:0;VARBIAS=73:0;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=0.4898;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=72;HICOV=147;LSEQ=TAGTAGAAAATGTATATGAG;RSEQ=TTACTATTTTACTTCTAAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:73:76,73:0.4899:76,0:73,0 chr6 38781792 . G T 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=387;END=38781792;VD=4;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=224:159;VARBIAS=3:1;PMEAN=20.8;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=0.64542;ODDRATIO=2.12571477159195;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=3;HICOV=368;LSEQ=AAACTAACAATGAAATTTTA;RSEQ=GGTAAGGTTCATCAGCTAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:387:4:383,4:0.0103:224,159:3,1 chr6 38781866 . C G 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=397;END=38781866;VD=395;AF=0.995;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=168:227;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.214;HIAF=0.9948;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=381;HICOV=383;LSEQ=CAGTCAGAAGATATTATTTC;RSEQ=TTTATAAAAAGTGAAGTACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:397:395:0,395:0.995:0,0:168,227 chr6 38781931 . A T 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=311;END=38781931;VD=310;AF=0.9968;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=62:248;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.75;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=302;HICOV=303;LSEQ=TATTATTAAATACACTGATA;RSEQ=TTTGATAAGGTGCTTAAGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:311:310:0,310:0.9968:0,0:62,248 chr6 38782034 . T C 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=38782034;VD=146;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:146;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=143;HICOV=143;LSEQ=TCCCTCACTATTTAACAAAT;RSEQ=GGAAATGTCATTTATATCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:146:146:0,146:1:0,0:0,146 chr6 38782217 . T C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=38782217;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:7;PMEAN=45.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=AAATACAAAAATTAGCCAGT;RSEQ=GTGGTGGTAGGTGCCTGTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:0,7 chr6 38783086 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=38783086;VD=2;AF=0.0101;BIAS=1:0;REFBIAS=195:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=57.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=194;LSEQ=CTTCAGGATAGAGAAAATCT;RSEQ=CATCCTCCCCATCTTCCTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:195,2:0.0101:195,0:2,0 chr6 38791187 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=38791187;VD=2;AF=0.0117;BIAS=1:0;REFBIAS=162:7;VARBIAS=2:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=GCAGACTGTGAAATTCCTCG;RSEQ=TTCCTGGTGGACACCCTATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:2:169,2:0.0117:162,7:2,0 chr6 38791203 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=38791203;VD=2;AF=0.0106;BIAS=1:0;REFBIAS=183:4;VARBIAS=2:0;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=CTCGCTTCCTGGTGGACACC;RSEQ=TATTTCTTACCCAGCCACTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:2:187,2:0.0106:183,4:2,0 chr6 38791219 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=38791219;VD=2;AF=0.0101;BIAS=1:0;REFBIAS=193:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=52.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=195;LSEQ=CACCCTATTTCTTACCCAGC;RSEQ=ACTGGCCCCATTGCACACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:196,2:0.0101:193,3:2,0 chr6 38791555 . C T 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=213;END=38791555;VD=119;AF=0.5587;BIAS=1:1;REFBIAS=1:92;VARBIAS=0:119;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.43868;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=238;HIAF=0.5667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=119;HICOV=210;LSEQ=GTTATTAAGTTATCTTGGTA;RSEQ=AATAGTATTATACCAAGATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:213:119:93,119:0.5587:1,92:0,119 chr6 38791574 . TATA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=177;END=38791577;VD=2;AF=0.0113;BIAS=1:0;REFBIAS=0:174;VARBIAS=0:2;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=5;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=ACAATAGTATTATACCAAGA;RSEQ=ATAATAATAATATACCAAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:2:174,2:0.0113:0,174:0,2 chr6 38791637 . A G 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=135;END=38791637;VD=70;AF=0.5185;BIAS=1:1;REFBIAS=0:65;VARBIAS=2:68;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.49696;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=69;HIAF=0.5188;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=3;NM=2.0;HICNT=69;HICOV=133;LSEQ=CCAAGATATATTATAATATT;RSEQ=TTATACCATTAAAAGTAATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:135:70:65,70:0.5185:0,65:2,68 chr6 38793587 . T C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=38793587;VD=11;AF=0.6471;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=28.9;PSTD=1;QUAL=32.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.5;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=3.3;HICNT=9;HICOV=15;LSEQ=TCACTCCACCTCATGGGATC;RSEQ=CTCGAGAAAAATGCGAGAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:17:11:6,11:0.6471:6,0:11,0 chr6 38793603 . A G 138 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=38793603;VD=16;AF=0.64;BIAS=0:1;REFBIAS=9:0;VARBIAS=15:1;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.6250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=15;HICOV=24;LSEQ=GATCTCTCGAGAAAAATGCG;RSEQ=GAATGAATGAGGGCCGCTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:25:16:9,16:0.64:9,0:15,1 chr6 38793812 . C T 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=206;END=38793812;VD=108;AF=0.5243;BIAS=1:1;REFBIAS=96:2;VARBIAS=107:1;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.60563;ODDRATIO=2.2207910457705;MQ=60;SN=35;HIAF=0.5172;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=105;HICOV=203;LSEQ=AATTCATACTAACCACATTT;RSEQ=AAGTGTTCAAAAGCCACATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:206:108:98,108:0.5243:96,2:107,1 chr6 38794183 . A AT 123 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=405;END=38794183;VD=9;AF=0.0222;BIAS=2:2;REFBIAS=110:266;VARBIAS=3:6;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.7255;ODDRATIO=1.20844461094126;MQ=63.2;SN=18;HIAF=0.0238;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=9;HICOV=378;LSEQ=TTGAAGTAAGAAATGATTGC;RSEQ=TTTTTTTTTCTTGGAATGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:405:9:376,9:0.0222:110,266:3,6 chr6 38796173 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=38796173;VD=3;AF=0.0175;BIAS=1:0;REFBIAS=1:167;VARBIAS=0:3;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=158;LSEQ=CAGTCATGTGCCACATAACA;RSEQ=TGTTTCAGTCAACAACAGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:3:168,3:0.0175:1,167:0,3 chr6 38799927 . T C 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=38799927;VD=66;AF=0.5116;BIAS=1:1;REFBIAS=63:0;VARBIAS=66:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=63;HICOV=126;LSEQ=TTGAGTCAGGCTAGAATGAT;RSEQ=TGAGTCTCCTGTAGGTTCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:129:66:63,66:0.5116:63,0:66,0 chr6 38799955 . A G 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=38799955;VD=153;AF=0.9935;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=153:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=150;HICOV=150;LSEQ=CCTGTAGGTTCATTTGGGTT;RSEQ=TTAATATATTTTATTACAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:154:153:0,153:0.9935:0,0:153,0 chr6 38800164 . G A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=511;END=38800164;VD=261;AF=0.5108;BIAS=2:2;REFBIAS=127:121;VARBIAS=134:127;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00525749670778;MQ=60;SN=64.25;HIAF=0.5120;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=257;HICOV=502;LSEQ=GCAATCTACTTGAGTCTGTG;RSEQ=AAGTTTTTCGTGAGGACGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:511:261:248,261:0.5108:127,121:134,127 chr6 38800209 . T C 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=417;END=38800209;VD=200;AF=0.4796;BIAS=2:2;REFBIAS=82:135;VARBIAS=82:118;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.54742;ODDRATIO=1.1436936730866;MQ=60;SN=17.182;HIAF=0.4749;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=189;HICOV=398;LSEQ=ACTTTGCAGAAGCATATGAA;RSEQ=TGGTAATTTAAGTATTTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:417:200:217,200:0.4796:82,135:82,118 chr6 38800547 . C A 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=38800547;VD=5;AF=0.625;BIAS=0:2;REFBIAS=0:3;VARBIAS=1:4;PMEAN=49.8;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.7143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=5;HICOV=7;LSEQ=GGGCTGCATTCAAAGCTGTC;RSEQ=TGGGCTTCATGTGGCCTGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:5:3,5:0.625:0,3:1,4 chr6 38805345 . C G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=38805345;VD=2;AF=0.2857;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=10.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2857;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=7;LSEQ=TGGATTAGACTAACACTTTG;RSEQ=TCATTTGAGCCCTGTAGGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:2:5,2:0.2857:5,0:2,0 chr6 38805559 . T C 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=38805559;VD=81;AF=0.4402;BIAS=1:1;REFBIAS=101:1;VARBIAS=81:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80;HIAF=0.4396;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=80;HICOV=182;LSEQ=TAAGTGTTTAACTTTTTCTC;RSEQ=GATAGCTTGGTATCAGTATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:81:102,81:0.4402:101,1:81,0 chr6 38810043 . G A 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=264;END=38810043;VD=135;AF=0.5114;BIAS=1:2;REFBIAS=122:6;VARBIAS=128:7;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.11153;MQ=60;SN=66.5;HIAF=0.5175;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=133;HICOV=257;LSEQ=ATCTATAAGACATTGTACAC;RSEQ=CAATGTATGAAATATTTGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:264:135:128,135:0.5114:122,6:128,7 chr6 38810313 . G A 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=538;END=38810313;VD=297;AF=0.552;BIAS=2:2;REFBIAS=110:131;VARBIAS=129:168;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.66275;ODDRATIO=1.09337;MQ=60;SN=18.8;HIAF=0.5444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=282;HICOV=518;LSEQ=TGGAATTTTTTATAATGCCT;RSEQ=TCTTCTTAGGATCCTATAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:538:297:241,297:0.552:110,131:129,168 chr6 38810952 . TA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=21;END=38810953;VD=2;AF=0.0952;BIAS=1:0;REFBIAS=0:19;VARBIAS=0:2;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1000;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=20;LSEQ=CCCCAGAATGCACTTCCACT;RSEQ=AAAAAAATTTGTTTATTTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:21:2:19,2:0.0952:0,19:0,2 chr6 38813081 . A G 149 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=38813081;VD=23;AF=0.561;BIAS=1:1;REFBIAS=18:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6.667;HIAF=0.5263;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=20;HICOV=38;LSEQ=CAAAAGTTCGAATTGAAAAC;RSEQ=TAATCTGAAAAATGATGATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:41:23:18,23:0.561:18,0:23,0 chr6 38813267 . C CA 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=271;END=38813267;VD=8;AF=0.0295;BIAS=2:2;REFBIAS=224:20;VARBIAS=5:3;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=0.0276;ODDRATIO=6.62447;MQ=63.6;SN=16;HIAF=0.0327;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=8;HICOV=245;LSEQ=ACTTACAGGTCCCTTTCAAG;RSEQ=AAAAAAAAAATTCTATGATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:271:8:244,8:0.0295:224,20:5,3 chr6 38813642 . T TA 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=241;END=38813642;VD=116;AF=0.4813;BIAS=1:1;REFBIAS=3:122;VARBIAS=3:113;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07928421870615;MQ=60;SN=115;HIAF=0.4832;ADJAF=0.083;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.8;HICNT=115;HICOV=238;LSEQ=TTTAAAGCTCTTTCATTGGA;RSEQ=GGATTCTGCACTAAATTTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:241:116:125,116:0.4813:3,122:3,113 chr6 38813695 . G A 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=38813695;VD=62;AF=0.4276;BIAS=1:1;REFBIAS=0:83;VARBIAS=1:61;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.42759;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=61;HIAF=0.4236;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=61;HICOV=144;LSEQ=TGTTCCTATACAAACTGCCC;RSEQ=TTTTCCCTAATAATCATGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:62:83,62:0.4276:0,83:1,61 chr6 38813874 . C CTGATT 134 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=17;END=38813874;VD=14;AF=0.8235;BIAS=0:1;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:14;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.8235;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=14;HICOV=17;LSEQ=CTTTTCTCTCCTTTGTTCCT;RSEQ=TGACATCATTGACCTCTTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:14:2,14:0.8235:0,2:0,14 chr6 38816038 . T C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=38816038;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=GTTCCACAGACCAGTAACAG;RSEQ=GTCTCACATGTTACTCTCAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chr6 38816439 . TA T 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=452;END=38816440;VD=9;AF=0.0199;BIAS=2:2;REFBIAS=294:147;VARBIAS=6:3;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0201;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=9;HICOV=447;LSEQ=TTTAGATACAATGCTCCATT;RSEQ=AAAAAAATATCCAGAATTGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:452:9:441,9:0.0199:294,147:6,3 chr6 38817884 . G GA 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=241;END=38817884;VD=236;AF=0.9793;BIAS=1:1;REFBIAS=13:0;VARBIAS=234:2;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=46.2;HIAF=0.9467;ADJAF=0.1079;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=231;HICOV=244;LSEQ=CGCTCAGAATTAATTCAAAT;RSEQ=AAAAAAAATTGTCTGTTTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:241:236:13,236:0.9793:13,0:234,2 chr6 38817893 . T A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=38817893;VD=3;AF=0.0118;BIAS=1:2;REFBIAS=249:1;VARBIAS=2:1;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.02362;ODDRATIO=101.90453;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=243;LSEQ=TTAATTCAAATGAAAAAAAA;RSEQ=TGTCTGTTTAAATTATGCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:3:250,3:0.0118:249,1:2,1 chr6 38820451 . 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G A 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=235;END=38820758;VD=234;AF=0.9957;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=110:124;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=57.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=230;HICOV=230;LSEQ=AGACTCATTTTGTAATTTAT;RSEQ=AAGTGAAAGTTTTGGACTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:235:234:0,234:0.9957:0,0:110,124 chr6 38821371 . A G 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=38821371;VD=47;AF=0.5109;BIAS=1:1;REFBIAS=0:45;VARBIAS=0:47;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.75;HIAF=0.5059;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=43;HICOV=85;LSEQ=CCATCATGAAGGATACATAC;RSEQ=TTGAGTCTAATAGATACATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:92:47:45,47:0.5109:0,45:0,47 chr6 38825329 . C T 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=493;END=38825329;VD=493;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=328:165;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=483;HICOV=483;LSEQ=ATTCAGATGTTGTGGACACA;RSEQ=GATTCAGAAGAGGCTTTACG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:493:493:0,493:1:0,0:328,165 chr6 38825528 . CT C 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=390;END=38825529;VD=6;AF=0.0154;BIAS=2:0;REFBIAS=95:287;VARBIAS=0:6;PMEAN=29.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.34291;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0164;ADJAF=0.0026;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=6;HICOV=366;LSEQ=TTGATGACTTGGTAAGGTAT;RSEQ=TTTTTTTTAATTTAGTGTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:390:6:382,6:0.0154:95,287:0,6 chr6 38825896 . G A 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=38825896;VD=10;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:10;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=GTCCAGTTGATGGTGATCAT;RSEQ=GGCTTGATTTAGGCAAAGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:10:10:0,10:1:0,0:0,10 chr6 38827844 . T C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=38827844;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=65.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=TCCCTTTTGTTCCCCGCTCC;RSEQ=GGTGGCCCTGGCTAATTCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chr6 38827863 . C T 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=38827863;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=CTGGTGGCCCTGGCTAATTC;RSEQ=TACTATTTATCTGGGTTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:6,0 chr6 38828424 . G GT 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=368;END=38828424;VD=336;AF=0.913;BIAS=2:2;REFBIAS=12:27;VARBIAS=89:246;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.57123;ODDRATIO=1.22772;MQ=60.2;SN=11.923;HIAF=0.8934;ADJAF=0.0408;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=310;HICOV=347;LSEQ=AGGTAGGAAACCCAGTTTTC;RSEQ=TTTTTTATTTTGTAATTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:368:336:39,336:0.913:12,27:89,246 chr6 38828453 . A T 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=319;END=38828453;VD=319;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=63:256;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=158.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=317;HICOV=317;LSEQ=TTTGTAATTTTAAAATGTGC;RSEQ=TAACATTATTTATAGTTGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:319:319:0,319:1:0,0:63,256 chr6 38828721 . C A 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=38828721;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:12;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=AAATTGCAAAGAAGGAAGGT;RSEQ=CCTTGGAGATCATTTAATTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:0,12 chr6 38828776 . C A 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=38828776;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:5;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=ATGTGGAAATTGGCACCTAA;RSEQ=GTACATTTTCATGGCCAATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:0,5 chr6 38829703 . T A 115 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=38829703;VD=11;AF=0.9167;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.1;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=GGAAGAATTTATACAATAGA;RSEQ=ATTGGCAAACATGAAAACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:11:0,11:0.9167:0,0:11,0 chr6 38829875 . G A 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=38829875;VD=159;AF=0.9938;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=158:1;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78.5;HIAF=0.9937;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=157;HICOV=158;LSEQ=TAGTCTCAAGAAATCTTTGG;RSEQ=CTCACTGTAGTACTTTTAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:160:159:0,159:0.9938:0,0:158,1 chr6 38830410 . A G 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=38830410;VD=148;AF=0.9933;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:148;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=145;HICOV=145;LSEQ=GGCTGGATATCAACAGTTTC;RSEQ=TATGGTTCAATACTATTGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:149:148:0,148:0.9933:0,0:0,148 chr6 38830529 . A G 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=38830529;VD=26;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:26;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=26;HICOV=26;LSEQ=AGAGGATCAAAATAGCAAAC;RSEQ=GGGGACACATGTGGCTTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:26:26:0,26:1:0,0:0,26 chr6 38831942 . A G 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=256;END=38831942;VD=256;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:255;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=253;HICOV=253;LSEQ=ACCAACTATCCAGGAGTTAT;RSEQ=AGCTGTTCTCTCTTACCATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:256:256:0,256:1:0,0:1,255 chr6 38832021 . TA T 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=117;END=38832022;VD=109;AF=0.9316;BIAS=0:1;REFBIAS=0:7;VARBIAS=1:108;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=108;HIAF=0.9231;ADJAF=0.0598;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=108;HICOV=117;LSEQ=AAATAGTAATTTTTTTCAAT;RSEQ=AAAAAAATTCAGATCCAGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:117:109:7,109:0.9316:0,7:1,108 chr6 38834116 . T C 192 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=55;END=38834116;VD=54;AF=0.9818;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=54:0;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=50;HICOV=50;LSEQ=ACAATTTTCTATTTTTTAAG;RSEQ=CAGTAGACAATTTTGCCACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:55:54:0,54:0.9818:0,0:54,0 chr6 38834175 . A G 192 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=38834175;VD=44;AF=0.4444;BIAS=1:1;REFBIAS=55:0;VARBIAS=44:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.667;HIAF=0.4316;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=41;HICOV=95;LSEQ=TATTAATATCATGAAAATGG;RSEQ=AATATATAAAAGGGCATATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:44:55,44:0.4444:55,0:44,0 chr6 38834366 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=467;END=38834366;VD=5;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=331:131;VARBIAS=4:1;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.5817278795356;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0068;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=438;LSEQ=TAAACATATTTTAACTTTTA;RSEQ=AACCCTGGATATGCTGGGCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:467:5:462,5:0.0107:331,131:4,1 chr6 38835528 . CAAA C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=10;END=38835531;VD=4;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=17;MSI=20;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=GACAGAGTGAGACTCCATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:4:2,4:0.4:2,0:4,0 chr6 38837780 . T C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=38837780;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=CTCACAATCATGCTGGGAGG;RSEQ=GAATGAGGAGCAAAGTCACG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chr6 38837863 . A T 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=38837863;VD=12;AF=0.4286;BIAS=1:0;REFBIAS=16:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=12;HICOV=28;LSEQ=CCCGTTTACAAAACCATCAG;RSEQ=TCTTGTGAGACTTATTCACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:28:12:16,12:0.4286:16,0:12,0 chr6 38840153 . A G 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=38840153;VD=171;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=171:0;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=56;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=168;HICOV=168;LSEQ=TAACGTGGTGCTCATTTGCT;RSEQ=TGCACATCTAGTAAAACAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:171:171:0,171:1:0,0:171,0 chr6 38840601 . G A 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=637;END=38840601;VD=305;AF=0.4788;BIAS=2:2;REFBIAS=144:185;VARBIAS=120:185;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.26054;ODDRATIO=1.19965;MQ=60;SN=37.125;HIAF=0.4775;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=297;HICOV=622;LSEQ=ATCATTTTTTCCCTGCTAGC;RSEQ=TATTAACACAGTATTTTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:637:305:329,305:0.4788:144,185:120,185 chr6 38841101 . G A 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=617;END=38841101;VD=616;AF=0.9984;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=282:334;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=55;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=605;HICOV=605;LSEQ=GATACATACACATATATGAA;RSEQ=CTAAATCTCAATCCCAAAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:617:616:0,616:0.9984:0,0:282,334 chr6 38841158 . AT A 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=498;END=38841159;VD=8;AF=0.0161;BIAS=2:2;REFBIAS=150:340;VARBIAS=3:5;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.70601;ODDRATIO=1.35913884962488;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0167;ADJAF=0.004;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=8;HICOV=479;LSEQ=AACTATATTGTGCAAGTAAG;RSEQ=TTTTTTTTGTACATTTACTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:498:8:490,8:0.0161:150,340:3,5 chr6 38841191 . A AT 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=403;END=38841191;VD=7;AF=0.0174;BIAS=2:2;REFBIAS=84:292;VARBIAS=2:5;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=38.1;QSTD=1;SBF=0.65674;ODDRATIO=1.38917830103494;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0189;ADJAF=0.0025;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=7;HICOV=370;LSEQ=CATTTACTACTTCGATTTTG;RSEQ=TTTTTTTTTCACTCAGTTGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:403:7:376,7:0.0174:84,292:2,5 chr6 38843189 . T C 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=38843189;VD=94;AF=0.9895;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=94:0;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=91;HICOV=91;LSEQ=GCTAGACCATGCTGCCTGTC;RSEQ=AAAACAGGATAGCCTTTCTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:95:94:0,94:0.9895:0,0:94,0 chr6 38843240 . A C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=38843240;VD=2;AF=0.0152;BIAS=1:0;REFBIAS=130:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=TTGGCTGTAGGACGGTGATC;RSEQ=AGCAATAGCTTGAGATATAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:2:130,2:0.0152:130,0:2,0 chr6 38843279 . CC TT 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=203;END=38843280;VD=201;AF=0.9901;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=201:0;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=402;HIAF=1.0000;ADJAF=0.0591;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=201;HICOV=201;LSEQ=ATCTATTTTTCTTCTCTCTT;RSEQ=TTCCTCCTTTTAATTTTACT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:203:201:0,201:0.9901:0,0:201,0 chr6 38843283 . C T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=38843283;VD=198;AF=0.995;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=198:0;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=197;HIAF=0.9949;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=197;HICOV=198;LSEQ=ATTTTTCTTCTCTCTTCCTT;RSEQ=CTCCTTTTAATTTTACTATT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:199:198:0,198:0.995:0,0:198,0 chr6 38843426 . C T 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=552;END=38843426;VD=550;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=354:196;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.9963;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=540;HICOV=542;LSEQ=GAAGGCGGTGTTTCCTGTGT;RSEQ=GAACATCTTCATAAATTATT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:552:550:1,550:0.9964:1,0:354,196 chr6 38843868 . A T 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=38843868;VD=31;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:30;PMEAN=25.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=31;HICOV=31;LSEQ=AGTTAGTAATACCTTGTACA;RSEQ=CATCTACTTTCTAATGCTGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:31:31:0,31:1:0,0:1,30 chr6 38843970 . A C 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=38843970;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:7;PMEAN=26.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=CATAACGGATCAGCCCCACA;RSEQ=TTCCCCTGTTGGGAATGCCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:0,7 chr6 38850470 . G A 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=86;END=38850470;VD=86;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=86:0;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=85;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=85;HICOV=85;LSEQ=GCACATGTATCCCTGAACCT;RSEQ=AAAGTTTTTTTAAAAGCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:86:86:0,86:1:0,0:86,0 chr6 38851308 . A G 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=38851308;VD=183;AF=0.9946;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:175;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=178;HICOV=178;LSEQ=TTACAATAAAATGTGTACGC;RSEQ=TATAAAATGTGAAAATATTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:184:183:0,183:0.9946:0,0:8,175 chr6 38851669 . C T 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=334;END=38851669;VD=153;AF=0.4581;BIAS=2:2;REFBIAS=118:63;VARBIAS=102:51;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.81731;ODDRATIO=1.06756626917616;MQ=60;SN=37.25;HIAF=0.4557;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=149;HICOV=327;LSEQ=TAGAGAACAATTGAAAGCTA;RSEQ=GTGGATAAGCGAATTGGAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:334:153:181,153:0.4581:118,63:102,51 chr6 38854932 . A T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=38854932;VD=2;AF=0.0114;BIAS=1:0;REFBIAS=1:172;VARBIAS=0:2;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=GAAAGAGGGACTAAATACTA;RSEQ=GGTGACCTATGCTTATAGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:173,2:0.0114:1,172:0,2 chr6 38858162 . G A 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=38858162;VD=24;AF=0.4706;BIAS=1:1;REFBIAS=27:0;VARBIAS=24:0;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23;HIAF=0.4600;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=23;HICOV=50;LSEQ=CTAAGCTCATGTTAAAATGG;RSEQ=ACTAGTAATAATAATACCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:51:24:27,24:0.4706:27,0:24,0 chr6 38858203 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=86;END=38858203;VD=3;AF=0.0349;BIAS=1:0;REFBIAS=83:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=21.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0241;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=83;LSEQ=CCTTGTATTTTTTTCTTGTA;RSEQ=GGTGCTGGGTGGGGGATTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:86:3:83,3:0.0349:83,0:3,0 chr6 38858277 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=182;END=38858277;VD=3;AF=0.0165;BIAS=1:0;REFBIAS=179:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=57.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=GTACTAAGCTTGGCTGGATC;RSEQ=ACTACTGACTCCCAGTCTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:3:179,3:0.0165:179,0:3,0 chr6 38858331 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=223;END=38858331;VD=3;AF=0.0135;BIAS=1:0;REFBIAS=215:5;VARBIAS=3:0;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0092;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=218;LSEQ=GAGAAATTCTGAACAACACC;RSEQ=AGCTTAGTCAGCCTTGTAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:223:3:220,3:0.0135:215,5:3,0 chr6 38858602 . G T 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=292;END=38858602;VD=152;AF=0.5205;BIAS=2:2;REFBIAS=21:118;VARBIAS=34:118;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.13439;ODDRATIO=1.6163706014515;MQ=60;SN=37;HIAF=0.5211;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=148;HICOV=284;LSEQ=TCAGCCCTAGATCACACCTC;RSEQ=TGGCTCATTAAGTTATCATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:292:152:139,152:0.5205:21,118:34,118 chr6 38864061 . C G 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=283;END=38864061;VD=133;AF=0.47;BIAS=2:2;REFBIAS=23:126;VARBIAS=12:121;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.10805;ODDRATIO=1.83671;MQ=60;SN=266;HIAF=0.4750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=133;HICOV=280;LSEQ=TCACCTGACTAGATCTTTCT;RSEQ=TCTGCACCAGAGTCCTACCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:133:149,133:0.47:23,126:12,121 chr6 38864378 . C A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=38864378;VD=5;AF=0.5556;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:5;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=4;NM=1.6;HICNT=4;HICOV=7;LSEQ=CAAACAAACAAACAAACAAA;RSEQ=AAACAAAAAAACAAAAAAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:5:4,5:0.5556:0,4:0,5 chr6 38865931 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=38865931;VD=3;AF=0.0122;BIAS=1:0;REFBIAS=232:10;VARBIAS=3:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=237;LSEQ=ATCCATAACGTTTAAAAAAA;RSEQ=ATATGTATATTTTAAAATTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:3:242,3:0.0122:232,10:3,0 chr6 38873844 . CT C 72 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=100;END=38873845;VD=4;AF=0.04;BIAS=1:0;REFBIAS=95:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0412;ADJAF=0.01;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=4;HICOV=97;LSEQ=GGCACACACCACACACTTGG;RSEQ=TTTTTTTTTGTATTTTTTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:100:4:95,4:0.04:95,0:4,0 chr6 38873960 . G A 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=213;END=38873960;VD=210;AF=0.9859;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=194:16;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.9952;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=208;HICOV=209;LSEQ=CCCAAAGTGCTGGGATTACA;RSEQ=GTGTGAGCCACCGCGCCCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:213:210:0,210:0.9859:0,0:194,16 chr6 38874388 . T C 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=38874388;VD=55;AF=0.5189;BIAS=1:1;REFBIAS=0:51;VARBIAS=1:54;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.5143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=54;HICOV=105;LSEQ=GCTTTGTTTAATTTTGAACA;RSEQ=GGTTCCTTACTTGTCTCTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:106:55:51,55:0.5189:0,51:1,54 chr6 38875526 . G A 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=38875526;VD=117;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=117:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=112;HICOV=112;LSEQ=ATAGCTATTGGAGCACAGGA;RSEQ=AACACAATTAGTTCTTGATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:117:117:0,117:1:0,0:117,0 chr6 38875752 . A G 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=542;END=38875752;VD=289;AF=0.5332;BIAS=2:2;REFBIAS=160:92;VARBIAS=173:116;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.42543;ODDRATIO=1.16579;MQ=60;SN=47.167;HIAF=0.5330;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=283;HICOV=531;LSEQ=ATCTCCAACTTGTTTGCACG;RSEQ=GATGAGATGGATGAAATCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:542:289:252,289:0.5332:160,92:173,116 chr6 38876942 . A T 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=38876942;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=TTGCAAGGCTGTCTAAGTTG;RSEQ=TTCCTTTTTAGACCAAACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr6 38877605 . C A 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=38877605;VD=266;AF=0.9925;BIAS=0:1;REFBIAS=0:2;VARBIAS=13:253;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=260;HICOV=260;LSEQ=TTGTAACATCCAGCAGAAGA;RSEQ=TCTTTCTATTCATTGAGCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:268:266:2,266:0.9925:0,2:13,253 chr6 38878997 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=102;END=38878997;VD=2;AF=0.0196;BIAS=1:0;REFBIAS=100:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=GGAGGGGTAGAGCAGATATT;RSEQ=TTTTCTCTATTTTCCAGATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:102:2:100,2:0.0196:100,0:2,0 chr6 38881477 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=38881477;VD=3;AF=0.0168;BIAS=1:0;REFBIAS=176:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=168;LSEQ=GTCAATATTGTTGCTTTTAA;RSEQ=ACATGTATATTTTTAAAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:3:176,3:0.0168:176,0:3,0 chr6 38881894 . G A 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=38881894;VD=139;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:138;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=45.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=136;HICOV=136;LSEQ=TTTGTTTAACTTATACCAGC;RSEQ=TATACCTGAACTATTAATTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:139:139:0,139:1:0,0:1,138 chr6 38882636 . A G 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=38882636;VD=21;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=21:0;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=TTCTTTTATTGTTATTATAC;RSEQ=AGGCTTAAAATGGTTTTTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:21:0,21:1:0,0:21,0 chr6 38885010 . TA T 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=429;END=38885011;VD=429;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=326:103;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=213.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0.0862;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=427;HICOV=427;LSEQ=TATTGATCCTTAATCCCAAA;RSEQ=TAGACTATCAAGCCAAATGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:429:429:0,429:1:0,0:326,103 chr6 38889632 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=38889632;VD=5;AF=0.5556;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:5;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=5;HICOV=9;LSEQ=GCGAGCTGAGTCCGAAAAGA;RSEQ=TCAGCGAAGGGAGACAGGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:5:4,5:0.5556:0,4:0,5 chr6 38891068 . T G 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=38891068;VD=102;AF=0.5126;BIAS=1:1;REFBIAS=0:97;VARBIAS=0:102;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.5102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=100;HICOV=196;LSEQ=CCCATCATCTATGACAGTGC;RSEQ=TGCAACTTAAATCATGCACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:199:102:97,102:0.5126:0,97:0,102 chr6 38891093 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=38891093;VD=2;AF=0.0112;BIAS=1:0;REFBIAS=0:177;VARBIAS=0:2;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=177;LSEQ=ACTTAAATCATGCACTCTCA;RSEQ=GTGAAATACTATAGAGGGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:2:177,2:0.0112:0,177:0,2 chr6 38893642 . G GT 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=130;END=38893642;VD=4;AF=0.0308;BIAS=1:0;REFBIAS=119:1;VARBIAS=4:0;PMEAN=63.5;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0336;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=4;HICOV=119;LSEQ=ATTCATTAGATAATAAATTT;RSEQ=TTTTTTTTTAATGTGAATGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:4:120,4:0.0308:119,1:4,0 chr6 38897048 . C A 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=38897048;VD=66;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=66:0;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=63;HICOV=63;LSEQ=CATTGCATCTGAGCAATGCC;RSEQ=CTTAACCCTCCTCTTTTGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:66:66:0,66:1:0,0:66,0 chr6 38897451 . TG T 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=321;END=38897452;VD=5;AF=0.0156;BIAS=2:0;REFBIAS=101:148;VARBIAS=0:5;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.16036;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0201;ADJAF=0.0031;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=4;HICOV=199;LSEQ=ACCACTTTCAAGGTGAGCTT;RSEQ=TAAAAAAAAAAAAAAAGAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:321:5:249,5:0.0156:101,148:0,5 chr6 38899331 . G A 147 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=38899331;VD=22;AF=0.5366;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=22:0;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5128;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=20;HICOV=39;LSEQ=TAAGTTTTCCTTTATTCACC;RSEQ=TTTGTTTTGGATAACTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:41:22:19,22:0.5366:19,0:22,0 chr6 38899485 . G C 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=38899485;VD=234;AF=0.9915;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=234:0;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=224;HICOV=224;LSEQ=ACTTTCCTTCCCAATTTATT;RSEQ=AAGCGTCACAGCACTGACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:236:234:0,234:0.9915:0,0:234,0 chr6 38899902 . T C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=38899902;VD=2;AF=0.0125;BIAS=1:0;REFBIAS=0:158;VARBIAS=0:2;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=157;LSEQ=TTGTTAACATAAGTATTTCT;RSEQ=TTGCAGCCTTAATTCCTGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:2:158,2:0.0125:0,158:0,2 chr6 38899959 . A AACACACAC 156 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=60;END=38899959;VD=23;AF=0.3833;BIAS=0:1;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:23;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.5;SN=46;HIAF=0.5111;ADJAF=0;SHIFT3=34;MSI=21;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=23;HICOV=45;LSEQ=CATCTTCTCATCCAGCCTGA;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:23:9,23:0.3833:0,9:0,23 chr6 38903095 . G A 145 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=38903095;VD=17;AF=0.3864;BIAS=1:1;REFBIAS=27:0;VARBIAS=17:0;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.3810;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=16;HICOV=42;LSEQ=AAAGCTGGCAAGAGAGCTTG;RSEQ=GGTAATTGGGCAAAATTATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:17:27,17:0.3864:27,0:17,0 chr6 38903852 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=38903852;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:2;PMEAN=8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=TCTGTCTCCCAAGCCAGACG;RSEQ=GGTGGCTCATGCTTCTAATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:3:2:1,2:0.6667:0,1:0,2 chr6 38905497 . T C 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=61;END=38905497;VD=28;AF=0.459;BIAS=1:1;REFBIAS=33:0;VARBIAS=28:0;PMEAN=28.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=56;HIAF=0.4590;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=28;HICOV=61;LSEQ=AGACCCAATCAAATGGGTCT;RSEQ=TTGCTTTTTGCAGATGTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:61:28:33,28:0.459:33,0:28,0 chr6 38906072 . A G 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=292;END=38906072;VD=138;AF=0.4726;BIAS=2:2;REFBIAS=13:141;VARBIAS=12:126;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03286578941932;MQ=60;SN=137;HIAF=0.4757;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=137;HICOV=288;LSEQ=GTATTTCTACTCTTTTAGAA;RSEQ=TTGCTTTTTCACTATTCACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:292:138:154,138:0.4726:13,141:12,126 chr6 38907072 . C G 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=38907072;VD=10;AF=0.5263;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:10;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=10;HICOV=18;LSEQ=GATGGCTTTCTTTAGCAGGA;RSEQ=AGCCATTCCCTCAGCAAGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:10:9,10:0.5263:0,9:0,10 chr6 38913090 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=149;END=38913091;VD=2;AF=0.0134;BIAS=1:0;REFBIAS=146:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=52.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0135;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=148;LSEQ=AAGACTTGAAGGAAATGTAC;RSEQ=AAAAACCCTCACATTTTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:2:147,2:0.0134:146,1:2,0 chr6 38913177 . A G 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=38913177;VD=249;AF=0.992;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=210:39;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.833;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=231;HICOV=231;LSEQ=TATTTTGCTTTTATTATTTG;RSEQ=AAAGTACATTTCTAGAAGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:251:249:0,249:0.992:0,0:210,39 chr6 38913413 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=38913413;VD=3;AF=0.0112;BIAS=2:0;REFBIAS=44:221;VARBIAS=0:3;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=245;LSEQ=GCAGATCTGCAAACCCAAAC;RSEQ=TACCTGGGCCGCTTAAACTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:3:265,3:0.0112:44,221:0,3 chr6 38913650 . C G 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=36;END=38913650;VD=17;AF=0.4722;BIAS=1:1;REFBIAS=0:19;VARBIAS=0:17;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.4706;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=16;HICOV=34;LSEQ=TCAGAACCAGTAGATGGACC;RSEQ=TTTTATTGTAGACGACTCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:36:17:19,17:0.4722:0,19:0,17 chr6 38913664 . G A 120 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=38913664;VD=14;AF=0.4828;BIAS=1:1;REFBIAS=0:14;VARBIAS=0:14;PMEAN=48.5;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=12;HICOV=26;LSEQ=TGGACCCTTTTATTGTAGAC;RSEQ=ACTCATGCTTTTACACTTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:14:14,14:0.4828:0,14:0,14 chr6 38919514 . G GT 50 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=77;END=38919514;VD=3;AF=0.039;BIAS=1:0;REFBIAS=1:68;VARBIAS=0:3;PMEAN=31.1;PSTD=1;QUAL=31.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=6;HIAF=0.0435;ADJAF=0.013;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=69;LSEQ=ATGCTCATCTAGCATATAGT;RSEQ=TTTTTTTTTTGATTGGTTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:77:3:69,3:0.039:1,68:0,3 chr6 38941912 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=94;END=38941912;VD=2;AF=0.0213;BIAS=2:0;REFBIAS=70:22;VARBIAS=2:0;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0213;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=94;LSEQ=GATATACAGGTTGAGCATCC;RSEQ=AAATCTGAAAATCGAAACCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:94:2:92,2:0.0213:70,22:2,0 chr6 38949917 . C T 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=82;END=38949917;VD=38;AF=0.4634;BIAS=1:1;REFBIAS=43:0;VARBIAS=38:0;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=36;HICOV=78;LSEQ=AGTGCCCTCTAAGATGTTTG;RSEQ=GTGAGGAAATTGCTTAATGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:82:38:43,38:0.4634:43,0:38,0 chr6 38950385 . G A 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=38950385;VD=73;AF=0.5141;BIAS=1:1;REFBIAS=0:69;VARBIAS=0:73;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.25;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=69;HICOV=138;LSEQ=GTTGCTGTAATCAGGCACTT;RSEQ=CTGGGGCAGCCTGTCCCTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:142:73:69,73:0.5141:0,69:0,73 chr6 38951998 . C T 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=331;END=38951998;VD=157;AF=0.4743;BIAS=2:2;REFBIAS=95:77;VARBIAS=88:69;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.91181;ODDRATIO=1.03362378161597;MQ=60;SN=156;HIAF=0.4815;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=156;HICOV=324;LSEQ=AAAGGGTGTATCATGGAATA;RSEQ=GGTTCGGTACATGATCGGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:331:157:172,157:0.4743:95,77:88,69 chr6 38952246 . GCA G 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=105;END=38952248;VD=46;AF=0.4381;BIAS=1:1;REFBIAS=2:51;VARBIAS=1:45;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.75501;MQ=60;SN=45;HIAF=0.4369;ADJAF=0;SHIFT3=24;MSI=13;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=45;HICOV=103;LSEQ=TTACACACACGCACACACAT;RSEQ=CACACACACACACACACACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:105:46:53,46:0.4381:2,51:1,45 chr6 38952287 . G T 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=38952287;VD=44;AF=0.4835;BIAS=1:1;REFBIAS=0:47;VARBIAS=1:43;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.48352;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.4762;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=40;HICOV=84;LSEQ=CACACAACAACCAGCAATTG;RSEQ=GCCAGGCATGGTGGCTCACG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:44:47,44:0.4835:0,47:1,43 chr6 38957771 . T C 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=499;END=38957771;VD=240;AF=0.481;BIAS=2:2;REFBIAS=191:66;VARBIAS=184:56;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=32.9;QSTD=1;SBF=0.60224;ODDRATIO=1.13508666386679;MQ=60;SN=9.909;HIAF=0.4638;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=218;HICOV=470;LSEQ=CATCAATTTTATTTCTTTTG;RSEQ=TTTCTCTCACATACAGGTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:499:240:257,240:0.481:191,66:184,56 chr6 38957853 . A G 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=570;END=38957853;VD=292;AF=0.5123;BIAS=2:2;REFBIAS=149:127;VARBIAS=169:123;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.35387;ODDRATIO=1.17078196527461;MQ=60;SN=40.714;HIAF=0.5144;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=285;HICOV=554;LSEQ=ACTGGATATAAAATCCCCTT;RSEQ=TGCAAAACCTTAGACCAGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:570:292:276,292:0.5123:149,127:169,123 chr6 38958125 . C T 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=38958125;VD=91;AF=0.5322;BIAS=1:1;REFBIAS=1:79;VARBIAS=1:90;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.13837;MQ=60;SN=182;HIAF=0.5353;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=91;HICOV=170;LSEQ=GTCATATCTTGGCCTGCTCT;RSEQ=CTCTCACTAAATCCTGATGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:171:91:80,91:0.5322:1,79:1,90 chr6 38976402 . TA T 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=124;END=38976403;VD=60;AF=0.4839;BIAS=1:1;REFBIAS=64:0;VARBIAS=60:0;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=120;HIAF=0.4839;ADJAF=0.0565;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=60;HICOV=124;LSEQ=TGATGTTCTTGATGTCCTAT;RSEQ=GGAGGCAGTAGAATGGATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:60:64,60:0.4839:64,0:60,0 chr6 38976469 . C CTT 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=167;END=38976469;VD=54;AF=0.3234;BIAS=1:1;REFBIAS=33:0;VARBIAS=54:0;PMEAN=47.4;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.4;SN=108;HIAF=0.3529;ADJAF=0;SHIFT3=14;MSI=16;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=54;HICOV=153;LSEQ=GATGGTAGTTAACTTTTCTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTGTAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:54:33,54:0.3234:33,0:54,0 chr6 38977077 . TAA T 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=12;END=38977079;VD=8;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:8;PMEAN=23.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.6667;ADJAF=0.1667;SHIFT3=12;MSI=14;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=8;HICOV=12;LSEQ=TATGATACCTTAAGCTGTGC;RSEQ=AAAAAAAAAAAACTCAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:8:1,8:0.6667:0,1:0,8 chr6 38979946 . T A 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=412;END=38979946;VD=412;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=353:59;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=205;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=410;HICOV=410;LSEQ=AGGTTATTGGAAGAGAAATG;RSEQ=CAGATGAGAAAATCTCCTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:412:412:0,412:1:0,0:353,59 chr6 38994117 . C T 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=82;END=38994117;VD=40;AF=0.4878;BIAS=1:1;REFBIAS=40:1;VARBIAS=40:0;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=40;HICOV=80;LSEQ=TACTGCTTTCCTGCTGTCAG;RSEQ=AGGCGAGAAAGATTTAGCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:82:40:41,40:0.4878:40,1:40,0 chr6 38994185 . G A 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=38994185;VD=63;AF=0.4468;BIAS=1:1;REFBIAS=77:1;VARBIAS=62:1;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.24001;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4412;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=60;HICOV=136;LSEQ=CTGAGACAAATGTCTCCCCT;RSEQ=GGGTTTGGCCTCAACTCCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:63:78,63:0.4468:77,1:62,1 chr6 38994568 . A G 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=38994568;VD=166;AF=0.994;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:166;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=165;HIAF=0.9940;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=165;HICOV=166;LSEQ=TTGCAGTGAGGGTTCCCTCC;RSEQ=TCATAGCCAGAAGACATCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:167:166:1,166:0.994:0,1:0,166 chr6 38998377 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=38998377;VD=2;AF=0.0155;BIAS=1:0;REFBIAS=0:127;VARBIAS=0:2;PMEAN=56.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0156;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=128;LSEQ=CTAAATGAATGTTTTTTATT;RSEQ=TGGGAAATCATATTTCACTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:127,2:0.0155:0,127:0,2 chr6 38998386 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=38998386;VD=2;AF=0.0179;BIAS=1:0;REFBIAS=0:110;VARBIAS=0:2;PMEAN=61.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0185;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=108;LSEQ=TGTTTTTTATTCTGGGAAAT;RSEQ=ATATTTCACTATAATTACTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:2:110,2:0.0179:0,110:0,2 chr6 41754576 . C T 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=312;END=41754576;VD=310;AF=0.9936;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=164:146;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=295;HICOV=295;LSEQ=ACCCTCTCCCGAACACTCCT;RSEQ=GCTGCTGCCGGCGGTTCCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:312:310:0,310:0.9936:0,0:164,146 chr6 43623114 . C T 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=43623114;VD=79;AF=0.454;BIAS=1:1;REFBIAS=93:1;VARBIAS=79:0;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.333;HIAF=0.4497;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=76;HICOV=169;LSEQ=ATGTATTACGAATTAAAAAA;RSEQ=AAATAAAAAGAAAGGAAGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:79:94,79:0.454:93,1:79,0 chr6 43623269 . GGCAGGGGGGCTCCTCTCCTGTCTCCTCAGGTCCAGATCAAGGAAGAGACCCGCTTGGTGTCTGTCATTGACCAGATTGACAAGGCTGTGGCCATCATCCCCCGAGGCGCCCTCTTCAAGACCCCTTTTGGACCCACCCATGTCAATCGGACCTTTGAAGGTGAGTTCTCTGGGGCCCCTCTCAAGGGCTGGGGGTATCTTTTCCCAAGCACAGTAGAACATATGTCTGGGAGTCCA G 72 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=360;END=43623505;VD=4;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=261:98;VARBIAS=2:2;PMEAN=207.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.30495;ODDRATIO=2.65491;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0112;ADJAF=0.0111;SHIFT3=11;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=356;LSEQ=GTGCCTGGGCACAGTGCCCT;RSEQ=GCAGGGGGGCTTACACACTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=4;SPANPAIR=1 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:360:4:359,4:0.0111:261,98:2,2 chr6 43623773 . CCCCTT C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=28;END=43623778;VD=4;AF=0.1429;BIAS=1:0;REFBIAS=0:16;VARBIAS=0:4;PMEAN=65;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.1481;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=12;MSILEN=4;NM=3.5;HICNT=4;HICOV=27;LSEQ=CCTTCCTTCCTTCCTTCCTT;RSEQ=CTTTCCCTTCTTTCCCTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:28:4:16,4:0.1429:0,16:0,4 chr6 43623775 . CCTTCTTT TTC 92 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=28;END=43623782;VD=6;AF=0.2143;BIAS=1:0;REFBIAS=0:16;VARBIAS=0:6;PMEAN=29.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.2222;ADJAF=0.1071;SHIFT3=1;MSI=12;MSILEN=4;NM=0.5;HICNT=6;HICOV=27;LSEQ=TTCCTTCCTTCCTTCCTTCC;RSEQ=CCCTTCTTTCCCTTCTTTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:28:6:16,6:0.2143:0,16:0,6 chr6 43623782 . T C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=43623782;VD=4;AF=0.2222;BIAS=1:0;REFBIAS=0:13;VARBIAS=0:4;PMEAN=63.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.2500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=4;HICOV=16;LSEQ=CTTCCTTCCTTCCCCTTCTT;RSEQ=CCCTTCTTTCCCTTCTTTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:18:4:13,4:0.2222:0,13:0,4 chr6 43623830 . T C 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=43623830;VD=9;AF=0.6923;BIAS=0:2;REFBIAS=0:4;VARBIAS=1:8;PMEAN=28.4;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.6923;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=9;HICOV=13;LSEQ=CCTCCCTCCCTCCCTCCCTT;RSEQ=GTTTCTTTCTTGATGGTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:9:4,9:0.6923:0,4:1,8 chr6 43638636 . G A 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=665;END=43638636;VD=318;AF=0.4782;BIAS=2:2;REFBIAS=181:165;VARBIAS=159:159;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.58664;ODDRATIO=1.09682;MQ=60;SN=30.8;HIAF=0.4731;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=6;NM=1.2;HICNT=308;HICOV=651;LSEQ=GCACCAAGAACTATGGCTAC;RSEQ=TCTACGTGGGCACTGGCGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:665:318:346,318:0.4782:181,165:159,159 chr6 51480486 . G T 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=706;END=51480486;VD=703;AF=0.9958;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=378:325;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=53.077;HIAF=0.9971;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=690;HICOV=692;LSEQ=ATTTTTGCATATAGTTTGCA;RSEQ=GCATTTCAATGTATAGTAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:706:703:1,703:0.9958:1,0:378,325 chr6 51480853 . T C 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=463;END=51480853;VD=455;AF=0.9827;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=170:285;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.783;HIAF=0.9977;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=432;HICOV=433;LSEQ=AATCTATAAATATTTATAGA;RSEQ=GTTCTTTATTTGACAAATAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:463:455:0,455:0.9827:0,0:170,285 chr6 51481315 . T C 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=680;END=51481315;VD=671;AF=0.9868;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=325:346;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.775;HIAF=0.9968;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=631;HICOV=633;LSEQ=CTTTGCTTTTGGTGTTTCCC;RSEQ=AATTCTCTCATTTTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:680:671:0,671:0.9868:0,0:325,346 chr6 51482175 . G GT 131 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=879;END=51482175;VD=12;AF=0.0137;BIAS=2:2;REFBIAS=410:407;VARBIAS=6:6;PMEAN=49.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00736;MQ=63.2;SN=11;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=11;HICOV=803;LSEQ=GTTCTGCCTAAGTCATTCGA;RSEQ=TTTTTTTTTGTTTTTCGTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:879:12:817,12:0.0137:410,407:6,6 chr6 51483505 . A G 349 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=850;END=51483505;VD=847;AF=0.9965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=443:404;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64.154;HIAF=0.9964;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=834;HICOV=837;LSEQ=TTTCATGATCCCTTCTATAA;RSEQ=AGAAGCTCAAAGCATTGTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:850:847:0,847:0.9965:0,0:443,404 chr6 51483961 . T C 360 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=932;END=51483961;VD=930;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=447:483;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=115.25;HIAF=0.9978;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=922;HICOV=924;LSEQ=CGCAGGAGGCTTTCTTCTCT;RSEQ=GGGAAAGCCCCAAGCTGCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:932:930:0,930:0.9979:0,0:447,483 chr6 51484348 . G A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=493;END=51484348;VD=261;AF=0.5294;BIAS=2:2;REFBIAS=50:179;VARBIAS=67:194;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.34044;ODDRATIO=1.23584952296208;MQ=60;SN=64.25;HIAF=0.5332;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=257;HICOV=482;LSEQ=AAAGAAATAGGGGAAGAAAT;RSEQ=GATTTAGTTTTCAACCAGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:493:261:229,261:0.5294:50,179:67,194 chr6 51484552 . AT A 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=64;END=51484553;VD=64;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:64;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=128;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1875;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=64;HICOV=64;LSEQ=TAATTGAATGAGGATTTTTC;RSEQ=TGTAAGCGCTAGGCTTCAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:64:64:0,64:1:0,0:0,64 chr6 51491884 . T C 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=492;END=51491884;VD=489;AF=0.9939;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=190:299;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.929;HIAF=0.9958;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=475;HICOV=477;LSEQ=GAATATTTTGATTATTAGTC;RSEQ=GGGATTCAGGAATCTCTTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:492:489:0,489:0.9939:0,0:190,299 chr6 51497085 . T C 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=51497085;VD=28;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=28:0;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=27;HICOV=27;LSEQ=CACCTCATTGGGTTGTTGTG;RSEQ=GGATTAAATAAATTCCTTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:28:28:0,28:1:0,0:28,0 chr6 51497344 . T TA 160 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=452;END=51497344;VD=22;AF=0.0487;BIAS=2:2;REFBIAS=320:86;VARBIAS=13:8;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.09988;ODDRATIO=2.28449;MQ=60.7;SN=21;HIAF=0.0505;ADJAF=0.0111;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=21;HICOV=416;LSEQ=CAGAAATTTTCATTCCAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAACTACATACTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:452:22:406,22:0.0487:320,86:13,8 chr6 51503504 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=51503504;VD=3;AF=0.0178;BIAS=1:0;REFBIAS=166:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=22.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=163;LSEQ=TCTTTCTTCTCAAGCTTAAT;RSEQ=ATACAGTCAAGTGAATTTAT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:3:166,3:0.0178:166,0:3,0 chr6 51503597 . C CA 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=211;END=51503597;VD=67;AF=0.3175;BIAS=2:2;REFBIAS=75:13;VARBIAS=63:4;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.11876;ODDRATIO=2.71407246573483;MQ=60.8;SN=21.333;HIAF=0.4076;ADJAF=0;SHIFT3=18;MSI=19;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=64;HICOV=157;LSEQ=GGGAGAAAGGATTATCTTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAACA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:211:67:88,67:0.3175:75,13:63,4 chr6 51513501 . G A 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=51513501;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=GAGAGATTATTTTAAAAAAC;RSEQ=TAAAACTGTAATGTATCTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr6 51514205 . T C 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=51514205;VD=71;AF=0.4581;BIAS=1:1;REFBIAS=0:82;VARBIAS=1:70;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.46405;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34.5;HIAF=0.4631;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=69;HICOV=149;LSEQ=TGTATGTATTTGATATGTTT;RSEQ=CTTAGCTATAATGAAAATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:71:82,71:0.4581:0,82:1,70 chr6 51585453 . A AT 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=40;END=51585453;VD=2;AF=0.05;BIAS=1:0;REFBIAS=36:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0541;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=2;HICOV=37;LSEQ=GATGCACTTATAGCACTCCT;RSEQ=TTTTTTTTTCATTATATAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:40:2:36,2:0.05:36,0:2,0 chr6 51585583 . G GTGTA 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=123;END=51585583;VD=39;AF=0.3171;BIAS=1:1;REFBIAS=60:0;VARBIAS=39:0;PMEAN=51.6;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78;HIAF=0.3611;ADJAF=0.0407;SHIFT3=1;MSI=17;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=39;HICOV=108;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=TATATATATACAATTTATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:123:39:60,39:0.3171:60,0:39,0 chr6 51585585 . ATA G 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=126;END=51585587;VD=45;AF=0.3571;BIAS=1:1;REFBIAS=65:0;VARBIAS=45:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.3415;ADJAF=0.119;SHIFT3=8;MSI=17;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=42;HICOV=123;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=TATATACAATTTATCTCTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:45:65,45:0.3571:65,0:45,0 chr6 51585675 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=275;END=51585675;VD=3;AF=0.0109;BIAS=2:0;REFBIAS=205:67;VARBIAS=3:0;PMEAN=8;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0079;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=254;LSEQ=TGTACATACAGCATTTATTA;RSEQ=AATACTTGGCATACAGTAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:275:3:272,3:0.0109:205,67:3,0 chr6 51586771 . GC AT 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=842;END=51586772;VD=417;AF=0.4952;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=178:239;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=207.5;HIAF=0.5117;ADJAF=0.0451;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=415;HICOV=811;LSEQ=CTTTCAAAGTTCAGCTTCCT;RSEQ=AGGCTCCTCCTCTATTCTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:842:417:0,417:0.4952:0,0:178,239 chr6 51587180 . G A 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=51587180;VD=21;AF=0.5676;BIAS=1:1;REFBIAS=0:16;VARBIAS=1:20;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5294;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=18;HICOV=34;LSEQ=CCCAGAAAGCTTATATAAAC;RSEQ=AAAGTTTGCACATTAAGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:37:21:16,21:0.5676:0,16:1,20 chr6 51608981 . G A 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=51608981;VD=71;AF=0.483;BIAS=1:1;REFBIAS=74:1;VARBIAS=71:0;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.667;HIAF=0.4755;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=68;HICOV=143;LSEQ=GACACAGGCAATCTCATAGA;RSEQ=GGCACAGCAGTAAAGTTGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:71:75,71:0.483:74,1:71,0 chr6 51609015 . A ATT 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=195;END=51609015;VD=87;AF=0.4462;BIAS=1:1;REFBIAS=105:1;VARBIAS=87:0;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=0.4479;ADJAF=0.0667;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=86;HICOV=192;LSEQ=AGTTGTGAGATCACATAATG;RSEQ=CTCAGCATTCCTGTAATACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:195:87:106,87:0.4462:105,1:87,0 chr6 51611344 . A G 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=51611344;VD=70;AF=0.5109;BIAS=1:1;REFBIAS=67:0;VARBIAS=69:1;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.5;HIAF=0.5038;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=66;HICOV=131;LSEQ=TTTTAAAAATCATATATCAC;RSEQ=AGGCGTGAATATAGGAGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:137:70:67,70:0.5109:67,0:69,1 chr6 51611470 . T C 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=371;END=51611470;VD=178;AF=0.4798;BIAS=2:2;REFBIAS=165:26;VARBIAS=161:17;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.25735;ODDRATIO=1.49071285888912;MQ=60;SN=43.5;HIAF=0.4780;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=174;HICOV=364;LSEQ=ATGTTTAGGGTTTGAAGAAT;RSEQ=GCCAAGTACTTCATAAATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:371:178:191,178:0.4798:165,26:161,17 chr6 51613177 . C T 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=764;END=51613177;VD=368;AF=0.4817;BIAS=2:2;REFBIAS=191:205;VARBIAS=175:193;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.88482;ODDRATIO=1.02751;MQ=60;SN=183;HIAF=0.4835;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=366;HICOV=757;LSEQ=ACCTGGTTCACTTTGATTCC;RSEQ=GCCACCCAAATGGTGGACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:764:368:396,368:0.4817:191,205:175,193 chr6 51617612 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=51617612;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=TCATTTTTATTTAAATTTAC;RSEQ=CTATTAATTTATAGCATGAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0 chr6 51617677 . C T 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=51617677;VD=19;AF=0.95;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=30.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=18;HICOV=18;LSEQ=ATGCTACTGGGAAAGAGTAA;RSEQ=AGAAATTCAGGAAAGAGATA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:19:0,19:0.95:0,0:19,0 chr6 51617800 . A G 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=51617800;VD=152;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=152:0;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=150;HICOV=150;LSEQ=AATGTGCATATGTGCTGACC;RSEQ=CTAGTATATTATTTTAACAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:152:152:0,152:1:0,0:152,0 chr6 51618170 . 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G A 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=298;END=51619808;VD=297;AF=0.9966;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=42:255;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=291;HICOV=291;LSEQ=ATCTATTAACTCCAGAGCAA;RSEQ=AAAAGGAAATCCACTGTGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:298:297:0,297:0.9966:0,0:42,255 chr6 51619890 . G A 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=51619890;VD=167;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:167;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=165;HICOV=165;LSEQ=GGCAGTGGAAAAAGGCTTTC;RSEQ=CAAACAGTTTAATTTAGCTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:167:167:0,167:1:0,0:0,167 chr6 51619921 . 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T C 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=51655796;VD=116;AF=0.9831;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=114:2;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=232;HIAF=0.9915;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=116;HICOV=117;LSEQ=AATCACCCTGGAATGAGCAG;RSEQ=AGCAGGCGGACCAGAAACAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:118:116:0,116:0.9831:0,0:114,2 chr6 51655803 . C T 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=126;END=51655803;VD=126;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=124:2;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=123;HICOV=123;LSEQ=CTGGAATGAGCAGTAGCAGG;RSEQ=GGACCAGAAACAGCCTGATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:126:126:0,126:1:0,0:124,2 chr6 51655830 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=156;END=51655830;VD=2;AF=0.0128;BIAS=1:0;REFBIAS=152:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=10.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=GAAACAGCCTGATAGTACAC;RSEQ=GGCATGAAAGAATGACCAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:2:154,2:0.0128:152,2:2,0 chr6 51656236 . G T 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=416;END=51656236;VD=415;AF=0.9976;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=89:326;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68.167;HIAF=0.9976;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=409;HICOV=410;LSEQ=AATTACGTGTTTATTCTGGG;RSEQ=TTCTCCCAGCAGTTTGGGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:416:415:0,415:0.9976:0,0:89,326 chr6 51656327 . 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T C 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=51656499;VD=22;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:22;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=22;HICOV=22;LSEQ=TTGTCCTGTCTCTTCACTTT;RSEQ=GGCTCTAGTTTCAGGGATGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:22:22:0,22:1:0,0:0,22 chr6 51656551 . G A 98 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=51656551;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:9;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=31.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=GACATGACATTGGCCTCTGA;RSEQ=GGAAGACTATTTGGATGTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:0,9 chr6 51712492 . 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A G 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=482;END=51720872;VD=476;AF=0.9876;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=111:365;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=0.9893;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=462;HICOV=467;LSEQ=CTTCAGGAGTATTCGCTCTA;RSEQ=GGTGATTTTAAAAGGAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:482:476:0,476:0.9876:0,0:111,365 chr6 51732256 . T C 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=51732256;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=GGCATCAGCAATTGCTTCCC;RSEQ=GGAGCATATTGAACACTTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:4,0 chr6 51732598 . 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GTGAT TGG 190 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=69;END=51733174;VD=37;AF=0.5362;BIAS=1:1;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:37;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74;HIAF=0.5362;ADJAF=0.1159;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=37;HICOV=69;LSEQ=ATAGTCCACATTGTAGGGCA;RSEQ=TTTTCTATCATGGTTGATTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:69:37:32,37:0.5362:0,32:0,37 chr6 51735261 . G T 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=460;END=51735261;VD=458;AF=0.9957;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=345:113;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=457;HIAF=0.9978;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=457;HICOV=458;LSEQ=TATAATACTGACTTGAATAT;RSEQ=GGCCTTATTTATCATCTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:460:458:0,458:0.9957:0,0:345,113 chr6 51735613 . T C 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=51735613;VD=140;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:137;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=133;HICOV=133;LSEQ=CAGAATATAGAAAGAACTCT;RSEQ=AGGTTTCAACAGCAAGAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:140:140:0,140:1:0,0:3,137 chr6 51735658 . G GA 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=81;END=51735658;VD=2;AF=0.0247;BIAS=1:0;REFBIAS=2:70;VARBIAS=0:2;PMEAN=45.3;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0323;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=2;HICOV=62;LSEQ=CAACGCAATTCAAAAATCAG;RSEQ=AAAAAAAAACCTTCAAAAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:2:72,2:0.0247:2,70:0,2 chr6 51735853 . T A 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=51735853;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:5;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=TGCTGATGAGGATGAGAAAG;RSEQ=ATTAAAACTCTCCTGTTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:0,5 chr6 51747523 . T C 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=51747523;VD=16;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=16;HICOV=16;LSEQ=AGAGTCTGATTTTTATCATG;RSEQ=GGAAATCCATACTTAGGCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:16,0 chr6 51747589 . T C 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=51747589;VD=52;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=52:0;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=51;HICOV=51;LSEQ=ACGAACTAGGCAAATTTCTA;RSEQ=TTCATGATTTGACCTCTTAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:52:52:0,52:1:0,0:52,0 chr6 51750563 . A T 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=51750563;VD=199;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=197:2;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=198;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=198;HICOV=198;LSEQ=CTCCCCTCAAGGGCAAGTCA;RSEQ=TCCCATTTAAGTAGATATGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:199:199:0,199:1:0,0:197,2 chr6 51751829 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=51751829;VD=3;AF=0.0122;BIAS=1:2;REFBIAS=241:1;VARBIAS=2:1;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.02439;ODDRATIO=98.59379;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0083;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=242;LSEQ=AAATGCACAGGAACATCACC;RSEQ=AATCTCCAACAAATGCCCAA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:3:242,3:0.0122:241,1:2,1 chr6 51768630 . CATATAT C 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=352;END=51768636;VD=209;AF=0.5938;BIAS=2:2;REFBIAS=33:29;VARBIAS=91:118;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.19362;ODDRATIO=1.47339;MQ=60;SN=418;HIAF=0.6165;ADJAF=0.0966;SHIFT3=22;MSI=14;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=209;HICOV=339;LSEQ=AGAGTTCACATAATGCATTT;RSEQ=ATATATATATATATATATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:352:209:62,209:0.5938:33,29:91,118 chr6 51769245 . C T 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=51769245;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:9;PMEAN=47.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=CAACATCTAGGACCTTCTCA;RSEQ=CCAAACCACTGAGGTTGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:0,9 chr6 51771312 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=51771312;VD=2;AF=0.0127;BIAS=1:0;REFBIAS=0:156;VARBIAS=0:2;PMEAN=11.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0142;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=141;LSEQ=ATGAGTAACTCAAACCAATG;RSEQ=GCCTCAATAATAAAAAGGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:2:156,2:0.0127:0,156:0,2 chr6 51771355 . G GA 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=95;END=51771355;VD=7;AF=0.0737;BIAS=1:0;REFBIAS=0:72;VARBIAS=0:7;PMEAN=47.1;PSTD=1;QUAL=37.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=14;HIAF=0.1077;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=7;HICOV=65;LSEQ=AATTCAACAATCAAGTGTTA;RSEQ=AAAAAAAAAAACAATCTGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:7:72,7:0.0737:0,72:0,7 chr6 51798753 . G A 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=51798753;VD=188;AF=0.9947;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=186:2;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=93;HIAF=0.9947;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=186;HICOV=187;LSEQ=TGTACTCTGCCACATGAATC;RSEQ=TAACAGTTTTACTTGTTATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:189:188:0,188:0.9947:0,0:186,2 chr6 51798810 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=295;END=51798810;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:0;REFBIAS=273:19;VARBIAS=3:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0071;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=283;LSEQ=TGCTCTAACTGACCTGGTTG;RSEQ=CTCAGCAACTATAGTCAAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:3:292,3:0.0102:273,19:3,0 chr6 51799166 . T C 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=383;END=51799166;VD=382;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=53:329;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75.4;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=377;HICOV=378;LSEQ=GTCCCTGGGAGGATAAGGCT;RSEQ=ACCGTTTTGTCAGTTTCAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:383:382:1,382:0.9974:0,1:53,329 chr6 51799452 . GA G 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=16;END=51799453;VD=12;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:12;PMEAN=26.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.7500;ADJAF=0.125;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=12;HICOV=16;LSEQ=TTAACAATAGATAAAATTAA;RSEQ=AAAAAAAAAACTGGGACATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:16:12:4,12:0.75:0,4:0,12 chr6 51875250 . A C 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=519;END=51875250;VD=518;AF=0.9981;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=190:328;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46.091;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=507;HICOV=507;LSEQ=GAGAACTTCATCTCTTTCCA;RSEQ=TTTAGGGCTGAAACGAGAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:519:518:1,518:0.9981:0,1:190,328 chr6 51882075 . C G 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=235;END=51882075;VD=97;AF=0.4128;BIAS=1:1;REFBIAS=137:1;VARBIAS=97:0;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=0.4120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=96;HICOV=233;LSEQ=TGGAATCCACAATGGAATGG;RSEQ=CCCTCCAAGAGAGTTGTAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:235:97:138,97:0.4128:137,1:97,0 chr6 51882630 . T TA 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=89;END=51882630;VD=2;AF=0.0225;BIAS=1:0;REFBIAS=0:83;VARBIAS=0:2;PMEAN=56.5;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0235;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=2;HICOV=85;LSEQ=TAAAATATGAATAATCATCA;RSEQ=AAAAAAAACTCAAGTGAATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:89:2:83,2:0.0225:0,83:0,2 chr6 51882680 . A G 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=51882680;VD=58;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:58;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=55;HICOV=55;LSEQ=ACATAAGATATAAAACACTT;RSEQ=TAATACACTTAAATCTGTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:58:58:0,58:1:0,0:0,58 chr6 51887419 . T G 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=51887419;VD=88;AF=0.4944;BIAS=1:1;REFBIAS=90:0;VARBIAS=87:1;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.49438;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43;HIAF=0.4943;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=86;HICOV=174;LSEQ=AAAAGTTATGATGAATCATT;RSEQ=TAACAGGTGGCCTCAGATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:88:90,88:0.4944:90,0:87,1 chr6 51887953 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=136;END=51887953;VD=3;AF=0.0221;BIAS=1:0;REFBIAS=0:133;VARBIAS=0:3;PMEAN=48.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0153;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=131;LSEQ=ATCACATTCAATATCCTATT;RSEQ=TGTTAAAGAGGTTTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:136:3:133,3:0.0221:0,133:0,3 chr6 51887964 . GT G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=115;END=51887965;VD=2;AF=0.0174;BIAS=1:0;REFBIAS=0:113;VARBIAS=0:2;PMEAN=56.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=TATCCTATTGTGTTAAAGAG;RSEQ=TTTTTTTTAATGTAACAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:2:113,2:0.0174:0,113:0,2 chr6 51888981 . T A 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=51888981;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=29.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=ATATTACAAAATGATAAAAA;RSEQ=TTAATCATACTTAATAAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chr6 51890823 . G A 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=615;END=51890823;VD=299;AF=0.4862;BIAS=2:2;REFBIAS=157:158;VARBIAS=147:152;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.87208;ODDRATIO=1.02744;MQ=60;SN=18.933;HIAF=0.4749;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=284;HICOV=598;LSEQ=CGGCAGCTGGAACAGTGGGA;RSEQ=CGCCCGCATCGGGTATCTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:615:299:315,299:0.4862:157,158:147,152 chr6 51891011 . T C 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=456;END=51891011;VD=225;AF=0.4934;BIAS=2:2;REFBIAS=65:163;VARBIAS=71:154;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.53863;ODDRATIO=1.15577540972238;MQ=60;SN=111.5;HIAF=0.5103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=223;HICOV=437;LSEQ=ATACGGAAAGCAAAATATTA;RSEQ=AGCTGATATTCTGAACTAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:456:225:228,225:0.4934:65,163:71,154 chr6 51891327 . T C 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=51891327;VD=5;AF=0.3846;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:5;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.3636;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=4;HICOV=11;LSEQ=TCTTATCATGTATTATATTA;RSEQ=TGGAAATATTATCCTGTATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:5:8,5:0.3846:0,8:0,5 chr6 51891338 . A G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=51891338;VD=5;AF=0.4167;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:5;PMEAN=25.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.4167;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.6;HICNT=5;HICOV=12;LSEQ=ATTATATTATTGGAAATATT;RSEQ=TCCTGTATGCTATATATAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:5:7,5:0.4167:0,7:0,5 chr6 51892330 . C CA 128 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=25;END=51892330;VD=9;AF=0.36;BIAS=0:0;REFBIAS=11:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=25.7;PSTD=1;QUAL=40.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=66.4;SN=18;HIAF=0.4091;ADJAF=0.16;SHIFT3=17;MSI=18;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=9;HICOV=22;LSEQ=ACAAGAGCGAAACTCCGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:25:9:11,9:0.36:11,0:9,0 chr6 51893253 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=51893253;VD=3;AF=0.011;BIAS=1:0;REFBIAS=7:263;VARBIAS=0:3;PMEAN=60;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0080;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=250;LSEQ=GATTAAATTCACAGTCACCC;RSEQ=TATGCATAATACTCTTAAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:273:3:270,3:0.011:7,263:0,3 chr6 51893317 . A AT 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=133;END=51893317;VD=42;AF=0.3158;BIAS=1:1;REFBIAS=0:66;VARBIAS=0:42;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.9;SN=20;HIAF=0.3883;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=40;HICOV=103;LSEQ=TCAAGAAACTTCTAACAACT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGAGAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:133:42:66,42:0.3158:0,66:0,42 chr6 51893448 . T C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=51893448;VD=10;AF=0.4;BIAS=1:0;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:10;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=10;HICOV=25;LSEQ=GCCTCCCAAGCAGCTGGGAT;RSEQ=ACAGGCATGTGCCACCACAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:25:10:15,10:0.4:0,15:0,10 chr6 51897565 . C T 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=51897565;VD=60;AF=0.4878;BIAS=1:1;REFBIAS=63:0;VARBIAS=59:1;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.4878;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=59;HIAF=0.4917;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=59;HICOV=120;LSEQ=CTTACTAAATGCTCAAGGAA;RSEQ=ATATTTTGAATTGTAACTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:123:60:63,60:0.4878:63,0:59,1 chr6 51898264 . T A 116 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=51898264;VD=11;AF=0.4231;BIAS=1:0;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:11;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.4400;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=11;HICOV=25;LSEQ=ATTTGCAATTAACACACCAA;RSEQ=TGTTTCTGCAAAAATATGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:26:11:15,11:0.4231:0,15:0,11 chr6 51908610 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=51908610;VD=3;AF=0.0151;BIAS=2:2;REFBIAS=17:179;VARBIAS=1:2;PMEAN=19;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.24869;ODDRATIO=5.18483952921657;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=191;LSEQ=AAGTATATGTGAAGTGCTCC;RSEQ=AAGCTGACACGTGTTCATGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:3:196,3:0.0151:17,179:1,2 chr6 51908910 . T C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=51908910;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=29.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=CTAGTAAAGACCAACAAATT;RSEQ=GGTGCATTCCTTCCACCACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr6 51910025 . G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=230;END=51910025;VD=3;AF=0.013;BIAS=1:0;REFBIAS=7:220;VARBIAS=0:3;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0134;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=224;LSEQ=AAGCAGAGTAACAGAGAATT;RSEQ=AAATATAGAAACGTAACAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:230:3:227,3:0.013:7,220:0,3 chr6 51910735 . A AT 160 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=340;END=51910735;VD=23;AF=0.0676;BIAS=2:2;REFBIAS=247:51;VARBIAS=19:4;PMEAN=44.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01955;MQ=61.2;SN=22;HIAF=0.0707;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=22;HICOV=311;LSEQ=TTTCCATTTGTATAATTCTG;RSEQ=TTTTTTTTTTTGCAGAATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:340:23:298,23:0.0676:247,51:19,4 chr6 51911358 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=51911358;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:3;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=CCCTGGAAAAATTTAGCTGG;RSEQ=CCTGTGAACAGAGAAAAATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:4,3:0.4286:0,4:0,3 chr6 51912992 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=51912992;VD=2;AF=0.0299;BIAS=1:0;REFBIAS=65:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0308;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=65;LSEQ=TGGGGGAGAATCATTTTTTG;RSEQ=TGTTTGAAGCCACCAAGTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:67:2:65,2:0.0299:65,0:2,0 chr6 51913240 . G A 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=415;END=51913240;VD=205;AF=0.494;BIAS=2:2;REFBIAS=146:63;VARBIAS=163:42;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.03156;ODDRATIO=1.67254846209169;MQ=60;SN=17.636;HIAF=0.4862;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.4;HICNT=194;HICOV=399;LSEQ=TGTTGTTCCCTTGGGAATGT;RSEQ=AGTGAGAATATGTGAGTGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:415:205:209,205:0.494:146,63:163,42 chr6 51914898 . T C 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=389;END=51914898;VD=386;AF=0.9923;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=278:108;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47.25;HIAF=0.9947;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=378;HICOV=380;LSEQ=AAAAGTCACACCTGTGTCCC;RSEQ=CAAGGCCAACAAGCATTCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:389:386:0,386:0.9923:0,0:278,108 chr6 51914956 . G A 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=474;END=51914956;VD=233;AF=0.4916;BIAS=2:2;REFBIAS=153:85;VARBIAS=141:92;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.44665;ODDRATIO=1.17406;MQ=60;SN=20.182;HIAF=0.4837;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=222;HICOV=459;LSEQ=TAAAAAAGCCACTCCTTACC;RSEQ=TGCAGTGATGAGCGGGAGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:474:233:238,233:0.4916:153,85:141,92 chr6 51917550 . G A 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=51917550;VD=19;AF=0.6333;BIAS=0:1;REFBIAS=11:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.6333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=19;HICOV=30;LSEQ=AACTTTAGTTAATCTTCACC;RSEQ=TAATCTAATGAAGTAGGGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:30:19:11,19:0.6333:11,0:19,0 chr6 51917946 . G T 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=524;END=51917946;VD=6;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=273:245;VARBIAS=2:4;PMEAN=28.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.43037;ODDRATIO=2.22528;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=4;HICOV=518;LSEQ=CTCCTGGGCCAGAGGGAGAA;RSEQ=GTTGATCTGATGAACCAGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:524:6:518,6:0.0115:273,245:2,4 chr6 51921382 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=153;END=51921383;VD=4;AF=0.0261;BIAS=1:0;REFBIAS=147:2;VARBIAS=4:0;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0265;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=151;LSEQ=TGTCCAAATCCAGGTTTCAT;RSEQ=TTTTTTTTTACTCTGTTATC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:4:149,4:0.0261:147,2:4,0 chr6 51923569 . C CTCTA 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=119;END=51923569;VD=43;AF=0.3613;BIAS=1:1;REFBIAS=0:62;VARBIAS=1:42;PMEAN=56.6;PSTD=1;QUAL=37.3;QSTD=1;SBF=0.40952;ODDRATIO=0;MQ=61.2;SN=86;HIAF=0.4095;ADJAF=0.0084;SHIFT3=39;MSI=10;MSILEN=4;NM=0.5;HICNT=43;HICOV=105;LSEQ=TTATTTATGCTTCTCCAGCT;RSEQ=TCTATCTATCTATCTATCTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:119:43:62,43:0.3613:0,62:1,42 chr6 51924774 . A G 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=350;END=51924774;VD=350;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=175:175;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=115.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=347;HICOV=347;LSEQ=AAATGCAAGGAAGCTTGGCT;RSEQ=TCTGCCTGAATCCAGAAAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:350:350:0,350:1:0,0:175,175 chr6 51927683 . T C 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=104;END=51927683;VD=51;AF=0.4904;BIAS=1:1;REFBIAS=0:52;VARBIAS=0:51;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.5051;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=50;HICOV=99;LSEQ=GGTTAGGAGTTAGCCTTTTT;RSEQ=AGCAAGAGTTCCTAGAAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:104:51:52,51:0.4904:0,52:0,51 chr6 51929476 . 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A T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=51929930;VD=2;AF=0.0606;BIAS=2:0;REFBIAS=5:25;VARBIAS=0:2;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=51;SN=4;HIAF=0.0769;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=26;LSEQ=TGTGTGTGGGTATATGTATA;RSEQ=TTATATATATATATATATAT;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:33:2:30,2:0.0606:5,25:0,2 chr6 51929958 . T G 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=51929958;VD=4;AF=0.1481;BIAS=1:0;REFBIAS=0:23;VARBIAS=0:4;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.5;SN=3;HIAF=0.1154;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=18;MSILEN=2;NM=5.2;HICNT=3;HICOV=26;LSEQ=TATATATATATATATATATA;RSEQ=ATATATATAGAGAGAGAGAG;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:27:4:23,4:0.1481:0,23:0,4 chr6 51929982 . G GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAC 107 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=34;END=51929982;VD=10;AF=0.2941;BIAS=1:0;REFBIAS=0:14;VARBIAS=0:10;PMEAN=20.2;PSTD=1;QUAL=32.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=52.6;SN=9;HIAF=0.3214;ADJAF=0.2353;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=9;HICOV=28;LSEQ=TATATAGAGAGAGAGAGAGA;RSEQ=AGAGAGAGAGAGACAGAGAG;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:10:14,10:0.2941:0,14:0,10 chr6 51930096 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=51930096;VD=5;AF=0.7143;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:5;PMEAN=54.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.7143;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=7;LSEQ=CTGGGTGTGGATGGAATAGC;RSEQ=AAAGTTGTCACCCCAATTGA;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:7:5:2,5:0.7143:0,2:0,5 chr6 51930437 . T G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=51930437;VD=5;AF=0.5556;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=5;HICOV=9;LSEQ=CTTGTCTATATCAAGACAGC;RSEQ=AACAAGGGAGAGTGAAGAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:5:4,5:0.5556:4,0:5,0 chr6 51930886 . T TA 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=187;END=51930886;VD=99;AF=0.5294;BIAS=2:2;REFBIAS=27:41;VARBIAS=32:67;PMEAN=44.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.41019;ODDRATIO=1.3761;MQ=60.6;SN=198;HIAF=0.5858;ADJAF=0.0107;SHIFT3=14;MSI=15;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=99;HICOV=169;LSEQ=GATAATATTTCTGCAAGAGT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAGTAAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:187:99:68,99:0.5294:27,41:32,67 chr6 51934976 . C T 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=77;END=51934976;VD=42;AF=0.5455;BIAS=1:1;REFBIAS=34:0;VARBIAS=42:0;PMEAN=31.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.5479;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=40;HICOV=73;LSEQ=ATTTAATTCCCAAAATTCTG;RSEQ=AACACCACCATATTGAAACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:77:42:34,42:0.5455:34,0:42,0 chr6 51934978 . A C 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=82;END=51934978;VD=35;AF=0.4268;BIAS=1:1;REFBIAS=47:0;VARBIAS=35:0;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.4250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=34;HICOV=80;LSEQ=TTAATTCCCAAAATTCTGCA;RSEQ=CACCACCATATTGAAACACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:82:35:47,35:0.4268:47,0:35,0 chr6 51935061 . T G 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=122;END=51935061;VD=122;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=122:0;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=119;HICOV=119;LSEQ=CAGGTAAAAAAGTCAAGGAG;RSEQ=TATATGTGGTCTCATTATAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:122:122:0,122:1:0,0:122,0 chr6 51935374 . TC T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=113;END=51935375;VD=3;AF=0.0265;BIAS=1:0;REFBIAS=2:108;VARBIAS=0:3;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0280;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=107;LSEQ=CCTGTAATTTCTTTAGTGGT;RSEQ=CCCCCCGCAAAAACAAACAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:3:110,3:0.0265:2,108:0,3 chr6 51935415 . CA C 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=87;END=51935416;VD=4;AF=0.046;BIAS=1:0;REFBIAS=4:79;VARBIAS=0:4;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0488;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=82;LSEQ=AACAAACAAAAAAACAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAACACCTCATAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:87:4:83,4:0.046:4,79:0,4 chr6 51935747 . C T 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=214;END=51935747;VD=116;AF=0.5421;BIAS=2:2;REFBIAS=74:23;VARBIAS=84:32;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.53423;ODDRATIO=1.2245;MQ=60;SN=57;HIAF=0.5588;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=114;HICOV=204;LSEQ=ATCTTGCAATTGCTTTTGTC;RSEQ=GGATACAGAGAAAGAAATGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:214:116:97,116:0.5421:74,23:84,32 chr6 51936258 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=51936258;VD=3;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:3;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=3;HICOV=4;LSEQ=AGGAAGACTACACACAAGGG;RSEQ=AGAATACACACCAGTCTGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:3:1,3:0.75:0,1:0,3 chr6 51936846 . T C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=231;END=51936846;VD=117;AF=0.5065;BIAS=2:2;REFBIAS=88:24;VARBIAS=100:17;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.22729;ODDRATIO=1.60094776107456;MQ=60;SN=116;HIAF=0.5110;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=116;HICOV=227;LSEQ=GGAGAGAAAGAGAGAGAATG;RSEQ=GTGTGTGTTGTATCCATGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:231:117:112,117:0.5065:88,24:100,17 chr6 51936995 . TA T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=322;END=51936996;VD=4;AF=0.0124;BIAS=2:2;REFBIAS=133:185;VARBIAS=1:3;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.64371;ODDRATIO=2.1521;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=4;HICOV=321;LSEQ=CAAGATCACTGGGCTGGATT;RSEQ=AAAAAAAATGAAAACAAAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:322:4:318,4:0.0124:133,185:1,3 chr6 51938242 . A G 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=309;END=51938242;VD=156;AF=0.5049;BIAS=2:2;REFBIAS=100:53;VARBIAS=102:54;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00111123346915;MQ=60;SN=21.286;HIAF=0.4983;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=149;HICOV=299;LSEQ=TATGTAACTAGTTAAACACA;RSEQ=AAACAAACACACACTTACCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:309:156:153,156:0.5049:100,53:102,54 chr6 51941459 . G C 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=51941459;VD=11;AF=0.5789;BIAS=2:0;REFBIAS=1:7;VARBIAS=0:11;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.42105;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.5789;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=11;HICOV=19;LSEQ=AAGAACACATTTTACTAGAA;RSEQ=GAAAGGTAGACAGGTCTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:11:8,11:0.5789:1,7:0,11 chr6 51944830 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=51944830;VD=2;AF=0.0104;BIAS=2:0;REFBIAS=52:138;VARBIAS=0:2;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=192;LSEQ=AGGACAGAAAGTGGAAATCC;RSEQ=TATGAATCAAAAACCATGAA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:2:190,2:0.0104:52,138:0,2 chr6 51944847 . T C 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=51944847;VD=85;AF=0.4749;BIAS=2:2;REFBIAS=25:69;VARBIAS=21:64;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.86438;ODDRATIO=1.1036;MQ=60;SN=41.5;HIAF=0.4854;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=83;HICOV=171;LSEQ=TCCTTATGAATCAAAAACCA;RSEQ=GAATTCCCAAAGCTAGCAGC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:85:94,85:0.4749:25,69:21,64 chr6 51946893 . T C 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=51946893;VD=47;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=47:0;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=94;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=47;HICOV=47;LSEQ=TATTTGCAATGGCAAAATGG;RSEQ=ACCATTTATTAAAATCTTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:47:47:0,47:1:0,0:47,0 chr6 51946932 . C CA 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=85;END=51946932;VD=2;AF=0.0235;BIAS=1:0;REFBIAS=78:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0260;ADJAF=0.0118;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=2;HICOV=77;LSEQ=AATAGCCATAGAACTCTTTG;RSEQ=AAAAAAAAACAAATGGAAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:85:2:79,2:0.0235:78,1:2,0 chr6 51947237 . G A 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=560;END=51947237;VD=266;AF=0.475;BIAS=2:2;REFBIAS=176:118;VARBIAS=158:108;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.93141;ODDRATIO=1.01949;MQ=60;SN=52.2;HIAF=0.4728;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=261;HICOV=552;LSEQ=TCCAAGAAAACAGGAAAGAC;RSEQ=TCACAGGGAACACTCCGCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:560:266:294,266:0.475:176,118:158,108 chr6 51948388 . CA C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=12;END=51948389;VD=8;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:8;PMEAN=43.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.6667;ADJAF=0.0833;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=8;HICOV=12;LSEQ=ACTTCCTTTGGAAAGAGCCT;RSEQ=AGGACATATTTGGGTCCTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:8:4,8:0.6667:0,4:0,8 chr6 51949836 . CA C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=384;END=51949837;VD=4;AF=0.0104;BIAS=2:0;REFBIAS=76:301;VARBIAS=0:4;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.58823;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=379;LSEQ=CTTTATAAAAACAAAAAAAG;RSEQ=AAAAAAAATTATCATTTTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:384:4:377,4:0.0104:76,301:0,4 chr6 51949862 . A G 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=51949862;VD=145;AF=0.4882;BIAS=2:2;REFBIAS=25:126;VARBIAS=20:125;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.52218;ODDRATIO=1.23918;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4811;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=140;HICOV=291;LSEQ=AAAATTATCATTTTGTTTAC;RSEQ=TACGATTATTTTGCTGTTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:145:151,145:0.4882:25,126:20,125 chr6 51950043 . A AAAT 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=59;END=51950043;VD=55;AF=0.9322;BIAS=0:1;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:55;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.5;SN=110;HIAF=0.9016;ADJAF=0.1017;SHIFT3=8;MSI=3;MSILEN=3;NM=0.6;HICNT=55;HICOV=61;LSEQ=CAACTTATTTTAAGCTGGAT;RSEQ=AATAATAACCTCTTTCATTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:59:55:6,55:0.9322:0,6:0,55 chr6 51952593 . A T 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=51952593;VD=63;AF=0.4922;BIAS=1:1;REFBIAS=0:65;VARBIAS=0:63;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=0.5041;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=62;HICOV=123;LSEQ=TTTTAAGTAAAAGTCCACCC;RSEQ=GTGAGACAAACAGGCATTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:128:63:65,63:0.4922:0,65:0,63 chr6 53363218 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=53363218;VD=2;AF=0.0202;BIAS=1:0;REFBIAS=97:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=56;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0206;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=97;LSEQ=CAGTAAACATTTTAACTCTG;RSEQ=AATGCAAGTATTGTACAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:2:97,2:0.0202:97,0:2,0 chr6 53363487 . GGGCT G 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=422;END=53363491;VD=405;AF=0.9597;BIAS=2:2;REFBIAS=7:9;VARBIAS=194:211;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.80313;ODDRATIO=1.18165597268011;MQ=60;SN=201.5;HIAF=0.9641;ADJAF=0.0948;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=403;HICOV=418;LSEQ=GGTCTTCATATTATACACAC;RSEQ=GGCTGAGAGGCATGGTACTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:422:405:16,405:0.9597:7,9:194,211 chr6 53363776 . G C 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=53363776;VD=35;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:34;VARBIAS=0:35;PMEAN=28.7;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.5;HIAF=0.4925;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=33;HICOV=67;LSEQ=ATTAGTTCTCCTGTGGGCGA;RSEQ=GGGGGAGCGAAAAAAAAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:70:35:34,35:0.5:0,34:0,35 chr6 62283872 . G C 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=62283872;VD=5;AF=0.8333;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.8000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=5;LSEQ=CAATGGAACACAATAGAGAA;RSEQ=CCAGAAATGATGCCAAATAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:5:1,5:0.8333:1,0:5,0 chr6 62284045 . C T 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=62284045;VD=32;AF=0.4923;BIAS=1:1;REFBIAS=33:0;VARBIAS=31:1;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.49231;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=64;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=32;HICOV=64;LSEQ=ACCCAACACAGGCATGCCCA;RSEQ=AAGGAAAGGTTAAAAAAAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:65:32:33,32:0.4923:33,0:31,1 chr6 62284141 . C A 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=62284141;VD=57;AF=0.5182;BIAS=2:2;REFBIAS=40:13;VARBIAS=46:11;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.64479;ODDRATIO=1.35527064754832;MQ=60;SN=10.4;HIAF=0.4952;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=52;HICOV=105;LSEQ=ATTACCAGTATTAGAGGCAC;RSEQ=GCCTGCCCAGTGACATATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:110:57:53,57:0.5182:40,13:46,11 chr6 62284247 . T G 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=233;END=62284247;VD=117;AF=0.5021;BIAS=2:2;REFBIAS=73:43;VARBIAS=70:47;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.68698;ODDRATIO=1.13922;MQ=60;SN=57.5;HIAF=0.4978;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=115;HICOV=231;LSEQ=GTATGAATGGCTCGACGAGG;RSEQ=TTCAGCTGTCTCTTACTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:233:117:116,117:0.5021:73,43:70,47 chr6 62284487 . C T 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=89;END=62284487;VD=37;AF=0.4157;BIAS=1:1;REFBIAS=0:50;VARBIAS=0:37;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=36;HICOV=84;LSEQ=CCAGTCAAAACGAGTTACCA;RSEQ=GTACAATTGATCCAATAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:89:37:50,37:0.4157:0,50:0,37 chr6 62284512 . T C 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=62284512;VD=26;AF=0.3939;BIAS=1:1;REFBIAS=0:38;VARBIAS=0:26;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.3939;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=26;HICOV=66;LSEQ=AATTGATCCAATAATTTGAC;RSEQ=AACGGAACAAGTTACCCTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:66:26:38,26:0.3939:0,38:0,26 chr6 76734112 . C CTTAGA 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=89;END=76734112;VD=11;AF=0.1236;BIAS=0:2;REFBIAS=3:0;VARBIAS=9:2;PMEAN=57.9;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.1149;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=10;HICOV=87;LSEQ=TGTGTATATTTAAAAGTATT;RSEQ=TTTTATGTGAAAATGGGAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:89:11:3,11:0.1236:3,0:9,2 chr6 76734115 . T AGATTA 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=89;END=76734115;VD=74;AF=0.8315;BIAS=0:2;REFBIAS=3:0;VARBIAS=37:37;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.24129;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=148;HIAF=0.8506;ADJAF=0.1685;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=0.2;HICNT=74;HICOV=87;LSEQ=GTATATTTAAAAGTATTCTT;RSEQ=TATGTGAAAATGGGAAGACT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:89:74:3,74:0.8315:3,0:37,37 chr6 88221525 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=88221525;VD=3;AF=0.0216;BIAS=1:0;REFBIAS=135:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0153;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=131;LSEQ=AAAAAGTATGGAGATGATAC;RSEQ=GTGTTAAAAAAAATCATGGT;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:139:3:136,3:0.0216:135,1:3,0 chr6 88221530 . T TA 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=144;END=88221530;VD=2;AF=0.0139;BIAS=1:0;REFBIAS=135:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=55;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0148;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=2;HICOV=135;LSEQ=GTATGGAGATGATACGGTGT;RSEQ=AAAAAAAATCATGGTAAGGC;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:144:2:136,2:0.0139:135,1:2,0 chr6 88221546 . A G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=88221546;VD=161;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=160:1;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.833;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=155;HICOV=155;LSEQ=GTGTTAAAAAAAATCATGGT;RSEQ=AGGCTACAATACTCAAGTAA;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:161:161:0,161:1:0,0:160,1 chr6 88221763 . C CTGAA 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=519;END=88221763;VD=267;AF=0.5145;BIAS=2:2;REFBIAS=128:120;VARBIAS=132:135;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.65948;ODDRATIO=1.09072;MQ=60;SN=266;HIAF=0.5165;ADJAF=0.052;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=266;HICOV=515;LSEQ=CAGGCTAGTTCATAAACAAA;RSEQ=TGTGTAACTTCTCAAAATGA;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:519:267:248,267:0.5145:128,120:132,135 chr6 88221766 . TG AATGTGTAAC 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=555;END=88221767;VD=270;AF=0.4865;BIAS=2:2;REFBIAS=139:141;VARBIAS=128:142;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.60966;ODDRATIO=1.09346;MQ=60;SN=540;HIAF=0.4927;ADJAF=0.1748;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=270;HICOV=548;LSEQ=GCTAGTTCATAAACAAACTG;RSEQ=TAACTTCTCAAAATGAATCT;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:555:270:280,270:0.4865:139,141:128,142 chr6 88221892 . T G 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=88221892;VD=271;AF=0.9963;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=35:236;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.846;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=258;HICOV=258;LSEQ=TATCTGGTTCATATTTCTTT;RSEQ=CTGTTAGATGATACACATTT;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:272:271:0,271:0.9963:0,0:35,236 chr6 109174685 . G GT 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=278;END=109174685;VD=4;AF=0.0144;BIAS=2:0;REFBIAS=213:33;VARBIAS=4:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=4;HICOV=239;LSEQ=TGACATTTTATGGACTTTGA;RSEQ=TTTTTTTTTAAGAAACACCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:278:4:246,4:0.0144:213,33:4,0 chr6 109221031 . G GT 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=264;END=109221031;VD=8;AF=0.0303;BIAS=2:2;REFBIAS=68:170;VARBIAS=3:5;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.69339;ODDRATIO=1.49734221756382;MQ=63.6;SN=16;HIAF=0.0349;ADJAF=0.0076;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=8;HICOV=229;LSEQ=ACAAACAAAAAACCGTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTAAAAAATACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:264:8:238,8:0.0303:68,170:3,5 chr6 109232038 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=124;END=109232039;VD=2;AF=0.0161;BIAS=2:0;REFBIAS=113:9;VARBIAS=2:0;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=123;LSEQ=TTTAAAAATAGATGTGGTTT;RSEQ=TTTTTTTAATACAGCATGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:2:122,2:0.0161:113,9:2,0 chr6 109232067 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=109232067;VD=2;AF=0.0121;BIAS=2:0;REFBIAS=136:26;VARBIAS=2:0;PMEAN=10.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=AATACAGCATGTCTTTATTT;RSEQ=CTTCTGCAATAGAGATGTGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:2:162,2:0.0121:136,26:2,0 chr6 109232072 . T C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=109232072;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=136:30;VARBIAS=1:1;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=0.3359;ODDRATIO=4.47599;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=AGCATGTCTTTATTTCCTTC;RSEQ=GCAATAGAGATGTGTTTCTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:2:166,2:0.0118:136,30:1,1 chr6 109249612 . A C 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=157;END=109249612;VD=156;AF=0.9936;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:156;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51;HIAF=0.9935;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=153;HICOV=154;LSEQ=TGAACAATTCAAACAAATGA;RSEQ=CCCATTGTCTATATGATTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:157:156:1,156:0.9936:0,1:0,156 chr6 109257868 . G A 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=54;END=109257868;VD=54;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=54:0;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=108;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=54;HICOV=54;LSEQ=GTGTTTTCTGAATTACGTGG;RSEQ=TAGTGTACACCTACATGTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:54:54:0,54:1:0,0:54,0 chr6 109258255 . G C 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=267;END=109258255;VD=129;AF=0.4831;BIAS=2:2;REFBIAS=26:111;VARBIAS=34:95;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.18643;ODDRATIO=1.52545992616774;MQ=60;SN=20.5;HIAF=0.4767;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=123;HICOV=258;LSEQ=GTCTTTACACTAATGTGTTT;RSEQ=TGTAAGCCCATGTTAAATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:267:129:137,129:0.4831:26,111:34,95 chr6 109258284 . T C 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=207;END=109258284;VD=205;AF=0.9903;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:196;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.167;HIAF=0.9950;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=199;HICOV=200;LSEQ=CATGTTAAATGTCTTTATGT;RSEQ=TTGAGTATATAGGTTTCTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:207:205:0,205:0.9903:0,0:9,196 chr6 109258336 . T C 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=109258336;VD=165;AF=0.988;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:165;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.9939;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=162;HICOV=163;LSEQ=ATTAAATGTATAATGGGCTG;RSEQ=CCTGGGAAGCAGTAAGTTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:167:165:0,165:0.988:0,0:0,165 chr6 109285208 . A C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=109285208;VD=3;AF=0.0155;BIAS=1:0;REFBIAS=191:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=CAACTCTGGGAGTGGTGGGT;RSEQ=TTGGGGAACCCACTGCTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:3:191,3:0.0155:191,0:3,0 chr6 109285992 . CA C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=89;END=109285993;VD=9;AF=0.1011;BIAS=1:0;REFBIAS=78:2;VARBIAS=9:0;PMEAN=31.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.1084;ADJAF=0.0112;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=9;HICOV=83;LSEQ=AACAGAGTGAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAGGTGTAGAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:89:9:80,9:0.1011:78,2:9,0 chr6 109295436 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=200;END=109295436;VD=3;AF=0.015;BIAS=2:0;REFBIAS=31:166;VARBIAS=0:3;PMEAN=48.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=197;LSEQ=CCTGAATCTGAATCCATGCT;RSEQ=TCCCCTGCTAGCTTTGTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:200:3:197,3:0.015:31,166:0,3 chr6 116758932 . T C 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=116758932;VD=22;AF=0.386;BIAS=1:1;REFBIAS=35:0;VARBIAS=22:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.3929;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=22;HICOV=56;LSEQ=GAATACAATTCTGAGAAATA;RSEQ=AAAAAAATTTTAATGGTATA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:57:22:35,22:0.386:35,0:22,0 chr6 116759240 . A ATAACT 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=426;END=116759240;VD=168;AF=0.3944;BIAS=2:2;REFBIAS=124:132;VARBIAS=78:90;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.69224;ODDRATIO=1.08371;MQ=60;SN=336;HIAF=0.3962;ADJAF=0.0634;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=168;HICOV=424;LSEQ=AATAAGTGAGATGATTACAG;RSEQ=TAATACTGTATTTTCCTTAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:426:168:256,168:0.3944:124,132:78,90 chr6 116937549 . A ATC 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=244;END=116937549;VD=139;AF=0.5697;BIAS=1:1;REFBIAS=95:2;VARBIAS=137:2;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.43980188326086;MQ=60.2;SN=68.5;HIAF=0.5855;ADJAF=0.1107;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=137;HICOV=234;LSEQ=ATCACAAAGCTAGGATTTTC;RSEQ=TCTCTCTCTCTCGTTCTCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:244:139:97,139:0.5697:95,2:137,2 chr6 116944262 . T A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=116944262;VD=3;AF=0.0157;BIAS=1:0;REFBIAS=2:185;VARBIAS=0:3;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=184;LSEQ=ACCAACTGTATTTTATAGCT;RSEQ=GTTTTGTTTTGTTTTGTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:3:187,3:0.0157:2,185:0,3 chr6 116948654 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=116948654;VD=2;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=150:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=23.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=CAGGCGTGAACCACTGCACC;RSEQ=AGCCAATTTGATCTAAATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:2:150,2:0.0132:150,0:2,0 chr6 116950987 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=116950987;VD=3;AF=0.0134;BIAS=1:0;REFBIAS=1:220;VARBIAS=0:3;PMEAN=59.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0091;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=220;LSEQ=ACAGGAGCCAAGGTCTCATC;RSEQ=TCTTCCCATTCATGTTCTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:224:3:221,3:0.0134:1,220:0,3 chr6 116951506 . ATG A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=135;END=116951508;VD=4;AF=0.0296;BIAS=1:0;REFBIAS=130:1;VARBIAS=4:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0312;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=128;LSEQ=GTATCTGTGTGTGTGCATGC;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTATTTATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:135:4:131,4:0.0296:130,1:4,0 chr6 116951816 . G GT 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=111;END=116951816;VD=3;AF=0.027;BIAS=1:0;REFBIAS=0:94;VARBIAS=0:3;PMEAN=20.8;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.5;SN=6;HIAF=0.0390;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=3;HICOV=77;LSEQ=CTACTATCGTTGTTTCTTTG;RSEQ=TTTTTTTTTTCGTGTTTTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:111:3:94,3:0.027:0,94:0,3 chr6 116951828 . G GT 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=82;END=116951828;VD=4;AF=0.0488;BIAS=1:0;REFBIAS=0:67;VARBIAS=0:4;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0500;ADJAF=0.0122;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=60;LSEQ=TTTCTTTGGTTTTTTTTTTC;RSEQ=TGTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:82:4:67,4:0.0488:0,67:0,4 chr6 116954259 . TC T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=176;END=116954260;VD=2;AF=0.0114;BIAS=1:0;REFBIAS=8:156;VARBIAS=0:2;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=110;LSEQ=GCTTAAAACTGTAGGAACAC;RSEQ=AATTTTTTTTTTTCTTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:164,2:0.0114:8,156:0,2 chr6 116954262 . A AT 47 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=174;END=116954262;VD=3;AF=0.0172;BIAS=1:0;REFBIAS=7:153;VARBIAS=0:3;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=30.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=2;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=2;HICOV=150;LSEQ=TAAAACTGTAGGAACACTCA;RSEQ=TTTTTTTTTTTCTTTTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:3:160,3:0.0172:7,153:0,3 chr6 116954263 . T A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=116954263;VD=2;AF=0.0115;BIAS=1:0;REFBIAS=7:165;VARBIAS=0:2;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=AAAACTGTAGGAACACTCAA;RSEQ=TTTTTTTTTTCTTTTTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:2:172,2:0.0115:7,165:0,2 chr6 117881318 . TAAC T 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=123;END=117881321;VD=56;AF=0.4553;BIAS=1:1;REFBIAS=66:1;VARBIAS=56:0;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=112;HIAF=0.4590;ADJAF=0.0813;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.4;HICNT=56;HICOV=122;LSEQ=ATCAATGTTTTCCTCATAGA;RSEQ=AACAGCTGGCAATATTTATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:123:56:67,56:0.4553:66,1:56,0 chr6 117882679 . T C 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=762;END=117882679;VD=382;AF=0.5013;BIAS=2:2;REFBIAS=189:191;VARBIAS=162:220;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.04966;ODDRATIO=1.34326;MQ=60;SN=53.571;HIAF=0.5020;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=375;HICOV=747;LSEQ=TACGGTGGCTAAAATCCAGT;RSEQ=TGCAGATCTCATGTCATGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:762:382:380,382:0.5013:189,191:162,220 chr6 117883068 . CA C 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=712;END=117883069;VD=16;AF=0.0225;BIAS=2:2;REFBIAS=344:352;VARBIAS=9:7;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.62249;ODDRATIO=1.31509731720147;MQ=60;SN=32;HIAF=0.0227;ADJAF=0.0014;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=16;HICOV=704;LSEQ=TATAGTGTATCTGGGAAAGC;RSEQ=AAAAAAATGTGTTTTATCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:712:16:696,16:0.0225:344,352:9,7 chr6 117883289 . C G 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=743;END=117883289;VD=389;AF=0.5236;BIAS=2:2;REFBIAS=187:166;VARBIAS=196:193;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.50825;ODDRATIO=1.10911;MQ=60;SN=37.9;HIAF=0.5271;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=379;HICOV=719;LSEQ=TAAATCAGAGAGGAGGCACT;RSEQ=CATGTTTAATCATGGGACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:743:389:353,389:0.5236:187,166:196,193 chr6 117884561 . G GA 125 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=377;END=117884561;VD=10;AF=0.0265;BIAS=2:2;REFBIAS=93:254;VARBIAS=2:8;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=37.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.46308;MQ=63.2;SN=20;HIAF=0.0299;ADJAF=0.0027;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=10;HICOV=335;LSEQ=TTAAATCCTGAAAGAAAGGA;RSEQ=AAAAAAAAAGCAGACACTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:377:10:347,10:0.0265:93,254:2,8 chr6 117884738 . C A 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=79;END=117884738;VD=78;AF=0.9873;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:78;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=72;HICOV=72;LSEQ=CTATTAAAAATACAAAAATT;RSEQ=GCCGGGCATGGTGGCACATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:79:78:0,78:0.9873:0,0:0,78 chr6 117891104 . T TA 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=96;END=117891104;VD=3;AF=0.0312;BIAS=1:0;REFBIAS=0:89;VARBIAS=0:3;PMEAN=24.1;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=6;HIAF=0.0330;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=91;LSEQ=AATTGGCTAAATTCTTAAAT;RSEQ=AAAAAAAACTTATGTGTTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:3:89,3:0.0312:0,89:0,3 chr6 117892414 . G C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=117892414;VD=7;AF=0.7778;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:7;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.7778;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=7;HICOV=9;LSEQ=ATTTCCAGGAATTAATTGAG;RSEQ=AACAAATATCCTCAAAAAAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:7:2,7:0.7778:0,2:0,7 chr6 117894944 . TA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=164;END=117894945;VD=2;AF=0.0122;BIAS=1:0;REFBIAS=0:162;VARBIAS=0:2;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=TTCTTGATGTCTCTCAGATA;RSEQ=AAAAAAATATGAAAACTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:162,2:0.0122:0,162:0,2 chr6 117896070 . C T 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=117896070;VD=16;AF=0.5161;BIAS=1:1;REFBIAS=15:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=0.5161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=16;HICOV=31;LSEQ=TGGCCAACATGGTGAAACCC;RSEQ=ATCTCTACTAAAAATACAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:31:16:15,16:0.5161:15,0:16,0 chr6 117896728 . A C 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=117896728;VD=33;AF=0.5077;BIAS=1:1;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:33;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=0.5079;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=32;HICOV=63;LSEQ=GCACGCCATGGGTTACCCTG;RSEQ=TATGGAGTATAGTAAGAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:65:33:32,33:0.5077:0,32:0,33 chr6 117896786 . A G 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=117896786;VD=14;AF=0.56;BIAS=0:1;REFBIAS=0:11;VARBIAS=1:13;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=0.5652;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=13;HICOV=23;LSEQ=CATGTTATCACATATTAGTA;RSEQ=AAGTGGCTTCAATGGATAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:25:14:11,14:0.56:0,11:1,13 chr6 117896840 . GA G 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=8;END=117896841;VD=7;AF=0.875;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=1:6;PMEAN=21.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.8750;ADJAF=0.375;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=7;HICOV=8;LSEQ=TACTTCTAAAACCCTTTTGA;RSEQ=GTTAAATAAGGACCCCAATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:7:1,7:0.875:0,1:1,6 chr6 117898192 . C CACAT 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=4;END=117898192;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0.25;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=AGACTCTTGAAAAGTTGTAA;RSEQ=GCAGTAGATGAAGAAGAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:4,0 chr6 117898705 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=117898705;VD=3;AF=0.0147;BIAS=2:2;REFBIAS=58:143;VARBIAS=1:2;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.23140577283026;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=184;LSEQ=ATTTTATTTAGTGGTATAGT;RSEQ=ATTATAAGGAAAAATCCCAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:204:3:201,3:0.0147:58,143:1,2 chr6 117899671 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=117899671;VD=2;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=56;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=CGTATCAACTCTAGACTGCC;RSEQ=GTCTCAGATTTCATTTCAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:2:2,2:0.5:2,0:2,0 chr6 117923599 . T C 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=483;END=117923599;VD=483;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=208:275;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=474;HICOV=474;LSEQ=CGTTAACGCCAGCAGCACAG;RSEQ=CACAGAACCGCAGGAGTAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:483:483:0,483:1:0,0:208,275 chr6 117923679 . C A 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=429;END=117923679;VD=197;AF=0.4592;BIAS=2:2;REFBIAS=68:164;VARBIAS=55:142;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=0.83043;ODDRATIO=1.07031;MQ=60;SN=12.133;HIAF=0.4428;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=182;HICOV=411;LSEQ=AGACTCAGTCAGTCCCACCT;RSEQ=CCAGCCTGCCCCCGCTGCGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:429:197:232,197:0.4592:68,164:55,142 chr6 135282228 . CTTT C 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=131;END=135282231;VD=33;AF=0.2519;BIAS=2:2;REFBIAS=54:3;VARBIAS=14:19;PMEAN=49.7;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=23.28136;MQ=60;SN=32;HIAF=0.2540;ADJAF=0;SHIFT3=16;MSI=19;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=32;HICOV=126;LSEQ=GTACAGACTTAGTTTCTTTG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTGCAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:33:57,33:0.2519:54,3:14,19 chr6 135282656 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=135282656;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=47;PSTD=0;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=TAATCATGCCTGAGCACAGA;RSEQ=AAAAACAAAGTCACTGTGCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:0,2 chr6 146755082 . G A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=259;END=146755082;VD=3;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=173:83;VARBIAS=1:2;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.25154;ODDRATIO=4.1436;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=253;LSEQ=GGGACAGCATATGTGGCACC;RSEQ=CCTCTCTGTGCACGTGAAGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:259:3:256,3:0.0116:173,83:1,2 chr6 146755140 . G A 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=302;END=146755140;VD=301;AF=0.9967;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=171:130;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=294;HICOV=294;LSEQ=AACCAAACAGCCGTCATCAA;RSEQ=CCCCTCACTAAAAGTTACCA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:302:301:0,301:0.9967:0,0:171,130 chr6 146755218 . AGAG A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=231;END=146755221;VD=3;AF=0.013;BIAS=2:2;REFBIAS=83:145;VARBIAS=1:2;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.14419;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=4;MSILEN=3;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=229;LSEQ=ACCAAGACCCTTTACAACGT;RSEQ=GAGGAGGAGGATGCCCAGCC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:231:3:228,3:0.013:83,145:1,2 chr6 146755324 . T C 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=126;END=146755324;VD=126;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:126;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=125;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=125;HICOV=125;LSEQ=CGACCACTCCGCCTCTGCCG;RSEQ=CCCACCTGACCGCAGAGGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:126:126:0,126:1:0,0:0,126 chr6 146755515 . T G 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=146755515;VD=24;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:23;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=24;HICOV=24;LSEQ=GCGGTGCTGGCAGGCCCCGG;RSEQ=GGTCCCGGGAACGGGCTGCG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:24:24:0,24:1:0,0:1,23 chr6 152011367 . 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GT G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=7;END=152201482;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=48.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0.1429;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=GTGTACACCACCATACCCAG;RSEQ=TTTTTTTGTATTTTTAGTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:4,3:0.4286:4,0:3,0 chr6 152201875 . T C 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=291;END=152201875;VD=291;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=184:107;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=288;HICOV=288;LSEQ=TGCCAGGCCTGCCGGCTCCG;RSEQ=AAATGCTACGAAGTGGGAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:291:291:0,291:1:0,0:184,107 chr6 152201942 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=248;END=152201942;VD=3;AF=0.0121;BIAS=2:2;REFBIAS=80:165;VARBIAS=2:1;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.25477;ODDRATIO=4.09936869722063;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=243;LSEQ=CCAGGGGCCCTTGGGGATGG;RSEQ=CCTGGCCACCGCCCAGTGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:248:3:245,3:0.0121:80,165:2,1 chr6 152265282 . A AT 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=395;END=152265282;VD=7;AF=0.0177;BIAS=2:2;REFBIAS=314:53;VARBIAS=5:2;PMEAN=26.3;PSTD=1;QUAL=37.7;QSTD=1;SBF=0.27475;ODDRATIO=2.36253;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0194;ADJAF=0.0076;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=7;HICOV=360;LSEQ=CACGGGAAAAAAATAAACTA;RSEQ=TTTTTTTTTCCACCTGTGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:395:7:367,7:0.0177:314,53:5,2 chr6 152333090 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=152333090;VD=2;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=0:150;VARBIAS=0:2;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=147;LSEQ=TGATGAAGCCTAGTCAAATT;RSEQ=ACAGAAAGCTAAGGATAACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:2:150,2:0.0132:0,150:0,2 chr6 152333104 . G A 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=152333104;VD=123;AF=0.9919;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:123;PMEAN=28.4;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=120;HICOV=120;LSEQ=CAAATTCACAGAAAGCTAAG;RSEQ=ATAACTTTCTGCTAGACATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:124:123:0,123:0.9919:0,0:0,123 chr6 152333152 . T TACACACACACAC 178 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=75;END=152333152;VD=38;AF=0.5067;BIAS=0:1;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:38;PMEAN=46.7;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=55.2;SN=76;HIAF=0.5429;ADJAF=0.24;SHIFT3=30;MSI=21;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=38;HICOV=70;LSEQ=AAGAATTCTATTATTTCTAA;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:75:38:12,38:0.5067:0,12:0,38 chr6 152333183 . T A 125 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=152333183;VD=12;AF=0.169;BIAS=1:0;REFBIAS=1:57;VARBIAS=0:12;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.1714;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=6;NM=5.0;HICNT=12;HICOV=70;LSEQ=ACACACACACACACACACAC;RSEQ=CACACTCTCTCTCTCTCTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:12:58,12:0.169:1,57:0,12 chr6 152382014 . A G 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=152382014;VD=249;AF=0.992;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=244:5;PMEAN=43.6;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.6;HIAF=0.9957;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=234;HICOV=235;LSEQ=TGGCTGATAGTTTTTTGTTA;RSEQ=AGATTTAGAACCAGTGGATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:251:249:0,249:0.992:0,0:244,5 chr6 152382087 . C CT 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=382;END=152382087;VD=368;AF=0.9634;BIAS=1:2;REFBIAS=19:1;VARBIAS=271:97;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.0332;ODDRATIO=6.78088;MQ=60.1;SN=91;HIAF=0.9707;ADJAF=0.144;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=364;HICOV=375;LSEQ=AAGATTTTCTGTTTTTTAAT;RSEQ=TTTTTATTTATTTATTTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:382:368:20,368:0.9634:19,1:271,97 chr6 152382311 . G T 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=374;END=152382311;VD=372;AF=0.9947;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=91:281;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.615;HIAF=0.9972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=359;HICOV=360;LSEQ=GGATGAAATGTTTATTTGTA;RSEQ=TTTTCAACCAGATACGATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:374:372:0,372:0.9947:0,0:91,281 chr6 152382325 . A G 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=346;END=152382325;VD=342;AF=0.9884;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=76:266;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=67.4;HIAF=0.9883;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=337;HICOV=341;LSEQ=TTTGTAGTTTTCAACCAGAT;RSEQ=CGATCTACCCACTCCAAAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:346:342:0,342:0.9884:0,0:76,266 chr6 152382420 . A G 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=152382420;VD=167;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:166;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=334;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=167;HICOV=167;LSEQ=AACATTGCAGATTCCTTATA;RSEQ=AGGTAGAACCATGCTAGCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:167:167:0,167:1:0,0:1,166 chr6 152421854 . C A 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=590;END=152421854;VD=299;AF=0.5068;BIAS=2:2;REFBIAS=161:129;VARBIAS=136:163;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.01684;ODDRATIO=1.49477;MQ=60;SN=13.95;HIAF=0.5196;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=4;NM=2.0;HICNT=279;HICOV=537;LSEQ=TTGGAAAAGTGGATTTCATT;RSEQ=ATTTCTGATTGTCCAGTTAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:590:299:290,299:0.5068:161,129:136,163 chr6 152422169 . G TT 67 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=441;END=152422169;VD=7;AF=0.0159;BIAS=2:0;REFBIAS=243:176;VARBIAS=0:7;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=24.1;QSTD=1;SBF=0.00253;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=3.4;HICNT=6;HICOV=369;LSEQ=AAACCAAGGAAAAATATTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:441:7:419,7:0.0159:243,176:0,7 chr6 152422335 . C T 334 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=636;END=152422335;VD=636;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=318:318;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=624;HICOV=624;LSEQ=CAGATGCCTATTGTTGGATA;RSEQ=TGAATGACAGACAATCTTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:636:636:0,636:1:0,0:318,318 chr6 152422514 . C CA 112 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=633;END=152422514;VD=8;AF=0.0126;BIAS=2:2;REFBIAS=318:271;VARBIAS=4:4;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=37.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.17311;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=8;HICOV=559;LSEQ=TTAAAAAAATTAAAATAAAA;RSEQ=AAAAAAAAATTTCTAGGACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:633:8:589,8:0.0126:318,271:4,4 chr6 152422784 . T TA 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=755;END=152422784;VD=13;AF=0.0172;BIAS=2:2;REFBIAS=308:356;VARBIAS=6:7;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=37.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00935;MQ=63.2;SN=26;HIAF=0.0196;ADJAF=0.0053;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=13;HICOV=664;LSEQ=TTGGGTGTAGGAACATGATT;RSEQ=AAAAAAAAACTCTTGCCTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:755:13:664,13:0.0172:308,356:6,7 chr6 152423905 . T A 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=796;END=152423905;VD=412;AF=0.5176;BIAS=2:2;REFBIAS=179:202;VARBIAS=210:202;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.28632;ODDRATIO=1.17293797503988;MQ=60;SN=30.692;HIAF=0.5229;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=399;HICOV=763;LSEQ=TTCAAGAAAAATTTCTATTC;RSEQ=TTTTTTTGCATCCAATTGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:796:412:381,412:0.5176:179,202:210,202 chr6 152424478 . A G 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=229;END=152424478;VD=113;AF=0.4934;BIAS=2:2;REFBIAS=13:102;VARBIAS=18:95;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.33878;ODDRATIO=1.48405384147337;MQ=60;SN=36.667;HIAF=0.5023;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=110;HICOV=219;LSEQ=CACTGATCCTCTAAAATCAA;RSEQ=GTGGTTAAACGATCTGTCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:229:113:115,113:0.4934:13,102:18,95 chr6 152424534 . C A 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=152424534;VD=69;AF=0.451;BIAS=1:1;REFBIAS=0:84;VARBIAS=1:68;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=32.6;QSTD=1;SBF=0.45098;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8.857;HIAF=0.4306;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=62;HICOV=144;LSEQ=ATGCTAAAGCCTCTCCTCAC;RSEQ=TCACTCCCTCTGCCCAACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:69:84,69:0.451:0,84:1,68 chr6 157712794 . CATG C 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=353;END=157712797;VD=128;AF=0.3626;BIAS=2:2;REFBIAS=110:115;VARBIAS=71:57;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.26827;ODDRATIO=1.30125310674179;MQ=60;SN=256;HIAF=0.3668;ADJAF=0.017;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=128;HICOV=349;LSEQ=TCCCTTAGAATAAAAGGTTT;RSEQ=ATAACAGAAATTTCAAATGT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:353:128:225,128:0.3626:110,115:71,57 chr6 157713002 . GT G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=241;END=157713003;VD=4;AF=0.0166;BIAS=2:2;REFBIAS=123:113;VARBIAS=3:1;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.62375;ODDRATIO=2.74536719286205;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0177;ADJAF=0.0083;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=226;LSEQ=GTAGACATTATTCTCCATCT;RSEQ=TTTTTTTGTAGGAGACTGTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:241:4:236,4:0.0166:123,113:3,1 chr6 157713120 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=242;END=157713120;VD=3;AF=0.0124;BIAS=2:0;REFBIAS=169:70;VARBIAS=3:0;PMEAN=52.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.55873;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=237;LSEQ=ATATTGGGACTCCGTACTCA;RSEQ=GTGACTTTCTGGTTAAAAAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:242:3:239,3:0.0124:169,70:3,0 chr6 157713255 . TATC T 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=506;END=157713258;VD=247;AF=0.4881;BIAS=2:2;REFBIAS=158:93;VARBIAS=129:118;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.01833;ODDRATIO=1.55263;MQ=60;SN=81.333;HIAF=0.5398;ADJAF=0.0356;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.4;HICNT=244;HICOV=452;LSEQ=AAAAATATGTTTACCCCTGA;RSEQ=ATCATTATTTTAGCCCAACT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:506:247:251,247:0.4881:158,93:129,118 chr6 157713417 . C T 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=212;END=157713417;VD=102;AF=0.4811;BIAS=1:1;REFBIAS=1:109;VARBIAS=1:101;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07879520151894;MQ=60;SN=101;HIAF=0.4810;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=101;HICOV=210;LSEQ=CACAGACCACATTTAGGACC;RSEQ=GAGAGCCACACCCACTTCCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:212:102:110,102:0.4811:1,109:1,101 chr6 157713662 . T C 88 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=157713662;VD=7;AF=0.4667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:7;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=6;HICOV=14;LSEQ=TTCAACTGTTACAAACAGAA;RSEQ=CATTTCCTATGGGGTCCCCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:15:7:8,7:0.4667:0,8:0,7 chr6 159397846 . C CT 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=45;END=159397846;VD=16;AF=0.3556;BIAS=1:1;REFBIAS=27:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=38.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=32;HIAF=0.3902;ADJAF=0.0444;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=16;HICOV=41;LSEQ=AACGTTTAGGCATTCTCTCT;RSEQ=TTTTTTTTCTTTTTTTTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:45:16:27,16:0.3556:27,0:16,0 chr6 159397855 . C TCT 32 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=48;END=159397855;VD=2;AF=0.0417;BIAS=1:0;REFBIAS=46:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0417;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=48;LSEQ=GCATTCTCTCTCTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTGAGACGGAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:48:2:46,2:0.0417:46,0:2,0 chr6 159398055 . T A 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=159398055;VD=100;AF=0.4237;BIAS=2:2;REFBIAS=124:12;VARBIAS=90:10;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.82249;ODDRATIO=1.14747;MQ=60;SN=99;HIAF=0.4213;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=99;HICOV=235;LSEQ=GGGGTTTCTCCTTGTTGGTC;RSEQ=GGCTGGTCTCAAACTCCCGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:236:100:136,100:0.4237:124,12:90,10 chr6 159398633 . T C 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=716;END=159398633;VD=340;AF=0.4749;BIAS=2:2;REFBIAS=185:189;VARBIAS=175:165;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.60068;ODDRATIO=1.08341188069468;MQ=60;SN=29.909;HIAF=0.4796;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=329;HICOV=686;LSEQ=TCTTCATCTTGCCCTAAGAG;RSEQ=TCTCTCTCTTCCATAAACTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:716:340:374,340:0.4749:185,189:175,165 chr6 159398700 . C T 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=671;END=159398700;VD=314;AF=0.468;BIAS=2:2;REFBIAS=172:185;VARBIAS=165:149;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.27896;ODDRATIO=1.19075970469159;MQ=60;SN=156;HIAF=0.4727;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=312;HICOV=660;LSEQ=ATGTTGTTCTTTGTAGGTAG;RSEQ=CTCCATCTAAAAGCAGCTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:671:314:357,314:0.468:172,185:165,149 chr6 159398764 . G A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=659;END=159398764;VD=306;AF=0.4643;BIAS=2:2;REFBIAS=144:205;VARBIAS=140:166;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=0.2688;ODDRATIO=1.20029287146064;MQ=60;SN=12.304;HIAF=0.4492;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=283;HICOV=630;LSEQ=CAGGAATTCAGAGGCCTCCA;RSEQ=TGACTCTGTCATTGCTCCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:659:306:349,306:0.4643:144,205:140,166 chr6 159399348 . A G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=337;END=159399348;VD=167;AF=0.4955;BIAS=2:2;REFBIAS=75:92;VARBIAS=69:98;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.58072;ODDRATIO=1.15733;MQ=60;SN=17.556;HIAF=0.4938;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=158;HICOV=320;LSEQ=TGGTTTTTTCAACTTCATTC;RSEQ=TTAGCCATGGAAGAAATCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:337:167:167,167:0.4955:75,92:69,98 chr6 159399666 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=159399666;VD=2;AF=0.2222;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:2;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2222;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=9;LSEQ=CACTGCAACCTCCGCTTCCC;RSEQ=GGTTCAAGTGGTTCTCCTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:2:7,2:0.2222:0,7:0,2 chr6 159401460 . CAA C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=13;END=159401462;VD=6;AF=0.4615;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=27.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.5455;ADJAF=0.0769;SHIFT3=15;MSI=17;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=6;HICOV=11;LSEQ=AAAAGAATGAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAATTCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:6:6,6:0.4615:6,0:6,0 chr6 159401489 . T A 141 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=159401489;VD=15;AF=0.625;BIAS=0:1;REFBIAS=9:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.6522;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=15;HICOV=23;LSEQ=AAAAAAAAATTCCTCATTTC;RSEQ=CACATGAAGAAACTGGAGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:24:15:9,15:0.625:9,0:15,0 chr6 159403938 . C T 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=159403938;VD=38;AF=0.5205;BIAS=1:1;REFBIAS=0:35;VARBIAS=0:38;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37;HIAF=0.5211;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=37;HICOV=71;LSEQ=AAAGTTATGAAAAAAACCTA;RSEQ=GCATTCATCAAAATGAACCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:73:38:35,38:0.5205:0,35:0,38 chr6 159404290 . T A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=159404290;VD=2;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=GAAAAATGTAATTATTAAAA;RSEQ=TTTTTTTTTAAATGAGAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:2:2,2:0.5:2,0:2,0 chr6 159404862 . C T 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=282;END=159404862;VD=144;AF=0.5106;BIAS=2:2;REFBIAS=24:114;VARBIAS=17:127;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.23672;ODDRATIO=1.57021;MQ=60;SN=47;HIAF=0.5072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=141;HICOV=278;LSEQ=AAGAAGAATATCATATATAT;RSEQ=GAGTTTAAAATTCTGGTCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:282:144:138,144:0.5106:24,114:17,127 chr6 159404987 . G A 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=111;END=159404987;VD=60;AF=0.5405;BIAS=1:1;REFBIAS=1:50;VARBIAS=0:60;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.45946;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=120;HIAF=0.5405;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=60;HICOV=111;LSEQ=ACCAGCCTGGCCAACATGGC;RSEQ=AAACCCCATCTCTACAAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:111:60:51,60:0.5405:1,50:0,60 chr6 159407208 . G T 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=298;END=159407208;VD=143;AF=0.4799;BIAS=2:2;REFBIAS=127:28;VARBIAS=124:19;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.27036;ODDRATIO=1.43711197976546;MQ=60;SN=46.667;HIAF=0.4762;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=140;HICOV=294;LSEQ=GTGATCGGGGAAGTATCAGA;RSEQ=AGCACAGGAGAGGCATAAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:298:143:155,143:0.4799:127,28:124,19 chr6 159407446 . C T 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=496;END=159407446;VD=255;AF=0.5141;BIAS=2:2;REFBIAS=69:170;VARBIAS=86:169;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.2859;ODDRATIO=1.25316423970526;MQ=60;SN=62.75;HIAF=0.5175;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=251;HICOV=485;LSEQ=GGAGCTCTAGAGAATCAGGC;RSEQ=GTCCGAGCTAACAGTGATAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:496:255:239,255:0.5141:69,170:86,169 chr6 159414811 . C T 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=227;END=159414811;VD=97;AF=0.4273;BIAS=2:2;REFBIAS=98:32;VARBIAS=83:14;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.06733;ODDRATIO=1.93039013184565;MQ=60;SN=31.333;HIAF=0.4273;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=94;HICOV=220;LSEQ=TAGAAATTAACACCAAGAAA;RSEQ=TGATCCTTCCCCATAGATAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:227:97:130,97:0.4273:98,32:83,14 chr6 159414843 . G A 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=159414843;VD=126;AF=0.4632;BIAS=2:2;REFBIAS=97:49;VARBIAS=91:35;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.35716;ODDRATIO=1.31207767499836;MQ=60;SN=62;HIAF=0.4679;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=124;HICOV=265;LSEQ=CATAGATAATGTGAGAACAC;RSEQ=GTGTTAGACTATTCAAACTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:272:126:146,126:0.4632:97,49:91,35 chr6 159414899 . T C 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=308;END=159414899;VD=141;AF=0.4578;BIAS=2:2;REFBIAS=82:85;VARBIAS=74:67;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.56922;ODDRATIO=1.14437425615673;MQ=60;SN=27.2;HIAF=0.4533;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=136;HICOV=300;LSEQ=CTGTCTGGAGTGCATAAGTG;RSEQ=TACCTCGAATTACCCTTCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:308:141:167,141:0.4578:82,85:74,67 chr6 159420147 . C A 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=159420147;VD=14;AF=0.4375;BIAS=1:1;REFBIAS=18:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4375;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=14;HICOV=32;LSEQ=AAACGTATTTGAATGCCCCC;RSEQ=GTAAGGTGCTCAGCACGTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:32:14:18,14:0.4375:18,0:14,0 chr6 159420574 . T C 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=569;END=159420574;VD=279;AF=0.4903;BIAS=2:2;REFBIAS=150:139;VARBIAS=129:150;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.18046;ODDRATIO=1.2543;MQ=60;SN=38.857;HIAF=0.4883;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=272;HICOV=557;LSEQ=GAGGTGCGATCAGTCAGCGC;RSEQ=GAGGCCATGTCCGGGGGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:569:279:289,279:0.4903:150,139:129,150 chr7 766168 . A C 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=766168;VD=160;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=157:3;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=156;HICOV=156;LSEQ=CAGGACAAGGCCCAGCAGGC;RSEQ=GGCTGGCGGGGGTTCCGGCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:160:160:0,160:1:0,0:157,3 chr7 766214 . G GACGAT 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=243;END=766214;VD=124;AF=0.5103;BIAS=2:2;REFBIAS=99:18;VARBIAS=107:17;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.71909;ODDRATIO=1.14374599688901;MQ=60;SN=123;HIAF=0.5168;ADJAF=0.1193;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=123;HICOV=238;LSEQ=GGGGGACAGCGGGCGAGCAC;RSEQ=ACAAGAGCACAGGCCCACGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:243:124:117,124:0.5103:99,18:107,17 chr7 766220 . A G 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=766220;VD=125;AF=0.502;BIAS=2:2;REFBIAS=102:21;VARBIAS=105:20;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.86531;ODDRATIO=1.08053205398338;MQ=60;SN=40.667;HIAF=0.5041;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=122;HICOV=242;LSEQ=CAGCGGGCGAGCACGACAAG;RSEQ=GCACAGGCCCACGTGCGCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:249:125:123,125:0.502:102,21:105,20 chr7 768935 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=768935;VD=2;AF=0.1538;BIAS=0:0;REFBIAS=11:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1538;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=13;LSEQ=CGCCTCTGTCTTCTGGGCTC;RSEQ=GCTTCTTTCCTCTGGCCAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:2:11,2:0.1538:11,0:2,0 chr7 769184 . A G 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=288;END=769184;VD=135;AF=0.4688;BIAS=1:1;REFBIAS=147:5;VARBIAS=130:5;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.13028;MQ=60;SN=134;HIAF=0.4769;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=134;HICOV=281;LSEQ=ATGCAGCAAGGACCTGGCGT;RSEQ=GGAGAGGAAGGGAGGTGAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:288:135:152,135:0.4688:147,5:130,5 chr7 780687 . T C 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=402;END=780687;VD=400;AF=0.995;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=74:326;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=99;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=396;HICOV=396;LSEQ=GAAACCTGCTGGTGTCCCTT;RSEQ=GTCCCTGTGCTCCGAAGGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:402:400:0,400:0.995:0,0:74,326 chr7 780896 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=780896;VD=2;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=129:55;VARBIAS=1:1;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.51264;ODDRATIO=2.33343;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=182;LSEQ=CCGCTCTCACGCAATGGGGT;RSEQ=TTTGGGTGACCCGTGTCCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:2:184,2:0.0108:129,55:1,1 chr7 780980 . T G 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=235;END=780980;VD=121;AF=0.5149;BIAS=2:2;REFBIAS=71:43;VARBIAS=67:54;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.29229;ODDRATIO=1.32915;MQ=60;SN=59.5;HIAF=0.5174;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=119;HICOV=230;LSEQ=TGTTGTCTGTCTGTTGTGCC;RSEQ=CAGGCAGCTGGCTGCCAGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:235:121:114,121:0.5149:71,43:67,54 chr7 781077 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=781077;VD=2;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=18:157;VARBIAS=1:1;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.20371;ODDRATIO=8.5149863760218;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=AAGCTGGACTTTGCCCCTCC;RSEQ=ACCCCACCCCATTACCCTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:2:175,2:0.0113:18,157:1,1 chr7 781078 . A C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=781078;VD=3;AF=0.0169;BIAS=2:0;REFBIAS=16:157;VARBIAS=3:0;PMEAN=10.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.00108;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=AGCTGGACTTTGCCCCTCCC;RSEQ=CCCCACCCCATTACCCTCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:3:173,3:0.0169:16,157:3,0 chr7 781083 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=781083;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=12:155;VARBIAS=1:1;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.14835;ODDRATIO=12.4501992031873;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=GACTTTGCCCCTCCCACCCC;RSEQ=CCCCATTACCCTCCACATGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:2:167,2:0.0118:12,155:1,1 chr7 781412 . G C 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=781412;VD=4;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:4;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=12;LSEQ=GATGGTGTCCGCCCCCCTCC;RSEQ=TTGGCTGTGCACACAAGGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:4:8,4:0.3333:0,8:0,4 chr7 793954 . G A 130 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=793954;VD=13;AF=0.4333;BIAS=1:1;REFBIAS=16:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.4333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=13;HICOV=30;LSEQ=CTGTTTTTTATAGAGATGGG;RSEQ=TCTTTGCCATGTTGCCCAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:30:13:16,13:0.4333:16,0:13,0 chr7 794092 . C T 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=136;END=794092;VD=73;AF=0.5368;BIAS=1:1;REFBIAS=62:0;VARBIAS=72:1;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.5;HIAF=0.5338;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=71;HICOV=133;LSEQ=CGGGGCATTTGTCAGCTTTG;RSEQ=GTCCACCCCAAGACTTGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:136:73:62,73:0.5368:62,0:72,1 chr7 794471 . A G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=409;END=794471;VD=201;AF=0.4914;BIAS=2:2;REFBIAS=54:151;VARBIAS=66:135;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.15884;ODDRATIO=1.36600825068983;MQ=60;SN=32.5;HIAF=0.4924;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=195;HICOV=396;LSEQ=TCCAAAGTGTAAGTGGCCGT;RSEQ=TTCCAGTCGTGGTCGCGGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:409:201:205,201:0.4914:54,151:66,135 chr7 794576 . C T 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=220;END=794576;VD=118;AF=0.5364;BIAS=1:1;REFBIAS=1:101;VARBIAS=3:115;PMEAN=46.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.62558;ODDRATIO=2.62418978140499;MQ=60;SN=117;HIAF=0.5367;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=117;HICOV=218;LSEQ=GACAGCGTTCCCCTCACCCC;RSEQ=GGGCCGCAGGCCCTCCCCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:220:118:102,118:0.5364:1,101:3,115 chr7 794813 . A G 130 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=794813;VD=14;AF=0.7778;BIAS=0:1;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:14;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=0.8125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=13;HICOV=16;LSEQ=CGTTCAGCATTGACATCTGG;RSEQ=CTGTCCTGAGGGCCCTTCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:18:14:4,14:0.7778:0,4:0,14 chr7 796883 . C T 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=88;END=796883;VD=43;AF=0.4886;BIAS=1:1;REFBIAS=1:42;VARBIAS=0:43;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9.75;HIAF=0.4756;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=6;NM=1.5;HICNT=39;HICOV=82;LSEQ=GCTGTGCAGAGCTCCAGCCC;RSEQ=AGCCCCAGCCCCAGCTGCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:88:43:43,43:0.4886:1,42:0,43 chr7 796950 . C CTG 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=30;END=796950;VD=15;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:15;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.5000;ADJAF=0.0333;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=15;HICOV=30;LSEQ=CTGCCCCTTTCTTGGCCACA;RSEQ=ACCACAGTTCACGTGTTTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:30:15:15,15:0.5:0,15:0,15 chr7 801211 . C T 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=801211;VD=76;AF=0.4634;BIAS=1:1;REFBIAS=87:0;VARBIAS=76:0;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=152;HIAF=0.4663;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=76;HICOV=163;LSEQ=TTTATACTAACATCAGATCT;RSEQ=GTGAGACTTAATATCAAGAG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:76:87,76:0.4634:87,0:76,0 chr7 801294 . A C 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=310;END=801294;VD=4;AF=0.0129;BIAS=2:0;REFBIAS=284:21;VARBIAS=4:0;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=3;HICOV=285;LSEQ=CACAGGGTCCCTCCCAGGAT;RSEQ=CGTGGGGATTATGGGAGCTA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:310:4:305,4:0.0129:284,21:4,0 chr7 801634 . T TTGAGCCCCAGGCCTCAAACATGTC 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=367;END=801634;VD=163;AF=0.4441;BIAS=2:2;REFBIAS=45:155;VARBIAS=36:127;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02413;MQ=60;SN=326;HIAF=0.4528;ADJAF=0.3433;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=163;HICOV=360;LSEQ=CCTATGCATCCCCTCTGTGC;RSEQ=TGACCAGCAAAGACCAGGGA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:367:163:200,163:0.4441:45,155:36,127 chr7 801792 . C G 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=119;END=801792;VD=51;AF=0.4286;BIAS=1:1;REFBIAS=0:68;VARBIAS=0:51;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.4386;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=50;HICOV=114;LSEQ=GAAGCAAACAAGAAATAAGA;RSEQ=GTAACCTTTAAACCTGCGCA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:119:51:68,51:0.4286:0,68:0,51 chr7 801855 . T G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=801855;VD=19;AF=0.4043;BIAS=1:1;REFBIAS=0:28;VARBIAS=0:19;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.4130;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=19;HICOV=46;LSEQ=ACATGTCGCTGGGCGTGGCA;RSEQ=CTCACGCCTGTAATCCCAGC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:47:19:28,19:0.4043:0,28:0,19 chr7 803244 . C T 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=803244;VD=72;AF=0.4675;BIAS=1:1;REFBIAS=82:0;VARBIAS=72:0;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71;HIAF=0.4641;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=71;HICOV=153;LSEQ=GGCGTTGGTGTGAACGGGAT;RSEQ=AGGGTCTCGCCCTGCACCCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:72:82,72:0.4675:82,0:72,0 chr7 803329 . G A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=278;END=803329;VD=3;AF=0.0108;BIAS=1:2;REFBIAS=263:11;VARBIAS=2:1;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.12485;ODDRATIO=11.64433;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=273;LSEQ=CCTCCCTCCCGATTATCCTG;RSEQ=CAGGCCCGGCCTGTGTGGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:278:3:274,3:0.0108:263,11:2,1 chr7 810506 . T C 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=79;END=810506;VD=43;AF=0.5443;BIAS=1:1;REFBIAS=0:36;VARBIAS=0:43;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=0.5513;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=43;HICOV=78;LSEQ=CTCCCCCACAGCACTCTGGG;RSEQ=GAGGGTTCCCCACACCAAGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:79:43:36,43:0.5443:0,36:0,43 chr7 810600 . C CACAAGCTCTCGGCAGGGA 153 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=39;END=810600;VD=20;AF=0.5128;BIAS=1:1;REFBIAS=0:17;VARBIAS=0:20;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.5;SN=40;HIAF=0.5405;ADJAF=0.2308;SHIFT3=19;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=20;HICOV=37;LSEQ=GTCCATCCTCACTGGGTAAA;RSEQ=ACAAGCTCTCGGCAGGGAAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:39:20:17,20:0.5128:0,17:0,20 chr7 813479 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=813479;VD=2;AF=0.0174;BIAS=1:0;REFBIAS=113:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=49.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0174;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=115;LSEQ=AGGCCAGGGGCACAGGCACC;RSEQ=CTGTCTCCCCGGTAGGGTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:2:113,2:0.0174:113,0:2,0 chr7 813618 . T C 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=311;END=813618;VD=148;AF=0.4759;BIAS=2:2;REFBIAS=130:31;VARBIAS=120:28;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02190974493133;MQ=60;SN=296;HIAF=0.4901;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=148;HICOV=302;LSEQ=CCCTCAGCCCCATTCATCCC;RSEQ=AGTCTGAAACGTTTCTTCCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:311:148:161,148:0.4759:130,31:120,28 chr7 813650 . G A 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=394;END=813650;VD=182;AF=0.4619;BIAS=2:2;REFBIAS=167:44;VARBIAS=142:40;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.80603;ODDRATIO=1.06895;MQ=60;SN=44.5;HIAF=0.4611;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=178;HICOV=386;LSEQ=TTTCTTCCGAGCACCTGTCC;RSEQ=GTCTCCTCATCCACCCTCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:394:182:211,182:0.4619:167,44:142,40 chr7 813867 . C G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=443;END=813867;VD=211;AF=0.4763;BIAS=2:2;REFBIAS=76:156;VARBIAS=63:148;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.53939;ODDRATIO=1.14414;MQ=60;SN=422;HIAF=0.4806;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=211;HICOV=439;LSEQ=CCTGCGTGCTCGGTGGACAC;RSEQ=GGCCGGGGACTGCGCAGGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:443:211:232,211:0.4763:76,156:63,148 chr7 814612 . G A 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=353;END=814612;VD=167;AF=0.4731;BIAS=2:2;REFBIAS=145:39;VARBIAS=126:41;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.52436;ODDRATIO=1.20915;MQ=60;SN=17.556;HIAF=0.4688;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=158;HICOV=337;LSEQ=CCCCACCCCAGGACAGATGT;RSEQ=AGTCACGTCGTATGTGTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:353:167:184,167:0.4731:145,39:126,41 chr7 814788 . G A 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=528;END=814788;VD=249;AF=0.4716;BIAS=2:2;REFBIAS=115:163;VARBIAS=101:148;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.85965;ODDRATIO=1.03378;MQ=60;SN=248;HIAF=0.4742;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=248;HICOV=523;LSEQ=GGATCCAGAGAAACTCATCA;RSEQ=GATTTATCCTGGTAGGACAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:528:249:278,249:0.4716:115,163:101,148 chr7 815148 . GGTGT G 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=31;END=815152;VD=11;AF=0.3548;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:11;PMEAN=56.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.3548;ADJAF=0;SHIFT3=24;MSI=14;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=11;HICOV=31;LSEQ=ACCTTGTCTTTAAAAGTAGG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:31:11:7,11:0.3548:0,7:0,11 chr7 819477 . T C 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=819477;VD=115;AF=0.5637;BIAS=1:1;REFBIAS=87:2;VARBIAS=113:2;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.29715145540393;MQ=60;SN=37.333;HIAF=0.5657;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=112;HICOV=198;LSEQ=TCCCGTGAGGTGTGGGTTTC;RSEQ=TAGGACCCCAGGGCAGGTGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:204:115:89,115:0.5637:87,2:113,2 chr7 824915 . C T 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=86;END=824915;VD=43;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=42:0;VARBIAS=42:1;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.333;HIAF=0.4938;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=40;HICOV=81;LSEQ=AGATTGTGAGTCGGGTCACT;RSEQ=GTATCCACATTGTGACTACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:86:43:42,43:0.5:42,0:42,1 chr7 825114 . T C 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=485;END=825114;VD=239;AF=0.4928;BIAS=2:2;REFBIAS=206:39;VARBIAS=196:43;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.54756;ODDRATIO=1.15846;MQ=60;SN=58.75;HIAF=0.4947;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=235;HICOV=475;LSEQ=GAGGTAAGATTGGTTTCATG;RSEQ=TTGTTTCTGGCATGTTCAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:485:239:245,239:0.4928:206,39:196,43 chr7 825429 . A G 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=824;END=825429;VD=395;AF=0.4794;BIAS=2:2;REFBIAS=188:237;VARBIAS=184:211;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.52774;ODDRATIO=1.09919099542737;MQ=60;SN=48.375;HIAF=0.4807;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=387;HICOV=805;LSEQ=ACTCCTCAGGACACCTGCCC;RSEQ=CTCTTTCCCTGGAATAACAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:824:395:425,395:0.4794:188,237:184,211 chr7 825494 . G A 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=775;END=825494;VD=391;AF=0.5045;BIAS=2:2;REFBIAS=202:182;VARBIAS=192:199;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.35049;ODDRATIO=1.15014;MQ=60;SN=194.5;HIAF=0.5085;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=389;HICOV=765;LSEQ=TGTGATTTGTTCTGTTCATC;RSEQ=AGAGGGCTCCCAAACATCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:775:391:384,391:0.5045:202,182:192,199 chr7 825786 . T C 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=923;END=825786;VD=464;AF=0.5027;BIAS=2:2;REFBIAS=233:219;VARBIAS=253:211;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.38953;ODDRATIO=1.12686213968583;MQ=60;SN=28;HIAF=0.5006;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=448;HICOV=895;LSEQ=TTTAGAATCCTAACAACTTA;RSEQ=CAGATTTCTCCTGTTTTAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:923:464:452,464:0.5027:233,219:253,211 chr7 826102 . G A 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=547;END=826102;VD=279;AF=0.5101;BIAS=2:2;REFBIAS=107:161;VARBIAS=94:185;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.13285;ODDRATIO=1.30732;MQ=60;SN=45.5;HIAF=0.5103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=273;HICOV=535;LSEQ=TTGAAAATTTAATTAAAAAT;RSEQ=TTTGTTTTAATGATTGTGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:547:279:268,279:0.5101:107,161:94,185 chr7 826274 . G C 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=826274;VD=79;AF=0.454;BIAS=1:1;REFBIAS=1:94;VARBIAS=0:79;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.333;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=76;HICOV=171;LSEQ=TCGGGGAACACCCCTGGTAA;RSEQ=GAGGGCCCCATAGGACTCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:79:95,79:0.454:1,94:0,79 chr7 826542 . G C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=826542;VD=4;AF=0.8;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:4;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.8000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=4;HICOV=5;LSEQ=GAGGTCAGCCTGGTTGGCAG;RSEQ=TGGGGTGTCCAGGTGCAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:4:1,4:0.8:0,1:0,4 chr7 11414175 . T A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=116;END=11414175;VD=2;AF=0.0172;BIAS=2:2;REFBIAS=92:21;VARBIAS=1:1;PMEAN=55.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.34737;ODDRATIO=4.30343;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=110;LSEQ=AACATATAATTTTGATTTCC;RSEQ=TTAGTTACAAAGGTCATTGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:116:2:113,2:0.0172:92,21:1,1 chr7 11414219 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=11414219;VD=2;AF=0.0143;BIAS=2:2;REFBIAS=92:44;VARBIAS=1:1;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.54745;ODDRATIO=2.0788;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=ATTATTTATTTTCTCCATCT;RSEQ=CTCAAAATTAAAAAGACATC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:136,2:0.0143:92,44:1,1 chr7 11414252 . C TTTTCT 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=149;END=11414252;VD=8;AF=0.0537;BIAS=2:2;REFBIAS=75:66;VARBIAS=3:5;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.47907;ODDRATIO=1.8859;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0563;ADJAF=0.0134;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=1.4;HICNT=8;HICOV=142;LSEQ=AAGACATCCAGTTCCTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTCTTAACAAAGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:8:141,8:0.0537:75,66:3,5 chr7 11724901 . C CA 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=168;END=11724901;VD=3;AF=0.0179;BIAS=1:0;REFBIAS=143:5;VARBIAS=3:0;PMEAN=67.1;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0200;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=150;LSEQ=CTCAAACTATAAAAATCCTA;RSEQ=AAAAAAAAACTAGGAAGTAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:168:3:148,3:0.0179:143,5:3,0 chr7 11725406 . T C 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=11725406;VD=8;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:8;PMEAN=23.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=8;HICOV=12;LSEQ=ACTGTGGGTGGTAATGTAAA;RSEQ=TAAATTAGCCCCTGTGCAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:8:4,8:0.6667:0,4:0,8 chr7 21554149 . T TAA 40 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=4;END=21554149;VD=2;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=40;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64.8;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=15;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=TCACTTGTAAATTTTTTTTG;RSEQ=AAAAAAAAAAAAATGAAAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:2:0,2:0.5:0,0:0,2 chr7 21582968 . CGAG C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=644;END=21582971;VD=7;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=341:296;VARBIAS=4:3;PMEAN=55.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.15711277221078;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=5;MSILEN=3;NM=0.3;HICNT=7;HICOV=642;LSEQ=GCAGTGGGCGCTGTGGAGCT;RSEQ=GAGGAGGAGGAGAACGAGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:644:7:637,7:0.0109:341,296:4,3 chr7 21583282 . T G 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=321;END=21583282;VD=320;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=79:241;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=319;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=319;HICOV=319;LSEQ=AGGGGAGACAGCCCAGTCGC;RSEQ=CCCCTTTGGATTCCCGCGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:321:320:1,320:0.9969:0,1:79,241 chr7 21583396 . C T 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=21583396;VD=87;AF=0.5118;BIAS=1:1;REFBIAS=0:82;VARBIAS=0:87;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.75;HIAF=0.5092;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=83;HICOV=163;LSEQ=GCACCCACTCTGCAGTTCAG;RSEQ=AGCTGCAGGTTAGTTTCCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:170:87:82,87:0.5118:0,82:0,87 chr7 21584462 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=21584462;VD=2;AF=0.0134;BIAS=1:0;REFBIAS=146:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=146;LSEQ=AACAAAGAAAACTGTATACT;RSEQ=GCTGCATACTAGGGAAGAGC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:2:147,2:0.0134:146,1:2,0 chr7 21584838 . C T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=211;END=21584838;VD=95;AF=0.4502;BIAS=2:2;REFBIAS=35:80;VARBIAS=28:67;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04667;MQ=60;SN=46.5;HIAF=0.4581;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=93;HICOV=203;LSEQ=TGAAATTATTTAGGACAACT;RSEQ=CGATAATTAAAAAAAGAAGA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:211:95:115,95:0.4502:35,80:28,67 chr7 21584881 . ATGGGGGTGGTT TGGGGGGGGTTTAAA 51 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=131;END=21584892;VD=3;AF=0.0229;BIAS=2:0;REFBIAS=16:98;VARBIAS=0:3;PMEAN=14.3;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0275;ADJAF=0.0153;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=3;HICOV=109;LSEQ=TAGGAGGGGAAGGGAAGGGG;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:3:114,3:0.0229:16,98:0,3 chr7 21598312 . G GGAT 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=217;END=21598312;VD=204;AF=0.9401;BIAS=0:1;REFBIAS=9:0;VARBIAS=204:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=203;HIAF=0.9442;ADJAF=0.1106;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.2;HICNT=203;HICOV=215;LSEQ=TTTGTAGATTTGATATCATT;RSEQ=GATATTTATGAAATTGGACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:217:204:9,204:0.9401:9,0:204,0 chr7 21598316 . AT GA 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=221;END=21598317;VD=5;AF=0.0226;BIAS=1:0;REFBIAS=215:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=11.4;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0189;ADJAF=0.009;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=4;HICOV=212;LSEQ=TAGATTTGATATCATTGGAT;RSEQ=TTATGAAATTGGACAGTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:221:5:215,5:0.0226:215,0:5,0 chr7 21598500 . A G 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=529;END=21598500;VD=256;AF=0.4839;BIAS=2:2;REFBIAS=131:140;VARBIAS=130:126;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.60149;ODDRATIO=1.10242644059575;MQ=60;SN=20.333;HIAF=0.4803;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=244;HICOV=508;LSEQ=CAAGATATGGAATATCACAT;RSEQ=GAAGTCATGAAAAAGAAGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:529:256:271,256:0.4839:131,140:130,126 chr7 21599233 . C T 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=423;END=21599233;VD=419;AF=0.9905;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=300:119;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.231;HIAF=0.9927;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=406;HICOV=409;LSEQ=GTTTGTAGGCCACCGTCAAA;RSEQ=GAAAGGATAATACTTCATGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:423:419:0,419:0.9905:0,0:300,119 chr7 21600902 . A G 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=21600902;VD=85;AF=0.4885;BIAS=1:1;REFBIAS=1:87;VARBIAS=1:84;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03551827689759;MQ=60;SN=170;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=85;HICOV=170;LSEQ=TGTTTGTGGAGTGATTGCTC;RSEQ=TGGCTCTTCTAATGATAAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:85:88,85:0.4885:1,87:1,84 chr7 21601065 . TA T 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=34;END=21601066;VD=14;AF=0.4118;BIAS=1:1;REFBIAS=1:19;VARBIAS=0:14;PMEAN=47.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4118;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=14;HICOV=34;LSEQ=GTGAGGCCTTCATTCGGAGT;RSEQ=AAAAAAAAAAATAAGTCTGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:14:20,14:0.4118:1,19:0,14 chr7 21603429 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=21603429;VD=2;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=CTAGAAGGAATTAACATTCT;RSEQ=GTGATGAAGTTTGTAATCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:2:2,2:0.5:2,0:2,0 chr7 21603534 . T C 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=21603534;VD=23;AF=0.6053;BIAS=1:1;REFBIAS=15:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.6111;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=22;HICOV=36;LSEQ=TTCTTTAGACTCCAGGGGTA;RSEQ=TTTCCCCTTGGGTTTTCCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:38:23:15,23:0.6053:15,0:23,0 chr7 21603601 . G A 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=21603601;VD=50;AF=0.5495;BIAS=1:1;REFBIAS=41:0;VARBIAS=49:1;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100;HIAF=0.5618;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=50;HICOV=89;LSEQ=ACTAGATCAGTGCTCTCCCA;RSEQ=ATGACTCAGTTACAGATGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:91:50:41,50:0.5495:41,0:49,1 chr7 21603678 . A G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=21603678;VD=80;AF=0.4706;BIAS=1:1;REFBIAS=86:0;VARBIAS=79:1;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.48193;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.429;HIAF=0.4740;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=73;HICOV=154;LSEQ=TGTAGGATAAGTAATATAAA;RSEQ=GGAACTATGACAACATTTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:80:86,80:0.4706:86,0:79,1 chr7 21603765 . C A 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=311;END=21603765;VD=57;AF=0.1833;BIAS=2:2;REFBIAS=120:37;VARBIAS=41:16;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.59117;ODDRATIO=1.26418;MQ=60;SN=10.4;HIAF=0.1992;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=52;HICOV=261;LSEQ=ATTTAGAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AAACCAGAATCACGTTAATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:311:57:157,57:0.1833:120,37:41,16 chr7 21603886 . A G 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=552;END=21603886;VD=259;AF=0.4692;BIAS=2:2;REFBIAS=172:119;VARBIAS=149:110;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.72938;ODDRATIO=1.06692;MQ=60;SN=50.8;HIAF=0.4721;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=254;HICOV=538;LSEQ=CTCCAGGAGACGGAATTCCC;RSEQ=CAGACACGCATATTAATCGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:552:259:291,259:0.4692:172,119:149,110 chr7 21611619 . G T 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=466;END=21611619;VD=199;AF=0.427;BIAS=2:2;REFBIAS=84:183;VARBIAS=54:145;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.35607;ODDRATIO=1.23199;MQ=60;SN=98.5;HIAF=0.4301;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=197;HICOV=458;LSEQ=TGTACCTTTGCATTTTCATT;RSEQ=CATGGGATCCTATAATTTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:466:199:267,199:0.427:84,183:54,145 chr7 21621889 . C G 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=21621889;VD=14;AF=0.4375;BIAS=1:1;REFBIAS=0:18;VARBIAS=0:14;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4516;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=14;HICOV=31;LSEQ=AGTGTTTTAGCTCTCATTAT;RSEQ=TTCACAGCAAATTTGGCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:32:14:18,14:0.4375:0,18:0,14 chr7 21627909 . A G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=480;END=21627909;VD=231;AF=0.4813;BIAS=2:2;REFBIAS=93:154;VARBIAS=99:132;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.26327;ODDRATIO=1.24135705152873;MQ=60;SN=18.25;HIAF=0.4720;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=219;HICOV=464;LSEQ=CTATGTGATTATATCTAAAG;RSEQ=TTAGATATAGGCACTACATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:480:231:247,231:0.4813:93,154:99,132 chr7 21628237 . C T 329 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=524;END=21628237;VD=524;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=245:279;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=130;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=520;HICOV=520;LSEQ=CAAATGTTTTGGTCAAACTT;RSEQ=GCATCTCTCCGTTATCTGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:524:524:0,524:1:0,0:245,279 chr7 21628434 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=244;END=21628434;VD=3;AF=0.0123;BIAS=1:0;REFBIAS=6:235;VARBIAS=0:3;PMEAN=9;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=236;LSEQ=GGAATATTTCTAATGGGACT;RSEQ=TTAGAATTTCATATGCTTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:244:3:241,3:0.0123:6,235:0,3 chr7 21628477 . T C 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=21628477;VD=4;AF=0.0231;BIAS=2:0;REFBIAS=10:159;VARBIAS=0:4;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0185;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=162;LSEQ=GTTTTCTGGTCCTTTTTTTC;RSEQ=TTTTCCTTGTCCTTTCCACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:4:169,4:0.0231:10,159:0,4 chr7 21628685 . C G 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=21628685;VD=175;AF=0.9887;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=170:5;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.444;HIAF=0.9940;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=166;HICOV=167;LSEQ=TAAAGCAAAAGCAATTAATA;RSEQ=GCACATAATTTGGTCTTGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:177:175:0,175:0.9887:0,0:170,5 chr7 21630982 . A G 340 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=681;END=21630982;VD=680;AF=0.9985;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=350:330;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84;HIAF=0.9985;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=672;HICOV=673;LSEQ=TACATCGAGAGGGTGAGGGC;RSEQ=GCCACGTCCGAGTTGGAGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:681:680:0,680:0.9985:0,0:350,330 chr7 21631373 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=21631373;VD=2;AF=0.0127;BIAS=1:0;REFBIAS=1:155;VARBIAS=0:2;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=157;LSEQ=TTGCCTGCAATTTCTGTAGC;RSEQ=CTCACCACTGTCATTCCTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:2:156,2:0.0127:1,155:0,2 chr7 21639818 . T C 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=215;END=21639818;VD=214;AF=0.9953;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=20:194;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.833;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=202;HICOV=202;LSEQ=CTGAGTATGGTAGCTCATGC;RSEQ=GGGAATCCCAGAACTTTGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:215:214:0,214:0.9953:0,0:20,194 chr7 21639835 . T C 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=21639835;VD=98;AF=0.5213;BIAS=2:1;REFBIAS=5:85;VARBIAS=4:94;PMEAN=47.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.73929;ODDRATIO=1.37997;MQ=60;SN=31.667;HIAF=0.5191;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=95;HICOV=183;LSEQ=TGCTGGGAATCCCAGAACTT;RSEQ=GGGAGGCTGAGGCAAGAGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:188:98:90,98:0.5213:5,85:4,94 chr7 21640405 . A G 334 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=700;END=21640405;VD=694;AF=0.9914;BIAS=0:2;REFBIAS=0:2;VARBIAS=398:296;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.18297;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.692;HIAF=0.9955;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=668;HICOV=671;LSEQ=GAAACACCCTGGAGACCCAC;RSEQ=CTTACCTCTGGGTGGATGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:700:694:2,694:0.9914:0,2:398,296 chr7 21641218 . G A 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=472;END=21641218;VD=469;AF=0.9936;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=140:329;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.077;HIAF=0.9978;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=456;HICOV=457;LSEQ=GGCCAGAAGATGCCTGAGCA;RSEQ=GTCTATATTCAGCTAGAGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:472:469:0,469:0.9936:0,0:140,329 chr7 21645780 . C A 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=21645780;VD=12;AF=0.4615;BIAS=1:0;REFBIAS=14:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=0.4400;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=11;HICOV=25;LSEQ=GCTGAAACCCTGTCCTACAA;RSEQ=AAATACAAAAATTATCTGGG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:26:12:14,12:0.4615:14,0:12,0 chr7 21646231 . C CA 79 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=257;END=21646231;VD=6;AF=0.0233;BIAS=2:0;REFBIAS=138:99;VARBIAS=0:6;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=0.00599;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=0.0260;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=5;HICOV=192;LSEQ=TGAAGTATTTGTTTGAAATT;RSEQ=ACTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:257:6:237,6:0.0233:138,99:0,6 chr7 21646233 . C CT 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=254;END=21646233;VD=75;AF=0.2953;BIAS=2:2;REFBIAS=60:33;VARBIAS=36:39;PMEAN=45.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.04136;ODDRATIO=1.9616;MQ=60.4;SN=17.5;HIAF=0.3825;ADJAF=0;SHIFT3=20;MSI=21;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=70;HICOV=183;LSEQ=AAGTATTTGTTTGAAATTCA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:75:93,75:0.2953:60,33:36,39 chr7 21654602 . C T 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=21654602;VD=237;AF=0.9916;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=235:2;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.625;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=229;HICOV=229;LSEQ=CTACATTTTGCCAGTAATTA;RSEQ=GCTGCAGATTTATTTTTATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:239:237:0,237:0.9916:0,0:235,2 chr7 21657044 . C T 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=119;END=21657044;VD=60;AF=0.5042;BIAS=1:1;REFBIAS=59:0;VARBIAS=59:1;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29;HIAF=0.5179;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=58;HICOV=112;LSEQ=GTGTATACAAGTGGCTTGTA;RSEQ=GGAGTGGGCTTGTAATGTAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:119:60:59,60:0.5042:59,0:59,1 chr7 21657130 . C G 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=253;END=21657130;VD=251;AF=0.9921;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=233:18;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.0754;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.375;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=243;HICOV=243;LSEQ=TAGGAGTTCAAATGCTTTCA;RSEQ=TCTTTTCTAATCCAGGAGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:253:251:1,251:0.9921:0,1:233,18 chr7 21657706 . T G 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=21657706;VD=32;AF=0.9697;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:32;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=31;HICOV=31;LSEQ=AATCAGGGTGGCCCTATTAC;RSEQ=CATCTCTCCTCATTCTTTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:33:32:0,32:0.9697:0,0:0,32 chr7 21658537 . C T 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=157;END=21658537;VD=82;AF=0.5223;BIAS=1:1;REFBIAS=75:0;VARBIAS=82:0;PMEAN=44.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=81;HIAF=0.5192;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=81;HICOV=156;LSEQ=CCCTTGCTTCCGGCAGGTGA;RSEQ=GCCTCAGGAATTGTGAGTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:157:82:75,82:0.5223:75,0:82,0 chr7 21658855 . A G 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=484;END=21658855;VD=484;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=173:311;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=95.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=479;HICOV=479;LSEQ=GAGAAGGTAGTGTCCTCGGG;RSEQ=CTGGGTCATTTCTACTTGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:484:484:0,484:1:0,0:173,311 chr7 21658964 . C T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=21658964;VD=266;AF=0.9925;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=18:248;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.182;HIAF=0.9922;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=255;HICOV=257;LSEQ=GATGAGTCCCAGTTTGTTCC;RSEQ=TGCTGTTCATTAGGTGTGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:268:266:0,266:0.9925:0,0:18,248 chr7 21659094 . A G 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=21659094;VD=95;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:95;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=92;HICOV=92;LSEQ=TATCCTTTATTTTGTAGCCA;RSEQ=CACCACTCTGAGTGCTTTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:95:95:0,95:1:0,0:0,95 chr7 21659223 . A T 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=21659223;VD=9;AF=0.5294;BIAS=2:2;REFBIAS=2:6;VARBIAS=3:6;PMEAN=25.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.46472931802203;MQ=60;SN=18;HIAF=0.5294;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=9;HICOV=17;LSEQ=TACCCAGATTCACACAGAAG;RSEQ=CTGAGATTCATTCACATTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:17:9:8,9:0.5294:2,6:3,6 chr7 21659554 . A ATTAAT 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=364;END=21659554;VD=354;AF=0.9725;BIAS=2:2;REFBIAS=7:1;VARBIAS=279:75;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.87895;MQ=60;SN=708;HIAF=0.9916;ADJAF=0.1538;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=354;HICOV=357;LSEQ=ATTAAATTTTGTGCACATTA;RSEQ=TTATATTGTTGATTACTAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:364:354:8,354:0.9725:7,1:279,75 chr7 21659645 . T C 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=441;END=21659645;VD=203;AF=0.4603;BIAS=2:2;REFBIAS=113:125;VARBIAS=98:105;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.92385;ODDRATIO=1.03238594716249;MQ=60;SN=49.75;HIAF=0.4564;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=199;HICOV=436;LSEQ=GTTCACTATCGAACAGGCAT;RSEQ=CCATTACTAAAGTCTGATGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:441:203:238,203:0.4603:113,125:98,105 chr7 21675224 . G C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=21675224;VD=17;AF=0.4048;BIAS=1:1;REFBIAS=24:1;VARBIAS=17:0;PMEAN=43.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.4146;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=17;HICOV=41;LSEQ=TTCTGCCTGCAATAGATGCA;RSEQ=GGCCTTCTTGAGAAAGACAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:17:25,17:0.4048:24,1:17,0 chr7 21675246 . TGAG T 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=57;END=21675249;VD=56;AF=0.9825;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=55:1;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=112;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1754;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=56;HICOV=56;LSEQ=GCCTTCTTGAGAAAGACATA;RSEQ=GAGATAACAGTTGCATATAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:57:56:0,56:0.9825:0,0:55,1 chr7 21676855 . C G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=21676855;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=CCTTTCTCTCTCCTTCTCCT;RSEQ=CCCCTCTGCCCCCACCTCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chr7 21676958 . A T 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=21676958;VD=10;AF=0.4545;BIAS=0:0;REFBIAS=12:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=10;HICOV=22;LSEQ=CCTTTATTCTTTTTCGTTTG;RSEQ=TTTAGAAGAGAAAAATTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:10:12,10:0.4545:12,0:10,0 chr7 21676978 . G T 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=21676978;VD=17;AF=0.5312;BIAS=1:1;REFBIAS=15:0;VARBIAS=17:0;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.5312;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.1;HICNT=17;HICOV=32;LSEQ=ATTTAGAAGAGAAAAATTCT;RSEQ=TGTGGGCCTAAAGTGGTGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:32:17:15,17:0.5312:15,0:17,0 chr7 21677065 . A T 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=21677065;VD=44;AF=0.4783;BIAS=1:1;REFBIAS=47:1;VARBIAS=44:0;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43;HIAF=0.4778;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=43;HICOV=90;LSEQ=GCTTTTGATCTTCATCTAAG;RSEQ=GTTGAAAAGCAAAAGTAAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:92:44:48,44:0.4783:47,1:44,0 chr7 21677148 . AT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=160;END=21677149;VD=3;AF=0.0187;BIAS=2:2;REFBIAS=136:21;VARBIAS=2:1;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.36032;ODDRATIO=3.20396;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0189;ADJAF=0.0063;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=159;LSEQ=CTCTTCATTCTTTGTTCTTC;RSEQ=TTTTTTAATTCTTGAAATGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:3:157,3:0.0187:136,21:2,1 chr7 21677214 . T C 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=21677214;VD=137;AF=0.5112;BIAS=2:2;REFBIAS=93:38;VARBIAS=99:38;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.89232;ODDRATIO=1.06424869363473;MQ=60;SN=44.667;HIAF=0.5115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=134;HICOV=262;LSEQ=TAATATCCACGGCCCCGTAT;RSEQ=GTACTTTCATGCAGGAGTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:268:137:131,137:0.5112:93,38:99,38 chr7 21677467 . C T 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=21677467;VD=85;AF=0.528;BIAS=1:1;REFBIAS=0:75;VARBIAS=0:85;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84;HIAF=0.5350;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=84;HICOV=157;LSEQ=TTATAATTATCTAGTTGTCT;RSEQ=GTACATATGACATGGAACAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:161:85:75,85:0.528:0,75:0,85 chr7 21677559 . T G 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=21677559;VD=30;AF=0.4348;BIAS=1:1;REFBIAS=0:39;VARBIAS=0:30;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=0.4348;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=30;HICOV=69;LSEQ=GAGTATTATACTAGTAAAAT;RSEQ=AGAGTATCTTATTATCAAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:69:30:39,30:0.4348:0,39:0,30 chr7 21678309 . GGTGTGT G 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=78;END=21678315;VD=28;AF=0.359;BIAS=1:1;REFBIAS=41:0;VARBIAS=28:0;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=56;HIAF=0.3784;ADJAF=0.0513;SHIFT3=36;MSI=21;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=28;HICOV=74;LSEQ=TATTTAGCCACAGCTAATGG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:78:28:41,28:0.359:41,0:28,0 chr7 21679040 . C T 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=21679040;VD=7;AF=0.35;BIAS=1:0;REFBIAS=0:13;VARBIAS=0:7;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.3158;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=6;HICOV=19;LSEQ=GGAGAAAGGGTCACTTGGAA;RSEQ=AAGATCATAGCTGGTACCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:20:7:13,7:0.35:0,13:0,7 chr7 21695280 . G C 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=21695280;VD=56;AF=0.487;BIAS=1:1;REFBIAS=59:0;VARBIAS=56:0;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=112;HIAF=0.4956;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=56;HICOV=113;LSEQ=ACTGGCCACTTCACCACCAA;RSEQ=ATCCTTTCAAGCTCTCATAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:56:59,56:0.487:59,0:56,0 chr7 21695649 . G A 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=412;END=21695649;VD=412;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=95:317;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=205;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=410;HICOV=410;LSEQ=TAGGGGAGTATTTTCAGCAT;RSEQ=CTCTTAGAAGGTTGAGTTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:412:412:0,412:1:0,0:95,317 chr7 21698319 . G T 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=200;END=21698319;VD=97;AF=0.485;BIAS=1:1;REFBIAS=103:0;VARBIAS=97:0;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.333;HIAF=0.4796;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=94;HICOV=196;LSEQ=GTTTAAAATGAATCCACCTG;RSEQ=GGCATTACCCTCTGCGTGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:200:97:103,97:0.485:103,0:97,0 chr7 21698780 . A C 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=21698780;VD=92;AF=0.5027;BIAS=1:1;REFBIAS=0:91;VARBIAS=1:91;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.667;HIAF=0.4972;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=89;HICOV=179;LSEQ=TATGCTGGGAAGATTTTAGC;RSEQ=ATCAGTTGTTAAATCATTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:183:92:91,92:0.5027:0,91:1,91 chr7 21721044 . C CA 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=211;END=21721044;VD=13;AF=0.0616;BIAS=1:1;REFBIAS=170:2;VARBIAS=13:0;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=26;HIAF=0.0703;ADJAF=0.0142;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=13;HICOV=185;LSEQ=GACAGAGTGAGACTCCATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAGAAATTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:211:13:172,13:0.0616:170,2:13,0 chr7 21730311 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=21730311;VD=2;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=148:16;VARBIAS=1:1;PMEAN=8.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.19489;ODDRATIO=9.00409;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=163;LSEQ=AATAATTTGCATTTTGCAGT;RSEQ=GTTTGCATTTGTCAATGTGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:164,2:0.012:148,16:1,1 chr7 21730575 . G A 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=21730575;VD=89;AF=0.4863;BIAS=2:2;REFBIAS=21:73;VARBIAS=14:75;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.2669;ODDRATIO=1.53746;MQ=60;SN=178;HIAF=0.4890;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=89;HICOV=182;LSEQ=TTGGTTTGCACTGTTAAGTG;RSEQ=TTTGCTTTTACTTGAAAATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:89:94,89:0.4863:21,73:14,75 chr7 21730647 . T G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=21730647;VD=69;AF=0.5036;BIAS=1:1;REFBIAS=0:68;VARBIAS=0:69;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.5038;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=66;HICOV=131;LSEQ=CTCCTTTTATAGACAGAACT;RSEQ=TCACCATGATAAATTAACCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:137:69:68,69:0.5036:0,68:0,69 chr7 21730667 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=21730667;VD=2;AF=0.0163;BIAS=1:0;REFBIAS=0:121;VARBIAS=0:2;PMEAN=60;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=120;LSEQ=TTCACCATGATAAATTAACC;RSEQ=TTTTGAATTATAAAACCAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:123:2:121,2:0.0163:0,121:0,2 chr7 21730796 . C T 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=21730796;VD=11;AF=0.5238;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:11;PMEAN=23.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.5;SN=22;HIAF=0.9167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=13;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=11;HICOV=12;LSEQ=TCTTTCATAATTTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTAACAGTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:21:11:0,11:0.5238:0,0:0,11 chr7 21737646 . T C 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=358;END=21737646;VD=188;AF=0.5251;BIAS=2:2;REFBIAS=138:32;VARBIAS=143:45;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.24937;ODDRATIO=1.35592;MQ=60;SN=93;HIAF=0.5239;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=186;HICOV=355;LSEQ=TGATTTCAGCAATTTGTACT;RSEQ=ATCACCTTGTCACATTTTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:358:188:170,188:0.5251:138,32:143,45 chr7 21737768 . G A 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=544;END=21737768;VD=293;AF=0.5386;BIAS=2:2;REFBIAS=132:117;VARBIAS=145:148;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.43828;ODDRATIO=1.15124;MQ=60;SN=47.833;HIAF=0.5415;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=287;HICOV=530;LSEQ=GCTGAAGGTTTTGTGGATGC;RSEQ=CGTGCATTAGCCCGAAAGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:544:293:249,293:0.5386:132,117:145,148 chr7 21742123 . CA C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=58;END=21742124;VD=4;AF=0.069;BIAS=1:0;REFBIAS=53:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=46.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0714;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=4;HICOV=56;LSEQ=AAGAGACTTGCTGACAGAGG;RSEQ=AAAAAAAAAAGGTGAAAGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:4:53,4:0.069:53,0:4,0 chr7 21742151 . C T 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=87;END=21742151;VD=45;AF=0.5172;BIAS=1:1;REFBIAS=42:0;VARBIAS=45:0;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.5116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=44;HICOV=86;LSEQ=AAAAGGTGAAAGAAACAGGA;RSEQ=GACACTACAGGGACATGATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:87:45:42,45:0.5172:42,0:45,0 chr7 21742285 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=263;END=21742285;VD=3;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=196:64;VARBIAS=2:1;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.5749;ODDRATIO=1.52852;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0081;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=247;LSEQ=TCTGGAATGAGAATCTTCTT;RSEQ=CCTCATACAATTTTTGAGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:263:3:260,3:0.0114:196,64:2,1 chr7 21742484 . A G 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=252;END=21742484;VD=128;AF=0.5079;BIAS=2:2;REFBIAS=35:89;VARBIAS=18:110;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.00821;ODDRATIO=2.39489;MQ=60;SN=41.667;HIAF=0.5040;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=125;HICOV=248;LSEQ=TGCTTCACAGACATGAAAGT;RSEQ=TATGCCTGGATGGTGGGGCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:252:128:124,128:0.5079:35,89:18,110 chr7 21744039 . T G 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=452;END=21744039;VD=443;AF=0.9801;BIAS=0:2;REFBIAS=3:0;VARBIAS=341:102;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.261;HIAF=0.9882;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=420;HICOV=425;LSEQ=ATTGGCTTTTTTATAAAATG;RSEQ=TTTTTTTTCTAGGTACTCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:452:443:3,443:0.9801:3,0:341,102 chr7 21744768 . A G 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=21744768;VD=17;AF=0.6071;BIAS=0:1;REFBIAS=11:0;VARBIAS=17:0;PMEAN=25.2;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.5;HIAF=0.5769;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=15;HICOV=26;LSEQ=ATAAATCATTAGTTGTAGAT;RSEQ=GTGATTGGCTATGTACAGTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:28:17:11,17:0.6071:11,0:17,0 chr7 21744955 . A G 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=21744955;VD=87;AF=0.4603;BIAS=1:1;REFBIAS=102:0;VARBIAS=87:0;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.75;HIAF=0.4486;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=83;HICOV=185;LSEQ=TCTATTTTAACTTTCTCTGA;RSEQ=CATACTGTTGTCAGTGGGGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:87:102,87:0.4603:102,0:87,0 chr7 21744991 . G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=244;END=21744991;VD=3;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=208:33;VARBIAS=1:2;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.05474;ODDRATIO=12.37971;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=3;HICOV=237;LSEQ=GGGGGCTGGCTTGGGTGTAA;RSEQ=GAAAGAAGAATTGGGCAAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:244:3:241,3:0.0123:208,33:1,2 chr7 21745061 . A G 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=407;END=21745061;VD=404;AF=0.9926;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=273:131;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.4;HIAF=0.9975;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=394;HICOV=395;LSEQ=CTTAAAGGAAACCAGCAACC;RSEQ=GCTGTTTGCTCTGCAGGTTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:407:404:1,404:0.9926:1,0:273,131 chr7 21745343 . CG C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=128;END=21745344;VD=2;AF=0.0156;BIAS=1:0;REFBIAS=0:126;VARBIAS=0:2;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0157;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=127;LSEQ=TTTCCTTTATATTGGGTCAG;RSEQ=GGGGGAGAACAAGAAACAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:128:2:126,2:0.0156:0,126:0,2 chr7 21747481 . AT A 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=511;END=21747482;VD=13;AF=0.0254;BIAS=2:2;REFBIAS=128:369;VARBIAS=3:10;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.15596;MQ=60;SN=26;HIAF=0.0263;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=13;HICOV=494;LSEQ=TTCCCCTTTAGAAGTGCTCA;RSEQ=TTTTTTTTTCTATCCAGAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:511:13:497,13:0.0254:128,369:3,10 chr7 21747630 . A G 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=21747630;VD=158;AF=0.9937;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:158;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=316;HIAF=0.9937;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=158;HICOV=159;LSEQ=TTAAGACTAGATTTGAATAA;RSEQ=TACTTGATTTGCATTCAGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:159:158:0,158:0.9937:0,0:0,158 chr7 21747884 . A G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=21747884;VD=5;AF=0.8333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:5;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.8333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=5;HICOV=6;LSEQ=CCCTTTGTGACAATCTGTTA;RSEQ=GATTTCCTGTTACAGTAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:5:1,5:0.8333:0,1:0,5 chr7 21750942 . A G 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=21750942;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.6;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=CAACTGAGACACTGTTCATC;RSEQ=TAAAATACAGGTTTGGGATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:7,0 chr7 21751616 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=21751616;VD=2;AF=0.0111;BIAS=1:0;REFBIAS=1:177;VARBIAS=0:2;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=CTGGAAGGATTTTATCTTCC;RSEQ=AAAGTGACACTCTTTATCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:2:178,2:0.0111:1,177:0,2 chr7 21757287 . T C 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=271;END=21757287;VD=267;AF=0.9852;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=239:28;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.5;HIAF=0.9886;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=261;HICOV=264;LSEQ=CGAACTCACTAAACGTGTCC;RSEQ=TGAAGTGTTGCACCAAGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:271:267:1,267:0.9852:1,0:239,28 chr7 21757578 . T C 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=415;END=21757578;VD=204;AF=0.4916;BIAS=2:2;REFBIAS=78:130;VARBIAS=80:124;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.76145;ODDRATIO=1.07507229861208;MQ=60;SN=39.8;HIAF=0.4877;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=199;HICOV=408;LSEQ=ACGCCATTTAACGTTCTAGT;RSEQ=CTGATGCGGTAGTGTTTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:415:204:208,204:0.4916:78,130:80,124 chr7 21757636 . G A 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=285;END=21757636;VD=148;AF=0.5193;BIAS=2:2;REFBIAS=30:105;VARBIAS=31:117;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.88507;ODDRATIO=1.07805;MQ=60;SN=23.667;HIAF=0.5182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=142;HICOV=274;LSEQ=ATCTTGCCTTGCCCAAGAAA;RSEQ=TGAGAAGATTTCTGGAATTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:285:148:135,148:0.5193:30,105:31,117 chr7 21757693 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=21757693;VD=3;AF=0.0147;BIAS=1:0;REFBIAS=0:200;VARBIAS=0:3;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=192;LSEQ=CTCTTGCCCCCGCCCCCGTC;RSEQ=CCCATGTTCCCTGGATCTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:204:3:200,3:0.0147:0,200:0,3 chr7 21757807 . A TTTT 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=83;END=21757807;VD=31;AF=0.3735;BIAS=1:1;REFBIAS=1:42;VARBIAS=0:31;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=0.3924;ADJAF=0.1687;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=2.2;HICNT=31;HICOV=79;LSEQ=GTTAGAACCATGTTTTACTG;RSEQ=TTTTTTTTTAGTATCCCCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:83:31:43,31:0.3735:1,42:0,31 chr7 21757818 . G A 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=61;END=21757818;VD=30;AF=0.4918;BIAS=1:1;REFBIAS=1:30;VARBIAS=0:30;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4912;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=28;HICOV=57;LSEQ=GTTTTACTGATTTTTTTTTA;RSEQ=TATCCCCAGATAGCTCTTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:61:30:31,30:0.4918:1,30:0,30 chr7 21760046 . CT C 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=24;END=21760047;VD=15;AF=0.625;BIAS=0:1;REFBIAS=8:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.6250;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=15;HICOV=24;LSEQ=TAAAAAAGTGAATATGTACC;RSEQ=TTTTTTTTTTTGCTTATGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:24:15:8,15:0.625:8,0:15,0 chr7 21760150 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=21760150;VD=3;AF=0.0217;BIAS=1:0;REFBIAS=133:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0156;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=128;LSEQ=TTTATTACCTAGATCATTTT;RSEQ=GTTGAAAGTGACAAGTTTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:3:135,3:0.0217:133,2:3,0 chr7 21760190 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=21760190;VD=3;AF=0.0164;BIAS=1:0;REFBIAS=178:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=53.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=177;LSEQ=CTACTGTTAACTTAGACACC;RSEQ=AAGGTGGTAATTTTTGTCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:3:180,3:0.0164:178,2:3,0 chr7 21765092 . C G 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=21765092;VD=9;AF=0.6923;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.6923;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=9;HICOV=13;LSEQ=GTATTTAAATCAAATAATGT;RSEQ=ATTAATTTTTAAAAAGTACG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:9:4,9:0.6923:4,0:9,0 chr7 21765112 . G T 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=21765112;VD=18;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=18:0;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=18;HICOV=18;LSEQ=CATTAATTTTTAAAAAGTAC;RSEQ=CCATTCTTATTTTTCCCATT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:18:18:0,18:1:0,0:18,0 chr7 21765264 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=21765264;VD=3;AF=0.0176;BIAS=1:0;REFBIAS=165:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=48.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=GTAATCTGGCGTTCACCTAA;RSEQ=TTTACCTTGCTTTTTAAGTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:3:167,3:0.0176:165,2:3,0 chr7 21765403 . A G 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=435;END=21765403;VD=223;AF=0.5126;BIAS=2:2;REFBIAS=181:28;VARBIAS=157:66;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=4e-05;ODDRATIO=2.71126;MQ=60;SN=54.75;HIAF=0.5129;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=219;HICOV=427;LSEQ=TTAATTACTTTGAGTCTGCA;RSEQ=TAAGGATTTCTTTTGTTCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:435:223:209,223:0.5126:181,28:157,66 chr7 21765452 . C T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=517;END=21765452;VD=257;AF=0.4971;BIAS=2:2;REFBIAS=155:103;VARBIAS=194:63;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.00023;ODDRATIO=2.04344361117355;MQ=60;SN=41.833;HIAF=0.4980;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=251;HICOV=504;LSEQ=TCTGATTATCAAGCTGACTT;RSEQ=AGTCGGTGGTGGCAGAAAGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:517:257:258,257:0.4971:155,103:194,63 chr7 21765636 . T C 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=430;END=21765636;VD=427;AF=0.993;BIAS=0:2;REFBIAS=0:2;VARBIAS=108:319;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.35;HIAF=0.9951;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=407;HICOV=409;LSEQ=ACATAGCAATTGTATTAGTC;RSEQ=GTTTTCATATTGCTATAAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:430:427:2,427:0.993:0,2:108,319 chr7 21765827 . G A 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=119;END=21765827;VD=65;AF=0.5462;BIAS=1:1;REFBIAS=0:53;VARBIAS=1:64;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6.222;HIAF=0.5091;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=56;HICOV=110;LSEQ=GCCAAAGGGGAAACAAGAGA;RSEQ=AGTGAGGGGGGAGGTGCTGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:119:65:53,65:0.5462:0,53:1,64 chr7 21765909 . T C 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=21765909;VD=22;AF=0.5789;BIAS=1:1;REFBIAS=0:15;VARBIAS=1:21;PMEAN=28.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.6111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=22;HICOV=36;LSEQ=TCATTAGAATAGTACCAAGA;RSEQ=GGATGGTGCTAAACCATTTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:38:22:15,22:0.5789:0,15:1,21 chr7 21765979 . A G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=21765979;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:3;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=CCACACCAGGCCCCACCTGC;RSEQ=ACATTGTGGATTACAATTCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:4,3:0.4286:0,4:0,3 chr7 21774967 . C T 138 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=21774967;VD=16;AF=0.5333;BIAS=1:1;REFBIAS=13:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.5172;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=15;HICOV=29;LSEQ=AGGTATTTTGGAATTAGGAG;RSEQ=CTTGGGGGCTAGTACTTAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:30:16:13,16:0.5333:13,0:16,0 chr7 21775153 . A C 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=21775153;VD=197;AF=0.9949;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=193:4;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=194;HICOV=194;LSEQ=GAATTATTTGGATTTCAATT;RSEQ=TAAAGTGACTGTGTTGAGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:198:197:0,197:0.9949:0,0:193,4 chr7 21775210 . A G 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=358;END=21775210;VD=175;AF=0.4888;BIAS=2:2;REFBIAS=149:33;VARBIAS=142:33;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.8921;ODDRATIO=1.04918;MQ=60;SN=174;HIAF=0.4943;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.7;HICNT=174;HICOV=352;LSEQ=AATGCCTCTCTCTCGCACGC;RSEQ=CTCTCTCTCTCTTTCTGATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:358:175:182,175:0.4888:149,33:142,33 chr7 21775443 . G A 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=564;END=21775443;VD=307;AF=0.5443;BIAS=2:2;REFBIAS=101:155;VARBIAS=113:194;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.54228;ODDRATIO=1.11847;MQ=60;SN=152.5;HIAF=0.5486;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=305;HICOV=556;LSEQ=GTGCCTTTCAACTACTACAC;RSEQ=ACATCCACAGCTCTGCAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:564:307:256,307:0.5443:101,155:113,194 chr7 21775521 . A T 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=394;END=21775521;VD=181;AF=0.4594;BIAS=2:2;REFBIAS=41:172;VARBIAS=34:147;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03054;MQ=60;SN=35.2;HIAF=0.4536;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=176;HICOV=388;LSEQ=AAAATCATCAAGGCGGGCAC;RSEQ=TGCAGCCCAAAAGACTAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:394:181:213,181:0.4594:41,172:34,147 chr7 21777922 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=21777922;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.33333;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=GACTTTCCTGAGCTGTTCTC;RSEQ=GACTCTTCCGCAGAGATGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:3:2:1,2:0.6667:0,1:2,0 chr7 21778175 . C T 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=21778175;VD=140;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=140:0;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=139;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=139;HICOV=139;LSEQ=GGAGGGGCCAGAGACACATC;RSEQ=CGGGTCTCTTAACCTATGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:140:140:0,140:1:0,0:140,0 chr7 21778197 . G A 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=21778197;VD=165;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=165:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=160;HICOV=160;LSEQ=GGGTCTCTTAACCTATGAAG;RSEQ=GGCGATACCTGAAACCACAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:165:165:0,165:1:0,0:165,0 chr7 21778599 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=242;END=21778599;VD=3;AF=0.0124;BIAS=2:0;REFBIAS=14:225;VARBIAS=0:3;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=235;LSEQ=ATGGATGAATTATTATGGAT;RSEQ=AATTCAAGTGCAATTATCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:242:3:239,3:0.0124:14,225:0,3 chr7 21778678 . G A 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=144;END=21778678;VD=144;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:144;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=143;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=143;HICOV=143;LSEQ=ATCTCTTTTCATCATATTAA;RSEQ=TGTAATAGTTTCCCTTTGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:144:144:0,144:1:0,0:0,144 chr7 21778692 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=21778692;VD=2;AF=0.0155;BIAS=1:0;REFBIAS=0:127;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=TATTAAGTGTAATAGTTTCC;RSEQ=TTTGTATCTTTGGAAGATTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:127,2:0.0155:0,127:0,2 chr7 21778716 . T A 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=21778716;VD=40;AF=0.4301;BIAS=1:1;REFBIAS=0:53;VARBIAS=0:40;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80;HIAF=0.4301;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=5;NM=2.8;HICNT=40;HICOV=93;LSEQ=GTATCTTTGGAAGATTGGAT;RSEQ=GAAAAGTGTCTCAGAAATGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:40:53,40:0.4301:0,53:0,40 chr7 21778746 . C G 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=68;END=21778746;VD=68;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:66;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=67;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=67;HICOV=67;LSEQ=CTCAGAAATGTTAAGACTGT;RSEQ=CGGAAATCATGTCCTCTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:68:68:0,68:1:0,0:2,66 chr7 21778845 . G T 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=21778845;VD=19;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:12;PMEAN=29.3;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=18;HICOV=18;LSEQ=ATGTTTGGGCACTGTAGTCT;RSEQ=CAATCCCTGACAATTAACTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:19:19:0,19:1:0,0:7,12 chr7 21778887 . C A 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=21778887;VD=8;AF=0.4706;BIAS=2:2;REFBIAS=6:3;VARBIAS=7:1;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.57647;ODDRATIO=3.25775345321866;MQ=60;SN=16;HIAF=0.4706;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=8;HICOV=17;LSEQ=AGGGACAGCCCCCAGCACAT;RSEQ=CATGGAGTCTTGCTATGGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:17:8:9,8:0.4706:6,3:7,1 chr7 21778966 . C A 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=21778966;VD=36;AF=0.6429;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=35:1;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17;HIAF=0.6296;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=34;HICOV=54;LSEQ=GCAGTAATAGTTTACATTGA;RSEQ=GCAGCTCCAGATCTTGATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:56:36:19,36:0.6429:19,0:35,1 chr7 21779084 . G A 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=21779084;VD=136;AF=0.9927;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=136:0;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=135;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=135;HICOV=135;LSEQ=CAACCTCACAGAGTGATTAT;RSEQ=AAGATAAGGAGGTAATCTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:137:136:0,136:0.9927:0,0:136,0 chr7 21779104 . C T 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=21779104;VD=168;AF=0.9941;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=156:12;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.07692;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=164;HICOV=164;LSEQ=GAAGATAAGGAGGTAATCTG;RSEQ=GATGAAGACCTTTATGAACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:169:168:1,168:0.9941:0,1:156,12 chr7 21779665 . G A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=21779665;VD=6;AF=0.8571;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:6;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=ATTCCTTCTTTGTATTATAC;RSEQ=TTCCAGGGGCTTTTGACAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:6:0,6:0.8571:0,0:0,6 chr7 21781991 . G A 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=21781991;VD=80;AF=0.5229;BIAS=1:1;REFBIAS=0:72;VARBIAS=0:80;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=0.5170;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=76;HICOV=147;LSEQ=GGCCTCAGGAGCTGACAATC;RSEQ=TGGTAGAAGGTGATGGGGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:153:80:72,80:0.5229:0,72:0,80 chr7 21783699 . TA T 83 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=9;END=21783700;VD=5;AF=0.5556;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5556;ADJAF=0.1111;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=5;HICOV=9;LSEQ=GATATCAAGTGATTTTATAG;RSEQ=AAAAAAATATGATTCTGTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:5:4,5:0.5556:4,0:5,0 chr7 21784432 . A C 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=513;END=21784432;VD=240;AF=0.4678;BIAS=2:2;REFBIAS=163:109;VARBIAS=138:102;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.59037;ODDRATIO=1.10509;MQ=60;SN=480;HIAF=0.4743;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=240;HICOV=506;LSEQ=TGCTAGGCCATGCTGCCTGC;RSEQ=GCTGGACCTCTATGGATGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:513:240:272,240:0.4678:163,109:138,102 chr7 21787780 . CACTAT C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=3;END=21787785;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=23.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=AAAACTGGAATTTAGTCTCT;RSEQ=ACTATTTATCTAAAGAATAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chr7 21804843 . C CTG 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=132;END=21804843;VD=68;AF=0.5152;BIAS=1:1;REFBIAS=63:0;VARBIAS=68:0;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.7;SN=136;HIAF=0.5231;ADJAF=0.053;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.6;HICNT=68;HICOV=130;LSEQ=GAAAGTACACAGCAGTGTTT;RSEQ=TGTGTCCAGTGGAGCAGCCT;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:132:68:63,68:0.5152:63,0:68,0 chr7 21804852 . G A 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=143;END=21804852;VD=71;AF=0.4965;BIAS=1:1;REFBIAS=71:0;VARBIAS=71:0;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.667;HIAF=0.5191;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=68;HICOV=131;LSEQ=CAGCAGTGTTTCTGTGTCCA;RSEQ=TGGAGCAGCCTCTTTGGACA;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:143:71:71,71:0.4965:71,0:71,0 chr7 21805227 . GTCACACACACACA AT 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=380;END=21805240;VD=147;AF=0.3868;BIAS=2:2;REFBIAS=79:124;VARBIAS=58:89;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02284001759285;MQ=60;SN=9.5;HIAF=0.3715;ADJAF=0.2211;SHIFT3=0;MSI=24;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=133;HICOV=358;LSEQ=GGTATGCCGTGTCAGCCTGC;RSEQ=CACACACACACACACACACA;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:380:147:203,147:0.3868:79,124:58,89 chr7 21805228 . TCACACACACACACACACA T 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=372;END=21805246;VD=139;AF=0.3737;BIAS=2:2;REFBIAS=49:31;VARBIAS=40:99;PMEAN=47.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=3.88557;MQ=59.9;SN=278;HIAF=0.5036;ADJAF=0.1022;SHIFT3=31;MSI=24;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=139;HICOV=276;LSEQ=GTATGCCGTGTCAGCCTGCG;RSEQ=CACACACACACACACACACA;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:372:139:80,139:0.3737:49,31:40,99 chr7 21805388 . A G 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=21805388;VD=89;AF=0.4709;BIAS=1:1;REFBIAS=0:100;VARBIAS=1:88;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.4709;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=178;HIAF=0.4734;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=89;HICOV=188;LSEQ=TAGTTTACATTCTAAGGAAT;RSEQ=TGATGGCTGACCTTTTTTCC;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:89:100,89:0.4709:0,100:1,88 chr7 21805419 . C G 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=21805419;VD=81;AF=0.5364;BIAS=1:1;REFBIAS=1:69;VARBIAS=0:81;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.46358;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.5;HIAF=0.5302;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=79;HICOV=149;LSEQ=CCTTTTTTCCACCATACATA;RSEQ=TGAGGAGGATGTGCACACGT;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:151:81:70,81:0.5364:1,69:0,81 chr7 21813275 . A AT 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=159;END=21813275;VD=3;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=147:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=21.8;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0199;ADJAF=0.0063;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=3;HICOV=151;LSEQ=TTTTCGTAGGTTATACTATC;RSEQ=TTTTTTTTTCTGACTTTTAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:3:148,3:0.0189:147,1:3,0 chr7 21813318 . A AT 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=246;END=21813318;VD=119;AF=0.4837;BIAS=2:2;REFBIAS=113:11;VARBIAS=111:7;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.46602;ODDRATIO=1.54087953403803;MQ=60.2;SN=58.5;HIAF=0.5000;ADJAF=0.0732;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=117;HICOV=234;LSEQ=AAAAAATGATCATTTACTTG;RSEQ=TTTTTTTTAAGTTGTATTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:246:119:124,119:0.4837:113,11:111,7 chr7 21818323 . T C 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=50;END=21818323;VD=50;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=50:0;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=49;HICOV=49;LSEQ=GGAAGAGCAACTTCCCTACT;RSEQ=AACCTGTTAGTGCTGACAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:50:50:0,50:1:0,0:50,0 chr7 21818486 . A G 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=327;END=21818486;VD=326;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=292:34;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.733;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=311;HICOV=311;LSEQ=TGCAAGATACAAATTGTTAG;RSEQ=GATCCCTGAATTCATTCCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:327:326:0,326:0.9969:0,0:292,34 chr7 21818850 . A G 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=228;END=21818850;VD=113;AF=0.4956;BIAS=1:2;REFBIAS=3:112;VARBIAS=10:103;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.04902;ODDRATIO=3.60581256986262;MQ=60;SN=55.5;HIAF=0.4955;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=111;HICOV=224;LSEQ=AAGAATTATTATAGTTACAC;RSEQ=TGTAACAGCATTTCACACCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:228:113:115,113:0.4956:3,112:10,103 chr7 21818935 . T C 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=21818935;VD=60;AF=0.4615;BIAS=1:1;REFBIAS=0:70;VARBIAS=1:59;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.46154;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=0.4597;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=57;HICOV=124;LSEQ=TTTTAGCTCTTTTAATGATA;RSEQ=GAAAGAACAATAAATACTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:60:70,60:0.4615:0,70:1,59 chr7 21819000 . T C 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=21819000;VD=73;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:73;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=71;HICOV=71;LSEQ=TGGATCTTGAACATCAGGCC;RSEQ=ATTTGTAATACAGTAAAGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:73:73:0,73:1:0,0:0,73 chr7 21824244 . C A 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=182;END=21824244;VD=77;AF=0.4231;BIAS=1:2;REFBIAS=4:100;VARBIAS=7:70;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.2083;ODDRATIO=2.48719096652241;MQ=60;SN=76;HIAF=0.4270;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=76;HICOV=178;LSEQ=TAACTGAGCTGAGAGAGTAG;RSEQ=CCATTACAGCCAAAAAGTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:77:104,77:0.4231:4,100:7,70 chr7 21825920 . A GTGTGTG 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=28;END=21825920;VD=14;AF=0.5;BIAS=2:1;REFBIAS=10:1;VARBIAS=13:1;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.28628944084998;MQ=60;SN=28;HIAF=0.5000;ADJAF=0.1429;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=0.7;HICNT=14;HICOV=28;LSEQ=ATATCTTACAACATATACAC;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:28:14:11,14:0.5:10,1:13,1 chr7 21826199 . G C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=397;END=21826199;VD=395;AF=0.995;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=287:108;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=55.429;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=388;HICOV=389;LSEQ=CAGAGCTTCTCCAGACTTCC;RSEQ=CTAATCCTGTCTGTGTACGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:397:395:0,395:0.995:0,0:287,108 chr7 21827358 . A G 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=21827358;VD=75;AF=0.4658;BIAS=1:1;REFBIAS=0:86;VARBIAS=0:75;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.75;HIAF=0.4641;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=71;HICOV=153;LSEQ=TGAGCATGTTAGAGTAAACA;RSEQ=TTCTCTACAGGAGGATATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:75:86,75:0.4658:0,86:0,75 chr7 21840613 . A G 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=208;END=21840613;VD=119;AF=0.5721;BIAS=1:1;REFBIAS=88:0;VARBIAS=119:0;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=118;HIAF=0.5756;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=118;HICOV=205;LSEQ=CCTTCTTTTCCTTCTTCCCT;RSEQ=AAATACGTATGGTAAAGGGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:208:119:88,119:0.5721:88,0:119,0 chr7 21841304 . A G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=21841304;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:6;PMEAN=25.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=AGCATGTTTTTCTTAAAACA;RSEQ=GTTATAAAACTCAGGATGGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:0,6 chr7 21847457 . A G 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=363;END=21847457;VD=361;AF=0.9945;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=286:75;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44.125;HIAF=0.9972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=353;HICOV=354;LSEQ=TAAGCATTTGTGGAGTTGAC;RSEQ=TTCAGCCTGCAATTACAGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:363:361:0,361:0.9945:0,0:286,75 chr7 21855734 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=21855734;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=CTTATGTGGGGGTGGGGGGC;RSEQ=TGGATTGCTCCATGGGCAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0 chr7 21855757 . T C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=21855757;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=22.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=GATTGCTCCATGGGCAAATA;RSEQ=ATTTCTGGTGTCCTGCCATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:4,0 chr7 21856151 . G A 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=470;END=21856151;VD=469;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=291:178;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92.8;HIAF=0.9978;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=464;HICOV=465;LSEQ=CGGATGATGCTACAATTGCC;RSEQ=CCTGGAATAACGAAGGACTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:470:469:0,469:0.9979:0,0:291,178 chr7 21856390 . G A 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=281;END=21856390;VD=281;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=21:260;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=278;HICOV=278;LSEQ=GGTCTGATTTTTATAAAGGC;RSEQ=TGATGTTTCTTAGACCTCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:281:281:0,281:1:0,0:21,260 chr7 21856481 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=21856481;VD=2;AF=0.0131;BIAS=1:0;REFBIAS=1:150;VARBIAS=0:2;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=147;LSEQ=ATGTTTCATATAAAGTATCT;RSEQ=TGTTGAAAAGGCATTCTTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:2:151,2:0.0131:1,150:0,2 chr7 21856567 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=21856567;VD=2;AF=0.0392;BIAS=1:0;REFBIAS=0:49;VARBIAS=0:2;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0400;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=50;LSEQ=GAACAAACATTGGGTCTGTG;RSEQ=GGGAAAATATGTAAATTTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:51:2:49,2:0.0392:0,49:0,2 chr7 21858043 . A G 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=253;END=21858043;VD=253;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=38:215;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.462;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=240;HICOV=240;LSEQ=GCTTCATAGTCAAGCAGTCT;RSEQ=TTGAAATCTTAGTGATATTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:253:253:0,253:1:0,0:38,215 chr7 21858180 . G A 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=21858180;VD=96;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:96;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=192;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=96;HICOV=96;LSEQ=TTATCCAATTCCTGATTTAT;RSEQ=GGCCAAAAAATGTATTGTTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:96:96:0,96:1:0,0:0,96 chr7 21882561 . C T 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=102;END=21882561;VD=52;AF=0.5098;BIAS=1:1;REFBIAS=0:50;VARBIAS=0:52;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51;HIAF=0.5100;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=51;HICOV=100;LSEQ=GCTAGATTGTTACGGTTATG;RSEQ=CACACGTAGGAGATAGGGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:102:52:50,52:0.5098:0,50:0,52 chr7 21882591 . C G 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=77;END=21882591;VD=38;AF=0.4935;BIAS=1:1;REFBIAS=0:39;VARBIAS=0:38;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=37;HICOV=74;LSEQ=GAGATAGGGTGGCTCTGGAT;RSEQ=TTGTTTGAGGGCAAACAAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:77:38:39,38:0.4935:0,39:0,38 chr7 21891718 . CT GG 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=6;END=21891719;VD=2;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=6;LSEQ=GAAATTTGTGATTAAGGAAA;RSEQ=CTGGTTTAAAAACATTTACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:6:2:4,2:0.3333:4,0:2,0 chr7 21892416 . G A 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=21892416;VD=88;AF=0.4607;BIAS=1:1;REFBIAS=0:102;VARBIAS=0:88;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=87;HIAF=0.4628;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=87;HICOV=188;LSEQ=GTGGGATTGTAAATGGAGAT;RSEQ=GAGATGGTTGAATGTGTGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:88:102,88:0.4607:0,102:0,88 chr7 21893504 . T C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=21893504;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=22.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=TAAGTTACTGGGTATATTAT;RSEQ=GACCTTGACTGCTTTTGTAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chr7 21893711 . G A 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=21893711;VD=31;AF=0.4189;BIAS=1:1;REFBIAS=43:0;VARBIAS=31:0;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.4110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=30;HICOV=73;LSEQ=AATCTGTAACCTAGAAAACC;RSEQ=CTAGAGTTATGTCCATTCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:74:31:43,31:0.4189:43,0:31,0 chr7 21893993 . G T 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=460;END=21893993;VD=210;AF=0.4565;BIAS=2:2;REFBIAS=134:115;VARBIAS=100:110;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.191;ODDRATIO=1.28103;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=200;HICOV=440;LSEQ=CCCGAGAATGTTACAGACCA;RSEQ=TGGCAGCAAGAGCATCTCTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:460:210:249,210:0.4565:134,115:100,110 chr7 21901566 . T C 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=509;END=21901566;VD=264;AF=0.5187;BIAS=2:2;REFBIAS=110:134;VARBIAS=133:131;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.24845;ODDRATIO=1.23624675485227;MQ=60;SN=131;HIAF=0.5230;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=262;HICOV=501;LSEQ=CTGATGGAGAGCATCACCCA;RSEQ=GCTGTCTTCCTCTACACCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:509:264:244,264:0.5187:110,134:133,131 chr7 21901740 . C CT 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=237;END=21901740;VD=68;AF=0.2869;BIAS=2:2;REFBIAS=13:113;VARBIAS=4:64;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.42624;ODDRATIO=1.83542;MQ=60.4;SN=21.667;HIAF=0.3571;ADJAF=0.0211;SHIFT3=14;MSI=15;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=65;HICOV=182;LSEQ=CTGAAGCAAAATATAATAGA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTGGAAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:237:68:126,68:0.2869:13,113:4,64 chr7 21903828 . T A 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=21903828;VD=10;AF=0.5263;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.5263;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=10;HICOV=19;LSEQ=TCACTGGAGGCTTTCTCATT;RSEQ=TGTGTAAGTGTTAAGACAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:10:9,10:0.5263:9,0:10,0 chr7 21905731 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=21905731;VD=2;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=5;LSEQ=CCTTAACCTCCTAGGAATGC;RSEQ=GCCCAGCAAGTCTCAGCCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:5:2:3,2:0.4:3,0:2,0 chr7 21905977 . T C 192 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=162;END=21905977;VD=80;AF=0.4938;BIAS=1:1;REFBIAS=77:1;VARBIAS=79:1;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02580936358787;MQ=60;SN=4.714;HIAF=0.5038;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=66;HICOV=131;LSEQ=AATCTGAAGAGGAGAGTGAA;RSEQ=ACTATCCAGCACAGTTTTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:162:80:78,80:0.4938:77,1:79,1 chr7 21906584 . C T 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=21906584;VD=29;AF=0.6304;BIAS=1:1;REFBIAS=0:17;VARBIAS=0:29;PMEAN=29.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=0.6304;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=29;HICOV=46;LSEQ=CAGAGTTCAGAGGCCAGGAA;RSEQ=ATGCATTCATGCATTATCCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:46:29:17,29:0.6304:0,17:0,29 chr7 21906677 . C T 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=21906677;VD=7;AF=0.5833;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:7;PMEAN=23.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5833;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=7;HICOV=12;LSEQ=TTGCATGTCAAACAAAAATG;RSEQ=ATTCCTTTCATGGAGTCACT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:7:5,7:0.5833:0,5:0,7 chr7 21907452 . G GT 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=346;END=21907452;VD=160;AF=0.4624;BIAS=2:2;REFBIAS=152:31;VARBIAS=129:30;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.67263;ODDRATIO=1.13984;MQ=60.1;SN=52.333;HIAF=0.4673;ADJAF=0.0607;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=157;HICOV=336;LSEQ=AGGTCAAAACCACTGATCAT;RSEQ=TTTTTATATTCTTGTTTTTT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:346:160:183,160:0.4624:152,31:129,30 chr7 21907455 . TTTA GTTTG 65 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=350;END=21907458;VD=4;AF=0.0114;BIAS=2:0;REFBIAS=282:64;VARBIAS=4:0;PMEAN=10;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0122;ADJAF=0.0086;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=329;LSEQ=TCAAAACCACTGATCATGTT;RSEQ=TATTCTTGTTTTTTATAGAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:350:4:346,4:0.0114:282,64:4,0 chr7 21907458 . A G 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=353;END=21907458;VD=163;AF=0.4618;BIAS=2:2;REFBIAS=148:36;VARBIAS=130:33;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.89349;ODDRATIO=1.04348;MQ=60;SN=19.375;HIAF=0.4627;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=155;HICOV=335;LSEQ=AAACCACTGATCATGTTTTT;RSEQ=TATTCTTGTTTTTTATAGAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:353:163:184,163:0.4618:148,36:130,33 chr7 21907696 . T C 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=21907696;VD=131;AF=0.4888;BIAS=1:1;REFBIAS=0:131;VARBIAS=1:130;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.733;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=116;HICOV=232;LSEQ=CACCCCCACCCCTGCCCTTC;RSEQ=TTTCAGTTCACAGTGATCTT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:131:131,131:0.4888:0,131:1,130 chr7 21907717 . AGT A 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=221;END=21907719;VD=4;AF=0.0181;BIAS=1:0;REFBIAS=1:197;VARBIAS=0:4;PMEAN=53.2;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0214;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=3;HICOV=140;LSEQ=TTTCAGTTCACAGTGATCTT;RSEQ=TTCTTTTTTTTTTTTTTTTA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:221:4:198,4:0.0181:1,197:0,4 chr7 21907718 . GTTTC G 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=215;END=21907722;VD=3;AF=0.014;BIAS=1:0;REFBIAS=1:203;VARBIAS=0:3;PMEAN=62.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=194;LSEQ=TTCAGTTCACAGTGATCTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTAATT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:215:3:204,3:0.014:1,203:0,3 chr7 21907991 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=21907991;VD=5;AF=0.4545;BIAS=0:2;REFBIAS=0:6;VARBIAS=1:4;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.45455;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=5;HICOV=11;LSEQ=ACTGTCGCCTTTGTGTTCTG;RSEQ=ATTACCATTCCCCACGGCCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:5:6,5:0.4545:0,6:1,4 chr7 21908118 . CA C 116 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=16;END=21908119;VD=9;AF=0.5625;BIAS=0:2;REFBIAS=7:0;VARBIAS=8:1;PMEAN=31.1;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.6000;ADJAF=0.125;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=9;HICOV=15;LSEQ=ACCCAATGAACAGATCCATT;RSEQ=AAAAAAATGATGTGATATCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:16:9:7,9:0.5625:7,0:8,1 chr7 21908964 . G T 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=21908964;VD=11;AF=0.44;BIAS=1:0;REFBIAS=0:14;VARBIAS=0:11;PMEAN=23.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.4583;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=11;HICOV=24;LSEQ=TAGTATCTGGGTTGACGTTA;RSEQ=AGTCGACAGAACTCTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:25:11:14,11:0.44:0,14:0,11 chr7 21908978 . C CT 70 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=19;END=21908978;VD=4;AF=0.2105;BIAS=1:0;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:4;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62;SN=8;HIAF=0.2105;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=4;HICOV=19;LSEQ=ACGTTAGAGTCGACAGAACT;RSEQ=TTTTTTAATGTATATTGTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:19:4:15,4:0.2105:0,15:0,4 chr7 21912746 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=21912746;VD=3;AF=0.0263;BIAS=1:0;REFBIAS=109:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0208;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=96;LSEQ=GTATTGATGTATTGATAAAG;RSEQ=AAAATTTTTATGATGTATTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:114:3:111,3:0.0263:109,2:3,0 chr7 21912832 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=238;END=21912832;VD=3;AF=0.0126;BIAS=2:0;REFBIAS=207:28;VARBIAS=3:0;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0091;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=219;LSEQ=TATATATAGGAAAATGTAAT;RSEQ=TTATAATTCAAGTAATATGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:238:3:235,3:0.0126:207,28:3,0 chr7 21920742 . T TA 32 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=96;END=21920742;VD=2;AF=0.0208;BIAS=1:0;REFBIAS=0:89;VARBIAS=0:2;PMEAN=64.3;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0222;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=2;HICOV=90;LSEQ=TCTACATCAGCAGCTTAGTG;RSEQ=AAAAAAAAACAAAAAATGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:2:89,2:0.0208:0,89:0,2 chr7 21923724 . G A 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=21923724;VD=78;AF=0.4432;BIAS=1:1;REFBIAS=98:0;VARBIAS=76:2;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.195;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=156;HIAF=0.4509;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.6;HICNT=78;HICOV=173;LSEQ=TTTCACTGACTATATTAGAA;RSEQ=ACACTGAAAATAATTCTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:78:98,78:0.4432:98,0:76,2 chr7 21923867 . C G 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=386;END=21923867;VD=178;AF=0.4611;BIAS=2:2;REFBIAS=153:53;VARBIAS=142:36;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.22605;ODDRATIO=1.36526226688147;MQ=59.9;SN=177;HIAF=0.4646;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=177;HICOV=381;LSEQ=GTTGGCTACTCTGAGGCAGA;RSEQ=TCTGCACCCAGCAGTGAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:386:178:206,178:0.4611:153,53:142,36 chr7 21924014 . A G 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=493;END=21924014;VD=233;AF=0.4726;BIAS=2:2;REFBIAS=79:172;VARBIAS=85:148;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.25053;ODDRATIO=1.24984376952881;MQ=60;SN=76.667;HIAF=0.4782;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=230;HICOV=481;LSEQ=GGGTGTATTTAGAAGAATTC;RSEQ=TGAATCCATCTCTGGTAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:493:233:251,233:0.4726:79,172:85,148 chr7 21924177 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=21924177;VD=2;AF=0.012;BIAS=1:0;REFBIAS=0:165;VARBIAS=0:2;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=TTCTTAGAAAAGCGGAATCT;RSEQ=GGGTTCCATCCCAGACCTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:2:165,2:0.012:0,165:0,2 chr7 21932044 . C T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=587;END=21932044;VD=296;AF=0.5043;BIAS=2:2;REFBIAS=211:79;VARBIAS=209:87;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.58311;ODDRATIO=1.1116;MQ=60;SN=18.733;HIAF=0.4947;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=281;HICOV=568;LSEQ=TTTTCCTTTGTGGTTCAAGA;RSEQ=TGAAGATGAACTGATGCTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:587:296:290,296:0.5043:211,79:209,87 chr7 21932317 . T C 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=440;END=21932317;VD=214;AF=0.4864;BIAS=2:2;REFBIAS=63:162;VARBIAS=65:149;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.60075;ODDRATIO=1.12146598032949;MQ=60;SN=29.571;HIAF=0.4836;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=207;HICOV=428;LSEQ=TTCCTTCCTTTTCTTTTTCA;RSEQ=TGAAGTATAACTTACTTGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:440:214:225,214:0.4864:63,162:65,149 chr7 21932454 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=21932454;VD=3;AF=0.0167;BIAS=1:0;REFBIAS=1:176;VARBIAS=0:3;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=TCCAGAAGGATACTCATGCC;RSEQ=CTTATCAGTCAACATACCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:3:177,3:0.0167:1,176:0,3 chr7 21932548 . G A 179 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=21932548;VD=32;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=1:31;VARBIAS=0:32;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=0.4921;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=31;HICOV=63;LSEQ=TTACCTGATTCCAAATATAT;RSEQ=GAATCATACAGTGCGCATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:64:32:32,32:0.5:1,31:0,32 chr7 21933924 . C T 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=21933924;VD=11;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=11:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=11;HICOV=22;LSEQ=TACATATAAATAACATGTAG;RSEQ=TGATGACAGTTCTATACTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:22:11:11,11:0.5:11,0:11,0 chr7 21933945 . C G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=21933945;VD=17;AF=0.5312;BIAS=1:1;REFBIAS=15:0;VARBIAS=17:0;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.5312;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=17;HICOV=32;LSEQ=TGATGACAGTTCTATACTCC;RSEQ=TAAATGTTAAGTGAGTAAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:32:17:15,17:0.5312:15,0:17,0 chr7 21939342 . T A 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=21939342;VD=112;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=77:35;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=106;HICOV=106;LSEQ=CTGGAAAGGGCCACATAGCT;RSEQ=CTCTGCTACTGTAGTGCGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:112:112:0,112:1:0,0:77,35 chr7 21940465 . T C 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=133;END=21940465;VD=68;AF=0.5113;BIAS=1:1;REFBIAS=65:0;VARBIAS=68:0;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=136;HIAF=0.5191;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=68;HICOV=131;LSEQ=TGCAGGCAGGGTAACCTACC;RSEQ=TTCAAAGCTCAGTCCGGCCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:133:68:65,68:0.5113:65,0:68,0 chr7 21940557 . AACTT A 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=321;END=21940561;VD=168;AF=0.5234;BIAS=2:2;REFBIAS=131:21;VARBIAS=145:23;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01059099361307;MQ=60;SN=336;HIAF=0.5300;ADJAF=0.0498;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=168;HICOV=317;LSEQ=GAATGTTTATTGCATCAAAC;RSEQ=ACTTGATCATTATCATTAGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:321:168:152,168:0.5234:131,21:145,23 chr7 21941061 . C G 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=609;END=21941061;VD=321;AF=0.5271;BIAS=2:2;REFBIAS=151:129;VARBIAS=149:172;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.0722;ODDRATIO=1.35053;MQ=60;SN=15.895;HIAF=0.5393;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=302;HICOV=560;LSEQ=CTCAGGGCTGAGCGTGGTGG;RSEQ=ACACGACTGTAATCCCAGTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:609:321:280,321:0.5271:151,129:149,172 chr7 21941186 . CA C 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=497;END=21941187;VD=31;AF=0.0624;BIAS=2:2;REFBIAS=203:253;VARBIAS=16:15;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.46105;ODDRATIO=1.32860350485605;MQ=60;SN=62;HIAF=0.0638;ADJAF=0.002;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=31;HICOV=486;LSEQ=AACAGAACAAGACTCCATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAGTACATCAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:497:31:456,31:0.0624:203,253:16,15 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=607;END=21941382;VD=287;AF=0.4728;BIAS=2:2;REFBIAS=164:156;VARBIAS=140:147;PMEAN=44.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.56969;ODDRATIO=1.10367;MQ=60;SN=286;HIAF=0.4751;ADJAF=0.0412;SHIFT3=9;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=286;HICOV=602;LSEQ=AGGCTAGCACTCTGTAAGGC;RSEQ=TCCAGTGTCTACAATGTTGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:607:287:320,287:0.4728:164,156:140,147 chr7 21941585 . AAGAT A 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=369;END=21941589;VD=168;AF=0.4553;BIAS=2:2;REFBIAS=54:147;VARBIAS=32:136;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.08425;ODDRATIO=1.55934;MQ=60;SN=336;HIAF=0.4680;ADJAF=0.0488;SHIFT3=8;MSI=3;MSILEN=4;NM=0.2;HICNT=168;HICOV=359;LSEQ=AGTTACTGTTTGGGAAGCCA;RSEQ=AGATAGATCAAGTGCAGGAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:369:168:201,168:0.4553:54,147:32,136 chr7 21941861 . ATCTT A 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=15;END=21941865;VD=8;AF=0.5333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:8;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.5714;ADJAF=0.1333;SHIFT3=4;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=8;HICOV=14;LSEQ=AAAAACACAACTGTAAAAAA;RSEQ=TCTTAGGCACCAATGGTATG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:15:8:7,8:0.5333:0,7:0,8 chr7 25161279 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=25161279;VD=2;AF=0.0333;BIAS=1:0;REFBIAS=58:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0351;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=57;LSEQ=AAAACCAGGCAGGGCCTGGT;RSEQ=GCTCACGCCTGTAATCCCAG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:2:58,2:0.0333:58,0:2,0 chr7 25161458 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=25161458;VD=3;AF=0.0194;BIAS=2:2;REFBIAS=144:8;VARBIAS=2:1;PMEAN=14.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.16528;ODDRATIO=8.69789;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0140;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=143;LSEQ=TGGGAAGCTGAAGTGAGAGA;RSEQ=TCGCTTGAGCCTGGGAAATA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:3:152,3:0.0194:144,8:2,1 chr7 25161469 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=25161469;VD=2;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=153:21;VARBIAS=1:1;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.235;ODDRATIO=7.14105;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=AGTGAGAGAATCGCTTGAGC;RSEQ=TGGGAAATAGAGGTTGCAGC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:2:174,2:0.0113:153,21:1,1 chr7 25161614 . A ATGTT 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=338;END=25161614;VD=293;AF=0.8669;BIAS=2:2;REFBIAS=6:11;VARBIAS=206:87;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.00531;ODDRATIO=4.3176028668883;MQ=60.1;SN=586;HIAF=0.8988;ADJAF=0.1154;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=293;HICOV=326;LSEQ=ATTTCTGTATCTATCTTAAT;RSEQ=TGTTTCCTGTATCATTTCCA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:338:293:17,293:0.8669:6,11:206,87 chr7 25161616 . G GTTTT 59 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=336;END=25161616;VD=4;AF=0.0119;BIAS=2:0;REFBIAS=210:114;VARBIAS=0:4;PMEAN=28.2;PSTD=1;QUAL=29.8;QSTD=1;SBF=0.01621;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=7;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=4;HICOV=290;LSEQ=TTCTGTATCTATCTTAATAT;RSEQ=TTTCCTGTATCATTTCCAGG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:336:4:324,4:0.0119:210,114:0,4 chr7 25161641 . C CAA 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=273;END=25161641;VD=139;AF=0.5092;BIAS=2:2;REFBIAS=33:19;VARBIAS=99:39;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.29193;ODDRATIO=1.4585551552632;MQ=60;SN=138;HIAF=0.6026;ADJAF=0;SHIFT3=14;MSI=16;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=138;HICOV=229;LSEQ=CTGTATCATTTCCAGGATGC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAATCAACT;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:273:139:52,139:0.5092:33,19:99,39 chr7 37889471 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=2;END=37889472;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0.5;SHIFT3=20;MSI=21;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=AACAGAGTGAGACTATGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0 chr7 37889666 . G A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=127;END=37889666;VD=2;AF=0.0157;BIAS=1:0;REFBIAS=124:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0169;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=118;LSEQ=TGATGTGATTATTATGCATG;RSEQ=CATGCCTGTATCAAAATATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:127:2:125,2:0.0157:124,1:2,0 chr7 37901526 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=267;END=37901526;VD=3;AF=0.0112;BIAS=1:0;REFBIAS=255:9;VARBIAS=3:0;PMEAN=51.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0080;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=251;LSEQ=TAAAAGAGGATTCATGAGGA;RSEQ=GAGAGTAGGGTAGAAGGGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:267:3:264,3:0.0112:255,9:3,0 chr7 37901916 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=37901916;VD=2;AF=0.0129;BIAS=1:0;REFBIAS=0:153;VARBIAS=0:2;PMEAN=14;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=GTTATCCTAAGTTGTTTAAC;RSEQ=TAATTTTGTAACTATCCAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:2:153,2:0.0129:0,153:0,2 chr7 37902733 . A T 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=37902733;VD=43;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=43:0;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=42;HICOV=42;LSEQ=CTCCTACTCAAAAAAAATTT;RSEQ=AAAAAAATTTAAAAAATTAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:43:43:0,43:1:0,0:43,0 chr7 37903078 . C A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=434;END=37903078;VD=5;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=163:266;VARBIAS=4:1;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.07469;ODDRATIO=6.50068257167003;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=3;HICOV=416;LSEQ=AGTGTTCGTAAGTAAATTTA;RSEQ=TTCAAAGTAATCCAAGGGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:434:5:429,5:0.0115:163,266:4,1 chr7 37916283 . AT A 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=154;END=37916284;VD=73;AF=0.474;BIAS=1:1;REFBIAS=80:1;VARBIAS=72:1;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.11035;MQ=60;SN=146;HIAF=0.4899;ADJAF=0.0519;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=73;HICOV=149;LSEQ=TAAGTATCATATTCTTGGAT;RSEQ=AATAGGGAGATGCAATTTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:73:81,73:0.474:80,1:72,1 chr7 37916311 . A T 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=37916311;VD=97;AF=0.5187;BIAS=1:1;REFBIAS=89:1;VARBIAS=96:1;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0781903652909;MQ=60;SN=194;HIAF=0.5215;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=97;HICOV=186;LSEQ=GAGATGCAATTTATCTTTAC;RSEQ=TGACATTTAATTTTTGTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:187:97:90,97:0.5187:89,1:96,1 chr7 37916455 . A G 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=422;END=37916455;VD=193;AF=0.4573;BIAS=2:2;REFBIAS=146:82;VARBIAS=115:78;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.36567;ODDRATIO=1.20709;MQ=60;SN=23.125;HIAF=0.4568;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=185;HICOV=405;LSEQ=TTACAAGAATATCTGGAAAG;RSEQ=CAACATTTAGCTCAGCTCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:422:193:228,193:0.4573:146,82:115,78 chr7 37923519 . C T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=37923519;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=TTGAACATAAAAATTATTTG;RSEQ=AATGACTTCCATAATTGTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:4,0 chr7 37923587 . ACC A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=8;END=37923589;VD=2;AF=0.25;BIAS=0:2;REFBIAS=5:0;VARBIAS=1:1;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.28571;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2857;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=14;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=7;LSEQ=ACACACACACACACACACAC;RSEQ=CACACAATCACTCACATTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:2:5,2:0.25:5,0:1,1 chr7 37923589 . C A 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=37923589;VD=5;AF=0.625;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=28.4;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=ACACACACACACACACACAC;RSEQ=CACACAATCACTCACATTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:5:0,5:0.625:0,0:5,0 chr7 37923646 . CTG C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=31;END=37923648;VD=2;AF=0.0645;BIAS=1:2;REFBIAS=29:0;VARBIAS=1:1;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.06452;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0690;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=29;LSEQ=AAAAAGATTTAATGAGATAC;RSEQ=TGTGTGTGTGTTGTATATGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:31:2:29,2:0.0645:29,0:1,1 chr7 37923849 . G A 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=281;END=37923849;VD=281;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=247:34;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=562;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=281;HICOV=281;LSEQ=GATAGTATATTATGTATTGT;RSEQ=TACATAACCAGTAATCTACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:281:281:0,281:1:0,0:247,34 chr7 37924185 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=156;END=37924185;VD=2;AF=0.0128;BIAS=1:0;REFBIAS=1:153;VARBIAS=0:2;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=156;LSEQ=AGTTTACTTCTCTACCAGTC;RSEQ=TGCTCCCATCCCAATCCTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:2:154,2:0.0128:1,153:0,2 chr7 37924737 . T G 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=489;END=37924737;VD=487;AF=0.9959;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=316:171;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.273;HIAF=0.9958;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=476;HICOV=478;LSEQ=TTACCTCTTCTTTGTTTTCT;RSEQ=TTCTAATAGTGGTCCATCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:489:487:0,487:0.9959:0,0:316,171 chr7 37924879 . A G 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=390;END=37924879;VD=389;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=109:280;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=128.667;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=386;HICOV=387;LSEQ=GATTCATACCATGGGTCACT;RSEQ=TCTGTTTTCGTGGGCTCCAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:390:389:0,389:0.9974:0,0:109,280 chr7 37924888 . C T 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=366;END=37924888;VD=181;AF=0.4945;BIAS=2:2;REFBIAS=46:139;VARBIAS=42:139;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.71568;ODDRATIO=1.09497;MQ=60;SN=362;HIAF=0.5028;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=181;HICOV=360;LSEQ=CATGGGTCACTATCTGTTTT;RSEQ=GTGGGCTCCATTTTAAACAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:366:181:185,181:0.4945:46,139:42,139 chr7 37927610 . A T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=37927610;VD=2;AF=0.0357;BIAS=1:0;REFBIAS=53:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=65;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0377;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=53;LSEQ=TTGGGTGGGAACAAAGCCAA;RSEQ=CCATATCAGCATTCATTCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:56:2:54,2:0.0357:53,1:2,0 chr7 37927702 . G A 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=37927702;VD=189;AF=0.9947;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=188:1;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=93.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=187;HICOV=187;LSEQ=ATCCTTTCTTCCTAATGACC;RSEQ=TTATCCTTGAAAAGAAGTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:190:189:0,189:0.9947:0,0:188,1 chr7 37927779 . T G 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=274;END=37927779;VD=273;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=257:16;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=272;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=272;HICOV=272;LSEQ=ACAGTGTCAAGATCTGGAAT;RSEQ=ATTTGCTGTTATTTGATAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:274:273:0,273:0.9964:0,0:257,16 chr7 37933983 . C G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=37933983;VD=235;AF=0.9958;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=218:17;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=230;HICOV=230;LSEQ=CAATATGCAAATTAAACTAT;RSEQ=ATTTTCCTTAGTTATTTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:236:235:0,235:0.9958:0,0:218,17 chr7 37934234 . G A 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=358;END=37934234;VD=358;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=61:297;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=350;HICOV=350;LSEQ=TAAGTTTCTGATACATAATT;RSEQ=TTTGCATTATAAAAGTGGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:358:358:0,358:1:0,0:61,297 chr7 37934402 . A C 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=37934402;VD=95;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:95;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=94;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=94;HICOV=94;LSEQ=TATCTTCTTTTCTCTCTCTC;RSEQ=TTCTGTCTCTCCTCGCTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:95:95:0,95:1:0,0:0,95 chr7 37934457 . T C 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=37934457;VD=11;AF=0.2619;BIAS=1:0;REFBIAS=0:31;VARBIAS=0:11;PMEAN=29.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.2619;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=11;HICOV=42;LSEQ=TCTTCCTTCCTACTTTCCTT;RSEQ=CTCCCTTTCCTTCCCTTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:11:31,11:0.2619:0,31:0,11 chr7 37936286 . C T 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=37936286;VD=75;AF=0.4967;BIAS=1:1;REFBIAS=75:0;VARBIAS=75:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=150;HIAF=0.5068;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=75;HICOV=148;LSEQ=CTAGAATTAAATTATAGCAC;RSEQ=CACCTAGCATATAAACCTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:75:75,75:0.4967:75,0:75,0 chr7 37936289 . C T 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=157;END=37936289;VD=77;AF=0.4904;BIAS=1:1;REFBIAS=80:0;VARBIAS=77:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.5;HIAF=0.4902;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=75;HICOV=153;LSEQ=GAATTAAATTATAGCACCCA;RSEQ=CTAGCATATAAACCTATTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:77:80,77:0.4904:80,0:77,0 chr7 37936384 . T C 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=352;END=37936384;VD=162;AF=0.4602;BIAS=1:1;REFBIAS=182:8;VARBIAS=155:7;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02735;MQ=60;SN=53;HIAF=0.4582;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=159;HICOV=347;LSEQ=ATAAAAAGGAGCTCCCTGGC;RSEQ=CAGGCTGCAGTGTTCTGTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:352:162:190,162:0.4602:182,8:155,7 chr7 48450097 . C T 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=303;END=48450097;VD=152;AF=0.5017;BIAS=2:2;REFBIAS=104:47;VARBIAS=104:48;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02121;MQ=60;SN=75;HIAF=0.5017;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=150;HICOV=299;LSEQ=TTGTCCTCCTGGTGCTGATG;RSEQ=ACCCTGTGCTTGGACCCAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:303:152:151,152:0.5017:104,47:104,48 chr7 48450157 . T C 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=362;END=48450157;VD=197;AF=0.5442;BIAS=2:2;REFBIAS=92:72;VARBIAS=96:101;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.17052;ODDRATIO=1.3432;MQ=60;SN=196;HIAF=0.5460;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=196;HICOV=359;LSEQ=ACCCACCACCTGGATGAAGC;RSEQ=GAAGCGCTGAGTGACCGCGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:362:197:164,197:0.5442:92,72:96,101 chr7 48450240 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=293;END=48450240;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:0;REFBIAS=89:201;VARBIAS=0:3;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.55589;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0075;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=265;LSEQ=CTTCTGCCTGAAGGAGGCAT;RSEQ=TGGCCAGGGGCTCCGCCTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:293:3:290,3:0.0102:89,201:0,3 chr7 48450289 . C G 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=212;END=48450289;VD=115;AF=0.5425;BIAS=2:2;REFBIAS=14:83;VARBIAS=14:101;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.68639;ODDRATIO=1.21573;MQ=60;SN=114;HIAF=0.5429;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=114;HICOV=210;LSEQ=AGGCAGGTAAGGAGTGCAAC;RSEQ=ATTCTATCTCACTGAAGTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:212:115:97,115:0.5425:14,83:14,101 chr7 48450574 . C CTCTT 45 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=8;END=48450574;VD=2;AF=0.25;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:2;PMEAN=73.3;PSTD=1;QUAL=45.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=88.8;SN=4;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=70;MSI=18;MSILEN=4;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=6;LSEQ=TGTATTCTAGAAATTCTTTT;RSEQ=TCTTTCTTTCTTTCTTTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:2:4,2:0.25:0,4:0,2 chr7 49976757 . G A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=49976757;VD=3;AF=0.6;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=2:1;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=5;LSEQ=TCAAAAGAAAGAAACAAACT;RSEQ=AAATTAAAGTTATTATACAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:5:3:2,3:0.6:2,0:2,1 chr7 49976769 . A T 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=49976769;VD=5;AF=0.7143;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=4:1;PMEAN=25.6;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.7143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=5;HICOV=7;LSEQ=AACAAACTGAAATTAAAGTT;RSEQ=TTATACAAGAATATGGTGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:7:5:2,5:0.7143:2,0:4,1 chr7 49976953 . A T 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=49976953;VD=2;AF=0.0109;BIAS=1:0;REFBIAS=182:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=171;LSEQ=GGTTTGGCATTAATGGATAA;RSEQ=GACTAGAGGATTTTCATCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:2:182,2:0.0109:182,0:2,0 chr7 49977373 . T C 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=49977373;VD=98;AF=0.5158;BIAS=1:1;REFBIAS=0:92;VARBIAS=0:98;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=97;HIAF=0.5215;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=97;HICOV=186;LSEQ=ACTTTTTCATCTTGCAAAAC;RSEQ=GCAACTCTATACCCATTTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:190:98:92,98:0.5158:0,92:0,98 chr7 50023122 . C T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=477;END=50023122;VD=215;AF=0.4507;BIAS=2:2;REFBIAS=79:180;VARBIAS=44:171;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.01538;ODDRATIO=1.70375;MQ=60;SN=52.75;HIAF=0.4577;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=211;HICOV=461;LSEQ=ATGAGATTTTTAGCCTAAAA;RSEQ=ATAAATACAATTTGATAAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:477:215:259,215:0.4507:79,180:44,171 chr7 50023202 . A G 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=288;END=50023202;VD=128;AF=0.4444;BIAS=1:1;REFBIAS=4:156;VARBIAS=0:128;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.13167;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=0.4397;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=124;HICOV=282;LSEQ=TGCATGTGGATTTAGAATTT;RSEQ=AAGAAAACAAAGTCTCAAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:288:128:160,128:0.4444:4,156:0,128 chr7 50057800 . C CT 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=445;END=50057800;VD=5;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=275:142;VARBIAS=2:3;PMEAN=49.7;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.34452;ODDRATIO=2.897;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0101;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=4;HICOV=395;LSEQ=CATGGGGCATGTTCATTTAA;RSEQ=TTTTTTTTTCCTTTTACCAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:445:5:417,5:0.0112:275,142:2,3 chr7 50058055 . C T 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=212;END=50058055;VD=210;AF=0.9906;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:209;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29;HIAF=0.9902;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=203;HICOV=205;LSEQ=CCTAGTGCTAAATGACTCTT;RSEQ=AGCAAAAAACCTAAGTCAAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:212:210:0,210:0.9906:0,0:1,209 chr7 50058098 . A T 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=50058098;VD=81;AF=0.4709;BIAS=1:1;REFBIAS=0:89;VARBIAS=1:80;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.47647;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.4699;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=78;HICOV=166;LSEQ=TTTGCTTTCTATAAATCAAG;RSEQ=CAACCTTATTTCTTCAGTGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:81:89,81:0.4709:0,89:1,80 chr7 50070468 . G A 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=50070468;VD=48;AF=0.5053;BIAS=1:1;REFBIAS=47:0;VARBIAS=48:0;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=0.5161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=48;HICOV=93;LSEQ=CTCTACAGTAAATTATCATA;RSEQ=CAGTGTAAGTTATTGAGAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:95:48:47,48:0.5053:47,0:48,0 chr7 50070921 . C G 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=519;END=50070921;VD=255;AF=0.4913;BIAS=2:2;REFBIAS=68:193;VARBIAS=67:188;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01148030142113;MQ=60;SN=22.182;HIAF=0.4880;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=244;HICOV=500;LSEQ=GATAAGCTGTAAAAAATTAA;RSEQ=AAGAGAAAGACACAAAAATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:519:255:261,255:0.4913:68,193:67,188 chr7 50071168 . C A 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=50071168;VD=33;AF=0.5323;BIAS=1:1;REFBIAS=0:29;VARBIAS=0:33;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66;HIAF=0.5323;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=33;HICOV=62;LSEQ=CATCATAAAGAAATTGAGGG;RSEQ=GGCAGGGATTATGTCACATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:62:33:29,33:0.5323:0,29:0,33 chr7 50098097 . G A 69 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=50098097;VD=5;AF=0.4167;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:5;PMEAN=30.2;PSTD=1;QUAL=29.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=5;HICOV=11;LSEQ=ATATATACATATACTTTAAC;RSEQ=TAATTATATTTATATTTAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:5:6,5:0.4167:0,6:0,5 chr7 50121101 . T A 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=50121101;VD=29;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=29:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=29;HICOV=58;LSEQ=AATCAGTCATACAAACAGTA;RSEQ=TTTTTAAGTGAGAAAAAGTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:58:29:29,29:0.5:29,0:29,0 chr7 50121108 . A C 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=63;END=50121108;VD=33;AF=0.5238;BIAS=1:1;REFBIAS=30:0;VARBIAS=33:0;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=0.5161;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=32;HICOV=62;LSEQ=CATACAAACAGTATTTTTTA;RSEQ=GTGAGAAAAAGTAACTTTGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:63:33:30,33:0.5238:30,0:33,0 chr7 50121113 . G A 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=50121113;VD=36;AF=0.5373;BIAS=1:1;REFBIAS=31:0;VARBIAS=36:0;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=0.5373;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=36;HICOV=67;LSEQ=AAACAGTATTTTTTAAGTGA;RSEQ=AAAAAGTAACTTTGGGGGAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:67:36:31,36:0.5373:31,0:36,0 chr7 50121165 . CA C 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=108;END=50121166;VD=52;AF=0.4815;BIAS=1:1;REFBIAS=55:0;VARBIAS=52:0;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.4906;ADJAF=0.0833;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=52;HICOV=106;LSEQ=TGAGAACCCCCCAAACAGTT;RSEQ=TTCTTAGAGTATGTCCCTGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:108:52:55,52:0.4815:55,0:52,0 chr7 50121269 . G A 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=201;END=50121269;VD=97;AF=0.4826;BIAS=1:1;REFBIAS=99:1;VARBIAS=97:0;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=194;HIAF=0.4899;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=97;HICOV=198;LSEQ=AAATCACAAGAAAAAGAATT;RSEQ=AGGAAATAACATAAATATGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:201:97:100,97:0.4826:99,1:97,0 chr7 50121653 . C T 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=50121653;VD=150;AF=0.9934;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:150;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=147;HICOV=147;LSEQ=AAATTTCATTGCATTCTATG;RSEQ=AATTAACATTAAAAATATAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:151:150:0,150:0.9934:0,0:0,150 chr7 50121869 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=50121869;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:2;PMEAN=13;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=GTTTTGTAAAGACACCAAAC;RSEQ=TGATTAGAGCTTAAAAATTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:3:2:1,2:0.6667:0,1:0,2 chr7 50129026 . T C 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=50129026;VD=56;AF=0.4746;BIAS=1:1;REFBIAS=62:0;VARBIAS=56:0;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27;HIAF=0.4696;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=54;HICOV=115;LSEQ=AGAAATAATTATTCTTTGTA;RSEQ=ACTTATGTAGTTATAGCATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:118:56:62,56:0.4746:62,0:56,0 chr7 50129310 . C CA 100 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=404;END=50129310;VD=6;AF=0.0149;BIAS=2:2;REFBIAS=164:213;VARBIAS=4:2;PMEAN=49.3;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.41106;ODDRATIO=2.59121061359867;MQ=63.2;SN=12;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=6;HICOV=364;LSEQ=CGAACCAAGTGTCCAACTAT;RSEQ=AAAAAAAAAGATCAACAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:404:6:377,6:0.0149:164,213:4,2 chr7 50132326 . T G 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=50132326;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=GCCTATTTGAAAGACACTGA;RSEQ=CTCATCATTACAGAGTTCAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chr7 50132913 . C T 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=50132913;VD=87;AF=0.4915;BIAS=1:1;REFBIAS=0:86;VARBIAS=1:86;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=32;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8.667;HIAF=0.4756;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=78;HICOV=164;LSEQ=ACCTGATGGACGTGCTCCCA;RSEQ=TTCCGCCGGGGTGGTAGACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:87:86,87:0.4915:0,86:1,86 chr7 50133009 . A C 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=50133009;VD=59;AF=0.5413;BIAS=1:1;REFBIAS=0:50;VARBIAS=0:59;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.5;HIAF=0.5327;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=57;HICOV=107;LSEQ=TGTGCAGCCCCCGGGCCTTC;RSEQ=GGACAACACAGCCACGCAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:109:59:50,59:0.5413:0,50:0,59 chr7 50133118 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=50133118;VD=2;AF=0.0909;BIAS=1:0;REFBIAS=0:20;VARBIAS=0:2;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0952;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=21;LSEQ=CCCGTGCTTTTACCTTTGCA;RSEQ=AGCGTTTATGATCGAAAAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:2:20,2:0.0909:0,20:0,2 chr7 50628919 . G A 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=50628919;VD=71;AF=0.441;BIAS=1:1;REFBIAS=2:86;VARBIAS=0:71;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.50259;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.667;HIAF=0.4331;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=68;HICOV=157;LSEQ=ACTCTGCCCCCAGGGGGAGA;RSEQ=AGCCATCCTAGCAGGATGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:71:88,71:0.441:2,86:0,71 chr7 50629030 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=76;END=50629030;VD=2;AF=0.0263;BIAS=1:2;REFBIAS=0:74;VARBIAS=1:1;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.02632;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0267;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=75;LSEQ=GTGTAGGATGCAGATTTGGG;RSEQ=CCAGGGCTCCTGGGACTCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:76:2:74,2:0.0263:0,74:1,1 chr7 55279280 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=55279280;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=TTATTCATTGTTCTTTACTC;RSEQ=TGAGTACCTTATAATAATAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0 chr7 75544530 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=75544530;VD=2;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=101:94;VARBIAS=1:1;PMEAN=17.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.07405;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=196;LSEQ=TTTCGCGGCGACGGCGGGGT;RSEQ=GGTGAGGTCGGGCCCCAAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:2:195,2:0.0102:101,94:1,1 chr7 75609239 . T C 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=75609239;VD=66;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:63;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=65;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=65;HICOV=65;LSEQ=GAGGTCTTGGTGACGGGCAC;RSEQ=ACCCCACAGCCCTCTCCAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:66:66:0,66:1:0,0:3,63 chr7 75609677 . A G 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=499;END=75609677;VD=229;AF=0.4589;BIAS=2:2;REFBIAS=169:96;VARBIAS=137:92;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.40323;ODDRATIO=1.18177;MQ=60;SN=113.5;HIAF=0.4749;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=227;HICOV=478;LSEQ=GCCGACCTGAGCAGCCTGCC;RSEQ=GAGATCGACAACGCCCTGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:499:229:265,229:0.4589:169,96:137,92 chr7 75610763 . G A 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=208;END=75610763;VD=103;AF=0.4952;BIAS=2:2;REFBIAS=55:50;VARBIAS=45:58;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.21561;ODDRATIO=1.41536;MQ=60;SN=33.333;HIAF=0.4926;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=100;HICOV=203;LSEQ=GGATGGGGTGGGGTCGGGGC;RSEQ=TGCCTGGCACCAGGTACCGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:208:103:105,103:0.4952:55,50:45,58 chr7 75611149 . G A 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=94;END=75611149;VD=44;AF=0.4681;BIAS=1:2;REFBIAS=1:49;VARBIAS=4:40;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.18204;ODDRATIO=4.8257890165042;MQ=60;SN=43;HIAF=0.4674;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=43;HICOV=92;LSEQ=TCTCGACAAGGACACATCGC;RSEQ=TCGGGCTCTGTGGCTAGGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:94:44:50,44:0.4681:1,49:4,40 chr7 75611312 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=54;END=75611312;VD=2;AF=0.037;BIAS=2:0;REFBIAS=48:4;VARBIAS=2:0;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0370;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=54;LSEQ=CAGATGGAAGCCTGCCCAGC;RSEQ=CTGCCCCGGCTTCTGGGCGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:54:2:52,2:0.037:48,4:2,0 chr7 75611355 . C T 176 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=75611355;VD=36;AF=0.6;BIAS=1:1;REFBIAS=24:0;VARBIAS=36:0;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=0.5893;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=33;HICOV=56;LSEQ=GGCCCCCGGCAGCTCCACGC;RSEQ=GCCTCCCTCCTTGCTCCCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:60:36:24,36:0.6:24,0:36,0 chr7 75611620 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=75611620;VD=3;AF=0.01;BIAS=2:2;REFBIAS=185:111;VARBIAS=1:2;PMEAN=65.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.5592;ODDRATIO=3.31949;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=293;LSEQ=GGGGAGATGGGCCGGCTGAA;RSEQ=AGCTACGAGAACCAGAAGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:299:3:296,3:0.01:185,111:1,2 chr7 75612658 . CA C 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=72;END=75612659;VD=29;AF=0.4028;BIAS=1:1;REFBIAS=42:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=0.4085;ADJAF=0.0694;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=29;HICOV=71;LSEQ=GGCAGAGCGAAACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAGAGAACTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:72:29:42,29:0.4028:42,0:29,0 chr7 75612671 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=75612671;VD=2;AF=0.0274;BIAS=1:0;REFBIAS=71:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0303;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=66;LSEQ=TCTGTCTCAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AGAACTGCATTGGACCAGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:2:71,2:0.0274:71,0:2,0 chr7 75612770 . C G 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=75612770;VD=83;AF=0.497;BIAS=2:2;REFBIAS=71:13;VARBIAS=74:9;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.49341;ODDRATIO=1.5017946446003;MQ=60;SN=40.5;HIAF=0.4969;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=81;HICOV=163;LSEQ=GTGCTTTGTGCAACCAGAAG;RSEQ=GTCCTTGGAGACGGAGACTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:83:84,83:0.497:71,13:74,9 chr7 75612783 . G A 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=75612783;VD=83;AF=0.4511;BIAS=2:2;REFBIAS=80:20;VARBIAS=73:10;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.16512;ODDRATIO=1.81914100161904;MQ=60;SN=82;HIAF=0.4530;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=82;HICOV=181;LSEQ=CCAGAAGCGTCCTTGGAGAC;RSEQ=GAGACTCAGATCAAAGCCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:83:100,83:0.4511:80,20:73,10 chr7 75613385 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=116;END=75613385;VD=2;AF=0.0172;BIAS=1:0;REFBIAS=1:113;VARBIAS=0:2;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=114;LSEQ=TGTCGGGGTTCCCCCTACCC;RSEQ=GTCACTGTCATAGTCCTTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:116:2:114,2:0.0172:1,113:0,2 chr7 75613761 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=75613761;VD=2;AF=0.25;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=58.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=8;LSEQ=CCAGGGCTGCCCTTACTGTC;RSEQ=GCTTCCACAGCCCGCCTGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:2:6,2:0.25:6,0:2,0 chr7 75613998 . C T 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=201;END=75613998;VD=87;AF=0.4328;BIAS=2:1;REFBIAS=104:9;VARBIAS=84:3;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.23668;ODDRATIO=2.41324388242676;MQ=60;SN=174;HIAF=0.4394;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=87;HICOV=198;LSEQ=CCAGCTGGGGCACCTGTTGC;RSEQ=GCAGAGCTGGCCCAAGGTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:201:87:113,87:0.4328:104,9:84,3 chr7 75614029 . T C 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=256;END=75614029;VD=111;AF=0.4336;BIAS=2:2;REFBIAS=116:26;VARBIAS=102:9;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.02671;ODDRATIO=2.53145330734375;MQ=60;SN=110;HIAF=0.4418;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=110;HICOV=249;LSEQ=CCCAAGGTGTCACCCCCTCC;RSEQ=GCCGCAGCCACCCATCCCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:256:111:142,111:0.4336:116,26:102,9 chr7 75614082 . C G 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=349;END=75614082;VD=160;AF=0.4585;BIAS=2:2;REFBIAS=147:42;VARBIAS=136:24;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.10003;ODDRATIO=1.61684101602289;MQ=60;SN=79;HIAF=0.4580;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=158;HICOV=345;LSEQ=CTACCCCAAGTCCTGCCTGT;RSEQ=TCTTCCCTGCAGAGGAGTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:349:160:189,160:0.4585:147,42:136,24 chr7 75614288 . C T 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=575;END=75614288;VD=285;AF=0.4957;BIAS=2:2;REFBIAS=144:143;VARBIAS=133:152;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.40435;ODDRATIO=1.15056;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4810;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=266;HICOV=553;LSEQ=GAGGGCAAGGTGCGCCCCCT;RSEQ=AGCCCCCGCAACCTCCGCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:575:285:287,285:0.4957:144,143:133,152 chr7 75614296 . G A 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=588;END=75614296;VD=290;AF=0.4932;BIAS=2:2;REFBIAS=138:154;VARBIAS=127:163;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=0.40658;ODDRATIO=1.14984;MQ=60;SN=7.788;HIAF=0.4961;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=257;HICOV=518;LSEQ=GGTGCGCCCCCTCAGCCCCC;RSEQ=CAACCTCCGCCCCGTCACCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:588:290:292,290:0.4932:138,154:127,163 chr7 75614724 . G A 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=315;END=75614724;VD=172;AF=0.546;BIAS=2:2;REFBIAS=84:59;VARBIAS=104:68;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.8177;ODDRATIO=1.07398696179828;MQ=60;SN=20.5;HIAF=0.5377;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=164;HICOV=305;LSEQ=CTCAGCATCTGTCCAGCCCC;RSEQ=GTCCCCAGAACCAGTCCGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:315:172:143,172:0.546:84,59:104,68 chr7 75614863 . TG CT 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=409;END=75614864;VD=188;AF=0.4597;BIAS=2:2;REFBIAS=161:55;VARBIAS=133:55;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.43332;ODDRATIO=1.20995;MQ=60;SN=93;HIAF=0.4650;ADJAF=0.0465;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=186;HICOV=400;LSEQ=GGGCTGGGCAAGGGCCTCGG;RSEQ=TGGCGGTGGAGCTCACACGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:409:188:216,188:0.4597:161,55:133,55 chr7 75614953 . T C 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=605;END=75614953;VD=310;AF=0.5124;BIAS=2:2;REFBIAS=175:119;VARBIAS=191:119;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.61784;ODDRATIO=1.0912741717229;MQ=60;SN=61;HIAF=0.5117;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=305;HICOV=596;LSEQ=GTGGAGTACGAGACCAAGGC;RSEQ=GGCCGCATCAACAAGGGCGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:605:310:294,310:0.5124:175,119:191,119 chr7 75616443 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=75616443;VD=3;AF=0.05;BIAS=1:0;REFBIAS=1:56;VARBIAS=0:3;PMEAN=53.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0465;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=43;LSEQ=GCCTCCCATCCCCTCCCACA;RSEQ=CACACAGGACAGAAGCCCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:3:57,3:0.05:1,56:0,3 chr7 75616445 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=75616445;VD=3;AF=0.05;BIAS=1:0;REFBIAS=1:56;VARBIAS=0:3;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=45;LSEQ=CTCCCATCCCCTCCCACAAC;RSEQ=CACAGGACAGAAGCCCCTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:3:57,3:0.05:1,56:0,3 chr7 75956985 . GCCC G 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=80;END=75956988;VD=44;AF=0.55;BIAS=2:1;REFBIAS=2:31;VARBIAS=0:44;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.18045;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=88;HIAF=0.5946;ADJAF=0.05;SHIFT3=9;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=44;HICOV=74;LSEQ=GGGAAAGCCCCACCTACCCT;RSEQ=CCCCCCCCCTCCCCCCCCAA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:80:44:33,44:0.55:2,31:0,44 chr7 75957133 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=94;END=75957133;VD=2;AF=0.0213;BIAS=1:0;REFBIAS=1:91;VARBIAS=0:2;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0222;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=90;LSEQ=TTTACTCTAGCGTGAGGAGG;RSEQ=GGCCTCCTAAGGAAAGTCAT;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:94:2:92,2:0.0213:1,91:0,2 chr7 83587990 . CT C 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=774;END=83587991;VD=14;AF=0.0181;BIAS=2:2;REFBIAS=375:382;VARBIAS=6:8;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.78881;ODDRATIO=1.30844;MQ=60;SN=28;HIAF=0.0189;ADJAF=0.0026;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=14;HICOV=742;LSEQ=TTCTCCCAAATTATTTACAT;RSEQ=TTTTTTTGCCTAATGTGTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:774:14:757,14:0.0181:375,382:6,8 chr7 83589551 . G A 336 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=598;END=83589551;VD=595;AF=0.995;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=251:344;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.42282;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=147.75;HIAF=0.9966;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=591;HICOV=593;LSEQ=TCATGCAGGGATTCAAGCAC;RSEQ=GAATTAAGACACATTTTCTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:598:595:1,595:0.995:1,0:251,344 chr7 83589703 . G GT 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=597;END=83589703;VD=17;AF=0.0285;BIAS=2:2;REFBIAS=290:258;VARBIAS=11:6;PMEAN=50.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.46051;ODDRATIO=1.62964652966771;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0299;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=16;HICOV=536;LSEQ=TTTTCCTGCTTAAATGTTCT;RSEQ=TTTTTTTTTCTAAGAACATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:597:17:548,17:0.0285:290,258:11,6 chr7 83590852 . T C 345 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=820;END=83590852;VD=816;AF=0.9951;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=425:391;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34.478;HIAF=0.9975;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=793;HICOV=795;LSEQ=TGTTCACAGAACTCATCCAT;RSEQ=GTGTTGAGATTGGGGTGGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:820:816:0,816:0.9951:0,0:425,391 chr7 83591152 . T TA 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=491;END=83591152;VD=6;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=103:361;VARBIAS=2:4;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.61965;ODDRATIO=1.75002625039376;MQ=62.8;SN=12;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=6;HICOV=467;LSEQ=TCCACTCTGATCTAGCAGGT;RSEQ=AAAAAAAAGGCAGTGTAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:491:6:464,6:0.0122:103,361:2,4 chr7 83591303 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=83591303;VD=3;AF=0.0167;BIAS=1:0;REFBIAS=0:177;VARBIAS=0:3;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=177;LSEQ=TGATAGCATTTTCCCATTAG;RSEQ=AGAATTATAATATCTGTCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:3:177,3:0.0167:0,177:0,3 chr7 83592380 . T A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=83592380;VD=2;AF=0.0105;BIAS=1:0;REFBIAS=188:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=182;LSEQ=ATCAGTCTGCACTAAACACT;RSEQ=GTTCAATGAATGAGCGATTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:2:188,2:0.0105:188,0:2,0 chr7 83606353 . T TGA 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=233;END=83606353;VD=231;AF=0.9914;BIAS=0:2;REFBIAS=8:0;VARBIAS=209:21;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=76;HIAF=0.9785;ADJAF=0.1459;SHIFT3=6;MSI=4;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=228;HICOV=233;LSEQ=CTGCATTTCTTTAAGTATTC;RSEQ=GAGAGATGCATACATTGCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:233:231:8,231:0.9914:8,0:209,21 chr7 83606518 . G A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=264;END=83606518;VD=261;AF=0.9886;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=72:189;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=0.9923;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=258;HICOV=260;LSEQ=TGTCGTCTTGTGCGTCTGAA;RSEQ=CAATTACATTTAAAAGGTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:264:261:0,261:0.9886:0,0:72,189 chr7 83630994 . T TTACA 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=41;END=83630994;VD=40;AF=0.9756;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=40:0;PMEAN=28.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80;HIAF=0.9756;ADJAF=0.3415;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=40;HICOV=41;LSEQ=AGTTTGTTCATTGAGGTAAC;RSEQ=TAAATAATATAAAATGTAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:41:40:1,40:0.9756:1,0:40,0 chr7 83640051 . TATAATAATGTA ATTC 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=38;END=83640062;VD=37;AF=0.9737;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=37:0;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74;HIAF=0.9737;ADJAF=0.2895;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=37;HICOV=38;LSEQ=TGTATAATATTTTACATTAT;RSEQ=AAAGGTTTAAAGTCAAAGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:38:37:0,37:0.9737:0,0:37,0 chr7 83643294 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=83643294;VD=2;AF=0.0154;BIAS=1:0;REFBIAS=127:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=5;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=124;LSEQ=TTTCAAACAAATATTACGTA;RSEQ=TGTAATTGTGAAATAATGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:2:128,2:0.0154:127,1:2,0 chr7 83643504 . G GT 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=499;END=83643504;VD=5;AF=0.01;BIAS=2:2;REFBIAS=318:150;VARBIAS=4:1;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.88458784063925;MQ=63.2;SN=10;HIAF=0.0109;ADJAF=0.002;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=5;HICOV=460;LSEQ=GGAAAATGACATCCTTCTCA;RSEQ=TTTTTTTTTCTTTACCTCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:499:5:468,5:0.01:318,150:4,1 chr7 83675287 . G GA 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=18;END=83675287;VD=18;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=18:0;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.4;SN=36;HIAF=0.9474;ADJAF=0.2778;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=18;HICOV=19;LSEQ=AAACAATAAGAGATGTAAAG;RSEQ=AAAAAAAAAAACTACACTGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:18:18:1,18:1:1,0:18,0 chr7 83690195 . T C 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=83690195;VD=11;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:11;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=CACAGGTATGTTATAATCTA;RSEQ=CATAATGGCTTTTGAGGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:0,11 chr7 83739582 . C G 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=83739582;VD=169;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=169:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=83.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=4;NM=1.3;HICNT=167;HICOV=167;LSEQ=AACAAATGCTTTCTTCCTTC;RSEQ=TTCCTCCTGCTCCCTAGTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:169:169:0,169:1:0,0:169,0 chr7 83739762 . T C 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=480;END=83739762;VD=475;AF=0.9896;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=316:159;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.929;HIAF=0.9957;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=461;HICOV=463;LSEQ=AAAGGGGTCATGGACAAATA;RSEQ=AATTTTTAAAAAGCCAGCGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:480:475:0,475:0.9896:0,0:316,159 chr7 83740015 . T C 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=310;END=83740015;VD=306;AF=0.9871;BIAS=2:2;REFBIAS=1:1;VARBIAS=40:266;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.24889;ODDRATIO=6.58074;MQ=60;SN=19.4;HIAF=0.9898;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=291;HICOV=294;LSEQ=CTTTTGTTTTCTTTCTTTTT;RSEQ=TTTTTTTGGCATCCCTTTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:310:306:2,306:0.9871:1,1:40,266 chr7 83758691 . C T 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=83758691;VD=80;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:79;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=160;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=80;HICOV=80;LSEQ=GAACATAAGTCATTGATTCT;RSEQ=CATCTACCCAATAGCCTTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:80:80:0,80:1:0,0:1,79 chr7 83764309 . C G 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=362;END=83764309;VD=359;AF=0.9917;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=59:300;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.615;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=346;HICOV=346;LSEQ=CATTGGGTATTAATGTGAAG;RSEQ=ACTATATAAGCATAGACTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:362:359:0,359:0.9917:0,0:59,300 chr7 83764431 . AC A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=139;END=83764432;VD=5;AF=0.036;BIAS=1:0;REFBIAS=0:116;VARBIAS=0:5;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0421;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=95;LSEQ=AACCAAAATGTGTGCATTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:139:5:116,5:0.036:0,116:0,5 chr7 83764432 . CT C 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=138;END=83764433;VD=67;AF=0.4855;BIAS=1:1;REFBIAS=0:53;VARBIAS=0:67;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66;HIAF=0.5038;ADJAF=0.0435;SHIFT3=16;MSI=17;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=66;HICOV=131;LSEQ=ACCAAAATGTGTGCATTTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:67:53,67:0.4855:0,53:0,67 chr7 83823723 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=83823723;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=183:10;VARBIAS=2:0;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=4;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=ATGATTTGGGGTTGGGAGGG;RSEQ=GTTCAAGGAATTAAGGGGGG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:193,2:0.0101:183,10:2,0 chr7 83823737 . AG A 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=205;END=83823738;VD=103;AF=0.5024;BIAS=2:2;REFBIAS=86:12;VARBIAS=96:7;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.23083;ODDRATIO=1.90748688602766;MQ=60;SN=33.333;HIAF=0.5435;ADJAF=0.0634;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=100;HICOV=184;LSEQ=GGAGGGAGTTCAAGGAATTA;RSEQ=GGGGGGGGCGGTTATTACAA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:205:103:98,103:0.5024:86,12:96,7 chr7 83824129 . A T 98 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=592;END=83824129;VD=9;AF=0.0152;BIAS=2:2;REFBIAS=241:341;VARBIAS=3:6;PMEAN=17.1;PSTD=1;QUAL=31.2;QSTD=1;SBF=0.74262;ODDRATIO=1.41269;MQ=60;SN=3.5;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=7;HICOV=560;LSEQ=AAAGAAAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=TTCCGAGCCAGGCACCGGAT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:592:9:582,9:0.0152:241,341:3,6 chr7 83824176 . GA G 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=494;END=83824177;VD=173;AF=0.3502;BIAS=2:2;REFBIAS=104:185;VARBIAS=64:109;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.84209;ODDRATIO=1.04433188867422;MQ=60;SN=172;HIAF=0.3652;ADJAF=0.0283;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=172;HICOV=471;LSEQ=GCACAACTGTTGTGTGGAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAAAATTAACAA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:494:173:289,173:0.3502:104,185:64,109 chr7 83824340 . AAGAG A 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=143;END=83824344;VD=62;AF=0.4336;BIAS=1:1;REFBIAS=1:40;VARBIAS=1:61;PMEAN=49.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.51854;MQ=59.7;SN=124;HIAF=0.4397;ADJAF=0.014;SHIFT3=25;MSI=14;MSILEN=2;NM=0.9;HICNT=62;HICOV=141;LSEQ=CAGAGAGAGAGAGAGAGAGA;RSEQ=AGAGAGAGAGAGAGAGAGAG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:143:62:41,62:0.4336:1,40:1,61 chr7 83824562 . C A 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=83824562;VD=9;AF=0.5294;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:9;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.5625;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=9;HICOV=16;LSEQ=GATTAGAGCCGGGAGCAGAA;RSEQ=CCTCAGGCGTGCCTGTGAAA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:17:9:8,9:0.5294:0,8:0,9 chr7 83936339 . C T 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=98;END=83936339;VD=49;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=48:0;VARBIAS=47:2;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.49485;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=98;HIAF=0.5052;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=49;HICOV=97;LSEQ=CTACAAACTGATTTTTATTT;RSEQ=AAATGTTGGAGCCCTCTCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:98:49:48,49:0.5:48,0:47,2 chr7 83946069 . A AT 100 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=352;END=83946069;VD=6;AF=0.017;BIAS=2:2;REFBIAS=167:161;VARBIAS=4:2;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=0.68521;ODDRATIO=1.92448327624033;MQ=63.2;SN=12;HIAF=0.0183;ADJAF=0.0028;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=6;HICOV=327;LSEQ=AAGCTATAATCCAGAAGCAG;RSEQ=TTTTTTTTTCCAAAACTGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:352:6:328,6:0.017:167,161:4,2 chr7 83946290 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=136;END=83946291;VD=4;AF=0.0294;BIAS=1:0;REFBIAS=2:130;VARBIAS=0:4;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0308;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=130;LSEQ=CTTGTGATAACAGCAAAAAC;RSEQ=TTTTTTTTTCGCACATTAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:136:4:132,4:0.0294:2,130:0,4 chr7 84001008 . T C 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=84001008;VD=87;AF=0.5506;BIAS=1:1;REFBIAS=70:0;VARBIAS=87:0;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.5;HIAF=0.5484;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=85;HICOV=155;LSEQ=TTCACTTTGCTTTTAGGTTG;RSEQ=TATTTTGAAGACATTGGCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:158:87:70,87:0.5506:70,0:87,0 chr7 84001060 . C T 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=215;END=84001060;VD=97;AF=0.4512;BIAS=2:2;REFBIAS=88:30;VARBIAS=80:17;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.1866;ODDRATIO=1.60079399382094;MQ=60;SN=47.5;HIAF=0.4502;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=95;HICOV=211;LSEQ=AGATGTTAATCTCCTTAAAA;RSEQ=TTTTTCGGTTCCACTTAAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:215:97:118,97:0.4512:88,30:80,17 chr7 84001413 . A C 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=84001413;VD=26;AF=0.5909;BIAS=1:1;REFBIAS=0:18;VARBIAS=0:26;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25;HIAF=0.5952;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=25;HICOV=42;LSEQ=TTGTTCTCTCATCACTAGGC;RSEQ=CTCAGAGCACTATTATCTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:44:26:18,26:0.5909:0,18:0,26 chr7 84121536 . G C 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=82;END=84121536;VD=43;AF=0.5244;BIAS=1:1;REFBIAS=39:0;VARBIAS=43:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=0.5244;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=43;HICOV=82;LSEQ=AATACAGGATTGAATTAACA;RSEQ=TATTATTAGCACCACATTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:82:43:39,43:0.5244:39,0:43,0 chr7 84121654 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=237;END=84121654;VD=3;AF=0.0127;BIAS=1:2;REFBIAS=225:9;VARBIAS=2:1;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.12181;ODDRATIO=12.10853;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=236;LSEQ=ATGAAACTGGAGAAATTAAT;RSEQ=GGGTTATGAACATAAGCTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:237:3:234,3:0.0127:225,9:2,1 chr7 84122214 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=84122214;VD=2;AF=0.0116;BIAS=1:0;REFBIAS=1:169;VARBIAS=0:2;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=AGCGGAGCACTAGATTCAAG;RSEQ=CAGATGGGTTGTACCAGGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:170,2:0.0116:1,169:0,2 chr7 84122246 . T TGAGA 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=129;END=84122246;VD=111;AF=0.8605;BIAS=1:1;REFBIAS=0:20;VARBIAS=0:111;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.4;SN=222;HIAF=0.8473;ADJAF=0.093;SHIFT3=9;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=111;HICOV=131;LSEQ=TACCAGGGCGCAAACAACAT;RSEQ=GAGAGAGAGGCGTGATTAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:129:111:20,111:0.8605:0,20:0,111 chr7 84122255 . G GAGAC 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=115;END=84122255;VD=2;AF=0.0174;BIAS=1:0;REFBIAS=0:111;VARBIAS=0:2;PMEAN=57;PSTD=1;QUAL=25.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0222;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=90;LSEQ=GCAAACAACATTGAGAGAGA;RSEQ=GCGTGATTAAAACAGCAGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:2:111,2:0.0174:0,111:0,2 chr7 89874278 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=156;END=89874278;VD=2;AF=0.0128;BIAS=1:0;REFBIAS=152:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=156;LSEQ=TATCCCATAGACATCCCTCA;RSEQ=CCCTCCACCCACTCATGCCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:2:154,2:0.0128:152,2:2,0 chr7 89884656 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=225;END=89884656;VD=3;AF=0.0133;BIAS=2:2;REFBIAS=179:43;VARBIAS=2:1;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.48112;ODDRATIO=2.07323;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0093;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=214;LSEQ=TTTTAAGTTACCAAGGGAAA;RSEQ=TATCATATAAATTAGTGTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:225:3:222,3:0.0133:179,43:2,1 chr7 89887877 . C T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=89887877;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:6;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=TATAAGGATCCCTGTGATTA;RSEQ=GGTGGGCCCACCTGGATAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:0,6 chr7 89891518 . C T 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=94;END=89891518;VD=94;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:94;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=188;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=94;HICOV=94;LSEQ=CACTTGATTCCAGCAGTTGG;RSEQ=ATTTCAGGTAATCAGTTTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:94:94:0,94:1:0,0:0,94 chr7 89897260 . A G 101 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=89897260;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=TTAATAGATGAGAAAAGTAA;RSEQ=ACACAAGTTTACATGGGTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr7 89897829 . T C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=89897829;VD=147;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:145;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=142;HICOV=142;LSEQ=AAAAGAAAACTTTTTTGTAG;RSEQ=CTTGAGCTCTTTGGTCATCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:147:147:0,147:1:0,0:2,145 chr7 89901039 . A C 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=584;END=89901039;VD=582;AF=0.9966;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=248:334;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=567;HICOV=567;LSEQ=ATTGTCAACTACTTTTGTTT;RSEQ=TGTCTAAAAATGTCAATATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:584:582:1,582:0.9966:0,1:248,334 chr7 89906609 . C T 327 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=568;END=89906609;VD=565;AF=0.9947;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=209:356;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50.364;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=554;HICOV=555;LSEQ=TTGAAGAAATTACTATTCAA;RSEQ=GTAATTGTGATCTTATGTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:568:565:0,565:0.9947:0,0:209,356 chr7 89908833 . G GT 101 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=110;END=89908833;VD=6;AF=0.0545;BIAS=1:0;REFBIAS=94:4;VARBIAS=6:0;PMEAN=53.7;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=12;HIAF=0.0600;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=6;HICOV=100;LSEQ=TAACTTATTTAATTTTTGGT;RSEQ=TTTTTTTTTTGGTACCTATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:110:6:98,6:0.0545:94,4:6,0 chr7 89908849 . C A 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=89908849;VD=4;AF=0.0333;BIAS=1:0;REFBIAS=112:4;VARBIAS=4:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0275;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=3;HICOV=109;LSEQ=TGGTGTTTTTTTTTTGGTAC;RSEQ=TATCATAGATTGGGGTTATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:4:116,4:0.0333:112,4:4,0 chr7 89912076 . T TA 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=157;END=89912076;VD=3;AF=0.0191;BIAS=1:0;REFBIAS=138:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=65;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0216;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=3;HICOV=139;LSEQ=GGGATAATATTTTATTTCTC;RSEQ=AAAAAAAAACTAAAGCAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:3:138,3:0.0191:138,0:3,0 chr7 89912301 . 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TA T 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=466;END=89929615;VD=437;AF=0.9378;BIAS=2:2;REFBIAS=14:12;VARBIAS=189:248;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.31427;ODDRATIO=1.52941;MQ=60;SN=217.5;HIAF=0.9375;ADJAF=0.0837;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=435;HICOV=464;LSEQ=TTTAATTATATTCTTTTAAC;RSEQ=AAAAAAAAATTAAAGTAGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:466:437:26,437:0.9378:14,12:189,248 chr7 89929951 . T A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=89929951;VD=2;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=0:104;VARBIAS=0:2;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0206;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=97;LSEQ=TTCCATACTGCTATATTACA;RSEQ=TTTTTTCTTTTTTTTTTCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:2:104,2:0.0189:0,104:0,2 chr7 89929958 . C CT 47 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=100;END=89929958;VD=3;AF=0.03;BIAS=1:0;REFBIAS=0:87;VARBIAS=0:3;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=30;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=2;HIAF=0.0267;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=2;HICOV=75;LSEQ=CTGCTATATTACATTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTCTTTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:100:3:87,3:0.03:0,87:0,3 chr7 89929969 . C CT 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=86;END=89929969;VD=3;AF=0.0349;BIAS=1:0;REFBIAS=0:78;VARBIAS=0:3;PMEAN=58.7;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=6;HIAF=0.0405;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=3;HICOV=74;LSEQ=CATTTTTTTCTTTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTGTGAGACAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:86:3:78,3:0.0349:0,78:0,3 chr7 89932615 . CT C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=58;END=89932616;VD=3;AF=0.0517;BIAS=1:0;REFBIAS=54:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0526;ADJAF=0.0172;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=57;LSEQ=CCCCTCTTCCTGTTTGGATG;RSEQ=TTTTTTTTTTCTTTCTCTTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:3:55,3:0.0517:54,1:3,0 chr7 89932721 . C A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=89932721;VD=2;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=147:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0141;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=142;LSEQ=AGTTTACAAAGGGAATGCTT;RSEQ=CAGCTTTTCTCCATTCCATA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:2:149,2:0.0132:147,2:2,0 chr7 89933362 . G A 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=642;END=89933362;VD=292;AF=0.4548;BIAS=2:2;REFBIAS=198:149;VARBIAS=161:131;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.63201;ODDRATIO=1.08111;MQ=60;SN=31.444;HIAF=0.4639;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=283;HICOV=610;LSEQ=GCTAACTGCCCATCTATTGC;RSEQ=GTTATGGATGTTTCTGAGAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:642:292:347,292:0.4548:198,149:161,131 chr7 89933721 . G GT 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=629;END=89933721;VD=44;AF=0.07;BIAS=2:2;REFBIAS=267:204;VARBIAS=22:22;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.42902;ODDRATIO=1.30812;MQ=61.1;SN=43;HIAF=0.0869;ADJAF=0.0016;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=43;HICOV=495;LSEQ=TGACATTCTGAGTCACTTGA;RSEQ=TTTTTTTTTTTAAGTCTTTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:629:44:471,44:0.07:267,204:22,22 chr7 89933949 . TTAGATAGGTAGATAGATAGA T 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=611;END=89933969;VD=68;AF=0.1113;BIAS=2:2;REFBIAS=260:282;VARBIAS=28:40;PMEAN=11.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.30529;ODDRATIO=1.31653;MQ=60;SN=136;HIAF=0.1120;ADJAF=0.1097;SHIFT3=7;MSI=11;MSILEN=4;NM=1.5;HICNT=68;HICOV=607;LSEQ=AAGTAACTTTGCATTTGTTT;RSEQ=TAGATAGATAGATAGATAGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:611:68:542,68:0.1113:260,282:28,40 chr7 89933957 . GTAGATAGATAGATAGATAGA G 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=624;END=89933977;VD=508;AF=0.8141;BIAS=2:2;REFBIAS=58:47;VARBIAS=229:279;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.06764;ODDRATIO=1.50245;MQ=60;SN=41.333;HIAF=0.8171;ADJAF=0.3141;SHIFT3=25;MSI=11;MSILEN=4;NM=0.5;HICNT=496;HICOV=607;LSEQ=TTGCATTTGTTTTTAGATAG;RSEQ=TAGATAGATAGATAGATAGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:624:508:105,508:0.8141:58,47:229,279 chr7 89935888 . C A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=89935888;VD=5;AF=0.8333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=TAACGATAGTTCAGAAAGAT;RSEQ=AGAATAAATCAGCAGTTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:5:0,5:0.8333:0,0:5,0 chr7 89937027 . CA C 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=164;END=89937028;VD=12;AF=0.0732;BIAS=2:2;REFBIAS=112:38;VARBIAS=9:3;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0177495521902;MQ=60;SN=24;HIAF=0.0741;ADJAF=0.0061;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=12;HICOV=162;LSEQ=GACAGAGTGAGGTTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAGAAAAAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:12:150,12:0.0732:112,38:9,3 chr7 89937210 . A G 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=258;END=89937210;VD=258;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=103:155;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=63.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=254;HICOV=254;LSEQ=AGTATCCACAACAAATAGCC;RSEQ=ACTCTTACAGACAGACTTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:258:258:0,258:1:0,0:103,155 chr7 89937226 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=215;END=89937226;VD=3;AF=0.014;BIAS=2:2;REFBIAS=49:163;VARBIAS=1:2;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.54993;ODDRATIO=1.6588424597316;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0094;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=212;LSEQ=AGCCAACTCTTACAGACAGA;RSEQ=TTTTTCAGGAACAAATATTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:215:3:212,3:0.014:49,163:1,2 chr7 89938588 . C G 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=248;END=89938588;VD=243;AF=0.9798;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=185:58;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.789;HIAF=0.9868;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=224;HICOV=227;LSEQ=AATCCTCAGAAAGCAAAAAG;RSEQ=CTTCAAGAAAAAGCTATAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:248:243:0,243:0.9798:0,0:185,58 chr7 89938872 . T TA 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=84;END=89938872;VD=4;AF=0.0476;BIAS=1:0;REFBIAS=0:71;VARBIAS=0:4;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=8;HIAF=0.0548;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=4;HICOV=73;LSEQ=TTAGAAGTTAAAAAAATTAA;RSEQ=AAAAAAAAAACTTAGGCCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:84:4:71,4:0.0476:0,71:0,4 chr7 89940320 . GA G 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=548;END=89940321;VD=7;AF=0.0128;BIAS=2:2;REFBIAS=240:301;VARBIAS=2:5;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.47247;ODDRATIO=1.991;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=7;HICOV=536;LSEQ=ATGAGCCAAATGGTAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAATGCAGCTGGTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:548:7:541,7:0.0128:240,301:2,5 chr7 89940513 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=89940513;VD=2;AF=0.011;BIAS=1:0;REFBIAS=4:175;VARBIAS=0:2;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=178;LSEQ=CATAGAGCAAATCTGTGTCC;RSEQ=TGGATGCCCTTATGAAGTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:2:179,2:0.011:4,175:0,2 chr7 99775325 . CT GG 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=426;END=99775326;VD=5;AF=0.0117;BIAS=2:0;REFBIAS=380:33;VARBIAS=0:5;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=23.7;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0.0094;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=4;HICOV=389;LSEQ=GAGGGTAGCGGGGGTGGGAC;RSEQ=GGGTGGGGGCGGGGCTAAAG;DUPRATE=0.025;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:426:5:413,5:0.0117:380,33:0,5 chr7 99775759 . G GC 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=184;END=99775759;VD=177;AF=0.962;BIAS=0:1;REFBIAS=0:10;VARBIAS=4:173;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.2;SN=354;HIAF=0.9465;ADJAF=0.0707;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=177;HICOV=187;LSEQ=TAGGAGCCTTCCCGGGCCGT;RSEQ=CCCCAATGGCCTCCGCCACA;DUPRATE=0.025;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:184:177:10,177:0.962:0,10:4,173 chr7 99777855 . AT A 92 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=48;END=99777856;VD=6;AF=0.125;BIAS=1:0;REFBIAS=42:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=24.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.1250;ADJAF=0.0208;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=6;HICOV=48;LSEQ=CCTGACTAATGATTATTATT;RSEQ=TTTTTTTTTAGAAATGGGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:48:6:42,6:0.125:42,0:6,0 chr7 99777869 . A C 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=99777869;VD=29;AF=0.4677;BIAS=1:1;REFBIAS=33:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=0.4677;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=29;HICOV=62;LSEQ=ATTATTATTTTTTTTTTAGA;RSEQ=ATGGGGTCTTGCTGTATTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:62:29:33,29:0.4677:33,0:29,0 chr7 99779632 . 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CT C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=55;END=99780152;VD=5;AF=0.0909;BIAS=2:2;REFBIAS=37:12;VARBIAS=4:1;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.29138901802779;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0962;ADJAF=0.0182;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=5;HICOV=52;LSEQ=ACAGGAAGGGGACTCAAGGA;RSEQ=TTTTTTTTAAGGGAAAAAAA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:55:5:49,5:0.0909:37,12:4,1 chr7 99780307 . G GT 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=160;END=99780307;VD=3;AF=0.0187;BIAS=2:0;REFBIAS=113:36;VARBIAS=3:0;PMEAN=20.7;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0205;ADJAF=0.0063;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=146;LSEQ=ATGTCACTGTTACCTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTCATATTTCTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:3:149,3:0.0187:113,36:3,0 chr7 99780337 . A T 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=99780337;VD=2;AF=0.0112;BIAS=2:0;REFBIAS=125:50;VARBIAS=2:0;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=174;LSEQ=CATATTTCTGATCTTTTTAT;RSEQ=CATATTAGGTGGCAAAACAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:2:175,2:0.0112:125,50:2,0 chr7 99783808 . A AT 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=268;END=99783808;VD=3;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=166:85;VARBIAS=2:1;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.02400262144671;MQ=62.8;SN=6;HIAF=0.0121;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=247;LSEQ=CAGAAACAGAAGTCATCTAC;RSEQ=TTTTTTTTCCCTAGTCTTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:3:251,3:0.0112:166,85:2,1 chr7 99784064 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=107;END=99784064;VD=2;AF=0.0187;BIAS=1:0;REFBIAS=0:105;VARBIAS=0:2;PMEAN=70;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0187;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=107;LSEQ=AAATTTTACTTATTTAGGCC;RSEQ=GGCACTGTGACTCACACCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:107:2:105,2:0.0187:0,105:0,2 chr7 99793149 . A G 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=99793149;VD=55;AF=0.4545;BIAS=1:1;REFBIAS=0:66;VARBIAS=0:55;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=110;HIAF=0.4583;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=55;HICOV=120;LSEQ=GAGCAAAAATTCTTGACAAC;RSEQ=AATGTTTCAAATTGGTGAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:121:55:66,55:0.4545:0,66:0,55 chr7 99794872 . A G 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=405;END=99794872;VD=192;AF=0.4741;BIAS=2:2;REFBIAS=78:135;VARBIAS=74:118;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.75794;ODDRATIO=1.08517541860642;MQ=37.2;SN=95;HIAF=0.4774;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=190;HICOV=398;LSEQ=TTCCTCACCGACAGCTATTT;RSEQ=AAATATATTGGTTGGACTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:405:192:213,192:0.4741:78,135:74,118 chr7 99795215 . C G 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=122;END=99795215;VD=56;AF=0.459;BIAS=2:2;REFBIAS=49:17;VARBIAS=39:17;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.68587;ODDRATIO=1.25404;MQ=60;SN=55;HIAF=0.4701;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=55;HICOV=117;LSEQ=CCTTCTCATCATGAGTACTG;RSEQ=TGTGATCCTTTTGTTTTTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:122:56:66,56:0.459:49,17:39,17 chr7 99800414 . G A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=136;END=99800414;VD=2;AF=0.0147;BIAS=1:0;REFBIAS=0:133;VARBIAS=0:2;PMEAN=67;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0153;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=131;LSEQ=ATAATTATGGAGAAAAAGCT;RSEQ=TGAAGAAATTCACTGGAGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:136:2:133,2:0.0147:0,133:0,2 chr7 99801356 . C T 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=99801356;VD=6;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=5;HICOV=10;LSEQ=ACCGTATTAGCCAGGATGGT;RSEQ=TCGATCTCCTGACCTCGTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:6:6,6:0.5:6,0:6,0 chr7 99801909 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=116;END=99801910;VD=4;AF=0.0345;BIAS=2:0;REFBIAS=11:101;VARBIAS=0:4;PMEAN=57;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0364;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=110;LSEQ=TTAGTAGACCCTTGGGAAGT;RSEQ=TTTTTTTTTAACTGACTGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:116:4:112,4:0.0345:11,101:0,4 chr7 99802464 . C T 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=396;END=99802464;VD=200;AF=0.5051;BIAS=2:2;REFBIAS=101:93;VARBIAS=107:93;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=0.84009;ODDRATIO=1.05923226845183;MQ=60;SN=9;HIAF=0.4959;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=180;HICOV=363;LSEQ=GAGGTCTTGGAGGGAGGTCT;RSEQ=GGAGGGAGGGTATGTGTGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:396:200:194,200:0.5051:101,93:107,93 chr7 99802812 . G C 337 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=651;END=99802812;VD=646;AF=0.9923;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=303:343;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=91.286;HIAF=0.9969;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=639;HICOV=641;LSEQ=AAGGGCCTGCTGAGGGCCCA;RSEQ=TAGCCCCTTCAGGCTTTTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:651:646:0,646:0.9923:0,0:303,343 chr7 99803412 . G C 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=99803412;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:5;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=GCCGTGAGCTGAGATTGCGC;RSEQ=ACTGCACCCCAGCCTGGGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:0,5 chr7 99808717 . C A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=243;END=99808717;VD=4;AF=0.0165;BIAS=2:2;REFBIAS=46:193;VARBIAS=2:2;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.17572;ODDRATIO=4.16198443417822;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=240;LSEQ=GCATCCCGCCCACGCCCACC;RSEQ=TCACCTCCACAGCTGTGAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:243:4:239,4:0.0165:46,193:2,2 chr7 99809835 . C T 165 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=99809835;VD=23;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:23;PMEAN=25.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=23;HICOV=23;LSEQ=TTCAGTCCAAGTGGCAGCCC;RSEQ=TTCAGTGTCTCTCCCCACAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:23:23:0,23:1:0,0:0,23 chr7 99810643 . T G 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=99810643;VD=13;AF=0.9286;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=48.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.9286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=13;HICOV=14;LSEQ=AATTCCATAGACTGGTGTCT;RSEQ=ACAAACAGCAGGTATGTATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:13:0,13:0.9286:0,0:13,0 chr7 99811002 . T C 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=494;END=99811002;VD=494;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=324:170;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=53.889;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=485;HICOV=485;LSEQ=GGGAAGGAAAAAGAACAGAA;RSEQ=AGAACAGAACAGGGGAGTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:494:494:0,494:1:0,0:324,170 chr7 99811114 . G GA 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=569;END=99811114;VD=277;AF=0.4868;BIAS=2:2;REFBIAS=171:120;VARBIAS=186:91;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.04565;ODDRATIO=1.4334245946992;MQ=60.2;SN=91.333;HIAF=0.4893;ADJAF=0.0457;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=274;HICOV=560;LSEQ=TATTATTTCCTAACATCTCA;RSEQ=AAAAAATCCGTTTTCTGGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:569:277:291,277:0.4868:171,120:186,91 chr7 99811204 . G C 341 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=652;END=99811204;VD=652;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=351:301;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=107.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=646;HICOV=646;LSEQ=CTGCAGTCAGGCCTGATCCT;RSEQ=GTGCCCACACTGACTTCCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:652:652:0,652:1:0,0:351,301 chr7 99811313 . G A 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=598;END=99811313;VD=595;AF=0.995;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=234:361;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.885;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=569;HICOV=569;LSEQ=TTTTTATTTGCGAAGTGACA;RSEQ=GAGTGTGTAAAGGCCTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:598:595:0,595:0.995:0,0:234,361 chr7 99811464 . C G 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=497;END=99811464;VD=497;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=272:225;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54.222;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=488;HICOV=488;LSEQ=AGCAGGAGTTATGTATCCTT;RSEQ=GGAAATGCTGGCAGGCAACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:497:497:0,497:1:0,0:272,225 chr7 99811836 . A T 335 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=722;END=99811836;VD=712;AF=0.9861;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=356:356;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.4993;ODDRATIO=0;MQ=59.4;SN=29.957;HIAF=0.9928;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=689;HICOV=694;LSEQ=CGAGAGACCCTGTCCTCCCT;RSEQ=ATGCACTGTGGCCCAGTCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:722:712:2,712:0.9861:2,0:356,356 chr7 99812089 . A G 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=322;END=99812089;VD=321;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=85:236;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=106;HIAF=0.9969;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=318;HICOV=319;LSEQ=TCCCATGGCCCAGCATATAG;RSEQ=TGTCCCCACACCCTGCAGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:322:321:0,321:0.9969:0,0:85,236 chr7 99812297 . T C 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=99812297;VD=62;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:61;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.1;SN=124;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=62;HICOV=62;LSEQ=GAAGCTACCTGTCTCACCCA;RSEQ=GTGAGCCAGGCCAGGCCATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:62:62:0,62:1:0,0:1,61 chr7 117119540 . AAGG A 100 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=724;END=117119543;VD=8;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=390:314;VARBIAS=4:4;PMEAN=48.4;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.24165;MQ=60;SN=7;HIAF=0.0108;ADJAF=0.0014;SHIFT3=13;MSI=5;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=7;HICOV=650;LSEQ=CCGACTAGGATCATCGGGAA;RSEQ=AGGAGGAGGAGGAAGGCAGG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:724:8:704,8:0.011:390,314:4,4 chr7 117171053 . T C 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=764;END=117171053;VD=379;AF=0.4961;BIAS=2:2;REFBIAS=218:165;VARBIAS=193:186;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.1098;ODDRATIO=1.27287;MQ=60;SN=93.75;HIAF=0.4993;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=375;HICOV=751;LSEQ=TATCGCGATTTATCTAGGCA;RSEQ=AGGCTTATGCCTTCTCTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:764:379:383,379:0.4961:218,165:193,186 chr7 117171398 . G GT 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=204;END=117171398;VD=13;AF=0.0637;BIAS=1:1;REFBIAS=0:179;VARBIAS=0:13;PMEAN=49.7;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=12;HIAF=0.0710;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=12;HICOV=169;LSEQ=TGTAAACTGCCTCTGTTGTA;RSEQ=TTTTTTTTTTCTCCTAATCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:204:13:179,13:0.0637:0,179:0,13 chr7 117188387 . G GGT 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=99;END=117188387;VD=28;AF=0.2828;BIAS=1:1;REFBIAS=60:0;VARBIAS=27:1;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.31818;ODDRATIO=0;MQ=62.1;SN=27;HIAF=0.3253;ADJAF=0.0202;SHIFT3=32;MSI=17;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=27;HICOV=83;LSEQ=CCCCGCTTATAGGAGAAGAG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:28:60,28:0.2828:60,0:27,1 chr7 117188660 . A ATG 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=545;END=117188660;VD=189;AF=0.3468;BIAS=2:2;REFBIAS=175:83;VARBIAS=133:56;PMEAN=46.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.60567;ODDRATIO=1.12612612612613;MQ=60.1;SN=61.667;HIAF=0.4333;ADJAF=0.0257;SHIFT3=23;MSI=12;MSILEN=2;NM=0.6;HICNT=185;HICOV=427;LSEQ=AAACTCATCTTTTATTTTTG;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:545:189:258,189:0.3468:175,83:133,56 chr7 117188682 . G T 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=603;END=117188682;VD=10;AF=0.0166;BIAS=2:2;REFBIAS=298:223;VARBIAS=9:1;PMEAN=16.4;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.05023;ODDRATIO=6.71772134891845;MQ=33.4;SN=4;HIAF=0.0156;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=11;MSILEN=2;NM=3.3;HICNT=8;HICOV=512;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=TTTTTTTAACAGGGATTTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:603:10:521,10:0.0166:298,223:9,1 chr7 117188736 . C A 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=740;END=117188736;VD=138;AF=0.1865;BIAS=2:2;REFBIAS=304:298;VARBIAS=112:26;PMEAN=26.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=4.21514078570224;MQ=32;SN=16.25;HIAF=0.1868;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=130;HICOV=696;LSEQ=AAAGCAAAACAAAACAATAA;RSEQ=AATAGAAAAACTTCTAATGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:740:138:602,138:0.1865:304,298:112,26 chr7 117188750 . C T 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=785;END=117188750;VD=69;AF=0.0879;BIAS=2:2;REFBIAS=379:329;VARBIAS=60:9;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=5.77634011090573;MQ=29.8;SN=22;HIAF=0.0903;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=66;HICOV=731;LSEQ=CAATAACAATAGAAAAACTT;RSEQ=TAATGGTGATGACAGCCTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:785:69:708,69:0.0879:379,329:60,9 chr7 117188797 . A G 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=829;END=117188797;VD=77;AF=0.0929;BIAS=2:2;REFBIAS=383:366;VARBIAS=68:9;PMEAN=57.9;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=7.20616848021907;MQ=28.6;SN=18.25;HIAF=0.0899;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=73;HICOV=812;LSEQ=GTAATTTCTCACTTCTTGGT;RSEQ=CTCCTGTCCTGAAAGATATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:829:77:749,77:0.0929:383,366:68,9 chr7 117188840 . AGTT A 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=860;END=117188843;VD=89;AF=0.1035;BIAS=2:2;REFBIAS=431:339;VARBIAS=74:15;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=3.87476751394916;MQ=26.5;SN=178;HIAF=0.1061;ADJAF=0.014;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=89;HICOV=839;LSEQ=TTTCAAGATAGAAAGAGGAC;RSEQ=GTTGGCGGTTGCTGGATCCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:860:89:770,89:0.1035:431,339:74,15 chr7 117188850 . G T 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=829;END=117188850;VD=141;AF=0.1701;BIAS=2:2;REFBIAS=367:321;VARBIAS=122:19;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=5.6056953865127;MQ=26.6;SN=16.625;HIAF=0.1640;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=133;HICOV=811;LSEQ=GAAAGAGGACAGTTGTTGGC;RSEQ=GTTGCTGGATCCACTGGAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:829:141:688,141:0.1701:367,321:122,19 chr7 117188918 . G A 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=708;END=117188918;VD=59;AF=0.0833;BIAS=2:2;REFBIAS=307:339;VARBIAS=37:22;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.0293;ODDRATIO=1.85549411808365;MQ=18;SN=58;HIAF=0.0844;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.8;HICNT=58;HICOV=687;LSEQ=TATTAAGAACTTAATTTGGT;RSEQ=TCCATGTCTCTTTTTTTTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:708:59:646,59:0.0833:307,339:37,22 chr7 117188928 . C G 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=731;END=117188928;VD=50;AF=0.0684;BIAS=2:2;REFBIAS=270:328;VARBIAS=32:18;PMEAN=24.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.01189;ODDRATIO=2.15712498382156;MQ=23.2;SN=100;HIAF=0.0791;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=9;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=50;HICOV=632;LSEQ=TTAATTTGGTGTCCATGTCT;RSEQ=TTTTTTTTTCTAGTTTGTAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:731:50:598,50:0.0684:270,328:32,18 chr7 117188935 . T C 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=745;END=117188935;VD=98;AF=0.1315;BIAS=2:2;REFBIAS=299:348;VARBIAS=51:47;PMEAN=24.9;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.32842;ODDRATIO=1.26253061636745;MQ=26.2;SN=23.5;HIAF=0.1289;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=9;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=94;HICOV=729;LSEQ=GGTGTCCATGTCTCTTTTTT;RSEQ=TTCTAGTTTGTAGTGCTGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:745:98:647,98:0.1315:299,348:51,47 chr7 117189029 . G A 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=786;END=117189029;VD=266;AF=0.3384;BIAS=2:2;REFBIAS=171:345;VARBIAS=88:178;PMEAN=47.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00257;MQ=33.4;SN=65.5;HIAF=0.3484;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=262;HICOV=752;LSEQ=TGTCTTGTATAATAGAAATT;RSEQ=TTCCACTGATAATTTACTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:786:266:516,266:0.3384:171,345:88,178 chr7 117189032 . C T 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=790;END=117189032;VD=91;AF=0.1152;BIAS=2:2;REFBIAS=225:465;VARBIAS=19:72;PMEAN=47.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.02254;ODDRATIO=1.83232;MQ=35.3;SN=90;HIAF=0.1233;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=90;HICOV=730;LSEQ=CTTGTATAATAGAAATTGTT;RSEQ=CACTGATAATTTACTCTAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:790:91:690,91:0.1152:225,465:19,72 chr7 117189042 . T C 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=772;END=117189042;VD=96;AF=0.1244;BIAS=2:2;REFBIAS=206:469;VARBIAS=18:78;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.01645;ODDRATIO=1.90192;MQ=36.3;SN=47;HIAF=0.1252;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=94;HICOV=751;LSEQ=AGAAATTGTTCCACTGATAA;RSEQ=TTACTCTAGTTTTTTATTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:772:96:675,96:0.1244:206,469:18,78 chr7 117189071 . AT A 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=653;END=117189072;VD=141;AF=0.2159;BIAS=2:2;REFBIAS=119:390;VARBIAS=42:99;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.12374;ODDRATIO=1.38964161142841;MQ=37.9;SN=282;HIAF=0.2207;ADJAF=0.0168;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=141;HICOV=639;LSEQ=GTTTTTTATTTCCTCATATT;RSEQ=TTTCAGTGGCTTTTTCTTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:653:141:509,141:0.2159:119,390:42,99 chr7 117189089 . T C 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=578;END=117189089;VD=65;AF=0.1125;BIAS=2:2;REFBIAS=115:397;VARBIAS=6:59;PMEAN=30.4;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.01434;ODDRATIO=2.84436;MQ=41.9;SN=12;HIAF=0.1081;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=60;HICOV=555;LSEQ=TTATTTTCAGTGGCTTTTTC;RSEQ=TCCACATCTTTATATTTTGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:578:65:512,65:0.1125:115,397:6,59 chr7 117189140 . C T 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=380;END=117189140;VD=33;AF=0.0868;BIAS=1:1;REFBIAS=10:336;VARBIAS=0:33;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=33.9;SN=10;HIAF=0.0833;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.9;HICNT=30;HICOV=360;LSEQ=ACACTGTATCTTGCACATGG;RSEQ=GAGCATTCAATAACTTTATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:380:33:346,33:0.0868:10,336:0,33 chr7 117189184 . T C 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=262;END=117189184;VD=64;AF=0.2443;BIAS=1:1;REFBIAS=3:194;VARBIAS=0:64;PMEAN=48.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=34.8;SN=31;HIAF=0.2422;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=62;HICOV=256;LSEQ=TAAACAAATCATCCATTTTA;RSEQ=CCATTCTTAACCAGAACAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:262:64:197,64:0.2443:3,194:0,64 chr7 117189188 . T G 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=256;END=117189188;VD=61;AF=0.2383;BIAS=1:1;REFBIAS=3:192;VARBIAS=0:61;PMEAN=49.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=35.1;SN=29.5;HIAF=0.2351;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=59;HICOV=251;LSEQ=CAAATCATCCATTTTATCCA;RSEQ=TCTTAACCAGAACAGACATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:256:61:195,61:0.2383:3,192:0,61 chr7 117189206 . A G 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=222;END=117189206;VD=42;AF=0.1892;BIAS=1:1;REFBIAS=2:177;VARBIAS=0:42;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=34.8;SN=84;HIAF=0.1927;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=42;HICOV=218;LSEQ=CATTCTTAACCAGAACAGAC;RSEQ=TTTTTTCAGAGCTGGTCCAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:222:42:179,42:0.1892:2,177:0,42 chr7 117218242 . AT A 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=423;END=117218243;VD=13;AF=0.0307;BIAS=2:2;REFBIAS=268:141;VARBIAS=9:4;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.18327791648424;MQ=60;SN=26;HIAF=0.0312;ADJAF=0.0024;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=13;HICOV=417;LSEQ=ATGCAGGTCCACTTACACGT;RSEQ=TTTTTTTTTCCGTTTCTGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:423:13:409,13:0.0307:268,141:9,4 chr7 117229674 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=144;END=117229674;VD=2;AF=0.0139;BIAS=1:0;REFBIAS=0:142;VARBIAS=0:2;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=GCTTATGGTTTCATATTTTA;RSEQ=CTAAATAGTAAAATAATATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:144:2:142,2:0.0139:0,142:0,2 chr7 117242093 . CT C 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=410;END=117242094;VD=14;AF=0.0341;BIAS=2:2;REFBIAS=221:175;VARBIAS=7:7;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.78627;ODDRATIO=1.26212;MQ=60;SN=28;HIAF=0.0360;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=14;HICOV=389;LSEQ=GACTTTTTACACTGCTGAAA;RSEQ=TTTTTTTTTAAGACAATCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:410:14:396,14:0.0341:221,175:7,7 chr7 117242312 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=230;END=117242312;VD=3;AF=0.013;BIAS=1:0;REFBIAS=5:222;VARBIAS=0:3;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0095;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=211;LSEQ=ATTGGCCAGGCTGGCCTGAA;RSEQ=CTCCTGGCCTCAAGTGATCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:230:3:227,3:0.013:5,222:0,3 chr7 117244049 . G A 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=334;END=117244049;VD=143;AF=0.4281;BIAS=2:2;REFBIAS=31:160;VARBIAS=18:125;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.43488;ODDRATIO=1.34431;MQ=60;SN=46.667;HIAF=0.4281;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=140;HICOV=327;LSEQ=TTAGATAATTAGAGTAGCTT;RSEQ=GTTTGTAAGAATGTGATGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:334:143:191,143:0.4281:31,160:18,125 chr7 117252075 . A G 81 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=117252075;VD=8;AF=0.0417;BIAS=2:2;REFBIAS=116:53;VARBIAS=6:2;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=27.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.36841961218988;MQ=60;SN=1.667;HIAF=0.0294;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=2;NM=4.5;HICNT=5;HICOV=170;LSEQ=AATCGGATATATATATATAT;RSEQ=TGTATATATATATATATATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:8:169,8:0.0417:116,53:6,2 chr7 117252077 . G GTA 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=198;END=117252077;VD=65;AF=0.3283;BIAS=2:2;REFBIAS=39:15;VARBIAS=44:21;PMEAN=46.5;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.68963;ODDRATIO=1.23866;MQ=60.6;SN=130;HIAF=0.4745;ADJAF=0.0202;SHIFT3=30;MSI=16;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=65;HICOV=137;LSEQ=TCGGATATATATATATATAT;RSEQ=TATATATATATATATATATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:65:54,65:0.3283:39,15:44,21 chr7 117252108 . C T 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=203;END=117252108;VD=12;AF=0.0591;BIAS=2:2;REFBIAS=75:88;VARBIAS=11:1;PMEAN=17.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.00219;ODDRATIO=12.7648710748021;MQ=58.3;SN=24;HIAF=0.0833;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=12;HICOV=144;LSEQ=TATATATATATATATATATA;RSEQ=ATATATATATATAGTATTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:203:12:163,12:0.0591:75,88:11,1 chr7 117252135 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=117252135;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=178:114;VARBIAS=2:1;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.27985256098497;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=269;LSEQ=ATATATAGTATTATCCCTGT;RSEQ=TTCACAGTTTTAAAAACCGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:3:292,3:0.0101:178,114:2,1 chr7 117252438 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=212;END=117252438;VD=3;AF=0.0142;BIAS=1:0;REFBIAS=0:209;VARBIAS=0:3;PMEAN=19.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=196;LSEQ=AAAGACAGTGTCACATTTTT;RSEQ=AAAAGAAAAAGAAGAAAAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:212:3:209,3:0.0142:0,209:0,3 chr7 117267237 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=127;END=117267237;VD=2;AF=0.0157;BIAS=1:0;REFBIAS=125:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=120;LSEQ=GTACATTTTATTATAATATA;RSEQ=CGGTTATACAGCATTGTGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:127:2:125,2:0.0157:125,0:2,0 chr7 117267304 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=234;END=117267304;VD=3;AF=0.0128;BIAS=1:0;REFBIAS=231:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0088;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=227;LSEQ=TCTCTTTGATGTCATCTATT;RSEQ=CCTTGTGTGGCTTACATAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:234:3:231,3:0.0128:231,0:3,0 chr7 117268082 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=117268082;VD=2;AF=0.0135;BIAS=1:0;REFBIAS=0:146;VARBIAS=0:2;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=144;LSEQ=ATTAATTGCTAGGTTAATAA;RSEQ=TAAAGAAGCCATTAAATAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:2:146,2:0.0135:0,146:0,2 chr7 117280387 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=117280387;VD=2;AF=0.0909;BIAS=1:0;REFBIAS=0:20;VARBIAS=0:2;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0909;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=22;LSEQ=ACCAGCAGTTCAATGATATA;RSEQ=GGAAACCAGAGTAATAGCTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:2:20,2:0.0909:0,20:0,2 chr7 117283120 . A AT 104 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=215;END=117283120;VD=7;AF=0.0326;BIAS=2:2;REFBIAS=178:20;VARBIAS=6:1;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=37.2;QSTD=1;SBF=0.53628;ODDRATIO=1.48003;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0354;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=7;HICOV=198;LSEQ=TGTCAGATTAGTCTGTAACT;RSEQ=TTTTTTTTTAATGTCACTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:215:7:198,7:0.0326:178,20:6,1 chr7 117304483 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=267;END=117304483;VD=3;AF=0.0112;BIAS=1:0;REFBIAS=264:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0079;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=252;LSEQ=CTTACTACTTTTTGGGATAC;RSEQ=TGGCACGTAATAGACACTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:267:3:264,3:0.0112:264,0:3,0 chr7 117307286 . G GT 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=825;END=117307286;VD=11;AF=0.0133;BIAS=2:2;REFBIAS=412:355;VARBIAS=5:6;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.76271;ODDRATIO=1.39207;MQ=63.2;SN=10;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=10;HICOV=728;LSEQ=AGAAAACAAGGATGAATTAA;RSEQ=TTTTTTTTTAAAAAAGAAAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:825:11:767,11:0.0133:412,355:5,6 chr7 117308958 . C A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=117308958;VD=2;AF=0.0105;BIAS=1:0;REFBIAS=0:188;VARBIAS=0:2;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=AGTGTCATTAGGTACATTCA;RSEQ=ATGGTTGTGCAAATATCACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:2:188,2:0.0105:0,188:0,2 chr7 117308984 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=117308984;VD=2;AF=0.0127;BIAS=1:0;REFBIAS=0:156;VARBIAS=0:2;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=153;LSEQ=TGTGCAAATATCACCATCAT;RSEQ=CTTCCACAGAATTTTTTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:2:156,2:0.0127:0,156:0,2 chr7 117519038 . A AG 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=8;END=117519038;VD=7;AF=0.875;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0.125;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=GGTTTTTTTTTTTGAGACGG;RSEQ=TCTCACTCGTGTTGCCCAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:7:0,7:0.875:0,0:7,0 chr7 117519202 . T C 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=117519202;VD=45;AF=0.9783;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=45:0;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=43;HICOV=43;LSEQ=TTTTGTATTTTTAGTAGAGA;RSEQ=GGGGTTCCACATGTTGGCCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:46:45:0,45:0.9783:0,0:45,0 chr7 117519422 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=182;END=117519422;VD=2;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=106:74;VARBIAS=1:1;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.42952;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=180;LSEQ=TGGCTCACTGCAGCCTCAAC;RSEQ=TCCCGGGCTAAAGAGACCCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:2:180,2:0.011:106,74:1,1 chr7 117519491 . A T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=117519491;VD=2;AF=0.0125;BIAS=2:0;REFBIAS=64:92;VARBIAS=0:2;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.51496;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=CCACAGGTGTGTGCCACCAT;RSEQ=CTTGGATAATTTTTTTTTCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:2:156,2:0.0125:64,92:0,2 chr7 121941781 . T TA 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=93;END=121941781;VD=2;AF=0.0215;BIAS=1:0;REFBIAS=87:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=21.1;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0233;ADJAF=0.0108;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=86;LSEQ=GATGAAAAGTCTTTCCAAAT;RSEQ=AAAAAAAAAGAAAAAGAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:2:87,2:0.0215:87,0:2,0 chr7 121942442 . G GA 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=384;END=121942442;VD=11;AF=0.0286;BIAS=2:2;REFBIAS=130:219;VARBIAS=3:8;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=0.75257;ODDRATIO=1.58107;MQ=63.6;SN=22;HIAF=0.0325;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=11;HICOV=338;LSEQ=AATGACAGGAATATGGTTCT;RSEQ=AAAAAAAAAATAGCTTAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:384:11:349,11:0.0286:130,219:3,8 chr7 121942621 . A G 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=215;END=121942621;VD=214;AF=0.9953;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=76:138;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.778;HIAF=0.9951;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=205;HICOV=206;LSEQ=CCGTTTCCTTAAATTTTAAT;RSEQ=CACATTTATCAGTCCAATTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:215:214:0,214:0.9953:0,0:76,138 chr7 121942832 . G GACA 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=471;END=121942832;VD=443;AF=0.9406;BIAS=2:2;REFBIAS=23:2;VARBIAS=330:113;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.05503;ODDRATIO=3.93012;MQ=60;SN=886;HIAF=0.9426;ADJAF=0.1146;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=443;HICOV=470;LSEQ=TCATAAGACTAACCATGAGA;RSEQ=ACATTTCCTGGTTTGCATAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:471:443:25,443:0.9406:23,2:330,113 chr7 121942836 . TTT ACA 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=459;END=121942838;VD=5;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=330:119;VARBIAS=4:1;PMEAN=9;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.44131678701662;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0091;ADJAF=0.0022;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=-0.2;HICNT=4;HICOV=440;LSEQ=AAGACTAACCATGAGAGACA;RSEQ=CCTGGTTTGCATACCTTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:459:5:449,5:0.0109:330,119:4,1 chr7 121942847 . G C 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=481;END=121942847;VD=479;AF=0.9958;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=341:138;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.545;HIAF=0.9957;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=468;HICOV=470;LSEQ=TGAGAGACATTTCCTGGTTT;RSEQ=CATACCTTTTTGATGAAACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:481:479:0,479:0.9958:0,0:341,138 chr7 121942920 . A G 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=633;END=121942920;VD=299;AF=0.4724;BIAS=2:2;REFBIAS=174:157;VARBIAS=149:150;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.52341;ODDRATIO=1.11552;MQ=60;SN=41.714;HIAF=0.4779;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=292;HICOV=611;LSEQ=TAGCCCGCGTGTATTCGGGT;RSEQ=TGAGTGTTTAAAGTGGAACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:633:299:331,299:0.4724:174,157:149,150 chr7 121943562 . A G 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=121943562;VD=90;AF=0.5882;BIAS=2:2;REFBIAS=48:6;VARBIAS=80:10;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=59.2;SN=8;HIAF=0.6154;ADJAF=0;SHIFT3=30;MSI=15;MSILEN=4;NM=4.2;HICNT=80;HICOV=130;LSEQ=AGGAAGGAAGGAAGGAAGGA;RSEQ=GGAAGGAAGGAAGGAAGGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:153:90:54,90:0.5882:48,6:80,10 chr7 121943574 . A G 155 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=121943574;VD=42;AF=0.2745;BIAS=2:2;REFBIAS=101:8;VARBIAS=38:4;PMEAN=44.8;PSTD=1;QUAL=28.9;QSTD=1;SBF=0.73869;ODDRATIO=1.32633;MQ=59.3;SN=3.667;HIAF=0.2598;ADJAF=0;SHIFT3=18;MSI=12;MSILEN=4;NM=3.9;HICNT=33;HICOV=127;LSEQ=AGGAAGGAAGGAAGGAAGGA;RSEQ=GGAAGGAAGGAAGGAAGGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:42:109,42:0.2745:101,8:38,4 chr7 121943586 . A G 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=121943586;VD=96;AF=0.6857;BIAS=1:1;REFBIAS=37:1;VARBIAS=96:0;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=0.28358;ODDRATIO=0;MQ=59.6;SN=12.714;HIAF=0.7417;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=9;MSILEN=4;NM=4.0;HICNT=89;HICOV=120;LSEQ=AGGAAGGAAGGAAGGAAGGA;RSEQ=GGAAGGAGGGAGGGAAGGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:140:96:38,96:0.6857:37,1:96,0 chr7 121943590 . A G 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=121943590;VD=102;AF=0.6986;BIAS=1:1;REFBIAS=19:1;VARBIAS=102:0;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=0.16393;ODDRATIO=0;MQ=59.6;SN=10.333;HIAF=0.7099;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=8;MSILEN=4;NM=3.9;HICNT=93;HICOV=131;LSEQ=AGGAAGGAAGGAAGGAAGGA;RSEQ=GGAGGGAGGGAAGGAAGGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:146:102:20,102:0.6986:19,1:102,0 chr7 121943630 . GGGAA G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=165;END=121943634;VD=3;AF=0.0182;BIAS=1:0;REFBIAS=162:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0203;ADJAF=0.0121;SHIFT3=18;MSI=5;MSILEN=4;NM=4.3;HICNT=3;HICOV=148;LSEQ=GGGAAGGAGGGAGGGAGGGA;RSEQ=GGAAGGAAGGAAGGAAGGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:3:163,3:0.0182:162,1:3,0 chr7 121944527 . T C 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=293;END=121944527;VD=292;AF=0.9966;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=62:230;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=0.9965;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=288;HICOV=289;LSEQ=GTCCGTCAGCCGGGGCTGGG;RSEQ=TGCGCCGTCCGTTGCCTTGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:293:292:0,292:0.9966:0,0:62,230 chr7 121944600 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=121944600;VD=3;AF=0.016;BIAS=2:0;REFBIAS=12:172;VARBIAS=0:3;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=ACGGGCACCATCACCACCAG;RSEQ=AGCCTCCTCCTCCTCCTCCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:3:184,3:0.016:12,172:0,3 chr7 121944602 . GCCT G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=176;END=121944605;VD=2;AF=0.0114;BIAS=1:0;REFBIAS=5:168;VARBIAS=0:2;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=17;MSI=6;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=GGGCACCATCACCACCAGTA;RSEQ=CCTCCTCCTCCTCCTCCCCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:173,2:0.0114:5,168:0,2 chr7 121944845 . C CT 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=10;END=121944845;VD=8;AF=0.8;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:8;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=28.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64.4;SN=1.667;HIAF=0.7143;ADJAF=0.1;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=5;HICOV=7;LSEQ=TCCAACAGTCAACAGGAAAA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTCATCTGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:10:8:2,8:0.8:0,2:0,8 chr7 137761110 . G GA 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=475;END=137761110;VD=7;AF=0.0147;BIAS=2:2;REFBIAS=334:106;VARBIAS=5:2;PMEAN=45.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.67734;ODDRATIO=1.25969;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0166;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=7;HICOV=422;LSEQ=AGGATTTCCAGGACAACCTG;RSEQ=AAAAAAAAACAGGTTGAGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:475:7:440,7:0.0147:334,106:5,2 chr7 137773159 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=137773159;VD=2;AF=0.0114;BIAS=1:0;REFBIAS=172:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=65.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=CAGATGGTGTCTCCCACTGA;RSEQ=GGAGCGGAGGCCCCTGGGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:174,2:0.0114:172,2:2,0 chr7 137773291 . T G 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=435;END=137773291;VD=221;AF=0.508;BIAS=2:2;REFBIAS=149:64;VARBIAS=165:56;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.28476;ODDRATIO=1.26487812899227;MQ=60;SN=72.667;HIAF=0.5093;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=218;HICOV=428;LSEQ=AAAATGTCCTGATTAATGAT;RSEQ=ATTAAAGGAAAGACCATTTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:435:221:213,221:0.508:149,64:165,56 chr7 137773563 . T G 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=460;END=137773563;VD=226;AF=0.4913;BIAS=2:2;REFBIAS=68:166;VARBIAS=64:162;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.91796;ODDRATIO=1.03683;MQ=60;SN=36.667;HIAF=0.4944;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=220;HICOV=445;LSEQ=GGACAGTGAGAAGGTTTCAG;RSEQ=TGTTCATTTTATTATTCATC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:460:226:234,226:0.4913:68,166:64,162 chr7 137776411 . C CA 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=308;END=137776411;VD=203;AF=0.6591;BIAS=2:2;REFBIAS=67:10;VARBIAS=162:41;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.22417;ODDRATIO=1.69273;MQ=60.3;SN=39.6;HIAF=0.6781;ADJAF=0.0909;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=198;HICOV=292;LSEQ=CATAGTGAGACCCCCCATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAATGTGTACG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:308:203:77,203:0.6591:67,10:162,41 chr7 137776424 . T A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=311;END=137776424;VD=4;AF=0.0129;BIAS=2:0;REFBIAS=239:68;VARBIAS=4:0;PMEAN=14.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.57988;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0135;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=4;HICOV=297;LSEQ=CCCATCTCAAAAAAAAAAAA;RSEQ=GTGTACGAGTGTTTTACAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:311:4:307,4:0.0129:239,68:4,0 chr7 137776672 . AACCATGAGCCAATAGCTATGTGCATGAAGCTCTGC A 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=454;END=137776707;VD=68;AF=0.1498;BIAS=2:2;REFBIAS=138:248;VARBIAS=7:61;PMEAN=11.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=2e-05;ODDRATIO=4.83605;MQ=54.5;SN=136;HIAF=0.1563;ADJAF=0.1498;SHIFT3=71;MSI=2.029;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=68;HICOV=435;LSEQ=TCAGGTCTCTGCACCCTGGC;RSEQ=ACCATGAGCCAATAGCTATG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:454:68:386,68:0.1498:138,248:7,61 chr7 137782593 . CT C 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=294;END=137782594;VD=190;AF=0.6463;BIAS=2:2;REFBIAS=44:9;VARBIAS=149:41;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.56598;ODDRATIO=1.34371;MQ=60;SN=37;HIAF=0.6560;ADJAF=0.0782;SHIFT3=14;MSI=15;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=185;HICOV=282;LSEQ=TAAAATGAATTACATTTATT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTCAGCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:294:190:53,190:0.6463:44,9:149,41 chr7 137783020 . T C 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=137783020;VD=14;AF=0.4516;BIAS=1:1;REFBIAS=0:17;VARBIAS=0:14;PMEAN=31.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=14;HICOV=30;LSEQ=AATATATATCAAGTTGTTAA;RSEQ=ATGATGCCTACAAGAAACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:31:14:17,14:0.4516:0,17:0,14 chr7 137789937 . G T 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=375;END=137789937;VD=190;AF=0.5067;BIAS=2:2;REFBIAS=156:28;VARBIAS=163:27;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.88405;ODDRATIO=1.08332972223426;MQ=60;SN=94;HIAF=0.5067;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=188;HICOV=371;LSEQ=TTTACTTTTTTTCGCAAGAT;RSEQ=CTTATTAACATACCCAGGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:375:190:184,190:0.5067:156,28:163,27 chr7 137791687 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=137791687;VD=3;AF=0.0181;BIAS=1:0;REFBIAS=2:161;VARBIAS=0:3;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=GCCTGATATATAGGAATGCT;RSEQ=AGTAAAAGTTAGTTTAATTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:3:163,3:0.0181:2,161:0,3 chr7 137791774 . A C 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=137791774;VD=31;AF=0.4247;BIAS=2:2;REFBIAS=4:38;VARBIAS=3:28;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01761491416418;MQ=60;SN=30;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=30;HICOV=70;LSEQ=TCTTTTGATCTCTGTATTCA;RSEQ=TAGTGATACTTCTACTATGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:31:42,31:0.4247:4,38:3,28 chr7 137792420 . A G 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=328;END=137792420;VD=326;AF=0.9939;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=58:268;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.167;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=314;HICOV=314;LSEQ=CTTAATAGGAAACCTGTAAC;RSEQ=CTCTCATATTTTATTTTATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:328:326:0,326:0.9939:0,0:58,268 chr7 137792594 . A AT 32 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=86;END=137792594;VD=2;AF=0.0233;BIAS=1:0;REFBIAS=0:79;VARBIAS=0:2;PMEAN=19.1;PSTD=1;QUAL=32.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=4;HIAF=0.0256;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=78;LSEQ=CTTTTTATTTTTTGTTTTAA;RSEQ=TTTTTTTTTTGTTTGTTTAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:86:2:79,2:0.0233:0,79:0,2 chr7 137798247 . C G 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=255;END=137798247;VD=131;AF=0.5137;BIAS=1:1;REFBIAS=123:0;VARBIAS=131:0;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.2;HIAF=0.5122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=126;HICOV=246;LSEQ=TAAGATGTCCCCAGAAAGAC;RSEQ=GTCTCAAAAACAAAGGGCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:255:131:123,131:0.5137:123,0:131,0 chr7 137798593 . A T 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=436;END=137798593;VD=436;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=141:295;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=430;HICOV=430;LSEQ=GTCAAGCAACAAGGCTCATA;RSEQ=GAACCCTGACCTATGTCCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:436:436:0,436:1:0,0:141,295 chr7 137801413 . A C 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=410;END=137801413;VD=408;AF=0.9951;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=167:241;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.9950;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=400;HICOV=402;LSEQ=TCATGATGAATACTGACTGC;RSEQ=GGGAGTTCCTGAACAGATTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:410:408:0,408:0.9951:0,0:167,241 chr7 137801444 . C T 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=377;END=137801444;VD=376;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=118:258;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=366;HICOV=366;LSEQ=GAACAGATTTTTCACTCCCA;RSEQ=GAGTGCCAAGACGGTGCAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:377:376:0,376:0.9973:0,0:118,258 chr7 137801770 . A C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=137801770;VD=4;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:4;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=8;LSEQ=ATCTGAGTTCTTTAAGGGTT;RSEQ=ACAGGACAACGAAGTGCATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:4:4,4:0.5:0,4:0,4 chr7 137802770 . C CA 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=35;END=137802770;VD=2;AF=0.0571;BIAS=1:0;REFBIAS=32:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=20.7;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=4;HIAF=0.0588;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=2;HICOV=34;LSEQ=GCGAGACTCCGTCTCAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAGAAAAGAAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:35:2:32,2:0.0571:32,0:2,0 chr7 137803189 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=137803189;VD=3;AF=0.0151;BIAS=2:0;REFBIAS=13:183;VARBIAS=0:3;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=GGGGATGTGGTGGCTCATGC;RSEQ=TATAATACCAGCAATTTGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:3:196,3:0.0151:13,183:0,3 chr7 140419053 . T G 45 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=237;END=140419053;VD=3;AF=0.0127;BIAS=2:0;REFBIAS=221:12;VARBIAS=3:0;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=3;HICOV=226;LSEQ=TACATTTCTCAGTCTCTCCA;RSEQ=TGTCTAGAAAAACTGTTAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:237:3:233,3:0.0127:221,12:3,0 chr7 140420875 . TA T 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=662;END=140420876;VD=16;AF=0.0242;BIAS=2:2;REFBIAS=318:325;VARBIAS=6:10;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.4499;ODDRATIO=1.62957;MQ=60;SN=32;HIAF=0.0245;ADJAF=0.0015;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=16;HICOV=652;LSEQ=CTTCTATCTACAGAATTCTT;RSEQ=AAAAAAAATGCACCTCTAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:662:16:643,16:0.0242:318,325:6,10 chr7 140421029 . G A 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=610;END=140421029;VD=311;AF=0.5098;BIAS=2:2;REFBIAS=138:159;VARBIAS=168:143;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.07419;ODDRATIO=1.35290536426977;MQ=60;SN=50.833;HIAF=0.5152;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=305;HICOV=592;LSEQ=ATTAATAAAACTTAACAGTT;RSEQ=AAGTTGTGGATGTTAAATAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:610:311:297,311:0.5098:138,159:168,143 chr7 140421108 . A T 88 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=625;END=140421108;VD=7;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=325:289;VARBIAS=3:4;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=0.71237;ODDRATIO=1.49843;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0098;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=6;HICOV=611;LSEQ=CCCATGCATTTTTTTTTTTT;RSEQ=AAGCACTGTTACCTTAATTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:625:7:614,7:0.0112:325,289:3,4 chr7 140425499 . G GA 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=589;END=140425499;VD=229;AF=0.3888;BIAS=2:2;REFBIAS=162:104;VARBIAS=139:90;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00856;MQ=60.2;SN=56.25;HIAF=0.4473;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=225;HICOV=503;LSEQ=GAATTTGCTACATTGTGGAG;RSEQ=AAAAAAAAAAAACCCAAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:589:229:266,229:0.3888:162,104:139,90 chr7 140425512 . C A 83 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=613;END=140425512;VD=7;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=338:268;VARBIAS=6:1;PMEAN=10.6;PSTD=1;QUAL=29.6;QSTD=1;SBF=0.14253;ODDRATIO=4.74788719020036;MQ=60;SN=2.5;HIAF=0.0086;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=5;HICOV=579;LSEQ=TGTGGAGGAAAAAAAAAAAA;RSEQ=CCAAACACTTATCTTCATTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:613:7:606,7:0.0114:338,268:6,1 chr7 140434294 . TA T 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=699;END=140434295;VD=15;AF=0.0215;BIAS=2:2;REFBIAS=347:334;VARBIAS=7:8;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.79855;ODDRATIO=1.18705;MQ=60;SN=30;HIAF=0.0217;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=15;HICOV=692;LSEQ=AAGTGTTCTTTGGTTCACCT;RSEQ=AAAAAAAAGAGAGTATTTTA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:699:15:681,15:0.0215:347,334:7,8 chr7 140434574 . C CA 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=360;END=140434574;VD=14;AF=0.0389;BIAS=2:2;REFBIAS=98:184;VARBIAS=6:8;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37.3;QSTD=1;SBF=0.57245;ODDRATIO=1.40641041868838;MQ=64;SN=28;HIAF=0.0569;ADJAF=0.0028;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=14;HICOV=246;LSEQ=TCAATAGAGGCGAGAATCTA;RSEQ=AAAAAAAAAAAGAAAAAAAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:360:14:282,14:0.0389:98,184:6,8 chr7 140434586 . G A 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=388;END=140434586;VD=7;AF=0.018;BIAS=2:2;REFBIAS=91:157;VARBIAS=1:6;PMEAN=13.3;PSTD=1;QUAL=26.1;QSTD=1;SBF=0.42727;ODDRATIO=3.46441;MQ=46.1;SN=2.5;HIAF=0.0296;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=5;HICOV=169;LSEQ=AGAATCTACAAAAAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAGAAAAAAAAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:388:7:248,7:0.018:91,157:1,6 chr7 140434596 . AG GA 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=369;END=140434597;VD=15;AF=0.0407;BIAS=2:2;REFBIAS=82:188;VARBIAS=3:12;PMEAN=11.1;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.56457;ODDRATIO=1.74164;MQ=60;SN=30;HIAF=0.0457;ADJAF=0.0325;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=15;HICOV=328;LSEQ=AAAAAAAAAAGAAAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAGAAAAAAGAAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:369:15:270,15:0.0407:82,188:3,12 chr7 140434597 . G GA 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=359;END=140434597;VD=201;AF=0.5599;BIAS=2:2;REFBIAS=19:36;VARBIAS=58:142;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.50726;ODDRATIO=1.29076;MQ=59.3;SN=39;HIAF=0.7471;ADJAF=0.0251;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=195;HICOV=261;LSEQ=AAAAAAAAAGAAAAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAGAAAAAAGAAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:359:201:55,201:0.5599:19,36:58,142 chr7 140434607 . G A 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=330;END=140434607;VD=14;AF=0.0424;BIAS=2:2;REFBIAS=67:227;VARBIAS=6:8;PMEAN=27.4;PSTD=1;QUAL=28.7;QSTD=1;SBF=0.10586;ODDRATIO=2.53183786110338;MQ=60;SN=2.5;HIAF=0.0556;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=10;HICOV=180;LSEQ=AAAAAAAAAAGAAAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAGAAAAAAAAAGAAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:330:14:294,14:0.0424:67,227:6,8 chr7 140434614 . GAAAAAA G 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=308;END=140434620;VD=9;AF=0.0292;BIAS=2:2;REFBIAS=62:233;VARBIAS=1:8;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=0.69096;ODDRATIO=2.12446;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0310;ADJAF=0.0032;SHIFT3=3;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=9;HICOV=290;LSEQ=AAAGAAAAAAAAAGAAAAAA;RSEQ=AAAGAAAGAAAGAAAAAGAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:308:9:295,9:0.0292:62,233:1,8 chr7 140434620 . A AAAAG 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=297;END=140434620;VD=85;AF=0.2862;BIAS=2:2;REFBIAS=42:135;VARBIAS=14:71;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.20069;ODDRATIO=1.57516;MQ=58.6;SN=84;HIAF=0.3206;ADJAF=0.0269;SHIFT3=15;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=84;HICOV=262;LSEQ=AAAAAAAGAAAAAAGAAAAA;RSEQ=AAAGAAAGAAAGAAAAAGAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:85:177,85:0.2862:42,135:14,71 chr7 140439319 . TG T 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=47;END=140439320;VD=37;AF=0.7872;BIAS=0:1;REFBIAS=6:0;VARBIAS=37:0;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74;HIAF=0.8409;ADJAF=0.1277;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=37;HICOV=44;LSEQ=ATATAAACAAAAGCTCTTTG;RSEQ=GGGGGGGGGGTCTTCGATAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:47:37:6,37:0.7872:6,0:37,0 chr7 140449071 . C G 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=590;END=140449071;VD=301;AF=0.5102;BIAS=2:2;REFBIAS=186:102;VARBIAS=193:108;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.93155;ODDRATIO=1.02039;MQ=60;SN=42;HIAF=0.5087;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=294;HICOV=578;LSEQ=CGGTAAAATAAACACCAAGA;RSEQ=GTGGTAAATATTTACCTGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:590:301:288,301:0.5102:186,102:193,108 chr7 140449150 . T C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=622;END=140449150;VD=319;AF=0.5129;BIAS=2:2;REFBIAS=143:152;VARBIAS=137:182;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.19445;ODDRATIO=1.24934;MQ=60;SN=20.267;HIAF=0.5067;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=304;HICOV=600;LSEQ=ATCAATTCATACAGAACAAT;RSEQ=CCAAATGCATATACATCTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:622:319:295,319:0.5129:143,152:137,182 chr7 140453079 . C A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=324;END=140453079;VD=5;AF=0.0154;BIAS=2:2;REFBIAS=186:133;VARBIAS=3:2;PMEAN=21.6;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07236305923734;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0096;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=3;HICOV=312;LSEQ=TAGCCTCAATTCTTACCATC;RSEQ=ACAAAATGGATCCAGACAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:324:5:319,5:0.0154:186,133:3,2 chr7 140476603 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=243;END=140476603;VD=3;AF=0.0123;BIAS=2:0;REFBIAS=221:19;VARBIAS=3:0;PMEAN=28.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=229;LSEQ=TAGTTAGCATCCTTATGTTC;RSEQ=TGGACAGTAATTTAAAATGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:243:3:240,3:0.0123:221,19:3,0 chr7 140476993 . CT C 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=257;END=140476994;VD=17;AF=0.0661;BIAS=1:1;REFBIAS=10:228;VARBIAS=0:17;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.0717;ADJAF=0.0117;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=17;HICOV=237;LSEQ=TAAAATGTTGTCAGAAAAAG;RSEQ=TTTTTTTTTTTAAAAAAGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:257:17:238,17:0.0661:10,228:0,17 chr7 140478254 . 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C T 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=140487202;VD=44;AF=0.4632;BIAS=1:1;REFBIAS=49:0;VARBIAS=42:2;PMEAN=50.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.22113;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=88;HIAF=0.4783;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=44;HICOV=92;LSEQ=TATTAGAGGTAAATGACAAA;RSEQ=ACTACAGAAAAACAAAAAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:44:49,44:0.4632:49,0:42,2 chr7 140494073 . G GT 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=476;END=140494073;VD=7;AF=0.0147;BIAS=2:2;REFBIAS=331:111;VARBIAS=6:1;PMEAN=49.1;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.6862;ODDRATIO=2.00960591627982;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=7;HICOV=430;LSEQ=AAAATAAAGATACATACTTG;RSEQ=TTTTTTTTTAGTTCTAGCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:476:7:442,7:0.0147:331,111:6,1 chr7 140494396 . 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G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=319;END=140534293;VD=4;AF=0.0125;BIAS=2:0;REFBIAS=299:16;VARBIAS=4:0;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0097;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=3;HICOV=310;LSEQ=TTTCATTCCTGTATGACATG;RSEQ=ATGCCTCTATTTGCATGACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:319:4:315,4:0.0125:299,16:4,0 chr7 140624419 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=98;END=140624419;VD=2;AF=0.0204;BIAS=2:2;REFBIAS=27:69;VARBIAS=1:1;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.4919;ODDRATIO=2.52761418497081;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0225;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=6;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=89;LSEQ=GGCCGCGGCGCCGGCGCCGG;RSEQ=GCCGGCCTCGGGCTCCATGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:2:96,2:0.0204:27,69:1,1 chr7 152345498 . GAA G 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=34;END=152345500;VD=12;AF=0.3529;BIAS=1:0;REFBIAS=19:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=20.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.3529;ADJAF=0.0882;SHIFT3=13;MSI=15;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=12;HICOV=34;LSEQ=GAGTAAGACTGTTTCAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAGAAAACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:12:19,12:0.3529:19,0:12,0 chr7 152358034 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=152358034;VD=2;AF=0.0127;BIAS=1:0;REFBIAS=0:156;VARBIAS=0:2;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=GAGGCCAAGGTGGGCAGATC;RSEQ=CTTGAGTCCAGTTTCAGACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:2:156,2:0.0127:0,156:0,2 chr7 152372816 . C G 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=53;END=152372816;VD=34;AF=0.6415;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=34:0;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=0.6415;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=34;HICOV=53;LSEQ=GGGGTTTTTAGACCATAACT;RSEQ=TTGGGAGGAGAGACCTCGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:53:34:19,34:0.6415:19,0:34,0 chr7 152372924 . G A 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=152372924;VD=55;AF=0.4825;BIAS=1:1;REFBIAS=58:0;VARBIAS=54:1;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.48673;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.5;HIAF=0.4818;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=53;HICOV=110;LSEQ=CCCACCTCGGAGGACTCCAG;RSEQ=CTGCCCAGGGGCGGACCCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:114:55:58,55:0.4825:58,0:54,1 chr7 152373233 . A C 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=211;END=152373233;VD=92;AF=0.436;BIAS=2:2;REFBIAS=45:74;VARBIAS=34:58;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03719;MQ=60;SN=91;HIAF=0.4505;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=91;HICOV=202;LSEQ=GCCATTCACCAACTGCGCAG;RSEQ=CTCTACGGCCAGTCAAACCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:211:92:119,92:0.436:45,74:34,58 chr7 152373252 . C G 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=152373252;VD=100;AF=0.565;BIAS=2:2;REFBIAS=28:48;VARBIAS=31:69;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.42549;ODDRATIO=1.29643;MQ=60;SN=99;HIAF=0.5690;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=99;HICOV=174;LSEQ=GACTCTACGGCCAGTCAAAC;RSEQ=CGCCCACCCGCGCGCGTGCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:177:100:76,100:0.565:28,48:31,69 chr7 153749493 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=153749493;VD=3;AF=0.0423;BIAS=1:0;REFBIAS=68:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=50;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59;SN=2;HIAF=0.0303;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=66;LSEQ=GAGAGCGCTCGGAATGTGTG;RSEQ=CGGTCTCTAGGTGGTGCCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:3:68,3:0.0423:68,0:3,0 chr7 153749753 . C T 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=381;END=153749753;VD=378;AF=0.9921;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=161:217;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.5;SN=17.9;HIAF=0.9972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.6;HICNT=358;HICOV=359;LSEQ=TGGCGCGCGGGAGGAGCGGC;RSEQ=GCCGGCGCTGGGCTTGCCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:381:378:0,378:0.9921:0,0:161,217 chr7 153749772 . TTGC T 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=376;END=153749775;VD=316;AF=0.8404;BIAS=2:2;REFBIAS=28:23;VARBIAS=95:221;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.00074;ODDRATIO=2.82315;MQ=59.7;SN=104.333;HIAF=0.8437;ADJAF=0.0878;SHIFT3=18;MSI=7;MSILEN=3;NM=1.7;HICNT=313;HICOV=371;LSEQ=CCGCCGGCGCTGGGCTTGCC;RSEQ=TGCTGCTGCTGCTGCTGCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:376:316:51,316:0.8404:28,23:95,221 chr7 153749805 . CT C 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=332;END=153749806;VD=224;AF=0.6747;BIAS=2:2;REFBIAS=26:37;VARBIAS=41:183;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.00032;ODDRATIO=3.12171;MQ=59.3;SN=43.8;HIAF=0.6865;ADJAF=0.0392;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=219;HICOV=319;LSEQ=TGCTGCTGCCTCCCCACCGC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTAATCTGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:332:224:63,224:0.6747:26,37:41,183 chr7 153750160 . TC T 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=9;END=153750161;VD=8;AF=0.8889;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:8;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0.2222;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=GAGGAGGACGTAAGAGCTTC;RSEQ=GGGGGCGGGGGGCGGCGGCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:8:0,8:0.8889:0,0:0,8 chr7 157000064 . GT G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=261;END=157000065;VD=3;AF=0.0115;BIAS=2:0;REFBIAS=232:26;VARBIAS=3:0;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0116;ADJAF=0.0038;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=259;LSEQ=GACTAATTTTAAAGTGACTG;RSEQ=TTTTTTCTTCTTTTCTTTAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:261:3:258,3:0.0115:232,26:3,0 chr8 21900985 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=21900985;VD=2;AF=0.0339;BIAS=1:0;REFBIAS=1:56;VARBIAS=0:2;PMEAN=68;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0339;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=59;LSEQ=GACTTGAGGGATGGAGCCTG;RSEQ=AGCGGTTGGAAGCAGGTGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:59:2:57,2:0.0339:1,56:0,2 chr8 21901083 . T C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=21901083;VD=5;AF=0.5556;BIAS=0:2;REFBIAS=0:4;VARBIAS=1:4;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=5;HICOV=9;LSEQ=CAAGACCACTTGTATGTCCT;RSEQ=CTCGCCACCCCACTCCCATC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:5:4,5:0.5556:0,4:1,4 chr8 21902242 . G C 329 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=533;END=21902242;VD=528;AF=0.9906;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=320:208;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74.429;HIAF=0.9962;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=521;HICOV=523;LSEQ=AGAGGCTGCTCTATGGGGAG;RSEQ=TGCAATTGGAAATGAGCAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:533:528:0,528:0.9906:0,0:320,208 chr8 21902565 . G C 346 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=745;END=21902565;VD=743;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=397:346;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=73.3;HIAF=0.9973;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=733;HICOV=735;LSEQ=AGAGCTGAGGCTGTTGCCAG;RSEQ=AGCCAGGAAACCTAGCCCGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:745:743:0,743:0.9973:0,0:397,346 chr8 21903134 . G A 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=811;END=21903134;VD=370;AF=0.4562;BIAS=2:2;REFBIAS=252:184;VARBIAS=213:157;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00948;MQ=60;SN=25.429;HIAF=0.4512;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=356;HICOV=789;LSEQ=GCACCATCTGCTCTGTGCCC;RSEQ=TGTGCTGGGCAAGGGGTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:811:370:436,370:0.4562:252,184:213,157 chr8 21903316 . G A 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=808;END=21903316;VD=396;AF=0.4901;BIAS=2:2;REFBIAS=213:192;VARBIAS=195:201;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.35857;ODDRATIO=1.14331;MQ=60;SN=23.75;HIAF=0.4884;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=380;HICOV=778;LSEQ=GCACCTCCTTCATAGAATAC;RSEQ=AGGACGGGATAGAACCCTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:808:396:405,396:0.4901:213,192:195,201 chr8 21904206 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=21904206;VD=2;AF=0.0126;BIAS=2:2;REFBIAS=50:107;VARBIAS=1:1;PMEAN=11.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.54;ODDRATIO=2.12883722910546;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=157;LSEQ=CTGGGGTGGGGACATATAGG;RSEQ=CATCATGCTCCCCTCTCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:2:157,2:0.0126:50,107:1,1 chr8 21904212 . T C 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=21904212;VD=64;AF=0.4183;BIAS=2:2;REFBIAS=28:61;VARBIAS=13:51;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.14177;ODDRATIO=1.79396;MQ=60;SN=63;HIAF=0.4172;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=63;HICOV=151;LSEQ=TGGGGACATATAGGGCATCA;RSEQ=GCTCCCCTCTCTCCTCTGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:64:89,64:0.4183:28,61:13,51 chr8 21905389 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=21905389;VD=3;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=220:50;VARBIAS=2:1;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.46363;ODDRATIO=2.19216;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=269;LSEQ=CGTTGTCCCTCCTCAGTCGT;RSEQ=CAAAATAGGCCGTAAGGGCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:273:3:270,3:0.011:220,50:2,1 chr8 21905772 . G C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=492;END=21905772;VD=239;AF=0.4858;BIAS=2:2;REFBIAS=67:185;VARBIAS=65:174;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.91902;ODDRATIO=1.03142759893969;MQ=60;SN=238;HIAF=0.4887;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=238;HICOV=487;LSEQ=CTCACGTAGTCTGGGAGGCA;RSEQ=GGGGCAGCAGCCCCTGGGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:492:239:252,239:0.4858:67,185:65,174 chr8 25280575 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=25280575;VD=2;AF=0.0106;BIAS=1:0;REFBIAS=186:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=181;LSEQ=ATGGGACTTCTACTTTGTAA;RSEQ=TGCCTTATCTCACCTGGAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:2:187,2:0.0106:186,1:2,0 chr8 25280666 . A C 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=369;END=25280666;VD=368;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=282:86;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.23577;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=91;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=364;HICOV=364;LSEQ=TTAATATAGTTAAATTGAAT;RSEQ=AAATCACTATGTCTTATTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:369:368:1,368:0.9973:0,1:282,86 chr8 25280800 . C G 338 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=650;END=25280800;VD=649;AF=0.9985;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=405:244;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71.111;HIAF=0.9984;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=640;HICOV=641;LSEQ=TGGAGCAGCCTTCCACGCAC;RSEQ=AAGTCAGTAGAATAAGGCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:650:649:0,649:0.9985:0,0:405,244 chr8 25281872 . CT C 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=793;END=25281873;VD=47;AF=0.0593;BIAS=2:2;REFBIAS=371:366;VARBIAS=21:26;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.54774;ODDRATIO=1.25464;MQ=60;SN=46;HIAF=0.0606;ADJAF=0.0025;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=46;HICOV=759;LSEQ=TATACTGCAAATGGACTATG;RSEQ=TTTTTTTTTTTAATGGTAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:793:47:737,47:0.0593:371,366:21,26 chr8 25282592 . T C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=375;END=25282592;VD=375;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=74:301;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=370;HICOV=370;LSEQ=ATAGCAAATGTATAAGAGCA;RSEQ=TCATTACAATAGCCATGCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:375:375:0,375:1:0,0:74,301 chr8 30688659 . A G 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=30688659;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=27.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=GAGTGCAGTGGCACGACCTC;RSEQ=GCTCATGGCAACCTCTGCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr8 30688750 . A C 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=30688750;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=20:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=CAGGCGCCTGCCCCCACTCC;RSEQ=GGCTGATTTTTGTATTTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:20,0 chr8 30688805 . C G 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=30688805;VD=51;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=51:0;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=50;HICOV=50;LSEQ=TTGTCATGTTGCTCAGGCTG;RSEQ=TCTTGAACTCCTGACCTCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:51:0,51:1:0,0:51,0 chr8 30688809 . T C 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=30688809;VD=51;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=51:0;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=102;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=51;HICOV=51;LSEQ=CATGTTGCTCAGGCTGCTCT;RSEQ=GAACTCCTGACCTCAGGTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:51:0,51:1:0,0:51,0 chr8 30688923 . GA G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=156;END=30688924;VD=2;AF=0.0128;BIAS=2:0;REFBIAS=145:9;VARBIAS=2:0;PMEAN=59;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=ACTATTCAAGAAACACAAAA;RSEQ=AAAAAACCCTGAAATTAGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:2:154,2:0.0128:145,9:2,0 chr8 30688994 . G GT 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=273;END=30688994;VD=4;AF=0.0147;BIAS=2:2;REFBIAS=226:28;VARBIAS=3:1;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=30.8;QSTD=1;SBF=0.38117;ODDRATIO=2.67585;MQ=63.2;SN=3;HIAF=0.0120;ADJAF=0.0037;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=3;HICOV=251;LSEQ=TTAACAATATTTACAAACAG;RSEQ=TTTTTTTTTCTTATAAAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:273:4:254,4:0.0147:226,28:3,1 chr8 30694124 . G GT 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=173;END=30694124;VD=2;AF=0.0116;BIAS=1:0;REFBIAS=163:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=ACATATTAGTGATACTGACA;RSEQ=TTTTTTTTCTTGAATTTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:2:164,2:0.0116:163,1:2,0 chr8 30695226 . C T 349 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=788;END=30695226;VD=786;AF=0.9975;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=400:386;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=97.25;HIAF=0.9987;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=778;HICOV=779;LSEQ=TTAAGAAATTTCTGCAAAAG;RSEQ=GTCCCATGGTCTGGTGAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:788:786:0,786:0.9975:0,0:400,386 chr8 30695229 . C T 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=804;END=30695229;VD=370;AF=0.4602;BIAS=2:2;REFBIAS=217:215;VARBIAS=198:172;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.35787;ODDRATIO=1.14036788267895;MQ=60;SN=122.333;HIAF=0.4622;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=367;HICOV=794;LSEQ=AGAAATTTCTGCAAAAGCGT;RSEQ=CCATGGTCTGGTGAAAATGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:804:370:432,370:0.4602:217,215:198,172 chr8 30697717 . CT C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=28;END=30697718;VD=4;AF=0.1429;BIAS=1:0;REFBIAS=0:23;VARBIAS=0:4;PMEAN=26.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.1905;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=4;HICOV=21;LSEQ=CATTCTTCTTATCCTCACAT;RSEQ=TTTTTTTTTTTGAGATGGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:28:4:23,4:0.1429:0,23:0,4 chr8 30716527 . AT A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=126;END=30716528;VD=5;AF=0.0397;BIAS=1:0;REFBIAS=0:121;VARBIAS=0:5;PMEAN=60;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0407;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=5;HICOV=123;LSEQ=ATTCCTTTTTCTCCCCCACA;RSEQ=TTTTTTTTGATAGGCTACTA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:5:121,5:0.0397:0,121:0,5 chr8 30717575 . TA T 166 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=330;END=30717576;VD=25;AF=0.0758;BIAS=2:2;REFBIAS=64:236;VARBIAS=5:20;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.08448;MQ=60;SN=50;HIAF=0.0774;ADJAF=0.003;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=25;HICOV=323;LSEQ=TCACTTTTCCAAAGAGAACC;RSEQ=AAAAAAAAAAAGCCAAAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:330:25:300,25:0.0758:64,236:5,20 chr8 30717590 . C CA 88 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=310;END=30717590;VD=6;AF=0.0194;BIAS=2:2;REFBIAS=51:230;VARBIAS=1:5;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.1083;MQ=63.2;SN=5;HIAF=0.0198;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=5;HICOV=252;LSEQ=GAACCTAAAAAAAAAAAAGC;RSEQ=AAAAAAAAAGTACGTAAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:310:6:281,6:0.0194:51,230:1,5 chr8 30744497 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=122;END=30744497;VD=3;AF=0.0246;BIAS=1:0;REFBIAS=119:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0172;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=116;LSEQ=GGTTTTTAGGTGTACTTAGT;RSEQ=GGAAGGATGCAGAACGTGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:122:3:119,3:0.0246:119,0:3,0 chr8 30746136 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=30746136;VD=3;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=137:127;VARBIAS=2:1;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.84989918049466;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=259;LSEQ=CACAGGGAAATATATATAAG;RSEQ=AGGTATTTTTCGTACCATTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:3:264,3:0.0112:137,127:2,1 chr8 37999992 . AC A 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=8;END=37999993;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=GTGATTTTTTCATCCTCCCT;RSEQ=CCCCCTCCCATCCCAATGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr8 38000009 . A ATGTGTGTGTG 89 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=9;END=38000009;VD=4;AF=0.4444;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=71.9;PSTD=1;QUAL=44.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=74.4;SN=8;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=37;MSI=23;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=4;HICOV=8;LSEQ=CCTACCCCCCTCCCATCCCA;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:4:3,4:0.4444:3,0:4,0 chr8 38000267 . T C 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=308;END=38000267;VD=146;AF=0.474;BIAS=2:2;REFBIAS=130:31;VARBIAS=125:21;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.28794;ODDRATIO=1.41779617762151;MQ=60;SN=72;HIAF=0.4737;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=144;HICOV=304;LSEQ=TGTTAGTCAGGCTGGTCTCC;RSEQ=GCCCTCAGGTGATTGCCTGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:308:146:161,146:0.474:130,31:125,21 chr8 38000820 . TAG T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=394;END=38000822;VD=4;AF=0.0102;BIAS=2:0;REFBIAS=124:262;VARBIAS=0:4;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.31164;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.2;HICNT=3;HICOV=345;LSEQ=GAAGTTGTAATCTACTAGCA;RSEQ=ATTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:394:4:386,4:0.0102:124,262:0,4 chr8 38000823 . AT A 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=377;END=38000824;VD=158;AF=0.4191;BIAS=2:2;REFBIAS=64:93;VARBIAS=42:116;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.00876;ODDRATIO=1.89677;MQ=60;SN=157;HIAF=0.4410;ADJAF=0.0159;SHIFT3=18;MSI=19;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=157;HICOV=356;LSEQ=GTTGTAATCTACTAGCATAG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:377:158:157,158:0.4191:64,93:42,116 chr8 38001025 . A G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=237;END=38001025;VD=3;AF=0.0127;BIAS=2:2;REFBIAS=160:74;VARBIAS=2:1;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.08072;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0088;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=227;LSEQ=AGTAGAGACGGGGTTTCACC;RSEQ=TGTTGGCCAGGATGGTCTCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:237:3:234,3:0.0127:160,74:2,1 chr8 38002160 . CT C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=386;END=38002161;VD=4;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=79:301;VARBIAS=1:3;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.26919659855312;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=368;LSEQ=CCCTGAACCAGTTATGTTGC;RSEQ=TTTTCACCCTTCAGATCTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:386:4:380,4:0.0104:79,301:1,3 chr8 38002527 . GAA G 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=357;END=38002529;VD=180;AF=0.5042;BIAS=2:2;REFBIAS=58:4;VARBIAS=151:29;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.08377;ODDRATIO=2.7752;MQ=60;SN=44;HIAF=0.5333;ADJAF=0.084;SHIFT3=18;MSI=20;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=176;HICOV=330;LSEQ=ACAGAATGAAACTGAGTCTC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:357:180:62,180:0.5042:58,4:151,29 chr8 38003787 . T C 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=566;END=38003787;VD=564;AF=0.9965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=269:295;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=281;HIAF=0.9965;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=6;NM=1.3;HICNT=562;HICOV=564;LSEQ=TCTCCTGGGCCCCTGCCACC;RSEQ=GCACCTGGACTTTGCTCACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:566:564:0,564:0.9965:0,0:269,295 chr8 38004299 . T TTA 110 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=13;END=38004299;VD=7;AF=0.5385;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:7;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=39.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=66.4;SN=14;HIAF=0.5833;ADJAF=0.0769;SHIFT3=17;MSI=9;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=7;HICOV=12;LSEQ=TTGTCTCAAAAAAAAAAATT;RSEQ=TATATATATATATATATTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:7:6,7:0.5385:0,6:0,7 chr8 38005835 . T C 324 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=480;END=38005835;VD=477;AF=0.9938;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=169:308;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=158;HIAF=0.9958;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=474;HICOV=476;LSEQ=TCACTGTAGAGAGTCTCTTC;RSEQ=AGCCGAGAACCTGGATACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:480:477:0,477:0.9938:0,0:169,308 chr8 38006199 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=250;END=38006199;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=107:140;VARBIAS=1:2;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.52608;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=245;LSEQ=CGAACCTGGTTAATCCACGT;RSEQ=CTAGGGGTGGGGCCCCCCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:250:3:247,3:0.012:107,140:1,2 chr8 38006305 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=38006305;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=55:118;VARBIAS=1:1;PMEAN=48.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53885;ODDRATIO=2.13524651421007;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=ATAACCCTTGTCTAGGAGCT;RSEQ=GAAAGCCCCTTAGAGATGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:173,2:0.0114:55,118:1,1 chr8 38006330 . TC T 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=138;END=38006331;VD=131;AF=0.9493;BIAS=2:2;REFBIAS=3:4;VARBIAS=28:103;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.18817;ODDRATIO=2.73402;MQ=60;SN=262;HIAF=0.9493;ADJAF=0.1087;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=131;HICOV=138;LSEQ=GCCCCTTAGAGATGGACCAC;RSEQ=CCACCCCCTCATCTTGTCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:138:131:7,131:0.9493:3,4:28,103 chr8 38007845 . A G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=38007845;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=69.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=GAGGATGGCTTGAGCCCATG;RSEQ=GTTTGAGGCTGCAGTGAGCT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:5,0 chr8 38009179 . G A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=38009179;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:6;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=GGGCGACAGAGTGAGACTCC;RSEQ=TCATAAATAAATAAATTAAA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:0,6 chr8 38269514 . T C 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=660;END=38269514;VD=337;AF=0.5106;BIAS=2:2;REFBIAS=110:213;VARBIAS=107:230;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.56207;ODDRATIO=1.10991;MQ=60;SN=83.25;HIAF=0.5139;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=333;HICOV=648;LSEQ=TCTCCTGCACTTAGAAGCAC;RSEQ=GGCAAAACCATGCCCACATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:660:337:323,337:0.5106:110,213:107,230 chr8 38270365 . C CT 92 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=698;END=38270365;VD=7;AF=0.01;BIAS=2:2;REFBIAS=304:346;VARBIAS=5:2;PMEAN=46.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.26277;ODDRATIO=2.84107051537019;MQ=62.8;SN=6;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=6;HICOV=576;LSEQ=ACCTTTTTAAAAACATTTTC;RSEQ=TTTTTTTTCTTTTTTGTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:698:7:650,7:0.01:304,346:5,2 chr8 38272542 . C G 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=38272542;VD=95;AF=0.5337;BIAS=1:1;REFBIAS=1:82;VARBIAS=0:95;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.46629;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=94;HIAF=0.5434;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=94;HICOV=173;LSEQ=TCTGCCACACTGCTCTGCCC;RSEQ=CCGAACCTTTGCTTTCCCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:178:95:83,95:0.5337:1,82:0,95 chr8 38272582 . C A 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=108;END=38272582;VD=59;AF=0.5463;BIAS=1:1;REFBIAS=2:47;VARBIAS=0:59;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.20353;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.5;HIAF=0.5429;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=57;HICOV=105;LSEQ=CTTCTAACATTCTCTGCCAG;RSEQ=TCCAGGCTTCTCATCACAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:108:59:49,59:0.5463:2,47:0,59 chr8 38274728 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=156;END=38274728;VD=3;AF=0.0192;BIAS=2:0;REFBIAS=145:8;VARBIAS=3:0;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=153;LSEQ=AAGCAGCCTCTCTTAACCCC;RSEQ=TTCCCTAGCTGTGGCTGAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:3:153,3:0.0192:145,8:3,0 chr8 38275107 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=38275107;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=97:76;VARBIAS=1:1;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.27451;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=TGGGAGCCGTTGTTGCAATA;RSEQ=GTGGTAGTGAGTGGGCAGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:173,2:0.0114:97,76:1,1 chr8 38275125 . 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G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=98;END=38279060;VD=3;AF=0.0306;BIAS=1:0;REFBIAS=95:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0206;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=97;LSEQ=TAAACCCAGATCCCGGGCAT;RSEQ=CATTGCAATGGCCAGGGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:3:95,3:0.0306:95,0:3,0 chr8 38281658 . G A 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=38281658;VD=10;AF=0.4167;BIAS=1:0;REFBIAS=14:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=28.1;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9;HIAF=0.3913;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=9;HICOV=23;LSEQ=AAAGATCGTACGTAACTCAG;RSEQ=ACACAGGGCTAAGACTGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:24:10:14,10:0.4167:14,0:10,0 chr8 38283208 . C A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=38283208;VD=4;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=7:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=49.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.3636;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=11;LSEQ=TGCATTAGCAAGGTGTCTGA;RSEQ=CTCTCTGAGCCTATGCGCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:4:7,4:0.3333:7,0:4,0 chr8 38284011 . C T 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=38284011;VD=39;AF=0.4875;BIAS=1:1;REFBIAS=1:40;VARBIAS=0:39;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.4872;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=38;HICOV=78;LSEQ=GTTCAAGATCATTCGTGATC;RSEQ=GGACAGATGTGCCTTCTGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:80:39:41,39:0.4875:1,40:0,39 chr8 38285913 . GTCA G 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=408;END=38285916;VD=8;AF=0.0196;BIAS=2:2;REFBIAS=183:217;VARBIAS=6:2;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.15201;ODDRATIO=3.54710556186152;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0198;ADJAF=0;SHIFT3=17;MSI=6;MSILEN=3;NM=0.1;HICNT=8;HICOV=405;LSEQ=TCTTTCTCCTCTGAAGAGGA;RSEQ=TCATCATCATCATCATCCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:408:8:400,8:0.0196:183,217:6,2 chr8 38286811 . C G 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=38286811;VD=7;AF=0.5;BIAS=2:0;REFBIAS=6:1;VARBIAS=7:0;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=7;HICOV=14;LSEQ=ATACCACCACCTGTTCAGGG;RSEQ=CTCTAATCACTAAGCCGAGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:14:7:7,7:0.5:6,1:7,0 chr8 38287238 . G A 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=582;END=38287238;VD=298;AF=0.512;BIAS=2:2;REFBIAS=172:111;VARBIAS=181:117;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00164;MQ=60;SN=28.8;HIAF=0.5044;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=288;HICOV=571;LSEQ=AGTAGGTGGTGTCACTGCCC;RSEQ=AGGGGCTGCTGGTTACGCAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:582:298:283,298:0.512:172,111:181,117 chr8 38287555 . C T 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=225;END=38287555;VD=119;AF=0.5289;BIAS=2:2;REFBIAS=9:97;VARBIAS=7:112;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.60465;ODDRATIO=1.48191;MQ=60;SN=28.75;HIAF=0.5227;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=115;HICOV=220;LSEQ=GGGAGAGACAAAGGGAATTA;RSEQ=GCTGGCCACACGGAGCCGCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:225:119:106,119:0.5289:9,97:7,112 chr8 38287752 . G GGATCA 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=38;END=38287752;VD=36;AF=0.9474;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:36;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=0.9474;ADJAF=0.1842;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=36;HICOV=38;LSEQ=CAGCTGTAGCAGCATTAAGC;RSEQ=CATTTCATTTCCCCCATCCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:38:36:1,36:0.9474:0,1:0,36 chr8 38318337 . G C 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=61;END=38318337;VD=29;AF=0.4754;BIAS=1:1;REFBIAS=32:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=0.4754;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=29;HICOV=61;LSEQ=CTGGGACCCTGCCACCTCCT;RSEQ=CTTCACCTCAGTTTCTCATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:61:29:32,29:0.4754:32,0:29,0 chr8 38318970 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=38318970;VD=2;AF=0.0152;BIAS=1:0;REFBIAS=0:130;VARBIAS=0:2;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=TCAAGTGATCCTCCCACCTC;RSEQ=GCCTCCCGAGAAGCTGGGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:2:130,2:0.0152:0,130:0,2 chr8 38325131 . G A 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=315;END=38325131;VD=153;AF=0.4857;BIAS=2:2;REFBIAS=112:43;VARBIAS=111:42;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01462068405727;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4755;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=136;HICOV=286;LSEQ=CACTCCCGCCCTCCTCCCCA;RSEQ=TCCAGGAAACCGCGGGCCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:315:153:155,153:0.4857:112,43:111,42 chr8 38325411 . G A 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=452;END=38325411;VD=200;AF=0.4425;BIAS=2:2;REFBIAS=129:123;VARBIAS=102:98;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00764;MQ=60;SN=27.571;HIAF=0.4376;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=193;HICOV=441;LSEQ=GCCCCGGCTGGGCTGCGGCG;RSEQ=GCAAAGCGCGCAGCCGGGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:452:200:252,200:0.4425:129,123:102,98 chr8 38326046 . G A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=607;END=38326046;VD=292;AF=0.4811;BIAS=2:2;REFBIAS=185:128;VARBIAS=161:131;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.36582;ODDRATIO=1.17568;MQ=60;SN=31.444;HIAF=0.4764;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=283;HICOV=594;LSEQ=GCCCAGCTCCCGGCACACCC;RSEQ=GGTTCCTCCGCGCGCTGCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:607:292:313,292:0.4811:185,128:161,131 chr8 38326161 . G A 331 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=632;END=38326161;VD=629;AF=0.9953;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=313:316;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.417;HIAF=0.9984;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=617;HICOV=618;LSEQ=CCGAGCGCTATGCGCCGGCG;RSEQ=GGCGCGAGGGCTCGCTCTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:632:629:0,629:0.9953:0,0:313,316 chr8 38326404 . T C 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=487;END=38326404;VD=267;AF=0.5483;BIAS=2:2;REFBIAS=52:164;VARBIAS=81:186;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.1514;ODDRATIO=1.37255171088571;MQ=60;SN=266;HIAF=0.5684;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=266;HICOV=468;LSEQ=GCCCTAGACATAGCAGCGGT;RSEQ=TGGGGGCTAGGGGGCAGGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:487:267:216,267:0.5483:52,164:81,186 chr8 38326536 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=233;END=38326536;VD=3;AF=0.0129;BIAS=1:0;REFBIAS=3:227;VARBIAS=0:3;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0088;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=228;LSEQ=GTTTTCCCATCTGTAAATGG;RSEQ=GGATAATAGTGCTTTTCACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:233:3:230,3:0.0129:3,227:0,3 chr8 41481013 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=41481013;VD=2;AF=0.025;BIAS=1:0;REFBIAS=78:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0256;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=78;LSEQ=CTCCAAGCCTGCTGCACCTT;RSEQ=ACTTCTCTGCATCCGTCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:80:2:78,2:0.025:78,0:2,0 chr8 41481036 . AG TT 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=99;END=41481037;VD=52;AF=0.5253;BIAS=1:1;REFBIAS=45:0;VARBIAS=52:0;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.5306;ADJAF=0.0404;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=52;HICOV=98;LSEQ=TTCTCTGCATCCGTCTCCTG;RSEQ=TCATAACTAGGGACTTGGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:99:52:45,52:0.5253:45,0:52,0 chr8 41481096 . G A 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=41481096;VD=85;AF=0.4971;BIAS=1:1;REFBIAS=84:1;VARBIAS=85:0;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.25;HIAF=0.4969;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=81;HICOV=163;LSEQ=CGTCCACCTCTGAATTCTCT;RSEQ=TTTTTAAGCCCATAGTTCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:85:85,85:0.4971:84,1:85,0 chr8 41481290 . C A 67 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=447;END=41481290;VD=6;AF=0.0134;BIAS=2:2;REFBIAS=216:224;VARBIAS=2:4;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=26.3;QSTD=1;SBF=0.68586;ODDRATIO=1.92583;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0097;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=4;HICOV=412;LSEQ=GCTCTCAGGCTGGGCAGTAT;RSEQ=TTCATTGTGGTTCTCAGACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:447:6:440,6:0.0134:216,224:2,4 chr8 41481304 . T TCAGA 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=474;END=41481304;VD=220;AF=0.4641;BIAS=2:2;REFBIAS=115:130;VARBIAS=98:121;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.64216;ODDRATIO=1.09202;MQ=60.1;SN=72.333;HIAF=0.4844;ADJAF=0.0612;SHIFT3=7;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.5;HICNT=217;HICOV=448;LSEQ=CAGTATCTTCATTGTGGTTC;RSEQ=CAGACAGCCTTTTTTACTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:474:220:245,220:0.4641:115,130:98,121 chr8 61429854 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=281;END=61429854;VD=3;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=85:192;VARBIAS=2:1;PMEAN=27.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.22876;ODDRATIO=4.49054739772778;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=272;LSEQ=GGGCGGGTGTCGGCGGCCTC;RSEQ=GGACCCGGGCTGAGGGGCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:281:3:277,3:0.0107:85,192:2,1 chr8 61471392 . A AT 100 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=324;END=61471392;VD=6;AF=0.0185;BIAS=2:2;REFBIAS=213:89;VARBIAS=3:3;PMEAN=46.5;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=0.36823;ODDRATIO=2.38564;MQ=63.2;SN=12;HIAF=0.0199;ADJAF=0.0031;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=6;HICOV=302;LSEQ=GTGAATTTTGTCTCTTATTT;RSEQ=TTTTTTTTTAACTTTCAGGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:324:6:302,6:0.0185:213,89:3,3 chr8 61471401 . T A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=339;END=61471401;VD=4;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=233:102;VARBIAS=3:1;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.31226707259461;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=332;LSEQ=GTCTCTTATTTATTTTTTTT;RSEQ=AACTTTCAGGTGTTGGTAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:339:4:335,4:0.0118:233,102:3,1 chr8 61496671 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=61496671;VD=2;AF=0.0155;BIAS=2:2;REFBIAS=118:9;VARBIAS=1:1;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.14959;ODDRATIO=12.49099;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0157;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=127;LSEQ=TCTTGTCTCTCTTTATGCAC;RSEQ=CCTTCCCTACCTGCTCTTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:127,2:0.0155:118,9:1,1 chr8 61496750 . CT C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=283;END=61496751;VD=4;AF=0.0141;BIAS=2:2;REFBIAS=197:82;VARBIAS=3:1;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.24776961181887;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=277;LSEQ=ATTAAAGGAAACTCTCCAAC;RSEQ=TTTTTTTCGTTACAGGCAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:4:279,4:0.0141:197,82:3,1 chr8 61497060 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=61497060;VD=3;AF=0.0169;BIAS=2:2;REFBIAS=58:117;VARBIAS=1:2;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00857286938981;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=171;LSEQ=ACCTTCAAATTGAAATCGGC;RSEQ=ATATTATTTATTCATTGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:3:175,3:0.0169:58,117:1,2 chr8 61504655 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=61504655;VD=2;AF=0.0134;BIAS=1:0;REFBIAS=1:146;VARBIAS=0:2;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=147;LSEQ=ATCATAAAGTAGGAAAGTTT;RSEQ=TTCCCTTTGAAATCCCTTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:2:147,2:0.0134:1,146:0,2 chr8 61534564 . C CT 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=700;END=61534564;VD=8;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=341:310;VARBIAS=4:4;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.09984;MQ=63.2;SN=7;HIAF=0.0119;ADJAF=0.0014;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=7;HICOV=589;LSEQ=ATCCTATGTATAAAAGTGTT;RSEQ=TTTTTTTTTATTATGACCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:700:8:651,8:0.0114:341,310:4,4 chr8 61591244 . T C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=61591244;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:3;PMEAN=48.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=CGGCGCGGCCCGGAGGGAGC;RSEQ=GGCGGCGGGCGCGCGCGGCC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:0,3 chr8 61591323 . C CGCGGCG 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=21;END=61591323;VD=30;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=30:0;PMEAN=20.2;PSTD=1;QUAL=37.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.3;SN=60;HIAF=0.9677;ADJAF=0.5333;SHIFT3=26;MSI=10;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=30;HICOV=31;LSEQ=AGGCGCTGGCGTGCTGGGGC;RSEQ=GCGGCGGCGGCGGCGGCGGC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:30:0,30:1:0,0:30,0 chr8 61591676 . GGGC G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=295;END=61591679;VD=4;AF=0.0136;BIAS=2:2;REFBIAS=107:182;VARBIAS=1:3;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.76063;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=18;MSI=7;MSILEN=3;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=292;LSEQ=TCGCCCGGCGCCCCCGGGAG;RSEQ=GGCGGCGGCGGCGGCGGCAG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:4:289,4:0.0136:107,182:1,3 chr8 61591995 . C CG 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=133;END=61591995;VD=8;AF=0.0602;BIAS=1:0;REFBIAS=118:3;VARBIAS=8:0;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0684;ADJAF=0.0075;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=8;HICOV=117;LSEQ=GCTTTTTGTTGTGCTGCCGG;RSEQ=GTGGGGGGGGGGTACGGGGG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:133:8:121,8:0.0602:118,3:8,0 chr8 61591997 . T TG 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=143;END=61591997;VD=100;AF=0.6993;BIAS=2:1;REFBIAS=24:3;VARBIAS=99:1;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.03;ODDRATIO=12.0423892100193;MQ=60.4;SN=200;HIAF=0.7576;ADJAF=0.0699;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=100;HICOV=132;LSEQ=TTTTTGTTGTGCTGCCGGCG;RSEQ=GGGGGGGGGGTACGGGGGAC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:143:100:27,100:0.6993:24,3:99,1 chr8 61592233 . C T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=378;END=61592233;VD=192;AF=0.5079;BIAS=2:2;REFBIAS=95:85;VARBIAS=105:87;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=0.75525;ODDRATIO=1.07963378821904;MQ=60;SN=8.6;HIAF=0.4886;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=172;HICOV=352;LSEQ=CCCCGCCTCCCGCCCCCGCC;RSEQ=CCCGCTCCGGACCGACCACG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:378:192:180,192:0.5079:95,85:105,87 chr8 61592425 . G A 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=292;END=61592425;VD=124;AF=0.4247;BIAS=2:2;REFBIAS=53:111;VARBIAS=36:88;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.60714;ODDRATIO=1.16654;MQ=60;SN=16.714;HIAF=0.4164;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=117;HICOV=281;LSEQ=GAACACGCGGCGCGGGAGGC;RSEQ=TCCCGAGCTCAGCCAGTGCC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:292:124:164,124:0.4247:53,111:36,88 chr8 61655690 . G A 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=484;END=61655690;VD=477;AF=0.9855;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=104:373;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.634;HIAF=0.9977;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=436;HICOV=437;LSEQ=GAGCCTACCTCTGCATTGCA;RSEQ=TGTGAAATTCAACATGGCTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:484:477:0,477:0.9855:0,0:104,373 chr8 61693318 . A AT 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=144;END=61693318;VD=2;AF=0.0139;BIAS=1:0;REFBIAS=134:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0148;ADJAF=0.0069;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=2;HICOV=135;LSEQ=AGTTTTTACTTCCTGAACTG;RSEQ=TTTTTTTTTACTGTATTAAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:144:2:135,2:0.0139:134,1:2,0 chr8 61693391 . A AT 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=264;END=61693391;VD=3;AF=0.0114;BIAS=2:0;REFBIAS=237:13;VARBIAS=3:0;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=6;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=250;LSEQ=AGATTCTCTCTTAAACATAC;RSEQ=TTTTTTTTGGATGAGAGAAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:264:3:250,3:0.0114:237,13:3,0 chr8 61693412 . C A 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=308;END=61693412;VD=307;AF=0.9968;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=267:40;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=302;HICOV=302;LSEQ=TTTTTTTTGGATGAGAGAAG;RSEQ=TGATAGATTCTACAACTGTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:308:307:0,307:0.9968:0,0:267,40 chr8 61693456 . TGAGTATA T 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=413;END=61693463;VD=410;AF=0.9927;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=321:89;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=409;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1404;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.9;HICNT=409;HICOV=409;LSEQ=TTGGAAAAATATTTGCTACC;RSEQ=GAATAAGTTTCAGAAACATC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:413:410:0,410:0.9927:0,0:321,89 chr8 61707725 . G A 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=435;END=61707725;VD=433;AF=0.9954;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=138:295;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47.111;HIAF=0.9976;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=424;HICOV=425;LSEQ=TTCCCGAGCCTTGGTTATTT;RSEQ=GCATGGGTAACTTTAGCCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:435:433:0,433:0.9954:0,0:138,295 chr8 61713126 . A ATGGACT 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=435;END=61713126;VD=412;AF=0.9471;BIAS=2:2;REFBIAS=15:19;VARBIAS=108:303;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.0438;ODDRATIO=2.21045;MQ=60;SN=824;HIAF=0.9217;ADJAF=0.1724;SHIFT3=6;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=412;HICOV=447;LSEQ=TTTATGGATGCATTTTAAAG;RSEQ=TGGACTAGAAATTTCATTGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:435:412:34,412:0.9471:15,19:108,303 chr8 61713231 . C A 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=243;END=61713231;VD=241;AF=0.9918;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:239;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=119.5;HIAF=0.9958;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=239;HICOV=240;LSEQ=ATAATGTGCTATGGGAAATT;RSEQ=GTTGTTTAGCAATATCTTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:243:241:0,241:0.9918:0,0:2,239 chr8 61714075 . CT C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=313;END=61714076;VD=4;AF=0.0128;BIAS=2:2;REFBIAS=181:128;VARBIAS=3:1;PMEAN=67.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.64568;ODDRATIO=2.11693975189466;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=304;LSEQ=ATTTGGATTGATGCACATGC;RSEQ=TTTTTTTTAGGAATCTGTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:313:4:309,4:0.0128:181,128:3,1 chr8 61714245 . A G 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=61714245;VD=189;AF=0.9793;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=32:157;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=175;HICOV=175;LSEQ=TCTTTTAAAATTCTAATATT;RSEQ=TAAAATAAAACTTCCAGTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:193:189:0,189:0.9793:0,0:32,157 chr8 61720892 . A AT 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=226;END=61720892;VD=4;AF=0.0177;BIAS=2:2;REFBIAS=57:153;VARBIAS=1:3;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.11708;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=4;HICOV=211;LSEQ=TTTCCAAGTAGTAAACGACC;RSEQ=TTTTTTTTTAAAGTTGGGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:226:4:210,4:0.0177:57,153:1,3 chr8 61721018 . T C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=105;END=61721018;VD=2;AF=0.019;BIAS=1:0;REFBIAS=0:103;VARBIAS=0:2;PMEAN=48.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=105;LSEQ=GAATTTTTCTGGAAAATGTG;RSEQ=AATTGGTGTAAAAGTTGACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:105:2:103,2:0.019:0,103:0,2 chr8 61728672 . GTCTCTC G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=12;END=61728678;VD=2;AF=0.1667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1667;ADJAF=0;SHIFT3=35;MSI=20;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=12;LSEQ=TTTTGTCTGTCTGTCTGTCT;RSEQ=TCTCTCTCTCTCTCTCTCTC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:2:0,2:0.1667:0,0:2,0 chr8 61728676 . CTCTCTCTC G 102 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=12;END=61728684;VD=8;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.6667;ADJAF=0.5833;SHIFT3=33;MSI=20;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=8;HICOV=12;LSEQ=GTCTGTCTGTCTGTCTGTCT;RSEQ=TCTCTCTCTCTCTCTCTCTC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:8:0,8:0.6667:0,0:8,0 chr8 61729273 . T G 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=61729273;VD=71;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:71;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=142;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=71;HICOV=71;LSEQ=AGATATGGGTCCTTATGATA;RSEQ=TATGTGGAAATAGCGGTGAT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:71:71:0,71:1:0,0:0,71 chr8 61732521 . A G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=209;END=61732521;VD=207;AF=0.9904;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=144:63;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.5;HIAF=0.9950;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=201;HICOV=202;LSEQ=GTGGAATAGTATTTCATCTT;RSEQ=GGAAATAAGTAAACCTTTAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:209:207:0,207:0.9904:0,0:144,63 chr8 61732542 . C CT 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=258;END=61732542;VD=9;AF=0.0349;BIAS=2:2;REFBIAS=157:77;VARBIAS=6:3;PMEAN=45.3;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.01941;MQ=63.6;SN=18;HIAF=0.0395;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=9;HICOV=228;LSEQ=GGAAATAAGTAAACCTTTAA;RSEQ=TTTTTTTTTTCCCTTTGGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:258:9:234,9:0.0349:157,77:6,3 chr8 61732668 . T C 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=294;END=61732668;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=129:162;VARBIAS=2:1;PMEAN=50;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.58743;ODDRATIO=2.50394371134537;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=289;LSEQ=AGGTAACAGGAGATCATTTG;RSEQ=ATTACAAAGTGGTGATTCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:294:3:291,3:0.0102:129,162:2,1 chr8 61734295 . A G 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=312;END=61734295;VD=311;AF=0.9968;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=255:56;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.917;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=299;HICOV=300;LSEQ=ATATACACATATATATGTAT;RSEQ=TGTATGTATGTGGTCAAATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:312:311:0,311:0.9968:0,0:255,56 chr8 61735359 . T TA 104 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=434;END=61735359;VD=7;AF=0.0161;BIAS=2:2;REFBIAS=106:297;VARBIAS=2:5;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=37.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.12042307175189;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=7;HICOV=400;LSEQ=CTCTGTGCATTTTAAGGTGT;RSEQ=AAAAAAAAATCAAAGTCTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:434:7:403,7:0.0161:106,297:2,5 chr8 61741541 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=185;END=61741541;VD=3;AF=0.0162;BIAS=1:2;REFBIAS=2:180;VARBIAS=1:2;PMEAN=57.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.04812;ODDRATIO=39.7456279809221;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=ATCATCATAAAGGTTTTCTT;RSEQ=TTTATTTGTTTGTCTTTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:185:3:182,3:0.0162:2,180:1,2 chr8 61741706 . G A 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=61741706;VD=22;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:22;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=GACGCCACTGACGTTGGTAG;RSEQ=CCTGTTTGCCTGCTGCAGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:22:22:0,22:1:0,0:0,22 chr8 61741790 . G A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=61741790;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=GCTTACTTCTTCAAGCCTAC;RSEQ=TATTTTCACTTTAGAAACTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr8 61748415 . G A 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=61748415;VD=64;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=64:0;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=63;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=63;HICOV=63;LSEQ=AAAAATGTGGTTTTCCCCCT;RSEQ=AATGCCTCAATGTGTTGTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:64:64:0,64:1:0,0:64,0 chr8 61748893 . C A 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=321;END=61748893;VD=320;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=59:261;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52.333;HIAF=0.9968;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=314;HICOV=315;LSEQ=GGAAATCTAAAATTACCTTC;RSEQ=CAGGGGTCCAAGCAGTCCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:321:320:1,320:0.9969:0,1:59,261 chr8 61749079 . G T 45 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=61749079;VD=3;AF=0.0323;BIAS=2:0;REFBIAS=12:77;VARBIAS=0:3;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=3;HICOV=90;LSEQ=ATTGCCTTTATTTGAGTAGG;RSEQ=GAGAATAGTTCTTACTTAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:3:89,3:0.0323:12,77:0,3 chr8 61749129 . A T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=61749129;VD=3;AF=0.0375;BIAS=2:0;REFBIAS=41:35;VARBIAS=0:3;PMEAN=48.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.10668;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0270;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=74;LSEQ=ATTTGTTATCTTACTGTTAT;RSEQ=GGTGTCAGCTGTTTTTAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:80:3:76,3:0.0375:41,35:0,3 chr8 61750002 . A G 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=61750002;VD=65;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=63:2;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=63;HICOV=63;LSEQ=CTGGTTTATGGACAGTTATC;RSEQ=TCTTGCTGTGTCCTCACCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:65:65:0,65:1:0,0:63,2 chr8 61750860 . A G 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=409;END=61750860;VD=408;AF=0.9976;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=100:308;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.091;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=397;HICOV=397;LSEQ=GTTTTCCATAGAAGCATGAC;RSEQ=GAGTTCATGTGAAAAGTACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:409:408:0,408:0.9976:0,0:100,308 chr8 61758254 . G A 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=61758254;VD=47;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:47;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=45;HICOV=45;LSEQ=GTGTCAAGTTGCAGGAGAGC;RSEQ=TACCTTTAGGTGACTGATTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:47:47:0,47:1:0,0:0,47 chr8 61764076 . A G 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=133;END=61764076;VD=133;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:131;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=130;HICOV=130;LSEQ=ATTTCTTAGATAGGATAACT;RSEQ=TTTCTTTGATGATAATTAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:133:133:0,133:1:0,0:2,131 chr8 61764389 . G T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=82;END=61764389;VD=82;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=82:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=81;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=81;HICOV=81;LSEQ=TTTTCATCCCCTCTAAGGAG;RSEQ=TAAAAAAGAAATAAGTGTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:82:82:0,82:1:0,0:82,0 chr8 61766378 . G A 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=61766378;VD=11;AF=0.4783;BIAS=0:0;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:11;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=11;HICOV=22;LSEQ=TGATTTTAATTTTGACAAAT;RSEQ=TGAGGGAAGGTGGTCATTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:23:11:12,11:0.4783:0,12:0,11 chr8 61766431 . C T 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=61766431;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:9;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=TGTTAATCATTTTGAAACAA;RSEQ=TGGTGCTTGTTATGTTTTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:0,9 chr8 61767390 . G C 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=61767390;VD=45;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:44;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=43;HICOV=43;LSEQ=CCCCCGTTGTCTAGCATAAT;RSEQ=TATGGATTATCACTGTGTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:45:45:0,45:1:0,0:1,44 chr8 61769037 . CGGA C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=555;END=61769040;VD=7;AF=0.0126;BIAS=2:2;REFBIAS=346:200;VARBIAS=3:4;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.43218;ODDRATIO=2.30301;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=5;MSILEN=3;NM=0.6;HICNT=7;HICOV=547;LSEQ=ACCTCTCTGTCCCTCGCCAG;RSEQ=GGAGGAGGAGGAGAAAAATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:555:7:546,7:0.0126:346,200:3,4 chr8 61773285 . C T 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=61773285;VD=71;AF=0.9861;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=71:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=68;HICOV=68;LSEQ=ATTACAGGCGTGAGCCACCG;RSEQ=GCCCAGCCTCATTTTCTGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:72:71:0,71:0.9861:0,0:71,0 chr8 61775373 . C CATCA 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=114;END=61775373;VD=104;AF=0.9123;BIAS=0:1;REFBIAS=0:10;VARBIAS=3:100;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=103;HIAF=0.9035;ADJAF=0.1228;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=103;HICOV=114;LSEQ=CATTTCATACATCATTAATA;RSEQ=ATCATTAATCCAAAGTGAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:114:104:10,104:0.9123:0,10:3,100 chr8 61775374 . A ATCAC 47 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=113;END=61775374;VD=3;AF=0.0265;BIAS=1:0;REFBIAS=3:107;VARBIAS=0:3;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=29.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0273;ADJAF=0.0088;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=110;LSEQ=ATTTCATACATCATTAATAC;RSEQ=TCATTAATCCAAAGTGAATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:3:110,3:0.0265:3,107:0,3 chr8 61778609 . CA C 178 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=875;END=61778610;VD=30;AF=0.0343;BIAS=2:2;REFBIAS=432:412;VARBIAS=16:14;PMEAN=31.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.85443;ODDRATIO=1.08981135365468;MQ=60;SN=60;HIAF=0.0351;ADJAF=0.0046;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=30;HICOV=854;LSEQ=TGTTCTGTAACATAGTGTAG;RSEQ=AAAAAAAAAGTTCAAGTCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:875:30:844,30:0.0343:432,412:16,14 chr8 61778758 . C CT 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=767;END=61778758;VD=55;AF=0.0717;BIAS=2:2;REFBIAS=221:352;VARBIAS=22:33;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.88507;ODDRATIO=1.06174019217497;MQ=60.5;SN=26.5;HIAF=0.0930;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=53;HICOV=570;LSEQ=GAAACTTACATAATGCTCTG;RSEQ=TTTTTTTTTTTCTCTTGGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:767:55:573,55:0.0717:221,352:22,33 chr8 61779505 . AT A 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=770;END=61779506;VD=8;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=366:394;VARBIAS=5:3;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.49264;ODDRATIO=1.79282154254366;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0106;ADJAF=0.0013;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=8;HICOV=756;LSEQ=GGGAAACTGGTGTTCACTCT;RSEQ=TTTTTTTGTATTCGCAATAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:770:8:760,8:0.0104:366,394:5,3 chr8 61779681 . A C 345 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=786;END=61779681;VD=784;AF=0.9975;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=413:371;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=45.118;HIAF=0.9987;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=767;HICOV=768;LSEQ=CACTCCAGATATCTCAACAG;RSEQ=AATGCATACAAAAAGCTCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:786:784:1,784:0.9975:1,0:413,371 chr8 61779936 . T G 335 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=690;END=61779936;VD=684;AF=0.9913;BIAS=2:2;REFBIAS=1:3;VARBIAS=300:384;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.6356;ODDRATIO=2.34109797495025;MQ=60;SN=41.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=668;HICOV=668;LSEQ=CGCTCGATGCCAGAAACCAG;RSEQ=GTGTGGAAAAACCCATGTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:690:684:4,684:0.9913:1,3:300,384 chr8 61780220 . T C 343 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=698;END=61780220;VD=696;AF=0.9971;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=369:327;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68.6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=686;HICOV=686;LSEQ=ACGTCCGCACACAGTCCACC;RSEQ=CCAGCCAGTGTGCTGCCAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:698:696:0,696:0.9971:0,0:369,327 chr8 61780289 . C T 342 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=690;END=61780289;VD=687;AF=0.9957;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=318:369;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84.875;HIAF=0.9971;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=679;HICOV=681;LSEQ=GAGATTCAGTTCGTTTATGC;RSEQ=CCAAGATGAAAATATGCCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:690:687:0,687:0.9957:0,0:318,369 chr8 61780904 . C CT 110 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=18;END=61780904;VD=9;AF=0.5;BIAS=0:2;REFBIAS=0:8;VARBIAS=1:8;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=8;HIAF=0.4706;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=8;HICOV=17;LSEQ=TTTTCTTTCTTTCTTTCTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTGTTGTTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:18:9:8,9:0.5:0,8:1,8 chr8 95717861 . A G 141 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=95717861;VD=16;AF=0.4211;BIAS=1:1;REFBIAS=22:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.4054;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=15;HICOV=37;LSEQ=AGGAGCTGAGCTGAGCAGGG;RSEQ=GTCGGAAACCATACATGTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:38:16:22,16:0.4211:22,0:16,0 chr8 95718041 . T C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=95718041;VD=2;AF=0.0103;BIAS=2:0;REFBIAS=172:20;VARBIAS=2:0;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=181;LSEQ=AACTTGGACCATCTTAAGGC;RSEQ=TTTTTTCCACAAAGTCCTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:2:192,2:0.0103:172,20:2,0 chr8 95718043 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=196;END=95718043;VD=2;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=174:20;VARBIAS=1:1;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.2033;ODDRATIO=8.51291;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=191;LSEQ=CTTGGACCATCTTAAGGCTT;RSEQ=TTTTCCACAAAGTCCTTGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:2:194,2:0.0102:174,20:1,1 chr8 95718131 . CTTTT C 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=310;END=95718135;VD=85;AF=0.2742;BIAS=2:2;REFBIAS=105:49;VARBIAS=44:41;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.01747;ODDRATIO=1.99078;MQ=60;SN=41.5;HIAF=0.2823;ADJAF=0.0194;SHIFT3=14;MSI=18;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=83;HICOV=294;LSEQ=ATAACATTTCCTTTTATTCA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTCAGTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:310:85:154,85:0.2742:105,49:44,41 chr8 95718314 . T C 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=95718314;VD=70;AF=0.4516;BIAS=1:1;REFBIAS=0:85;VARBIAS=1:69;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.45161;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.4564;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=68;HICOV=149;LSEQ=TGGAGTGAAAAAATTTGAGC;RSEQ=AGTGAAGCCAAATCGTAACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:70:85,70:0.4516:0,85:1,69 chr8 95718448 . T C 160 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=95718448;VD=24;AF=0.7059;BIAS=0:1;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:24;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23;HIAF=0.7188;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=23;HICOV=32;LSEQ=AGTTAAAGTGGCATCATAGG;RSEQ=GTTTCCTAAGTTTTAAGTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:34:24:10,24:0.7059:0,10:0,24 chr8 95718533 . T C 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=95718533;VD=10;AF=0.9091;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:10;PMEAN=28.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.9091;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=10;HICOV=11;LSEQ=TGTTAAGGAAGCTTCATTTT;RSEQ=GTATATTCCCGCTCTTTTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:10:1,10:0.9091:0,1:0,10 chr8 101174186 . A C 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=101174186;VD=13;AF=0.65;BIAS=0:1;REFBIAS=7:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=28.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.6500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=13;HICOV=20;LSEQ=GCCAGTTGCAGAAGTAAATA;RSEQ=CGTCTTCCTCCTCGGTTCAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:20:13:7,13:0.65:7,0:13,0 chr8 101174388 . C T 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=101174388;VD=91;AF=0.5549;BIAS=1:1;REFBIAS=71:0;VARBIAS=90:1;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.2;HIAF=0.5513;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=86;HICOV=156;LSEQ=GCAACATAGGGAGACTCTGT;RSEQ=TCTACAAAAAATTTTTAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:164:91:71,91:0.5549:71,0:90,1 chr8 101177757 . C A 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=101177757;VD=13;AF=0.619;BIAS=0:1;REFBIAS=8:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.6190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=13;HICOV=21;LSEQ=AACTCCGCGGAGCAACCCCA;RSEQ=TTCCTCCACGGTGCCGGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:21:13:8,13:0.619:8,0:13,0 chr8 101177766 . C T 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=101177766;VD=13;AF=0.5909;BIAS=0:1;REFBIAS=9:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=12;HICOV=21;LSEQ=GAGCAACCCCACTTCCTCCA;RSEQ=GGTGCCGGGGACCACACCGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:22:13:9,13:0.5909:9,0:13,0 chr8 101178405 . A G 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=101178405;VD=62;AF=0.5167;BIAS=1:1;REFBIAS=0:57;VARBIAS=0:62;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.5;HIAF=0.5088;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=58;HICOV=114;LSEQ=TGTGTATATTTAAATTGATT;RSEQ=AATAATATTCTGTCCTATTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:120:62:57,62:0.5167:0,57:0,62 chr8 101190339 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=101190339;VD=2;AF=0.0117;BIAS=1:0;REFBIAS=2:167;VARBIAS=0:2;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=GGGAACTATCACGTTCTTTA;RSEQ=TGTCTCATTACTTGGAAATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:2:169,2:0.0117:2,167:0,2 chr8 101196083 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=101196083;VD=2;AF=0.0122;BIAS=1:0;REFBIAS=156:5;VARBIAS=2:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=TACTACATATTTTTGAATAT;RSEQ=TATCCAAAGGCATACTTGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:161,2:0.0122:156,5:2,0 chr8 101196288 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=308;END=101196288;VD=5;AF=0.0162;BIAS=2:2;REFBIAS=106:196;VARBIAS=3:2;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.35114;ODDRATIO=2.76372882292789;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=290;LSEQ=TGAGACAAGAATAGATACAG;RSEQ=AGGTAATTGGAGAAAAAATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:308:5:302,5:0.0162:106,196:3,2 chr8 101196366 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=101196366;VD=2;AF=0.0103;BIAS=2:0;REFBIAS=26:167;VARBIAS=0:2;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=190;LSEQ=AAAAGTGTCAATCTAGAAGA;RSEQ=ATTGTCTTTGAGTACTGCAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:195:2:193,2:0.0103:26,167:0,2 chr8 101196383 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=101196383;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:0;REFBIAS=13:160;VARBIAS=0:2;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=AGACATTGTCTTTGAGTACT;RSEQ=CACAGATTACCATGAAAAGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:173,2:0.0114:13,160:0,2 chr8 101196824 . G A 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=356;END=101196824;VD=186;AF=0.5225;BIAS=2:2;REFBIAS=123:47;VARBIAS=146:40;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.21687;ODDRATIO=1.39337866458589;MQ=60;SN=92;HIAF=0.5333;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=184;HICOV=345;LSEQ=AAAATTCTGTTAAATTATAC;RSEQ=TTTACATATAGCAGATAACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:356:186:170,186:0.5225:123,47:146,40 chr8 101199555 . T A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=101199555;VD=3;AF=0.0163;BIAS=2:0;REFBIAS=10:171;VARBIAS=0:3;PMEAN=19.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=ATTTGTAGATACTTGTAATG;RSEQ=TTACATTAAAAATATTTCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:3:181,3:0.0163:10,171:0,3 chr8 101199604 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=101199604;VD=2;AF=0.0153;BIAS=1:0;REFBIAS=2:127;VARBIAS=0:2;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0157;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=127;LSEQ=AAATTTCTGTATGTGAATCA;RSEQ=CAACTTCATAAAGTTGCTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:2:129,2:0.0153:2,127:0,2 chr8 101203937 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=101203937;VD=2;AF=0.0175;BIAS=1:0;REFBIAS=1:111;VARBIAS=0:2;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0179;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=112;LSEQ=TTTCAAAACTATAAACCTTC;RSEQ=TCTGAAAGACAAATATCAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:114:2:112,2:0.0175:1,111:0,2 chr8 101205989 . TAAAC T 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=13;END=101205993;VD=7;AF=0.5385;BIAS=0:0;REFBIAS=7:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=20.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5000;ADJAF=0.1538;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.6;HICNT=7;HICOV=14;LSEQ=CCTCATCTCTATATTTTAAA;RSEQ=AAACAGCGTATGTAGCATGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:7:7,7:0.5385:7,0:7,0 chr8 101206173 . G GT 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=159;END=101206173;VD=8;AF=0.0503;BIAS=1:0;REFBIAS=141:1;VARBIAS=8:0;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=16;HIAF=0.0537;ADJAF=0.0126;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=8;HICOV=149;LSEQ=ACCGCTTTTTGTGTGTGTGT;RSEQ=TTTTTTTTTTACAGTGGACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:8:142,8:0.0503:141,1:8,0 chr8 101206175 . T G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=101206175;VD=57;AF=0.3585;BIAS=1:1;REFBIAS=101:1;VARBIAS=57:0;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=114;HIAF=0.3631;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=57;HICOV=157;LSEQ=CGCTTTTTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=TTTTTTTTACAGTGGACATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:57:102,57:0.3585:101,1:57,0 chr8 101206218 . CA C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=198;END=101206219;VD=3;AF=0.0152;BIAS=1:0;REFBIAS=194:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0154;ADJAF=0.0051;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=195;LSEQ=TGATTACAATCAAAGGCCAC;RSEQ=AAAAAAAGCCTTGTCTTAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:3:195,3:0.0152:194,1:3,0 chr8 101225121 . AG A 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=96;END=101225122;VD=43;AF=0.4479;BIAS=1:1;REFBIAS=52:1;VARBIAS=42:1;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.23532;MQ=60;SN=86;HIAF=0.4479;ADJAF=0.0104;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=43;HICOV=96;LSEQ=CCGAGTCCTCAGGAAGCCGC;RSEQ=GGGGCCTCGAGGGAGCGGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:43:53,43:0.4479:52,1:42,1 chr8 101225146 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=101225146;VD=2;AF=0.0194;BIAS=1:0;REFBIAS=99:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0194;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=103;LSEQ=GCCTCGAGGGAGCGGACTGG;RSEQ=CCGACTGGCTCTAGAGGTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:103:2:101,2:0.0194:99,2:2,0 chr8 101225241 . C CCCGCGGCCT 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=193;END=101225241;VD=90;AF=0.4663;BIAS=2:2;REFBIAS=73:21;VARBIAS=68:22;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.86184;ODDRATIO=1.12393;MQ=60.3;SN=44;HIAF=0.4835;ADJAF=0.1503;SHIFT3=25;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=88;HICOV=182;LSEQ=CGCCCTCCGCGTCCTGCACC;RSEQ=CCGCGGCCTCCGCGGCCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:90:94,90:0.4663:73,21:68,22 chr8 101225298 . C T 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=301;END=101225298;VD=136;AF=0.4518;BIAS=2:2;REFBIAS=104:60;VARBIAS=93:43;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=0.39409;ODDRATIO=1.2468361532611;MQ=60;SN=11.364;HIAF=0.4355;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=125;HICOV=287;LSEQ=GTGATGCAAACCCTCACTTC;RSEQ=CGCATCCACTTCCTCACAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:301:136:164,136:0.4518:104,60:93,43 chr8 101225490 . TGCG T 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=425;END=101225493;VD=7;AF=0.0165;BIAS=2:2;REFBIAS=216:202;VARBIAS=4:3;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.24627674821471;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=5;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=7;HICOV=419;LSEQ=CGGAGCCCACGGCGGGCCTC;RSEQ=GCGGCGGCGGCGGGCGGCGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:425:7:418,7:0.0165:216,202:4,3 chr8 101225559 . C G 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=389;END=101225559;VD=197;AF=0.5064;BIAS=2:2;REFBIAS=79:111;VARBIAS=81:116;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0192;MQ=60;SN=48.25;HIAF=0.5066;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=193;HICOV=381;LSEQ=CAGGGCGCGGAGAACCCTGC;RSEQ=GGCCTGAAGAGCCAGGGCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:389:197:190,197:0.5064:79,111:81,116 chr8 101225708 . C A 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=101225708;VD=145;AF=0.4882;BIAS=2:2;REFBIAS=41:111;VARBIAS=33:112;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.42321;ODDRATIO=1.25266;MQ=60;SN=23.167;HIAF=0.4810;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=139;HICOV=289;LSEQ=CCCCTCGCGCTGCGGTTCAC;RSEQ=CGACCTCCGGGGCCCCCGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:145:152,145:0.4882:41,111:33,112 chr8 101225838 . C G 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=101225838;VD=84;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=35:49;VARBIAS=35:49;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=60;SN=83;HIAF=0.4970;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=83;HICOV=167;LSEQ=TGAGCAGCACCTGGGAATGC;RSEQ=GGCATGTTCCCGGCCAGGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:168:84:84,84:0.5:35,49:35,49 chr8 101226443 . A G 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=101226443;VD=11;AF=0.2973;BIAS=1:0;REFBIAS=0:26;VARBIAS=0:11;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.3143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=11;HICOV=35;LSEQ=CAATCCACTGCGGCATCAGA;RSEQ=TAACTTTCCTGAAACATTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:37:11:26,11:0.2973:0,26:0,11 chr8 101232701 . T C 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=415;END=101232701;VD=227;AF=0.547;BIAS=2:2;REFBIAS=48:138;VARBIAS=54:173;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.64807;ODDRATIO=1.11404;MQ=60;SN=31.429;HIAF=0.5432;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=220;HICOV=405;LSEQ=CCTAAAATCTAGTTGTTTTA;RSEQ=ACTGTTTTTCCCTTCCCCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:415:227:186,227:0.547:48,138:54,173 chr8 101232914 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=66;END=101232915;VD=2;AF=0.0303;BIAS=1:0;REFBIAS=0:64;VARBIAS=0:2;PMEAN=67;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0303;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=66;LSEQ=TTTATTACTGTTCAATCAGT;RSEQ=TTTTTTTTGGTCTTAGTAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:66:2:64,2:0.0303:0,64:0,2 chr8 101233008 . T C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=101233008;VD=8;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:8;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=8;HICOV=12;LSEQ=TTTACATAGATATCATAAAA;RSEQ=CAGTACTAGTAGCTGGGTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:8:4,8:0.6667:0,4:0,8 chr8 101237591 . C A 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=417;END=101237591;VD=6;AF=0.0144;BIAS=2:0;REFBIAS=104:307;VARBIAS=0:6;PMEAN=27.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.34373;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0098;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=4;HICOV=407;LSEQ=GGGGATGCCTGCACTCATTT;RSEQ=TTCTCAAGGTTACCTTGAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:417:6:411,6:0.0144:104,307:0,6 chr8 101237723 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=101237723;VD=2;AF=0.0115;BIAS=1:0;REFBIAS=0:172;VARBIAS=0:2;PMEAN=68.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=171;LSEQ=TTATTATTATTTTGAGACAG;RSEQ=GTCTTGCTCTGTTGCCCAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:2:172,2:0.0115:0,172:0,2 chr8 101252462 . C T 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=101252462;VD=78;AF=0.4756;BIAS=1:1;REFBIAS=86:0;VARBIAS=78:0;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.5;HIAF=0.4713;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=74;HICOV=157;LSEQ=CTTTTATGAATTGGATCTTA;RSEQ=ACCCTAAAACTTCTCTTCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:78:86,78:0.4756:86,0:78,0 chr8 101252497 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=101252497;VD=3;AF=0.0158;BIAS=1:0;REFBIAS=187:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=174;LSEQ=CTTCCTAAAAAAAATTATTA;RSEQ=AAAGTTTTCACTTGGAACTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:3:187,3:0.0158:187,0:3,0 chr8 101252680 . T C 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=484;END=101252680;VD=228;AF=0.4711;BIAS=2:2;REFBIAS=141:113;VARBIAS=137:91;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.35589;ODDRATIO=1.20605439305313;MQ=60;SN=75;HIAF=0.4818;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=225;HICOV=467;LSEQ=ACCTGCAGGGGAGGTCTCCA;RSEQ=GGGATGCCTTGCTTCTGAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:484:228:254,228:0.4711:141,113:137,91 chr8 101253184 . G A 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=441;END=101253184;VD=228;AF=0.517;BIAS=2:2;REFBIAS=94:119;VARBIAS=102:126;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.92378;ODDRATIO=1.024779160091;MQ=60;SN=113;HIAF=0.5280;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=226;HICOV=428;LSEQ=CAGCTGTTTGAGGACCTTTC;RSEQ=GACACACCAAACAACCATTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:441:228:213,228:0.517:94,119:102,126 chr8 110253879 . A T 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=353;END=110253879;VD=156;AF=0.4419;BIAS=2:2;REFBIAS=111:84;VARBIAS=93:63;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.66354;ODDRATIO=1.11676940945234;MQ=60;SN=155;HIAF=0.4467;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=155;HICOV=347;LSEQ=ATACTCTCTAGGAAACTGCA;RSEQ=TCTGACAAAGGGTTTAGAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:353:156:195,156:0.4419:111,84:93,63 chr8 110253930 . C CTCTG 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=421;END=110253930;VD=173;AF=0.4109;BIAS=2:2;REFBIAS=119:125;VARBIAS=69:104;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.08939;ODDRATIO=1.43363;MQ=60.2;SN=346;HIAF=0.4169;ADJAF=0.0261;SHIFT3=6;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.8;HICNT=173;HICOV=415;LSEQ=TCCTCATCTTTTTTCCTCCT;RSEQ=TCTGTCATTCATTCGTTCAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:421:173:244,173:0.4109:119,125:69,104 chr8 110253937 . AT TG 82 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=410;END=110253938;VD=5;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=171:234;VARBIAS=4:1;PMEAN=9.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.16861;ODDRATIO=5.45345476359274;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0123;ADJAF=0.0098;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=5;HICOV=405;LSEQ=CTTTTTTCCTCCTCTCTGTC;RSEQ=TCATTCGTTCATTAAAATTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:410:5:405,5:0.0122:171,234:4,1 chr8 110254098 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=157;END=110254098;VD=3;AF=0.0191;BIAS=1:0;REFBIAS=0:154;VARBIAS=0:3;PMEAN=12.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=AATATAAAATCCAACTTGAG;RSEQ=TTTATATAAGATACATATCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:3:154,3:0.0191:0,154:0,3 chr8 124696729 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=280;END=124696729;VD=3;AF=0.0107;BIAS=2:0;REFBIAS=258:19;VARBIAS=3:0;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0073;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=274;LSEQ=GCAAATTCTGGGAAGGCAAG;RSEQ=GGCCGTCTCTGTTTTACTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:280:3:277,3:0.0107:258,19:3,0 chr8 133583915 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=133583915;VD=2;AF=0.0426;BIAS=1:0;REFBIAS=43:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0435;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=46;LSEQ=ACTGTACTAAGTGCTTTCTG;RSEQ=AGTTTATCTTGAGACAAACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:47:2:45,2:0.0426:43,2:2,0 chr8 133622280 . C G 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=133622280;VD=86;AF=0.4456;BIAS=1:1;REFBIAS=106:0;VARBIAS=85:1;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.44792;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=85;HIAF=0.4474;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=85;HICOV=190;LSEQ=CCGTTGTTCTCCTACCTCAG;RSEQ=TGCTGTGAGATTTCCTGGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:86:106,86:0.4456:106,0:85,1 chr8 133627603 . A G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=133627603;VD=17;AF=0.5667;BIAS=0:1;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:17;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.5667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=17;HICOV=30;LSEQ=ACACACAAAAAATTAGCTTT;RSEQ=GTGCAGAGATAGAGACATCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:30:17:12,17:0.5667:0,12:0,17 chr8 133634814 . C T 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=301;END=133634814;VD=144;AF=0.4784;BIAS=2:2;REFBIAS=101:56;VARBIAS=86:58;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.47556;ODDRATIO=1.21556;MQ=60;SN=71;HIAF=0.4765;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=142;HICOV=298;LSEQ=TGATTGACCAACACCATTGA;RSEQ=TGACACTTTTGGGTCTTTAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:301:144:157,144:0.4784:101,56:86,58 chr8 133634950 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=283;END=133634950;VD=3;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=72:207;VARBIAS=1:2;PMEAN=21.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.43550285665068;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=278;LSEQ=TTTCACTTAAGATTGGTGGT;RSEQ=GATGAGAACAATGGGCAGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:3:279,3:0.0106:72,207:1,2 chr8 133637659 . G A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=609;END=133637659;VD=292;AF=0.4795;BIAS=2:2;REFBIAS=129:186;VARBIAS=114:178;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.6786;ODDRATIO=1.08277;MQ=60;SN=31.444;HIAF=0.4740;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=283;HICOV=597;LSEQ=TCTTTGTGTTGTGTTCCTCT;RSEQ=TGTCTGGTGCCTGTAGGTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:609:292:315,292:0.4795:129,186:114,178 chr8 133645332 . T C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=133645332;VD=3;AF=0.0161;BIAS=1:0;REFBIAS=0:182;VARBIAS=0:3;PMEAN=10.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=180;LSEQ=AGAGAATTAAAACAATATAA;RSEQ=TAATGGGAAATATCAGAACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:3:182,3:0.0161:0,182:0,3 chr8 133673416 . TA T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=39;END=133673417;VD=4;AF=0.1026;BIAS=1:0;REFBIAS=35:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.1053;ADJAF=0.0513;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=4;HICOV=38;LSEQ=TGCCTCCTCCCTTTCAAACT;RSEQ=AAAAAAAAAAATCAGGTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:39:4:35,4:0.1026:35,0:4,0 chr8 133673603 . G GT 119 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=255;END=133673603;VD=9;AF=0.0353;BIAS=1:0;REFBIAS=219:1;VARBIAS=9:0;PMEAN=48.2;PSTD=1;QUAL=37.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=18;HIAF=0.0393;ADJAF=0.0039;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=9;HICOV=229;LSEQ=TGTGTCTGTTTTCCCATGGA;RSEQ=TTTTTTTTTCAGTGATTGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:255:9:220,9:0.0353:219,1:9,0 chr8 143746087 . CCA C 179 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=32;END=143746089;VD=31;AF=0.9688;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=31:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=0.9688;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=4;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=31;HICOV=32;LSEQ=TTTGGAGTCTTTTCTGAACT;RSEQ=CACACAACCTCTGCTGGCGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:32:31:1,31:0.9688:1,0:31,0 chr8 143746183 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=143746183;VD=2;AF=0.0247;BIAS=1:0;REFBIAS=78:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0303;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=66;LSEQ=TGGCGGCCTGGCGCTGGCGA;RSEQ=GCTGGCCCGGGCAGGAGGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:2:79,2:0.0247:78,1:2,0 chr8 143746669 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=97;END=143746669;VD=2;AF=0.0206;BIAS=1:0;REFBIAS=1:94;VARBIAS=0:2;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0215;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=93;LSEQ=GCACAAAGATATGATGGAAC;RSEQ=AATCGGAAAAAATCTCCTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:97:2:95,2:0.0206:1,94:0,2 chr8 143954223 . C A 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=143954223;VD=20;AF=0.4878;BIAS=1:1;REFBIAS=21:0;VARBIAS=20:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=31.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5.667;HIAF=0.4595;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=17;HICOV=37;LSEQ=GGTGACGATAATAGCAGGGC;RSEQ=GGGCCTTTGAGGGGGGAAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:41:20:21,20:0.4878:21,0:20,0 chr8 143954290 . G A 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=143954290;VD=49;AF=0.5158;BIAS=1:1;REFBIAS=46:0;VARBIAS=48:1;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=98;HIAF=0.5213;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=49;HICOV=94;LSEQ=GAACTGGCGTCCTTATAAAA;RSEQ=AGGTCTCTGTGAGCTGTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:95:49:46,49:0.5158:46,0:48,1 chr8 143954747 . T C 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=802;END=143954747;VD=401;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=207:192;VARBIAS=208:193;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00038;MQ=59.9;SN=39.1;HIAF=0.5013;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=391;HICOV=780;LSEQ=GGCTGGGTACACTCTCAAAC;RSEQ=GGGTGCTTCCTCTCCCTGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:802:401:399,401:0.5:207,192:208,193 chr8 143954769 . G A 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=805;END=143954769;VD=401;AF=0.4981;BIAS=2:2;REFBIAS=216:186;VARBIAS=200:201;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.28975;ODDRATIO=1.16687;MQ=59.1;SN=43.556;HIAF=0.4962;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=392;HICOV=790;LSEQ=GGTGCTTCCTCTCCCTGCAC;RSEQ=GGAGCACTGGGGAGTGGCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:805:401:402,401:0.4981:216,186:200,201 chr8 143955051 . C T 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=757;END=143955051;VD=358;AF=0.4729;BIAS=2:2;REFBIAS=214:184;VARBIAS=196:162;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.82647;ODDRATIO=1.04023634169683;MQ=59.9;SN=17.842;HIAF=0.4644;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=339;HICOV=730;LSEQ=CCATCTCCTGACAGCATCCT;RSEQ=GGGACCTTCCCCAGGGGACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:757:358:398,358:0.4729:214,184:196,162 chr8 143955095 . A G 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=714;END=143955095;VD=337;AF=0.472;BIAS=2:2;REFBIAS=190:183;VARBIAS=172:165;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00401606425703;MQ=60;SN=83.25;HIAF=0.4791;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=333;HICOV=695;LSEQ=CAGGAAGCAGAGGACCCAAC;RSEQ=CCCACTCCTGGAACAAGGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:714:337:373,337:0.472:190,183:172,165 chr8 143955273 . T C 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=780;END=143955273;VD=357;AF=0.4577;BIAS=2:2;REFBIAS=240:182;VARBIAS=194:163;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.51484;ODDRATIO=1.10782;MQ=60;SN=177.5;HIAF=0.4610;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=355;HICOV=770;LSEQ=TGCAGGACCCTATTCCAGGG;RSEQ=GACAACTTTCAGAGAGCTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:780:357:422,357:0.4577:240,182:194,163 chr8 143955318 . T G 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=781;END=143955318;VD=360;AF=0.4609;BIAS=2:2;REFBIAS=236:184;VARBIAS=189:171;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.31327;ODDRATIO=1.16023;MQ=60;SN=179;HIAF=0.4668;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=358;HICOV=767;LSEQ=ATGCTCGAGCTGCCTAGGGG;RSEQ=CAGGCTGCAGGAGGGAACTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:781:360:420,360:0.4609:236,184:189,171 chr8 143955471 . T C 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=773;END=143955471;VD=368;AF=0.4761;BIAS=2:2;REFBIAS=191:213;VARBIAS=205:163;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.02111;ODDRATIO=1.40189536253014;MQ=60;SN=121.667;HIAF=0.4815;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=365;HICOV=758;LSEQ=ACAAAACCACAGCACCCTTG;RSEQ=ATGGCCACACGAGGAGCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:773:368:404,368:0.4761:191,213:205,163 chr8 143955925 . A C 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=446;END=143955925;VD=230;AF=0.5157;BIAS=2:2;REFBIAS=54:161;VARBIAS=61:169;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.74638;ODDRATIO=1.07596298687325;MQ=60;SN=56.5;HIAF=0.5172;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=226;HICOV=437;LSEQ=AGGACAGAAGCCGGGTTTCC;RSEQ=TCTGGCTTGGTCCGCAGCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:446:230:215,230:0.5157:54,161:61,169 chr8 143956002 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=282;END=143956002;VD=3;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=34:245;VARBIAS=1:2;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.32906;ODDRATIO=3.57832963572604;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0073;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=273;LSEQ=GCAGAGATTATGCTGAAGGG;RSEQ=GAACAGCAGCCTGGCCTCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:282:3:279,3:0.0106:34,245:1,2 chr8 143956247 . G C 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=253;END=143956247;VD=129;AF=0.5099;BIAS=2:2;REFBIAS=116:8;VARBIAS=119:10;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.80829;ODDRATIO=1.21754;MQ=60;SN=258;HIAF=0.5119;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=129;HICOV=252;LSEQ=GCCCAGGTTCTCCCAGTACC;RSEQ=GCTCTGCCCAGTCCAGGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:253:129:124,129:0.5099:116,8:119,10 chr8 143956693 . G A 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=419;END=143956693;VD=207;AF=0.494;BIAS=2:2;REFBIAS=67:144;VARBIAS=63:144;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.83274;ODDRATIO=1.06331;MQ=41.5;SN=22;HIAF=0.4865;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=198;HICOV=407;LSEQ=GAAGCACCAAGTCTGAGCTC;RSEQ=CCACTCGCTCCAGAAACAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:419:207:211,207:0.494:67,144:63,144 chr8 143956776 . T C 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=325;END=143956776;VD=11;AF=0.0338;BIAS=2:0;REFBIAS=60:254;VARBIAS=11:0;PMEAN=18.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=0;MQ=19.9;SN=22;HIAF=0.0345;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=11;HICOV=319;LSEQ=GTCCTCAGCTGGATGGGGCT;RSEQ=CCTGTGCTCTCTGCACCCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:325:11:314,11:0.0338:60,254:11,0 chr8 143956788 . T A 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=315;END=143956788;VD=9;AF=0.0286;BIAS=2:0;REFBIAS=62:244;VARBIAS=9:0;PMEAN=26.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0;ODDRATIO=0;MQ=24.3;SN=18;HIAF=0.0291;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=9;HICOV=309;LSEQ=ATGGGGCTTCCTGTGCTCTC;RSEQ=GCACCCTTCCTACCGAAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:315:9:306,9:0.0286:62,244:9,0 chr8 143956803 . G C 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=305;END=143956803;VD=146;AF=0.4787;BIAS=2:2;REFBIAS=48:110;VARBIAS=28:118;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.02508;ODDRATIO=1.83532;MQ=44.7;SN=145;HIAF=0.4785;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=145;HICOV=303;LSEQ=CTCTCTGCACCCTTCCTACC;RSEQ=AAGAACCCGCAGAGGTCCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:305:146:158,146:0.4787:48,110:28,118 chr8 143956808 . A C 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=306;END=143956808;VD=162;AF=0.5294;BIAS=2:2;REFBIAS=35:108;VARBIAS=41:121;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.89508;ODDRATIO=1.04543458715788;MQ=43.9;SN=80;HIAF=0.5461;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=160;HICOV=293;LSEQ=TGCACCCTTCCTACCGAAGA;RSEQ=CCCGCAGAGGTCCCAGATCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:306:162:143,162:0.5294:35,108:41,121 chr8 143956877 . G A 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=304;END=143956877;VD=34;AF=0.1118;BIAS=2:2;REFBIAS=100:170;VARBIAS=28:6;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0;ODDRATIO=7.88084167389077;MQ=28.8;SN=68;HIAF=0.1130;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=34;HICOV=301;LSEQ=TCCTTGCACCTGCTGAGCCC;RSEQ=GCCAAACCTCCCCTAACTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:304:34:270,34:0.1118:100,170:28,6 chr8 143956907 . G A 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=143956907;VD=135;AF=0.4515;BIAS=2:2;REFBIAS=88:75;VARBIAS=74:61;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.90742;ODDRATIO=1.0338054378166;MQ=48.9;SN=32.75;HIAF=0.4456;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=131;HICOV=294;LSEQ=CCCCTAACTTAAGCAGCCCC;RSEQ=AGCGCAGAAGGACATGCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:299:135:163,135:0.4515:88,75:74,61 chr8 143956925 . T C 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=303;END=143956925;VD=171;AF=0.5644;BIAS=2:2;REFBIAS=73:59;VARBIAS=117:54;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.02285;ODDRATIO=1.74788505907852;MQ=42;SN=84.5;HIAF=0.5633;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=169;HICOV=300;LSEQ=CCGAGCGCAGAAGGACATGC;RSEQ=CCACGTTAATCCCCAGGGCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:303:171:132,171:0.5644:73,59:117,54 chr8 143956965 . A G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=277;END=143956965;VD=146;AF=0.5271;BIAS=2:2;REFBIAS=97:34;VARBIAS=121:25;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.07933;ODDRATIO=1.69319336268202;MQ=38.7;SN=145;HIAF=0.5311;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=145;HICOV=273;LSEQ=GTTGAAGAGGGATTCCAGAG;RSEQ=AAGAAGAGCTCCCTGTCCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:277:146:131,146:0.5271:97,34:121,25 chr8 143957163 . C G 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=568;END=143957163;VD=279;AF=0.4912;BIAS=2:2;REFBIAS=143:146;VARBIAS=155:124;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.15389;ODDRATIO=1.27565664425763;MQ=51.7;SN=92;HIAF=0.4894;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=276;HICOV=564;LSEQ=AGGGCCGCACGCAGCAAGGG;RSEQ=AGCTCGGTGGTTGCCTTCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:568:279:289,279:0.4912:143,146:155,124 chr8 143957405 . A C 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=367;END=143957405;VD=176;AF=0.4796;BIAS=2:2;REFBIAS=79:109;VARBIAS=63:113;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.23817;ODDRATIO=1.29903;MQ=60;SN=87;HIAF=0.4820;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=174;HICOV=361;LSEQ=GCAGACATGCATACCCTGAG;RSEQ=ACGACAGAGCCCAAGACTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:367:176:188,176:0.4796:79,109:63,113 chr8 143957531 . A C 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=396;END=143957531;VD=4;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=312:79;VARBIAS=1:3;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=0.0295;ODDRATIO=11.74296;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=3;HICOV=365;LSEQ=GTTTATCACATCACAATCCC;RSEQ=AGTAAGAAATGTGGGGCCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:396:4:391,4:0.0101:312,79:1,3 chr8 143957856 . G A 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=421;END=143957856;VD=212;AF=0.5036;BIAS=2:2;REFBIAS=79:127;VARBIAS=78:134;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.76257;ODDRATIO=1.06846;MQ=59.9;SN=22.556;HIAF=0.4963;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=203;HICOV=409;LSEQ=CTCAGACTTTGGTGCTGGGA;RSEQ=ACATCCTTCAGTGTCCTCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:421:212:206,212:0.5036:79,127:78,134 chr8 143957886 . A C 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=393;END=143957886;VD=193;AF=0.4911;BIAS=2:2;REFBIAS=85:113;VARBIAS=81:112;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.91852;ODDRATIO=1.04001;MQ=59.8;SN=63.333;HIAF=0.4961;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=190;HICOV=383;LSEQ=AGTGTCCTCCTCCTGCCCAG;RSEQ=CTGCCCCGACACCCAAGTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:393:193:198,193:0.4911:85,113:81,112 chr8 143957958 . G A 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=324;END=143957958;VD=158;AF=0.4877;BIAS=2:2;REFBIAS=80:86;VARBIAS=81:77;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.65669;ODDRATIO=1.13041610616868;MQ=59.3;SN=51.667;HIAF=0.4890;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=155;HICOV=317;LSEQ=CCCAGCCCAGCCCCAGCCTC;RSEQ=CACCAATCTCCCTGGCAGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:324:158:166,158:0.4877:80,86:81,77 chr8 143957979 . A C 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=320;END=143957979;VD=155;AF=0.4844;BIAS=2:2;REFBIAS=87:77;VARBIAS=85:70;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.82225;ODDRATIO=1.07447162857665;MQ=59.1;SN=154;HIAF=0.5083;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=154;HICOV=303;LSEQ=CACCAATCTCCCTGGCAGGA;RSEQ=GGTGAGGAATCCCCGACCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:320:155:164,155:0.4844:87,77:85,70 chr8 143957997 . C T 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=342;END=143957997;VD=165;AF=0.4825;BIAS=2:2;REFBIAS=107:69;VARBIAS=93:72;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.44182;ODDRATIO=1.19991;MQ=56.8;SN=32;HIAF=0.4790;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=160;HICOV=334;LSEQ=GAAGGTGAGGAATCCCCGAC;RSEQ=CCTCCCTGTGGCCTCCATTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:342:165:176,165:0.4825:107,69:93,72 chr8 143958427 . C T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=570;END=143958427;VD=294;AF=0.5158;BIAS=2:2;REFBIAS=138:136;VARBIAS=130:164;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.15318;ODDRATIO=1.27952;MQ=57.9;SN=15.333;HIAF=0.5036;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=276;HICOV=548;LSEQ=TCTGAGGCTGGATCTTCCCA;RSEQ=GTGGCCCACACCTTCTATGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:570:294:274,294:0.5158:138,136:130,164 chr8 143958820 . A G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=143958820;VD=3;AF=0.0178;BIAS=2:0;REFBIAS=30:136;VARBIAS=3:0;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.0069;ODDRATIO=0;MQ=40;SN=6;HIAF=0.0183;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=164;LSEQ=GAGCGGCCTCCAGGTGCTGG;RSEQ=CAAAGGCCACTCAGGTCTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:3:166,3:0.0178:30,136:3,0 chr8 143958911 . A G 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=143958911;VD=86;AF=0.5621;BIAS=2:2;REFBIAS=35:32;VARBIAS=52:34;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.32773;ODDRATIO=1.39520607193682;MQ=57.1;SN=20.5;HIAF=0.5578;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=82;HICOV=147;LSEQ=GGTCATTCCCGGGACCTGGC;RSEQ=CCCCAAGTCTGGCACCACCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:153:86:67,86:0.5621:35,32:52,34 chr8 143958941 . A G 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=143958941;VD=43;AF=0.2722;BIAS=2:2;REFBIAS=77:37;VARBIAS=35:8;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.11337;ODDRATIO=2.09305732884024;MQ=58.9;SN=86;HIAF=0.2848;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=43;HICOV=151;LSEQ=TGGCACCACCTCACCCATGC;RSEQ=GGCCCTCCCTGTAGTAGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:43:114,43:0.2722:77,37:35,8 chr8 143959067 . G A 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=143959067;VD=94;AF=0.3701;BIAS=2:1;REFBIAS=149:9;VARBIAS=92:2;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.21875;ODDRATIO=2.76900924849089;MQ=58.9;SN=30.333;HIAF=0.3745;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=91;HICOV=243;LSEQ=CTGGCTGCCCTCTCCTCCCC;RSEQ=CCCTTCCCTGCCCTGGGCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:94:158,94:0.3701:149,9:92,2 chr8 143959067 . G A 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=143959067;VD=94;AF=0.3701;BIAS=2:1;REFBIAS=149:9;VARBIAS=92:2;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.21875;ODDRATIO=2.76900924849089;MQ=58.9;SN=30.333;HIAF=0.3745;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=91;HICOV=243;LSEQ=CTGGCTGCCCTCTCCTCCCC;RSEQ=CCCTTCCCTGCCCTGGGCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:94:158,94:0.3701:149,9:92,2 chr8 143959174 . T C 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=431;END=143959174;VD=80;AF=0.1856;BIAS=2:2;REFBIAS=195:153;VARBIAS=41:39;PMEAN=49.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.45648;ODDRATIO=1.21178;MQ=54.3;SN=79;HIAF=0.1304;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=79;HICOV=606;LSEQ=TGCTTCATGCCATCCTCACC;RSEQ=ACAGCCAGAGTGCGTGGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=1;SPANPAIR=99 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:431:80:348,80:0.1856:195,153:41,39 chr8 143959188 . G T 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=448;END=143959188;VD=186;AF=0.4152;BIAS=2:2;REFBIAS=134:128;VARBIAS=104:82;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.33761;ODDRATIO=1.21097628908426;MQ=56.5;SN=185;HIAF=0.4148;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=185;HICOV=446;LSEQ=CTCACCTACAGCCAGAGTGC;RSEQ=TGGGGGCTCCATGGATGCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:448:186:262,186:0.4152:134,128:104,82 chr8 143959250 . T C 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=364;END=143959250;VD=195;AF=0.5357;BIAS=2:2;REFBIAS=72:97;VARBIAS=77:118;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.59343;ODDRATIO=1.1371;MQ=54.2;SN=38;HIAF=0.5352;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=190;HICOV=355;LSEQ=TTTCCCCTGTCAGCCACATT;RSEQ=CTGCAAAACTCAAAGCTTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:364:195:169,195:0.5357:72,97:77,118 chr8 143959289 . T C 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=266;END=143959289;VD=143;AF=0.5376;BIAS=2:2;REFBIAS=38:83;VARBIAS=43:100;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.89357;ODDRATIO=1.06446;MQ=55;SN=34.75;HIAF=0.5494;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=139;HICOV=253;LSEQ=TATTTATGTCCAGCTGGCTG;RSEQ=TGTGAGCTGTTGACAGTGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:266:143:121,143:0.5376:38,83:43,100 chr8 143959311 . G A 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=220;END=143959311;VD=117;AF=0.5318;BIAS=2:2;REFBIAS=20:83;VARBIAS=22:95;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04036;MQ=54.7;SN=57.5;HIAF=0.5324;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=115;HICOV=216;LSEQ=GTGAGCTGTTGACAGTGATG;RSEQ=CAGGCAGAAGATGCACATGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:220:117:103,117:0.5318:20,83:22,95 chr8 143959477 . CAT C 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=64;END=143959479;VD=31;AF=0.4844;BIAS=1:1;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:31;PMEAN=45.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=0.4921;ADJAF=0.0156;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=31;HICOV=63;LSEQ=CACATACATGCACACAGACA;RSEQ=GTGCACACACGCATGCACAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:64:31:32,31:0.4844:0,32:0,31 chr8 143959557 . G A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=143959557;VD=11;AF=0.55;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:11;PMEAN=24.2;PSTD=1;QUAL=29.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2.667;HIAF=0.4706;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=8;HICOV=17;LSEQ=CATGTGCACAGATGCAAGAC;RSEQ=CACACACATACAGGTGCGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:20:11:9,11:0.55:0,9:0,11 chr8 143960971 . A T 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=773;END=143960971;VD=391;AF=0.5058;BIAS=2:2;REFBIAS=193:187;VARBIAS=190:201;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.56473;ODDRATIO=1.09171;MQ=59.9;SN=96.75;HIAF=0.5072;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=387;HICOV=763;LSEQ=GGCTCTGGGTGTTCCCAGCG;RSEQ=GGGCCAGGGAGGGCTTTACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:773:391:380,391:0.5058:193,187:190,201 chr8 143961005 . T C 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=749;END=143961005;VD=384;AF=0.5127;BIAS=2:2;REFBIAS=183:161;VARBIAS=188:196;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.26587;ODDRATIO=1.18473;MQ=59.9;SN=127;HIAF=0.5747;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=381;HICOV=663;LSEQ=CTTTACCTGAAAATGGGCCC;RSEQ=AGTTCCTGGAAGGTCTGGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:749:384:344,384:0.5127:183,161:188,196 chr8 143961102 . C T 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=658;END=143961102;VD=323;AF=0.4909;BIAS=2:2;REFBIAS=162:172;VARBIAS=148:175;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.53185;ODDRATIO=1.1135;MQ=60;SN=22.071;HIAF=0.4821;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=309;HICOV=641;LSEQ=GCCACCTGTTGCCTGGACGC;RSEQ=GGGGCATGGCTTCAAAGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:658:323:334,323:0.4909:162,172:148,175 chr8 143961293 . A G 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=365;END=143961293;VD=180;AF=0.4932;BIAS=2:2;REFBIAS=50:135;VARBIAS=43:137;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.54843;ODDRATIO=1.17948;MQ=60;SN=179;HIAF=0.4972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=179;HICOV=360;LSEQ=TGCCTGGTGCCTTGCCTTCG;RSEQ=GAGGGATCACGTCATGGGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:365:180:185,180:0.4932:50,135:43,137 chr8 143991732 . G GCACACACACACACA 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=39;END=143991732;VD=16;AF=0.4103;BIAS=1:1;REFBIAS=16:0;VARBIAS=15:1;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.9;SN=32;HIAF=0.5000;ADJAF=0.2308;SHIFT3=31;MSI=22;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=16;HICOV=32;LSEQ=AGTTGCATGGAATTAGGCAG;RSEQ=CACACACACACACACACACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:39:16:16,16:0.4103:16,0:15,1 chr8 143992859 . G A 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=751;END=143992859;VD=384;AF=0.5113;BIAS=2:2;REFBIAS=202:163;VARBIAS=211:173;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.94147;ODDRATIO=1.01606;MQ=60;SN=33.909;HIAF=0.5089;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=373;HICOV=733;LSEQ=TTAGTCTACCCTGCAGGATC;RSEQ=TATTCCAGGGTGACAACTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:751:384:365,384:0.5113:202,163:211,173 chr8 143993101 . G GGGA 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=817;END=143993101;VD=395;AF=0.4835;BIAS=2:2;REFBIAS=218:198;VARBIAS=184:211;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.10621;ODDRATIO=1.2622;MQ=60.1;SN=130.667;HIAF=0.4870;ADJAF=0.06;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=392;HICOV=805;LSEQ=AGGAGCCTGGAGCCAGCGCT;RSEQ=GGAGTAGAGTCAAGCTGTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:817:395:416,395:0.4835:218,198:184,211 chr8 143993157 . A G 345 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=729;END=143993157;VD=724;AF=0.9931;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=351:373;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=79.444;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=715;HICOV=715;LSEQ=CTGGAGAAGGGGCCAGGTGG;RSEQ=GCTGGGGACAAGGCCAGGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:729:724:0,724:0.9931:0,0:351,373 chr8 143993562 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=280;END=143993562;VD=3;AF=0.0107;BIAS=2:0;REFBIAS=47:230;VARBIAS=0:3;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=276;LSEQ=GTCAGTAGCCCATGGACCTG;RSEQ=GGCAGCTTCCTCCCATCGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:280:3:277,3:0.0107:47,230:0,3 chr8 143993640 . C T 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=143993640;VD=100;AF=0.5208;BIAS=2:2;REFBIAS=14:78;VARBIAS=24:76;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.14867;ODDRATIO=1.75426285874675;MQ=60;SN=19;HIAF=0.5080;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=95;HICOV=187;LSEQ=CTGGGCCCCAACCTATCCCA;RSEQ=TTCTGACCAGCCCCACCTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:192:100:92,100:0.5208:14,78:24,76 chr8 143993660 . A G 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=143993660;VD=93;AF=0.5082;BIAS=2:2;REFBIAS=22:68;VARBIAS=26:67;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.61751;ODDRATIO=1.19826491240683;MQ=60;SN=22.25;HIAF=0.5115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=89;HICOV=174;LSEQ=CTTCTGACCAGCCCCACCTT;RSEQ=CGGACCAGGCCCAGACTGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:183:93:90,93:0.5082:22,68:26,67 chr8 143993765 . G A 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=201;END=143993765;VD=100;AF=0.4975;BIAS=2:2;REFBIAS=73:28;VARBIAS=81:19;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.18247;ODDRATIO=1.63116171337226;MQ=60;SN=13.286;HIAF=0.4844;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=93;HICOV=192;LSEQ=CATTTCAATGTTTAGAAGCA;RSEQ=CCTCACCCAGATCCTACCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:201:100:101,100:0.4975:73,28:81,19 chr8 143993918 . TC GG 42 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=290;END=143993919;VD=3;AF=0.0103;BIAS=2:0;REFBIAS=117:116;VARBIAS=3:0;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=26.7;QSTD=1;SBF=0.24702;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0171;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=3;HICOV=175;LSEQ=TCCCGCCTCTGCTGCCCAGG;RSEQ=CCGCCCCCGCCCCCAGGCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:290:3:233,3:0.0103:117,116:3,0 chr8 143994041 . C T 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=552;END=143994041;VD=285;AF=0.5163;BIAS=2:2;REFBIAS=140:124;VARBIAS=144:141;PMEAN=43.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.60814;ODDRATIO=1.10531;MQ=59.9;SN=56;HIAF=0.5147;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=280;HICOV=544;LSEQ=CACGTGGTGGAAGTTCCTGC;RSEQ=GGAGCCCCTGATGTCTAGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:552:285:264,285:0.5163:140,124:144,141 chr8 143994321 . T C 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=414;END=143994321;VD=186;AF=0.4493;BIAS=2:2;REFBIAS=79:145;VARBIAS=38:148;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.00098;ODDRATIO=2.11811;MQ=51.6;SN=372;HIAF=0.4638;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=186;HICOV=401;LSEQ=CCTGGAGGTGGGGGCATCCA;RSEQ=AGAAAGGGTCCTCAGCTGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:414:186:224,186:0.4493:79,145:38,148 chr8 143994349 . T C 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=362;END=143994349;VD=171;AF=0.4724;BIAS=2:2;REFBIAS=57:134;VARBIAS=28:143;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.00283;ODDRATIO=2.16785;MQ=47.5;SN=84.5;HIAF=0.4708;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=169;HICOV=359;LSEQ=GTCCTCAGCTGGATGGGGCT;RSEQ=CCTGTGCTCTCTGCACCCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:362:171:191,171:0.4724:57,134:28,143 chr8 143994361 . T A 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=349;END=143994361;VD=160;AF=0.4585;BIAS=2:2;REFBIAS=56:133;VARBIAS=23:137;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.00079;ODDRATIO=2.50155;MQ=47.2;SN=39;HIAF=0.4588;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=156;HICOV=340;LSEQ=ATGGGGCTTCCTGTGCTCTC;RSEQ=GCACCCTTCCTACCGAAGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:349:160:189,160:0.4585:56,133:23,137 chr8 143994376 . G C 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=330;END=143994376;VD=16;AF=0.0485;BIAS=2:2;REFBIAS=64:250;VARBIAS=12:4;PMEAN=27.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1e-05;ODDRATIO=11.602274045713;MQ=16.2;SN=32;HIAF=0.0491;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=16;HICOV=326;LSEQ=CTCTCTGCACCCTTCCTACC;RSEQ=AAGACCCCGCAGAGGTCCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:330:16:314,16:0.0485:64,250:12,4 chr8 143994427 . A G 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=261;END=143994427;VD=260;AF=0.9962;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=66:194;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=44.8;SN=259;HIAF=0.9962;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=259;HICOV=260;LSEQ=AAGCCCAGGTCGTAGGAAGT;RSEQ=CTTCCTTGCACCTGCTGAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:261:260:0,260:0.9962:0,0:66,194 chr8 143994470 . G A 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=246;END=143994470;VD=100;AF=0.4065;BIAS=2:2;REFBIAS=67:78;VARBIAS=30:70;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=0.01181;ODDRATIO=1.99861;MQ=27.2;SN=9;HIAF=0.3879;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=5.0;HICNT=90;HICOV=232;LSEQ=AGCCAAACCTCCCCTAACTT;RSEQ=AGAAGCCCCAAGCGCAGAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:246:100:145,100:0.4065:67,78:30,70 chr8 143994473 . A C 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=143994473;VD=105;AF=0.4134;BIAS=2:2;REFBIAS=69:79;VARBIAS=33:72;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.0191;ODDRATIO=1.9008;MQ=27.6;SN=104;HIAF=0.4127;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.9;HICNT=104;HICOV=252;LSEQ=CAAACCTCCCCTAACTTGAG;RSEQ=AGCCCCAAGCGCAGAAGGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:105:148,105:0.4134:69,79:33,72 chr8 143994480 . A G 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=265;END=143994480;VD=109;AF=0.4113;BIAS=2:2;REFBIAS=75:81;VARBIAS=48:61;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.53372;ODDRATIO=1.17597;MQ=29.1;SN=108;HIAF=0.4219;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=108;HICOV=256;LSEQ=CCCCTAACTTGAGAAGCCCC;RSEQ=AGCGCAGAAGGACATGCCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:265:109:156,109:0.4113:75,81:48,61 chr8 143994517 . T C 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=288;END=143994517;VD=146;AF=0.5069;BIAS=2:2;REFBIAS=90:48;VARBIAS=93:53;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.80527;ODDRATIO=1.06828;MQ=31.6;SN=28.2;HIAF=0.5261;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=141;HICOV=268;LSEQ=CCCCACGTTAATCCCCAGGG;RSEQ=GTTGAAGAGGGATTCCAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:288:146:138,146:0.5069:90,48:93,53 chr8 143994702 . G T 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=423;END=143994702;VD=189;AF=0.4468;BIAS=2:2;REFBIAS=134:100;VARBIAS=122:67;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.13451;ODDRATIO=1.35788387377112;MQ=47.7;SN=93.5;HIAF=0.4452;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=187;HICOV=420;LSEQ=GGCCTCAGCCAGCACCCACC;RSEQ=CAAGGTCTCCTTGAGGGCCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:423:189:234,189:0.4468:134,100:122,67 chr8 143994724 . C A 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=486;END=143994724;VD=9;AF=0.0185;BIAS=2:2;REFBIAS=266:211;VARBIAS=1:8;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.01294;ODDRATIO=10.04722;MQ=12.4;SN=8;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=8;HICOV=480;LSEQ=AAGGTCTCCTTGAGGGCCGC;RSEQ=CGCAGCAAGGGCAGCTCGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:486:9:477,9:0.0185:266,211:1,8 chr8 143994944 . T G 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=311;END=143994944;VD=152;AF=0.4887;BIAS=2:2;REFBIAS=25:134;VARBIAS=28:124;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.54939;ODDRATIO=1.20957011877979;MQ=60;SN=75;HIAF=0.4967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=150;HICOV=302;LSEQ=ACACCCCTCCCAGGACAACC;RSEQ=CCCTCTGAGGGGTGGAGACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:311:152:159,152:0.4887:25,134:28,124 chr8 143994978 . CA C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=252;END=143994979;VD=7;AF=0.0278;BIAS=2:0;REFBIAS=14:108;VARBIAS=0:7;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0285;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=4.9;HICNT=7;HICOV=246;LSEQ=GGAGACATCCATGCCCTGAG;RSEQ=AAAACAGAGCCCTGGGACCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:252:7:122,7:0.0278:14,108:0,7 chr8 143994980 . AAA CG 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=252;END=143994982;VD=123;AF=0.4881;BIAS=2:2;REFBIAS=14:108;VARBIAS=10:113;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.3991;ODDRATIO=1.46253;MQ=60;SN=246;HIAF=0.5000;ADJAF=0.0992;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=123;HICOV=246;LSEQ=AGACATCCATGCCCTGAGCA;RSEQ=ACAGAGCCCTGGGACCCCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:252:123:122,123:0.4881:14,108:10,113 chr8 143994981 . AA CG 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=122;END=143994982;VD=3;AF=0.0246;BIAS=2:0;REFBIAS=12:103;VARBIAS=0:3;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0259;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=3;HICOV=116;LSEQ=GACATCCATGCCCTGAGCAA;RSEQ=ACAGAGCCCTGGGACCCCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:122:3:115,3:0.0246:12,103:0,3 chr8 143994982 . A G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=143994982;VD=3;AF=0.0248;BIAS=2:0;REFBIAS=12:101;VARBIAS=0:3;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0278;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=3;HICOV=108;LSEQ=ACATCCATGCCCTGAGCAAA;RSEQ=ACAGAGCCCTGGGACCCCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:121:3:113,3:0.0248:12,101:0,3 chr8 143995761 . C T 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=477;END=143995761;VD=246;AF=0.5157;BIAS=2:2;REFBIAS=99:132;VARBIAS=114:132;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.46199;ODDRATIO=1.15117189298706;MQ=60;SN=122;HIAF=0.5169;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=244;HICOV=472;LSEQ=TCCGCCTTCAACAGGAGCTC;RSEQ=GCCACGATGCCTGTGTAGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:477:246:231,246:0.5157:99,132:114,132 chr8 143995981 . G A 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=358;END=143995981;VD=187;AF=0.5223;BIAS=2:2;REFBIAS=106:64;VARBIAS=111:76;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.58846;ODDRATIO=1.13361;MQ=41.8;SN=92.5;HIAF=0.5211;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=185;HICOV=355;LSEQ=CCCAGCCCAGCCCCAGCCTC;RSEQ=CACCAATCTCCCCGGCAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:358:187:170,187:0.5223:106,64:111,76 chr8 143995994 . C T 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=357;END=143995994;VD=183;AF=0.5126;BIAS=2:2;REFBIAS=108:63;VARBIAS=115:68;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01363;MQ=40.1;SN=11.2;HIAF=0.5015;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=168;HICOV=335;LSEQ=CAGCCTCGCACCAATCTCCC;RSEQ=GGCAGGAAGGTGAGGAATCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:357:183:171,183:0.5126:108,63:115,68 chr8 143996935 . A C 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=68;END=143996935;VD=20;AF=0.2941;BIAS=2:2;REFBIAS=23:25;VARBIAS=9:11;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.12251;MQ=46.5;SN=9;HIAF=0.2769;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=18;HICOV=65;LSEQ=GTCATTCCCGGGACCTGGCG;RSEQ=CCCAAGTCTGGCACCACCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:68:20:48,20:0.2941:23,25:9,11 chr8 143997006 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=143997006;VD=2;AF=0.0303;BIAS=2:0;REFBIAS=56:8;VARBIAS=2:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0317;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=63;LSEQ=GTAGGGCTTTTCTCCAAGAA;RSEQ=GGAGGTGACCCCTGTTGTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:66:2:64,2:0.0303:56,8:2,0 chr8 143998063 . T C 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=143998063;VD=11;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:2;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=43.5;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=GAGCGCCCTGAGGGAGGCTG;RSEQ=GGCCCCGGCGAACACCAGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:9,2 chr8 143998115 . A G 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=143998115;VD=12;AF=0.48;BIAS=2:0;REFBIAS=11:2;VARBIAS=12:0;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.48;ODDRATIO=0;MQ=43.4;SN=24;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=12;HICOV=24;LSEQ=CCTGTGACCTGGGCCAGTGG;RSEQ=AGTCCCCTTCTCAGGGCCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:25:12:13,12:0.48:11,2:12,0 chr8 143998119 . C A 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=143998119;VD=14;AF=0.5185;BIAS=2:1;REFBIAS=11:2;VARBIAS=14:0;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.22222;ODDRATIO=0;MQ=45.8;SN=13;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=13;HICOV=26;LSEQ=TGACCTGGGCCAGTGGAAGT;RSEQ=CCCTTCTCAGGGCCTCAGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:27:14:13,14:0.5185:11,2:14,0 chr8 143998207 . G A 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=143998207;VD=52;AF=0.5253;BIAS=1:1;REFBIAS=46:1;VARBIAS=51:1;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.1075423634954;MQ=59.7;SN=104;HIAF=0.5253;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=52;HICOV=99;LSEQ=CGCCGAGGTTGGTGCAGAGC;RSEQ=GGTTCTCACTACACAGAAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:99:52:47,52:0.5253:46,1:51,1 chr8 143998426 . C T 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=385;END=143998426;VD=210;AF=0.5455;BIAS=2:2;REFBIAS=113:58;VARBIAS=137:73;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.91378;ODDRATIO=1.03804;MQ=59.9;SN=104;HIAF=0.5474;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=208;HICOV=380;LSEQ=TCTCGCCTCCCCCCTACACC;RSEQ=AGGCTGCCCACCCTGCTCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:385:210:171,210:0.5455:113,58:137,73 chr8 143998662 . G A 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=530;END=143998662;VD=272;AF=0.5132;BIAS=2:2;REFBIAS=110:146;VARBIAS=97:175;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.09074;ODDRATIO=1.35846;MQ=60;SN=23.727;HIAF=0.5098;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=261;HICOV=512;LSEQ=AGCAGGAGGCCCTGCTGGAC;RSEQ=GGGTCATGTCCCTCGTGGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:530:272:256,272:0.5132:110,146:97,175 chr8 143999442 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=143999442;VD=2;AF=0.0129;BIAS=1:0;REFBIAS=2:151;VARBIAS=0:2;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=147;LSEQ=TCAGGTGCCTAATTCCCCAT;RSEQ=GCTGCAAGTCCTGCTGGTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:2:153,2:0.0129:2,151:0,2 chr9 841424 . C G 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=61;END=841424;VD=60;AF=0.9836;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=60:0;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=58;HICOV=58;LSEQ=TGGCGCCTCCGAGAGCGGGG;RSEQ=GAGGGGTGCCACGCGATTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:61:60:1,60:0.9836:1,0:60,0 chr9 841447 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=841447;VD=2;AF=0.0238;BIAS=1:0;REFBIAS=81:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=80;LSEQ=GGGGTGCCACGCGATTCCCA;RSEQ=GCCGCTCTGTATCTCTCGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:84:2:82,2:0.0238:81,1:2,0 chr9 841465 . G A 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=841465;VD=60;AF=0.566;BIAS=1:1;REFBIAS=45:1;VARBIAS=60:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.43396;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=0.5588;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=57;HICOV=102;LSEQ=CAGGCCGCTCTGTATCTCTC;RSEQ=GTGCGCTTGCAGGGACCCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:106:60:46,60:0.566:45,1:60,0 chr9 841825 . C T 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=564;END=841825;VD=556;AF=0.9858;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=284:272;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.857;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=528;HICOV=529;LSEQ=GGGCCAGAGTGCTCGCACTT;RSEQ=TCCTAGGGGCACCATGCCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:564:556:0,556:0.9858:0,0:284,272 chr9 841971 . T A 331 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=614;END=841971;VD=608;AF=0.9902;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=320:288;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.47455;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37;HIAF=0.9966;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=592;HICOV=594;LSEQ=TAGTGGGGGCGGCCAGCGGC;RSEQ=CGAGCGCCGGGGGCAGCAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:614:608:1,608:0.9902:0,1:320,288 chr9 842230 . GTT G 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=313;END=842232;VD=99;AF=0.3163;BIAS=2:2;REFBIAS=45:86;VARBIAS=37:62;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.67767;ODDRATIO=1.13984794428423;MQ=60;SN=198;HIAF=0.3536;ADJAF=0.0319;SHIFT3=21;MSI=23;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=99;HICOV=280;LSEQ=GGAGCCCGGGTTCAGCCTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:313:99:131,99:0.3163:45,86:37,62 chr9 847208 . A G 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=384;END=847208;VD=190;AF=0.4948;BIAS=2:2;REFBIAS=50:143;VARBIAS=49:141;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00612;MQ=60;SN=380;HIAF=0.5013;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=190;HICOV=379;LSEQ=GAGGCCGAAGGGTTGCAGCC;RSEQ=CAGAAGCAGGGCTCCCCTGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:384:190:193,190:0.4948:50,143:49,141 chr9 847265 . G A 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=847265;VD=124;AF=0.498;BIAS=1:1;REFBIAS=2:123;VARBIAS=5:119;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.28108;ODDRATIO=2.57479787836655;MQ=60;SN=23.8;HIAF=0.4877;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=119;HICOV=244;LSEQ=AGAGCTTAGAGGATTCTGTA;RSEQ=AGGATTCTCCCTGTGAAGGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:124:125,124:0.498:2,123:5,119 chr9 847292 . G T 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=238;END=847292;VD=232;AF=0.9748;BIAS=0:1;REFBIAS=0:4;VARBIAS=2:230;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.571;HIAF=0.9909;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=218;HICOV=220;LSEQ=CTCCCTGTGAAGGGCTGTTT;RSEQ=TGCCTGCATCACAAAGGAGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:238:232:4,232:0.9748:0,4:2,230 chr9 847365 . C G 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=847365;VD=63;AF=0.4468;BIAS=1:1;REFBIAS=0:78;VARBIAS=1:62;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.44681;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.5;HIAF=0.4420;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=61;HICOV=138;LSEQ=CTTTCCTGTTGGTTATTAGT;RSEQ=AAGACTGAGTCTGGACAGAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:63:78,63:0.4468:0,78:1,62 chr9 847547 . A G 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=847547;VD=7;AF=0.875;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:7;PMEAN=29.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.8750;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=7;HICOV=8;LSEQ=GTCTAGAAAGGCCAAATCCT;RSEQ=GTGTCAAATTTGAATGAGCG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:7:1,7:0.875:0,1:0,7 chr9 916754 . C CT 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=444;END=916754;VD=203;AF=0.4572;BIAS=2:2;REFBIAS=187:51;VARBIAS=168:35;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.28037;ODDRATIO=1.30828405463394;MQ=60;SN=100.5;HIAF=0.4664;ADJAF=0.0541;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=201;HICOV=431;LSEQ=CAGTATATTTCTTCTTTTTT;RSEQ=TTAAGCAGATGAAGAACATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:444:203:238,203:0.4572:187,51:168,35 chr9 967939 . A ACTCCCTTT 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=453;END=967939;VD=220;AF=0.4857;BIAS=2:2;REFBIAS=181:29;VARBIAS=168:52;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.00971;ODDRATIO=1.92895;MQ=60.2;SN=54;HIAF=0.5082;ADJAF=0.1126;SHIFT3=19;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=216;HICOV=425;LSEQ=GACCAGCCACTTTTAACATT;RSEQ=CTCCCTTTCTCCCTTTCTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:453:220:210,220:0.4857:181,29:168,52 chr9 967981 . G C 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=488;END=967981;VD=487;AF=0.998;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=366:121;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.35;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=467;HICOV=467;LSEQ=TTTCTCTCTCACCTCACTTC;RSEQ=CAGTATTCTCGCCGCCCAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:488:487:0,487:0.998:0,0:366,121 chr9 968150 . C CT 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=687;END=968150;VD=334;AF=0.4862;BIAS=2:2;REFBIAS=147:202;VARBIAS=149:185;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.53699;ODDRATIO=1.10658640226629;MQ=60;SN=36.111;HIAF=0.4858;ADJAF=0.0582;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=325;HICOV=669;LSEQ=GGACGAGTGAGCAGTGCCTG;RSEQ=TGCCGATGGCGGTTCACTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:687:334:349,334:0.4862:147,202:149,185 chr9 968334 . G A 345 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=699;END=968334;VD=696;AF=0.9957;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=382:314;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=231;HIAF=0.9986;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=693;HICOV=694;LSEQ=CCGTGACTACCATCTGCATG;RSEQ=TTTAAGTGCTTTACTCACGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:699:696:0,696:0.9957:0,0:382,314 chr9 968515 . GT G 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=711;END=968516;VD=273;AF=0.384;BIAS=2:2;REFBIAS=184:210;VARBIAS=139:134;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.30597;ODDRATIO=1.18358602895051;MQ=60;SN=135.5;HIAF=0.3899;ADJAF=0.0183;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=271;HICOV=695;LSEQ=AAATCTTAGGTGCCTTAGGG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTAAGTATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:711:273:394,273:0.384:184,210:139,134 chr9 968516 . T G 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=711;END=968516;VD=8;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=184:210;VARBIAS=6:2;PMEAN=8.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.15643;ODDRATIO=3.41425108402472;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=14;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=8;HICOV=695;LSEQ=AATCTTAGGTGCCTTAGGGG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTAAGTATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:711:8:394,8:0.0113:184,210:6,2 chr9 968729 . T TA 119 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=785;END=968729;VD=9;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=355:379;VARBIAS=8:1;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=37.6;QSTD=1;SBF=0.0183;ODDRATIO=8.52224305437191;MQ=63.2;SN=18;HIAF=0.0125;ADJAF=0.0013;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=9;HICOV=720;LSEQ=ATCAGAAACATTAAAGCCTG;RSEQ=AAAAAAAAATTGCTGCGTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:785:9:734,9:0.0115:355,379:8,1 chr9 969044 . A G 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=701;END=969044;VD=346;AF=0.4936;BIAS=2:2;REFBIAS=154:200;VARBIAS=144:202;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.64666;ODDRATIO=1.08002;MQ=60;SN=33.6;HIAF=0.4905;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=336;HICOV=685;LSEQ=CTAAAAAAATTCATTGTTCT;RSEQ=CTTAGTTGCAGCTGTACCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:701:346:354,346:0.4936:154,200:144,202 chr9 969129 . G GA 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=505;END=969129;VD=249;AF=0.4931;BIAS=2:2;REFBIAS=66:187;VARBIAS=70:178;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.61625;ODDRATIO=1.11399512070137;MQ=60;SN=123;HIAF=0.5072;ADJAF=0.0297;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=246;HICOV=485;LSEQ=TGGTGAGCGGTATTAAACAG;RSEQ=AAAAAAGAAATTACTTGTAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:505:249:253,249:0.4931:66,187:70,178 chr9 19510298 . AATT A 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=238;END=19510301;VD=125;AF=0.5252;BIAS=2:2;REFBIAS=84:28;VARBIAS=90:35;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.65964;ODDRATIO=1.16591;MQ=60;SN=250;HIAF=0.5319;ADJAF=0.0378;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=125;HICOV=235;LSEQ=TAGTAGAGAGGAACTATAAA;RSEQ=ATTAAGAGGGTTAAAGACTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:238:125:112,125:0.5252:84,28:90,35 chr9 19510514 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=219;END=19510514;VD=3;AF=0.0137;BIAS=2:2;REFBIAS=31:185;VARBIAS=1:2;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.37889;ODDRATIO=2.9631385563589;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0097;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=206;LSEQ=GGAGGGAGGCTTTTCTTGAT;RSEQ=CTGATGGTTGTTAATCATTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:219:3:216,3:0.0137:31,185:1,2 chr9 19510856 . G A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=19510856;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=CAGGGTCATTTTTGCCTCTC;RSEQ=AATGCTGCCTGACTTGTGGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr9 34458378 . C G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=34458378;VD=5;AF=0.8333;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=8.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.8333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=5;HICOV=6;LSEQ=GACTAGGCCTCCCCGGACCA;RSEQ=TCGGGCGGGCAGGGGCCGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:5:1,5:0.8333:1,0:5,0 chr9 34458605 . T G 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=34458605;VD=4;AF=0.0209;BIAS=1:0;REFBIAS=186:1;VARBIAS=4:0;PMEAN=45.8;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0162;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=3;HICOV=185;LSEQ=GGTCCGGGACACCGCCCGGA;RSEQ=CTTGCATTATTCATGAGGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:4:187,4:0.0209:186,1:4,0 chr9 34458826 . G C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=546;END=34458826;VD=273;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=157:115;VARBIAS=143:130;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.22831;ODDRATIO=1.2406;MQ=60;SN=33.125;HIAF=0.4944;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=265;HICOV=536;LSEQ=TGCTGGGTAACCGCGTCAGG;RSEQ=AGTTGGATTCTATCCTGCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:546:273:272,273:0.5:157,115:143,130 chr9 34459448 . C CTTT 28 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=5;END=34459448;VD=2;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:2;PMEAN=45.4;PSTD=1;QUAL=28.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64.8;SN=4;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=16;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=2;HICOV=5;LSEQ=TTCTTTTTCTTTCTTTCTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTGAGACAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:5:2:2,2:0.4:0,2:0,2 chr9 34485646 . C T 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=34485646;VD=88;AF=0.4513;BIAS=1:1;REFBIAS=0:107;VARBIAS=1:87;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.45128;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=87;HIAF=0.4603;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=87;HICOV=189;LSEQ=CTGAGGTCCTTGGCTAGAAT;RSEQ=CTCAGATTTCATATGGAGTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:195:88:107,88:0.4513:0,107:1,87 chr9 34485893 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=34485893;VD=3;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:3;PMEAN=25.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=5;LSEQ=GGATGGAGTACAATTTCCCT;RSEQ=TAGACAAAAGGAGCTGGTCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:5:3:2,3:0.6:0,2:0,3 chr9 34489437 . A G 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=512;END=34489437;VD=256;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=91:162;VARBIAS=87:169;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.64347;ODDRATIO=1.09099;MQ=60;SN=127;HIAF=0.5080;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=254;HICOV=500;LSEQ=CGGCAGCATTACCGCGATGA;RSEQ=TTAGTGGCAGGTAGGACTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:512:256:253,256:0.5:91,162:87,169 chr9 34489828 . G A 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=220;END=34489828;VD=107;AF=0.4864;BIAS=2:2;REFBIAS=97:14;VARBIAS=98:9;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.38032;ODDRATIO=1.56835683254654;MQ=60;SN=52.5;HIAF=0.4884;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=105;HICOV=215;LSEQ=CCACTGCATTCCAGCCTGGC;RSEQ=ACACAGTGAGACTCTGTCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:220:107:111,107:0.4864:97,14:98,9 chr9 34489848 . CA C 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=264;END=34489849;VD=11;AF=0.0417;BIAS=2:0;REFBIAS=237:15;VARBIAS=11:0;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.0426;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=11;HICOV=258;LSEQ=GACACAGTGAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAGCCCAATAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:264:11:252,11:0.0417:237,15:11,0 chr9 34490277 . G A 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=612;END=34490277;VD=308;AF=0.5033;BIAS=2:2;REFBIAS=140:161;VARBIAS=157:151;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.29217;ODDRATIO=1.1953429438906;MQ=60;SN=19.533;HIAF=0.4975;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=293;HICOV=589;LSEQ=CATCACTCTCTCCTACCTCT;RSEQ=TCCTATCCTAGGACAGGGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:612:308:301,308:0.5033:140,161:157,151 chr9 34491772 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=34491772;VD=2;AF=0.0171;BIAS=1:0;REFBIAS=1:114;VARBIAS=0:2;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0172;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=116;LSEQ=TGTGGGCCAGCCACGTGACT;RSEQ=AAGGGCAAGGTTGTGCAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:2:115,2:0.0171:1,114:0,2 chr9 34492820 . A AT 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=9;END=34492820;VD=4;AF=0.4444;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.4;SN=8;HIAF=0.4444;ADJAF=0.2222;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=9;LSEQ=TAAGCCACTGTGCCTGGCCT;RSEQ=TTTTTTTAAATGTTCTAGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:4:5,4:0.4444:5,0:4,0 chr9 34493550 . G T 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=34493550;VD=2;AF=0.0138;BIAS=1:0;REFBIAS=0:143;VARBIAS=0:2;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0140;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=143;LSEQ=GATAGATCTGGAGGCTAGCA;RSEQ=TATTTCAGAATTATTGAGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:2:143,2:0.0138:0,143:0,2 chr9 34500595 . G T 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=34500595;VD=62;AF=0.3713;BIAS=1:1;REFBIAS=103:0;VARBIAS=62:0;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.667;HIAF=0.3688;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=59;HICOV=160;LSEQ=GAACTCTGAGATAGGTAGTA;RSEQ=TATTATTCCCACTCTAAAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:62:103,62:0.3713:103,0:62,0 chr9 34500610 . T C 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=34500610;VD=104;AF=0.581;BIAS=1:1;REFBIAS=75:0;VARBIAS=104:0;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=208;HIAF=0.5909;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=104;HICOV=176;LSEQ=TAGTAGTATTATTCCCACTC;RSEQ=AAAACAGAGGCTCATTGTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:179:104:75,104:0.581:75,0:104,0 chr9 34501122 . AT A 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=351;END=34501123;VD=8;AF=0.0228;BIAS=2:2;REFBIAS=223:120;VARBIAS=6:2;PMEAN=27.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.71878;ODDRATIO=1.6123311083164;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0230;ADJAF=0.0028;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=8;HICOV=348;LSEQ=TCCTATGCCAATGGATTCAT;RSEQ=TTTTTTTTGCAGGAATCCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:351:8:343,8:0.0228:223,120:6,2 chr9 34507081 . T C 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=34507081;VD=169;AF=0.9941;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:168;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=168;HIAF=0.9941;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=168;HICOV=169;LSEQ=TGAGAGCTGGGGTCTGCTGC;RSEQ=CCAGAGCTTCCCTCAGGAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:170:169:0,169:0.9941:0,0:1,168 chr9 34512063 . A C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=34512063;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=217:77;VARBIAS=2:1;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.40734;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0069;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=290;LSEQ=CTGCCCACAGCCCTAACTCA;RSEQ=CACTTTAGCAGGGTCCCAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:3:294,3:0.0101:217,77:2,1 chr9 34512393 . T G 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=413;END=34512393;VD=197;AF=0.477;BIAS=2:2;REFBIAS=93:123;VARBIAS=90:107;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.62066;ODDRATIO=1.11216148584775;MQ=60;SN=64.667;HIAF=0.4899;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=194;HICOV=396;LSEQ=GGAAGGCAGCACCACGGAAG;RSEQ=TCCTGAGGGGTTGCAGCTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:413:197:216,197:0.477:93,123:90,107 chr9 34512552 . G A 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=34512552;VD=83;AF=0.4826;BIAS=1:1;REFBIAS=0:89;VARBIAS=0:83;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.6;HIAF=0.4671;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=78;HICOV=167;LSEQ=CCAGGGCCTGACAGGAGATT;RSEQ=TAGGAAGGCCCGGCCCTGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:83:89,83:0.4826:0,89:0,83 chr9 34521148 . G A 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=34521148;VD=164;AF=0.982;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:162;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.632;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=145;HICOV=145;LSEQ=GGTTCCAGTTTGCTTCCCCA;RSEQ=CCTAGAGGGCCTAGAGGTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:167:164:0,164:0.982:0,0:2,162 chr9 74966503 . G GTACTT 97 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=55;END=74966503;VD=8;AF=0.1455;BIAS=2:2;REFBIAS=25:20;VARBIAS=3:5;PMEAN=49.1;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=0.45274;ODDRATIO=2.05462;MQ=62;SN=16;HIAF=0.1778;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=8;HICOV=45;LSEQ=TGGCACTTTTGTATTCTGTT;RSEQ=TACTTTTTTTTTTTTTTTTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:55:8:45,8:0.1455:25,20:3,5 chr9 74966506 . C CTTTACT 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=59;END=74966506;VD=28;AF=0.4746;BIAS=2:2;REFBIAS=12:8;VARBIAS=12:16;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.38013;ODDRATIO=1.97082;MQ=60;SN=56;HIAF=0.5385;ADJAF=0.1017;SHIFT3=3;MSI=17;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=28;HICOV=52;LSEQ=CACTTTTGTATTCTGTTGTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTACAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:59:28:20,28:0.4746:12,8:12,16 chr9 98997253 . G C 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=98997253;VD=43;AF=0.9773;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=43:0;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.9767;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=42;HICOV=43;LSEQ=CACATGTGAATTGTGTATTT;RSEQ=GTGAAAGGCTGATCAAAGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:44:43:0,43:0.9773:0,0:43,0 chr9 98997910 . ATCTTTGTGG A 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=463;END=98997919;VD=214;AF=0.4622;BIAS=2:2;REFBIAS=30:218;VARBIAS=40:174;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.05188;ODDRATIO=1.66858554003771;MQ=60;SN=428;HIAF=0.4662;ADJAF=0.1037;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=214;HICOV=459;LSEQ=AATAACAAGTACCTCAGTTC;RSEQ=TCTTTAAAAATATTTTTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:463:214:248,214:0.4622:30,218:40,174 chr9 99002755 . C G 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=77;END=99002755;VD=76;AF=0.987;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=74:2;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=75;HICOV=75;LSEQ=CAGCAGCCCCCACGTGGAAG;RSEQ=GCCATATATCTTGGTCTTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:77:76:0,76:0.987:0,0:74,2 chr9 99003264 . C T 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=387;END=99003264;VD=386;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=69:317;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47.25;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=378;HICOV=379;LSEQ=CTCAGAAATTAACACTCAAG;RSEQ=CCCCATCCCACCATTTCCCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:387:386:0,386:0.9974:0,0:69,317 chr9 99006889 . T C 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=99006889;VD=52;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:52;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=51;HICOV=51;LSEQ=ATGGTGACAAAAGCTAACAA;RSEQ=CATAGACAACATACCTGAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:52:52:0,52:1:0,0:0,52 chr9 99006945 . C CA 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=42;END=99006945;VD=2;AF=0.0476;BIAS=1:0;REFBIAS=0:35;VARBIAS=0:2;PMEAN=62;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=4;HIAF=0.0571;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=2;HICOV=35;LSEQ=GATCTCAGGGGTCCTCACCA;RSEQ=AAAAAAAAAACCGGTAAGTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:2:35,2:0.0476:0,35:0,2 chr9 99006957 . C T 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=99006957;VD=37;AF=0.9737;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:37;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.9730;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=36;HICOV=37;LSEQ=CCTCACCACAAAAAAAAAAC;RSEQ=GGTAAGTATGTGAGGTCATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:38:37:0,37:0.9737:0,0:0,37 chr9 99007907 . G A 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=99007907;VD=79;AF=0.9875;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:79;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=76;HICOV=76;LSEQ=GCGCCACACAGAGATGTCTG;RSEQ=ATTTCCGCCGCACAGTGATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:80:79:0,79:0.9875:0,0:0,79 chr9 99008443 . G A 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=99008443;VD=9;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:1;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=ATAAGTGGAGGAGCTGACAG;RSEQ=GCAGTGATTTTCACAATAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:8,1 chr9 99008558 . T G 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=99008558;VD=73;AF=0.9865;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=73:0;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=0.9863;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=72;HICOV=73;LSEQ=TTTTCTTTTACACTCAACAT;RSEQ=AGTTAATTTTTCTTTAATCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:74:73:0,73:0.9865:0,0:73,0 chr9 99008924 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=232;END=99008924;VD=3;AF=0.0129;BIAS=2:2;REFBIAS=63:165;VARBIAS=2:1;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.19181;ODDRATIO=5.19426553085394;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0094;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=212;LSEQ=AGGAACTAAGTAGCAGTGCA;RSEQ=GGGGGCGGGATGGAAACAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:232:3:228,3:0.0129:63,165:2,1 chr9 99008957 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=99008957;VD=2;AF=0.0104;BIAS=2:0;REFBIAS=40:150;VARBIAS=0:2;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=GAAACAGGGAAGGGAGCGCG;RSEQ=GAGGAAGCTGGGAAAGAGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:2:190,2:0.0104:40,150:0,2 chr9 99012498 . G C 345 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=749;END=99012498;VD=744;AF=0.9933;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=322:422;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=81.667;HIAF=0.9959;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=735;HICOV=738;LSEQ=GGTAAAGAAACCACTAGAAT;RSEQ=ACCAAAGATAAAGAGAAAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:749:744:0,744:0.9933:0,0:322,422 chr9 99013663 . A G 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=310;END=99013663;VD=307;AF=0.9903;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=177:130;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.375;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=299;HICOV=300;LSEQ=CCAGGGGACCCAGAACCTGG;RSEQ=TAAGAGGAATCTATACACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:310:307:0,307:0.9903:0,0:177,130 chr9 99016896 . A C 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=83;END=99016896;VD=83;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=81:2;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=82;HICOV=82;LSEQ=GGCTGATGTAGCAATGAAGG;RSEQ=ACCCACCCAAAGGAGAGAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:83:83:0,83:1:0,0:81,2 chr9 99017037 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=99017037;VD=2;AF=0.0116;BIAS=1:2;REFBIAS=163:7;VARBIAS=1:1;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.09112;ODDRATIO=21.84869;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=171;LSEQ=GGCTCCCCAGGAGAGCTGGT;RSEQ=CCCCAGGCTCTGAGAGCAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:2:170,2:0.0116:163,7:1,1 chr9 99060612 . T C 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=256;END=99060612;VD=128;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=93:34;VARBIAS=84:44;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.22155;ODDRATIO=1.43073;MQ=60;SN=41.667;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=125;HICOV=250;LSEQ=GAATGCATACTGCTTTTATA;RSEQ=TCAAAAATCTAGTGTTGGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:256:128:127,128:0.5:93,34:84,44 chr9 99060882 . G A 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=99060882;VD=66;AF=0.4925;BIAS=1:1;REFBIAS=0:68;VARBIAS=0:66;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=65;HIAF=0.4924;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=65;HICOV=132;LSEQ=CCCTTTGCTCTCCAGCCCAC;RSEQ=CCCTTGAAGCCCCTCACTAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:134:66:68,66:0.4925:0,68:0,66 chr9 99064425 . T C 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=733;END=99064425;VD=374;AF=0.5102;BIAS=2:2;REFBIAS=176:177;VARBIAS=209:165;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.11846;ODDRATIO=1.27343113284434;MQ=60;SN=33;HIAF=0.5091;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=363;HICOV=713;LSEQ=GTTTCAGCCCTGGCCGTGGC;RSEQ=CTCTGTGTATGCCTCCTGGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:733:374:353,374:0.5102:176,177:209,165 chr9 100190780 . A G 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=537;END=100190780;VD=273;AF=0.5084;BIAS=2:2;REFBIAS=146:118;VARBIAS=161:112;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.43253;ODDRATIO=1.16148065553968;MQ=60;SN=90;HIAF=0.5085;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=270;HICOV=531;LSEQ=GATCTGGTTTCAAAGATGCT;RSEQ=CGAGCTGTTCTGCAGTCTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:537:273:264,273:0.5084:146,118:161,112 chr9 100191123 . T C 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=100191123;VD=21;AF=0.4884;BIAS=1:1;REFBIAS=0:22;VARBIAS=0:21;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.4884;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=21;HICOV=43;LSEQ=AAGCACAGCCTACATTCTTA;RSEQ=GTCTTTTTCTTATTCCTCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:43:21:22,21:0.4884:0,22:0,21 chr9 102627363 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=102627363;VD=2;AF=0.0274;BIAS=2:2;REFBIAS=5:66;VARBIAS=1:1;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.15868;ODDRATIO=12.1403423576545;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0286;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=70;LSEQ=GCGTTTCAACATTCCGTGTT;RSEQ=GTACTCCCTTTTGTATGTTT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:2:71,2:0.0274:5,66:1,1 chr9 111624265 . G C 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=111624265;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=26.2;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=ATTGTCTGTCACCCCCACCC;RSEQ=CCACCGACTAGAATAAGGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:5,0 chr9 111624396 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=111;END=111624396;VD=2;AF=0.018;BIAS=1:0;REFBIAS=109:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=105;LSEQ=GTTACGAAATTTAGGAAAAG;RSEQ=GGAGCCATTTCAAAAACAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:111:2:109,2:0.018:109,0:2,0 chr9 111625913 . A G 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=428;END=111625913;VD=428;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=113:315;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=141.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=425;HICOV=425;LSEQ=TACAGAAGGTGCTTCTGAAC;RSEQ=GCGACGAGGATGGACACTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:428:428:0,428:1:0,0:113,315 chr9 111626090 . G A 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=111626090;VD=147;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:147;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=143;HICOV=143;LSEQ=AACAACTTCACACGTGCAGC;RSEQ=TCTGCCTTAAAATATACATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:147:147:0,147:1:0,0:0,147 chr9 114454544 . T C 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=664;END=114454544;VD=307;AF=0.4623;BIAS=2:2;REFBIAS=173:183;VARBIAS=149:158;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00245;MQ=60;SN=37.375;HIAF=0.4600;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=299;HICOV=650;LSEQ=GTGGTAAAAAACTTGAGATT;RSEQ=CTTTTAGTTCCATAATGGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:664:307:356,307:0.4623:173,183:149,158 chr9 114454580 . A G 330 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=629;END=114454580;VD=624;AF=0.9921;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=308:316;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=608;HICOV=610;LSEQ=TGGAAGAGTTGTCATTCAAA;RSEQ=TGGTGGTTTTGTCTTCCTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:629:624:1,624:0.9921:0,1:308,316 chr9 114455081 . T A 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=114455081;VD=9;AF=0.3214;BIAS=1:0;REFBIAS=0:19;VARBIAS=0:9;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.3214;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=9;HICOV=28;LSEQ=TTATACAATTCATACATGAA;RSEQ=ACTATTTCCTTGATAAGAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:28:9:19,9:0.3214:0,19:0,9 chr9 114456322 . T TTAAG 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=344;END=114456322;VD=166;AF=0.4826;BIAS=2:2;REFBIAS=47:131;VARBIAS=40:126;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.70978;ODDRATIO=1.12975;MQ=60;SN=54.333;HIAF=0.4808;ADJAF=0.0814;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=163;HICOV=339;LSEQ=ATTTCTTCCTAGAAAAGAGT;RSEQ=TAATAGTCAGTAGTCTTTCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:344:166:178,166:0.4826:47,131:40,126 chr9 114462057 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=114462057;VD=2;AF=0.0131;BIAS=1:0;REFBIAS=151:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0142;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=141;LSEQ=TTTAAATTCATTAAATTAAA;RSEQ=CCTTTTGGAACAGAATAATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:2:151,2:0.0131:151,0:2,0 chr9 114462322 . A G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=390;END=114462322;VD=189;AF=0.4846;BIAS=2:2;REFBIAS=78:121;VARBIAS=67:122;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.46387;ODDRATIO=1.17331;MQ=60;SN=13.538;HIAF=0.4693;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=176;HICOV=375;LSEQ=GAAGTGTCTTTTCTGTAAGC;RSEQ=GATACCTACAAAGAATTATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:390:189:199,189:0.4846:78,121:67,122 chr9 114462461 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=114462461;VD=3;AF=0.0166;BIAS=1:0;REFBIAS=0:178;VARBIAS=0:3;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=AATACTAGTGTGGCAAATTT;RSEQ=TGGGGTTTTTTTTTCCACTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:3:178,3:0.0166:0,178:0,3 chr9 114462462 . TG T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=180;END=114462463;VD=3;AF=0.0167;BIAS=1:0;REFBIAS=0:176;VARBIAS=0:3;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0173;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=173;LSEQ=ATACTAGTGTGGCAAATTTG;RSEQ=GGGTTTTTTTTTCCACTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:3:176,3:0.0167:0,176:0,3 chr9 114462466 . G T 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=114462466;VD=73;AF=0.4101;BIAS=1:1;REFBIAS=0:101;VARBIAS=0:73;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.25;HIAF=0.4182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=69;HICOV=165;LSEQ=TAGTGTGGCAAATTTGTGGG;RSEQ=TTTTTTTTTCCACTCTGTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:73:101,73:0.4101:0,101:0,73 chr9 114464183 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=79;END=114464183;VD=2;AF=0.0253;BIAS=1:0;REFBIAS=77:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0256;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=78;LSEQ=AGATGGGGGAAAGGGGGATG;RSEQ=CTTTCACAGAATGTCCAGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:79:2:77,2:0.0253:77,0:2,0 chr9 114464487 . T C 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=439;END=114464487;VD=222;AF=0.5057;BIAS=2:2;REFBIAS=81:136;VARBIAS=78:144;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.69131;ODDRATIO=1.09931;MQ=60;SN=43.4;HIAF=0.5035;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=217;HICOV=431;LSEQ=TATTGTCTGATGCCTTCTCA;RSEQ=AATTCAATTCTTCTAGATCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:439:222:217,222:0.5057:81,136:78,144 chr9 114464733 . C T 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=114464733;VD=30;AF=0.5085;BIAS=1:1;REFBIAS=0:29;VARBIAS=0:30;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=30.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=24;HICOV=52;LSEQ=AGCAAGGAAGGCTCCTGAAT;RSEQ=TCCCGAGGTCCTAGATATGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:59:30:29,30:0.5085:0,29:0,30 chr9 114466044 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=114466044;VD=2;AF=0.0143;BIAS=1:0;REFBIAS=138:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0148;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=135;LSEQ=TTAGCACTTGTGGCCCATTT;RSEQ=CAAAATTTAGAAGAAATCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:138,2:0.0143:138,0:2,0 chr9 114466290 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=248;END=114466290;VD=3;AF=0.0121;BIAS=2:2;REFBIAS=79:166;VARBIAS=1:2;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.05042016806723;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=237;LSEQ=TAGCTGTAAAATACAATATT;RSEQ=TTGAGTGAAAAAATGAAATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:248:3:245,3:0.0121:79,166:1,2 chr9 114466311 . C T 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=219;END=114466311;VD=120;AF=0.5479;BIAS=2:2;REFBIAS=16:82;VARBIAS=33:87;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.05232;ODDRATIO=1.93817230351778;MQ=60;SN=19;HIAF=0.5700;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=114;HICOV=200;LSEQ=TTGAGTGAAAAAATGAAATG;RSEQ=TAATAAAATTATTTAAGAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:219:120:98,120:0.5479:16,82:33,87 chr9 114467442 . AATAT A 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=219;END=114467446;VD=13;AF=0.0594;BIAS=1:1;REFBIAS=197:8;VARBIAS=13:0;PMEAN=19.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.0628;ADJAF=0.0091;SHIFT3=5;MSI=4;MSILEN=2;NM=0.2;HICNT=13;HICOV=207;LSEQ=CATAATATTTAGCCTATCAG;RSEQ=ATATACACACACACACACAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:219:13:205,13:0.0594:197,8:13,0 chr9 114467448 . TAT CACACACACACACAC 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=211;END=114467450;VD=32;AF=0.1517;BIAS=1:1;REFBIAS=150:7;VARBIAS=32:0;PMEAN=57.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.60441;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.1624;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=2.0;HICNT=32;HICOV=197;LSEQ=ATTTAGCCTATCAGAATATA;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:211:32:157,32:0.1517:150,7:32,0 chr9 114467450 . T C 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=209;END=114467450;VD=37;AF=0.177;BIAS=2:2;REFBIAS=99:9;VARBIAS=35:2;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.72963;ODDRATIO=1.58634474443986;MQ=55.1;SN=74;HIAF=0.2587;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=37;HICOV=143;LSEQ=TTAGCCTATCAGAATATATA;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:209:37:108,37:0.177:99,9:35,2 chr9 114467478 . T C 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=259;END=114467478;VD=103;AF=0.3977;BIAS=2:2;REFBIAS=99:35;VARBIAS=72:31;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=0.55937;ODDRATIO=1.21683;MQ=60;SN=6.357;HIAF=0.3787;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=2;NM=2.7;HICNT=89;HICOV=235;LSEQ=CACACACACACACACACACA;RSEQ=ATATATATAATGTACACTTT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:259:103:134,103:0.3977:99,35:72,31 chr9 114467703 . C CT 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=260;END=114467703;VD=101;AF=0.3885;BIAS=2:2;REFBIAS=30:100;VARBIAS=16:85;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.18752;ODDRATIO=1.59059;MQ=60.2;SN=6.692;HIAF=0.4307;ADJAF=0.0038;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=87;HICOV=202;LSEQ=CTCATCTCCCAGCTCTTTCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTACTAAACAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:260:101:130,101:0.3885:30,100:16,85 chr9 114468676 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=114468676;VD=2;AF=0.0153;BIAS=1:0;REFBIAS=129:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=58;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=ACTTTACAAATGAGGACTAC;RSEQ=AGGTAAGAGACAGTTAAAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:2:129,2:0.0153:129,0:2,0 chr9 114468737 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=114468737;VD=2;AF=0.012;BIAS=1:0;REFBIAS=165:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=TAGTGGTGGGGTTAGAGGTT;RSEQ=AACTCAAGGCTTCTAATGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:2:165,2:0.012:165,0:2,0 chr9 114469078 . T G 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=378;END=114469078;VD=207;AF=0.5476;BIAS=2:2;REFBIAS=18:153;VARBIAS=32:175;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.17248;ODDRATIO=1.55250574427125;MQ=60;SN=24.875;HIAF=0.5378;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=199;HICOV=370;LSEQ=TTATACTTGTGTTATTATTT;RSEQ=GTTGAACTATTAAAAGATGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:378:207:171,207:0.5476:18,153:32,175 chr9 114475262 . T A 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=114475262;VD=91;AF=0.5056;BIAS=1:1;REFBIAS=88:1;VARBIAS=90:1;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0225994477963;MQ=60;SN=44.5;HIAF=0.5028;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=89;HICOV=177;LSEQ=CCAATGAGTTATACGCTTTC;RSEQ=AAGGGTGAATTTCATGCTAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:180:91:89,91:0.5056:88,1:90,1 chr9 114480525 . G T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=373;END=114480525;VD=4;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=175:194;VARBIAS=1:3;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.62537;ODDRATIO=2.6995;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0083;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=3;HICOV=363;LSEQ=ATTGTTACCAGAAGATGTAA;RSEQ=AGAGCGGCATGCTTGAAAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:373:4:369,4:0.0107:175,194:1,3 chr9 114480602 . C A 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=270;END=114480602;VD=111;AF=0.4111;BIAS=2:2;REFBIAS=48:111;VARBIAS=26:85;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.26746;ODDRATIO=1.41192;MQ=60;SN=36;HIAF=0.4106;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=108;HICOV=263;LSEQ=AATGTATTTTAAAACATAGA;RSEQ=TATACATTACAGTTTTAGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:270:111:159,111:0.4111:48,111:26,85 chr9 114480660 . T G 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=114480660;VD=105;AF=0.5932;BIAS=1:2;REFBIAS=0:71;VARBIAS=6:99;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.08237;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.25;HIAF=0.5838;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=101;HICOV=173;LSEQ=CTAATAATGGGAGCTAACAT;RSEQ=TATTATTGAGTGCTTACTAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:177:105:71,105:0.5932:0,71:6,99 chr9 114484592 . G A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=208;END=114484592;VD=208;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=203:5;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=103;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=206;HICOV=206;LSEQ=CAGTCATGCCACCATCTATG;RSEQ=CTAATTTCTGAATCTTCTAT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:208:208:0,208:1:0,0:203,5 chr9 114484682 . T C 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=426;END=114484682;VD=200;AF=0.4695;BIAS=2:2;REFBIAS=166:59;VARBIAS=150:50;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.82417;ODDRATIO=1.06607535020575;MQ=60;SN=27.571;HIAF=0.4639;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=193;HICOV=416;LSEQ=AATAACGTGACTTTTATTTG;RSEQ=ACTCACCTTGGCGAACAGCA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:426:200:225,200:0.4695:166,59:150,50 chr9 114485009 . CTTATT C 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=208;END=114485014;VD=105;AF=0.5048;BIAS=1:1;REFBIAS=0:102;VARBIAS=0:105;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.5174;ADJAF=0.0385;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=104;HICOV=201;LSEQ=ATAATGAGATTGTATAAAAA;RSEQ=TTAAGATATTTATTCTAAAT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:208:105:102,105:0.5048:0,102:0,105 chr9 114485169 . T C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=114485169;VD=13;AF=0.4062;BIAS=1:1;REFBIAS=0:19;VARBIAS=0:13;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3871;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=12;HICOV=31;LSEQ=TCGGCTCACTGCAACCTCCG;RSEQ=CTCCCGGATTCAAGCTATTC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:32:13:19,13:0.4062:0,19:0,13 chr9 114485750 . A C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=114485750;VD=4;AF=0.4444;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=9;LSEQ=GCAGGTAAGAGAACAGAGAG;RSEQ=GCATGATTAGCAGTTCATTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:4:5,4:0.4444:5,0:4,0 chr9 114486232 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=281;END=114486232;VD=3;AF=0.0107;BIAS=2:0;REFBIAS=52:226;VARBIAS=0:3;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0075;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=268;LSEQ=TATAAATTTTTGTTGTTCAA;RSEQ=AGAAACTTAATGTTGTTTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:281:3:278,3:0.0107:52,226:0,3 chr9 114489887 . C T 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=375;END=114489887;VD=179;AF=0.4773;BIAS=2:2;REFBIAS=148:45;VARBIAS=145:34;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.31393;ODDRATIO=1.29578997836031;MQ=60;SN=178;HIAF=0.4837;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=178;HICOV=368;LSEQ=CCTTGAGCCTACCATATCTA;RSEQ=GGCAAAATATTATTAAATTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:375:179:193,179:0.4773:148,45:145,34 chr9 114490308 . T C 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=551;END=114490308;VD=246;AF=0.4465;BIAS=2:2;REFBIAS=88:213;VARBIAS=72:174;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00156243740235;MQ=60;SN=40;HIAF=0.4436;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=240;HICOV=541;LSEQ=TAAGTGCAATAGGTGAAGAA;RSEQ=GACTTTTATGTTCTAGACAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:551:246:301,246:0.4465:88,213:72,174 chr9 114500805 . T TA 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=384;END=114500805;VD=5;AF=0.013;BIAS=2:2;REFBIAS=97:261;VARBIAS=2:3;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=0.61666;ODDRATIO=1.79054235527941;MQ=63.2;SN=10;HIAF=0.0144;ADJAF=0.0026;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=347;LSEQ=GCTCTTGAATTCTTGGCACT;RSEQ=AAAAAAAAATAAAAAACAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:384:5:358,5:0.013:97,261:2,3 chr9 114503493 . T G 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=55;END=114503493;VD=32;AF=0.5818;BIAS=1:1;REFBIAS=23:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.5660;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=30;HICOV=53;LSEQ=ACTTGTATGGGACAGTTTTA;RSEQ=GTACTACTTGTATTTCATTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:55:32:23,32:0.5818:23,0:32,0 chr9 114503656 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=235;END=114503656;VD=3;AF=0.0128;BIAS=1:0;REFBIAS=227:5;VARBIAS=3:0;PMEAN=20.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=229;LSEQ=TAGGCGAAGTTATATATTCT;RSEQ=TTAAGAAATGGTCAAAGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:235:3:232,3:0.0128:227,5:3,0 chr9 114503983 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=114503983;VD=2;AF=0.0125;BIAS=1:0;REFBIAS=1:157;VARBIAS=0:2;PMEAN=65.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=GGGTACAGTGGCACTATCTT;RSEQ=GCTCACTGCAACCTCCGCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:2:158,2:0.0125:1,157:0,2 chr9 114508683 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=228;END=114508683;VD=3;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=46:179;VARBIAS=1:2;PMEAN=27.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.50142;ODDRATIO=1.93881112102059;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0090;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=223;LSEQ=ATATTAAGTAGGCTAGGCGT;RSEQ=GTGGCTCACACCTGTAATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:228:3:225,3:0.0132:46,179:1,2 chr9 114518297 . G C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=114518297;VD=9;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=9;HICOV=18;LSEQ=CTGTAATCCCAGCTACTCGG;RSEQ=AGGCTGAGGTGGGAGAATCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:18:9:9,9:0.5:9,0:9,0 chr9 114518307 . T C 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=114518307;VD=10;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9;HIAF=0.4737;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=9;HICOV=19;LSEQ=AGCTACTCGGGAGGCTGAGG;RSEQ=GGGAGAATCGCTTGAACCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:20:10:10,10:0.5:10,0:10,0 chr9 114518620 . T A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=381;END=114518620;VD=5;AF=0.0131;BIAS=2:2;REFBIAS=243:133;VARBIAS=4:1;PMEAN=16.6;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.66071;ODDRATIO=2.18541020149482;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0080;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=373;LSEQ=CTCACCTCTTTCAAAAAGCT;RSEQ=TTCCTTTTCATCTACATAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:381:5:376,5:0.0131:243,133:4,1 chr9 114520154 . AT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=93;END=114520155;VD=3;AF=0.0323;BIAS=1:0;REFBIAS=90:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0326;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=92;LSEQ=AATATATCTCAGGCTTCAAC;RSEQ=TTTTTTTTAACTATTCAGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:3:90,3:0.0323:90,0:3,0 chr9 114520478 . TA T 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=351;END=114520479;VD=9;AF=0.0256;BIAS=2:2;REFBIAS=80:260;VARBIAS=2:7;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.0767;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0262;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=9;HICOV=343;LSEQ=TGAAGAGAGAAACATTCCCT;RSEQ=AAAAAAAATACATTAATTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:351:9:340,9:0.0256:80,260:2,7 chr9 114520800 . C T 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=114520800;VD=55;AF=0.4701;BIAS=2:1;REFBIAS=58:4;VARBIAS=53:2;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.68276;ODDRATIO=1.81854552728728;MQ=60;SN=26.5;HIAF=0.4649;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=53;HICOV=114;LSEQ=AATCGCATGTGCCCAGGAGG;RSEQ=GGAGGTTGCAGTGAGCCGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:55:62,55:0.4701:58,4:53,2 chr9 114520877 . C CA 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=197;END=114520877;VD=7;AF=0.0355;BIAS=1:0;REFBIAS=178:2;VARBIAS=7:0;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0378;ADJAF=0.0051;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=7;HICOV=185;LSEQ=AGACTCATCTCAAAACAAAA;RSEQ=AAAAAAAAACATTGTTGATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:7:180,7:0.0355:178,2:7,0 chr9 114537978 . A T 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=263;END=114537978;VD=115;AF=0.4373;BIAS=2:1;REFBIAS=139:9;VARBIAS=113:2;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.11985;ODDRATIO=3.64298724954463;MQ=60;SN=56.5;HIAF=0.4380;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=113;HICOV=258;LSEQ=AGGTGGATCTTTAATAAAAA;RSEQ=TTTTTTATTCAACTCAAACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:263:115:148,115:0.4373:139,9:113,2 chr9 114538368 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=222;END=114538368;VD=3;AF=0.0135;BIAS=1:0;REFBIAS=0:219;VARBIAS=0:3;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0095;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=210;LSEQ=CAAATTCCAACAGACACAGA;RSEQ=AAGAAACATCTATATTCCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:222:3:219,3:0.0135:0,219:0,3 chr9 114538460 . G A 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=87;END=114538460;VD=42;AF=0.4828;BIAS=1:1;REFBIAS=0:45;VARBIAS=0:42;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=0.4881;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=41;HICOV=84;LSEQ=TTAAACAATAGTGGACTAAT;RSEQ=ACAACAGTATTCTATAACCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:87:42:45,42:0.4828:0,45:0,42 chr9 114538492 . T TA 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=61;END=114538492;VD=20;AF=0.3279;BIAS=1:1;REFBIAS=0:40;VARBIAS=0:20;PMEAN=30.2;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=40;HIAF=0.3333;ADJAF=0.0164;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=20;HICOV=60;LSEQ=CTATAACCTGTTCTTTTCTG;RSEQ=AAAAAAAATGAAGAATGAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:61:20:40,20:0.3279:0,40:0,20 chr9 114543056 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=200;END=114543056;VD=3;AF=0.015;BIAS=1:0;REFBIAS=196:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=196;LSEQ=AGTCACTCTTATTAACCACT;RSEQ=CTTTGTGGTTCAAATTAGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:200:3:197,3:0.015:196,1:3,0 chr9 114543400 . A G 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=114543400;VD=103;AF=0.5337;BIAS=1:1;REFBIAS=2:87;VARBIAS=0:103;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.21357;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50.5;HIAF=0.5316;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=101;HICOV=190;LSEQ=TTATGATTTTATCTTTATTT;RSEQ=TTCACAAATGTATTTTTTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:193:103:89,103:0.5337:2,87:0,103 chr9 127243632 . C CG 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=469;END=127243632;VD=7;AF=0.0149;BIAS=2:2;REFBIAS=329:101;VARBIAS=5:2;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=0.67008;ODDRATIO=1.30213;MQ=61.2;SN=6;HIAF=0.0145;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=6;HICOV=413;LSEQ=GGGGCACATGTTTCAGGGGG;RSEQ=GGGGAGGGGAGGTACTGAGA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:469:7:430,7:0.0149:329,101:5,2 chr9 127243634 . G GT 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=480;END=127243634;VD=9;AF=0.0187;BIAS=2:0;REFBIAS=183:98;VARBIAS=9:0;PMEAN=22.4;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=0.031;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0171;ADJAF=0.0104;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=8;HICOV=468;LSEQ=GGCACATGTTTCAGGGGGCG;RSEQ=GGAGGGGAGGTACTGAGACA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:480:9:281,9:0.0187:183,98:9,0 chr9 127243635 . GGA TGGG 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=480;END=127243637;VD=181;AF=0.3771;BIAS=2:2;REFBIAS=183:98;VARBIAS=155:26;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=3.18491623670297;MQ=60;SN=362;HIAF=0.3868;ADJAF=0.0187;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=0.6;HICNT=181;HICOV=468;LSEQ=GCACATGTTTCAGGGGGCGG;RSEQ=GGGGAGGTACTGAGACAGGG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:480:181:281,181:0.3771:183,98:155,26 chr9 127243637 . A G 125 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=469;END=127243637;VD=22;AF=0.0469;BIAS=2:2;REFBIAS=178:55;VARBIAS=13:9;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=28.2;QSTD=1;SBF=0.11885;ODDRATIO=2.2324;MQ=60;SN=2.143;HIAF=0.0673;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=15;HICOV=223;LSEQ=ACATGTTTCAGGGGGCGGGG;RSEQ=GGGGAGGTACTGAGACAGGG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:469:22:233,22:0.0469:178,55:13,9 chr9 127244134 . G A 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=915;END=127244134;VD=458;AF=0.5005;BIAS=2:2;REFBIAS=229:225;VARBIAS=224:234;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.69112;ODDRATIO=1.06313;MQ=60;SN=18.913;HIAF=0.4910;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=435;HICOV=886;LSEQ=CGAGTGTCCGGGGAGAAACC;RSEQ=TCAGCTGTACTTAGTGGCAA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:915:458:454,458:0.5005:229,225:224,234 chr9 127244863 . AC A 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=682;END=127244864;VD=324;AF=0.4751;BIAS=2:2;REFBIAS=167:191;VARBIAS=143:181;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.53819;ODDRATIO=1.10652;MQ=60;SN=648;HIAF=0.4786;ADJAF=0.0411;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=324;HICOV=677;LSEQ=GGCCCTGCCCAGCCTCACCC;RSEQ=CTTCCCAAACACACAGTGTC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:682:324:358,324:0.4751:167,191:143,181 chr9 127244955 . G A 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=706;END=127244955;VD=341;AF=0.483;BIAS=2:2;REFBIAS=191:168;VARBIAS=154:187;PMEAN=31.4;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.03453;ODDRATIO=1.37986;MQ=60;SN=17.944;HIAF=0.4750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=323;HICOV=680;LSEQ=CATCAGAAAATGAACCATGC;RSEQ=GAGCCAGCGGTGTGGCTGCG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:706:341:359,341:0.483:191,168:154,187 chr9 127245412 . C T 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=413;END=127245412;VD=214;AF=0.5182;BIAS=2:2;REFBIAS=47:152;VARBIAS=51:163;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01184874884902;MQ=60;SN=428;HIAF=0.5207;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=214;HICOV=411;LSEQ=AGACATGGGCATTGCTGCCA;RSEQ=CAACCATGCAACATGGTCTC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:413:214:199,214:0.5182:47,152:51,163 chr9 127245529 . A G 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=127245529;VD=100;AF=0.5263;BIAS=1:1;REFBIAS=0:90;VARBIAS=1:99;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=200;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=100;HICOV=180;LSEQ=TGCCTGTGTTTTTCATGAAC;RSEQ=TGGCCACCGCCACCATCAAC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:190:100:90,100:0.5263:0,90:1,99 chr9 127245558 . C G 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=127245558;VD=81;AF=0.488;BIAS=1:1;REFBIAS=0:85;VARBIAS=2:79;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.23658;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80;HIAF=0.4908;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=80;HICOV=163;LSEQ=GCCACCATCAACCACCCAAC;RSEQ=ACAGTCACCTGTCACCATCA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:81:85,81:0.488:0,85:2,79 chr9 127245587 . A C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=135;END=127245587;VD=2;AF=0.0148;BIAS=1:0;REFBIAS=1:132;VARBIAS=0:2;PMEAN=58;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=3;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=129;LSEQ=CTGTCACCATCATCACTGCC;RSEQ=TCATCATCACCACAGTGGTC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:135:2:133,2:0.0148:1,132:0,2 chr9 127245682 . G C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=127245682;VD=17;AF=0.5152;BIAS=1:1;REFBIAS=0:16;VARBIAS=1:16;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.5152;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=17;HICOV=33;LSEQ=GGGCAGTTATTGAACCTCTC;RSEQ=GTCCCCCATCTGTAAAATGG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:33:17:16,17:0.5152:0,16:1,16 chr9 127252950 . A G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=127252950;VD=9;AF=0.6429;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.6923;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=9;HICOV=13;LSEQ=GGGTTTTTGCTCACAGCGGT;RSEQ=TTCCCAGTGCCTTCTCCAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:14:9:5,9:0.6429:5,0:9,0 chr9 127253307 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=127253307;VD=2;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=9:153;VARBIAS=1:1;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.11858;ODDRATIO=16.1838485191779;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=163;LSEQ=TCCAGCCTCACCCACCCTCC;RSEQ=ACCCACCCGCCTCTGGCTGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:162,2:0.0122:9,153:1,1 chr9 127253681 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=127253681;VD=3;AF=0.0195;BIAS=1:0;REFBIAS=0:151;VARBIAS=0:3;PMEAN=28.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0199;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=151;LSEQ=CACGGGTAACATCTGCACAG;RSEQ=CCCGGGGACGCTGCCGGGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:3:151,3:0.0195:0,151:0,3 chr9 127262802 . C G 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=806;END=127262802;VD=425;AF=0.5273;BIAS=2:2;REFBIAS=167:213;VARBIAS=228:197;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.00725;ODDRATIO=1.47540499867214;MQ=60;SN=69.833;HIAF=0.5251;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=419;HICOV=798;LSEQ=CCAGGCCCTTGGGCTCAGGC;RSEQ=CATGCAGGCTGGGAGGCAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:806:425:380,425:0.5273:167,213:228,197 chr9 127263084 . G A 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=327;END=127263084;VD=184;AF=0.5627;BIAS=2:2;REFBIAS=25:117;VARBIAS=30:154;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.76744;ODDRATIO=1.09655;MQ=60;SN=19.444;HIAF=0.5591;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=175;HICOV=313;LSEQ=CTTTCCAAACAAATCTGACC;RSEQ=CTCTCTCCCCTGCTCAACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:327:184:142,184:0.5627:25,117:30,154 chr9 127265202 . CCAGCGCCCGGTTCTCTTGCAGCGACTGGGCCCTAATGTCGCACGAGGGGCCTTCGCGAAGGCCAATGGTACTATCCCCTCAGCCCCTCTCCCACCCCCACCCCCTACCCCCTCAGGCTGTGGGGGGTCAGGGGTCGAGGCCCGCGCGGCGCGCACCTTCCAGGCGCATCCCCACCGTCAGGCATTTCTGGAAGCGGCAGAAGGGACAGCGCTTGCGCTGCGTCTTGTCGATCTTGCAGCTCTGGCTCTCGGTGCACGTGTAGTGCTTGTTGTTCTGCACCGTGCGCTTGAAGAAGCCCTGCGGGAGCTGAGAGTCAGCGAGGCCCCG C 48 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=204;END=127265529;VD=3;AF=0.0147;BIAS=1:2;REFBIAS=202:2;VARBIAS=1:2;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=30.4;QSTD=1;SBF=0.00084;ODDRATIO=157.62993;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0145;ADJAF=0.0147;SHIFT3=9;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=207;LSEQ=CGCCCGAGGCCCACCCAGCG;RSEQ=CAGCGCCCGTCTGCCGCACC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=3;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:204:3:204,3:0.0147:202,2:1,2 chr9 127265286 . C A 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=345;END=127265286;VD=173;AF=0.5014;BIAS=2:2;REFBIAS=116:54;VARBIAS=120:53;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.90726;ODDRATIO=1.05387404097462;MQ=60;SN=27.833;HIAF=0.4955;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=167;HICOV=337;LSEQ=AATGGTACTATCCCCTCAGC;RSEQ=CCTCTCCCACCCCCACCCCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:345:173:170,173:0.5014:116,54:120,53 chr9 127265847 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=127265847;VD=2;AF=0.0161;BIAS=1:0;REFBIAS=2:119;VARBIAS=0:2;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=120;LSEQ=GAGCGCCCCGCGCAGCGTCC;RSEQ=GGGGTGGGTCCGGTGCAGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:2:121,2:0.0161:2,119:0,2 chr9 127911135 . C A 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=127911135;VD=14;AF=0.6364;BIAS=0:1;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:14;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.6364;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=14;HICOV=22;LSEQ=CACAGTTTAGTGATTTTTTT;RSEQ=AAAAATAAATACTATTGAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:22:14:8,14:0.6364:0,8:0,14 chr9 135974079 . G C 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=348;END=135974079;VD=159;AF=0.4569;BIAS=2:2;REFBIAS=108:79;VARBIAS=91:68;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0215;MQ=60;SN=78.5;HIAF=0.4551;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=157;HICOV=345;LSEQ=TTGGTGAAGGTCCGCTTCTT;RSEQ=AGGACAAAGTCATAGTTGGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:348:159:187,159:0.4569:108,79:91,68 chr9 135974100 . G A 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=386;END=135974100;VD=174;AF=0.4508;BIAS=2:2;REFBIAS=116:96;VARBIAS=97:77;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.9181;ODDRATIO=1.04244850304395;MQ=60;SN=42.5;HIAF=0.4462;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=170;HICOV=381;LSEQ=AGGACAAAGTCATAGTTGGC;RSEQ=GTAGAGTTCATGGCATAGAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:386:174:212,174:0.4508:116,96:97,77 chr9 137735001 . CT C 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=301;END=137735002;VD=138;AF=0.4585;BIAS=2:2;REFBIAS=64:90;VARBIAS=63:75;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.55453;ODDRATIO=1.18056785313736;MQ=60;SN=276;HIAF=0.4808;ADJAF=0.0332;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=138;HICOV=287;LSEQ=AGTTTTTGATTCGCTCTAGA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTAATAGGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:301:138:154,138:0.4585:64,90:63,75 chr9 138584921 . G A 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=138584921;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=20:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=30.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=16;HICOV=16;LSEQ=CAGAGATGACCAGCAGTGGA;RSEQ=GTGGAAGCCAGCCCTTCCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:20,0 chr9 138586198 . G A 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=493;END=138586198;VD=491;AF=0.9959;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=185:306;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.1;HIAF=0.9979;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=481;HICOV=482;LSEQ=CTCATATCAGGTGCTTACGC;RSEQ=GGGGGACCAGCCCTGAACCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:493:491:0,491:0.9959:0,0:185,306 chr9 138586309 . A G 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=327;END=138586309;VD=327;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=52:275;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=323;HICOV=323;LSEQ=GACCCCAACGCAGACCTGGA;RSEQ=GCGACAAGCTCTTCCTCAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:327:327:0,327:1:0,0:52,275 chr9 138586457 . T C 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=138586457;VD=96;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:93;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=192;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=96;HICOV=96;LSEQ=CCCTGCCCAGCGGGGAGAAA;RSEQ=GCAGAGGCCACAGCCGCTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:96:96:0,96:1:0,0:3,93 chr9 138586649 . A C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=138586649;VD=2;AF=0.0417;BIAS=2:0;REFBIAS=41:5;VARBIAS=2:0;PMEAN=71.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0435;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=46;LSEQ=AACTCATTTTACTATCAGCC;RSEQ=AAACAAATGACAATTAGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:48:2:46,2:0.0417:41,5:2,0 chr9 138586783 . G A 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=138586783;VD=195;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=193:2;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=190;HICOV=190;LSEQ=GCACAGAAGCAGAGACGGAA;RSEQ=CTTCCAGATGCCGAGAAAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:195:195:0,195:1:0,0:193,2 chr9 138586854 . C T 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=252;END=138586854;VD=251;AF=0.996;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=197:54;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34.857;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=244;HICOV=244;LSEQ=CAGGCTCACACACACATGCT;RSEQ=GCTCACGCACACACAGGCGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:252:251:0,251:0.996:0,0:197,54 chr9 138586966 . GC AA 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=385;END=138586967;VD=363;AF=0.9429;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=177:186;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=89.75;HIAF=0.9523;ADJAF=0.0675;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=359;HICOV=377;LSEQ=TGCAGCCCCCATGGCCAGGG;RSEQ=CCAGCCTGGCCCAGCCAGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:385:363:0,363:0.9429:0,0:177,186 chr9 138587203 . A G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=138587203;VD=157;AF=0.9937;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:150;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=152;HICOV=152;LSEQ=CACGGGCTCGGTCCACTCAC;RSEQ=CTGACCGAGCACCTGCTCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:158:157:0,157:0.9937:0,0:7,150 chr9 138587220 . T C 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=138587220;VD=128;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:128;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=124;HICOV=124;LSEQ=CACACTGACCGAGCACCTGC;RSEQ=CTGCTGCCTGCACCCTGCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:128:128:0,128:1:0,0:0,128 chr9 138587309 . G A 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=138587309;VD=44;AF=0.898;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:44;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=30.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.5;HIAF=0.9474;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=36;HICOV=38;LSEQ=AAGGAAAAGATGAACACCCA;RSEQ=AGGTGGGGTGCCCAACACCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:49:44:0,44:0.898:0,0:0,44 chr9 138587373 . G A 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=138587373;VD=26;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:26;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=26;HICOV=26;LSEQ=GGGTGCTGGCTTGGCCAGCC;RSEQ=CAAGGGGCTTGGATCTGGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:26:26:0,26:1:0,0:0,26 chr9 138588154 . A C 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=138588154;VD=29;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=28:1;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=CCCTTCCCTGGAGCACATGG;RSEQ=AGTCCCAGGAGGAGACAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:29:29:0,29:1:0,0:28,1 chr9 138588310 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=138588310;VD=3;AF=0.017;BIAS=1:2;REFBIAS=172:1;VARBIAS=2:1;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.0339;ODDRATIO=70.27429;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=GGCCTTGAATCAAGCTCATC;RSEQ=CTCAACACGTGGGTTTCTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:3:173,3:0.017:172,1:2,1 chr9 138588359 . A AC 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=232;END=138588359;VD=227;AF=0.9784;BIAS=0:2;REFBIAS=7:0;VARBIAS=211:16;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=112.5;HIAF=0.9740;ADJAF=0.125;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=225;HICOV=231;LSEQ=AGGGCCTGGGAAAACTTCGA;RSEQ=CCCCGTTTGCAAACAGCCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:232:227:7,227:0.9784:7,0:211,16 chr9 138588750 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=138588750;VD=3;AF=0.0174;BIAS=1:2;REFBIAS=7:160;VARBIAS=1:2;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.1354;ODDRATIO=10.9841827768014;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=AGAGGGCTGGACCCATCCCC;RSEQ=GGACACCCCAGGCACCACCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:3:167,3:0.0174:7,160:1,2 chr9 138589710 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=138589710;VD=2;AF=0.0177;BIAS=1:0;REFBIAS=1:110;VARBIAS=0:2;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0179;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=112;LSEQ=CTCACTGCAAATGCTGGGAC;RSEQ=CCTGACCTCACAGATGACAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:2:111,2:0.0177:1,110:0,2 chr9 138589749 . A G 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=138589749;VD=56;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:51;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.6;HICNT=52;HICOV=52;LSEQ=AACACAGTTTCATTCCCCAC;RSEQ=CAGGTCCTCAGCCCCAGCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:56:56:0,56:1:0,0:5,51 chr9 138589757 . T G 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=138589757;VD=51;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:45;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=102;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=51;HICOV=51;LSEQ=TTCATTCCCCACACAGGTCC;RSEQ=CAGCCCCAGCACTCACGGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:51:0,51:1:0,0:6,45 chr9 138589824 . CTT C 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=45;END=138589826;VD=45;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=22:23;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.9778;ADJAF=0.2444;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=44;HICOV=45;LSEQ=GAGGGGAGAGGAGCCTCTCT;RSEQ=GGAGACGTGCAGAGAAATGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:45:45:1,45:1:1,0:22,23 chr9 138589985 . A G 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=138589985;VD=130;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=128:2;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=260;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=130;HICOV=130;LSEQ=AAGGCTTGCTCCTTTCCAGG;RSEQ=ACAGAATAACAACAGGTAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:130:130:0,130:1:0,0:128,2 chr9 138590010 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=138590010;VD=2;AF=0.0118;BIAS=1:0;REFBIAS=165:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=170;LSEQ=AATAACAACAGGTAAGGCTT;RSEQ=AACAAATCAGGAAGTGCCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:2:168,2:0.0118:165,3:2,0 chr9 138590138 . T C 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=329;END=138590138;VD=328;AF=0.997;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=236:92;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=163;HIAF=0.9969;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=326;HICOV=327;LSEQ=GAGATGTCCCATCACCGTGA;RSEQ=GCCGGAGGACTGACGGCGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:329:328:0,328:0.997:0,0:236,92 chr9 138590347 . C T 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=322;END=138590347;VD=321;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=84:237;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=63.2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=316;HICOV=316;LSEQ=TTCCGGTCAAGAAACAAATA;RSEQ=CTCTGGGCCCTCCTGCCCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:322:321:0,321:0.9969:0,0:84,237 chr9 138590623 . C T 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=138590623;VD=75;AF=0.4934;BIAS=2:2;REFBIAS=61:16;VARBIAS=53:22;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.26294;ODDRATIO=1.57773;MQ=60;SN=150;HIAF=0.4934;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=75;HICOV=152;LSEQ=CACAGAGGGTCACAGGTGCA;RSEQ=AGCCTCAAGAGGCCAAGGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:75:77,75:0.4934:61,16:53,22 chr9 138590680 . G C 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=215;END=138590680;VD=109;AF=0.507;BIAS=2:2;REFBIAS=93:13;VARBIAS=101:8;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.25638;ODDRATIO=1.76016052664003;MQ=60;SN=108;HIAF=0.5047;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=108;HICOV=214;LSEQ=CTGCAGGATGTTCCCCAACA;RSEQ=GGCTTTTCTGGTTTACTTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:215:109:106,109:0.507:93,13:101,8 chr9 138590928 . C T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=456;END=138590928;VD=220;AF=0.4825;BIAS=2:2;REFBIAS=105:129;VARBIAS=98:122;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01326;MQ=60;SN=440;HIAF=0.4878;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=220;HICOV=451;LSEQ=CCTTGGGCGGGCCCGAGCCC;RSEQ=GGGCCGAGTCCTCGCAGCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:456:220:234,220:0.4825:105,129:98,122 chr9 138591230 . C T 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=447;END=138591230;VD=239;AF=0.5347;BIAS=2:2;REFBIAS=113:95;VARBIAS=145:94;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.18057;ODDRATIO=1.29605868553728;MQ=60;SN=25.556;HIAF=0.5263;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=230;HICOV=437;LSEQ=TGGGCCCCCAACCCCTTGGC;RSEQ=GCCAGCCCAATTCCTCACTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:447:239:208,239:0.5347:113,95:145,94 chr9 138591266 . A G 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=472;END=138591266;VD=253;AF=0.536;BIAS=2:2;REFBIAS=113:103;VARBIAS=137:116;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.71102;ODDRATIO=1.07634516236667;MQ=60;SN=49.6;HIAF=0.5427;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=248;HICOV=457;LSEQ=CACTTGCATCCCCTGACGGT;RSEQ=GGGATTCTGGAGACCTCCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:472:253:216,253:0.536:113,103:137,116 chr9 138591457 . C T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=138591457;VD=4;AF=0.0161;BIAS=1:0;REFBIAS=0:244;VARBIAS=0:4;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=243;LSEQ=ATCCGCCCCCATAGCGCATG;RSEQ=GCTCTAGCCCTCCCCACGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:4:244,4:0.0161:0,244:0,4 chr9 138591684 . G T 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=138591684;VD=15;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:15;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4828;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=14;HICOV=29;LSEQ=CTTGGGCACTTTGGAGATGC;RSEQ=GGCTCTGCCCTTAGGAGCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:30:15:15,15:0.5:0,15:0,15 chr9 138591745 . G GCCCAGGCAGGGGGGA 33 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=13;END=138591745;VD=2;AF=0.1538;BIAS=0:0;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:2;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.4;SN=4;HIAF=0.1538;ADJAF=0.0769;SHIFT3=7;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=2;HICOV=13;LSEQ=GGGCTGGGCTGAGTTGTTTA;RSEQ=CCCAGGCCTGGGGGACCCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:2:11,2:0.1538:0,11:0,2 chr9 138591756 . G GGGGACCCAGGCCTGT 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=10;END=138591756;VD=2;AF=0.2;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:2;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=38.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=4;HIAF=0.2000;ADJAF=0.1;SHIFT3=10;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=2;HICOV=10;LSEQ=AGTTGTTTAGCCCAGGCCTG;RSEQ=GGGACCCAGGGACACAGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:2:8,2:0.2:0,8:0,2 chr9 140344328 . G A 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=309;END=140344328;VD=158;AF=0.5113;BIAS=2:2;REFBIAS=74:74;VARBIAS=90:68;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=0.25178;ODDRATIO=1.32229656467352;MQ=60;SN=6.182;HIAF=0.4857;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=136;HICOV=280;LSEQ=GCTCTGCCCTGTCTGTCCAC;RSEQ=TCGGGGGTTTCCAGAGGTCT;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:309:158:148,158:0.5113:74,74:90,68 chr9 140344992 . A G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=140344992;VD=3;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:3;PMEAN=20.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=TTTGATCTCCCCCACCACAC;RSEQ=CCTCTTCCCTTTGATCTCCC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:3:0,3:0.75:0,0:0,3 chr9 140345032 . C T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=140345032;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:3;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=41.3;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=CCCACCACACGCCTCTTCCC;RSEQ=TTGATCTCCCCCACCACACG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:0,3 chr9 140347906 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=135;END=140347906;VD=2;AF=0.0148;BIAS=2:2;REFBIAS=63:70;VARBIAS=1:1;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.1102475852115;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=134;LSEQ=CGCCGGGCGCCTGGGAGGGA;RSEQ=TGGGGGCGGGCACCGCAGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:135:2:133,2:0.0148:63,70:1,1 chr9 140347977 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=140347977;VD=2;AF=0.0146;BIAS=2:0;REFBIAS=102:33;VARBIAS=0:2;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.06387;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=134;LSEQ=GGTGGGCACGGCCCTACAGG;RSEQ=GCCCCCGGCCAGCACTGCCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:2:135,2:0.0146:102,33:0,2 chr9 140348095 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=140348095;VD=2;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=157:32;VARBIAS=1:1;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.31645;ODDRATIO=4.84678;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=189;LSEQ=AGGAGTGCAAAAGCGCAGCC;RSEQ=AGCGGCCCTGGCAGGGGACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:2:189,2:0.0105:157,32:1,1 chr9 140348124 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=235;END=140348124;VD=3;AF=0.0128;BIAS=2:2;REFBIAS=165:67;VARBIAS=2:1;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.23016;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=231;LSEQ=TGGCAGGGGACCCCCAGCAG;RSEQ=GGTCTGGGGTCTAGGGGAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:235:3:232,3:0.0128:165,67:2,1 chr9 140348308 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=234;END=140348308;VD=4;AF=0.0171;BIAS=2:2;REFBIAS=55:175;VARBIAS=1:3;PMEAN=51.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.06034418772334;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0130;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=231;LSEQ=CCCGCATTAGCGAGCGGGTG;RSEQ=GGCGGGGCCTCGGGAGTCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:234:4:230,4:0.0171:55,175:1,3 chr9 140348373 . A T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=140348373;VD=2;AF=0.0115;BIAS=1:0;REFBIAS=7:162;VARBIAS=0:2;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0124;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=161;LSEQ=GGGCCCTGGGCAGAGGAGGA;RSEQ=GCTAATGTGGGTGGGGTCTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:2:169,2:0.0115:7,162:0,2 chr9 140348590 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=140348590;VD=2;AF=0.0571;BIAS=2:0;REFBIAS=29:4;VARBIAS=2:0;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12;SN=4;HIAF=0.0588;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=34;LSEQ=CCTGGGCCGGGCTGGGGGCG;RSEQ=GGCTGGGAGGGGAGGAGCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:35:2:33,2:0.0571:29,4:2,0 chr9 140349438 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=140349438;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:0;REFBIAS=93:75;VARBIAS=0:2;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.20369;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=CACATCTGTGTGATTGGAGT;RSEQ=GGGGAGGGGGGCCTTGCTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:2:168,2:0.0118:93,75:0,2 chr9 140349874 . C G 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=140349874;VD=273;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=166:107;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=546;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=273;HICOV=273;LSEQ=GTCTGGGGCACGGGGCCCGG;RSEQ=AGAGGAGTCCCAGCCTGCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:273:273:0,273:1:0,0:166,107 chr9 140350659 . TG T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=78;END=140350660;VD=6;AF=0.0769;BIAS=1:0;REFBIAS=72:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0800;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=6;HICOV=75;LSEQ=GTCCCCTGACTGTGTGTGTG;RSEQ=GGGGGGGGGGCTGGGCACCA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:78:6:72,6:0.0769:72,0:6,0 chr9 140352781 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=140352781;VD=2;AF=0.0155;BIAS=1:0;REFBIAS=121:6;VARBIAS=2:0;PMEAN=12.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0156;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=128;LSEQ=GCTGGGAACTGCTCCTGGGG;RSEQ=TCGGGCAGGGAGGGCAGGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:127,2:0.0155:121,6:2,0 chr9 140353287 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=140353287;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:0;REFBIAS=146:40;VARBIAS=2:0;PMEAN=56.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=ACCTGGGGGGTGCGCTCGCC;RSEQ=ACCACGCGCTCGCGAGGGGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:188:2:186,2:0.0106:146,40:2,0 chr9 140353783 . A G 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=285;END=140353783;VD=281;AF=0.986;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=78:203;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92.667;HIAF=0.9964;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=278;HICOV=279;LSEQ=TCCCGGGAGAGCGCTGCCCG;RSEQ=ACCGAGGGCCGGCCCCGCCC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:285:281:0,281:0.986:0,0:78,203 chr9 140353938 . C T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=140353938;VD=2;AF=0.0238;BIAS=1:0;REFBIAS=2:80;VARBIAS=0:2;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0256;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=78;LSEQ=GGCCCGGGTTGAGTTGGGGG;RSEQ=GGGGCCGGGCGGCCTGGCTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:84:2:82,2:0.0238:2,80:0,2 chr10 5564412 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=94;END=5564412;VD=2;AF=0.0213;BIAS=2:2;REFBIAS=72:20;VARBIAS=1:1;PMEAN=19;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.39876;ODDRATIO=3.53732;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0217;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=92;LSEQ=AAATGATATATGGCAAATAT;RSEQ=AAACATTTTTAAATGAGCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:94:2:92,2:0.0213:72,20:1,1 chr10 5564514 . TTATC T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=138;END=5564518;VD=3;AF=0.0217;BIAS=2:2;REFBIAS=62:73;VARBIAS=1:2;PMEAN=51.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.69238;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0217;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=138;LSEQ=ATTAAGAGTTTGGTACATGA;RSEQ=TAGGCGTTTCTTCTGTGAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:3:135,3:0.0217:62,73:1,2 chr10 28101113 . CTT C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=11;END=28101115;VD=8;AF=0.7273;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.7273;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=8;HICOV=11;LSEQ=TGCATTGGGAAGGCCATATC;RSEQ=TTTATTAAAATCGCCACAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:11:8:3,8:0.7273:3,0:8,0 chr10 28101455 . C A 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=371;END=28101455;VD=189;AF=0.5094;BIAS=2:2;REFBIAS=109:73;VARBIAS=115:74;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.9155;ODDRATIO=1.04070184932719;MQ=60;SN=30.5;HIAF=0.5140;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=183;HICOV=356;LSEQ=TAAATTTCAAGTGTATCTTG;RSEQ=CTTCTCTGTAGCAAGAGCCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:371:189:182,189:0.5094:109,73:115,74 chr10 28149910 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=28149910;VD=2;AF=0.012;BIAS=1:0;REFBIAS=1:163;VARBIAS=0:2;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=GCTAGCTGGCTGACTACCTA;RSEQ=GTGATGTTTTGAAGGAACTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:164,2:0.012:1,163:0,2 chr10 28151604 . AT A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=414;END=28151605;VD=193;AF=0.4662;BIAS=2:2;REFBIAS=42:179;VARBIAS=45:148;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.33345;ODDRATIO=1.29501806550201;MQ=60;SN=386;HIAF=0.4719;ADJAF=0.0386;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=193;HICOV=409;LSEQ=AACTAAACCTACATTTAGGC;RSEQ=TTTTTAAGAGGCAGAAAGTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:414:193:221,193:0.4662:42,179:45,148 chr10 28151720 . AGT A 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=165;END=28151722;VD=71;AF=0.4303;BIAS=1:1;REFBIAS=0:94;VARBIAS=0:71;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=142;HIAF=0.4329;ADJAF=0.0242;SHIFT3=10;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.6;HICNT=71;HICOV=164;LSEQ=TTCTACATGTATATGTATAA;RSEQ=GTGTGTGTGTACATATGTAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:71:94,71:0.4303:0,94:0,71 chr10 28196425 . G GA 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=148;END=28196425;VD=2;AF=0.0135;BIAS=1:0;REFBIAS=141:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=29.6;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.4;SN=4;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=TTGCATTTTAAAACTGACCA;RSEQ=AAAAAAAGCAATGCTCCGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:2:141,2:0.0135:141,0:2,0 chr10 28225897 . G T 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=322;END=28225897;VD=321;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=26:295;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.125;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=313;HICOV=313;LSEQ=GGCTGCCATTCTAGTAGCTA;RSEQ=GAAACTTCTTTCTAGAGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:322:321:0,321:0.9969:0,0:26,295 chr10 28228550 . C G 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=28228550;VD=46;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=45:1;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=45;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=45;HICOV=45;LSEQ=GGTGGTAAACACCTGAAGTG;RSEQ=CGGCTACTTGGGAGGCAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:46:46:0,46:1:0,0:45,1 chr10 28228865 . A G 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=390;END=28228865;VD=385;AF=0.9872;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=179:206;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.5;HIAF=0.9868;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=375;HICOV=380;LSEQ=CAGTGCTCCTGCAGCTGCTC;RSEQ=TTCTCACTATTTAGGTTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:390:385:0,385:0.9872:0,0:179,206 chr10 28229122 . GTA G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=108;END=28229124;VD=3;AF=0.0278;BIAS=1:0;REFBIAS=5:100;VARBIAS=0:3;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0280;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=107;LSEQ=ATATGTGTGTTTGTGTGTGT;RSEQ=TATATATATAGTGTATAGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:108:3:105,3:0.0278:5,100:0,3 chr10 28229190 . A ATATG 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=66;END=28229190;VD=60;AF=0.9091;BIAS=0:2;REFBIAS=0:4;VARBIAS=19:41;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.30923;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=120;HIAF=0.9231;ADJAF=0.1515;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=60;HICOV=65;LSEQ=ATATATATAAATGTCAGTAT;RSEQ=TGTGATATATATATAAATGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:66:60:4,60:0.9091:0,4:19,41 chr10 28229289 . GAT G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=83;END=28229291;VD=3;AF=0.0361;BIAS=2:0;REFBIAS=74:6;VARBIAS=3:0;PMEAN=59.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0366;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=82;LSEQ=ATGTCAGTATATATGTGTGA;RSEQ=ATATATATATACATATATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:83:3:80,3:0.0361:74,6:3,0 chr10 28232859 . A C 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=36;END=28232859;VD=36;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=36:0;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=36;HICOV=36;LSEQ=CTCACTATCTCTTACCTCCC;RSEQ=TGCATGTATACTTGGATGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:36:36:0,36:1:0,0:36,0 chr10 28233120 . A C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=372;END=28233120;VD=372;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=272:100;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=123;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=369;HICOV=369;LSEQ=GTGCAGTGGCGGCTGGCACT;RSEQ=GATGACGATGACAACATCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:372:372:0,372:1:0,0:272,100 chr10 28233369 . G GA 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=473;END=28233369;VD=8;AF=0.0169;BIAS=2:2;REFBIAS=117:320;VARBIAS=2:6;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.09665;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0187;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=8;HICOV=428;LSEQ=TAATGAACCAATCTGTGTGA;RSEQ=AAAAAAAAAGATGAGTGGCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:473:8:437,8:0.0169:117,320:2,6 chr10 28233469 . T A 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=285;END=28233469;VD=282;AF=0.9895;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=50:232;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=93;HIAF=0.9929;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=279;HICOV=281;LSEQ=TTAAGTTTTTTAAGAAATCA;RSEQ=TTCCATTCCCAGAGGTTACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:285:282:0,282:0.9895:0,0:50,232 chr10 28233931 . G A 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=439;END=28233931;VD=435;AF=0.9909;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=93:342;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=429;HICOV=429;LSEQ=GAGAAAGGTTAAGGAACACC;RSEQ=CATTCCCATAGAAATGCACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:439:435:0,435:0.9909:0,0:93,342 chr10 28233933 . A G 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=426;END=28233933;VD=421;AF=0.9883;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=89:332;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=45.778;HIAF=0.9928;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=412;HICOV=415;LSEQ=GAAAGGTTAAGGAACACCGC;RSEQ=TTCCCATAGAAATGCACTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:426:421:0,421:0.9883:0,0:89,332 chr10 28250275 . G A 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=28250275;VD=99;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=98:1;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=93;HICOV=93;LSEQ=ACCATGCCCACTTCCCAGCC;RSEQ=GGAGAGAGGGTTGGTACCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:99:99:0,99:1:0,0:98,1 chr10 28250610 . C A 116 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=482;END=28250610;VD=14;AF=0.029;BIAS=2:2;REFBIAS=204:264;VARBIAS=7:7;PMEAN=58.8;PSTD=1;QUAL=30.6;QSTD=1;SBF=0.78587;ODDRATIO=1.29341007566449;MQ=13.7;SN=3.667;HIAF=0.0234;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=11;HICOV=470;LSEQ=CTCACTTTCTGAGGAGCTAT;RSEQ=GCTAACAGTTTCCTCAATCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:482:14:468,14:0.029:204,264:7,7 chr10 28250635 . A C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=424;END=28250635;VD=13;AF=0.0307;BIAS=2:2;REFBIAS=148:263;VARBIAS=6:7;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=28.1;QSTD=1;SBF=0.55982;ODDRATIO=1.52151421094273;MQ=10.2;SN=2.25;HIAF=0.0220;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=9;HICOV=410;LSEQ=ACAGTTTCCTCAATCTTTTC;RSEQ=GCACTCTTCCTAAGAACAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:424:13:411,13:0.0307:148,263:6,7 chr10 28250952 . C A 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=28250952;VD=18;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:18;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=18;HICOV=18;LSEQ=CTGCAGTAAACCTTTATTAC;RSEQ=TCATCACACCACTGCACTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:18:18:0,18:1:0,0:0,18 chr10 28257853 . G C 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=383;END=28257853;VD=119;AF=0.3107;BIAS=2:2;REFBIAS=111:151;VARBIAS=75:44;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.00025;ODDRATIO=2.31358304606344;MQ=15.4;SN=38.667;HIAF=0.3152;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=116;HICOV=368;LSEQ=TTGCTGACCAGAAACATACC;RSEQ=AAGTAATTGTGCTCTTCCGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:383:119:262,119:0.3107:111,151:75,44 chr10 28258034 . G A 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=28258034;VD=169;AF=0.9941;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=13:156;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=17;SN=83.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=167;HICOV=167;LSEQ=GCAATGTAGATATATACTCC;RSEQ=TTATTTCCATGTGCTCAAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:170:169:0,169:0.9941:0,0:13,156 chr10 28258059 . C A 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=28258059;VD=140;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:138;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=21.5;SN=69;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=138;HICOV=138;LSEQ=TTCCATGTGCTCAAATGATG;RSEQ=GTGTTCCTGACAAGAGTTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:140:140:0,140:1:0,0:2,138 chr10 28259936 . TAAAC T 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=199;END=28259940;VD=102;AF=0.5126;BIAS=1:1;REFBIAS=93:3;VARBIAS=102:0;PMEAN=47.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.11213;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=204;HIAF=0.5204;ADJAF=0.0503;SHIFT3=11;MSI=9;MSILEN=4;NM=0.5;HICNT=102;HICOV=196;LSEQ=TAAATAAATAAATAAATAAA;RSEQ=AAACAAACAAAATAAAATAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:199:102:96,102:0.5126:93,3:102,0 chr10 28259940 . C T 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=200;END=28259940;VD=96;AF=0.48;BIAS=0:1;REFBIAS=10:0;VARBIAS=92:4;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47;HIAF=0.9038;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=94;HICOV=104;LSEQ=TAAATAAATAAATAAATAAA;RSEQ=AAACAAACAAAATAAAATAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:200:96:10,96:0.48:10,0:92,4 chr10 28260151 . A G 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=533;END=28260151;VD=532;AF=0.9981;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=206:326;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52.2;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=522;HICOV=523;LSEQ=ACCTTTTGTCTGAACCAGAA;RSEQ=TGTCTTTGCGGAGGGCAGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:533:532:0,532:0.9981:0,0:206,326 chr10 28270218 . C A 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=111;END=28270218;VD=109;AF=0.982;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=108:1;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=108;HIAF=0.9818;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=108;HICOV=110;LSEQ=ATGTAATTAATGCCATTGAA;RSEQ=CCTGAACAATGATACTACAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:111:109:0,109:0.982:0,0:108,1 chr10 28270768 . C G 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=28270768;VD=52;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:52;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=52;HICOV=52;LSEQ=TACTGAGTACCTCCTATATG;RSEQ=ATGTAAGGCACTCTGCTGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:52:52:0,52:1:0,0:0,52 chr10 28273575 . A G 134 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=28273575;VD=14;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:10;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=14;HICOV=14;LSEQ=GAGCATTTGAAAATAACAAG;RSEQ=CCACCTAATGTCTTCAGAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:14:0,14:1:0,0:4,10 chr10 28274145 . C CAA 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=500;END=28274145;VD=235;AF=0.47;BIAS=2:2;REFBIAS=54:28;VARBIAS=101:134;PMEAN=48.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.00049;ODDRATIO=2.55102;MQ=60.2;SN=234;HIAF=0.5318;ADJAF=0.002;SHIFT3=14;MSI=16;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=234;HICOV=440;LSEQ=ATGGGGTCTCTGTTAGCTGC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAGGAGAC;DUPRATE=0.015;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:500:235:82,235:0.47:54,28:101,134 chr10 28274159 . A AAG 82 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=536;END=28274159;VD=8;AF=0.0149;BIAS=2:2;REFBIAS=194:332;VARBIAS=7:1;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=27.4;QSTD=1;SBF=0.00543;ODDRATIO=11.9317503877819;MQ=60;SN=7;HIAF=0.0143;ADJAF=0.0019;SHIFT3=0;MSI=14;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=7;HICOV=490;LSEQ=AGCTGCCAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=GGAGACAAATAAAAATTATC;DUPRATE=0.015;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:536:8:526,8:0.0149:194,332:7,1 chr10 28283683 . C T 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=28283683;VD=190;AF=0.9948;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=189:1;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=182;HICOV=182;LSEQ=AAGATACTGTGTTGGCCAAG;RSEQ=TGAATATCCTCAGACTTCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:191:190:0,190:0.9948:0,0:189,1 chr10 28284404 . T C 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=28284404;VD=25;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:25;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=25;HICOV=25;LSEQ=AGATAGGCATAAAACCCAAA;RSEQ=AGAAAACTCCAAGAGTGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:25:25:0,25:1:0,0:0,25 chr10 38407519 . A G 79 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=38407519;VD=6;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=27.7;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=5;HIAF=0.3571;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=5;HICOV=14;LSEQ=AAAACCTTCCGTCAGAAGTC;RSEQ=GCCCTAATTGTTCACCAGAG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:15:6:9,6:0.4:9,0:6,0 chr10 38407885 . G GAAA 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=418;END=38407885;VD=181;AF=0.433;BIAS=2:2;REFBIAS=94:113;VARBIAS=89:91;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.47512;ODDRATIO=1.17521241964485;MQ=60.2;SN=180;HIAF=0.4615;ADJAF=0.0598;SHIFT3=6;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=180;HICOV=390;LSEQ=TAGAAGAGAACTTAAAGAGG;RSEQ=AAAAAACAATATGAAGATAG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:418:181:207,181:0.433:94,113:89,91 chr10 71026219 . T TA 163 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=47;END=71026219;VD=28;AF=0.5957;BIAS=0:1;REFBIAS=10:0;VARBIAS=28:0;PMEAN=24.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.9;SN=13;HIAF=0.5778;ADJAF=0.1489;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=26;HICOV=45;LSEQ=CAACAGAGTGAGACCATGTC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAATTAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:47:28:10,28:0.5957:10,0:28,0 chr10 71026510 . C A 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=425;END=71026510;VD=425;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=212:213;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46.222;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=416;HICOV=416;LSEQ=CAGCAGGCACAGAAGGAGAA;RSEQ=TAGGAACCCCTGGGATTGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:425:425:0,425:1:0,0:212,213 chr10 75016355 . G GT 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=192;END=75016355;VD=6;AF=0.0312;BIAS=1:0;REFBIAS=0:174;VARBIAS=0:6;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=12;HIAF=0.0361;ADJAF=0.0156;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=6;HICOV=166;LSEQ=AAGGTGGTAGGGAGAAAAAG;RSEQ=TTTTTTTTTTAAAAAATTCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:6:174,6:0.0312:0,174:0,6 chr10 75016365 . T A 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=75016365;VD=80;AF=0.479;BIAS=1:1;REFBIAS=0:84;VARBIAS=0:80;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=0.4845;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=78;HICOV=161;LSEQ=GGAGAAAAAGGTTTTTTTTT;RSEQ=AAAAAATTCCTCCTGGCCAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:80:84,80:0.479:0,84:0,80 chr10 75032481 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=126;END=75032481;VD=2;AF=0.0159;BIAS=1:0;REFBIAS=124:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0164;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=122;LSEQ=TTCTTGGTTCAGGTTTTTCT;RSEQ=GGATTTTTTAAAAAGATCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:2:124,2:0.0159:124,0:2,0 chr10 75057152 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=75057152;VD=2;AF=0.0156;BIAS=1:0;REFBIAS=0:126;VARBIAS=0:2;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0160;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=125;LSEQ=CACCATCATTACTAATTGAA;RSEQ=CAATGCAGAGCTCATACTAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:128:2:126,2:0.0156:0,126:0,2 chr10 75059454 . CA C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=372;END=75059455;VD=4;AF=0.0108;BIAS=2:0;REFBIAS=103:265;VARBIAS=0:4;PMEAN=27.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.57913;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0111;ADJAF=0.0027;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=360;LSEQ=AAAGAAAAAAAATAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAATTTATTATCTAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:372:4:368,4:0.0108:103,265:0,4 chr10 75071452 . 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AT A 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=382;END=75072468;VD=6;AF=0.0157;BIAS=2:2;REFBIAS=65:309;VARBIAS=1:5;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.05166;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0160;ADJAF=0.0026;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=375;LSEQ=ACTTGAAAGAAATACACATT;RSEQ=TTTTTTTTACCATTTAGTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:382:6:374,6:0.0157:65,309:1,5 chr10 75082608 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=75082608;VD=2;AF=0.0126;BIAS=1:0;REFBIAS=156:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=153;LSEQ=GCTATATATTTAATATCCTA;RSEQ=TATACCAACTGGTTCTAAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:2:157,2:0.0126:156,1:2,0 chr10 75091084 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=75091084;VD=3;AF=0.01;BIAS=2:0;REFBIAS=64:232;VARBIAS=0:3;PMEAN=25.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0071;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=282;LSEQ=TATATGCAAAAATAAAGTCA;RSEQ=TATAATTTAGGTTAAAGGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:299:3:296,3:0.01:64,232:0,3 chr10 75091381 . A G 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=75091381;VD=4;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:4;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.2727;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=3;HICOV=11;LSEQ=GCTCAGGAGGTCAAGGCTAT;RSEQ=GTGAGCCGTGATGGTGCTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:4:8,4:0.3333:0,8:0,4 chr10 75108375 . T TA 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=170;END=75108375;VD=3;AF=0.0176;BIAS=1:0;REFBIAS=1:158;VARBIAS=0:3;PMEAN=55.5;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0187;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=160;LSEQ=ATTGTCAAAGATATGTAAGT;RSEQ=AAAAAAAAATAAACTTGAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:3:159,3:0.0176:1,158:0,3 chr10 75114340 . G T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=75114340;VD=4;AF=0.0267;BIAS=1:0;REFBIAS=144:2;VARBIAS=4:0;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=3;HICOV=147;LSEQ=ACACACAGTAATGTGACTTG;RSEQ=AGATTAAGACTAACAATAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:150:4:146,4:0.0267:144,2:4,0 chr10 94113503 . A AATTCT 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=167;END=94113503;VD=17;AF=0.1018;BIAS=2:2;REFBIAS=83:61;VARBIAS=9:8;PMEAN=51.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.79767;ODDRATIO=1.20802;MQ=61.6;SN=34;HIAF=0.1056;ADJAF=0.012;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=5;NM=0.1;HICNT=17;HICOV=161;LSEQ=AATTCAATGACGACTACTAG;RSEQ=ATTCTTTTCAAAAGTTAACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:17:144,17:0.1018:83,61:9,8 chr10 94113708 . G T 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=63;END=94113708;VD=55;AF=0.873;BIAS=0:1;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:55;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=110;HIAF=0.8871;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=55;HICOV=62;LSEQ=GCTGGATTAGGTTAAATAAA;RSEQ=AATTTTTATGTTCTCTAGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:63:55:8,55:0.873:0,8:0,55 chr10 98105574 . C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=98105574;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:0;REFBIAS=187:59;VARBIAS=3:0;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=243;LSEQ=AAATCAGCCCCAAAGTGTTC;RSEQ=AGAGCTGTAAATGAAATTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:3:246,3:0.012:187,59:3,0 chr10 98105622 . T C 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=352;END=98105622;VD=160;AF=0.4545;BIAS=2:2;REFBIAS=120:70;VARBIAS=98:62;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.74058;ODDRATIO=1.0843;MQ=60;SN=159;HIAF=0.4663;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=159;HICOV=341;LSEQ=TAAGAAGCAGCTTGGCATCT;RSEQ=TCCTCTCCAAGTACAAAACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:352:160:190,160:0.4545:120,70:98,62 chr10 98105673 . TCTG T 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=405;END=98105676;VD=183;AF=0.4519;BIAS=2:2;REFBIAS=90:132;VARBIAS=90:93;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.08822;ODDRATIO=1.41807765393233;MQ=60;SN=182;HIAF=0.4527;ADJAF=0.0321;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.1;HICNT=182;HICOV=402;LSEQ=AACCCTGTTCCAGTGCCAGG;RSEQ=CTGCTCCTTGACTGAGCTGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:405:183:222,183:0.4519:90,132:90,93 chr10 100218895 . G T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=100218895;VD=5;AF=0.5556;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=31.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=5;HICOV=9;LSEQ=TTGGGAGAGGATGGGTTTTT;RSEQ=TAGGTCCACCCAGTTTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:5:4,5:0.5556:4,0:5,0 chr10 100219314 . G A 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=425;END=100219314;VD=212;AF=0.4988;BIAS=2:2;REFBIAS=98:112;VARBIAS=100:112;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.92263;ODDRATIO=1.02036651565242;MQ=60;SN=52;HIAF=0.4976;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=208;HICOV=418;LSEQ=CAGCAGGCCCACTGGTAGCC;RSEQ=TGAGTGTGAGGATAGCTTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:425:212:210,212:0.4988:98,112:100,112 chr10 100219374 . T A 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=333;END=100219374;VD=155;AF=0.4655;BIAS=2:2;REFBIAS=59:118;VARBIAS=66:89;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.08946;ODDRATIO=1.48132786229576;MQ=60;SN=37.75;HIAF=0.4675;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=151;HICOV=323;LSEQ=CATTGACATTCTTGACCACA;RSEQ=AAAAGCCCATGGTGACTGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:333:155:177,155:0.4655:59,118:66,89 chr10 100219519 . G A 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=100219519;VD=64;AF=0.4354;BIAS=1:1;REFBIAS=0:82;VARBIAS=1:63;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.43836;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=0.4336;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=62;HICOV=143;LSEQ=ACAGTGAGGAAAAACAGTAT;RSEQ=GGACTCATTATTGCATTATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:64:82,64:0.4354:0,82:1,63 chr10 100219683 . AC A 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=26;END=100219684;VD=13;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=1:12;VARBIAS=0:13;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4800;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=12;HICOV=25;LSEQ=CTCATTCAAACATCCCAACA;RSEQ=CCCCCCACTCCCCTGAGGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:26:13:13,13:0.5:1,12:0,13 chr10 103529893 . TG T 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=355;END=103529894;VD=7;AF=0.0197;BIAS=2:0;REFBIAS=236:65;VARBIAS=0:7;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=3e-05;ODDRATIO=0;MQ=53.7;SN=14;HIAF=0.0242;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=1;NM=4.9;HICNT=7;HICOV=289;LSEQ=CAAAAATAGAGCCTCTCTTT;RSEQ=TTTTAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:355:7:301,7:0.0197:236,65:0,7 chr10 103531112 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=156;END=103531112;VD=2;AF=0.0128;BIAS=1:0;REFBIAS=151:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=69;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=146;LSEQ=CCCAAGATGGCCCTGTGGCC;RSEQ=TCTGCCTACCTTGTTGGGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:2:152,2:0.0128:151,1:2,0 chr10 103534289 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=162;END=103534289;VD=2;AF=0.0123;BIAS=1:0;REFBIAS=159:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=157;LSEQ=TAGATTCATTCATTTGCTGG;RSEQ=CAGGGAAGGGGGCACCTGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:162:2:160,2:0.0123:159,1:2,0 chr10 103536054 . C G 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=103536054;VD=4;AF=0.6667;BIAS=2:0;REFBIAS=1:1;VARBIAS=0:4;PMEAN=11.2;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.33333;ODDRATIO=0;MQ=53;SN=8;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=4;HICOV=6;LSEQ=GATGCAGCCCGGGGCGGGGG;RSEQ=GGGGCGGCCGGGGAGGGGCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:4:2,4:0.6667:1,1:0,4 chr10 103536063 . C G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=103536063;VD=3;AF=0.6;BIAS=2:0;REFBIAS=1:1;VARBIAS=0:3;PMEAN=16;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.4;ODDRATIO=0;MQ=57.3;SN=2;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=CGGGGCGGGGGCGGGGCGGC;RSEQ=GGGGAGGGGCGGCCGACGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:5:3:2,3:0.6:1,1:0,3 chr10 103539883 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=103539883;VD=2;AF=0.0183;BIAS=1:0;REFBIAS=107:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0183;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=109;LSEQ=AGCGAGACCCATGGTTCCCA;RSEQ=CCAGGCCGCCCCTCCGCCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:2:107,2:0.0183:107,0:2,0 chr10 103540202 . T G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=223;END=103540202;VD=3;AF=0.0135;BIAS=2:2;REFBIAS=62:158;VARBIAS=1:2;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.27276661278621;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0093;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=215;LSEQ=CCTCCCCCTTGACTAGAGGC;RSEQ=GGGAGTGGGAGTTGGCCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:223:3:220,3:0.0135:62,158:1,2 chr10 103540291 . TTTTG T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=147;END=103540295;VD=2;AF=0.0136;BIAS=1:0;REFBIAS=2:142;VARBIAS=0:2;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0142;ADJAF=0;SHIFT3=17;MSI=5;MSILEN=4;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=141;LSEQ=GGTTGTCTGGGGAGGCAATG;RSEQ=TTTGTTTGTTTGTTTGTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:2:144,2:0.0136:2,142:0,2 chr10 103540518 . A C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=103540518;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=AATCCCTTAGTCCAGGAGGC;RSEQ=AATTCCCTGGGGCCCCTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr10 104590293 . G GA 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=492;END=104590293;VD=37;AF=0.0752;BIAS=2:2;REFBIAS=294:123;VARBIAS=29:7;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=37.2;QSTD=1;SBF=0.25068;ODDRATIO=1.73136188926209;MQ=60.5;SN=74;HIAF=0.0883;ADJAF=0.0061;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=37;HICOV=419;LSEQ=AACTACTCAGGGACCTTATG;RSEQ=AAAAAAAAAAACTGTTTATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:492:37:417,37:0.0752:294,123:29,7 chr10 104590965 . A G 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=97;END=104590965;VD=96;AF=0.9897;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=27:69;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=90;HICOV=90;LSEQ=TCAGGAAGGATGGAAAAGAG;RSEQ=TGGAATTAACCTATGAAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:97:96:0,96:0.9897:0,0:27,69 chr10 104591417 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=104591417;VD=2;AF=0.0107;BIAS=2:0;REFBIAS=49:136;VARBIAS=0:2;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=GTCTGGGACTTCGTACTCCC;RSEQ=TCCTTGCTCAGCCTCATGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:2:185,2:0.0107:49,136:0,2 chr10 104594444 . 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G A 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=105890184;VD=92;AF=0.5027;BIAS=1:1;REFBIAS=0:91;VARBIAS=0:92;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=184;HIAF=0.5055;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=92;HICOV=182;LSEQ=AAAGGCATATGCACTTGTAT;RSEQ=TTTACAGCAGCACTATCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:183:92:91,92:0.5027:0,91:0,92 chr10 105891070 . G GA 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=514;END=105891070;VD=7;AF=0.0136;BIAS=2:2;REFBIAS=328:153;VARBIAS=4:3;PMEAN=51.7;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=0.68518;ODDRATIO=1.60619;MQ=62.8;SN=14;HIAF=0.0150;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=7;HICOV=468;LSEQ=GAAACCTACAGTTGGTTAAA;RSEQ=AAAAAAAAGCATGCTTACCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:514:7:481,7:0.0136:328,153:4,3 chr10 105892372 . C CA 77 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=417;END=105892372;VD=5;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=258:118;VARBIAS=4:1;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.82691780696786;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=364;LSEQ=AAAAGAGCAAAACCCCATCT;RSEQ=AAAAAAAACAAAAAAAGATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:417:5:376,5:0.012:258,118:4,1 chr10 105892542 . GTGT G 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=555;END=105892545;VD=247;AF=0.445;BIAS=2:2;REFBIAS=139:169;VARBIAS=107:140;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.73098;ODDRATIO=1.076;MQ=60;SN=494;HIAF=0.4507;ADJAF=0.0577;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=247;HICOV=548;LSEQ=TCAACTCACCAAACATTTAA;RSEQ=TGTTCCACTTGAGTCCCACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:555:247:308,247:0.445:139,169:107,140 chr10 105911993 . C T 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=105911993;VD=11;AF=0.3793;BIAS=1:0;REFBIAS=18:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=27.2;PSTD=1;QUAL=32.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.5;HIAF=0.3600;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=9;HICOV=25;LSEQ=ATCTCACATAAATTACAATT;RSEQ=AGTAGCAATGAATGGTAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:11:18,11:0.3793:18,0:11,0 chr10 105912124 . A G 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=105912124;VD=3;AF=0.019;BIAS=1:0;REFBIAS=155:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=10.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0192;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=156;LSEQ=AAGCAAAGAAGTGTTGGTAG;RSEQ=CAGTATTACTGGCAGAGTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:3:155,3:0.019:155,0:3,0 chr10 105920661 . A T 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=205;END=105920661;VD=105;AF=0.5122;BIAS=1:1;REFBIAS=100:0;VARBIAS=105:0;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.5098;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=104;HICOV=204;LSEQ=TATCTCCACTTACTTCTCCA;RSEQ=ATTCTCTTGAGAATTTAAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:205:105:100,105:0.5122:100,0:105,0 chr10 105920990 . G GT 63 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=288;END=105920990;VD=4;AF=0.0139;BIAS=2:0;REFBIAS=70:193;VARBIAS=0:4;PMEAN=52.6;PSTD=1;QUAL=31.9;QSTD=1;SBF=0.5757;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=3;HIAF=0.0127;ADJAF=0.0035;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=236;LSEQ=TAGTACAGTAAAAGCTCAGA;RSEQ=TTTTTTTTAAAAAGCCCTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:288:4:263,4:0.0139:70,193:0,4 chr10 105927104 . T C 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=105927104;VD=16;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=16:0;VARBIAS=15:1;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7;HIAF=0.4828;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=14;HICOV=29;LSEQ=GTGGATGAAGACAACCTCTG;RSEQ=GCAGGATAAGAGCAGAACAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:32:16:16,16:0.5:16,0:15,1 chr10 105938710 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=105938710;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=179:17;VARBIAS=2:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=193;LSEQ=GGGAGGTATAGTTCCTCAGG;RSEQ=TAGAACAAAATTAAGTTCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:2:196,2:0.0101:179,17:2,0 chr10 105942421 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=234;END=105942421;VD=3;AF=0.0128;BIAS=1:0;REFBIAS=1:230;VARBIAS=0:3;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0088;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=226;LSEQ=ATTCTTCACAGTGCCTTGTG;RSEQ=AAACTTCTTCAGTGCCTACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:234:3:231,3:0.0128:1,230:0,3 chr10 105942460 . C CT 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=156;END=105942460;VD=5;AF=0.0321;BIAS=1:0;REFBIAS=0:142;VARBIAS=0:5;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=4;HIAF=0.0296;ADJAF=0.0064;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=4;HICOV=135;LSEQ=CTTCTTTTGCAGAATTTCTT;RSEQ=TTTTTTTTTTAATTTTTATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:5:142,5:0.0321:0,142:0,5 chr10 105945707 . AT A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=338;END=105945708;VD=7;AF=0.0207;BIAS=2:2;REFBIAS=231:100;VARBIAS=5:2;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.08200517198472;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0213;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=7;HICOV=329;LSEQ=TCAATATATACACCCACAAT;RSEQ=TTTTTTTTAAGAAAGCAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:338:7:331,7:0.0207:231,100:5,2 chr10 105945842 . C T 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=486;END=105945842;VD=247;AF=0.5082;BIAS=2:2;REFBIAS=102:134;VARBIAS=113:134;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.584;ODDRATIO=1.10760369939636;MQ=60;SN=60.75;HIAF=0.5283;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=243;HICOV=460;LSEQ=TCCATACTGTCTGCTTTGTA;RSEQ=TTTTTTGTATGGTTTAAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:486:247:236,247:0.5082:102,134:113,134 chr10 105946101 . A T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=101;END=105946101;VD=2;AF=0.0198;BIAS=1:0;REFBIAS=0:98;VARBIAS=0:2;PMEAN=46.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0208;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=96;LSEQ=ATAAAAGTTTGTTTCTGCCA;RSEQ=CTAAGTAAAGTCTTCTTTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:101:2:98,2:0.0198:0,98:0,2 chr10 105963328 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=105963328;VD=3;AF=0.0126;BIAS=2:0;REFBIAS=204:32;VARBIAS=3:0;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0092;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=217;LSEQ=ACCTAGAGTCTTGACAAGTA;RSEQ=AGTACCACTGTGCAGCATAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:239:3:236,3:0.0126:204,32:3,0 chr10 105965809 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=105965809;VD=3;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=82:169;VARBIAS=1:2;PMEAN=27.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03039670273055;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=238;LSEQ=CTTCTGGAAAAGAAAAACAA;RSEQ=GTAAAGCAGGTGACGTAATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:3:251,3:0.0118:82,169:1,2 chr10 105967729 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=161;END=105967730;VD=2;AF=0.0124;BIAS=1:0;REFBIAS=0:159;VARBIAS=0:2;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=ATTGAGCATTCATCATAATA;RSEQ=TTTTTTTAAGGACAGACTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:2:159,2:0.0124:0,159:0,2 chr10 105973789 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=105973789;VD=2;AF=0.0177;BIAS=1:0;REFBIAS=111:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=70.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=110;LSEQ=ATATTTTAAATAAATTAATT;RSEQ=GGAAACAAGTCATAGAGAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:2:111,2:0.0177:111,0:2,0 chr10 105991884 . T G 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=305;END=105991884;VD=305;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=222:83;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=151.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=303;HICOV=303;LSEQ=GAGAGGAGGGAGGAGGGGAC;RSEQ=TGGGGCAGGAGGTTCCGCGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:305:305:0,305:1:0,0:222,83 chr10 106113876 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=106113876;VD=2;AF=0.0161;BIAS=1:0;REFBIAS=3:119;VARBIAS=0:2;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0164;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=122;LSEQ=TGTGGACACCCCACTATCCC;RSEQ=ACTGTGGCATCGGCGCTATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:2:122,2:0.0161:3,119:0,2 chr10 106130801 . G A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=452;END=106130801;VD=225;AF=0.4978;BIAS=2:2;REFBIAS=77:146;VARBIAS=81:144;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.76734;ODDRATIO=1.06638229805385;MQ=60;SN=31.143;HIAF=0.4943;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=218;HICOV=441;LSEQ=CCTAAAAAATCAGATTGTGG;RSEQ=ATTAGAGAGAGGTAAACCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:452:225:223,225:0.4978:77,146:81,144 chr10 106151943 . GCACAGATGGGCTATTTAAC G 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=411;END=106151962;VD=214;AF=0.5207;BIAS=2:2;REFBIAS=147:50;VARBIAS=140:74;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.05265;ODDRATIO=1.55231;MQ=60;SN=428;HIAF=0.5258;ADJAF=0.1387;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=214;HICOV=407;LSEQ=CATTTGTCCTGAACCAATAA;RSEQ=CACATTCATATATGTCTTTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:411:214:197,214:0.5207:147,50:140,74 chr10 106152247 . T TA 145 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=226;END=106152247;VD=14;AF=0.0619;BIAS=1:1;REFBIAS=4:196;VARBIAS=0:14;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=38.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=28;HIAF=0.0683;ADJAF=0.0133;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=14;HICOV=205;LSEQ=TGGCAGAATTTAGAATAGAT;RSEQ=AAAAAAAAAACTCATGGAAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:226:14:200,14:0.0619:4,196:0,14 chr10 106153409 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=106153409;VD=2;AF=0.0121;BIAS=1:0;REFBIAS=1:162;VARBIAS=0:2;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=GAGGATGAGCTTTACCATCT;RSEQ=TAGGTCAGGGCTCCTTACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:2:163,2:0.0121:1,162:0,2 chr10 106158933 . AGT A 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=189;END=106158935;VD=80;AF=0.4233;BIAS=1:1;REFBIAS=95:1;VARBIAS=77:3;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.33111;ODDRATIO=3.67557;MQ=60;SN=160;HIAF=0.4278;ADJAF=0.0317;SHIFT3=24;MSI=13;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=80;HICOV=187;LSEQ=TGCATTGCTATTTCTTTATG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:80:96,80:0.4233:95,1:77,3 chr10 106159126 . G T 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=525;END=106159126;VD=231;AF=0.44;BIAS=2:2;REFBIAS=187:106;VARBIAS=144:87;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.78443;ODDRATIO=1.06571;MQ=60;SN=37.5;HIAF=0.4369;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=225;HICOV=515;LSEQ=ACTCTTTGTCAGGCTGAGCT;RSEQ=CAGAAGCTGAGACAACAAGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:525:231:293,231:0.44:187,106:144,87 chr10 106159305 . G A 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=410;END=106159305;VD=195;AF=0.4756;BIAS=2:2;REFBIAS=43:170;VARBIAS=48:147;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.28716;ODDRATIO=1.29010617573826;MQ=60;SN=194;HIAF=0.4826;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=194;HICOV=402;LSEQ=AGACCTTGTCAACAGACACG;RSEQ=GTATTTAATTCCACCCTTCG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:410:195:213,195:0.4756:43,170:48,147 chr10 106159641 . C T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=106159641;VD=6;AF=0.8571;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:6;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.8571;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=6;HICOV=7;LSEQ=CTCAAACCTTATCACGATGT;RSEQ=GGCACATTACCCATCCAACA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:6:1,6:0.8571:0,1:0,6 chr10 106163425 . A C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=231;END=106163425;VD=123;AF=0.5325;BIAS=2:2;REFBIAS=88:20;VARBIAS=99:24;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.8683;ODDRATIO=1.0664;MQ=60;SN=122;HIAF=0.5471;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=122;HICOV=223;LSEQ=GTGTGTATGCAACTAATTAA;RSEQ=GATAGATAGGATATTCAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:231:123:108,123:0.5325:88,20:99,24 chr10 106163753 . T C 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=106163753;VD=83;AF=0.5971;BIAS=1:1;REFBIAS=0:55;VARBIAS=0:83;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40.5;HIAF=0.5956;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=81;HICOV=136;LSEQ=TATCTGATGTAAATTGAGTT;RSEQ=TCTCAGAACCAGATGGTTCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:139:83:55,83:0.5971:0,55:0,83 chr10 106166570 . G A 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=412;END=106166570;VD=220;AF=0.534;BIAS=2:2;REFBIAS=59:133;VARBIAS=78:142;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.34581;ODDRATIO=1.23759312888295;MQ=60;SN=72.333;HIAF=0.5332;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=217;HICOV=407;LSEQ=AGGTAGCATTTTTGTTTTCT;RSEQ=TACTCATTGTACAAGTCCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:412:220:192,220:0.534:59,133:78,142 chr10 106207269 . G C 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=106207269;VD=35;AF=0.4321;BIAS=1:1;REFBIAS=46:0;VARBIAS=35:0;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.4359;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=34;HICOV=78;LSEQ=ACTTGTATCCAAATGTTGGG;RSEQ=ACATTCCCAGCCCTTCATAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:35:46,35:0.4321:46,0:35,0 chr10 106207368 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=106207368;VD=2;AF=0.0104;BIAS=1:0;REFBIAS=186:4;VARBIAS=2:0;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=190;LSEQ=GTGAAGTAGCTTGGGCCACT;RSEQ=CCAAATTGTGCTGGCCATGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:2:190,2:0.0104:186,4:2,0 chr10 106214015 . G GT 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=158;END=106214015;VD=2;AF=0.0127;BIAS=1:0;REFBIAS=150:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=18.2;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.4;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0.0063;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=TTGTCTTGCCCTAATTTTAT;RSEQ=TTTTTTTCAGTGAACACCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:2:150,2:0.0127:150,0:2,0 chr10 106214324 . A G 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=106214324;VD=148;AF=0.495;BIAS=2:2;REFBIAS=36:114;VARBIAS=30:118;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.48649;ODDRATIO=1.2412;MQ=60;SN=23.667;HIAF=0.4880;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=142;HICOV=291;LSEQ=TGTTTCCAGTTGAACAACTC;RSEQ=TGAAATCTGCTCTGGGACAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:299:148:150,148:0.495:36,114:30,118 chr10 112679124 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=112679124;VD=2;AF=0.0952;BIAS=1:0;REFBIAS=19:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=65.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=16;LSEQ=GGGAGACGGCGTAGAGGAAC;RSEQ=GAGGAAAGGACAAGGGCGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:21:2:19,2:0.0952:19,0:2,0 chr10 112679150 . A G 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=112679150;VD=15;AF=0.4412;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4242;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=3.7;HICNT=14;HICOV=33;LSEQ=AAGGACAAGGGCGGAGAGAG;RSEQ=GAAGCTGGCGGCACTGCCCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:15:19,15:0.4412:19,0:15,0 chr10 112679191 . C T 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=112679191;VD=22;AF=0.4889;BIAS=1:1;REFBIAS=23:0;VARBIAS=22:0;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=0.4773;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=21;HICOV=44;LSEQ=TCTCTGATTGGGCAGCTTCT;RSEQ=TTGCCCCGGTTCCGCCCATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:45:22:23,22:0.4889:23,0:22,0 chr10 112679403 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=112679403;VD=2;AF=0.0119;BIAS=2:2;REFBIAS=101:65;VARBIAS=1:1;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.5496;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=GCGAGGAGGATGGCGGAGTC;RSEQ=GGGCTCCTGACGGTAACTCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:168:2:166,2:0.0119:101,65:1,1 chr10 112679613 . T G 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=111;END=112679613;VD=43;AF=0.3874;BIAS=1:1;REFBIAS=0:68;VARBIAS=0:43;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.5;HIAF=0.4020;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=41;HICOV=102;LSEQ=GCCGCCGCTTTCCTGGTTGC;RSEQ=GTCTCCGGGAGTGCGGGGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:111:43:68,43:0.3874:0,68:0,43 chr10 112725138 . G GT 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=24;END=112725138;VD=6;AF=0.25;BIAS=1:0;REFBIAS=0:18;VARBIAS=0:6;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.2609;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=6;HICOV=23;LSEQ=AATTTTCAAGTTGTTGCTGT;RSEQ=TTTAAAGTATCTGTTGATAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:24:6:18,6:0.25:0,18:0,6 chr10 112745766 . T C 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=112745766;VD=44;AF=0.5238;BIAS=1:1;REFBIAS=0:40;VARBIAS=0:44;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43;HIAF=0.5375;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=43;HICOV=80;LSEQ=AATATTGAGTTACATGTATA;RSEQ=ATATTCTGTCATAGTTTGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:84:44:40,44:0.5238:0,40:0,44 chr10 112760544 . A G 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=112760544;VD=67;AF=0.971;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:67;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.333;HIAF=0.9697;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=64;HICOV=66;LSEQ=GAAAAAGGGAAAAACTAGGA;RSEQ=GAAAGTAAGTGTGCTGTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:69:67:0,67:0.971:0,0:0,67 chr10 112764594 . T C 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=368;END=112764594;VD=367;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=68:299;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60.167;HIAF=0.9972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=361;HICOV=362;LSEQ=AGGGAAAGGAATTGCTTTAA;RSEQ=TGGTACTTCCACTAATATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:368:367:0,367:0.9973:0,0:68,299 chr10 112768850 . A C 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=112768850;VD=65;AF=0.4676;BIAS=1:1;REFBIAS=73:0;VARBIAS=65:0;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=60;HICOV=130;LSEQ=CTATGGTGTTTTTTTAGAAA;RSEQ=GTAAGTTAAATATTTTATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:139:65:73,65:0.4676:73,0:65,0 chr10 112769709 . AT A 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=145;END=112769710;VD=9;AF=0.0621;BIAS=1:0;REFBIAS=0:135;VARBIAS=0:9;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0652;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=9;HICOV=138;LSEQ=GAGGTTATATCAGGCTTAAG;RSEQ=TTTTTTTTTTAATAGAGCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:9:135,9:0.0621:0,135:0,9 chr10 112771338 . TA T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=576;END=112771339;VD=6;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=368:201;VARBIAS=4:2;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.09223963737644;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=6;HICOV=570;LSEQ=TTAAAATAGCAACTAATTTT;RSEQ=AAAAAAAATTGATTTTTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:576:6:569,6:0.0104:368,201:4,2 chr10 112771351 . AT A 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=577;END=112771352;VD=9;AF=0.0156;BIAS=2:2;REFBIAS=364:200;VARBIAS=6:3;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.09873206319907;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0163;ADJAF=0.0017;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=9;HICOV=553;LSEQ=TAATTTTTAAAAAAAAATTG;RSEQ=TTTTTTTTTAAACAGGTACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:577:9:564,9:0.0156:364,200:6,3 chr10 112772191 . G GA 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=728;END=112772191;VD=41;AF=0.0563;BIAS=2:2;REFBIAS=318:283;VARBIAS=18:23;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.33237;ODDRATIO=1.43498;MQ=60.5;SN=40;HIAF=0.0688;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=40;HICOV=581;LSEQ=GTGAAAGGTATTTGCTTGTT;RSEQ=AAAAAAAAAACTGGCAAAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:728:41:601,41:0.0563:318,283:18,23 chr10 112773079 . A G 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=617;END=112773079;VD=295;AF=0.4781;BIAS=2:2;REFBIAS=145:173;VARBIAS=129:166;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.68451;ODDRATIO=1.07842;MQ=60;SN=31.778;HIAF=0.4839;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=286;HICOV=591;LSEQ=GTGTGTTTTTTTTTTTTTCC;RSEQ=TTTAGTTGGGCGTTGTGTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:617:295:318,295:0.4781:145,173:129,166 chr10 112773341 . CT C 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=649;END=112773342;VD=26;AF=0.0401;BIAS=2:2;REFBIAS=277:343;VARBIAS=11:15;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.84345;ODDRATIO=1.10105;MQ=60;SN=52;HIAF=0.0417;ADJAF=0.0046;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=26;HICOV=623;LSEQ=TTTACCAAGTAATATCCTTT;RSEQ=TTTTTTTTTCCCCCCATCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:649:26:620,26:0.0401:277,343:11,15 chr10 112773352 . C T 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=622;END=112773352;VD=8;AF=0.0129;BIAS=2:2;REFBIAS=264:342;VARBIAS=5:3;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.30735;ODDRATIO=2.15638073058179;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=574;LSEQ=ATATCCTTTCTTTTTTTTTT;RSEQ=CCCCCATCTGCTGTGGCTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:622:8:606,8:0.0129:264,342:5,3 chr10 112773661 . A G 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=86;END=112773661;VD=55;AF=0.6395;BIAS=1:1;REFBIAS=1:30;VARBIAS=0:55;PMEAN=29.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.36047;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.5;HIAF=0.6310;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=53;HICOV=84;LSEQ=AGTCATGCTGTGTGTAAACA;RSEQ=TATAATGACAAGTTATAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:86:55:31,55:0.6395:1,30:0,55 chr10 120789263 . G C 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=120789263;VD=165;AF=0.9375;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=124:41;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.5;HIAF=0.9521;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=159;HICOV=167;LSEQ=AGGCTCGGCGTGTCCCTTCC;RSEQ=TCCGGCCCGCGCCGGCGGCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:176:165:2,165:0.9375:2,0:124,41 chr10 120789634 . GGAC G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=393;END=120789637;VD=4;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=211:178;VARBIAS=2:2;PMEAN=55;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.18488;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=5;MSILEN=3;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=389;LSEQ=GGGCCGCCCGACTACGACGA;RSEQ=GACGACGACGACAGCGACGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:393:4:389,4:0.0102:211,178:2,2 chr10 120789812 . CCCG C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=424;END=120789815;VD=10;AF=0.0236;BIAS=2:2;REFBIAS=231:182;VARBIAS=2:8;PMEAN=52.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.04797;ODDRATIO=5.05977;MQ=60;SN=20;HIAF=0.0239;ADJAF=0;SHIFT3=17;MSI=6;MSILEN=3;NM=0.1;HICNT=10;HICOV=418;LSEQ=CCGTGCTGCTGGGCTGCGCG;RSEQ=CCGCCGCCGCCGCCGCCACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:424:10:413,10:0.0236:231,182:2,8 chr10 120789830 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=405;END=120789830;VD=6;AF=0.0148;BIAS=2:2;REFBIAS=205:193;VARBIAS=4:2;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.6863;ODDRATIO=1.88008798811784;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0153;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=3;NM=3.5;HICNT=6;HICOV=393;LSEQ=CGCCCGCCGCCGCCGCCGCC;RSEQ=CCACCACCACCAGCGAGGCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:405:6:398,6:0.0148:205,193:4,2 chr10 122619466 . T TAC 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=169;END=122619466;VD=72;AF=0.426;BIAS=1:1;REFBIAS=74:1;VARBIAS=71:1;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04197;MQ=60.6;SN=144;HIAF=0.4800;ADJAF=0.0473;SHIFT3=24;MSI=13;MSILEN=2;NM=0.6;HICNT=72;HICOV=150;LSEQ=TTTTTTCTCTGGAATATTGA;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:72:75,72:0.426:74,1:71,1 chr10 122622108 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=122622108;VD=3;AF=0.018;BIAS=1:0;REFBIAS=164:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=TTCAACTTAGAGAACATTCC;RSEQ=ATTATGTTATGAATGCATAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:3:164,3:0.018:164,0:3,0 chr10 122622648 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=122622648;VD=2;AF=0.0323;BIAS=1:0;REFBIAS=0:60;VARBIAS=0:2;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=52;LSEQ=TTCCACTAGCTGTGCTAAAC;RSEQ=TCCCCACTGACTTTTATAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:62:2:60,2:0.0323:0,60:0,2 chr10 122624833 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=221;END=122624833;VD=3;AF=0.0136;BIAS=2:0;REFBIAS=18:200;VARBIAS=0:3;PMEAN=48.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0094;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=213;LSEQ=AGTTCTCCACTTTCTCTTTT;RSEQ=AATTTATCAAAAGACTAGCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:221:3:218,3:0.0136:18,200:0,3 chr10 122624869 . GT G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=203;END=122624870;VD=4;AF=0.0197;BIAS=2:0;REFBIAS=28:169;VARBIAS=0:4;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0215;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=186;LSEQ=TAGCAACACTATTTTAGATT;RSEQ=TTTTTTTGTCTGCACTTTTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:203:4:197,4:0.0197:28,169:0,4 chr10 122625035 . A AT 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=147;END=122625035;VD=2;AF=0.0136;BIAS=2:2;REFBIAS=121:18;VARBIAS=1:1;PMEAN=25.3;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.25218;ODDRATIO=6.56991;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0148;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=2;HICOV=135;LSEQ=TTAAAGTTTGGGATTTGTCT;RSEQ=TTTTTTTTTCTTTTGCCCAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:2:139,2:0.0136:121,18:1,1 chr10 122625053 . 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TA T 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=200;END=122631007;VD=175;AF=0.875;BIAS=1:1;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:175;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=350;HIAF=0.8794;ADJAF=0.07;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=175;HICOV=199;LSEQ=TAAATACTCATCCTGGAACT;RSEQ=AAAAAAAAAAAATTTCTGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:200:175:15,175:0.875:0,15:0,175 chr10 122633702 . T G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=122633702;VD=19;AF=0.5;BIAS=2:1;REFBIAS=1:4;VARBIAS=0:19;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.20833;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=16;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=19;HICOV=38;LSEQ=TTTGCAGTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=TTGTTGTTGTTGTTGTTGTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:38:19:5,19:0.5:1,4:0,19 chr10 122640168 . C CA 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=108;END=122640168;VD=10;AF=0.0926;BIAS=1:0;REFBIAS=85:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=20;HIAF=0.1042;ADJAF=0.0093;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=10;HICOV=96;LSEQ=GTAACAAAGTGAGACCATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAACCCGAAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:108:10:85,10:0.0926:85,0:10,0 chr10 122640427 . T TA 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=308;END=122640427;VD=4;AF=0.013;BIAS=2:2;REFBIAS=112:177;VARBIAS=1:3;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.89454;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=4;HICOV=287;LSEQ=ATTTGAAGTAAGTGTCAACC;RSEQ=AAAAAAAAATCTATGGTGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:308:4:289,4:0.013:112,177:1,3 chr10 122646086 . A T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=228;END=122646086;VD=3;AF=0.0132;BIAS=2:0;REFBIAS=213:12;VARBIAS=3:0;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0090;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=222;LSEQ=ATTAGTTTCAGACTTTTAAA;RSEQ=AAATAGTTTTGGACCTCCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:228:3:225,3:0.0132:213,12:3,0 chr10 122646160 . G GA 116 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=394;END=122646160;VD=10;AF=0.0254;BIAS=2:2;REFBIAS=276:85;VARBIAS=7:3;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.70654;ODDRATIO=1.39026;MQ=63.2;SN=9;HIAF=0.0251;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=9;HICOV=359;LSEQ=TTATGAGTATCACTCTAGGG;RSEQ=AAAAAAAAACATCTTTATCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:394:10:361,10:0.0254:276,85:7,3 chr10 122650467 . G T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=359;END=122650467;VD=4;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=63:292;VARBIAS=1:3;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.54572;ODDRATIO=1.54282893112812;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0086;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=348;LSEQ=CCACAAGCTCTTGTATTTTG;RSEQ=GGAGAGAGCTGCTGCTTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:359:4:355,4:0.0111:63,292:1,3 chr10 122659440 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=122659440;VD=3;AF=0.0197;BIAS=1:0;REFBIAS=149:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0140;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=143;LSEQ=CTCAGTTGTTCCAGATTTAC;RSEQ=TGTTGCTCTCTGCTGACTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:3:149,3:0.0197:149,0:3,0 chr10 122659545 . T A 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=329;END=122659545;VD=4;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=180:144;VARBIAS=2:2;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.24914;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0095;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=3;HICOV=317;LSEQ=TTTCTTTGTTGTCTAGAGCC;RSEQ=GTGTGGTGCCCCTATCTCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:329:4:324,4:0.0122:180,144:2,2 chr10 122660588 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=301;END=122660588;VD=4;AF=0.0133;BIAS=2:2;REFBIAS=158:139;VARBIAS=1:3;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.34647;ODDRATIO=3.39723;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=283;LSEQ=AAATAAAGAATCTCCTCCAA;RSEQ=AACAGTTGAATTCATTGTCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:301:4:297,4:0.0133:158,139:1,3 chr10 122662919 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=126;END=122662919;VD=2;AF=0.0159;BIAS=1:0;REFBIAS=0:124;VARBIAS=0:2;PMEAN=49.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0160;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=125;LSEQ=GTAGTCCCAGCTACTCAGGA;RSEQ=GCTGAGGGAGGAGAATCACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:2:124,2:0.0159:0,124:0,2 chr10 122663420 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=122663420;VD=2;AF=0.0177;BIAS=1:0;REFBIAS=111:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0185;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=108;LSEQ=AAATTCTTATTAAATGTTTG;RSEQ=GGTGCTGTAAAGTTGATTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:2:111,2:0.0177:111,0:2,0 chr10 122665285 . A C 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=278;END=122665285;VD=277;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=226:51;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=272;HICOV=272;LSEQ=GTGTGCTAGTCAAGCAGAGC;RSEQ=TAGCCTGTATTTCATAGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:278:277:0,277:0.9964:0,0:226,51 chr10 122665844 . C T 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=742;END=122665844;VD=379;AF=0.5108;BIAS=2:2;REFBIAS=166:197;VARBIAS=171:208;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.88292;ODDRATIO=1.02494;MQ=60;SN=53.143;HIAF=0.5131;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=372;HICOV=725;LSEQ=TAGAGCAACTGAGAGGAGGC;RSEQ=CAGAGAGCAGGGGGAGAGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:742:379:363,379:0.5108:166,197:171,208 chr10 129882699 . A G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=129882699;VD=4;AF=0.3077;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.3077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=4;HICOV=13;LSEQ=CAAATGCAACCCCAGGACAC;RSEQ=TTATTGTTCTGATAGATGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:4:9,4:0.3077:9,0:4,0 chr10 129883083 . CATTT C 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=435;END=129883087;VD=203;AF=0.4667;BIAS=2:2;REFBIAS=111:120;VARBIAS=110:93;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.2121;ODDRATIO=1.2779552715655;MQ=60;SN=202;HIAF=0.4720;ADJAF=0.0368;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=202;HICOV=428;LSEQ=GAAGGTGACATTTCTCTGGT;RSEQ=ATTTGAGAGTTCGAAGTCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:435:203:231,203:0.4667:111,120:110,93 chr10 129883110 . T C 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=399;END=129883110;VD=193;AF=0.4837;BIAS=2:2;REFBIAS=89:117;VARBIAS=96:97;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.19368;ODDRATIO=1.30017032231222;MQ=60;SN=31.167;HIAF=0.4795;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=187;HICOV=390;LSEQ=TTGAGAGTTCGAAGTCAAAG;RSEQ=CGAGGGGCACCGGCTTTGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:399:193:206,193:0.4837:89,117:96,97 chr10 129883121 . C A 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=381;END=129883121;VD=188;AF=0.4934;BIAS=2:2;REFBIAS=79:114;VARBIAS=87:101;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.30319;ODDRATIO=1.24229775392566;MQ=60;SN=61.667;HIAF=0.4960;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=185;HICOV=373;LSEQ=AAGTCAAAGTCGAGGGGCAC;RSEQ=GGCTTTGGTTCATGTCTAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:381:188:193,188:0.4934:79,114:87,101 chr10 129883370 . A G 143 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=129883370;VD=21;AF=0.3621;BIAS=1:1;REFBIAS=0:37;VARBIAS=0:21;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.3396;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=18;HICOV=53;LSEQ=GCCACTTTCCCCAGGACGCA;RSEQ=GACTCTCCCCTCCACTGTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:21:37,21:0.3621:0,37:0,21 chr10 135367059 . T C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=135367059;VD=10;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=TCACTGAGGCAGCCTTTGGC;RSEQ=GAGATGCTTATCCTTATCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:10:10:0,10:1:0,0:10,0 chr10 135367316 . C A 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=135367316;VD=191;AF=0.9845;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=191:0;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46.75;HIAF=0.9842;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=187;HICOV=190;LSEQ=AACTATTTCACTGTATAGAA;RSEQ=TTCCAGTATAATGAACAGTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:194:191:0,191:0.9845:0,0:191,0 chr10 135367320 . CA C 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=206;END=135367321;VD=203;AF=0.9854;BIAS=0:1;REFBIAS=3:0;VARBIAS=201:2;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.6;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1165;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=198;HICOV=198;LSEQ=ATTTCACTGTATAGAACTTC;RSEQ=GTATAATGAACAGTATTTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:206:203:3,203:0.9854:3,0:201,2 chr10 135367430 . C CT 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=464;END=135367430;VD=421;AF=0.9073;BIAS=2:2;REFBIAS=36:6;VARBIAS=264:156;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.00343;ODDRATIO=3.53757;MQ=60;SN=69.167;HIAF=0.8887;ADJAF=0.0905;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=415;HICOV=467;LSEQ=GAAGCTGACTATTTATTAGT;RSEQ=TTTTTTTTTCACATGAATAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:464:421:42,421:0.9073:36,6:264,156 chr10 135367655 . A G 331 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=606;END=135367655;VD=605;AF=0.9983;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=289:316;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=590;HICOV=590;LSEQ=TAAAAGTCATGTTTGATAGT;RSEQ=TATTGCCAGTTTGTTTAAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:606:605:0,605:0.9983:0,0:289,316 chr10 135368146 . A AT 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=120;END=135368146;VD=4;AF=0.0333;BIAS=2:2;REFBIAS=94:16;VARBIAS=2:2;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=29.1;QSTD=1;SBF=0.11675;ODDRATIO=5.73472;MQ=63.6;SN=3;HIAF=0.0278;ADJAF=0.0083;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=3;HICOV=108;LSEQ=CTCACTGATCCTCATTTTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTAATTTCAGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:4:110,4:0.0333:94,16:2,2 chr10 135368163 . A G 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=135368163;VD=131;AF=0.9924;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=116:15;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=126;HICOV=126;LSEQ=TTAATTTTTTTTTTAATTTC;RSEQ=GGGAGTCTGTGTAGTCCAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:132:131:0,131:0.9924:0,0:116,15 chr10 135368325 . A C 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=344;END=135368325;VD=343;AF=0.9971;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=257:86;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.25291;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=339;HICOV=339;LSEQ=CCCAGAAGAAGCTGGCAGGT;RSEQ=CCAGAGATGAGCAATCCAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:344:343:1,343:0.9971:0,1:257,86 chr10 135368452 . A G 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=512;END=135368452;VD=507;AF=0.9902;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=296:211;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100.4;HIAF=0.9941;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=502;HICOV=505;LSEQ=TCAGTCACAGGAGACTGGGG;RSEQ=TCTTGGGCCTGACCCCTACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:512:507:0,507:0.9902:0,0:296,211 chr10 135368462 . T C 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=515;END=135368462;VD=514;AF=0.9981;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=294:220;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72.429;HIAF=0.9980;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=507;HICOV=508;LSEQ=GAGACTGGGGATCTTGGGCC;RSEQ=GACCCCTACTCCTCACCAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:515:514:0,514:0.9981:0,0:294,220 chr10 135368489 . A AGCTGAGACGG 331 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=588;END=135368489;VD=576;AF=0.9796;BIAS=2:2;REFBIAS=12:7;VARBIAS=292:283;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.35403;ODDRATIO=1.66005;MQ=60;SN=575;HIAF=0.9664;ADJAF=0.2755;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=575;HICOV=595;LSEQ=TACTCCTCACCAGTAGACTT;RSEQ=GCTGTATCAAAATAGCTCCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:588:576:19,576:0.9796:12,7:292,283 chr10 135368590 . T C 328 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=504;END=135368590;VD=502;AF=0.996;BIAS=0:2;REFBIAS=0:2;VARBIAS=207:295;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.51498;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=166.333;HIAF=0.9980;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=499;HICOV=500;LSEQ=GGACATCAGGCCCTGCTTGG;RSEQ=GTGCAGCTCCAGGTCTTTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:504:502:2,502:0.996:0,2:207,295 chr10 135368709 . C A 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=399;END=135368709;VD=398;AF=0.9975;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=171:227;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.615;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=385;HICOV=386;LSEQ=GTCCCCTCCTGCCCCATCAC;RSEQ=ACCTTGGGTGGACCCAGTAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:399:398:0,398:0.9975:0,0:171,227 chr10 135368835 . C T 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=422;END=135368835;VD=417;AF=0.9882;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=229:188;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.85;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=397;HICOV=397;LSEQ=TAGCTGTTTCTGTTCCCTGA;RSEQ=GCCCACTTCTGGGGCTTACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:422:417:0,417:0.9882:0,0:229,188 chr10 135368967 . G A 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=501;END=135368967;VD=498;AF=0.994;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=273:225;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.8;HIAF=0.9959;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=488;HICOV=490;LSEQ=ACAGGAAGAGGTAGGATGGG;RSEQ=GAAGGAAGAGGAGGAAAGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:501:498:0,498:0.994:0,0:273,225 chr10 135369054 . A G 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=607;END=135369054;VD=605;AF=0.9967;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=347:258;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74.625;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=597;HICOV=599;LSEQ=GAGAGAGGAGATACAACATC;RSEQ=GTCATCTTCCTGGTGGGGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:607:605:0,605:0.9967:0,0:347,258 chr10 135369258 . C T 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=668;END=135369258;VD=664;AF=0.994;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=334:330;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72.778;HIAF=0.9985;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=655;HICOV=656;LSEQ=GCACCGGCCACTCCCTCCTC;RSEQ=CACCCTCTTCCCCTCCACAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:668:664:0,664:0.994:0,0:334,330 chr10 135369532 . T C 327 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=534;END=135369532;VD=528;AF=0.9888;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=159:369;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=65;HIAF=0.9905;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=520;HICOV=525;LSEQ=TGTCCAGGGCACAAATCTCC;RSEQ=TTGCCAGCCGCTCTGGCATC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:534:528:0,528:0.9888:0,0:159,369 chr10 135369643 . T C 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=135369643;VD=266;AF=0.9744;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:252;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=87.667;HIAF=0.9813;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=263;HICOV=268;LSEQ=CTTGTTTCATACTTACTCAC;RSEQ=ATGCCTCACTTCCAACAACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:273:266:0,266:0.9744:0,0:14,252 chr10 135369693 . C T 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=203;END=135369693;VD=107;AF=0.5271;BIAS=1:1;REFBIAS=0:95;VARBIAS=0:107;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9.7;HIAF=0.5105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=97;HICOV=190;LSEQ=TGTGCACACCAGCTACAGTA;RSEQ=AGCCTCAGGGCCATGGCACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:203:107:95,107:0.5271:0,95:0,107 chr10 135369863 . C T 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=135369863;VD=25;AF=0.9615;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:17;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=25;HICOV=25;LSEQ=CAGGTACCGGTTTAGCTCTG;RSEQ=AGCTCCTCCCCACTCCCCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:26:25:0,25:0.9615:0,0:8,17 chr10 135370060 . G C 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=133;END=135370060;VD=132;AF=0.9925;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=132:0;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=65;HIAF=0.9924;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=130;HICOV=131;LSEQ=GTGATGGAAGACTTGACCTT;RSEQ=GTCTCATCAGAGATCCCCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:133:132:0,132:0.9925:0,0:132,0 chr10 135370235 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=293;END=135370235;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=157:133;VARBIAS=2:1;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.69133192389006;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=286;LSEQ=CTGCTAGGGAAGATGTGGAA;RSEQ=GGGGAGGAGTGGCTTTGAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:293:3:290,3:0.0102:157,133:2,1 chr10 135370343 . G A 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=322;END=135370343;VD=319;AF=0.9907;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=152:167;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.583;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=307;HICOV=307;LSEQ=CAACCTGGGAACCAACCACA;RSEQ=GCATGAGGGGATATGGGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:322:319:0,319:0.9907:0,0:152,167 chr10 135370370 . C T 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=317;END=135370370;VD=316;AF=0.9968;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=145:171;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=632;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=316;HICOV=316;LSEQ=GGGGATATGGGCTGAAATCA;RSEQ=CACCTTCACAGCCTGTCCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:317:316:0,316:0.9968:0,0:145,171 chr10 135370407 . G GCA 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=284;END=135370407;VD=279;AF=0.9824;BIAS=2:2;REFBIAS=1:2;VARBIAS=129:150;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.71682661767988;MQ=60;SN=92;HIAF=0.9892;ADJAF=0.1585;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=276;HICOV=279;LSEQ=CCAAGTCTGTGGTTCTTCAG;RSEQ=CAGATTTTGGGGTGCTTTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:284:279:3,279:0.9824:1,2:129,150 chr10 135370470 . T C 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=243;END=135370470;VD=243;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=107:136;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=237;HICOV=237;LSEQ=AACATCTTCACCACCTTGAA;RSEQ=CTCCATGGCTCAGTGTAGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:243:243:0,243:1:0,0:107,136 chr10 135370633 . C T 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=242;END=135370633;VD=242;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=88:154;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.286;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=228;HICOV=228;LSEQ=TTCAGGGCAGAAATTCTCTC;RSEQ=TTGCACTCCTGCAACATGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:242:242:0,242:1:0,0:88,154 chr10 135370639 . C A 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=231;END=135370639;VD=229;AF=0.9913;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=82:147;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.36087;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.167;HIAF=0.9955;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=223;HICOV=224;LSEQ=GCAGAAATTCTCTCCTTGCA;RSEQ=TCCTGCAACATGGTGTGCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:231:229:1,229:0.9913:1,0:82,147 chr10 135370749 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=95;END=135370750;VD=2;AF=0.0211;BIAS=1:0;REFBIAS=3:90;VARBIAS=0:2;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0222;ADJAF=0.0105;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=90;LSEQ=TGCCTCCCTCTATTGAGGCT;RSEQ=TTTTTCCCTCTACATTAAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:2:93,2:0.0211:3,90:0,2 chr10 135370760 . C T 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=135370760;VD=91;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:90;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=89;HICOV=89;LSEQ=ATTGAGGCTATTTTTTCCCT;RSEQ=TACATTAAGGTCCTTCTCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:91:91:0,91:1:0,0:1,90 chr10 135370867 . T C 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=135370867;VD=42;AF=0.9767;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:41;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.9756;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=40;HICOV=41;LSEQ=GAGATTAATGTGGACATGGT;RSEQ=AAGTGAGCAAATGCACACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:43:42:0,42:0.9767:0,0:1,41 chr10 135371105 . T C 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=55;END=135371105;VD=55;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=53:2;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=53;HICOV=53;LSEQ=GAATAGACATCCAAGGAGTA;RSEQ=GACAAAGAGTAAAAGGCAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:55:55:0,55:1:0,0:53,2 chr10 135371135 . C T 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=135371135;VD=96;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=94:2;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=95;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=95;HICOV=95;LSEQ=TAAAAGGCAAAAAATAAAAA;RSEQ=CAGCTGAAGAAATTTAATTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:96:96:0,96:1:0,0:94,2 chr10 135371194 . T A 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=135371194;VD=157;AF=0.9937;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=156:1;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.333;HIAF=0.9935;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=154;HICOV=155;LSEQ=GTCTTGCCATTGAGAGAGTT;RSEQ=CCCTTAACACTACTGCCAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:158:157:0,157:0.9937:0,0:156,1 chr10 135371262 . G C 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=216;END=135371262;VD=216;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=192:24;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=213;HICOV=213;LSEQ=TTTGGACTCTCCATTGTTTA;RSEQ=AGGGAAACAATGAGAGCTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:216:216:0,216:1:0,0:192,24 chr10 135371467 . T C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=349;END=135371467;VD=349;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=169:180;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=348;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=348;HICOV=348;LSEQ=ATGAGAACCTGTCAAGGTAT;RSEQ=GGGTTTTGGCAGGGGGAACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:349:349:0,349:1:0,0:169,180 chr10 135371543 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=274;END=135371543;VD=3;AF=0.0109;BIAS=2:0;REFBIAS=135:136;VARBIAS=0:3;PMEAN=14.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.24741;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0076;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=264;LSEQ=GAGCTTTAACATTTACTACA;RSEQ=GTCTGGTGGAAGCCACAGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:274:3:271,3:0.0109:135,136:0,3 chr10 135371566 . G A 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=135371566;VD=266;AF=0.9925;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=133:133;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=256;HICOV=256;LSEQ=CTGGTGGAAGCCACAGGAGA;RSEQ=AGGCAAGCTGGGACAGGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:268:266:0,266:0.9925:0,0:133,133 chr10 135371578 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=284;END=135371578;VD=3;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=137:144;VARBIAS=1:2;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.89863;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0071;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=281;LSEQ=ACAGGAGAGAGGCAAGCTGG;RSEQ=ACAGGTTTCAAAAGGCTTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:284:3:281,3:0.0106:137,144:1,2 chr10 135371606 . T C 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=303;END=135371606;VD=302;AF=0.9967;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=136:166;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=301;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=301;HICOV=302;LSEQ=TCAAAAGGCTTCAGCTGCCA;RSEQ=AGGGAGAGTGGGCTTCTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:303:302:0,302:0.9967:0,0:136,166 chr10 135371835 . A AC 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=120;END=135371835;VD=115;AF=0.9583;BIAS=2:1;REFBIAS=2:1;VARBIAS=5:110;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.00886;ODDRATIO=39.28899;MQ=60;SN=37.333;HIAF=0.9655;ADJAF=0.125;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=112;HICOV=116;LSEQ=TGGCCCCAACCCAAATGTGA;RSEQ=CCCTTGAGGTGAGCCCCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:120:115:3,115:0.9583:2,1:5,110 chr10 135371920 . G A 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=135371920;VD=79;AF=0.9875;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:77;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=75;HICOV=75;LSEQ=CACATTTACAGAGGGTGGCT;RSEQ=TGAGGGCCCTGGAGGATGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:80:79:0,79:0.9875:0,0:2,77 chr10 135371940 . T C 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=135371940;VD=73;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:70;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=69;HICOV=69;LSEQ=GTGAGGGCCCTGGAGGATGC;RSEQ=CGTGCTTTTACATGGGGAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:73:73:0,73:1:0,0:3,70 chr10 135371942 . G A 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=135371942;VD=70;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:67;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=66;HICOV=66;LSEQ=GAGGGCCCTGGAGGATGCTC;RSEQ=TGCTTTTACATGGGGAGGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:70:70:0,70:1:0,0:3,67 chr10 135372235 . A T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=135372235;VD=3;AF=0.0205;BIAS=1:0;REFBIAS=143:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=2;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=144;LSEQ=CTGAACACTCCCACAAGCAG;RSEQ=GAGGAGAGGGGGAGATTGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:146:3:143,3:0.0205:143,0:3,0 chr10 135372310 . T C 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=205;END=135372310;VD=205;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=144:61;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=101.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=203;HICOV=203;LSEQ=GCCATGGCAAGGATGCTGAT;RSEQ=ATCTGGAATACAGGGTTAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:205:205:0,205:1:0,0:144,61 chr10 135372597 . C T 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=135372597;VD=189;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=90:99;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=186;HICOV=186;LSEQ=AGGCTTCCAGCTCTCCTTGC;RSEQ=AGGCTCTGCTGATAGCAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:189:189:0,189:1:0,0:90,99 chr10 135372659 . A G 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=135372659;VD=169;AF=0.9941;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=105:64;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=83.5;HIAF=0.9940;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=167;HICOV=168;LSEQ=TATGGCAGTCGCATGCTGAA;RSEQ=TGCCCTGTACTTAATTTAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:170:169:0,169:0.9941:0,0:105,64 chr10 135372870 . C G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=135372870;VD=182;AF=0.9945;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=60:122;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=364;HIAF=0.9945;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=182;HICOV=183;LSEQ=GCTCTAGGCTTCCCACTGCA;RSEQ=GGAGGAAAGGAGGTTGAGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:183:182:0,182:0.9945:0,0:60,122 chr10 135372876 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=135372876;VD=2;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=56:122;VARBIAS=1:1;PMEAN=17.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53426;ODDRATIO=2.16825672159584;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=178;LSEQ=GGCTTCCCACTGCACGGAGG;RSEQ=AAGGAGGTTGAGTTGACAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:2:178,2:0.0111:56,122:1,1 chr10 135373010 . G A 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=83;END=135373010;VD=82;AF=0.988;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:82;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.333;HIAF=0.9875;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=79;HICOV=80;LSEQ=GGGGCCCTCACGGGGCTCAC;RSEQ=TTCTGGGTGGGCAAGACTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:83:82:0,82:0.988:0,0:0,82 chr10 135373173 . T TG 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=19;END=135373173;VD=17;AF=0.8947;BIAS=0:2;REFBIAS=0:2;VARBIAS=4:13;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=37.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62;SN=34;HIAF=0.8947;ADJAF=0.1579;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=17;HICOV=19;LSEQ=GAGGGCCCCAAATCAAGTGG;RSEQ=GGGGGGCAGGCCCTGCAGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:19:17:2,17:0.8947:0,2:4,13 chr10 135373435 . A T 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=135373435;VD=117;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=116:1;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=57.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=115;HICOV=115;LSEQ=TTTGCTTCTTTAATTTTGAA;RSEQ=CATGGGGCCCTATTTTTAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:117:117:0,117:1:0,0:116,1 chr10 135373591 . C T 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=301;END=135373591;VD=301;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=162:139;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.444;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=292;HICOV=292;LSEQ=CCTCACACAAAGGAGACACA;RSEQ=GACCTTTCTGCAGCTTTTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:301:301:0,301:1:0,0:162,139 chr10 135373694 . G A 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=206;END=135373694;VD=206;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=64:142;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.846;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=193;HICOV=193;LSEQ=AAACATTTCAGAATCAAGCA;RSEQ=GGCGAGAGGCCACCCCTGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:206:206:0,206:1:0,0:64,142 chr10 135373768 . T C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=143;END=135373768;VD=143;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:136;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.429;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.9;HICNT=136;HICOV=136;LSEQ=GCCAGAGTGGTGCCCCTTCT;RSEQ=CTTGTCCTGAGGTGGACAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:143:143:0,143:1:0,0:7,136 chr10 135373881 . AG A 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=56;END=135373882;VD=55;AF=0.9821;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:55;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=110;HIAF=0.9821;ADJAF=0.0714;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=55;HICOV=56;LSEQ=GTAAAACTCTGGGTGAGGGC;RSEQ=GGGTGCACTCTCACTGCTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:56:55:1,55:0.9821:0,1:0,55 chr10 135373919 . A G 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=135373919;VD=37;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:37;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=36;HICOV=36;LSEQ=CTGAGGCTGTTCAAAGTAAG;RSEQ=TCAAAGCTCCTGATATAATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:37:37:0,37:1:0,0:0,37 chr10 135377510 . CAGA GT 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=12;END=135377513;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=29.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=1.0000;ADJAF=0.25;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=TCCCTGCTTCCTTTTTAAAA;RSEQ=TAGACTAAAACTGGAATCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:12,0 chr10 135377567 . A AGACT 161 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=23;END=135377567;VD=23;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=1.0000;ADJAF=0.087;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=23;HICOV=23;LSEQ=CTTCTGTAGCTGGTCACTAT;RSEQ=GAATGTTTGTGCCCCCATCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:23:23:0,23:1:0,0:23,0 chr10 135377598 . T G 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=135377598;VD=34;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=33:1;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=34;HICOV=34;LSEQ=GCCCCCATCCATAGTTCGTA;RSEQ=GTTGAAATCCTAACCCCCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:34:34:0,34:1:0,0:33,1 chr10 135377903 . C T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=135377903;VD=238;AF=0.9958;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=126:112;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=118;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=236;HICOV=236;LSEQ=GCGACATTGGTTAAAACTTA;RSEQ=CTAAATATACTAGGTTATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:239:238:0,238:0.9958:0,0:126,112 chr10 135377962 . C T 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=208;END=135377962;VD=208;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=76:132;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40.6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=203;HICOV=203;LSEQ=ATACTGAAAGGCTAGCACAC;RSEQ=GGCGGGCCAGCAGGTGCTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:208:208:0,208:1:0,0:76,132 chr10 135378656 . A G 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=135378656;VD=33;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=32:1;PMEAN=25.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=33;HICOV=33;LSEQ=ATTGGGAGCGTCAGGAAAAT;RSEQ=TCCTTTTTGTTTTAAGAGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:33:33:0,33:1:0,0:32,1 chr10 135378802 . C T 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=135378802;VD=189;AF=0.9742;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=189:0;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=32.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.118;HIAF=0.9885;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=172;HICOV=174;LSEQ=GGGGGGTGTGCGGGCAAGCA;RSEQ=TCCCTCATCTTGGCCGAAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:194:189:0,189:0.9742:0,0:189,0 chr10 135381390 . G A 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=135381390;VD=15;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=45.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=15;HICOV=15;LSEQ=CTCCTCTAGGTGGGAGGTGG;RSEQ=AGGCTGAGGCGGCGTGGGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:15:15:0,15:1:0,0:15,0 chr10 135381425 . G A 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=135381425;VD=34;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=33:1;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=33;HICOV=33;LSEQ=TGGGCAGGCAGGTGGATGGC;RSEQ=AGGCAGCATGGGCAGGACGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:34:34:0,34:1:0,0:33,1 chr10 135381443 . C T 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=135381443;VD=41;AF=0.9762;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=41:0;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=39;HICOV=39;LSEQ=GCGAGGCAGCATGGGCAGGA;RSEQ=GGTGGATGGCGGGTCCACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:42:41:0,41:0.9762:0,0:41,0 chr10 135381623 . T C 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=135381623;VD=112;AF=0.9825;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=85:27;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=111;HIAF=0.9911;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=111;HICOV=112;LSEQ=CCGCAGCAGCCCCAGGGCAC;RSEQ=GAGGGCGCCACCCAGCCCGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:114:112:0,112:0.9825:0,0:85,27 chr10 135381766 . C T 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=135381766;VD=198;AF=0.995;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=95:103;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.286;HIAF=0.9948;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=191;HICOV=192;LSEQ=GTCCTCCAGGCCGCGTTCCC;RSEQ=GGGTCCCGCGGCCCTTCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:199:198:0,198:0.995:0,0:95,103 chr10 135381927 . T G 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=83;END=135381927;VD=83;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:83;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=82;HICOV=82;LSEQ=GGCCGCACGCAGAGGAAGGC;RSEQ=GCCTCCTGTAGCAGAGCCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:83:83:0,83:1:0,0:0,83 chr11 540599 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=540599;VD=3;AF=0.0108;BIAS=2:0;REFBIAS=243:33;VARBIAS=3:0;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=270;LSEQ=GGGGCGGGGGGTTGAGGGCT;RSEQ=GGCCAGGGTCTCAGCCGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:3:276,3:0.0108:243,33:3,0 chr11 544850 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=544850;VD=2;AF=0.027;BIAS=2:0;REFBIAS=50:22;VARBIAS=2:0;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0339;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=59;LSEQ=TGGGACAGGCCCTGCAGGGA;RSEQ=GGGGGGAGAACTTGGTGGGA;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:74:2:72,2:0.027:50,22:2,0 chr11 549959 . C T 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=475;END=549959;VD=474;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=336:138;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.857;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=460;HICOV=460;LSEQ=TGGCTGGCTCGCTGTGGCCT;RSEQ=GCTGACCTGGATGGCATCGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:475:474:0,474:0.9979:0,0:336,138 chr11 550028 . C G 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=480;END=550028;VD=466;AF=0.9708;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=341:125;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.833;HIAF=0.9784;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=454;HICOV=464;LSEQ=GGCACCCTGGGCTGGGGAGG;RSEQ=CTGGGCTGGGCCGGGCCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:480:466:0,466:0.9708:0,0:341,125 chr11 550497 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=550497;VD=3;AF=0.0183;BIAS=1:0;REFBIAS=2:159;VARBIAS=0:3;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=GGTCACCTGCACACACGCCA;RSEQ=GTCCCTTAACCCACATATGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:3:161,3:0.0183:2,159:0,3 chr11 550959 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=550959;VD=2;AF=0.0114;BIAS=1:0;REFBIAS=173:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=174;LSEQ=AGAGCCCAGTCCCTCAGTCC;RSEQ=TGGGGTGTGAGAGTGACCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:173,2:0.0114:173,0:2,0 chr11 550998 . A C 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=217;END=550998;VD=4;AF=0.0184;BIAS=1:0;REFBIAS=213:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=28.2;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0158;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=190;LSEQ=CAAGCCCACCCCTGCAGGGT;RSEQ=GGCAGCATCCCCACCTCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:217:4:213,4:0.0184:213,0:4,0 chr11 551338 . C T 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=313;END=551338;VD=164;AF=0.524;BIAS=2:2;REFBIAS=51:98;VARBIAS=43:121;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.13901;ODDRATIO=1.46258;MQ=60;SN=31.8;HIAF=0.5265;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=159;HICOV=302;LSEQ=CCGGAGGACCCACTGCTGAG;RSEQ=CCCAGCTCCCCCCAGGAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:313:164:149,164:0.524:51,98:43,121 chr11 551405 . G A 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=551405;VD=298;AF=0.9967;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=106:192;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.111;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=289;HICOV=289;LSEQ=CGGATAGCCACATCTCATGC;RSEQ=CTTCTCCAGCCTTGACCCCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:299:298:0,298:0.9967:0,0:106,192 chr11 551753 . G A 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=666;END=551753;VD=652;AF=0.979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=334:318;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.163;HIAF=0.9935;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=609;HICOV=613;LSEQ=GCCCTTCTCCCTGCTGGTCC;RSEQ=TGGGGGCCCCCTGCCTGAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:666:652:0,652:0.979:0,0:334,318 chr11 552331 . G A 81 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=337;END=552331;VD=8;AF=0.0237;BIAS=2:2;REFBIAS=70:259;VARBIAS=4:4;PMEAN=31.6;PSTD=1;QUAL=27.2;QSTD=1;SBF=0.07361;ODDRATIO=3.68161401958619;MQ=55.9;SN=1.667;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=5;HICOV=322;LSEQ=CATCCCCAGTCCCAAGGCTC;RSEQ=TGGACCATCCCTGCATGTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:337:8:329,8:0.0237:70,259:4,4 chr11 552344 . GCA ATG 79 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=324;END=552346;VD=8;AF=0.0247;BIAS=2:2;REFBIAS=69:242;VARBIAS=2:6;PMEAN=26.6;PSTD=1;QUAL=26.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.16852462081376;MQ=55.9;SN=1.667;HIAF=0.0162;ADJAF=0.0154;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=5;HICOV=309;LSEQ=AAGGCTCGTGGACCATCCCT;RSEQ=TGTCCTGTCCCGTGGGGGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:324:8:311,8:0.0247:69,242:2,6 chr11 552447 . GG AA 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=281;END=552448;VD=3;AF=0.0107;BIAS=2:0;REFBIAS=156:108;VARBIAS=0:3;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=1;SBF=0.07071;ODDRATIO=0;MQ=40;SN=6;HIAF=0.0119;ADJAF=0.0036;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=253;LSEQ=GTGTGTCCTGTCCCGTGGGG;RSEQ=ATCAGGGCTGGGGCTACCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:281:3:264,3:0.0107:156,108:0,3 chr11 552547 . T C 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=308;END=552547;VD=308;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=192:116;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=60.6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=303;HICOV=303;LSEQ=GGGGGATCAGGGCTGGAGCT;RSEQ=CTCCTCCTCTCCCCACCCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:308:308:0,308:1:0,0:192,116 chr11 552756 . T C 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=216;END=552756;VD=214;AF=0.9907;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=33:181;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=106;HIAF=0.9907;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=212;HICOV=214;LSEQ=GGGAGTGACCAACACCCCAC;RSEQ=TCTATAGGGGGGCCCTTACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:216:214:0,214:0.9907:0,0:33,181 chr11 552787 . TG CC 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=169;END=552788;VD=163;AF=0.9645;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:161;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=162;HIAF=0.9759;ADJAF=0.071;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.6;HICNT=162;HICOV=166;LSEQ=GGCCCTTACCCCAGATCAGA;RSEQ=TGTCAACCTGGCCCTGCTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:169:163:0,163:0.9645:0,0:2,161 chr11 552875 . A G 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=552875;VD=118;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:118;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=116;HICOV=116;LSEQ=GGGGTGGGGGGCTCACGACC;RSEQ=AGGGAGGCCCAACCCAAGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:118:118:0,118:1:0,0:0,118 chr11 553866 . G A 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=263;END=553866;VD=261;AF=0.9924;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=243:18;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.429;HIAF=0.9959;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=240;HICOV=241;LSEQ=CCCCCAAGGACCACTGCCTC;RSEQ=GGGCTGCAGGGCCACGGGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:263:261:0,261:0.9924:0,0:243,18 chr11 554166 . C G 328 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=570;END=554166;VD=568;AF=0.9965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=253:315;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50.636;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=557;HICOV=557;LSEQ=GAGCCCTGGAGGTGGCCTCA;RSEQ=GCCTGAGCCCTCGAGCCCAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:570:568:0,568:0.9965:0,0:253,315 chr11 554214 . G C 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=606;END=554214;VD=599;AF=0.9884;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=216:383;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=198.667;HIAF=0.9900;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=596;HICOV=602;LSEQ=CTGGCCCAAAGCCAGCACCA;RSEQ=ATGCAGCAGCTAGACCTCCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:606:599:0,599:0.9884:0,0:216,383 chr11 554299 . C G 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=431;END=554299;VD=431;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=111:320;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=106.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=427;HICOV=427;LSEQ=TAGCCCCCACTGCCAGGCTT;RSEQ=CCTGTGCTGGGGCCACGACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:431:431:0,431:1:0,0:111,320 chr11 554659 . G A 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=554659;VD=6;AF=0.6;BIAS=0:2;REFBIAS=0:4;VARBIAS=1:5;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=6;HICOV=10;LSEQ=GAGTCCACCACTCCCTTGCC;RSEQ=GCCCCAGGGTAAGAGCCACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:6:4,6:0.6:0,4:1,5 chr11 7059778 . AT A 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=446;END=7059779;VD=9;AF=0.0202;BIAS=2:2;REFBIAS=331:105;VARBIAS=8:1;PMEAN=26.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.69293;ODDRATIO=2.53382658490853;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0188;ADJAF=0.0067;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=8;HICOV=426;LSEQ=TATTCCATGTGCTTTTGGTT;RSEQ=TTTTTTTCCCCCCACAGAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:446:9:436,9:0.0202:331,105:8,1 chr11 7059960 . A C 328 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=601;END=7059960;VD=600;AF=0.9983;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=293:307;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49;HIAF=0.9983;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=588;HICOV=589;LSEQ=GCATGGCCTGACACCCTGGA;RSEQ=TGAAGTGAAGAAGGCCAGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:601:600:0,600:0.9983:0,0:293,307 chr11 7060236 . TG T 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=260;END=7060237;VD=258;AF=0.9923;BIAS=0:1;REFBIAS=0:2;VARBIAS=1:257;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=257;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1308;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=257;HICOV=257;LSEQ=CATAAGCTCCATGGTGGTCT;RSEQ=TGCATGGGGAGCTTGTTGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:260:258:2,258:0.9923:0,2:1,257 chr11 7060588 . TTA T 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=8;END=7060590;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0.25;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=GCGTATACAAGGCTTTAGAG;RSEQ=TATATATATATGTATATATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr11 7061338 . T G 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=7061338;VD=24;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:24;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=24;HICOV=24;LSEQ=AACTTTCAGTTTATCACATC;RSEQ=ACTTTCTTTAAAGATGGTGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:24:24:0,24:1:0,0:0,24 chr11 7063279 . T G 102 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=7063279;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.0;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=TTTTTTTAATCTGGATGACA;RSEQ=CTCTGTTCTCCACATCTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr11 7063297 . A G 121 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=7063297;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=CATCTCTGTTCTCCACATCT;RSEQ=TTATCTTTTTTCTATGTAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:12,0 chr11 7063299 . T C 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=7063299;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=TCTCTGTTCTCCACATCTAT;RSEQ=ATCTTTTTTCTATGTAGAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:12,0 chr11 7063755 . C T 349 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=774;END=7063755;VD=772;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=423:349;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=109.286;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=765;HICOV=765;LSEQ=AAACTGTTGGAACACTTGTT;RSEQ=GATGTGGATGTCAAAACCGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:774:772:0,772:0.9974:0,0:423,349 chr11 7065289 . C A 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=382;END=7065289;VD=381;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=94:287;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.24869;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75.2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=376;HICOV=376;LSEQ=TATTTGTCAGAGGGAGGAGG;RSEQ=GTTTAGCTGAGGTCCCAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:382:381:1,381:0.9974:1,0:94,287 chr11 7067701 . G T 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=7067701;VD=101;AF=0.9806;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=101:0;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.2;HIAF=0.9897;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=96;HICOV=97;LSEQ=AAGGGAGTGGATGGGAAACG;RSEQ=GAGAGCTATTGGACAAATAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:103:101:0,101:0.9806:0,0:101,0 chr11 7068383 . C T 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=7068383;VD=38;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:38;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=76;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=38;HICOV=38;LSEQ=ATGTTCTGGAACTTACTATC;RSEQ=TCTTAAATTTTTTTCTATTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:38:38:0,38:1:0,0:0,38 chr11 7070658 . A T 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=68;END=7070658;VD=68;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=68:0;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=136;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=68;HICOV=68;LSEQ=CATTCCTGGGATTACAAGTT;RSEQ=AAGAGGCTCCTCTTCTGCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:68:68:0,68:1:0,0:68,0 chr11 7070723 . G T 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=7070723;VD=149;AF=0.9868;BIAS=0:1;REFBIAS=2:0;VARBIAS=148:1;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.8;HIAF=0.9931;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=144;HICOV=145;LSEQ=CCGTTAAGGTAAAAAAAACT;RSEQ=GGGAGTGTCAATTATCAGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:151:149:2,149:0.9868:2,0:148,1 chr11 7070866 . G A 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=464;END=7070866;VD=458;AF=0.9871;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=360:98;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.167;HIAF=0.9911;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=446;HICOV=450;LSEQ=TGTAACCAAGGAGAGAAATG;RSEQ=TTTTGTAATACCTCCTGCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:464:458:0,458:0.9871:0,0:360,98 chr11 7071031 . G A 336 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=634;END=7071031;VD=630;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=264:366;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=89;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=623;HICOV=623;LSEQ=GGAGTAAAGTCATTGTGTGA;RSEQ=GCCTTGAAACACCCAGAGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:634:630:0,630:0.9937:0,0:264,366 chr11 7071407 . G A 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=7071407;VD=27;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:27;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=26;HICOV=26;LSEQ=CGTTGTATCTTTGAACTCTC;RSEQ=TAGAAAATAATACAGTGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:27:27:0,27:1:0,0:0,27 chr11 7071422 . G C 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=7071422;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:20;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=CTCTCGTAGAAAATAATACA;RSEQ=TGGGGGATGTTCTTTAATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:0,20 chr11 7071447 . G A 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=7071447;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:12;PMEAN=25.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=GGATGTTCTTTAATGTAACT;RSEQ=GGGGCAGTGCTGGGGCAGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:0,12 chr11 7079038 . G A 331 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=553;END=7079038;VD=550;AF=0.9946;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=223:327;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=109;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=545;HICOV=546;LSEQ=ATGGAGTGCAGCTTTTGTGT;RSEQ=AGGCCTTAAGACATCCAAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:553:550:0,550:0.9946:0,0:223,327 chr11 7079261 . A G 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=238;END=7079261;VD=237;AF=0.9958;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=63:174;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=231;HICOV=231;LSEQ=CTCTTTTACTTCACTTTTAG;RSEQ=CCTATCATTTTTTTCTGATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:238:237:0,237:0.9958:0,0:63,174 chr11 7080777 . A G 110 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=7080777;VD=10;AF=0.9091;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=31.4;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=GAAAATGCCGCTTCTATTAC;RSEQ=TACAAAGAGTACTTACTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:10:0,10:0.9091:0,0:10,0 chr11 7080871 . T G 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=7080871;VD=57;AF=0.9828;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=57:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=114;HIAF=0.9828;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=57;HICOV=58;LSEQ=ACTTCTACAACAGAGTACTA;RSEQ=GTATATGTGTAATGTAATGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:58:57:1,57:0.9828:1,0:57,0 chr11 7083259 . A G 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=7083259;VD=23;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=22;HICOV=22;LSEQ=TGAAAGCACAGAGATCTATT;RSEQ=GTTCCTTGGGAAAGTTTATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:23:23:0,23:1:0,0:23,0 chr11 7083752 . C A 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=498;END=7083752;VD=6;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=156:336;VARBIAS=1:5;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.67022;ODDRATIO=2.31818;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=4;HICOV=470;LSEQ=CGGGTGAGTTCATAGTTTTC;RSEQ=ATTAGGAAAATGATGCCTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:498:6:492,6:0.012:156,336:1,5 chr11 7091357 . A C 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=7091357;VD=137;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=137:0;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.833;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.5;HICNT=131;HICOV=131;LSEQ=CCTAGAAATATCTGGTAATA;RSEQ=TGAATATTATAGGTACTTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:137:137:0,137:1:0,0:137,0 chr11 7091772 . C A 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=339;END=7091772;VD=337;AF=0.9941;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=60:277;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66.4;HIAF=0.9970;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=332;HICOV=333;LSEQ=TTAATACAGGCCTCAGAATC;RSEQ=ACCTAATTGTGTATCATTGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:339:337:1,337:0.9941:0,1:60,277 chr11 7092787 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=7092787;VD=2;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=56:138;VARBIAS=1:1;PMEAN=11;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.49812;ODDRATIO=2.45140097565759;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=195;LSEQ=TTTTTAATTGGATACAGAGC;RSEQ=TAAGAATGCAGGTAAGGGAA;DUPRATE=0.021;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:2:194,2:0.0102:56,138:1,1 chr11 7092833 . A G 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=7092833;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=27.2;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=GATATGAGGCTGGAGGATGC;RSEQ=GACAGGGAAGATCAGTTAAA;DUPRATE=0.021;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr11 7109920 . G GTAA 192 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=40;END=7109920;VD=40;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=39:1;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.2;SN=39;HIAF=1.0000;ADJAF=0.3;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=39;HICOV=39;LSEQ=TTTTTAACTTAATAATTTTA;RSEQ=TAATTTAAAAAATTCATACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:40:40:0,40:1:0,0:39,1 chr11 7110363 . G A 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=701;END=7110363;VD=334;AF=0.4765;BIAS=2:2;REFBIAS=163:203;VARBIAS=160:174;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.40388;ODDRATIO=1.1449638763897;MQ=60;SN=36.111;HIAF=0.4710;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=325;HICOV=690;LSEQ=CCGGCAAACATGGTTGAAGC;RSEQ=GATCGCCCGGGGAAGCTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:701:334:366,334:0.4765:163,203:160,174 chr11 7110751 . A G 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=632;END=7110751;VD=632;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=289:343;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=620;HICOV=620;LSEQ=CCGATGATGACGGCGGCTAC;RSEQ=CGGCGGATTTCGACCTGCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:632:632:0,632:1:0,0:289,343 chr11 16133413 . A G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=380;END=16133413;VD=190;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=85:105;VARBIAS=92:98;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.53727;ODDRATIO=1.15920524888137;MQ=60;SN=94;HIAF=0.4987;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=188;HICOV=377;LSEQ=GCAGCAGCAGCTGCTGCCAG;RSEQ=GTCCGCTGGTCATGTGGAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:380:190:190,190:0.5:85,105:92,98 chr11 30253189 . T G 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=54;END=30253189;VD=32;AF=0.5926;BIAS=1:1;REFBIAS=22:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.5926;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=32;HICOV=54;LSEQ=TCTTTAAATATTCCTCTGCT;RSEQ=AAATCATTATATTGGAGTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:54:32:22,32:0.5926:22,0:32,0 chr11 30253292 . TA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=189;END=30253293;VD=2;AF=0.0106;BIAS=1:0;REFBIAS=185:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=51.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=184;LSEQ=CCAAGAAACAAAGATGTAAG;RSEQ=AAAAGGCATAAGGAAGGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:2:186,2:0.0106:185,1:2,0 chr11 30253318 . A T 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=255;END=30253318;VD=132;AF=0.5176;BIAS=1:1;REFBIAS=120:3;VARBIAS=130:2;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.67455;ODDRATIO=1.62192847295434;MQ=60;SN=32;HIAF=0.5182;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=128;HICOV=247;LSEQ=GGCATAAGGAAGGAAAAAAA;RSEQ=CTTTTGAAGCAAAATGTGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:255:132:123,132:0.5176:120,3:130,2 chr11 30253641 . T C 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=476;END=30253641;VD=233;AF=0.4895;BIAS=2:2;REFBIAS=61:181;VARBIAS=62:171;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.75396;ODDRATIO=1.07565049963966;MQ=60;SN=232;HIAF=0.4926;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=232;HICOV=471;LSEQ=TTTTGCTGGAAGCAAGGGTG;RSEQ=TGAAGGTCTGTATTAGGCCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:476:233:242,233:0.4895:61,181:62,171 chr11 30255185 . C T 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=685;END=30255185;VD=352;AF=0.5139;BIAS=2:2;REFBIAS=193:137;VARBIAS=212:140;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.69654;ODDRATIO=1.07479498285702;MQ=60;SN=57.667;HIAF=0.5149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=346;HICOV=672;LSEQ=ACCTTCAAGGAACTGGTATA;RSEQ=GAAACAGTGAGAGTGCCCGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:685:352:330,352:0.5139:193,137:212,140 chr11 30255823 . A G 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=747;END=30255823;VD=369;AF=0.494;BIAS=2:2;REFBIAS=173:203;VARBIAS=170:199;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00240577385726;MQ=60;SN=40;HIAF=0.4925;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=360;HICOV=731;LSEQ=AACTTAGAAACACAACAATG;RSEQ=CTTCTTTAGATCAGAAAGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:747:369:376,369:0.494:173,203:170,199 chr11 30255867 . C G 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=765;END=30255867;VD=372;AF=0.4863;BIAS=2:2;REFBIAS=185:207;VARBIAS=181:191;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.71733;ODDRATIO=1.06024300769736;MQ=60;SN=92;HIAF=0.4881;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=368;HICOV=754;LSEQ=GGGTAGAAAATACTGGAAGA;RSEQ=GATGTTTGAGGTAAGCTGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:765:372:392,372:0.4863:185,207:181,191 chr11 30255982 . A G 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=780;END=30255982;VD=377;AF=0.4833;BIAS=2:2;REFBIAS=227:174;VARBIAS=207:170;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.66492;ODDRATIO=1.07131;MQ=60;SN=124.667;HIAF=0.4895;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=374;HICOV=764;LSEQ=GGAGTATTGAGACATGATGT;RSEQ=TCTTTCTGAATTGTTTGGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:780:377:401,377:0.4833:227,174:207,170 chr11 30257122 . A G 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=30257122;VD=18;AF=0.5625;BIAS=1:1;REFBIAS=0:14;VARBIAS=0:18;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5517;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=16;HICOV=29;LSEQ=TTTTTGCTGCATCCTCATAC;RSEQ=GTGGAAACAACGGAAAGCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:32:18:14,18:0.5625:0,14:0,18 chr11 32409549 . AACACAC A 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=768;END=32409555;VD=277;AF=0.3607;BIAS=2:2;REFBIAS=228:143;VARBIAS=137:140;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.0024;ODDRATIO=1.62811;MQ=60;SN=554;HIAF=0.3774;ADJAF=0.0495;SHIFT3=28;MSI=17;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=277;HICOV=734;LSEQ=TAAAAAACAAAACACAACAC;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:768:277:371,277:0.3607:228,143:137,140 chr11 32409625 . A AT 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=831;END=32409625;VD=392;AF=0.4717;BIAS=2:2;REFBIAS=199:220;VARBIAS=187:204;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.94395;ODDRATIO=1.01338684015849;MQ=60;SN=34.545;HIAF=0.4872;ADJAF=0.0265;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=380;HICOV=780;LSEQ=TTCCTCACCCAGTAAGTCTC;RSEQ=TTTTTTTCACATATACTTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:831:392:419,392:0.4717:199,220:187,204 chr11 32410002 . T C 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=800;END=32410002;VD=370;AF=0.4625;BIAS=2:2;REFBIAS=207:223;VARBIAS=199:171;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.11894;ODDRATIO=1.25332130144884;MQ=60;SN=45.25;HIAF=0.4629;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=362;HICOV=782;LSEQ=GGTACTGGTTAGTTCTGATT;RSEQ=TTTCTTCAGCTGCTTGAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:800:370:430,370:0.4625:207,223:199,171 chr11 32410337 . C G 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=955;END=32410337;VD=477;AF=0.4995;BIAS=2:2;REFBIAS=237:240;VARBIAS=255:222;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.27074;ODDRATIO=1.16299354538582;MQ=60;SN=94.4;HIAF=0.4995;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=472;HICOV=945;LSEQ=TTCTTACAGTAGAAAATCCA;RSEQ=ACCAAATGGCAATGGGCTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:955:477:477,477:0.4995:237,240:255,222 chr11 32410774 . A G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=392;END=32410774;VD=199;AF=0.5077;BIAS=2:2;REFBIAS=41:150;VARBIAS=45:154;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.80793;ODDRATIO=1.06884425870306;MQ=60;SN=65.333;HIAF=0.5065;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=196;HICOV=387;LSEQ=CTTGCAACAAAGAGACAGGC;RSEQ=CAAGTTCAACTATCAAGGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:392:199:191,199:0.5077:41,150:45,154 chr11 32417432 . A G 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=32417432;VD=8;AF=0.3636;BIAS=1:0;REFBIAS=14:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.3810;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=8;HICOV=21;LSEQ=ATCTCTTCTAAAATTTCACA;RSEQ=TGATCTTGCCCATCGACCTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:8:14,8:0.3636:14,0:8,0 chr11 32417669 . A T 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=311;END=32417669;VD=157;AF=0.5048;BIAS=1:1;REFBIAS=151:3;VARBIAS=155:2;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.68246;ODDRATIO=1.53760993911065;MQ=60;SN=156;HIAF=0.5049;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=156;HICOV=309;LSEQ=GGCCCCACAGCCTCTTTACA;RSEQ=CACCTGGATCAGACCTTTCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:311:157:154,157:0.5048:151,3:155,2 chr11 32417945 . T C 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=494;END=32417945;VD=261;AF=0.5283;BIAS=2:2;REFBIAS=72:159;VARBIAS=72:189;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.42724;ODDRATIO=1.18826;MQ=60;SN=64.25;HIAF=0.5299;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=257;HICOV=485;LSEQ=GGGGCTACTCCAGGCACACG;RSEQ=CGCACATCCTGCAGGCAGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:494:261:231,261:0.5283:72,159:72,189 chr11 32421977 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=32421977;VD=5;AF=0.8333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:5;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.8333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=6;LSEQ=CCTCAAGCTTCACGTTAAGT;RSEQ=CACTGAATTTGTCGGCACCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:5:1,5:0.8333:0,1:0,5 chr11 32437677 . G C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=32437677;VD=8;AF=0.3636;BIAS=1:0;REFBIAS=14:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.3810;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=8;HICOV=21;LSEQ=ATTTAAAGGTAAATAAAGAA;RSEQ=AAGCAAGTTAAGACTGAAAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:8:14,8:0.3636:14,0:8,0 chr11 32437699 . T C 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=32437699;VD=31;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=31:0;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=AGCAAGTTAAGACTGAAAGC;RSEQ=TTGACTGATCTAACAGGAAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:31:31:0,31:1:0,0:31,0 chr11 32437914 . T G 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=32437914;VD=64;AF=0.4354;BIAS=2:2;REFBIAS=78:5;VARBIAS=58:6;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.53357;ODDRATIO=1.60843;MQ=60;SN=20.333;HIAF=0.4420;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=61;HICOV=138;LSEQ=GTGGGGGCGGGGGAGAGAGA;RSEQ=TCTTCCCATCCACCAAATGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:64:83,64:0.4354:78,5:58,6 chr11 32438107 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=235;END=32438107;VD=3;AF=0.0128;BIAS=2:2;REFBIAS=71:161;VARBIAS=1:2;PMEAN=44.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.13317015683075;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=231;LSEQ=CTAGAAAAGAAGAAGAGGTG;RSEQ=GGAGTGGGGAATGGAGCATG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:235:3:232,3:0.0128:71,161:1,2 chr11 32438113 . G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=227;END=32438113;VD=3;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=68:156;VARBIAS=1:2;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.14632888175618;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0135;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=223;LSEQ=AAGAAGAAGAGGTGGGGAGT;RSEQ=GGGAATGGAGCATGCATGGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:227:3:224,3:0.0132:68,156:1,2 chr11 32438753 . C T 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=32438753;VD=6;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=0.6250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=5;HICOV=8;LSEQ=ACAAATACAAATTTGGATCC;RSEQ=GGACTTTGCACACCCAAAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:6:3,6:0.6667:3,0:6,0 chr11 32439038 . T C 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=265;END=32439038;VD=144;AF=0.5434;BIAS=2:2;REFBIAS=106:14;VARBIAS=121:23;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.37485;ODDRATIO=1.43724;MQ=60;SN=71;HIAF=0.5525;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=142;HICOV=257;LSEQ=CTTTCTTCTAAAACTGTACT;RSEQ=TCTTCATAAGTTCTAAGCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:265:144:120,144:0.5434:106,14:121,23 chr11 32449417 . C G 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=32449417;VD=92;AF=0.467;BIAS=2:2;REFBIAS=90:15;VARBIAS=83:9;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.38726;ODDRATIO=1.53374233128834;MQ=60;SN=91;HIAF=0.4643;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=91;HICOV=196;LSEQ=TGCCCGCAGTCAGGGCTGCC;RSEQ=GGCTGGGGCGTTCCCAAGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:92:105,92:0.467:90,15:83,9 chr11 32449420 . C A 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=196;END=32449420;VD=89;AF=0.4541;BIAS=2:2;REFBIAS=90:17;VARBIAS=80:9;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.29224;ODDRATIO=1.67467720596855;MQ=60;SN=88;HIAF=0.4513;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=88;HICOV=195;LSEQ=CCGCAGTCAGGGCTGCCCGG;RSEQ=TGGGGCGTTCCCAAGTCCGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:89:107,89:0.4541:90,17:80,9 chr11 32449649 . C T 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=32449649;VD=96;AF=0.5134;BIAS=2:2;REFBIAS=27:63;VARBIAS=36:60;PMEAN=30.9;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.3524;ODDRATIO=1.39744825947819;MQ=60;SN=12.714;HIAF=0.4972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=89;HICOV=179;LSEQ=GAGCGAGTGCGCCCCAAGGG;RSEQ=TCGGGGTGCGAGGCTGCGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:187:96:90,96:0.5134:27,63:36,60 chr11 32449661 . G A 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=32449661;VD=81;AF=0.4793;BIAS=2:2;REFBIAS=26:61;VARBIAS=29:52;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=31.7;QSTD=1;SBF=0.5107;ODDRATIO=1.30631866337474;MQ=60;SN=5.75;HIAF=0.4423;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=69;HICOV=156;LSEQ=CCCAAGGGCTCGGGGTGCGA;RSEQ=GCTGCGGGCAGGGGTTGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:81:87,81:0.4793:26,61:29,52 chr11 32450244 . CG C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=283;END=32450245;VD=8;AF=0.0283;BIAS=2:2;REFBIAS=47:228;VARBIAS=3:5;PMEAN=60.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.15144;ODDRATIO=2.89586470520097;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0286;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=8;HICOV=280;LSEQ=GGGTCTGAACCAGCCACGGG;RSEQ=GGGGGGGTGTGCGCTGAACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:8:275,8:0.0283:47,228:3,5 chr11 32451920 . T G 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=32451920;VD=64;AF=0.4025;BIAS=1:1;REFBIAS=94:1;VARBIAS=64:0;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58;SN=63;HIAF=0.4145;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=63;HICOV=152;LSEQ=GCACCCACTATTGCCCGGAG;RSEQ=GAAGGCCGAATTTCTGAAAG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:64:95,64:0.4025:94,1:64,0 chr11 32451950 . A C 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=219;END=32451950;VD=88;AF=0.4018;BIAS=1:1;REFBIAS=128:1;VARBIAS=88:0;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=49.6;SN=16.6;HIAF=0.4029;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=83;HICOV=206;LSEQ=ATTTCTGAAAGGACACTAAA;RSEQ=AGAGAGAGAGAGAAAGAGAG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:219:88:129,88:0.4018:128,1:88,0 chr11 32451979 . A AGAGAGAGAGAGAGAGGGAGGGG 63 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=253;END=32451979;VD=3;AF=0.0119;BIAS=2:0;REFBIAS=164:14;VARBIAS=3:0;PMEAN=44.8;PSTD=1;QUAL=39.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=37.9;SN=6;HIAF=0.0147;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=5;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=3;HICOV=204;LSEQ=AGAGAAAGAGAGACAGACAC;RSEQ=GAGAGAGAGAGAGAGAGGGA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:253:3:178,3:0.0119:164,14:3,0 chr11 32451993 . A G 92 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=286;END=32451993;VD=8;AF=0.028;BIAS=2:0;REFBIAS=220:49;VARBIAS=8:0;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=30.8;QSTD=1;SBF=0.35788;ODDRATIO=0;MQ=44;SN=7;HIAF=0.0267;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=9;MSILEN=2;NM=3.2;HICNT=7;HICOV=262;LSEQ=AGACACAGAGAGAGAGAGAG;RSEQ=GAGGGAGGGAGAGAGAGAGA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:286:8:269,8:0.028:220,49:8,0 chr11 32451997 . G A 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=32451997;VD=84;AF=0.3011;BIAS=2:2;REFBIAS=163:24;VARBIAS=62:22;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=0.00875;ODDRATIO=2.4013;MQ=47.1;SN=11;HIAF=0.3235;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=77;HICOV=238;LSEQ=ACAGAGAGAGAGAGAGAGAG;RSEQ=GAGGGAGAGAGAGAGAGAGA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:84:187,84:0.3011:163,24:62,22 chr11 32452001 . GGA G 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=303;END=32452003;VD=88;AF=0.2904;BIAS=2:2;REFBIAS=141:40;VARBIAS=72:16;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.52373;ODDRATIO=1.27546139816078;MQ=60;SN=43;HIAF=0.2997;ADJAF=0.033;SHIFT3=34;MSI=18;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=86;HICOV=287;LSEQ=AGAGAGAGAGAGAGAGGGAG;RSEQ=GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:303:88:181,88:0.2904:141,40:72,16 chr11 32452240 . GC G 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=594;END=32452241;VD=292;AF=0.4916;BIAS=2:2;REFBIAS=122:179;VARBIAS=115:177;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.80168;ODDRATIO=1.04896;MQ=60;SN=584;HIAF=0.4974;ADJAF=0.0657;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=292;HICOV=587;LSEQ=CAGAACTCGGGCCCAAGGAT;RSEQ=CCGTGGCCCGCGAGCCCTCC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:594:292:301,292:0.4916:122,179:115,177 chr11 32452524 . G C 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=32452524;VD=69;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=1:68;VARBIAS=1:68;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=60;SN=33.5;HIAF=0.4926;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=67;HICOV=136;LSEQ=AAGGAGCAGCGTGTTCAAAG;RSEQ=CTCCTTGTACAGGCCTTGGA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:138:69:69,69:0.5:1,68:1,68 chr11 32455853 . G T 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=32455853;VD=16;AF=0.5926;BIAS=2:1;REFBIAS=10:1;VARBIAS=16:0;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.40741;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=0.5926;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=16;HICOV=27;LSEQ=AGTCCAGACGTCTGAAAAGC;RSEQ=CTACGCTTGGTGACAATTTG;DUPRATE=0.016;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:27:16:11,16:0.5926:10,1:16,0 chr11 32456562 . G A 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=599;END=32456562;VD=299;AF=0.4992;BIAS=2:2;REFBIAS=157:139;VARBIAS=159:140;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=32.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00550008546751;MQ=60;SN=7.794;HIAF=0.4741;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=265;HICOV=559;LSEQ=CCGTAAGCCGAAGCGCCCGG;RSEQ=GGCGCAAAGTCCAGCACCGG;DUPRATE=0.016;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:599:299:296,299:0.4992:157,139:159,140 chr11 32457138 . A G 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=529;END=32457138;VD=252;AF=0.4764;BIAS=2:2;REFBIAS=110:155;VARBIAS=110:142;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.65671;ODDRATIO=1.09135753964356;MQ=60;SN=125;HIAF=0.5123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=250;HICOV=488;LSEQ=AGGGGCCGGCGGCGCGGGGA;RSEQ=GAGGAGGAGCCAGGAGGCTC;DUPRATE=0.016;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:529:252:265,252:0.4764:110,155:110,142 chr11 32457394 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=32457394;VD=2;AF=0.0143;BIAS=1:0;REFBIAS=1:137;VARBIAS=0:2;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=CACTGGAGAGTCCGTTCAGG;RSEQ=AAGCAGTGAGTCCGGGCAGG;DUPRATE=0.016;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:138,2:0.0143:1,137:0,2 chr11 61513671 . CAGAG C 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=330;END=61513675;VD=149;AF=0.4515;BIAS=2:2;REFBIAS=86:95;VARBIAS=68:81;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.74086;ODDRATIO=1.07808;MQ=60;SN=298;HIAF=0.4715;ADJAF=0.0576;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=149;HICOV=316;LSEQ=GGAGCCCCTGCCCACCCTGA;RSEQ=GGAGCTGGGCCTCCCCTCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:330:149:181,149:0.4515:86,95:68,81 chr11 61513816 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=61513816;VD=3;AF=0.0151;BIAS=1:0;REFBIAS=3:193;VARBIAS=0:3;PMEAN=49.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=4;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=184;LSEQ=CTTAGAGTTTAGAAAACAAG;RSEQ=CAGACTCTCAGATGAAAGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:3:196,3:0.0151:3,193:0,3 chr11 61514085 . C T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=61514085;VD=2;AF=0.25;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:2;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=8;LSEQ=AACCTGGCTCCTACCCACCT;RSEQ=GCCCTTGAAGGATGGGCCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:2:6,2:0.25:0,6:0,2 chr11 62391899 . CA C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=7;END=62391900;VD=4;AF=0.5714;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5714;ADJAF=0.2857;SHIFT3=22;MSI=23;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=7;LSEQ=AGCCTGGCGACACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:7:4:2,4:0.5714:2,0:4,0 chr11 62391926 . C G 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=62391926;VD=14;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=16.6;PSTD=1;QUAL=32.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=13;HICOV=13;LSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAGAC;RSEQ=CAGGGCGCAGTGGCTCACTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:14:0,14:1:0,0:14,0 chr11 62392100 . G C 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=62392100;VD=134;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=134:0;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=133;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=133;HICOV=133;LSEQ=GCCTGTAGTCCCAGCGACTC;RSEQ=GGAGGTTGAGGCACGAGAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:134:134:0,134:1:0,0:134,0 chr11 62392213 . G GA 107 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=283;END=62392213;VD=8;AF=0.0283;BIAS=2:2;REFBIAS=190:69;VARBIAS=6:2;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.08913479132177;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0319;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=8;HICOV=251;LSEQ=TGAGACTCAGTCTCAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAGGAAAGCAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:8:259,8:0.0283:190,69:6,2 chr11 62392229 . C A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=320;END=62392229;VD=318;AF=0.9938;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=224:94;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.29781;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.875;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=302;HICOV=302;LSEQ=AAAAGAAAAAAAAAGGAAAG;RSEQ=AAATGTAAGGTCTCTAGGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:320:318:1,318:0.9938:0,1:224,94 chr11 62395061 . G A 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=62395061;VD=38;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:38;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=37;HICOV=37;LSEQ=TAAAAATACAAAAATTAGCC;RSEQ=GGCATGGTGGCAGGCACCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:38:38:0,38:1:0,0:0,38 chr11 62397177 . C G 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=557;END=62397177;VD=556;AF=0.9982;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=364:192;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=184.333;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=553;HICOV=554;LSEQ=CTGGGTGAGGAGAGAAGAGA;RSEQ=GGGTAGTGAGGAGCAAAAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:557:556:0,556:0.9982:0,0:364,192 chr11 62398768 . C T 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=306;END=62398768;VD=305;AF=0.9967;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:296;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.417;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=293;HICOV=293;LSEQ=ACAGAGCTGGCTCATGTAAG;RSEQ=TGCTTTCGGTAAGACTAAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:306:305:0,305:0.9967:0,0:9,296 chr11 62401620 . C T 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=62401620;VD=73;AF=0.4345;BIAS=1:1;REFBIAS=93:2;VARBIAS=73:0;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.50563;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.5;HIAF=0.4277;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=71;HICOV=166;LSEQ=CACCTTCCTTCTTCTGGGGG;RSEQ=TCCCAGCCAGGGTAACAGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:168:73:95,73:0.4345:93,2:73,0 chr11 62401716 . A G 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=241;END=62401716;VD=240;AF=0.9959;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=177:63;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=119;HIAF=0.9958;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=238;HICOV=239;LSEQ=GGTCTGGGGCACCTCCCCCC;RSEQ=AAGGCTAGAGTGAGGAATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:241:240:0,240:0.9959:0,0:177,63 chr11 62401955 . GA G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=207;END=62401956;VD=3;AF=0.0145;BIAS=2:0;REFBIAS=34:170;VARBIAS=0:3;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=202;LSEQ=CAAACTTCCAGAGATGGGGG;RSEQ=AAAAGAAACCAAAAAAAATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:207:3:204,3:0.0145:34,170:0,3 chr11 62402151 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=215;END=62402151;VD=3;AF=0.014;BIAS=2:0;REFBIAS=188:24;VARBIAS=3:0;PMEAN=51.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0096;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=209;LSEQ=ACCGCACCCGGGTCTGGTTC;RSEQ=TACCCTCCCTGACAGAGAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:215:3:212,3:0.014:188,24:3,0 chr11 62402662 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=62402662;VD=2;AF=0.0167;BIAS=1:0;REFBIAS=0:114;VARBIAS=0:2;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0179;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=112;LSEQ=GCATATTTATTACTTTTTTC;RSEQ=TTTTTTTTTTTGAGACGGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:2:114,2:0.0167:0,114:0,2 chr11 62406052 . GAGGAAGGAAGGAAGGAAGGA G 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=16;END=62406072;VD=15;AF=0.9375;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.9375;ADJAF=0.3125;SHIFT3=46;MSI=16;MSILEN=4;NM=1.7;HICNT=15;HICOV=16;LSEQ=ATATCTAAGGAAAAGGAAAG;RSEQ=AGGAAGGAAGGAAGGAAGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:15:1,15:0.9375:1,0:15,0 chr11 62406162 . G T 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=62406162;VD=74;AF=0.9867;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=74:0;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=69;HICOV=69;LSEQ=ACATTGTATTCCTGGAGAAC;RSEQ=AGATCTGTAAATAAACAGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:75:74:1,74:0.9867:1,0:74,0 chr11 62406389 . CA C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=478;END=62406390;VD=5;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=342:130;VARBIAS=3:2;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.62;ODDRATIO=1.75152;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=5;HICOV=468;LSEQ=TGGGAAAGAATATCAGCAAC;RSEQ=AAAAAAGGTTCATCAGGAAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:478:5:472,5:0.0105:342,130:3,2 chr11 62407266 . A G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=269;END=62407266;VD=3;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=43:222;VARBIAS=2:1;PMEAN=25.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.07407;ODDRATIO=10.183299389002;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=243;LSEQ=CAGAAGGGGCCCCCTTCAAA;RSEQ=GGAAAAGCTTCTTCCTGTCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:269:3:265,3:0.0112:43,222:2,1 chr11 62413985 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=351;END=62413985;VD=4;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=247:100;VARBIAS=2:2;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.58291;ODDRATIO=2.46277;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0086;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=3;HICOV=348;LSEQ=AAGGAGTGGAATGGGACTTG;RSEQ=GGGATCTGGGGGCGTCCCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:351:4:347,4:0.0114:247,100:2,2 chr11 62414350 . G GA 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=161;END=62414350;VD=8;AF=0.0497;BIAS=1:0;REFBIAS=1:139;VARBIAS=0:8;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=16;HIAF=0.0597;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=8;HICOV=134;LSEQ=AAGTTGGCAAATTTTATTTA;RSEQ=AAAAAAAAAAGTGGGAGAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:8:140,8:0.0497:1,139:0,8 chr11 62414360 . A T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=62414360;VD=2;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=1:148;VARBIAS=0:2;PMEAN=64;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0135;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=148;LSEQ=ATTTTATTTAGAAAAAAAAA;RSEQ=GTGGGAGAGAAAAAAGTGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:2:149,2:0.0132:1,148:0,2 chr11 64591386 . T C 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=64591386;VD=75;AF=0.5682;BIAS=2:1;REFBIAS=52:4;VARBIAS=72:3;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.45994;ODDRATIO=1.8373233872894;MQ=60;SN=24;HIAF=0.5760;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=72;HICOV=125;LSEQ=CTACCTCCTTCCAATTCCTA;RSEQ=CACCTCCTCCTCCACTTCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:132:75:56,75:0.5682:52,4:72,3 chr11 64591522 . C CATG 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=285;END=64591522;VD=130;AF=0.4561;BIAS=2:2;REFBIAS=78:74;VARBIAS=62:68;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.55278;ODDRATIO=1.15546;MQ=60;SN=129;HIAF=0.4607;ADJAF=0.0456;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.4;HICNT=129;HICOV=280;LSEQ=ACGCTAAGCAGAGACGGGGA;RSEQ=ATGCCCCATCTTGGCCTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:285:130:152,130:0.4561:78,74:62,68 chr11 64591679 . G A 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=64591679;VD=50;AF=0.4132;BIAS=1:1;REFBIAS=2:68;VARBIAS=0:50;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=0.5098;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.667;HIAF=0.4234;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=47;HICOV=111;LSEQ=GCTTTGGCACAATCACCCCT;RSEQ=GACACCAGAACAAAAGGGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:121:50:70,50:0.4132:2,68:0,50 chr11 65783915 . T C 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=65783915;VD=24;AF=0.5333;BIAS=1:1;REFBIAS=20:0;VARBIAS=24:0;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=0.5455;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=24;HICOV=44;LSEQ=CCCCCAGGCCCTGGTAACCC;RSEQ=GGGGTGTTCAGGCCTATTCT;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:45:24:20,24:0.5333:20,0:24,0 chr11 65784003 . CCCGGCACCG C 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=113;END=65784012;VD=54;AF=0.4779;BIAS=1:1;REFBIAS=59:0;VARBIAS=54:0;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=108;HIAF=0.4865;ADJAF=0.0796;SHIFT3=8;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=54;HICOV=111;LSEQ=GTTACTGCCTCCTCGGCCCT;RSEQ=CCGGCACCTGAGCTCAGCCC;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:54:59,54:0.4779:59,0:54,0 chr11 65784657 . C G 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=65784657;VD=4;AF=0.0645;BIAS=2:0;REFBIAS=50:8;VARBIAS=0:4;PMEAN=12.5;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=0.00089;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0500;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=7;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=60;LSEQ=TCCTGCTGCCTGCGGGTGGG;RSEQ=GGGGGGGTCGCAGAGACAGG;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:62:4:58,4:0.0645:50,8:0,4 chr11 65784686 . T G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=135;END=65784686;VD=2;AF=0.0148;BIAS=2:2;REFBIAS=31:102;VARBIAS=1:1;PMEAN=17.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.41924;ODDRATIO=3.25436084353033;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0150;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=5;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=133;LSEQ=CGCAGAGACAGGGGCTGGGC;RSEQ=GACCTGCTGGCTGGGCCTAC;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:135:2:133,2:0.0148:31,102:1,1 chr11 65784703 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=65784703;VD=2;AF=0.0152;BIAS=2:0;REFBIAS=16:114;VARBIAS=0:2;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0153;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=131;LSEQ=GGCTGACCTGCTGGCTGGGC;RSEQ=TACTGCACCCCAGAACCACC;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:2:130,2:0.0152:16,114:0,2 chr11 65787666 . G A 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=383;END=65787666;VD=186;AF=0.4856;BIAS=2:2;REFBIAS=110:87;VARBIAS=102:84;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.91812;ODDRATIO=1.04116;MQ=60;SN=22.25;HIAF=0.4772;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=178;HICOV=373;LSEQ=AGCTTCTCTTGGATCCGGGC;RSEQ=GCCCTCTGGGAAGAAGAGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:383:186:197,186:0.4856:110,87:102,84 chr11 65787767 . C T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=431;END=65787767;VD=229;AF=0.5313;BIAS=2:2;REFBIAS=89:111;VARBIAS=104:125;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.92253;ODDRATIO=1.03759195658715;MQ=60;SN=27.625;HIAF=0.5274;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=221;HICOV=419;LSEQ=AGCTTCCTGATCTGGTCCAC;RSEQ=TGTCCCACCCCACTCGGTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:431:229:200,229:0.5313:89,111:104,125 chr11 65787927 . T G 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=401;END=65787927;VD=5;AF=0.0125;BIAS=2:2;REFBIAS=208:186;VARBIAS=4:1;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.37679;ODDRATIO=3.56696985910469;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0081;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.6;HICNT=3;HICOV=371;LSEQ=GAGGGGCACCCGGTACTTCT;RSEQ=GTGGGTTCAGCGTGGCATGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:401:5:394,5:0.0125:208,186:4,1 chr11 65788072 . C T 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=514;END=65788072;VD=236;AF=0.4591;BIAS=2:2;REFBIAS=157:121;VARBIAS=140:96;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.53146;ODDRATIO=1.1236838852494;MQ=60;SN=46.2;HIAF=0.4574;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=231;HICOV=505;LSEQ=CTGGATGATGATGTAAATTA;RSEQ=GAGGATGGGAATGATGTACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:514:236:278,236:0.4591:157,121:140,96 chr11 65790914 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=65790914;VD=2;AF=0.0247;BIAS=2:2;REFBIAS=16:63;VARBIAS=1:1;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.37778;ODDRATIO=3.8501520810072;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0250;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=80;LSEQ=CCCAGTGCCCTCTCTCTCCT;RSEQ=AGCATGAGCCTCACACAAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:2:79,2:0.0247:16,63:1,1 chr11 65792284 . T C 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=65792284;VD=24;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=24:0;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=24;HICOV=24;LSEQ=GTGGTCAGCTAAGTGACCAC;RSEQ=CCTAGTTTTGGGCCCCTCGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:24:24:0,24:1:0,0:24,0 chr11 71145687 . T C 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=351;END=71145687;VD=181;AF=0.5157;BIAS=2:2;REFBIAS=118:50;VARBIAS=125:56;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.81699;ODDRATIO=1.05714;MQ=60;SN=362;HIAF=0.5371;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=181;HICOV=337;LSEQ=AGCCAGAGTCTGCACAGTCA;RSEQ=AGGGCAAGCAGAAAATTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:351:181:168,181:0.5157:118,50:125,56 chr11 71145778 . G A 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=528;END=71145778;VD=260;AF=0.4924;BIAS=2:2;REFBIAS=150:114;VARBIAS=137:123;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.38017;ODDRATIO=1.18095;MQ=60;SN=10.304;HIAF=0.4731;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=237;HICOV=501;LSEQ=ACACCTGAAAGGCCACAGCC;RSEQ=GTGCTGGGACCTCTCTGAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:528:260:264,260:0.4924:150,114:137,123 chr11 71145941 . G A 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=556;END=71145941;VD=273;AF=0.491;BIAS=2:2;REFBIAS=151:129;VARBIAS=148:125;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01148030142113;MQ=60;SN=26.3;HIAF=0.4861;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=263;HICOV=541;LSEQ=GGCGCACGGGCCCCACCCAC;RSEQ=ACTGCAGAGCAGGCAGGGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:556:273:280,273:0.491:151,129:148,125 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=699;END=71146260;VD=355;AF=0.5079;BIAS=2:2;REFBIAS=160:183;VARBIAS=184:171;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.17388;ODDRATIO=1.23033009756518;MQ=60;SN=710;HIAF=0.5190;ADJAF=0.1059;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=355;HICOV=684;LSEQ=CGGAATTCCCTTGAAGGCAA;RSEQ=AGCGTGATTAGGTACTGGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:699:355:343,355:0.5079:160,183:184,171 chr11 71146691 . A G 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=734;END=71146691;VD=406;AF=0.5531;BIAS=2:2;REFBIAS=134:191;VARBIAS=203:203;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.02062;ODDRATIO=1.42466377934807;MQ=60;SN=202;HIAF=0.5635;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=404;HICOV=717;LSEQ=TTGCTGTGGTGCCTCTGCCC;RSEQ=TCGGCGGATGTGTAGGAGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:734:406:325,406:0.5531:134,191:203,203 chr11 71146952 . G A 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=360;END=71146952;VD=204;AF=0.5667;BIAS=2:2;REFBIAS=28:127;VARBIAS=32:172;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.5702;ODDRATIO=1.18447;MQ=60;SN=67;HIAF=0.5646;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=201;HICOV=356;LSEQ=AGGACAGGAGTGTGGGCTCG;RSEQ=GGGCCCAGCGGCCTGGGGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:360:204:155,204:0.5667:28,127:32,172 chr11 71148674 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=71148674;VD=2;AF=0.0105;BIAS=1:0;REFBIAS=186:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=59;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=184;LSEQ=TTTGCAGATGTTAGGGACAT;RSEQ=CTCAAGGCCACCTCCCTGGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:2:188,2:0.0105:186,2:2,0 chr11 71149069 . A G 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=326;END=71149069;VD=162;AF=0.4969;BIAS=2:2;REFBIAS=23:141;VARBIAS=37:125;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.04568;ODDRATIO=1.81126607498642;MQ=60;SN=324;HIAF=0.5047;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=162;HICOV=321;LSEQ=GGGGAAATCACACTCCACGC;RSEQ=GATGCAGCAGGGGGTGCTCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:326:162:164,162:0.4969:23,141:37,125 chr11 71149137 . G A 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=203;END=71149137;VD=113;AF=0.5567;BIAS=1:1;REFBIAS=0:90;VARBIAS=1:112;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.667;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=110;HICOV=198;LSEQ=TGGGGCTGTTCCTTCCCTGC;RSEQ=GCTGGGGCTGTTCCTGCCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:203:113:90,113:0.5567:0,90:1,112 chr11 71149856 . C T 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=374;END=71149856;VD=199;AF=0.5321;BIAS=2:2;REFBIAS=153:22;VARBIAS=169:30;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.55009;ODDRATIO=1.23384;MQ=60;SN=32.167;HIAF=0.5273;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=193;HICOV=366;LSEQ=ATTAAGGTCATGGGAATACG;RSEQ=TCTGGCTTGCGGGTTCCCCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:374:199:175,199:0.5321:153,22:169,30 chr11 71150247 . C T 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=71150247;VD=77;AF=0.4503;BIAS=1:1;REFBIAS=0:94;VARBIAS=0:77;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.5;HIAF=0.4438;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=75;HICOV=169;LSEQ=TAAAGGGTAACGTGAGACGG;RSEQ=GCAGGCAGAAGCTGGCCATG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:77:94,77:0.4503:0,94:0,77 chr11 71150296 . C T 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=71150296;VD=53;AF=0.469;BIAS=1:1;REFBIAS=0:60;VARBIAS=0:53;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.667;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=50;HICOV=110;LSEQ=GGACCCCCACGGCTGGAATG;RSEQ=TTGTCGGCTGGTTCCTGGCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:53:60,53:0.469:0,60:0,53 chr11 71150520 . T G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=71150520;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:3;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=TTGATTGCACTGAGATTACG;RSEQ=TCTGGGGCCCAAGCACACGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:0,3 chr11 71152258 . C T 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=369;END=71152258;VD=174;AF=0.4715;BIAS=2:2;REFBIAS=136:58;VARBIAS=115:59;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.43379;ODDRATIO=1.20239;MQ=60;SN=13.5;HIAF=0.4563;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=162;HICOV=355;LSEQ=TCTACATCAGGCTGGACCCG;RSEQ=TGCTAAGAACATACCAGTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:369:174:194,174:0.4715:136,58:115,59 chr11 71152461 . A G 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=346;END=71152461;VD=172;AF=0.4971;BIAS=2:2;REFBIAS=50:123;VARBIAS=50:122;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00817630987307;MQ=60;SN=344;HIAF=0.5015;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=172;HICOV=343;LSEQ=AGGAGCCAGGCTTGCAGGCC;RSEQ=TTGATCTGATACTTGTTCAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:346:172:173,172:0.4971:50,123:50,122 chr11 71155016 . A C 57 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=383;END=71155016;VD=5;AF=0.0131;BIAS=2:0;REFBIAS=263:115;VARBIAS=5:0;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=24.6;QSTD=1;SBF=0.3279;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=4;HICOV=374;LSEQ=TCCCCACCTGCTGTGTCCCA;RSEQ=CCCCAGGGCAGGGGCTGCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:383:5:378,5:0.0131:263,115:5,0 chr11 71155153 . A G 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=474;END=71155153;VD=245;AF=0.5169;BIAS=2:2;REFBIAS=99:127;VARBIAS=108:137;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0112552711681;MQ=60;SN=48;HIAF=0.5195;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=240;HICOV=462;LSEQ=ACGATGTCCACCACAGGGCC;RSEQ=GTCAGGGCGCAGCTGTACTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:474:245:226,245:0.5169:99,127:108,137 chr11 71155641 . A G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=71155641;VD=19;AF=0.4419;BIAS=2:1;REFBIAS=21:3;VARBIAS=18:1;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.61757;ODDRATIO=2.51990726741256;MQ=60;SN=38;HIAF=0.4524;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=19;HICOV=42;LSEQ=TGACAATAGGTCATACCCCC;RSEQ=GATGGTGGGAAGGCCCCAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:43:19:24,19:0.4419:21,3:18,1 chr11 71156101 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=71156101;VD=2;AF=0.0116;BIAS=1:2;REFBIAS=7:162;VARBIAS=1:1;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.09164;ODDRATIO=21.7155266015201;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=TCCTGGGCCTGGCAGGGCTG;RSEQ=CCTCCTGTGCACATCTTCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:169,2:0.0116:7,162:1,1 chr11 71158880 . G T 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=302;END=71158880;VD=4;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=34:264;VARBIAS=1:3;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.39064;ODDRATIO=2.57685469116397;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=300;LSEQ=GAGTCAAGCAAGAGGCAGAA;RSEQ=GTCCAGTGCTCAGGGCTTCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:302:4:298,4:0.0132:34,264:1,3 chr11 73662603 . C G 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=73662603;VD=7;AF=0.35;BIAS=1:0;REFBIAS=0:13;VARBIAS=0:7;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.3684;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=7;HICOV=19;LSEQ=AGCATTGACTAAACTACATT;RSEQ=CTGAATACTTCCATCGGATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:20:7:13,7:0.35:0,13:0,7 chr11 73669045 . G C 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=73669045;VD=22;AF=0.9565;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:8;PMEAN=23.2;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=CCCTCGCGCAAAGCTTGCCC;RSEQ=TTGGAGGAGTCCTGTGTCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:23:22:0,22:0.9565:0,0:14,8 chr11 73669310 . C A 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=214;END=73669310;VD=213;AF=0.9953;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=161:52;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52.25;HIAF=0.9952;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=209;HICOV=210;LSEQ=CGGCTCTGAACTCTGGTCCG;RSEQ=CCTCAGAAACAGACCAGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:214:213:0,213:0.9953:0,0:161,52 chr11 73669334 . A C 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=73669334;VD=222;AF=0.9911;BIAS=0:2;REFBIAS=0:2;VARBIAS=158:64;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.08588;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=214;HICOV=214;LSEQ=CAGAAACAGACCAGCTGATA;RSEQ=GACTTGTATTAATTCTCCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:224:222:2,222:0.9911:0,2:158,64 chr11 73669645 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=105;END=73669645;VD=2;AF=0.019;BIAS=1:0;REFBIAS=0:103;VARBIAS=0:2;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=105;LSEQ=CAGTAGAAGCAAGCTGAGGT;RSEQ=GAGGACGTGGGGTGTGGAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:105:2:103,2:0.019:0,103:0,2 chr11 73670433 . G C 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=203;END=73670433;VD=96;AF=0.4729;BIAS=2:2;REFBIAS=101:6;VARBIAS=86:10;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.2969;ODDRATIO=1.95091;MQ=60;SN=95;HIAF=0.4703;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=95;HICOV=202;LSEQ=AGCAGGCACTTTGGGATCAG;RSEQ=CTGCTTCTGCCCCTTCCCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:203:96:107,96:0.4729:101,6:86,10 chr11 73670645 . T C 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=479;END=73670645;VD=478;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=228:250;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=67.286;HIAF=0.9979;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=471;HICOV=472;LSEQ=ACAACTGGTTACGTCTTCCA;RSEQ=GGCAAACCTGAAAAGGTGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:479:478:0,478:0.9979:0,0:228,250 chr11 73670793 . TTATTA T 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=262;END=73670798;VD=141;AF=0.5382;BIAS=2:2;REFBIAS=23:98;VARBIAS=26:115;PMEAN=26.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03794;MQ=60;SN=69.5;HIAF=0.5538;ADJAF=0.1336;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=139;HICOV=251;LSEQ=GTTTTGTTTTTATTTTTACT;RSEQ=TTTTATTTTATTTACTTATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:262:141:121,141:0.5382:23,98:26,115 chr11 73670795 . ATTATT A 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=249;END=73670800;VD=83;AF=0.3333;BIAS=2:2;REFBIAS=14:46;VARBIAS=11:72;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.12554;ODDRATIO=1.98225;MQ=60;SN=82;HIAF=0.5899;ADJAF=0.0361;SHIFT3=11;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=82;HICOV=139;LSEQ=TTTGTTTTTATTTTTACTTT;RSEQ=TTATTTTATTTACTTATTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:83:60,83:0.3333:14,46:11,72 chr11 73670914 . TCTC T 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=120;END=73670917;VD=57;AF=0.475;BIAS=1:1;REFBIAS=0:63;VARBIAS=0:57;PMEAN=48.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=114;HIAF=0.4750;ADJAF=0.025;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=57;HICOV=120;LSEQ=GCCTCCCGGGTTCAAATGAT;RSEQ=CTCCCTCAGCCTCCCAAGTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:57:63,57:0.475:0,63:0,57 chr11 73675853 . T C 176 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=68;END=73675853;VD=52;AF=0.7647;BIAS=2:1;REFBIAS=3:8;VARBIAS=52:0;PMEAN=53.7;PSTD=1;QUAL=30.9;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=0;MQ=59.6;SN=4.778;HIAF=0.8431;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=18;MSILEN=2;NM=5.2;HICNT=43;HICOV=51;LSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;RSEQ=GTGTGCGCGCGCGCGCATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:68:52:11,52:0.7647:3,8:52,0 chr11 73675855 . T C 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=73675855;VD=54;AF=0.806;BIAS=2:1;REFBIAS=2:7;VARBIAS=54:0;PMEAN=53.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=0;MQ=59.6;SN=108;HIAF=0.8438;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=17;MSILEN=2;NM=5.1;HICNT=54;HICOV=64;LSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;RSEQ=GTGCGCGCGCGCGCATGTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:67:54:9,54:0.806:2,7:54,0 chr11 73675857 . T C 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=73675857;VD=55;AF=0.8209;BIAS=2:1;REFBIAS=2:7;VARBIAS=55:0;PMEAN=51.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=0;MQ=59.6;SN=110;HIAF=0.9016;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=16;MSILEN=2;NM=5.0;HICNT=55;HICOV=61;LSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;RSEQ=GCGCGCGCGCGCATGTCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:67:55:9,55:0.8209:2,7:55,0 chr11 73675860 . G GCGCCCC 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=69;END=73675860;VD=25;AF=0.3623;BIAS=0:1;REFBIAS=3:0;VARBIAS=25:0;PMEAN=50.9;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.2;SN=50;HIAF=0.3788;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=5;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=25;HICOV=66;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGC;RSEQ=CGCGCGCGCATGTCTGGGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:69:25:3,25:0.3623:3,0:25,0 chr11 73677014 . T A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=101;END=73677014;VD=2;AF=0.0198;BIAS=1:0;REFBIAS=97:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=CTCAGGGCAGGCTCTCCCCA;RSEQ=TGCTGGAGGCTCTTCCCATT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:101:2:99,2:0.0198:97,2:2,0 chr11 73679219 . G C 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=73679219;VD=34;AF=0.4789;BIAS=1:1;REFBIAS=36:1;VARBIAS=34:0;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=0.4714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=33;HICOV=70;LSEQ=TTCATTTGGGTAAGCTTCTC;RSEQ=GGCTTCTAATCCATCTGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:34:37,34:0.4789:36,1:34,0 chr11 73679232 . A G 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=73679232;VD=36;AF=0.4932;BIAS=1:1;REFBIAS=36:1;VARBIAS=36:0;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=0.4932;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=36;HICOV=73;LSEQ=GCTTCTCGGGCTTCTAATCC;RSEQ=TCTGGGCTATGGGGGCCAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:36:37,36:0.4932:36,1:36,0 chr11 73679655 . G A 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=73679655;VD=61;AF=0.4453;BIAS=1:1;REFBIAS=2:74;VARBIAS=3:58;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.65562;ODDRATIO=1.90465306744377;MQ=60;SN=29.5;HIAF=0.4370;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=59;HICOV=135;LSEQ=ATCACCATCCACTTGGTCCC;RSEQ=TCTGCTCATCTGCACCGCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:61:76,61:0.4453:2,74:3,58 chr11 73679892 . G A 101 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=73679892;VD=8;AF=0.5333;BIAS=2:2;REFBIAS=3:4;VARBIAS=4:4;PMEAN=22.2;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.30792471585336;MQ=60;SN=7;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=7;HICOV=14;LSEQ=TAGCACCCTGCCTGTGTGGC;RSEQ=CATTGTCACACCTCCGTTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:15:8:7,8:0.5333:3,4:4,4 chr11 73680051 . C T 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=73680051;VD=30;AF=0.6383;BIAS=1:1;REFBIAS=17:0;VARBIAS=30:0;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=0.6383;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=30;HICOV=47;LSEQ=CTCTCCTTGGCTCCCACAAA;RSEQ=GCTTTTATTCTGTCTCCATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:47:30:17,30:0.6383:17,0:30,0 chr11 73680063 . G A 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=73680063;VD=57;AF=0.9828;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=57:0;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.5;HIAF=0.9821;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=55;HICOV=56;LSEQ=CCCACAAACGCTTTTATTCT;RSEQ=TCTCCATCATTACATTTATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:58:57:0,57:0.9828:0,0:57,0 chr11 73680128 . T G 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=73680128;VD=48;AF=0.466;BIAS=1:1;REFBIAS=54:0;VARBIAS=48:0;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=0.4706;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=48;HICOV=102;LSEQ=CCATCCATCTTTCCTGCCAG;RSEQ=GCAGAAAATTGCATGGGTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:103:48:54,48:0.466:54,0:48,0 chr11 73680776 . C T 145 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=73680776;VD=17;AF=0.3617;BIAS=2:1;REFBIAS=24:5;VARBIAS=17:0;PMEAN=50.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.1415;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.3636;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=16;HICOV=44;LSEQ=GTTTGCTCACCTTTACTTCC;RSEQ=GTTTCCCATGTCTTAAACAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:47:17:29,17:0.3617:24,5:17,0 chr11 73680790 . TAAAC T 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=59;END=73680794;VD=31;AF=0.5254;BIAS=1:2;REFBIAS=28:0;VARBIAS=28:3;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.23904;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=0.5254;ADJAF=0.0847;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=31;HICOV=59;LSEQ=ACTTCCCGTTTCCCATGTCT;RSEQ=AAAGTTTCTGGAATCCTCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:59:31:28,31:0.5254:28,0:28,3 chr11 73680807 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=73680807;VD=2;AF=0.0308;BIAS=1:0;REFBIAS=60:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0328;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=61;LSEQ=TCTTAAACAAAGTTTCTGGA;RSEQ=TCCTCCATCAGAGACTCAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:65:2:63,2:0.0308:60,3:2,0 chr11 73681090 . C T 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=525;END=73681090;VD=264;AF=0.5029;BIAS=2:2;REFBIAS=184:77;VARBIAS=185:79;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.92421;ODDRATIO=1.02039;MQ=60;SN=51.8;HIAF=0.5029;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=259;HICOV=515;LSEQ=GGGGATCTCTTCATCTTCTT;RSEQ=GACATCCAGTTCCCCACCCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:525:264:261,264:0.5029:184,77:185,79 chr11 73681135 . G A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=616;END=73681135;VD=287;AF=0.4659;BIAS=2:2;REFBIAS=218:109;VARBIAS=193:94;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.93152;ODDRATIO=1.02655703037582;MQ=60;SN=27.7;HIAF=0.4640;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.0;HICNT=277;HICOV=597;LSEQ=ACACCCCAGAAGAAGCAGAT;RSEQ=CTGCGCCAGGCATTGCTGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:616:287:327,287:0.4659:218,109:193,94 chr11 73681347 . T C 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=775;END=73681347;VD=369;AF=0.4761;BIAS=2:2;REFBIAS=212:192;VARBIAS=186:183;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.61409;ODDRATIO=1.08624;MQ=60;SN=51.714;HIAF=0.4879;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=362;HICOV=742;LSEQ=GCTACACCCACGAGAGTACA;RSEQ=TGGAGAGGAGCTTCATATTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:775:369:404,369:0.4761:212,192:186,183 chr11 101918327 . A G 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=288;END=101918327;VD=288;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=178:110;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=287;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=287;HICOV=287;LSEQ=CAGTGGTGAGGAACCGAGGC;RSEQ=CAGGGAGAGAAGAGGCCCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:288:288:0,288:1:0,0:178,110 chr11 101918686 . A C 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=101918686;VD=138;AF=0.5149;BIAS=2:2;REFBIAS=39:90;VARBIAS=27:111;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.04777;ODDRATIO=1.77763;MQ=60;SN=68;HIAF=0.5171;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=136;HICOV=263;LSEQ=GATTTTTAAACTTCCCCCCA;RSEQ=GTTGGCATAGATTCTTGTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:268:138:129,138:0.5149:39,90:27,111 chr11 101929900 . T C 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=101929900;VD=44;AF=0.6286;BIAS=1:1;REFBIAS=0:26;VARBIAS=0:44;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.8;HIAF=0.6190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=39;HICOV=63;LSEQ=ACATAAGAGCAATTTTTCTC;RSEQ=CTTTTTATTCATATAAAAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:70:44:26,44:0.6286:0,26:0,44 chr11 101952382 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=101952382;VD=2;AF=0.25;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:2;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2857;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=7;LSEQ=CACGCCTGTAATCCCATTTT;RSEQ=GGGGGCCGAGGCAGGCAGAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:2:6,2:0.25:0,6:0,2 chr11 101954300 . G T 98 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=101954300;VD=9;AF=0.6923;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:9;PMEAN=25.1;PSTD=1;QUAL=31.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3.5;HIAF=0.6364;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=7;HICOV=11;LSEQ=TGTAGCAGAAAACTAAACAT;RSEQ=TCTACCACTGATCATTAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:9:4,9:0.6923:0,4:0,9 chr11 103779793 . T C 123 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=103779793;VD=14;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=26.9;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=GTTTTGGAGACAGGTTATTA;RSEQ=AGTCCACATAGGTAAGTATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:14:0,14:1:0,0:14,0 chr11 103779977 . T C 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=103779977;VD=65;AF=0.9848;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=63:2;PMEAN=45.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=130;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=65;HICOV=65;LSEQ=AGCAAGATTCAAAATTGTTT;RSEQ=GTGTTTCAAAATTTAAAAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:66:65:0,65:0.9848:0,0:63,2 chr11 103780095 . G C 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=103780095;VD=151;AF=0.9869;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=103:48;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=32.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.615;HIAF=0.9928;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=138;HICOV=139;LSEQ=TCTAACTCAAACATATGTAA;RSEQ=CTCTGGTGTACCTGGTTATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:153:151:0,151:0.9869:0,0:103,48 chr11 103780121 . C CAAA 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=157;END=103780121;VD=130;AF=0.828;BIAS=0:2;REFBIAS=9:0;VARBIAS=74:56;PMEAN=44.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.01108;ODDRATIO=0;MQ=60.4;SN=260;HIAF=0.8228;ADJAF=0.0764;SHIFT3=8;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=130;HICOV=158;LSEQ=GTGTACCTGGTTATATATAC;RSEQ=AAAAAAAACATTTGATCTAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:157:130:9,130:0.828:9,0:74,56 chr11 103780455 . A G 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=103780455;VD=15;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:13;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=15;HICOV=15;LSEQ=CTTGAGCTGCAGATACAATC;RSEQ=CATCGTTCATGGTGATCCAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:15:15:0,15:1:0,0:2,13 chr11 113186776 . G A 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=113186776;VD=78;AF=0.5065;BIAS=1:1;REFBIAS=75:0;VARBIAS=77:1;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=77;HIAF=0.5133;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=77;HICOV=150;LSEQ=TTCTGGAAGCATTGCCGCAC;RSEQ=TAAATGAGTGCCTCTTGGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:154:78:75,78:0.5065:75,0:77,1 chr11 113186879 . C T 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=290;END=113186879;VD=141;AF=0.4862;BIAS=2:2;REFBIAS=127:20;VARBIAS=117:24;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.51267;ODDRATIO=1.30136;MQ=60;SN=19.143;HIAF=0.4873;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=134;HICOV=275;LSEQ=TCATAAAAATAATCACTTGG;RSEQ=TCTTAGTTTTAGAAGGCTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:290:141:147,141:0.4862:127,20:117,24 chr11 113187248 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=113187248;VD=2;AF=0.0167;BIAS=1:0;REFBIAS=1:117;VARBIAS=0:2;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0168;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=119;LSEQ=CAGAGAAACTGTTAACATTC;RSEQ=GATAGGAATTCAGGCTGACG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:2:118,2:0.0167:1,117:0,2 chr11 113194168 . A C 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=494;END=113194168;VD=250;AF=0.5061;BIAS=2:2;REFBIAS=64:180;VARBIAS=84:166;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.07777;ODDRATIO=1.42215143068434;MQ=60;SN=124;HIAF=0.5124;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=248;HICOV=484;LSEQ=TCAGTCCTCCACAAACTGCT;RSEQ=TGAAGGTTTCTTTTTCTATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:494:250:244,250:0.5061:64,180:84,166 chr11 113194319 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=198;END=113194320;VD=4;AF=0.0202;BIAS=1:0;REFBIAS=4:190;VARBIAS=0:4;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0212;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=189;LSEQ=ATAAGAAAGTATAAAATTTG;RSEQ=TTTTTTTTTCCTTTGATCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:4:194,4:0.0202:4,190:0,4 chr11 113195595 . A G 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=113195595;VD=72;AF=0.4768;BIAS=1:1;REFBIAS=1:77;VARBIAS=1:71;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.08390509327003;MQ=60;SN=144;HIAF=0.4832;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=72;HICOV=149;LSEQ=GTTCCTGCTGCAACAAGCAG;RSEQ=GGGTAGGATACACCTACCTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:72:78,72:0.4768:1,77:1,71 chr11 113195611 . A G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=113195611;VD=64;AF=0.4848;BIAS=1:1;REFBIAS=1:67;VARBIAS=1:63;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.06302686268882;MQ=60;SN=31;HIAF=0.4806;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=62;HICOV=129;LSEQ=GCAGAGGGTAGGATACACCT;RSEQ=CCTCCAGTGAAACCTCTTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:64:68,64:0.4848:1,67:1,63 chr11 113200558 . A G 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=355;END=113200558;VD=168;AF=0.4732;BIAS=2:2;REFBIAS=160:26;VARBIAS=139:29;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.463;ODDRATIO=1.28298;MQ=60;SN=55;HIAF=0.4783;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=165;HICOV=345;LSEQ=ATAGTTCTCGCTGACATTCT;RSEQ=CTGTTCGAATGTTCTTTCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:355:168:186,168:0.4732:160,26:139,29 chr11 113200709 . G A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=526;END=113200709;VD=261;AF=0.4962;BIAS=2:2;REFBIAS=112:152;VARBIAS=119:142;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.48263;ODDRATIO=1.13704844963444;MQ=60;SN=42.5;HIAF=0.5030;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=255;HICOV=507;LSEQ=GTGGGCTCTCAAGGTAAGAG;RSEQ=GTATTTCTTTTCCCACATGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:526:261:264,261:0.4962:112,152:119,142 chr11 113200938 . T C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=107;END=113200938;VD=2;AF=0.0187;BIAS=1:0;REFBIAS=2:103;VARBIAS=0:2;PMEAN=56;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0189;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=106;LSEQ=GAAGTTTCAATGTCTTATTT;RSEQ=ACTTCAGCTCCTTCTTTACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:107:2:105,2:0.0187:2,103:0,2 chr11 113209931 . GA G 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=376;END=113209932;VD=6;AF=0.016;BIAS=2:0;REFBIAS=313:57;VARBIAS=6:0;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.59674;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0160;ADJAF=0.0027;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=6;HICOV=375;LSEQ=CTCCCATCCTCAAAAGAAAG;RSEQ=AAAAAAAAGGTTGCTTCTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:376:6:370,6:0.016:313,57:6,0 chr11 113211329 . G T 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=310;END=113211329;VD=157;AF=0.5065;BIAS=2:2;REFBIAS=108:44;VARBIAS=122:35;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.19392;ODDRATIO=1.41847995687821;MQ=60;SN=77.5;HIAF=0.5082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=155;HICOV=305;LSEQ=GCAGGTGGCTGTGTTGCAGC;RSEQ=AGACACCAGCCAGCCAGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:310:157:152,157:0.5065:108,44:122,35 chr11 113211813 . A G 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=113211813;VD=7;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:7;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=7;HICOV=13;LSEQ=AATACAAAAATTAGCTGGGC;RSEQ=TGGTGGCAGGCACCTGTAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:14:7:7,7:0.5:0,7:0,7 chr11 113212553 . T C 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=397;END=113212553;VD=177;AF=0.4458;BIAS=2:2;REFBIAS=140:74;VARBIAS=107:70;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.34354;ODDRATIO=1.237;MQ=60;SN=58;HIAF=0.4603;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=174;HICOV=378;LSEQ=AGATAGCTCTCCTTTGTCCA;RSEQ=TCTAGGTGTTTTTCCACAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:397:177:214,177:0.4458:140,74:107,70 chr11 113212808 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=113212808;VD=3;AF=0.0169;BIAS=1:2;REFBIAS=1:173;VARBIAS=1:2;PMEAN=50.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.03371;ODDRATIO=70.97232079489;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=AGCTTATGGATCAAAAGCAA;RSEQ=GTAGACAGATGAGGAGCAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:3:174,3:0.0169:1,173:1,2 chr11 113220977 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=113220977;VD=2;AF=0.0111;BIAS=1:0;REFBIAS=8:170;VARBIAS=0:2;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=177;LSEQ=TGTGCTGTATTCAGAGAGGC;RSEQ=AGGCCAAGTCTCCAAGTGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:2:178,2:0.0111:8,170:0,2 chr11 113221054 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=127;END=113221054;VD=2;AF=0.0157;BIAS=1:0;REFBIAS=1:124;VARBIAS=0:2;PMEAN=17.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0160;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=125;LSEQ=CCCAGGGGGCTGCAGCCACC;RSEQ=ACTCCCATTCTAGTCACTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:127:2:125,2:0.0157:1,124:0,2 chr11 113230600 . C T 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=367;END=113230600;VD=181;AF=0.4932;BIAS=2:2;REFBIAS=143:43;VARBIAS=140:41;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02671512762069;MQ=60;SN=180;HIAF=0.4972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=180;HICOV=362;LSEQ=ACGGTGCTCAGAAGAAGCTC;RSEQ=GCTGAGAATTCAGATTGTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:367:181:186,181:0.4932:143,43:140,41 chr11 113230928 . A G 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=113230928;VD=113;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:112;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=108;HICOV=108;LSEQ=GGTTTTGTCTACAGTTTCAG;RSEQ=GATTTGGTGACCTCCTTGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:113:113:0,113:1:0,0:1,112 chr11 113233059 . G A 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=264;END=113233059;VD=125;AF=0.4735;BIAS=2:2;REFBIAS=119:20;VARBIAS=108:17;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.06748649629582;MQ=60;SN=24;HIAF=0.4724;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=120;HICOV=254;LSEQ=CCTCACCAAACTCCCCGTTA;RSEQ=CTTTTAAAGGTTGTCAGCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:264:125:139,125:0.4735:119,20:108,17 chr11 113234466 . G A 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=235;END=113234466;VD=121;AF=0.5149;BIAS=2:2;REFBIAS=100:14;VARBIAS=101:20;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.45845;ODDRATIO=1.41235;MQ=60;SN=120;HIAF=0.5195;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=120;HICOV=231;LSEQ=GAGTTTAGGAAGCCACTAGC;RSEQ=CTATAATAACTGCTTGCTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:235:121:114,121:0.5149:100,14:101,20 chr11 113234471 . A G 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=243;END=113234471;VD=126;AF=0.5185;BIAS=2:2;REFBIAS=100:17;VARBIAS=100:26;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.24122;ODDRATIO=1.52674;MQ=60;SN=252;HIAF=0.5207;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=126;HICOV=242;LSEQ=TAGGAAGCCACTAGCGCTAT;RSEQ=ATAACTGCTTGCTGTGGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:243:126:117,126:0.5185:100,17:100,26 chr11 113234679 . T C 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=365;END=113234679;VD=171;AF=0.4685;BIAS=2:2;REFBIAS=69:125;VARBIAS=57:114;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.66089;ODDRATIO=1.1037;MQ=60;SN=342;HIAF=0.4724;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=171;HICOV=362;LSEQ=GATTTCCTTAAGGGAGCCCT;RSEQ=GTCCCAGAGGTTCATCCACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:365:171:194,171:0.4685:69,125:57,114 chr11 113235419 . A G 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=211;END=113235419;VD=102;AF=0.4834;BIAS=1:1;REFBIAS=108:1;VARBIAS=102:0;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=101;HIAF=0.4856;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=101;HICOV=208;LSEQ=GTGAATGTTTGCTGATGAGT;RSEQ=AGTGAACAAGTTCTGCTGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:211:102:109,102:0.4834:108,1:102,0 chr11 113235531 . T G 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=405;END=113235531;VD=5;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=280:120;VARBIAS=2:3;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.1667;ODDRATIO=3.4877;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0078;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=3;HICOV=387;LSEQ=TTTGGGATTAAAAGGAGCTG;RSEQ=TGCTTGTTCTCTTCTTTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:405:5:400,5:0.0123:280,120:2,3 chr11 113235864 . A G 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=113235864;VD=140;AF=0.5578;BIAS=2:2;REFBIAS=10:101;VARBIAS=13:127;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03373063047231;MQ=60;SN=45.667;HIAF=0.5569;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=137;HICOV=246;LSEQ=TGAGTTTTGGCTGGGACTGC;RSEQ=TGCCACACAGAACAGTGTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:251:140:111,140:0.5578:10,101:13,127 chr11 115513281 . G C 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=115513281;VD=270;AF=0.9926;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=208:62;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=134;HIAF=0.9963;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=268;HICOV=269;LSEQ=CTTTCCCTATGACCAGGTTT;RSEQ=GGAAAACACCCAGATGGTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:272:270:0,270:0.9926:0,0:208,62 chr11 115513538 . T A 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=115513538;VD=199;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:199;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=195;HICOV=195;LSEQ=AGCAGGTGTCATGGTGATAA;RSEQ=CAGCCTGTCTCCTGCTCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:199:199:0,199:1:0,0:0,199 chr11 119076999 . C CCGGTGGCGGCGG 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=302;END=119076999;VD=85;AF=0.2815;BIAS=2:2;REFBIAS=167:46;VARBIAS=60:25;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.17565;ODDRATIO=1.5105;MQ=60;SN=170;HIAF=0.2852;ADJAF=0.0596;SHIFT3=3;MSI=13;MSILEN=3;NM=1.1;HICNT=85;HICOV=298;LSEQ=TCCTCCCTCCGCCCGGATAG;RSEQ=CGGCGGCGGCGGCGGCGGCG;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:302:85:213,85:0.2815:167,46:60,25 chr11 119077003 . C T 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=303;END=119077003;VD=190;AF=0.6271;BIAS=2:2;REFBIAS=65:38;VARBIAS=145:45;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.02084;ODDRATIO=1.87952260125928;MQ=60;SN=5.786;HIAF=0.6160;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=10;MSILEN=3;NM=2.0;HICNT=162;HICOV=263;LSEQ=CCCTCCGCCCGGATAGCCGG;RSEQ=GGCGGCGGCGGCGGCGGCGG;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:303:190:103,190:0.6271:65,38:145,45 chr11 119077232 . GCAC G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=422;END=119077235;VD=6;AF=0.0142;BIAS=2:2;REFBIAS=145:270;VARBIAS=2:4;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.0739;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=19;MSI=7;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=6;HICOV=417;LSEQ=ATGAAGGACGCCTTCCAGCC;RSEQ=CACCACCACCACCACCACCT;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:422:6:415,6:0.0142:145,270:2,4 chr11 119144243 . C A 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=119144243;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=AAAGTTCAAGTGATTTTCCC;RSEQ=CCTCAGCCTCCAGAGTAGCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chr11 119144402 . A G 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=111;END=119144402;VD=110;AF=0.991;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=109:1;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=109;HIAF=0.9909;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=109;HICOV=110;LSEQ=GCCTCCCAAAGGCATGCACC;RSEQ=TGGCTCCTGGTCCCCTTCTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:111:110:0,110:0.991:0,0:109,1 chr11 119144809 . A T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=281;END=119144809;VD=3;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=62:215;VARBIAS=2:1;PMEAN=9;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.13182;ODDRATIO=6.87285223367698;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0078;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=256;LSEQ=AGCTTTTTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=AATAACATTTGGGGTTTTTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:281:3:277,3:0.0107:62,215:2,1 chr11 119144869 . CA C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=173;END=119144870;VD=3;AF=0.0173;BIAS=1:0;REFBIAS=0:170;VARBIAS=0:3;PMEAN=58.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0179;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=168;LSEQ=ATTCATTTTAGGAACTATGC;RSEQ=AAAAAAAGATTAAAACTATC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:3:170,3:0.0173:0,170:0,3 chr11 119145274 . A G 190 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=53;END=119145274;VD=53;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=52:1;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9.6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=48;HICOV=48;LSEQ=TTTCAGTTTGTTGTTGTTCA;RSEQ=CCCCACTACTGTTAATTAGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:53:53:0,53:1:0,0:52,1 chr11 119145445 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=291;END=119145445;VD=3;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=256:32;VARBIAS=1:2;PMEAN=17.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.03694;ODDRATIO=15.69846;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=279;LSEQ=AATTAAAAATTTCTGACAAT;RSEQ=AACTGAGAGTTGGTGTTGTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:291:3:288,3:0.0103:256,32:1,2 chr11 119145705 . G GT 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=432;END=119145705;VD=422;AF=0.9769;BIAS=2:2;REFBIAS=6:4;VARBIAS=126:296;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.07441;ODDRATIO=3.5121;MQ=60;SN=21.211;HIAF=0.9758;ADJAF=0.0856;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=403;HICOV=413;LSEQ=GATTTATTCTTCTGAATTTC;RSEQ=TTATCTTGAGACTTCTGCTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:432:422:10,422:0.9769:6,4:126,296 chr11 119146659 . G C 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=411;END=119146659;VD=411;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=325:86;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=136;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=408;HICOV=408;LSEQ=ATCTTGCCTTGCCTTCCACC;RSEQ=TAATACCAGCATAATCTACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:411:411:0,411:1:0,0:325,86 chr11 119148322 . AT A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=110;END=119148323;VD=7;AF=0.0636;BIAS=1:0;REFBIAS=103:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0636;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=7;HICOV=110;LSEQ=AAGTATTATTTTTTGGAAGT;RSEQ=TTTTTTTTTGAAGTAAGATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:110:7:103,7:0.0636:103,0:7,0 chr11 119148558 . A T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=289;END=119148558;VD=3;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=140:145;VARBIAS=2:1;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.6185;ODDRATIO=2.0663718642807;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=286;LSEQ=ATATCAAAGTGACCCAGGTG;RSEQ=GTTTTGTTTCACATGATAAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:289:3:285,3:0.0104:140,145:2,1 chr11 119148573 . G T 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=269;END=119148573;VD=269;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=129:140;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=88.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=266;HICOV=266;LSEQ=AGGTGAGTTTTGTTTCACAT;RSEQ=ATAACCATATCACTGGACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:269:269:0,269:1:0,0:129,140 chr11 119149355 . TATG T 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=478;END=119149358;VD=7;AF=0.0146;BIAS=2:2;REFBIAS=206:261;VARBIAS=2:5;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.47419;ODDRATIO=1.97053;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0160;ADJAF=0;SHIFT3=16;MSI=6;MSILEN=3;NM=0.0;HICNT=7;HICOV=438;LSEQ=AGGGAGCTCCCTCCCCAAAT;RSEQ=ATGATGATGATGATGAACGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:478:7:467,7:0.0146:206,261:2,5 chr11 119155618 . G T 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=313;END=119155618;VD=313;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=259:54;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.167;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=307;HICOV=307;LSEQ=TGCCATCCACAGCTTTAGGA;RSEQ=AGTTGAAAGATGCCATTTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:313:313:0,313:1:0,0:259,54 chr11 119167760 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=119167760;VD=3;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=115:150;VARBIAS=2:1;PMEAN=22.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.58232;ODDRATIO=2.59949569783462;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0076;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=262;LSEQ=TCACGGTAGGTTCACAACAA;RSEQ=CCTTTTTGGGCCCTATACCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:3:265,3:0.0112:115,150:2,1 chr11 119167991 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=211;END=119167991;VD=3;AF=0.0142;BIAS=2:0;REFBIAS=150:58;VARBIAS=3:0;PMEAN=13;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.56305;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0101;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=199;LSEQ=GCCACAAGAGTCAACTTTAA;RSEQ=ATTTATTAGTGATATTGGCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:211:3:208,3:0.0142:150,58:3,0 chr11 119168053 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=250;END=119168053;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=163:84;VARBIAS=2:1;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03055598495388;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=234;LSEQ=TAAGTTTATAGATAACAGTT;RSEQ=TATTTCCAAAGATCATTATG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:250:3:247,3:0.012:163,84:2,1 chr11 119168370 . G A 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=119168370;VD=103;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:103;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=102;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=102;HICOV=102;LSEQ=TAGAGACGGGGTTTCACTAT;RSEQ=TTGGCCAGGCTGGCCTTGAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:103:103:0,103:1:0,0:0,103 chr11 119170853 . CGT C 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=745;END=119170855;VD=16;AF=0.0215;BIAS=2:2;REFBIAS=386:342;VARBIAS=4:12;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.03999;ODDRATIO=3.38082;MQ=60;SN=32;HIAF=0.0217;ADJAF=0.0013;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.2;HICNT=16;HICOV=739;LSEQ=TCCTGGGTTAAGGATGTGGC;RSEQ=GTGTGTGTGTGTCTGCCTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:745:16:728,16:0.0215:386,342:4,12 chr11 119172610 . G GA 172 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=823;END=119172610;VD=24;AF=0.0292;BIAS=2:2;REFBIAS=377:317;VARBIAS=14:9;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=37.6;QSTD=0;SBF=0.67146;ODDRATIO=1.30749718888104;MQ=60.9;SN=48;HIAF=0.0360;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=24;HICOV=667;LSEQ=AAGGCCTAGACAAAGAACTA;RSEQ=AAAAAAAAAAGCAGTTTCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:823:24:694,24:0.0292:377,317:14,9 chr11 119173730 . A AG 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=667;END=119173730;VD=316;AF=0.4738;BIAS=2:2;REFBIAS=188:156;VARBIAS=168:148;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.75458;ODDRATIO=1.06155;MQ=60;SN=51.667;HIAF=0.4733;ADJAF=0.0345;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=310;HICOV=655;LSEQ=AAAAGATTTCTGGTTAAGGG;RSEQ=GGTGGGGGTCACTGTTCATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:667:316:344,316:0.4738:188,156:168,148 chr11 119173733 . TG GT 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=678;END=119173734;VD=8;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=357:308;VARBIAS=3:5;PMEAN=8.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.48252;ODDRATIO=1.92993;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0122;ADJAF=0.0015;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=-0.4;HICNT=8;HICOV=657;LSEQ=AGATTTCTGGTTAAGGGAGG;RSEQ=GGGGTCACTGTTCATCACTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:678:8:665,8:0.0118:357,308:3,5 chr11 119175422 . T C 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=291;END=119175422;VD=289;AF=0.9931;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=67:222;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.125;HIAF=0.9929;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=281;HICOV=283;LSEQ=TCTCAACTCACCACAACCTC;RSEQ=GCCTCCCAGGTTCAAGCAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:291:289:1,289:0.9931:0,1:67,222 chr11 119176468 . G GT 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=735;END=119176468;VD=13;AF=0.0177;BIAS=2:2;REFBIAS=344:302;VARBIAS=9:4;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=0.27814;ODDRATIO=1.97335964479526;MQ=63.2;SN=26;HIAF=0.0204;ADJAF=0.0014;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=13;HICOV=637;LSEQ=TATAAAAGCTTTCCTTTTCT;RSEQ=TTTTTTTTTAAAACTATGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:735:13:646,13:0.0177:344,302:9,4 chr11 119179007 . T C 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=310;END=119179007;VD=159;AF=0.5129;BIAS=2:2;REFBIAS=38:111;VARBIAS=39:120;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.89553;ODDRATIO=1.05322;MQ=60;SN=78.5;HIAF=0.5233;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=157;HICOV=300;LSEQ=GAAAGCATAGGAAGGGGACA;RSEQ=AGCTCCTGCTAACAGCCTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:310:159:149,159:0.5129:38,111:39,120 chr11 125773957 . G C 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=125773957;VD=8;AF=0.4444;BIAS=0:2;REFBIAS=10:0;VARBIAS=7:1;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.44444;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=8;HICOV=18;LSEQ=TCAGATTTTGTCTCCACTTT;RSEQ=CTAACCAATTCGCTAACCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:18:8:10,8:0.4444:10,0:7,1 chr11 125774035 . A T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=125774035;VD=3;AF=0.0448;BIAS=1:0;REFBIAS=62:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=13.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0308;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=65;LSEQ=GAAACCGACACGGGGCGTAA;RSEQ=GCGCGGCGGGGAGTCCGGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:67:3:64,3:0.0448:62,2:3,0 chr11 125774051 . C T 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=125774051;VD=37;AF=0.5211;BIAS=1:1;REFBIAS=33:0;VARBIAS=36:1;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.5217;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=36;HICOV=69;LSEQ=GTAAAGCGCGGCGGGGAGTC;RSEQ=GGGGGGCTCCCGCCTGGAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:71:37:33,37:0.5211:33,0:36,1 chr11 125774160 . TCGCCCCGCTCTCTGCCCTC T 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=149;END=125774179;VD=67;AF=0.4497;BIAS=1:2;REFBIAS=79:3;VARBIAS=60:7;PMEAN=26.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.11378;ODDRATIO=3.04956;MQ=60;SN=134;HIAF=0.4589;ADJAF=0.2282;SHIFT3=36;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=67;HICOV=146;LSEQ=GCCCTCCGGTCCGCGCCCTT;RSEQ=CGCCCCGCTCTCTGCCCTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:67:82,67:0.4497:79,3:60,7 chr11 125776216 . A ATT 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=237;END=125776216;VD=93;AF=0.3924;BIAS=2:1;REFBIAS=18:90;VARBIAS=3:90;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.00208;ODDRATIO=5.95469;MQ=60.5;SN=92;HIAF=0.4381;ADJAF=0.0464;SHIFT3=9;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=92;HICOV=210;LSEQ=TTTGTTTTCTGATATTCAAT;RSEQ=TTTTTTTTTGTTATTTGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:237:93:108,93:0.3924:18,90:3,90 chr11 125776259 . G C 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=162;END=125776259;VD=77;AF=0.4753;BIAS=1:1;REFBIAS=0:85;VARBIAS=0:77;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.5;HIAF=0.4717;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=75;HICOV=159;LSEQ=GAGTCTCACTCTGTCCCCCA;RSEQ=GCTGGAGTGCAGTGATACGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:162:77:85,77:0.4753:0,85:0,77 chr11 125776475 . A G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=125776475;VD=6;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:6;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=8;LSEQ=CTCATTCCTATAATCCCAAC;RSEQ=CTTGGGAGCTGAGGAGGGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:6:2,6:0.75:0,2:0,6 chr11 125778074 . A AT 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=371;END=125778074;VD=11;AF=0.0296;BIAS=2:2;REFBIAS=243:92;VARBIAS=9:2;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=38.3;QSTD=1;SBF=0.73377;ODDRATIO=1.70140365801786;MQ=64;SN=22;HIAF=0.0329;ADJAF=0.0027;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=11;HICOV=334;LSEQ=CTATAATCTGTAAGTGTTTG;RSEQ=TTTTTTTTTTTGACAGAAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:371:11:335,11:0.0296:243,92:9,2 chr11 125788803 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=198;END=125788804;VD=2;AF=0.0101;BIAS=1:0;REFBIAS=4:192;VARBIAS=0:2;PMEAN=19;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0.0051;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=196;LSEQ=CATGCAGCTATCACTGTCAT;RSEQ=AAATACAGAGCATCTCCATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:196,2:0.0101:4,192:0,2 chr11 125790868 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=125790868;VD=2;AF=0.0215;BIAS=1:0;REFBIAS=87:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=19;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0250;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=80;LSEQ=CGCCTTGTGTATATTTACAT;RSEQ=TCTGTAGCATTCTCTATGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:2:90,2:0.0215:87,3:2,0 chr11 130745719 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=130745719;VD=2;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=5;LSEQ=TGCATGTTGTGCACATGTTC;RSEQ=CTAGAACTTAATGTATAATA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:5:2:3,2:0.4:3,0:2,0 chr11 130746130 . T TCCAG 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=463;END=130746130;VD=225;AF=0.486;BIAS=2:2;REFBIAS=137:100;VARBIAS=114:111;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.13531;ODDRATIO=1.33309;MQ=60;SN=111.5;HIAF=0.4869;ADJAF=0.067;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=223;HICOV=458;LSEQ=TGTCAGCTGGGAGTATCTTT;RSEQ=CTACCTGTGGCTCTCTACCA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:463:225:237,225:0.486:137,100:114,111 chr11 130746146 . T C 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=428;END=130746146;VD=209;AF=0.4883;BIAS=2:2;REFBIAS=119:100;VARBIAS=94:115;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.05405;ODDRATIO=1.45453;MQ=60;SN=103.5;HIAF=0.4905;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=207;HICOV=422;LSEQ=CTTTTCTACCTGTGGCTCTC;RSEQ=ACCAATTGTTACTCTCTTGT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:428:209:219,209:0.4883:119,100:94,115 chr11 130746496 . AAGGT A 107 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=19;END=130746500;VD=8;AF=0.4211;BIAS=0:0;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:8;PMEAN=30.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.4211;ADJAF=0.1579;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.6;HICNT=8;HICOV=19;LSEQ=GGCTAAGTACACATGAGGGG;RSEQ=AGGTATGGGGAGAGAAAAGT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:19:8:11,8:0.4211:0,11:0,8 chr11 134632636 . G C 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=134632636;VD=24;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=24:0;PMEAN=45.3;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=22;HICOV=22;LSEQ=CTGGTGCGTGGGGACTGGGG;RSEQ=GCGGGTGAGCGCTGTCCTTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:24:24:0,24:1:0,0:24,0 chr11 134632902 . C T 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=222;END=134632902;VD=219;AF=0.9865;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=165:54;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.25;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.643;HIAF=0.9951;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=205;HICOV=206;LSEQ=GGCCAGGCCGTGGGTGAGGC;RSEQ=CCCAGGCCTTCAGGGGAGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:222:219:1,219:0.9865:0,1:165,54 chr11 134632947 . CAGAG C 45 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=231;END=134632951;VD=3;AF=0.013;BIAS=2:0;REFBIAS=143:85;VARBIAS=0:3;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=0.05412;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=209;LSEQ=GGGTCTCCAGAGAGAGGTAA;RSEQ=TGAGAACGGCCGTGGGTAGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:231:3:228,3:0.013:143,85:0,3 chr11 134632948 . AGAGT A 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=239;END=134632952;VD=232;AF=0.9707;BIAS=0:2;REFBIAS=5:0;VARBIAS=140:92;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.1595;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=115;HIAF=0.9829;ADJAF=0.0669;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=230;HICOV=234;LSEQ=GGTCTCCAGAGAGAGGTAAC;RSEQ=GAGAACGGCCGTGGGTAGCG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:239:232:5,232:0.9707:5,0:140,92 chr12 993652 . T G 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=79;END=993652;VD=79;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=79:0;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=75;HICOV=75;LSEQ=GTATAATAGATATTGTAGTA;RSEQ=GTGTTTATTTCTGCACTTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:79:79:0,79:1:0,0:79,0 chr12 1021557 . G A 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=1021557;VD=42;AF=0.5185;BIAS=1:1;REFBIAS=38:1;VARBIAS=41:1;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07791143879619;MQ=60;SN=84;HIAF=0.5250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=42;HICOV=80;LSEQ=CACAAAATTATGTGTATGAG;RSEQ=CATATACACGAAACACAGGT;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:81:42:39,42:0.5185:38,1:41,1 chr12 1021682 . A AAT 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=190;END=1021682;VD=85;AF=0.4474;BIAS=2:2;REFBIAS=71:23;VARBIAS=56:28;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.24509;ODDRATIO=1.53965;MQ=60.6;SN=84;HIAF=0.4773;ADJAF=0.0684;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.1;HICNT=84;HICOV=176;LSEQ=TTCAAGCATTTCAGATAAGC;RSEQ=ATATATATATATTCTATTTT;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:85:94,85:0.4474:71,23:56,28 chr12 1021683 . A ATC 24 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=189;END=1021683;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:0;REFBIAS=125:51;VARBIAS=2:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=24;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=139;LSEQ=TCAAGCATTTCAGATAAGCA;RSEQ=TATATATATATTCTATTTTG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:2:176,2:0.0106:125,51:2,0 chr12 1901546 . A C 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=264;END=1901546;VD=142;AF=0.5379;BIAS=1:1;REFBIAS=0:121;VARBIAS=0:142;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.778;HIAF=0.5257;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=133;HICOV=253;LSEQ=TCTAGAGGCAAGTTAGGGCT;RSEQ=TTTGCTGGTAGGAAACTTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:264:142:121,142:0.5379:0,121:0,142 chr12 12045950 . C T 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=12045950;VD=16;AF=0.5161;BIAS=1:1;REFBIAS=15:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=45.4;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=15;HICOV=30;LSEQ=ACCTTCCGGGAGGTCAGGGA;RSEQ=CTTCTATATGAGGCGAGTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:31:16:15,16:0.5161:15,0:16,0 chr12 12046176 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=12046176;VD=3;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=209:60;VARBIAS=2:1;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.53469;ODDRATIO=1.73761;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0075;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=267;LSEQ=GGAGAGAAAGGGATTTTTTA;RSEQ=TGCATCCCTCTGTATGAATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:272:3:269,3:0.011:209,60:2,1 chr12 12046289 . C CAAAG 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=437;END=12046289;VD=192;AF=0.4394;BIAS=2:2;REFBIAS=119:119;VARBIAS=86:105;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.33134;ODDRATIO=1.22035;MQ=60.1;SN=191;HIAF=0.4442;ADJAF=0.0549;SHIFT3=6;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.0;HICNT=191;HICOV=430;LSEQ=GAACTCAGTCTCTTACTGTT;RSEQ=AAAGAATCTTAACAGTTGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:437:192:238,192:0.4394:119,119:86,105 chr12 12046341 . A G 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=357;END=12046341;VD=151;AF=0.423;BIAS=2:2;REFBIAS=79:124;VARBIAS=35:116;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.00189;ODDRATIO=2.10712;MQ=60;SN=36.75;HIAF=0.4212;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=147;HICOV=349;LSEQ=AATTCCCTTTTGCCCCAAGC;RSEQ=TTTCTATATTTAAAGCAATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:357:151:203,151:0.423:79,124:35,116 chr12 12046378 . T C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=291;END=12046378;VD=121;AF=0.4158;BIAS=2:2;REFBIAS=42:128;VARBIAS=9:112;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.00014;ODDRATIO=4.06574;MQ=60;SN=59.5;HIAF=0.4161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=119;HICOV=286;LSEQ=AATATCCCAGGAGAATATGT;RSEQ=AGACTTAGGATGATACCTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:291:121:170,121:0.4158:42,128:9,112 chr12 18836032 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=18836032;VD=2;AF=0.0161;BIAS=1:0;REFBIAS=121:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=123;LSEQ=CCACTGATTTATTTTTGTAT;RSEQ=TTTTTAAGTGAATGGGCTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:2:122,2:0.0161:121,1:2,0 chr12 18840872 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=18840872;VD=2;AF=0.0109;BIAS=1:0;REFBIAS=181:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=177;LSEQ=ATCATTATAAAAATGTTTTT;RSEQ=TTGCATATAACATTTTGCTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:2:182,2:0.0109:181,1:2,0 chr12 18847598 . T C 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=18847598;VD=50;AF=0.9804;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=50:0;PMEAN=29.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49;HIAF=0.9800;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=49;HICOV=50;LSEQ=GAAATCATATAGTAGAACTT;RSEQ=GAGAGGAGAAGGTTTTAGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:50:0,50:0.9804:0,0:50,0 chr12 18847737 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=18847737;VD=2;AF=0.0119;BIAS=1:0;REFBIAS=166:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=54.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0121;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=165;LSEQ=AGTACCTGAAAAGATTAACA;RSEQ=AAATTTAAAAGAAATTGAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:168:2:166,2:0.0119:166,0:2,0 chr12 18847754 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=18847754;VD=2;AF=0.0107;BIAS=1:0;REFBIAS=180:5;VARBIAS=2:0;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=179;LSEQ=ACAGAAATTTAAAAGAAATT;RSEQ=AAGCAAATCAGTGGAATTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:2:185,2:0.0107:180,5:2,0 chr12 18849256 . C CTATATATATATATATATATA 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=37;END=18849256;VD=22;AF=0.5946;BIAS=2:1;REFBIAS=8:14;VARBIAS=0:22;PMEAN=51.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.00361;ODDRATIO=0;MQ=54.1;SN=44;HIAF=0.5366;ADJAF=0.5135;SHIFT3=29;MSI=24;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=22;HICOV=41;LSEQ=CAAATAAATTTAAAAAGCCA;RSEQ=TATATATATATATATATATA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=22;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:37:22:22,22:0.5946:8,14:0,22 chr12 18849278 . A C 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=18849278;VD=14;AF=0.3784;BIAS=2:1;REFBIAS=3:19;VARBIAS=0:14;PMEAN=20.2;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=0.26667;ODDRATIO=0;MQ=52.9;SN=13;HIAF=0.3611;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=14;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=13;HICOV=36;LSEQ=ATATATATATATATATATAT;RSEQ=TATATATCATATAATTCTAT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:37:14:22,14:0.3784:3,19:0,14 chr12 18849282 . A C 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=18849282;VD=26;AF=0.6842;BIAS=2:1;REFBIAS=1:3;VARBIAS=0:26;PMEAN=24.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.13333;ODDRATIO=0;MQ=54.7;SN=25;HIAF=0.6757;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=14;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=25;HICOV=37;LSEQ=ATATATATATATATATATAT;RSEQ=TATCATATAATTCTATAATA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:38:26:4,26:0.6842:1,3:0,26 chr12 18854186 . T G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=98;END=18854186;VD=2;AF=0.0204;BIAS=1:0;REFBIAS=96:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=9.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0206;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=97;LSEQ=ACCTCAGCCTCCCAAAGTGC;RSEQ=GGGATTACAGGCATGAGCCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:2:96,2:0.0204:96,0:2,0 chr12 18854540 . ATCCTCCTCC A 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=666;END=18854549;VD=364;AF=0.5465;BIAS=2:2;REFBIAS=169:82;VARBIAS=94:270;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=5.9002;MQ=60;SN=181;HIAF=0.5468;ADJAF=0.0811;SHIFT3=38;MSI=15;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=362;HICOV=662;LSEQ=ACTTCTGATTCTTTGAATTT;RSEQ=TCCTCCTCCTCCTCCTCCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:666:364:251,364:0.5465:169,82:94,270 chr12 18854873 . T C 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=185;END=18854873;VD=182;AF=0.9838;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=6:176;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.545;HIAF=0.9942;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=171;HICOV=172;LSEQ=TTCACATCTCAGTAGAGGAA;RSEQ=GAATACAGTGATATAATGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:185:182:1,182:0.9838:0,1:6,176 chr12 18858372 . C G 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=18858372;VD=242;AF=0.9878;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:240;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=234;HICOV=234;LSEQ=TTAGTACCTTTGCAAAATAA;RSEQ=TATTCTTTAAACTGAAAGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:245:242:0,242:0.9878:0,0:2,240 chr12 18865590 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=18865590;VD=2;AF=0.0109;BIAS=1:0;REFBIAS=180:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=ACACTATGTACCTTACCACC;RSEQ=GAAACTAACTTTGATAAATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:2:182,2:0.0109:180,2:2,0 chr12 18872123 . G A 165 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=18872123;VD=32;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=AGGGGCCATAACCATGGAGA;RSEQ=GAGGTTAACAGGTGGGATTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:32:32:0,32:1:0,0:32,0 chr12 18872325 . G C 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=18872325;VD=193;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=143:50;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=183;HICOV=183;LSEQ=ACACTGCCAGGAACTTCCAA;RSEQ=TATTTTTAAATGTAATAGAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:193:193:0,193:1:0,0:143,50 chr12 18889517 . A AAATTTGAG 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=396;END=18889517;VD=354;AF=0.8939;BIAS=2:2;REFBIAS=24:25;VARBIAS=211:142;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.16553;ODDRATIO=1.5460729746444;MQ=60;SN=708;HIAF=0.8634;ADJAF=0.2045;SHIFT3=12;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=354;HICOV=410;LSEQ=AAAAAAAAGAATTAAAGTTA;RSEQ=AATTTGAGAATTGAAGTCAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:396:354:49,354:0.8939:24,25:211,142 chr12 18889530 . G T 83 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=345;END=18889530;VD=7;AF=0.0203;BIAS=2:2;REFBIAS=190:148;VARBIAS=5:2;PMEAN=18.3;PSTD=1;QUAL=29.6;QSTD=1;SBF=0.7034;ODDRATIO=1.94386128605863;MQ=60;SN=2.5;HIAF=0.0150;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=333;LSEQ=AAAGTTAAAATTTGAGAATT;RSEQ=AAGTCATTACTTAGAACATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:345:7:338,7:0.0203:190,148:5,2 chr12 18890472 . GT G 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=169;END=18890473;VD=150;AF=0.8876;BIAS=1:1;REFBIAS=1:18;VARBIAS=2:148;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.30237;ODDRATIO=4.05648;MQ=60;SN=300;HIAF=0.8929;ADJAF=0.0355;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=150;HICOV=168;LSEQ=AAAGCAGAGAACACACAGTG;RSEQ=TTTTTTTGCCTTCGTTCTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:169:150:19,150:0.8876:1,18:2,148 chr12 25357574 . CAA C 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=42;END=25357576;VD=42;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=42:0;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84;HIAF=1.0000;ADJAF=0.0476;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=42;HICOV=42;LSEQ=TTATTTCTCCATTTTACTGA;RSEQ=GAGAATGCCATTTACCGAAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:42:42:0,42:1:0,0:42,0 chr12 25357628 . TA T 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=103;END=25357629;VD=103;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=103:0;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=206;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1456;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=103;HICOV=103;LSEQ=AAAATAATTTCTTACACACT;RSEQ=CTTCTCTTAACTTTTGAAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:103:103:0,103:1:0,0:103,0 chr12 25358650 . A T 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=680;END=25358650;VD=673;AF=0.9897;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=347:326;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.48516;ODDRATIO=0;MQ=59.4;SN=15.825;HIAF=0.9984;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=633;HICOV=634;LSEQ=GAGAGATGGGCCCTCAACAT;RSEQ=TCTGCAGATAACTTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:680:673:1,673:0.9897:0,1:347,326 chr12 25358662 . CTT C 342 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=682;END=25358664;VD=641;AF=0.9399;BIAS=2:2;REFBIAS=15:21;VARBIAS=341:300;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.22959;ODDRATIO=1.59022962915845;MQ=59.4;SN=1282;HIAF=0.9454;ADJAF=0.0748;SHIFT3=6;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=641;HICOV=678;LSEQ=CTCAACATATCTGCAGATAA;RSEQ=TTTTTTCCCCTAAATTCATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:682:641:36,641:0.9399:15,21:341,300 chr12 25358828 . T G 324 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=633;END=25358828;VD=629;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=0:3;VARBIAS=281:348;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.25803;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.192;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=603;HICOV=603;LSEQ=ATTTTATGACAGCTATTCAG;RSEQ=TTCTCAATGCAGAATTCATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:633:629:3,629:0.9937:0,3:281,348 chr12 25358943 . T C 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=542;END=25358943;VD=537;AF=0.9908;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=270:267;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.48;HIAF=0.9961;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=512;HICOV=514;LSEQ=ACTACACAATTATCAAGAAA;RSEQ=CATTACTTTTTGACAAATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:542:537:0,537:0.9908:0,0:270,267 chr12 25358969 . T G 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=529;END=25358969;VD=524;AF=0.9905;BIAS=2:2;REFBIAS=1:4;VARBIAS=286:238;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.18394;ODDRATIO=4.79478327579593;MQ=60;SN=12.1;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=484;HICOV=484;LSEQ=CTTTTTGACAAATGGAAATC;RSEQ=TCAGATAGTTTTTGCTGTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:529:524:5,524:0.9905:1,4:286,238 chr12 25358989 . TA T 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=580;END=25358990;VD=10;AF=0.0172;BIAS=2:2;REFBIAS=312:258;VARBIAS=3:7;PMEAN=50.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.19842;ODDRATIO=2.81685;MQ=60;SN=20;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=10;HICOV=570;LSEQ=TTCAGATAGTTTTTGCTGTC;RSEQ=AAAAAAAATCCCCTAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:580:10:570,10:0.0172:312,258:3,7 chr12 25359045 . G GA 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=620;END=25359045;VD=11;AF=0.0177;BIAS=2:2;REFBIAS=322:207;VARBIAS=7:4;PMEAN=44.1;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.12478347918026;MQ=63.6;SN=22;HIAF=0.0231;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=11;HICOV=476;LSEQ=TGAAGAAAAAATGTTTAGAA;RSEQ=AAAAAAAAAATCAATGGAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:620:11:529,11:0.0177:322,207:7,4 chr12 25359320 . C CT 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=597;END=25359320;VD=6;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=286:279;VARBIAS=4:2;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.68608;ODDRATIO=1.94886186467103;MQ=62.4;SN=12;HIAF=0.0113;ADJAF=0.0034;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=6;HICOV=533;LSEQ=CCTAAGTCTATGTAATTTAG;RSEQ=TTTTTTTAAAAAAACTTCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:597:6:565,6:0.0101:286,279:4,2 chr12 25359328 . A T 336 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=583;END=25359328;VD=581;AF=0.9966;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=296:285;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.49141;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=580;HIAF=0.9966;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=580;HICOV=582;LSEQ=TATGTAATTTAGCTTTTTTT;RSEQ=AAAAAACTTCAACAAGGATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:583:581:1,581:0.9966:0,1:296,285 chr12 25359352 . G A 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=606;END=25359352;VD=605;AF=0.9983;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=311:294;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=200.667;HIAF=0.9983;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=602;HICOV=603;LSEQ=AAACTTCAACAAGGATTTTT;RSEQ=TCTTTAAGGCTGTAATAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:606:605:0,605:0.9983:0,0:311,294 chr12 25359464 . TA T 345 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=697;END=25359465;VD=690;AF=0.99;BIAS=0:2;REFBIAS=6:0;VARBIAS=380:310;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.03619;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=97.571;HIAF=0.9827;ADJAF=0.1004;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=683;HICOV=695;LSEQ=AAAGTTCACATAAAGGTAAT;RSEQ=ACCACTACCTTAAAAAAATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:697:690:6,690:0.99:6,0:380,310 chr12 25359841 . T C 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=552;END=25359841;VD=550;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=274:276;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=530;HICOV=530;LSEQ=AATGTGTACAGTAATTGTCC;RSEQ=AAAAGAATCACAGTTATGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:552:550:0,550:0.9964:0,0:274,276 chr12 25360138 . T C 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=332;END=25360138;VD=330;AF=0.994;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=49:281;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=65;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=325;HICOV=325;LSEQ=CATATACCCAGTGCCTTGTG;RSEQ=GGTGACTGGCATCTGGTAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:332:330:0,330:0.994:0,0:49,281 chr12 25360446 . C CA 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=350;END=25360446;VD=4;AF=0.0114;BIAS=2:0;REFBIAS=267:77;VARBIAS=0:4;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.00277;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0122;ADJAF=0.0029;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=328;LSEQ=TGACAAGAGCGAGACTCTGA;RSEQ=ACCAAAAAAAAAAAGTAAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:350:4:344,4:0.0114:267,77:0,4 chr12 25360449 . C CA 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=353;END=25360449;VD=243;AF=0.6884;BIAS=2:2;REFBIAS=53:14;VARBIAS=185:57;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.74373;ODDRATIO=1.16587;MQ=60;SN=80;HIAF=0.7080;ADJAF=0.0085;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=240;HICOV=339;LSEQ=CAAGAGCGAGACTCTGACAC;RSEQ=AAAAAAAAAAAGTAAGCTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:353:243:67,243:0.6884:53,14:185,57 chr12 25361091 . T C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=583;END=25361091;VD=577;AF=0.9897;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=304:273;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.54;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=527;HICOV=528;LSEQ=TATGTAAATGGAATATAAAT;RSEQ=ACATAGTTGTAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:583:577:0,577:0.9897:0,0:304,273 chr12 25361101 . T TA 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=538;END=25361101;VD=347;AF=0.645;BIAS=2:2;REFBIAS=72:36;VARBIAS=177:170;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.00551;ODDRATIO=1.91821;MQ=60.1;SN=346;HIAF=0.6590;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=346;HICOV=525;LSEQ=GAATATAAATTACATAGTTG;RSEQ=AAAAAAAAAAAACTAAGAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:538:347:108,347:0.645:72,36:177,170 chr12 25361439 . T TA 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=657;END=25361439;VD=10;AF=0.0152;BIAS=2:2;REFBIAS=296:310;VARBIAS=4:6;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37.5;QSTD=1;SBF=0.75273;ODDRATIO=1.43143;MQ=63.6;SN=20;HIAF=0.0166;ADJAF=0.0015;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=10;HICOV=601;LSEQ=AACTTTTTCACTTCATTGTT;RSEQ=AAAAAAAAAATTAATGTCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:657:10:606,10:0.0152:296,310:4,6 chr12 25362217 . A G 330 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=646;END=25362217;VD=645;AF=0.9985;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=349:296;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.043;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=622;HICOV=622;LSEQ=AACAGTGTAACTTTACATTC;RSEQ=TCAGGGATGACAAACTATAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:646:645:0,645:0.9985:0,0:349,296 chr12 25362464 . AG A 107 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=794;END=25362465;VD=8;AF=0.0101;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:3;PMEAN=15.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0108;ADJAF=0.005;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=8;HICOV=741;LSEQ=AATCAACTGCATGCACCAAA;RSEQ=CCCCAAGACAGAAATCTTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:794:8:0,8:0.0101:0,0:5,3 chr12 25362465 . G A 325 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=794;END=25362465;VD=777;AF=0.9786;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=396:381;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.532;HIAF=0.9852;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=730;HICOV=741;LSEQ=ATCAACTGCATGCACCAAAA;RSEQ=CCCCAAGACAGAAATCTTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:794:777:0,777:0.9786:0,0:396,381 chr12 25362552 . A C 332 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=747;END=25362552;VD=736;AF=0.9853;BIAS=0:2;REFBIAS=0:4;VARBIAS=374:362;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.05934;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.533;HIAF=0.9944;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=706;HICOV=710;LSEQ=CTCTGGGAATACTGGCACTT;RSEQ=GAGGAAAAAAAAACTTCCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:747:736:4,736:0.9853:0,4:374,362 chr12 25362556 . G GA 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=744;END=25362556;VD=10;AF=0.0134;BIAS=2:2;REFBIAS=358:315;VARBIAS=7:3;PMEAN=53.1;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.35185;ODDRATIO=2.05098755050557;MQ=63.2;SN=20;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=10;HICOV=573;LSEQ=GGGAATACTGGCACTTAGAG;RSEQ=AAAAAAAAACTTCCACTGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:744:10:673,10:0.0134:358,315:7,3 chr12 25367838 . A C 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=25367838;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=28.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=GGAGTCATCCTAAAATTCCC;RSEQ=GGTTTCTCACTGGGATAAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:6,0 chr12 25368084 . T C 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=105;END=25368084;VD=97;AF=0.9238;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=84:13;PMEAN=28.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.333;HIAF=0.9895;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=94;HICOV=95;LSEQ=CAAAACTTTTCCCTTAAAAA;RSEQ=AAAGGTAAATATCAGTTTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:105:97:0,97:0.9238:0,0:84,13 chr12 25368462 . C T 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=405;END=25368462;VD=405;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=140:265;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=396;HICOV=396;LSEQ=AATCTGTATTGTCGGATCTC;RSEQ=CTCACCAATGTATAAAAAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:405:405:0,405:1:0,0:140,265 chr12 25378224 . ATATATATATATATATATATATATATA T 161 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=30;END=25378250;VD=22;AF=0.7333;BIAS=2:1;REFBIAS=3:1;VARBIAS=22:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.15385;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.7333;ADJAF=0.3;SHIFT3=23;MSI=24;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=22;HICOV=30;LSEQ=TTTGTTGCCCTGTTCTTTAT;RSEQ=TATATATATATATATATATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:30:22:4,22:0.7333:3,1:22,0 chr12 25378250 . A T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=25378250;VD=3;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=24;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=ATATATATATATATATATAT;RSEQ=TATATATATATATATATATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:3:1,3:0.5:1,0:3,0 chr12 25378346 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=25378346;VD=2;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=104:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0198;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=101;LSEQ=CAGAATTGAAGAGAAATTTT;RSEQ=AATGTAGAAAGAAACCAAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:2:104,2:0.0189:104,0:2,0 chr12 25379793 . C T 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=25379793;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=18.6;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=CTATGCTATACACACGATTG;RSEQ=TTTTAAGACTGTTAAAGTGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:7,0 chr12 25403496 . GCGCCGCCGCGTCCGCGCGCCTCCCCCCTGCAGACCCCTCTCACCCAGCCCGCCCCGACCCCGCGCCCGCGCCCCCCACCCGCCCCTCCGGGGACCCCTAATTCATTCACTCGCCGCCGGCCCCGCCCGGCGCCGGCAAAGAGGGTCGGGACCCGGGCAGGGGCCCAGGAGGGGTGGTCCGCTCCGTACCTCTCTCCCGCACCTGGGAGCCGCTGAGCCTCTGGCCCCGCCGCCGCCTTCAGTGCCTGCGCCGCGCTCGCTCCCAGTCCGAAATGGCGGGGGCCGGGAGTACTGGCCGAGCCGCCGCCACCTTCGCCGCCGCCACTGCCGCCGCCGCTGCTGCCTC G 69 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=187;END=25403841;VD=4;AF=0.0214;BIAS=2:2;REFBIAS=170:16;VARBIAS=3:1;PMEAN=288.8;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.31482;ODDRATIO=3.50399;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0211;ADJAF=0.0214;SHIFT3=10;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=190;LSEQ=CCGCCCATTCCTCACTCCCC;RSEQ=CGCCGCCGCGGCCGCCGCCT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=4;SPANPAIR=3 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:4:186,4:0.0214:170,16:3,1 chr12 25403742 . T G 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=460;END=25403742;VD=5;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=266:187;VARBIAS=3:2;PMEAN=46.6;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.05439630539535;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0068;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=3;HICOV=438;LSEQ=CCGCCGCCGCCTTCAGTGCC;RSEQ=GCGCCGCGCTCGCTCCCAGT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:460:5:453,5:0.0109:266,187:3,2 chr12 44902573 . A G 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=250;END=44902573;VD=248;AF=0.992;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=248:0;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.6;HIAF=0.9918;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=243;HICOV=245;LSEQ=TGATTTTGTCAAGCTCCACA;RSEQ=ATTTCATAATTGAAAGTTCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:250:248:0,248:0.992:0,0:248,0 chr12 44903084 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=44903084;VD=2;AF=0.0571;BIAS=1:0;REFBIAS=0:33;VARBIAS=0:2;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0571;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=35;LSEQ=TTAATAAATAAAGCAGACAT;RSEQ=GTCACTAACCTCACAGAGCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:35:2:33,2:0.0571:0,33:0,2 chr12 44916014 . GCA G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=327;END=44916016;VD=6;AF=0.0183;BIAS=2:2;REFBIAS=55:266;VARBIAS=2:4;PMEAN=48.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.28125;ODDRATIO=2.40981275754874;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0188;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.2;HICNT=6;HICOV=319;LSEQ=CCTCCATTTCTCAGTAACAC;RSEQ=CACACACACACGCACACACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:327:6:321,6:0.0183:55,266:2,4 chr12 44926796 . T C 149 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=44926796;VD=20;AF=0.5882;BIAS=1:1;REFBIAS=0:14;VARBIAS=0:20;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=0.5758;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=19;HICOV=33;LSEQ=GCTCACCAATATTTTAGCTC;RSEQ=TCTAGACACAAGCTAGGATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:34:20:14,20:0.5882:0,14:0,20 chr12 45000573 . A C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=45000573;VD=3;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=26.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=5;LSEQ=TAATTGTGGATGCAGGTGAT;RSEQ=GTGTGTTCTCGGCACTGAGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:5:3:2,3:0.6:2,0:3,0 chr12 45004824 . G A 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=217;END=45004824;VD=117;AF=0.5392;BIAS=2:2;REFBIAS=9:91;VARBIAS=10:107;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.05793;MQ=60;SN=28.25;HIAF=0.5407;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=113;HICOV=209;LSEQ=TATTTTAAACTACACCTTCA;RSEQ=TCTTGGTTATTGCATGGTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:217:117:100,117:0.5392:9,91:10,107 chr12 45097643 . G GA 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=311;END=45097643;VD=4;AF=0.0129;BIAS=2:0;REFBIAS=88:181;VARBIAS=0:4;PMEAN=51.1;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.30864;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=4;HICOV=248;LSEQ=AACAAAAGTCATAACCTACA;RSEQ=AAAAAAAAAGAAATTTATTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:311:4:269,4:0.0129:88,181:0,4 chr12 45108140 . T C 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=45108140;VD=14;AF=0.4242;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=0.4194;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=13;HICOV=31;LSEQ=AGTCTAACTTCACCTACATT;RSEQ=TCCTCCCAAGAGCAAATAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:33:14:19,14:0.4242:19,0:14,0 chr12 45108184 . A G 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=45108184;VD=32;AF=0.4267;BIAS=1:1;REFBIAS=43:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9.667;HIAF=0.4028;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=29;HICOV=72;LSEQ=CTTATTTGAATTTGGAAAAC;RSEQ=TACGACAACTTCATAAAGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:75:32:43,32:0.4267:43,0:32,0 chr12 45108621 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=238;END=45108621;VD=3;AF=0.0126;BIAS=2:0;REFBIAS=15:220;VARBIAS=0:3;PMEAN=23.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0092;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=217;LSEQ=GCATTCCACATGTTATACAC;RSEQ=TTTTTTCAACATGTATGACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:238:3:235,3:0.0126:15,220:0,3 chr12 45108863 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=45108863;VD=5;AF=0.4167;BIAS=2:0;REFBIAS=1:6;VARBIAS=0:5;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.4167;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=5;HICOV=12;LSEQ=ATTAAGTAGTCACTTAGGGC;RSEQ=GCAATAAATCAGGGGTAATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:5:7,5:0.4167:1,6:0,5 chr12 45169759 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=270;END=45169759;VD=3;AF=0.0111;BIAS=2:0;REFBIAS=217:50;VARBIAS=3:0;PMEAN=19.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0078;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=256;LSEQ=TTAATAAATTTTTAAAGAGT;RSEQ=GGAGCATCTGAGTTCCCTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:270:3:267,3:0.0111:217,50:3,0 chr12 45170006 . T C 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=207;END=45170006;VD=206;AF=0.9952;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=11:195;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=198;HICOV=198;LSEQ=AATGTGAAACACTCCGCAGG;RSEQ=ATCTTTTTTTTAAAGTATGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:207:206:0,206:0.9952:0,0:11,195 chr12 45170018 . A T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=45170018;VD=2;AF=0.0103;BIAS=1:0;REFBIAS=6:186;VARBIAS=0:2;PMEAN=14;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=187;LSEQ=TCCGCAGGTATCTTTTTTTT;RSEQ=AAGTATGTAGCAATGATGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:2:192,2:0.0103:6,186:0,2 chr12 45171114 . G GA 100 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=559;END=45171114;VD=6;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=181:345;VARBIAS=2:4;PMEAN=31.6;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04918;MQ=62.8;SN=12;HIAF=0.0121;ADJAF=0.0018;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=6;HICOV=497;LSEQ=TACCCTGTGTGTGAAAAATA;RSEQ=AAAAAAAAGACATATTACTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:559:6:526,6:0.0107:181,345:2,4 chr12 45171342 . A C 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=45171342;VD=53;AF=0.5354;BIAS=1:1;REFBIAS=0:46;VARBIAS=0:53;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.5417;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=52;HICOV=96;LSEQ=CCTTAAGATTAAATGTCAAG;RSEQ=TATAACTAAGAGGCAATAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:99:53:46,53:0.5354:0,46:0,53 chr12 45173169 . T G 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=45173169;VD=17;AF=0.425;BIAS=1:1;REFBIAS=22:0;VARBIAS=17:0;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.4359;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=17;HICOV=39;LSEQ=GTTAACATTTTAGATTTTTA;RSEQ=TGCTTTGAAAGGTTAATTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:40:17:22,17:0.425:22,0:17,0 chr12 45210133 . G T 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=45210133;VD=127;AF=0.9922;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:127;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41.333;HIAF=0.9920;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=124;HICOV=125;LSEQ=CACATGAATTACTGAACTTA;RSEQ=GTTTCAGGAATCTTTTTTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:128:127:0,127:0.9922:0,0:0,127 chr12 45269284 . C T 325 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=490;END=45269284;VD=490;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=236:254;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=97;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=485;HICOV=485;LSEQ=GCCTCCTCCTCCGCCGAGAG;RSEQ=CTTACCTGAGATCAGCAGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:490:490:0,490:1:0,0:236,254 chr12 45269439 . GA G 161 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=351;END=45269440;VD=22;AF=0.0627;BIAS=2:2;REFBIAS=174:155;VARBIAS=8:14;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.18538;ODDRATIO=1.96077;MQ=60;SN=44;HIAF=0.0638;ADJAF=0.0057;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=22;HICOV=345;LSEQ=CGGTCTCCAAGGCAAGCACA;RSEQ=AAAAAAAAAAATCCATATCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:351:22:329,22:0.0627:174,155:8,14 chr12 45269703 . A T 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=319;END=45269703;VD=168;AF=0.5266;BIAS=2:2;REFBIAS=43:105;VARBIAS=48:120;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02374;MQ=60;SN=15.8;HIAF=0.5356;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=158;HICOV=295;LSEQ=TCTTTAAAAATAAAAATAAA;RSEQ=ATCGAAGAGGTTCTTGGAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:319:168:148,168:0.5266:43,105:48,120 chr12 45270494 . A C 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=320;END=45270494;VD=4;AF=0.0125;BIAS=2:2;REFBIAS=140:175;VARBIAS=1:3;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=0.63278;ODDRATIO=2.39402;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0100;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=301;LSEQ=CTCGCCTGCCCTTTAAGCAA;RSEQ=GGAGGGAAGCCCATGTGCAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:320:4:315,4:0.0125:140,175:1,3 chr12 49297785 . A G 155 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=49297785;VD=21;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=21:0;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=AAAATGCACTGAGGAGACAG;RSEQ=TTTTTGAGAGTTAAAAGGAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:21:0,21:1:0,0:21,0 chr12 49297864 . C T 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=49297864;VD=45;AF=0.9783;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=45:0;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.625;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=37;HICOV=37;LSEQ=GGCGCTCCAAGACAGGGACT;RSEQ=TTCTAGCCTGTTGCCTCTCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:46:45:0,45:0.9783:0,0:45,0 chr12 49298059 . G A 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=213;END=49298059;VD=212;AF=0.9953;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=175:37;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.286;HIAF=0.9951;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=205;HICOV=206;LSEQ=TAGGGACATTTTTCTTCTAA;RSEQ=CTCTGTAACGCGGGCCGAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:213:212:0,212:0.9953:0,0:175,37 chr12 49298503 . T C 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=49298503;VD=158;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=107:51;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=157;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=157;HICOV=157;LSEQ=CCGTAGGTCCTGTCAGCTGT;RSEQ=CCAGCTGTCTGGAATGCTGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:159:158:0,158:0.9937:0,0:107,51 chr12 49308284 . A G 327 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=505;END=49308284;VD=505;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=291:214;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=251.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=503;HICOV=503;LSEQ=GCTCTTGGCCCTGCAGAGGC;RSEQ=CCGGCTCAGTCTCCTGGAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:505:505:0,505:1:0,0:291,214 chr12 49308475 . G A 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=271;END=49308475;VD=267;AF=0.9852;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:266;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.706;HIAF=0.9960;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=250;HICOV=251;LSEQ=CATCCCACATTGATTATCAC;RSEQ=GGACCCCCAGCAGAGAATAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:271:267:0,267:0.9852:0,0:1,266 chr12 49310414 . G GGGGAGA 98 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=7;END=49310414;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.7;SN=14;HIAF=0.8750;ADJAF=0.1429;SHIFT3=28;MSI=5;MSILEN=6;NM=1.5;HICNT=7;HICOV=8;LSEQ=CATGGGGAGAGGGAGACCAT;RSEQ=GGGAGAGGGAGAGGGAGAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:1,7:1:1,0:7,0 chr12 49310724 . GA AG 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=332;END=49310725;VD=327;AF=0.9849;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=236:91;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=654;HIAF=1.0000;ADJAF=0.0783;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=327;HICOV=327;LSEQ=TCAATATCCTGTATCCCTCA;RSEQ=GCAGGGACAGTGTCTTGTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:332:327:0,327:0.9849:0,0:236,91 chr12 49311058 . T TCC 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=89;END=49311058;VD=65;AF=0.7303;BIAS=1:1;REFBIAS=0:21;VARBIAS=0:65;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.5;SN=130;HIAF=0.7386;ADJAF=0.0225;SHIFT3=7;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=65;HICOV=88;LSEQ=AGCCTGGGCAACATAGGGAG;RSEQ=CCCCCCCATCTCTACCGGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:89:65:21,65:0.7303:0,21:0,65 chr12 49311066 . A G 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=49311066;VD=71;AF=0.9861;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:71;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=68;HICOV=68;LSEQ=CAACATAGGGAGTCCCCCCC;RSEQ=TCTCTACCGGCCCCCCCAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:72:71:0,71:0.9861:0,0:0,71 chr12 49311130 . C T 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=49311130;VD=33;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:32;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=32;HICOV=32;LSEQ=GGTAGTGTGTGCCTATGGTC;RSEQ=AAGCTACTTAAGAGGCTGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:33:33:0,33:1:0,0:1,32 chr12 49311162 . G A 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=49311162;VD=21;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:20;PMEAN=47.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=GAGGCTGAGGTAGGATGATC;RSEQ=CTTGAGCCCAGAAGATGGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:21:0,21:1:0,0:1,20 chr12 49311207 . A G 134 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=49311207;VD=15;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:14;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.9;HICNT=14;HICOV=14;LSEQ=TAGTGAACTGTGATAGCAAC;RSEQ=CTGCCCTCCAGCCTGGGTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:15:15:0,15:1:0,0:1,14 chr12 49312432 . C T 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=504;END=49312432;VD=503;AF=0.998;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=266:237;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44.727;HIAF=0.9980;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=492;HICOV=493;LSEQ=ACTGAAGACCCTCAGTTGGT;RSEQ=AAGTAGATTTCCCCTAATCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:504:503:0,503:0.998:0,0:266,237 chr12 49312593 . A G 334 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=635;END=49312593;VD=633;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=349:284;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62.3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=623;HICOV=623;LSEQ=CGAAAACTTAAGGCCCAAAG;RSEQ=ACTCAGGCCCGGGCAGCATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:635:633:0,633:0.9969:0,0:349,284 chr12 49312693 . CAG C 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=408;END=49312695;VD=411;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=121:290;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=822;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1411;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=411;HICOV=411;LSEQ=AGATTGTTGATAAGGTAACA;RSEQ=GGGAGAGGACTATCAGAATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:408:411:0,411:1:0,0:121,290 chr12 49312951 . C T 160 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=36;END=49312951;VD=35;AF=0.9722;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:35;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=31.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.833;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=AGCAGTCCTCTTGCCTTGGC;RSEQ=TCCCAAAGTGCTGGGATTAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:36:35:0,35:0.9722:0,0:0,35 chr12 49313004 . CT C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=15;END=49313005;VD=7;AF=0.4667;BIAS=2:0;REFBIAS=1:7;VARBIAS=0:7;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=7;HICOV=14;LSEQ=CCCTGGTGAGCCCCTTCCTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTCTTTTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:15:7:8,7:0.4667:1,7:0,7 chr12 49314862 . C A 334 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=684;END=49314862;VD=675;AF=0.9868;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=381:294;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.75;HIAF=0.9909;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=655;HICOV=661;LSEQ=GAGCTTACTGAGGAGCTCAC;RSEQ=AAGGTAAAGCCCGGGGGATG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:684:675:0,675:0.9868:0,0:381,294 chr12 49314994 . A G 340 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=661;END=49314994;VD=657;AF=0.9939;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=321:336;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92.857;HIAF=0.9969;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=650;HICOV=652;LSEQ=GGAGAATTTCTGGAAAAGGT;RSEQ=CAACAAAGTGAAACTGGAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:661:657:0,657:0.9939:0,0:321,336 chr12 49315300 . A AT 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=336;END=49315300;VD=186;AF=0.5536;BIAS=2:2;REFBIAS=25:76;VARBIAS=12:174;PMEAN=47.1;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=3e-05;ODDRATIO=4.74069;MQ=60.3;SN=9.333;HIAF=0.5753;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=168;HICOV=292;LSEQ=AAATCTTTCAACTCCTAGAG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGAGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:336:186:101,186:0.5536:25,76:12,174 chr12 49484494 . G T 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=49484494;VD=29;AF=0.5918;BIAS=0:2;REFBIAS=0:5;VARBIAS=4:25;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.5833;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=8;MSILEN=4;NM=2.4;HICNT=28;HICOV=48;LSEQ=GTATGTATGTATGTATGTAT;RSEQ=TATTTTGAGATAGAATCTCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:49:29:5,29:0.5918:0,5:4,25 chr12 49485373 . C G 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=49485373;VD=154;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:154;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=308;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=154;HICOV=154;LSEQ=CGTCGTTGGAGAACTGTGGG;RSEQ=TCACCTCTGAGGTTGAGAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:154:154:0,154:1:0,0:0,154 chr12 53819724 . ATG A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=397;END=53819726;VD=4;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=101:290;VARBIAS=1:3;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.04468;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=377;LSEQ=GTGAGCACCAAGGAGTGTAT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGCCTGTGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:397:4:391,4:0.0101:101,290:1,3 chr12 57404097 . C CA 112 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=457;END=57404097;VD=8;AF=0.0175;BIAS=2:2;REFBIAS=114:309;VARBIAS=1:7;PMEAN=49.1;PSTD=1;QUAL=37.4;QSTD=1;SBF=0.6876;ODDRATIO=2.57793;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0195;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=8;HICOV=410;LSEQ=GGACAAAAAACAAAACAAAA;RSEQ=AAAAAAAAACACTGAAATCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:457:8:423,8:0.0175:114,309:1,7 chr12 57406444 . T C 327 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=507;END=57406444;VD=506;AF=0.998;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=275:231;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=167.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=503;HICOV=503;LSEQ=CTCTGTTCCCAGGGAAGACT;RSEQ=TCCTGTGGATCCAAGCTGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:507:506:0,506:0.998:0,0:275,231 chr12 57407025 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=57407025;VD=2;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=161:30;VARBIAS=1:1;PMEAN=11.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.29615;ODDRATIO=5.29588;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=189;LSEQ=AAGGTTGGCTGAGCAGTGGG;RSEQ=GCTGGCATATTGTTTGTACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:2:191,2:0.0103:161,30:1,1 chr12 57409239 . G A 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=57409239;VD=66;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=66:0;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=132;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=66;HICOV=66;LSEQ=CACCAAACAACATATTTGTA;RSEQ=GGCACCTTTTATGTACAAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:66:66:0,66:1:0,0:66,0 chr12 57409381 . C A 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=208;END=57409381;VD=207;AF=0.9952;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=199:8;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40.4;HIAF=0.9951;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=5;NM=1.2;HICNT=202;HICOV=203;LSEQ=CCTCTGACGGACAACCCCCC;RSEQ=ACCCCAGTTTCCTCACTACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:208:207:0,207:0.9952:0,0:199,8 chr12 57409872 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=57409872;VD=2;AF=0.0333;BIAS=2:0;REFBIAS=40:18;VARBIAS=0:2;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.10734;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0345;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=58;LSEQ=AGCTCCCAAGAAAGATGATA;RSEQ=ATTTGTAGGACATGGACTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:2:58,2:0.0333:40,18:0,2 chr12 57410047 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=57410047;VD=3;AF=0.0134;BIAS=1:0;REFBIAS=218:3;VARBIAS=3:0;PMEAN=49.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0091;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=220;LSEQ=CTCGGCCCTACAGGTGCTTT;RSEQ=TGCTCACCTTCCCAGTCCCC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:224:3:221,3:0.0134:218,3:3,0 chr12 57410191 . G A 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=401;END=57410191;VD=398;AF=0.9925;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=211:187;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=55.857;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=391;HICOV=392;LSEQ=CTGTGGAGCAGCTCTGTGCC;RSEQ=GGGGCTGGGTGGTCTGGCAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:401:398:1,398:0.9925:1,0:211,187 chr12 57410429 . AG A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=159;END=57410430;VD=2;AF=0.0126;BIAS=2:0;REFBIAS=13:144;VARBIAS=0:2;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0.0063;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=158;LSEQ=AGGGGAGGCGGGGAGGCTGT;RSEQ=GGGGGAGGAGGATGCAGACA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:2:157,2:0.0126:13,144:0,2 chr12 63952989 . G A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=620;END=63952989;VD=292;AF=0.471;BIAS=2:2;REFBIAS=180:145;VARBIAS=137:155;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.03644;ODDRATIO=1.40367;MQ=59.6;SN=35.5;HIAF=0.4749;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=284;HICOV=598;LSEQ=TGTTTTGTATTCTGTTATAA;RSEQ=ATATTTTACAACTATGAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:620:292:325,292:0.471:180,145:137,155 chr12 63953114 . A G 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=700;END=63953114;VD=333;AF=0.4757;BIAS=2:2;REFBIAS=199:167;VARBIAS=170:163;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.40434;ODDRATIO=1.14233;MQ=59.4;SN=54.5;HIAF=0.4774;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=327;HICOV=685;LSEQ=TATTTCAAGTGTAGAGGGGC;RSEQ=AGAACATAAGGGAATTATAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:700:333:366,333:0.4757:199,167:170,163 chr12 63953181 . T C 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=677;END=63953181;VD=304;AF=0.449;BIAS=2:2;REFBIAS=184:189;VARBIAS=161:143;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.35474;ODDRATIO=1.15621639746095;MQ=49.6;SN=151;HIAF=0.4535;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=302;HICOV=666;LSEQ=AGATGCACATTAAAATACTA;RSEQ=AGATCTGGCATATTTCATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:677:304:373,304:0.449:184,189:161,143 chr12 63953410 . C T 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=726;END=63953410;VD=337;AF=0.4642;BIAS=2:2;REFBIAS=208:180;VARBIAS=172:165;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.50291;ODDRATIO=1.10837;MQ=60;SN=83.25;HIAF=0.4744;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=333;HICOV=702;LSEQ=GCCAGAAATAAAGACCATGA;RSEQ=CAACAAGCTTTGGGGCCATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:726:337:388,337:0.4642:208,180:172,165 chr12 63953557 . G A 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=694;END=63953557;VD=313;AF=0.451;BIAS=2:2;REFBIAS=198:174;VARBIAS=172:141;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.70047;ODDRATIO=1.07188029240894;MQ=41.4;SN=21.357;HIAF=0.4687;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=299;HICOV=638;LSEQ=TGTATACCATAGCAGTTTCT;RSEQ=TTTTACCTGGATGTTAAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:694:313:372,313:0.451:198,174:172,141 chr12 63953582 . G A 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=746;END=63953582;VD=354;AF=0.4745;BIAS=2:2;REFBIAS=206:185;VARBIAS=179:175;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.60741;ODDRATIO=1.08851;MQ=41.6;SN=18.667;HIAF=0.4699;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=336;HICOV=715;LSEQ=ACCTGGATGTTAAAAGAAAA;RSEQ=CCACTGGAATCTAAAGAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:746:354:391,354:0.4745:206,185:179,175 chr12 63954304 . T C 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=656;END=63954304;VD=326;AF=0.497;BIAS=2:2;REFBIAS=175:153;VARBIAS=166:160;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.58376;ODDRATIO=1.10228;MQ=60;SN=35.222;HIAF=0.4969;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=317;HICOV=638;LSEQ=TATCCTTCTCAGTTAACCTT;RSEQ=AATACTCTGTACACACTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:656:326:328,326:0.497:175,153:166,160 chr12 63964258 . T C 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=63964258;VD=40;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=40:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.5;SN=39;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=39;HICOV=39;LSEQ=AGTAGTTTTACTGGAATACA;RSEQ=ACACACATCATAAATATGTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:40:40:0,40:1:0,0:40,0 chr12 63964389 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=189;END=63964390;VD=4;AF=0.0212;BIAS=1:0;REFBIAS=179:6;VARBIAS=4:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0213;ADJAF=0.0053;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=188;LSEQ=ATTTCTGGATGGTTATTGTC;RSEQ=TTTTTTTTAACTTCCAGTAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:4:185,4:0.0212:179,6:4,0 chr12 63964425 . GTT G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=201;END=63964427;VD=2;AF=0.01;BIAS=1:0;REFBIAS=188:5;VARBIAS=0:2;PMEAN=66.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.00111;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=179;LSEQ=CAGTATGAAAATGAGGATGA;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:201:2:193,2:0.01:188,5:0,2 chr12 63964427 . TTG T 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=210;END=63964429;VD=71;AF=0.3381;BIAS=2:1;REFBIAS=58:4;VARBIAS=70:1;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.18388;ODDRATIO=4.77691793254992;MQ=59.2;SN=70;HIAF=0.3448;ADJAF=0.0619;SHIFT3=37;MSI=19;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=70;HICOV=203;LSEQ=GTATGAAAATGAGGATGAGT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:210:71:62,71:0.3381:58,4:70,1 chr12 63974801 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=63974801;VD=2;AF=0.0135;BIAS=1:0;REFBIAS=1:145;VARBIAS=0:2;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0142;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=141;LSEQ=ATTGGCATTACAGGGCCCAG;RSEQ=TGAAAATGGAACTTTCTCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:2:146,2:0.0135:1,145:0,2 chr12 63974881 . A T 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=63974881;VD=73;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:73;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=54.9;SN=13.6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=68;HICOV=68;LSEQ=GTACTAATTTACTACTAAGG;RSEQ=TTAAAATAAACAAATCACAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:73:73:0,73:1:0,0:0,73 chr12 63976439 . G A 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=222;END=63976439;VD=219;AF=0.9865;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:216;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.7;SN=72;HIAF=0.9863;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=216;HICOV=219;LSEQ=AGCCTATCAGTATTCATTCA;RSEQ=CAATAATTTATCGAATGTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:222:219:0,219:0.9865:0,0:3,216 chr12 63987546 . T G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=63987546;VD=5;AF=0.7143;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.7143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=5;HICOV=7;LSEQ=TAACCTGCACATTGTGCACA;RSEQ=GTACCCTAAAACTTAAAGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:7:5:2,5:0.7143:2,0:5,0 chr12 63987966 . A T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=63987966;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=36:135;VARBIAS=1:1;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.38298;ODDRATIO=3.71291723907474;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=170;LSEQ=TAAGGAATACTGCAATATTT;RSEQ=AAATGCTCTGATTCATTAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:2:171,2:0.0116:36,135:1,1 chr12 63988116 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=63988116;VD=2;AF=0.0385;BIAS=1:0;REFBIAS=0:47;VARBIAS=0:2;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=45;LSEQ=CACATCATTGAAAACTAAAT;RSEQ=ACCATCAGAAGTATCCTTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:52:2:47,2:0.0385:0,47:0,2 chr12 63988149 . G C 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=63988149;VD=21;AF=0.6364;BIAS=0:1;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:21;PMEAN=25.6;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.8;SN=20;HIAF=0.6250;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=20;HICOV=32;LSEQ=ATCCTTGGGGTGAAAAATAA;RSEQ=CCACAATAGGACAAATAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:33:21:12,21:0.6364:0,12:0,21 chr12 63988244 . A TGTGTGTGTGT 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=6;END=63988244;VD=2;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:2;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0.1667;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=GGGATGAGAGAGAGAGAGAT;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:6:2:3,2:0.3333:0,3:0,2 chr12 63991415 . C CT 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=113;END=63991415;VD=56;AF=0.4956;BIAS=1:1;REFBIAS=51:0;VARBIAS=56:0;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=27;HIAF=0.5047;ADJAF=0.0708;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=54;HICOV=107;LSEQ=CTCTATAAGATAGAGGCTAT;RSEQ=TTTTTTTTTTAACAGACAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:56:51,56:0.4956:51,0:56,0 chr12 63991818 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=63991818;VD=2;AF=0.0169;BIAS=1:0;REFBIAS=0:116;VARBIAS=0:2;PMEAN=8;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0220;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=91;LSEQ=TCCAATATATTTAGACATCC;RSEQ=TCTAAGAAAACAAAAAACTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:118:2:116,2:0.0169:0,116:0,2 chr12 63991821 . T C 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=116;END=63991821;VD=56;AF=0.4828;BIAS=1:1;REFBIAS=0:57;VARBIAS=0:56;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=28.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.4;SN=3;HIAF=0.4242;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=42;HICOV=99;LSEQ=AATATATTTAGACATCCCTC;RSEQ=AAGAAAACAAAAAACTACAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:116:56:57,56:0.4828:0,57:0,56 chr12 63991926 . T C 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=63991926;VD=21;AF=0.4667;BIAS=1:1;REFBIAS=0:24;VARBIAS=0:21;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=42.5;SN=42;HIAF=0.4773;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=21;HICOV=44;LSEQ=AATGAAAAGTAGAAAGAAGT;RSEQ=AGAAAAAACAAAGAGAAGAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:45:21:24,21:0.4667:0,24:0,21 chr12 63991935 . C T 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=63991935;VD=19;AF=0.4419;BIAS=1:1;REFBIAS=0:24;VARBIAS=0:19;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=40.6;SN=38;HIAF=0.4419;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=19;HICOV=43;LSEQ=TAGAAAGAAGTTAGAAAAAA;RSEQ=AAAGAGAAGATGATAAAGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:43:19:24,19:0.4419:0,24:0,19 chr12 64011062 . A G 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=64011062;VD=134;AF=0.4908;BIAS=2:2;REFBIAS=93:45;VARBIAS=82:52;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=0.31242;ODDRATIO=1.30925;MQ=58.4;SN=8.571;HIAF=0.4651;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=120;HICOV=258;LSEQ=TGGCAGGTTAAAAAAAACCA;RSEQ=CTTTATGAACTAAACACTTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:273:134:138,134:0.4908:93,45:82,52 chr12 64011278 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=64011278;VD=2;AF=0.0154;BIAS=1:0;REFBIAS=1:127;VARBIAS=0:2;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=123;LSEQ=AAATTTATTTGCATAAAGAT;RSEQ=AATGACTCTTGGCCAAATGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:2:128,2:0.0154:1,127:0,2 chr12 64011311 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=64011311;VD=2;AF=0.0182;BIAS=1:0;REFBIAS=1:107;VARBIAS=0:2;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=105;LSEQ=CCAAATGATAACAGAATTTC;RSEQ=AGTCACTGCTAGATTCTAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:110:2:108,2:0.0182:1,107:0,2 chr12 64011866 . A G 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=64011866;VD=75;AF=0.4412;BIAS=2:2;REFBIAS=72:21;VARBIAS=58:17;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0049;MQ=42.1;SN=24;HIAF=0.4390;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=72;HICOV=164;LSEQ=GTACCGTATAAAACAGAATC;RSEQ=CTTCGATTTTATAAACTCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:75:93,75:0.4412:72,21:58,17 chr12 64011878 . T C 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=64011878;VD=85;AF=0.4404;BIAS=2:2;REFBIAS=75:33;VARBIAS=60:25;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=0.87587;ODDRATIO=1.05573209742296;MQ=40.6;SN=8.444;HIAF=0.4130;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=76;HICOV=184;LSEQ=ACAGAATCACTTCGATTTTA;RSEQ=AAACTCTGAGAACCTATCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:85:108,85:0.4404:75,33:60,25 chr12 64014641 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=64014641;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=43.7;SN=6;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=7;LSEQ=AATGTGGTACATATACACCA;RSEQ=GGAATACTATGCAGCCATAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:4,3:0.4286:4,0:3,0 chr12 64014693 . A T 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=64014693;VD=6;AF=0.2857;BIAS=1:0;REFBIAS=15:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=42.7;SN=12;HIAF=0.3000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=6;HICOV=20;LSEQ=ATCAGGTCCTTTGCAGGGAC;RSEQ=TGAATGGAGCTGGAGGCCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:21:6:15,6:0.2857:15,0:6,0 chr12 64014873 . T C 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=143;END=64014873;VD=126;AF=0.8811;BIAS=1:1;REFBIAS=17:0;VARBIAS=124:2;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=31.8;SN=125;HIAF=0.8803;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=125;HICOV=142;LSEQ=TAGGAAAAACAGCTAATGCA;RSEQ=GCTGGGCTTAATACCTAGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:143:126:17,126:0.8811:17,0:124,2 chr12 64014905 . A G 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=64014905;VD=75;AF=0.4658;BIAS=1:1;REFBIAS=84:2;VARBIAS=73:2;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.14968;MQ=36.1;SN=74;HIAF=0.4684;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=74;HICOV=158;LSEQ=TACCTAGGTGATGGGTTGAT;RSEQ=GATGCAAAAACCACCATGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:75:86,75:0.4658:84,2:73,2 chr12 64015441 . A G 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=64015441;VD=10;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:10;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.1;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=GTCAGAAAATAGGATGCAGC;RSEQ=CTGCCCCTGCACACCTCAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:10:10:0,10:1:0,0:0,10 chr12 64018144 . A G 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=64018144;VD=32;AF=0.4267;BIAS=1:1;REFBIAS=0:41;VARBIAS=0:32;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.8;SN=64;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=32;HICOV=72;LSEQ=GATATATCAGACCGAGCAAA;RSEQ=GGAAACCCAAGGGACAAACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:75:32:41,32:0.4267:0,41:0,32 chr12 64018272 . G A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=64018272;VD=4;AF=0.4444;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:4;PMEAN=50.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=9;LSEQ=CCTGGCATCCCAGGCTTTGG;RSEQ=ATATATGCATGCCAAGACAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:4:5,4:0.4444:0,5:0,4 chr12 64019869 . GTAACT G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=7;END=64019874;VD=4;AF=0.5714;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=7;LSEQ=TAAATGTGGAATGTGGATAA;RSEQ=TAACTTTCTCTAAATTTAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:7:4:3,4:0.5714:3,0:4,0 chr12 64020120 . T A 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=64020120;VD=92;AF=0.492;BIAS=1:1;REFBIAS=95:0;VARBIAS=92:0;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=47.4;SN=184;HIAF=0.4920;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=92;HICOV=187;LSEQ=TGCTTAAAATATCAACTTAT;RSEQ=ACACAAGGGTCTTTAAAATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:92:95,92:0.492:95,0:92,0 chr12 64020310 . T TAA 190 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=260;END=64020310;VD=34;AF=0.1308;BIAS=2:2;REFBIAS=72:67;VARBIAS=14:20;PMEAN=46.2;PSTD=1;QUAL=37.5;QSTD=1;SBF=0.3392;ODDRATIO=1.53137;MQ=59.1;SN=68;HIAF=0.1667;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=12;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=34;HICOV=204;LSEQ=CTCCCAGTTGAGTCCCACTG;RSEQ=AAAAAAAAAACAAAAAAAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:260:34:139,34:0.1308:72,67:14,20 chr12 64020321 . C A 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=64020321;VD=218;AF=0.8583;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=87:131;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=52.2;SN=35.333;HIAF=0.9021;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=212;HICOV=235;LSEQ=GTCCCACTGTAAAAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAACAGAGAATACAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:254:218:0,218:0.8583:0,0:87,131 chr12 64020330 . C T 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=225;END=64020330;VD=104;AF=0.4622;BIAS=2:2;REFBIAS=23:92;VARBIAS=33:71;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.06229;ODDRATIO=1.85387738454979;MQ=54;SN=6.429;HIAF=0.4737;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=90;HICOV=190;LSEQ=TAAAAAAAAAACAAAAAAAA;RSEQ=AGAGAATACAATCAAAATTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:225:104:115,104:0.4622:23,92:33,71 chr12 64038022 . T C 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=64038022;VD=62;AF=0.5439;BIAS=1:1;REFBIAS=52:0;VARBIAS=60:2;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.49946;ODDRATIO=0;MQ=39.4;SN=19.667;HIAF=0.5315;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=59;HICOV=111;LSEQ=TTAGTGACATCTCCAGTTTC;RSEQ=GGTTACATGATATTGGTTAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:114:62:52,62:0.5439:52,0:60,2 chr12 64038147 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=291;END=64038147;VD=3;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=216:72;VARBIAS=2:1;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.49771;MQ=51.3;SN=2;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=276;LSEQ=ATCAGCCAGTCTGTAAAAGC;RSEQ=CACTGAAAGGTCTCTTAATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:291:3:288,3:0.0103:216,72:2,1 chr12 64038369 . A G 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=64038369;VD=90;AF=0.5325;BIAS=1:1;REFBIAS=2:77;VARBIAS=2:88;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.14195;MQ=56.3;SN=180;HIAF=0.5422;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=90;HICOV=166;LSEQ=TGCTTTGCAATCAAGAGCTC;RSEQ=TGAATTTGCTGAAAGCATTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:169:90:79,90:0.5325:2,77:2,88 chr12 64038436 . TTG T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=117;END=64038438;VD=6;AF=0.0513;BIAS=1:0;REFBIAS=0:111;VARBIAS=0:6;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0526;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=6;HICOV=114;LSEQ=TTATTTACCCTTATAAGAGT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGCTTGCAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:6:111,6:0.0513:0,111:0,6 chr12 64041195 . C CATAATA 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=252;END=64041195;VD=100;AF=0.3968;BIAS=2:2;REFBIAS=21:81;VARBIAS=18:82;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.72243;ODDRATIO=1.1801;MQ=46.3;SN=200;HIAF=0.4926;ADJAF=0.0675;SHIFT3=21;MSI=9;MSILEN=3;NM=0.4;HICNT=100;HICOV=203;LSEQ=TGAGGTAAATACATTCTCTT;RSEQ=ATAATAATAATAATAATAAT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:252:100:102,100:0.3968:21,81:18,82 chr12 64041509 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=64041509;VD=5;AF=0.625;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:5;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=53.6;SN=10;HIAF=0.6250;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=5;HICOV=8;LSEQ=TTGCACTATCAATTGTTGCT;RSEQ=TATTATGAAGCTAATGTAAA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:5:3,5:0.625:0,3:0,5 chr12 64054953 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=64054953;VD=2;AF=0.0105;BIAS=1:0;REFBIAS=184:4;VARBIAS=2:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=CATGAGAGAACAGTTTCTGG;RSEQ=GTCTTTAAATTTTAAGAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:2:188,2:0.0105:184,4:2,0 chr12 64055345 . 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C G 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=333;END=64061745;VD=167;AF=0.5015;BIAS=2:2;REFBIAS=140:26;VARBIAS=138:29;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.76817;ODDRATIO=1.13113;MQ=59.7;SN=32.4;HIAF=0.5062;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=162;HICOV=320;LSEQ=TATTATTTCCTACTAGGCAC;RSEQ=CACAAACCCTTGCTTGTTAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:333:167:166,167:0.5015:140,26:138,29 chr12 64062023 . A C 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=560;END=64062023;VD=281;AF=0.5018;BIAS=2:2;REFBIAS=119:159;VARBIAS=117:164;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.79767;ODDRATIO=1.04902;MQ=60;SN=562;HIAF=0.5118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=281;HICOV=549;LSEQ=CCCCGGGGAGGACCTCCAGG;RSEQ=GCCCCTTGGCAGTTTCCCGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:560:281:278,281:0.5018:119,159:117,164 chr12 64062052 . G A 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=618;END=64062052;VD=308;AF=0.4984;BIAS=2:2;REFBIAS=131:179;VARBIAS=134:174;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.80739;ODDRATIO=1.05217748129755;MQ=60;SN=43;HIAF=0.4951;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=301;HICOV=608;LSEQ=GCAGTTTCCCGCCGCCTAGG;RSEQ=CCGACTTTTCCATCTCCTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:618:308:310,308:0.4984:131,179:134,174 chr12 64062065 . T C 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=626;END=64062065;VD=316;AF=0.5048;BIAS=2:2;REFBIAS=137:173;VARBIAS=139:177;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00839;MQ=60;SN=51.667;HIAF=0.5175;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.2;HICNT=310;HICOV=599;LSEQ=GCCTAGGGCCGACTTTTCCA;RSEQ=CTCCTCCTCTACCTCCGGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:626:316:310,316:0.5048:137,173:139,177 chr12 64062465 . GC AA 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=213;END=64062466;VD=97;AF=0.4554;BIAS=2:2;REFBIAS=19:85;VARBIAS=8:89;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.04064;ODDRATIO=2.47591;MQ=60;SN=23.25;HIAF=0.4769;ADJAF=0.061;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=93;HICOV=195;LSEQ=TGAGGGCAGCCCCACGCACA;RSEQ=CCCCCACACCCTCCCCAGCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:213:97:104,97:0.4554:19,85:8,89 chr12 64062496 . T C 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=64062496;VD=81;AF=0.5094;BIAS=1:1;REFBIAS=1:76;VARBIAS=0:81;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.48734;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=162;HIAF=0.5159;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=81;HICOV=157;LSEQ=CCTCCCCAGCGCCTGCAGCC;RSEQ=CCGGTGCGCGCAGGCCCCAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:159:81:77,81:0.5094:1,76:0,81 chr12 64062651 . G A 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=64062651;VD=15;AF=0.4688;BIAS=1:1;REFBIAS=1:15;VARBIAS=1:14;PMEAN=27.9;PSTD=1;QUAL=31.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.06901565038912;MQ=59;SN=6.5;HIAF=0.4333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=13;HICOV=30;LSEQ=GTGCAGCCCCCACCCCGAGC;RSEQ=CGCAGCTCCACGCAGCCTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:32:15:16,15:0.4688:1,15:1,14 chr12 68708628 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=68708628;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=183:13;VARBIAS=2:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=196;LSEQ=AATAAAATCTGCAATTTATT;RSEQ=GTCATAAAATCAAAAGAGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:196,2:0.0101:183,13:2,0 chr12 70352021 . C T 79 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=70352021;VD=6;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=0.7143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=5;HICOV=7;LSEQ=AATGGATCCTCTTTTATTCA;RSEQ=TATTTAGGGATATCAGCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:6:3,6:0.6667:3,0:6,0 chr12 70352152 . TA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=77;END=70352153;VD=2;AF=0.026;BIAS=1:0;REFBIAS=75:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0260;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=77;LSEQ=GTGAGAAAGAAATTGAGCAA;RSEQ=AAAAAAAATCACTTTAACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:77:2:75,2:0.026:75,0:2,0 chr12 70352198 . CT C 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=141;END=70352199;VD=62;AF=0.4397;BIAS=1:1;REFBIAS=79:0;VARBIAS=62:0;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=124;HIAF=0.4397;ADJAF=0.0993;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=62;HICOV=141;LSEQ=TAATTTTTACATTAATCTTC;RSEQ=TTTTTTTTTTCTCCTTTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:62:79,62:0.4397:79,0:62,0 chr12 70352410 . A ACAT 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=498;END=70352410;VD=216;AF=0.4337;BIAS=2:2;REFBIAS=156:122;VARBIAS=101:115;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.04576;ODDRATIO=1.45478;MQ=60;SN=71;HIAF=0.4503;ADJAF=0.0542;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=213;HICOV=473;LSEQ=TCTTTTTTCTTCTTTGTAAA;RSEQ=CATTTACGTTTATTGCTGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:498:216:278,216:0.4337:156,122:101,115 chr12 70352749 . A T 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=70352749;VD=13;AF=0.4815;BIAS=1:1;REFBIAS=0:13;VARBIAS=0:13;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=13;HICOV=26;LSEQ=TGATATGGTATGTGGAGGAG;RSEQ=TGTGGGGGGTGGTATCTGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:27:13:13,13:0.4815:0,13:0,13 chr12 79985561 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=179;END=79985562;VD=2;AF=0.0112;BIAS=1:0;REFBIAS=174:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=177;LSEQ=ATGCTAATATAAAAATATGG;RSEQ=TTTTTTCTCCTACACTGACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:2:177,2:0.0112:174,3:2,0 chr12 79985874 . 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G A 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=68;END=79986655;VD=32;AF=0.4706;BIAS=1:1;REFBIAS=0:36;VARBIAS=0:32;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.4706;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=32;HICOV=68;LSEQ=CATCCATTACTTGACTCTTC;RSEQ=TTCTTACAACAAGTGTATAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:68:32:36,32:0.4706:0,36:0,32 chr12 79988066 . C CA 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=188;END=79988066;VD=3;AF=0.016;BIAS=2:0;REFBIAS=146:30;VARBIAS=3:0;PMEAN=47.1;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=6;HIAF=0.0185;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=162;LSEQ=ATATATTTTCATCCAATTGC;RSEQ=AAAAAAAACCCCTCCAAACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:188:3:176,3:0.016:146,30:3,0 chr12 79988396 . 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A T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=80007454;VD=2;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=28:136;VARBIAS=1:1;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.31975;ODDRATIO=4.79018969151178;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0124;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=161;LSEQ=CACAATTACTTATTATATAA;RSEQ=ATAGTTGATAGAGAATACCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:164,2:0.012:28,136:1,1 chr12 80014907 . A T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=474;END=80014907;VD=257;AF=0.5422;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=116:141;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.125;HIAF=0.5401;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=249;HICOV=461;LSEQ=AAGTTTACAGCTTCATTCTG;RSEQ=ATAGTGTTCTGTTGTGTAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:474:257:0,257:0.5422:0,0:116,141 chr12 80015105 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=182;END=80015105;VD=2;AF=0.011;BIAS=1:0;REFBIAS=3:177;VARBIAS=0:2;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=179;LSEQ=CATTCAGAAATTAGTTTGCA;RSEQ=AATAAAAGTATTTTTCTTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:2:180,2:0.011:3,177:0,2 chr12 80083234 . T G 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=80083234;VD=3;AF=0.0411;BIAS=1:0;REFBIAS=69:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=28.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=60;LSEQ=GTGGGCAAGTCCTGGAGCCA;RSEQ=AAGTTGTCTTTCTACCACGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:3:69,3:0.0411:69,0:3,0 chr12 80083292 . C G 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=125;END=80083292;VD=59;AF=0.472;BIAS=1:1;REFBIAS=65:1;VARBIAS=59:0;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=0.4715;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=58;HICOV=123;LSEQ=TCTGAGACCTGGCCAGGAAG;RSEQ=CTGAAAAGCACGTGTCCTAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:125:59:66,59:0.472:65,1:59,0 chr12 80083792 . G C 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=386;END=80083792;VD=194;AF=0.5026;BIAS=2:2;REFBIAS=85:106;VARBIAS=85:109;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.91847;ODDRATIO=1.02824;MQ=60;SN=37.8;HIAF=0.5013;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=189;HICOV=377;LSEQ=CGGGGACGGCAGGTGCGGCC;RSEQ=GCGCGCCGCCCGGGAGGTTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:386:194:191,194:0.5026:85,106:85,109 chr12 80084110 . A G 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=367;END=80084110;VD=4;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=169:188;VARBIAS=2:2;PMEAN=57.2;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.11209964412811;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0086;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=3;HICOV=347;LSEQ=TCTTCCTTCCTGCGGCCCCG;RSEQ=GGATGCCAGGAGACGACCTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:367:4:357,4:0.0109:169,188:2,2 chr12 80084359 . G A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=80084359;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=70:98;VARBIAS=1:1;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.39715539162266;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=CAGTACGGACCCCGACGATC;RSEQ=CCGCCCCTAGAAGGGAGGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:2:168,2:0.0118:70,98:1,1 chr12 80084463 . T C 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=80084463;VD=43;AF=0.4725;BIAS=2:2;REFBIAS=33:13;VARBIAS=22:21;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.05273;ODDRATIO=2.39837;MQ=60;SN=42;HIAF=0.4884;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=42;HICOV=86;LSEQ=GGCGGTCGAGATACTAGGGC;RSEQ=AGACCCGCCACCTGTCGGCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:43:46,43:0.4725:33,13:22,21 chr12 80084526 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=80084526;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=111:60;VARBIAS=1:1;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.84309;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=TCTAGCCACCGCCGGTCCGA;RSEQ=GTCCCCGTCAGCTACAACCC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:2:171,2:0.0116:111,60:1,1 chr12 80084806 . AGGAG A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=183;END=80084810;VD=3;AF=0.0164;BIAS=2:0;REFBIAS=157:23;VARBIAS=3:0;PMEAN=58.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=20;MSI=6;MSILEN=4;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=180;LSEQ=GACAGGAGGGAGGGAGAAGA;RSEQ=GGAGGGAGGGAGGGAGGGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:3:180,3:0.0164:157,23:3,0 chr12 93896765 . CGTG C 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=381;END=93896768;VD=381;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=172:209;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=380;HIAF=1.0000;ADJAF=0.0656;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=380;HICOV=380;LSEQ=TGCTAAATAAGCACATAGTC;RSEQ=ATCACCAGCATCACCTGCCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:381:381:0,381:1:0,0:172,209 chr12 93896850 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=93896850;VD=3;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=80:196;VARBIAS=2:1;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.20744;ODDRATIO=4.86807516308052;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=270;LSEQ=CACCATCAGTAACATTTTAT;RSEQ=AAAGATCTACTTATTTGTCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:3:276,3:0.0108:80,196:2,1 chr12 93896894 . G A 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=93896894;VD=187;AF=0.9947;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=11:176;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.167;HIAF=0.9945;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=181;HICOV=182;LSEQ=TTGCAGACATTTTAAAATTC;RSEQ=TAAAGTGGGATGCTTCTTTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:188:187:0,187:0.9947:0,0:11,176 chr12 93896981 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=116;END=93896981;VD=2;AF=0.0172;BIAS=1:0;REFBIAS=1:113;VARBIAS=0:2;PMEAN=56.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=TTCAAGCATTATTGGGAAAC;RSEQ=ACCAGAGGGCACTCTCACCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:116:2:114,2:0.0172:1,113:0,2 chr12 93897158 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=12;END=93897159;VD=4;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:4;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=14;MSI=15;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=TAGACCAATAGCAAAAACTG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTAAAGAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:4:8,4:0.3333:0,8:0,4 chr12 102122797 . TTTATTTAAGTG T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=466;END=102122808;VD=222;AF=0.4764;BIAS=2:2;REFBIAS=107:137;VARBIAS=97:125;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00646;MQ=60;SN=444;HIAF=0.4816;ADJAF=0.0644;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=222;HICOV=461;LSEQ=TATTAAACATTTGTTTAATT;RSEQ=TTATACCTATTTCAGCAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:466:222:244,222:0.4764:107,137:97,125 chr12 102122806 . G T 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=434;END=102122806;VD=12;AF=0.0276;BIAS=2:2;REFBIAS=97:133;VARBIAS=6:6;PMEAN=17.7;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=0.76604;ODDRATIO=1.36930028755306;MQ=60;SN=11;HIAF=0.0472;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.2;HICNT=11;HICOV=233;LSEQ=TTTGTTTAATTTTTATTTAA;RSEQ=TGTTATACCTATTTCAGCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:434:12:230,12:0.0276:97,133:6,6 chr12 102122900 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=367;END=102122901;VD=4;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=137:222;VARBIAS=1:3;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.8485;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=363;LSEQ=CACTTACAGTTTCCATCATA;RSEQ=TTTTTTTTGCAACATAGCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:367:4:359,4:0.0109:137,222:1,3 chr12 102123221 . C A 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=102123221;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:20;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=19;HICOV=19;LSEQ=AATGTAGTATACTTTGCCCA;RSEQ=AATGGGTTTCCTGAACTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:0,20 chr12 102125090 . G A 149 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=39;END=102125090;VD=19;AF=0.4872;BIAS=1:1;REFBIAS=20:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=19;HICOV=38;LSEQ=TGAAGTGTTATTAAAGTATG;RSEQ=ATTTTATGCATGATAAGTAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:39:19:20,19:0.4872:20,0:19,0 chr12 102125253 . G GT 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=164;END=102125253;VD=2;AF=0.0122;BIAS=1:0;REFBIAS=153:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=16;PSTD=1;QUAL=38.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62;SN=4;HIAF=0.0129;ADJAF=0.0061;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=AAGTAGTTAAAGTCTAAAAT;RSEQ=TTTTTTCCCATAAACTTAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:156,2:0.0122:153,3:2,0 chr12 102125452 . TATAAA T 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=268;END=102125457;VD=133;AF=0.4963;BIAS=2:2;REFBIAS=48:86;VARBIAS=49:84;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.89911;ODDRATIO=1.04498667641988;MQ=60;SN=132;HIAF=0.4944;ADJAF=0.0858;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=132;HICOV=267;LSEQ=GTCGAAACATATTCTACAAA;RSEQ=AGAAAAAAAACTGTGTAATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:133:134,133:0.4963:48,86:49,84 chr12 102125454 . TAAAAG T 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=252;END=102125459;VD=6;AF=0.0238;BIAS=2:2;REFBIAS=49:86;VARBIAS=1:5;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=31.1;QSTD=1;SBF=0.42287;ODDRATIO=2.83146;MQ=60;SN=5;HIAF=0.0365;ADJAF=0.0159;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=5;HICOV=137;LSEQ=CGAAACATATTCTACAAATA;RSEQ=AAAAAAAACTGTGTAATAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:252:6:135,6:0.0238:49,86:1,5 chr12 102127224 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=102127224;VD=2;AF=0.0107;BIAS=1:0;REFBIAS=183:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=63.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=182;LSEQ=CGTCTGTGGTTTACAGTTCA;RSEQ=TAGGTTTAAAACACATGGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:2:184,2:0.0107:183,1:2,0 chr12 102127262 . C A 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=214;END=102127262;VD=106;AF=0.4953;BIAS=1:1;REFBIAS=104:4;VARBIAS=102:4;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01952;MQ=60;SN=25.5;HIAF=0.4857;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=102;HICOV=210;LSEQ=GCCAGCAATGGTTAATGAAA;RSEQ=CTGGCTCAGTTCCACTGGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:214:106:108,106:0.4953:104,4:102,4 chr12 102127624 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=97;END=102127625;VD=2;AF=0.0206;BIAS=1:0;REFBIAS=0:94;VARBIAS=0:2;PMEAN=68.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0222;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=90;LSEQ=TTTACACTGATTCCAGAAGT;RSEQ=TTTTTTTCTAACAAACTAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:97:2:94,2:0.0206:0,94:0,2 chr12 102127714 . T G 126 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=102127714;VD=13;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:13;VARBIAS=0:13;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=12;HICOV=24;LSEQ=TTTATTGTATATATAAATTT;RSEQ=CAAAAAGAAATTCATCTGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:26:13:13,13:0.5:0,13:0,13 chr12 102128682 . TA T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=228;END=102128683;VD=3;AF=0.0132;BIAS=2:0;REFBIAS=158:67;VARBIAS=3:0;PMEAN=22.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.55734;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0133;ADJAF=0.0044;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=225;LSEQ=AATACTAAGAAATGTGGCTC;RSEQ=AAAAAAAAGCAACCACCTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:228:3:225,3:0.0132:158,67:3,0 chr12 102130486 . A ATG 119 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=19;END=102130486;VD=12;AF=0.6316;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=27.8;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.7;SN=10;HIAF=0.6667;ADJAF=0.1053;SHIFT3=33;MSI=17;MSILEN=2;NM=3.7;HICNT=10;HICOV=15;LSEQ=AAATATATGTATGTATGTAT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:12:5,12:0.6316:5,0:12,0 chr12 102131090 . TA T 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=305;END=102131091;VD=106;AF=0.3475;BIAS=2:2;REFBIAS=64:97;VARBIAS=41:65;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.89854;ODDRATIO=1.04586;MQ=60;SN=212;HIAF=0.3618;ADJAF=0.0033;SHIFT3=16;MSI=17;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=106;HICOV=293;LSEQ=GTCTTCCCTGTATTGACAAT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAGCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:305:106:161,106:0.3475:64,97:41,65 chr12 102131564 . C A 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=510;END=102131564;VD=245;AF=0.4804;BIAS=2:2;REFBIAS=166:99;VARBIAS=160:85;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.57994;ODDRATIO=1.12234705215547;MQ=60;SN=29.625;HIAF=0.4759;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=237;HICOV=498;LSEQ=TGAAGGACATCACTGCCCAA;RSEQ=ATGAGATGTACTGCACCTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:510:245:265,245:0.4804:166,99:160,85 chr12 102131810 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=288;END=102131810;VD=3;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=21:264;VARBIAS=1:2;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.21279;ODDRATIO=6.20578379049274;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0073;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=273;LSEQ=TAAAAGTTTAAATATCAAAG;RSEQ=AGATATCGAACAAGGATTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:288:3:285,3:0.0104:21,264:1,2 chr12 102132040 . G GA 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=15;END=102132040;VD=3;AF=0.2;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:3;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=6;HIAF=0.3000;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=3;HICOV=10;LSEQ=GATGAAACCCCGTCTCTACT;RSEQ=AAAAAAAAAAACAAAATTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:15:3:9,3:0.2:0,9:0,3 chr12 102132849 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=102132849;VD=2;AF=0.0126;BIAS=1:0;REFBIAS=155:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=156;LSEQ=AGGCGCCCTCGGCGTGGAGC;RSEQ=GGCAGGAGGGAGACGCGCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:2:157,2:0.0126:155,2:2,0 chr12 102132942 . A T 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=102132942;VD=2;AF=0.011;BIAS=2:0;REFBIAS=168:11;VARBIAS=2:0;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=AGGGTGTAGCGATGGGGCCC;RSEQ=GCCCCAGCCCAGCCCGCCCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:2:179,2:0.011:168,11:2,0 chr12 102133233 . A T 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=671;END=102133233;VD=321;AF=0.4784;BIAS=2:2;REFBIAS=178:168;VARBIAS=174:147;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.48573;ODDRATIO=1.11698146927742;MQ=60;SN=16.833;HIAF=0.4720;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=303;HICOV=642;LSEQ=GAGGTGGCCCCTTCTCCGCG;RSEQ=CGCTTCTGAGGCAAGCTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:671:321:346,321:0.4784:178,168:174,147 chr12 102133391 . G A 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=584;END=102133391;VD=296;AF=0.5068;BIAS=2:2;REFBIAS=79:206;VARBIAS=100:196;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.12667;ODDRATIO=1.32973418613619;MQ=60;SN=11.87;HIAF=0.4901;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=273;HICOV=557;LSEQ=CCAAATAGCTGGCCCAGGGT;RSEQ=CTTTGGCCGCCGGAGCGGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:584:296:285,296:0.5068:79,206:100,196 chr12 102133406 . G A 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=556;END=102133406;VD=285;AF=0.5126;BIAS=2:2;REFBIAS=71:199;VARBIAS=92:193;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=0.13593;ODDRATIO=1.3353452535153;MQ=60;SN=9.556;HIAF=0.4896;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=258;HICOV=527;LSEQ=AGGGTGCTTTGGCCGCCGGA;RSEQ=CGGGTTGCGAGTACACTTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:556:285:270,285:0.5126:71,199:92,193 chr12 102133411 . T C 328 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=538;END=102133411;VD=537;AF=0.9981;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=153:384;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66.125;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=529;HICOV=529;LSEQ=GCTTTGGCCGCCGGAGCGGG;RSEQ=TGCGAGTACACTTGAGGCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:538:537:0,537:0.9981:0,0:153,384 chr12 102133685 . G A 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=102133685;VD=52;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:52;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.6;SN=25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=50;HICOV=50;LSEQ=CAGGAGAATCGCTTGAACCC;RSEQ=GGAGGCAGAGGTTGCAGTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:52:52:0,52:1:0,0:0,52 chr12 102133761 . GAA G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=28;END=102133763;VD=2;AF=0.0714;BIAS=1:0;REFBIAS=0:26;VARBIAS=0:2;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0741;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=27;LSEQ=AGAGTGAGACTCCATGTCAA;RSEQ=AAAAAAAAAGAAAATTGCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:28:2:26,2:0.0714:0,26:0,2 chr12 112857071 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=112857071;VD=2;AF=0.0144;BIAS=1:0;REFBIAS=0:137;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0147;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=136;LSEQ=GGCCGGTTCCCTCCTCGTCC;RSEQ=CTCGCCCTCCAGGGGCCGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:139:2:137,2:0.0144:0,137:0,2 chr12 112890776 . A G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=112890776;VD=62;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=62:0;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=60;HICOV=60;LSEQ=TTGTCTCTAAAGGACTGTGG;RSEQ=CTCATTTAAGAAGTTTAGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:62:62:0,62:1:0,0:62,0 chr12 112890855 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=112890855;VD=2;AF=0.0156;BIAS=1:0;REFBIAS=126:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=52.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=GGGATGCAGATTTTCTGTCT;RSEQ=AGGTGGGATTGATCAATCCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:128:2:126,2:0.0156:126,0:2,0 chr12 112891292 . TTTTA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=199;END=112891296;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=16:180;VARBIAS=0:2;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=27;MSI=7;MSILEN=4;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=194;LSEQ=ACATTCAAAGTCAGATTGTC;RSEQ=TTTATTTATTTATTTATTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:2:196,2:0.0101:16,180:0,2 chr12 112915336 . G GT 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=132;END=112915336;VD=4;AF=0.0303;BIAS=1:0;REFBIAS=122:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0317;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=4;HICOV=126;LSEQ=CTGGGCTTTAATTTTTATGT;RSEQ=TTTTTTTTTCAATCATTGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:4:122,4:0.0303:122,0:4,0 chr12 112924937 . CT C 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=110;END=112924938;VD=12;AF=0.1091;BIAS=1:0;REFBIAS=0:96;VARBIAS=0:12;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.1224;ADJAF=0.0182;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=12;HICOV=98;LSEQ=TGTTCTCTCTCTCTCTCTCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTCGTTTTTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:110:12:96,12:0.1091:0,96:0,12 chr12 112926182 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=112926182;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=137:37;VARBIAS=1:1;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.38617;ODDRATIO=3.6673;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=TCTGTTGATATTAATGGCTT;RSEQ=GTTTTGAGTCTGAAACCCCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:174,2:0.0114:137,37:1,1 chr12 112939853 . C T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=112939853;VD=127;AF=0.9922;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=127:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=125;HICOV=125;LSEQ=TCAATTTTTTTTTCTTTCTC;RSEQ=CTCTTTTTTCTTTTTTTGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:128:127:0,127:0.9922:0,0:127,0 chr12 112939856 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=112939856;VD=2;AF=0.0153;BIAS=1:0;REFBIAS=128:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=124;LSEQ=ATTTTTTTTTCTTTCTCCCT;RSEQ=TTTTTTCTTTTTTTGGGCAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:2:129,2:0.0153:128,1:2,0 chr12 112942353 . G A 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=101;END=112942353;VD=101;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=101:0;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=96;HICOV=96;LSEQ=TGGCTATCTCTTCTCTCCCT;RSEQ=GGAATGTCAGGTCCTAGGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:101:101:0,101:1:0,0:101,0 chr12 112943478 . A C 192 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=112943478;VD=105;AF=0.7095;BIAS=1:1;REFBIAS=20:0;VARBIAS=104:1;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=28.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=3.038;HIAF=0.7596;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=25;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=79;HICOV=104;LSEQ=CTCAAAAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAACTCAGTGTCAGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:148:105:20,105:0.7095:20,0:104,1 chr12 112943981 . A AT 121 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=702;END=112943981;VD=10;AF=0.0142;BIAS=2:2;REFBIAS=352:296;VARBIAS=6:4;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.76162;ODDRATIO=1.26092274326352;MQ=63.6;SN=9;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=9;HICOV=631;LSEQ=TTATACCCTTAACCAGTTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTCCTCATTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:702:10:648,10:0.0142:352,296:6,4 chr12 112944750 . TTGATGATGA T 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=207;END=112944759;VD=142;AF=0.686;BIAS=2:1;REFBIAS=45:7;VARBIAS=136:6;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.04504;ODDRATIO=3.49833828931258;MQ=59.9;SN=284;HIAF=0.7030;ADJAF=0.1208;SHIFT3=38;MSI=15;MSILEN=3;NM=0.6;HICNT=142;HICOV=202;LSEQ=GTCCCTTCTACTTCCCTCTA;RSEQ=TGATGATGATGATGATGATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:207:142:52,142:0.686:45,7:136,6 chr12 120882217 . G T 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=284;END=120882217;VD=132;AF=0.4648;BIAS=2:2;REFBIAS=104:48;VARBIAS=92:40;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.89774;ODDRATIO=1.06127820346826;MQ=60;SN=21;HIAF=0.4532;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=126;HICOV=278;LSEQ=CAAAAGCACTCACTGAAACT;RSEQ=TTGTGCCCAGATCCCTTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:284:132:152,132:0.4648:104,48:92,40 chr12 120882264 . AAAG A 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=334;END=120882267;VD=144;AF=0.4311;BIAS=2:2;REFBIAS=116:75;VARBIAS=76:68;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.14902;ODDRATIO=1.38248;MQ=60;SN=288;HIAF=0.4337;ADJAF=0.021;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=144;HICOV=332;LSEQ=TTAGTTCCCTGAGAGGAAAA;RSEQ=AGGTCCTAACCAATTGCTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:334:144:191,144:0.4311:116,75:76,68 chr12 120882266 . A G 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=329;END=120882266;VD=6;AF=0.0182;BIAS=2:0;REFBIAS=111:75;VARBIAS=6:0;PMEAN=10;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.08318;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0323;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=186;LSEQ=AGTTCCCTGAGAGGAAAAAA;RSEQ=GAGGTCCTAACCAATTGCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:329:6:186,6:0.0182:111,75:6,0 chr12 120882486 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=120882486;VD=2;AF=0.0161;BIAS=1:0;REFBIAS=0:122;VARBIAS=0:2;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=123;LSEQ=ACAGTTCCTGCAAGATACCA;RSEQ=AGCAGGTGAGAAATCATCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:2:122,2:0.0161:0,122:0,2 chr12 122356157 . C T 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=122356157;VD=13;AF=0.5417;BIAS=0:1;REFBIAS=11:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.5652;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=13;HICOV=23;LSEQ=GGCAGGACGGTTGTGTGCTG;RSEQ=ATCCATGAGACCTGGAAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:24:13:11,13:0.5417:11,0:13,0 chr12 122356435 . GC AT 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=316;END=122356436;VD=147;AF=0.4652;BIAS=2:2;REFBIAS=117:40;VARBIAS=109:38;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01966;MQ=60;SN=23.5;HIAF=0.4716;ADJAF=0.0633;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=141;HICOV=299;LSEQ=GACCACCGCCCTGCCCTGTC;RSEQ=TTTAGGGCCTGTCGCTTCCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:316:147:157,147:0.4652:117,40:109,38 chr12 122357030 . A AT 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=8;END=122357030;VD=3;AF=0.375;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:3;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=7;LSEQ=CATTTATCCATTCATTATTT;RSEQ=TTTATTATTATTATTATTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:3:4,3:0.375:0,4:0,3 chr12 122357032 . TTA T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=8;END=122357034;VD=4;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:4;PMEAN=9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5000;ADJAF=0.25;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=8;LSEQ=TTTATCCATTCATTATTTAT;RSEQ=TTATTATTATTATTATTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:4:4,4:0.5:0,4:0,4 chr12 122358816 . A G 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=122358816;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.2;SN=5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=CCAGGCTGGAGTGCAATGGT;RSEQ=TGATCTTGGCTCACTGCAAC;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:6,0 chr12 122359172 . T C 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=450;END=122359172;VD=226;AF=0.5022;BIAS=2:2;REFBIAS=166:57;VARBIAS=168:58;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00542;MQ=60;SN=36.667;HIAF=0.5069;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.4;HICNT=220;HICOV=434;LSEQ=GCTGAGGGCCAGCTGGTTAT;RSEQ=ATGGTCAAAATCTCTCTAGA;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:450:226:223,226:0.5022:166,57:168,58 chr12 122359397 . G GGAGGAGGAGGAGAAA 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=698;END=122359397;VD=601;AF=0.861;BIAS=2:2;REFBIAS=27:20;VARBIAS=333:267;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.87923;ODDRATIO=1.08233;MQ=60;SN=599;HIAF=0.8783;ADJAF=0.3309;SHIFT3=10;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=599;HICOV=682;LSEQ=AAAACGGGCGAGGAGGAAGG;RSEQ=GAGGAGGAGGGGAAGGAGGA;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:698:601:47,601:0.861:27,20:333,267 chr12 122359415 . G GGAGGAGGCGAACCAC 82 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=628;END=122359415;VD=7;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=310:299;VARBIAS=1:6;PMEAN=10.6;PSTD=1;QUAL=29.5;QSTD=1;SBF=0.06641;ODDRATIO=6.20571;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0119;ADJAF=0.0096;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=6;HICOV=506;LSEQ=GGGGAGGAGGAGGGGAAGGA;RSEQ=GACAAAAAGATTGTCATGGA;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:628:7:609,7:0.0111:310,299:1,6 chr12 122359698 . C CTT 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=202;END=122359698;VD=71;AF=0.3515;BIAS=2:1;REFBIAS=10:39;VARBIAS=0:71;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=7e-05;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=34;HIAF=0.3977;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=17;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=68;HICOV=171;LSEQ=AAATAAGGTACAATCCATTC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGAGAC;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:202:71:49,71:0.3515:10,39:0,71 chr12 122361412 . A G 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=122361412;VD=138;AF=0.5055;BIAS=2:2;REFBIAS=120:13;VARBIAS=128:10;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.51702;ODDRATIO=1.38498400343476;MQ=60;SN=22;HIAF=0.4981;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=132;HICOV=265;LSEQ=TCCAGCCTCTTTTAAAAAAC;RSEQ=TTTCATAATTCCTAGGTGAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:273:138:133,138:0.5055:120,13:128,10 chr12 122361929 . CT C 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=509;END=122361930;VD=495;AF=0.9725;BIAS=2:2;REFBIAS=4:9;VARBIAS=110:385;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.50085;ODDRATIO=1.55405;MQ=60;SN=81.5;HIAF=0.9780;ADJAF=0.0511;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=489;HICOV=500;LSEQ=CTTTTAAATCTCCCCCAGTG;RSEQ=TTTGAGAGTGTTGCGCAATA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:509:495:13,495:0.9725:4,9:110,385 chr12 122362023 . TG T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=228;END=122362024;VD=5;AF=0.0219;BIAS=2:0;REFBIAS=7:83;VARBIAS=0:5;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0255;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=5;HICOV=196;LSEQ=TTAAACTAATAATAGACTTG;RSEQ=TTTTTTTTTTTAAGACAGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:228:5:90,5:0.0219:7,83:0,5 chr12 122362024 . G T 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=228;END=122362024;VD=104;AF=0.4561;BIAS=2:1;REFBIAS=7:83;VARBIAS=4:100;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.35179;ODDRATIO=2.10042;MQ=59.8;SN=33.667;HIAF=0.5153;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=101;HICOV=196;LSEQ=TAAACTAATAATAGACTTGT;RSEQ=TTTTTTTTTTTAAGACAGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:228:104:90,104:0.4561:7,83:4,100 chr12 122362036 . A T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=122362036;VD=3;AF=0.0152;BIAS=1:0;REFBIAS=0:194;VARBIAS=0:3;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=3;HICOV=193;LSEQ=AGACTTGTGTTTTTTTTTTT;RSEQ=AGACAGTCTTGCTTTGTCGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:3:194,3:0.0152:0,194:0,3 chr12 122362291 . G C 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=122362291;VD=9;AF=0.6429;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:9;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.6429;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=9;HICOV=14;LSEQ=TCGGTCTCCCAAAGTGCTGG;RSEQ=ATTACAGGCGTGAGCCACCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:14:9:5,9:0.6429:0,5:0,9 chr12 122362316 . C T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=122362316;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:3;PMEAN=28.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=7;LSEQ=CAGGCGTGAGCCACCACGCC;RSEQ=GGCCTAGACTTGTGTCTTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:4,3:0.4286:0,4:0,3 chr12 122369446 . C T 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=122369446;VD=50;AF=0.4464;BIAS=1:1;REFBIAS=62:0;VARBIAS=50:0;PMEAN=31.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100;HIAF=0.4505;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=50;HICOV=111;LSEQ=CCAGGTTGGTCTCGAACTCC;RSEQ=GACTTCAGGTAATCCACCCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:50:62,50:0.4464:62,0:50,0 chr12 122369497 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=122369497;VD=2;AF=0.0118;BIAS=1:0;REFBIAS=166:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=168;LSEQ=CCAAAGTGCTGGGATTACAG;RSEQ=CATGAGCCACCACGCCTGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:2:166,2:0.0118:166,0:2,0 chr12 122369508 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=122369508;VD=2;AF=0.0108;BIAS=1:0;REFBIAS=183:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=182;LSEQ=GGATTACAGGCATGAGCCAC;RSEQ=ACGCCTGGCTGAGGACTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:2:184,2:0.0108:183,1:2,0 chr12 122369575 . C A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=381;END=122369575;VD=4;AF=0.0105;BIAS=2:0;REFBIAS=314:63;VARBIAS=4:0;PMEAN=29.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=375;LSEQ=GTTGATGTGAAATCCTTCCC;RSEQ=TCCGGCGAGTTCCTGGAGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:381:4:377,4:0.0105:314,63:4,0 chr12 122369762 . C T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=591;END=122369762;VD=272;AF=0.4602;BIAS=2:2;REFBIAS=137:179;VARBIAS=108:164;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.40178;ODDRATIO=1.16192;MQ=60;SN=15;HIAF=0.4636;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=255;HICOV=550;LSEQ=CACACTGCGATCATCTACAA;RSEQ=GTGTTCAGGAACAATCAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:591:272:316,272:0.4602:137,179:108,164 chr12 122370206 . T C 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=122370206;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:7;PMEAN=30.9;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=GAGAAGTGGGTATTCATATA;RSEQ=CCATTTTACAGAAGAAGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:0,7 chr12 122380274 . A G 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=76;END=122380274;VD=76;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=76:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.7;HICNT=75;HICOV=75;LSEQ=TCATCCATGTCATAGCATGC;RSEQ=TCAGTGCTTCATTCCCTTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:76:76:0,76:1:0,0:76,0 chr12 122381088 . A G 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=122381088;VD=45;AF=0.4839;BIAS=1:1;REFBIAS=1:47;VARBIAS=0:45;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=90;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=45;HICOV=90;LSEQ=AATTCCCTGGGTGTGGTGGC;RSEQ=CATGCCTATAGTCCCAGCTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:45:48,45:0.4839:1,47:0,45 chr12 122381134 . T G 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=122381134;VD=26;AF=0.4483;BIAS=1:1;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:26;PMEAN=45.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.4561;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=26;HICOV=57;LSEQ=AAGACTGAGGCATGAGAATT;RSEQ=CTTGAACCTGGGAGGCAGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:26:32,26:0.4483:0,32:0,26 chr12 122381194 . C G 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=122381194;VD=18;AF=0.4186;BIAS=1:1;REFBIAS=0:25;VARBIAS=0:18;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=18;HICOV=42;LSEQ=GCGCCACTGCACTCCAGCCT;RSEQ=GGTGACAAAGTGAGACTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:43:18:25,18:0.4186:0,25:0,18 chr12 122386515 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=122386515;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=ACATGCTGGTAGTCCCAACT;RSEQ=CTCAGGAGGCTGAGGCAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0 chr12 122386758 . G C 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=122386758;VD=55;AF=0.4867;BIAS=1:1;REFBIAS=57:0;VARBIAS=55:0;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.333;HIAF=0.5149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=52;HICOV=101;LSEQ=ATATTCCTATTTTTTTTTAC;RSEQ=AAATGCGGTATCTTTTCTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:55:57,55:0.4867:57,0:55,0 chr12 122386765 . G C 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=122386765;VD=116;AF=0.9667;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=116:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.6;HIAF=0.9815;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=106;HICOV=108;LSEQ=TATTTTTTTTTACGAAATGC;RSEQ=GTATCTTTTCTGTTTTATAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:120:116:0,116:0.9667:0,0:116,0 chr12 122386807 . A G 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=122386807;VD=79;AF=0.5;BIAS=2:1;REFBIAS=74:5;VARBIAS=76:3;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.71939;ODDRATIO=1.70598972994183;MQ=60;SN=7.778;HIAF=0.4698;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=70;HICOV=149;LSEQ=CCTACTCATTTGTTTTAATT;RSEQ=AAATTATTATTTAATTTTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:158:79:79,79:0.5:74,5:76,3 chr12 122387337 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=122387337;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:3;PMEAN=49.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=3;HICOV=7;LSEQ=CCGCTTAATCCTCTCAAGTA;RSEQ=CTGGGATTAGAGGGGTGAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:4,3:0.4286:0,4:0,3 chr12 122389167 . A G 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=122389167;VD=37;AF=0.4625;BIAS=1:1;REFBIAS=43:0;VARBIAS=37:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74;HIAF=0.4684;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=37;HICOV=79;LSEQ=AACTCCATCTCAAGAAAAAA;RSEQ=AAGTCATAATCATTTGTGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:80:37:43,37:0.4625:43,0:37,0 chr12 122389248 . A G 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=122389248;VD=175;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=175:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.583;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=163;HICOV=163;LSEQ=GTTTTTAGATATTTCCCAAG;RSEQ=CAGCAAGTTCTCTTACCTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:175:175:0,175:1:0,0:175,0 chr12 122389631 . AT A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=119;END=122389632;VD=5;AF=0.042;BIAS=1:0;REFBIAS=1:111;VARBIAS=0:5;PMEAN=28.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0442;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=5;HICOV=113;LSEQ=TGTAAGTATTGTTAAAAATA;RSEQ=TTTTTTTTTTGAGACGGAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:119:5:112,5:0.042:1,111:0,5 chr12 122389765 . C T 115 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=122389765;VD=11;AF=0.4074;BIAS=1:0;REFBIAS=0:16;VARBIAS=0:11;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.3846;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=10;HICOV=26;LSEQ=CTCCCGAGTAGCTGGGACTA;RSEQ=AGGCGCCTGCCACCACGCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:27:11:16,11:0.4074:0,16:0,11 chr12 122391963 . A G 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=311;END=122391963;VD=311;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=279:32;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.875;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=303;HICOV=303;LSEQ=ATAGCATTATAAAATATCGT;RSEQ=TTGATAAATGCTTTGTTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:311:311:0,311:1:0,0:279,32 chr12 122392038 . C T 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=484;END=122392038;VD=213;AF=0.4401;BIAS=2:2;REFBIAS=214:56;VARBIAS=165:48;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.65667;ODDRATIO=1.11144;MQ=60;SN=29.429;HIAF=0.4411;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=206;HICOV=467;LSEQ=TGAAACAGACCTTCAACAAG;RSEQ=TTGTGGGAAAGTTTAGCCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:484:213:270,213:0.4401:214,56:165,48 chr12 122392198 . A G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=514;END=122392198;VD=253;AF=0.4922;BIAS=2:2;REFBIAS=72:189;VARBIAS=45:208;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.0086;ODDRATIO=1.75888;MQ=60;SN=30.625;HIAF=0.4880;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=245;HICOV=502;LSEQ=CAAGCCTTGTAAATTGGTTC;RSEQ=TTTGCAGAAAGAGGGTATCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:514:253:261,253:0.4922:72,189:45,208 chr12 122395777 . A G 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=122395777;VD=8;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:1;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=GAGCTTGTCCTAGCCACTGC;RSEQ=GTTAAAGGCACTGGATAATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:7,1 chr12 122396395 . C T 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=596;END=122396395;VD=306;AF=0.5134;BIAS=2:2;REFBIAS=134:154;VARBIAS=142:164;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00493;MQ=60;SN=29.6;HIAF=0.5139;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=296;HICOV=576;LSEQ=GCAGGGTTTTTGAGAAGGGG;RSEQ=TTGGAGTCCAGAGTCTGACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:596:306:288,306:0.5134:134,154:142,164 chr12 122396573 . C T 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=122396573;VD=140;AF=0.4714;BIAS=2:2;REFBIAS=37:118;VARBIAS=28:112;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.48254;ODDRATIO=1.25327;MQ=59.7;SN=19;HIAF=0.4683;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=133;HICOV=284;LSEQ=CGCCTTCTCTCTGGGGCTCC;RSEQ=GTGGTGTTCTGGGCCTATCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:140:155,140:0.4714:37,118:28,112 chr12 122396670 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=283;END=122396670;VD=3;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=139:141;VARBIAS=1:2;PMEAN=49.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.96708;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0073;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=275;LSEQ=TCCCGCGGTGTCCTGGGCCT;RSEQ=TCTGTGCGTCTCTGCGCGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:3:280,3:0.0106:139,141:1,2 chr12 122397195 . A C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=122397195;VD=2;AF=0.0122;BIAS=1:0;REFBIAS=1:161;VARBIAS=0:2;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=GCTACAAAAACACTTTTTAA;RSEQ=AATTAGCCAGGCCTTGTGGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:162,2:0.0122:1,161:0,2 chr12 122397351 . G A 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=122397351;VD=11;AF=0.4074;BIAS=1:0;REFBIAS=0:16;VARBIAS=0:11;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.4231;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=11;HICOV=26;LSEQ=AGGGAAAAGCAGTGGTCTTC;RSEQ=CTAAACTCCTGTCCCTTCCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:27:11:16,11:0.4074:0,16:0,11 chr12 122398123 . A G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=122398123;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=26.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=AGACTAAGATTATTTTTGAA;RSEQ=AAAATATTCTTAGTATTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:6,0 chr12 122398138 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=9;END=122398139;VD=2;AF=0.2222;BIAS=0:0;REFBIAS=7:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2222;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=9;LSEQ=TTGAAAAAAATATTCTTAGT;RSEQ=TTTTTTTTTTGATAGGGTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:2:7,2:0.2222:7,0:2,0 chr12 122398806 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=122398806;VD=2;AF=0.0101;BIAS=1:0;REFBIAS=1:196;VARBIAS=0:2;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=196;LSEQ=CAGTGAAGGATCACAAACCT;RSEQ=TCCAGGTTGGCATTTTGCCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:2:197,2:0.0101:1,196:0,2 chr12 122398832 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=122398832;VD=3;AF=0.0194;BIAS=1:0;REFBIAS=1:151;VARBIAS=0:3;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0134;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=149;LSEQ=GTTGGCATTTTGCCTTAACA;RSEQ=GGCTGGGACACCACCTGGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:3:152,3:0.0194:1,151:0,3 chr12 122398916 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=122398916;VD=2;AF=0.027;BIAS=1:0;REFBIAS=0:72;VARBIAS=0:2;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0290;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=69;LSEQ=AGAAGGCAAGGAGCGGGGAG;RSEQ=TCCCCATAGCTTGGAAAGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:74:2:72,2:0.027:0,72:0,2 chr12 122398953 . A C 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=122398953;VD=16;AF=0.3902;BIAS=1:1;REFBIAS=0:25;VARBIAS=0:16;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=0.4103;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=16;HICOV=39;LSEQ=AGCAGCCGCCCTTGCCTCCC;RSEQ=GTGTGCACGGGGAGGGCTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:41:16:25,16:0.3902:0,25:0,16 chr12 122405912 . G T 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=356;END=122405912;VD=170;AF=0.4775;BIAS=2:2;REFBIAS=137:49;VARBIAS=117:53;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.34844;ODDRATIO=1.26567;MQ=60;SN=12.077;HIAF=0.4659;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=157;HICOV=337;LSEQ=AATTATGTGTTCCTTTCTAG;RSEQ=TGGGACTTCAGATCTTACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:356:170:186,170:0.4775:137,49:117,53 chr12 122406215 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=122406215;VD=2;AF=0.0125;BIAS=1:0;REFBIAS=0:158;VARBIAS=0:2;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=CTTCAGGTTGCTCCCCGGTG;RSEQ=CATTGCTCACATTACTCTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:2:158,2:0.0125:0,158:0,2 chr12 122406752 . G A 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=385;END=122406752;VD=195;AF=0.5065;BIAS=2:2;REFBIAS=158:31;VARBIAS=165:30;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.88907;ODDRATIO=1.07888831348179;MQ=60;SN=64;HIAF=0.5093;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=192;HICOV=377;LSEQ=TAGTACAGAGCAAAGTACTC;RSEQ=GCAAGTGAATGATTTCCTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:385:195:189,195:0.5065:158,31:165,30 chr12 122412832 . A G 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=122412832;VD=11;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=10:1;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=GGATTGTGGTTTCAGAACAC;RSEQ=GGATGCCTCCCCCACCCCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:10,1 chr12 122413196 . T C 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=432;END=122413196;VD=211;AF=0.4884;BIAS=2:2;REFBIAS=147:72;VARBIAS=143:68;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.9182;ODDRATIO=1.02995097433362;MQ=60;SN=104.5;HIAF=0.5024;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=209;HICOV=416;LSEQ=GGGGTGAAGACTTGACCCCA;RSEQ=TCTATGGTCTGCTGTCTGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:432:211:219,211:0.4884:147,72:143,68 chr12 122429898 . TA T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=108;END=122429899;VD=4;AF=0.037;BIAS=1:0;REFBIAS=103:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0388;ADJAF=0.0093;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=103;LSEQ=GACAGAGTGAGACTATCATC;RSEQ=AAAAAAAAAATCAGGTTCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:108:4:103,4:0.037:103,0:4,0 chr12 122430473 . A G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=360;END=122430473;VD=175;AF=0.4861;BIAS=2:2;REFBIAS=23:162;VARBIAS=39:136;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.0172;ODDRATIO=2.01588517518042;MQ=60;SN=20.875;HIAF=0.4813;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=167;HICOV=347;LSEQ=TATATATATTTATATATATT;RSEQ=TTTCTTTTTTTTTTCTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:360:175:185,175:0.4861:23,162:39,136 chr12 122430477 . CT C 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=345;END=122430478;VD=11;AF=0.0319;BIAS=2:2;REFBIAS=57:275;VARBIAS=1:10;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.69802;ODDRATIO=2.06923;MQ=60;SN=22;HIAF=0.0330;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=11;HICOV=333;LSEQ=TATATTTATATATATTATTT;RSEQ=TTTTTTTTTCTTTTTCAGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:345:11:332,11:0.0319:57,275:1,10 chr12 122430516 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=122430516;VD=2;AF=0.0103;BIAS=2:0;REFBIAS=14:176;VARBIAS=0:2;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=191;LSEQ=GACAGGGTCTTACTCCTCAC;RSEQ=CCTGTTGCCCAGGCTGGAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:2:190,2:0.0103:14,176:0,2 chr12 122437594 . C CT 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=286;END=122437594;VD=11;AF=0.0385;BIAS=2:0;REFBIAS=221:34;VARBIAS=11:0;PMEAN=49.4;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=0.36879;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=22;HIAF=0.0453;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=11;HICOV=243;LSEQ=CCTTTTCTATTTACTGTGGT;RSEQ=TTTTTTTTTTCCCCATCTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:286:11:255,11:0.0385:221,34:11,0 chr12 122438187 . G A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=122438187;VD=9;AF=0.5294;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:9;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=8;HICOV=16;LSEQ=TTGGGTTGGGGCCGGGCGCA;RSEQ=TGGCTCATGCCTGTAATCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:17:9:8,9:0.5294:0,8:0,9 chr12 122439288 . G GA 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=85;END=122439288;VD=3;AF=0.0353;BIAS=1:0;REFBIAS=78:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0380;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=3;HICOV=79;LSEQ=TTTTTTTCAATTGAGTAAAA;RSEQ=AAAAAAAAATAGTGGGATAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:85:3:78,3:0.0353:78,0:3,0 chr12 122439369 . T C 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=122439369;VD=189;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=155:34;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=184;HICOV=184;LSEQ=AGTATGCTTAGCCTCAAGAG;RSEQ=TAAACAATCACCTTCTCACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:189:189:0,189:1:0,0:155,34 chr12 122441231 . G A 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=122441231;VD=12;AF=0.4138;BIAS=1:0;REFBIAS=17:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.4138;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=12;HICOV=29;LSEQ=GCGGTAGCTGTAATCCCAGC;RSEQ=CTTTGGGAGTCTGAGGTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:12:17,12:0.4138:17,0:12,0 chr12 130822077 . G C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=130822077;VD=4;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=26.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=6;LSEQ=GCGGGGTCTTGGGGGGACAG;RSEQ=GGCGGAGCCTGTGGGGCGGG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:4:2,4:0.6667:2,0:4,0 chr12 130822223 . T G 178 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=130822223;VD=34;AF=0.4595;BIAS=1:1;REFBIAS=40:0;VARBIAS=34:0;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.5161;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=32;HICOV=62;LSEQ=GTCTGTCCGGGGCCAGGCGG;RSEQ=GTCTTGGGGGGCCAGGGGCA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:74:34:40,34:0.4595:40,0:34,0 chr12 130822243 . A G 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=130822243;VD=35;AF=0.4321;BIAS=1:1;REFBIAS=45:0;VARBIAS=35:0;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.4416;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=34;HICOV=77;LSEQ=TGTCTTGGGGGGCCAGGGGC;RSEQ=GGGCCTGTGGGGCGGGGCGG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:35:45,35:0.4321:45,0:35,0 chr12 130822339 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=130822339;VD=2;AF=0.0114;BIAS=1:0;REFBIAS=168:4;VARBIAS=0:2;PMEAN=8;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.001;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=AGGGGCGGGGCCGGGGCCTG;RSEQ=GGGGCGGGGCTCCTCTGGTC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:172,2:0.0114:168,4:0,2 chr12 130822446 . G T 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=416;END=130822446;VD=201;AF=0.4832;BIAS=2:2;REFBIAS=162:50;VARBIAS=168:33;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.08519;ODDRATIO=1.56953839875693;MQ=60;SN=27.714;HIAF=0.4826;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=194;HICOV=402;LSEQ=TCCGCCGTTACTGGGCGTAT;RSEQ=GCGTACAGACACGAGGCCGG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:416:201:212,201:0.4832:162,50:168,33 chr12 130822471 . C T 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=478;END=130822471;VD=230;AF=0.4812;BIAS=2:2;REFBIAS=172:74;VARBIAS=174:56;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=0.18108;ODDRATIO=1.33596964676963;MQ=60;SN=11.778;HIAF=0.4670;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=212;HICOV=454;LSEQ=ACAGACACGAGGCCGGCGCC;RSEQ=GGGAGGCGGTGTTCATCCGC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:478:230:246,230:0.4812:172,74:174,56 chr12 130822544 . G A 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=549;END=130822544;VD=269;AF=0.49;BIAS=2:2;REFBIAS=171:105;VARBIAS=169:100;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.85986;ODDRATIO=1.03766732385597;MQ=60;SN=23.455;HIAF=0.4813;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=258;HICOV=536;LSEQ=CGTGTCCCTGGCTCTCTCGG;RSEQ=AACCCAGCGCCGAAGGCGAG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:549:269:276,269:0.49:171,105:169,100 chr12 130822733 . ATGCGGGGGCGGCGGCTGGGGGTCCGGGATGTGGAGGTGAGGCTCGAGGTGCGGGGACCGGGTTGCGGGGGCGAGGTCCCAGGTGCGGGGGATGCAGGAGCCGGGTGCGGGGTCGAGGTCCCAGGTGCGGGAGATGCAGGAGCCGGG A 64 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=325;END=130822879;VD=4;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=97:199;VARBIAS=3:1;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=32;QSTD=1;SBF=0.10962;ODDRATIO=6.11545988258317;MQ=36;SN=8;HIAF=0.0165;ADJAF=0.0123;SHIFT3=10;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=4;HICOV=242;LSEQ=CTAGGTGTGCGGGGGCCGGG;RSEQ=TGCGGGGGCGAGGTCCCAGG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=2;SPANPAIR=2 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:325:4:296,4:0.0123:97,199:3,1 chr12 130822795 . TT GG 41 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=228;END=130822796;VD=3;AF=0.0132;BIAS=2:0;REFBIAS=48:169;VARBIAS=0:3;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=26;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.7;SN=2;HIAF=0.0116;ADJAF=0.0088;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=CTCGAGGTGCGGGGACCGGG;RSEQ=GCGGGGGCGAGGTCCCAGGT;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:228:3:217,3:0.0132:48,169:0,3 chr12 130822803 . G T 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=229;END=130822803;VD=90;AF=0.393;BIAS=2:2;REFBIAS=18:121;VARBIAS=30:60;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=4e-04;ODDRATIO=3.34168755221387;MQ=59;SN=7.182;HIAF=0.4051;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=79;HICOV=195;LSEQ=GCGGGGACCGGGTTGCGGGG;RSEQ=CGAGGTCCCAGGTGCGGGGG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:229:90:139,90:0.393:18,121:30,60 chr12 130826972 . 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CT C 102 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=594;END=130856213;VD=7;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=203:379;VARBIAS=4:3;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.2483;ODDRATIO=2.48521298275262;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0133;ADJAF=0.0017;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=7;HICOV=526;LSEQ=TTTTTTTAAGCTTTTATTTA;RSEQ=TTTTTTTTAACTGTTATCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:594:7:582,7:0.0118:203,379:4,3 chr12 130856316 . C T 332 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=586;END=130856316;VD=584;AF=0.9966;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=296:288;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82.429;HIAF=0.9965;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=577;HICOV=579;LSEQ=ACCGGCTTCCTTATTTTATA;RSEQ=GTAAAAATTAAGATTTTATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:586:584:0,584:0.9966:0,0:296,288 chr13 32313428 . A ATTG 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=68;END=32313428;VD=31;AF=0.4559;BIAS=1:1;REFBIAS=37:0;VARBIAS=31:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.2;SN=62;HIAF=0.4627;ADJAF=0.0588;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=31;HICOV=67;LSEQ=TTTGGATTTAAACAGAGCAA;RSEQ=TTGTACATGCTTTGGAGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:68:31:37,31:0.4559:37,0:31,0 chr13 32313941 . T TA 87 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=256;END=32313941;VD=6;AF=0.0234;BIAS=2:0;REFBIAS=32:185;VARBIAS=0:6;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.59712;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=12;HIAF=0.0270;ADJAF=0.0039;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=6;HICOV=222;LSEQ=AATAAATATATTGGGGTGTT;RSEQ=AAAAAAAAAACAGACATCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:256:6:217,6:0.0234:32,185:0,6 chr13 32332013 . 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T C 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=36;END=32332112;VD=36;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=36:0;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=72;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=36;HICOV=36;LSEQ=GGTGGTTCACGTCTGTAATC;RSEQ=TGGCTACTCGGGAGGCTGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:36:36:0,36:1:0,0:36,0 chr13 32332292 . C G 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=304;END=32332292;VD=159;AF=0.523;BIAS=2:2;REFBIAS=131:13;VARBIAS=146:13;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.83921;ODDRATIO=1.11410682056196;MQ=60;SN=16.667;HIAF=0.5172;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=150;HICOV=290;LSEQ=ACTGTGCACTAAGAATAATA;RSEQ=CAGATGAACTCAACTCATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:304:159:144,159:0.523:131,13:146,13 chr13 32332556 . C T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=443;END=32332556;VD=221;AF=0.4989;BIAS=2:2;REFBIAS=80:141;VARBIAS=79:142;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0198;MQ=60;SN=72.667;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=218;HICOV=436;LSEQ=ACTGTGGTGAGTGCTCCCCT;RSEQ=GGCTCCCCATGTGTGCCTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:443:221:221,221:0.4989:80,141:79,142 chr13 32332661 . T C 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=267;END=32332661;VD=264;AF=0.9888;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=19:245;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23;HIAF=0.9922;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=253;HICOV=255;LSEQ=TTTGGTGTTCTGTAGGGATT;RSEQ=CCTTTGAAACACAAATAATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:267:264:0,264:0.9888:0,0:19,245 chr13 32335840 . A T 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=260;END=32335840;VD=154;AF=0.5923;BIAS=2:2;REFBIAS=78:28;VARBIAS=103:51;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.27408;ODDRATIO=1.37764;MQ=60;SN=29.8;HIAF=0.5889;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=149;HICOV=253;LSEQ=GTTTCTAGAATAAGTGACAC;RSEQ=TCTCAATCACTATTTCACAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:260:154:106,154:0.5923:78,28:103,51 chr13 32335880 . G A 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=339;END=32335880;VD=132;AF=0.3894;BIAS=2:2;REFBIAS=133:74;VARBIAS=85:47;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00621842989676;MQ=60;SN=65;HIAF=0.3916;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=130;HICOV=332;LSEQ=GGTGACACTAGTGGATGGGC;RSEQ=ACCATATTTGGCACAGTGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:339:132:207,132:0.3894:133,74:85,47 chr13 32339012 . G A 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=32339012;VD=49;AF=0.6049;BIAS=1:1;REFBIAS=32:0;VARBIAS=49:0;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.25;HIAF=0.5844;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=45;HICOV=77;LSEQ=CATTAGTCTGCATTTAAGTA;RSEQ=GAGAGAATTCTTATTTAATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:81:49:32,49:0.6049:32,0:49,0 chr13 32339382 . C T 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=32339382;VD=82;AF=0.474;BIAS=1:1;REFBIAS=1:90;VARBIAS=0:82;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=164;HIAF=0.4881;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=82;HICOV=168;LSEQ=ATTAGCAAAATAATAGAAAC;RSEQ=CTGTTTAAAACTACCAGTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:82:91,82:0.474:1,90:0,82 chr13 32339420 . 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T C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=32339561;VD=28;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:27;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=24;HICOV=24;LSEQ=TGATTACTACTGTCCTTGTG;RSEQ=TGAAATGCTTTTTTTTTTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:28:28:0,28:1:0,0:1,27 chr13 32339569 . C CT 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=24;END=32339569;VD=8;AF=0.3333;BIAS=1:0;REFBIAS=1:14;VARBIAS=0:8;PMEAN=29.2;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=16;HIAF=0.3636;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=8;HICOV=22;LSEQ=ACTGTCCTTGTGTTGAAATG;RSEQ=TTTTTTTTTTTGTTTTAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:24:8:15,8:0.3333:1,14:0,8 chr13 32339625 . 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T G 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=32340482;VD=9;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:9;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=8;HICOV=14;LSEQ=CATTGCAGATTCAGAGGCAC;RSEQ=TTTTCACTTGAAAAAAAAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:15:9:6,9:0.6:0,6:0,9 chr13 32348859 . T C 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=32348859;VD=278;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=91:187;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.273;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=267;HICOV=267;LSEQ=TCTTTCTCATATTGTAGGTA;RSEQ=AATTTTAAGCAAAGACTAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:279:278:0,278:0.9964:0,0:91,187 chr13 32348987 . C T 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=32348987;VD=51;AF=0.425;BIAS=1:1;REFBIAS=0:68;VARBIAS=1:50;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.42857;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=102;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=51;HICOV=119;LSEQ=ACACTGAAAGAATTATTAAA;RSEQ=GATTCCTACCTTTACCAGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:51:68,51:0.425:0,68:1,50 chr13 32351162 . A C 121 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=32351162;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=26.9;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.8;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=ATCCTTCAGCTCAGCCAATT;RSEQ=GTAGGTTAAGGCATTTATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:12,0 chr13 32352755 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=284;END=32352755;VD=3;AF=0.0106;BIAS=2:0;REFBIAS=113:168;VARBIAS=3:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.0671;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0075;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=268;LSEQ=AGGAATTAATTTGTTATTTG;RSEQ=CCTGATTAAGGAAACTAGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:284:3:281,3:0.0106:113,168:3,0 chr13 32353100 . C A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=32353100;VD=4;AF=0.8;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:4;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.8000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=5;LSEQ=CTTTGAAAGACAACTTAAAC;RSEQ=TCACCTCCAGGAGGTCATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:4:1,4:0.8:0,1:0,4 chr13 32355432 . T G 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=32355432;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=30.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=CCAAAAGCCTTGGATTTCTC;RSEQ=TATGTTAAATGGGGGATAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:7,0 chr13 32355586 . G A 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=32355586;VD=67;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=67:0;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=134;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=67;HICOV=67;LSEQ=AGCATTCAGCACAGAAAGAC;RSEQ=CTCGCTAAAAGTTAGGCTGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:67:67:0,67:1:0,0:67,0 chr13 32355693 . G GC 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=132;END=32355693;VD=132;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=130:2;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.857;HIAF=1.0000;ADJAF=0.0909;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=125;HICOV=125;LSEQ=TTGCAATAATTAGGAGGAAA;RSEQ=ATAGTAACAACTGGAATGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:132:132:0,132:1:0,0:130,2 chr13 32356589 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=63;END=32356589;VD=2;AF=0.0317;BIAS=1:0;REFBIAS=61:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=54.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0317;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=63;LSEQ=ACAAAATGCAGCTTTCTAGA;RSEQ=CGCACTCAGGACCTCAAATT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:63:2:61,2:0.0317:61,0:2,0 chr13 32357083 . A G 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=32357083;VD=69;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:69;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=138;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=69;HICOV=69;LSEQ=GTGGGCTAAATATGGATTTA;RSEQ=CCTACCCTAGTTTCTCTACT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:69:69:0,69:1:0,0:0,69 chr13 32360279 . T G 192 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=32360279;VD=47;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=47:0;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=45;HICOV=45;LSEQ=AGCCAGGTTGGGAATGTGTT;RSEQ=GAGAGAGGGTAAGAGGAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:47:47:0,47:1:0,0:47,0 chr13 32360349 . C T 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=111;END=32360349;VD=110;AF=0.991;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=110:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.9908;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=108;HICOV=109;LSEQ=TACATGTAAGTGTTGGAAAC;RSEQ=GTATCCATTTGGCTGACTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:111:110:0,110:0.991:0,0:110,0 chr13 32360547 . A G 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=437;END=32360547;VD=437;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=288:149;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.7;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=427;HICOV=427;LSEQ=TCTAGCAATACGATAACGGA;RSEQ=CTATCACCTCACCTTTTTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:437:437:0,437:1:0,0:288,149 chr13 32360583 . A G 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=437;END=32360583;VD=215;AF=0.492;BIAS=2:2;REFBIAS=144:75;VARBIAS=130:85;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.27436;ODDRATIO=1.25472;MQ=60;SN=20.5;HIAF=0.4869;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=205;HICOV=421;LSEQ=TTTAAAGACTTGAAGCTTCT;RSEQ=CAAAAGCTGTAAGTTCTACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:437:215:219,215:0.492:144,75:130,85 chr13 32360691 . T TA 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=433;END=32360691;VD=186;AF=0.4296;BIAS=2:2;REFBIAS=36:26;VARBIAS=89:97;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.18783;ODDRATIO=1.50655;MQ=60.2;SN=185;HIAF=0.4374;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=185;HICOV=423;LSEQ=TTTCCTCTCTCATCTAATGG;RSEQ=AAAAAAAAAAGGAACCTGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:433:186:62,186:0.4296:36,26:89,97 chr13 32360923 . CAAAT C 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=146;END=32360927;VD=141;AF=0.9658;BIAS=0:1;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:141;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=282;HIAF=0.9724;ADJAF=0.1233;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=141;HICOV=145;LSEQ=ATCAAGTACATACTGAATGA;RSEQ=AAGCCTCATTATTTACCATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:146:141:4,141:0.9658:0,4:0,141 chr13 32361132 . C G 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=32361132;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:17;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=16;HICOV=16;LSEQ=GCCTGCTTTTCCCCTTTGCC;RSEQ=TTTCCTACAAGGATCTACTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:17:0,17:1:0,0:0,17 chr13 32366874 . 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A G 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=456;END=32371361;VD=208;AF=0.4561;BIAS=2:2;REFBIAS=171:77;VARBIAS=149:59;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.53959;ODDRATIO=1.13685455082877;MQ=60;SN=33.667;HIAF=0.4591;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=202;HICOV=440;LSEQ=TGAACTTGCTGGCTTTTCTC;RSEQ=TCATTGTGTTTTCCTATATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:456:208:248,208:0.4561:171,77:149,59 chr13 32371651 . T C 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=211;END=32371651;VD=211;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:206;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.067;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=196;HICOV=196;LSEQ=TAGGACACATAATAAATTAT;RSEQ=CATAAAAACCAATACAAAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:211:211:0,211:1:0,0:5,206 chr13 32376428 . TA T 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=701;END=32376429;VD=21;AF=0.03;BIAS=2:2;REFBIAS=306:372;VARBIAS=14:7;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.0732;ODDRATIO=2.42836328314716;MQ=60;SN=42;HIAF=0.0304;ADJAF=0.0029;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=21;HICOV=691;LSEQ=AGGAAATCAATTTTCAAAAT;RSEQ=AAAAAAAAAGTTTATCTACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:701:21:678,21:0.03:306,372:14,7 chr13 32376718 . A G 350 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=817;END=32376718;VD=814;AF=0.9963;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=421:393;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100.75;HIAF=0.9988;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=806;HICOV=807;LSEQ=AGCTGTACTATCTACCAACC;RSEQ=TGCTGAGGACAGCACCAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:817:814:0,814:0.9963:0,0:421,393 chr13 32377128 . G C 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=356;END=32377128;VD=176;AF=0.4944;BIAS=2:2;REFBIAS=27:150;VARBIAS=23:153;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.64741;ODDRATIO=1.19678;MQ=60;SN=28.333;HIAF=0.4942;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=170;HICOV=344;LSEQ=GTCTAACCTATGACCAGAGA;RSEQ=TCACACTGATGAAGCCTCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:356:176:177,176:0.4944:27,150:23,153 chr13 39433606 . A G 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=342;END=39433606;VD=165;AF=0.4825;BIAS=2:2;REFBIAS=107:69;VARBIAS=92:73;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.37978;ODDRATIO=1.22971;MQ=60;SN=40.25;HIAF=0.4806;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=161;HICOV=335;LSEQ=ACGTCATCCAAGATGGTCAC;RSEQ=CTGGACTCCATATACTTTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:342:165:176,165:0.4825:107,69:92,73 chr13 39433789 . A G 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=39433789;VD=88;AF=0.4944;BIAS=1:1;REFBIAS=0:89;VARBIAS=0:88;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43;HIAF=0.4971;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=86;HICOV=173;LSEQ=GTGCAATATTACAAATGTCT;RSEQ=CTTTCTGGTTATTAATACTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:88:89,88:0.4944:0,89:0,88 chr13 39433813 . A G 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=39433813;VD=81;AF=0.4737;BIAS=1:1;REFBIAS=0:89;VARBIAS=0:81;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.4815;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=78;HICOV=162;LSEQ=TCTGGTTATTAATACTTCCA;RSEQ=TGTCCCACATATTCCATATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:81:89,81:0.4737:0,89:0,81 chr13 52585548 . G T 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=414;END=52585548;VD=183;AF=0.442;BIAS=2:2;REFBIAS=142:89;VARBIAS=116:67;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.75943;ODDRATIO=1.08491640719083;MQ=60;SN=15.636;HIAF=0.4311;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=172;HICOV=399;LSEQ=CTGGTCGGTGGAGGAGAGCG;RSEQ=GGTGTTAAAGTCCCGGGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:414:183:231,183:0.442:142,89:116,67 chr13 52585591 . T TCGGCG 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=453;END=52585591;VD=203;AF=0.4481;BIAS=2:2;REFBIAS=123:122;VARBIAS=105:97;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.77556;ODDRATIO=1.07350273206445;MQ=60.1;SN=202;HIAF=0.4550;ADJAF=0.0508;SHIFT3=9;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=202;HICOV=444;LSEQ=AGGCGCAGAGTGTGAGGGCA;RSEQ=CGGCGCGGCTCGGCTCTAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:453:203:245,203:0.4481:123,122:105,97 chr13 52585993 . G A 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=52585993;VD=10;AF=0.625;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:10;PMEAN=20.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.6250;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=10;HICOV=16;LSEQ=GGTGAGCTGCGCAGAGCCGG;RSEQ=CCGCAGACTCAGCTCCCAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:16:10:6,10:0.625:0,6:0,10 chr13 52602441 . G GT 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=545;END=52602441;VD=8;AF=0.0147;BIAS=2:2;REFBIAS=374:138;VARBIAS=6:2;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.10673336579751;MQ=62.8;SN=7;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=7;HICOV=506;LSEQ=TAAAAGATTACATGATTTGT;RSEQ=TTTTTTTTCTCAGGAGTTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:545:8:512,8:0.0147:374,138:6,2 chr13 52602919 . A C 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=757;END=52602919;VD=349;AF=0.461;BIAS=2:2;REFBIAS=248:153;VARBIAS=225:124;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.49497;ODDRATIO=1.11926934097421;MQ=60;SN=15.619;HIAF=0.4543;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=328;HICOV=722;LSEQ=GGCTTCCATTCTTGGTATAC;RSEQ=TGAGAGAGGCTGGCTGCTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:757:349:401,349:0.461:248,153:225,124 chr13 52603194 . G T 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=883;END=52603194;VD=427;AF=0.4836;BIAS=2:2;REFBIAS=221:235;VARBIAS=194:233;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.38092;ODDRATIO=1.12932;MQ=60;SN=52.375;HIAF=0.4827;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=419;HICOV=868;LSEQ=AGGATCAGGAGAAAAGCTGG;RSEQ=CCTTGCAGATCTGCTTGAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:883:427:456,427:0.4836:221,235:194,233 chr13 52603775 . C T 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=924;END=52603775;VD=419;AF=0.4535;BIAS=2:2;REFBIAS=291:208;VARBIAS=244:175;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00341;MQ=60;SN=17.217;HIAF=0.4485;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=396;HICOV=883;LSEQ=AGGTTAATCCAACTGTGGCA;RSEQ=TGGAAGAAATGGAAAAAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:924:419:499,419:0.4535:291,208:244,175 chr13 52605675 . A G 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=437;END=52605675;VD=207;AF=0.4737;BIAS=2:2;REFBIAS=100:130;VARBIAS=93:114;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.77304;ODDRATIO=1.06036667479614;MQ=60;SN=40.4;HIAF=0.4753;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=202;HICOV=425;LSEQ=TTGTTTTTGTTTATGCTGTC;RSEQ=GCACATTTGTGTGGGTCTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:437:207:230,207:0.4737:100,130:93,114 chr13 52606016 . T A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=52606016;VD=2;AF=0.0133;BIAS=1:0;REFBIAS=3:145;VARBIAS=0:2;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0145;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=138;LSEQ=TAATTCCAGTCCTTACTACC;RSEQ=TTTAGAGTTGGAATGAGATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:150:2:148,2:0.0133:3,145:0,2 chr13 52607169 . T C 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=531;END=52607169;VD=249;AF=0.4689;BIAS=2:2;REFBIAS=169:113;VARBIAS=133:116;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.13637;ODDRATIO=1.30374;MQ=60;SN=26.667;HIAF=0.4633;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=240;HICOV=518;LSEQ=GTTTTCTGGAATTCCGTAAA;RSEQ=TATATTTTAAGCTTATTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:531:249:282,249:0.4689:169,113:133,116 chr13 52607866 . A T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=52607866;VD=85;AF=0.512;BIAS=1:1;REFBIAS=0:81;VARBIAS=0:85;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=170;HIAF=0.5152;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=85;HICOV=165;LSEQ=TCATCTTATAGACAAAATTA;RSEQ=GAGACACCAGTGTGGTTATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:166:85:81,85:0.512:0,81:0,85 chr13 96234087 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=96234087;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=TAATATAAACGCCTACGATA;RSEQ=GACAGCATACATAAGAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:3:2:1,2:0.6667:1,0:2,0 chr13 96234753 . C T 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=96234753;VD=44;AF=0.4889;BIAS=1:1;REFBIAS=0:46;VARBIAS=0:44;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=0.4773;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=42;HICOV=88;LSEQ=CTTTAAAATCCAACTGTGAA;RSEQ=TGGTCGCATCTCTAGGATAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:90:44:46,44:0.4889:0,46:0,44 chr13 96241156 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=96241156;VD=2;AF=0.0211;BIAS=1:0;REFBIAS=93:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=19;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0213;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=94;LSEQ=TTACTCAACATTGTAGGGGG;RSEQ=TGGACATAAGAATGACTCAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:2:93,2:0.0211:93,0:2,0 chr13 96241835 . G T 190 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=111;END=96241835;VD=47;AF=0.4234;BIAS=2:2;REFBIAS=59:5;VARBIAS=43:4;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.09675;MQ=60;SN=10.75;HIAF=0.4095;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=43;HICOV=105;LSEQ=AGCGATGTATCTCCTTCAGA;RSEQ=GTATCTCCACCATCTGGAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:111:47:64,47:0.4234:59,5:43,4 chr13 96251354 . A AT 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=104;END=96251354;VD=2;AF=0.0192;BIAS=1:2;REFBIAS=98:0;VARBIAS=1:1;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=0.02;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0208;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=2;HICOV=96;LSEQ=CTGCATTAAAATAAAGACAA;RSEQ=TTTTTTTTCAAGTTCTCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:104:2:98,2:0.0192:98,0:1,1 chr13 96251524 . A C 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=335;END=96251524;VD=163;AF=0.4866;BIAS=2:2;REFBIAS=146:25;VARBIAS=143:20;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.631;ODDRATIO=1.22357086922475;MQ=60;SN=53.333;HIAF=0.4923;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=160;HICOV=325;LSEQ=GTCTTTCCTAATTTTGATGT;RSEQ=GTGGAATAAAAACCACTGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:335:163:171,163:0.4866:146,25:143,20 chr13 96258386 . C T 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=349;END=96258386;VD=166;AF=0.4756;BIAS=2:2;REFBIAS=38:144;VARBIAS=35:131;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01242242313183;MQ=60;SN=165;HIAF=0.4911;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=165;HICOV=336;LSEQ=CATCCGAACATGATGGTAGC;RSEQ=AAATATGCCGCAAACTAGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:349:166:182,166:0.4756:38,144:35,131 chr13 96258563 . A C 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=96258563;VD=64;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:63;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=62;HICOV=62;LSEQ=ATATTCACAGGGCTGTGCAA;RSEQ=CACAACCACTGTCTAATTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:64:64:0,64:1:0,0:1,63 chr13 96258626 . ATACCCAT A 120 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=23;END=96258633;VD=11;AF=0.4783;BIAS=0:0;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:11;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.5000;ADJAF=0.0435;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=11;HICOV=22;LSEQ=CCTCAAAATACCCATGCCCC;RSEQ=CACACCTCATTTCTGCCCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:23:11:12,11:0.4783:0,12:0,11 chr13 96261407 . G GT 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=29;END=96261407;VD=12;AF=0.4138;BIAS=1:0;REFBIAS=17:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=30.1;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=0.3929;ADJAF=0.069;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=11;HICOV=28;LSEQ=CAGTCACACAGTCGCATAGT;RSEQ=TATCACTTTGAGAAGTCTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:12:17,12:0.4138:17,0:12,0 chr13 96261545 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=96261545;VD=2;AF=0.0141;BIAS=1:0;REFBIAS=139:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=ATGTGGATATTTGTAGTCTT;RSEQ=GGTTTTAGAACTAGGTCAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:2:140,2:0.0141:139,1:2,0 chr13 96261619 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=244;END=96261619;VD=3;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=214:27;VARBIAS=2:1;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.30738;ODDRATIO=3.92706;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=229;LSEQ=TAAATACATTGGTTTTCAAA;RSEQ=AAAAGCCTCTAAAAATAGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:244:3:241,3:0.0123:214,27:2,1 chr13 96271882 . G A 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=96271882;VD=40;AF=0.4444;BIAS=1:1;REFBIAS=49:1;VARBIAS=40:0;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.2;SN=80;HIAF=0.4494;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=40;HICOV=89;LSEQ=AAATCAGTACTTTTTAATGG;RSEQ=AACAACTTGACCAAAAATTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:90:40:50,40:0.4444:49,1:40,0 chr13 96276803 . G A 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=96276803;VD=34;AF=0.4198;BIAS=1:1;REFBIAS=47:0;VARBIAS=33:1;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.41975;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=0.4125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=33;HICOV=80;LSEQ=GGTCTTCTATATCTCACCAC;RSEQ=AGTGTTCTGCACTGAAGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:34:47,34:0.4198:47,0:33,1 chr13 96285713 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=96285713;VD=3;AF=0.0161;BIAS=1:0;REFBIAS=0:183;VARBIAS=0:3;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=184;LSEQ=TTAGGAGGTCAAGGTAGGCA;RSEQ=ATCACCCAAGGTTAGAAGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:3:183,3:0.0161:0,183:0,3 chr13 96285729 . A G 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=96285729;VD=96;AF=0.5549;BIAS=1:1;REFBIAS=0:77;VARBIAS=0:96;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=95;HIAF=0.5689;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=95;HICOV=167;LSEQ=GGCAGATCACCCAAGGTTAG;RSEQ=AGTTTGAGACCAGCCTGGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:173:96:77,96:0.5549:0,77:0,96 chr13 96294366 . G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=263;END=96294366;VD=3;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=87:173;VARBIAS=1:2;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00576;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=257;LSEQ=CTCAGGAGCGGGAGAAGGCC;RSEQ=GGTTCCTCGCTTCCGCGGCG;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:263:3:260,3:0.0114:87,173:1,2 chr13 96294551 . CGA C 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=75;END=96294553;VD=37;AF=0.4933;BIAS=1:1;REFBIAS=0:38;VARBIAS=0:37;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74;HIAF=0.4933;ADJAF=0.0267;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=37;HICOV=75;LSEQ=AGTGGACACAGCCGTTCACC;RSEQ=AGAGGGTACCTCCTGGGTAC;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:75:37:38,37:0.4933:0,38:0,37 chr13 102373563 . A T 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=102373563;VD=84;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=84:0;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=82;HICOV=82;LSEQ=GTACACAGAGTTAACAAATA;RSEQ=ATTCCCAAACAGTTTAGTAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:84:84:0,84:1:0,0:84,0 chr13 102373569 . C A 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=102373569;VD=92;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=92:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=91;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=91;HICOV=91;LSEQ=AGAGTTAACAAATAAATTCC;RSEQ=AAACAGTTTAGTATGAAACA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:92:92:0,92:1:0,0:92,0 chr13 102373790 . C CTTTA 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=441;END=102373790;VD=430;AF=0.9751;BIAS=2:2;REFBIAS=11:11;VARBIAS=243:187;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.66063;ODDRATIO=1.2987012987013;MQ=60.1;SN=142.333;HIAF=0.9553;ADJAF=0.1474;SHIFT3=7;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.4;HICNT=427;HICOV=447;LSEQ=GGATGAATGTGTTGGTTTGC;RSEQ=TTTATTTTCATCTAGGATAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:441:430:22,430:0.9751:11,11:243,187 chr13 102373940 . TA T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=244;END=102373941;VD=3;AF=0.0123;BIAS=1:0;REFBIAS=9:232;VARBIAS=0:3;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=240;LSEQ=CCGGACTCAGCATGCTGAGC;RSEQ=AAAAAAATATTTTTCCTAAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:244:3:241,3:0.0123:9,232:0,3 chr13 102374208 . C CT 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=15;END=102374208;VD=9;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:9;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64.8;SN=8;HIAF=0.5714;ADJAF=0.0667;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=8;HICOV=14;LSEQ=GGTTATAATTACTGATTTTC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTCCAAATA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:15:9:5,9:0.6:0,5:0,9 chr13 111098017 . T C 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=111098017;VD=89;AF=0.4863;BIAS=1:1;REFBIAS=93:0;VARBIAS=89:0;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.5;HIAF=0.5058;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=87;HICOV=172;LSEQ=AAAGCAACCTTAAAAAGACA;RSEQ=TTTTGAGACCCAAGTCAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:89:93,89:0.4863:93,0:89,0 chr13 111098110 . C T 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=287;END=111098110;VD=146;AF=0.5087;BIAS=2:2;REFBIAS=116:23;VARBIAS=136:10;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.01512;ODDRATIO=2.68737738840665;MQ=60;SN=35.5;HIAF=0.5108;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=142;HICOV=278;LSEQ=TTTGTGAGATATAATAATGC;RSEQ=ATTGCAGTCCCTTTTTGGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:287:146:139,146:0.5087:116,23:136,10 chr13 111098226 . C T 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=541;END=111098226;VD=283;AF=0.5231;BIAS=2:2;REFBIAS=128:129;VARBIAS=160:123;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.12103;ODDRATIO=1.31028970505379;MQ=60;SN=34.375;HIAF=0.5179;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=275;HICOV=531;LSEQ=CCTGATGGACCCCGGGGACC;RSEQ=AAGGTGAGCCCGTTTCTCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:541:283:257,283:0.5231:128,129:160,123 chr13 111098338 . A T 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=111098338;VD=298;AF=0.9967;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=38:260;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=48.667;HIAF=0.9966;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=292;HICOV=293;LSEQ=CATCCCCTGCCCTAAAAAGT;RSEQ=CAAGATCCCCAAATACACGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:299:298:1,298:0.9967:0,1:38,260 chr13 111098548 . G A 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=79;END=111098548;VD=39;AF=0.4937;BIAS=1:1;REFBIAS=1:37;VARBIAS=1:38;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02668;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4865;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.4;HICNT=36;HICOV=74;LSEQ=GCCCCTGGTTTCCAAGGGAG;RSEQ=ATGTGGCTTGTGTGAGTAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:79:39:38,39:0.4937:1,37:1,38 chr13 111098628 . T C 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=111098628;VD=11;AF=0.5238;BIAS=2:0;REFBIAS=1:9;VARBIAS=0:11;PMEAN=24.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.47619;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.5238;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=11;HICOV=21;LSEQ=CCAGGTGGGTGCTGCTGGTC;RSEQ=AGCTGAGAGGGGAACGCACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:21:11:10,11:0.5238:1,9:0,11 chr14 35554993 . G GA 130 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=460;END=35554993;VD=11;AF=0.0239;BIAS=2:2;REFBIAS=108:312;VARBIAS=1:10;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=37.8;QSTD=1;SBF=0.30406;ODDRATIO=3.45464;MQ=63.2;SN=22;HIAF=0.0274;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=11;HICOV=402;LSEQ=AAAGATTTCATCCTGCAAGA;RSEQ=AAAAAAAAATACAATGAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:460:11:420,11:0.0239:108,312:1,10 chr14 35556842 . A G 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=35556842;VD=12;AF=0.5714;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.7;HICNT=12;HICOV=21;LSEQ=TCTTGAACTCCTGACCTCGG;RSEQ=TGATCCGCCCGCCTCAGCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:21:12:9,12:0.5714:9,0:12,0 chr14 35560539 . T A 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=35560539;VD=100;AF=0.5319;BIAS=1:1;REFBIAS=0:88;VARBIAS=0:100;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.333;HIAF=0.5301;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=97;HICOV=183;LSEQ=ATTTTTTCCCTAAGTTATGA;RSEQ=ATGAGAAATCCATTTATATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:188:100:88,100:0.5319:0,88:0,100 chr14 35564159 . C CA 116 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=294;END=35564159;VD=10;AF=0.034;BIAS=2:2;REFBIAS=225:40;VARBIAS=8:2;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.65319;ODDRATIO=1.40431;MQ=63.6;SN=9;HIAF=0.0346;ADJAF=0.0034;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=9;HICOV=260;LSEQ=GACAGAGCAAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAGGGCTGTATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:294:10:265,10:0.034:225,40:8,2 chr14 35564588 . C CA 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=111;END=35564588;VD=2;AF=0.018;BIAS=1:0;REFBIAS=0:104;VARBIAS=0:2;PMEAN=47.8;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.4;SN=4;HIAF=0.0200;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=100;LSEQ=ACCCTTGGGCTAGAAACAGC;RSEQ=AAAAAAACCCATCATGAAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:111:2:104,2:0.018:0,104:0,2 chr14 35566031 . T TA 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=243;END=35566031;VD=4;AF=0.0165;BIAS=2:0;REFBIAS=12:203;VARBIAS=0:4;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0183;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=4;HICOV=218;LSEQ=AAAAGAGCAACTCAATTAAT;RSEQ=AAAAAAAAATTTTTTTAACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:243:4:215,4:0.0165:12,203:0,4 chr14 35566063 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=144;END=35566063;VD=2;AF=0.0139;BIAS=1:0;REFBIAS=0:142;VARBIAS=0:2;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=139;LSEQ=TTTTTAACAAGAGCAATCAC;RSEQ=CAATTGATATTTTAAAGCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:144:2:142,2:0.0139:0,142:0,2 chr14 35568755 . T TAA 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=141;END=35568755;VD=138;AF=0.9787;BIAS=0:1;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:138;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=276;HIAF=0.9857;ADJAF=0.1206;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=138;HICOV=140;LSEQ=ATTAAATTTTGTTTCTAATT;RSEQ=GTTTTAGCATTTTTGAAAAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:141:138:3,138:0.9787:0,3:0,138 chr14 35576655 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=35576655;VD=2;AF=0.0146;BIAS=2:2;REFBIAS=22:113;VARBIAS=1:1;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.30861;ODDRATIO=5.04566325243453;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0153;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=131;LSEQ=AAAAAGGAGATAAAGAGCCA;RSEQ=ATTTGAGACAAGCTAATCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:2:135,2:0.0146:22,113:1,1 chr14 35576783 . A G 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=35576783;VD=23;AF=0.3898;BIAS=1:1;REFBIAS=1:35;VARBIAS=0:23;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.4182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=23;HICOV=55;LSEQ=AAAGCTATAATAAAATTGAC;RSEQ=CCTTGAAGATACTGTTCTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:59:23:36,23:0.3898:1,35:0,23 chr14 35577023 . A ATCCTT 72 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=10;END=35577023;VD=4;AF=0.4;BIAS=2:0;REFBIAS=5:1;VARBIAS=4:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=ACAGCTTTGGGTTTGAAACT;RSEQ=TCAGTCAACTCAACTTGTAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:4:6,4:0.4:5,1:4,0 chr14 35577308 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=271;END=35577308;VD=3;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=192:75;VARBIAS=1:2;PMEAN=26.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.19662;ODDRATIO=5.08402;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0079;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=253;LSEQ=ACCAAAAACCTACTTGATTC;RSEQ=CAGATAAGGAGTTCAAGCAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:271:3:267,3:0.0111:192,75:1,2 chr14 35577310 . A G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=271;END=35577310;VD=3;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=190:77;VARBIAS=2:1;PMEAN=19.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.23272;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=259;LSEQ=CAAAAACCTACTTGATTCCC;RSEQ=GATAAGGAGTTCAAGCACAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:271:3:267,3:0.0111:190,77:2,1 chr14 35578797 . C T 130 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=35578797;VD=14;AF=0.3333;BIAS=1:1;REFBIAS=26:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=0.3421;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=13;HICOV=38;LSEQ=AATTCTCCCACCTCAGCCTC;RSEQ=GGAGTAGCTACAGGTGTACG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:14:26,14:0.3333:26,0:14,0 chr14 35580029 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=35580029;VD=2;AF=0.029;BIAS=1:0;REFBIAS=0:67;VARBIAS=0:2;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0303;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=66;LSEQ=AGAAAGGCTGGATCTCTGCC;RSEQ=TGAAAAAGCCATTCTAAAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:69:2:67,2:0.029:0,67:0,2 chr14 35585934 . C CT 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=329;END=35585934;VD=5;AF=0.0152;BIAS=2:2;REFBIAS=117:190;VARBIAS=2:3;PMEAN=52.7;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.08234479175686;MQ=63.2;SN=10;HIAF=0.0171;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=292;LSEQ=CATCTTTTAATTCTTGTTCA;RSEQ=TTTTTTTTTCTGGTAACAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:329:5:307,5:0.0152:117,190:2,3 chr14 35590821 . C G 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=35590821;VD=22;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=21:0;VARBIAS=22:0;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=22;HICOV=44;LSEQ=TTATAGGTCCTGGTGGGGTT;RSEQ=AGGCGTTGTTGGAGCCGGGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:44:22:21,22:0.5:21,0:22,0 chr14 35591174 . T C 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=247;END=35591174;VD=134;AF=0.5425;BIAS=2:2;REFBIAS=56:56;VARBIAS=58:76;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.30697;ODDRATIO=1.30888;MQ=60;SN=133;HIAF=0.5473;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=133;HICOV=243;LSEQ=TTTCCAGTCCATGGCCGACT;RSEQ=CCGCGCAGCAGCTTCTGCAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:247:134:112,134:0.5425:56,56:58,76 chr14 35591316 . G A 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=35591316;VD=56;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:55;VARBIAS=0:56;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=112;HIAF=0.5185;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=56;HICOV=108;LSEQ=CGGAAGTCTTGGCTAAAGAG;RSEQ=CAAAAACAATTACTGTCACT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:112:56:55,56:0.5:0,55:0,56 chr14 39819734 . T G 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=79;END=39819734;VD=79;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=79:0;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=75;HICOV=75;LSEQ=AGTTTTATATATGTAATCTT;RSEQ=CAGGTGGGGAGGCTTTAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:79:79:0,79:1:0,0:79,0 chr14 39819908 . 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G A 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=36;END=45609595;VD=19;AF=0.5278;BIAS=1:1;REFBIAS=17:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=27.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.5429;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=19;HICOV=35;LSEQ=TATTTTGATTTGCCCTTTGA;RSEQ=TATTTTGATGTTGCAGTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:36:19:17,19:0.5278:17,0:19,0 chr14 45610117 . T C 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=87;END=45610117;VD=87;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:87;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=174;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=87;HICOV=87;LSEQ=GTGAGCATGGTGGCACACAT;RSEQ=TGTAGTCCCAGCTACTCCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:87:87:0,87:1:0,0:0,87 chr14 45618488 . GCACACA G 141 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=35;END=45618494;VD=15;AF=0.4286;BIAS=1:1;REFBIAS=0:17;VARBIAS=0:15;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.4412;ADJAF=0.0857;SHIFT3=18;MSI=12;MSILEN=2;NM=0.8;HICNT=15;HICOV=34;LSEQ=ATAACTGGAATATAGAACAT;RSEQ=CACACACACACACACACAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:35:15:17,15:0.4286:0,17:0,15 chr14 45620722 . G A 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=504;END=45620722;VD=231;AF=0.4583;BIAS=2:2;REFBIAS=109:163;VARBIAS=77:154;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.13809;ODDRATIO=1.33664;MQ=60;SN=76;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=228;HICOV=494;LSEQ=TTTAGGAAAAACCCATCTCC;RSEQ=AATATTGTGGTAGGTATTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:504:231:272,231:0.4583:109,163:77,154 chr14 45623414 . G A 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=126;END=45623414;VD=53;AF=0.4206;BIAS=1:1;REFBIAS=0:73;VARBIAS=1:52;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.42063;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.5;HIAF=0.4180;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=51;HICOV=122;LSEQ=AGGAGTTCAAGACCAGCCTG;RSEQ=CCAACATGGTGAAACCCTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:53:73,53:0.4206:0,73:1,52 chr14 45628224 . G A 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=225;END=45628224;VD=118;AF=0.5244;BIAS=2:2;REFBIAS=94:13;VARBIAS=105:13;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.83668;ODDRATIO=1.11647016791711;MQ=60;SN=38.333;HIAF=0.5275;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=115;HICOV=218;LSEQ=GTTAGCATTAACACTTTCAG;RSEQ=TTTGTCTTTTGAACTATTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:225:118:107,118:0.5244:94,13:105,13 chr14 45628241 . T G 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=256;END=45628241;VD=135;AF=0.5273;BIAS=2:2;REFBIAS=103:18;VARBIAS=117:18;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.7234;ODDRATIO=1.13535729694135;MQ=60;SN=66.5;HIAF=0.5257;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=133;HICOV=253;LSEQ=CAGGTTTGTCTTTTGAACTA;RSEQ=TTCTTGTCTAAATGCTTTGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:256:135:121,135:0.5273:103,18:117,18 chr14 45628283 . TTA T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=354;END=45628285;VD=6;AF=0.0169;BIAS=2:2;REFBIAS=275:73;VARBIAS=3:3;PMEAN=50.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.11597;ODDRATIO=3.74876;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0171;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=6;HICOV=350;LSEQ=AAAAGTTGTAATTAAAGTTT;RSEQ=TATATATATATAGCTGAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:354:6:348,6:0.0169:275,73:3,3 chr14 45628665 . CT C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=115;END=45628666;VD=10;AF=0.087;BIAS=1:0;REFBIAS=1:102;VARBIAS=0:10;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.0909;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=10;HICOV=110;LSEQ=TGTTTTATGTGGTTTTGGAA;RSEQ=TTTTTTTTTTTAAAGTAATG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:10:103,10:0.087:1,102:0,10 chr14 45628750 . T G 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=45628750;VD=21;AF=0.4773;BIAS=1:1;REFBIAS=0:23;VARBIAS=0:21;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.5250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=21;HICOV=40;LSEQ=CTGGGTTGGAATCCTGACTC;RSEQ=ACCACTTAAAAGTTTCTTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:21:23,21:0.4773:0,23:0,21 chr14 45628775 . C T 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=45628775;VD=14;AF=0.4118;BIAS=1:1;REFBIAS=0:20;VARBIAS=0:14;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.6;HICNT=14;HICOV=34;LSEQ=CTTAAAAGTTTCTTTACTTC;RSEQ=TCTTCCTCAGTTTTCCTTAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:14:20,14:0.4118:0,20:0,14 chr14 45628857 . A G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=45628857;VD=3;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:3;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=9;LSEQ=GATCTTATTGTAGAGCCACC;RSEQ=ATAAATGTTTATTAAGTCGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:3:6,3:0.3333:0,6:0,3 chr14 45633418 . C G 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=45633418;VD=83;AF=0.5188;BIAS=1:1;REFBIAS=76:1;VARBIAS=83:0;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.48125;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.75;HIAF=0.5163;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=79;HICOV=153;LSEQ=TTGTCCTCCCAAAGTGTTGA;RSEQ=ATTACAGGCATGAGCTGTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:160:83:77,83:0.5188:76,1:83,0 chr14 45636507 . G A 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=45636507;VD=89;AF=0.5973;BIAS=1:1;REFBIAS=0:60;VARBIAS=0:89;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=178;HIAF=0.6014;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=89;HICOV=148;LSEQ=GCATTCTCTTTGGAAAGGCT;RSEQ=TACGAGATTATTCATGTGGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:149:89:60,89:0.5973:0,60:0,89 chr14 45640158 . A G 179 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=45640158;VD=43;AF=0.5119;BIAS=1:1;REFBIAS=0:39;VARBIAS=0:43;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.5;HIAF=0.5190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=41;HICOV=79;LSEQ=AAAACTACTAATTTTCTTCT;RSEQ=TTATTTATTGTATATATGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:84:43:39,43:0.5119:0,39:0,43 chr14 45640188 . CTG C 155 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=60;END=45640190;VD=20;AF=0.3333;BIAS=1:1;REFBIAS=0:40;VARBIAS=0:20;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=0.3704;ADJAF=0.0667;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=20;HICOV=54;LSEQ=GTATATATGTATTTAACCAA;RSEQ=TGATATTTTTACATAAATTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:20:40,20:0.3333:0,40:0,20 chr14 45644589 . G T 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=640;END=45644589;VD=293;AF=0.4578;BIAS=2:2;REFBIAS=181:164;VARBIAS=165:128;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.33968;ODDRATIO=1.16770592493986;MQ=60;SN=145.5;HIAF=0.4694;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=291;HICOV=620;LSEQ=ATCACGGTATTATAGATTCT;RSEQ=TAGATAATGACAGAAATTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:640:293:345,293:0.4578:181,164:165,128 chr14 45644706 . A G 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=754;END=45644706;VD=366;AF=0.4854;BIAS=2:2;REFBIAS=220:166;VARBIAS=201:165;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.60704;ODDRATIO=1.08781;MQ=60;SN=51.286;HIAF=0.4845;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=359;HICOV=741;LSEQ=GTACTATTAATGAAAATGTT;RSEQ=TTAAAGAACCGTGTGTGTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:754:366:386,366:0.4854:220,166:201,165 chr14 45646261 . AT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=217;END=45646262;VD=3;AF=0.0138;BIAS=2:2;REFBIAS=11:203;VARBIAS=1:2;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.15758;ODDRATIO=8.99523252676082;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=217;LSEQ=TGGTAATTTTTCCAAATGTA;RSEQ=TTTTTAGTACATGGTACAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:217:3:214,3:0.0138:11,203:1,2 chr14 45650582 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=225;END=45650582;VD=3;AF=0.0133;BIAS=2:2;REFBIAS=194:28;VARBIAS=1:2;PMEAN=15.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.04745;ODDRATIO=13.56332;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0095;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=211;LSEQ=TAAAATAGATTGTTATGATT;RSEQ=GGTAAACCTAAATCTATTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:225:3:222,3:0.0133:194,28:1,2 chr14 45650813 . G A 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=384;END=45650813;VD=187;AF=0.487;BIAS=2:2;REFBIAS=90:105;VARBIAS=73:114;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.17891;ODDRATIO=1.33751;MQ=60;SN=186;HIAF=0.4921;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=186;HICOV=378;LSEQ=CTTCTGCTGAGACTTTTGTT;RSEQ=CCTTTTACTTTATTTACTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:384:187:195,187:0.487:90,105:73,114 chr14 45653111 . CT C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=398;END=45653112;VD=4;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=125:269;VARBIAS=0:4;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.31348;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0105;ADJAF=0.0025;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=381;LSEQ=CAGAGTCACTTAAAGGTAAT;RSEQ=TTTTTTTAGTTTCTTTAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:398:4:394,4:0.0101:125,269:0,4 chr14 45653266 . G GT 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=163;END=45653266;VD=4;AF=0.0245;BIAS=1:0;REFBIAS=0:151;VARBIAS=0:4;PMEAN=49.5;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0272;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=4;HICOV=147;LSEQ=CTGGAATTAAATTCAAAGTA;RSEQ=TTTTTTTTTGTTTATCTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:163:4:151,4:0.0245:0,151:0,4 chr14 45654097 . T C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=45654097;VD=4;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=6;LSEQ=AGTGATTCTCCTGCCTCAGC;RSEQ=TCCCGAGTAGCTGGGATTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:4:2,4:0.6667:2,0:4,0 chr14 45654410 . TCTTA T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=449;END=45654414;VD=225;AF=0.5011;BIAS=2:2;REFBIAS=190:33;VARBIAS=185:40;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.4433;ODDRATIO=1.24427;MQ=60;SN=224;HIAF=0.5149;ADJAF=0.0445;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.4;HICNT=224;HICOV=435;LSEQ=TCTTCATGTTTTCTAATTTG;RSEQ=CTTAGCATGTAGCTAGGAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:449:225:223,225:0.5011:190,33:185,40 chr14 45654906 . A G 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=45654906;VD=5;AF=0.8333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:5;PMEAN=49.2;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.8333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=5;HICOV=6;LSEQ=TATATGAATGAACAAAATAG;RSEQ=CAAAAAATTTCTTCTTATGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:5:1,5:0.8333:0,1:0,5 chr14 45656908 . AGATTGAAGTTAAAT C 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=112;END=45656922;VD=55;AF=0.4911;BIAS=2:2;REFBIAS=53:3;VARBIAS=47:8;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.12395;ODDRATIO=2.97872;MQ=60;SN=110;HIAF=0.5093;ADJAF=0.1786;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=55;HICOV=108;LSEQ=GAATCAAGTAAATTTGAAAT;RSEQ=ACTTTACTGGTTTTCATTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:55:56,55:0.4911:53,3:47,8 chr14 45656963 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=45656963;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=123:49;VARBIAS=1:1;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.49332;ODDRATIO=2.49507;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=AATAATTTTGCTAATTTATC;RSEQ=AAATTCTTATCTTTACACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:172,2:0.0114:123,49:1,1 chr14 45657957 . GTTAA G 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=329;END=45657961;VD=174;AF=0.5289;BIAS=2:2;REFBIAS=127:25;VARBIAS=143:31;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.77034;ODDRATIO=1.10093;MQ=60;SN=86;HIAF=0.5426;ADJAF=0.0821;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=172;HICOV=317;LSEQ=GAAGTATATTTTAAATACCT;RSEQ=TTGTCTGAAATAAATATAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:329:174:152,174:0.5289:127,25:143,31 chr14 45665842 . T C 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=343;END=45665842;VD=157;AF=0.4577;BIAS=2:2;REFBIAS=23:161;VARBIAS=21:136;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.8718;ODDRATIO=1.0806371436599;MQ=60;SN=16.444;HIAF=0.4554;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=148;HICOV=325;LSEQ=ATTATTAGGATGTGGGAAAC;RSEQ=CTTAAAATATAAACACCTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:343:157:184,157:0.4577:23,161:21,136 chr14 45670100 . C CTG 134 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=28;END=45670100;VD=14;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:14;VARBIAS=0:14;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=0.5200;ADJAF=0.0714;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=13;HICOV=25;LSEQ=TTCCTTATAAATTACCCAGT;RSEQ=GGGTTATTTCTTCATAGCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:28:14:14,14:0.5:0,14:0,14 chr14 50091684 . G A 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=50091684;VD=16;AF=0.3902;BIAS=1:1;REFBIAS=25:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=29.2;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.3750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=15;HICOV=40;LSEQ=AAATATAGAGCTGATGAAAA;RSEQ=TACTACATTTTATCTGGTGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:41:16:25,16:0.3902:25,0:16,0 chr14 50091932 . T A 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=338;END=50091932;VD=152;AF=0.4497;BIAS=2:2;REFBIAS=136:50;VARBIAS=124:28;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.07051;ODDRATIO=1.62580477336281;MQ=60;SN=24.333;HIAF=0.4548;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=146;HICOV=321;LSEQ=TTATTAATGACAAAGCAAAA;RSEQ=TTAACACAGAAGTATATATA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:338:152:186,152:0.4497:136,50:124,28 chr14 50092471 . T C 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=751;END=50092471;VD=366;AF=0.4874;BIAS=2:2;REFBIAS=201:177;VARBIAS=201:165;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.65916;ODDRATIO=1.0726276158706;MQ=60;SN=12.556;HIAF=0.4788;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=339;HICOV=708;LSEQ=TTACTGACTCGTTTAAGTTA;RSEQ=CTTTTTCCTCATTTGAACAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:751:366:378,366:0.4874:201,177:201,165 chr14 50092902 . T C 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=156;END=50092902;VD=87;AF=0.5577;BIAS=1:1;REFBIAS=0:69;VARBIAS=1:86;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.4;HIAF=0.5430;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=82;HICOV=151;LSEQ=GCAGGTATACATCCAGGCTT;RSEQ=CCTGTCAAAATTCATCCTCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:156:87:69,87:0.5577:0,69:1,86 chr14 50094430 . A G 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=50094430;VD=16;AF=0.3721;BIAS=1:1;REFBIAS=27:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.3571;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=15;HICOV=42;LSEQ=AAAAATACAAAAAATTAGCC;RSEQ=GGCATGGTAGCATGCTCCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:43:16:27,16:0.3721:27,0:16,0 chr14 50094913 . C A 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=266;END=50094913;VD=139;AF=0.5226;BIAS=2:2;REFBIAS=11:116;VARBIAS=17:122;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.42496;ODDRATIO=1.46735143066764;MQ=60;SN=45.333;HIAF=0.5354;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=136;HICOV=254;LSEQ=AATATTCTGCCTAATAAGTC;RSEQ=CACTTGACAACAGTTGTATC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:266:139:127,139:0.5226:11,116:17,122 chr14 50099633 . GT G 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=19;END=50099634;VD=14;AF=0.7368;BIAS=0:1;REFBIAS=3:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.7368;ADJAF=0.1053;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=14;HICOV=19;LSEQ=AGAACTTCAAATTTTAAGTT;RSEQ=TTTTTTTTTTGTTTTTTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:14:3,14:0.7368:3,0:14,0 chr14 50100386 . T C 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=682;END=50100386;VD=350;AF=0.5132;BIAS=2:2;REFBIAS=157:171;VARBIAS=158:192;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.48887;ODDRATIO=1.11552;MQ=60;SN=86.5;HIAF=0.5274;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=346;HICOV=656;LSEQ=GTGCCCTCCGACTCCTCGCG;RSEQ=GTTTCCACACTGCTATCTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:682:350:328,350:0.5132:157,171:158,192 chr14 50100683 . C G 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=585;END=50100683;VD=286;AF=0.4889;BIAS=2:2;REFBIAS=141:158;VARBIAS=155:131;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.09818;ODDRATIO=1.32520540683806;MQ=60;SN=70.5;HIAF=0.4879;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=282;HICOV=578;LSEQ=GTATCGTGGCCTCCGTCCTC;RSEQ=GCGCGACTCCTCGCGGGTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:585:286:299,286:0.4889:141,158:155,131 chr14 50101370 . G A 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=646;END=50101370;VD=320;AF=0.4954;BIAS=2:2;REFBIAS=190:133;VARBIAS=172:148;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.20398;ODDRATIO=1.22883;MQ=60;SN=31;HIAF=0.4921;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=310;HICOV=630;LSEQ=TCGACGGCCTCCAGGGCCGT;RSEQ=GCGTCCAGCATCTGGCGGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:646:320:323,320:0.4954:190,133:172,148 chr14 50101682 . C G 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=749;END=50101682;VD=366;AF=0.4887;BIAS=2:2;REFBIAS=191:188;VARBIAS=169:197;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.27147;ODDRATIO=1.18401;MQ=60;SN=72.2;HIAF=0.4872;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=361;HICOV=741;LSEQ=AACCGCACTTCCACCCCGCG;RSEQ=TCACGCTCTAGCGCGGTGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:749:366:379,366:0.4887:191,188:169,197 chr14 50102269 . G C 138 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=50102269;VD=16;AF=0.5926;BIAS=0:1;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:16;PMEAN=46.2;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.5769;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=15;HICOV=26;LSEQ=AGGCTGAGGCAGTAGAATGG;RSEQ=GTGAAACCCAGGAGGCAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:27:16:11,16:0.5926:0,11:0,16 chr14 50769327 . A G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=50769327;VD=19;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=19;HICOV=19;LSEQ=GTGGAATCAAGCTCACAGCC;RSEQ=CAATCTTGATGTGTTCTCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:19:19:0,19:1:0,0:19,0 chr14 50769455 . G T 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=50769455;VD=92;AF=0.9892;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=91:1;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=184;HIAF=0.9892;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=92;HICOV=93;LSEQ=GTCCTCCTTGTCCCACACTC;RSEQ=GCTTTAACCTCTCAAATAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:93:92:0,92:0.9892:0,0:91,1 chr14 50769717 . G A 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=384;END=50769717;VD=382;AF=0.9948;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=167:215;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=94.5;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=378;HICOV=379;LSEQ=CCCACAATTCCGCCACCAAC;RSEQ=ATGACTATATCAAATGAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:384:382:0,382:0.9948:0,0:167,215 chr14 50769868 . G A 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=50769868;VD=120;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:120;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=117;HICOV=117;LSEQ=AACGTATTCGGCGGCCGGTC;RSEQ=CAGTGGCTCACACCTGTAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:120:120:0,120:1:0,0:0,120 chr14 50769901 . A G 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=50769901;VD=109;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:109;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=218;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=109;HICOV=109;LSEQ=CCTGTAATCCCAGCACTTTG;RSEQ=GTGGCCGAGGGGGGCGGATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:109:109:0,109:1:0,0:0,109 chr14 50770015 . C T 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=50770015;VD=29;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:29;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=CTGGGCGTGGTGGCGCGTGC;RSEQ=TGTAGTCCCAGCTATTTGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:29:29:0,29:1:0,0:0,29 chr14 53241053 . GAT G 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=288;END=53241055;VD=10;AF=0.0347;BIAS=2:2;REFBIAS=197:81;VARBIAS=6:4;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.48815;ODDRATIO=1.61846;MQ=60;SN=20;HIAF=0.0352;ADJAF=0.0035;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=10;HICOV=284;LSEQ=ATCTTGAATTATAAAGTTGA;RSEQ=ATATATATATATGTATCAAG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:288:10:278,10:0.0347:197,81:6,4 chr14 53241117 . ATTTT A 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=339;END=53241121;VD=127;AF=0.3746;BIAS=2:2;REFBIAS=99:87;VARBIAS=69:58;PMEAN=44.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.90821;ODDRATIO=1.04532530523499;MQ=60;SN=254;HIAF=0.3994;ADJAF=0.0501;SHIFT3=9;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=127;HICOV=318;LSEQ=AATGAGCAGTTACCTGGCGG;RSEQ=TTTTTTTTTAAATAACTGAT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:339:127:186,127:0.3746:99,87:69,58 chr14 53241256 . C CT 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=155;END=53241256;VD=50;AF=0.3226;BIAS=1:1;REFBIAS=2:89;VARBIAS=0:50;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=31.1;QSTD=1;SBF=0.53901;ODDRATIO=0;MQ=60.7;SN=7.333;HIAF=0.3492;ADJAF=0.0065;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=44;HICOV=126;LSEQ=GATGAGAAGTACTGAAAGAC;RSEQ=TTTTTTTTTAATTGATTAGA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:50:91,50:0.3226:2,89:0,50 chr14 60903564 . CA C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=489;END=60903565;VD=5;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=368:115;VARBIAS=3:2;PMEAN=28.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.59781;ODDRATIO=2.1295;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=481;LSEQ=TAAGGAATTAATGACTAGCT;RSEQ=AAAAAAAGTAAACTGTGTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:489:5:483,5:0.0102:368,115:3,2 chr14 60908971 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=207;END=60908971;VD=4;AF=0.0193;BIAS=1:0;REFBIAS=0:203;VARBIAS=0:4;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=194;LSEQ=TTAAAGTAGACATATGGTAC;RSEQ=TTTATATAGCACACTCTTAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:207:4:203,4:0.0193:0,203:0,4 chr14 60921673 . T C 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=294;END=60921673;VD=288;AF=0.9796;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=244:44;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=0.9964;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=279;HICOV=280;LSEQ=AACTAAAATTACTCAAAGTT;RSEQ=CACAGCAGAATTTTTAGAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:294:288:0,288:0.9796:0,0:244,44 chr14 60923783 . C T 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=464;END=60923783;VD=462;AF=0.9957;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=168:294;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=0.9978;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=451;HICOV=452;LSEQ=TTCATCACTATCATTTTCTA;RSEQ=TGACTTCCCAAAATGTTCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:464:462:0,462:0.9957:0,0:168,294 chr14 60924009 . A G 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=87;END=60924009;VD=87;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:87;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=84;HICOV=84;LSEQ=AGAAAAATAAATATTTATCC;RSEQ=ATTTTTTCTTTTCTTTCCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:87:87:0,87:1:0,0:0,87 chr14 60927652 . T C 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=60927652;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=AAGAATGACTAAGTAAATTA;RSEQ=GGCATATCCACACAATGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:5,0 chr14 60927816 . T C 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=60927816;VD=73;AF=0.9865;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=73:0;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.6;HIAF=0.9855;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=68;HICOV=69;LSEQ=TAAAAATGCATAGAAAAAAA;RSEQ=GGTATGCACCAGTATTTATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:74:73:0,73:0.9865:0,0:73,0 chr14 60928201 . G A 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=537;END=60928201;VD=534;AF=0.9944;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=243:291;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.053;HIAF=0.9980;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=496;HICOV=497;LSEQ=AAATTATTTCAGAGATTAAA;RSEQ=CATTTTCTTATTTTAAAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:537:534:0,534:0.9944:0,0:243,291 chr14 60932438 . G T 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=82;END=60932438;VD=82;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=82:0;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=81;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=81;HICOV=81;LSEQ=ATGTACAGAGCTTGGTATTT;RSEQ=AAAATATCTTTTTCTATTAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:82:82:0,82:1:0,0:82,0 chr14 60932464 . G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=122;END=60932464;VD=3;AF=0.0246;BIAS=1:0;REFBIAS=119:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=12.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0263;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=3;HICOV=114;LSEQ=ATCTTTTTCTATTATTTTTA;RSEQ=GGATAAGGGGACAGGTTACA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:122:3:119,3:0.0246:119,0:3,0 chr14 60932569 . AACACACACACACACACACACAC A 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=219;END=60932591;VD=167;AF=0.7626;BIAS=1:1;REFBIAS=29:0;VARBIAS=165:2;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=334;HIAF=0.7661;ADJAF=0.3059;SHIFT3=20;MSI=21;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=167;HICOV=218;LSEQ=GGCTGATTTAATAAATTTAT;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:219:167:29,167:0.7626:29,0:165,2 chr14 60935003 . T TTTAAG 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=150;END=60935003;VD=151;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=151:0;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.4;SN=302;HIAF=0.9934;ADJAF=0.2252;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=151;HICOV=152;LSEQ=TTTAGTATTAGCTCATAATA;RSEQ=TTAATAATATTTTTCATAAG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:150:151:1,151:1:1,0:151,0 chr14 60935281 . C T 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=411;END=60935281;VD=411;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=111:300;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=101.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=407;HICOV=407;LSEQ=AGACAATTGGGAACACAAAA;RSEQ=AAAATAATTACTTGCAAAGC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:411:411:0,411:1:0,0:111,300 chr14 60935504 . T C 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=60935504;VD=44;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:44;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=43;HICOV=43;LSEQ=TCTTTTTAAAAACAGATAAT;RSEQ=ATAAGCAAAGTAGACATTGA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:44:44:0,44:1:0,0:0,44 chr14 60936160 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=182;END=60936160;VD=3;AF=0.0165;BIAS=1:0;REFBIAS=179:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=2;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=CTTTCTCCACATTAGGCTCT;RSEQ=TTAAAAATAGCTCTTCTAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:3:179,3:0.0165:179,0:3,0 chr14 60937844 . T C 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=60937844;VD=44;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=44:0;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=88;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=44;HICOV=44;LSEQ=AATAAGCAATTTAACTGGAA;RSEQ=TTTCTTTGGTAAGACAGACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:44:44:0,44:1:0,0:44,0 chr14 60937851 . T C 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=60937851;VD=47;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=47:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=46;HICOV=46;LSEQ=AATTTAACTGGAATTTTCTT;RSEQ=GGTAAGACAGACCAATATAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:47:47:0,47:1:0,0:47,0 chr14 60938681 . T A 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=60938681;VD=49;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:49;PMEAN=30.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=98;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=49;HICOV=49;LSEQ=TCACTTCTTAATTCTATTCA;RSEQ=TTTAACTCCTACTCCCACTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:49:49:0,49:1:0,0:0,49 chr14 60944849 . A T 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=60944849;VD=95;AF=0.9896;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=95:0;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=52.2;SN=94;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=94;HICOV=94;LSEQ=AGAGCTTGCAGTGAGCCAAG;RSEQ=TCATGCCACTGCACTCCAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:96:95:1,95:0.9896:1,0:95,0 chr14 60944959 . A G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=60944959;VD=174;AF=0.9943;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=139:35;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.7;SN=20.75;HIAF=0.9940;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=166;HICOV=167;LSEQ=TTTTCAACTGACATTCTTAC;RSEQ=CACCATGTCCTAATAATACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:175:174:0,174:0.9943:0,0:139,35 chr14 60945203 . G A 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=60945203;VD=198;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:192;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=194;HICOV=194;LSEQ=ATAATTATTTAAAGAGAAAC;RSEQ=AATCTTTCTCTTCCTGGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:198:198:0,198:1:0,0:6,192 chr14 60945298 . C T 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=60945298;VD=109;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:109;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=104;HICOV=104;LSEQ=CATTCAAGGACTATTATGCT;RSEQ=GAATATCAATATTCATGAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:109:109:0,109:1:0,0:0,109 chr14 60951519 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=60951519;VD=3;AF=0.0101;BIAS=1:0;REFBIAS=279:14;VARBIAS=3:0;PMEAN=55;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=287;LSEQ=TATAACGCCAACAATAAGTT;RSEQ=CCCTAAACAGAGCAATTGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:3:293,3:0.0101:279,14:3,0 chr14 60951816 . G GA 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=495;END=60951816;VD=13;AF=0.0263;BIAS=2:2;REFBIAS=142:304;VARBIAS=5:8;PMEAN=55.7;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.76371;ODDRATIO=1.33718442447582;MQ=63.6;SN=26;HIAF=0.0300;ADJAF=0.002;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=13;HICOV=434;LSEQ=TCTTGGATACTATGTTAAAT;RSEQ=AAAAAAAAAATTATAAGATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:495:13:446,13:0.0263:142,304:5,8 chr14 64693416 . C CTTTTTTT 125 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=32;END=64693416;VD=11;AF=0.3438;BIAS=1:0;REFBIAS=18:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=22;HIAF=0.3667;ADJAF=0.1875;SHIFT3=8;MSI=15;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=11;HICOV=30;LSEQ=TATACCCAGTTTACTCTACT;RSEQ=TTTTTTTTGACAGAGTCTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:32:11:18,11:0.3438:18,0:11,0 chr14 64693871 . G C 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=737;END=64693871;VD=355;AF=0.4817;BIAS=2:2;REFBIAS=252:126;VARBIAS=246:109;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.47632;ODDRATIO=1.12824794376812;MQ=60;SN=58.167;HIAF=0.4874;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=349;HICOV=716;LSEQ=TAACCTGCATCTGTTGGCAG;RSEQ=CACAGCTGACCACACAATCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:737:355:378,355:0.4817:252,126:246,109 chr14 64694195 . C T 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=738;END=64694195;VD=384;AF=0.5203;BIAS=2:2;REFBIAS=219:133;VARBIAS=232:152;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.64969;ODDRATIO=1.0787;MQ=60;SN=53.857;HIAF=0.5251;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=377;HICOV=718;LSEQ=ACAATGATCCCAGAGGGAAA;RSEQ=TGAAGTGAAAATGTTACCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:738:384:352,384:0.5203:219,133:232,152 chr14 64694994 . T G 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=64694994;VD=51;AF=0.5312;BIAS=1:1;REFBIAS=0:45;VARBIAS=0:51;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.5319;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=50;HICOV=94;LSEQ=AATGTAGACACTACTTAGCC;RSEQ=AATTACTGTAAGTTCTTACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:96:51:45,51:0.5312:0,45:0,51 chr14 64695087 . A G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=64695087;VD=9;AF=0.45;BIAS=0:0;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:9;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.4500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=9;HICOV=20;LSEQ=TATATCATGTTAAACTCTCT;RSEQ=CGACAGTGCCATAGACATTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:20:9:11,9:0.45:0,11:0,9 chr14 64699358 . C T 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=64699358;VD=5;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=10;LSEQ=ACAGGCCTGGGAGGTAAGTA;RSEQ=GCAATTGCCACAGGGGTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:5:5,5:0.5:5,0:5,0 chr14 64700045 . T C 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=432;END=64700045;VD=219;AF=0.5069;BIAS=2:2;REFBIAS=63:149;VARBIAS=67:152;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.91644;ODDRATIO=1.04241590309702;MQ=60;SN=72;HIAF=0.5106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=216;HICOV=423;LSEQ=GTTCCATGCCCTTGTTACTA;RSEQ=GGGGACAAAAAGGTGCTGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:432:219:212,219:0.5069:63,149:67,152 chr14 64700292 . C T 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=68;END=64700292;VD=42;AF=0.6176;BIAS=1:1;REFBIAS=0:26;VARBIAS=0:42;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84;HIAF=0.6269;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=42;HICOV=67;LSEQ=TGACACATAGGACAATCAAT;RSEQ=CTCATTGTTTGCGGTAATTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:68:42:26,42:0.6176:0,26:0,42 chr14 64700299 . G A 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=64700299;VD=36;AF=0.6207;BIAS=1:1;REFBIAS=0:21;VARBIAS=0:36;PMEAN=31.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=0.6316;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=36;HICOV=57;LSEQ=TAGGACAATCAATCCTCATT;RSEQ=TTTGCGGTAATTATGTTCCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:58:36:21,36:0.6207:0,21:0,36 chr14 64701456 . C G 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=226;END=64701456;VD=123;AF=0.5442;BIAS=1:1;REFBIAS=101:2;VARBIAS=123:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.20661;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60.5;HIAF=0.5402;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=121;HICOV=224;LSEQ=ACCCCAGCAATTGAAAAACC;RSEQ=ATGAGCCACCACTGGCTGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:226:123:103,123:0.5442:101,2:123,0 chr14 64702217 . A G 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=64702217;VD=22;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:22;PMEAN=27.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=22;HICOV=22;LSEQ=AGATACAGAGATGGTCAGAA;RSEQ=GTGAGATTAATTCTACTTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:22:22:0,22:1:0,0:0,22 chr14 64724051 . C T 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=512;END=64724051;VD=256;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=135:119;VARBIAS=116:140;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.0923;ODDRATIO=1.3683;MQ=60;SN=50.2;HIAF=0.5010;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=251;HICOV=501;LSEQ=CAACAGCTCTCCAAGAGCCG;RSEQ=ACTTGGTCGAACAGGCTGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:512:256:254,256:0.5:135,119:116,140 chr14 64735433 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=64735433;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=145:29;VARBIAS=1:1;PMEAN=8.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.31266;ODDRATIO=4.933;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=TCCCAAATCTTCTCTTTTCC;RSEQ=GGCTACCTGTCCCCAGTTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:174,2:0.0114:145,29:1,1 chr14 64735447 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=64735447;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=148:48;VARBIAS=1:1;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.43465;ODDRATIO=3.06188;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=197;LSEQ=TTTTCCCGGCTACCTGTCCC;RSEQ=AGTTCCTCAGAGGACAGGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:196,2:0.0101:148,48:1,1 chr14 64735642 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=64735642;VD=2;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=67:124;VARBIAS=1:1;PMEAN=11.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.84454200022135;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=190;LSEQ=ATTATGTCCTATAGCAGAGT;RSEQ=GGAGGGAAAAAAAGATTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:2:191,2:0.0104:67,124:1,1 chr14 64746933 . G GAA 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=292;END=64746933;VD=131;AF=0.4486;BIAS=2:2;REFBIAS=20:111;VARBIAS=15:115;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.46802;ODDRATIO=1.37967;MQ=60.3;SN=42.667;HIAF=0.4867;ADJAF=0.0411;SHIFT3=9;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=128;HICOV=263;LSEQ=GGAAAGGAAGGGCTTTCTAG;RSEQ=AAAAAAAAATAGCATGAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:292:131:131,131:0.4486:20,111:15,115 chr14 64747170 . A G 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=64747170;VD=10;AF=0.4545;BIAS=0:0;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:10;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=10;HICOV=22;LSEQ=AGTCATAGCCATGGGGTGGG;RSEQ=GCTACATCTCTAAGTGTAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:10:12,10:0.4545:0,12:0,10 chr14 64805001 . A G 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=590;END=64805001;VD=295;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=139:154;VARBIAS=143:152;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.80504;ODDRATIO=1.04226379696701;MQ=60;SN=146.5;HIAF=0.5096;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=293;HICOV=575;LSEQ=GACACTCCTTCCAGCTCGGC;RSEQ=GGGCCTGAAACAGGGGGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:590:295:293,295:0.5:139,154:143,152 chr14 64805299 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=292;END=64805299;VD=3;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=49:239;VARBIAS=2:1;PMEAN=16.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.0804;ODDRATIO=9.63855421686747;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=279;LSEQ=CGTCCCCAGAGCTGAGGAGC;RSEQ=TCCGGGAGACTCGCCGCCCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:292:3:288,3:0.0103:49,239:2,1 chr14 64805359 . T TCCCCCTCCCCGCAGACCGCCCCCCGTCCCCGCAGACCGCC 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=157;END=64805359;VD=72;AF=0.4586;BIAS=1:1;REFBIAS=0:77;VARBIAS=0:72;PMEAN=18.9;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.3;SN=23;HIAF=0.4694;ADJAF=0.4013;SHIFT3=24;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=69;HICOV=147;LSEQ=CCTCCCGCGAGGCCGCCCCG;RSEQ=CCCCCTCCCCGCAGACCGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:72:77,72:0.4586:0,77:0,72 chr14 64805381 . C G 123 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=64805381;VD=17;AF=0.1318;BIAS=1:1;REFBIAS=0:111;VARBIAS=0:17;PMEAN=19.2;PSTD=1;QUAL=30.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3.25;HIAF=0.1057;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=13;HICOV=123;LSEQ=CCCCTCCCCGCAGACCGCCC;RSEQ=CCCTCCCCGCAGACCGCCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:17:111,17:0.1318:0,111:0,17 chr14 74111912 . CG C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=165;END=74111913;VD=2;AF=0.0121;BIAS=1:0;REFBIAS=1:162;VARBIAS=0:2;PMEAN=46.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0121;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=165;LSEQ=GGCGAAAGAGAAGCCCTGGC;RSEQ=GGGGTGGTCTGTGGTGAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:2:163,2:0.0121:1,162:0,2 chr14 74121546 . A T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=306;END=74121546;VD=4;AF=0.0131;BIAS=2:0;REFBIAS=205:97;VARBIAS=4:0;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.31133;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0134;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=298;LSEQ=TCTTTCTTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=AAGGCGAAAGCAACAACAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:306:4:302,4:0.0131:205,97:4,0 chr14 74121761 . T G 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=74121761;VD=80;AF=0.4734;BIAS=1:1;REFBIAS=0:89;VARBIAS=0:80;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=0.4845;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=78;HICOV=161;LSEQ=ATGATAAAATTGTGTAAAAC;RSEQ=TAATGCACACATACACACAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:80:89,80:0.4734:0,89:0,80 chr14 74129118 . C A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=74129118;VD=4;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:4;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=6;LSEQ=TATCCTCGTTAATGACATTG;RSEQ=CTCCCTCCCAGTTGCCAAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:4:2,4:0.6667:0,2:0,4 chr14 74153807 . G GA 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=161;END=74153807;VD=9;AF=0.0559;BIAS=1:0;REFBIAS=142:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=18;HIAF=0.0625;ADJAF=0.0124;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=9;HICOV=144;LSEQ=CTACTTAGCTCCCTCAATGA;RSEQ=AAAAAAAAAACCTCCCACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:9:142,9:0.0559:142,0:9,0 chr14 74155729 . GTT G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=5;END=74155731;VD=2;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=23;MSI=25;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=5;LSEQ=TTGTAACAGTAAAACTTGCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:5:2:3,2:0.4:3,0:2,0 chr14 74162377 . C T 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=74162377;VD=35;AF=0.4861;BIAS=1:1;REFBIAS=37:0;VARBIAS=35:0;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=70;HIAF=0.4861;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=35;HICOV=72;LSEQ=CAAGTAACTGGGATTACAAC;RSEQ=GCCCGCCACCATGCCCAGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:72:35:37,35:0.4861:37,0:35,0 chr14 74162845 . C G 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=654;END=74162845;VD=321;AF=0.4908;BIAS=2:2;REFBIAS=153:172;VARBIAS=158:163;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.63663;ODDRATIO=1.08955012475349;MQ=60;SN=17.882;HIAF=0.5075;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=304;HICOV=599;LSEQ=TAATGCCAACCTTATATATC;RSEQ=TATTTCTCTTTTTAGAAACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:654:321:325,321:0.4908:153,172:158,163 chr14 74162990 . A AT 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=732;END=74162990;VD=340;AF=0.4645;BIAS=2:2;REFBIAS=195:168;VARBIAS=198:141;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.22392;ODDRATIO=1.20948234155781;MQ=60;SN=36.667;HIAF=0.4790;ADJAF=0.0342;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=330;HICOV=689;LSEQ=ATGTTTTTTTCAGTTTGTTC;RSEQ=TTTTTTTTAGGTTAGACATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:732:340:363,340:0.4645:195,168:198,141 chr14 74163625 . G A 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=669;END=74163625;VD=313;AF=0.4679;BIAS=2:2;REFBIAS=196:159;VARBIAS=156:157;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.18681;ODDRATIO=1.24019;MQ=60;SN=77.25;HIAF=0.4739;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=309;HICOV=652;LSEQ=TATTTTTTGAGAAGTTCTAA;RSEQ=TTAAACAGCTCTTAAAATGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:669:313:355,313:0.4679:196,159:156,157 chr14 74164491 . C G 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=330;END=74164491;VD=164;AF=0.497;BIAS=2:2;REFBIAS=117:48;VARBIAS=132:32;PMEAN=30.1;PSTD=1;QUAL=32;QSTD=1;SBF=0.0536;ODDRATIO=1.68956020747799;MQ=59.8;SN=6.13;HIAF=0.5018;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=141;HICOV=281;LSEQ=GGAAAACTTGGTCTAACACC;RSEQ=TTTTAGTTTTCTTTTCTCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:330:164:165,164:0.497:117,48:132,32 chr14 74164545 . T C 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=500;END=74164545;VD=245;AF=0.49;BIAS=2:2;REFBIAS=159:93;VARBIAS=173:72;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.0864;ODDRATIO=1.40441548227628;MQ=60;SN=12.611;HIAF=0.4850;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=227;HICOV=468;LSEQ=GATAGGAAGAAACCTTATTC;RSEQ=ACTCTAGCTGGTTTATGCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:500:245:252,245:0.49:159,93:173,72 chr14 74165101 . A T 347 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=753;END=74165101;VD=751;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=254:497;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82.444;HIAF=0.9987;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=742;HICOV=743;LSEQ=TGCTGCAAATTTAGCTGATA;RSEQ=AACTGCCTTTGGTTTATGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:753:751:0,751:0.9973:0,0:254,497 chr14 74165223 . G GT 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=528;END=74165223;VD=12;AF=0.0227;BIAS=2:2;REFBIAS=166:320;VARBIAS=4:8;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.03743;MQ=63.2;SN=24;HIAF=0.0253;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=12;HICOV=475;LSEQ=ATTTAAATTTTTTCTATTCT;RSEQ=TTTTTTTTTGTTTGTTTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:528:12:486,12:0.0227:166,320:4,8 chr14 74165516 . A G 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=510;END=74165516;VD=510;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=285:225;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.875;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=494;HICOV=494;LSEQ=GTATTTTAGTTTTTCACAGC;RSEQ=AATTTGATTTTAGTCTACCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:510:510:0,510:1:0,0:285,225 chr14 74165986 . G T 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=491;END=74165986;VD=5;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=168:318;VARBIAS=2:3;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.26125671619201;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0065;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=3;HICOV=461;LSEQ=ATCATGGATGGAAAGAAATG;RSEQ=TCACTGGTATTTTTTGTAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:491:5:486,5:0.0102:168,318:2,3 chr14 74166172 . C T 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=250;END=74166172;VD=129;AF=0.516;BIAS=2:2;REFBIAS=56:64;VARBIAS=58:71;PMEAN=31.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.80034;ODDRATIO=1.07082;MQ=60;SN=42;HIAF=0.5185;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=126;HICOV=243;LSEQ=GCACGCGCCACCATGCCTGG;RSEQ=TAATTTTTGTATTTTTAGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:250:129:120,129:0.516:56,64:58,71 chr14 74166200 . C CGTT 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=247;END=74166200;VD=119;AF=0.4818;BIAS=2:2;REFBIAS=81:47;VARBIAS=73:46;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.7934;ODDRATIO=1.08562;MQ=60;SN=238;HIAF=0.4917;ADJAF=0.0648;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=119;HICOV=242;LSEQ=TGTATTTTTAGTACAGACGG;RSEQ=GTTTCACCATATTGGCCAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:247:119:128,119:0.4818:81,47:73,46 chr14 74166821 . G A 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=439;END=74166821;VD=234;AF=0.533;BIAS=2:2;REFBIAS=54:150;VARBIAS=75:159;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.20908;ODDRATIO=1.30944898386759;MQ=60;SN=38;HIAF=0.5290;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=228;HICOV=431;LSEQ=TCCCAGCACTTTGGGAGGCC;RSEQ=TGGTGGGCAGATCACTTGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:439:234:204,234:0.533:54,150:75,159 chr14 74167050 . C T 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=465;END=74167050;VD=235;AF=0.5054;BIAS=2:2;REFBIAS=155:75;VARBIAS=173:62;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.15483;ODDRATIO=1.34927274199207;MQ=60;SN=116.5;HIAF=0.5087;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=233;HICOV=458;LSEQ=TGGGTGACAGAGTAAGTCTC;RSEQ=GTCTCAAAAAGAAAAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:465:235:230,235:0.5054:155,75:173,62 chr14 74167051 . G A 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=478;END=74167051;VD=237;AF=0.4958;BIAS=2:2;REFBIAS=176:64;VARBIAS=163:74;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.31264;ODDRATIO=1.24788;MQ=60;SN=236;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=236;HICOV=472;LSEQ=GGGTGACAGAGTAAGTCTCC;RSEQ=TCTCAAAAAGAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:478:237:240,237:0.4958:176,64:163,74 chr14 74167061 . GA G 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=529;END=74167062;VD=467;AF=0.8828;BIAS=2:2;REFBIAS=41:12;VARBIAS=341:126;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.6226;ODDRATIO=1.26189;MQ=60;SN=154.667;HIAF=0.8975;ADJAF=0.1304;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=464;HICOV=517;LSEQ=GTAAGTCTCCGTCTCAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAATGTGGTTCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:529:467:53,467:0.8828:41,12:341,126 chr14 74168625 . G A 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=559;END=74168625;VD=543;AF=0.9714;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=248:295;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.682;HIAF=0.9849;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=521;HICOV=529;LSEQ=TTTGTGATTTGTTTCAAAAT;RSEQ=GTAATAAATTGTGTTATTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:559:543:0,543:0.9714:0,0:248,295 chr14 74168647 . TAA T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=513;END=74168649;VD=219;AF=0.4269;BIAS=2:2;REFBIAS=39:32;VARBIAS=105:114;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.34027;ODDRATIO=1.32192;MQ=60;SN=218;HIAF=0.4266;ADJAF=0.0409;SHIFT3=12;MSI=14;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=218;HICOV=511;LSEQ=TAATAAATTGTGTTATTTTG;RSEQ=AAAAAAAAAAAAGTATATTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:513:219:71,219:0.4269:39,32:105,114 chr14 74168648 . A T 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=513;END=74168648;VD=7;AF=0.0136;BIAS=2:2;REFBIAS=39:32;VARBIAS=2:5;PMEAN=19.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.24675;ODDRATIO=3.00501;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=14;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=7;HICOV=511;LSEQ=AATAAATTGTGTTATTTTGT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAGTATATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:513:7:71,7:0.0136:39,32:2,5 chr14 74168781 . G GGT 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=443;END=74168781;VD=190;AF=0.4289;BIAS=2:2;REFBIAS=46:48;VARBIAS=52:137;PMEAN=52.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.00053;ODDRATIO=2.51586;MQ=60;SN=380;HIAF=0.4657;ADJAF=0;SHIFT3=27;MSI=14;MSILEN=2;NM=0.6;HICNT=190;HICOV=408;LSEQ=ATGTACCATGCAGTTTGTGT;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:443:190:94,190:0.4289:46,48:52,137 chr14 74169165 . G GT 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=465;END=74169165;VD=8;AF=0.0172;BIAS=2:2;REFBIAS=340:93;VARBIAS=6:2;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=38.3;QSTD=1;SBF=0.68374;ODDRATIO=1.21806;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0183;ADJAF=0.0043;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=8;HICOV=436;LSEQ=GCATTCATTTCTTTAGCTAA;RSEQ=TTTTTTTTTCTTAGTAGGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:465:8:433,8:0.0172:340,93:6,2 chr14 74169647 . T TA 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=354;END=74169647;VD=5;AF=0.0141;BIAS=2:0;REFBIAS=93:253;VARBIAS=0:5;PMEAN=25.8;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.33073;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0154;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=5;HICOV=325;LSEQ=ACATCGTGAGACCCCATCTC;RSEQ=ACAAAAAAAAAAAAAGAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:354:5:346,5:0.0141:93,253:0,5 chr14 74169663 . GA G 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=319;END=74169664;VD=6;AF=0.0188;BIAS=2:2;REFBIAS=82:228;VARBIAS=1:5;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.79543;MQ=56.7;SN=5;HIAF=0.0164;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=5;HICOV=305;LSEQ=TCTCTACAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAATTAGTTGGGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:319:6:310,6:0.0188:82,228:1,5 chr14 74169695 . G A 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=320;END=74169695;VD=140;AF=0.4375;BIAS=2:2;REFBIAS=67:113;VARBIAS=55:85;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.72882;ODDRATIO=1.09101224115735;MQ=60;SN=45.667;HIAF=0.4434;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=137;HICOV=309;LSEQ=TAGTTGGGCATGGCAATGCC;RSEQ=CCTGTGGTCCTAGCTACTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:320:140:180,140:0.4375:67,113:55,85 chr14 74169995 . C T 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=212;END=74169995;VD=212;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=44:168;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=105;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.3;HICNT=210;HICOV=210;LSEQ=TATATATACGCATGTAGATA;RSEQ=ATACAATTGTTATATATAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:212:212:0,212:1:0,0:44,168 chr14 74170321 . G A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=74170321;VD=3;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:3;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=4;LSEQ=ACATTGCTCTTAACTTCAGC;RSEQ=CCTATCCCAAAACCTATAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:3:1,3:0.75:0,1:0,3 chr14 92047109 . A G 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=253;END=92047109;VD=128;AF=0.5059;BIAS=1:1;REFBIAS=124:1;VARBIAS=128:0;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.49407;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=63;HIAF=0.5122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=126;HICOV=246;LSEQ=GAATATATTGACAAGTAGCA;RSEQ=TTTGAATTATAATGACAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:253:128:125,128:0.5059:124,1:128,0 chr14 92054070 . C T 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=92054070;VD=45;AF=0.6081;BIAS=1:1;REFBIAS=29:0;VARBIAS=45:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=90;HIAF=0.6081;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=45;HICOV=74;LSEQ=CATTTCTTCCCTTTCACTTT;RSEQ=GGAAACACTCTTTCTTCTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:74:45:29,45:0.6081:29,0:45,0 chr14 92056012 . A C 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=367;END=92056012;VD=4;AF=0.0109;BIAS=2:0;REFBIAS=119:244;VARBIAS=4:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=0.01221;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0093;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=3;HICOV=323;LSEQ=TTGGAAACTTAAAGCGAGGA;RSEQ=CCTAAAATACAAATTCCAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:367:4:363,4:0.0109:119,244:4,0 chr14 92057957 . C T 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=92057957;VD=17;AF=0.4474;BIAS=1:1;REFBIAS=21:0;VARBIAS=17:0;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.4722;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=17;HICOV=36;LSEQ=ACAAGTTGCTTTCGTATACA;RSEQ=AGGGGTGTGTGTGGGTGTGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:38:17:21,17:0.4474:21,0:17,0 chr14 92057960 . G A 134 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=39;END=92057960;VD=15;AF=0.3846;BIAS=1:1;REFBIAS=22:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=14;HICOV=35;LSEQ=AGTTGCTTTCGTATACACAG;RSEQ=GGTGTGTGTGGGTGTGGGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:39:15:22,15:0.3846:22,0:15,0 chr14 92058445 . G A 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=92058445;VD=81;AF=0.4475;BIAS=1:1;REFBIAS=0:99;VARBIAS=1:80;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.45;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.25;HIAF=0.4375;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=77;HICOV=176;LSEQ=ATTTATTCCCTGAAGAAGTG;RSEQ=AATTCCTGAGAAGTTAAAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:81:99,81:0.4475:0,99:1,80 chr14 92058500 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=92058500;VD=2;AF=0.0156;BIAS=1:0;REFBIAS=0:126;VARBIAS=0:2;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0156;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=128;LSEQ=TTAATAATAAAGTAAGAATA;RSEQ=AAGTACAGTATTTCTGAATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:128:2:126,2:0.0156:0,126:0,2 chr14 92074408 . G C 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=92074408;VD=43;AF=0.5119;BIAS=1:1;REFBIAS=41:0;VARBIAS=43:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.5;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=41;HICOV=82;LSEQ=CAATGAAATCCAAATGGGAA;RSEQ=CAGGGAGAGTCAAGGGGGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:84:43:41,43:0.5119:41,0:43,0 chr14 92074432 . G A 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=111;END=92074432;VD=56;AF=0.5045;BIAS=1:1;REFBIAS=55:0;VARBIAS=56:0;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=112;HIAF=0.5045;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=56;HICOV=111;LSEQ=GGAGAGTCAAGGGGGAAAGC;RSEQ=TCCATTTGGACTTCTTGGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:111:56:55,56:0.5045:55,0:56,0 chr14 92074545 . T A 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=210;END=92074545;VD=93;AF=0.4429;BIAS=2:1;REFBIAS=107:10;VARBIAS=91:2;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.07019;ODDRATIO=4.22779351456475;MQ=60;SN=17.6;HIAF=0.4314;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=88;HICOV=204;LSEQ=CGATAATAACAGCTTCACCT;RSEQ=CTCATTTAACACTTATAGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:210:93:117,93:0.4429:107,10:91,2 chr14 92074856 . C A 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=257;END=92074856;VD=123;AF=0.4786;BIAS=1:1;REFBIAS=0:133;VARBIAS=0:123;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=246;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=123;HICOV=246;LSEQ=GGCAAAAATTCAATTTTTAG;RSEQ=TACAGGTATTAAAGTAAATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:257:123:133,123:0.4786:0,133:0,123 chr14 92074910 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=92074910;VD=3;AF=0.0164;BIAS=1:0;REFBIAS=0:180;VARBIAS=0:3;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=174;LSEQ=TTTTCTACCCCTCATTTTCT;RSEQ=GAATTTCAACAATTTTAACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:3:180,3:0.0164:0,180:0,3 chr14 92074983 . AT A 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=88;END=92074984;VD=45;AF=0.5114;BIAS=1:1;REFBIAS=0:42;VARBIAS=0:45;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.5238;ADJAF=0.0455;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=44;HICOV=84;LSEQ=ACTGCCATAAAGTCAATGCA;RSEQ=TAAAGTTTAAACACTTTATC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:88:45:42,45:0.5114:0,42:0,45 chr14 92076810 . A AT 168 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=495;END=92076810;VD=32;AF=0.0646;BIAS=2:2;REFBIAS=290:114;VARBIAS=17:14;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=0.06379;ODDRATIO=2.09102;MQ=60;SN=9.333;HIAF=0.0662;ADJAF=0.004;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=28;HICOV=423;LSEQ=TCTTAAACCAATATACTTAG;RSEQ=TTTTTTTTTTTACCGGCAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:495:32:404,32:0.0646:290,114:17,14 chr14 92077336 . C T 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=92077336;VD=9;AF=0.4091;BIAS=1:0;REFBIAS=0:13;VARBIAS=0:9;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=9;HICOV=21;LSEQ=AGGGGGGCTGCAGAGGAAAC;RSEQ=AACCCTGCTGATATCTTGCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:9:13,9:0.4091:0,13:0,9 chr14 92083785 . A G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=92083785;VD=71;AF=0.4465;BIAS=1:1;REFBIAS=86:1;VARBIAS=71:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.667;HIAF=0.4387;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=68;HICOV=155;LSEQ=TTTTATAAAATTATTACAAC;RSEQ=CTTTCTTCAATGTATTTATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:71:87,71:0.4465:86,1:71,0 chr14 92084004 . C G 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=549;END=92084004;VD=271;AF=0.4936;BIAS=2:2;REFBIAS=139:137;VARBIAS=157:114;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.08614;ODDRATIO=1.35659440540467;MQ=60;SN=44.167;HIAF=0.4917;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=265;HICOV=539;LSEQ=CTGTCAGTATCATCAAAAGT;RSEQ=ACTTCAGCTGTAACTTCCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:549:271:276,271:0.4936:139,137:157,114 chr14 92087697 . C T 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=92087697;VD=21;AF=0.525;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=21:0;PMEAN=29.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.5250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=21;HICOV=40;LSEQ=GAGGCTGCAGTGATCCAAGA;RSEQ=TGTGCCACTGTACTCCAGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:40:21:19,21:0.525:19,0:21,0 chr14 92088016 . G A 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=665;END=92088016;VD=333;AF=0.5008;BIAS=2:2;REFBIAS=221:109;VARBIAS=198:135;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.05317;ODDRATIO=1.3817;MQ=60;SN=65.6;HIAF=0.5070;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=328;HICOV=647;LSEQ=CCCAGATCAATGTATTTCAC;RSEQ=ATGTTGAGGGATGGTGAATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:665:333:330,333:0.5008:221,109:198,135 chr14 92088554 . A ATT 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=41;END=92088554;VD=17;AF=0.4146;BIAS=1:1;REFBIAS=0:17;VARBIAS=0:17;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.2;SN=34;HIAF=0.4595;ADJAF=0.0244;SHIFT3=11;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=17;HICOV=37;LSEQ=GAGCTAAGTAAAGAAAGCTG;RSEQ=TTTTTTTTTTTACTATGGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:41:17:17,17:0.4146:0,17:0,17 chr14 92090986 . A C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=92090986;VD=3;AF=0.0283;BIAS=1:0;REFBIAS=92:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=11.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0192;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=14;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=104;LSEQ=TAGAGCGAGACTCCATTGCC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAACAAAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:3:92,3:0.0283:92,0:3,0 chr14 92102522 . C T 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=92102522;VD=58;AF=0.9831;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=58:0;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=56;HICOV=56;LSEQ=TTTGAGACCAGCCTGGGCAA;RSEQ=ATGGTGAAACCCCATCTCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:59:58:0,58:0.9831:0,0:58,0 chr14 92102759 . A G 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=381;END=92102759;VD=189;AF=0.4961;BIAS=2:2;REFBIAS=148:42;VARBIAS=132:57;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.08027;ODDRATIO=1.51993;MQ=60;SN=46.25;HIAF=0.4987;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=185;HICOV=371;LSEQ=TATGCCATCTAAATAAATGC;RSEQ=TATCACTACCCAGAGTGTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:381:189:190,189:0.4961:148,42:132,57 chr14 92105194 . C T 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=92105194;VD=57;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=56:1;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=55;HICOV=55;LSEQ=GAATGTTTAGTGGTGTTCTG;RSEQ=TGCGAAGATATTTGCATGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:57:57:0,57:1:0,0:56,1 chr14 92105795 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=92105795;VD=2;AF=0.0154;BIAS=1:0;REFBIAS=1:127;VARBIAS=0:2;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=129;LSEQ=TCCATGTCACTACAGAATCT;RSEQ=TTCACTGAAGTAGGGGAAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:2:128,2:0.0154:1,127:0,2 chr14 92105961 . G A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=92105961;VD=6;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:6;PMEAN=30.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=6;HICOV=12;LSEQ=AATCCTTAGGAAGGCAAGGC;RSEQ=AATCATCAGTAGACATTGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:6:6,6:0.5:0,6:0,6 chr14 92125877 . T G 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=92125877;VD=18;AF=0.4286;BIAS=1:1;REFBIAS=23:1;VARBIAS=18:0;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17;HIAF=0.4146;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=17;HICOV=41;LSEQ=CAGCAAAGTTGTTCTGAATA;RSEQ=CAGATGAGATGATATTTGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:18:24,18:0.4286:23,1:18,0 chr14 92125887 . T C 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=92125887;VD=48;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=47:1;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=5;NM=2.0;HICNT=48;HICOV=48;LSEQ=GTTCTGAATATCAGATGAGA;RSEQ=GATATTTGTAACATGCTGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:48:48:0,48:1:0,0:47,1 chr14 92126443 . ATC A 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=224;END=92126445;VD=52;AF=0.2321;BIAS=1:1;REFBIAS=4:155;VARBIAS=1:51;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.31452;MQ=60;SN=104;HIAF=0.2374;ADJAF=0.0268;SHIFT3=16;MSI=9;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=52;HICOV=219;LSEQ=TTTTCCATATGCCTACATTC;RSEQ=TCTCTCTCTCTCTCTCACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:224:52:159,52:0.2321:4,155:1,51 chr14 92126456 . TCTCTCA T 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=212;END=92126462;VD=89;AF=0.4198;BIAS=1:1;REFBIAS=4:105;VARBIAS=1:88;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.38156;ODDRATIO=3.33468;MQ=60;SN=88;HIAF=0.4272;ADJAF=0.0425;SHIFT3=1;MSI=14;MSILEN=2;NM=0.8;HICNT=88;HICOV=206;LSEQ=TACATTCATCTCTCTCTCTC;RSEQ=CACACACACACACACACACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:212:89:109,89:0.4198:4,105:1,88 chr14 92126460 . T A 134 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=201;END=92126460;VD=14;AF=0.0697;BIAS=1:1;REFBIAS=2:76;VARBIAS=1:13;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.3942;ODDRATIO=2.87678720405052;MQ=60;SN=28;HIAF=0.1591;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=9;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=14;HICOV=88;LSEQ=TTCATCTCTCTCTCTCTCTC;RSEQ=CACACACACACACACACACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:201:14:78,14:0.0697:2,76:1,13 chr14 92126649 . A G 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=92126649;VD=25;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:25;PMEAN=50;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=25;HICOV=25;LSEQ=CCAAATAATTCCGTGTTCAT;RSEQ=AAAGAATGGAGTGCTGGGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:25:25:0,25:1:0,0:0,25 chr14 92139029 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=92139029;VD=2;AF=0.0122;BIAS=1:0;REFBIAS=162:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0124;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=161;LSEQ=TCCATTTTCATCAAAATGAA;RSEQ=GACGACCAGGTGAGAAATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:162,2:0.0122:162,0:2,0 chr14 92139489 . T C 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=217;END=92139489;VD=100;AF=0.4608;BIAS=1:1;REFBIAS=0:116;VARBIAS=1:99;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.46296;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49;HIAF=0.4780;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=98;HICOV=205;LSEQ=AACAAACATAGAAATTAACC;RSEQ=TCCCTCCCTGGTCTTAAAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:217:100:116,100:0.4608:0,116:1,99 chr14 92139575 . C CGACCCTTGGGCAAGAAACTT 178 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=81;END=92139575;VD=37;AF=0.4568;BIAS=1:2;REFBIAS=0:27;VARBIAS=2:35;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.50446;ODDRATIO=0;MQ=60.7;SN=17.5;HIAF=0.4430;ADJAF=0.284;SHIFT3=7;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=35;HICOV=79;LSEQ=GAATTCCTTCTTTAGGAAAT;RSEQ=GACCCTTAGGCAAGGAACTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:37:27,37:0.4568:0,27:2,35 chr14 92139597 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=53;END=92139597;VD=2;AF=0.0377;BIAS=1:0;REFBIAS=2:49;VARBIAS=0:2;PMEAN=14;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0392;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=51;LSEQ=ACCCTTAGGCAAGGAACTGA;RSEQ=ACTCAACGGATCACTGCACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:53:2:51,2:0.0377:2,49:0,2 chr14 92140172 . A T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=92140172;VD=6;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=58.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=12;LSEQ=GGGAGGCAGAGGTTGCAGTG;RSEQ=GCCAAGATCATGCCACTGCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:6:6,6:0.5:6,0:6,0 chr14 92140189 . T C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=92140189;VD=6;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=8:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=6;HICOV=14;LSEQ=GTGAGCCAAGATCATGCCAC;RSEQ=GCGCTCCAGCCTGGAGACAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:14:6:8,6:0.4286:8,0:6,0 chr14 92140225 . CA C 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=36;END=92140226;VD=16;AF=0.4444;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=29.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=0.4571;ADJAF=0.0556;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=16;HICOV=35;LSEQ=GACAGAGCGAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAATCCTTAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:36:16:19,16:0.4444:19,0:16,0 chr14 92140428 . G A 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=92140428;VD=118;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=105:11;VARBIAS=108:10;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.82264;ODDRATIO=1.13082516312153;MQ=60;SN=18.667;HIAF=0.4978;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=112;HICOV=225;LSEQ=ATTGTGAAGCCTTTCAGTCT;RSEQ=TAGAATTGCCATTTTTTAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:236:118:116,118:0.5:105,11:108,10 chr14 92140695 . AAAT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=172;END=92140698;VD=3;AF=0.0174;BIAS=1:0;REFBIAS=1:167;VARBIAS=0:3;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0178;ADJAF=0;SHIFT3=14;MSI=5;MSILEN=3;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=169;LSEQ=AGTAAACTTATGGTAAATGA;RSEQ=AATAATAATAATAAAAGTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:3:168,3:0.0174:1,167:0,3 chr14 92140810 . A G 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=76;END=92140810;VD=76;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:76;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=73;HICOV=73;LSEQ=TTTAAATTAGAATGTTTTTT;RSEQ=TTTTAGGCCATTAACTTATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:76:76:0,76:1:0,0:0,76 chr14 92140843 . G A 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=53;END=92140843;VD=21;AF=0.3962;BIAS=1:1;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:21;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.4038;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=21;HICOV=52;LSEQ=AACTTATATAAAGCAAACTT;RSEQ=TCTTTATATTTTGTTCTAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:53:21:32,21:0.3962:0,32:0,21 chr14 92140919 . G A 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=92140919;VD=6;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:6;PMEAN=26.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=6;HICOV=10;LSEQ=CTGAGTAGCTTAGATTCAAA;RSEQ=TGCATTTTAAAATTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:6:4,6:0.6:0,4:0,6 chr14 92150322 . T C 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=356;END=92150322;VD=176;AF=0.4944;BIAS=2:2;REFBIAS=58:121;VARBIAS=52:124;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.56837;ODDRATIO=1.14261;MQ=60;SN=18.556;HIAF=0.4841;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=167;HICOV=345;LSEQ=AAAATATCACTTAGCCAATA;RSEQ=GTAGACTTAAGATATCTTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:356:176:179,176:0.4944:58,121:52,124 chr14 92157525 . T C 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=92157525;VD=16;AF=0.5161;BIAS=1:1;REFBIAS=15:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=0.5161;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=16;HICOV=31;LSEQ=GCCAGACCCCACCACCTTAC;RSEQ=CTCTTCAGTCAAGTGTACTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:31:16:15,16:0.5161:15,0:16,0 chr14 92174343 . C T 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=92174343;VD=82;AF=0.4409;BIAS=1:1;REFBIAS=103:0;VARBIAS=81:1;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.44324;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=0.4469;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=80;HICOV=179;LSEQ=ATCCTATCAGATTGTGAGTG;RSEQ=CTCAAGGGTCATGATTATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:82:103,82:0.4409:103,0:81,1 chr14 92174685 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=284;END=92174685;VD=3;AF=0.0106;BIAS=1:0;REFBIAS=2:279;VARBIAS=0:3;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=272;LSEQ=CAATGATAGCCTTTCCTTTT;RSEQ=CAACCATTTTGTTGGTATTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:284:3:281,3:0.0106:2,279:0,3 chr14 92174914 . C T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=92174914;VD=6;AF=0.375;BIAS=0:0;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:6;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=6;HICOV=16;LSEQ=ATTAATTAAAATGTATCATA;RSEQ=AAACCCTAAGGTGAACAACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:6:10,6:0.375:0,10:0,6 chr14 92185731 . G A 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=453;END=92185731;VD=185;AF=0.4084;BIAS=2:2;REFBIAS=166:102;VARBIAS=130:55;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.07128;ODDRATIO=1.45114713180769;MQ=60;SN=184;HIAF=0.4230;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=184;HICOV=435;LSEQ=TTTGATAAATCCAGACCCAG;RSEQ=GGTAAAAGAATTAATTCAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:453:185:268,185:0.4084:166,102:130,55 chr14 92185961 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=260;END=92185961;VD=3;AF=0.0115;BIAS=1:0;REFBIAS=1:256;VARBIAS=0:3;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0080;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=250;LSEQ=CCTAGAAATTTCACTCTTAG;RSEQ=AATTTTTCCTACATTATGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:260:3:257,3:0.0115:1,256:0,3 chr14 92186125 . T A 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=39;END=92186125;VD=39;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:39;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=37;HICOV=37;LSEQ=AGCCAAGCTTATGTAGCACA;RSEQ=AGTTGAAGTATTTACTCATG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:39:39:0,39:1:0,0:0,39 chr14 92189248 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=220;END=92189248;VD=5;AF=0.0227;BIAS=1:0;REFBIAS=215:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=3;HICOV=206;LSEQ=AAAATATATGACTGTTTAAA;RSEQ=CAAAAAGTGTAACACTATCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:220:5:215,5:0.0227:215,0:5,0 chr14 92189548 . G GA 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=349;END=92189548;VD=107;AF=0.3066;BIAS=2:2;REFBIAS=59:99;VARBIAS=34:73;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.36221;ODDRATIO=1.27837;MQ=60.4;SN=106;HIAF=0.4589;ADJAF=0.0086;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=106;HICOV=231;LSEQ=GATTTTCTTTAGGAAAGCAA;RSEQ=AAAAAAAAAAACAACTAATA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:349:107:158,107:0.3066:59,99:34,73 chr14 92196205 . A G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=92196205;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=CGTTGCTTTTGGGGAAGACA;RSEQ=TTCACATGGTCCTGAGTTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr14 92629715 . T TAAAC 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=121;END=92629715;VD=115;AF=0.9504;BIAS=0:2;REFBIAS=6:0;VARBIAS=64:51;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.0388;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=230;HIAF=0.9504;ADJAF=0.0992;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=115;HICOV=121;LSEQ=TTTTGATATGGAAAACCAGA;RSEQ=AAAACAATGTTACAAAAGGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:121:115:6,115:0.9504:6,0:64,51 chr14 93799153 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=93799153;VD=3;AF=0.0181;BIAS=2:2;REFBIAS=137:26;VARBIAS=2:1;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.41497;ODDRATIO=2.61431;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=TCCACAGCCTCAGAGACACC;RSEQ=AGGGACACTCACCCCGGAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:3:163,3:0.0181:137,26:2,1 chr14 93799221 . G A 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=257;END=93799221;VD=133;AF=0.5175;BIAS=2:2;REFBIAS=77:41;VARBIAS=83:50;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.69377;ODDRATIO=1.1308;MQ=60;SN=13.778;HIAF=0.5210;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=3;NM=1.5;HICNT=124;HICOV=238;LSEQ=GGACCGCTGCCGTCGCCTCC;RSEQ=CCGCCGCCGCCACCAGCACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:257:133:118,133:0.5175:77,41:83,50 chr14 93799284 . ACCG A 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=311;END=93799287;VD=141;AF=0.4534;BIAS=2:2;REFBIAS=83:87;VARBIAS=64:77;PMEAN=43.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.56977;ODDRATIO=1.1473;MQ=60;SN=282;HIAF=0.4578;ADJAF=0.0193;SHIFT3=14;MSI=5;MSILEN=3;NM=1.1;HICNT=141;HICOV=308;LSEQ=CCCCCGGCCATCCTCCTCCC;RSEQ=CCGCCGCCGCCGCCCTCTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:311:141:170,141:0.4534:83,87:64,77 chr14 93799514 . TG T 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=99;END=93799515;VD=96;AF=0.9697;BIAS=0:1;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:96;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=192;HIAF=0.9697;ADJAF=0.101;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=96;HICOV=99;LSEQ=GCCGCGCGAGTCGGGCCGCG;RSEQ=GGGGGGCGGTGCGTTCGCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:99:96:3,96:0.9697:0,3:0,96 chr14 93799578 . G GGCTGGGAGCCGGGCGTCGGGTC 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=60;END=93799578;VD=3;AF=0.05;BIAS=1:0;REFBIAS=0:49;VARBIAS=0:3;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=43.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=71.6;SN=6;HIAF=0.0588;ADJAF=0.05;SHIFT3=30;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=51;LSEQ=GCGCATTATTTTTGCTCGTC;RSEQ=GCTGGGAGCCGGGCGTCGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=3;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:3:49,3:0.05:0,49:0,3 chr14 93799587 . C CCGGGCGTCGGGTCGCTGGGAGT 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=54;END=93799587;VD=19;AF=0.3519;BIAS=1:1;REFBIAS=0:31;VARBIAS=0:19;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=37.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.2;SN=38;HIAF=0.3800;ADJAF=0.1852;SHIFT3=22;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=19;HICOV=50;LSEQ=TTTTGCTCGTCGGCTGGGAG;RSEQ=CGGGCGTCGGGTCGCTGGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:54:19:31,19:0.3519:0,31:0,19 chr14 96858324 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=96858324;VD=2;AF=0.0202;BIAS=1:0;REFBIAS=95:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=GGGCACGACACGCACCGCCC;RSEQ=GCCCGGCACTCCCTGCTTCG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:2:97,2:0.0202:95,2:2,0 chr14 96858777 . T A 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=96858777;VD=74;AF=0.4205;BIAS=1:1;REFBIAS=0:102;VARBIAS=0:74;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=73;HIAF=0.4269;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=73;HICOV=171;LSEQ=CCAGTCCGCACCCAGGCTGG;RSEQ=CAAGAGATTCTACATGGAAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:74:102,74:0.4205:0,102:0,74 chr14 96859006 . AT A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=17;END=96859007;VD=4;AF=0.2353;BIAS=0:0;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:4;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.2667;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=15;LSEQ=CTAAACGAGAAAATAAATCA;RSEQ=TTTTTTTTTTTGAGACGGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:17:4:12,4:0.2353:0,12:0,4 chr14 96864056 . C A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=96864056;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=21.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=TAGCAAGACCACATCTTTAA;RSEQ=AATAAAATAAAATAACCTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:7,0 chr14 96864309 . A G 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=96864309;VD=239;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=229:10;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=118.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=237;HICOV=237;LSEQ=ATTTGCTTTGCCTTGGTGGC;RSEQ=CCCAGCAAGCACTCGGGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:239:239:0,239:1:0,0:229,10 chr14 96874958 . A C 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=96874958;VD=30;AF=0.4839;BIAS=1:1;REFBIAS=32:0;VARBIAS=29:1;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.48387;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29;HIAF=0.4754;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=29;HICOV=61;LSEQ=CAGTGGAGAGCACTGATGAG;RSEQ=CTGAAATGCTTGGTTGTGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:62:30:32,30:0.4839:32,0:29,1 chr14 96874987 . T C 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=96874987;VD=74;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=73:1;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=73;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=73;HICOV=73;LSEQ=CTTGGTTGTGAACAACCTGC;RSEQ=GGGATCCGTATTTCGGATAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:74:74:0,74:1:0,0:73,1 chr14 96875099 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=96875099;VD=2;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=126:38;VARBIAS=1:1;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.41577;ODDRATIO=3.28594;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=GCACCCTGGTGTTAAGTGGC;RSEQ=CCTACTGGTGACTAATAGTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:164,2:0.012:126,38:1,1 chr14 96887083 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=96887083;VD=2;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=162:17;VARBIAS=1:1;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.1895;ODDRATIO=9.28947;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=AGCTTTATTTGAGCTTAAAG;RSEQ=AACATATCTTTAGCCTTAGA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:2:179,2:0.011:162,17:1,1 chr14 96904008 . G A 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=96904008;VD=50;AF=0.5376;BIAS=1:1;REFBIAS=43:0;VARBIAS=50:0;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100;HIAF=0.5435;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=50;HICOV=92;LSEQ=CTGAATAGTGCGGGGGTGTC;RSEQ=TTTCTCTCTTTAAGAGATAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:93:50:43,50:0.5376:43,0:50,0 chr14 96909025 . A G 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=230;END=96909025;VD=108;AF=0.4696;BIAS=2:2;REFBIAS=81:41;VARBIAS=72:36;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01228919077602;MQ=60;SN=53;HIAF=0.4649;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=106;HICOV=228;LSEQ=GTGAGCTGTAATAGCCATCC;RSEQ=CATATAACTGGGGGACATGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:230:108:122,108:0.4696:81,41:72,36 chr14 96912997 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=96912997;VD=2;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=50:125;VARBIAS=1:1;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.49441;ODDRATIO=2.48527474712329;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=174;LSEQ=TATCGTAAATAGTTTTGCTG;RSEQ=CTGGGCGCGGTGGCTCATGC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:2:175,2:0.0113:50,125:1,1 chr14 96913292 . A T 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=96913292;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:9;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=ATCTCCAAAAAATAAAAAAT;RSEQ=AAAAATTAAAATAAAAATAA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:0,9 chr14 96916228 . C T 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=226;END=96916228;VD=114;AF=0.5044;BIAS=2:2;REFBIAS=54:57;VARBIAS=56:58;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01907712375673;MQ=60;SN=21.8;HIAF=0.5215;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=109;HICOV=209;LSEQ=GACTTAACGGTTAGTATATG;RSEQ=GGTGTTTTTTTTTTTTTAAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:226:114:111,114:0.5044:54,57:56,58 chr14 96916230 . G GT 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=221;END=96916230;VD=3;AF=0.0136;BIAS=2:0;REFBIAS=109:106;VARBIAS=0:3;PMEAN=49.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.24654;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=3;HICOV=210;LSEQ=CTTAACGGTTAGTATATGCG;RSEQ=TGTTTTTTTTTTTTTAACTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:221:3:215,3:0.0136:109,106:0,3 chr14 96916232 . G GT 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=218;END=96916232;VD=129;AF=0.5917;BIAS=2:2;REFBIAS=36:23;VARBIAS=60:69;PMEAN=49.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.08358;ODDRATIO=1.79438;MQ=60.3;SN=63.5;HIAF=0.6256;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=127;HICOV=203;LSEQ=TAACGGTTAGTATATGCGGT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTAACTATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:218:129:59,129:0.5917:36,23:60,69 chr14 96916476 . G A 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=96916476;VD=19;AF=0.413;BIAS=1:1;REFBIAS=0:27;VARBIAS=0:19;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.4130;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=19;HICOV=46;LSEQ=TCAGAAAATGTATTTGGGCC;RSEQ=GGCGCGGTGATTCACGCCTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:46:19:27,19:0.413:0,27:0,19 chr14 96916570 . C A 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=96916570;VD=13;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:13;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=13;HICOV=13;LSEQ=TTGAGACCAGCGTGACCAAC;RSEQ=GGGTGAAACCCTGTCTCTAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:13:13:0,13:1:0,0:0,13 chr14 96918215 . C T 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=96918215;VD=25;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:25;PMEAN=47.9;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=23;HICOV=23;LSEQ=AAACATTAGATAATAATGTA;RSEQ=GCAAATTGCACATGATAGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:25:25:0,25:1:0,0:0,25 chr14 96918304 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=96918304;VD=2;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:2;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=ATAGGTAAAAATATCAACTG;RSEQ=CTTACTGGCTGGCTTGTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:2:2,2:0.5:0,2:0,2 chr14 96922752 . C G 331 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=625;END=96922752;VD=625;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=297:328;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=610;HICOV=610;LSEQ=ATTGCTAAAGAATTGGCCAA;RSEQ=TACTACAAACTGCATCACAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:625:625:0,625:1:0,0:297,328 chr14 96924629 . TA T 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=341;END=96924630;VD=12;AF=0.0352;BIAS=2:2;REFBIAS=83:244;VARBIAS=1:11;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.30684;ODDRATIO=3.73186;MQ=60;SN=24;HIAF=0.0356;ADJAF=0.0059;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=12;HICOV=337;LSEQ=TCTGGTTATAAAAGACTGTT;RSEQ=AAAAAAAAAGACTGAACTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:341:12:327,12:0.0352:83,244:1,11 chr14 96937524 . T C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=96937524;VD=7;AF=0.4667;BIAS=0:0;REFBIAS=8:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=7;HICOV=14;LSEQ=ACAAAACGTTTAAAAATCAG;RSEQ=GGGGCATGGTGGCAAGCGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:15:7:8,7:0.4667:8,0:7,0 chr14 96938088 . CT C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=206;END=96938089;VD=3;AF=0.0146;BIAS=1:0;REFBIAS=1:201;VARBIAS=0:3;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=186;LSEQ=GCTCACCTTTCTTTACGTAG;RSEQ=TTTTTTTTTCTTTTTTTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:206:3:202,3:0.0146:1,201:0,3 chr14 96938099 . CT C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=191;END=96938100;VD=3;AF=0.0157;BIAS=1:0;REFBIAS=1:186;VARBIAS=0:3;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0169;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=177;LSEQ=TTTACGTAGCTTTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTCCCCCTGGATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:3:187,3:0.0157:1,186:0,3 chr14 96939108 . T C 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=96939108;VD=91;AF=0.4619;BIAS=2:2;REFBIAS=50:55;VARBIAS=40:51;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.66712;ODDRATIO=1.15821;MQ=60;SN=90;HIAF=0.4639;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=90;HICOV=194;LSEQ=ACCTGGTAAGTTTATTTCCC;RSEQ=AAGATCACATTTAAAAGAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:91:105,91:0.4619:50,55:40,51 chr14 96944878 . G A 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=523;END=96944878;VD=262;AF=0.501;BIAS=2:2;REFBIAS=135:124;VARBIAS=135:127;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.93019;ODDRATIO=1.02416;MQ=60;SN=13.556;HIAF=0.4919;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=244;HICOV=496;LSEQ=CTTCCTGAGAGCATCGTGGC;RSEQ=GGGACCCACTACAGCCAAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:523:262:259,262:0.501:135,124:135,127 chr14 96945150 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=96945150;VD=2;AF=0.0103;BIAS=1:0;REFBIAS=1:192;VARBIAS=0:2;PMEAN=51.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=192;LSEQ=GAAATACACAGGGCACTCCT;RSEQ=CTGGGGAGTCATTCTATGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:195:2:193,2:0.0103:1,192:0,2 chr14 96949746 . AG A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=133;END=96949747;VD=2;AF=0.015;BIAS=1:0;REFBIAS=1:105;VARBIAS=0:2;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0194;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=103;LSEQ=ATATCCATGGTCTTTTGCTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTCTTTTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:133:2:106,2:0.015:1,105:0,2 chr14 96949747 . GT G 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=133;END=96949748;VD=44;AF=0.3308;BIAS=1:1;REFBIAS=1:84;VARBIAS=0:44;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=88;HIAF=0.3492;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=44;HICOV=126;LSEQ=TATCCATGGTCTTTTGCTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTCTTTTTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:133:44:85,44:0.3308:1,84:0,44 chr14 96953083 . T G 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=96953083;VD=4;AF=0.0272;BIAS=1:0;REFBIAS=142:1;VARBIAS=4:0;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0238;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=3;HICOV=126;LSEQ=GCTAAGTTGTTGTAACACCA;RSEQ=TTATGTCTTTTCTCTGCTGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:4:143,4:0.0272:142,1:4,0 chr14 96953412 . A T 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=311;END=96953412;VD=163;AF=0.5241;BIAS=2:2;REFBIAS=46:102;VARBIAS=42:121;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.31543;ODDRATIO=1.29814;MQ=60;SN=162;HIAF=0.5243;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=162;HICOV=309;LSEQ=TGGTAACATATTTAATTTTT;RSEQ=AAAAAAGATCAATTTGAGTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:311:163:148,163:0.5241:46,102:42,121 chr14 96953484 . A G 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=201;END=96953484;VD=103;AF=0.5124;BIAS=2:2;REFBIAS=12:84;VARBIAS=12:91;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.08289;MQ=59.9;SN=102;HIAF=0.5231;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=102;HICOV=195;LSEQ=CACTTTGGGAGGCCAAGGTC;RSEQ=GGGGATCACTTGTGGTCAGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:201:103:96,103:0.5124:12,84:12,91 chr14 96955191 . A G 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=517;END=96955191;VD=232;AF=0.4487;BIAS=2:2;REFBIAS=126:151;VARBIAS=84:148;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=0.03775;ODDRATIO=1.46906;MQ=59.9;SN=8.28;HIAF=0.4481;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=207;HICOV=462;LSEQ=TTTTTTTTTTAAATGAAGCA;RSEQ=TGGTTAGGGAAAGGTTGCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:517:232:277,232:0.4487:126,151:84,148 chr14 96955462 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=436;END=96955462;VD=5;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=98:332;VARBIAS=3:2;PMEAN=23.8;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.08444;ODDRATIO=5.05714574694043;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=3;HICOV=418;LSEQ=TAATGGCATATGTATTTTAT;RSEQ=TCTTTAAATAATGTAACCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:436:5:430,5:0.0115:98,332:3,2 chr14 96955572 . A G 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=96955572;VD=82;AF=0.494;BIAS=1:1;REFBIAS=3:79;VARBIAS=2:80;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.51516;MQ=60;SN=40;HIAF=0.5031;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=80;HICOV=159;LSEQ=AAAGTGTATAATTCAGTGGC;RSEQ=CTAAGTTCATTCACAATGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:82:82,82:0.494:3,79:2,80 chr14 104394440 . A G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=104394440;VD=4;AF=0.3636;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=TGTAGGGTCCCGGTCCGCTC;RSEQ=AAGCGCACAAACCTCCGAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:4:6,4:0.3636:6,0:4,0 chr14 104394835 . T C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=331;END=104394835;VD=329;AF=0.994;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=209:120;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.316;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=310;HICOV=310;LSEQ=AGTTGGGGGATGCCGACGCC;RSEQ=GGGCCTTGAGGATGCTGCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:331:329:0,329:0.994:0,0:209,120 chr14 104429302 . A AGT 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=112;END=104429302;VD=81;AF=0.7232;BIAS=1:2;REFBIAS=28:0;VARBIAS=76:4;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.57073;ODDRATIO=0;MQ=60.3;SN=162;HIAF=0.7364;ADJAF=0.0714;SHIFT3=28;MSI=15;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=81;HICOV=110;LSEQ=AAAATGTATTTTTGTATTTG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:112:81:28,81:0.7232:28,0:76,4 chr14 104429390 . T G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=104429390;VD=2;AF=0.011;BIAS=2:0;REFBIAS=111:68;VARBIAS=2:0;PMEAN=13;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.5283;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=171;LSEQ=CCAGATAAGAAATGGCATTG;RSEQ=ATTTGTTTGTTTTGCCTTAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:2:179,2:0.011:111,68:2,0 chr14 104429453 . A G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=255;END=104429453;VD=255;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=132:123;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.429;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=248;HICOV=248;LSEQ=GCTAAATTAAGCAGTGTGAC;RSEQ=TGCATCCCAGGGACAACTTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:255:255:0,255:1:0,0:132,123 chr14 104432911 . CT C 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=205;END=104432912;VD=104;AF=0.5073;BIAS=1:1;REFBIAS=98:1;VARBIAS=104:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.48768;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=208;HIAF=0.5306;ADJAF=0.0439;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=104;HICOV=196;LSEQ=TAATTGACTTGAGAATGTCA;RSEQ=TTTAATTTGGAGCCTGTGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:205:104:99,104:0.5073:98,1:104,0 chr14 104452385 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=88;END=104452385;VD=2;AF=0.0227;BIAS=1:0;REFBIAS=86:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0230;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=87;LSEQ=GTCCACTGTCCTGAGCAGTA;RSEQ=TTGGCACACAGCACGTGTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:88:2:86,2:0.0227:86,0:2,0 chr14 104452738 . T A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=104452738;VD=2;AF=0.0105;BIAS=2:0;REFBIAS=18:170;VARBIAS=0:2;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=187;LSEQ=TTTGGAAACGTTTTAGTGTT;RSEQ=TTATAAGAAGGTATAACTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:2:188,2:0.0105:18,170:0,2 chr14 104457738 . C CT 70 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=165;END=104457738;VD=4;AF=0.0242;BIAS=1:0;REFBIAS=1:150;VARBIAS=0:4;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=8;HIAF=0.0278;ADJAF=0.0061;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=4;HICOV=144;LSEQ=TTATTGTAACCCTTGCATTT;RSEQ=TTTTTTTTTTCCTTTTCCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:4:151,4:0.0242:1,150:0,4 chr14 104461303 . G GA 104 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=12;END=104461303;VD=7;AF=0.5833;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:7;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=37.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.7000;ADJAF=0.0833;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=7;HICOV=10;LSEQ=CTCAAAACAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAATCACATTTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:7:3,7:0.5833:0,3:0,7 chr14 104462331 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=104462331;VD=2;AF=0.0145;BIAS=1:0;REFBIAS=1:135;VARBIAS=0:2;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=ACCACCACCTCCTCTGAGTG;RSEQ=ACCTGTTTCATCCTTTAGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:2:136,2:0.0145:1,135:0,2 chr14 104464755 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=104464755;VD=2;AF=0.0312;BIAS=1:0;REFBIAS=62:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0312;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=64;LSEQ=TTATGCATTCTTTACACCTA;RSEQ=AGACTCCCTGTACTCAGCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:64:2:62,2:0.0312:62,0:2,0 chr14 104464800 . C T 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=86;END=104464800;VD=47;AF=0.5465;BIAS=1:1;REFBIAS=37:0;VARBIAS=47:0;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=94;HIAF=0.5595;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=47;HICOV=84;LSEQ=GGATGGGACCAGCAACTCCC;RSEQ=ATCCTGGGCGGGAGTGGTCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:86:47:37,47:0.5465:37,0:47,0 chr14 104465037 . T C 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=319;END=104465037;VD=314;AF=0.9843;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=138:176;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.889;HIAF=0.9871;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=305;HICOV=309;LSEQ=AGTCTGCGATTGAGTTGGGC;RSEQ=TCTAAAACCAGCTGTAATCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:319:314:0,314:0.9843:0,0:138,176 chr14 104465177 . T A 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=111;END=104465177;VD=43;AF=0.3874;BIAS=1:1;REFBIAS=0:68;VARBIAS=0:43;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=0.3874;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=43;HICOV=111;LSEQ=TCTTGCTCTGTCGCCCAGGC;RSEQ=GGAAGGCAGTGGCGCGATCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:111:43:68,43:0.3874:0,68:0,43 chr14 104470624 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=104470624;VD=3;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=135:106;VARBIAS=1:2;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.58542;ODDRATIO=2.53758;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=234;LSEQ=TGTTACCGGCTGGTACACAA;RSEQ=GATTTCTGGGACAACTCCAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:3:241,3:0.0122:135,106:1,2 chr14 104470698 . GTTTA G 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=181;END=104470702;VD=100;AF=0.5525;BIAS=2:2;REFBIAS=37:40;VARBIAS=32:68;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.04293;ODDRATIO=1.95796;MQ=60;SN=200;HIAF=0.5650;ADJAF=0.1105;SHIFT3=33;MSI=9;MSILEN=4;NM=1.0;HICNT=100;HICOV=177;LSEQ=TCACTTTGGTCATTGTCAAA;RSEQ=TTTATTTATTTATTTATTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:181:100:77,100:0.5525:37,40:32,68 chr14 104470755 . T G 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=104470755;VD=4;AF=0.0333;BIAS=2:0;REFBIAS=14:102;VARBIAS=0:4;PMEAN=20.2;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0280;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=107;LSEQ=TGAGACGGAGTCTTGCACTG;RSEQ=TGTCTGGACTGGAGTGCACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:4:116,4:0.0333:14,102:0,4 chr14 104470763 . A G 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=104470763;VD=118;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:110;PMEAN=31.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=116;HICOV=116;LSEQ=AGTCTTGCACTGTTGTCTGG;RSEQ=CTGGAGTGCACTGGCATGAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:118:118:0,118:1:0,0:8,110 chr14 104471459 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=104471459;VD=2;AF=0.0127;BIAS=1:0;REFBIAS=154:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=145;LSEQ=TCTTTCTTCTTCTCTCTCCC;RSEQ=TCTCTTCTCTCCCTCCCTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:2:156,2:0.0127:154,2:2,0 chr14 104473635 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=104473635;VD=2;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=50:145;VARBIAS=1:1;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.45172;ODDRATIO=2.88134616492825;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=197;LSEQ=ATAGCGTGTGAATCATGACG;RSEQ=TGCCACCTGCGGCTGGAGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:2:195,2:0.0102:50,145:1,1 chr14 104474442 . G T 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=104474442;VD=14;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=13:1;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=13;HICOV=13;LSEQ=CTTTTAAAGGCTCAGCTGTA;RSEQ=TATTTTTCTTGTTGGTATAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:14:0,14:1:0,0:13,1 chr14 104480857 . A G 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=104480857;VD=35;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=35:0;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=33;HICOV=33;LSEQ=CAAACTCCTGAGTTCAAGTG;RSEQ=TCTCCCAACCTTGGCCTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:35:35:0,35:1:0,0:35,0 chr14 104481016 . G A 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=104481016;VD=127;AF=0.9922;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=105:22;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=254;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.5;HICNT=127;HICOV=127;LSEQ=AGTGTTTTCACTGCTCTGAT;RSEQ=ACATATGTACCTTTGAGACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:128:127:0,127:0.9922:0,0:105,22 chr14 104481216 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=104481216;VD=3;AF=0.0151;BIAS=2:2;REFBIAS=67:129;VARBIAS=1:2;PMEAN=45.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03856;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=190;LSEQ=GGATATTTTTTTTCCTGATT;RSEQ=TTTCTGCTTACAAGGTCTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:3:196,3:0.0151:67,129:1,2 chr14 104482637 . G A 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=104482637;VD=103;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:102;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=101;HICOV=101;LSEQ=TGCCTCCTTTTACAGACCTG;RSEQ=CCTTATAAGGAAGCCTTGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:103:103:0,103:1:0,0:1,102 chr14 104484305 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=135;END=104484305;VD=3;AF=0.0222;BIAS=1:0;REFBIAS=132:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=CTGTAGAGTTTATATATTAT;RSEQ=GTTAAAGATAGTAAACTATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:135:3:132,3:0.0222:132,0:3,0 chr14 104484346 . G A 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=104484346;VD=76;AF=0.4199;BIAS=1:1;REFBIAS=104:1;VARBIAS=76:0;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75;HIAF=0.4261;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=75;HICOV=176;LSEQ=TTTTTAGAAACTAAAACAGT;RSEQ=TGCAGCAGCTTTGAGCTTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:76:105,76:0.4199:104,1:76,0 chr14 104484646 . T C 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=104484646;VD=84;AF=0.4693;BIAS=1:1;REFBIAS=0:95;VARBIAS=1:83;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.46927;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=168;HIAF=0.4719;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.1;HICNT=84;HICOV=178;LSEQ=TGGGTCCTCCTATGGGCTGC;RSEQ=GCAATTGGCTTTCAGAATGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:84:95,84:0.4693:0,95:1,83 chr14 104484844 . T C 149 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=104484844;VD=21;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:21;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=TTCACTTTCACGCACTGGTC;RSEQ=GAGATTTTCTCAGTGAGTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:21:0,21:1:0,0:0,21 chr14 104484895 . G A 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=104484895;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:8;PMEAN=23.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=TTATTTTGTGGGCCATGAAG;RSEQ=TGATCCAAAATAGAGTGTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:0,8 chr14 104489066 . AAAAT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=4;END=104489070;VD=3;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:3;PMEAN=51.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=31;MSI=8;MSILEN=4;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=4;LSEQ=AGAACAAGACGCTGTCTTAA;RSEQ=AAATAAATAAATAAATAAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:3:1,3:0.75:0,1:0,3 chr14 104491086 . TACAC T 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=156;END=104491090;VD=66;AF=0.4231;BIAS=2:1;REFBIAS=17:18;VARBIAS=1:65;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=58.54385;MQ=60;SN=132;HIAF=0.4314;ADJAF=0.0513;SHIFT3=37;MSI=20;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=66;HICOV=153;LSEQ=CATGTTGTATACAGGAAGTT;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:66:35,66:0.4231:17,18:1,65 chr14 104491549 . T C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=104491549;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=GGCTGGTCTCGAACTCCTAA;RSEQ=CTCTAGTGATCTGCCCACCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr14 104492641 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=104492641;VD=2;AF=0.0202;BIAS=2:0;REFBIAS=10:87;VARBIAS=0:2;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0222;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=90;LSEQ=CAAATTTGGTTTCTGCTCTT;RSEQ=CAAAAATACATGAAAGGATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:2:97,2:0.0202:10,87:0,2 chr14 104493629 . C T 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=104493629;VD=18;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:18;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.7;HICNT=18;HICOV=18;LSEQ=ACTCCTGGGCTTAAGGGATC;RSEQ=TCCTGCCTCAGCCTCCCAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:18:18:0,18:1:0,0:0,18 chr14 104497805 . G TT 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=91;END=104497805;VD=5;AF=0.0549;BIAS=1:0;REFBIAS=1:81;VARBIAS=0:5;PMEAN=46.2;PSTD=1;QUAL=24;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0658;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=2.4;HICNT=5;HICOV=76;LSEQ=TTAGAGAGAAGCTTTGACTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:5:82,5:0.0549:1,81:0,5 chr14 104497843 . G A 192 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=104497843;VD=45;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:45;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.1;HICNT=43;HICOV=43;LSEQ=TTTTTTTAAACCCTCCTGAC;RSEQ=TGTGCTTTTTTTGTCGGACT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:45:45:0,45:1:0,0:0,45 chr14 104498120 . GG C 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=86;END=104498121;VD=86;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=85:1;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=172;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1279;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=86;HICOV=86;LSEQ=TTCCTTTTTTGTTGTCCAAA;RSEQ=CTTTCTTAACCATATATATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:86:86:0,86:1:0,0:85,1 chr14 104498250 . CT C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=176;END=104498251;VD=6;AF=0.0341;BIAS=2:0;REFBIAS=157:11;VARBIAS=6:0;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0349;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=6;HICOV=172;LSEQ=AGACATTATGAATGAGATGT;RSEQ=TTTTTTTTTCCTTTAAAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:6:168,6:0.0341:157,11:6,0 chr14 104498472 . G A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=283;END=104498472;VD=281;AF=0.9929;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=79:202;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34.125;HIAF=0.9927;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=273;HICOV=275;LSEQ=TTTTTTTTCTCTGCTTTTCT;RSEQ=TTTATAGATCTCATCAGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:283:281:0,281:0.9929:0,0:79,202 chr14 104498530 . ATCTTT A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=169;END=104498535;VD=3;AF=0.0178;BIAS=1:0;REFBIAS=0:166;VARBIAS=0:3;PMEAN=14.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0180;ADJAF=0.0118;SHIFT3=21;MSI=5;MSILEN=5;NM=3.7;HICNT=3;HICOV=167;LSEQ=CTAAACTGTTGGAATGTGTT;RSEQ=TCTTTTCTTTTCTTTTCTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:3:166,3:0.0178:0,166:0,3 chr14 104498584 . T C 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=104498584;VD=96;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:96;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=192;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=96;HICOV=96;LSEQ=GACAGAGTCTCATTCTGTCA;RSEQ=TCAGGCTGGAGTGCAGTGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:96:96:0,96:1:0,0:0,96 chr14 104498637 . A G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=104498637;VD=65;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:65;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=62;HICOV=62;LSEQ=CACTGCAACCTCCGCCTCCC;RSEQ=GATTCAAGCAATTCTCCTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:65:65:0,65:1:0,0:0,65 chr14 104500290 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=104500290;VD=3;AF=0.01;BIAS=2:2;REFBIAS=200:96;VARBIAS=2:1;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04151;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=277;LSEQ=CCATCTCCTGGTGCTCCTGC;RSEQ=TTTTAGGTGTGTTTGGATTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:299:3:296,3:0.01:200,96:2,1 chr14 104500427 . A G 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=287;END=104500427;VD=282;AF=0.9826;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=80:202;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.2;HIAF=0.9927;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=272;HICOV=274;LSEQ=GTAATTTAAAGATCCTGTTT;RSEQ=TTCCTTGTCCTCTCTTTTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:287:282:0,282:0.9826:0,0:80,202 chr14 104500484 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=104500484;VD=3;AF=0.0169;BIAS=2:0;REFBIAS=26:148;VARBIAS=0:3;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=GCTACTAGGAACAACTTATC;RSEQ=TATAATTGGTGAACAAGTCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:3:174,3:0.0169:26,148:0,3 chr14 104500528 . TTC T 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=72;END=104500530;VD=48;AF=0.6667;BIAS=2:1;REFBIAS=1:6;VARBIAS=1:47;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.2404;ODDRATIO=7.32983;MQ=57.5;SN=96;HIAF=0.9231;ADJAF=0.3611;SHIFT3=1;MSI=23;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=48;HICOV=52;LSEQ=CTATGTACTATTCTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGAGAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:72:48:7,48:0.6667:1,6:1,47 chr14 104500773 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=104500773;VD=3;AF=0.375;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:3;PMEAN=22.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.3750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=8;LSEQ=TCCTGACCTCGTGATCCACC;RSEQ=GCCTTGGCCTCCCAAAGTAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:3:5,3:0.375:0,5:0,3 chr14 104501551 . AT A 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=124;END=104501552;VD=52;AF=0.4194;BIAS=1:1;REFBIAS=0:72;VARBIAS=0:52;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.4194;ADJAF=0.0484;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=52;HICOV=124;LSEQ=GCCTGTATTGTTATTGATTT;RSEQ=TTATGCTTGGGCTGATTTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:52:72,52:0.4194:0,72:0,52 chr14 104506888 . C T 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=104506888;VD=149;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:149;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=145;HICOV=145;LSEQ=TTCCTGTGAAAAGTAACTTC;RSEQ=TGATGGTGCTCTCTGAGTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:149:149:0,149:1:0,0:0,149 chr14 104507049 . T C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=104507049;VD=8;AF=0.4444;BIAS=0:0;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:8;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.4706;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=8;HICOV=17;LSEQ=GAAAGGAGGACACAAGGTCC;RSEQ=GCCCCTCTGCCCTTCTCCCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:18:8:10,8:0.4444:0,10:0,8 chr14 104508716 . CTG C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=118;END=104508718;VD=2;AF=0.0169;BIAS=1:0;REFBIAS=0:114;VARBIAS=0:2;PMEAN=49.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=TGGAGAGCAGCACCCTTGTC;RSEQ=TGTGTGTGTGTCCCTTGAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:118:2:114,2:0.0169:0,114:0,2 chr14 104515927 . CT C 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=272;END=104515928;VD=13;AF=0.0478;BIAS=2:2;REFBIAS=185:73;VARBIAS=7:6;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.21006;ODDRATIO=2.16528;MQ=60;SN=26;HIAF=0.0487;ADJAF=0.0074;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=13;HICOV=267;LSEQ=ATATATAATTAAGATAATTT;RSEQ=TTTTTTTTTAAATTAGTTTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:272:13:258,13:0.0478:185,73:7,6 chr14 104515938 . A T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=282;END=104515938;VD=4;AF=0.0142;BIAS=2:2;REFBIAS=196:81;VARBIAS=3:1;PMEAN=49.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.23886569457005;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=274;LSEQ=AGATAATTTCTTTTTTTTTT;RSEQ=AATTAGTTTGTTCTGTCAGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:282:4:277,4:0.0142:196,81:3,1 chr14 104516262 . T C 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=104516262;VD=109;AF=0.9909;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:108;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=108;HIAF=0.9908;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=108;HICOV=109;LSEQ=GATAACTCACTGCCTGTGAG;RSEQ=TGGGAAAAAAAGGTATGAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:110:109:0,109:0.9909:0,0:1,108 chr14 104518024 . C G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=104518024;VD=20;AF=0.9524;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=20:0;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=19;HICOV=19;LSEQ=TTTTGTGGTTTTGATTTGCA;RSEQ=TTCTCTGATGATTACTGATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:20:0,20:0.9524:0,0:20,0 chr14 104518287 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=104518287;VD=2;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=133:48;VARBIAS=1:1;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.4649;ODDRATIO=2.75271;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=177;LSEQ=TGGAAAAGCCCTGTCACAGA;RSEQ=CCTGACTGGTCCGCTTGTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:2:181,2:0.0109:133,48:1,1 chr14 104518453 . A G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=104518453;VD=190;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=75:115;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=187;HICOV=187;LSEQ=TGGCCTCCAGCACACCCCTC;RSEQ=GGAAGCTGTGGAGGCTGGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:190:190:0,190:1:0,0:75,115 chr14 104518480 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=104518480;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=45:126;VARBIAS=1:1;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.46223;ODDRATIO=2.78040371461936;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=TGTGGAGGCTGGATTCCAGG;RSEQ=TCCCTCCGCAGACTGACTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:2:171,2:0.0116:45,126:1,1 chr14 105414644 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=98;END=105414644;VD=2;AF=0.0204;BIAS=2:0;REFBIAS=89:7;VARBIAS=2:0;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0208;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=96;LSEQ=CTCTGGGAGTTTCACATCCA;RSEQ=TTGGCCAGCCTGGACCTCCA;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:2:96,2:0.0204:89,7:2,0 chr14 105414993 . T C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=98;END=105414993;VD=2;AF=0.0204;BIAS=2:2;REFBIAS=13:83;VARBIAS=1:1;PMEAN=11;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.26657;ODDRATIO=6.18926780961812;MQ=32;SN=4;HIAF=0.0206;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=97;LSEQ=ACTTCCACCTTGGGGTCTTT;RSEQ=AGGTCCAGCTTGGGGCCCTT;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:2:96,2:0.0204:13,83:1,1 chr15 22867122 . A AAAG 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=544;END=22867122;VD=206;AF=0.3787;BIAS=2:2;REFBIAS=138:142;VARBIAS=108:98;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=0.52106;ODDRATIO=1.13368401959006;MQ=60;SN=40.2;HIAF=0.3785;ADJAF=0.0754;SHIFT3=3;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=201;HICOV=531;LSEQ=GGGGATCTGGAAAAAAAAAA;RSEQ=AAGTTGGTGGTTGTTGATCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:544:206:280,206:0.3787:138,142:108,98 chr15 23930537 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=394;END=23930537;VD=5;AF=0.0127;BIAS=2:2;REFBIAS=313:76;VARBIAS=3:2;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.25802;ODDRATIO=2.73673;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0081;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=371;LSEQ=GATAAAATGTAGAAACTTAA;RSEQ=GGAAGGAAATTATTTTTGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:394:5:389,5:0.0127:313,76:3,2 chr15 23932467 . G A 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=412;END=23932467;VD=400;AF=0.9709;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=195:205;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.111;HIAF=0.9945;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=364;HICOV=366;LSEQ=AAGTGCGCGTTGCTGCGCGC;RSEQ=GCGCCTTCCGCAGCGACGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:412:400:0,400:0.9709:0,0:195,205 chr15 24409977 . C T 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=760;END=24409977;VD=392;AF=0.5158;BIAS=2:2;REFBIAS=223:144;VARBIAS=236:156;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.88217;ODDRATIO=1.02363;MQ=60;SN=64.333;HIAF=0.5230;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=386;HICOV=738;LSEQ=AACTTCAGATCTTTCCTTGG;RSEQ=GCACATAACCAGGTAGGCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:760:392:367,392:0.5158:223,144:236,156 chr15 24410673 . A T 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=24410673;VD=201;AF=0.9853;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=2:199;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.125;HIAF=0.9897;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=193;HICOV=195;LSEQ=CAGAATAAATCTTTACTCCC;RSEQ=TTTCCTGGGACAGTTCTAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:204:201:1,201:0.9853:0,1:2,199 chr15 24410761 . A G 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=24410761;VD=90;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:90;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=89;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=89;HICOV=89;LSEQ=CAGGAAGGGTATGGACTACT;RSEQ=TTACCCTTTTGGTAGTCACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:90:90:0,90:1:0,0:0,90 chr15 24411903 . G A 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=24411903;VD=28;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=28:0;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.6;SN=27;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=27;HICOV=27;LSEQ=CTGTCATTAAAAATAATAAT;RSEQ=ATAATTGTTGGGTCTTTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:28:28:0,28:1:0,0:28,0 chr15 24411931 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=39;END=24411931;VD=2;AF=0.0513;BIAS=1:0;REFBIAS=37:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=50;SN=4;HIAF=0.0541;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=37;LSEQ=TTGGGTCTTTTCTTCAATTG;RSEQ=AATGCAGAAGAAAACATCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:39:2:37,2:0.0513:37,0:2,0 chr15 24412040 . G A 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=156;END=24412040;VD=9;AF=0.0577;BIAS=1:0;REFBIAS=146:1;VARBIAS=9:0;PMEAN=18.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=19.1;SN=18;HIAF=0.0600;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=9;HICOV=150;LSEQ=ACCACTGGGTGAATATCCAA;RSEQ=ACTATTTTATTAACGGTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:9:147,9:0.0577:146,1:9,0 chr15 24412057 . T C 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=24412057;VD=14;AF=0.0778;BIAS=1:1;REFBIAS=165:1;VARBIAS=14:0;PMEAN=23.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=19.4;SN=28;HIAF=0.0824;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=14;HICOV=170;LSEQ=CAAGACTATTTTATTAACGG;RSEQ=TCTCAGGTCTTGGGCAAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:14:166,14:0.0778:165,1:14,0 chr15 24412204 . C A 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=444;END=24412204;VD=51;AF=0.1149;BIAS=2:2;REFBIAS=262:131;VARBIAS=36:15;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.6369;ODDRATIO=1.19947223221782;MQ=28.6;SN=50;HIAF=0.1147;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=50;HICOV=436;LSEQ=TTCCTTCTAAGGCTTCCTTT;RSEQ=TTAATGTATACTGATTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:444:51:393,51:0.1149:262,131:36,15 chr15 24412218 . AT A 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=493;END=24412219;VD=60;AF=0.1217;BIAS=2:2;REFBIAS=283:148;VARBIAS=39:21;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02959;MQ=29.4;SN=120;HIAF=0.1237;ADJAF=0.0223;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=60;HICOV=485;LSEQ=TCCTTTCTTAATGTATACTG;RSEQ=TTTTTTATTCGCCTCCTCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:493:60:431,60:0.1217:283,148:39,21 chr15 24412292 . A G 336 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=621;END=24412292;VD=620;AF=0.9984;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=401:219;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=55.9;SN=76.5;HIAF=0.9984;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=612;HICOV=613;LSEQ=TTTCTATATGCACTCACTGT;RSEQ=TATTTCTTGTTTTTCCTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:621:620:0,620:0.9984:0,0:401,219 chr15 24412456 . T G 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=866;END=24412456;VD=41;AF=0.0473;BIAS=2:2;REFBIAS=463:361;VARBIAS=27:14;PMEAN=14.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.25982;ODDRATIO=1.50301354215201;MQ=29.3;SN=82;HIAF=0.0478;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.1;HICNT=41;HICOV=858;LSEQ=CATAGTTGTTTCTCTGGGGA;RSEQ=AAATTACTTGAGTATTTAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:866:41:824,41:0.0473:463,361:27,14 chr15 24412486 . G A 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=965;END=24412486;VD=150;AF=0.1554;BIAS=2:2;REFBIAS=470:343;VARBIAS=125:25;PMEAN=26.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=3.64431486880467;MQ=25.2;SN=149;HIAF=0.1604;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=149;HICOV=929;LSEQ=GAGTATTTAATTTGCATAAT;RSEQ=GGTCTTTTCCCAGCAAGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:965:150:813,150:0.1554:470,343:125,25 chr15 24412486 . G A 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=965;END=24412486;VD=150;AF=0.1554;BIAS=2:2;REFBIAS=470:343;VARBIAS=125:25;PMEAN=26.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=3.64431486880467;MQ=25.2;SN=149;HIAF=0.1604;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=149;HICOV=929;LSEQ=GAGTATTTAATTTGCATAAT;RSEQ=GGTCTTTTCCCAGCAAGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:965:150:813,150:0.1554:470,343:125,25 chr15 24412519 . TA GG 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=1214;END=24412520;VD=243;AF=0.2002;BIAS=2:2;REFBIAS=568:396;VARBIAS=166:77;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.00806;ODDRATIO=1.50251671549846;MQ=33;SN=120.5;HIAF=0.2025;ADJAF=0.0964;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=241;HICOV=1190;LSEQ=GCAAGGGAATTGGGCATTCT;RSEQ=CATATAGAAATAGCAGTGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1214:243:964,243:0.2002:568,396:166,77 chr15 24412536 . G A 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1201;END=24412536;VD=101;AF=0.0841;BIAS=2:2;REFBIAS=586:514;VARBIAS=95:6;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=13.8715494520738;MQ=31.6;SN=49.5;HIAF=0.0840;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=99;HICOV=1179;LSEQ=TCTTACATATAGAAATAGCA;RSEQ=TGCCTTAGGTCCAAACTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1201:101:1100,101:0.0841:586,514:95,6 chr15 24412565 . A G 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1370;END=24412565;VD=42;AF=0.0307;BIAS=2:2;REFBIAS=704:623;VARBIAS=33:9;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.00137;ODDRATIO=3.2421216444041;MQ=37.6;SN=84;HIAF=0.0310;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=42;HICOV=1353;LSEQ=GTCCAAACTTTCTAGTTTGC;RSEQ=TTCTAAAGGTTGTAGGAAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1370:42:1327,42:0.0307:704,623:33,9 chr15 24412660 . A AG 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=1511;END=24412660;VD=49;AF=0.0324;BIAS=2:2;REFBIAS=768:693;VARBIAS=20:29;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.11166;ODDRATIO=1.60641;MQ=44.5;SN=98;HIAF=0.0331;ADJAF=7e-04;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=49;HICOV=1479;LSEQ=TTTTTGCTCATAAAGTGTTA;RSEQ=AACTGAATAGTTTGCCCAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1511:49:1461,49:0.0324:768,693:20,29 chr15 24412725 . C T 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1651;END=24412725;VD=139;AF=0.0842;BIAS=2:2;REFBIAS=769:741;VARBIAS=64:75;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.28803;ODDRATIO=1.21601;MQ=41.2;SN=138;HIAF=0.0854;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=138;HICOV=1616;LSEQ=TTTCCTCACTGTCAGTTGTA;RSEQ=CCAGGGTTCCTGTGGGGAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1651:139:1510,139:0.0842:769,741:64,75 chr15 24412776 . T C 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1558;END=24412776;VD=73;AF=0.0469;BIAS=2:2;REFBIAS=744:741;VARBIAS=40:33;PMEAN=24.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.47289;ODDRATIO=1.20708802085848;MQ=29;SN=23.333;HIAF=0.0457;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=70;HICOV=1532;LSEQ=CTCTGAGTGATTAAGGAGAG;RSEQ=CCCCAGGCATCACTCTCTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1558:73:1485,73:0.0469:744,741:40,33 chr15 24412791 . C G 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1530;END=24412791;VD=45;AF=0.0294;BIAS=2:2;REFBIAS=745:739;VARBIAS=28:17;PMEAN=18.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.13048;ODDRATIO=1.63326636941219;MQ=25.5;SN=90;HIAF=0.0299;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=4.3;HICNT=45;HICOV=1504;LSEQ=GAGAGTCCCCAGGCATCACT;RSEQ=TCTGTGGTCAGAGCAGTGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1530:45:1484,45:0.0294:745,739:28,17 chr15 24412794 . T C 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1519;END=24412794;VD=41;AF=0.027;BIAS=2:2;REFBIAS=729:743;VARBIAS=27:14;PMEAN=17.3;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.04069;ODDRATIO=1.96475234296717;MQ=25.1;SN=82;HIAF=0.0278;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.3;HICNT=41;HICOV=1476;LSEQ=AGTCCCCAGGCATCACTCTC;RSEQ=GTGGTCAGAGCAGTGACCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1519:41:1472,41:0.027:729,743:27,14 chr15 24412831 . T G 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1328;END=24412831;VD=372;AF=0.2801;BIAS=2:2;REFBIAS=503:449;VARBIAS=160:212;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.00146;ODDRATIO=1.48389;MQ=26.4;SN=52.143;HIAF=0.2834;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=365;HICOV=1288;LSEQ=CCCTGCTCCATGATTTGACT;RSEQ=TGAGCTTTTTCCTCATCATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1328:372:952,372:0.2801:503,449:160,212 chr15 24412834 . A G 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1336;END=24412834;VD=95;AF=0.0711;BIAS=2:2;REFBIAS=648:588;VARBIAS=10:85;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=9.35474;MQ=22.7;SN=46.5;HIAF=0.0718;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=93;HICOV=1295;LSEQ=TGCTCCATGATTTGACTTTG;RSEQ=GCTTTTTCCTCATCATATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1336:95:1236,95:0.0711:648,588:10,85 chr15 24412839 . T C 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1345;END=24412839;VD=47;AF=0.0349;BIAS=2:2;REFBIAS=620:676;VARBIAS=37:10;PMEAN=19.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=4e-05;ODDRATIO=4.03079527590794;MQ=20.6;SN=94;HIAF=0.0357;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=47;HICOV=1316;LSEQ=CATGATTTGACTTTGAGCTT;RSEQ=TTCCTCATCATATTCCTCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1345:47:1296,47:0.0349:620,676:37,10 chr15 24412845 . CA AG 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=1335;END=24412846;VD=285;AF=0.2135;BIAS=2:2;REFBIAS=547:492;VARBIAS=102:183;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=1.99366;MQ=24.2;SN=94;HIAF=0.2164;ADJAF=0.0315;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.3;HICNT=282;HICOV=1303;LSEQ=TTGACTTTGAGCTTTTTCCT;RSEQ=TCATATTCCTCCTTTTTCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1335:285:1039,285:0.2135:547,492:102,183 chr15 24412849 . A G 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1327;END=24412849;VD=66;AF=0.0497;BIAS=2:2;REFBIAS=602:657;VARBIAS=47:19;PMEAN=22.7;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.00021;ODDRATIO=2.69774468544297;MQ=26.5;SN=21;HIAF=0.0488;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.2;HICNT=63;HICOV=1290;LSEQ=CTTTGAGCTTTTTCCTCATC;RSEQ=TATTCCTCCTTTTTCTGGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1327:66:1259,66:0.0497:602,657:47,19 chr15 24412995 . G A 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1365;END=24412995;VD=113;AF=0.0828;BIAS=2:2;REFBIAS=449:800;VARBIAS=21:92;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.00012;ODDRATIO=2.4574;MQ=27.8;SN=13.125;HIAF=0.0787;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=105;HICOV=1334;LSEQ=GGCTTCCTTGTTCATTCCAC;RSEQ=TTTATGGTTGAAACTTCTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1365:113:1249,113:0.0828:449,800:21,92 chr15 24413033 . G A 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1164;END=24413033;VD=321;AF=0.2758;BIAS=2:2;REFBIAS=297:545;VARBIAS=59:262;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=2.41827;MQ=27.2;SN=34.667;HIAF=0.2727;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=312;HICOV=1144;LSEQ=TGTTTCTTTGTCTCTGGAGC;RSEQ=GGGAAGGGGTCATTCCTAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1164:321:842,321:0.2758:297,545:59,262 chr15 24413340 . C T 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=24413340;VD=175;AF=0.9358;BIAS=2:2;REFBIAS=11:1;VARBIAS=89:86;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.00614;ODDRATIO=10.5328;MQ=60;SN=57.333;HIAF=0.9348;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=172;HICOV=184;LSEQ=ATCAGTCATTTTCTGGGGAT;RSEQ=CATTGTATAAAGTGGGGTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:187:175:12,175:0.9358:11,1:89,86 chr15 24413466 . C T 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=329;END=24413466;VD=329;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=306:23;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40.125;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=321;HICOV=321;LSEQ=CCCATGGCCATCCCTGTAAA;RSEQ=GGTAATTCCTTTGCTCCGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:329:329:0,329:1:0,0:306,23 chr15 24413509 . A G 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=540;END=24413509;VD=65;AF=0.1204;BIAS=2:2;REFBIAS=378:94;VARBIAS=50:15;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.5158;ODDRATIO=1.20597;MQ=43;SN=130;HIAF=0.1231;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=65;HICOV=528;LSEQ=TGGCAATTCCTTGCTAAATC;RSEQ=TGTTCCCTGTCAAGCACTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:540:65:472,65:0.1204:378,94:50,15 chr15 24413513 . T A 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=564;END=24413513;VD=75;AF=0.133;BIAS=2:2;REFBIAS=385:103;VARBIAS=56:19;PMEAN=19.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.45142;ODDRATIO=1.26764;MQ=44.4;SN=36.5;HIAF=0.1306;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=73;HICOV=559;LSEQ=AATTCCTTGCTAAATCATGT;RSEQ=CCCTGTCAAGCACTGGAGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:564:75:488,75:0.133:385,103:56,19 chr15 24413520 . C T 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=587;END=24413520;VD=85;AF=0.1448;BIAS=2:2;REFBIAS=388:114;VARBIAS=63:22;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.57811;ODDRATIO=1.18813;MQ=45.8;SN=84;HIAF=0.1441;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=84;HICOV=583;LSEQ=TGCTAAATCATGTTCCCTGT;RSEQ=AAGCACTGGAGGGAGAGGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:587:85:502,85:0.1448:388,114:63,22 chr15 24413558 . A G 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=698;END=24413558;VD=150;AF=0.2149;BIAS=2:2;REFBIAS=394:152;VARBIAS=107:43;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.83794;ODDRATIO=1.04162;MQ=47.7;SN=74;HIAF=0.2173;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=148;HICOV=681;LSEQ=GCCGTCTCTGTTCTCTCATT;RSEQ=TACTGAGGCGGCAGAGTAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:698:150:546,150:0.2149:394,152:107,43 chr15 24413664 . TG CA 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=975;END=24413665;VD=233;AF=0.239;BIAS=2:2;REFBIAS=425:302;VARBIAS=107:126;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.00086;ODDRATIO=1.65624;MQ=38.8;SN=232;HIAF=0.2541;ADJAF=0.0174;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=232;HICOV=913;LSEQ=GTGCTAAGGGCCCCGTATGG;RSEQ=GTACTGCAGTGGGAGCTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:975:233:727,233:0.239:425,302:107,126 chr15 24413670 . T C 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=956;END=24413670;VD=224;AF=0.2343;BIAS=2:2;REFBIAS=430:301;VARBIAS=100:124;PMEAN=45.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.00022;ODDRATIO=1.77039;MQ=37.7;SN=73.667;HIAF=0.2354;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=221;HICOV=939;LSEQ=AGGGCCCCGTATGGTGGTAC;RSEQ=GCAGTGGGAGCTGTTGAGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:956:224:731,224:0.2343:430,301:100,124 chr15 24413848 . T C 360 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1015;END=24413848;VD=1013;AF=0.998;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=506:507;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=51.5;SN=66.533;HIAF=0.9980;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=998;HICOV=1000;LSEQ=TTCCATTCTGTCCTTTGGTA;RSEQ=AGCTAGCAGCTGGCATCTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:1015:1013:0,1013:0.998:0,0:506,507 chr15 24413943 . C A 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=975;END=24413943;VD=473;AF=0.4851;BIAS=2:2;REFBIAS=266:236;VARBIAS=261:212;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.5204;ODDRATIO=1.09217999126256;MQ=60;SN=77.833;HIAF=0.4911;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=467;HICOV=951;LSEQ=GTTTTTCCTAATTTTCCAGA;RSEQ=CTCTGACAAAATGAGTCTAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:975:473:502,473:0.4851:266,236:261,212 chr15 24413994 . AT CG 104 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=1002;END=24413995;VD=16;AF=0.016;BIAS=2:2;REFBIAS=513:473;VARBIAS=8:8;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=26.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.08446;MQ=32.6;SN=1.667;HIAF=0.0102;ADJAF=0.008;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=10;HICOV=982;LSEQ=GGCTAATATTGGTTGCGTCC;RSEQ=TCAGAGGTCAAAATTTATAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1002:16:986,16:0.016:513,473:8,8 chr15 24414015 . A G 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=986;END=24414015;VD=11;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=496:477;VARBIAS=4:7;PMEAN=45.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.37793;ODDRATIO=1.81861;MQ=20.1;SN=22;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.9;HICNT=11;HICOV=973;LSEQ=TTCAGAGGTCAAAATTTATA;RSEQ=CCTAACTTGTCCACAGTCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:986:11:973,11:0.0112:496,477:4,7 chr15 24414520 . C A 88 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=701;END=24414520;VD=10;AF=0.0143;BIAS=2:2;REFBIAS=234:457;VARBIAS=7:3;PMEAN=20.4;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.03699;ODDRATIO=4.54628114202582;MQ=29;SN=1.5;HIAF=0.0091;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=6;HICOV=658;LSEQ=CCAAGTCCATGTTCTGCTGT;RSEQ=CTTAGTACCCTAGTAGATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:701:10:691,10:0.0143:234,457:7,3 chr15 24414538 . T G 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=783;END=24414538;VD=169;AF=0.2158;BIAS=2:2;REFBIAS=190:424;VARBIAS=96:73;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=2.93031706030593;MQ=46.6;SN=83.5;HIAF=0.2172;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=167;HICOV=769;LSEQ=GTCCTTAGTACCCTAGTAGA;RSEQ=GGTAACCGAATGGCAACAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:783:169:614,169:0.2158:190,424:96,73 chr15 24414553 . A G 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=900;END=24414553;VD=205;AF=0.2278;BIAS=2:2;REFBIAS=262:432;VARBIAS=116:89;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=2.14721291763291;MQ=51.5;SN=204;HIAF=0.2302;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=204;HICOV=886;LSEQ=GTAGATGGTAACCGAATGGC;RSEQ=ACAAATTAAATGGTAAATTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:900:205:694,205:0.2278:262,432:116,89 chr15 24414608 . A G 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1108;END=24414608;VD=412;AF=0.3718;BIAS=2:2;REFBIAS=353:339;VARBIAS=193:219;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.19143;ODDRATIO=1.18139;MQ=56.9;SN=57.857;HIAF=0.3705;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=405;HICOV=1093;LSEQ=GCAGAGGGGTTGGAGTCAGG;RSEQ=CTGCCTAAATACTTATCCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1108:412:692,412:0.3718:353,339:193,219 chr15 24414671 . A G 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1055;END=24414671;VD=39;AF=0.037;BIAS=2:2;REFBIAS=556:457;VARBIAS=24:15;PMEAN=27.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.51222;ODDRATIO=1.31476879790689;MQ=11.3;SN=78;HIAF=0.0382;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=39;HICOV=1021;LSEQ=CATAAACAACATTAAGCACC;RSEQ=TAAGCATGGTGGCAAGCCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1055:39:1013,39:0.037:556,457:24,15 chr15 24414704 . T C 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=909;END=24414704;VD=172;AF=0.1892;BIAS=2:2;REFBIAS=427:305;VARBIAS=49:123;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=3.50936;MQ=37.9;SN=33.4;HIAF=0.1902;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=167;HICOV=878;LSEQ=CAAGCCCTTTAGATAACCTA;RSEQ=GGAATTGTTCACATCCTTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:909:172:732,172:0.1892:427,305:49,123 chr15 24414710 . T A 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=894;END=24414710;VD=548;AF=0.613;BIAS=2:2;REFBIAS=208:137;VARBIAS=258:290;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.00015;ODDRATIO=1.70556;MQ=46.5;SN=33.25;HIAF=0.6115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=532;HICOV=870;LSEQ=CTTTAGATAACCTATGGAAT;RSEQ=GTTCACATCCTTCCTTTCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:894:548:345,548:0.613:208,137:258,290 chr15 24414748 . C T 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=819;END=24414748;VD=470;AF=0.5739;BIAS=2:2;REFBIAS=202:145;VARBIAS=207:263;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=7e-05;ODDRATIO=1.76876;MQ=47.1;SN=22.5;HIAF=0.5703;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=450;HICOV=789;LSEQ=CCCCATAAAAACTGGCACAG;RSEQ=TGTGAGAAGTACTCCAGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:819:470:347,470:0.5739:202,145:207,263 chr15 24414935 . G A 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=632;END=24414935;VD=9;AF=0.0142;BIAS=2:0;REFBIAS=254:369;VARBIAS=0:9;PMEAN=9.6;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.01314;ODDRATIO=0;MQ=22.1;SN=18;HIAF=0.0145;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=9;HICOV=621;LSEQ=TGTACCTTTTACAGTTGCAG;RSEQ=TTCAGACTGCACAGTCCCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:632:9:623,9:0.0142:254,369:0,9 chr15 24415022 . T C 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=551;END=24415022;VD=549;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=186:363;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=55.9;SN=48.909;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=538;HICOV=538;LSEQ=CAATTTCAGATGCCCTCCTG;RSEQ=CAATCAGCTGACTCCAAGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:551:549:0,549:0.9964:0,0:186,363 chr15 24811516 . G A 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=24811516;VD=21;AF=0.4375;BIAS=1:1;REFBIAS=27:0;VARBIAS=21:0;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.5;SN=20;HIAF=0.4348;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=20;HICOV=46;LSEQ=ATAGCCTAATAGAAAAAAGG;RSEQ=AAGAAGAGCACAGTACAACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:48:21:27,21:0.4375:27,0:21,0 chr15 24811518 . A G 155 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=24811518;VD=21;AF=0.4286;BIAS=1:1;REFBIAS=28:0;VARBIAS=21:0;PMEAN=46.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.5;SN=42;HIAF=0.4565;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=4.1;HICNT=21;HICOV=46;LSEQ=AGCCTAATAGAAAAAAGGGA;RSEQ=GAAGAGCACAGTACAACATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:49:21:28,21:0.4286:28,0:21,0 chr15 24811524 . G A 166 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=24811524;VD=27;AF=0.4737;BIAS=1:1;REFBIAS=30:0;VARBIAS=27:0;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.1;SN=26;HIAF=0.4727;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=26;HICOV=55;LSEQ=ATAGAAAAAAGGGAAGAAGA;RSEQ=CACAGTACAACATAGCCCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:57:27:30,27:0.4737:30,0:27,0 chr15 24811602 . A G 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=24811602;VD=58;AF=0.4531;BIAS=1:1;REFBIAS=70:0;VARBIAS=58:0;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4516;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=56;HICOV=124;LSEQ=AGTGCTGACTTTGCATCTGT;RSEQ=CTGGTTAAACAAAGATCCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:128:58:70,58:0.4531:70,0:58,0 chr15 24811645 . C T 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=185;END=24811645;VD=86;AF=0.4649;BIAS=1:1;REFBIAS=99:0;VARBIAS=86:0;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.667;HIAF=0.4560;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=4.4;HICNT=83;HICOV=182;LSEQ=AGCAGGGAGGACTGTCCCCT;RSEQ=ATCACCCACATAGCTCCCCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:185:86:99,86:0.4649:99,0:86,0 chr15 24811656 . T C 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=24811656;VD=90;AF=0.4663;BIAS=1:1;REFBIAS=103:0;VARBIAS=89:1;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.46632;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=89;HIAF=0.4734;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=89;HICOV=188;LSEQ=CTGTCCCCTCATCACCCACA;RSEQ=AGCTCCCCGTTCACAGGCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:90:103,90:0.4663:103,0:89,1 chr15 24811702 . G T 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=277;END=24811702;VD=130;AF=0.4693;BIAS=2:2;REFBIAS=129:16;VARBIAS=112:18;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.58264;ODDRATIO=1.29453;MQ=60;SN=64;HIAF=0.4723;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=128;HICOV=271;LSEQ=CTTTACGGGAGAGCACCAGG;RSEQ=TTGTTCCAGGAACAATGTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:277:130:145,130:0.4693:129,16:112,18 chr15 24811712 . G C 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=303;END=24811712;VD=145;AF=0.4785;BIAS=2:2;REFBIAS=133:25;VARBIAS=121:24;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.87716;ODDRATIO=1.05505;MQ=59.8;SN=290;HIAF=0.4833;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=145;HICOV=300;LSEQ=GAGCACCAGGGTTGTTCCAG;RSEQ=AACAATGTCCACAAAGCTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:303:145:158,145:0.4785:133,25:121,24 chr15 24812059 . G T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=240;END=24812059;VD=131;AF=0.5458;BIAS=2:2;REFBIAS=6:103;VARBIAS=10:121;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.60802;ODDRATIO=1.41671152919842;MQ=60;SN=64.5;HIAF=0.5420;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.7;HICNT=129;HICOV=238;LSEQ=TTGATAATCTCAGGCCGGGC;RSEQ=CGGTTGCTAACGCCTGTAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:240:131:109,131:0.5458:6,103:10,121 chr15 24812061 . G A 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=230;END=24812061;VD=128;AF=0.5565;BIAS=1:2;REFBIAS=4:98;VARBIAS=8:120;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.55585;ODDRATIO=1.62999185004075;MQ=60;SN=31;HIAF=0.5511;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=124;HICOV=225;LSEQ=GATAATCTCAGGCCGGGCGC;RSEQ=GTTGCTAACGCCTGTAATCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:230:128:102,128:0.5565:4,98:8,120 chr15 24812070 . C T 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=215;END=24812070;VD=121;AF=0.5628;BIAS=1:1;REFBIAS=2:91;VARBIAS=4:117;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.69934;ODDRATIO=1.55248164190458;MQ=60;SN=29.25;HIAF=0.5598;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.1;HICNT=117;HICOV=209;LSEQ=AGGCCGGGCGCGGTTGCTAA;RSEQ=GCCTGTAATCCCAGCACTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:215:121:93,121:0.5628:2,91:4,117 chr15 24812204 . A G 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=54;END=24812204;VD=26;AF=0.4815;BIAS=1:1;REFBIAS=0:28;VARBIAS=0:26;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.4906;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=26;HICOV=53;LSEQ=AGCCAGGCGTGGTGGTGGGC;RSEQ=CCTGTAGTCCCAGCTACTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:54:26:28,26:0.4815:0,28:0,26 chr15 24812207 . T C 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=54;END=24812207;VD=26;AF=0.4815;BIAS=1:1;REFBIAS=0:28;VARBIAS=0:26;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.4906;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=26;HICOV=53;LSEQ=CAGGCGTGGTGGTGGGCACC;RSEQ=GTAGTCCCAGCTACTCAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:54:26:28,26:0.4815:0,28:0,26 chr15 24812264 . A G 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=24812264;VD=12;AF=0.4;BIAS=1:0;REFBIAS=0:18;VARBIAS=0:12;PMEAN=47.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=12;HICOV=30;LSEQ=CGGTGTGAACCCAGGAGGCC;RSEQ=AGCTTGCAGTGAGCTGAGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:30:12:18,12:0.4:0,18:0,12 chr15 24812330 . CA C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=10;END=24812331;VD=5;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:5;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=5;HICOV=10;LSEQ=GACAGAGCAGGACTGTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAATATGGACAATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:5:5,5:0.5:0,5:0,5 chr15 24812658 . T A 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=24812658;VD=5;AF=0.5556;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=22.8;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.6;SN=4;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=7;LSEQ=GACACAAAACTGTGCTACCG;RSEQ=GATATCCCTGGCATAAAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:5:4,5:0.5556:4,0:5,0 chr15 24812796 . T C 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=24812796;VD=35;AF=0.5072;BIAS=1:1;REFBIAS=34:0;VARBIAS=35:0;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=32.9;SN=70;HIAF=0.5072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=35;HICOV=69;LSEQ=ACTGAGGCTGGATTGGCCAC;RSEQ=AGAATTCTCAGAAAGATGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:69:35:34,35:0.5072:34,0:35,0 chr15 24812802 . T A 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=24812802;VD=40;AF=0.5479;BIAS=1:1;REFBIAS=33:0;VARBIAS=40:0;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=33.8;SN=12.333;HIAF=0.5441;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=37;HICOV=68;LSEQ=GCTGGATTGGCCACTAGAAT;RSEQ=CTCAGAAAGATGCTATTGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:73:40:33,40:0.5479:33,0:40,0 chr15 24813018 . G A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=465;END=24813018;VD=225;AF=0.4839;BIAS=2:2;REFBIAS=180:59;VARBIAS=175:50;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.58418;ODDRATIO=1.14688105696558;MQ=41.2;SN=55.25;HIAF=0.4825;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=221;HICOV=458;LSEQ=CATTCTAAATTATAAATTAT;RSEQ=TGAGTTTCTTCTTCATGCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:465:225:239,225:0.4839:180,59:175,50 chr15 24813131 . T C 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=658;END=24813131;VD=323;AF=0.4909;BIAS=2:2;REFBIAS=208:122;VARBIAS=191:132;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.33552;ODDRATIO=1.17797;MQ=41.1;SN=34.889;HIAF=0.4891;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=314;HICOV=642;LSEQ=AGTGGTCAGAGCAAAGCATT;RSEQ=CATGATGACTGTAACGTGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:658:323:330,323:0.4909:208,122:191,132 chr15 24813154 . T C 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=676;END=24813154;VD=345;AF=0.5104;BIAS=2:2;REFBIAS=197:133;VARBIAS=197:148;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.53221;ODDRATIO=1.1126;MQ=42;SN=33.5;HIAF=0.5076;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=335;HICOV=660;LSEQ=TGATGACTGTAACGTGCCTG;RSEQ=GTCAGCAGCGACTGCTTACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:676:345:330,345:0.5104:197,133:197,148 chr15 24813219 . GGA G 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=678;END=24813221;VD=340;AF=0.5015;BIAS=2:2;REFBIAS=144:194;VARBIAS=160:180;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.24784;ODDRATIO=1.19720333301408;MQ=52.4;SN=169;HIAF=0.5067;ADJAF=0.0383;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=338;HICOV=667;LSEQ=ATGACATAGGAAGAATAAAA;RSEQ=GAGAGAGAGAGAAAGATAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:678:340:338,340:0.5015:144,194:160,180 chr15 24813251 . A T 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=678;END=24813251;VD=354;AF=0.5221;BIAS=2:2;REFBIAS=136:187;VARBIAS=172:182;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.10464;ODDRATIO=1.29893746915024;MQ=51.3;SN=117;HIAF=0.5231;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=351;HICOV=671;LSEQ=AGAAAGATAGGTAGTTGATC;RSEQ=AAATGAAGAATTGGATTTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:678:354:323,354:0.5221:136,187:172,182 chr15 24813330 . G A 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=601;END=24813330;VD=289;AF=0.4809;BIAS=2:2;REFBIAS=110:201;VARBIAS=96:193;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.60618;ODDRATIO=1.10005;MQ=52;SN=288;HIAF=0.4898;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=288;HICOV=588;LSEQ=TTAAGGCAAACAGTCTCAAG;RSEQ=TAAGTATTTCTGTCTTGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:601:289:311,289:0.4809:110,201:96,193 chr15 24813334 . G A 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=595;END=24813334;VD=283;AF=0.4756;BIAS=2:2;REFBIAS=108:204;VARBIAS=92:191;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.60299;ODDRATIO=1.09893;MQ=51.9;SN=69.75;HIAF=0.4802;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=279;HICOV=581;LSEQ=GGCAAACAGTCTCAAGGTAA;RSEQ=TATTTCTGTCTTGAGAGAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:595:283:312,283:0.4756:108,204:92,191 chr15 24813454 . T G 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=261;END=24813454;VD=133;AF=0.5096;BIAS=1:1;REFBIAS=2:126;VARBIAS=0:133;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.23955;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.167;HIAF=0.5163;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=127;HICOV=246;LSEQ=ATTTATAAAATTACCTCTAC;RSEQ=TCTGTGTTTCATTTTTGTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:261:133:128,133:0.5096:2,126:0,133 chr15 24813533 . T C 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=24813533;VD=77;AF=0.4873;BIAS=1:1;REFBIAS=0:80;VARBIAS=0:77;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=76;HIAF=0.4841;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=76;HICOV=157;LSEQ=CTTCAAATTATAACGCTGTC;RSEQ=AACAGGACCCCAGGATATTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:77:80,77:0.4873:0,80:0,77 chr15 24813549 . T A 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=24813549;VD=65;AF=0.4577;BIAS=1:1;REFBIAS=0:76;VARBIAS=0:65;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.4571;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=64;HICOV=140;LSEQ=TGTCTAACAGGACCCCAGGA;RSEQ=ATTGGTCCTGGATGTTGACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:65:76,65:0.4577:0,76:0,65 chr15 24813617 . T C 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=24813617;VD=26;AF=0.4333;BIAS=1:1;REFBIAS=0:34;VARBIAS=1:25;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.43333;ODDRATIO=0;MQ=59.3;SN=25;HIAF=0.4237;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=25;HICOV=59;LSEQ=TCCTGGTAGATGACTCAATG;RSEQ=CTAATTGTCCAATCCTTGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:26:34,26:0.4333:0,34:1,25 chr15 24813702 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=24813702;VD=5;AF=0.7143;BIAS=0:2;REFBIAS=0:2;VARBIAS=1:4;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.6;SN=10;HIAF=0.7143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=5;HICOV=7;LSEQ=TTGGGGAACAGGTGGTTTGG;RSEQ=TTACATGAGTAAGTTGTTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:7:5:2,5:0.7143:0,2:1,4 chr15 24819263 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=24819263;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=49.5;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=TATGCACCAAGTAGTAAGTA;RSEQ=TATACCTGACAGTAATTGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0 chr15 24819325 . G C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=24819325;VD=6;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=26.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=54.3;SN=12;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=6;HICOV=12;LSEQ=CCTGGAATAGATAAGTATAT;RSEQ=ATTATTAGAAAACCTGGTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:6:6,6:0.5:6,0:6,0 chr15 24819679 . C T 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=639;END=24819679;VD=315;AF=0.493;BIAS=2:2;REFBIAS=246:78;VARBIAS=229:86;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.366;ODDRATIO=1.1841;MQ=59.8;SN=51.5;HIAF=0.4928;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=309;HICOV=627;LSEQ=AACATTCGAAACCCAGGTGC;RSEQ=ACTCCTTCAGGAAGGTACCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:639:315:324,315:0.493:246,78:229,86 chr15 24819858 . C G 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=935;END=24819858;VD=448;AF=0.4791;BIAS=2:2;REFBIAS=249:237;VARBIAS=211:237;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.21377;ODDRATIO=1.17988;MQ=58.2;SN=36.333;HIAF=0.4791;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=436;HICOV=910;LSEQ=GTATTCAGGATCCCACTAAC;RSEQ=TTTTCGGAAGACATGACTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:935:448:486,448:0.4791:249,237:211,237 chr15 24819987 . C A 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=832;END=24819987;VD=147;AF=0.1767;BIAS=2:2;REFBIAS=289:396;VARBIAS=119:28;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=5.81158830708433;MQ=27.7;SN=72.5;HIAF=0.1790;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=145;HICOV=810;LSEQ=GGATTTCTTCTTCAAGTAAC;RSEQ=CAAGGTCAACTTTACCTTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:832:147:685,147:0.1767:289,396:119,28 chr15 24820042 . T C 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=771;END=24820042;VD=305;AF=0.3956;BIAS=2:2;REFBIAS=187:278;VARBIAS=124:181;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.94018;ODDRATIO=1.01844402122437;MQ=56;SN=26.727;HIAF=0.3915;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=294;HICOV=751;LSEQ=CCTGTTCTAATTTAGTTCTC;RSEQ=TCATTCTACAGGCTCCATCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:771:305:465,305:0.3956:187,278:124,181 chr15 24820045 . A T 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=763;END=24820045;VD=134;AF=0.1756;BIAS=2:2;REFBIAS=245:384;VARBIAS=62:72;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.1215;ODDRATIO=1.34909071285953;MQ=31.4;SN=43.667;HIAF=0.1742;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=131;HICOV=752;LSEQ=GTTCTAATTTAGTTCTCTTC;RSEQ=TTCTACAGGCTCCATCAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:763:134:629,134:0.1756:245,384:62,72 chr15 24820083 . A C 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=675;END=24820083;VD=81;AF=0.12;BIAS=2:2;REFBIAS=219:374;VARBIAS=14:67;PMEAN=44.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.00043;ODDRATIO=2.79857;MQ=30.4;SN=39.5;HIAF=0.1186;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=79;HICOV=666;LSEQ=GGAACTGTGCAGGACTGTGC;RSEQ=CTCTGTTGATACTCACATGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:675:81:593,81:0.12:219,374:14,67 chr15 24820231 . T C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=24820231;VD=138;AF=0.4946;BIAS=2:2;REFBIAS=10:131;VARBIAS=13:125;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.51994;ODDRATIO=1.36089601393558;MQ=59.5;SN=22;HIAF=0.4853;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=132;HICOV=272;LSEQ=GGCCTGGGAATAAAACTTTA;RSEQ=AACAGAGTTTTTGCAGGTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:138:141,138:0.4946:10,131:13,125 chr15 24820409 . T G 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=24820409;VD=39;AF=0.6094;BIAS=1:1;REFBIAS=1:24;VARBIAS=1:38;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.57157;MQ=60;SN=38;HIAF=0.6129;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=38;HICOV=62;LSEQ=TGATGACTCTGCATGTGTAC;RSEQ=GGCTGCCCACTAATTCTCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:64:39:25,39:0.6094:1,24:1,38 chr15 24820541 . T C 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=24820541;VD=5;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:5;PMEAN=31.2;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=10;LSEQ=AACTACATATTGAACTCCCA;RSEQ=TGACATCCATAAATCTTGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:5:5,5:0.5:0,5:0,5 chr15 24825045 . G C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=24825045;VD=2;AF=0.25;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=8;LSEQ=TCCAGCCTGCATGCGTGTTG;RSEQ=CATGAGTGCTCTCTCCTATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:2:6,2:0.25:6,0:2,0 chr15 24825290 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=24825290;VD=2;AF=0.0115;BIAS=2:0;REFBIAS=155:17;VARBIAS=2:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=TGTCTTGCAGTCCATCATTC;RSEQ=AGAAAGATTGTCCATTTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:2:172,2:0.0115:155,17:2,0 chr15 25069201 . A G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=25069201;VD=2;AF=0.0161;BIAS=1:0;REFBIAS=0:122;VARBIAS=0:2;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=121;LSEQ=TTCTTTAGTAATTAAATGAA;RSEQ=ATAGCACTTTATTAAGAAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:2:122,2:0.0161:0,122:0,2 chr15 25069306 . T A 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=25069306;VD=13;AF=0.3714;BIAS=1:1;REFBIAS=0:22;VARBIAS=0:13;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.3824;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=13;HICOV=34;LSEQ=AAAAGGAGAGGGTCAGAGAC;RSEQ=TTCCTGAGAGCCACAGGACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:35:13:22,13:0.3714:0,22:0,13 chr15 25074631 . G A 100 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=25074631;VD=11;AF=0.8462;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=CTGGGATGAGTAATACATGA;RSEQ=GAGGCAGGAGAAGGAAGGGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:13:11:1,11:0.8462:1,0:11,0 chr15 25074664 . G A 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=25074664;VD=23;AF=0.9583;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=28.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.9565;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=22;HICOV=23;LSEQ=GGAAGGGCAGACCATGCAGG;RSEQ=ACTGGGCATGGGGGTGAGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:24:23:0,23:0.9583:0,0:23,0 chr15 25074767 . T C 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=25074767;VD=93;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=93:0;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=92;HICOV=92;LSEQ=GATTTGAATGTCTCAGTTCT;RSEQ=TTATGAAATGTTATCCCCAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:93:93:0,93:1:0,0:93,0 chr15 25074784 . C T 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=25074784;VD=109;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=109:0;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=218;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=109;HICOV=109;LSEQ=TCTTTTATGAAATGTTATCC;RSEQ=CAATCCATGAGGTCTTCTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:109:109:0,109:1:0,0:109,0 chr15 25075157 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=25075157;VD=2;AF=0.0109;BIAS=1:0;REFBIAS=1:180;VARBIAS=0:2;PMEAN=63.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=178;LSEQ=GGTGTTGATGAAATTATTCT;RSEQ=TGAGGATATACACGTTTGTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:2:181,2:0.0109:1,180:0,2 chr15 25101838 . A G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=511;END=25101838;VD=245;AF=0.4795;BIAS=2:2;REFBIAS=96:170;VARBIAS=78:167;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.35022;ODDRATIO=1.2086;MQ=60;SN=39.833;HIAF=0.4780;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=239;HICOV=500;LSEQ=ATTCTGCTTGCTGATCAAGA;RSEQ=CACTTAACAGCTTCAGGCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:511:245:266,245:0.4795:96,170:78,167 chr15 25102069 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=25102069;VD=2;AF=0.022;BIAS=1:0;REFBIAS=0:89;VARBIAS=0:2;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0220;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=91;LSEQ=ATCTTGTCAGTTATTTTCAT;RSEQ=TTTTCCATGATCATTCTTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:2:89,2:0.022:0,89:0,2 chr15 25102073 . T C 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=88;END=25102073;VD=52;AF=0.5909;BIAS=1:1;REFBIAS=0:36;VARBIAS=0:52;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51;HIAF=0.5930;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=51;HICOV=86;LSEQ=TGTCAGTTATTTTCATCTTT;RSEQ=CCATGATCATTCTTTACCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:88:52:36,52:0.5909:0,36:0,52 chr15 25131595 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=25131595;VD=2;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=154:28;VARBIAS=1:1;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.2911;ODDRATIO=5.42195;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=181;LSEQ=GTCCCTAAATCTATTGCAGT;RSEQ=GTCCCGAATAAAGTCTTCCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:2:182,2:0.0109:154,28:1,1 chr15 25131610 . C T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=210;END=25131610;VD=209;AF=0.9952;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=166:43;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=103.5;HIAF=0.9952;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=207;HICOV=208;LSEQ=GCAGTGGTCCCGAATAAAGT;RSEQ=TTCCTTACTATGCATTAACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:210:209:0,209:0.9952:0,0:166,43 chr15 25131723 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=349;END=25131723;VD=4;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=209:136;VARBIAS=3:1;PMEAN=50.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.94874792945532;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=3;HICOV=344;LSEQ=ACACAGCTAGCAGCCACGTG;RSEQ=GGCACTTCTCCAGGTAAGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:349:4:345,4:0.0115:209,136:3,1 chr15 25131814 . AG A 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=241;END=25131815;VD=237;AF=0.9834;BIAS=2:2;REFBIAS=2:1;VARBIAS=55:182;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.14123;ODDRATIO=6.5516;MQ=60;SN=474;HIAF=0.9875;ADJAF=0.166;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=237;HICOV=240;LSEQ=CAGGCTTTACCATTTTCTTC;RSEQ=GGAGAGACCCATCTGATATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:241:237:3,237:0.9834:2,1:55,182 chr15 25165652 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=25165652;VD=2;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=118:67;VARBIAS=1:1;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.7555;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=182;LSEQ=GGCAGAAGAATCTGCATTTC;RSEQ=AACAAGTGCCAGGACTGGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:2:185,2:0.0107:118,67:1,1 chr15 25166183 . G T 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=25166183;VD=79;AF=0.5267;BIAS=1:2;REFBIAS=71:0;VARBIAS=75:4;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.12212;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78;HIAF=0.5270;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=78;HICOV=148;LSEQ=CTTCAGCCCATTTTTCTGAT;RSEQ=GGTCAGTGACAGTCCATGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:150:79:71,79:0.5267:71,0:75,4 chr15 25212955 . GAAAAAAAA G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=137;END=25212963;VD=59;AF=0.4307;BIAS=1:1;REFBIAS=53:2;VARBIAS=57:2;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07476032844676;MQ=60;SN=118;HIAF=0.4338;ADJAF=0.0876;SHIFT3=12;MSI=20;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=59;HICOV=136;LSEQ=ACAGAATGAGACCCTGTCTG;RSEQ=AAAAAAAAAAAAGGAATATC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:59:55,59:0.4307:53,2:57,2 chr15 25222783 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=198;END=25222784;VD=2;AF=0.0101;BIAS=1:0;REFBIAS=191:4;VARBIAS=2:0;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=195;LSEQ=TGACAAGAGTGAAACTGTCT;RSEQ=AAAAAAAACATGGGAATAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:195,2:0.0101:191,4:2,0 chr15 25229924 . GTCTC G 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=244;END=25229928;VD=34;AF=0.1393;BIAS=2:2;REFBIAS=154:17;VARBIAS=32:2;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.7457;ODDRATIO=1.76202139093969;MQ=58.7;SN=68;HIAF=0.1485;ADJAF=0.0287;SHIFT3=23;MSI=13;MSILEN=2;NM=2.7;HICNT=34;HICOV=229;LSEQ=GACCCGACTGGCAGATTGCT;RSEQ=TCTCTCTCTCTCTCTCTCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:244:34:171,34:0.1393:154,17:32,2 chr15 25229948 . C G 166 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=25229948;VD=37;AF=0.1548;BIAS=2:2;REFBIAS=156:41;VARBIAS=34:3;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=31.9;QSTD=1;SBF=0.10562;ODDRATIO=2.9678874577076;MQ=59.4;SN=8.25;HIAF=0.1549;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=13;MSILEN=2;NM=3.3;HICNT=33;HICOV=213;LSEQ=CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT;RSEQ=TCTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:239:37:197,37:0.1548:156,41:34,3 chr15 25229950 . C G 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=25229950;VD=104;AF=0.4351;BIAS=2:2;REFBIAS=51:11;VARBIAS=79:25;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.43681;ODDRATIO=1.46391;MQ=58.9;SN=103;HIAF=0.5852;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=13;MSILEN=2;NM=4.0;HICNT=103;HICOV=176;LSEQ=CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:239:104:62,104:0.4351:51,11:79,25 chr15 25229990 . A G 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=25229990;VD=168;AF=0.9655;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=95:73;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.4;SN=167;HIAF=0.9882;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=167;HICOV=169;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=TGCGCGCCCGCGTTTGTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:174:168:0,168:0.9655:0,0:95,73 chr15 25229993 . C T 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=25229993;VD=4;AF=0.0209;BIAS=2:2;REFBIAS=95:79;VARBIAS=2:2;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.20128;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0222;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=5.0;HICNT=3;HICOV=135;LSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTATG;RSEQ=GCGCCCGCGTTTGTTTCCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:4:174,4:0.0209:95,79:2,2 chr15 25229996 . GCC G 120 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=214;END=25229998;VD=11;AF=0.0514;BIAS=2:2;REFBIAS=118:85;VARBIAS=10:1;PMEAN=9.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.05324;ODDRATIO=7.156147130385;MQ=60;SN=22;HIAF=0.0537;ADJAF=0.0421;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=11;HICOV=205;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTATGCGC;RSEQ=CGCGTTTGTTTCCTTCATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:214:11:203,11:0.0514:118,85:10,1 chr15 25229998 . C G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=206;END=25229998;VD=202;AF=0.9806;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=118:84;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.6;SN=100;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=200;HICOV=200;LSEQ=GTGTGTGTGTGTATGCGCGC;RSEQ=CGCGTTTGTTTCCTTCATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:206:202:0,202:0.9806:0,0:118,84 chr15 25230835 . CT C 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=631;END=25230836;VD=41;AF=0.065;BIAS=2:2;REFBIAS=335:248;VARBIAS=27:14;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.32887;ODDRATIO=1.42692027796407;MQ=60;SN=82;HIAF=0.0680;ADJAF=0.0032;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=41;HICOV=603;LSEQ=TACTTAGGAGCTCCTATGCT;RSEQ=TTTTTTTTTTAACCCTGTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:631:41:583,41:0.065:335,248:27,14 chr15 25231988 . C G 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=758;END=25231988;VD=752;AF=0.9921;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=375:377;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.696;HIAF=0.9973;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=729;HICOV=731;LSEQ=AATCTCTGGAAGAGATGACA;RSEQ=GTGTATGTGCGTGTGTGCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:758:752:0,752:0.9921:0,0:375,377 chr15 25360692 . TGG T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=274;END=25360694;VD=3;AF=0.0109;BIAS=2:0;REFBIAS=206:64;VARBIAS=0:3;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.01428;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=268;LSEQ=CCAATAAGGGCATTGGCCCC;RSEQ=GTGTCTCTCTCTCTCTCTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:274:3:270,3:0.0109:206,64:0,3 chr15 25360697 . GTC G 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=285;END=25360699;VD=216;AF=0.7579;BIAS=2:2;REFBIAS=37:5;VARBIAS=158:58;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.04852;ODDRATIO=2.70779;MQ=59.9;SN=432;HIAF=0.7687;ADJAF=0.0596;SHIFT3=26;MSI=14;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=216;HICOV=281;LSEQ=AAGGGCATTGGCCCCTGGGT;RSEQ=TCTCTCTCTCTCTCTCTCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:285:216:42,216:0.7579:37,5:158,58 chr15 25360736 . CCT C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=335;END=25360738;VD=17;AF=0.0507;BIAS=2:2;REFBIAS=204:113;VARBIAS=9:8;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.43772;ODDRATIO=1.60241;MQ=60;SN=34;HIAF=0.0521;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.6;HICNT=17;HICOV=326;LSEQ=TCTCTCTCTCCCTCTCTCTC;RSEQ=CTCTCTCTCTCGCTCCCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:335:17:317,17:0.0507:204,113:9,8 chr15 25364551 . T C 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=545;END=25364551;VD=540;AF=0.9908;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=246:294;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.4;SN=29;HIAF=0.9943;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=522;HICOV=525;LSEQ=TATAATTTTCATTTGCCACA;RSEQ=GGTAAACTGAAAAATACAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:545:540:0,540:0.9908:0,0:246,294 chr15 25364795 . C T 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=376;END=25364795;VD=373;AF=0.992;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=82:291;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40.444;HIAF=0.9945;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=364;HICOV=366;LSEQ=TAACACATTTTTCTGCAAAT;RSEQ=ACCTCTTTCATTTAACAGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:376:373:0,373:0.992:0,0:82,291 chr15 25365030 . C A 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=25365030;VD=80;AF=0.9877;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=45:35;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=79;HIAF=0.9875;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=79;HICOV=80;LSEQ=TATCATAATAAATTACTTAT;RSEQ=AGTTGAATTACTGGGATTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:81:80:0,80:0.9877:0,0:45,35 chr15 25365169 . CACAG C 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=170;END=25365173;VD=168;AF=0.9882;BIAS=0:1;REFBIAS=2:0;VARBIAS=167:1;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=336;HIAF=0.9941;ADJAF=0.1118;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=168;HICOV=169;LSEQ=TGCCAGCTTTCCTACAGCCT;RSEQ=ACAATGGATTTTATAAATAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:170:168:2,168:0.9882:2,0:167,1 chr15 25367931 . A G 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=25367931;VD=61;AF=0.9839;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:61;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=58;HICOV=58;LSEQ=GTATGCTTTTATATTGTTCT;RSEQ=TAACTTTCTTTTATATCATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:62:61:0,61:0.9839:0,0:0,61 chr15 25583522 . T C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=767;END=25583522;VD=393;AF=0.5124;BIAS=2:2;REFBIAS=185:189;VARBIAS=204:189;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.51603;ODDRATIO=1.10256014465589;MQ=60;SN=42.667;HIAF=0.5113;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=384;HICOV=751;LSEQ=TCATATACTAAGAAAGAGGA;RSEQ=TGGCTACTGAAACAGTTCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:767:393:374,393:0.5124:185,189:204,189 chr15 25584237 . C CT 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=603;END=25584237;VD=21;AF=0.0348;BIAS=2:2;REFBIAS=222:328;VARBIAS=10:10;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.48799;ODDRATIO=1.47640701588614;MQ=60.2;SN=20;HIAF=0.0379;ADJAF=0.0017;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=20;HICOV=528;LSEQ=TAAAATTTTTTAAATTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTCCTTCCTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:603:21:550,21:0.0348:222,328:10,10 chr15 25585095 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=202;END=25585095;VD=3;AF=0.0149;BIAS=1:0;REFBIAS=198:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=56.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=196;LSEQ=ATGACAGCAAAGTATTTTCT;RSEQ=AATTGTCTAATATGATTTGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:202:3:199,3:0.0149:198,1:3,0 chr15 25600931 . G GT 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=190;END=25600931;VD=18;AF=0.0947;BIAS=1:1;REFBIAS=153:0;VARBIAS=18:0;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=36;HIAF=0.1078;ADJAF=0.0053;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=18;HICOV=167;LSEQ=TTACATAAACTTAGTTACTT;RSEQ=TTTTTTTTTTGTACAGACTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:18:153,18:0.0947:153,0:18,0 chr15 25650695 . CA C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=200;END=25650696;VD=3;AF=0.015;BIAS=2:2;REFBIAS=64:133;VARBIAS=2:1;PMEAN=50;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.25369;ODDRATIO=4.12405146816232;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0152;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=197;LSEQ=TAGCAAAATATTCCATATTC;RSEQ=AAAAAAAAGGTAGACATATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:200:3:197,3:0.015:64,133:2,1 chr15 25651835 . TCACA T 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=8;END=25651839;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=23;MSI=13;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=AACAAGAATCTTAAAATCAG;RSEQ=CACACACACACACACACACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr15 25652003 . G GA 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=91;END=25652003;VD=27;AF=0.2967;BIAS=1:1;REFBIAS=49:0;VARBIAS=27:0;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=38.1;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.9;SN=54;HIAF=0.3649;ADJAF=0;SHIFT3=18;MSI=19;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=27;HICOV=74;LSEQ=CAAGGACAAGAATGGAAAAG;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:27:49,27:0.2967:49,0:27,0 chr15 25652101 . C G 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=209;END=25652101;VD=206;AF=0.9856;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=204:2;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=31.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5.059;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=172;HICOV=172;LSEQ=TTTTGCACAAAATTACATAA;RSEQ=AACTAAAAACTGGGGCATGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:209:206:0,206:0.9856:0,0:204,2 chr15 25652326 . T G 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=561;END=25652326;VD=285;AF=0.508;BIAS=2:2;REFBIAS=107:169;VARBIAS=114:171;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.7957;ODDRATIO=1.05283106272767;MQ=60;SN=141.5;HIAF=0.5118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=283;HICOV=553;LSEQ=ATGTACCAGCTGACTCATTT;RSEQ=TGAAAGTGCGACCCTCCAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:561:285:276,285:0.508:107,169:114,171 chr15 25654023 . A T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=25654023;VD=2;AF=0.0108;BIAS=2:0;REFBIAS=109:74;VARBIAS=2:0;PMEAN=61.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.51739;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=AAATACTTTCCTGTTTATAC;RSEQ=TACAGATAGGTCTTTGATAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:2:183,2:0.0108:109,74:2,0 chr15 25654559 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=25654559;VD=2;AF=0.0171;BIAS=1:0;REFBIAS=0:115;VARBIAS=0:2;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=TTTGAGAAAATGTAATAATT;RSEQ=CTTGTACTTTTATGTAATGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:2:115,2:0.0171:0,115:0,2 chr15 25654749 . C T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=25654749;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=AACTAGTGTTGAAGGACTGA;RSEQ=TAAAACCCAGATATACTGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr15 25656744 . A ACAG 110 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=20;END=25656744;VD=7;AF=0.35;BIAS=2:0;REFBIAS=10:1;VARBIAS=7:0;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=39.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=67.6;SN=14;HIAF=0.3684;ADJAF=0.05;SHIFT3=20;MSI=7;MSILEN=3;NM=0.6;HICNT=7;HICOV=19;LSEQ=AAGACTCTGTCTCAAAAACA;RSEQ=CAGCAGCAGCAGCAGCAGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:20:7:11,7:0.35:10,1:7,0 chr15 25657175 . CA C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=201;END=25657176;VD=3;AF=0.0149;BIAS=2:2;REFBIAS=56:142;VARBIAS=1:2;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.26631969507022;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0154;ADJAF=0.005;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=195;LSEQ=TAAACAACTGGATGAACTTT;RSEQ=AAAAAAAAGGTACTAAATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:201:3:198,3:0.0149:56,142:1,2 chr15 25923487 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=25923487;VD=2;AF=0.1667;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1818;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=11;LSEQ=AGGGAGTACACCCTTCACAG;RSEQ=CCCGGTGCCGAGCAGAGCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:2:10,2:0.1667:10,0:2,0 chr15 25923547 . G A 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=25923547;VD=43;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=43:0;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=41;HICOV=41;LSEQ=CAAAGTAGAAAGAAGGGCTC;RSEQ=GAAGATGACATGCCATATCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:43:43:0,43:1:0,0:43,0 chr15 25923712 . A G 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=25923712;VD=86;AF=0.4804;BIAS=1:1;REFBIAS=92:1;VARBIAS=86:0;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=172;HIAF=0.4859;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=86;HICOV=177;LSEQ=TGCAGGGTGCCATGGTGGCC;RSEQ=GCTGTGCAGCAGCTTTGGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:86:93,86:0.4804:92,1:86,0 chr15 25923793 . G C 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=377;END=25923793;VD=175;AF=0.4642;BIAS=2:2;REFBIAS=149:53;VARBIAS=132:43;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.72382;ODDRATIO=1.09166730347259;MQ=60;SN=57.333;HIAF=0.4611;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=172;HICOV=373;LSEQ=TTGCCTTACGGAAGTGCCCT;RSEQ=AGATCATACTCTGTGAGGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:377:175:202,175:0.4642:149,53:132,43 chr15 25924539 . T C 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=713;END=25924539;VD=330;AF=0.4628;BIAS=2:2;REFBIAS=209:173;VARBIAS=190:140;PMEAN=44.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.45;ODDRATIO=1.12319166142511;MQ=60;SN=81.5;HIAF=0.4711;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=326;HICOV=692;LSEQ=AGTAGTCTGTGGTCTGGCCC;RSEQ=TGAAGTCCTGATCGGCCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:713:330:382,330:0.4628:209,173:190,140 chr15 25925195 . T C 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=620;END=25925195;VD=275;AF=0.4435;BIAS=2:2;REFBIAS=198:146;VARBIAS=169:106;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.3652;ODDRATIO=1.17530910629496;MQ=60;SN=136.5;HIAF=0.4483;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=273;HICOV=609;LSEQ=TGAGCTTCCAGAGACCCACA;RSEQ=AGAGCAGAAGCAATGCCAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:620:275:344,275:0.4435:198,146:169,106 chr15 25925661 . A C 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=25925661;VD=3;AF=0.0217;BIAS=2:2;REFBIAS=27:108;VARBIAS=1:2;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.49638;ODDRATIO=1.98815062229114;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0224;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=3;HICOV=134;LSEQ=GGAGATGCACATGAGGTGAG;RSEQ=TGGAGTCAGGGGCGAGAGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:3:135,3:0.0217:27,108:1,2 chr15 25925779 . C G 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=25925779;VD=68;AF=0.4024;BIAS=2:2;REFBIAS=85:16;VARBIAS=59:9;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.82555;ODDRATIO=1.23246814069856;MQ=60;SN=136;HIAF=0.4024;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=68;HICOV=169;LSEQ=GTGCGAGCATCAGGCTGCAG;RSEQ=GGCTCCCCACACCACAGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:68:101,68:0.4024:85,16:59,9 chr15 25926179 . C T 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=489;END=25926179;VD=246;AF=0.5031;BIAS=2:2;REFBIAS=74:167;VARBIAS=89:157;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.21277;ODDRATIO=1.27865792064649;MQ=60;SN=48.2;HIAF=0.5063;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=241;HICOV=476;LSEQ=GCAAACCAGGCTCTGGAAGG;RSEQ=GGCGTCGGCCATGTTAAACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:489:246:241,246:0.5031:74,167:89,157 chr15 25926186 . G A 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=485;END=25926186;VD=251;AF=0.5175;BIAS=2:2;REFBIAS=77:157;VARBIAS=89:162;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.56687;ODDRATIO=1.11990861545698;MQ=60;SN=124.5;HIAF=0.5209;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=249;HICOV=478;LSEQ=AGGCTCTGGAAGGCGGCGTC;RSEQ=GCCATGTTAAACCAGAACGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:485:251:234,251:0.5175:77,157:89,162 chr15 25926296 . G T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=295;END=25926296;VD=4;AF=0.0136;BIAS=2:2;REFBIAS=44:246;VARBIAS=1:3;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.48738;ODDRATIO=1.85880516004312;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=3;HICOV=286;LSEQ=AAAGCAGTTAGAATAAAAAT;RSEQ=GAGTCACTTGTGTTAAAAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:4:290,4:0.0136:44,246:1,3 chr15 25926325 . T TAAC 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=228;END=25926325;VD=96;AF=0.4211;BIAS=2:1;REFBIAS=11:117;VARBIAS=0:96;PMEAN=44.7;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.00285;ODDRATIO=0;MQ=60.2;SN=95;HIAF=0.4318;ADJAF=0.0307;SHIFT3=8;MSI=3;MSILEN=3;NM=0.4;HICNT=95;HICOV=220;LSEQ=TGTGTTAAAAACAACAACAA;RSEQ=AACAACAAAAACCCACCCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:228:96:128,96:0.4211:11,117:0,96 chr15 25928413 . G A 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=379;END=25928413;VD=180;AF=0.4749;BIAS=2:2;REFBIAS=144:55;VARBIAS=117:63;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.14861;ODDRATIO=1.40848;MQ=60;SN=59;HIAF=0.4720;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=177;HICOV=375;LSEQ=AGCTCAGGAGGTGGAAGGCG;RSEQ=AGACTCGGGGGAGCTTTACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:379:180:199,180:0.4749:144,55:117,63 chr15 25928628 . G A 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=446;END=25928628;VD=207;AF=0.4641;BIAS=2:2;REFBIAS=71:167;VARBIAS=65:142;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.75735;ODDRATIO=1.07649579090146;MQ=60;SN=19.7;HIAF=0.4550;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=197;HICOV=433;LSEQ=AACCAAAACAGGAGGCCCAC;RSEQ=AACATCTGAAATCAAGAAAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:446:207:238,207:0.4641:71,167:65,142 chr15 25932466 . G C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=25932466;VD=6;AF=0.3529;BIAS=0:0;REFBIAS=11:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3529;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=6;HICOV=17;LSEQ=GAGAAACCTATGGACAGAGT;RSEQ=GTTAGGAGCCTGGGAGCAGG;DUPRATE=0.019;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:17:6:11,6:0.3529:11,0:6,0 chr15 25932640 . A T 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=25932640;VD=58;AF=0.5273;BIAS=1:1;REFBIAS=51:1;VARBIAS=57:1;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.11652003036934;MQ=60;SN=13.5;HIAF=0.5143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=54;HICOV=105;LSEQ=TCCACCACCTCTCCCTAGAG;RSEQ=TGCAGCTGCTCTCATGCCCC;DUPRATE=0.019;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:110:58:52,58:0.5273:51,1:57,1 chr15 25932718 . ACAGGCGAAGGAGGATGGAGCAGGTTGTCCATGGCCTCCCATCTGCTCCATCCTCCTTCGCCTCATT A 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=196;END=25932784;VD=70;AF=0.3571;BIAS=2:2;REFBIAS=114:12;VARBIAS=47:23;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=8e-05;ODDRATIO=4.60762;MQ=60;SN=140;HIAF=0.3590;ADJAF=0.3265;SHIFT3=7;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=70;HICOV=195;LSEQ=CCAGGACAGGGGACAATTAC;RSEQ=CAGGCGATGGTCCTAAGAAC;DUPRATE=0.019;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:70:126,70:0.3571:114,12:47,23 chr15 25932726 . A T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=25932726;VD=3;AF=0.0207;BIAS=2:2;REFBIAS=122:11;VARBIAS=2:1;PMEAN=9.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.24367;ODDRATIO=5.41705;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0156;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=128;LSEQ=GGGGACAATTACACAGGCGA;RSEQ=GGAGGATGGAGCAGGTTGTC;DUPRATE=0.019;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:3:133,3:0.0207:122,11:2,1 chr15 25932780 . T A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=25932780;VD=3;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=180:56;VARBIAS=2:1;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.56016;ODDRATIO=1.60359;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0094;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=213;LSEQ=CTGCTCCATCCTCCTTCGCC;RSEQ=CATTCAGGCGATGGTCCTAA;DUPRATE=0.019;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:3:236,3:0.0122:180,56:2,1 chr15 25936551 . C T 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=25936551;VD=16;AF=0.5333;BIAS=1:1;REFBIAS=14:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=0.5333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=16;HICOV=30;LSEQ=TAAAAAGTGCCTGCTGGGAC;RSEQ=GAGCCATCGAAAGCCAGACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:30:16:14,16:0.5333:14,0:16,0 chr15 25937004 . C T 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=257;END=25937004;VD=136;AF=0.5292;BIAS=2:2;REFBIAS=29:92;VARBIAS=28:108;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.54954;ODDRATIO=1.21491;MQ=60;SN=67;HIAF=0.5339;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=134;HICOV=251;LSEQ=CACAGAATCAAATCAATGTG;RSEQ=TAGATTTTCTTGGGAGTCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:257:136:121,136:0.5292:29,92:28,108 chr15 25937282 . G A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=25937282;VD=4;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:4;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=12;LSEQ=TCATCATCATTAGTTACTGA;RSEQ=CCACTCCAGCCAAGCAGCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:4:8,4:0.3333:0,8:0,4 chr15 25939684 . G C 166 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=25939684;VD=27;AF=0.5745;BIAS=1:1;REFBIAS=20:0;VARBIAS=27:0;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.5652;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=26;HICOV=46;LSEQ=GACAGGCAGGTCTCTTGTGT;RSEQ=CTGTCTCCTGAGAAACAGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:47:27:20,27:0.5745:20,0:27,0 chr15 25946781 . G T 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=25946781;VD=23;AF=0.4694;BIAS=1:1;REFBIAS=26:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6.667;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=20;HICOV=45;LSEQ=GGCTCCACTGTGGAAGCACA;RSEQ=GGGACCTCACGAGAAAGTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:49:23:26,23:0.4694:26,0:23,0 chr15 25952794 . CCT C 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=52;END=25952796;VD=34;AF=0.6538;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=34:0;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=0.6415;ADJAF=0.1154;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=34;HICOV=53;LSEQ=TTCTGGGTCCCAAAAGTTTC;RSEQ=GTTTCCCGAGGGGAAAATCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:52:34:19,34:0.6538:19,0:34,0 chr15 25952889 . G A 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=144;END=25952889;VD=73;AF=0.5069;BIAS=1:1;REFBIAS=71:0;VARBIAS=73:0;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.5;HIAF=0.5108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=71;HICOV=139;LSEQ=AAACCAGGTTAAGGGGAAGC;RSEQ=TGGCAGCTGCTGTCTTGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:144:73:71,73:0.5069:71,0:73,0 chr15 25953068 . G A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=427;END=25953068;VD=202;AF=0.4731;BIAS=2:2;REFBIAS=147:77;VARBIAS=137:65;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.68086;ODDRATIO=1.10377712532285;MQ=60;SN=201;HIAF=0.4786;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=201;HICOV=420;LSEQ=AGAGCACTCACCCCTCCAGG;RSEQ=CCGTCCCTGCAAACTCCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:427:202:224,202:0.4731:147,77:137,65 chr15 25953620 . T TATGCAA 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=115;END=25953620;VD=105;AF=0.913;BIAS=0:1;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:105;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=210;HIAF=0.9130;ADJAF=0.2261;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=105;HICOV=115;LSEQ=TTAAAAAAGAGTCTCATCAA;RSEQ=ATGTTTGACTGTTTTATTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:115:105:9,105:0.913:0,9:0,105 chr15 25958797 . G A 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=522;END=25958797;VD=244;AF=0.4674;BIAS=2:2;REFBIAS=206:66;VARBIAS=171:73;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=0.16443;ODDRATIO=1.33169;MQ=60;SN=7.714;HIAF=0.4408;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=216;HICOV=490;LSEQ=CTCCTCCCCCGAGCTGGGGT;RSEQ=CAGCTGGGCAGGGGTGGGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:522:244:272,244:0.4674:206,66:171,73 chr15 25959533 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=25959533;VD=2;AF=0.0104;BIAS=1:0;REFBIAS=2:188;VARBIAS=0:2;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=TCAGAGCACAGATTTCCCAT;RSEQ=TCCCAGATTTCAGGCATGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:2:190,2:0.0104:2,188:0,2 chr15 25961964 . A G 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=453;END=25961964;VD=451;AF=0.9956;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=253:198;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=55.375;HIAF=0.9977;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=443;HICOV=444;LSEQ=TCAAAGACGTCAGACAGCTC;RSEQ=GGCGAGAGGTGGGCCAGCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:453:451:0,451:0.9956:0,0:253,198 chr15 25962201 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=25962201;VD=2;AF=0.0108;BIAS=1:0;REFBIAS=0:184;VARBIAS=0:2;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=185;LSEQ=CATCTCTCATATACATATAT;RSEQ=TCATTTTATAATTGTAAATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:2:184,2:0.0108:0,184:0,2 chr15 25963599 . A G 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=324;END=25963599;VD=321;AF=0.9907;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=42:279;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52.5;HIAF=0.9968;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=315;HICOV=316;LSEQ=GGGGGAAGGCTGGGCGGAGC;RSEQ=GAAAGAAACCATTCAGTGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:324:321:0,321:0.9907:0,0:42,279 chr15 25963632 . C T 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=235;END=25963632;VD=118;AF=0.5021;BIAS=2:1;REFBIAS=9:108;VARBIAS=2:116;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.03387;ODDRATIO=4.8047;MQ=60;SN=15.857;HIAF=0.4890;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=111;HICOV=227;LSEQ=TCAGTGTGTTTTAGGTTCCG;RSEQ=GAGGCTTCCGGCAGGGCAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:235:118:117,118:0.5021:9,108:2,116 chr15 25963867 . T G 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=25963867;VD=13;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:13;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=AGGTAGAGCCTAGGTGTACA;RSEQ=GGGGTAGGGTGGCAGGTGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:13:13:0,13:1:0,0:0,13 chr15 25966474 . G C 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=25966474;VD=60;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=59:1;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=120;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=60;HICOV=60;LSEQ=AGACATCTCTCTGTCCCTTG;RSEQ=TGTGGCAGAGCAAGGGGACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:60:60:0,60:1:0,0:59,1 chr15 25966494 . C T 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=25966494;VD=72;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=71:1;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=71;HICOV=71;LSEQ=GTGTGGCAGAGCAAGGGGAC;RSEQ=GGATGCCTTGGGAGTGAGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:72:72:0,72:1:0,0:71,1 chr15 25966618 . C T 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=25966618;VD=178;AF=0.9944;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=175:3;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=174;HICOV=174;LSEQ=GCCTGTTCTATAAATAGCAC;RSEQ=GGGCTTCAGGCACCTGAGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:179:178:0,178:0.9944:0,0:175,3 chr15 25966664 . C T 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=238;END=25966664;VD=235;AF=0.9874;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=213:22;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.583;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=223;HICOV=223;LSEQ=GACAGCCACGTCTTTATACT;RSEQ=CCTTGAAAATCAGTAATCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:238:235:0,235:0.9874:0,0:213,22 chr15 25966690 . CGT C 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=295;END=25966692;VD=131;AF=0.4441;BIAS=2:2;REFBIAS=70:7;VARBIAS=104:27;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.03321;ODDRATIO=2.58531;MQ=60;SN=262;HIAF=0.4486;ADJAF=0.0102;SHIFT3=40;MSI=21;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=131;HICOV=292;LSEQ=AAAATCAGTAATCCCTGAAG;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:131:77,131:0.4441:70,7:104,27 chr15 25967085 . T C 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=380;END=25967085;VD=379;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=82:297;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46.375;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=371;HICOV=371;LSEQ=GACAAGGCACACAGGATGAA;RSEQ=GACCGTGAGGACCAGGGAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:380:379:0,379:0.9974:0,0:82,297 chr15 25967353 . A G 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=25967353;VD=32;AF=0.9697;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:32;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=31;HICOV=31;LSEQ=AGCAAGTTGTGCTTGAGAGA;RSEQ=GCTAGGACAGGAAAGAGAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:33:32:1,32:0.9697:0,1:0,32 chr15 25967437 . A G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=25967437;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=30.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=GTCACCTCACACCACACTCC;RSEQ=TGGTGGCATTCGACCCCCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr15 25967469 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=25967469;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=GACCCCCAGGCTTTCCCTGG;RSEQ=CTCCCATTTCCCAGGGATAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:0,2 chr15 25970929 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=176;END=25970930;VD=2;AF=0.0114;BIAS=1:0;REFBIAS=174:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=GTAGCTGGGACTACAGGCAC;RSEQ=TTTTTTTGTATTTTTAGTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:174,2:0.0114:174,0:2,0 chr15 25971970 . G A 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=25971970;VD=9;AF=0.6429;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.6429;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=9;HICOV=14;LSEQ=GCACTTTGGGAGGCCAAGGC;RSEQ=GGCGGATCACGAGATCAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:14:9:5,9:0.6429:5,0:9,0 chr15 25972044 . CA C 155 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=51;END=25972045;VD=19;AF=0.3725;BIAS=1:1;REFBIAS=27:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.7;SN=38;HIAF=0.3958;ADJAF=0.098;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=19;HICOV=48;LSEQ=CCGTATCTACTAAAAAAATA;RSEQ=AAAAAAAAAAAAGGAGCCGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:51:19:27,19:0.3725:27,0:19,0 chr15 25972082 . T G 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=25972082;VD=40;AF=0.4762;BIAS=1:1;REFBIAS=43:0;VARBIAS=40:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=12.333;HIAF=0.5068;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=37;HICOV=73;LSEQ=CCGGGCGTGGCGGGCGCCTG;RSEQ=AGTCCCAGCTACTCGGGAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:84:40:43,40:0.4762:43,0:40,0 chr15 25972084 . G A 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=25972084;VD=81;AF=0.9643;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=81:0;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.7;SN=39.5;HIAF=0.9634;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=79;HICOV=82;LSEQ=GGGCGTGGCGGGCGCCTGTA;RSEQ=TCCCAGCTACTCGGGAGGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:84:81:0,81:0.9643:0,0:81,0 chr15 25972202 . C CAAAA 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=106;END=25972202;VD=28;AF=0.2642;BIAS=1:1;REFBIAS=48:0;VARBIAS=28:0;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.8;SN=56;HIAF=0.3182;ADJAF=0.0283;SHIFT3=12;MSI=16;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=28;HICOV=88;LSEQ=CGACAGTGCGAGACTCGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAATGAAAAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:28:48,28:0.2642:48,0:28,0 chr15 25972663 . T G 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=25972663;VD=57;AF=0.9828;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:57;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=114;HIAF=0.9828;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=57;HICOV=58;LSEQ=CTCTAGAGCCTGGTGTTTAT;RSEQ=TGTTTTGCAGATAGACTTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:58:57:0,57:0.9828:0,0:0,57 chr15 25980875 . C T 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=25980875;VD=26;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=25:1;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=23;HICOV=23;LSEQ=CCGGCCTACTCCTGCTTCCA;RSEQ=GTTAACGGGGCCATGTGTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:26:26:0,26:1:0,0:25,1 chr15 25981190 . A G 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=231;END=25981190;VD=231;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=110:121;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=230;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=230;HICOV=230;LSEQ=AAGGATGCGCGCAGGCAGAC;RSEQ=CACGATACTCACATGCAGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:231:231:0,231:1:0,0:110,121 chr15 25981367 . C T 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=25981367;VD=134;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=19:115;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=132;HICOV=132;LSEQ=AGGCACTCGCTTTTCTGTCT;RSEQ=GCATCCGCGGCAGGCACATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:134:134:0,134:1:0,0:19,115 chr15 25981436 . A C 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=25981436;VD=83;AF=0.9881;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:82;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82;HIAF=0.9880;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=82;HICOV=83;LSEQ=CTCTCTGGAAAGCCAAAGCA;RSEQ=CGCCTTCTCCACTGTATAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:84:83:0,83:0.9881:0,0:1,82 chr15 26026139 . A G 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=369;END=26026139;VD=369;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=259:110;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=363;HICOV=363;LSEQ=TGTGTGGCTGTAATGCCTGC;RSEQ=AGGCCCTGGAAACGTGGGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:369:369:0,369:1:0,0:259,110 chr15 26026574 . C T 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=26026574;VD=65;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:65;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=64;HICOV=64;LSEQ=AGCACTTTGAGAGACCGAGG;RSEQ=GGGCAGATTATGAGGTCAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:65:65:0,65:1:0,0:0,65 chr15 26108444 . C T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=26108444;VD=2;AF=0.0138;BIAS=2:0;REFBIAS=22:121;VARBIAS=0:2;PMEAN=11;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=144;LSEQ=TCCACTCCCGTCCAGCCCCG;RSEQ=CGCCCGGCCGCAGTCCCCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:2:143,2:0.0138:22,121:0,2 chr15 26108603 . A G 160 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=26108603;VD=25;AF=0.4464;BIAS=1:1;REFBIAS=0:30;VARBIAS=0:25;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=25;HICOV=55;LSEQ=ACGCCGGATAGCGGGAAACA;RSEQ=AAAAAGCCCGAGCTGGAAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:56:25:30,25:0.4464:0,30:0,25 chr15 26109808 . C G 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=26109808;VD=21;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=21:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=TCACAGGGGTGGGCTTTTGA;RSEQ=ATGTAGAGGCCCAGATCAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:21:0,21:1:0,0:21,0 chr15 26109967 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=26109967;VD=2;AF=0.012;BIAS=1:0;REFBIAS=162:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=GGCCTCACATCCCATGGCTC;RSEQ=GTGTTTTCCTCTACCAGCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:163,2:0.012:162,1:2,0 chr15 26109985 . C T 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=26109985;VD=86;AF=0.4859;BIAS=1:1;REFBIAS=89:1;VARBIAS=86:0;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.667;HIAF=0.4826;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=83;HICOV=172;LSEQ=TCCGTGTTTTCCTCTACCAG;RSEQ=CCACCTGGTGACCCCCGAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:86:90,86:0.4859:89,1:86,0 chr15 26110472 . T C 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=26110472;VD=192;AF=0.9948;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:190;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=187;HICOV=187;LSEQ=GGCCTAGCTCAGCTCACCTC;RSEQ=GGAAAGGTCTCCAAGCTGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:193:192:0,192:0.9948:0,0:2,190 chr15 29409871 . G GTGAT 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=388;END=29409871;VD=352;AF=0.9072;BIAS=2:2;REFBIAS=22:38;VARBIAS=121:231;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.76984;ODDRATIO=1.10499;MQ=60.2;SN=351;HIAF=0.8645;ADJAF=0.1005;SHIFT3=18;MSI=5;MSILEN=4;NM=0.2;HICNT=351;HICOV=406;LSEQ=TAATGAAAGTTTGGGGACAT;RSEQ=TGATTGATTGATTGATTGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:388:352:60,352:0.9072:22,38:121,231 chr15 29409875 . T TTGAG 53 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=389;END=29409875;VD=4;AF=0.0103;BIAS=2:0;REFBIAS=127:258;VARBIAS=4:0;PMEAN=56.8;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.01247;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=4;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=358;LSEQ=GAAAGTTTGGGGACATGTGA;RSEQ=TGATTGATTGATTGTAAATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:389:4:385,4:0.0103:127,258:4,0 chr15 29410073 . G C 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=29410073;VD=90;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:89;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=88;HICOV=88;LSEQ=CCACCCGGCTGCATACCCGG;RSEQ=CAGGGCTCCCACAGAGACAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:90:90:0,90:1:0,0:1,89 chr15 29410238 . A G 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=29410238;VD=6;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:6;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=6;HICOV=9;LSEQ=TGAGTGCAGACCCCTTGGCC;RSEQ=GCGTGGCGCAGTGGCCCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:6:3,6:0.6667:0,3:0,6 chr15 33062610 . CAT C 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=6;END=33062612;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0.3333;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=AATTTCTCTGTTGCAAACAT;RSEQ=AGAGAAAATGTGCAATCCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:6,0 chr15 33062878 . T C 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=33062878;VD=176;AF=0.9888;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=176:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=87;HIAF=0.9886;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=174;HICOV=176;LSEQ=AAGGAGGCTGAGAAGAGGTT;RSEQ=GCAGCTTCTACTGTCCTTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:178:176:0,176:0.9888:0,0:176,0 chr15 33063035 . ATCTT A 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=410;END=33063039;VD=407;AF=0.9927;BIAS=2:2;REFBIAS=1:1;VARBIAS=213:194;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.09768279162688;MQ=60;SN=202.5;HIAF=0.9951;ADJAF=0.0927;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=405;HICOV=407;LSEQ=CACTTCTCAGATTTCAGAAA;RSEQ=TATAATTCCTGAGTAGTTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:410:407:2,407:0.9927:1,1:213,194 chr15 33063226 . A C 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=33063226;VD=152;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:152;PMEAN=44.9;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.889;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=143;HICOV=143;LSEQ=TCCCCAGTAAGCTGCCACTT;RSEQ=TTGAGATAAAAGCCATACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:152:152:0,152:1:0,0:0,152 chr15 33063289 . CT C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=102;END=33063290;VD=2;AF=0.0196;BIAS=1:0;REFBIAS=0:100;VARBIAS=0:2;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=GATACTTCATGGGCCTGATG;RSEQ=TTTTTTTTTGAAACGGAGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:102:2:100,2:0.0196:0,100:0,2 chr15 33063343 . T G 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=55;END=33063343;VD=54;AF=0.9818;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:54;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.8;SN=53;HIAF=0.9815;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=53;HICOV=54;LSEQ=AGGCTGGAGTGCAGTGGTGC;RSEQ=ATCTCGGCTAGCTGCAAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:55:54:0,54:0.9818:0,0:0,54 chr15 33063372 . T C 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=33063372;VD=48;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:48;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58;SN=23;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=46;HICOV=46;LSEQ=TAGCTGCAAGCTCCACCTCC;RSEQ=GGGTTCACGCCATTCTCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:48:48:0,48:1:0,0:0,48 chr15 43645246 . T C 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=43645246;VD=32;AF=0.4638;BIAS=1:1;REFBIAS=37:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=0.4697;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=31;HICOV=66;LSEQ=TTTCAGTTTTAAAACAGCTT;RSEQ=TATTACATTTTCTTTGTGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:69:32:37,32:0.4638:37,0:32,0 chr15 43645474 . AAAAC A 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=246;END=43645478;VD=107;AF=0.435;BIAS=2:2;REFBIAS=63:76;VARBIAS=45:62;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.69759;ODDRATIO=1.14149;MQ=60;SN=214;HIAF=0.4385;ADJAF=0.0528;SHIFT3=15;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=107;HICOV=244;LSEQ=AGATAGTTCTGAAAGGTAAA;RSEQ=AAACAAACAAACAAAAAACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:246:107:139,107:0.435:63,76:45,62 chr15 43922586 . T C 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=43922586;VD=21;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=20:1;VARBIAS=21:0;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=32;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.25;HIAF=0.4595;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=17;HICOV=37;LSEQ=ACACTTATACAGAGTCTCAC;RSEQ=CTGTTGCCCAGGCTGGAGTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:42:21:21,21:0.5:20,1:21,0 chr15 43924174 . C G 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=43924174;VD=68;AF=0.4964;BIAS=1:1;REFBIAS=68:1;VARBIAS=67:1;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01482;MQ=57.7;SN=136;HIAF=0.5037;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=68;HICOV=135;LSEQ=TAGGATTTGGGTGTCCCCTG;RSEQ=TACAGAAGCAGAGTTTCTAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:68:69,68:0.4964:68,1:67,1 chr15 43924682 . G A 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=320;END=43924682;VD=148;AF=0.4625;BIAS=2:2;REFBIAS=41:131;VARBIAS=46:102;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.16626;ODDRATIO=1.43924238280969;MQ=60;SN=147;HIAF=0.4667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=147;HICOV=315;LSEQ=GGTAACAGGAAGCAAGGAGG;RSEQ=AAAGGGTGCATCAGTAAGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:320:148:172,148:0.4625:41,131:46,102 chr15 43925134 . TT AG 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=507;END=43925135;VD=213;AF=0.4201;BIAS=2:2;REFBIAS=102:185;VARBIAS=48:165;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.00216;ODDRATIO=1.8929;MQ=30.5;SN=426;HIAF=0.4303;ADJAF=0.0039;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=213;HICOV=495;LSEQ=TTGACTAGCTCCTCTTGAAC;RSEQ=AAAGAAGAAATTTATGGCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:507:213:287,213:0.4201:102,185:48,165 chr15 43925140 . A G 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=501;END=43925140;VD=213;AF=0.4251;BIAS=2:2;REFBIAS=96:190;VARBIAS=46:167;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.00362;ODDRATIO=1.8321;MQ=30.3;SN=52.25;HIAF=0.4274;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=209;HICOV=489;LSEQ=AGCTCCTCTTGAACTTAAAG;RSEQ=AGAAATTTATGGCTTCACAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:501:213:286,213:0.4251:96,190:46,167 chr15 43925147 . T G 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=488;END=43925147;VD=213;AF=0.4365;BIAS=2:2;REFBIAS=88:187;VARBIAS=46:167;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.01079;ODDRATIO=1.70657;MQ=30;SN=70;HIAF=0.4357;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=210;HICOV=482;LSEQ=CTTGAACTTAAAGAAGAAAT;RSEQ=TATGGCTTCACAAACATTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:488:213:275,213:0.4365:88,187:46,167 chr15 43925307 . T TTA 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=146;END=43925307;VD=65;AF=0.4452;BIAS=1:1;REFBIAS=1:80;VARBIAS=0:65;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=35.6;SN=130;HIAF=0.4545;ADJAF=0.0479;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=65;HICOV=143;LSEQ=CAATCATTCATGTGTCATCC;RSEQ=TAACTCTTCTCTCCCCTCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:146:65:81,65:0.4452:1,80:0,65 chr15 43927353 . CT C 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=194;END=43927354;VD=13;AF=0.067;BIAS=1:1;REFBIAS=177:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=46.8;SN=26;HIAF=0.0681;ADJAF=0.0052;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=13;HICOV=191;LSEQ=CAAGATCCTTAACTTAGGAT;RSEQ=TTTTTTTTTTCCAAATAAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:13:177,13:0.067:177,0:13,0 chr15 43927623 . CA C 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=618;END=43927624;VD=55;AF=0.089;BIAS=2:2;REFBIAS=244:301;VARBIAS=20:35;PMEAN=46.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.25613;ODDRATIO=1.41779;MQ=60;SN=54;HIAF=0.0900;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=54;HICOV=600;LSEQ=ATGTTTTTTCTCCTGCAGAG;RSEQ=AAAAAAAAAAAGAGCAAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:618:55:545,55:0.089:244,301:20,35 chr15 43927673 . G GA 112 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=512;END=43927673;VD=8;AF=0.0156;BIAS=2:2;REFBIAS=179:290;VARBIAS=1:7;PMEAN=49.4;PSTD=1;QUAL=37.4;QSTD=1;SBF=0.26863;ODDRATIO=4.31076;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0183;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=8;HICOV=437;LSEQ=TTCAAGCAAAAGTGTGGTAA;RSEQ=AAAAAAAAAGTTCATATCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:512:8:469,8:0.0156:179,290:1,7 chr15 43928583 . G GTT 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=218;END=43928583;VD=3;AF=0.0138;BIAS=1:0;REFBIAS=2:190;VARBIAS=0:3;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0159;ADJAF=0.0046;SHIFT3=9;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=3;HICOV=189;LSEQ=TAATCATTCTATAGTTTGAA;RSEQ=TTTTTTTTTGTTGTTGTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:218:3:192,3:0.0138:2,190:0,3 chr15 43931406 . G T 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=43931406;VD=61;AF=0.4692;BIAS=1:1;REFBIAS=3:65;VARBIAS=1:60;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.62135;ODDRATIO=2.74919;MQ=60;SN=29.5;HIAF=0.4646;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=59;HICOV=127;LSEQ=CCAATAACATTTCACAGGAC;RSEQ=TTTCATTGCCTTCTTTGACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:61:68,61:0.4692:3,65:1,60 chr15 43931449 . T A 155 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=43931449;VD=27;AF=0.4219;BIAS=2:2;REFBIAS=4:32;VARBIAS=5:22;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=0.47973;ODDRATIO=1.80056897979762;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4138;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=14;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=24;HICOV=58;LSEQ=CCCAGATTTCTTTCATATAT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTAGACGGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:64:27:36,27:0.4219:4,32:5,22 chr15 43931608 . ATT A 141 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=59;END=43931610;VD=15;AF=0.2542;BIAS=2:2;REFBIAS=29:4;VARBIAS=13:2;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.11281;MQ=59.7;SN=30;HIAF=0.2727;ADJAF=0.1017;SHIFT3=25;MSI=27;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=15;HICOV=55;LSEQ=ACACACCACCAAGCCCGGCA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:59:15:33,15:0.2542:29,4:13,2 chr15 43931759 . G A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=43931759;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=222:26;VARBIAS=2:1;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.29027;ODDRATIO=4.22896;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=244;LSEQ=AGGCGTGAGCCACCGCACCC;RSEQ=GCCAATTTGTTTCATATTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:251:3:248,3:0.012:222,26:2,1 chr15 43932103 . G C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=43932103;VD=122;AF=0.4803;BIAS=1:1;REFBIAS=3:129;VARBIAS=3:119;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0836701741458;MQ=39.3;SN=60;HIAF=0.4800;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=120;HICOV=250;LSEQ=TTCCCTGGGCGTTATCCCTT;RSEQ=AATAGCATTCTCTGAGAAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:122:132,122:0.4803:3,129:3,119 chr15 43932171 . A C 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=43932171;VD=83;AF=0.4663;BIAS=2:2;REFBIAS=10:84;VARBIAS=6:77;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.6007;ODDRATIO=1.52418;MQ=33.2;SN=82;HIAF=0.4659;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=82;HICOV=176;LSEQ=GTTGCTTAAACACTATACTT;RSEQ=AACTTGTTCAGATATAAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:83:94,83:0.4663:10,84:6,77 chr15 43939642 . C T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=583;END=43939642;VD=295;AF=0.506;BIAS=2:2;REFBIAS=92:187;VARBIAS=121:174;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.04741;ODDRATIO=1.41260894746507;MQ=60;SN=21.692;HIAF=0.5045;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=282;HICOV=559;LSEQ=CTGGTGTTGATCTCCCAATA;RSEQ=AAGTTTCTTCTGGCGGGAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:583:295:279,295:0.506:92,187:121,174 chr15 43940355 . C A 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=317;END=43940355;VD=4;AF=0.0126;BIAS=2:2;REFBIAS=49:264;VARBIAS=1:3;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.49852;ODDRATIO=1.79192201555388;MQ=58.5;SN=3;HIAF=0.0097;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=3;HICOV=308;LSEQ=CCTCCTCCCCACCCTCTTTA;RSEQ=CCTTAAGATTCCTTAATGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:317:4:313,4:0.0126:49,264:1,3 chr15 43940669 . T G 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=43940669;VD=24;AF=0.6;BIAS=2:2;REFBIAS=10:6;VARBIAS=18:6;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.48981;ODDRATIO=1.772955339255;MQ=56.3;SN=23;HIAF=0.6216;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=23;HICOV=37;LSEQ=TGAGGTGGAGTTGGGGGAGG;RSEQ=CTTGGCCTGCTCACGCAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:40:24:16,24:0.6:10,6:18,6 chr15 43941125 . G C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=43941125;VD=254;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=60:194;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=250;HICOV=250;LSEQ=ACCAGCTGGTCCCGCCCGCC;RSEQ=GACGAAGGCGACGCGCAGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:254:254:0,254:1:0,0:60,194 chr15 51500086 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=210;END=51500086;VD=3;AF=0.0143;BIAS=1:0;REFBIAS=206:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0097;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=207;LSEQ=CTGGTAGAAACAGGGTTATG;RSEQ=CCATTGACTTCCTAGAATAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:210:3:207,3:0.0143:206,1:3,0 chr15 51500746 . A AT 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=673;END=51500746;VD=330;AF=0.4903;BIAS=2:2;REFBIAS=149:190;VARBIAS=146:184;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01179755954429;MQ=60;SN=40.25;HIAF=0.4961;ADJAF=0.0758;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=322;HICOV=649;LSEQ=GAAGATAATAGAATTTTCAA;RSEQ=ATGTGTTCATCAGCCTACTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:673:330:339,330:0.4903:149,190:146,184 chr15 51501404 . C T 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=809;END=51501404;VD=377;AF=0.466;BIAS=2:2;REFBIAS=217:214;VARBIAS=202:175;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.36016;ODDRATIO=1.13814846008513;MQ=60;SN=93.25;HIAF=0.4686;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=373;HICOV=796;LSEQ=ATTCTTTACTAATGTCCATT;RSEQ=TTGAATTCTTGGAATACCTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:809:377:431,377:0.466:217,214:202,175 chr15 51502209 . A AT 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=552;END=51502209;VD=9;AF=0.0163;BIAS=2:2;REFBIAS=273:238;VARBIAS=5:4;PMEAN=50.3;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.08952638288136;MQ=63.2;SN=18;HIAF=0.0178;ADJAF=0.0018;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=9;HICOV=507;LSEQ=ATTTGAAGTGCATCATGTGA;RSEQ=TTTTTTTTTCTACAGCAGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:552:9:511,9:0.0163:273,238:5,4 chr15 51502844 . A C 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1029;END=51502844;VD=481;AF=0.4674;BIAS=2:2;REFBIAS=295:252;VARBIAS=262:219;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.90018;ODDRATIO=1.02195151861996;MQ=60;SN=42.727;HIAF=0.4695;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=470;HICOV=1001;LSEQ=TGTGAACAGGAGCAGATGAC;RSEQ=AATAGCACCTAGCTTGGTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1029:481:547,481:0.4674:295,252:262,219 chr15 51502986 . G A 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=908;END=51502986;VD=448;AF=0.4934;BIAS=2:2;REFBIAS=204:254;VARBIAS=210:238;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.50499;ODDRATIO=1.09850274076434;MQ=60;SN=63;HIAF=0.4927;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=441;HICOV=895;LSEQ=GATGAGAAATGCTCCAGAGT;RSEQ=GGTACTGACCAGCCTTCTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:908:448:458,448:0.4934:204,254:210,238 chr15 51503677 . T G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=51503677;VD=5;AF=0.4167;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:5;PMEAN=16.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.4167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=5;HICOV=12;LSEQ=GGCCTATTCAGTGCCAAGCA;RSEQ=CTAACTATTTGTAGTTATGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:5:7,5:0.4167:0,7:0,5 chr15 51504262 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=122;END=51504262;VD=2;AF=0.0164;BIAS=1:0;REFBIAS=118:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=121;LSEQ=AGCCAAATGAAGGGCCCAGC;RSEQ=TTTTCACATTTTGACCTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:122:2:120,2:0.0164:118,2:2,0 chr15 51504811 . A C 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=436;END=51504811;VD=218;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=46:171;VARBIAS=51:167;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.64523;ODDRATIO=1.1349191937534;MQ=60;SN=14.571;HIAF=0.4892;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=204;HICOV=417;LSEQ=AATGTTAGTTTCCATCTGTG;RSEQ=TTGGTATTAAAGCTTCTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:436:218:217,218:0.5:46,171:51,167 chr15 51504934 . T G 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=203;END=51504934;VD=102;AF=0.5025;BIAS=1:1;REFBIAS=1:100;VARBIAS=0:102;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.49754;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.4;HIAF=0.4899;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=97;HICOV=198;LSEQ=GTTATGCTTGGGCCACAGAG;RSEQ=GTTTTATAAAAATTCAGATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:203:102:101,102:0.5025:1,100:0,102 chr15 51507508 . T C 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=338;END=51507508;VD=156;AF=0.4615;BIAS=2:2;REFBIAS=20:160;VARBIAS=27:129;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.11594;ODDRATIO=1.67179350006687;MQ=60;SN=30.2;HIAF=0.4646;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=151;HICOV=325;LSEQ=GGGGAGGTGACACTCAAGGA;RSEQ=CAACAACCTCAACAAAATGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:338:156:180,156:0.4615:20,160:27,129 chr15 51507782 . T G 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=51507782;VD=98;AF=0.5026;BIAS=2:2;REFBIAS=86:11;VARBIAS=92:6;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.21541;ODDRATIO=1.95457566162386;MQ=60;SN=23.5;HIAF=0.4947;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=94;HICOV=190;LSEQ=TTGGATTGGGATTACAGAAC;RSEQ=GCTAGAGAAAGTATTTAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:195:98:97,98:0.5026:86,11:92,6 chr15 51508120 . A C 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=102;END=51508120;VD=51;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:51;VARBIAS=1:50;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=102;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=51;HICOV=102;LSEQ=ATGATCTGCTTTAATTGAAA;RSEQ=CATTGGTGCTTATGAGTAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:102:51:51,51:0.5:0,51:1,50 chr15 51510702 . T A 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=289;END=51510702;VD=139;AF=0.481;BIAS=2:2;REFBIAS=104:45;VARBIAS=107:32;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.18439;ODDRATIO=1.44494054069675;MQ=60;SN=14.444;HIAF=0.4833;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=130;HICOV=269;LSEQ=AGGGAAAAAAACCAATCCAA;RSEQ=TGTACTCATAAATCTTCCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:289:139:149,139:0.481:104,45:107,32 chr15 51510868 . A C 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=293;END=51510868;VD=146;AF=0.4983;BIAS=2:2;REFBIAS=52:93;VARBIAS=45:101;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.38572;ODDRATIO=1.25397;MQ=60;SN=47.667;HIAF=0.5035;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=143;HICOV=284;LSEQ=ACTTTCTGTAGGAAAAAAAA;RSEQ=CACACATACACAAGAAAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:293:146:145,146:0.4983:52,93:45,101 chr15 51510941 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=51510941;VD=2;AF=0.0112;BIAS=1:0;REFBIAS=6:170;VARBIAS=0:2;PMEAN=16.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=CTCTGAGCAGAAAACATTCC;RSEQ=TGCAGATTCTCCTAACAGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:2:176,2:0.0112:6,170:0,2 chr15 51514203 . C T 120 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=51514203;VD=11;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=11:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.5238;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=11;HICOV=21;LSEQ=TATCATGCCCAAAAGAACAA;RSEQ=TGGAAATGGTTAAATATATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:22:11:11,11:0.5:11,0:11,0 chr15 51519826 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=51519826;VD=2;AF=0.0155;BIAS=1:0;REFBIAS=127:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=129;LSEQ=ACAGTGAGCCAAGGTCGTGA;RSEQ=CCAAGGTCACTCCTGCCTGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:127,2:0.0155:127,0:2,0 chr15 51519869 . C CAATAAATAAATAAATA 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=184;END=51519869;VD=87;AF=0.4728;BIAS=2:1;REFBIAS=84:6;VARBIAS=84:2;PMEAN=28.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.2787;ODDRATIO=2.98284862043251;MQ=60.1;SN=174;HIAF=0.5000;ADJAF=0.2609;SHIFT3=30;MSI=11;MSILEN=4;NM=0.5;HICNT=87;HICOV=174;LSEQ=GATAGAGTCAGAGCCTGTCT;RSEQ=AATAAATAAATAAATAAATA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:87:90,87:0.4728:84,6:84,2 chr15 51519945 . A AAAG 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=368;END=51519945;VD=165;AF=0.4484;BIAS=2:2;REFBIAS=150:46;VARBIAS=128:36;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.80107;ODDRATIO=1.09009647353791;MQ=60.1;SN=32;HIAF=0.4507;ADJAF=0.0435;SHIFT3=4;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=160;HICOV=355;LSEQ=AAGGCACATTCATAGACAAA;RSEQ=AAGATTGTAGCTAACTAAGT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:368:165:196,165:0.4484:150,46:128,36 chr15 51520206 . T C 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=277;END=51520206;VD=135;AF=0.4874;BIAS=2:2;REFBIAS=16:126;VARBIAS=19:116;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.58791;ODDRATIO=1.28867640046908;MQ=60;SN=134;HIAF=0.4945;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=134;HICOV=271;LSEQ=GGTACATTTTGACTAGGAGG;RSEQ=AGCTCTCTTAGCAAATGCAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:277:135:142,135:0.4874:16,126:19,116 chr15 51529112 . T C 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=557;END=51529112;VD=281;AF=0.5045;BIAS=2:2;REFBIAS=157:116;VARBIAS=143:138;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.12533;ODDRATIO=1.30548;MQ=60;SN=39.143;HIAF=0.5150;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=274;HICOV=532;LSEQ=ACTCGCATGAATTCTCCATA;RSEQ=ACCCGGTTGTAGTAGTTGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:557:281:273,281:0.5045:157,116:143,138 chr15 51529265 . T C 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=417;END=51529265;VD=191;AF=0.458;BIAS=2:2;REFBIAS=44:182;VARBIAS=34:157;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.70634;ODDRATIO=1.11606;MQ=60;SN=37.2;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=186;HICOV=403;LSEQ=CACCAAAAATTGCAACTGTT;RSEQ=TGTGTTACTCCTGTTTTTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:417:191:226,191:0.458:44,182:34,157 chr15 51529349 . GAAACA G 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=209;END=51529354;VD=76;AF=0.3636;BIAS=1:1;REFBIAS=1:130;VARBIAS=1:75;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.72842920353982;MQ=60;SN=152;HIAF=0.3671;ADJAF=0.0526;SHIFT3=18;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=76;HICOV=207;LSEQ=AATCACGAATAAAGTGATTT;RSEQ=AAACAAAACAAAACAAAAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:209:76:131,76:0.3636:1,130:1,75 chr15 51529373 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=51529373;VD=2;AF=0.011;BIAS=1:0;REFBIAS=2:177;VARBIAS=0:2;PMEAN=59.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=170;LSEQ=CAAAACAAAACAAAACAAAA;RSEQ=CCTCACGCTTAACATGAGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:2:179,2:0.011:2,177:0,2 chr15 51610415 . T TA 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=92;END=51610415;VD=5;AF=0.0543;BIAS=1:0;REFBIAS=82:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=10;HIAF=0.0588;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=85;LSEQ=CCCTCAACAGTCTAAAAATG;RSEQ=AAAAAAAAAAATTTACAGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:92:5:82,5:0.0543:82,0:5,0 chr15 51610791 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=51610791;VD=3;AF=0.0152;BIAS=2:0;REFBIAS=23:172;VARBIAS=0:3;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=193;LSEQ=AGGGGGCAGGCCTCTGCCTT;RSEQ=TGTGACCTCAATCTTCCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:3:195,3:0.0152:23,172:0,3 chr15 55709709 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=116;END=55709709;VD=2;AF=0.0172;BIAS=1:0;REFBIAS=114:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=58.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0180;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=111;LSEQ=ATGGCTGCCCACATACCCAG;RSEQ=CTAACCCTGGATGTTTATCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:116:2:114,2:0.0172:114,0:2,0 chr15 55709797 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=55709797;VD=3;AF=0.0182;BIAS=2:0;REFBIAS=121:41;VARBIAS=3:0;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.57468;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=156;LSEQ=TGACTTTTACAGATTTTTCC;RSEQ=TATGATTTACAGATTTTTAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:3:162,3:0.0182:121,41:3,0 chr15 55710369 . T A 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=282;END=55710369;VD=282;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=89:193;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=69.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=278;HICOV=278;LSEQ=GTGGGACTGAATTAAATTTT;RSEQ=TTTTTTTCAGAACTTTATAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:282:282:0,282:1:0,0:89,193 chr15 55723119 . C CT 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=109;END=55723119;VD=3;AF=0.0275;BIAS=1:0;REFBIAS=0:100;VARBIAS=0:3;PMEAN=47.7;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=6;HIAF=0.0306;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=98;LSEQ=GTTTTAAATTAGATTCCCAT;RSEQ=TTTTTTTTTTGAGACAGAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:3:100,3:0.0275:0,100:0,3 chr15 55724665 . G T 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=321;END=55724665;VD=5;AF=0.0156;BIAS=2:2;REFBIAS=214:102;VARBIAS=2:3;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.33501;ODDRATIO=3.13467;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=295;LSEQ=TTTTTTCAGAGTATAACTTG;RSEQ=GACTTAAACCATTTCTATCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:321:5:316,5:0.0156:214,102:2,3 chr15 55724981 . T TA 47 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=68;END=55724981;VD=3;AF=0.0441;BIAS=1:0;REFBIAS=0:62;VARBIAS=0:3;PMEAN=29.1;PSTD=1;QUAL=29.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=2;HIAF=0.0323;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=2;HICOV=62;LSEQ=TGGCGAAACCCCGTCTCTAC;RSEQ=AAAAAAAAATACAAAAATTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:68:3:62,3:0.0441:0,62:0,3 chr15 55726957 . TA T 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=177;END=55726958;VD=11;AF=0.0621;BIAS=1:0;REFBIAS=164:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.0621;ADJAF=0.0169;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=11;HICOV=177;LSEQ=TCCATTAGTAAAAAATCAGT;RSEQ=AAAAAAAAAAGATTCAATAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:11:164,11:0.0621:164,0:11,0 chr15 55727486 . AG A 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=82;END=55727487;VD=80;AF=0.9756;BIAS=0:1;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:80;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=160;HIAF=0.9756;ADJAF=0.1098;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=80;HICOV=82;LSEQ=CATTAGTAATTTAAGCCAGT;RSEQ=GGCATATTTGCATTATTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:82:80:2,80:0.9756:0,2:0,80 chr15 55727532 . G C 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=55727532;VD=19;AF=0.413;BIAS=1:1;REFBIAS=0:27;VARBIAS=0:19;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=18;HICOV=45;LSEQ=CAGTAATTGACTCAGGGATG;RSEQ=GCTAGTGTGACCTATATTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:46:19:27,19:0.413:0,27:0,19 chr15 55742055 . C T 102 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=55742055;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=CACAGGTGCTCGCCACCACG;RSEQ=CAGGCTAATTTTTGTATTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr15 55742151 . G C 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=55742151;VD=46;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=46:0;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=46;HICOV=46;LSEQ=AAGTGATCCACCCATCTCGG;RSEQ=CTCCCAAAGTGCTGGGATTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:46:46:0,46:1:0,0:46,0 chr15 55742923 . C T 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=55742923;VD=4;AF=0.4444;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:4;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=9;LSEQ=TATCTCCTTAAACTCTATAG;RSEQ=AGTATCTCCTACATACTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:4:5,4:0.4444:0,5:0,4 chr15 55759193 . T C 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=598;END=55759193;VD=579;AF=0.9682;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=280:299;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5.363;HIAF=0.9899;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.7;HICNT=488;HICOV=493;LSEQ=TATATTTTATTTTTTTTCTT;RSEQ=CTTCTTTAATTTGCTTTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:598:579:0,579:0.9682:0,0:280,299 chr15 55759241 . AT A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=570;END=55759242;VD=6;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=239:325;VARBIAS=3:3;PMEAN=49.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.70238;ODDRATIO=1.35906496330525;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=6;HICOV=560;LSEQ=ATAATTTCTCTTCTCTCTGA;RSEQ=TTTTTTTTGCTCCTCAGCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:570:6:564,6:0.0105:239,325:3,3 chr15 55783154 . G GA 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=160;END=55783154;VD=13;AF=0.0813;BIAS=1:1;REFBIAS=136:2;VARBIAS=13:0;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=26;HIAF=0.0861;ADJAF=0.0063;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=13;HICOV=151;LSEQ=AGAGTGAGACTCGGTCTCAA;RSEQ=AAAAAAAAAAACACACATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:13:138,13:0.0813:136,2:13,0 chr15 55790805 . A G 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=332;END=55790805;VD=172;AF=0.5181;BIAS=2:2;REFBIAS=37:91;VARBIAS=38:134;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=28.9;QSTD=1;SBF=0.18115;ODDRATIO=1.432;MQ=59.9;SN=4.548;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=20;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=141;HICOV=282;LSEQ=GCTTGAGAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAGCACTCTGTGGGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:332:172:128,172:0.5181:37,91:38,134 chr15 66679255 . C A 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=366;END=66679255;VD=5;AF=0.0137;BIAS=2:2;REFBIAS=194:166;VARBIAS=3:2;PMEAN=13.8;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.2826432712534;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=362;LSEQ=CCTCCCCCGGCCTCCAGTCC;RSEQ=TCCCAGGGCCGCTTCGCAGA;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:366:5:360,5:0.0137:194,166:3,2 chr15 66679379 . TGA T 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=534;END=66679381;VD=10;AF=0.0187;BIAS=2:2;REFBIAS=270:254;VARBIAS=4:6;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.53566;ODDRATIO=1.5931;MQ=60;SN=20;HIAF=0.0188;ADJAF=0.0037;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.2;HICNT=10;HICOV=532;LSEQ=AGCCGGAGGGACTGGTTGGT;RSEQ=GAGAGAGAGAGGAAGGGAAT;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:534:10:524,10:0.0187:270,254:4,6 chr15 66694420 . A T 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=66694420;VD=93;AF=0.5284;BIAS=2:2;REFBIAS=20:62;VARBIAS=22:71;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04084;MQ=60;SN=17.6;HIAF=0.5366;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=88;HICOV=164;LSEQ=ATTTTGAAGTTTTATAAATG;RSEQ=TGTGGTTACTACATTGTTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:176:93:82,93:0.5284:20,62:22,71 chr15 66694431 . A G 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=66694431;VD=164;AF=0.982;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=30:134;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.714;HIAF=0.9868;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.0;HICNT=150;HICOV=152;LSEQ=TTATAAATGATGTGGTTACT;RSEQ=CATTGTTCCATTGTGTGTAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:167:164:0,164:0.982:0,0:30,134 chr15 66694558 . A C 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=66694558;VD=70;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:70;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=66;HICOV=66;LSEQ=GTTTAACATCTGTCATCTCT;RSEQ=CACAACTAGCAGGAATATGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:70:70:0,70:1:0,0:0,70 chr15 66727268 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=66727268;VD=2;AF=0.0114;BIAS=1:2;REFBIAS=165:8;VARBIAS=1:1;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.10049;ODDRATIO=19.51068;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=CCCACTTTGATTATCTGTCT;RSEQ=GCCCCAGACCTGGAGCTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:173,2:0.0114:165,8:1,1 chr15 66727597 . G C 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=359;END=66727597;VD=356;AF=0.9916;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=114:242;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.364;HIAF=0.9914;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=345;HICOV=348;LSEQ=TGAGTTTGCCTTGATTAACA;RSEQ=GTAATTGGATTATTTCTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:359:356:0,356:0.9916:0,0:114,242 chr15 66727689 . A ATT 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=152;END=66727689;VD=86;AF=0.5658;BIAS=1:1;REFBIAS=0:21;VARBIAS=1:85;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.3;SN=42;HIAF=0.5753;ADJAF=0.0395;SHIFT3=15;MSI=17;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=84;HICOV=146;LSEQ=TACCTTTTTGTGCTGTTTGA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTAAGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:152:86:21,86:0.5658:0,21:1,85 chr15 66727955 . T C 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=66727955;VD=11;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:11;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=GGATTACAGGTGTGAGCCAC;RSEQ=GTGCCCAGCCGTGCTGTTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:0,11 chr15 66735551 . C T 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=66735551;VD=166;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=131:35;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=162;HICOV=162;LSEQ=TCTCCTGCCTCAGCCACAGC;RSEQ=GAAAGTTATCACTTGAAAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:166:166:0,166:1:0,0:131,35 chr15 66735925 . C CAG 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=50;END=66735925;VD=46;AF=0.92;BIAS=0:1;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:46;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=92;HIAF=0.9200;ADJAF=0.24;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=46;HICOV=50;LSEQ=AATCTGTGTGTCTTGAAAAA;RSEQ=GGGCCAGGCACAGTGGCTCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:50:46:3,46:0.92:0,3:0,46 chr15 66736741 . C T 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=53;END=66736741;VD=53;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=53:0;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=52;HICOV=52;LSEQ=ATTAGCCGGGGGTGGTAGCG;RSEQ=ATGCCCGTAATCCCAGCTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:53:53:0,53:1:0,0:53,0 chr15 66736828 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=66736828;VD=2;AF=0.0161;BIAS=1:0;REFBIAS=122:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0164;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=122;LSEQ=TTGTGGTGAGCCGAGATCGC;RSEQ=CCATTGCATTCCAGCCTGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:2:122,2:0.0161:122,0:2,0 chr15 66737211 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=66737211;VD=2;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=0:149;VARBIAS=0:2;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=150;LSEQ=GGTGGCTGAGGCAGCAACTC;RSEQ=TACCCTCTTTTTGGTCTTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:2:149,2:0.0132:0,149:0,2 chr15 66774559 . A G 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=36;END=66774559;VD=36;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:36;PMEAN=30.9;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=36;HICOV=36;LSEQ=AACCCAGGATGCTCAGATAT;RSEQ=ATCCACCCCAAACTACCTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:36:36:0,36:1:0,0:0,36 chr15 66779167 . A G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=66779167;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=TGTGGCCTCTGAGGCTCGCC;RSEQ=GTGACTCTAGGAGACAAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chr15 66779826 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=66779826;VD=2;AF=0.0136;BIAS=1:0;REFBIAS=0:145;VARBIAS=0:2;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=ATCTCTACTAAAAATACAAA;RSEQ=ATTAGCTGGGCATGGTGGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:2:145,2:0.0136:0,145:0,2 chr15 66783860 . T TA 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=501;END=66783860;VD=22;AF=0.0439;BIAS=2:2;REFBIAS=206:245;VARBIAS=11:10;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.65564;ODDRATIO=1.30749718888104;MQ=60.7;SN=44;HIAF=0.0473;ADJAF=0.006;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=22;HICOV=465;LSEQ=CTAATAAATATACTATGAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAGGATGAAAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:501:22:451,22:0.0439:206,245:11,10 chr15 66784232 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=50;END=66784232;VD=3;AF=0.06;BIAS=1:0;REFBIAS=0:47;VARBIAS=0:3;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0476;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=42;LSEQ=GACAAAACATTTCTTATCTC;RSEQ=CAGAACATTTCTCATTTTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:50:3:47,3:0.06:0,47:0,3 chr15 74630623 . T C 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=74630623;VD=90;AF=0.4972;BIAS=2:2;REFBIAS=30:60;VARBIAS=25:65;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.51769;ODDRATIO=1.29809;MQ=60;SN=180;HIAF=0.4972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=90;HICOV=181;LSEQ=TGCACCCTTAGTGCTGCATT;RSEQ=CCTTGATTTAGGCCTAGACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:90:90,90:0.4972:30,60:25,65 chr15 74631364 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=74631364;VD=2;AF=0.0134;BIAS=2:0;REFBIAS=94:53;VARBIAS=2:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53855;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0135;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=148;LSEQ=TCCCACCCTTTCCTCAGACC;RSEQ=AGGCAAATCATGAAGTCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:2:147,2:0.0134:94,53:2,0 chr15 74632362 . C T 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=74632362;VD=30;AF=0.5263;BIAS=1:1;REFBIAS=0:27;VARBIAS=0:30;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5185;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=28;HICOV=54;LSEQ=TCATGTCACCAAAAACCCAC;RSEQ=CATGTCCACAGTGAGTAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:57:30:27,30:0.5263:0,27:0,30 chr15 74635666 . 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G T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=221;END=74635978;VD=4;AF=0.0181;BIAS=1:2;REFBIAS=216:1;VARBIAS=3:1;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.03595;ODDRATIO=62.57153;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=3;HICOV=218;LSEQ=CCTTCCATCCGCCATTTCCA;RSEQ=GGGTCCCAGGGCCTTCCTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:221:4:217,4:0.0181:216,1:3,1 chr15 74636047 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=283;END=74636047;VD=3;AF=0.0106;BIAS=2:0;REFBIAS=244:36;VARBIAS=3:0;PMEAN=52.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=280;LSEQ=TTTCCTACAGGTCAAGTCAG;RSEQ=GCCCATTGACATAGCGTGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:3:280,3:0.0106:244,36:3,0 chr15 74636446 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=74636446;VD=2;AF=0.0101;BIAS=1:0;REFBIAS=0:197;VARBIAS=0:2;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=193;LSEQ=GCACAAAGGATCTCTTGCCC;RSEQ=TACCCTCAGCCTCCTTCAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:2:197,2:0.0101:0,197:0,2 chr15 74640109 . C T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=74640109;VD=149;AF=0.5478;BIAS=1:1;REFBIAS=119:2;VARBIAS=145:4;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.69421;ODDRATIO=1.63849;MQ=60;SN=28.8;HIAF=0.5434;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=144;HICOV=265;LSEQ=TTAGGGAGGCAGGAAAATGA;RSEQ=GGGGATTCACCTAGAGGCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:272:149:121,149:0.5478:119,2:145,4 chr15 74640647 . G C 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=74640647;VD=33;AF=0.4925;BIAS=1:1;REFBIAS=0:34;VARBIAS=0:33;PMEAN=28.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66;HIAF=0.4925;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=33;HICOV=67;LSEQ=GTTAAACATTCTACAAGTGA;RSEQ=AGCTTTATGATCACTGTTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:67:33:34,33:0.4925:0,34:0,33 chr15 74657652 . CA C 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=16;END=74657653;VD=6;AF=0.375;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4286;ADJAF=0.0625;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=6;HICOV=14;LSEQ=GAGGCACAGAGGCCCAAAGA;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAGGCCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:6:9,6:0.375:9,0:6,0 chr15 74657867 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=74657867;VD=2;AF=0.0105;BIAS=1:0;REFBIAS=188:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=53.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=GTGTGCGGAGGGTAACGGAT;RSEQ=TAGGGAGGCATTTAGTAGGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:2:189,2:0.0105:188,1:2,0 chr15 74658315 . G GA 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=677;END=74658315;VD=619;AF=0.9143;BIAS=2:2;REFBIAS=19:19;VARBIAS=316:303;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04285073677405;MQ=60;SN=18.968;HIAF=0.9231;ADJAF=0.0679;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=588;HICOV=637;LSEQ=GCAGAGTGACTGGGACCTAG;RSEQ=ACCTGCGGTGGGGCCGCCGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:677:619:38,619:0.9143:19,19:316,303 chr15 74658316 . A AC 163 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=711;END=74658316;VD=52;AF=0.0731;BIAS=2:2;REFBIAS=325:316;VARBIAS=29:23;PMEAN=10.8;PSTD=1;QUAL=28.6;QSTD=1;SBF=0.56446;ODDRATIO=1.22559533293297;MQ=60;SN=2.714;HIAF=0.0623;ADJAF=0.052;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=38;HICOV=610;LSEQ=CAGAGTGACTGGGACCTAGG;RSEQ=CCTGCGGTGGGGCCGCCGCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:711:52:641,52:0.0731:325,316:29,23 chr15 74658317 . CCTGCGGTGGGGCC ACCTGCGGTGGG 115 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=711;END=74658330;VD=11;AF=0.0155;BIAS=2:2;REFBIAS=325:316;VARBIAS=6:5;PMEAN=8.1;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.16649363677721;MQ=60;SN=22;HIAF=0.0180;ADJAF=0.0141;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=3;NM=1.4;HICNT=11;HICOV=610;LSEQ=AGAGTGACTGGGACCTAGGA;RSEQ=GCCGCCGCCTCCGCGGGGCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:711:11:641,11:0.0155:325,316:6,5 chr15 74658801 . T TTTTATTTATTTA 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=80;END=74658801;VD=18;AF=0.225;BIAS=1:1;REFBIAS=0:36;VARBIAS=0:18;PMEAN=27.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.3;SN=36;HIAF=0.3214;ADJAF=0.1375;SHIFT3=35;MSI=11;MSILEN=4;NM=0.9;HICNT=18;HICOV=56;LSEQ=TGCCCGGCTAATTTTTTTTA;RSEQ=TTTATTTATTTATTTATTTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:80:18:36,18:0.225:0,36:0,18 chr15 74658872 . G A 88 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=74658872;VD=7;AF=0.5385;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:7;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=6;HICOV=12;LSEQ=GGTTTCACCATGTTGGCCGG;RSEQ=TTGATCTCGAACTCCTGTCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:7:6,7:0.5385:0,6:0,7 chr15 74659519 . CAAAAA C 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=218;END=74659524;VD=91;AF=0.4174;BIAS=1:1;REFBIAS=96:1;VARBIAS=91:0;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=182;HIAF=0.4213;ADJAF=0.055;SHIFT3=13;MSI=18;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=91;HICOV=216;LSEQ=ATATTTCTGTATTGTATTAC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAGAAGTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:218:91:97,91:0.4174:96,1:91,0 chr15 74659535 . A G 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=74659535;VD=87;AF=0.3884;BIAS=1:1;REFBIAS=112:0;VARBIAS=86:1;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=26.3;QSTD=1;SBF=0.43719;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2.107;HIAF=0.3296;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=18;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=59;HICOV=179;LSEQ=TTACCAAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AAGAAGTTAGACAGGAGTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:224:87:112,87:0.3884:112,0:86,1 chr15 74659609 . G T 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=407;END=74659609;VD=179;AF=0.4398;BIAS=2:2;REFBIAS=179:44;VARBIAS=139:40;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=32.6;QSTD=1;SBF=0.53907;ODDRATIO=1.17023;MQ=60;SN=8.421;HIAF=0.4233;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=160;HICOV=378;LSEQ=ACTACAGCAGGGCTACCCAG;RSEQ=CCCCTCCTCCTCCCTGTCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:407:179:223,179:0.4398:179,44:139,40 chr15 74660452 . CTATTTTATTT C 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=19;END=74660462;VD=5;AF=0.2632;BIAS=1:0;REFBIAS=0:14;VARBIAS=0:5;PMEAN=23.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.2632;ADJAF=0.1579;SHIFT3=32;MSI=8;MSILEN=5;NM=0.2;HICNT=5;HICOV=19;LSEQ=CTGAGAAATGCATCCTTAGG;RSEQ=TATTTTATTTTATTTTATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:19:5:14,5:0.2632:0,14:0,5 chr15 80263345 . 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A G 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=98514489;VD=37;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=36:1;VARBIAS=36:1;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=60;SN=36;HIAF=0.5070;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=36;HICOV=71;LSEQ=TTCCTTCTGCCTTTTTGGGA;RSEQ=AGAGACAGGAAAGATTCACT;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:74:37:37,37:0.5:36,1:36,1 chr15 98514768 . G GTGTTT 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=464;END=98514768;VD=230;AF=0.4957;BIAS=2:2;REFBIAS=126:103;VARBIAS=128:102;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.92531;ODDRATIO=1.02578831832263;MQ=60;SN=460;HIAF=0.5055;ADJAF=0.0496;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=230;HICOV=455;LSEQ=CACTGTGGGAGTTTCCCATG;RSEQ=TGAAGAGTGGAACGAAGGCG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:464:230:229,230:0.4957:126,103:128,102 chr15 98515049 . 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G A 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=100513117;VD=56;AF=0.4275;BIAS=1:1;REFBIAS=75:0;VARBIAS=56:0;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=112;HIAF=0.4375;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=56;HICOV=128;LSEQ=CAGCACCAATAAATCAAGAA;RSEQ=CACAGGGAGATGATCCCATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:56:75,56:0.4275:75,0:56,0 chr15 100513158 . C T 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=100513158;VD=76;AF=0.4343;BIAS=1:1;REFBIAS=98:0;VARBIAS=76:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=152;HIAF=0.4497;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=76;HICOV=169;LSEQ=GAAGTCCAAGTGAGACCTTC;RSEQ=GTCTGAAATCAGGGAGGAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:76:98,76:0.4343:98,0:76,0 chr15 100513318 . A C 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=376;END=100513318;VD=159;AF=0.4229;BIAS=2:2;REFBIAS=118:98;VARBIAS=97:62;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.24549;ODDRATIO=1.29843149475434;MQ=60;SN=78.5;HIAF=0.4361;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=157;HICOV=360;LSEQ=ACCATCCTCTGTGCTCTCAA;RSEQ=GAGGCCACTCTGCTTGTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:376:159:216,159:0.4229:118,98:97,62 chr15 100513364 . G A 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=446;END=100513364;VD=205;AF=0.4596;BIAS=2:2;REFBIAS=106:135;VARBIAS=105:100;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.12943;ODDRATIO=1.33636242148871;MQ=60;SN=67.333;HIAF=0.4570;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=202;HICOV=442;LSEQ=AGGCGTAAGGGGGCTGCAGG;RSEQ=GGGAAGGACCTTCCTTCATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:446:205:241,205:0.4596:106,135:105,100 chr15 100513372 . ACCTT A 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=466;END=100513376;VD=209;AF=0.4485;BIAS=2:2;REFBIAS=109:148;VARBIAS=100:109;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.26157;ODDRATIO=1.24508192639076;MQ=60;SN=418;HIAF=0.4485;ADJAF=0.0365;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=209;HICOV=466;LSEQ=GGGGGCTGCAGGGGGGAAGG;RSEQ=CCTTCATCATGCATCATCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:466:209:257,209:0.4485:109,148:100,109 chr15 100513524 . T C 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=100513524;VD=89;AF=0.4635;BIAS=2:1;REFBIAS=6:97;VARBIAS=3:86;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.5082;ODDRATIO=1.76811;MQ=60;SN=88;HIAF=0.4706;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=88;HICOV=187;LSEQ=TGGCGTTCCTCCCCTGGTCC;RSEQ=GGCACATCAGGCTGCTCCGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:89:103,89:0.4635:6,97:3,86 chr15 100513529 . C T 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=100513529;VD=88;AF=0.4607;BIAS=1:1;REFBIAS=2:101;VARBIAS=1:87;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.71807;MQ=60;SN=43;HIAF=0.4624;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=86;HICOV=186;LSEQ=TTCCTCCCCTGGTCCTGGCA;RSEQ=ATCAGGCTGCTCCGTGCCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:88:103,88:0.4607:2,101:1,87 chr15 100513587 . CTGGGCT C 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=158;END=100513593;VD=71;AF=0.4494;BIAS=1:1;REFBIAS=1:86;VARBIAS=0:71;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=142;HIAF=0.4494;ADJAF=0.0696;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=71;HICOV=158;LSEQ=TTGCTCTACAGATCCTAGGC;RSEQ=TGTGTCCTCAGAGGTCCCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:71:87,71:0.4494:1,86:0,71 chr15 100513707 . A G 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=100513707;VD=24;AF=0.5455;BIAS=1:1;REFBIAS=0:20;VARBIAS=1:23;PMEAN=44.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=0.5455;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=24;HICOV=44;LSEQ=TACAAAGCTTTAGGAAGTGC;RSEQ=GGCCAGAGTGGATGTTCCCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:44:24:20,24:0.5455:0,20:1,23 chr15 100513722 . T C 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=100513722;VD=23;AF=0.575;BIAS=1:1;REFBIAS=0:17;VARBIAS=1:22;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.6053;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=23;HICOV=38;LSEQ=AGTGCAGGCCAGAGTGGATG;RSEQ=TCCCGGAAGGCGGGGCAGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:40:23:17,23:0.575:0,17:1,22 chr15 100513725 . C G 165 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=100513725;VD=23;AF=0.575;BIAS=1:1;REFBIAS=0:17;VARBIAS=1:22;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.5750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=23;HICOV=40;LSEQ=GCAGGCCAGAGTGGATGTTC;RSEQ=CGGAAGGCGGGGCAGGTGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:40:23:17,23:0.575:0,17:1,22 chr15 100821151 . T C 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=100821151;VD=14;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=14;HICOV=14;LSEQ=GCCGCTTGGAGTGGGTCTTA;RSEQ=ACTTTTGGGAAGGAAGCCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:14:0,14:1:0,0:14,0 chr15 100821237 . G A 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=100821237;VD=49;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=49:0;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=98;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=49;HICOV=49;LSEQ=CACTACGCCAGTGTGGAGCC;RSEQ=AGGGCAGGTGCTCTTCCATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:49:49:0,49:1:0,0:49,0 chr15 100821426 . G A 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=100821426;VD=235;AF=0.9958;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=221:14;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38.167;HIAF=0.9957;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=229;HICOV=230;LSEQ=CACATCAGGACCCCGGCTCC;RSEQ=GACTCACCATGTTCATGACG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:236:235:1,235:0.9958:1,0:221,14 chr15 100821467 . G A 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=317;END=100821467;VD=315;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=212:103;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.636;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=304;HICOV=304;LSEQ=GTCAGGATGAACCTCTGGGC;RSEQ=GCCTCGGCCCCGTGGTACTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:317:315:0,315:0.9937:0,0:212,103 chr15 100821576 . G A 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=454;END=100821576;VD=452;AF=0.9956;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=183:269;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=63.571;HIAF=0.9978;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=445;HICOV=446;LSEQ=TCCGCTCCCGCCAGTCCCGC;RSEQ=AAGGCCTGCCCCACGTCGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:454:452:0,452:0.9956:0,0:183,269 chr15 100821647 . 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G A 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=100821783;VD=139;AF=0.9929;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:139;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.167;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=133;HICOV=133;LSEQ=CCCCGAGTTCACTCACGTAG;RSEQ=GGGGTGCTGGCCCAAAAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:140:139:0,139:0.9929:0,0:0,139 chr15 100821790 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=100821790;VD=2;AF=0.0145;BIAS=1:0;REFBIAS=0:136;VARBIAS=0:2;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0145;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=138;LSEQ=TTCACTCACGTAGGGGGGTG;RSEQ=TGGCCCAAAAGAAGGGTAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:2:136,2:0.0145:0,136:0,2 chr15 100821806 . 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T TA 119 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=337;END=1887877;VD=9;AF=0.0267;BIAS=2:2;REFBIAS=97:212;VARBIAS=2:7;PMEAN=52.9;PSTD=1;QUAL=37.8;QSTD=1;SBF=0.72563;ODDRATIO=1.59926;MQ=63.6;SN=18;HIAF=0.0291;ADJAF=0.003;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=9;HICOV=309;LSEQ=AAGAAACTCATGTACCTGGT;RSEQ=AAAAAAAAAATATGAGACAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:337:9:309,9:0.0267:97,212:2,7 chr16 1892096 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=207;END=1892096;VD=3;AF=0.0145;BIAS=1:0;REFBIAS=1:203;VARBIAS=0:3;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0101;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=198;LSEQ=TAAGTAACAGAAAAATTACT;RSEQ=TGTTGGCTATATAAACACTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:207:3:204,3:0.0145:1,203:0,3 chr16 1902800 . 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T C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=1903651;VD=9;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:8;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=GCCTTGATGGGTTGAAGACA;RSEQ=TTTTGAAATCAGTTCCTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:1,8 chr16 1903934 . A G 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=1903934;VD=123;AF=0.9919;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=122:1;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=246;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=123;HICOV=123;LSEQ=AGACCTCATTTTAAGGTGGT;RSEQ=TCCATAACAACTCAACATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:124:123:0,123:0.9919:0,0:122,1 chr16 1903938 . A G 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=1903938;VD=130;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=129:1;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=128;HICOV=128;LSEQ=CTCATTTTAAGGTGGTATCC;RSEQ=TAACAACTCAACATTCAAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:130:130:0,130:1:0,0:129,1 chr16 1904239 . T A 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=1904239;VD=249;AF=0.992;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=59:190;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.6;HIAF=0.9915;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=234;HICOV=236;LSEQ=ATCATTACTCTTCACCTATA;RSEQ=GTAGAAGTTCTTAAGTATTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:251:249:0,249:0.992:0,0:59,190 chr16 1904322 . G C 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=1904322;VD=127;AF=0.9922;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:125;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=126;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=126;HICOV=126;LSEQ=TAGAAATATTAAACTAGCAA;RSEQ=AACCAGTAATATATAGTTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:128:127:0,127:0.9922:0,0:2,125 chr16 1904545 . T G 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=1904545;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:7;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=GGACTGTGTTTCCAGCACCT;RSEQ=TGTATCCCCATGGCTCAGCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:0,7 chr16 1904556 . T C 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=1904556;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:5;PMEAN=51.6;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=CCAGCACCTTTGTATCCCCA;RSEQ=GGCTCAGCGTGGAACTCATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:0,5 chr16 1904587 . A G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=1904587;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=GGAACTCATGTGACTGAATG;RSEQ=ACTCAGGCTCTCTGGGGCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr16 1907652 . G A 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=334;END=1907652;VD=334;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=294:40;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=110.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=331;HICOV=331;LSEQ=AAAAGTTACCCCAGCTGATC;RSEQ=TGACCACTCCATCCCAAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:334:334:0,334:1:0,0:294,40 chr16 1907701 . AG CA 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=445;END=1907702;VD=436;AF=0.9798;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=313:123;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=435;HIAF=0.9909;ADJAF=0.0742;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=435;HICOV=439;LSEQ=GTGACTGCACCTCCCCTGCC;RSEQ=ATTGCACTTGGCTTTGTCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:445:436:2,436:0.9798:2,0:313,123 chr16 1907946 . C T 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=480;END=1907946;VD=479;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=124:355;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58.875;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=471;HICOV=471;LSEQ=CAGTTGCTAAATTGCAAAAA;RSEQ=ACAAGAAAGTTATTTGAAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:480:479:0,479:0.9979:0,0:124,355 chr16 1908218 . A T 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=1908218;VD=40;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:40;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=39;HICOV=39;LSEQ=TCTCCAAAAAAATAGGAGCA;RSEQ=AAAAGCGCTCTGAAACTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:40:40:0,40:1:0,0:0,40 chr16 1908256 . A G 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=1908256;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:17;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=17;HICOV=17;LSEQ=TTCAGGGGTTATACAAACCC;RSEQ=AGGACTGGTTGTTTCTCTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:17:0,17:1:0,0:0,17 chr16 1910046 . G T 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=1910046;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=CTCCTCTCAAGCTCTGCTTC;RSEQ=AAGGAATCTGCCCTAAGATG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:6,0 chr16 1910219 . 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T C 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=1910805;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:6;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=ATTCAACTAGAGAGATACCA;RSEQ=ACATTGTCCTGAAAGTTAAC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:0,6 chr16 1911585 . T C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=1911585;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=ACAGGGTCTTACTCTGTGAC;RSEQ=CAGGCTGGAGTGCAGAGGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:6,0 chr16 1912139 . 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A G 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=36;END=1915458;VD=36;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=36:0;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.4;SN=11;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=33;HICOV=33;LSEQ=AAAAAAGAGAGAACACATGT;RSEQ=CTCAAATATACATATATACA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:36:36:0,36:1:0,0:36,0 chr16 1915473 . TATACACACACGTGTACACAC T 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=49;END=1915493;VD=46;AF=0.9388;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=46:0;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=92;HIAF=1.0000;ADJAF=0.3673;SHIFT3=10;MSI=3;MSILEN=2;NM=3.6;HICNT=46;HICOV=46;LSEQ=CATGTACTCAAATATACATA;RSEQ=ATACACACACATACACATGC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:49:46:1,46:0.9388:1,0:46,0 chr16 1915527 . CGT C 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=73;END=1915529;VD=72;AF=0.9863;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=72:0;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=144;HIAF=0.9863;ADJAF=0.0822;SHIFT3=6;MSI=4;MSILEN=2;NM=3.7;HICNT=72;HICOV=73;LSEQ=CACATGCACACACATACACA;RSEQ=GTGTGTATACACATAAACAT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:73:72:1,72:0.9863:1,0:72,0 chr16 1915570 . G A 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=105;END=1915570;VD=105;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=105:0;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=100;HICOV=100;LSEQ=ATATACACATATGTGTGTAT;RSEQ=TATACATATATATAGAGAGA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:105:105:0,105:1:0,0:105,0 chr16 1915575 . CAT C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=117;END=1915577;VD=6;AF=0.0513;BIAS=1:0;REFBIAS=107:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0517;ADJAF=0.0171;SHIFT3=7;MSI=4;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=6;HICOV=116;LSEQ=CACATATGTGTGTATGTATA;RSEQ=ATATATAGAGAGAGAGAGAG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:6:107,6:0.0513:107,0:6,0 chr16 1915581 . T G 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=122;END=1915581;VD=110;AF=0.9016;BIAS=0:1;REFBIAS=12:0;VARBIAS=110:0;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.5;HIAF=0.9060;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=2;NM=3.4;HICNT=106;HICOV=117;LSEQ=TGTGTGTATGTATACATATA;RSEQ=ATAGAGAGAGAGAGAGAATG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:122:110:12,110:0.9016:12,0:110,0 chr16 1915583 . T G 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=1915583;VD=119;AF=0.9675;BIAS=0:1;REFBIAS=4:0;VARBIAS=119:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58.5;HIAF=0.9832;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=3.3;HICNT=117;HICOV=119;LSEQ=TGTGTATGTATACATATATA;RSEQ=AGAGAGAGAGAGAGAATGTG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:123:119:4,119:0.9675:4,0:119,0 chr16 1916103 . C T 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=1916103;VD=25;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:25;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=24;HICOV=24;LSEQ=TCTACTTTATTTTCAATCAC;RSEQ=AGATGGAGCATAATAACTGC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:25:25:0,25:1:0,0:0,25 chr16 1917910 . C CAAAT 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=164;END=1917910;VD=164;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=164:0;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=163;HIAF=0.9939;ADJAF=0.2073;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.9;HICNT=163;HICOV=164;LSEQ=CATATCTTCTACTCTACACA;RSEQ=AAAGATTAATTTTCATCTAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:164:164:0,164:1:0,0:164,0 chr16 1917998 . T C 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=212;END=1917998;VD=209;AF=0.9858;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=209:0;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=206;HICOV=206;LSEQ=ATACCAATGCAATGAGTATC;RSEQ=ATATACTTGCCAATTATAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:212:209:0,209:0.9858:0,0:209,0 chr16 1918125 . T G 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=397;END=1918125;VD=396;AF=0.9975;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=139:257;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=380;HICOV=380;LSEQ=TACCAGATTAGCCATATTTG;RSEQ=CTGCAGATCTGAAAGGGTAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:397:396:1,396:0.9975:0,1:139,257 chr16 1918389 . G A 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=1918389;VD=69;AF=0.9857;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:69;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=64;HICOV=64;LSEQ=CCATCATGGCGAAACCTCAC;RSEQ=TGGTAGCGGGCACCAGTAAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:70:69:0,69:0.9857:0,0:0,69 chr16 1918543 . CAAAATAAAAT C 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=4;END=1918553;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0.25;SHIFT3=16;MSI=5;MSILEN=5;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=TGTCTCAAAAATAAATAAAA;RSEQ=AAAATAAAATAAAATATTAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr16 1921911 . G A 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=136;END=1921911;VD=132;AF=0.9706;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=128:4;PMEAN=14.9;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=17.857;HIAF=0.9921;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=125;HICOV=126;LSEQ=GAGGAGCCGGGCCCTGACCC;RSEQ=CGCGGGCTCCCTTCCTCGGA;DUPRATE=0.151;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:136:132:0,132:0.9706:0,0:128,4 chr16 1922216 . C G 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=302;END=1922216;VD=298;AF=0.9868;BIAS=0:2;REFBIAS=4:0;VARBIAS=76:222;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=32.9;QSTD=1;SBF=0.00466;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9.643;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=270;HICOV=270;LSEQ=CTCACTGACTCCGCCCCCAC;RSEQ=GCTCACTGGCTCCGCCCCCA;DUPRATE=0.151;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:302:298:4,298:0.9868:4,0:76,222 chr16 1922290 . A AG 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=194;END=1922290;VD=182;AF=0.9381;BIAS=2:1;REFBIAS=2:10;VARBIAS=3:179;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.03171;ODDRATIO=11.55009;MQ=60.2;SN=181;HIAF=0.9427;ADJAF=0.1134;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=181;HICOV=192;LSEQ=CTCAGCCCTCGGGGGAGGGG;RSEQ=GGGGAGCCCGGTTCCCGTTT;DUPRATE=0.151;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:194:182:12,182:0.9381:2,10:3,179 chr16 1922312 . C T 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=1922312;VD=160;AF=0.9467;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:159;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=30.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5.154;HIAF=0.9853;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.4;HICNT=134;HICOV=136;LSEQ=GGGAGCCCGGTTCCCGTTTC;RSEQ=TCCTTCTTGGGAGTTAGAGG;DUPRATE=0.151;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:169:160:0,160:0.9467:0,0:1,159 chr16 1922390 . G T 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=1922390;VD=112;AF=0.9912;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:112;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.667;HIAF=0.9907;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=106;HICOV=107;LSEQ=CGCTCTCACAGCCGCGTGTG;RSEQ=CTCTGTGGTCGCTGGATTCC;DUPRATE=0.151;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:113:112:0,112:0.9912:0,0:0,112 chr16 2138882 . G GCA 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=688;END=2138882;VD=326;AF=0.4738;BIAS=2:2;REFBIAS=165:139;VARBIAS=145:180;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.01675;ODDRATIO=1.47263;MQ=60;SN=161.5;HIAF=0.5152;ADJAF=0.0698;SHIFT3=18;MSI=10;MSILEN=2;NM=0.6;HICNT=323;HICOV=627;LSEQ=ACACTCGCGCGTGCGCGCGC;RSEQ=CACACACACACACACACAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:688:326:304,326:0.4738:165,139:145,180 chr16 2141263 . A G 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=2141263;VD=80;AF=0.5229;BIAS=2:2;REFBIAS=33:28;VARBIAS=21:59;PMEAN=31.4;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.00092;ODDRATIO=3.28121;MQ=48.2;SN=15;HIAF=0.6356;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=75;HICOV=118;LSEQ=CGCTGCCGGGGCGGGGCCCT;RSEQ=CGAGGGGGCGGGACGCTGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:153:80:61,80:0.5229:33,28:21,59 chr16 2141283 . C G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=2141283;VD=2;AF=0.0136;BIAS=2:0;REFBIAS=66:79;VARBIAS=0:2;PMEAN=16.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.50182;ODDRATIO=0;MQ=33;SN=4;HIAF=0.0148;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=135;LSEQ=ACGAGGGGGCGGGACGCTGC;RSEQ=GGGGCGGGGCCCTGCGAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:2:145,2:0.0136:66,79:0,2 chr16 2141297 . G A 128 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=136;END=2141297;VD=24;AF=0.1765;BIAS=2:2;REFBIAS=72:37;VARBIAS=7:17;PMEAN=14.8;PSTD=1;QUAL=28;QSTD=1;SBF=0.0012;ODDRATIO=4.66703;MQ=55.4;SN=3;HIAF=0.1475;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=18;HICOV=122;LSEQ=CGCTGCCGGGGCGGGGCCCT;RSEQ=CGAGGGGGCGGGACGCTGCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:136:24:109,24:0.1765:72,37:7,17 chr16 2141317 . GAG C 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=142;END=2141319;VD=9;AF=0.0634;BIAS=2:2;REFBIAS=114:18;VARBIAS=2:7;PMEAN=8.2;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=7e-05;ODDRATIO=21.35601;MQ=53.3;SN=18;HIAF=0.0647;ADJAF=0.0563;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=9;HICOV=139;LSEQ=GCGAGGGGGCGGGACGCTGC;RSEQ=GGGGCGGGGCGCTGCGAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:9:132,9:0.0634:114,18:2,7 chr16 2141365 . C T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=231;END=2141365;VD=3;AF=0.013;BIAS=2:2;REFBIAS=200:23;VARBIAS=2:1;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.28708;ODDRATIO=4.30129;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0097;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=206;LSEQ=ACGCTGCCGGGGCGGGGCCC;RSEQ=GCGAGGGGGCGGGACGCTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:231:3:223,3:0.013:200,23:2,1 chr16 2143346 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=267;END=2143346;VD=3;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=175:89;VARBIAS=1:2;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.26849;ODDRATIO=3.91089;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0076;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=262;LSEQ=CCAGGCAGGAGTGGGCATTG;RSEQ=AGCTGGGCCCTGGCAGGGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:267:3:264,3:0.0112:175,89:1,2 chr16 2143353 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=2143353;VD=3;AF=0.011;BIAS=2:0;REFBIAS=181:88;VARBIAS=3:0;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.55335;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0076;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=262;LSEQ=GGAGTGGGCATTGGAGCTGG;RSEQ=CCCTGGCAGGGACTGGGGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:273:3:269,3:0.011:181,88:3,0 chr16 2146947 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=2146947;VD=2;AF=0.0154;BIAS=1:0;REFBIAS=126:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=CCCATGAGCCTGCTCCCTCC;RSEQ=TAGAGGGAAGGTTCTGGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:2:128,2:0.0154:126,2:2,0 chr16 2146981 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=2146981;VD=2;AF=0.012;BIAS=1:0;REFBIAS=162:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0124;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=161;LSEQ=CTGGGGCCCTGGGGATCCCA;RSEQ=GAGGCTCTTTCCACAGACAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:163,2:0.012:162,1:2,0 chr16 2147119 . TC T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=256;END=2147120;VD=3;AF=0.0117;BIAS=2:2;REFBIAS=134:119;VARBIAS=2:1;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.77229547710194;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0122;ADJAF=0.0039;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=245;LSEQ=CCCGGCCCCTCCTCTGGCAA;RSEQ=CCCCCTCCCCCGAGAGCCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:256:3:253,3:0.0117:134,119:2,1 chr16 2150710 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=2150710;VD=3;AF=0.011;BIAS=1:0;REFBIAS=8:260;VARBIAS=0:3;PMEAN=60.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=55;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=237;LSEQ=TGCACGGCTCTGCCATACAC;RSEQ=AGGAGCTGCGGTTACTGCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:272:3:268,3:0.011:8,260:0,3 chr16 2154230 . G A 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=2154230;VD=10;AF=0.5263;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.5263;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=10;HICOV=19;LSEQ=GGAAGGGGGATGAGGGGGAT;RSEQ=AGGAAGATGAGGGGAATGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:10:9,10:0.5263:9,0:10,0 chr16 2154461 . C T 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=219;END=2154461;VD=105;AF=0.4795;BIAS=2:1;REFBIAS=92:15;VARBIAS=102:3;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.00535;ODDRATIO=5.50357732526142;MQ=59.6;SN=12.125;HIAF=0.5052;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=97;HICOV=192;LSEQ=AGGCAGAGGAAAGGGCCGCA;RSEQ=GGGGCGGGCGGGTGGCATGG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:219:105:107,105:0.4795:92,15:102,3 chr16 2154478 . A G 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=265;END=2154478;VD=125;AF=0.4717;BIAS=2:2;REFBIAS=116:22;VARBIAS=97:28;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.20934;ODDRATIO=1.51956;MQ=52.3;SN=124;HIAF=0.4921;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=124;HICOV=252;LSEQ=GCACGGGGCGGGCGGGTGGC;RSEQ=TGGGGCACGGGCCGCGGCAC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:265:125:138,125:0.4717:116,22:97,28 chr16 2154735 . C T 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=288;END=2154735;VD=33;AF=0.1146;BIAS=2:2;REFBIAS=31:224;VARBIAS=5:28;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.58097;ODDRATIO=1.28909170598396;MQ=10.7;SN=32;HIAF=0.1115;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=32;HICOV=287;LSEQ=GTCCTCACCTGGCTCCCACC;RSEQ=CCAGCCCTGCAGCTGGAGAG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:288:33:255,33:0.1146:31,224:5,28 chr16 2154828 . C T 166 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=203;END=2154828;VD=27;AF=0.133;BIAS=1:1;REFBIAS=0:176;VARBIAS=0:27;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=11.9;SN=26;HIAF=0.1313;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=26;HICOV=198;LSEQ=GCATGACCCAGGGCCTCCAC;RSEQ=TGGGGACCACGTGATGCAGC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:203:27:176,27:0.133:0,176:0,27 chr16 2154864 . G A 96 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=2154864;VD=8;AF=0.0606;BIAS=1:0;REFBIAS=0:124;VARBIAS=0:8;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=13.4;SN=7;HIAF=0.0565;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=7;HICOV=124;LSEQ=GCAGCCCACCGACCACACAA;RSEQ=GCACCTCTTCACATGAGAGC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:8:124,8:0.0606:0,124:0,8 chr16 2154884 . C G 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=2154884;VD=4;AF=0.0444;BIAS=1:0;REFBIAS=0:86;VARBIAS=0:4;PMEAN=10.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=17.2;SN=3;HIAF=0.0357;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=3;HICOV=84;LSEQ=GGCACCTCTTCACATGAGAG;RSEQ=GGAGGAGGAGGGGAGAGAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:90:4:86,4:0.0444:0,86:0,4 chr16 2157546 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=2157546;VD=2;AF=0.0476;BIAS=2:0;REFBIAS=37:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0476;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=42;LSEQ=GTCCAGAGAGGGGAGCGTGA;RSEQ=GGTGAGAACCGGCCCACCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:2:40,2:0.0476:37,3:2,0 chr16 2157620 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=100;END=2157620;VD=2;AF=0.02;BIAS=2:0;REFBIAS=93:5;VARBIAS=2:0;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=GCTACCTCTGGGGTGGGAAG;RSEQ=GGCTCTTCCTCACTGTTGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:100:2:98,2:0.02:93,5:2,0 chr16 2159321 . G A 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=825;END=2159321;VD=399;AF=0.4836;BIAS=2:2;REFBIAS=190:235;VARBIAS=179:220;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00632981453342;MQ=59.9;SN=22.471;HIAF=0.4787;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=382;HICOV=798;LSEQ=ACGTGGTTTTTGCCCCGCAC;RSEQ=CTCACCACGTGGTCTCCGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:825:399:425,399:0.4836:190,235:179,220 chr16 2163487 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=190;END=2163487;VD=2;AF=0.0105;BIAS=1:0;REFBIAS=9:179;VARBIAS=0:2;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=189;LSEQ=CCGGCTCTCCAGCCAGCCAT;RSEQ=TAGTACTACTAATGCCTCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:2:188,2:0.0105:9,179:0,2 chr16 2163824 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=2163824;VD=2;AF=0.0465;BIAS=2:0;REFBIAS=38:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=49.5;SN=4;HIAF=0.0476;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=42;LSEQ=CGCAGTTTCCCATCAGGGGT;RSEQ=CAGACTCCACCTCAAAAGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:43:2:41,2:0.0465:38,3:2,0 chr16 2164808 . C T 337 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=669;END=2164808;VD=667;AF=0.997;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=315:352;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=31.4;SN=50.308;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=654;HICOV=654;LSEQ=TGGCGGAGAGGTACGGGGCC;RSEQ=GGGGACCAGGGTGGCCGGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:669:667:0,667:0.997:0,0:315,352 chr16 2167874 . G A 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=734;END=2167874;VD=635;AF=0.8651;BIAS=2:2;REFBIAS=6:89;VARBIAS=333:302;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=16.3078930202218;MQ=32.1;SN=36.353;HIAF=0.8631;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=618;HICOV=716;LSEQ=CGGTTCTGGATGCTGAGGTC;RSEQ=AGGCTCTCGTCACTCTGCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:734:635:95,635:0.8651:6,89:333,302 chr16 2168575 . GC G 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=557;END=2168576;VD=10;AF=0.018;BIAS=2:2;REFBIAS=302:245;VARBIAS=4:6;PMEAN=48.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.35789;ODDRATIO=1.84691;MQ=48.6;SN=20;HIAF=0.0181;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=10;HICOV=553;LSEQ=GCTGTTCCCTTGGCCCGGAG;RSEQ=CCCCCCCAGAGAGGCCTTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:557:10:547,10:0.018:302,245:4,6 chr16 2168871 . G T 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=478;END=2168871;VD=5;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=209:264;VARBIAS=3:2;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=0.65934;ODDRATIO=1.8921833904142;MQ=42.2;SN=4;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=471;LSEQ=AGGGCAGGGGCAGGTGTTGG;RSEQ=GACCAGGTCTGGTGGGAAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:478:5:473,5:0.0105:209,264:3,2 chr16 2169557 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=2169557;VD=3;AF=0.0213;BIAS=1:0;REFBIAS=5:133;VARBIAS=0:3;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=53.3;SN=2;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=139;LSEQ=CCCAAATGAACACTCATCTG;RSEQ=GGAAACCAAGCCAGGAGAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:3:138,3:0.0213:5,133:0,3 chr16 2185913 . GCTC G 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=217;END=2185916;VD=3;AF=0.0138;BIAS=2:2;REFBIAS=72:142;VARBIAS=1:2;PMEAN=51.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01402;MQ=53.3;SN=6;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=5;MSILEN=3;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=202;LSEQ=GCAGTGCGGGCCCCGCCGCG;RSEQ=CTCCTCCTCCTCCCCGCGCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:217:3:214,3:0.0138:72,142:1,2 chr16 2185956 . A AG 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=187;END=2185956;VD=2;AF=0.0107;BIAS=2:0;REFBIAS=51:94;VARBIAS=0:2;PMEAN=56.2;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=0;SBF=0.54375;ODDRATIO=0;MQ=31.2;SN=4;HIAF=0.0194;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=2;HICOV=103;LSEQ=GGCGCGGGGCGGACGGGGCG;RSEQ=GGGGGGGCGGGGCGGGTGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:2:145,2:0.0107:51,94:0,2 chr16 2186100 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=2186100;VD=3;AF=0.05;BIAS=1:0;REFBIAS=1:56;VARBIAS=0:3;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=55;SN=2;HIAF=0.0444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=45;LSEQ=CGGAAGCTCCGCCCCACGCG;RSEQ=TCCCGGGGCGCATGCGACGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:3:57,3:0.05:1,56:0,3 chr16 3490791 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=287;END=3490791;VD=3;AF=0.0105;BIAS=2:0;REFBIAS=252:32;VARBIAS=3:0;PMEAN=19.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=261;LSEQ=CAAAAGTTCCAGATGCAGGA;RSEQ=AAACAATTGCCTTACCCATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:287:3:284,3:0.0105:252,32:3,0 chr16 3490922 . G C 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=566;END=3490922;VD=286;AF=0.5053;BIAS=2:2;REFBIAS=139:137;VARBIAS=151:135;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.61256;ODDRATIO=1.10223201984018;MQ=60;SN=285;HIAF=0.5108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=285;HICOV=558;LSEQ=TACACAGCCAGATCCTCAAA;RSEQ=AGTATTGGTCCCTGAAACAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:566:286:276,286:0.5053:139,137:151,135 chr16 3491073 . G T 45 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=3491073;VD=3;AF=0.0126;BIAS=1:2;REFBIAS=7:229;VARBIAS=1:2;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=0.09749;ODDRATIO=15.6985871271586;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=237;LSEQ=GGTTCTTGAGCGCAGAAGTA;RSEQ=GGCAAATGGGTTCTAAGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:239:3:236,3:0.0126:7,229:1,2 chr16 3491209 . T C 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=3491209;VD=34;AF=0.5152;BIAS=1:1;REFBIAS=0:31;VARBIAS=0:34;PMEAN=30.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=0.6471;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=33;HICOV=51;LSEQ=AAAGAGAAAAGATGAGGGAA;RSEQ=GGCTCTTAGGGAGGCAACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:66:34:31,34:0.5152:0,31:0,34 chr16 4827460 . C CA 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=143;END=4827460;VD=4;AF=0.028;BIAS=1:0;REFBIAS=131:1;VARBIAS=4:0;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0299;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=4;HICOV=134;LSEQ=CTAGTGAGGCCTTATCTCTA;RSEQ=AAAAAAAAATGGTAAAAATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:143:4:132,4:0.028:131,1:4,0 chr16 4828473 . C A 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=4828473;VD=13;AF=0.6842;BIAS=0:1;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:13;PMEAN=21.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.6842;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=13;HICOV=19;LSEQ=GGTCCTGGAACCACCCTCTG;RSEQ=GGATAGCATGGGTGCTATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:13:6,13:0.6842:0,6:0,13 chr16 4829682 . C T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=4829682;VD=86;AF=0.5059;BIAS=2:2;REFBIAS=48:36;VARBIAS=45:41;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.54174;ODDRATIO=1.21342;MQ=60;SN=85;HIAF=0.5030;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=85;HICOV=169;LSEQ=TGCATCCTACCCAGGGGCCC;RSEQ=GCACTGACCTTCAATGATGC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:170:86:84,86:0.5059:48,36:45,41 chr16 4829808 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=4829808;VD=2;AF=0.0127;BIAS=2:2;REFBIAS=51:105;VARBIAS=1:1;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.55132;ODDRATIO=2.04867655494551;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=158;LSEQ=CTGGGAAAGGAGAAGACACA;RSEQ=AGATGGGAGGATTGACTTCG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:2:156,2:0.0127:51,105:1,1 chr16 4830068 . G C 141 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=4830068;VD=15;AF=0.6818;BIAS=0:1;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:15;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.6818;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=15;HICOV=22;LSEQ=GCCTGGGCAACATGGTGAAA;RSEQ=GCCATCTCTGCAAAAACTAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:22:15:7,15:0.6818:0,7:0,15 chr16 4833222 . T C 165 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=4833222;VD=24;AF=0.4898;BIAS=1:1;REFBIAS=25:0;VARBIAS=24:0;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=24;HICOV=48;LSEQ=GCCCGGCCCAATGTTCTCTA;RSEQ=ATATTCAGGATACAAGCCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:49:24:25,24:0.4898:25,0:24,0 chr16 4833421 . A G 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=278;END=4833421;VD=132;AF=0.4748;BIAS=2:2;REFBIAS=112:33;VARBIAS=96:36;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.40662;ODDRATIO=1.27161;MQ=60;SN=65;HIAF=0.4815;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=130;HICOV=270;LSEQ=GGATGGAAAGGATGTGTGGG;RSEQ=AGGAAATCACCTCGCCCGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:278:132:145,132:0.4748:112,33:96,36 chr16 4833970 . C T 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=487;END=4833970;VD=211;AF=0.4333;BIAS=2:2;REFBIAS=136:133;VARBIAS=103:108;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.71393;ODDRATIO=1.07204;MQ=60;SN=18.182;HIAF=0.4237;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=200;HICOV=472;LSEQ=ACAAAGTACACGCAGCAGTG;RSEQ=ACCCGGGTGTCTGGGATGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:487:211:269,211:0.4333:136,133:103,108 chr16 4834165 . C T 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=280;END=4834165;VD=125;AF=0.4464;BIAS=2:2;REFBIAS=25:130;VARBIAS=18:107;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.74072;ODDRATIO=1.14262;MQ=60;SN=30.25;HIAF=0.4449;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.3;HICNT=121;HICOV=272;LSEQ=TGGGCGGTCCTCCCTTGGGA;RSEQ=GACGAATCGTCCCGGTTGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:280:125:155,125:0.4464:25,130:18,107 chr16 4834168 . C T 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=4834168;VD=124;AF=0.4444;BIAS=2:2;REFBIAS=25:130;VARBIAS=18:106;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.74144;ODDRATIO=1.13198;MQ=60;SN=30;HIAF=0.4396;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.3;HICNT=120;HICOV=273;LSEQ=GCGGTCCTCCCTTGGGACGA;RSEQ=GAATCGTCCCGGTTGGCCCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:124:155,124:0.4444:25,130:18,106 chr16 4834324 . G A 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=77;END=4834324;VD=34;AF=0.4416;BIAS=1:1;REFBIAS=0:43;VARBIAS=1:33;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.44156;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.4384;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=32;HICOV=73;LSEQ=CCTACGTTGCAAGTAAGGGA;RSEQ=GGGTGAGCATTAACTGTATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:77:34:43,34:0.4416:0,43:1,33 chr16 4834342 . A G 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=4834342;VD=28;AF=0.4375;BIAS=1:1;REFBIAS=0:36;VARBIAS=1:27;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.4375;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=56;HIAF=0.4516;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=28;HICOV=62;LSEQ=GAGGGGTGAGCATTAACTGT;RSEQ=TTAAAGGGCCACAGCTGGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:64:28:36,28:0.4375:0,36:1,27 chr16 4834371 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=4834371;VD=2;AF=0.0408;BIAS=1:2;REFBIAS=0:47;VARBIAS=1:1;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.04082;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0408;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=49;LSEQ=CCACAGCTGGGCCCAAACCA;RSEQ=CAAGGAATCGCGCCTGATGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:49:2:47,2:0.0408:0,47:1,1 chr16 4834378 . A C 150 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=4834378;VD=24;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:24;VARBIAS=0:24;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7;HIAF=0.4667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=21;HICOV=45;LSEQ=TGGGCCCAAACCACCAAGGA;RSEQ=TCGCGCCTGATGGTTGCAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:48:24:24,24:0.5:0,24:0,24 chr16 4834384 . C T 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=4834384;VD=20;AF=0.4444;BIAS=1:1;REFBIAS=0:25;VARBIAS=0:20;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=0.4524;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=19;HICOV=42;LSEQ=CAAACCACCAAGGAATCGCG;RSEQ=CTGATGGTTGCAGGGGTCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:45:20:25,20:0.4444:0,25:0,20 chr16 4835793 . AG GA 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=259;END=4835794;VD=25;AF=0.0965;BIAS=2:2;REFBIAS=130:69;VARBIAS=21:4;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.0712;ODDRATIO=2.7757730527952;MQ=60;SN=50;HIAF=0.1225;ADJAF=0.0618;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=25;HICOV=204;LSEQ=CTGCCTAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AGAGAGAACCTACCAGTTGT;DUPRATE=0.026;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:259:25:199,25:0.0965:130,69:21,4 chr16 4835794 . G GA 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=243;END=4835794;VD=81;AF=0.3333;BIAS=2:2;REFBIAS=72:42;VARBIAS=55:26;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.54355;ODDRATIO=1.23265044498681;MQ=60;SN=15.2;HIAF=0.4130;ADJAF=0.0082;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=76;HICOV=184;LSEQ=TGCCTAAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AGAGAGAACCTACCAGTTGT;DUPRATE=0.026;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:243:81:114,81:0.3333:72,42:55,26 chr16 4836155 . G GT 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=389;END=4836155;VD=184;AF=0.473;BIAS=2:2;REFBIAS=47:157;VARBIAS=40:144;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.80788;ODDRATIO=1.07748;MQ=60.3;SN=45;HIAF=0.4712;ADJAF=0.018;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=180;HICOV=382;LSEQ=TAGGGTGGGCGTTTTAGGCA;RSEQ=TTTTTCTCTAACTCTTTACT;DUPRATE=0.026;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:389:184:204,184:0.473:47,157:40,144 chr16 4837327 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=4837327;VD=2;AF=0.0135;BIAS=1:0;REFBIAS=143:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=145;LSEQ=CTTTTAATGACTCAGCATTT;RSEQ=TCAAATTTTCAATGACAACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:2:145,2:0.0135:143,2:2,0 chr16 4837362 . T C 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=4837362;VD=81;AF=0.4286;BIAS=1:1;REFBIAS=101:5;VARBIAS=80:1;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.23654;ODDRATIO=3.93638797039836;MQ=60;SN=26;HIAF=0.4262;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=78;HICOV=183;LSEQ=ACAACATCCCTGTGAGGTGC;RSEQ=ATTATCAGGCCCACCTAAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:81:106,81:0.4286:101,5:80,1 chr16 4837545 . A G 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=372;END=4837545;VD=167;AF=0.4489;BIAS=2:2;REFBIAS=105:99;VARBIAS=93:74;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.46429;ODDRATIO=1.18439909511909;MQ=60;SN=26.833;HIAF=0.4561;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=161;HICOV=353;LSEQ=ATCTTCAGCTGGTCCAGCAC;RSEQ=GCCTCAATGCCCACAGGACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:372:167:204,167:0.4489:105,99:93,74 chr16 4837965 . T C 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=4837965;VD=37;AF=0.5211;BIAS=2:2;REFBIAS=21:13;VARBIAS=29:8;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.19274;ODDRATIO=2.21813100281703;MQ=60;SN=36;HIAF=0.5455;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=36;HICOV=66;LSEQ=TCGCTTCCCCCAGCAGAGCC;RSEQ=GGAGGGCCAGGCAAAGTCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:71:37:34,37:0.5211:21,13:29,8 chr16 4838178 . CAG C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=308;END=4838180;VD=5;AF=0.0162;BIAS=2:0;REFBIAS=230:72;VARBIAS=5:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.59453;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0166;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.8;HICNT=5;HICOV=301;LSEQ=AGGCATGAAGGTGACGGAGA;RSEQ=AGAGAGAGAGACCAAGGTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:308:5:302,5:0.0162:230,72:5,0 chr16 4838198 . T C 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=339;END=4838198;VD=161;AF=0.4749;BIAS=2:2;REFBIAS=132:46;VARBIAS=118:43;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.90189;ODDRATIO=1.04558;MQ=60;SN=39.25;HIAF=0.4743;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=157;HICOV=331;LSEQ=CAGAGAGAGAGAGACCAAGG;RSEQ=CAGGCAGGGAAGATGGCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:339:161:178,161:0.4749:132,46:118,43 chr16 4838249 . CAG C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=423;END=4838251;VD=18;AF=0.0426;BIAS=2:2;REFBIAS=271:131;VARBIAS=11:7;PMEAN=52.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.61174;ODDRATIO=1.3155;MQ=60;SN=36;HIAF=0.0456;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.6;HICNT=18;HICOV=395;LSEQ=TGCGAAGAGCCCACGGGGGG;RSEQ=AGAGAGAGAGAAGCAGCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:423:18:402,18:0.0426:271,131:11,7 chr16 4838323 . G A 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=469;END=4838323;VD=239;AF=0.5096;BIAS=2:2;REFBIAS=133:95;VARBIAS=135:104;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.70873;ODDRATIO=1.07834;MQ=60;SN=38.833;HIAF=0.5098;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=233;HICOV=457;LSEQ=GAGCTTCCAGGAGCTGCCTT;RSEQ=TCCTGGCAGGGCCTGGTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:469:239:228,239:0.5096:133,95:135,104 chr16 4838495 . A G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=436;END=4838495;VD=199;AF=0.4564;BIAS=2:2;REFBIAS=89:146;VARBIAS=79:120;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.76677;ODDRATIO=1.07977367943679;MQ=60;SN=198;HIAF=0.4703;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=198;HICOV=421;LSEQ=CCCCAGCCTAATAATACAAT;RSEQ=ATCCCCAAGTAGAACCAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:436:199:235,199:0.4564:89,146:79,120 chr16 4838499 . C A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=440;END=4838499;VD=5;AF=0.0114;BIAS=2:0;REFBIAS=160:275;VARBIAS=5:0;PMEAN=11.6;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.00714;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=427;LSEQ=AGCCTAATAATACAATAATC;RSEQ=CCAAGTAGAACCAGGGGCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:440:5:435,5:0.0114:160,275:5,0 chr16 4838617 . T C 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=4838617;VD=130;AF=0.4659;BIAS=2:2;REFBIAS=17:132;VARBIAS=13:117;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.84677;ODDRATIO=1.15848;MQ=60;SN=129;HIAF=0.4691;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=129;HICOV=275;LSEQ=CCCACAGCTGGCTAGCGGGA;RSEQ=ATCCGTGTCCACGATTGGCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:130:149,130:0.4659:17,132:13,117 chr16 4838726 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=4838726;VD=2;AF=0.0211;BIAS=1:0;REFBIAS=0:93;VARBIAS=0:2;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0222;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=90;LSEQ=ACTCTGCACATGGCATCGTT;RSEQ=TAGGAGCCCAAAGATGTTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:2:93,2:0.0211:0,93:0,2 chr16 4838921 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=4838921;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:5;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=ATTTCCGGTGTATCTTAGAG;RSEQ=TTATCACCCTGACTTGAGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:0,5 chr16 11367143 . G A 327 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=556;END=11367143;VD=553;AF=0.9946;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=303:250;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38.5;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=539;HICOV=540;LSEQ=CTGGGCCTTCGTTGCGGGTC;RSEQ=GGAGGGTGTCCGCTTGGGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:556:553:0,553:0.9946:0,0:303,250 chr16 11367477 . G A 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=366;END=11367477;VD=363;AF=0.9918;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=131:232;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=89.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=359;HICOV=359;LSEQ=TACGTTGCCTGTCTCTCTGG;RSEQ=CAAGGAGGTGAGGCGGTGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:366:363:0,363:0.9918:0,0:131,232 chr16 11369205 . C T 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=11369205;VD=39;AF=0.975;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=39:0;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.5;HIAF=0.9737;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=37;HICOV=38;LSEQ=TGACTTAATTAGGACTCGAT;RSEQ=TGTTCTAACCATTTTCTCCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:40:39:0,39:0.975:0,0:39,0 chr16 11369339 . C T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=196;END=11369339;VD=84;AF=0.4286;BIAS=1:1;REFBIAS=110:1;VARBIAS=84:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=168;HIAF=0.4375;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=84;HICOV=192;LSEQ=AGCATCATAGGGTGGCCTCC;RSEQ=AGGCACAGTAACCCTCTCCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:84:111,84:0.4286:110,1:84,0 chr16 11369534 . G A 330 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=568;END=11369534;VD=566;AF=0.9965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=356:210;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=69.75;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=558;HICOV=559;LSEQ=TGGGCAGGTGACTTTTGCTC;RSEQ=TTTCACTCAGATCTTGTGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:568:566:0,566:0.9965:0,0:356,210 chr16 11369855 . G T 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=582;END=11369855;VD=563;AF=0.9674;BIAS=2:2;REFBIAS=5:1;VARBIAS=353:210;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=0.42021;ODDRATIO=2.96986;MQ=60;SN=10.979;HIAF=0.9791;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=516;HICOV=527;LSEQ=GACTCTGGGTGGGGACGGGG;RSEQ=TTAGGGGGCTGGAGCTTTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:582:563:6,563:0.9674:5,1:353,210 chr16 12664506 . C T 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=12664506;VD=24;AF=0.3871;BIAS=1:1;REFBIAS=38:0;VARBIAS=23:1;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.3871;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=0.3934;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=24;HICOV=61;LSEQ=GGAACCTCCCCCATCTGTGA;RSEQ=ATTCCCTTGGGCCCAGGCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:62:24:38,24:0.3871:38,0:23,1 chr16 12664640 . C CGG 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=188;END=12664640;VD=110;AF=0.5851;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=106:4;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=109;HIAF=0.5829;ADJAF=0.1649;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=109;HICOV=187;LSEQ=TGCACATGATAATAATGCAA;RSEQ=AGTCCCCCATTGCTGAGAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:188:110:0,110:0.5851:0,0:106,4 chr16 12664669 . C T 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=216;END=12664669;VD=104;AF=0.4815;BIAS=2:1;REFBIAS=92:20;VARBIAS=100:4;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.00099;ODDRATIO=5.39811066126856;MQ=60;SN=51;HIAF=0.4811;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=102;HICOV=212;LSEQ=ATTGCTGAGAGATACTAACC;RSEQ=GTGAGAAACAAGTATGCTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:216:104:112,104:0.4815:92,20:100,4 chr16 12664698 . A G 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=12664698;VD=130;AF=0.4779;BIAS=2:2;REFBIAS=100:41;VARBIAS=109:21;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.01372;ODDRATIO=2.12224108658744;MQ=60;SN=64;HIAF=0.4848;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=128;HICOV=264;LSEQ=CAAGTATGCTCTCAGCTGGT;RSEQ=TTGAACTGGTGGGAGAAACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:272:130:141,130:0.4779:100,41:109,21 chr16 12664776 . T TGGG 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=427;END=12664776;VD=193;AF=0.452;BIAS=2:2;REFBIAS=124:104;VARBIAS=120:73;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.11371;ODDRATIO=1.37761919850115;MQ=60;SN=95.5;HIAF=0.4614;ADJAF=0.0562;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=191;HICOV=414;LSEQ=ACCTGGTCTGCTCTCCAAAA;RSEQ=GAGAGCATGTTCCTGGGAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:427:193:228,193:0.452:124,104:120,73 chr16 12664929 . A C 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=12664929;VD=90;AF=0.4412;BIAS=1:1;REFBIAS=1:113;VARBIAS=1:89;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.26815040263775;MQ=60;SN=89;HIAF=0.4384;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=89;HICOV=203;LSEQ=TAAAAATGCTGGTGGCCCGC;RSEQ=CATGACAGCAACTCCCCGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:204:90:114,90:0.4412:1,113:1,89 chr16 12664961 . G A 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=12664961;VD=85;AF=0.4381;BIAS=1:1;REFBIAS=1:108;VARBIAS=1:84;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.28402670775552;MQ=60;SN=170;HIAF=0.4497;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=85;HICOV=189;LSEQ=CTCCCCGAAGCCTTCCCTTT;RSEQ=GAATCCCATAGAATGTTCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:85:109,85:0.4381:1,108:1,84 chr16 12665175 . T C 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=12665175;VD=13;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:13;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=13;HICOV=13;LSEQ=CTGGAAATGTGTCAACTGCC;RSEQ=GTCAGCCTGGATTCAATTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:13:13:0,13:1:0,0:0,13 chr16 17196433 . G C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=17196433;VD=6;AF=0.1034;BIAS=1:0;REFBIAS=52:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.1034;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=6;HICOV=58;LSEQ=AAAAGGTGCAAAAAAGGGCA;RSEQ=GTAATGCAGTCATTTCTGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:6:52,6:0.1034:52,0:6,0 chr16 17196589 . T A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=17196589;VD=2;AF=0.0138;BIAS=2:2;REFBIAS=94:49;VARBIAS=1:1;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.90923;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=ACATATTTCAGCGTGTGCCA;RSEQ=TTGAATTCTTTTTTTAAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:2:143,2:0.0138:94,49:1,1 chr16 17196622 . T TTC 138 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=148;END=17196622;VD=16;AF=0.1081;BIAS=2:2;REFBIAS=63:68;VARBIAS=8:8;PMEAN=46.2;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07878356365362;MQ=60;SN=32;HIAF=0.1127;ADJAF=0.0068;SHIFT3=1;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=16;HICOV=142;LSEQ=TTTAAAACTTTATTTACAGA;RSEQ=TTTTTTTAAAATCAACACAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:16:131,16:0.1081:63,68:8,8 chr16 17196812 . TA T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=46;END=17196813;VD=4;AF=0.087;BIAS=1:0;REFBIAS=1:41;VARBIAS=0:4;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0930;ADJAF=0.0217;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=43;LSEQ=GCTATTGACAACATAATATT;RSEQ=AAAAAAAAAAAGGCAAAAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:46:4:42,4:0.087:1,41:0,4 chr16 54404155 . C A 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=101;END=54404155;VD=28;AF=0.2772;BIAS=1:1;REFBIAS=73:0;VARBIAS=28:0;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27;HIAF=0.2727;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=27;HICOV=99;LSEQ=CAGGGAATATGTGTCCCCCT;RSEQ=ACCCCCCTCCCGCCCCTCCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:101:28:73,28:0.2772:73,0:28,0 chr16 54404157 . C G 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=104;END=54404157;VD=74;AF=0.7115;BIAS=1:1;REFBIAS=29:0;VARBIAS=74:0;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=30.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.222;HIAF=0.7738;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=6;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=65;HICOV=84;LSEQ=GGGAATATGTGTCCCCCTCA;RSEQ=CCCCCTCCCGCCCCTCCATG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:104:74:29,74:0.7115:29,0:74,0 chr16 54404166 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=54404166;VD=2;AF=0.0177;BIAS=1:0;REFBIAS=110:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0179;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=112;LSEQ=TGTCCCCCTCACCCCCCTCC;RSEQ=GCCCCTCCATGGAGAAGCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:2:110,2:0.0177:110,0:2,0 chr16 54404220 . A AT 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=159;END=54404220;VD=96;AF=0.6038;BIAS=2:2;REFBIAS=58:4;VARBIAS=91:5;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.73851;ODDRATIO=1.25332130144884;MQ=60.6;SN=31;HIAF=0.6159;ADJAF=0.1132;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=93;HICOV=151;LSEQ=CTTTTCCCACTTGCCTTGGG;RSEQ=TTTTCTGCCCATCTTCCCAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:159:96:62,96:0.6038:58,4:91,5 chr16 54404228 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=54404228;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:0;REFBIAS=150:16;VARBIAS=2:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=ACTTGCCTTGGGATTTTCTG;RSEQ=CCATCTTCCCAGGAACACCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:2:166,2:0.0118:150,16:2,0 chr16 54404365 . 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G T 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=229;END=58199752;VD=103;AF=0.4498;BIAS=1:1;REFBIAS=0:126;VARBIAS=3:100;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.08953;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=102;HIAF=0.4493;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=102;HICOV=227;LSEQ=CTAACTGGTGCCTGCCCTAC;RSEQ=GCCCCATAGTTACAGCATAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:229:103:126,103:0.4498:0,126:3,100 chr16 58200739 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=58200739;VD=2;AF=0.0124;BIAS=1:0;REFBIAS=4:154;VARBIAS=0:2;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0130;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=154;LSEQ=CAGGGCAGGCAGACAGACCC;RSEQ=AGGACAAGAAGTTCACATGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:2:158,2:0.0124:4,154:0,2 chr16 58200762 . 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T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=58231302;VD=3;AF=0.0455;BIAS=1:0;REFBIAS=63:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0370;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=54;LSEQ=ACCCCACACTTCTCCCCGAG;RSEQ=AAAAAAGCATTCCTTGGGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:66:3:63,3:0.0455:63,0:3,0 chr16 70303580 . G A 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=474;END=70303580;VD=236;AF=0.4979;BIAS=2:2;REFBIAS=151:87;VARBIAS=134:102;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.15938;ODDRATIO=1.32036;MQ=60;SN=32.714;HIAF=0.4935;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=229;HICOV=464;LSEQ=GCCACAGTGATGGTCCGAGC;RSEQ=TGGTCAGCCAGCACCCGGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:474:236:238,236:0.4979:151,87:134,102 chr16 70303886 . AT A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=79;END=70303887;VD=5;AF=0.0633;BIAS=1:0;REFBIAS=0:74;VARBIAS=0:5;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0676;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=5;HICOV=74;LSEQ=GTCTAGAGCCTCACATTATT;RSEQ=TTTTTTTTTGTAGTCAGCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:79:5:74,5:0.0633:0,74:0,5 chr16 70695885 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=70695885;VD=2;AF=0.0134;BIAS=1:0;REFBIAS=147:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=146;LSEQ=AACCGGGGCTCTGGTGTTGG;RSEQ=CTGAGCTCCACGGGCTGAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:2:147,2:0.0134:147,0:2,0 chr16 70695982 . T C 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=278;END=70695982;VD=134;AF=0.482;BIAS=2:2;REFBIAS=116:28;VARBIAS=99:35;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.19917;ODDRATIO=1.46261;MQ=60;SN=66;HIAF=0.4835;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=132;HICOV=273;LSEQ=AGCTCCCTCTGATGGGACTC;RSEQ=GTCCACATCAGGGCCTGCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:278:134:144,134:0.482:116,28:99,35 chr16 70696092 . TATCA T 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=391;END=70696096;VD=142;AF=0.3632;BIAS=2:2;REFBIAS=125:119;VARBIAS=59:83;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.07289;ODDRATIO=1.47619;MQ=60;SN=141;HIAF=0.3874;ADJAF=0.0358;SHIFT3=16;MSI=5;MSILEN=4;NM=0.9;HICNT=141;HICOV=364;LSEQ=GCTCAGACCCAGCTCCATTC;RSEQ=ATCAATCAATCAATCATCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:391:142:244,142:0.3632:125,119:59,83 chr16 70696096 . A T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=383;END=70696096;VD=4;AF=0.0104;BIAS=2:0;REFBIAS=119:124;VARBIAS=0:4;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.12295;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0130;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=4;NM=3.2;HICNT=3;HICOV=230;LSEQ=AGACCCAGCTCCATTCTATC;RSEQ=ATCAATCAATCAATCATCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:383:4:243,4:0.0104:119,124:0,4 chr16 70696137 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=337;END=70696137;VD=4;AF=0.0119;BIAS=2:2;REFBIAS=118:215;VARBIAS=2:2;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.6182;ODDRATIO=1.81851245681033;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0090;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=332;LSEQ=GACCAAGGTGCTCCTGACCC;RSEQ=CAGGTAGGACCCTGCCCTGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:337:4:333,4:0.0119:118,215:2,2 chr16 70696196 . C G 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=70696196;VD=106;AF=0.4173;BIAS=2:2;REFBIAS=39:107;VARBIAS=22:84;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.29993;ODDRATIO=1.38987;MQ=60;SN=34.333;HIAF=0.4137;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=103;HICOV=249;LSEQ=GCCCTGCTTTCCCTCCTGAC;RSEQ=TGCGGGGCCACCAGGACTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:106:146,106:0.4173:39,107:22,84 chr16 70696272 . T C 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=70696272;VD=65;AF=0.4333;BIAS=1:1;REFBIAS=0:85;VARBIAS=1:64;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.43333;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.4295;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=64;HICOV=149;LSEQ=TGAGACTTGGCGTGACTTGG;RSEQ=GCGTGGGGTGGGGGCAGCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:150:65:85,65:0.4333:0,85:1,64 chr16 70696304 . T G 45 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=70696304;VD=3;AF=0.0229;BIAS=1:0;REFBIAS=0:128;VARBIAS=0:3;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=3;HICOV=120;LSEQ=GGGCAGCCTTGCCCCTCCCC;RSEQ=TGCCCCCGCTGCCACCACGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:3:128,3:0.0229:0,128:0,3 chr16 70696367 . C T 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=87;END=70696367;VD=34;AF=0.3908;BIAS=1:1;REFBIAS=0:53;VARBIAS=0:34;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=0.3837;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=33;HICOV=86;LSEQ=TGCTGGGATGGCATCTCCTC;RSEQ=GGCAACAGAGAGTCAAAGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:87:34:53,34:0.3908:0,53:0,34 chr16 70861991 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=196;END=70861991;VD=2;AF=0.0102;BIAS=1:0;REFBIAS=193:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12.5;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=192;LSEQ=AAGTAACTAAGCACAGAAAA;RSEQ=AGAATCTCGCTAGAGGCTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:2:194,2:0.0102:193,1:2,0 chr16 70867368 . C T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=70867368;VD=6;AF=0.6;BIAS=2:2;REFBIAS=2:2;VARBIAS=4:2;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.86195468002309;MQ=23.7;SN=12;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=10;LSEQ=ACTGTTCCCTGCACTGCTTC;RSEQ=TGGTTCAGATCCTGGGGGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:6:4,6:0.6:2,2:4,2 chr16 70868410 . C T 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=70868410;VD=5;AF=0.2941;BIAS=0:0;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:5;PMEAN=23.8;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=48;SN=10;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=15;LSEQ=AAACAGTTAGAGCTCTGGCA;RSEQ=TTCTCAAGGAGTCTTCCCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:17:5:12,5:0.2941:0,12:0,5 chr16 70883316 . CT C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=28;END=70883317;VD=2;AF=0.0714;BIAS=1:0;REFBIAS=26:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0741;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=27;LSEQ=TTCCTGCTGACATCACCATT;RSEQ=TTTTTTTTTCATTCAATAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:28:2:26,2:0.0714:26,0:2,0 chr16 70891986 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=70891986;VD=2;AF=0.0145;BIAS=1:0;REFBIAS=1:135;VARBIAS=0:2;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=37.5;SN=4;HIAF=0.0148;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=135;LSEQ=TGTCCTCCTAAGGGAGTCTC;RSEQ=CCCATCCACAGCTTCTGCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:2:136,2:0.0145:1,135:0,2 chr16 70892130 . A C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=70892130;VD=3;AF=0.2308;BIAS=0:0;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:3;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=27;SN=2;HIAF=0.1667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=12;LSEQ=ACTTGTCAATAGCTGGGCAC;RSEQ=CAGCCAAAGACAATATGATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:3:10,3:0.2308:0,10:0,3 chr16 70894087 . T C 174 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=578;END=70894087;VD=27;AF=0.0467;BIAS=2:2;REFBIAS=211:333;VARBIAS=2:25;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.00074;ODDRATIO=7.9029;MQ=11;SN=54;HIAF=0.0498;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=27;HICOV=542;LSEQ=GAAGGAGTAGGTGCTATTGG;RSEQ=TGGGTTTAGGATGGTAAAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:578:27:544,27:0.0467:211,333:2,25 chr16 70896285 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=229;END=70896285;VD=3;AF=0.0131;BIAS=1:0;REFBIAS=2:224;VARBIAS=0:3;PMEAN=47.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=31.3;SN=2;HIAF=0.0088;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=226;LSEQ=TGGACTCACCTTTTGTAGCA;RSEQ=CTGTACTTAACCTTGGGTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:229:3:226,3:0.0131:2,224:0,3 chr16 70897182 . A G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=70897182;VD=3;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=4:152;VARBIAS=0:3;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=23;SN=2;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=153;LSEQ=GTACTTAACCTTTTGAAGTC;RSEQ=TGTCACTTTGTTTCTTAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:3:156,3:0.0189:4,152:0,3 chr16 70897191 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=70897191;VD=2;AF=0.0135;BIAS=1:0;REFBIAS=0:146;VARBIAS=0:2;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=27;SN=4;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=144;LSEQ=CTTTTGAAGTCATGTCACTT;RSEQ=GTTTCTTAAATATTTTTAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:2:146,2:0.0135:0,146:0,2 chr16 70905640 . T C 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=70905640;VD=22;AF=0.4583;BIAS=1:1;REFBIAS=26:0;VARBIAS=22:0;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=21;SN=44;HIAF=0.4681;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=22;HICOV=47;LSEQ=CACCTAGGAGGACACAGCTC;RSEQ=ACAATCTGGGATAGGAAGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:48:22:26,22:0.4583:26,0:22,0 chr16 70906274 . T TATCC 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=144;END=70906274;VD=47;AF=0.3264;BIAS=1:1;REFBIAS=3:75;VARBIAS=0:47;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.29045;ODDRATIO=0;MQ=60.4;SN=22;HIAF=0.3761;ADJAF=0.0625;SHIFT3=43;MSI=11;MSILEN=4;NM=0.8;HICNT=44;HICOV=117;LSEQ=TATCCACCCATCCATCCATC;RSEQ=ATCCATCCATCCATCCATCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:144:47:78,47:0.3264:3,75:0,47 chr16 70906350 . C T 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=70906350;VD=38;AF=0.5352;BIAS=1:1;REFBIAS=1:32;VARBIAS=0:38;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.46479;ODDRATIO=0;MQ=59.1;SN=37;HIAF=0.5441;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=37;HICOV=68;LSEQ=ATCATCTACCCATCCATCAT;RSEQ=TATCCATCCATCCCTCTCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:71:38:33,38:0.5352:1,32:0,38 chr16 70913053 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=227;END=70913053;VD=3;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=219:5;VARBIAS=3:0;PMEAN=24.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=31;SN=2;HIAF=0.0090;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=223;LSEQ=CAAATGTCATGCCAGATTCC;RSEQ=CTCTGCATGTCCCTGACACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:227:3:224,3:0.0132:219,5:3,0 chr16 70916705 . C A 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=454;END=70916705;VD=5;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=198:251;VARBIAS=2:3;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.18283;MQ=13.4;SN=4;HIAF=0.0089;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=448;LSEQ=CATCCTCGACGAACAGCCCC;RSEQ=CGCTCTCTATGGTCTGCAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:454:5:449,5:0.011:198,251:2,3 chr16 70923714 . G C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=70923714;VD=5;AF=0.0329;BIAS=1:0;REFBIAS=1:146;VARBIAS=0:5;PMEAN=13.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=11;SN=10;HIAF=0.0329;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=5;HICOV=152;LSEQ=TTCTCCCAGGAATGGGGGAA;RSEQ=GGGCCCTTCTTTGCCCAAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:5:147,5:0.0329:1,146:0,5 chr16 70926710 . T C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=70926710;VD=10;AF=0.1754;BIAS=1:0;REFBIAS=1:46;VARBIAS=0:10;PMEAN=8.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=24.7;SN=20;HIAF=0.1754;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=10;HICOV=57;LSEQ=TCCAACAGGGACATTGGATA;RSEQ=TGAAAAAGGACCATCTAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:57:10:47,10:0.1754:1,46:0,10 chr16 70928119 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=70928119;VD=2;AF=0.0274;BIAS=1:0;REFBIAS=69:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=13.5;SN=4;HIAF=0.0278;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=72;LSEQ=GCAGTGTGAGAATCTCTGCT;RSEQ=CCTTAGCAGGTGGAATTCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:2:71,2:0.0274:69,2:2,0 chr16 70928616 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=70928616;VD=2;AF=0.0145;BIAS=1:0;REFBIAS=3:133;VARBIAS=0:2;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=13.5;SN=4;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=134;LSEQ=CCTCTTATAATTGAATCTGG;RSEQ=CAAACAAACAACAGATGCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:2:136,2:0.0145:3,133:0,2 chr16 70929889 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=70929889;VD=3;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=149:116;VARBIAS=2:1;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.55458135124211;MQ=45.7;SN=6;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=263;LSEQ=AAGGGCCCAACAGACCTTTG;RSEQ=GGAAGGTGATGTCCAAGGCG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:3:265,3:0.0112:149,116:2,1 chr16 70934620 . GTTCATTCA G 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=46;END=70934628;VD=3;AF=0.0652;BIAS=1:0;REFBIAS=42:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=20.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=19;SN=6;HIAF=0.0811;ADJAF=0.0435;SHIFT3=26;MSI=8;MSILEN=4;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=37;LSEQ=GCAACACCATTTGTTCATTT;RSEQ=TTCATTCATTCATTCATTCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:46:3:43,3:0.0652:42,1:3,0 chr16 70934817 . CTG C 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=523;END=70934819;VD=157;AF=0.3002;BIAS=2:2;REFBIAS=284:28;VARBIAS=135:22;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.11268;ODDRATIO=1.65108;MQ=58;SN=77.5;HIAF=0.3125;ADJAF=0.0344;SHIFT3=45;MSI=23;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=155;HICOV=496;LSEQ=AGCATGTAACAGGGAGACCT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:523:157:312,157:0.3002:284,28:135,22 chr16 70935160 . G GT 123 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=348;END=70935160;VD=11;AF=0.0316;BIAS=2:2;REFBIAS=41:272;VARBIAS=2:9;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.64509;ODDRATIO=1.47223367292857;MQ=41;SN=10;HIAF=0.0333;ADJAF=0.0029;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=10;HICOV=300;LSEQ=CAAATTTTGTAGTTTCATGT;RSEQ=TTTTTTTTTTAACTTTTGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:348:11:313,11:0.0316:41,272:2,9 chr16 70935224 . A T 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=70935224;VD=82;AF=0.529;BIAS=1:1;REFBIAS=1:72;VARBIAS=0:82;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.47097;ODDRATIO=0;MQ=43.4;SN=81;HIAF=0.5329;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=81;HICOV=152;LSEQ=GGTTTGTTGTATAGGTAAAC;RSEQ=CATGTCATGGGGGTTTGCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:155:82:73,82:0.529:1,72:0,82 chr16 70935467 . A C 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=70935467;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:3;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=30.3;SN=6;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=7;LSEQ=CTAAGGATAATGGCCATAAT;RSEQ=CTTAGCATATATTTTCTTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:4,3:0.4286:0,4:0,3 chr16 70952020 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=70952020;VD=2;AF=0.0124;BIAS=2:2;REFBIAS=144:15;VARBIAS=1:1;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.18944;ODDRATIO=9.32738;MQ=27;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=157;LSEQ=AGCGAGCAGAACACCTCATG;RSEQ=CAGGCTCCATTTTTGGTCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:2:159,2:0.0124:144,15:1,1 chr16 70952392 . C G 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=257;END=70952392;VD=123;AF=0.4786;BIAS=2:2;REFBIAS=24:109;VARBIAS=18:105;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.50232;ODDRATIO=1.28315;MQ=28.1;SN=122;HIAF=0.4919;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=122;HICOV=248;LSEQ=CTATGCCTCTCTTACCATAG;RSEQ=CTTTGTTATACTTTATGGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:257:123:133,123:0.4786:24,109:18,105 chr16 70954915 . G T 334 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=642;END=70954915;VD=641;AF=0.9984;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=282:359;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=31.6;SN=57.273;HIAF=0.9984;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=630;HICOV=631;LSEQ=ATTCATAGGTCTTAAACTTC;RSEQ=GGGCCAGTTGCTTGTCGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:642:641:0,641:0.9984:0,0:282,359 chr16 70972108 . T G 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=70972108;VD=14;AF=0.6087;BIAS=0:1;REFBIAS=9:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=54.6;SN=28;HIAF=0.6087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=14;HICOV=23;LSEQ=AGTCACTATGCCCAGGTCAA;RSEQ=AGAGTGGACCCTGGATCACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:23:14:9,14:0.6087:9,0:14,0 chr16 70972122 . G T 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=70972122;VD=9;AF=0.375;BIAS=1:0;REFBIAS=15:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12.3;SN=18;HIAF=0.3913;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=9;HICOV=23;LSEQ=GGTCAATAGAGTGGACCCTG;RSEQ=ATCACCAGCTGTGGACATTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:24:9:15,9:0.375:15,0:9,0 chr16 70972197 . CA C 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=62;END=70972198;VD=9;AF=0.1452;BIAS=1:0;REFBIAS=52:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12.3;SN=18;HIAF=0.1475;ADJAF=0.0161;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=9;HICOV=61;LSEQ=CCACACGCGGGGGTGCTGGT;RSEQ=GGGGGGGCCAGCAGGGGCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:62:9:52,9:0.1452:52,0:9,0 chr16 70972277 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=70972277;VD=2;AF=0.0169;BIAS=1:0;REFBIAS=115:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=52;SN=4;HIAF=0.0174;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=115;LSEQ=CACCCATGACATTACAGCCT;RSEQ=GTCCCAAATGCCCGCCAGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:118:2:115,2:0.0169:115,0:2,0 chr16 70972595 . T C 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=475;END=70972595;VD=474;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=204:270;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.43158;ODDRATIO=0;MQ=43.1;SN=93.8;HIAF=0.9979;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.4;HICNT=469;HICOV=470;LSEQ=CCTCAGTCAGGGCATCATAT;RSEQ=CTTCCTCATCCATGTTTTGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:475:474:1,474:0.9979:1,0:204,270 chr16 70972784 . A G 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=70972784;VD=192;AF=0.9897;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=12:180;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=35.8;SN=47;HIAF=0.9895;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=188;HICOV=190;LSEQ=CCTGGTCTGCCTCATCCCTG;RSEQ=TTGCAGGGGTGGGGGGGTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:194:192:0,192:0.9897:0,0:12,180 chr16 70975323 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=70975323;VD=2;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=104:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0192;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=104;LSEQ=GCTGTAATTGCAGAAAGGAT;RSEQ=GAGGGGTACAGTGTGATGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:2:104,2:0.0189:104,0:2,0 chr16 70975828 . A G 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=333;END=70975828;VD=99;AF=0.2973;BIAS=1:2;REFBIAS=11:220;VARBIAS=5:94;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.06362611414835;MQ=19.1;SN=32;HIAF=0.2991;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=96;HICOV=321;LSEQ=TGCAGACCTACTGGGCCCCA;RSEQ=TGCAAACACCATGCCTTTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:333:99:231,99:0.2973:11,220:5,94 chr16 70975911 . A C 112 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=70975911;VD=11;AF=0.1467;BIAS=1:0;REFBIAS=0:64;VARBIAS=0:11;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=32.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=15.8;SN=22;HIAF=0.1746;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=11;HICOV=63;LSEQ=ATAAAAATGTTTAATCAGCC;RSEQ=GTCTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:75:11:64,11:0.1467:0,64:0,11 chr16 70977385 . G T 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=70977385;VD=29;AF=0.5577;BIAS=1:1;REFBIAS=23:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=46.8;SN=28;HIAF=0.5490;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=28;HICOV=51;LSEQ=ACTTAATAACATTGAAAATG;RSEQ=GTTTTTGAAGCAATTAACAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:52:29:23,29:0.5577:23,0:29,0 chr16 70978115 . C A 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=36;END=70978115;VD=16;AF=0.4444;BIAS=1:1;REFBIAS=0:20;VARBIAS=0:16;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=16;HICOV=36;LSEQ=TTCGATAATTATTCACTGAG;RSEQ=ACCTATCTTGCACCAGGCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:36:16:20,16:0.4444:0,20:0,16 chr16 70993264 . T C 79 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=70993264;VD=6;AF=0.1395;BIAS=2:0;REFBIAS=35:2;VARBIAS=6:0;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=17.5;SN=5;HIAF=0.1190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=5;HICOV=42;LSEQ=CTATGTGCCAAGTATTGAGA;RSEQ=AAGCATTTTATATAAATGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:43:6:37,6:0.1395:35,2:6,0 chr16 70993322 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=70993322;VD=2;AF=0.0278;BIAS=1:0;REFBIAS=68:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=37.5;SN=4;HIAF=0.0290;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=69;LSEQ=ACTACCCTATAAAATAGACA;RSEQ=CGTTAATACCACTTTACGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:72:2:70,2:0.0278:68,2:2,0 chr16 70993505 . A G 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=380;END=70993505;VD=80;AF=0.2105;BIAS=2:2;REFBIAS=243:57;VARBIAS=74:6;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.01681;ODDRATIO=2.88658603469676;MQ=12.4;SN=39;HIAF=0.2080;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=78;HICOV=375;LSEQ=CCGCAGAGTTTACAGAGAAG;RSEQ=CATGGCACTGCTGGTCTTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:380:80:300,80:0.2105:243,57:74,6 chr16 70993944 . C T 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=70993944;VD=24;AF=0.233;BIAS=1:1;REFBIAS=1:78;VARBIAS=0:24;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12.1;SN=48;HIAF=0.2400;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=24;HICOV=100;LSEQ=AAAAAAACAGATTTTTTGAC;RSEQ=CCACTTTCATTTTGGGGAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:103:24:79,24:0.233:1,78:0,24 chr16 70995549 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=70995549;VD=2;AF=0.069;BIAS=1:0;REFBIAS=27:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=33;SN=4;HIAF=0.0714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=28;LSEQ=GAGAATGTCCCCCATCCCCA;RSEQ=AATGTTTCTCTAAACACCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:2:27,2:0.069:27,0:2,0 chr16 70996115 . GA G 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=444;END=70996116;VD=167;AF=0.3761;BIAS=2:2;REFBIAS=32:241;VARBIAS=21:146;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.88017;ODDRATIO=1.0830598607185;MQ=23.2;SN=334;HIAF=0.3787;ADJAF=0.0338;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=167;HICOV=441;LSEQ=GGGAGATGGAGGCAGAAAAG;RSEQ=AAAAAAAAGATGAAGAAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:444:167:273,167:0.3761:32,241:21,146 chr16 70998922 . T C 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=205;END=70998922;VD=69;AF=0.3366;BIAS=1:2;REFBIAS=1:134;VARBIAS=6:63;PMEAN=29.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.00657;ODDRATIO=12.6103404791929;MQ=13;SN=33.5;HIAF=0.3384;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=67;HICOV=198;LSEQ=GAGGCTGAGACTTGTACAAA;RSEQ=ACTTTCTGGATTTCAAAGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:205:69:135,69:0.3366:1,134:6,63 chr16 71007657 . G A 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=651;END=71007657;VD=345;AF=0.53;BIAS=2:2;REFBIAS=238:68;VARBIAS=264:81;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.70971;ODDRATIO=1.07372;MQ=14.8;SN=68;HIAF=0.5288;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=340;HICOV=643;LSEQ=AGGAGATTGAAATGATGAGC;RSEQ=CCAAGACCTAGAGTTACAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:651:345:306,345:0.53:238,68:264,81 chr16 71008215 . CA C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=603;END=71008216;VD=7;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=243:350;VARBIAS=3:4;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0801118995928;MQ=38.4;SN=14;HIAF=0.0119;ADJAF=0.0017;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=7;HICOV=586;LSEQ=TACTGAATCCTGGACCAAGA;RSEQ=AAAAAAAATTTCTTCATGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:603:7:593,7:0.0116:243,350:3,4 chr16 71008389 . A C 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=370;END=71008389;VD=108;AF=0.2919;BIAS=2:2;REFBIAS=135:126;VARBIAS=32:76;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.00014;ODDRATIO=2.53825;MQ=14.1;SN=53;HIAF=0.2896;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=106;HICOV=366;LSEQ=CAGTACTGATGGGTTCCTTG;RSEQ=GAGAAATGACCAAGTGCAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:370:108:261,108:0.2919:135,126:32,76 chr16 71008647 . A AT 130 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=319;END=71008647;VD=10;AF=0.0313;BIAS=2:2;REFBIAS=77:213;VARBIAS=3:7;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=1;SBF=0.72959;ODDRATIO=1.18479200976269;MQ=29.9;SN=20;HIAF=0.0347;ADJAF=0.0031;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=10;HICOV=288;LSEQ=TCCAAAAGTGAGTGAGTCTG;RSEQ=TTTTTTTTTTCTACCTCCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:319:10:290,10:0.0313:77,213:3,7 chr16 71012646 . T C 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=71012646;VD=49;AF=0.1968;BIAS=1:1;REFBIAS=196:4;VARBIAS=49:0;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=13.8;SN=98;HIAF=0.1992;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=49;HICOV=246;LSEQ=GCCTTATCTCTGTCTTTCTC;RSEQ=TTTCTGTACCTCAGAGACCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:49:200,49:0.1968:196,4:49,0 chr16 71012855 . T C 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=551;END=71012855;VD=111;AF=0.2015;BIAS=2:2;REFBIAS=212:226;VARBIAS=30:81;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=4e-05;ODDRATIO=2.52863;MQ=14.3;SN=110;HIAF=0.2048;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=110;HICOV=537;LSEQ=TGGCACTTCCTCAGTTATTA;RSEQ=GTCAAAGTGATCGAGCATTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:551:111:438,111:0.2015:212,226:30,81 chr16 71013085 . C T 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=71013085;VD=5;AF=0.0338;BIAS=1:0;REFBIAS=3:140;VARBIAS=0:5;PMEAN=27.2;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=18.8;SN=10;HIAF=0.0345;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=5;HICOV=145;LSEQ=TTTGGATACTTTGTCTGCCC;RSEQ=GCTTTCCCTGCTTCAGAGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:5:143,5:0.0338:3,140:0,5 chr16 71013115 . G T 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=71013115;VD=50;AF=0.4274;BIAS=1:1;REFBIAS=1:66;VARBIAS=0:50;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=23.6;SN=49;HIAF=0.4224;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=49;HICOV=116;LSEQ=GCTTCAGAGGGTGAGGTGAT;RSEQ=TGAGAGTTGAATCTGTATTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:50:67,50:0.4274:1,66:0,50 chr16 71013117 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=71013117;VD=2;AF=0.0182;BIAS=1:0;REFBIAS=1:107;VARBIAS=0:2;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0185;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=108;LSEQ=TTCAGAGGGTGAGGTGATGT;RSEQ=AGAGTTGAATCTGTATTAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:110:2:108,2:0.0182:1,107:0,2 chr16 71013184 . A G 123 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=71013184;VD=17;AF=0.3469;BIAS=1:1;REFBIAS=1:31;VARBIAS=0:17;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=30.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=13.4;SN=4.667;HIAF=0.3043;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=14;HICOV=46;LSEQ=GCTTTAGTGAAGGACTGGCT;RSEQ=GTTCTCCAGAACTTGAAGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:49:17:32,17:0.3469:1,31:0,17 chr16 71018828 . G GA 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=110;END=71018828;VD=28;AF=0.2545;BIAS=1:1;REFBIAS=75:1;VARBIAS=28:0;PMEAN=46.2;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=14.2;SN=56;HIAF=0.2692;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=28;HICOV=104;LSEQ=AAATTAGTCTCATTATCATG;RSEQ=AAAAAAAATCCATGGGTTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:110:28:76,28:0.2545:75,1:28,0 chr16 71018948 . A AT 101 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=268;END=71018948;VD=6;AF=0.0224;BIAS=1:0;REFBIAS=223:9;VARBIAS=6:0;PMEAN=21.2;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=10.6;SN=12;HIAF=0.0254;ADJAF=0.0149;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=6;HICOV=236;LSEQ=GAGCGAAGTGGCTTGGATTT;RSEQ=TTTTTTTTTTCTGCTTCCGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:6:232,6:0.0224:223,9:6,0 chr16 71018966 . C T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=308;END=71018966;VD=5;AF=0.0162;BIAS=2:2;REFBIAS=276:23;VARBIAS=4:1;PMEAN=43.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.33903;ODDRATIO=2.98326;MQ=16.6;SN=10;HIAF=0.0172;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=5;HICOV=291;LSEQ=TTATTTTTTTTTTCTGCTTC;RSEQ=GAGAGTTCTTTAGTTTTAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:308:5:299,5:0.0162:276,23:4,1 chr16 71025019 . G T 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=71025019;VD=19;AF=0.1377;BIAS=1:1;REFBIAS=118:1;VARBIAS=19:0;PMEAN=25.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12.8;SN=38;HIAF=0.1439;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=19;HICOV=132;LSEQ=CCTTTAGTATCCTCTATCTA;RSEQ=GGTGTAGGAACATCACAAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:19:119,19:0.1377:118,1:19,0 chr16 71025394 . C T 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=71025394;VD=104;AF=0.4143;BIAS=2:2;REFBIAS=20:123;VARBIAS=21:83;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.22659;ODDRATIO=1.55313266859255;MQ=19.3;SN=33.667;HIAF=0.4122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=101;HICOV=245;LSEQ=CCTGTCTTCCTCTTCTCCCT;RSEQ=TACCACACCCCCAAACGTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:251:104:143,104:0.4143:20,123:21,83 chr16 71026137 . TA T 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=397;END=71026138;VD=189;AF=0.4761;BIAS=2:2;REFBIAS=42:164;VARBIAS=53:136;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.07852;ODDRATIO=1.520057154149;MQ=39.8;SN=378;HIAF=0.4834;ADJAF=0.0504;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=189;HICOV=391;LSEQ=CCAAAGCATGGGACAGGGAA;RSEQ=GGGGGAGACAGGAGACATCA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:397:189:206,189:0.4761:42,164:53,136 chr16 71061894 . AC A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=124;END=71061895;VD=2;AF=0.0161;BIAS=2:0;REFBIAS=10:74;VARBIAS=0:2;PMEAN=11;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=27;SN=4;HIAF=0.0225;ADJAF=0.0081;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=89;LSEQ=ATGGTGAGCAACAATATAAG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTAAATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:2:84,2:0.0161:10,74:0,2 chr16 71066002 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=71066002;VD=2;AF=0.0113;BIAS=1:0;REFBIAS=0:174;VARBIAS=0:2;PMEAN=23.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=43.5;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=170;LSEQ=TTTTTTTCAAAAAGCAATCT;RSEQ=ATTCTGAAGAGCAAACCTAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:2:174,2:0.0113:0,174:0,2 chr16 71095764 . A AGTGT 161 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=38;END=71095764;VD=21;AF=0.5526;BIAS=0:2;REFBIAS=7:0;VARBIAS=19:2;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.8;SN=42;HIAF=0.5676;ADJAF=0.0789;SHIFT3=34;MSI=19;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=21;HICOV=37;LSEQ=AGGGGTCAGGCATGTGTGAC;RSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:38:21:7,21:0.5526:7,0:19,2 chr16 71095799 . C G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=71095799;VD=3;AF=0.0638;BIAS=1:0;REFBIAS=40:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58;SN=2;HIAF=0.0513;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=39;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=AGAGAGAGAGAGAGAGAGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:47:3:42,3:0.0638:40,2:3,0 chr16 71095821 . A C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=71095821;VD=3;AF=0.0423;BIAS=1:0;REFBIAS=66:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0317;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=63;LSEQ=GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA;RSEQ=ACTCCTGGTATCCTGTTAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:3:68,3:0.0423:66,2:3,0 chr16 71103114 . A G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=231;END=71103114;VD=231;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=218:13;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=22.1;SN=114.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=229;HICOV=229;LSEQ=ACCCTAGATGAGGGCCCATG;RSEQ=CTATTTTGAAGGCTCAGCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:231:231:0,231:1:0,0:218,13 chr16 71103148 . G A 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=302;END=71103148;VD=300;AF=0.9934;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=244:56;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.18937;ODDRATIO=0;MQ=26.2;SN=32.333;HIAF=0.9966;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=291;HICOV=292;LSEQ=TCAGCTGCTTAGCTGTGTGT;RSEQ=CAGGAAGGCCATGCACTTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:302:300:1,300:0.9934:0,1:244,56 chr16 71103613 . T G 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=71103613;VD=41;AF=0.9762;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:41;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.5;SN=12.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=38;HICOV=38;LSEQ=AATGTATCTACTTTTTCATT;RSEQ=ATGCATTCACTCAATGAATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:42:41:1,41:0.9762:0,1:0,41 chr16 71103616 . G A 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=71103616;VD=43;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:43;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.3;SN=42;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=42;HICOV=42;LSEQ=GTATCTACTTTTTCATTTAT;RSEQ=CATTCACTCAATGAATATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:43:43:0,43:1:0,0:0,43 chr16 71127585 . G A 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=71127585;VD=136;AF=0.9855;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=136:0;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=47.5;SN=67;HIAF=0.9926;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=134;HICOV=135;LSEQ=GGAAGAATCTGAGCACTCCA;RSEQ=GGTCTCAACAAGGATGAGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:138:136:1,136:0.9855:1,0:136,0 chr16 71127597 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=71127597;VD=3;AF=0.0207;BIAS=1:0;REFBIAS=142:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=38;SN=2;HIAF=0.0142;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=141;LSEQ=GCACTCCAGGGTCTCAACAA;RSEQ=GATGAGTAACGGCGAATAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:3:142,3:0.0207:142,0:3,0 chr16 71127887 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=71127887;VD=3;AF=0.0173;BIAS=2:0;REFBIAS=36:134;VARBIAS=0:3;PMEAN=25.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=28;SN=2;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=168;LSEQ=CAAATGGTGCTTCATTTACC;RSEQ=CAAATCATGTTCCCTCATGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:3:170,3:0.0173:36,134:0,3 chr16 71149516 . GCA G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=199;END=71149518;VD=5;AF=0.0251;BIAS=2:0;REFBIAS=161:31;VARBIAS=5:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=43;SN=10;HIAF=0.0258;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=194;LSEQ=ATGATCCCACATGCACATGT;RSEQ=CACACACACACACTCAGGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:5:192,5:0.0251:161,31:5,0 chr16 71149785 . AT A 34 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=146;END=71149786;VD=2;AF=0.0137;BIAS=2:0;REFBIAS=13:129;VARBIAS=0:2;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=27;SN=4;HIAF=0.0152;ADJAF=0.0068;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=132;LSEQ=TTACATTAAAACTCCAATAA;RSEQ=TTTTTTTTCATAAAATTGTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:146:2:142,2:0.0137:13,129:0,2 chr16 71163693 . A G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=484;END=71163693;VD=218;AF=0.4504;BIAS=2:2;REFBIAS=128:138;VARBIAS=93:125;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.23483;ODDRATIO=1.24611;MQ=40.6;SN=42.6;HIAF=0.4522;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=213;HICOV=471;LSEQ=TCAAAAAACTCATCAGTCTC;RSEQ=TCCTTCTCCTCTTTGATCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:484:218:266,218:0.4504:128,138:93,125 chr16 71170827 . A C 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=71170827;VD=41;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=41:0;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=11;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=40;HICOV=40;LSEQ=CCATTACTGCTAAACTATAA;RSEQ=CAGGTTACATCAACTCAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:41:41:0,41:1:0,0:41,0 chr16 71186163 . G A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=71186163;VD=4;AF=0.3636;BIAS=0:0;REFBIAS=7:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=26.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=36.5;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=TTTTTATCTTGTGGATCTTA;RSEQ=CTTACTCGAATGCAGCCAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:4:7,4:0.3636:7,0:4,0 chr16 71196252 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=162;END=71196252;VD=2;AF=0.0123;BIAS=1:0;REFBIAS=159:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=13.5;SN=4;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=153;LSEQ=ATGGATATAAGATATTAAAC;RSEQ=TTGAATTTTTGTTTCCTCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:162:2:160,2:0.0123:159,1:2,0 chr16 71212638 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=71212638;VD=2;AF=0.012;BIAS=1:0;REFBIAS=164:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=TACGTGTTAGGCACTGGTTA;RSEQ=GACTCAACATATAGCAACAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:164,2:0.012:164,0:2,0 chr16 71212979 . T C 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=429;END=71212979;VD=233;AF=0.5431;BIAS=2:2;REFBIAS=56:139;VARBIAS=48:185;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.05503;ODDRATIO=1.55111;MQ=60;SN=37.833;HIAF=0.5379;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=227;HICOV=422;LSEQ=GAAAGAGTAAATTATTGTTA;RSEQ=AGTCACACATTGACAAAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:429:233:195,233:0.5431:56,139:48,185 chr16 71218926 . T A 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=343;END=71218926;VD=343;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=70:273;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=170.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=341;HICOV=341;LSEQ=ACAATAAGAACCAAAGATTC;RSEQ=TAAGTGGATGTACTGAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:343:343:0,343:1:0,0:70,273 chr16 71219021 . C T 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=185;END=71219021;VD=101;AF=0.5459;BIAS=1:1;REFBIAS=1:82;VARBIAS=0:101;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.45109;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100;HIAF=0.5587;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=100;HICOV=179;LSEQ=TTCTGGAATGCCACTAAGTT;RSEQ=CCTTATAAAATATTTAAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:185:101:83,101:0.5459:1,82:0,101 chr16 71220794 . G T 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=502;END=71220794;VD=242;AF=0.4821;BIAS=2:2;REFBIAS=108:152;VARBIAS=85:157;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.1432;ODDRATIO=1.31166;MQ=60;SN=79.667;HIAF=0.4838;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=239;HICOV=494;LSEQ=ACTCCTCAAGTCTTCTACTT;RSEQ=TCATTTTTAGTAATTTTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:502:242:260,242:0.4821:108,152:85,157 chr16 71220880 . T C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=331;END=71220880;VD=327;AF=0.9879;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=28:299;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.8;HIAF=0.9905;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=312;HICOV=315;LSEQ=TAATTCCTGAATACAGGTCA;RSEQ=AATTTTTTTTAAGCTTTTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:331:327:0,327:0.9879:0,0:28,299 chr16 71264399 . G C 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=369;END=71264399;VD=168;AF=0.4553;BIAS=2:2;REFBIAS=135:66;VARBIAS=117:51;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.65382;ODDRATIO=1.12121449954591;MQ=60;SN=55;HIAF=0.4583;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=165;HICOV=360;LSEQ=AGGACGAGGACGAAAAGAGG;RSEQ=GACGCCCCGGTTAGCCCCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:369:168:201,168:0.4553:135,66:117,51 chr16 71264523 . T A 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=478;END=71264523;VD=241;AF=0.5042;BIAS=2:2;REFBIAS=141:96;VARBIAS=137:104;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.57877;ODDRATIO=1.11471;MQ=60;SN=39.167;HIAF=0.5043;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=235;HICOV=466;LSEQ=TTCCCCGCCAAGACCCCGCG;RSEQ=CCAACTCACAGACCCCGCCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:478:241:237,241:0.5042:141,96:137,104 chr16 71264561 . A G 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=454;END=71264561;VD=232;AF=0.511;BIAS=2:2;REFBIAS=106:113;VARBIAS=111:121;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.92508;ODDRATIO=1.02252;MQ=60;SN=115;HIAF=0.5239;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=230;HICOV=439;LSEQ=CCGCCGCTGAGGGGCTCCAT;RSEQ=CCCAGCTTGAAGCCGCCCGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:454:232:219,232:0.511:106,113:111,121 chr16 72152662 . C CG 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=15;END=72152662;VD=13;AF=0.8667;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.4;SN=26;HIAF=0.8667;ADJAF=0.0667;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=13;HICOV=15;LSEQ=ATGTGGAGCCCGGTGGTGGG;RSEQ=GGGGGGGCAGGTGGCGTGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:15:13:1,13:0.8667:1,0:13,0 chr16 72152803 . G GA 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=101;END=72152803;VD=3;AF=0.0297;BIAS=1:0;REFBIAS=92:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=44.9;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0333;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=3;HICOV=90;LSEQ=GTTTCAGATAGTAATGGAAA;RSEQ=AAAAAAAAAGGAGCTACTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:101:3:93,3:0.0297:92,1:3,0 chr16 72153518 . G A 343 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=721;END=72153518;VD=715;AF=0.9917;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=339:376;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=70.5;HIAF=0.9972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=705;HICOV=707;LSEQ=GGTCTGGGTCAGGGGAGGGG;RSEQ=CAGGTCTGAGATGTGAGGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:721:715:0,715:0.9917:0,0:339,376 chr16 72156600 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=102;END=72156600;VD=2;AF=0.0196;BIAS=1:0;REFBIAS=99:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=54.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0202;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=99;LSEQ=CAAAAAGACTACTAAACTCC;RSEQ=TTTGGATTTTTGGTGAGAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:102:2:100,2:0.0196:99,1:2,0 chr16 72156683 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=144;END=72156683;VD=2;AF=0.0139;BIAS=1:0;REFBIAS=142:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=63.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0141;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=142;LSEQ=AGATGCAGATTCGAGACCTG;RSEQ=GGGTCTTTCCAAAGCACCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:144:2:142,2:0.0139:142,0:2,0 chr16 72157000 . C G 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=72157000;VD=122;AF=0.9919;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:118;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=121;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=121;HICOV=121;LSEQ=AAGACTGCTGCTGCATCCCA;RSEQ=GTCCCCCACGCATCACCCCG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:123:122:0,122:0.9919:0,0:4,118 chr16 72157347 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=72157347;VD=2;AF=0.0138;BIAS=2:0;REFBIAS=135:8;VARBIAS=2:0;PMEAN=53.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0141;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=142;LSEQ=AGACTGGATCTGTTTTCCAG;RSEQ=AGTGCAGGGGTGTGTGTGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:2:143,2:0.0138:135,8:2,0 chr16 72163694 . A G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=72163694;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=TAACACAATTCTGGTCAATT;RSEQ=ATTTGCATGGATTGGTGGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:6,0 chr16 72164734 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=72164734;VD=2;AF=0.0112;BIAS=1:0;REFBIAS=5:172;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=GTGCCCTACTTCAGTTCCCA;RSEQ=TCTGTCCTCATTTCTCTCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:2:177,2:0.0112:5,172:0,2 chr16 72170321 . A C 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=393;END=72170321;VD=4;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=286:103;VARBIAS=3:1;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.08020523899541;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=3;HICOV=366;LSEQ=TCACACCTGCCCCATTGGGA;RSEQ=CCCCAACCAGAGTTCCTCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:393:4:389,4:0.0102:286,103:3,1 chr16 72170913 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=72170913;VD=2;AF=0.0121;BIAS=1:2;REFBIAS=1:161;VARBIAS=1:1;PMEAN=48.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.02432;ODDRATIO=114.025085518814;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=TGGGGTGACACAAATGTTCT;RSEQ=GAATTAGGTAGTGGTGATGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:2:162,2:0.0121:1,161:1,1 chr16 72172811 . CA C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=8;END=72172812;VD=5;AF=0.625;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=19.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.4;SN=10;HIAF=0.6250;ADJAF=0.125;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=5;HICOV=8;LSEQ=TTTTGCAAACACAGAGTTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAGCAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:5:3,5:0.625:3,0:5,0 chr16 72173054 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=101;END=72173054;VD=2;AF=0.0198;BIAS=1:0;REFBIAS=99:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=TACACAGTATCCTTGTGGCA;RSEQ=GGCCAACCAAGCTCACACAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:101:2:99,2:0.0198:99,0:2,0 chr16 72187820 . TACAC T 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=60;END=72187824;VD=18;AF=0.3;BIAS=1:1;REFBIAS=35:0;VARBIAS=17:1;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.33962;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.3000;ADJAF=0.05;SHIFT3=37;MSI=20;MSILEN=2;NM=2.6;HICNT=18;HICOV=60;LSEQ=GAATGGAGAAGATGGACTTA;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:18:35,18:0.3:35,0:17,1 chr16 72187858 . CACAT C 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=72;END=72187862;VD=24;AF=0.3333;BIAS=2:1;REFBIAS=40:4;VARBIAS=23:1;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.64934;ODDRATIO=2.27551995631002;MQ=60;SN=48;HIAF=0.3692;ADJAF=0.1667;SHIFT3=0;MSI=19;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=24;HICOV=65;LSEQ=CACACACACACACACACACA;RSEQ=GCCTGCACACACACTCCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:72:24:44,24:0.3333:40,4:23,1 chr16 72188424 . A AT 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=476;END=72188424;VD=8;AF=0.0168;BIAS=2:2;REFBIAS=80:364;VARBIAS=1:7;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.53718;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0179;ADJAF=0.0042;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=8;HICOV=447;LSEQ=AAGGACGTATTCATTCCAGG;RSEQ=TTTTTTTTTCATTTGTTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:476:8:444,8:0.0168:80,364:1,7 chr16 72197967 . TA T 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=32;END=72197968;VD=15;AF=0.4688;BIAS=1:1;REFBIAS=13:0;VARBIAS=14:1;PMEAN=27.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.4688;ADJAF=0.0938;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=15;HICOV=32;LSEQ=CAACAACAACAACATTGGGT;RSEQ=AAAAAAAAAAGGTGTGTCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:32:15:13,15:0.4688:13,0:14,1 chr16 84178738 . G A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=84178738;VD=3;AF=0.0172;BIAS=1:0;REFBIAS=165:6;VARBIAS=3:0;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=GCCAGACCCGCGCGGCCGCC;RSEQ=CCCCCGTCTCGGCCGCCGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:3:171,3:0.0172:165,6:3,0 chr16 84178830 . AC A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=274;END=84178831;VD=3;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=211:60;VARBIAS=2:1;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53171;ODDRATIO=1.75418;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=269;LSEQ=GCCGTCTCAGACCCGCCCCC;RSEQ=CCCCCGGCGTCCCCAGCGCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:274:3:271,3:0.0109:211,60:2,1 chr16 84183629 . C CA 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=48;END=84183629;VD=2;AF=0.0417;BIAS=1:0;REFBIAS=43:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=4;HIAF=0.0455;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=44;LSEQ=AATAGAGTGAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAATGCTGAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:48:2:43,2:0.0417:43,0:2,0 chr16 84187792 . G C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=84187792;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=23.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=CGTAGCCTGGGTGGCTTGTA;RSEQ=ACAACAAAAATGTATTTCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr16 84188430 . C G 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=434;END=84188430;VD=209;AF=0.4816;BIAS=2:2;REFBIAS=54:171;VARBIAS=42:167;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.35556;ODDRATIO=1.25498;MQ=60;SN=51.25;HIAF=0.4846;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=205;HICOV=423;LSEQ=GTACCCAGCAAGCAGTGTGT;RSEQ=TGTTTGCCATATGTCCATCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:434:209:225,209:0.4816:54,171:42,167 chr16 84188501 . G GT 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=246;END=84188501;VD=7;AF=0.0285;BIAS=1:0;REFBIAS=2:222;VARBIAS=0:7;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0323;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=7;HICOV=217;LSEQ=TATTATGGGCAAGAAGTGGT;RSEQ=TTTTTTTTTGTCTTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:246:7:224,7:0.0285:2,222:0,7 chr16 84188522 . GT G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=186;END=84188523;VD=3;AF=0.0161;BIAS=1:0;REFBIAS=0:183;VARBIAS=0:3;PMEAN=51.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0172;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=3;HICOV=174;LSEQ=TTTTTTTTTGTCTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTGAGACAGAGTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:3:183,3:0.0161:0,183:0,3 chr16 84188575 . G A 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=107;END=84188575;VD=107;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:107;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=105;HICOV=105;LSEQ=CCAGGCTGGAGTGCAGTGGC;RSEQ=CGATCTCAGCTCACTGCAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:107:107:0,107:1:0,0:0,107 chr16 84189574 . CT C 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=115;END=84189575;VD=6;AF=0.0522;BIAS=1:0;REFBIAS=0:108;VARBIAS=0:6;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0531;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=6;HICOV=113;LSEQ=GTGCCTCTAACAGATAAGGA;RSEQ=TTTTTTTTTTGATATAGAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:6:108,6:0.0522:0,108:0,6 chr16 84199099 . A T 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=84199099;VD=31;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=31:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=31;HICOV=31;LSEQ=CTGTGCCCTGCTGGTTTTTT;RSEQ=AAATAATACTTTATTTATGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:31:31:0,31:1:0,0:31,0 chr16 84199643 . ATTTTTTTTTTT A 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=308;END=84199654;VD=162;AF=0.526;BIAS=2:2;REFBIAS=43:26;VARBIAS=52:110;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=4e-05;ODDRATIO=3.47802;MQ=60;SN=39.5;HIAF=0.5356;ADJAF=0.1688;SHIFT3=16;MSI=27;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=158;HICOV=295;LSEQ=CCCAGTCTTTAATCTTGGGA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTAGAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:308:162:69,162:0.526:43,26:52,110 chr16 84199841 . T C 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=98;END=84199841;VD=42;AF=0.4286;BIAS=1:1;REFBIAS=1:54;VARBIAS=0:42;PMEAN=28.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84;HIAF=0.4468;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=42;HICOV=94;LSEQ=GCTAGTTTTTGTATTTTTAG;RSEQ=AGAGATGGGATTTCGCCATG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:42:55,42:0.4286:1,54:0,42 chr16 84203356 . T G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=233;END=84203356;VD=233;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=210:23;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=115.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=231;HICOV=231;LSEQ=CACTTTTTTAACTGTGTTCC;RSEQ=GACCTTTTCCCTGGTCTCAG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:233:233:0,233:1:0,0:210,23 chr16 84203612 . A G 337 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=680;END=84203612;VD=679;AF=0.9985;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=386:293;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41.438;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=663;HICOV=663;LSEQ=GGACGAGCTCTGCCCGGAAA;RSEQ=GCCAAGTGGAGAGGAGCCGC;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:680:679:0,679:0.9985:0,0:386,293 chr16 84203740 . GGAGAGCCAGAGGGGACCCTCCCAGCTGAGGCCCCACCACCCCCGCCACCTGTGGAGGTTAAAGGAGAGGATGGAGATCAAGAGCCAGAGGGGACCCTCCCAGCTGAGACCCTGCTACTGTCACCGCCTGTGAAGGTTAAAGGAGAGGATGGAGATC G 126 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=607;END=84203896;VD=14;AF=0.0231;BIAS=2:2;REFBIAS=270:331;VARBIAS=10:4;PMEAN=180.4;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=0.0591;ODDRATIO=3.05950741930549;MQ=49;SN=28;HIAF=0.0240;ADJAF=0.0231;SHIFT3=40;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=14;HICOV=583;LSEQ=TTAAAGGAGAGGACGGAGAT;RSEQ=GAGAGCCAGAGGGGACCCTC;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=14;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:607:14:601,14:0.0231:270,331:10,4 chr16 84203939 . C T 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=597;END=84203939;VD=583;AF=0.9765;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=245:338;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.6;SN=14.342;HIAF=0.9963;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=545;HICOV=547;LSEQ=AGCTGAGGCCCCACCACCAC;RSEQ=GCCCCTGGGAGCTGCCAGGG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:597:583:1,583:0.9765:0,1:245,338 chr16 84204043 . T A 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=423;END=84204043;VD=421;AF=0.9953;BIAS=0:2;REFBIAS=0:2;VARBIAS=78:343;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.389;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=403;HICOV=403;LSEQ=ACTCACGTCTCTGTGGGACC;RSEQ=GGGGCCTGAGTTTCACTTCT;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:423:421:2,421:0.9953:0,2:78,343 chr16 84204185 . C T 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=84204185;VD=148;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:146;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=145;HICOV=145;LSEQ=AATAGCTCTATTTAAAAAAG;RSEQ=AAAAGGAACTTTGGGAGGCC;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:148:148:0,148:1:0,0:2,146 chr16 84204198 . G C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=84204198;VD=113;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:111;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=226;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=113;HICOV=113;LSEQ=AAAAAAGCAAAAGGAACTTT;RSEQ=GGAGGCCAAGGCAGAAGGAC;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:113:113:0,113:1:0,0:2,111 chr16 84204253 . A AAT 83 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=51;END=84204253;VD=5;AF=0.098;BIAS=2:0;REFBIAS=1:2;VARBIAS=0:5;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.375;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.1020;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=5;HICOV=49;LSEQ=AGTTTCAGACCAGCCTCAGA;RSEQ=ATACAGAGACCTCATCCCTA;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:51:5:3,5:0.098:1,2:0,5 chr16 84204257 . C TAG 192 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=51;END=84204257;VD=41;AF=0.8039;BIAS=2:1;REFBIAS=1:2;VARBIAS=0:41;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.06818;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82;HIAF=0.8367;ADJAF=0.2353;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=2.4;HICNT=41;HICOV=49;LSEQ=TCAGACCAGCCTCAGAAATA;RSEQ=AGAGACCTCATCCCTACCAA;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:41:3,41:0.8039:1,2:0,41 chr16 84205691 . G A 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=84205691;VD=59;AF=0.513;BIAS=1:1;REFBIAS=56:0;VARBIAS=59:0;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=118;HIAF=0.5130;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=59;HICOV=115;LSEQ=ACGGGGGTTTCACTGTGTTG;RSEQ=CCAGGCTGGACTCAAACTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:115:59:56,59:0.513:56,0:59,0 chr16 84205726 . G A 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=84205726;VD=67;AF=0.4718;BIAS=1:1;REFBIAS=75:0;VARBIAS=67:0;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=134;HIAF=0.4786;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=67;HICOV=140;LSEQ=AACTTCTGACCTTGTGATCC;RSEQ=CCCACCTTGGCCCCCCAAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:67:75,67:0.4718:75,0:67,0 chr16 84206385 . G A 335 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=675;END=84206385;VD=672;AF=0.9956;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=409:263;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.8;HIAF=0.9955;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=657;HICOV=660;LSEQ=ACATTGTATCTTTATACATT;RSEQ=TATCTTTTCCCCCCTCCGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:675:672:0,672:0.9956:0,0:409,263 chr16 84206501 . C T 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=773;END=84206501;VD=379;AF=0.4903;BIAS=2:2;REFBIAS=223:170;VARBIAS=222:157;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.61094;ODDRATIO=1.07784172972041;MQ=60;SN=74.8;HIAF=0.4902;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=374;HICOV=763;LSEQ=CCCTTGAGTGAATGTTTGAT;RSEQ=GCAGCCTTGCCTGTCACTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:773:379:393,379:0.4903:223,170:222,157 chr16 84206836 . G A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=400;END=84206836;VD=5;AF=0.0125;BIAS=2:2;REFBIAS=108:287;VARBIAS=4:1;PMEAN=25.8;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=0.02311;ODDRATIO=10.5596620908131;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=393;LSEQ=TCCCAGCACTTTGGGAGGCC;RSEQ=AGGTGGCTGGATCACGAGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:400:5:395,5:0.0125:108,287:4,1 chr16 84206843 . C G 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=393;END=84206843;VD=391;AF=0.9949;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=110:281;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=129.333;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=388;HICOV=389;LSEQ=ACTTTGGGAGGCCGAGGTGG;RSEQ=TGGATCACGAGGTCAGGAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:393:391:0,391:0.9949:0,0:110,281 chr16 84207061 . C T 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=84207061;VD=223;AF=0.9955;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=130:93;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=14.929;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=209;HICOV=209;LSEQ=ACCTGGGCGACAGAGCGAGA;RSEQ=TCCATCTCAAAAAAGAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:224:223:0,223:0.9955:0,0:130,93 chr16 84207097 . C G 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=240;END=84207097;VD=237;AF=0.9875;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=173:64;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58.25;HIAF=0.9873;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=233;HICOV=236;LSEQ=AAAAAAAGAGTTAAAGTGAT;RSEQ=ACGGTCAGAATTCACAGTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:240:237:0,237:0.9875:0,0:173,64 chr16 84207141 . T TA 46 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=286;END=84207141;VD=3;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=175:94;VARBIAS=2:1;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=29.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07401003125369;MQ=62.8;SN=2;HIAF=0.0077;ADJAF=0.0035;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=2;HICOV=259;LSEQ=TCTAGTTTTCTGGAGCTATG;RSEQ=AAAAAAAAGAAACAAAGGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:286:3:269,3:0.0105:175,94:2,1 chr16 84207481 . G T 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=53;END=84207481;VD=53;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=23:30;PMEAN=26.8;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=50;HICOV=50;LSEQ=TCAAAAAAAAGAAAAAGAAA;RSEQ=GGACATAATTGGGCAATTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:53:53:0,53:1:0,0:23,30 chr16 84208032 . T G 338 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=644;END=84208032;VD=643;AF=0.9984;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=387:256;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=106.167;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=637;HICOV=637;LSEQ=AAAAAAGATGTGGAAATTCT;RSEQ=TAAACACGTCACACCTTGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:644:643:0,643:0.9984:0,0:387,256 chr16 84208144 . C G 343 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=705;END=84208144;VD=704;AF=0.9986;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=369:335;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=87;HIAF=0.9986;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=696;HICOV=697;LSEQ=TTTGGTGGGGAACAGGCAGG;RSEQ=GAGTCACCTGAGTGATTTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:705:704:0,704:0.9986:0,0:369,335 chr16 84208335 . G T 334 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=614;END=84208335;VD=612;AF=0.9967;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=180:432;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60.2;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=602;HICOV=604;LSEQ=CTCTGGAAGACCAGGTTAAG;RSEQ=TCATTAGAAACCATTTTCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:614:612:0,612:0.9967:0,0:180,432 chr16 84208442 . T C 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=287;END=84208442;VD=281;AF=0.9791;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=24:257;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=55.2;HIAF=0.9857;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=276;HICOV=280;LSEQ=TGTTCCCTGTGCATAAAGCA;RSEQ=TGAATTCCCCCATATTCTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:287:281:0,281:0.9791:0,0:24,257 chr16 84208446 . AT A 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=281;END=84208447;VD=267;AF=0.9502;BIAS=2:2;REFBIAS=3:9;VARBIAS=15:252;PMEAN=31.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.03448;ODDRATIO=5.5347;MQ=60;SN=52.4;HIAF=0.9493;ADJAF=0.153;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=262;HICOV=276;LSEQ=CCCTGTGCATAAAGCATTGA;RSEQ=TCCCCCATATTCTTTTTCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:281:267:12,267:0.9502:3,9:15,252 chr16 84208495 . T C 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=84208495;VD=159;AF=0.9938;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:159;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=156;HICOV=156;LSEQ=CTTTTCAGGCAGAGTCTGGC;RSEQ=CTGTCACCCAGGCTGCAGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:160:159:1,159:0.9938:0,1:0,159 chr16 84208667 . G C 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=84208667;VD=25;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:25;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=25;HICOV=25;LSEQ=AGATGGGGTTTCTCCATGTT;RSEQ=GCCAGGCTGGTCTCGAACTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:25:25:0,25:1:0,0:0,25 chr16 84209138 . A T 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=84209138;VD=6;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=GGCATCAGCCATCATCTCTG;RSEQ=GCACGAGCTCAGCAGCAAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:6:1,6:0.75:1,0:6,0 chr16 84209349 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=84209349;VD=2;AF=0.0171;BIAS=1:0;REFBIAS=115:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0174;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=115;LSEQ=CAGAGAGAAGGGCATAGACA;RSEQ=GAGCTGTGCCCAGGGAGTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:2:115,2:0.0171:115,0:2,0 chr16 84209354 . T A 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=84209354;VD=121;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=121:0;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=118;HICOV=118;LSEQ=AGAAGGGCATAGACATGAGC;RSEQ=GTGCCCAGGGAGTGGCCACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:121:121:0,121:1:0,0:121,0 chr16 84209498 . T C 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=367;END=84209498;VD=367;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=307:60;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.7;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=357;HICOV=357;LSEQ=ATTGTAGAGCGATTCTGTTG;RSEQ=GAAAACAGAAACTTTCAGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:367:367:0,367:1:0,0:307,60 chr16 84209634 . C G 332 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=596;END=84209634;VD=595;AF=0.9983;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=344:251;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.583;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=583;HICOV=583;LSEQ=CTCCCTGTGCTGGAAAACCT;RSEQ=CCCACAGACACTCTGTCAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:596:595:0,595:0.9983:0,0:344,251 chr16 84209738 . T C 338 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=640;END=84209738;VD=638;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=336:302;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78.75;HIAF=0.9968;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=630;HICOV=632;LSEQ=AAAAGAAGCTAAGAGGGACT;RSEQ=GGAAATCCGAAAACAAGACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:640:638:1,638:0.9969:1,0:336,302 chr16 84209816 . T C 341 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=656;END=84209816;VD=653;AF=0.9954;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=294:359;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=129.6;HIAF=0.9969;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=648;HICOV=650;LSEQ=CGAGGACCCCTCTGGCCAGC;RSEQ=ACTGATGCCCCCCACCTGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:656:653:0,653:0.9954:0,0:294,359 chr16 84209864 . G C 336 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=606;END=84209864;VD=603;AF=0.995;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=241:362;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=200;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=600;HICOV=602;LSEQ=TGCTGCACCACTCACTTCCA;RSEQ=TGGAGACAGGGACAGCGACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:606:603:0,603:0.995:0,0:241,362 chr16 84210172 . T G 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=105;END=84210172;VD=105;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:105;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=210;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=105;HICOV=105;LSEQ=ACTGTGTGTGGGGGTCACAA;RSEQ=CCCCCTGTGGTCATGCAGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:105:105:0,105:1:0,0:0,105 chr16 84210936 . C T 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=84210936;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=CTGTGGCCTAGGCTGGAATG;RSEQ=AGTCATGTGATCTTGGCTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:7,0 chr16 84211483 . C T 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=497;END=84211483;VD=495;AF=0.996;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=223:272;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.5;HIAF=0.9979;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=485;HICOV=486;LSEQ=TGTAGCATAAATGGTTTAAT;RSEQ=ATAAATGTCTCCCTTAGGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:497:495:0,495:0.996:0,0:223,272 chr16 89711761 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=89711761;VD=2;AF=0.0112;BIAS=1:0;REFBIAS=176:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=168;LSEQ=ATGTGGCCAAAGGCACCTCC;RSEQ=GAGGCAGCAGCTGAGTGAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:2:177,2:0.0112:176,1:2,0 chr16 89711941 . TGGA T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=449;END=89711944;VD=215;AF=0.4788;BIAS=2:2;REFBIAS=121:113;VARBIAS=109:106;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.85048;ODDRATIO=1.04126;MQ=60;SN=430;HIAF=0.4810;ADJAF=0.0423;SHIFT3=9;MSI=4;MSILEN=3;NM=0.2;HICNT=215;HICOV=447;LSEQ=AGACACCACCCCTGGAGTGA;RSEQ=GGAGGAGGATGTCATTGTAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:449:215:234,215:0.4788:121,113:109,106 chr16 89712138 . T G 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=201;END=89712138;VD=110;AF=0.5473;BIAS=1:1;REFBIAS=0:91;VARBIAS=1:109;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=220;HIAF=0.5500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=110;HICOV=200;LSEQ=CCCTGACCCCCTCTGGCTGA;RSEQ=GGGAAGCAGCATGTCTGCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:201:110:91,110:0.5473:0,91:1,109 chr16 89712374 . A C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=89712374;VD=3;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:3;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=GCAGAGTGGCTGCCGGCCGC;RSEQ=GCCCCGCGGGGTCAGCACAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:3:3,3:0.5:0,3:0,3 chr16 89712380 . G A 45 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=89712380;VD=3;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:3;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=5;LSEQ=TGGCTGCCGGCCGCAGCCCC;RSEQ=CGGGGTCAGCACAAAGGCAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:3:3,3:0.5:0,3:0,3 chr16 89803670 . A G 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=89803670;VD=30;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=30:0;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.6;SN=29;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=CCAGGCACGGTGGCTCACAC;RSEQ=TGTAATCCCAGCACTTTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:30:30:0,30:1:0,0:30,0 chr16 89803762 . C G 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=107;END=89803762;VD=107;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=105:2;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=214;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=107;HICOV=107;LSEQ=ATATGGTGTAAACCCTGTCT;RSEQ=TACTAAAAATACAAAAATCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:107:107:0,107:1:0,0:105,2 chr16 89804334 . CCT C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=725;END=89804336;VD=8;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=385:330;VARBIAS=5:3;PMEAN=47.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.73187;ODDRATIO=1.42787788788303;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=8;HICOV=714;LSEQ=GTAAGTGTGAGTCAGGACCC;RSEQ=CCCAGGGCTGTGGCCCTCGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:725:8:715,8:0.011:385,330:5,3 chr16 89804335 . CT C 347 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=733;END=89804336;VD=694;AF=0.9468;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=379:315;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1388;HIAF=0.9586;ADJAF=0.0682;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=694;HICOV=724;LSEQ=TAAGTGTGAGTCAGGACCCC;RSEQ=CCCAGGGCTGTGGCCCTCGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:733:694:0,694:0.9468:0,0:379,315 chr16 89804336 . T C 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=733;END=89804336;VD=30;AF=0.0409;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=10:20;PMEAN=13.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=0.0414;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=30;HICOV=724;LSEQ=AAGTGTGAGTCAGGACCCCC;RSEQ=CCCAGGGCTGTGGCCCTCGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:733:30:0,30:0.0409:0,0:10,20 chr16 89804855 . C T 338 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=754;END=89804855;VD=750;AF=0.9947;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=314:436;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29;HIAF=0.9986;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=725;HICOV=726;LSEQ=CCCGCAAACGCTGAGTGACT;RSEQ=GGGGCCGGACAGTTCATAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:754:750:1,750:0.9947:0,1:314,436 chr16 89805261 . A G 349 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=764;END=89805261;VD=764;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=315:449;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=253.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=761;HICOV=761;LSEQ=TCAATTCTCATGTCCCCCAC;RSEQ=TGGCCCAAGGTGGGCATCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:764:764:0,764:1:0,0:315,449 chr16 89805794 . A G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=433;END=89805794;VD=196;AF=0.4527;BIAS=2:2;REFBIAS=130:107;VARBIAS=110:86;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.84607;ODDRATIO=1.05268698352545;MQ=60;SN=97;HIAF=0.4512;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=194;HICOV=430;LSEQ=TCTGTGGAGCAGAGGCACAG;RSEQ=CAACCCTTCCCATCTGGCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:433:196:237,196:0.4527:130,107:110,86 chr16 89805914 . T C 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=469;END=89805914;VD=225;AF=0.4797;BIAS=2:2;REFBIAS=91:152;VARBIAS=103:122;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.07465;ODDRATIO=1.40912549671674;MQ=60;SN=74;HIAF=0.4795;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=222;HICOV=463;LSEQ=AGCGAAAGGCAGCAGCCTGG;RSEQ=GTGCTGATCCGGGGCCACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:469:225:243,225:0.4797:91,152:103,122 chr16 89805977 . G A 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=464;END=89805977;VD=227;AF=0.4892;BIAS=2:2;REFBIAS=118:116;VARBIAS=104:123;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.35152;ODDRATIO=1.20259;MQ=60;SN=27.375;HIAF=0.4867;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=219;HICOV=450;LSEQ=GAGGTCTGCAACACCAAGAA;RSEQ=TGGCTCAGGCAACTCTGGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:464:227:234,227:0.4892:118,116:104,123 chr16 89806063 . G C 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=404;END=89806063;VD=201;AF=0.4975;BIAS=2:2;REFBIAS=131:69;VARBIAS=139:62;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.45729;ODDRATIO=1.18037276171815;MQ=60;SN=49.25;HIAF=0.4987;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=197;HICOV=395;LSEQ=CGTGTACCCTGGGAGGCCTG;RSEQ=CTGTGGGGATAGTGTGGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:404:201:200,201:0.4975:131,69:139,62 chr16 89806343 . C A 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=648;END=89806343;VD=335;AF=0.517;BIAS=2:2;REFBIAS=152:158;VARBIAS=158:177;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.63711;ODDRATIO=1.07759;MQ=60;SN=46.857;HIAF=0.5198;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=328;HICOV=631;LSEQ=GGCTCGTTCTTAACCATTTG;RSEQ=AAGATGCCTCTGAAAAGAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:648:335:310,335:0.517:152,158:158,177 chr16 89806347 . A T 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=651;END=89806347;VD=640;AF=0.9831;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=303:337;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.22531;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.549;HIAF=0.9949;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=589;HICOV=592;LSEQ=CGTTCTTAACCATTTGCAAG;RSEQ=TGCCTCTGAAAAGAGCGGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:651:640:2,640:0.9831:2,0:303,337 chr16 89806614 . T A 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=157;END=89806614;VD=77;AF=0.4904;BIAS=1:1;REFBIAS=0:80;VARBIAS=0:77;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.667;HIAF=0.4837;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=74;HICOV=153;LSEQ=CATTTCCTCTTTGCTTATTG;RSEQ=AAGTCTTAAAACTGGTGACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:77:80,77:0.4904:0,80:0,77 chr16 89806732 . G A 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=89806732;VD=29;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:29;VARBIAS=1:28;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=0.5088;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=29;HICOV=57;LSEQ=CACCAAGGCTGCTGCACCAC;RSEQ=TCCTCAAATAAGACATTAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:58:29:29,29:0.5:0,29:1,28 chr16 89807109 . C T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=89807109;VD=2;AF=0.0121;BIAS=2:2;REFBIAS=140:23;VARBIAS=1:1;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.27051;ODDRATIO=5.98006;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=ACTTCCGCAAACACAAGGAG;RSEQ=TCCTGAGCTAGTCTGGAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:2:163,2:0.0121:140,23:1,1 chr16 89807131 . C A 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=219;END=89807131;VD=111;AF=0.5068;BIAS=2:2;REFBIAS=72:35;VARBIAS=76:35;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.88532;ODDRATIO=1.05526418538881;MQ=60;SN=12.875;HIAF=0.4952;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=103;HICOV=208;LSEQ=CCTGAGCTAGTCTGGAAACC;RSEQ=TGACTTGGAAGCTGGCTGCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:219:111:107,111:0.5068:72,35:76,35 chr16 89807233 . C G 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=384;END=89807233;VD=188;AF=0.4896;BIAS=2:2;REFBIAS=95:101;VARBIAS=80:108;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.26061;ODDRATIO=1.269;MQ=60;SN=46;HIAF=0.4881;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=184;HICOV=377;LSEQ=TTTGAGGTCAGATGTGACGA;RSEQ=AGCAGGCCCATCAAGGAGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:384:188:196,188:0.4896:95,101:80,108 chr16 89807543 . G A 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=89807543;VD=20;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:20;VARBIAS=0:20;PMEAN=52.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=20;HICOV=40;LSEQ=CAGAAAGAGAAGACTGCTGC;RSEQ=GTCTCCTTGGCTGTGCGCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:40:20:20,20:0.5:0,20:0,20 chr16 89808794 . AGAGGCTGCAGTGAGCT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=4;END=89808810;VD=2;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=70;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=GAGGATGGCTTGAGCCCAGA;RSEQ=GACTGCACCACTGCACTCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:2:2,2:0.5:2,0:2,0 chr16 89808850 . C G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=89808850;VD=4;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=43.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=8;LSEQ=AGCCTGGGCGACAGTGAGAC;RSEQ=CTGTCTCAACTACATACAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:4:4,4:0.5:4,0:4,0 chr16 89808939 . T C 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=89808939;VD=31;AF=0.4627;BIAS=1:1;REFBIAS=36:0;VARBIAS=30:1;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.46269;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=0.4769;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=31;HICOV=65;LSEQ=AAGTCTTACTCCAAGCCAGC;RSEQ=GGGCGTGGTGGCTCACGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:67:31:36,31:0.4627:36,0:30,1 chr16 89809171 . C T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=315;END=89809171;VD=137;AF=0.4349;BIAS=2:2;REFBIAS=131:46;VARBIAS=107:30;PMEAN=49.9;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.42773;ODDRATIO=1.25151746492622;MQ=60;SN=33.25;HIAF=0.4448;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=133;HICOV=299;LSEQ=ACTGATTGAAACCAAGCTTG;RSEQ=GAGAAAATAAATCAGTAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:315:137:177,137:0.4349:131,46:107,30 chr16 89809319 . T C 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=450;END=89809319;VD=222;AF=0.4933;BIAS=2:2;REFBIAS=91:134;VARBIAS=106:116;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.12812;ODDRATIO=1.34466437177281;MQ=60;SN=221;HIAF=0.5023;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=221;HICOV=440;LSEQ=AGCCAGTCCGGGTTGGGTGC;RSEQ=GGGGAGGCAGCCTCAGGGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:450:222:225,222:0.4933:91,134:106,116 chr16 89809548 . CA AG 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=130;END=89809549;VD=65;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:55;VARBIAS=0:65;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.5378;ADJAF=0.0846;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=64;HICOV=119;LSEQ=AGGTGCTGGTGCTGCCCCCA;RSEQ=GCATCCTGGCGTTCTGAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:130:65:55,65:0.5:0,55:0,65 chr16 89811073 . G GT 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=19;END=89811073;VD=10;AF=0.5263;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=30.1;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=9;HIAF=0.5000;ADJAF=0.0526;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=9;HICOV=18;LSEQ=ACGAGACACTGGCAGAGGCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTGTTTTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:10:9,10:0.5263:9,0:10,0 chr16 89811151 . A G 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=89811151;VD=32;AF=0.4923;BIAS=1:1;REFBIAS=33:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.5161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=32;HICOV=62;LSEQ=CTCGGCTCACTGGAAACTCC;RSEQ=CCTCCTGGGTTCAACTGATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:65:32:33,32:0.4923:33,0:32,0 chr16 89811196 . T C 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=89811196;VD=90;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=90:0;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=89;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=89;HICOV=89;LSEQ=TGCCTCGGCCTCCCCAGTAG;RSEQ=TGGGATTACAGGCGCCCACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:90:90:0,90:1:0,0:90,0 chr16 89811209 . C T 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=89811209;VD=43;AF=0.4674;BIAS=1:1;REFBIAS=49:0;VARBIAS=43:0;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=0.4725;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=43;HICOV=91;LSEQ=CCAGTAGTTGGGATTACAGG;RSEQ=GCCCACCACCACGAGAACTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:92:43:49,43:0.4674:49,0:43,0 chr16 89811546 . A G 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=89811546;VD=88;AF=0.5207;BIAS=2:2;REFBIAS=15:65;VARBIAS=17:71;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03734439834025;MQ=60;SN=87;HIAF=0.5241;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=87;HICOV=166;LSEQ=ACACCTCCGCTGCCCCAGCC;RSEQ=TGACAAGCCCCCAGTGCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:169:88:80,88:0.5207:15,65:17,71 chr16 89811663 . T C 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=89811663;VD=55;AF=0.5978;BIAS=1:1;REFBIAS=0:37;VARBIAS=1:54;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.5934;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=54;HICOV=91;LSEQ=CAAAGCAGTTCCATGAGGCA;RSEQ=TTATTACCCACACTCATGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:92:55:37,55:0.5978:0,37:1,54 chr16 89811751 . C G 145 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=89811751;VD=18;AF=0.5294;BIAS=1:1;REFBIAS=0:16;VARBIAS=0:18;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17;HIAF=0.5484;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=17;HICOV=31;LSEQ=AGGGACCACACTCCCCTGAG;RSEQ=TGGGAACGAAACAGTGAAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:34:18:16,18:0.5294:0,16:0,18 chr16 89811796 . T C 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=89811796;VD=11;AF=0.5789;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:11;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.6111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=11;HICOV=18;LSEQ=ACAGTCCCCTGAGCTGGGAA;RSEQ=GAAACAGTGAAGGGACCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:11:7,11:0.5789:0,7:0,11 chr16 89811819 . C G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=89811819;VD=3;AF=0.2727;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:3;PMEAN=19;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.2727;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=3;HICOV=11;LSEQ=AACAGTGAAGGGACCACACT;RSEQ=CTCTGAGCTGGGAACAAAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:3:8,3:0.2727:0,8:0,3 chr16 89811821 . T C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=89811821;VD=3;AF=0.2727;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:3;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=3.7;HICNT=3;HICOV=9;LSEQ=CAGTGAAGGGACCACACTCC;RSEQ=CTGAGCTGGGAACAAAACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:3:8,3:0.2727:0,8:0,3 chr16 89812617 . C T 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=89812617;VD=7;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:1;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=AGGCGCAAGTGGGCCACAGT;RSEQ=ATGCTCTCGTGACGGGGCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:6,1 chr16 89812762 . C A 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=89812762;VD=65;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=65:0;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=63;HICOV=63;LSEQ=TCCACAGGGGAGAAGTCCTG;RSEQ=GGGTGCCATGGTGACGGCGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:65:65:0,65:1:0,0:65,0 chr16 89812796 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=76;END=89812796;VD=2;AF=0.0263;BIAS=1:0;REFBIAS=74:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0267;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=75;LSEQ=ACGGCGGTGGGGGCAGGGAC;RSEQ=GTTCTGGGAACTCAGGATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:76:2:74,2:0.0263:74,0:2,0 chr16 89812851 . CTG C 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=128;END=89812853;VD=67;AF=0.5234;BIAS=1:1;REFBIAS=61:0;VARBIAS=67:0;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=134;HIAF=0.5317;ADJAF=0.0312;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.6;HICNT=67;HICOV=126;LSEQ=CTATGAGCTGGCATCTTTAA;RSEQ=TGGCTTCCATGTCTCCTGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:128:67:61,67:0.5234:61,0:67,0 chr16 89812854 . TG GC 81 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=131;END=89812855;VD=5;AF=0.0382;BIAS=1:0;REFBIAS=126:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=9.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0388;ADJAF=0.0229;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=5;HICOV=129;LSEQ=TGAGCTGGCATCTTTAACTG;RSEQ=GCTTCCATGTCTCCTGATGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:5:126,5:0.0382:126,0:5,0 chr16 89813049 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=465;END=89813049;VD=5;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=301:159;VARBIAS=4:1;PMEAN=47.6;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.66408;ODDRATIO=2.1100162471251;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0066;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=3;HICOV=457;LSEQ=CACTTGGCCAGTATGAAGTC;RSEQ=ACCATCAGGGAGGGGTCTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:465:5:460,5:0.0108:301,159:4,1 chr16 89813194 . C T 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=413;END=89813194;VD=207;AF=0.5012;BIAS=2:2;REFBIAS=94:111;VARBIAS=84:123;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.31999;ODDRATIO=1.23937;MQ=60;SN=33.5;HIAF=0.4963;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=201;HICOV=405;LSEQ=CTGACAGGAGGATCCACCCA;RSEQ=GGCGTTCTGAGAAGGCCACG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:413:207:205,207:0.5012:94,111:84,123 chr16 89813589 . C T 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=89813589;VD=19;AF=0.5135;BIAS=1:1;REFBIAS=0:17;VARBIAS=1:18;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.5278;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=19;HICOV=36;LSEQ=AGCAGCCGCAGGGAAGGGGA;RSEQ=GCACCCGGAGCGTAGAACTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:37:19:17,19:0.5135:0,17:1,18 chr16 89814715 . CT C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=11;END=89814716;VD=5;AF=0.4545;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=25.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5000;ADJAF=0.1818;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=5;HICOV=10;LSEQ=GTAGTCAGATCACCACAAGG;RSEQ=TTTTTTACACATGAAGCATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:5:5,5:0.4545:5,0:5,0 chr16 89814818 . T G 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=89814818;VD=31;AF=0.4627;BIAS=1:1;REFBIAS=35:1;VARBIAS=31:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=30;HICOV=66;LSEQ=GTGTCAAAATCATTAAAACT;RSEQ=GAGGGAAACTAAAGGAACTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:67:31:36,31:0.4627:35,1:31,0 chr16 89815217 . C T 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=200;END=89815217;VD=99;AF=0.495;BIAS=2:2;REFBIAS=33:68;VARBIAS=29:70;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.64813;ODDRATIO=1.17047;MQ=60;SN=48.5;HIAF=0.4949;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=97;HICOV=196;LSEQ=GGTGGCGACAGCACAGCGTA;RSEQ=ACTCTGCTCCTTCCCAAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:200:99:101,99:0.495:33,68:29,70 chr16 89815321 . C T 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=89815321;VD=66;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:66;VARBIAS=0:66;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=0.4884;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=63;HICOV=129;LSEQ=TGGCCTGTGTCCCTCTGTCC;RSEQ=ATCCAAAGCCTGCACTCTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:132:66:66,66:0.5:0,66:0,66 chr16 89815397 . AAAC A 192 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=72;END=89815400;VD=37;AF=0.5139;BIAS=1:1;REFBIAS=0:35;VARBIAS=0:37;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74;HIAF=0.5286;ADJAF=0.0556;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=37;HICOV=70;LSEQ=TTCAAAATGTGTTACCAAAC;RSEQ=AACTTTTAACAGTTACATAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:72:37:35,37:0.5139:0,35:0,37 chr16 89815781 . T C 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=89815781;VD=16;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=24.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=16;HICOV=16;LSEQ=CAGGTGCCCGCCACCACACC;RSEQ=AGCTAAATTTTTTTGTATTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:16,0 chr16 89815799 . T C 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=89815799;VD=9;AF=0.3333;BIAS=1:0;REFBIAS=18:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=19.8;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.3462;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=9;HICOV=26;LSEQ=CCTAGCTAAATTTTTTTGTA;RSEQ=TTTTTTTGTATTTTTAGTAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:27:9:18,9:0.3333:18,0:9,0 chr16 89815824 . G A 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=89815824;VD=28;AF=0.549;BIAS=1:1;REFBIAS=23:0;VARBIAS=28:0;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27;HIAF=0.5510;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=27;HICOV=49;LSEQ=TTTGTATTTTTAGTAGACAT;RSEQ=GCGTTTCGCCATGTTGGTCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:51:28:23,28:0.549:23,0:28,0 chr16 89816314 . A G 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=387;END=89816314;VD=189;AF=0.4884;BIAS=2:2;REFBIAS=47:150;VARBIAS=47:142;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.90563;ODDRATIO=1.05622273625062;MQ=60;SN=188;HIAF=0.4934;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=188;HICOV=381;LSEQ=AGGTCAGCTACCATCTCCTG;RSEQ=AAAAGAGCAGTATGCTGGCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:387:189:197,189:0.4884:47,150:47,142 chr16 89816333 . C T 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=370;END=89816333;VD=178;AF=0.4811;BIAS=2:2;REFBIAS=37:153;VARBIAS=36:142;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.89633;ODDRATIO=1.04822901707565;MQ=60;SN=24.429;HIAF=0.4777;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.5;HICNT=171;HICOV=358;LSEQ=GAAAAAGAGCAGTATGCTGG;RSEQ=ACAGGAAGGCCTCGGGGCTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:370:178:190,178:0.4811:37,153:36,142 chr16 89816367 . T G 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=326;END=89816367;VD=147;AF=0.4509;BIAS=2:2;REFBIAS=29:150;VARBIAS=21:126;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.64713;ODDRATIO=1.15947;MQ=60;SN=294;HIAF=0.4579;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=147;HICOV=321;LSEQ=GGGGCTCACTGCCCAGCCAG;RSEQ=CGGGGACCCAGACGTCAGGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:326:147:179,147:0.4509:29,150:21,126 chr16 89816407 . A G 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=257;END=89816407;VD=110;AF=0.428;BIAS=2:2;REFBIAS=15:132;VARBIAS=6:104;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.24945;ODDRATIO=1.96481;MQ=60;SN=220;HIAF=0.4400;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=110;HICOV=250;LSEQ=GGTCAGGGAGAGGTCTCCAC;RSEQ=GTGGACAGGGCAAGAAGGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:257:110:147,110:0.428:15,132:6,104 chr16 89816424 . G T 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=89816424;VD=99;AF=0.442;BIAS=2:1;REFBIAS=7:118;VARBIAS=1:98;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.08014;ODDRATIO=5.77856;MQ=60;SN=98;HIAF=0.4434;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=98;HICOV=221;LSEQ=CACAGTGGACAGGGCAAGAA;RSEQ=GAACAAGTGGGGCAAGCTAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:224:99:125,99:0.442:7,118:1,98 chr16 89816569 . C A 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=89816569;VD=26;AF=0.4483;BIAS=1:1;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:26;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.4561;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=26;HICOV=57;LSEQ=TTCCTTGAGCCCAGGAGTTA;RSEQ=AGTACTACTTATCAACTACT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:26:32,26:0.4483:0,32:0,26 chr16 89818178 . CT C 35 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=4;END=89818179;VD=2;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=23.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0.25;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=CCTGAGCCAACAATAAATAT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTGAGACGG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:2:2,2:0.5:2,0:2,0 chr16 89818310 . G C 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=89818310;VD=51;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=51:0;PMEAN=29.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.7;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=50;HICOV=50;LSEQ=TGCCTCAGCCTCCCGAGTAG;RSEQ=TGGGGCTACAGGTGCCCGCC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:51:0,51:1:0,0:51,0 chr16 89818340 . G C 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=89818340;VD=41;AF=0.5694;BIAS=1:1;REFBIAS=30:0;VARBIAS=41:0;PMEAN=27.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=82;HIAF=0.5694;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=41;HICOV=72;LSEQ=AGGTGCCCGCCACCACGCCC;RSEQ=GCTAAATTTTTGTATTTTTA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:72:41:30,41:0.5694:30,0:41,0 chr16 89818491 . T C 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=206;END=89818491;VD=101;AF=0.4903;BIAS=2:2;REFBIAS=84:21;VARBIAS=70:31;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.08082;ODDRATIO=1.76645;MQ=60;SN=49.5;HIAF=0.5025;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=99;HICOV=197;LSEQ=CCTGGCAATAAATATCTTAA;RSEQ=AGCACGCGGCTTAAATGAAG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:206:101:105,101:0.4903:84,21:70,31 chr16 89818812 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=76;END=89818812;VD=2;AF=0.0263;BIAS=1:0;REFBIAS=1:73;VARBIAS=0:2;PMEAN=59;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0263;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=76;LSEQ=CCAACCCCAACCTAGGAAAT;RSEQ=CAAAAATTATGTACCATGAC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:76:2:74,2:0.0263:1,73:0,2 chr16 89818908 . C T 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=89818908;VD=20;AF=0.4651;BIAS=1:1;REFBIAS=0:23;VARBIAS=0:20;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=0.4651;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=20;HICOV=43;LSEQ=AAGGCAAGAGACAGAGGACA;RSEQ=GAGCTGTTCCAGTATAATAA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:43:20:23,20:0.4651:0,23:0,20 chr16 89824753 . T C 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=122;END=89824753;VD=61;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=61:0;VARBIAS=61:0;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=0.5042;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=60;HICOV=119;LSEQ=AGTAAGGCCTCATCGGTGTG;RSEQ=GATGGTTAATACTGAGTGTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:122:61:61,61:0.5:61,0:61,0 chr16 89825065 . G A 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=491;END=89825065;VD=237;AF=0.4827;BIAS=2:2;REFBIAS=129:124;VARBIAS=125:112;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.71806;ODDRATIO=1.07266213288139;MQ=60;SN=32.857;HIAF=0.4822;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=230;HICOV=477;LSEQ=TCACAGCCCCCTGAAGCCGA;RSEQ=GACTCAGGGAGAAAGTGCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:491:237:253,237:0.4827:129,124:125,112 chr16 89825238 . G A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=270;END=89825238;VD=3;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=34:233;VARBIAS=1:2;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.34175;ODDRATIO=3.40332845522921;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=268;LSEQ=GAGCTGGGTTGAGACTGGCG;RSEQ=CTCGGGACCTTGGAGTAGGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:270:3:267,3:0.0111:34,233:1,2 chr16 89825248 . T C 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=89825248;VD=120;AF=0.4898;BIAS=2:2;REFBIAS=11:113;VARBIAS=15:105;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.41013;ODDRATIO=1.46522293366936;MQ=60;SN=59;HIAF=0.4979;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=118;HICOV=237;LSEQ=GAGACTGGCGGCTCGGGACC;RSEQ=TGGAGTAGGGATGAGACCTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:120:124,120:0.4898:11,113:15,105 chr16 89825338 . A G 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=89825338;VD=73;AF=0.5141;BIAS=1:1;REFBIAS=0:67;VARBIAS=1:72;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=0.5294;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=72;HICOV=136;LSEQ=GGAGTGACCTTTGTGACCCC;RSEQ=CCTTCCACGGATCAAAGGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:142:73:67,73:0.5141:0,67:1,72 chr16 89825495 . C G 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=89825495;VD=19;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:19;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=19;HICOV=19;LSEQ=TCCCAGCACTTTGGGAGGCT;RSEQ=AGGCGGGCGGATCACGAGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:19:19:0,19:1:0,0:0,19 chr16 89828220 . A G 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=89828220;VD=69;AF=0.4726;BIAS=1:1;REFBIAS=76:1;VARBIAS=69:0;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=138;HIAF=0.4759;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=69;HICOV=145;LSEQ=TCTTTTCTATTTTTTGTAGA;RSEQ=ATGGAGTTTCCCCATGTTGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:146:69:77,69:0.4726:76,1:69,0 chr16 89828437 . A G 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=319;END=89828437;VD=157;AF=0.4922;BIAS=2:2;REFBIAS=73:88;VARBIAS=60:97;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.21234;ODDRATIO=1.33984;MQ=60;SN=30.4;HIAF=0.4919;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=152;HICOV=309;LSEQ=TCTTGGTAAGTTAACTGAGA;RSEQ=AGAGAGCAAGCAATTCAATA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:319:157:161,157:0.4922:73,88:60,97 chr16 89828484 . C T 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=264;END=89828484;VD=122;AF=0.4621;BIAS=2:2;REFBIAS=44:97;VARBIAS=35:87;PMEAN=30.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.68737;ODDRATIO=1.12703;MQ=60;SN=121;HIAF=0.4636;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=121;HICOV=261;LSEQ=GGACAGAACACACAATCCAC;RSEQ=GACAGGTTTATAAACCAGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:264:122:141,122:0.4621:44,97:35,87 chr16 89828669 . C G 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=89828669;VD=51;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:51;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=102;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=51;HICOV=51;LSEQ=CCTTCTTTCTAAGTATAAAA;RSEQ=GGCTATTTTAGTCTGGGCAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:51:0,51:1:0,0:0,51 chr16 89828786 . GAGCCTAGGAGTTTGACACC G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=9;END=89828805;VD=5;AF=0.5556;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:5;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5556;ADJAF=0.1111;SHIFT3=8;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=5;HICOV=9;LSEQ=CTGAGGCCAGCAGATTGCTT;RSEQ=AGCCTAGGCAACATGGTGAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:5:4,5:0.5556:0,4:0,5 chr16 89831243 . C A 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=447;END=89831243;VD=224;AF=0.5011;BIAS=2:2;REFBIAS=165:56;VARBIAS=157:67;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=0.29099;ODDRATIO=1.25674;MQ=60;SN=9.667;HIAF=0.4845;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=203;HICOV=419;LSEQ=GTTCTTGCCCGAGGAGCACA;RSEQ=ACAAACCCTAGACTCAGGAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:447:224:221,224:0.5011:165,56:157,67 chr16 89831520 . A T 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=358;END=89831520;VD=184;AF=0.514;BIAS=2:2;REFBIAS=28:145;VARBIAS=19:165;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.11798;ODDRATIO=1.6745;MQ=60;SN=12.143;HIAF=0.5060;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=170;HICOV=336;LSEQ=TTCTTCATTGCGCAAGTTTC;RSEQ=CTGTGAGTGGCTGAGCAAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:358:184:173,184:0.514:28,145:19,165 chr16 89831558 . C T 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=303;END=89831558;VD=172;AF=0.5677;BIAS=2:2;REFBIAS=12:117;VARBIAS=9:163;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.17893;ODDRATIO=1.85361;MQ=60;SN=27.667;HIAF=0.5685;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=166;HICOV=292;LSEQ=AATGCTCAGGTGGAAACAGA;RSEQ=CATCAACAGCCCACACACAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:303:172:129,172:0.5677:12,117:9,163 chr16 89831630 . G A 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=89831630;VD=99;AF=0.5266;BIAS=1:1;REFBIAS=1:80;VARBIAS=2:97;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.64508858802046;MQ=60;SN=18.8;HIAF=0.5562;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=94;HICOV=169;LSEQ=CCTGGGAGGGCGCAATACAC;RSEQ=ACCCCACGTTCAGGGGACCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:188:99:81,99:0.5266:1,80:2,97 chr16 89831819 . A G 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=89831819;VD=22;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:20;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.2;SN=44;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=22;HICOV=22;LSEQ=GACCTCAGTCCAGCCCCTGG;RSEQ=AGGGTGCAGAGCCCCTCAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:22:22:0,22:1:0,0:2,20 chr16 89831841 . A G 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=89831841;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:16;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=17;HICOV=17;LSEQ=GGGTGCAGAGCCCCTCAGCG;RSEQ=TCATGGCTGTGCACAGTGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:17:0,17:1:0,0:1,16 chr16 89833472 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=89833472;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=142:25;VARBIAS=1:1;PMEAN=11;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.2848;ODDRATIO=5.58934;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=GGCACAAAGCGGCAGCAGAC;RSEQ=TCGGCCTTCCGGTCCGAAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:2:167,2:0.0118:142,25:1,1 chr16 89833774 . C G 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=89833774;VD=123;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:123;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=122;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=122;HICOV=122;LSEQ=TGGCCTGAGCATTGGTCCTT;RSEQ=GTTTTTTGGTTCGTTTGTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:123:123:0,123:1:0,0:0,123 chr16 89833881 . G T 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=89833881;VD=44;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:44;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=41;HICOV=41;LSEQ=TGCCTCCCGGGTTCAAGCGA;RSEQ=TCTCCTGCCTCAGCCTCCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:44:44:0,44:1:0,0:0,44 chr16 89836323 . C T 324 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=532;END=89836323;VD=529;AF=0.9944;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=297:232;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.43962;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.083;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=517;HICOV=518;LSEQ=CAGGGACAGGAAGGCCAGCA;RSEQ=CAGGTGCAGGAGGACCCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:532:529:1,529:0.9944:0,1:297,232 chr16 89836507 . T C 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=414;END=89836507;VD=411;AF=0.9928;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=161:250;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=101.75;HIAF=0.9975;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=407;HICOV=408;LSEQ=TCCAGGGCACTGAAGACGAA;RSEQ=TGAGAAGTAGCAGCCTGGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:414:411:0,411:0.9928:0,0:161,250 chr16 89836781 . G A 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=264;END=89836781;VD=257;AF=0.9735;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=126:131;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.862;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=228;HICOV=228;LSEQ=CCAAGCTGTTCCCCAAAACA;RSEQ=TGGTCTTTCTGGAAGACAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:264:257:0,257:0.9735:0,0:126,131 chr16 89836865 . A G 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=246;END=89836865;VD=243;AF=0.9878;BIAS=2:2;REFBIAS=1:1;VARBIAS=177:66;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.47297;ODDRATIO=2.66922912662823;MQ=60;SN=59.75;HIAF=0.9876;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=239;HICOV=242;LSEQ=ATGAAACTCAGCATCGCCGC;RSEQ=TGCTCCTGCGGAGACGAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:246:243:2,243:0.9878:1,1:177,66 chr16 89836872 . T C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=247;END=89836872;VD=246;AF=0.996;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=178:68;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=122;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=244;HICOV=244;LSEQ=TCAGCATCGCCGCATGCTCC;RSEQ=GCGGAGACGAGCTCATGAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:247:246:0,246:0.996:0,0:178,68 chr16 89837326 . T C 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=89837326;VD=14;AF=0.5385;BIAS=0:1;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:14;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.5385;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=14;HICOV=26;LSEQ=CCAGAAAAATATTTTAGGTT;RSEQ=TGGGGCCAGAAACAGCCTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:26:14:12,14:0.5385:0,12:0,14 chr16 89837367 . A G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=89837367;VD=5;AF=0.3571;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:5;PMEAN=29.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.3571;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=5;HICOV=14;LSEQ=GTCGCATATTCTAAAGAGGC;RSEQ=GTCGAGCCCAACCTGGTCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:14:5:9,5:0.3571:0,9:0,5 chr16 89837927 . A G 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=209;END=89837927;VD=119;AF=0.5694;BIAS=1:1;REFBIAS=87:1;VARBIAS=118:1;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.35427952329361;MQ=60;SN=118;HIAF=0.5728;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=118;HICOV=206;LSEQ=ATACACAAACAGACTGTGGC;RSEQ=GCTGACCCTGGTACACCGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:209:119:88,119:0.5694:87,1:118,1 chr16 89837951 . T C 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=227;END=89837951;VD=130;AF=0.5727;BIAS=1:1;REFBIAS=96:1;VARBIAS=127:3;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.63762;ODDRATIO=2.26032;MQ=60;SN=42.333;HIAF=0.5695;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=127;HICOV=223;LSEQ=GACCCTGGTACACCGCTGCC;RSEQ=GGCCCTGGAACATCTGATAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:227:130:97,130:0.5727:96,1:127,3 chr16 89838078 . A G 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=404;END=89838078;VD=195;AF=0.4827;BIAS=2:2;REFBIAS=120:89;VARBIAS=133:62;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.03059;ODDRATIO=1.58911772184083;MQ=60;SN=194;HIAF=0.4911;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=194;HICOV=395;LSEQ=CTGCTTTGTTCTGAGCCCCT;RSEQ=CACCTACCATGTGTTCCCGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:404:195:209,195:0.4827:120,89:133,62 chr16 89838541 . C T 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=89838541;VD=18;AF=0.4091;BIAS=1:1;REFBIAS=0:26;VARBIAS=0:18;PMEAN=29.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.4091;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=18;HICOV=44;LSEQ=CCCTCCAGACACCACATCTG;RSEQ=CTAAGCGCATGCCAGAGGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:18:26,18:0.4091:0,26:0,18 chr16 89838578 . A T 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=89838578;VD=9;AF=0.36;BIAS=1:0;REFBIAS=0:16;VARBIAS=0:9;PMEAN=29.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.3600;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=9;HICOV=25;LSEQ=GGTTCCATGTTGGCCCAGGG;RSEQ=AATGGGCCACACATAGCCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:25:9:16,9:0.36:0,16:0,9 chr16 89839306 . A G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=89839306;VD=5;AF=0.8333;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=50.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=TCTGGATTTTACAGAAAACC;RSEQ=TCACATGGAAGCAGGATCAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:5:1,5:0.8333:1,0:5,0 chr16 89839637 . C A 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=89839637;VD=100;AF=0.5076;BIAS=2:2;REFBIAS=72:25;VARBIAS=68:32;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.35033;ODDRATIO=1.35319;MQ=60;SN=99;HIAF=0.5103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=99;HICOV=194;LSEQ=CACAGAGCTCCAACCACAGG;RSEQ=TGCACACATGAGACACAGCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:197:100:97,100:0.5076:72,25:68,32 chr16 89839692 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=287;END=89839692;VD=3;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=151:133;VARBIAS=2:1;PMEAN=56;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.75824175824176;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=284;LSEQ=TCCTCACCATCACGCTGGCT;RSEQ=GGGTCTGTCATGGAGGCTCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:287:3:284,3:0.0105:151,133:2,1 chr16 89839766 . G C 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=274;END=89839766;VD=135;AF=0.4927;BIAS=2:2;REFBIAS=49:90;VARBIAS=46:89;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.89915;ODDRATIO=1.05321;MQ=60;SN=32.75;HIAF=0.4870;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=131;HICOV=269;LSEQ=GGGCTCCTCAGCAGAGTTGG;RSEQ=TTCTGCCCTCACTCCCAGGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:274:135:139,135:0.4927:49,90:46,89 chr16 89839840 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=89839840;VD=2;AF=0.0119;BIAS=2:2;REFBIAS=30:136;VARBIAS=1:1;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.3359;ODDRATIO=4.47607537710935;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=GAAAGACACTCAACAGGACT;RSEQ=TTCACTGCAAAAATAGAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:168:2:166,2:0.0119:30,136:1,1 chr16 89839854 . T C 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=89839854;VD=69;AF=0.4481;BIAS=2:2;REFBIAS=16:69;VARBIAS=7:62;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.1736;ODDRATIO=2.0446;MQ=60;SN=33.5;HIAF=0.4467;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=67;HICOV=150;LSEQ=AGGACTCTTCACTGCAAAAA;RSEQ=AGAAACTTCACACAGTCAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:69:85,69:0.4481:16,69:7,62 chr16 89839915 . G A 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=89839915;VD=53;AF=0.5146;BIAS=1:1;REFBIAS=0:50;VARBIAS=1:52;PMEAN=48.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.5200;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=52;HICOV=100;LSEQ=AGCTGCTGTGTGTGGCAGAC;RSEQ=GAGGGACTGGGAGTCTCTGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:103:53:50,53:0.5146:0,50:1,52 chr16 89839976 . T C 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=63;END=89839976;VD=26;AF=0.4127;BIAS=1:1;REFBIAS=1:36;VARBIAS=0:26;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.4127;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=26;HICOV=63;LSEQ=CCCTGATGCTGGATGCCACA;RSEQ=CGAAAATTACAATTATAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:63:26:37,26:0.4127:1,36:0,26 chr16 89839997 . 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C G 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=89842029;VD=87;AF=0.5148;BIAS=1:1;REFBIAS=80:1;VARBIAS=85:2;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.87555;MQ=60;SN=42.5;HIAF=0.5183;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=85;HICOV=164;LSEQ=CGGACCCTGTACCCAAAGCA;RSEQ=CGGCTTGAGCTGGCACAGCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:169:87:81,87:0.5148:80,1:85,2 chr16 89842054 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=89842054;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:0;REFBIAS=161:26;VARBIAS=2:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=187;LSEQ=TTGAGCTGGCACAGCCACCC;RSEQ=CGAGCTCACTCGGGTGGTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:2:187,2:0.0106:161,26:2,0 chr16 89842374 . T G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=104;END=89842374;VD=104;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:104;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=92;HICOV=92;LSEQ=AGCCTGTTTTTACAAAAAAA;RSEQ=ATTAAAAAATATATATAGAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:104:104:0,104:1:0,0:0,104 chr16 89842479 . T C 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=89842479;VD=16;AF=0.381;BIAS=1:1;REFBIAS=0:26;VARBIAS=0:16;PMEAN=46.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=0.3902;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=16;HICOV=41;LSEQ=CAAAATACCACCAGTGATTA;RSEQ=CCCTGGGCAGTGAAATTATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:16:26,16:0.381:0,26:0,16 chr16 89842569 . T C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=89842569;VD=2;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:2;PMEAN=14;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=26;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=ACACGAATCTTTGTTTTTCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:6:2:4,2:0.3333:0,4:0,2 chr16 89844872 . TA T 51 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=9;END=89844873;VD=3;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=21.7;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.3750;ADJAF=0.1111;SHIFT3=20;MSI=21;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=8;LSEQ=CAACAGAGCGAGACTCCATC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:3:5,3:0.3333:5,0:3,0 chr16 89845110 . A T 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=89845110;VD=147;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=140:7;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=142;HICOV=142;LSEQ=TATTTTACCAATAAAACACA;RSEQ=TAGTGGTCTAACAAATTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:147:147:0,147:1:0,0:140,7 chr16 89845178 . T TAC 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=347;END=89845178;VD=174;AF=0.5014;BIAS=2:2;REFBIAS=143:30;VARBIAS=140:34;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.67829;ODDRATIO=1.15713;MQ=60;SN=348;HIAF=0.5103;ADJAF=0.0288;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.9;HICNT=174;HICOV=341;LSEQ=TGTCAGAAGAAACCTGGAAG;RSEQ=AGTCATCCCCTTCTAACCGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:347:174:173,174:0.5014:143,30:140,34 chr16 89845194 . A G 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=390;END=89845194;VD=388;AF=0.9949;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=308:80;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.846;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=375;HICOV=375;LSEQ=GAAGTAGTCATCCCCTTCTA;RSEQ=CCGTTGCTGCATACCTCTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:390:388:0,388:0.9949:0,0:308,80 chr16 89845287 . A G 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=439;END=89845287;VD=204;AF=0.4647;BIAS=2:2;REFBIAS=142:92;VARBIAS=107:97;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.10008;ODDRATIO=1.39812;MQ=60;SN=28.143;HIAF=0.4624;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=197;HICOV=426;LSEQ=AGAGAAGAGACCTGTGAGAG;RSEQ=CTGACAAGGAAAGTCCTTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:439:204:234,204:0.4647:142,92:107,97 chr16 89846050 . C T 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=79;END=89846050;VD=79;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=79:0;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=158;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=79;HICOV=79;LSEQ=TAACGGCAGGATCCTCGATT;RSEQ=ACAGCCCTGACTCCTGTCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:79:79:0,79:1:0,0:79,0 chr16 89846195 . A G 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=89846195;VD=159;AF=0.9938;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=126:33;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=318;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=159;HICOV=159;LSEQ=CACCCTGCAGGCATCAGAGC;RSEQ=GAGTCTGCACATACTGCAGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:160:159:0,159:0.9938:0,0:126,33 chr16 89848918 . C CA 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=21;END=89848918;VD=8;AF=0.381;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=18.7;PSTD=1;QUAL=39.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=65.6;SN=16;HIAF=0.4444;ADJAF=0.2381;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=8;HICOV=18;LSEQ=ACAGACCAAGACTGCATCTC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAGTTAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:21:8:10,8:0.381:10,0:8,0 chr16 89849104 . A G 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=89849104;VD=72;AF=0.5581;BIAS=1:1;REFBIAS=57:0;VARBIAS=72:0;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71;HIAF=0.5591;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=71;HICOV=127;LSEQ=GGACACACAAGGTGGGACAC;RSEQ=GCAACACAGAGGCCCGCAGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:129:72:57,72:0.5581:57,0:72,0 chr16 89849480 . C T 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=373;END=89849480;VD=372;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=126:246;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40.333;HIAF=0.9973;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=363;HICOV=364;LSEQ=GAGGAGGGAGCGGTACTTGC;RSEQ=GGGAACCAGGGGTGGGTGGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:373:372:0,372:0.9973:0,0:126,246 chr16 89849583 . C T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=229;END=89849583;VD=116;AF=0.5066;BIAS=2:2;REFBIAS=8:105;VARBIAS=10:106;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.80712;ODDRATIO=1.23705728812301;MQ=60;SN=57;HIAF=0.5044;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=114;HICOV=226;LSEQ=TCCAGGGAGGCCACAATTCA;RSEQ=TTCCAACATCCACAGTGCTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:229:116:113,116:0.5066:8,105:10,106 chr16 89849629 . T A 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=89849629;VD=155;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:155;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=150;HICOV=150;LSEQ=AGAAACACAGCCCTTTACAG;RSEQ=CAGACTTATGAGTATGCAAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:155:155:0,155:1:0,0:0,155 chr16 89849735 . G A 120 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=89849735;VD=14;AF=0.35;BIAS=1:1;REFBIAS=0:26;VARBIAS=0:14;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.3158;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=12;HICOV=38;LSEQ=TTGGGAGGCTGAGGCGGGCA;RSEQ=ATCACGAGGTCAGGAGATGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:40:14:26,14:0.35:0,26:0,14 chr16 89849740 . C T 126 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=89849740;VD=13;AF=0.325;BIAS=1:1;REFBIAS=0:26;VARBIAS=0:13;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=12;HICOV=39;LSEQ=AGGCTGAGGCGGGCAGATCA;RSEQ=GAGGTCAGGAGATGGAGACC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:40:13:26,13:0.325:0,26:0,13 chr16 89850957 . A T 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=89850957;VD=16;AF=0.6667;BIAS=0:1;REFBIAS=8:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=0.6522;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=15;HICOV=23;LSEQ=CAGACCTGCTCACTGTTTTG;RSEQ=GGGAGACTGAACAGTGACAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:24:16:8,16:0.6667:8,0:16,0 chr16 89851004 . A G 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=89851004;VD=23;AF=0.5349;BIAS=1:1;REFBIAS=20:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.5476;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=23;HICOV=42;LSEQ=TCTACCCACCTCCTTGGCCT;RSEQ=GGTGAGAAAAGGGTTTCTTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:43:23:20,23:0.5349:20,0:23,0 chr16 89851033 . C T 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=68;END=89851033;VD=30;AF=0.4412;BIAS=1:1;REFBIAS=38:0;VARBIAS=30:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=0.4478;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=30;HICOV=67;LSEQ=AAGGGTTTCTTAGCAGTTGC;RSEQ=TTGACTGGCACACACGCACT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:68:30:38,30:0.4412:38,0:30,0 chr16 89851116 . TGGGGAAGGGGAA T 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=110;END=89851128;VD=58;AF=0.5273;BIAS=1:1;REFBIAS=52:0;VARBIAS=58:0;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=116;HIAF=0.5321;ADJAF=0.0545;SHIFT3=15;MSI=4;MSILEN=6;NM=1.0;HICNT=58;HICOV=109;LSEQ=TTGTTTCACCATAAACGGCT;RSEQ=GGGGAAGGGGAAGGGCCTGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:110:58:52,58:0.5273:52,0:58,0 chr16 89851128 . AGGGGAAGGGGAA C 34 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=104;END=89851140;VD=2;AF=0.0192;BIAS=1:0;REFBIAS=48:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0488;ADJAF=0.0192;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=6;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=41;LSEQ=AAACGGCTTGGGGAAGGGGA;RSEQ=GGGCCTGGCTGAGAGGCTCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:104:2:48,2:0.0192:48,0:2,0 chr16 89851137 . G T 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=89851137;VD=2;AF=0.0182;BIAS=1:0;REFBIAS=106:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=9.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=105;LSEQ=GGGGAAGGGGAAGGGGAAGG;RSEQ=GAAGGGCCTGGCTGAGAGGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:110:2:106,2:0.0182:106,0:2,0 chr16 89851179 . C T 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=89851179;VD=74;AF=0.5362;BIAS=2:2;REFBIAS=57:6;VARBIAS=60:14;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.14856;ODDRATIO=2.20431;MQ=60;SN=23.667;HIAF=0.5299;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=71;HICOV=134;LSEQ=CAGAGCAGATCTGCAGGAGG;RSEQ=TCTTGGGGAGGCCAAGGCAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:138:74:63,74:0.5362:57,6:60,14 chr16 89851430 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=89851430;VD=2;AF=0.0155;BIAS=2:2;REFBIAS=33:94;VARBIAS=1:1;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.45918;ODDRATIO=2.82119280031597;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=120;LSEQ=GGCGCGGCTGCACCACCTAG;RSEQ=CAGTGTCCTGTGTGGAGAGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:127,2:0.0155:33,94:1,1 chr16 89851575 . G A 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=89851575;VD=55;AF=0.9821;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:55;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=51;HICOV=51;LSEQ=TGTAGTCGGCCTCCTAAACA;RSEQ=AAAGGAAAAAAGAGAAACAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:56:55:0,55:0.9821:0,0:0,55 chr16 89857548 . A G 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=105;END=89857548;VD=104;AF=0.9905;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=104:0;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.667;HIAF=0.9902;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=101;HICOV=102;LSEQ=CTCCGTCAACTAAGTGAGAC;RSEQ=GAAACCAGGGGAAGGAGCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:105:104:0,104:0.9905:0,0:104,0 chr16 89857622 . T C 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=89857622;VD=92;AF=0.514;BIAS=1:1;REFBIAS=86:0;VARBIAS=92:0;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=184;HIAF=0.5349;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=92;HICOV=172;LSEQ=ACATGCAGAGGAAGATCCGC;RSEQ=GAGGCCCCGACAGGGAGAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:179:92:86,92:0.514:86,0:92,0 chr16 89857700 . A G 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=281;END=89857700;VD=135;AF=0.4804;BIAS=2:2;REFBIAS=120:25;VARBIAS=107:28;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.54177;ODDRATIO=1.25504;MQ=60;SN=134;HIAF=0.4855;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=134;HICOV=276;LSEQ=GGCCACTCGGCAAAGCTGAC;RSEQ=GCAAGGTTGCTCACTCACAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:281:135:145,135:0.4804:120,25:107,28 chr16 89857935 . G A 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=469;END=89857935;VD=238;AF=0.5075;BIAS=2:2;REFBIAS=83:146;VARBIAS=97:141;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.34212;ODDRATIO=1.20961401216872;MQ=60;SN=28.75;HIAF=0.5066;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=230;HICOV=454;LSEQ=ATGCCTGGGCCATCAAACGC;RSEQ=CCACCCAGTCTAGTTAAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:469:238:229,238:0.5075:83,146:97,141 chr16 89857964 . T C 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=431;END=89857964;VD=204;AF=0.4733;BIAS=2:2;REFBIAS=73:154;VARBIAS=59:145;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.53017;ODDRATIO=1.16456;MQ=60;SN=203;HIAF=0.4845;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=203;HICOV=419;LSEQ=TCTAGTTAAGAACCATGACA;RSEQ=AGTCACAGCAAGGCAAGGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:431:204:227,204:0.4733:73,154:59,145 chr16 89858024 . A G 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=367;END=89858024;VD=363;AF=0.9891;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=92:271;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71.6;HIAF=0.9972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=358;HICOV=359;LSEQ=TGAGTTATGCTGGGTGATCA;RSEQ=GTATTCCAGAAGGAGACTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:367:363:0,363:0.9891:0,0:92,271 chr16 89858184 . A G 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=267;END=89858184;VD=266;AF=0.9963;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=169:97;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=87.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=263;HICOV=263;LSEQ=TGCTTATGGAAGCGTCTGAC;RSEQ=AAGAATGTTCCATCGACAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:267:266:0,266:0.9963:0,0:169,97 chr16 89858417 . C A 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=378;END=89858417;VD=185;AF=0.4894;BIAS=2:2;REFBIAS=86:107;VARBIAS=88:97;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.60605;ODDRATIO=1.12838798492474;MQ=60;SN=91.5;HIAF=0.4933;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=183;HICOV=371;LSEQ=CTCTGCCAGTGAACCTCCTG;RSEQ=GTTTCCAGAACTTCTTGCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:378:185:193,185:0.4894:86,107:88,97 chr16 89858505 . T C 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=310;END=89858505;VD=148;AF=0.4774;BIAS=2:2;REFBIAS=62:98;VARBIAS=43:105;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.09193;ODDRATIO=1.54263;MQ=60;SN=73;HIAF=0.4883;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=146;HICOV=299;LSEQ=AAAGCATCCGCTCCCTTCAA;RSEQ=ATCCAAGCAAACCAATGTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:310:148:160,148:0.4774:62,98:43,105 chr16 89858525 . C G 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=289;END=89858525;VD=289;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=93:196;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=71.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=285;HICOV=285;LSEQ=TATCCAAGCAAACCAATGTG;RSEQ=GACAGATGACCCCTCACCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:289:289:0,289:1:0,0:93,196 chr16 89858657 . C G 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=89858657;VD=177;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=74:103;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=174;HICOV=174;LSEQ=CTCACAGTGGCCAGCACCTG;RSEQ=TTGGAGAGAATTCTCCCTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:177:177:0,177:1:0,0:74,103 chr16 89858997 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=157;END=89858997;VD=2;AF=0.0127;BIAS=2:2;REFBIAS=43:112;VARBIAS=1:1;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.48326;ODDRATIO=2.58638526794951;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=AAAACTTCAAGTCAGAGATC;RSEQ=AAAAGTTGTGGGTTTTTGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:2:155,2:0.0127:43,112:1,1 chr16 89859008 . G A 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=89859008;VD=79;AF=0.5563;BIAS=2:2;REFBIAS=10:52;VARBIAS=25:54;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.04878;ODDRATIO=2.39280245022971;MQ=60;SN=18.75;HIAF=0.5515;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=75;HICOV=136;LSEQ=TCAGAGATCAAAAAGTTGTG;RSEQ=GTTTTTGTTAAGGACCAGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:142:79:62,79:0.5563:10,52:25,54 chr16 89859015 . GT G 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=134;END=89859016;VD=133;AF=0.9925;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=33:100;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.25373;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=132;HIAF=0.9851;ADJAF=0.1194;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=132;HICOV=134;LSEQ=TCAAAAAGTTGTGGGTTTTT;RSEQ=TAAGGACCAGCCCCACAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:134:133:1,133:0.9925:1,0:33,100 chr16 89859035 . G A 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=89859035;VD=53;AF=0.4417;BIAS=2:2;REFBIAS=18:49;VARBIAS=8:45;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.18003;ODDRATIO=2.0542;MQ=60;SN=16.667;HIAF=0.4464;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=50;HICOV=112;LSEQ=GTTAAGGACCAGCCCCACAG;RSEQ=GTCGGTGGGTCTCTCCCCGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:53:67,53:0.4417:18,49:8,45 chr16 89859292 . A C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=89859292;VD=10;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:10;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=GGGGGCCCTTCCCTGCCTGG;RSEQ=AGCCGAGGCAGAGAGGGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:10:10:0,10:1:0,0:0,10 chr16 89862132 . G C 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=89862132;VD=57;AF=0.4597;BIAS=1:1;REFBIAS=66:1;VARBIAS=57:0;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.4576;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=54;HICOV=118;LSEQ=TTTTCTTATAAAAATCTGTT;RSEQ=CTTTCAGGTAAAAGGATATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:57:67,57:0.4597:66,1:57,0 chr16 89862434 . T C 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=201;END=89862434;VD=102;AF=0.5075;BIAS=2:2;REFBIAS=29:70;VARBIAS=22:80;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.2567;ODDRATIO=1.50339;MQ=60;SN=50;HIAF=0.5128;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=100;HICOV=195;LSEQ=GAACACTCCGAACCTGCCAA;RSEQ=GCAGCAGAAAGAGGGGTCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:201:102:99,102:0.5075:29,70:22,80 chr16 89864422 . T TA 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=23;END=89864422;VD=2;AF=0.087;BIAS=1:0;REFBIAS=20:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0909;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=2;HICOV=22;LSEQ=TAATCTTATCACACAGATTA;RSEQ=AAAAAAAAGCCCTTGCCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:23:2:20,2:0.087:20,0:2,0 chr16 89865103 . T A 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=560;END=89865103;VD=553;AF=0.9875;BIAS=2:2;REFBIAS=1:2;VARBIAS=267:286;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.86511489107729;MQ=60;SN=35.867;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=538;HICOV=539;LSEQ=GAGCCATGGAGAGAAAAAGC;RSEQ=AATAGGGCCAAGCTTTGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:560:553:3,553:0.9875:1,2:267,286 chr16 89865242 . T C 335 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=606;END=89865242;VD=605;AF=0.9983;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=326:279;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=99.833;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=599;HICOV=599;LSEQ=GGCCAGCTCTAGAGCCTGAA;RSEQ=CACACCCAGGGAAGGAGGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:606:605:0,605:0.9983:0,0:326,279 chr16 89866043 . T C 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=256;END=89866043;VD=256;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=76:180;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=248;HICOV=248;LSEQ=TCTCTGCAGTACATCAACCG;RSEQ=GACCTGTCAAAATAGAATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:256:256:0,256:1:0,0:76,180 chr16 89866160 . A G 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=89866160;VD=72;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:66;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=144;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=72;HICOV=72;LSEQ=AAGTAAAGAAACGGCACTTC;RSEQ=GGAGGCCGAGGCGGGCGGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:72:72:0,72:1:0,0:6,66 chr16 89869761 . T C 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=353;END=89869761;VD=349;AF=0.9887;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=135:214;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.423;HIAF=0.9938;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=323;HICOV=325;LSEQ=GAACAAAATCTGAAAAACCA;RSEQ=AAAACCAAAGTTATTTATGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:353:349:0,349:0.9887:0,0:135,214 chr16 89871344 . T C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=89871344;VD=9;AF=0.8182;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.8182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=9;HICOV=11;LSEQ=AGTCCCAGCTACTAAGGAGG;RSEQ=TGAGGCAGAGAATCACTTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:9:2,9:0.8182:2,0:9,0 chr16 89874559 . A C 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=89874559;VD=173;AF=0.9943;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=173:0;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=169;HICOV=169;LSEQ=TCCTCCAGGTCTAGTCTAGT;RSEQ=TAAATATGCAATGCAATCTA;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:174:173:0,173:0.9943:0,0:173,0 chr16 89874628 . C T 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=89874628;VD=247;AF=0.992;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=189:58;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=242;HICOV=242;LSEQ=GAAATCAAACCCGTCTGATT;RSEQ=TGGGCTTTGAAATATAATTT;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:249:247:0,247:0.992:0,0:189,58 chr16 89875033 . G T 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=89875033;VD=32;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:30;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=30;HICOV=30;LSEQ=TCTTCCTTCTCTCTTCCTAC;RSEQ=CACTGTAGCCTACTTCTAAC;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:32:32:0,32:1:0,0:2,30 chr16 89876801 . AT A 131 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=24;END=89876802;VD=12;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=12:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.5217;ADJAF=0.0833;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=12;HICOV=23;LSEQ=TGGAAAAAAAAATTACATAC;RSEQ=TTTTTTTTAATAGTTTACTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:24:12:12,12:0.5:12,0:12,0 chr16 89876932 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=89876932;VD=2;AF=0.0142;BIAS=1:0;REFBIAS=139:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=GGTGAATAGGGACAAAAAAT;RSEQ=GCAATTGAAGGTACTTCTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:2:139,2:0.0142:139,0:2,0 chr16 89877269 . T C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=607;END=89877269;VD=293;AF=0.4827;BIAS=2:2;REFBIAS=208:99;VARBIAS=194:99;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.72849;ODDRATIO=1.07203;MQ=60;SN=35.625;HIAF=0.4863;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=285;HICOV=586;LSEQ=CTGAAACAATACTAAAGCTA;RSEQ=GTCCTATTTTCCCAACCAGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:607:293:307,293:0.4827:208,99:194,99 chr16 89877579 . CA C 69 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=290;END=89877580;VD=4;AF=0.0138;BIAS=2:2;REFBIAS=42:244;VARBIAS=1:3;PMEAN=14.2;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.47565;ODDRATIO=1.93117299447685;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0139;ADJAF=0.0069;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=288;LSEQ=CCTTATTTTAAGATGCAGCA;RSEQ=AAAAAAATTGCCTTTTAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:290:4:286,4:0.0138:42,244:1,3 chr16 89877720 . C T 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=98;END=89877720;VD=96;AF=0.9796;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:96;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=95;HIAF=0.9896;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=95;HICOV=96;LSEQ=TTATACATTGGTATTTGTTA;RSEQ=GTTTCCCATGACACAAAAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:98:96:1,96:0.9796:0,1:0,96 chr16 89880537 . A T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=89880537;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=14.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=CTGTTGTTGACCCAGAACTT;RSEQ=CCCTATCTCCCACTCTCAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:4,0 chr16 89882359 . T G 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=213;END=89882359;VD=99;AF=0.4648;BIAS=2:2;REFBIAS=40:73;VARBIAS=28:71;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.30329;ODDRATIO=1.38727;MQ=60;SN=98;HIAF=0.4712;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=98;HICOV=208;LSEQ=TTCCTTTAATTTCTGTGCCC;RSEQ=TTCAGGATTATATTTTTCCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:213:99:113,99:0.4648:40,73:28,71 chr16 89882550 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=89882550;VD=3;AF=0.05;BIAS=2:0;REFBIAS=12:45;VARBIAS=0:3;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0392;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=51;LSEQ=GCGCAGGTCTCGGGAAACTA;RSEQ=CGGAGACGGCCCCACCGCGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:60:3:57,3:0.05:12,45:0,3 chr16 89882807 . G T 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=89882807;VD=183;AF=0.9946;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=165:18;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=90.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=181;HICOV=181;LSEQ=CCGCGCCGCCCCAGCCGGGC;RSEQ=CCCACCCCGCACAGCCCCCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:184:183:1,183:0.9946:1,0:165,18 chr16 89882826 . C T 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=89882826;VD=203;AF=0.9951;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=167:36;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.533;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=188;HICOV=188;LSEQ=CGCCCACCCCGCACAGCCCC;RSEQ=CGGGCGCGGCGTCCGGGGAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:204:203:0,203:0.9951:0,0:167,36 chr16 89883148 . A AGGCCTTGCGTCGT 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=266;END=89883148;VD=232;AF=0.8722;BIAS=2:2;REFBIAS=13:24;VARBIAS=37:194;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.01077;ODDRATIO=2.82647;MQ=60.1;SN=464;HIAF=0.8375;ADJAF=0.2594;SHIFT3=17;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.1;HICNT=232;HICOV=277;LSEQ=AGGCCACGCCCCTCAGGTCG;RSEQ=GGCCTTGCGTCGTGGCCATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:266:232:37,232:0.8722:13,24:37,194 chr16 89883166 . A T 77 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=209;END=89883166;VD=9;AF=0.0431;BIAS=2:2;REFBIAS=21:178;VARBIAS=5:4;PMEAN=12.6;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.00187;ODDRATIO=10.371292263016;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0312;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=6;HICOV=192;LSEQ=CGAGGCCTTGCGTCGTGGCC;RSEQ=TGTTGGTCCTGGGGGAGGCG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:209:9:199,9:0.0431:21,178:5,4 chr16 89883208 . T C 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=89883208;VD=153;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:146;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=151;HICOV=151;LSEQ=CTGCGCGCGGTGAGGTAGTT;RSEQ=TTGCGTTTGGCTTTGCCGCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:153:153:0,153:1:0,0:7,146 chr16 89883224 . C G 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=89883224;VD=123;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:122;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=246;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=123;HICOV=123;LSEQ=AGTTTTTGCGTTTGGCTTTG;RSEQ=CGCCGCGGTGTAGTCCGCGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:123:123:0,123:1:0,0:1,122 chr16 90088904 . C G 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=90088904;VD=58;AF=0.5273;BIAS=1:1;REFBIAS=51:0;VARBIAS=58:0;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.5;HIAF=0.5143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=54;HICOV=105;LSEQ=ACATGCCCTGCAGCGAAAGG;RSEQ=TTCTGGGCTGCCGGCGACAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:110:58:51,58:0.5273:51,0:58,0 chr16 90089463 . C G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=90089463;VD=17;AF=0.4595;BIAS=1:1;REFBIAS=0:20;VARBIAS=0:17;PMEAN=44.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.4722;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=17;HICOV=36;LSEQ=GGACTCTCATCCTGGAATGG;RSEQ=AGACTCGGTCTGTTGGATCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:37:17:20,17:0.4595:0,20:0,17 chr16 90093969 . T C 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=90093969;VD=199;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=148:51;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=98.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=197;HICOV=197;LSEQ=GAACCTTCTCTGCCAAATGT;RSEQ=CCTGGGAGCAAATCAGAGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:199:199:0,199:1:0,0:148,51 chr16 90094195 . A G 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=226;END=90094195;VD=123;AF=0.5442;BIAS=2:2;REFBIAS=35:66;VARBIAS=47:76;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.67601;ODDRATIO=1.16536534203473;MQ=60;SN=246;HIAF=0.5591;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=123;HICOV=220;LSEQ=GGGCACCACGCAGGGTGCCT;RSEQ=CGCCGAGTGTCCATCTTGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:226:123:101,123:0.5442:35,66:47,76 chr16 90094214 . C T 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=90094214;VD=105;AF=0.5385;BIAS=2:2;REFBIAS=20:70;VARBIAS=23:82;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01854;MQ=60;SN=104;HIAF=0.5445;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=104;HICOV=191;LSEQ=TACGCCGAGTGTCCATCTTG;RSEQ=CATGTGGATCCACCCTTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:195:105:90,105:0.5385:20,70:23,82 chr16 90094497 . C T 130 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=90094497;VD=15;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:15;PMEAN=45.1;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=13;HICOV=13;LSEQ=GCATTCTCCTTTATTTTATT;RSEQ=ACCATTAAACATTATGTCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:15:15:0,15:1:0,0:0,15 chr16 90094501 . A G 141 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=90094501;VD=15;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:15;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=15;HICOV=15;LSEQ=TCTCCTTTATTTTATTCACC;RSEQ=TTAAACATTATGTCAAAAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:15:15:0,15:1:0,0:0,15 chr16 90097979 . A G 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=318;END=90097979;VD=316;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=46:270;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78;HIAF=0.9968;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=312;HICOV=313;LSEQ=GCTGGATCCAGTGAGGGTGC;RSEQ=GGTGGGACATTTTCTGTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:318:316:0,316:0.9937:0,0:46,270 chr16 90097995 . G C 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=289;END=90097995;VD=130;AF=0.4498;BIAS=2:2;REFBIAS=21:137;VARBIAS=12:118;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.3534;ODDRATIO=1.50519;MQ=60;SN=129;HIAF=0.4510;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=129;HICOV=286;LSEQ=GTGCAGGTGGGACATTTTCT;RSEQ=TTCTTGGCTTTGGGAGTCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:289:130:158,130:0.4498:21,137:12,118 chr16 90098828 . G C 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=90098828;VD=8;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=7:1;VARBIAS=7:1;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=52.9;SN=16;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=8;HICOV=12;LSEQ=GGAGGTGTGGTACAGGTGTG;RSEQ=TATGGGTGACCAGGTGTGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:16:8:8,8:0.5:7,1:7,1 chr16 90099009 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=163;END=90099009;VD=2;AF=0.0123;BIAS=1:0;REFBIAS=158:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=150;LSEQ=GGTGACCAGGTGTGTACAGG;RSEQ=ATGGACAGGTGAGGAGGTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:163:2:159,2:0.0123:158,1:2,0 chr16 90099035 . AGGTGTGCTATG A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=216;END=90099046;VD=4;AF=0.0185;BIAS=2:2;REFBIAS=199:13;VARBIAS=3:1;PMEAN=31.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.23661;ODDRATIO=5.02839;MQ=59.5;SN=8;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=4;HICOV=211;LSEQ=CAGGTGAGGAGGTGTGGTAC;RSEQ=GGTGACCAGGTGTGCACAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:216:4:212,4:0.0185:199,13:3,1 chr16 90099061 . C T 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=90099061;VD=130;AF=0.4851;BIAS=2:2;REFBIAS=122:16;VARBIAS=113:17;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.71503;ODDRATIO=1.14653;MQ=60;SN=42.333;HIAF=0.4885;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=127;HICOV=260;LSEQ=GCTATGGGTGACCAGGTGTG;RSEQ=ACAGGTACGGAAAGGTGAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:130:138,130:0.4851:122,16:113,17 chr16 90099478 . A T 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=90099478;VD=181;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:180;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=362;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=181;HICOV=181;LSEQ=TTGCAATTTGTTGAAAAAAA;RSEQ=TTTTTTAAAGCATGCATCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:181:181:0,181:1:0,0:1,180 chr16 90099571 . G A 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=90099571;VD=48;AF=0.5714;BIAS=1:1;REFBIAS=1:35;VARBIAS=0:48;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.42857;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47;HIAF=0.5663;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=47;HICOV=83;LSEQ=AAAATTGACGTCACCGAAGA;RSEQ=AAAAAATCCAGCTTAGGATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:84:48:36,48:0.5714:1,35:0,48 chr16 90101827 . C T 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=83;END=90101827;VD=41;AF=0.494;BIAS=1:1;REFBIAS=40:1;VARBIAS=40:1;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=60;SN=19.5;HIAF=0.4937;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=39;HICOV=79;LSEQ=TGGATGTGGCTGCTGCTCTT;RSEQ=AGGCTGTGGGATGGTTTGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:83:41:41,41:0.494:40,1:40,1 chr16 90101854 . A C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=90101854;VD=3;AF=0.0275;BIAS=1:0;REFBIAS=104:2;VARBIAS=3:0;PMEAN=28.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0222;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=90;LSEQ=TGGGATGGTTTGGCGATGGA;RSEQ=CCAAGCGGGTTCAGTGCTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:3:106,3:0.0275:104,2:3,0 chr16 90102384 . C A 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=306;END=90102384;VD=305;AF=0.9967;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=44:261;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=301;HICOV=301;LSEQ=TATTCAGTGCCGTGGGCAGC;RSEQ=TTCTTAAAATAGTCTTCTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:306:305:0,305:0.9967:0,0:44,261 chr16 90103087 . C T 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=253;END=90103087;VD=126;AF=0.498;BIAS=2:1;REFBIAS=9:115;VARBIAS=6:120;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.43752;ODDRATIO=1.56243;MQ=60;SN=41;HIAF=0.5062;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=123;HICOV=243;LSEQ=TCCAGACCCCAGCTCTCCAC;RSEQ=CCAACACACCCAGTACTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:253:126:124,126:0.498:9,115:6,120 chr16 90103117 . G A 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=211;END=90103117;VD=110;AF=0.5213;BIAS=1:1;REFBIAS=0:100;VARBIAS=0:110;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=109;HIAF=0.5215;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=109;HICOV=209;LSEQ=CCAGTACTTTTTATAAGATT;RSEQ=TTTGACAATGCCCCTCTCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:211:110:100,110:0.5213:0,100:0,110 chr16 90103246 . C G 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=90103246;VD=30;AF=0.5085;BIAS=2:1;REFBIAS=2:27;VARBIAS=1:29;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.61195;ODDRATIO=2.12132;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4912;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=28;HICOV=57;LSEQ=GGGAAGTAATGAAGTGTGTT;RSEQ=TGGTTTGTAAAAGCTCAGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:59:30:29,30:0.5085:2,27:1,29 chr16 90103451 . C T 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=90103451;VD=52;AF=0.4643;BIAS=1:1;REFBIAS=60:0;VARBIAS=51:1;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.46429;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.4685;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=52;HICOV=111;LSEQ=TCTGCATGGAAGCTGCATTC;RSEQ=CAGAAAACTCAGAATAAGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:52:60,52:0.4643:60,0:51,1 chr16 90103659 . G A 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=364;END=90103659;VD=160;AF=0.4396;BIAS=2:2;REFBIAS=124:79;VARBIAS=94:66;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.66721;ODDRATIO=1.10178;MQ=60;SN=159;HIAF=0.4454;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=159;HICOV=357;LSEQ=GGAGCAGATGGAGGACATGC;RSEQ=GAAGAAGGAGGACCACCTGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:364:160:203,160:0.4396:124,79:94,66 chr16 90104019 . G A 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=207;END=90104019;VD=109;AF=0.5266;BIAS=2:2;REFBIAS=42:55;VARBIAS=41:68;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.47702;ODDRATIO=1.26505;MQ=60;SN=26.25;HIAF=0.5224;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=105;HICOV=201;LSEQ=ATCTTCACCACGTGCTACCG;RSEQ=CCGGCCTTGGTGAGACTCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:207:109:97,109:0.5266:42,55:41,68 chr16 90104174 . CA C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=253;END=90104175;VD=3;AF=0.0119;BIAS=2:2;REFBIAS=149:101;VARBIAS=2:1;PMEAN=46.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.35413281334633;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0122;ADJAF=0.004;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=245;LSEQ=CCTGTTTTTCCTCCAGTGCA;RSEQ=AAAGCCCGTTTGAAAGTCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:253:3:250,3:0.0119:149,101:2,1 chr16 90104289 . G A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=234;END=90104289;VD=3;AF=0.0128;BIAS=2:0;REFBIAS=114:117;VARBIAS=0:3;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.24728;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0130;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=230;LSEQ=ACGCTGGCCCTGCAGTTGGC;RSEQ=GTGGGTGTTAGAGCAACGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:234:3:231,3:0.0128:114,117:0,3 chr16 90106525 . T C 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=90106525;VD=48;AF=0.4528;BIAS=1:1;REFBIAS=56:1;VARBIAS=48:0;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47;HIAF=0.4563;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=47;HICOV=103;LSEQ=CCTGCCTTCCACTGCGTGGA;RSEQ=GGCTCTACAAAGGGCCAGGG;DUPRATE=0.019;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:48:57,48:0.4528:56,1:48,0 chr16 90106671 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=261;END=90106671;VD=3;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=215:43;VARBIAS=1:2;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.07784;ODDRATIO=9.866;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0078;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=255;LSEQ=AGCGAGATGTCCCCAGGTGA;RSEQ=GGGCCTCATCGCCCACCCCC;DUPRATE=0.019;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:261:3:258,3:0.0115:215,43:1,2 chr16 90106746 . C T 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=385;END=90106746;VD=182;AF=0.4727;BIAS=2:2;REFBIAS=132:71;VARBIAS=136:46;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.04571;ODDRATIO=1.58831003811944;MQ=60;SN=90;HIAF=0.4749;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=180;HICOV=379;LSEQ=GAGCTCTATCGGAAGTTCAC;RSEQ=GCAGCCATCCAGGAGGTGCA;DUPRATE=0.019;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:385:182:203,182:0.4727:132,71:136,46 chr16 90108799 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=90108799;VD=2;AF=0.0137;BIAS=2:2;REFBIAS=124:20;VARBIAS=1:1;PMEAN=10.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.26783;ODDRATIO=6.07495;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=146;LSEQ=TCGCTGGATCTCTCAGAACG;RSEQ=CCACTGGAGTCCCCAGGCCG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:146:2:144,2:0.0137:124,20:1,1 chr16 90108832 . C T 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=90108832;VD=174;AF=0.9943;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=134:40;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=168;HICOV=168;LSEQ=CCAGGCCGCTCCCGTTGCCT;RSEQ=GGCCAAAAGATGAGTCTCAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:175:174:0,174:0.9943:0,0:134,40 chr16 90109144 . A G 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=97;END=90109144;VD=41;AF=0.4227;BIAS=1:1;REFBIAS=2:53;VARBIAS=2:39;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.35455469014561;MQ=60;SN=82;HIAF=0.4409;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=41;HICOV=93;LSEQ=GGGGCAGTGCACTGCTGTCT;RSEQ=GGCCATGTCTCTGCTGGGAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:97:41:55,41:0.4227:2,53:2,39 chr16 90109372 . C T 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=90109372;VD=50;AF=0.5208;BIAS=1:2;REFBIAS=44:2;VARBIAS=47:3;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.39936;MQ=60;SN=24;HIAF=0.5106;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=48;HICOV=94;LSEQ=GTGTCCCTGCCCTCTGCCTC;RSEQ=GTCTCGTCATTTGTGGAATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:96:50:46,50:0.5208:44,2:47,3 chr16 90109711 . A G 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=439;END=90109711;VD=204;AF=0.4647;BIAS=2:2;REFBIAS=87:148;VARBIAS=89:115;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.17225;ODDRATIO=1.31570291428196;MQ=60;SN=67;HIAF=0.4664;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=201;HICOV=431;LSEQ=ACAGCTGTGATCGGACAGAC;RSEQ=CTGGGCCAGGGCCCCGCGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:439:204:235,204:0.4647:87,148:89,115 chr16 90110027 . G A 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=90110027;VD=29;AF=0.4531;BIAS=1:1;REFBIAS=0:35;VARBIAS=0:29;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=28;HICOV=63;LSEQ=CACCTCCGACCACAGTCGGC;RSEQ=GCACCTTCTCAGAGTGCCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:64:29:35,29:0.4531:0,35:0,29 chr17 2276085 . G T 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=2276085;VD=20;AF=0.339;BIAS=1:1;REFBIAS=39:0;VARBIAS=20:0;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=0.3276;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=19;HICOV=58;LSEQ=GAGATCTCATCCCACTGTGA;RSEQ=CTGGGGCACGGGAGGACGTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:59:20:39,20:0.339:39,0:20,0 chr17 2276248 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=2276248;VD=2;AF=0.0143;BIAS=1:0;REFBIAS=132:6;VARBIAS=2:0;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=134;LSEQ=GACTCCCCGGGTCCCTCAGA;RSEQ=CTACAAAGAGCTGGAGCTGC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:138,2:0.0143:132,6:2,0 chr17 2276401 . CTGA C 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=393;END=2276404;VD=199;AF=0.5064;BIAS=2:2;REFBIAS=112:81;VARBIAS=105:94;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.31072;ODDRATIO=1.23718;MQ=60;SN=398;HIAF=0.5209;ADJAF=0.0433;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.4;HICNT=199;HICOV=382;LSEQ=GGGAGCCTGTTCCCATGGGG;RSEQ=TGAGATGGGGAGCTGGGCCA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:393:199:193,199:0.5064:112,81:105,94 chr17 4642787 . C A 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=4642787;VD=13;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=24.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=GGCGCGAGCCAGCTGCACCC;RSEQ=CCGGCCCTGCTGTGCCCCGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:13:13:0,13:1:0,0:13,0 chr17 4644491 . A G 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=439;END=4644491;VD=437;AF=0.9954;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=106:331;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86.4;HIAF=0.9977;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=432;HICOV=433;LSEQ=CCCAGCCATCCTCCCTTCGG;RSEQ=AGCCCTCCCCTGCCACTAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:439:437:0,437:0.9954:0,0:106,331 chr17 4644574 . GT G 149 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=253;END=4644575;VD=18;AF=0.0711;BIAS=2:2;REFBIAS=19:216;VARBIAS=2:16;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.65111;ODDRATIO=1.41882209389765;MQ=60;SN=36;HIAF=0.0756;ADJAF=0.0079;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=18;HICOV=238;LSEQ=TTTTATTGACCCACAGTGGG;RSEQ=TTTTTTTTTTAATTTAATGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:253:18:235,18:0.0711:19,216:2,16 chr17 4645324 . T C 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=537;END=4645324;VD=268;AF=0.4991;BIAS=2:2;REFBIAS=120:148;VARBIAS=119:149;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01519;MQ=60;SN=88.333;HIAF=0.5028;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=265;HICOV=527;LSEQ=CTTCGTGCTCGAACCTGCCA;RSEQ=GTGTGTCACAGGCACAGCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:537:268:268,268:0.4991:120,148:119,149 chr17 4645994 . C A 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=4645994;VD=68;AF=0.4857;BIAS=1:1;REFBIAS=1:71;VARBIAS=0:68;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.667;HIAF=0.4745;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=65;HICOV=137;LSEQ=AGTGTCTGGGTCCCTGAGAG;RSEQ=GTGCAGGGATTGGGGGACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:68:72,68:0.4857:1,71:0,68 chr17 4646064 . A G 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=4646064;VD=38;AF=0.6129;BIAS=1:1;REFBIAS=0:23;VARBIAS=0:38;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=76;HIAF=0.6230;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=38;HICOV=61;LSEQ=CCACCACTAACTGCAGTGTG;RSEQ=CCTTAAACAAACCACTTTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:62:38:23,38:0.6129:0,23:0,38 chr17 4646480 . C T 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=243;END=4646480;VD=117;AF=0.4815;BIAS=1:1;REFBIAS=121:4;VARBIAS=113:4;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07046;MQ=60;SN=28.25;HIAF=0.4748;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=113;HICOV=238;LSEQ=AGAGGTCGAGGCTGTAGTGT;RSEQ=CCGTGATCACGCCACTGCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:243:117:125,117:0.4815:121,4:113,4 chr17 4646533 . C CAA 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=293;END=4646533;VD=99;AF=0.3379;BIAS=2:2;REFBIAS=113:13;VARBIAS=83:16;PMEAN=45.8;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.2308;ODDRATIO=1.67168;MQ=60.2;SN=198;HIAF=0.3808;ADJAF=0.0102;SHIFT3=13;MSI=15;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=99;HICOV=260;LSEQ=GATAGAGCAAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAATGTCTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:293:99:126,99:0.3379:113,13:83,16 chr17 4647002 . A G 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=4647002;VD=128;AF=0.431;BIAS=2:2;REFBIAS=91:76;VARBIAS=71:57;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.90629;ODDRATIO=1.04017142025006;MQ=60;SN=127;HIAF=0.4364;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=127;HICOV=291;LSEQ=AGCCCCTTTGGAAGGAAGAA;RSEQ=GAGATGGGTCAGGTGGGGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:128:167,128:0.431:91,76:71,57 chr17 4649030 . G GCCCCTGGGAGCCCCGA 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=149;END=4649030;VD=63;AF=0.4228;BIAS=2:2;REFBIAS=54:21;VARBIAS=42:21;PMEAN=19.9;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.5784;ODDRATIO=1.28335;MQ=60.3;SN=62;HIAF=0.5000;ADJAF=0.3087;SHIFT3=27;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=62;HICOV=124;LSEQ=GCCCCCTGGTCCCTGACCGC;RSEQ=CCCCTGGGAGCCCCGACCCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:63:75,63:0.4228:54,21:42,21 chr17 4649035 . T TGGGAGCCCCGACCCCA 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=152;END=4649035;VD=5;AF=0.0329;BIAS=2:0;REFBIAS=76:42;VARBIAS=5:0;PMEAN=48.1;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.16448;ODDRATIO=0;MQ=65.6;SN=10;HIAF=0.0510;ADJAF=0.0066;SHIFT3=15;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=5;HICOV=98;LSEQ=CTGGTCCCTGACCGCGCCCC;RSEQ=GGGAGCCCCGACCCCTGGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:5:118,5:0.0329:76,42:5,0 chr17 4649198 . AT CA 82 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=296;END=4649199;VD=9;AF=0.0304;BIAS=2:0;REFBIAS=134:116;VARBIAS=9:0;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=26.1;QSTD=1;SBF=0.00485;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3.5;HIAF=0.0385;ADJAF=0.0236;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=7;HICOV=182;LSEQ=GCGCCCGGGCCCCCACCCCC;RSEQ=CCCCAACTCCCTCTGCTCCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:296:9:250,9:0.0304:134,116:9,0 chr17 7620550 . C A 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=278;END=7620550;VD=135;AF=0.4856;BIAS=2:2;REFBIAS=119:22;VARBIAS=125:10;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=0.03892;ODDRATIO=2.30414746543779;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4633;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=120;HICOV=259;LSEQ=CCCGCCCCGCGCCGCCCCCC;RSEQ=GCAATCCTAGACCCCAATCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:278:135:141,135:0.4856:119,22:125,10 chr17 7620702 . T G 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=554;END=7620702;VD=271;AF=0.4892;BIAS=2:2;REFBIAS=169:112;VARBIAS=166:105;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.79444;ODDRATIO=1.04766893661603;MQ=60;SN=66.75;HIAF=0.5076;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=267;HICOV=526;LSEQ=GCGAATATCCCTCGCCGGCC;RSEQ=GGCGCCCGGCGCCATCTGCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:554:271:281,271:0.4892:169,112:166,105 chr17 7622278 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=7622278;VD=2;AF=0.0101;BIAS=1:0;REFBIAS=0:196;VARBIAS=0:2;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=196;LSEQ=AAGGATGGGGGATGTGCACC;RSEQ=CTTCCTTGATCCTCTCTCAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:196,2:0.0101:0,196:0,2 chr17 7622437 . C CTGTT 69 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=34;END=7622437;VD=4;AF=0.1176;BIAS=1:0;REFBIAS=0:30;VARBIAS=0:4;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.1481;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=27;LSEQ=AATCCTCATTAGTGGGGTGT;RSEQ=TGGCCATCTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:4:30,4:0.1176:0,30:0,4 chr17 7626880 . G A 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=218;END=7626880;VD=105;AF=0.4817;BIAS=2:2;REFBIAS=96:17;VARBIAS=84:21;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.37453;ODDRATIO=1.40951;MQ=60;SN=104;HIAF=0.4883;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=104;HICOV=213;LSEQ=GACTACAGGTGTGAGCCACC;RSEQ=CGCCCAGCTGACTGTGTTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:218:105:113,105:0.4817:96,17:84,21 chr17 7626887 . G A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=234;END=7626887;VD=3;AF=0.0128;BIAS=2:2;REFBIAS=187:44;VARBIAS=2:1;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.47471;ODDRATIO=2.11668;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0130;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=231;LSEQ=GGTGTGAGCCACCGCGCCCA;RSEQ=CTGACTGTGTTTAACTTTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:234:3:231,3:0.0128:187,44:2,1 chr17 7627318 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=7627318;VD=2;AF=0.05;BIAS=1:0;REFBIAS=0:38;VARBIAS=0:2;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0526;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=38;LSEQ=TTGAATGAGCTGGGAAGATA;RSEQ=TGTCCTAATTGGATACTAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:40:2:38,2:0.05:0,38:0,2 chr17 7630220 . CTGTT C 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=132;END=7630224;VD=4;AF=0.0303;BIAS=1:0;REFBIAS=123:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0348;ADJAF=0.0076;SHIFT3=21;MSI=6;MSILEN=4;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=115;LSEQ=TCCCAGTTTTCCTCTGTGAT;RSEQ=TGTTTGTTTGTTTGTTTGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:4:123,4:0.0303:123,0:4,0 chr17 7630295 . G A 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=7630295;VD=115;AF=0.4528;BIAS=1:1;REFBIAS=139:0;VARBIAS=115:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.333;HIAF=0.4498;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=112;HICOV=249;LSEQ=TTTCTGTTTCTTCCAAAGCT;RSEQ=GAAAGCTATCTTTCAGTTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:115:139,115:0.4528:139,0:115,0 chr17 7630301 . C G 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=7630301;VD=125;AF=0.4579;BIAS=1:1;REFBIAS=146:0;VARBIAS=125:0;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=9.417;HIAF=0.4466;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=113;HICOV=253;LSEQ=TTTCTTCCAAAGCTGGAAAG;RSEQ=TATCTTTCAGTTTCTCCTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:273:125:146,125:0.4579:146,0:125,0 chr17 7640746 . T G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=7640746;VD=3;AF=0.0151;BIAS=1:0;REFBIAS=3:192;VARBIAS=0:3;PMEAN=19.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=CGGCATGATCTGCTTTAGGG;RSEQ=TGCTCAGCATTGGAGCCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:3:195,3:0.0151:3,192:0,3 chr17 7641656 . A AT 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=123;END=7641656;VD=2;AF=0.0163;BIAS=1:0;REFBIAS=0:115;VARBIAS=0:2;PMEAN=51.6;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0172;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=116;LSEQ=GTTTTTTAATTTTAATTTTA;RSEQ=TTTTTTTTTGAGACAGAGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:123:2:115,2:0.0163:0,115:0,2 chr17 7641868 . C T 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=7641868;VD=12;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:3;PMEAN=29.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.4;SN=24;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=CGTGTTAGCCAGGGTGGTCT;RSEQ=GATCTCCTGACCTTGTGATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:9,3 chr17 7642171 . A G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=7642171;VD=3;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=225:51;VARBIAS=2:1;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.46274;ODDRATIO=2.19815;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=271;LSEQ=CTAGGGCTTTCCCTGAATGC;RSEQ=GGGCTCCTGGTCTAGGTTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:3:276,3:0.0108:225,51:2,1 chr17 7643384 . C CG 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=27;END=7643384;VD=19;AF=0.7037;BIAS=2:2;REFBIAS=2:7;VARBIAS=12:6;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.04607;ODDRATIO=6.46495991724851;MQ=60.3;SN=38;HIAF=0.6786;ADJAF=0.1111;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=19;HICOV=28;LSEQ=TCGGGATCAGGGCGGTGGCC;RSEQ=GGGGGGGGGGACAGGAGAGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:27:19:9,19:0.7037:2,7:12,6 chr17 7644607 . TCTTTCTTC T 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=50;END=7644615;VD=9;AF=0.18;BIAS=1:0;REFBIAS=0:35;VARBIAS=0:9;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.1957;ADJAF=0.04;SHIFT3=3;MSI=13;MSILEN=4;NM=3.2;HICNT=9;HICOV=46;LSEQ=TCTTTCTTTCTTTCTTTCTT;RSEQ=CTTCCTTCCCTCCCTCCCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:50:9:35,9:0.18:0,35:0,9 chr17 7644611 . T C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=7644611;VD=3;AF=0.0625;BIAS=1:0;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:3;PMEAN=47.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.7;SN=2;HIAF=0.0588;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=8;MSILEN=4;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=34;LSEQ=TCTTTCTTTCTTTCTTTCTT;RSEQ=CTTCCTTCCTTCCCTCCCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:48:3:32,3:0.0625:0,32:0,3 chr17 7644613 . T C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=7644613;VD=3;AF=0.0652;BIAS=1:0;REFBIAS=0:31;VARBIAS=0:3;PMEAN=48.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.7;SN=6;HIAF=0.1000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=4;NM=5.0;HICNT=3;HICOV=30;LSEQ=TTTCTTTCTTTCTTTCTTTC;RSEQ=TCCTTCCTTCCCTCCCTCCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:46:3:31,3:0.0652:0,31:0,3 chr17 7644615 . C T 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=7644615;VD=17;AF=0.4048;BIAS=1:1;REFBIAS=0:13;VARBIAS=0:17;PMEAN=20.6;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.7;SN=16;HIAF=0.6154;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=4;NM=3.2;HICNT=16;HICOV=26;LSEQ=TCTTTCTTTCTTTCTTTCTT;RSEQ=CTTCCTTCCCTCCCTCCCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:17:13,17:0.4048:0,13:0,17 chr17 7644617 . T C 121 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=7644617;VD=12;AF=0.3158;BIAS=1:0;REFBIAS=0:22;VARBIAS=0:12;PMEAN=51.8;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.3;SN=11;HIAF=0.3548;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=11;HICOV=31;LSEQ=TTTCTTTCTTTCTTTCTTCC;RSEQ=TCCTTCCCTCCCTCCCTCCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:38:12:22,12:0.3158:0,22:0,12 chr17 7644619 . C T 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=7644619;VD=11;AF=0.2973;BIAS=1:0;REFBIAS=0:24;VARBIAS=0:11;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=31.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.5;SN=10;HIAF=0.2941;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=4;NM=4.2;HICNT=10;HICOV=34;LSEQ=TCTTTCTTTCTTTCTTCCTT;RSEQ=CTTCCCTCCCTCCCTCCCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:37:11:24,11:0.2973:0,24:0,11 chr17 7644621 . T C 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=36;END=7644621;VD=24;AF=0.6667;BIAS=0:1;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:24;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.7;SN=11;HIAF=0.7097;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=22;HICOV=31;LSEQ=TTTCTTTCTTTCTTCCTTCC;RSEQ=TCCCTCCCTCCCTCCCTCCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:36:24:12,24:0.6667:0,12:0,24 chr17 7644637 . CTCCC TTCCTTCCT 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=30;END=7644641;VD=4;AF=0.1333;BIAS=1:0;REFBIAS=0:24;VARBIAS=0:4;PMEAN=47.2;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59;SN=8;HIAF=0.1429;ADJAF=0.0667;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=5.0;HICNT=4;HICOV=28;LSEQ=TTCCTTCCCTCCCTCCCTCC;RSEQ=TCCTTCCTTCCTTCCTTCCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:30:4:24,4:0.1333:0,24:0,4 chr17 7644641 . C CTCCCTCCT 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=27;END=7644641;VD=8;AF=0.2963;BIAS=0:0;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:8;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.1;SN=16;HIAF=0.3810;ADJAF=0.1852;SHIFT3=3;MSI=10;MSILEN=4;NM=4.9;HICNT=8;HICOV=21;LSEQ=TTCCCTCCCTCCCTCCCTCC;RSEQ=TCCTTCCTTCCTTCCTTCCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:27:8:12,8:0.2963:0,12:0,8 chr17 7646166 . A G 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=328;END=7646166;VD=326;AF=0.9939;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=289:37;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=325;HIAF=0.9969;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=325;HICOV=326;LSEQ=GGGTATGTGCGCATGCGCGC;RSEQ=TGTGTAGGTCTCAGGGAGAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:328:326:0,326:0.9939:0,0:289,37 chr17 7646596 . C CT 172 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=685;END=7646596;VD=26;AF=0.038;BIAS=2:2;REFBIAS=241:372;VARBIAS=8:18;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.4196;ODDRATIO=1.45684;MQ=61.2;SN=25;HIAF=0.0433;ADJAF=0.0015;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=25;HICOV=578;LSEQ=TGTTTGCTATCGTCATTTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTCTTCTTTTAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:685:26:613,26:0.038:241,372:8,18 chr17 7647007 . A G 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=7647007;VD=16;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:16;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=15;HICOV=15;LSEQ=CAAAAATCAAAAACCACTCC;RSEQ=CTATCTGACTAAACCAGTGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:0,16 chr17 7663572 . A G 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=7663572;VD=25;AF=0.5435;BIAS=1:1;REFBIAS=0:21;VARBIAS=1:24;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=0.5333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=24;HICOV=45;LSEQ=GGCGGGTGCCTATAATCCCA;RSEQ=CTACTCAGGAGGCTGAGGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:46:25:21,25:0.5435:0,21:1,24 chr17 7667798 . A T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=7667798;VD=2;AF=0.0174;BIAS=1:0;REFBIAS=0:113;VARBIAS=0:2;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0180;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=111;LSEQ=TTCCTCTTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=AACAGAGTCTGGCTCTGTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:2:113,2:0.0174:0,113:0,2 chr17 7669103 . CT C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=138;END=7669104;VD=5;AF=0.0362;BIAS=1:0;REFBIAS=2:128;VARBIAS=0:5;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0394;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=5;HICOV=127;LSEQ=CATTTCTACTTTTCTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTGAGATGGAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:5:130,5:0.0362:2,128:0,5 chr17 7669197 . A G 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=7669197;VD=21;AF=0.4667;BIAS=1:1;REFBIAS=0:23;VARBIAS=1:20;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.47727;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=21;HICOV=42;LSEQ=CCTCCGCCTCCCAGGTTCAA;RSEQ=CGATTCTCCTGCCTCAGCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:45:21:23,21:0.4667:0,23:1,20 chr17 7670043 . A G 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=7670043;VD=35;AF=0.4375;BIAS=1:1;REFBIAS=0:45;VARBIAS=0:35;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=70;HIAF=0.4375;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=35;HICOV=80;LSEQ=TGGCACAATCTCGGCTCACT;RSEQ=TAACCTCTGCCTCCCGGGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:80:35:45,35:0.4375:0,45:0,35 chr17 7670857 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=7670857;VD=5;AF=0.4167;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=46.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.4167;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=5;HICOV=12;LSEQ=TTTTCCACAGCAGCTGCACC;RSEQ=TTTCACATTCCCACTAGCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:5:6,5:0.4167:6,0:5,0 chr17 7673605 . A G 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=512;END=7673605;VD=255;AF=0.498;BIAS=2:2;REFBIAS=149:107;VARBIAS=154:101;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.65282;ODDRATIO=1.0947626554563;MQ=60;SN=50;HIAF=0.4970;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=250;HICOV=503;LSEQ=CCGGGATGAGATCCAGCGGG;RSEQ=GTTTGATCAGGAATCTGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:512:255:256,255:0.498:149,107:154,101 chr17 7673928 . C G 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=644;END=7673928;VD=321;AF=0.4984;BIAS=2:2;REFBIAS=181:141;VARBIAS=192:129;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.37971;ODDRATIO=1.15917837436825;MQ=60;SN=79.25;HIAF=0.4976;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=317;HICOV=637;LSEQ=ACTCAGCTCGACATAGTACC;RSEQ=TACAAGGATAAGGGCCATCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:644:321:322,321:0.4984:181,141:192,129 chr17 7674850 . C T 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=393;END=7674850;VD=190;AF=0.4835;BIAS=2:2;REFBIAS=45:158;VARBIAS=49:141;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.41016;ODDRATIO=1.21954194004732;MQ=60;SN=94;HIAF=0.4921;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=188;HICOV=382;LSEQ=ACTCTGCTTGGTCATGGTTG;RSEQ=GTGCTTCATTTATTAAAAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:393:190:203,190:0.4835:45,158:49,141 chr17 7674908 . A G 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=312;END=7674908;VD=154;AF=0.4936;BIAS=2:1;REFBIAS=10:145;VARBIAS=7:147;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.61912;ODDRATIO=1.44655;MQ=60;SN=24.667;HIAF=0.4901;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=148;HICOV=302;LSEQ=TCCTAACATTTCCCATCTCC;RSEQ=TCACCTCTTCTAAGCATTAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:312:154:155,154:0.4936:10,145:7,147 chr17 7674913 . C T 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=313;END=7674913;VD=155;AF=0.4952;BIAS=1:2;REFBIAS=5:151;VARBIAS=9:146;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.28974;ODDRATIO=1.85801081362294;MQ=60;SN=24.833;HIAF=0.4967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=149;HICOV=300;LSEQ=ACATTTCCCATCTCCATCAC;RSEQ=TCTTCTAAGCATTAGATCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:313:155:156,155:0.4952:5,151:9,146 chr17 7675035 . TA T 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=101;END=7675036;VD=9;AF=0.0891;BIAS=1:0;REFBIAS=0:92;VARBIAS=0:9;PMEAN=16.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0918;ADJAF=0.0396;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=9;HICOV=98;LSEQ=AGATGAGTTTATTTATTTAT;RSEQ=AAAAAAATTTTTTTTTTGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:101:9:92,9:0.0891:0,92:0,9 chr17 7675043 . A T 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=85;END=7675043;VD=76;AF=0.8941;BIAS=0:1;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:76;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.333;HIAF=0.9359;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=73;HICOV=78;LSEQ=TTATTTATTTATTAAAAAAA;RSEQ=TTTTTTTTTTGAGACAGAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:85:76:6,76:0.8941:0,6:0,76 chr17 7677927 . 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C T 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=7678959;VD=13;AF=0.3421;BIAS=2:1;REFBIAS=8:17;VARBIAS=0:13;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.03355;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.3421;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=13;HICOV=38;LSEQ=GTTGTGGTGAGCTGAGATTG;RSEQ=GCCATTGTACTCCAGCCTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:38:13:25,13:0.3421:8,17:0,13 chr17 7679048 . A C 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=7679048;VD=19;AF=0.4043;BIAS=2:1;REFBIAS=25:3;VARBIAS=18:1;PMEAN=24.6;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.63761;ODDRATIO=2.12784066729083;MQ=60;SN=8.5;HIAF=0.3864;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=17;HICOV=44;LSEQ=AAAAAAAAAAAGAAAGTTCA;RSEQ=CTGGCTCCATGAGGAGAGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:47:19:28,19:0.4043:25,3:18,1 chr17 7679657 . T A 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=7679657;VD=75;AF=0.5068;BIAS=1:1;REFBIAS=1:71;VARBIAS=1:74;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04197;MQ=59.9;SN=17.75;HIAF=0.4965;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=71;HICOV=143;LSEQ=TATCTGGTGTGGTGGTGTGC;RSEQ=CCTGTAGTCCCAGTTTCTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:148:75:72,75:0.5068:1,71:1,74 chr17 7679664 . G A 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=7679664;VD=74;AF=0.4966;BIAS=1:1;REFBIAS=1:72;VARBIAS=1:73;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0138;MQ=59.9;SN=17.5;HIAF=0.4861;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=70;HICOV=144;LSEQ=TGTGGTGGTGTGCTCCTGTA;RSEQ=TCCCAGTTTCTCAGGAGGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:74:73,74:0.4966:1,72:1,73 chr17 7679697 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=125;END=7679697;VD=2;AF=0.016;BIAS=2:0;REFBIAS=7:116;VARBIAS=0:2;PMEAN=55;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=110;LSEQ=AGGAGGCCGAGGCAGAAGAA;RSEQ=AGCTTGAACCCAGTAGGTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:125:2:123,2:0.016:7,116:0,2 chr17 7680322 . C T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=7680322;VD=94;AF=0.5465;BIAS=1:1;REFBIAS=0:77;VARBIAS=3:91;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.25304;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.5;HIAF=0.5389;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=90;HICOV=167;LSEQ=GACCAGCCTGGGCAATATGG;RSEQ=GAAACCCCTTCTTTACCAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:172:94:77,94:0.5465:0,77:3,91 chr17 7680411 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=7680411;VD=2;AF=0.0215;BIAS=2:0;REFBIAS=10:81;VARBIAS=0:2;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0244;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=82;LSEQ=GAGCTAAGATCGTACCACTG;RSEQ=ACTCCAGCCTGGGCGACAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:2:91,2:0.0215:10,81:0,2 chr17 7681412 . C G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=451;END=7681412;VD=224;AF=0.4967;BIAS=2:2;REFBIAS=158:69;VARBIAS=156:68;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00185342884336;MQ=60;SN=73.667;HIAF=0.4955;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=221;HICOV=446;LSEQ=CAGGATCTTGATGACTGTGT;RSEQ=ATCCGCCAGACCAACACGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:451:224:227,224:0.4967:158,69:156,68 chr17 7681925 . TTTA T 69 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=253;END=7681928;VD=4;AF=0.0158;BIAS=1:0;REFBIAS=0:249;VARBIAS=0:4;PMEAN=9.2;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0160;ADJAF=0.0119;SHIFT3=2;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=250;LSEQ=AATTCTTATTTATTTATTTA;RSEQ=TTTTTTGGAGTGCAGTGGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:253:4:249,4:0.0158:0,249:0,4 chr17 7681928 . A AT 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=241;END=7681928;VD=86;AF=0.3568;BIAS=1:1;REFBIAS=0:150;VARBIAS=0:86;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.6;SN=27.667;HIAF=0.3609;ADJAF=0.0332;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=83;HICOV=230;LSEQ=TCTTATTTATTTATTTATTT;RSEQ=TTTTTTGGAGTGCAGTGGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:241:86:150,86:0.3568:0,150:0,86 chr17 7684559 . G T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=350;END=7684559;VD=4;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=85:261;VARBIAS=2:2;PMEAN=29.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.25869;ODDRATIO=3.05847810129679;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=4;HICOV=346;LSEQ=TCCCAGCACTTTGGGAGGCC;RSEQ=AGGTGGGCAGACTGTTTGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:350:4:346,4:0.0114:85,261:2,2 chr17 7689263 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=133;END=7689263;VD=2;AF=0.015;BIAS=1:0;REFBIAS=130:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=61.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0152;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=132;LSEQ=GGCTGGCGGACTCCAGAGCC;RSEQ=AATCTTTCAACTCTGCAATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:133:2:131,2:0.015:130,1:2,0 chr17 7689432 . C A 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=390;END=7689432;VD=5;AF=0.0128;BIAS=2:0;REFBIAS=283:102;VARBIAS=5:0;PMEAN=48.6;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.33228;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=383;LSEQ=TTCTGCTTGCTGTGTTTTCC;RSEQ=TTCCCTCAGCTGCGGGAGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:390:5:385,5:0.0128:283,102:5,0 chr17 7691628 . T C 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=386;END=7691628;VD=180;AF=0.4663;BIAS=2:2;REFBIAS=49:156;VARBIAS=46:134;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.7236;ODDRATIO=1.09264540378711;MQ=60;SN=179;HIAF=0.4838;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=179;HICOV=370;LSEQ=AGCCTCACCAGAACAACTTC;RSEQ=GGGAAACGGCGTGTCTGAGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:386:180:205,180:0.4663:49,156:46,134 chr17 7695540 . T G 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=449;END=7695540;VD=5;AF=0.0111;BIAS=2:0;REFBIAS=156:288;VARBIAS=5:0;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.00569;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0071;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=3;HICOV=422;LSEQ=GAGAAGGCTCAAGGAAGGCT;RSEQ=TGGTAACCTGACCTACATGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:449:5:444,5:0.0111:156,288:5,0 chr17 7696767 . T C 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=7696767;VD=31;AF=0.2768;BIAS=1:1;REFBIAS=0:80;VARBIAS=0:31;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.5;HIAF=0.2762;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=29;HICOV=105;LSEQ=TGCTTTTTCTTTCTTTCTTT;RSEQ=TCTTTCTTTCTTTCTTTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:31:80,31:0.2768:0,80:0,31 chr17 7696769 . C T 160 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=108;END=7696769;VD=28;AF=0.2593;BIAS=1:1;REFBIAS=0:77;VARBIAS=0:28;PMEAN=28.9;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8.333;HIAF=0.2525;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=17;MSILEN=4;NM=2.5;HICNT=25;HICOV=99;LSEQ=CTTTTTCTTTCTTTCTTTTT;RSEQ=TTTCTTTCTTTCTTTCTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:108:28:77,28:0.2593:0,77:0,28 chr17 7697200 . T C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=7697200;VD=3;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=44.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=5;LSEQ=TGTGTGTTTGAGAGAGAACA;RSEQ=ACACACACACGTGTATAGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:5:3:2,3:0.6:2,0:3,0 chr17 7697412 . A G 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=133;END=7697412;VD=133;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=133:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=132;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=132;HICOV=132;LSEQ=TCTTCCCCTCCCCCTGCCCT;RSEQ=CCACTCCATGTTCCTCTCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:133:133:0,133:1:0,0:133,0 chr17 7697414 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=7697414;VD=2;AF=0.0149;BIAS=1:0;REFBIAS=131:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=50.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=134;LSEQ=TTCCCCTCCCCCTGCCCTAC;RSEQ=ACTCCATGTTCCTCTCAACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:134:2:131,2:0.0149:131,0:2,0 chr17 7700253 . C AAA 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=67;END=7700253;VD=3;AF=0.0448;BIAS=2:2;REFBIAS=38:25;VARBIAS=1:2;PMEAN=18.7;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.56278;ODDRATIO=2.98848;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0492;ADJAF=0.0299;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=4.3;HICNT=3;HICOV=61;LSEQ=TCCTGTCTCTATTAAAAATA;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAATTA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:67:3:63,3:0.0448:38,25:1,2 chr17 7700712 . C T 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=605;END=7700712;VD=298;AF=0.4926;BIAS=2:2;REFBIAS=164:141;VARBIAS=156:142;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.74455;ODDRATIO=1.05862;MQ=60;SN=26.091;HIAF=0.4906;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=287;HICOV=585;LSEQ=ATCTCACCCCAGTTCCCTGC;RSEQ=CACAGAGTCTTCTCTGACCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:605:298:305,298:0.4926:164,141:156,142 chr17 7702059 . G C 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=548;END=7702059;VD=269;AF=0.4909;BIAS=2:2;REFBIAS=107:172;VARBIAS=105:164;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.93011;ODDRATIO=1.02913480636829;MQ=60;SN=88.667;HIAF=0.4899;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=266;HICOV=543;LSEQ=AGGATTCCTTCCACACCCTT;RSEQ=ACCAGTCAGTTCTTTGGCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:548:269:279,269:0.4909:107,172:105,164 chr17 7702357 . C T 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=427;END=7702357;VD=198;AF=0.4637;BIAS=2:2;REFBIAS=154:75;VARBIAS=139:59;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.53176;ODDRATIO=1.14699944944026;MQ=60;SN=48.5;HIAF=0.4619;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=194;HICOV=420;LSEQ=TTCGTCAGCCCCACCTGACC;RSEQ=GCTGCCCCCGCTGATTCTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:427:198:229,198:0.4637:154,75:139,59 chr17 7705089 . C G 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=551;END=7705089;VD=261;AF=0.4737;BIAS=2:2;REFBIAS=121:166;VARBIAS=100:161;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.38378;ODDRATIO=1.17321;MQ=60;SN=22.727;HIAF=0.4817;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=250;HICOV=519;LSEQ=CCCTCTCCCCCGCCTCTCAT;RSEQ=TCTCATCGCACCCCCGGCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:551:261:287,261:0.4737:121,166:100,161 chr17 7708096 . G A 204 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=7708096;VD=66;AF=0.5366;BIAS=2:2;REFBIAS=42:15;VARBIAS=48:18;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04961;MQ=60;SN=12.2;HIAF=0.5169;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=61;HICOV=118;LSEQ=ATCGCTTAAACCCTGGGGGC;RSEQ=GAGGTTGCAGTGAACTGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:123:66:57,66:0.5366:42,15:48,18 chr17 7709005 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=55;END=7709006;VD=2;AF=0.0364;BIAS=1:0;REFBIAS=0:53;VARBIAS=0:2;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0377;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=53;LSEQ=ATGACGAAAACCCATCTCTA;RSEQ=AAAAAAAATGCAAAAATTAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:55:2:53,2:0.0364:0,53:0,2 chr17 7710983 . C G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=178;END=7710983;VD=3;AF=0.0169;BIAS=2:2;REFBIAS=14:161;VARBIAS=2:1;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.02164;ODDRATIO=22.0458553791887;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0121;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=165;LSEQ=CATTAAGCATTTGTTTTCCC;RSEQ=CATCTAATTCTAGCCCCCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:3:175,3:0.0169:14,161:2,1 chr17 7719614 . AC A 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=36;END=7719615;VD=18;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=17:0;VARBIAS=18:0;PMEAN=29.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.5000;ADJAF=0.1111;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=18;HICOV=36;LSEQ=TCTCCGTCCCCTACCCAGCT;RSEQ=CCTGAAACTACCAAGTAGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:36:18:17,18:0.5:17,0:18,0 chr17 7720091 . G C 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=455;END=7720091;VD=210;AF=0.4615;BIAS=2:2;REFBIAS=75:170;VARBIAS=65:145;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01606397138764;MQ=60;SN=104;HIAF=0.4633;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=208;HICOV=449;LSEQ=ACCTGGTGTCCTTTCACTCT;RSEQ=CTCGCCACTTCCGAGAGACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:455:210:245,210:0.4615:75,170:65,145 chr17 7720180 . GA G 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=265;END=7720181;VD=128;AF=0.483;BIAS=1:1;REFBIAS=2:130;VARBIAS=4:124;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.44147;ODDRATIO=2.09100033456005;MQ=60;SN=256;HIAF=0.4904;ADJAF=0.0566;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=128;HICOV=261;LSEQ=TATAGGGAACTCTAAGAACT;RSEQ=GGCGTGGGAGCTCTTCCCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:265:128:132,128:0.483:2,130:4,124 chr17 7720181 . A G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=265;END=7720181;VD=5;AF=0.0189;BIAS=1:2;REFBIAS=2:130;VARBIAS=1:4;PMEAN=11.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.10629;ODDRATIO=15.1906425641805;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0192;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=261;LSEQ=ATAGGGAACTCTAAGAACTG;RSEQ=GGCGTGGGAGCTCTTCCCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:265:5:132,5:0.0189:2,130:1,4 chr17 7721199 . GC G 348 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=740;END=7721200;VD=706;AF=0.9541;BIAS=2:2;REFBIAS=18:11;VARBIAS=303:403;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.05487;ODDRATIO=2.17412;MQ=60;SN=705;HIAF=0.9566;ADJAF=0.0635;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=705;HICOV=737;LSEQ=GAGGCTGGGGGGTCAGGTTA;RSEQ=CCCCCCCTTCCTGAGGCCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:740:706:29,706:0.9541:18,11:303,403 chr17 7721231 . T C 345 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=734;END=7721231;VD=731;AF=0.9959;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=291:440;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=103.429;HIAF=0.9959;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=724;HICOV=727;LSEQ=CTGAGGCCCCACCTCTCCCG;RSEQ=AGTGTTCCTTCACCTTCCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:734:731:1,731:0.9959:0,1:291,440 chr17 7722365 . C T 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=663;END=7722365;VD=318;AF=0.4796;BIAS=2:2;REFBIAS=180:162;VARBIAS=159:159;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.53316;ODDRATIO=1.11093;MQ=60;SN=18.875;HIAF=0.4719;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=302;HICOV=640;LSEQ=TGAGACCACAGAGATCAACA;RSEQ=TGACTTGGCGCGGGAGGTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:663:318:342,318:0.4796:180,162:159,159 chr17 7726665 . C CAGAG 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=272;END=7726665;VD=95;AF=0.3493;BIAS=2:2;REFBIAS=90:6;VARBIAS=88:6;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02261;MQ=59.8;SN=30.667;HIAF=0.5027;ADJAF=0.0515;SHIFT3=24;MSI=14;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=92;HICOV=183;LSEQ=CACCGAGAGAGAGAAAAATA;RSEQ=AGAGAGAGAGAGAGAGAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:272:95:96,95:0.3493:90,6:88,6 chr17 7728173 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=295;END=7728173;VD=3;AF=0.0102;BIAS=1:0;REFBIAS=2:290;VARBIAS=0:3;PMEAN=45.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0069;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=290;LSEQ=CAAAAAATTCCACCTCATTC;RSEQ=TCTCCTGTTTGTGCCAAACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:3:292,3:0.0102:2,290:0,3 chr17 7728246 . C G 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=7728246;VD=96;AF=0.5455;BIAS=1:1;REFBIAS=0:77;VARBIAS=0:96;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23;HIAF=0.5412;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=92;HICOV=170;LSEQ=TGAGTGATTATCATGTGCCA;RSEQ=GCACTGTTCTAAGTTCTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:176:96:77,96:0.5455:0,77:0,96 chr17 7733555 . A G 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=450;END=7733555;VD=450;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=358:92;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=111.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=446;HICOV=446;LSEQ=CCTCCACAACTGTACATGGC;RSEQ=GTGCTAGTGGCAGGTCTGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:450:450:0,450:1:0,0:358,92 chr17 7735803 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=7735803;VD=3;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=226:16;VARBIAS=2:1;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.19479;ODDRATIO=6.94231;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=238;LSEQ=TACCACTGCACTCCAGCCTG;RSEQ=GGGACAAGAGCAAAACTCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:3:242,3:0.0122:226,16:2,1 chr17 7736480 . T A 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=694;END=7736480;VD=339;AF=0.4885;BIAS=2:2;REFBIAS=166:188;VARBIAS=157:182;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.87928;ODDRATIO=1.02355;MQ=60;SN=83.75;HIAF=0.4970;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=335;HICOV=674;LSEQ=GGCAGAGCCCATGCAGCTTG;RSEQ=CTGCCTCATGCCCACGATCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:694:339:354,339:0.4885:166,188:157,182 chr17 7737142 . C T 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=368;END=7737142;VD=172;AF=0.4674;BIAS=2:2;REFBIAS=55:141;VARBIAS=44:128;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.63816;ODDRATIO=1.13436;MQ=60;SN=18.111;HIAF=0.4605;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=163;HICOV=354;LSEQ=AGGACAGAGCTACTGCGGAG;RSEQ=TGCTACTGGACGGGGAAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:368:172:196,172:0.4674:55,141:44,128 chr17 11501730 . C A 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=237;END=11501730;VD=237;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=197:40;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.545;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=226;HICOV=226;LSEQ=AAGGGGCGGGACCAGGGGTC;RSEQ=GTGCCCAATAGGAAGGGAGC;DUPRATE=0.015;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:237:237:0,237:1:0,0:197,40 chr17 11502276 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=11502276;VD=2;AF=0.013;BIAS=2:2;REFBIAS=78:73;VARBIAS=1:1;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.068;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=150;LSEQ=CGCGGCTAAAGCTGGGTGGG;RSEQ=GAGGGGAGGAGGAGCCTTAA;DUPRATE=0.015;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:2:151,2:0.013:78,73:1,1 chr17 11502403 . G C 179 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=97;END=11502403;VD=43;AF=0.4433;BIAS=1:1;REFBIAS=0:53;VARBIAS=0:43;PMEAN=30.9;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.6;HIAF=0.4270;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=38;HICOV=89;LSEQ=GAGGGAGCACAACCAGGAGG;RSEQ=AAGTTCCTGAAGTCAGGAAG;DUPRATE=0.015;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:97:43:53,43:0.4433:0,53:0,43 chr17 11511412 . A G 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=346;END=11511412;VD=345;AF=0.9971;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=289:56;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.333;HIAF=0.9970;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=336;HICOV=337;LSEQ=TAAGTTCTCAGAATTGGAAC;RSEQ=CCTGCCTTTCTTTCCTGTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:346:345:0,345:0.9971:0,0:289,56 chr17 11511457 . C T 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=441;END=11511457;VD=219;AF=0.4966;BIAS=2:2;REFBIAS=169:52;VARBIAS=162:57;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.58153;ODDRATIO=1.14317;MQ=60;SN=26.375;HIAF=0.4965;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=211;HICOV=425;LSEQ=CTGTTCCAGGTTGTTCTACC;RSEQ=GTCCTGGCCAATGAGAAGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:441:219:221,219:0.4966:169,52:162,57 chr17 11511878 . CT C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=98;END=11511879;VD=2;AF=0.0204;BIAS=1:0;REFBIAS=1:95;VARBIAS=0:2;PMEAN=17.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0213;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=94;LSEQ=GGCTATTACAGCAATATGGC;RSEQ=TTTTTTCCTTTCAGAATCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:2:96,2:0.0204:1,95:0,2 chr17 11513502 . A AT 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=118;END=11513502;VD=5;AF=0.0424;BIAS=1:0;REFBIAS=107:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=10;HIAF=0.0481;ADJAF=0.0085;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=104;LSEQ=GTACATACACACACATAAGC;RSEQ=TTTTTTTTTTCTGGAGAGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:118:5:107,5:0.0424:107,0:5,0 chr17 11513661 . C T 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=459;END=11513661;VD=454;AF=0.9891;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=381:73;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33.923;HIAF=0.9955;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=441;HICOV=443;LSEQ=ACCCAGGGTTATTTTCACGC;RSEQ=TCAGGGTTTTTGTTTTTGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:459:454:0,454:0.9891:0,0:381,73 chr17 11513670 . T G 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=495;END=11513670;VD=5;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=397:93;VARBIAS=5:0;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.5892;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0067;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=3;HICOV=449;LSEQ=TATTTTCACGCCTCAGGGTT;RSEQ=TTGTTTTTGTTGTTATCATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:495:5:490,5:0.0101:397,93:5,0 chr17 11514027 . G A 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=269;END=11514027;VD=266;AF=0.9888;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:263;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.167;HIAF=0.9883;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=254;HICOV=257;LSEQ=GCTCTGTGTCATTGGGTCAA;RSEQ=AGAGTTTTTTGATAGACTGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:269:266:0,266:0.9888:0,0:3,263 chr17 11522607 . G GC 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=30;END=11522607;VD=30;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=30:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=1.0000;ADJAF=0.0333;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=30;HICOV=30;LSEQ=ACCTGCTCCAGCCCCAGCTA;RSEQ=CCAACAAAGTCTCATTGTGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:30:30:0,30:1:0,0:30,0 chr17 11522705 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=11522705;VD=2;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=104:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=105;LSEQ=AAGACTATTTGGCCGAAACC;RSEQ=AGGTCGCAGTCCACATGTGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:2:104,2:0.0189:104,0:2,0 chr17 11522764 . G A 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=11522764;VD=192;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=192:0;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=95;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=190;HICOV=190;LSEQ=ATGTTTCCTCTATTATCCTC;RSEQ=TGAAAAATATTACTGGGGCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:192:192:0,192:1:0,0:192,0 chr17 11523082 . A G 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=415;END=11523082;VD=413;AF=0.9952;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=136:277;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=406;HICOV=406;LSEQ=ATTGGATGGCTTCCTGGGAC;RSEQ=ACTGCACGTGGTGGAGGTGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:415:413:0,413:0.9952:0,0:136,277 chr17 11523199 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=209;END=11523199;VD=3;AF=0.0144;BIAS=1:0;REFBIAS=1:205;VARBIAS=0:3;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=197;LSEQ=TGCACAACACAACCTCATAG;RSEQ=CAACCCTCCATCAGCTGGAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:209:3:206,3:0.0144:1,205:0,3 chr17 11532403 . CT C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=11;END=11532404;VD=4;AF=0.3636;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=22.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0.0909;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=TCATGATGATGATTTTAACT;RSEQ=TTTTTTTTTTTACTTCTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:4:6,4:0.3636:6,0:4,0 chr17 11532531 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=63;END=11532531;VD=2;AF=0.0317;BIAS=1:0;REFBIAS=61:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=40;SN=4;HIAF=0.0328;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=61;LSEQ=CCCATTAACTTGTCATTTAG;RSEQ=ATTAGGTATATCTCCTAATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:63:2:61,2:0.0317:61,0:2,0 chr17 11533227 . C T 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=43;END=11533227;VD=26;AF=0.6047;BIAS=1:1;REFBIAS=0:17;VARBIAS=0:26;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=0.6190;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=26;HICOV=42;LSEQ=GGCCACCCTGTGGCTTCAAA;RSEQ=GTTTTAAGCTCAGTGAAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:43:26:17,26:0.6047:0,17:0,26 chr17 11533292 . A G 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=11533292;VD=8;AF=0.5714;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:8;PMEAN=26.6;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=8;HICOV=14;LSEQ=TGCATGGTCTCAACTATATG;RSEQ=GGCATCTGAAATAGTCAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:14:8:6,8:0.5714:0,6:0,8 chr17 11536065 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=11536065;VD=2;AF=0.0107;BIAS=2:0;REFBIAS=73:112;VARBIAS=0:2;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.52148;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=186;LSEQ=ACTCGGTCCTGGATACTCCC;RSEQ=CGGCCCTCATCAGAGGATGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:2:185,2:0.0107:73,112:0,2 chr17 11536093 . A G 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=11536093;VD=73;AF=0.471;BIAS=2:2;REFBIAS=18:64;VARBIAS=8:65;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.08547;ODDRATIO=2.27334;MQ=60;SN=72;HIAF=0.4737;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=72;HICOV=152;LSEQ=CATCAGAGGATGATATGGAT;RSEQ=CCTTTCCACCTGTTCTGTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:73:82,73:0.471:18,64:8,65 chr17 11536310 . T C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=11536310;VD=9;AF=0.36;BIAS=1:0;REFBIAS=0:16;VARBIAS=0:9;PMEAN=31.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.3600;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=9;HICOV=25;LSEQ=ACCTTTAGCAGTAGGGAAAG;RSEQ=GTGACCATGCAATACCATGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:25:9:16,9:0.36:0,16:0,9 chr17 11548174 . 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A G 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=11582854;VD=75;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=74:1;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=72;HICOV=72;LSEQ=CCTCCTGAGTCTCCTTCATC;RSEQ=CAAGATAGGCCTCAGTCTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:75:75:0,75:1:0,0:74,1 chr17 11583089 . T C 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=429;END=11583089;VD=429;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=320:109;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=142;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=426;HICOV=426;LSEQ=ATTAGCTTGGCCAACCTGGA;RSEQ=GCGTTTATAAAGAAGAGTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:429:429:0,429:1:0,0:320,109 chr17 11583560 . GA G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=44;END=11583561;VD=3;AF=0.0682;BIAS=1:0;REFBIAS=2:39;VARBIAS=0:3;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0698;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=43;LSEQ=TGAACCAATGTTTTGGTTGA;RSEQ=AAAAAAAAAAGCAGATCTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:3:41,3:0.0682:2,39:0,3 chr17 11592683 . GT G 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=121;END=11592684;VD=93;AF=0.7686;BIAS=1:1;REFBIAS=17:0;VARBIAS=93:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=186;HIAF=0.7686;ADJAF=0.1405;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=93;HICOV=121;LSEQ=CCCCAGTCTGTCCTGAGTGT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTCCCAAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:121:93:17,93:0.7686:17,0:93,0 chr17 11594003 . GA G 82 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=91;END=11594004;VD=5;AF=0.0549;BIAS=1:0;REFBIAS=0:85;VARBIAS=0:5;PMEAN=27.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0581;ADJAF=0.011;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=5;HICOV=86;LSEQ=AGAAAGGAAAACCTCATTCA;RSEQ=AAAAAAAAAATGTATATATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:5:85,5:0.0549:0,85:0,5 chr17 11594033 . TA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=55;END=11594034;VD=2;AF=0.0364;BIAS=1:0;REFBIAS=0:53;VARBIAS=0:2;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0364;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=55;LSEQ=AATGTATATATAAGAAAGAT;RSEQ=AAAAAAAATACTGGCTACTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:55:2:53,2:0.0364:0,53:0,2 chr17 11594054 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=36;END=11594054;VD=2;AF=0.0556;BIAS=1:0;REFBIAS=0:34;VARBIAS=0:2;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0556;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=36;LSEQ=AAAAAAAAATACTGGCTACT;RSEQ=CAGTTTGGAATGAGGTCCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:36:2:34,2:0.0556:0,34:0,2 chr17 11596796 . A G 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=11596796;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=ATGTTGGCCAGGCTGGTCTC;RSEQ=AACTCCTGGCCTCAAACCAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:12,0 chr17 11597918 . GCTTT G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=231;END=11597922;VD=9;AF=0.039;BIAS=1:0;REFBIAS=3:219;VARBIAS=0:9;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0400;ADJAF=0.0043;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=9;HICOV=225;LSEQ=GCATCATCACATACCTCGGA;RSEQ=CTTGCTTTCTTGCTTTCTTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:231:9:222,9:0.039:3,219:0,9 chr17 11597922 . T G 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=221;END=11597922;VD=212;AF=0.9593;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:209;PMEAN=27.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.1;SN=52;HIAF=0.9952;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=208;HICOV=209;LSEQ=CATCACATACCTCGGAGCTT;RSEQ=CTTGCTTTCTTGCTTTCTTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:221:212:0,212:0.9593:0,0:3,209 chr17 11597930 . T G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=202;END=11597930;VD=202;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:199;PMEAN=22.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.1;SN=39.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=197;HICOV=197;LSEQ=ACCTCGGAGCTTTCTTGCTT;RSEQ=CTTGCTTTCTTGCTTTCTTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:202:202:0,202:1:0,0:3,199 chr17 11597938 . T G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=11597938;VD=189;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:186;PMEAN=15.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59;SN=188;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=188;HICOV=188;LSEQ=GCTTTCTTGCTTTCTTGCTT;RSEQ=CTTGCTTTCTTGCTTTCTTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:189:189:0,189:1:0,0:3,186 chr17 11597946 . T G 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=11597946;VD=169;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:167;PMEAN=8.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.9;SN=32.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=164;HICOV=164;LSEQ=GCTTTCTTGCTTTCTTGCTT;RSEQ=CTTGCTTTCTTGCTTTCTCG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:169:169:0,169:1:0,0:2,167 chr17 11598195 . T C 98 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=11598195;VD=9;AF=0.8182;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:9;PMEAN=8;PSTD=0;QUAL=31.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=9;MSILEN=4;NM=2.0;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=TTCCTTCCTTCCTTCTTTCT;RSEQ=TCTTTCTTTCTTTCTTTCTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:9:0,9:0.8182:0,0:0,9 chr17 11603300 . G T 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=11603300;VD=245;AF=0.9839;BIAS=0:2;REFBIAS=0:4;VARBIAS=47:198;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=225;HICOV=225;LSEQ=GGAGGGCCTTTCTGACCTTG;RSEQ=TCCAGAGCTGCTGTCCATGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:249:245:4,245:0.9839:0,4:47,198 chr17 11604598 . T A 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=482;END=11604598;VD=476;AF=0.9876;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=169:307;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=0.9978;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=462;HICOV=463;LSEQ=GGGATCCCCATCCTCCATGG;RSEQ=TGGGGCTGTCTTCCTCCGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:482:476:0,476:0.9876:0,0:169,307 chr17 11607897 . 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A G 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=11622270;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=29.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=AACATCATCCAGGTCGACTT;RSEQ=AAGAGTTGGGGGATGATTGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr17 11622460 . C T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=11622460;VD=147;AF=0.9866;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=147:0;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8.8;HIAF=0.9851;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=132;HICOV=134;LSEQ=AGGGAGCCTCTGATGCCCTG;RSEQ=ATGGAGGGAGCACTGTGATG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:149:147:0,147:0.9866:0,0:147,0 chr17 11622493 . AA CG 33 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=177;END=11622494;VD=2;AF=0.0113;BIAS=1:0;REFBIAS=173:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0121;ADJAF=0.0056;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=165;LSEQ=CTGTGATGAGCTTGCCCGCT;RSEQ=AGAGTCCTCCCCACAGTGCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:2:173,2:0.0113:173,0:2,0 chr17 11622494 . A G 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=11622494;VD=175;AF=0.9943;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=175:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=57.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=172;HICOV=172;LSEQ=TGTGATGAGCTTGCCCGCTA;RSEQ=AGAGTCCTCCCCACAGTGCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:176:175:0,175:0.9943:0,0:175,0 chr17 11622953 . G A 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=226;END=11622953;VD=222;AF=0.9823;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:221;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.8;HIAF=0.9952;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=207;HICOV=208;LSEQ=AGGTCTCAGTTTGCTCCTTC;RSEQ=TGGTAAAGTTGGACGTTTGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:226:222:0,222:0.9823:0,0:1,221 chr17 11630869 . C A 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=11630869;VD=29;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=CCTGGGATTTTGAAAGCTAC;RSEQ=GAATCAACAATAATGCAACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:29:29:0,29:1:0,0:29,0 chr17 11631525 . A G 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=11631525;VD=29;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:29;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=29;HICOV=29;LSEQ=CCTGCCTGCTTCATCTGGGC;RSEQ=CAGAAACATGAAGATGGCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:29:29:0,29:1:0,0:0,29 chr17 11645773 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=256;END=11645773;VD=3;AF=0.0117;BIAS=1:0;REFBIAS=3:250;VARBIAS=0:3;PMEAN=50.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0080;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=249;LSEQ=ATAAGCATGTCGAAACCTCT;RSEQ=AACACTTCCATATTAATGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:256:3:253,3:0.0117:3,250:0,3 chr17 11645786 . T A 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=227;END=11645786;VD=226;AF=0.9956;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:226;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=218;HICOV=218;LSEQ=AACCTCTGAACACTTCCATA;RSEQ=TAATGATTTATGTTCACTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:227:226:0,226:0.9956:0,0:0,226 chr17 11645866 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=11645866;VD=2;AF=0.0194;BIAS=1:0;REFBIAS=0:100;VARBIAS=0:2;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0198;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=101;LSEQ=TTTTGTAATAGAATACTTAG;RSEQ=AACACATCACAGACACCAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:103:2:100,2:0.0194:0,100:0,2 chr17 11645984 . A G 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=11645984;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:20;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=19;HICOV=19;LSEQ=AGGGTTAGGGAAGCAGGTTA;RSEQ=GTGTTAACCAGCTTTGAGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:0,20 chr17 11648332 . C T 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=565;END=11648332;VD=561;AF=0.9929;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=220:341;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.036;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=533;HICOV=534;LSEQ=CCCCGGAGGAGAGACCCCAA;RSEQ=TTCGAAGCTTTGGTTAGGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:565:561:0,561:0.9929:0,0:220,341 chr17 11648444 . T C 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=410;END=11648444;VD=409;AF=0.9976;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=112:297;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50.125;HIAF=0.9975;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.7;HICNT=401;HICOV=402;LSEQ=GGATTTCTCTATCTCTTACT;RSEQ=ATTGTCCAGGATAATGGGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:410:409:0,409:0.9976:0,0:112,297 chr17 11651057 . A G 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=475;END=11651057;VD=474;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=193:281;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=473;HIAF=0.9979;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=473;HICOV=474;LSEQ=TGAGCTCTTTGGCATCATCA;RSEQ=TCCAGCCACAGGAGAATGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:475:474:0,474:0.9979:0,0:193,281 chr17 11655858 . T C 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=11655858;VD=25;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=25:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=25;HICOV=25;LSEQ=GCTGGGCATGGTGGCACGCA;RSEQ=CTCTAGTCCCAGCTACTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:25:25:0,25:1:0,0:25,0 chr17 11655981 . TA T 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=86;END=11655982;VD=3;AF=0.0349;BIAS=1:0;REFBIAS=82:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=17.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0375;ADJAF=0.0116;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=80;LSEQ=CAACAGAGCAAGCCTCCATC;RSEQ=AAAAAAAATAAAGTAAAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:86:3:82,3:0.0349:82,0:3,0 chr17 11656465 . A G 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=202;END=11656465;VD=202;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:200;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=197;HICOV=197;LSEQ=AGCAACTTTTGCTTACATCA;RSEQ=TGGTACTGCCATGGCTCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:202:202:0,202:1:0,0:2,200 chr17 11659591 . CAAA C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=9;END=11659594;VD=8;AF=0.8889;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=25.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.8889;ADJAF=0.1111;SHIFT3=16;MSI=19;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=8;HICOV=9;LSEQ=GTGACAGAGCGAGACTCTGT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAATCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:8:1,8:0.8889:1,0:8,0 chr17 11659599 . A C 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=11659599;VD=10;AF=0.8333;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=24.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.8333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=19;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=10;HICOV=12;LSEQ=GCGAGACTCTGTCAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAATCAGATCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:10:2,10:0.8333:2,0:10,0 chr17 11660722 . G T 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=11660722;VD=179;AF=0.9944;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=178:1;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=88.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=177;HICOV=177;LSEQ=AATAGCAAACCCATTTACCC;RSEQ=CTCACATCTTGGCCAAATCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:180:179:0,179:0.9944:0,0:178,1 chr17 11666586 . G A 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=11666586;VD=123;AF=0.9919;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=123:0;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=122;HIAF=0.9919;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=122;HICOV=123;LSEQ=CTTACAAAGGAAGCTGGCGC;RSEQ=AGAACAGCTGATGAGAATAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:124:123:0,123:0.9919:0,0:123,0 chr17 11666674 . T C 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=277;END=11666674;VD=277;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=249:28;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=273;HICOV=273;LSEQ=GACCATGAGTCCACTGAAAC;RSEQ=GAGTGGTTCCATAGCTGTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:277:277:0,277:1:0,0:249,28 chr17 11672849 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=11672849;VD=2;AF=0.0174;BIAS=1:0;REFBIAS=0:113;VARBIAS=0:2;PMEAN=57;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=114;LSEQ=CCCTTAGCACTGCTTCTGGT;RSEQ=TTTCTTTCTACATTCCTCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:2:113,2:0.0174:0,113:0,2 chr17 11684189 . A G 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=11684189;VD=89;AF=0.5086;BIAS=1:1;REFBIAS=84:0;VARBIAS=87:2;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.49751;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=88;HIAF=0.5176;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=88;HICOV=170;LSEQ=TGGGAGCAGCAGTAGCTGTT;RSEQ=TTATTGTTGTCTTTCGCGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:175:89:84,89:0.5086:84,0:87,2 chr17 11684571 . G C 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=355;END=11684571;VD=187;AF=0.5268;BIAS=2:2;REFBIAS=39:129;VARBIAS=31:156;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.14156;ODDRATIO=1.51954;MQ=60;SN=92.5;HIAF=0.5271;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=185;HICOV=351;LSEQ=GGCCAGTCTCTATTCTGCCT;RSEQ=AACGGCAAACCTCAGCATAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:355:187:168,187:0.5268:39,129:31,156 chr17 11686847 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=11686847;VD=2;AF=0.0155;BIAS=1:0;REFBIAS=127:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0157;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=127;LSEQ=AATCCCTGCCGGTGGATCTA;RSEQ=ACTTTTTTATCACCCAAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:127,2:0.0155:127,0:2,0 chr17 11686892 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=11686892;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=147:21;VARBIAS=1:1;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.24274;ODDRATIO=6.86192;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=AACAGTAGGGCACATCCTAC;RSEQ=GCACCTTGACAAAGCACTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:2:168,2:0.0118:147,21:1,1 chr17 11697015 . GA G 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=446;END=11697016;VD=28;AF=0.0628;BIAS=2:2;REFBIAS=114:298;VARBIAS=7:21;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.83084;ODDRATIO=1.1473;MQ=60;SN=56;HIAF=0.0647;ADJAF=0.0022;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=28;HICOV=433;LSEQ=TATGGATTTTCTTTGTATTT;RSEQ=AAAAAAAAAAGATAATTATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:446:28:412,28:0.0628:114,298:7,21 chr17 11697045 . C A 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=374;END=11697045;VD=4;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=82:288;VARBIAS=3:1;PMEAN=28.2;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.03811;ODDRATIO=10.4482290251802;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=355;LSEQ=AAGATAATTATACAGATGAT;RSEQ=ACCCAATGATAAAATCTAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:374:4:370,4:0.0107:82,288:3,1 chr17 11713456 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=346;END=11713456;VD=4;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=295:47;VARBIAS=3:1;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.4513;ODDRATIO=2.08652;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0090;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=3;HICOV=335;LSEQ=ATTGTCACCTTACTTTAATT;RSEQ=CCATTCAAGCAGAGAAGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:346:4:342,4:0.0116:295,47:3,1 chr17 11737610 . A C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=11737610;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=GAGCCGAGATCACGCCACTG;RSEQ=ATTCCAGTCCGGGTGACAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:5,0 chr17 11737752 . A C 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=11737752;VD=127;AF=0.9845;BIAS=0:1;REFBIAS=2:0;VARBIAS=126:1;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=122;HICOV=122;LSEQ=TATGGTGGAGAGAGGACATC;RSEQ=AGAGTTCCTGGGAAAGAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:129:127:2,127:0.9845:2,0:126,1 chr17 11737899 . T G 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=317;END=11737899;VD=317;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=258:59;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=314;HICOV=314;LSEQ=CAGGCCAGTGACTAGTCCAG;RSEQ=GCCCACAGTCCCTCCAGTCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:317:317:0,317:1:0,0:258,59 chr17 11737938 . G A 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=408;END=11737938;VD=406;AF=0.9951;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=311:95;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.6;HIAF=0.9950;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=396;HICOV=398;LSEQ=CACAACTCCTGATAAGTCCC;RSEQ=TGCTTCTCCAATGCAGGTGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:408:406:0,406:0.9951:0,0:311,95 chr17 11737941 . C T 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=414;END=11737941;VD=412;AF=0.9952;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=315:97;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=57.857;HIAF=0.9975;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=405;HICOV=406;LSEQ=AACTCCTGATAAGTCCCGTG;RSEQ=TTCTCCAATGCAGGTGGATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:414:412:0,412:0.9952:0,0:315,97 chr17 11738314 . A G 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=371;END=11738314;VD=364;AF=0.9811;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=46:318;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=59.667;HIAF=0.9862;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.7;HICNT=358;HICOV=363;LSEQ=TGCAAGGACAATGTTGGGAG;RSEQ=GTTTAGGGTGGGCTCCAACT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:371:364:0,364:0.9811:0,0:46,318 chr17 11738332 . A G 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=319;END=11738332;VD=319;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=27:292;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=105.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=316;HICOV=316;LSEQ=AGAGTTTAGGGTGGGCTCCA;RSEQ=CTGTCACTGATTTGCTCATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:319:319:0,319:1:0,0:27,292 chr17 11757556 . C G 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=700;END=11757556;VD=367;AF=0.5243;BIAS=2:2;REFBIAS=169:164;VARBIAS=192:175;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.70524;ODDRATIO=1.0645772563715;MQ=60;SN=60.167;HIAF=0.5239;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=361;HICOV=689;LSEQ=AGGCCGTATCTGCAAGACCC;RSEQ=GAGTTCAATCCTGAGTTTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:700:367:333,367:0.5243:169,164:192,175 chr17 11772879 . C T 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=63;END=11772879;VD=29;AF=0.4603;BIAS=1:1;REFBIAS=0:34;VARBIAS=0:29;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.5;HIAF=0.4426;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=27;HICOV=61;LSEQ=GAAACATTACAAGACAAAGC;RSEQ=AGCATTTTATAGGCAAACCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:63:29:34,29:0.4603:0,34:0,29 chr17 11775474 . C A 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=11775474;VD=9;AF=0.6923;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:9;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.6923;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=9;HICOV=13;LSEQ=TCATAGGAGCAGTCAGGGGA;RSEQ=GTTCCATTTCCCAGATCCTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:9:4,9:0.6923:0,4:0,9 chr17 11777966 . A C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=11777966;VD=10;AF=0.4;BIAS=1:0;REFBIAS=15:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=10;HICOV=25;LSEQ=GAGAGTGTGTAGGAGGTCGT;RSEQ=GATTAAAATACAGATAATAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:25:10:15,10:0.4:15,0:10,0 chr17 11778074 . G GA 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=102;END=11778074;VD=2;AF=0.0196;BIAS=1:0;REFBIAS=93:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=4;HIAF=0.0215;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=2;HICOV=93;LSEQ=AGTTATTCATCCATGGAGGG;RSEQ=AAAAAAAAAAGCTATCAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:102:2:94,2:0.0196:93,1:2,0 chr17 11778577 . G GC 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=238;END=11778577;VD=220;AF=0.9244;BIAS=2:2;REFBIAS=6:12;VARBIAS=12:208;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.00084;ODDRATIO=8.51067;MQ=60;SN=219;HIAF=0.9280;ADJAF=0.105;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=219;HICOV=236;LSEQ=AGATCATGAGCAGATTTTAA;RSEQ=CCCAGTGAATGGTTTGTACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:238:220:18,220:0.9244:6,12:12,208 chr17 11782976 . CCA C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=5;END=11782978;VD=3;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.6000;ADJAF=0.2;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=5;LSEQ=GTATCAATATGGCCTAATAC;RSEQ=GTCATTTAAAATTACATGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:5:3:2,3:0.6:2,0:3,0 chr17 11783874 . G A 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=11783874;VD=8;AF=0.4211;BIAS=0:0;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:8;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=8;HICOV=18;LSEQ=ATCTGAATTCTGACAACTCG;RSEQ=TTCCTTGTCAATTTAATGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:19:8:10,8:0.4211:0,10:0,8 chr17 11784823 . T C 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=11784823;VD=118;AF=0.5;BIAS=1:2;REFBIAS=5:113;VARBIAS=7:111;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.76846;ODDRATIO=1.42310264839403;MQ=60;SN=117;HIAF=0.5132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=117;HICOV=228;LSEQ=GGGGGGCTGTTTTTCCTGGA;RSEQ=TGAGTTAGGTGGGTTCTGCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:236:118:118,118:0.5:5,113:7,111 chr17 11784829 . T C 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=228;END=11784829;VD=227;AF=0.9956;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:218;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=222;HICOV=222;LSEQ=CTGTTTTTCCTGGATTGAGT;RSEQ=AGGTGGGTTCTGCTAGACTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:228:227:0,227:0.9956:0,0:9,218 chr17 11785864 . C G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=11785864;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=ATTCATTCATTGAACAGATA;RSEQ=CTAGGGAGCACCACCTCTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:3:2:1,2:0.6667:1,0:2,0 chr17 11786291 . A G 334 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=595;END=11786291;VD=594;AF=0.9983;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=375:219;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=83.857;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=587;HICOV=587;LSEQ=GGAAGGTTGTTCTTCCCACG;RSEQ=ATCCAAAGGCTGTACAAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:595:594:0,594:0.9983:0,0:375,219 chr17 11786478 . AT A 126 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=678;END=11786479;VD=12;AF=0.0177;BIAS=2:2;REFBIAS=306:358;VARBIAS=7:5;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.56116;ODDRATIO=1.63668799816691;MQ=60;SN=24;HIAF=0.0182;ADJAF=0.0015;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=12;HICOV=658;LSEQ=CTGGAAGACAGATTCTGCTG;RSEQ=TTTTTTTTAAGTAAGCCATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:678:12:664,12:0.0177:306,358:7,5 chr17 11786569 . C T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=565;END=11786569;VD=259;AF=0.4584;BIAS=2:2;REFBIAS=93:212;VARBIAS=73:186;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.57866;ODDRATIO=1.11751;MQ=60;SN=27.778;HIAF=0.4537;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=250;HICOV=551;LSEQ=AACTAAAACTGGACCCTAAC;RSEQ=CTCTAGTTACACAAATAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:565:259:305,259:0.4584:93,212:73,186 chr17 11786951 . T C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=517;END=11786951;VD=263;AF=0.5087;BIAS=2:2;REFBIAS=156:95;VARBIAS=141:122;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.06056;ODDRATIO=1.41983;MQ=60;SN=42.833;HIAF=0.5150;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=257;HICOV=499;LSEQ=TCAAAATTACCCTGAAAACG;RSEQ=TGGAAGACAGTCTTCTCTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:517:263:251,263:0.5087:156,95:141,122 chr17 11787306 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=11787306;VD=2;AF=0.0202;BIAS=1:0;REFBIAS=0:97;VARBIAS=0:2;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0202;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=99;LSEQ=TACTTTTGATGTCTTAACTC;RSEQ=ATCCACAGTTGAGGAACACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:2:97,2:0.0202:0,97:0,2 chr17 11789823 . CT C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=28;END=11789824;VD=8;AF=0.2857;BIAS=1:0;REFBIAS=13:1;VARBIAS=8:0;PMEAN=28.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.3077;ADJAF=0.0357;SHIFT3=17;MSI=18;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=8;HICOV=26;LSEQ=TAGTTCATTTTTGAGTCATA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:28:8:14,8:0.2857:13,1:8,0 chr17 11794926 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=127;END=11794926;VD=2;AF=0.0157;BIAS=1:0;REFBIAS=125:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=123;LSEQ=TCCCGACCTTAGGTGATCTG;RSEQ=CCACCTTGGCCTCCCAAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:127:2:125,2:0.0157:125,0:2,0 chr17 11798055 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=11798055;VD=2;AF=0.0171;BIAS=1:0;REFBIAS=0:115;VARBIAS=0:2;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=110;LSEQ=GGGTGTGAGGAAACAGAAAG;RSEQ=TCCTGTGAGCTCCCCTAAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:2:115,2:0.0171:0,115:0,2 chr17 11798072 . A G 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=11798072;VD=42;AF=0.4565;BIAS=1:1;REFBIAS=0:49;VARBIAS=0:42;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=42;HICOV=91;LSEQ=AAGTTCCTGTGAGCTCCCCT;RSEQ=AGTCACCTGAGCTGCTTTTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:92:42:49,42:0.4565:0,49:0,42 chr17 11806266 . T C 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=388;END=11806266;VD=387;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=123:264;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=76.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=382;HICOV=382;LSEQ=TGGAAGGCCCAGCATAGGCA;RSEQ=GGGGCAAGGGCAACCTCAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:388:387:0,387:0.9974:0,0:123,264 chr17 11809374 . T C 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=102;END=11809374;VD=102;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:101;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=100;HICOV=100;LSEQ=AGGCCTCGTCCCCTCCACTC;RSEQ=GCCTCACCCATCCCCTTATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:102:102:0,102:1:0,0:1,101 chr17 11826893 . G A 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=11826893;VD=43;AF=0.6232;BIAS=1:1;REFBIAS=25:0;VARBIAS=42:1;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.6269;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=42;HICOV=67;LSEQ=TCGCCTCGGCCTCCCAAAGT;RSEQ=CTGGGATTACAGGCATGAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:69:43:25,43:0.6232:25,0:42,1 chr17 11826949 . C G 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=11826949;VD=49;AF=0.4153;BIAS=1:1;REFBIAS=68:1;VARBIAS=49:0;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.333;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=46;HICOV=115;LSEQ=AAGTGCTTCCTTTTATATGA;RSEQ=AATAAAAAGCTGGAAGAAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:118:49:69,49:0.4153:68,1:49,0 chr17 11826952 . T C 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=11826952;VD=50;AF=0.4167;BIAS=1:1;REFBIAS=69:1;VARBIAS=50:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100;HIAF=0.4386;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=50;HICOV=114;LSEQ=TGCTTCCTTTTATATGACAA;RSEQ=AAAAAGCTGGAAGAAGTAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:50:70,50:0.4167:69,1:50,0 chr17 11827112 . GC AA 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=370;END=11827113;VD=165;AF=0.4459;BIAS=2:2;REFBIAS=153:51;VARBIAS=131:34;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.38419;ODDRATIO=1.28344991336713;MQ=60;SN=164;HIAF=0.4594;ADJAF=0.0405;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=164;HICOV=357;LSEQ=ACACAAGAAATAATAATGAC;RSEQ=CTCCATCCTCCTTTTAGGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:370:165:204,165:0.4459:153,51:131,34 chr17 11827353 . T C 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=319;END=11827353;VD=317;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=63:254;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.7;HIAF=0.9968;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=307;HICOV=308;LSEQ=CCACTCTTAGCTTCTCCCCA;RSEQ=CTGTCCTTTCACACTCTTGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:319:317:0,317:0.9937:0,0:63,254 chr17 11827569 . T A 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=11827569;VD=17;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:17;VARBIAS=0:17;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.5312;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=17;HICOV=32;LSEQ=AGCATTTACGTTGAAGGCCC;RSEQ=GGCAGCTGGATGCTTTCAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:34:17:17,17:0.5:0,17:0,17 chr17 11827667 . C T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=11827667;VD=6;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:6;PMEAN=23.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=6;HICOV=10;LSEQ=GCTGTGTGTCATATGCTCTT;RSEQ=GTCACGGGCATGACTAGGAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:6:4,6:0.6:0,4:0,6 chr17 11833074 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=11833074;VD=2;AF=0.0106;BIAS=1:0;REFBIAS=187:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=58.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=185;LSEQ=ACCACAATTTTTAAAAATTA;RSEQ=GTGATGCTAAGACCAGTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:2:187,2:0.0106:187,0:2,0 chr17 11833287 . A G 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=454;END=11833287;VD=199;AF=0.4383;BIAS=2:2;REFBIAS=111:144;VARBIAS=109:90;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.01828;ODDRATIO=1.56956303365143;MQ=60;SN=198;HIAF=0.4410;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=198;HICOV=449;LSEQ=GTCTTCATGAGTGCAGAGCC;RSEQ=GCACCCTCCCCTGAGGGCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:454:199:255,199:0.4383:111,144:109,90 chr17 11833365 . G A 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=467;END=11833365;VD=220;AF=0.4711;BIAS=2:2;REFBIAS=88:158;VARBIAS=85:135;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.56475;ODDRATIO=1.13017336859474;MQ=60;SN=35.667;HIAF=0.4683;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=214;HICOV=457;LSEQ=ATCACCAATGAGCCCCCCAC;RSEQ=GGCATGCATGCCAACCTGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:467:220:246,220:0.4711:88,158:85,135 chr17 11833540 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=11833540;VD=2;AF=0.0135;BIAS=1:0;REFBIAS=1:145;VARBIAS=0:2;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0140;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=143;LSEQ=TACGGAGCAATGCTGATGTG;RSEQ=GTAAAATGTTCCCACCTGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:2:146,2:0.0135:1,145:0,2 chr17 11835321 . C T 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=420;END=11835321;VD=213;AF=0.5071;BIAS=2:2;REFBIAS=152:54;VARBIAS=163:50;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.57199;ODDRATIO=1.15775580614537;MQ=60;SN=18.364;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=202;HICOV=404;LSEQ=CGAACCTTAAAAGCGACACT;RSEQ=TCATTTCAGGACACTCTGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:420:213:206,213:0.5071:152,54:163,50 chr17 11835331 . G A 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=440;END=11835331;VD=215;AF=0.4886;BIAS=2:2;REFBIAS=169:55;VARBIAS=152:63;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.28247;ODDRATIO=1.27285;MQ=60;SN=42;HIAF=0.4884;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=210;HICOV=430;LSEQ=AAGCGACACTCTCATTTCAG;RSEQ=ACACTCTGGAGATGTGTTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:440:215:224,215:0.4886:169,55:152,63 chr17 11836885 . T C 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=11836885;VD=18;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=18:0;PMEAN=27.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=18;HICOV=18;LSEQ=TTTTGTATTTTTAGTAGCGA;RSEQ=GGGGTTTCTCCATGTTGGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:18:18:0,18:1:0,0:18,0 chr17 11837161 . T C 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=317;END=11837161;VD=163;AF=0.5142;BIAS=2:2;REFBIAS=119:35;VARBIAS=136:27;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.20234;ODDRATIO=1.47961825848931;MQ=60;SN=326;HIAF=0.5191;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=163;HICOV=314;LSEQ=CGACGCCTGTGTGGAGGTCT;RSEQ=TCTTCCTTCCTCTCTTTCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:317:163:154,163:0.5142:119,35:136,27 chr17 11837752 . ATTTTTTTTTTT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=14;END=11837763;VD=4;AF=0.2857;BIAS=2:0;REFBIAS=1:8;VARBIAS=0:4;PMEAN=22.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.2857;ADJAF=0.1429;SHIFT3=17;MSI=28;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=14;LSEQ=CTTGGGATGTTGACAAACCC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:14:4:9,4:0.2857:1,8:0,4 chr17 11840528 . A C 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=240;END=11840528;VD=239;AF=0.9958;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=239:0;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=118.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=237;HICOV=237;LSEQ=ACTAATAGGTGGAGAGGGTG;RSEQ=TGAAGTCAACCAGGGATGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:240:239:0,239:0.9958:0,0:239,0 chr17 11845269 . T G 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=11845269;VD=7;AF=0.4118;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=48.1;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=7;HICOV=17;LSEQ=TGGCCCACAGGGGCCACCTT;RSEQ=TGGCCCAAGTCTGTCTTATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:17:7:10,7:0.4118:10,0:7,0 chr17 11845430 . A G 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=11845430;VD=58;AF=0.5273;BIAS=1:1;REFBIAS=49:2;VARBIAS=58:0;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.21662;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.5234;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=56;HICOV=107;LSEQ=CCAGCCTATGAAGAGGTCCT;RSEQ=CTGTGGTCAGTCAGTCCTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:110:58:51,58:0.5273:49,2:58,0 chr17 11845956 . C A 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=234;END=11845956;VD=103;AF=0.4402;BIAS=1:1;REFBIAS=3:125;VARBIAS=0:103;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.25556;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.167;HIAF=0.4389;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=97;HICOV=221;LSEQ=TCATCACTCCCCAGAAACCA;RSEQ=AGCCTGGCCATGAGGTTGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:234:103:128,103:0.4402:3,125:0,103 chr17 11865110 . G A 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=355;END=11865110;VD=185;AF=0.5211;BIAS=2:2;REFBIAS=143:27;VARBIAS=158:27;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.76875;ODDRATIO=1.1045818053285;MQ=60;SN=370;HIAF=0.5226;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=185;HICOV=354;LSEQ=GCCTGGGTGCCATGAGCCAG;RSEQ=GGTCTCTGAGGCCAGGTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:355:185:170,185:0.5211:143,27:158,27 chr17 11865462 . G A 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=632;END=11865462;VD=315;AF=0.4984;BIAS=2:2;REFBIAS=140:169;VARBIAS=147:168;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.74846;ODDRATIO=1.0561334952738;MQ=60;SN=62;HIAF=0.5116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=310;HICOV=606;LSEQ=GAGTGGCCACTGGACCAGAT;RSEQ=GCCCTGCAATGTGACATGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:632:315:309,315:0.4984:140,169:147,168 chr17 15620647 . G A 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=15620647;VD=37;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=36:1;PMEAN=29.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=51.1;SN=36;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=36;HICOV=36;LSEQ=TGTAAGTTGGTTTTATCACT;RSEQ=TATTAAATACTTGAGTGTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:37:37:0,37:1:0,0:36,1 chr17 15620999 . TATC T 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=368;END=15621002;VD=355;AF=0.9647;BIAS=2:2;REFBIAS=8:6;VARBIAS=140:215;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.26554;ODDRATIO=2.04355;MQ=38.8;SN=176.5;HIAF=0.9645;ADJAF=0.0815;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.7;HICNT=353;HICOV=366;LSEQ=AGGCTGAGGGCTTACATCCT;RSEQ=ATCAGGAAGACACAATGTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:368:355:14,355:0.9647:8,6:140,215 chr17 15621079 . A C 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=15621079;VD=247;AF=0.992;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=42:205;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.17339;ODDRATIO=0;MQ=40.9;SN=23.7;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=237;HICOV=237;LSEQ=GTATAATTCATCTAGAGTGT;RSEQ=ATTTCTTTTATATTAGCCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:249:247:1,247:0.992:1,0:42,205 chr17 15621217 . C T 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=15621217;VD=93;AF=0.9789;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:93;PMEAN=26.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.4;SN=92;HIAF=0.9892;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=92;HICOV=93;LSEQ=TTACAGACAACTCTAAGTTA;RSEQ=GTTCACATGGATTATGTACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:95:93:0,93:0.9789:0,0:0,93 chr17 15621243 . GA TTTTTTT 30 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=57;END=15621244;VD=2;AF=0.0351;BIAS=1:0;REFBIAS=0:54;VARBIAS=0:2;PMEAN=55.5;PSTD=1;QUAL=30.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0408;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=49;LSEQ=CATGGATTATGTACATCATT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:57:2:54,2:0.0351:0,54:0,2 chr17 15621373 . A G 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=15621373;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=54.8;SN=3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=TTCTCTTGTCTCAGCCTCCC;RSEQ=AGTAGCTGGGACTACAGGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chr17 15881151 . C G 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=15881151;VD=41;AF=0.5125;BIAS=1:1;REFBIAS=37:1;VARBIAS=41:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.48101;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=0.5128;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=40;HICOV=78;LSEQ=TGGCTCAGGGTATTTCTTGA;RSEQ=AAGACTGTACAGGGCTTCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:80:41:38,41:0.5125:37,1:41,0 chr17 15881555 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=15881555;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=24:224;VARBIAS=2:1;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.02908;ODDRATIO=18.1983621474067;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=243;LSEQ=TAACCAAGATTTCTCATTAC;RSEQ=ATCTTATTTGGCAGGAGAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:251:3:248,3:0.012:24,224:2,1 chr17 15881728 . A G 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=15881728;VD=34;AF=0.4928;BIAS=1:1;REFBIAS=1:34;VARBIAS=0:34;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=0.4928;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=34;HICOV=69;LSEQ=TCGAGACCAGTCTGGCTGAT;RSEQ=TGGCAAAACCCTGTCTCCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:69:34:35,34:0.4928:1,34:0,34 chr17 15881740 . T C 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=15881740;VD=25;AF=0.431;BIAS=1:1;REFBIAS=1:32;VARBIAS=0:25;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.4310;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=25;HICOV=58;LSEQ=TGGCTGATATGGCAAAACCC;RSEQ=GTCTCCACTAAAAATACAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:25:33,25:0.431:1,32:0,25 chr17 15881816 . C G 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=15881816;VD=11;AF=0.6471;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:11;PMEAN=20.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.6471;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=11;HICOV=17;LSEQ=CAGCTACTCAGGAGGCTGAG;RSEQ=CATGAGAATCGCTTGAACCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:17:11:6,11:0.6471:0,6:0,11 chr17 15884227 . A G 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=15884227;VD=101;AF=0.5179;BIAS=1:1;REFBIAS=92:1;VARBIAS=101:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.47938;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.429;HIAF=0.5081;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=94;HICOV=185;LSEQ=AGGTGACTAACTGAAGACAA;RSEQ=GACAAAAAACTACCATTTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:195:101:93,101:0.5179:92,1:101,0 chr17 15890325 . CTTGA C 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=64;END=15890329;VD=31;AF=0.4844;BIAS=1:1;REFBIAS=33:0;VARBIAS=31:0;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.4839;ADJAF=0.1094;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=30;HICOV=62;LSEQ=GTATTAGATATGTTAATTAG;RSEQ=TTTAGTTATTCTACAAGGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:64:31:33,31:0.4844:33,0:31,0 chr17 15897003 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=249;END=15897003;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=210:36;VARBIAS=1:2;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.06167;ODDRATIO=11.47547;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0086;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=232;LSEQ=AGTATTTTTAAAAATCAAGA;RSEQ=TTGATGTTGAAAGGATTTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:249:3:246,3:0.012:210,36:1,2 chr17 15897035 . T TA 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=293;END=15897035;VD=4;AF=0.0137;BIAS=2:0;REFBIAS=196:78;VARBIAS=4:0;PMEAN=51.6;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.57933;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0148;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=270;LSEQ=AGGATTTTAACATTAATGGT;RSEQ=AAAAAAAAATCAAATACAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:293:4:274,4:0.0137:196,78:4,0 chr17 15897109 . 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C T 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=709;END=34072898;VD=346;AF=0.488;BIAS=2:2;REFBIAS=169:194;VARBIAS=160:186;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.9401;ODDRATIO=1.01268;MQ=60;SN=48.429;HIAF=0.4878;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=339;HICOV=695;LSEQ=AGCCAGGTCCACAGTGACGG;RSEQ=CCTTAGTGGGATGGGGTCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:709:346:363,346:0.488:169,194:160,186 chr17 34073542 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=34073542;VD=3;AF=0.0126;BIAS=1:0;REFBIAS=4:232;VARBIAS=0:3;PMEAN=49.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=238;LSEQ=TTCCCCAGTGAGAACACCCA;RSEQ=GAGGCTAGACTTCACGCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:239:3:236,3:0.0126:4,232:0,3 chr17 34074718 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=163;END=34074718;VD=2;AF=0.0123;BIAS=1:0;REFBIAS=157:4;VARBIAS=2:0;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=163;LSEQ=TGTACTGTGCCCAACTACTG;RSEQ=CTGCCTTCCTCCAGCCTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:163:2:161,2:0.0123:157,4:2,0 chr17 34075070 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=34075070;VD=2;AF=0.0118;BIAS=1:0;REFBIAS=0:166;VARBIAS=0:2;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=GGGATGCTCTCATCCATGTA;RSEQ=CCATCCACACGTAGATGTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:2:166,2:0.0118:0,166:0,2 chr17 34079476 . C T 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=574;END=34079476;VD=272;AF=0.4739;BIAS=2:2;REFBIAS=208:94;VARBIAS=194:78;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.58416;ODDRATIO=1.12378490756869;MQ=60;SN=89.667;HIAF=0.4728;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=269;HICOV=569;LSEQ=GAATGGGGACGAGGGTGCAG;RSEQ=GTGGTTACCTTGGATGCCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:574:272:302,272:0.4739:208,94:194,78 chr17 39992389 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=97;END=39992389;VD=2;AF=0.0206;BIAS=1:0;REFBIAS=95:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0211;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=95;LSEQ=GCTCGAAGCGCCCCGGGGGT;RSEQ=GGAGTCCGGGCCCGCCCCAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:97:2:95,2:0.0206:95,0:2,0 chr17 39992584 . C T 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=287;END=39992584;VD=284;AF=0.9895;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=201:83;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.29474;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=17.933;HIAF=0.9963;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=269;HICOV=270;LSEQ=GGGTGGGGCCGAGAATCGAG;RSEQ=GGTCCCGGAGATGGCCGCGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:287:284:1,284:0.9895:0,1:201,83 chr17 39992623 . T G 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=315;END=39992623;VD=315;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=170:145;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=156.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=313;HICOV=313;LSEQ=GATCCGGGTGGGCTTGCCGG;RSEQ=TGCGCTAGGCAAACTGGAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:315:315:0,315:1:0,0:170,145 chr17 39992659 . A G 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=356;END=39992659;VD=354;AF=0.9944;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=172:182;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=87.5;HIAF=0.9972;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.7;HICNT=350;HICOV=351;LSEQ=GGAGGAGGGTTCTATTTATT;RSEQ=TGAAGAGCAGGGTGAAGGTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:356:354:0,354:0.9944:0,0:172,182 chr17 39993485 . C T 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=39993485;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=20:0;PMEAN=46.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=GGAGTGCAGTGGAGCGATCT;RSEQ=GGCTCACTACAACCTCCATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:20,0 chr17 39993494 . A G 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=39993494;VD=13;AF=0.5909;BIAS=0:1;REFBIAS=9:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=45.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.5909;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=13;HICOV=22;LSEQ=TGGAGCGATCTCGGCTCACT;RSEQ=CAACCTCCATCTCCTGGGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:22:13:9,13:0.5909:9,0:13,0 chr17 39993748 . T C 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=293;END=39993748;VD=292;AF=0.9966;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=226:66;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=289;HICOV=289;LSEQ=ACTTCTCCCTTCAGCCTCAA;RSEQ=TGACTTGGATTTCCTTGAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:293:292:0,292:0.9966:0,0:226,66 chr17 39993771 . G A 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=321;END=39993771;VD=320;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=228:92;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44.714;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=313;HICOV=313;LSEQ=ACTTGGATTTCCTTGAGTTC;RSEQ=GTGTCTAGGGAGCCAAGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:321:320:0,320:0.9969:0,0:228,92 chr17 39994408 . G T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=454;END=39994408;VD=5;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=92:357;VARBIAS=1:4;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.03075;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=5;HICOV=451;LSEQ=GGTTGCCAAATTCAGCCAAA;RSEQ=GGGTAATTGGGCTCATTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:454:5:449,5:0.011:92,357:1,4 chr17 39994520 . A AT 104 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=188;END=39994520;VD=7;AF=0.0372;BIAS=1:0;REFBIAS=2:166;VARBIAS=0:7;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=37.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=14;HIAF=0.0412;ADJAF=0.0053;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=7;HICOV=170;LSEQ=TCCTTAAAAATTAAAAAAAA;RSEQ=TTTTTTTTTTAGAGATAAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:188:7:168,7:0.0372:2,166:0,7 chr17 39997856 . C A 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=133;END=39997856;VD=132;AF=0.9925;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=130:2;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=131;HIAF=0.9924;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=131;HICOV=132;LSEQ=ATTATAGGCGTGAGCCACCA;RSEQ=GCCTGGCCCAAGAGACCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:133:132:1,132:0.9925:1,0:130,2 chr17 39998141 . C T 340 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=689;END=39998141;VD=687;AF=0.9971;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=434:253;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=61.455;HIAF=0.9971;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=676;HICOV=678;LSEQ=AACATCCCTGGCATTTCTCC;RSEQ=GACATGATGAAGCTAATCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:689:687:0,687:0.9971:0,0:434,253 chr17 40001008 . T C 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=40001008;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=20:0;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=ATGGAGTTTTGCCATGTCGG;RSEQ=TAGCCTGGTCTAGAACTCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:20,0 chr17 40001119 . G A 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=85;END=40001119;VD=85;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=84:1;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=81;HICOV=81;LSEQ=CCCCAATTTTTGTATTTTTA;RSEQ=TAGAGACAGGGTCTTGCTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:85:85:0,85:1:0,0:84,1 chr17 40003141 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=40003141;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=CTTTGGGAGGCTGAGAGGGG;RSEQ=GGATTGCCTTAACTCAGGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0 chr17 40003347 . G A 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=40003347;VD=128;AF=0.9922;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=126:2;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.1;HICNT=125;HICOV=125;LSEQ=TCCAGCCTGGGTGACAGAGC;RSEQ=AGACTCTGTCTCTAAAAAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:129:128:0,128:0.9922:0,0:126,2 chr17 40003359 . C G 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=157;END=40003359;VD=156;AF=0.9936;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=154:2;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.9;HICNT=153;HICOV=153;LSEQ=GACAGAGCGAGACTCTGTCT;RSEQ=TAAAAAATAAATAAAAAGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:157:156:0,156:0.9936:0,0:154,2 chr17 40003421 . C T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=294;END=40003421;VD=290;AF=0.9864;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=269:21;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.125;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=274;HICOV=274;LSEQ=AGAAATTCAGACTGTACAGA;RSEQ=TGGAATTAAGTGCCCACTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:294:290:0,290:0.9864:0,0:269,21 chr17 40003863 . T G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=40003863;VD=2;AF=0.0131;BIAS=2:0;REFBIAS=13:138;VARBIAS=0:2;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=TGCCTCCCGGGTTCATGCCA;RSEQ=TCTCCTGCCTCAGCCTCCCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:2:151,2:0.0131:13,138:0,2 chr17 40004741 . G GA 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=183;END=40004741;VD=2;AF=0.0109;BIAS=1:0;REFBIAS=1:171;VARBIAS=0:2;PMEAN=51.8;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=ATCCGACAGTGCATAAATAA;RSEQ=AAAAAAAAGTCACACAGTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:2:172,2:0.0109:1,171:0,2 chr17 40004910 . G C 130 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=40004910;VD=13;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:13;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=13;HICOV=13;LSEQ=AAATGCTACATCTCCTCTGA;RSEQ=TTAAGGGGAGATAGTGAAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:13:13:0,13:1:0,0:0,13 chr17 40087134 . C TTTT 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=119;END=40087134;VD=2;AF=0.0168;BIAS=2:0;REFBIAS=45:68;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.51945;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0189;ADJAF=0.0084;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=106;LSEQ=CATCACCCCATCACCCGTCA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.015;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:119:2:113,2:0.0168:45,68:0,2 chr17 40087236 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=122;END=40087236;VD=2;AF=0.0164;BIAS=1:2;REFBIAS=0:120;VARBIAS=1:1;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.01639;ODDRATIO=0;MQ=39.5;SN=4;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=121;LSEQ=GGCTCGCCGCAACCTCCGCC;RSEQ=CCCGGGTTCAAGTGATTCTC;DUPRATE=0.015;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:122:2:120,2:0.0164:0,120:1,1 chr17 40101570 . G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=40101570;VD=3;AF=0.0181;BIAS=2:0;REFBIAS=15:148;VARBIAS=0:3;PMEAN=21.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0194;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=3;HICOV=155;LSEQ=CGGTAATAAGAATCCAGCCT;RSEQ=GGCAACATAGGAAGACTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:3:163,3:0.0181:15,148:0,3 chr17 40105401 . T TATG 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=355;END=40105401;VD=338;AF=0.9521;BIAS=1:2;REFBIAS=15:0;VARBIAS=200:137;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.00065;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=676;HIAF=0.9548;ADJAF=0.1183;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.3;HICNT=338;HICOV=354;LSEQ=TGACCTTTTAAAGTCTGACT;RSEQ=ATGAACACAAGGGCTTATTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:355:338:15,338:0.9521:15,0:200,137 chr17 40105686 . T G 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=40105686;VD=74;AF=0.881;BIAS=0:1;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:74;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=36;HIAF=0.9231;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=72;HICOV=78;LSEQ=TTTAATTATATATATATATA;RSEQ=AGAGAGAGAGAGAGAGAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:84:74:6,74:0.881:0,6:0,74 chr17 40113552 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=40113552;VD=2;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=41:154;VARBIAS=1:1;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.3818;ODDRATIO=3.72328542706084;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=196;LSEQ=CTTTCTTTTCCTCTAGTCCG;RSEQ=GACACATGCGACAGCAGCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:2:195,2:0.0102:41,154:1,1 chr17 40113712 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=40113712;VD=2;AF=0.0217;BIAS=1:0;REFBIAS=0:90;VARBIAS=0:2;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0220;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=91;LSEQ=TGGCCCCAGAGCGCACTCAT;RSEQ=TCTCTCTTCAATTGATTCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:92:2:90,2:0.0217:0,90:0,2 chr17 42977073 . T G 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=353;END=42977073;VD=162;AF=0.4589;BIAS=2:2;REFBIAS=143:47;VARBIAS=117:45;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.54426;ODDRATIO=1.16968;MQ=60;SN=53;HIAF=0.4595;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=159;HICOV=346;LSEQ=CAGATCACGTGGTCAGGCTG;RSEQ=TAGCGCAGTTGCTAGGCAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:353:162:190,162:0.4589:143,47:117,45 chr17 42977192 . G A 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=406;END=42977192;VD=195;AF=0.4803;BIAS=2:2;REFBIAS=93:117;VARBIAS=87:108;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01340737963254;MQ=60;SN=96.5;HIAF=0.4813;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=193;HICOV=401;LSEQ=CCAAGGCCGGGACTGCTGGG;RSEQ=TGAAGGTCCGGGAGGCTGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:406:195:210,195:0.4803:93,117:87,108 chr17 42978044 . C A 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=42978044;VD=21;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=21:0;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=GAAACTGAATTCTGAGATCC;RSEQ=AATGCCTCCTCGACTGAAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:21:0,21:1:0,0:21,0 chr17 42979592 . G A 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=430;END=42979592;VD=223;AF=0.5186;BIAS=2:2;REFBIAS=160:46;VARBIAS=177:46;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.7243;ODDRATIO=1.10598670603979;MQ=60;SN=43.6;HIAF=0.5190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=218;HICOV=420;LSEQ=CCTCATCTGAAAATGAGGCC;RSEQ=CCAAGGACCACAGCTTTCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:430:223:206,223:0.5186:160,46:177,46 chr17 42980966 . TC T 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=864;END=42980967;VD=9;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=403:443;VARBIAS=4:5;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.13696;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=9;HICOV=770;LSEQ=GCCAGGTTCTAGAATGGCTT;RSEQ=CCCCCCCACCCTGAGATCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:864:9:846,9:0.0104:403,443:4,5 chr17 42983063 . TAGC T 156 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=850;END=42983066;VD=19;AF=0.0224;BIAS=2:2;REFBIAS=446:383;VARBIAS=8:11;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.35721;ODDRATIO=1.60027;MQ=60;SN=38;HIAF=0.0231;ADJAF=0.0012;SHIFT3=17;MSI=6;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=19;HICOV=822;LSEQ=AGCAGCAGTGCCCTGAAGAT;RSEQ=AGCAGCAGCAGCAGCAGGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:850:19:829,19:0.0224:446,383:8,11 chr17 42983095 . G A 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=803;END=42983095;VD=369;AF=0.4595;BIAS=2:2;REFBIAS=228:203;VARBIAS=190:179;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.72273;ODDRATIO=1.05803;MQ=60;SN=22.062;HIAF=0.4526;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.3;HICNT=353;HICOV=780;LSEQ=CAGCAGCAGGTGGCAGGAAG;RSEQ=AGTGGAGGGAAAGGACACCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:803:369:431,369:0.4595:228,203:190,179 chr17 42983714 . C T 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=221;END=42983714;VD=118;AF=0.5339;BIAS=1:1;REFBIAS=0:102;VARBIAS=0:118;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=117;HIAF=0.5342;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=117;HICOV=219;LSEQ=ACCCCTACTTGTATGCCTAG;RSEQ=GCCATCCCAATTGCCTCCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:221:118:102,118:0.5339:0,102:0,118 chr17 56633980 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=56633980;VD=2;AF=0.0149;BIAS=2:0;REFBIAS=112:19;VARBIAS=2:0;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=AATTGAAGCCTCTTTGGGTG;RSEQ=CAGTTCTCCCCCCAACTCCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:134:2:131,2:0.0149:112,19:2,0 chr17 56634498 . C G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=56634498;VD=2;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=16:176;VARBIAS=1:1;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.16799;ODDRATIO=10.7020547945205;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=186;LSEQ=AACCACATCCTCTTTCTATT;RSEQ=AATTAAATTCAAGGGAAAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:2:192,2:0.0103:16,176:1,1 chr17 56634636 . C CT 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=47;END=56634636;VD=16;AF=0.3404;BIAS=1:1;REFBIAS=1:23;VARBIAS=0:16;PMEAN=48.3;PSTD=1;QUAL=27.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.8;SN=2.75;HIAF=0.2895;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=11;HICOV=38;LSEQ=CTCTCCATATTAAACCTGTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTGAGACGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:47:16:24,16:0.3404:1,23:0,16 chr17 56635104 . 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A AAAC 158 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=58;END=56637002;VD=20;AF=0.3448;BIAS=1:1;REFBIAS=1:34;VARBIAS=0:20;PMEAN=45.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.9;SN=40;HIAF=0.3704;ADJAF=0.0517;SHIFT3=23;MSI=8;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=20;HICOV=54;LSEQ=CTGTACTCAAAACAAAAAAC;RSEQ=AACAACAACAACAACAACAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:20:35,20:0.3448:1,34:0,20 chr17 56639046 . T A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=56639046;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=22:151;VARBIAS=1:1;PMEAN=11.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.24624;ODDRATIO=6.73627484001347;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=TTGACAAAGATGCATAACAC;RSEQ=TTAGAGTAGAAAGGGACCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:173,2:0.0114:22,151:1,1 chr17 56642127 . A G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=89;END=56642127;VD=3;AF=0.0337;BIAS=1:0;REFBIAS=86:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0349;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=86;LSEQ=TATTAGGATAGTATGAAAAA;RSEQ=GACCCCACTTTTTTTCTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:89:3:86,3:0.0337:86,0:3,0 chr17 56643398 . T G 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=68;END=56643398;VD=68;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:68;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=66;HICOV=66;LSEQ=GTGTTTTACTTAGCCCTTCA;RSEQ=GTGATTCTGATGTCTGATAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:68:68:0,68:1:0,0:0,68 chr17 56646521 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=56646521;VD=2;AF=0.0112;BIAS=2:0;REFBIAS=102:74;VARBIAS=2:0;PMEAN=55.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.51146;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=GTGACATAACTAACAGGGCC;RSEQ=AGAAGTATATTCTGTATTGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:2:176,2:0.0112:102,74:2,0 chr17 56646909 . G A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=56646909;VD=6;AF=0.5455;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:6;PMEAN=19.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.5455;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=6;HICOV=11;LSEQ=AGGATATTTGGAGGAGGTAA;RSEQ=GTACAAATTCTTACTAAGTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:11:6:5,6:0.5455:0,5:0,6 chr17 56647528 . CA C 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=54;END=56647529;VD=34;AF=0.6296;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=34:0;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=0.6296;ADJAF=0.0926;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=34;HICOV=54;LSEQ=AAAAATATTTAAAAGATATG;RSEQ=AAAAAAAAAGTACATGAGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:54:34:19,34:0.6296:19,0:34,0 chr17 56647858 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=56647858;VD=3;AF=0.0154;BIAS=2:0;REFBIAS=49:143;VARBIAS=0:3;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.57377;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=192;LSEQ=AATCTTTTCTATAAGGAAGA;RSEQ=ATAAACATGGTAACTGTCAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:195:3:192,3:0.0154:49,143:0,3 chr17 56649614 . A AAAAC 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=73;END=56649614;VD=39;AF=0.5342;BIAS=1:1;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:39;PMEAN=48.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.9;SN=78;HIAF=0.5493;ADJAF=0.0411;SHIFT3=31;MSI=8;MSILEN=4;NM=0.8;HICNT=39;HICOV=71;LSEQ=AATGAATCTTTTACATTATT;RSEQ=AAACAAACAAACAAACAAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:73:39:32,39:0.5342:0,32:0,39 chr17 56650356 . A G 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=56650356;VD=84;AF=0.5793;BIAS=1:1;REFBIAS=61:0;VARBIAS=84:0;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=168;HIAF=0.5793;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=84;HICOV=145;LSEQ=AACCTCCTAACGGCTGCCCA;RSEQ=TAATCACCACCACCATCACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:145:84:61,84:0.5793:61,0:84,0 chr17 56650376 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=56650376;VD=2;AF=0.0135;BIAS=1:0;REFBIAS=146:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=146;LSEQ=ATAATCACCACCACCATCAC;RSEQ=CCGCCCCCTGGCCTACAATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:2:146,2:0.0135:146,0:2,0 chr17 56654678 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=56654678;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=108:42;VARBIAS=1:1;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.4871;ODDRATIO=2.5531;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0135;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=148;LSEQ=ATATAAACACGGAGCATTAT;RSEQ=ACCATTTAACATTGCATCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:2:150,2:0.0132:108,42:1,1 chr17 56654690 . T C 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=56654690;VD=80;AF=0.479;BIAS=2:2;REFBIAS=54:33;VARBIAS=54:26;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.51836;ODDRATIO=1.2674110594289;MQ=60;SN=25.667;HIAF=0.4873;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=77;HICOV=158;LSEQ=AGCATTATCACCATTTAACA;RSEQ=TGCATCTATGAGTTTGAAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:80:87,80:0.479:54,33:54,26 chr17 56654837 . AAT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=116;END=56654839;VD=3;AF=0.0259;BIAS=2:2;REFBIAS=37:76;VARBIAS=1:2;PMEAN=55.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.02681000934397;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0270;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=111;LSEQ=CCTGAAAGAATAAAGTTAAA;RSEQ=ATATATATATATTTTTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:116:3:113,3:0.0259:37,76:1,2 chr17 56656997 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=56656997;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=105:82;VARBIAS=1:1;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.27879;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=189;LSEQ=AAATTTAAGGGAAGTGATTC;RSEQ=CAAGGAATCTTCCCTAAGGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:2:187,2:0.0106:105,82:1,1 chr17 56657248 . G A 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=56657248;VD=37;AF=0.5781;BIAS=1:1;REFBIAS=0:27;VARBIAS=0:37;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.5;HIAF=0.5738;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=35;HICOV=61;LSEQ=ACTTGCTTCCTAGACATTAA;RSEQ=TACTTATTTGTATCATATGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:64:37:27,37:0.5781:0,27:0,37 chr17 56658846 . 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A AT 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=112;END=56663598;VD=50;AF=0.4464;BIAS=1:1;REFBIAS=0:62;VARBIAS=0:50;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100;HIAF=0.4587;ADJAF=0.0714;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=50;HICOV=109;LSEQ=GCTTGCCCTGTTTGGCTTGA;RSEQ=TGGGAGGTCAGGGGAGAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:50:62,50:0.4464:0,62:0,50 chr17 56663842 . A G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=56663842;VD=4;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:4;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=6;LSEQ=ACTGAGCTCATATTTTTGGA;RSEQ=TGCATACATATATGCATGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:4:2,4:0.6667:0,2:0,4 chr17 56665057 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=206;END=56665057;VD=3;AF=0.0146;BIAS=2:2;REFBIAS=111:92;VARBIAS=2:1;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.6537672818681;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0100;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=201;LSEQ=ACGGGTTTTTTGGAGGTAGG;RSEQ=GGAGCGGGGTGGACACAAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:206:3:203,3:0.0146:111,92:2,1 chr17 56665189 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=56665189;VD=2;AF=0.0124;BIAS=2:2;REFBIAS=67:92;VARBIAS=1:1;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.37036986282598;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=GCACTGACCCCTTTGCACCA;RSEQ=CAGAGGGTGCCAGAACCCAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:2:159,2:0.0124:67,92:1,1 chr17 56675861 . A C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=56675861;VD=3;AF=0.375;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=7;LSEQ=CATTTTAACTAATAAAACAG;RSEQ=AATTTAATATGGTTCAATTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:3:5,3:0.375:5,0:3,0 chr17 56677116 . TC T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=161;END=56677117;VD=2;AF=0.0124;BIAS=2:0;REFBIAS=8:114;VARBIAS=0:2;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=105;LSEQ=TGTTCAAGAGGCAAAGACTG;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAGTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:2:122,2:0.0124:8,114:0,2 chr17 56679987 . G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=229;END=56679987;VD=3;AF=0.0131;BIAS=2:0;REFBIAS=31:195;VARBIAS=0:3;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=3;HICOV=218;LSEQ=CATACAAAAGAGTAAATTAG;RSEQ=AAACCAAAGAGTGGAGTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:229:3:226,3:0.0131:31,195:0,3 chr17 56682029 . T C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=56682029;VD=7;AF=0.4118;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=31.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=7;HICOV=17;LSEQ=CCTCCCAGGTTCAAGTGATT;RSEQ=TCCTGCCTCAGCCTCCCAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:17:7:10,7:0.4118:10,0:7,0 chr17 56682539 . TATTC T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=203;END=56682543;VD=3;AF=0.0148;BIAS=2:2;REFBIAS=35:164;VARBIAS=1:2;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.44683;ODDRATIO=2.33040479131225;MQ=59.3;SN=6;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=20;MSI=6;MSILEN=4;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=201;LSEQ=TCATGCCTTAAAGGGTCTTT;RSEQ=ATTCATTCATTCATTCATTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:203:3:199,3:0.0148:35,164:1,2 chr17 56688244 . CA C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=30;END=56688245;VD=5;AF=0.1667;BIAS=1:0;REFBIAS=24:1;VARBIAS=5:0;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.1667;ADJAF=0.0333;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=30;LSEQ=GCAAGAGGGCAAGACTCCGT;RSEQ=AAAAAAAAAAAGCCGCTGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:30:5:25,5:0.1667:24,1:5,0 chr17 56688726 . GA G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=275;END=56688727;VD=6;AF=0.0218;BIAS=2:2;REFBIAS=87:180;VARBIAS=2:4;PMEAN=44.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.03432939253835;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0225;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=6;HICOV=267;LSEQ=AGCAAGAGATGAAATGCCAC;RSEQ=AAAAAAAAAGGACTGGGGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:275:6:267,6:0.0218:87,180:2,4 chr17 56690749 . A G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=295;END=56690749;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=213:78;VARBIAS=2:1;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.36384;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=287;LSEQ=AGGGAAGAAACTGGGAGGTC;RSEQ=GCAATGGAAAATCCACGGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:3:291,3:0.0102:213,78:2,1 chr17 56690848 . T C 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=316;END=56690848;VD=149;AF=0.4715;BIAS=2:2;REFBIAS=78:88;VARBIAS=72:77;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.82219;ODDRATIO=1.05474106106951;MQ=60;SN=73.5;HIAF=0.4712;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=147;HICOV=312;LSEQ=TACACAAGGCGGGTTTTCTC;RSEQ=AGGTCCTGGGAGAGACACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:316:149:166,149:0.4715:78,88:72,77 chr17 56691029 . C CT 112 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=145;END=56691029;VD=8;AF=0.0552;BIAS=2:2;REFBIAS=14:115;VARBIAS=1:7;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.17200318784867;MQ=63.6;SN=16;HIAF=0.0620;ADJAF=0.0069;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=8;HICOV=129;LSEQ=ACGATGTTTTCTTTTCTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTGACACAGAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:8:129,8:0.0552:14,115:1,7 chr17 56693132 . C T 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=56693132;VD=8;AF=0.6667;BIAS=2:2;REFBIAS=2:2;VARBIAS=6:2;PMEAN=9.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.54747;ODDRATIO=2.7134832985103;MQ=60;SN=16;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=8;HICOV=12;LSEQ=GACCTGTATCAGAGGCAAGA;RSEQ=AGTCACTACCAAGCTGCCTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:8:4,8:0.6667:2,2:6,2 chr17 56693799 . C CT 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=201;END=56693799;VD=71;AF=0.3532;BIAS=1:1;REFBIAS=4:93;VARBIAS=2:69;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=31.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.48052;MQ=60.2;SN=6;HIAF=0.3704;ADJAF=0.0647;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=60;HICOV=162;LSEQ=AATACCCCTATGCACTGGGC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTGAGACAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:201:71:97,71:0.3532:4,93:2,69 chr17 56693958 . AT A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=39;END=56693959;VD=2;AF=0.0513;BIAS=1:0;REFBIAS=0:37;VARBIAS=0:2;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0588;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=34;LSEQ=TGCACCACCACACCTGGCTA;RSEQ=TTTTTTTTTAAATAGAGACG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:39:2:37,2:0.0513:0,37:0,2 chr17 56694646 . T G 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=56694646;VD=37;AF=0.5286;BIAS=1:1;REFBIAS=33:0;VARBIAS=37:0;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.5373;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=36;HICOV=67;LSEQ=TAAAAATTAAAAACTAAAAA;RSEQ=TAATTAATGAAAAGATCATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:70:37:33,37:0.5286:33,0:37,0 chr17 56694975 . G T 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=232;END=56694975;VD=5;AF=0.0216;BIAS=2:2;REFBIAS=67:160;VARBIAS=1:4;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.67169;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0179;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=4;HICOV=223;LSEQ=GTCGGTTAGGAGAGCCATTA;RSEQ=GGTTTCTAGAAATATTTAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:232:5:227,5:0.0216:67,160:1,4 chr17 56700542 . TACACAC T 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=83;END=56700548;VD=32;AF=0.3855;BIAS=2:1;REFBIAS=3:36;VARBIAS=0:32;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.24668;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.4156;ADJAF=0.0482;SHIFT3=25;MSI=15;MSILEN=2;NM=0.9;HICNT=32;HICOV=77;LSEQ=GTGCCCACAGGAACTTTCTG;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:83:32:39,32:0.3855:3,36:0,32 chr17 56707419 . C CT 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=3;END=56707419;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=20.7;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=AGAGTCAGGCAAAATTCACC;RSEQ=TTTTTTTTTTATTTTGAGAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:3:2:1,2:0.6667:1,0:2,0 chr17 56708396 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=56708396;VD=2;AF=0.0144;BIAS=2:2;REFBIAS=114:22;VARBIAS=1:1;PMEAN=23.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.30657;ODDRATIO=5.09023;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0147;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=136;LSEQ=TGAGTCTGTGAATAATTAAA;RSEQ=GGGACTGAAAAAAAAGGCCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:139:2:136,2:0.0144:114,22:1,1 chr17 56708403 . G GA 100 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=143;END=56708403;VD=6;AF=0.042;BIAS=2:2;REFBIAS=106:22;VARBIAS=4:2;PMEAN=18.8;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=1;SBF=0.29238;ODDRATIO=2.38925;MQ=62.8;SN=12;HIAF=0.0469;ADJAF=0.007;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=6;HICOV=128;LSEQ=GTGAATAATTAAAAGGGACT;RSEQ=AAAAAAAAGGCCAAAGTAGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:143:6:128,6:0.042:106,22:4,2 chr17 56708836 . T C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=56708836;VD=4;AF=0.2857;BIAS=0:0;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:4;PMEAN=51.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.3077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=4;HICOV=13;LSEQ=AAAAATGCACATATCTCACA;RSEQ=CTCTCAAAACACACAAAAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:14:4:10,4:0.2857:0,10:0,4 chr17 56736428 . CAAACGCGCGCCACTACAACAACTCTGAAAAT C 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=18;END=56736459;VD=15;AF=0.8333;BIAS=0:1;REFBIAS=3:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=50.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.8333;ADJAF=0.2778;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=15;HICOV=18;LSEQ=CATAACCACAACTCCAAAAC;RSEQ=AAACACACGCAACAACACAC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:18:15:3,15:0.8333:3,0:15,0 chr17 56736473 . A C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=56736473;VD=17;AF=0.5152;BIAS=1:1;REFBIAS=16:0;VARBIAS=17:0;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.5312;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=17;HICOV=32;LSEQ=TGAAAATAAACACACGCAAC;RSEQ=ACACACAAGCCGTCTTTTAA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:33:17:16,17:0.5152:16,0:17,0 chr17 56736587 . G GCACACACATCC 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=93;END=56736587;VD=9;AF=0.0968;BIAS=1:2;REFBIAS=84:0;VARBIAS=8:1;PMEAN=19.4;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.09677;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0978;ADJAF=0.0753;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=9;HICOV=92;LSEQ=CATTCGGGGAAATCGCGGGA;RSEQ=CAAACACATAGTAAAAACCC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:9:84,9:0.0968:84,0:8,1 chr17 56736596 . T TCCCAAACACAA 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=99;END=56736596;VD=38;AF=0.3838;BIAS=1:1;REFBIAS=45:1;VARBIAS=38:0;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=76;HIAF=0.3958;ADJAF=0.0303;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=38;HICOV=96;LSEQ=AAATCGCGGGAGCAAACACA;RSEQ=AGTAAAAACCCTCCCCCAAG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:38:46,38:0.3838:45,1:38,0 chr17 56736659 . A G 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=56736659;VD=79;AF=0.5411;BIAS=2:2;REFBIAS=47:19;VARBIAS=52:27;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.59134;ODDRATIO=1.2822;MQ=60;SN=38.5;HIAF=0.5500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=77;HICOV=140;LSEQ=CAGCGTCTCTCCCCCGCCAC;RSEQ=AAGACATTATTTACTTAATA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:146:79:66,79:0.5411:47,19:52,27 chr17 56737003 . A AT 32 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=57;END=56737003;VD=2;AF=0.0351;BIAS=1:0;REFBIAS=0:53;VARBIAS=0:2;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0377;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=53;LSEQ=ATCGCATTGTGTGATAAGAA;RSEQ=TTTTTTTTCTTTTTTCTGCA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:57:2:53,2:0.0351:0,53:0,2 chr17 56769658 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=56769658;VD=2;AF=0.1111;BIAS=1:0;REFBIAS=0:16;VARBIAS=0:2;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1429;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=14;LSEQ=ACTACTCCCACTCGAGATCA;RSEQ=TCCTATTAATGACTCTGAGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:18:2:16,2:0.1111:0,16:0,2 chr17 63633073 . T C 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=63633073;VD=120;AF=0.9917;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=120:0;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=119;HIAF=0.9917;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=119;HICOV=120;LSEQ=GTACAGACTAAGCACTGGGA;RSEQ=GAGAAGGGGGGTGACTTCTT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:121:120:1,120:0.9917:1,0:120,0 chr17 63633491 . T A 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=63633491;VD=168;AF=0.9882;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:168;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=55;HIAF=0.9940;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=165;HICOV=166;LSEQ=CCTTATTGAAAATCCATCAG;RSEQ=TACGACAGAATAAAGTTCAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:170:168:0,168:0.9882:0,0:0,168 chr17 63637179 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=448;END=63637179;VD=5;AF=0.0112;BIAS=2:2;REFBIAS=141:302;VARBIAS=2:3;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.65623;ODDRATIO=1.4267166968655;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=3;HICOV=431;LSEQ=CATATTCTTGTCGTATGTAA;RSEQ=TTATCTAAATTGGAAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:448:5:443,5:0.0112:141,302:2,3 chr17 63684891 . GT G 123 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=23;END=63684892;VD=11;AF=0.4783;BIAS=0:0;REFBIAS=12:0;VARBIAS=11:0;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.5000;ADJAF=0.087;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=11;HICOV=22;LSEQ=AACAGGCAATGTGTAAACTT;RSEQ=TTTTTTTTTTGAGACGGAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:23:11:12,11:0.4783:12,0:11,0 chr17 63685174 . C T 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=283;END=63685174;VD=140;AF=0.4947;BIAS=2:2;REFBIAS=110:32;VARBIAS=117:23;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.22984;ODDRATIO=1.47778155433064;MQ=59.9;SN=69;HIAF=0.4946;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=138;HICOV=279;LSEQ=GAGATTACAGGTGTGAGCCA;RSEQ=TGCACCTGGCTGCACACACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:140:142,140:0.4947:110,32:117,23 chr17 63685473 . C T 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=63685473;VD=104;AF=0.5417;BIAS=1:1;REFBIAS=1:87;VARBIAS=1:103;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.18286;MQ=60;SN=51;HIAF=0.5514;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=102;HICOV=185;LSEQ=AAGCATTCAGGCAAACAATA;RSEQ=CAGACTTTTGTGTGTCAGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:192:104:88,104:0.5417:1,87:1,103 chr17 63685535 . C T 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=63685535;VD=59;AF=0.513;BIAS=1:1;REFBIAS=0:56;VARBIAS=0:59;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.5;HIAF=0.5182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=57;HICOV=110;LSEQ=AATACCTAGTATAAAAAATT;RSEQ=CAAAGTTATAAAATAGACAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:115:59:56,59:0.513:0,56:0,59 chr17 63685553 . CA C 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=95;END=63685554;VD=48;AF=0.5053;BIAS=1:1;REFBIAS=0:47;VARBIAS=0:48;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47;HIAF=0.5109;ADJAF=0.0632;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=47;HICOV=92;LSEQ=TTCCAAAGTTATAAAATAGA;RSEQ=AATTGGCAGATGTCAATCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:95:48:47,48:0.5053:0,47:0,48 chr17 63739352 . A G 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=422;END=63739352;VD=203;AF=0.481;BIAS=2:2;REFBIAS=59:159;VARBIAS=54:149;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02382;MQ=60;SN=66.667;HIAF=0.4819;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=200;HICOV=415;LSEQ=TGATCTAAAATGAAAACAGC;RSEQ=TGCTATAACTTCAAATTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:422:203:218,203:0.481:59,159:54,149 chr17 63746537 . ATG A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=74;END=63746539;VD=3;AF=0.0405;BIAS=1:0;REFBIAS=70:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0423;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=71;LSEQ=CAACATCTGAGAGTGTGTGT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGCATGTGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:74:3:70,3:0.0405:70,0:3,0 chr17 63746668 . C CA 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=212;END=63746668;VD=12;AF=0.0566;BIAS=1:2;REFBIAS=183:7;VARBIAS=11:1;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=38.2;QSTD=1;SBF=0.39282;ODDRATIO=2.36221;MQ=63.2;SN=24;HIAF=0.0603;ADJAF=0.0094;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=12;HICOV=199;LSEQ=AAAAATATGATACCATTCCA;RSEQ=AAAAAAAAACTGAAAAGAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:212:12:190,12:0.0566:183,7:11,1 chr17 63822357 . T C 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=750;END=63822357;VD=383;AF=0.5107;BIAS=2:2;REFBIAS=161:205;VARBIAS=184:199;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.27227;ODDRATIO=1.17705219049413;MQ=60;SN=41.556;HIAF=0.5123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=374;HICOV=730;LSEQ=ATTCTCTTCTCTCATCTCTA;RSEQ=CAGTCTCAGGGCTTGGTTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:750:383:366,383:0.5107:161,205:184,199 chr17 63848290 . TTTCCTTCCTTCCCTCCCTCTTTCCCTCTCCC T 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=196;END=63848321;VD=48;AF=0.2449;BIAS=1:1;REFBIAS=1:147;VARBIAS=0:48;PMEAN=25.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47;HIAF=0.2448;ADJAF=0.1531;SHIFT3=43;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=47;HICOV=192;LSEQ=TTGCACTCCATCCTTCCTTC;RSEQ=TTCCTTCCTTCCCTCCCTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:48:148,48:0.2449:1,147:0,48 chr17 63848318 . T C 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=63848318;VD=35;AF=0.2734;BIAS=1:1;REFBIAS=0:74;VARBIAS=0:35;PMEAN=17.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=0.3301;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=34;HICOV=103;LSEQ=CTTCCCTCCCTCTTTCCCTC;RSEQ=CCCTTCCTTCCTTCCCTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:128:35:74,35:0.2734:0,74:0,35 chr17 63848349 . T C 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=63848349;VD=27;AF=0.3333;BIAS=1:1;REFBIAS=0:54;VARBIAS=0:27;PMEAN=53.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.3375;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=27;HICOV=80;LSEQ=CTTCCCTCCCTCTTTCCCTC;RSEQ=CCCTTCCTTCCTTCCTTCCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:27:54,27:0.3333:0,54:0,27 chr17 63848369 . G C 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=63848369;VD=65;AF=0.9848;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:65;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.5;HIAF=0.9844;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=63;HICOV=64;LSEQ=TCCCTTCCTTCCTTCCTTCC;RSEQ=TTCCCTTTCCTTCCCTCCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:66:65:0,65:0.9848:0,0:0,65 chr17 63848409 . CTCCCT C 156 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=45;END=63848414;VD=23;AF=0.5111;BIAS=1:1;REFBIAS=0:21;VARBIAS=0:23;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.7;SN=10.5;HIAF=0.5122;ADJAF=0.1111;SHIFT3=21;MSI=5;MSILEN=5;NM=3.2;HICNT=21;HICOV=41;LSEQ=TCCCTCCTTCCCTTCCCCTC;RSEQ=TCCCTTCCCTTCCCTTCCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:45:23:21,23:0.5111:0,21:0,23 chr17 63848449 . TTCCC T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=17;END=63848453;VD=5;AF=0.2941;BIAS=0:0;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:5;PMEAN=31.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.3125;ADJAF=0.0588;SHIFT3=11;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=5;HICOV=16;LSEQ=TTCCCTTTCCTTCCCTTTCC;RSEQ=TCCCTCCCTCCTTCCCTTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:17:5:11,5:0.2941:0,11:0,5 chr17 63898126 . G A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=63898126;VD=3;AF=0.037;BIAS=1:0;REFBIAS=76:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=19.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0364;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=55;LSEQ=GGGGGGGGGGGTGGGGGGGA;RSEQ=AAAAACAAAAAAAAAATCAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:3:76,3:0.037:76,0:3,0 chr17 63898157 . C T 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=63898157;VD=60;AF=0.4959;BIAS=1:1;REFBIAS=56:1;VARBIAS=60:0;PMEAN=25.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.48718;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=59;HIAF=0.5413;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=59;HICOV=109;LSEQ=AAAAAATCACATTTATATGT;RSEQ=AGTTTTGCAAATGATCAAAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:121:60:57,60:0.4959:56,1:60,0 chr17 63957694 . G C 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=358;END=63957694;VD=175;AF=0.4888;BIAS=2:2;REFBIAS=64:119;VARBIAS=74:101;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.15988;ODDRATIO=1.361118294791;MQ=60;SN=24;HIAF=0.4912;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=168;HICOV=342;LSEQ=CCTCTGAACTTCAGTCACAC;RSEQ=AGTTAGCTGCTCCTCTTTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:358:175:183,175:0.4888:64,119:74,101 chr17 63958030 . A C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=63958030;VD=3;AF=0.3;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:3;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.2222;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=9;LSEQ=TGGAATAGCTATCCAATGGG;RSEQ=TATTAGTCATTCTTAAAAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:3:7,3:0.3:0,7:0,3 chr17 64001482 . C T 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=64001482;VD=9;AF=0.6923;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=47.9;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=8;HICOV=12;LSEQ=AAACTGCTCAACAAAATCTA;RSEQ=GGAGGAATTTCTAAATGTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:9:4,9:0.6923:4,0:9,0 chr17 64001483 . G A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=64001483;VD=4;AF=0.2857;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=9.2;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.2857;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=14;LSEQ=AACTGCTCAACAAAATCTAC;RSEQ=GAGGAATTTCTAAATGTCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:14:4:10,4:0.2857:10,0:4,0 chr17 64001627 . T TA 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=118;END=64001627;VD=47;AF=0.3983;BIAS=1:1;REFBIAS=70:0;VARBIAS=47:0;PMEAN=44.7;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=94;HIAF=0.4017;ADJAF=0.0169;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=47;HICOV=117;LSEQ=AGCTGAACTGATTTTTCTTT;RSEQ=AAAAAAAATTACTGGCTAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:118:47:70,47:0.3983:70,0:47,0 chr17 64001639 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=133;END=64001639;VD=3;AF=0.0226;BIAS=1:0;REFBIAS=130:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=TTTTCTTTTAAAAAAAATTA;RSEQ=TGGCTAGTAATAAAATCTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:133:3:130,3:0.0226:130,0:3,0 chr17 64001925 . G A 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=420;END=64001925;VD=206;AF=0.4905;BIAS=2:2;REFBIAS=75:138;VARBIAS=84:122;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.2683;ODDRATIO=1.2661593588169;MQ=60;SN=50.5;HIAF=0.4951;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=202;HICOV=408;LSEQ=TGGAAAATTTATTGGAAGAC;RSEQ=AGTAAAGTTTACTTCAAAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:420:206:213,206:0.4905:75,138:84,122 chr17 64002046 . A AATACT 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=213;END=64002046;VD=101;AF=0.4742;BIAS=1:1;REFBIAS=0:110;VARBIAS=0:101;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.5;SN=202;HIAF=0.4810;ADJAF=0.0798;SHIFT3=10;MSI=3;MSILEN=5;NM=0.6;HICNT=101;HICOV=210;LSEQ=GTCTACCATAGAATGATTTC;RSEQ=ATACTATACTCAAATACCTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:213:101:110,101:0.4742:0,110:0,101 chr17 64023341 . A G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=64023341;VD=3;AF=0.2308;BIAS=0:0;REFBIAS=10:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.2308;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=13;LSEQ=TCCCTCTCCACTAAAAATGC;RSEQ=AAAATTGGCTAGGCATGGTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:3:10,3:0.2308:10,0:3,0 chr17 64023351 . T C 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=64023351;VD=16;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=16;HICOV=16;LSEQ=CTAAAAATGCAAAAATTGGC;RSEQ=AGGCATGGTGGTGCACACCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:16,0 chr17 64023483 . A G 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=64023483;VD=27;AF=0.587;BIAS=1:1;REFBIAS=18:1;VARBIAS=27:0;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.41304;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=27;HICOV=45;LSEQ=CCAGCCTGGGTGACAGAGCA;RSEQ=GACTCTGTCTAAAAAAAAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:46:27:19,27:0.587:18,1:27,0 chr17 64023493 . T TA 166 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=48;END=64023493;VD=25;AF=0.5208;BIAS=1:1;REFBIAS=20:1;VARBIAS=25:0;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.45652;ODDRATIO=0;MQ=60.7;SN=24;HIAF=0.5217;ADJAF=0.0625;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=24;HICOV=46;LSEQ=TGACAGAGCAAGACTCTGTC;RSEQ=AAAAAAAAAGACAAAGAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:48:25:21,25:0.5208:20,1:25,0 chr17 64023624 . T C 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=64023624;VD=61;AF=0.5169;BIAS=2:2;REFBIAS=26:29;VARBIAS=36:25;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=0.26371;ODDRATIO=1.59948816378759;MQ=60;SN=14.25;HIAF=0.5089;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=57;HICOV=112;LSEQ=CATAAAACATATTACCTTTT;RSEQ=TTCATAGATGTGTTTTAAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:118:61:55,61:0.5169:26,29:36,25 chr17 64023642 . A G 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=64023642;VD=54;AF=0.4779;BIAS=2:2;REFBIAS=31:26;VARBIAS=22:32;PMEAN=44.1;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=0.18455;ODDRATIO=1.72561;MQ=60;SN=9.8;HIAF=0.4804;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=49;HICOV=102;LSEQ=TTTTTCATAGATGTGTTTTA;RSEQ=ATGACTTTTCTCCATCTGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:54:57,54:0.4779:31,26:22,32 chr17 64023781 . C T 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=64023781;VD=45;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:45;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=43;HICOV=43;LSEQ=ATCTACTTAATGTCAAACTT;RSEQ=AGTTCAGAGTTTTGCATATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:45:45:0,45:1:0,0:0,45 chr17 64023800 . T C 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=64023800;VD=23;AF=0.5111;BIAS=1:1;REFBIAS=0:22;VARBIAS=0:23;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=22;HICOV=44;LSEQ=TCAGTTCAGAGTTTTGCATA;RSEQ=GATTAAGTAAGCCCTACAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:45:23:22,23:0.5111:0,22:0,23 chr17 64024029 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=64024029;VD=2;AF=0.5;BIAS=2:0;REFBIAS=1:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=TCCTTGGTATTTTTTGATCA;RSEQ=GAGAGAAAAGAGATCTAAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:2:2,2:0.5:1,1:2,0 chr17 64024100 . GGAAA G 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=21;END=64024104;VD=13;AF=0.619;BIAS=0:1;REFBIAS=8:0;VARBIAS=12:1;PMEAN=45.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.6190;ADJAF=0.0476;SHIFT3=6;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=13;HICOV=21;LSEQ=AGAGGCAGAGAAAGAAAGAG;RSEQ=GAAAGAGAGAAATTATGAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:21:13:8,13:0.619:8,0:12,1 chr17 64024185 . TTA T 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=81;END=64024187;VD=39;AF=0.4815;BIAS=1:1;REFBIAS=42:0;VARBIAS=39:0;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78;HIAF=0.4815;ADJAF=0.0247;SHIFT3=1;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=39;HICOV=81;LSEQ=ATGATATATTTAAATAAAAT;RSEQ=TTTTTAAAACTAATCTCAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:39:42,39:0.4815:42,0:39,0 chr17 64024248 . C A 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=64024248;VD=82;AF=0.5395;BIAS=1:1;REFBIAS=70:0;VARBIAS=82:0;PMEAN=45.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=81;HIAF=0.5473;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=81;HICOV=148;LSEQ=TTATTGTACTTTATTCTCTA;RSEQ=ATCTCAAAGCATCAATCTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:152:82:70,82:0.5395:70,0:82,0 chr17 64024254 . A AT 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=161;END=64024254;VD=5;AF=0.0311;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=54.4;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0314;ADJAF=0.0062;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=5;HICOV=159;LSEQ=TACTTTATTCTCTACATCTC;RSEQ=AAGCATCAATCTCTATTAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:5:0,5:0.0311:0,0:5,0 chr17 64024255 . A TT 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=161;END=64024255;VD=155;AF=0.9627;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=155:0;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=154;HIAF=0.9686;ADJAF=0.0745;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=1.6;HICNT=154;HICOV=159;LSEQ=ACTTTATTCTCTACATCTCA;RSEQ=AGCATCAATCTCTATTAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:161:155:0,155:0.9627:0,0:155,0 chr17 64024303 . G A 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=226;END=64024303;VD=99;AF=0.4381;BIAS=1:1;REFBIAS=126:0;VARBIAS=99:0;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.5;HIAF=0.4512;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=97;HICOV=215;LSEQ=AATGTAAAATTATACAATGC;RSEQ=ATAAAAGAATCAGAAAAGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:226:99:126,99:0.4381:126,0:99,0 chr17 64024340 . T C 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=289;END=64024340;VD=134;AF=0.4637;BIAS=2:2;REFBIAS=138:15;VARBIAS=120:14;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07305;MQ=60;SN=9.308;HIAF=0.4449;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=121;HICOV=272;LSEQ=AGATGACCTGCATTTCTGAG;RSEQ=TTTATTTTTTTAATTGACTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:289:134:153,134:0.4637:138,15:120,14 chr17 64024375 . G A 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=375;END=64024375;VD=182;AF=0.4853;BIAS=2:2;REFBIAS=146:47;VARBIAS=139:43;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.90407;ODDRATIO=1.04051776163819;MQ=60;SN=181;HIAF=0.4892;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=181;HICOV=370;LSEQ=TGACTCTCAATGATACATCT;RSEQ=AATCAAGAAAACTGTGTTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:375:182:193,182:0.4853:146,47:139,43 chr17 64024785 . T C 179 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=54;END=64024785;VD=29;AF=0.537;BIAS=1:1;REFBIAS=0:25;VARBIAS=0:29;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58;HIAF=0.5370;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=29;HICOV=54;LSEQ=ATAATCTTTTAAAGTAAAAA;RSEQ=AGAAATTAAATGCTACATAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:54:29:25,29:0.537:0,25:0,29 chr17 64024875 . T C 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=64024875;VD=13;AF=0.8125;BIAS=2:2;REFBIAS=1:2;VARBIAS=6:7;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.65900758166465;MQ=60;SN=12;HIAF=0.8000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=12;HICOV=15;LSEQ=AGAAAACTTCAAAATTTTAA;RSEQ=TATAAAATGAAAGCAGAACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:13:3,13:0.8125:1,2:6,7 chr17 64024992 . C CTT 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=60;END=64024992;VD=32;AF=0.5333;BIAS=1:1;REFBIAS=27:1;VARBIAS=32:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.46667;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.5424;ADJAF=0.1667;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=32;HICOV=59;LSEQ=TATGTTTCCTCCTTTTAAGA;RSEQ=TGGCACTTAAAATGATTAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:60:32:28,32:0.5333:27,1:32,0 chr17 64025056 . T C 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=64025056;VD=73;AF=0.529;BIAS=1:1;REFBIAS=63:1;VARBIAS=73:0;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.46715;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.5;HIAF=0.5299;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=3.2;HICNT=71;HICOV=134;LSEQ=AATATTTGTGTTGTGCTATA;RSEQ=AGTAGACATTTCGAATTTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:138:73:64,73:0.529:63,1:73,0 chr17 64025068 . C A 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=64025068;VD=82;AF=0.5616;BIAS=1:1;REFBIAS=63:1;VARBIAS=82:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.43836;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=81;HIAF=0.5586;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=81;HICOV=145;LSEQ=GTGCTATATAGTAGACATTT;RSEQ=GAATTTTAAACATTTTAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:146:82:64,82:0.5616:63,1:82,0 chr17 64025069 . G A 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=64025069;VD=64;AF=0.4295;BIAS=1:1;REFBIAS=85:0;VARBIAS=63:1;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.42953;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.333;HIAF=0.4357;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=61;HICOV=140;LSEQ=TGCTATATAGTAGACATTTC;RSEQ=AATTTTAAACATTTTAAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:64:85,64:0.4295:85,0:63,1 chr17 64025093 . G A 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=64025093;VD=107;AF=0.5573;BIAS=1:1;REFBIAS=84:1;VARBIAS=107:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.44271;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=214;HIAF=0.5632;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=107;HICOV=190;LSEQ=TTTAAACATTTTAAATACCA;RSEQ=TAAAAATTCCTGAAGTTCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:192:107:85,107:0.5573:84,1:107,0 chr17 64025331 . A G 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=534;END=64025331;VD=264;AF=0.4944;BIAS=2:2;REFBIAS=114:155;VARBIAS=125:139;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.25853;ODDRATIO=1.22223987679822;MQ=60;SN=15.5;HIAF=0.4844;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=248;HICOV=512;LSEQ=TTCATGTTTTGCTCATAATC;RSEQ=TTTACAAGATGGTCCTTCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:534:264:269,264:0.4944:114,155:125,139 chr17 64025435 . T TTAATCA 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=319;END=64025435;VD=143;AF=0.4483;BIAS=2:2;REFBIAS=36:139;VARBIAS=14:129;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.0087;ODDRATIO=2.38021;MQ=60.3;SN=286;HIAF=0.4554;ADJAF=0.1003;SHIFT3=6;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=143;HICOV=314;LSEQ=AATCTCTAAAATGAAATTTT;RSEQ=TAATCAGCTAAATCCAAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:319:143:175,143:0.4483:36,139:14,129 chr17 64025442 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=64025442;VD=4;AF=0.0147;BIAS=2:2;REFBIAS=32:237;VARBIAS=1:3;PMEAN=14.2;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.40452;ODDRATIO=2.45754589466958;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=3;HICOV=264;LSEQ=AAAATGAAATTTTTTAATCA;RSEQ=CTAAATCCAAATACATTTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:273:4:269,4:0.0147:32,237:1,3 chr17 64025495 . G A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=199;END=64025495;VD=2;AF=0.0101;BIAS=1:0;REFBIAS=0:197;VARBIAS=0:2;PMEAN=46.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=196;LSEQ=AAATAAGTATCCACAATTTT;RSEQ=TCAACTGCTTCTAAACATTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:2:197,2:0.0101:0,197:0,2 chr17 64025522 . T C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=64025522;VD=2;AF=0.012;BIAS=1:0;REFBIAS=0:165;VARBIAS=0:2;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=GCTTCTAAACATTCTGCTTA;RSEQ=GTTAAAAACAGGTTGGGTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:2:165,2:0.012:0,165:0,2 chr17 64025752 . T C 190 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=64025752;VD=40;AF=0.4167;BIAS=2:2;REFBIAS=51:5;VARBIAS=38:2;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.69555;ODDRATIO=1.85144042064726;MQ=60;SN=39;HIAF=0.4194;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=39;HICOV=93;LSEQ=GAATCGTATGAGCCCAGGAG;RSEQ=TTGAGATACAGTGAGCCATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:40:56,40:0.4167:51,5:38,2 chr17 64025829 . C T 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=64025829;VD=89;AF=0.6014;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=89:0;PMEAN=30.1;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.8;HIAF=0.9882;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=4;NM=3.1;HICNT=84;HICOV=85;LSEQ=AGACCCTGTCTCTAAATAAA;RSEQ=AAACAAACAAACAAACAAAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:148:89:0,89:0.6014:0,0:89,0 chr17 64025833 . C T 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=102;END=64025833;VD=102;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=102:0;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=8;MSILEN=4;NM=3.1;HICNT=98;HICOV=98;LSEQ=CCTGTCTCTAAATAAACAAA;RSEQ=AAACAAACAAACAAACAAAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:102:102:0,102:1:0,0:102,0 chr17 64025837 . C T 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=64025837;VD=23;AF=0.187;BIAS=1:1;REFBIAS=100:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.1901;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=8;MSILEN=4;NM=2.7;HICNT=23;HICOV=121;LSEQ=TCTCTAAATAAACAAACAAA;RSEQ=AAACAAACAAACAAACAAAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:123:23:100,23:0.187:100,0:23,0 chr17 64025865 . TTTAGA T 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=231;END=64025870;VD=230;AF=0.9957;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=230:0;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=56.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1255;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=226;HICOV=226;LSEQ=CAAACAAACAAACAGCAGTA;RSEQ=TTAGAAACTTCCCAAGGCTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:231:230:0,230:0.9957:0,0:230,0 chr17 64025926 . G T 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=359;END=64025926;VD=357;AF=0.9944;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=302:55;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34.7;HIAF=0.9943;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=347;HICOV=349;LSEQ=ATTAATTTTGGCAGATAACT;RSEQ=ATACAGTTAATATCAGTACT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:359:357:0,357:0.9944:0,0:302,55 chr17 64026311 . A G 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=64026311;VD=83;AF=0.4882;BIAS=1:1;REFBIAS=0:86;VARBIAS=0:83;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.6;HIAF=0.4815;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=78;HICOV=162;LSEQ=ACTTAACCAAGTCTTTAAAA;RSEQ=AACAATGCATACTACCAGAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:83:86,83:0.4882:0,86:0,83 chr17 64049487 . G A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=64049487;VD=4;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=22.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=AAATAGCTGGGCATGGTGGC;RSEQ=GGCACCTGTAATCCCAGCTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:4:6,4:0.4:6,0:4,0 chr17 64049536 . C T 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=64049536;VD=9;AF=0.5294;BIAS=0:0;REFBIAS=8:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=8;HICOV=16;LSEQ=GATAGTTTGAACCCAGGAGG;RSEQ=GGAGGTTGCAGTGAGCCAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:17:9:8,9:0.5294:8,0:9,0 chr17 64049557 . G A 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=64049557;VD=10;AF=0.3704;BIAS=1:0;REFBIAS=17:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.3704;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=10;HICOV=27;LSEQ=GGAGGTTGCAGTGAGCCAAG;RSEQ=CCATGCCGTTGCACTCCAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:27:10:17,10:0.3704:17,0:10,0 chr17 64049620 . A AAAT 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=103;END=64049620;VD=66;AF=0.6408;BIAS=1:1;REFBIAS=38:0;VARBIAS=66:0;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.4;SN=132;HIAF=0.6346;ADJAF=0.1165;SHIFT3=17;MSI=6;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=66;HICOV=104;LSEQ=GTCTCAAAAAATAAAAGTAA;RSEQ=AATAATAATAATAATAAATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:103:66:38,66:0.6408:38,0:66,0 chr17 64049733 . A G 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=308;END=64049733;VD=157;AF=0.5097;BIAS=1:1;REFBIAS=149:0;VARBIAS=157:0;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=51.333;HIAF=0.5168;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=154;HICOV=298;LSEQ=TCTGTATGGAGTAGGAAGGT;RSEQ=AAGTTTTTCTTTTGATTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:308:157:149,157:0.5097:149,0:157,0 chr17 64050007 . G A 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=550;END=64050007;VD=256;AF=0.4655;BIAS=2:2;REFBIAS=107:185;VARBIAS=89:167;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.65626;ODDRATIO=1.08511;MQ=60;SN=84.333;HIAF=0.4792;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=253;HICOV=528;LSEQ=GCATTGTGAAGCTACATCAG;RSEQ=AAATCAAGAGTTGACTCTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:550:256:292,256:0.4655:107,185:89,167 chr17 64050062 . G A 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=380;END=64050062;VD=209;AF=0.55;BIAS=2:2;REFBIAS=34:135;VARBIAS=56:153;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.14564;ODDRATIO=1.45184238799036;MQ=60;SN=418;HIAF=0.5773;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=209;HICOV=362;LSEQ=TGACTATTTTGTAATTCAGC;RSEQ=GAAAAAATGGTTTCTATATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:380:209:169,209:0.55:34,135:56,153 chr17 64050123 . C T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=245;END=64050123;VD=131;AF=0.5347;BIAS=1:1;REFBIAS=0:114;VARBIAS=2:129;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.50037;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.667;HIAF=0.5470;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=128;HICOV=234;LSEQ=GACCTGAACACCAAAAGATA;RSEQ=AAAAAACCACCAGTAAACAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:245:131:114,131:0.5347:0,114:2,129 chr17 64050156 . T C 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=207;END=64050156;VD=106;AF=0.5121;BIAS=1:1;REFBIAS=0:100;VARBIAS=0:106;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=212;HIAF=0.5248;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=106;HICOV=202;LSEQ=GTAAACATTCAAGGTAAAGA;RSEQ=ATCATATAAAAAGCAGGATC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:207:106:100,106:0.5121:0,100:0,106 chr17 64050351 . A T 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=64050351;VD=16;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:16;PMEAN=28.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=16;HICOV=16;LSEQ=CAGAAACATTATAATATTGT;RSEQ=ACTAATTAGGAATATTGTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:0,16 chr17 64050394 . A T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=64050394;VD=4;AF=0.8;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:4;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.8000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=4;HICOV=5;LSEQ=TTGTCCCCATTATTCATCCT;RSEQ=TTTGCACGGAATTTTGTACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:4:1,4:0.8:0,1:0,4 chr17 64062698 . GAC G 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=94;END=64062700;VD=84;AF=0.8936;BIAS=0:1;REFBIAS=7:0;VARBIAS=84:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=168;HIAF=0.8750;ADJAF=0.117;SHIFT3=17;MSI=9;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=84;HICOV=96;LSEQ=ACTACACAAACACACACACA;RSEQ=ACACACACACACACACAAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:94:84:7,84:0.8936:7,0:84,0 chr17 64062830 . T A 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=241;END=64062830;VD=241;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=198:43;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=119.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=239;HICOV=239;LSEQ=AAGGTCAGAAATCAAATTTT;RSEQ=TTCTCCACATCACTAAAATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:241:241:0,241:1:0,0:198,43 chr17 64063134 . AACACACACAC A 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=92;END=64063144;VD=34;AF=0.3696;BIAS=1:1;REFBIAS=0:13;VARBIAS=0:34;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=0.3736;ADJAF=0.0761;SHIFT3=31;MSI=20;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=34;HICOV=91;LSEQ=GACTACACTGTGAAATTATA;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:92:34:13,34:0.3696:0,13:0,34 chr17 64065955 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=286;END=64065955;VD=3;AF=0.0105;BIAS=2:0;REFBIAS=235:47;VARBIAS=3:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0074;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=270;LSEQ=GATGGTTGGAAGAATGGATG;RSEQ=ATAACTGGATGGATCATCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:286:3:282,3:0.0105:235,47:3,0 chr17 64092059 . A G 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=64092059;VD=27;AF=0.9643;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=27:0;PMEAN=24.6;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.9643;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=27;HICOV=28;LSEQ=AAAATTTTAATTAGCTGGAC;RSEQ=TGGTGGCACAGCTGTAGTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:28:27:0,27:0.9643:0,0:27,0 chr17 64092154 . G A 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=64092154;VD=67;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=67:0;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=65;HICOV=65;LSEQ=CACACCACTGCACTCCAGCC;RSEQ=GACAAAAGATAGAGACTCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:67:67:0,67:1:0,0:67,0 chr17 64125853 . C CT 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=425;END=64125853;VD=8;AF=0.0188;BIAS=2:2;REFBIAS=245:150;VARBIAS=6:2;PMEAN=24.6;PSTD=1;QUAL=37.7;QSTD=1;SBF=0.71556;ODDRATIO=1.83422293145509;MQ=62.8;SN=16;HIAF=0.0207;ADJAF=0.0047;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=8;HICOV=386;LSEQ=ATATATACATAAAGCAAATA;RSEQ=TTTTTTTTACCCCAAGATTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:425:8:395,8:0.0188:245,150:6,2 chr17 64126121 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=64126121;VD=2;AF=0.0183;BIAS=1:0;REFBIAS=0:104;VARBIAS=0:2;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0225;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=89;LSEQ=AGAAGGGAAAGAGGGGGAAG;RSEQ=GAGGGAGAAAAAGAAGAGAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:2:104,2:0.0183:0,104:0,2 chr17 64128528 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=64128528;VD=2;AF=0.0417;BIAS=1:0;REFBIAS=46:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0417;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=48;LSEQ=CCACATAAATTCTGAACAAA;RSEQ=GGAAAATGTTATTCTTTGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:48:2:46,2:0.0417:46,0:2,0 chr17 64128760 . A T 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=331;END=64128760;VD=167;AF=0.5045;BIAS=2:2;REFBIAS=107:57;VARBIAS=116:51;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.48188;ODDRATIO=1.21094696052313;MQ=60;SN=82.5;HIAF=0.5140;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=165;HICOV=321;LSEQ=TTTTAAAACAACAAGCAAAA;RSEQ=CCAAACAAAAGTAAAATCTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:331:167:164,167:0.5045:107,57:116,51 chr17 64129205 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=26;END=64129206;VD=2;AF=0.0769;BIAS=1:0;REFBIAS=0:24;VARBIAS=0:2;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0769;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=26;LSEQ=CAAAAAATGATGTTCCACAT;RSEQ=AAAAAAAAAAAGAAAAGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:26:2:24,2:0.0769:0,24:0,2 chr17 64171606 . T A 121 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=64171606;VD=12;AF=0.3871;BIAS=1:0;REFBIAS=0:19;VARBIAS=0:12;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=0.3667;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=11;HICOV=30;LSEQ=GATAGTAATGTTTATATTAC;RSEQ=AAAGGAATATTAGTTAAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:31:12:19,12:0.3871:0,19:0,12 chr17 64173170 . A G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=386;END=64173170;VD=200;AF=0.5181;BIAS=2:2;REFBIAS=55:131;VARBIAS=51:149;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.42454;ODDRATIO=1.22596;MQ=60;SN=49;HIAF=0.5144;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=196;HICOV=381;LSEQ=GAAGAACTATTAGAAATTTT;RSEQ=TTTTTTATAAAATGAAACAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:386:200:186,200:0.5181:55,131:51,149 chr17 64179157 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=64179157;VD=2;AF=0.0121;BIAS=1:0;REFBIAS=163:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=163;LSEQ=TCACTGAATGTCTATCTACC;RSEQ=TTGAACAACTCAGTGTAAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:2:163,2:0.0121:163,0:2,0 chr17 64179579 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=64179579;VD=2;AF=0.0118;BIAS=1:0;REFBIAS=0:168;VARBIAS=0:2;PMEAN=73.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=CTCCCATCAAAACCCAGCCG;RSEQ=ATTATTTGTAGAGATAAGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:2:168,2:0.0118:0,168:0,2 chr17 69480532 . T A 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=799;END=69480532;VD=392;AF=0.4906;BIAS=2:2;REFBIAS=200:202;VARBIAS=187:205;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.57078;ODDRATIO=1.08529;MQ=60;SN=77.4;HIAF=0.4981;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=387;HICOV=777;LSEQ=TAACCTCTGAGCCACCATCA;RSEQ=GAGAATTTGTGTAACCTACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:799:392:402,392:0.4906:200,202:187,205 chr17 69480920 . T C 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=721;END=69480920;VD=359;AF=0.4979;BIAS=2:2;REFBIAS=164:198;VARBIAS=170:189;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.60152;ODDRATIO=1.0858234885337;MQ=60;SN=43.875;HIAF=0.4979;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=351;HICOV=705;LSEQ=TGAGGAATTAGAAGGCCACA;RSEQ=TGGCTTGTGAAAACAGACCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:721:359:362,359:0.4979:164,198:170,189 chr17 69481277 . C A 348 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=808;END=69481277;VD=801;AF=0.9913;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=378:423;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60.615;HIAF=0.9949;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=788;HICOV=792;LSEQ=TCTGTGTGAATGAAGGCTTA;RSEQ=GTCTTGATGAAAGCTTTGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:808:801:0,801:0.9913:0,0:378,423 chr17 69544553 . T C 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=283;END=69544553;VD=282;AF=0.9965;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=268:14;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=93;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=279;HICOV=279;LSEQ=TATTAACTCCTATATGCATT;RSEQ=GTCTGATTCTATCCCATATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:283:282:0,282:0.9965:0,0:268,14 chr17 70118108 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=240;END=70118108;VD=3;AF=0.0125;BIAS=1:0;REFBIAS=6:231;VARBIAS=0:3;PMEAN=51.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=238;LSEQ=TGGGGTTGGGAGTGGGAATG;RSEQ=GGTGTAACTGTGGCTCAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:240:3:237,3:0.0125:6,231:0,3 chr17 70119704 . A AC 75 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=316;END=70119704;VD=6;AF=0.019;BIAS=2:0;REFBIAS=188:112;VARBIAS=6:0;PMEAN=23.8;PSTD=1;QUAL=29.2;QSTD=1;SBF=0.08928;ODDRATIO=0;MQ=61.2;SN=5;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=5;HICOV=283;LSEQ=GGCAATCCCAGGGCCCACCG;RSEQ=CCCCACCCACCACCCCCAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:316:6:300,6:0.019:188,112:6,0 chr17 70120652 . TTTC T 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=775;END=70120655;VD=8;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=428:338;VARBIAS=4:4;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.73721;ODDRATIO=1.26587;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0106;ADJAF=0.0039;SHIFT3=15;MSI=6;MSILEN=3;NM=0.2;HICNT=8;HICOV=755;LSEQ=TTTTTTATTTTGTTTTGTTT;RSEQ=TTCTTCTTCTTCTTCCTTAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:775:8:766,8:0.0103:428,338:4,4 chr17 70120863 . G A 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=734;END=70120863;VD=377;AF=0.5136;BIAS=2:2;REFBIAS=149:207;VARBIAS=158:219;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00229525613655;MQ=60;SN=36.7;HIAF=0.5119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=367;HICOV=717;LSEQ=GTGGAGGATGATGGAGAATC;RSEQ=TGTGATCAGTGTGCTAAATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:734:377:356,377:0.5136:149,207:158,219 chr17 70121148 . GA G 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=664;END=70121149;VD=13;AF=0.0196;BIAS=2:2;REFBIAS=333:315;VARBIAS=5:8;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.41021;ODDRATIO=1.69009;MQ=60;SN=26;HIAF=0.0200;ADJAF=0.0015;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=13;HICOV=649;LSEQ=TTTGCTTTCTCTTACAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAATCCTGTTGTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:664:13:648,13:0.0196:333,315:5,8 chr17 70121263 . TA T 126 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=691;END=70121264;VD=11;AF=0.0159;BIAS=2:2;REFBIAS=332:347;VARBIAS=7:4;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.37637;ODDRATIO=1.82748538011696;MQ=60;SN=22;HIAF=0.0161;ADJAF=0.0029;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=11;HICOV=683;LSEQ=GATTTAAGGAGGAGCTGCCT;RSEQ=AAAAAAAATAAAGGCCTTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:691:11:679,11:0.0159:332,347:7,4 chr17 70121683 . CA C 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=567;END=70121684;VD=6;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=226:334;VARBIAS=3:3;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=0.69007;ODDRATIO=1.47679948016658;MQ=60;SN=5;HIAF=0.0089;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=5;HICOV=560;LSEQ=AGGAGAGGTTTTAATTAAAA;RSEQ=AAAAAAAATTCTTTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:567:6:560,6:0.0106:226,334:3,3 chr17 70121801 . G GT 109 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=518;END=70121801;VD=7;AF=0.0135;BIAS=2:2;REFBIAS=198:284;VARBIAS=2:5;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.70574;ODDRATIO=1.74111;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0158;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=7;HICOV=442;LSEQ=TATGTTCTTAACTGTAACCA;RSEQ=TTTTTTTTTATTTATCTCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:518:7:482,7:0.0135:198,284:2,5 chr17 70122036 . TTG T 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=687;END=70122038;VD=10;AF=0.0146;BIAS=2:2;REFBIAS=410:265;VARBIAS=7:3;PMEAN=47.6;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.74772;ODDRATIO=1.50727259024795;MQ=60;SN=9;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=9;HICOV=664;LSEQ=GACCTTTGGGCTGCCTTATA;RSEQ=TGTGTGTGTGTGGGTGTGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:687:10:675,10:0.0146:410,265:7,3 chr17 70122227 . CT C 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=734;END=70122228;VD=24;AF=0.0327;BIAS=2:2;REFBIAS=353:352;VARBIAS=12:12;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00284;MQ=60;SN=48;HIAF=0.0343;ADJAF=0.0014;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=24;HICOV=700;LSEQ=TTTTTAAAAAAGACAGCAAA;RSEQ=TTTTTTTTTATTTAAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:734:24:705,24:0.0327:353,352:12,12 chr17 70122505 . CT C 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=639;END=70122506;VD=46;AF=0.072;BIAS=2:2;REFBIAS=249:328;VARBIAS=15:31;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.21451;ODDRATIO=1.56781;MQ=60;SN=45;HIAF=0.0808;ADJAF=0.0063;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=45;HICOV=557;LSEQ=ACCTTTCCCTTTTTCTTTCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTGTATATTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:639:46:577,46:0.072:249,328:15,31 chr17 71197439 . C T 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=71197439;VD=25;AF=0.5319;BIAS=1:1;REFBIAS=22:0;VARBIAS=25:0;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.5319;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=25;HICOV=47;LSEQ=TCCGATGCGGCCTGGGTCAG;RSEQ=GTGGCAAACCGGGGTCAGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:47:25:22,25:0.5319:22,0:25,0 chr17 71197748 . G A 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=393;END=71197748;VD=389;AF=0.9898;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=230:159;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.222;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=380;HICOV=381;LSEQ=GAGCTACAGAGCATTGAAGA;RSEQ=GGTGTGCAAGGGCAACAGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:393:389:0,389:0.9898:0,0:230,159 chr17 72270423 . GAGCCGCGACC G 324 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=455;END=72270433;VD=455;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=233:222;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=910;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1802;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=455;HICOV=455;LSEQ=CCGCCGTTTGAGGAGCACCG;RSEQ=GTGGATTGAACGCTTCCCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:455:455:0,455:1:0,0:233,222 chr17 72270442 . A G 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=440;END=72270442;VD=439;AF=0.9977;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=213:226;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=108.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=435;HICOV=435;LSEQ=GGAGCCGCGACCGTGGATTG;RSEQ=ACGCTTCCCCAGAGACCCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:440:439:0,439:0.9977:0,0:213,226 chr17 72270582 . C A 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=354;END=72270582;VD=347;AF=0.9802;BIAS=0:2;REFBIAS=0:5;VARBIAS=93:254;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.33099;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.524;HIAF=0.9939;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=326;HICOV=328;LSEQ=TAACCACCAAGAGTGCCAAA;RSEQ=ATTCCTCTTGGGGGGCTTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:354:347:5,347:0.9802:0,5:93,254 chr17 72270829 . G A 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=72270829;VD=51;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:51;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=47;HICOV=47;LSEQ=AATGGATGGAAAAAAAAGAA;RSEQ=AAAAACAGCCTCCGGCTAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:51:0,51:1:0,0:0,51 chr17 72277775 . AT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=148;END=72277776;VD=3;AF=0.0203;BIAS=1:0;REFBIAS=144:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0207;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=145;LSEQ=GCATATAGTCGGCACTCAGG;RSEQ=TTTTTTTTAATGCGGATGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:3:144,3:0.0203:144,0:3,0 chr17 72277879 . A G 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=72277879;VD=271;AF=0.9927;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=237:34;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=270;HIAF=0.9963;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=270;HICOV=271;LSEQ=GAACCTGGAGCTGTCCTGGC;RSEQ=GGACCTGTGGAGATAGGGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:273:271:0,271:0.9927:0,0:237,34 chr17 72281367 . A G 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=393;END=72281367;VD=391;AF=0.9949;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=149:242;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=194.5;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=389;HICOV=390;LSEQ=CTTCCTCCTGCCCCAGCTGC;RSEQ=AGAGCCCCATCCATCACTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:393:391:0,391:0.9949:0,0:149,242 chr17 72281559 . A G 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=72281559;VD=122;AF=0.9919;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:121;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=121;HIAF=0.9918;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=121;HICOV=122;LSEQ=GGGAGGTACAAGGGCTGACC;RSEQ=GGCATCAGGAGGAGTCTGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:123:122:0,122:0.9919:0,0:1,121 chr17 72282908 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=72282908;VD=2;AF=0.0132;BIAS=1:0;REFBIAS=148:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=13;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=150;LSEQ=TACTGTATATCTGTTCATGC;RSEQ=CTGCATGTATTTCCATGCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:2:149,2:0.0132:148,1:2,0 chr17 72285659 . CA C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=291;END=72285660;VD=111;AF=0.3814;BIAS=2:2;REFBIAS=133:23;VARBIAS=96:15;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.85976;ODDRATIO=1.1063170704724;MQ=60;SN=222;HIAF=0.3881;ADJAF=0.0584;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=111;HICOV=286;LSEQ=CAGAGCAAGACTCCATCTGA;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAGGGGGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:291:111:156,111:0.3814:133,23:96,15 chr17 72305219 . GC CA 29 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=129;END=72305220;VD=2;AF=0.0155;BIAS=1:0;REFBIAS=124:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0263;ADJAF=0.0078;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=76;LSEQ=CAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AACCTGTGAGCTGTGGATGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:124,2:0.0155:124,0:2,0 chr17 72305752 . AC CT 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=172;END=72305753;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:0;REFBIAS=9:161;VARBIAS=0:2;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=CATCCTGGTAGCACAACAGA;RSEQ=CACCTGGGGGAAATTTAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:170,2:0.0116:9,161:0,2 chr17 72305753 . C T 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=72305753;VD=169;AF=0.9883;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:160;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=165;HICOV=165;LSEQ=ATCCTGGTAGCACAACAGAA;RSEQ=CACCTGGGGGAAATTTAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:171:169:0,169:0.9883:0,0:9,160 chr17 72305793 . C T 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=126;END=72305793;VD=120;AF=0.9524;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=31:89;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=0.26446;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=112;HICOV=112;LSEQ=AAGAAACAAAAGCAGGTACC;RSEQ=GGCATCTCCTACCCACAGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:126:120:1,120:0.9524:1,0:31,89 chr17 72305856 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=72305856;VD=2;AF=0.0211;BIAS=2:0;REFBIAS=60:33;VARBIAS=0:2;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.13326;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0225;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=89;LSEQ=GTTTGGCTGCTGGACCTTCC;RSEQ=CTTCATGTCAGGGTGGCCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:2:93,2:0.0211:60,33:0,2 chr17 72305954 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=125;END=72305954;VD=3;AF=0.024;BIAS=1:2;REFBIAS=118:3;VARBIAS=2:1;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.09443;ODDRATIO=18.02795;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0174;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=115;LSEQ=TGACTGTGAGGCGGAACTGA;RSEQ=GGGGTGGGGCGGGAGATGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:125:3:121,3:0.024:118,3:2,1 chr17 72306116 . CCT C 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=402;END=72306118;VD=203;AF=0.505;BIAS=2:2;REFBIAS=155:44;VARBIAS=149:54;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.29888;ODDRATIO=1.27591;MQ=60;SN=406;HIAF=0.5113;ADJAF=0.0448;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=203;HICOV=397;LSEQ=CAGACACACATAACTTTGCT;RSEQ=CTCTCCTCTACCTGGGTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:402:203:199,203:0.505:155,44:149,54 chr17 72306598 . CT C 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=87;END=72306599;VD=7;AF=0.0805;BIAS=1:0;REFBIAS=1:77;VARBIAS=0:7;PMEAN=47.4;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0909;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=7;HICOV=77;LSEQ=TTGTCTAGTTTCAAATAACA;RSEQ=TTTTTTTTTTTGTGGAAACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:87:7:78,7:0.0805:1,77:0,7 chr17 72308319 . G A 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=310;END=72308319;VD=310;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=156:154;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.286;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=303;HICOV=303;LSEQ=AGTTCTTCGACATCATCTTC;RSEQ=CAGAGCTGAAGAAGAAGGAG;DUPRATE=0.073;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:310:310:0,310:1:0,0:156,154 chr17 72308403 . G A 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=89;END=72308403;VD=80;AF=0.8989;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=71:9;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=0.9750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=78;HICOV=80;LSEQ=CAGGGGTTGGGTGGGTTGGG;RSEQ=ACTGGGCGGGACACATGGCA;DUPRATE=0.073;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:89:80:0,80:0.8989:0,0:71,9 chr17 72308410 . C T 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=72308410;VD=192;AF=0.9897;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=66:126;PMEAN=16.9;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=180;HICOV=180;LSEQ=TGGGTGGGTTGGGGACTGGG;RSEQ=GGGACACATGGCACTTGGGT;DUPRATE=0.073;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:194:192:0,192:0.9897:0,0:66,126 chr17 72308447 . G A 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=205;END=72308447;VD=204;AF=0.9951;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=26:178;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=198;HICOV=198;LSEQ=GGGTTCTGCTTCTGCTTGCC;RSEQ=ACTTCCTGGGTGACCTTGAG;DUPRATE=0.073;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:205:204:0,204:0.9951:0,0:26,178 chr17 72310476 . G A 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=471;END=72310476;VD=468;AF=0.9936;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=220:248;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.286;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=447;HICOV=447;LSEQ=GCAGCACTGGGTGGTGGGCT;RSEQ=GGAGCATCGGGCCCTGACTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:471:468:0,468:0.9936:0,0:220,248 chr17 74133102 . C G 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=74133102;VD=7;AF=0.35;BIAS=1:0;REFBIAS=13:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.3500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=7;HICOV=20;LSEQ=CCAGTTCTGTTCCTCCCCAG;RSEQ=CTGACCCGGGCTCCTCCAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:20:7:13,7:0.35:13,0:7,0 chr17 74134318 . A AG 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=274;END=74134318;VD=118;AF=0.4307;BIAS=1:1;REFBIAS=2:142;VARBIAS=0:118;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.50303;ODDRATIO=0;MQ=60.3;SN=28.5;HIAF=0.4488;ADJAF=0.0255;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=114;HICOV=254;LSEQ=TTTCTCTGGCAGGGGAGAGG;RSEQ=GGGGGGGACAGACACACTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:274:118:144,118:0.4307:2,142:0,118 chr17 74136818 . C G 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=74136818;VD=7;AF=0.4375;BIAS=0:0;REFBIAS=0:9;VARBIAS=0:7;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4375;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=7;HICOV=16;LSEQ=CCCATCAGATCTGCCTCCCT;RSEQ=TTCCTTTCCTCTTCGAGGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:7:9,7:0.4375:0,9:0,7 chr17 74269775 . A C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=74269775;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=28.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=CTGACAGCACGGGCCCCAGC;RSEQ=CCCCAGGCTAGAAGGCAGGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:6,0 chr17 74269998 . A C 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=74269998;VD=6;AF=0.0343;BIAS=1:0;REFBIAS=169:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=16.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0244;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=4;HICOV=164;LSEQ=CAGACCCACTGTCCAAGAGA;RSEQ=GGTCTACCGAGTGGGCGGGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:6:169,6:0.0343:169,0:6,0 chr17 74270069 . T C 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=253;END=74270069;VD=250;AF=0.9881;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=221:29;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13.706;HIAF=0.9915;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=233;HICOV=235;LSEQ=TGCCTGGCCAACAGCGGGTA;RSEQ=TTCCCTTTCCCTCCATCTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:253:250:0,250:0.9881:0,0:221,29 chr17 74271753 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=74271753;VD=2;AF=0.0105;BIAS=1:2;REFBIAS=186:3;VARBIAS=1:1;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.04155;ODDRATIO=53.83803;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=CACAAATCACTCAGTCACTC;RSEQ=GGGTTCCTCTTTTCCACACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:2:189,2:0.0105:186,3:1,1 chr17 74272212 . C CACCCACCCA 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=120;END=74272212;VD=114;AF=0.95;BIAS=0:1;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:114;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.4;SN=228;HIAF=0.9120;ADJAF=0.1667;SHIFT3=9;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=114;HICOV=125;LSEQ=TCTTCATTCATTCTCGTGGC;RSEQ=ACCCACCCACTCACACAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:120:114:10,114:0.95:0,10:0,114 chr17 74272213 . A ACCCACCCAC 35 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=115;END=74272213;VD=2;AF=0.0174;BIAS=1:0;REFBIAS=0:107;VARBIAS=0:2;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0196;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=2;HICOV=102;LSEQ=CTTCATTCATTCTCGTGGCC;RSEQ=CCCACCCACTCACACAGAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:2:107,2:0.0174:0,107:0,2 chr17 74273165 . G A 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=322;END=74273165;VD=316;AF=0.9814;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=246:70;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.308;HIAF=0.9934;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=303;HICOV=305;LSEQ=AGAGGGCTGGCTGATTTTCT;RSEQ=GTGGCTTTAGAGAATGACTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:322:316:0,316:0.9814:0,0:246,70 chr17 74274596 . C T 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=74274596;VD=29;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:29;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=28;HICOV=28;LSEQ=CCTAGCATACCTGGAACCCA;RSEQ=AGGGCTCCAAGAGCAGCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:29:29:0,29:1:0,0:0,29 chr17 74274998 . G A 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=78;END=74274998;VD=77;AF=0.9872;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=77:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=70;HICOV=70;LSEQ=AGGAGGAGGCTCTCCACACT;RSEQ=TCCCACAGCACTGCCTTCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:78:77:0,77:0.9872:0,0:77,0 chr17 74275030 . T C 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=74275030;VD=91;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=86:5;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=90;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=90;HICOV=90;LSEQ=TGCCTTCTGTCACGTTCCGC;RSEQ=GGGCCCTCCGGAGTCATCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:91:91:0,91:1:0,0:86,5 chr17 74275160 . C T 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=261;END=74275160;VD=259;AF=0.9923;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=158:101;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.9960;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=252;HICOV=253;LSEQ=ACCTGCTCCAGTTCAAACAC;RSEQ=GTGTAGGGGCGGATGGAATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:261:259:0,259:0.9923:0,0:158,101 chr17 74276067 . C T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=371;END=74276067;VD=358;AF=0.965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=256:102;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=32.9;QSTD=1;SBF=0.28691;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8.179;HIAF=0.9907;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=319;HICOV=322;LSEQ=CCCAGCCCCCTCTGCCCTCA;RSEQ=CCCCTGAAGAGCGTGCCAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:371:358:1,358:0.965:0,1:256,102 chr17 74277580 . T G 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=74277580;VD=26;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=26:0;PMEAN=25.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=26;HICOV=26;LSEQ=ACCAGCAAGCCTGCCCTTTC;RSEQ=AGGGAAATTGAGAAGGGGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:26:26:0,26:1:0,0:26,0 chr17 74278548 . G C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=74278548;VD=18;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:18;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=18;HICOV=18;LSEQ=CCATAAACACACAGAGGACC;RSEQ=TAATGACACACAGGCCCCGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:18:18:0,18:1:0,0:0,18 chr17 74283124 . AACACACACACACACACACACACACACAC A 116 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=33;END=74283152;VD=9;AF=0.2727;BIAS=1:0;REFBIAS=24:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=8.7;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.2812;ADJAF=0.2727;SHIFT3=17;MSI=22;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=9;HICOV=32;LSEQ=CCCCTGCCCACACACCACAT;RSEQ=ACACACACACACACACATGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:33:9:24,9:0.2727:24,0:9,0 chr17 74283142 . CACACACACACACACACACACACACACAT C 141 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=42;END=74283170;VD=15;AF=0.3571;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.4545;ADJAF=0.3095;SHIFT3=0;MSI=9;MSILEN=2;NM=2.6;HICNT=15;HICOV=33;LSEQ=ATAACACACACACACACACA;RSEQ=GATGGGAGGGACCTAGTTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:15:19,15:0.3571:19,0:15,0 chr17 74283253 . A G 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=74283253;VD=85;AF=0.4427;BIAS=2:2;REFBIAS=68:38;VARBIAS=40:45;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.01953;ODDRATIO=2.00563;MQ=60;SN=170;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=85;HICOV=187;LSEQ=GGCCCTTGGTCCCTGGAGCT;RSEQ=AAGAGTGGGGAATCCTCACC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:85:106,85:0.4427:68,38:40,45 chr17 74283507 . C A 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=74283507;VD=58;AF=0.5631;BIAS=2:1;REFBIAS=3:42;VARBIAS=2:56;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.65105;ODDRATIO=1.98648;MQ=60;SN=57;HIAF=0.5644;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=57;HICOV=101;LSEQ=GGTCTCTCACCCTCCACCCC;RSEQ=CTCCAATGGATTTTGTCTAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:103:58:45,58:0.5631:3,42:2,56 chr17 74283535 . C T 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=74283535;VD=43;AF=0.4343;BIAS=2:2;REFBIAS=4:52;VARBIAS=3:40;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02538;MQ=60;SN=20.5;HIAF=0.4316;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=41;HICOV=95;LSEQ=GGATTTTGTCTAGGGAGTCC;RSEQ=GGGCTATGCCTCTGTCCTGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:43:56,43:0.4343:4,52:3,40 chr17 74283669 . A G 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=104;END=74283669;VD=51;AF=0.4904;BIAS=2:2;REFBIAS=43:10;VARBIAS=38:13;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.48258;ODDRATIO=1.46557;MQ=60;SN=50;HIAF=0.4950;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=50;HICOV=101;LSEQ=TCTAAGAAGCTTATTTTTGC;RSEQ=TTTCCAAGACCTGGTCCTGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:104:51:53,51:0.4904:43,10:38,13 chr17 74283769 . T C 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=74283769;VD=66;AF=0.5038;BIAS=1:2;REFBIAS=64:1;VARBIAS=62:4;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.36535;ODDRATIO=4.08949;MQ=60;SN=65;HIAF=0.5039;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=65;HICOV=129;LSEQ=AAGAGCAGACACAATCCAGG;RSEQ=CAAAGACAGTGGTCCATTCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:131:66:65,66:0.5038:64,1:62,4 chr17 74283929 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=296;END=74283929;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=136:156;VARBIAS=1:2;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.74044;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=291;LSEQ=CTCCAGCTTTCAGTTCCTTC;RSEQ=CTGCTTCTTGATTCCCTTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:296:3:292,3:0.0101:136,156:1,2 chr17 74283944 . C A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=282;END=74283944;VD=3;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=125:154;VARBIAS=2:1;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.59011;ODDRATIO=2.45627824719984;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=275;LSEQ=CCTTCCCTGCTTCTTGATTC;RSEQ=CTTCCCCTTCCAGGATCCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:282:3:279,3:0.0106:125,154:2,1 chr17 74285783 . T C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=74285783;VD=10;AF=0.4;BIAS=1:0;REFBIAS=15:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=10;HICOV=25;LSEQ=AATCCCAGCACTTTGGGAGG;RSEQ=CAAGGTAGGCAGATCATCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:25:10:15,10:0.4:15,0:10,0 chr17 74286082 . C T 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=301;END=74286082;VD=167;AF=0.5548;BIAS=2:2;REFBIAS=78:53;VARBIAS=110:57;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.27809;ODDRATIO=1.31006655138081;MQ=60;SN=54.667;HIAF=0.5775;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=164;HICOV=284;LSEQ=CTCTTCCTTACTTTTGCTTT;RSEQ=TCCTGCCAAACTTCTTTGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:301:167:131,167:0.5548:78,53:110,57 chr17 74286106 . C T 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=334;END=74286106;VD=182;AF=0.5449;BIAS=2:2;REFBIAS=81:68;VARBIAS=108:74;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.374;ODDRATIO=1.22445481149518;MQ=60;SN=29.333;HIAF=0.5483;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=176;HICOV=321;LSEQ=TGCCAAACTTCTTTGGCTAG;RSEQ=GTCTTTACGGTCTTCAGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:334:182:149,182:0.5449:81,68:108,74 chr17 74286173 . A G 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=337;END=74286173;VD=190;AF=0.5638;BIAS=2:2;REFBIAS=70:77;VARBIAS=84:106;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.58179;ODDRATIO=1.14671;MQ=60;SN=30.667;HIAF=0.5610;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=184;HICOV=328;LSEQ=TTTTGACTATGGAAAGCAGA;RSEQ=GCCTTATGATCAGAGGGGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:337:190:147,190:0.5638:70,77:84,106 chr17 74287204 . C G 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=714;END=74287204;VD=330;AF=0.4622;BIAS=2:2;REFBIAS=207:176;VARBIAS=186:144;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.54657;ODDRATIO=1.09808055518953;MQ=60;SN=81.5;HIAF=0.4611;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=326;HICOV=707;LSEQ=CACATAGAGGCTACTGAGCT;RSEQ=TCCCATCAGATGAAATGTCT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:714:330:383,330:0.4622:207,176:186,144 chr17 74287389 . T C 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=744;END=74287389;VD=354;AF=0.4758;BIAS=2:2;REFBIAS=178:208;VARBIAS=161:193;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.88273;ODDRATIO=1.02583;MQ=60;SN=353;HIAF=0.4842;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=353;HICOV=729;LSEQ=CCTTCTGGGCAGGAATTCCA;RSEQ=GTCGGTCCGAGGCTCGTGTT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:744:354:386,354:0.4758:178,208:161,193 chr17 74287594 . G A 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=695;END=74287594;VD=345;AF=0.4964;BIAS=2:2;REFBIAS=162:182;VARBIAS=157:188;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.70272;ODDRATIO=1.06575;MQ=60;SN=18.167;HIAF=0.4888;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=327;HICOV=669;LSEQ=CACATGCTGTTGATCTGGGT;RSEQ=TGTAGATCCCAAACCTGTAC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:695:345:344,345:0.4964:162,182:157,188 chr17 74288262 . T C 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=634;END=74288262;VD=330;AF=0.5205;BIAS=2:2;REFBIAS=81:183;VARBIAS=148:182;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=5e-04;ODDRATIO=1.83533384722681;MQ=58.4;SN=8.429;HIAF=0.5773;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=295;HICOV=511;LSEQ=CACCAGGTTGGACCAAACCA;RSEQ=GCTGAACTGCACCAGGTTGG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:634:330:264,330:0.5205:81,183:148,182 chr17 74288333 . TCCAGGTTGGACCAAACCACGCTGAACTGCA T 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=623;END=74288363;VD=18;AF=0.0289;BIAS=2:2;REFBIAS=275:329;VARBIAS=12:6;PMEAN=11.8;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.09395;ODDRATIO=2.38942916537239;MQ=58.8;SN=36;HIAF=0.0297;ADJAF=0.0289;SHIFT3=8;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=18;HICOV=606;LSEQ=ACCAAACCACGCTGATCCAC;RSEQ=CCAGGTTGCACCAAACCACG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:623:18:604,18:0.0289:275,329:12,6 chr17 74288372 . C G 161 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=576;END=74288372;VD=53;AF=0.092;BIAS=2:2;REFBIAS=223:264;VARBIAS=31:22;PMEAN=16.6;PSTD=1;QUAL=28.2;QSTD=1;SBF=0.08366;ODDRATIO=1.66655556296247;MQ=57.8;SN=2.312;HIAF=0.0808;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=37;HICOV=458;LSEQ=CGCTGAACTGCACCAGGTTG;RSEQ=ACCAAACCACGCTGAACTGC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:576:53:487,53:0.092:223,264:31,22 chr17 74288392 . CACCAGGTTGCACCAAACCACGCTGAACTAT C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=556;END=74288422;VD=17;AF=0.0306;BIAS=2:2;REFBIAS=280:246;VARBIAS=4:13;PMEAN=66.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.02384;ODDRATIO=3.691;MQ=51.8;SN=34;HIAF=0.0339;ADJAF=0;SHIFT3=17;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=17;HICOV=502;LSEQ=CACCAAACCACGCTGAACTG;RSEQ=ACCAGGTTGCACCAAACTAC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:556:17:526,17:0.0306:280,246:4,13 chr17 74288410 . C T 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=504;END=74288410;VD=60;AF=0.119;BIAS=2:2;REFBIAS=229:171;VARBIAS=22:38;PMEAN=14.9;PSTD=1;QUAL=30.9;QSTD=1;SBF=0.00337;ODDRATIO=2.30889;MQ=59.5;SN=5;HIAF=0.1168;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=50;HICOV=428;LSEQ=TGCACCAGGTTGCACCAAAC;RSEQ=ACGCTGAACTATACCAGGTT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:504:60:400,60:0.119:229,171:22,38 chr17 74288421 . AT GC 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=520;END=74288422;VD=153;AF=0.2942;BIAS=2:2;REFBIAS=154:115;VARBIAS=91:62;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=0.68235;ODDRATIO=1.09580634910199;MQ=58.8;SN=12.909;HIAF=0.3472;ADJAF=0.0769;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=142;HICOV=409;LSEQ=GCACCAAACCACGCTGAACT;RSEQ=ACCAGGTTGCACCAAACTAC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:520:153:269,153:0.2942:154,115:91,62 chr17 74288422 . TACCAGGTTGCACCAAACTACGCTGAACTTC T 132 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=501;END=74288452;VD=16;AF=0.0319;BIAS=2:2;REFBIAS=266:206;VARBIAS=11:5;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=33.1;QSTD=1;SBF=0.44351;ODDRATIO=1.70198280997362;MQ=57.4;SN=32;HIAF=0.0358;ADJAF=0.0319;SHIFT3=9;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=16;HICOV=447;LSEQ=CACCAAACCACGCTGAACTA;RSEQ=ACCAGGTTGTGCCAAACCAT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:501:16:472,16:0.0319:266,206:11,5 chr17 74288432 . CA TG 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=485;END=74288433;VD=7;AF=0.0144;BIAS=2:2;REFBIAS=245:201;VARBIAS=3:4;PMEAN=8;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=0.70641;ODDRATIO=1.62344;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0179;ADJAF=0.0041;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=7;HICOV=391;LSEQ=CGCTGAACTATACCAGGTTG;RSEQ=CCAAACTACGCTGAACTTCA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:485:7:446,7:0.0144:245,201:3,4 chr17 74288564 . CTGA C 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=700;END=74288567;VD=342;AF=0.4886;BIAS=2:2;REFBIAS=176:169;VARBIAS=171:171;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.81908;ODDRATIO=1.04138;MQ=57.9;SN=170;HIAF=0.5207;ADJAF=0.0686;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=340;HICOV=653;LSEQ=CCAGGTGGGACCAAACCACG;RSEQ=TGATCTGCACGAGGTTGTGC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:700:342:345,342:0.4886:176,169:171,171 chr17 74288603 . T C 81 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=698;END=74288603;VD=8;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=344:341;VARBIAS=4:4;PMEAN=18.1;PSTD=1;QUAL=27.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00879;MQ=37.2;SN=1.667;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=5;HICOV=652;LSEQ=TGTGCCAAACCACGCTGATC;RSEQ=ACTCCAGGTTGGACCAAACC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:698:8:685,8:0.0115:344,341:4,4 chr17 74288716 . TCTGATCTGCACCAGGTTGGACCAAGCCAGGCTGATATGCACCAGGCTGCACCAAAGCACGCTGAAATCTGCCAGGTTGGACCATGCCAGGCTGATCTACACCAGGCTGTACCAAGACACCCTGACCTGTGCCAGATTGGACCAAATCATGCTGACCTGTGCCAGGCTGGATCAAACCATGCTGATCTCTACCAGGTTGGGCCAAACCAGACTGATCCATTCCAGGCCAGACCAAACCACGCTGATCTGCACCAGGTTGGGCCAAACCAGACTGATCCATTCCAGGCCGGACCAAACCACG T 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=688;END=74289016;VD=27;AF=0.0392;BIAS=2:2;REFBIAS=359:314;VARBIAS=15:12;PMEAN=25.8;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=0.84689;ODDRATIO=1.09314706107413;MQ=51.1;SN=54;HIAF=0.0391;ADJAF=0.0392;SHIFT3=43;MSI=1;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=27;HICOV=690;LSEQ=ACCAGGTTGCACCACATCAA;RSEQ=CTGATCTGCACCAGGTTGGA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=12;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:688:27:673,27:0.0392:359,314:15,12 chr17 74289500 . G A 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=818;END=74289500;VD=409;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=198:208;VARBIAS=212:197;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.40083;ODDRATIO=1.13031388816674;MQ=60;SN=80.8;HIAF=0.5031;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=404;HICOV=803;LSEQ=AACATACGTTGCTCATCCAC;RSEQ=ACAAATGGTATCAATTCCCG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:818:409:406,409:0.5:198,208:212,197 chr17 74289705 . A G 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=746;END=74289705;VD=374;AF=0.5013;BIAS=2:2;REFBIAS=158:212;VARBIAS=146:228;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.33245;ODDRATIO=1.16363;MQ=60;SN=186;HIAF=0.5160;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=372;HICOV=721;LSEQ=TACTGGGCTGGTCTCTGGCC;RSEQ=AGGGTAAGTCCTGTTGAACT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:746:374:370,374:0.5013:158,212:146,228 chr17 74289839 . G A 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=635;END=74289839;VD=306;AF=0.4819;BIAS=2:2;REFBIAS=177:151;VARBIAS=175:131;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.42485;ODDRATIO=1.1394063692816;MQ=60;SN=60.2;HIAF=0.4831;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=301;HICOV=623;LSEQ=GACTGATGGAGTCGTGGCAC;RSEQ=CCAGCTTCATCACGGGCCCT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:635:306:328,306:0.4819:177,151:175,131 chr17 74289875 . C T 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=625;END=74289875;VD=295;AF=0.472;BIAS=2:2;REFBIAS=177:153;VARBIAS=162:133;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.80939;ODDRATIO=1.05276455973386;MQ=60;SN=72.75;HIAF=0.4724;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=291;HICOV=616;LSEQ=GCCCTCGGCTGCTGCTGTCT;RSEQ=CCAGTACCAGAGGGGACCTT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:625:295:330,295:0.472:177,153:162,133 chr17 74289908 . A G 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=605;END=74289908;VD=291;AF=0.481;BIAS=2:2;REFBIAS=162:151;VARBIAS=153:138;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.87064;ODDRATIO=1.03337811305157;MQ=60;SN=144.5;HIAF=0.4841;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=289;HICOV=597;LSEQ=GGGACCTTGCTTTGTTCCCT;RSEQ=CTGGAAACCCCATCAGAGGG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:605:291:313,291:0.481:162,151:153,138 chr17 74290097 . T A 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=554;END=74290097;VD=270;AF=0.4874;BIAS=2:2;REFBIAS=113:170;VARBIAS=108:162;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00294866908712;MQ=60;SN=134;HIAF=0.4891;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=268;HICOV=548;LSEQ=GAAAATCCCATAAGTGTTTC;RSEQ=GAGCCCTGGTTGGAGAGGAA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:554:270:283,270:0.4874:113,170:108,162 chr17 74290566 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=74290566;VD=2;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:2;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=4;LSEQ=AGGTCTCCATATTTTTGAGA;RSEQ=TCTGCATATTTGAAAATGGC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:2:2,2:0.5:0,2:0,2 chr17 74300461 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=74300461;VD=2;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=130:63;VARBIAS=1:1;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.54983;ODDRATIO=2.05522;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=191;LSEQ=GAGAAGTTCTGGGGAGCCCC;RSEQ=CCCAAGACCACGGCCCAGGC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:195:2:193,2:0.0103:130,63:1,1 chr17 74300812 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=74300812;VD=2;AF=0.0109;BIAS=2:0;REFBIAS=134:47;VARBIAS=2:0;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=180;LSEQ=CAGAGCGCTGGGCAGGGCTG;RSEQ=GGCAGATTTCCCTCCAACCC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:2:181,2:0.0109:134,47:2,0 chr17 74301070 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=201;END=74301070;VD=3;AF=0.0149;BIAS=2:2;REFBIAS=61:137;VARBIAS=1:2;PMEAN=29.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.12228407254444;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0101;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=199;LSEQ=TGACAGTGGCCCCTACACAC;RSEQ=CACACTCACATGCACACACA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:201:3:198,3:0.0149:61,137:1,2 chr17 74301082 . GCA G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=192;END=74301084;VD=2;AF=0.0104;BIAS=2:2;REFBIAS=53:137;VARBIAS=1:1;PMEAN=63.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.48446;ODDRATIO=2.5701655186594;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=190;LSEQ=CTACACACGCACACTCACAT;RSEQ=CACACACACAGATGCGCACA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:2:190,2:0.0104:53,137:1,1 chr17 74301159 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=119;END=74301159;VD=2;AF=0.0168;BIAS=1:0;REFBIAS=1:116;VARBIAS=0:2;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=CGCACATTCACACACTGACT;RSEQ=AGTGCCAGGAGACGAGGAAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:119:2:117,2:0.0168:1,116:0,2 chr17 74303370 . G A 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=74303370;VD=68;AF=0.4857;BIAS=1:1;REFBIAS=70:1;VARBIAS=68:0;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.667;HIAF=0.4851;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=65;HICOV=134;LSEQ=GCAGCCCCGTGGACTGCAAG;RSEQ=TAGAGCATGGGCCACTCTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:68:71,68:0.4857:70,1:68,0 chr17 74303466 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=74303466;VD=3;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=188:81;VARBIAS=2:1;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.15982;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=270;LSEQ=ACCACCGCTCACCCCTCCAG;RSEQ=GTGGTGGGGACTCGGCTAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:272:3:269,3:0.011:188,81:2,1 chr17 74303832 . G C 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=632;END=74303832;VD=325;AF=0.5142;BIAS=2:2;REFBIAS=133:171;VARBIAS=138:187;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.748;ODDRATIO=1.05383;MQ=60;SN=650;HIAF=0.5167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=325;HICOV=629;LSEQ=CCCTGCGCTTCTCCCGGGGC;RSEQ=CCCCCTTGGGCACCTCCTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:632:325:304,325:0.5142:133,171:138,187 chr17 74304140 . C T 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=589;END=74304140;VD=281;AF=0.4771;BIAS=2:2;REFBIAS=140:165;VARBIAS=146:135;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.15975;ODDRATIO=1.27406388156302;MQ=60;SN=22.417;HIAF=0.4703;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=269;HICOV=572;LSEQ=CAACCACTTCCCGCTCACTG;RSEQ=ACGCCGCGCCTTGGGGCCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:589:281:305,281:0.4771:140,165:146,135 chr17 74304828 . AT A 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=286;END=74304829;VD=8;AF=0.028;BIAS=2:2;REFBIAS=48:228;VARBIAS=1:7;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.4719;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0291;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=8;HICOV=275;LSEQ=CCCTTTTCTGTGCTGCCATA;RSEQ=TTTTTTTTTACTTTTGAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:286:8:276,8:0.028:48,228:1,7 chr17 76420373 . G A 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=76420373;VD=184;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:182;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=176;HICOV=176;LSEQ=GGCTTCAGGCCAGCTGCCAC;RSEQ=GCTGGAAGCAGAGGCCTTCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:184:184:0,184:1:0,0:2,182 chr17 76421837 . CTTTTTTTTTTTT C 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=131;END=76421849;VD=77;AF=0.5878;BIAS=1:1;REFBIAS=1:25;VARBIAS=0:77;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.25243;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=76;HIAF=0.6080;ADJAF=0.1908;SHIFT3=15;MSI=27;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=76;HICOV=125;LSEQ=TGACGCAACTTTGGTGTCTG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGAGAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:131:77:26,77:0.5878:1,25:0,77 chr17 76421873 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=76421873;VD=2;AF=0.0217;BIAS=1:0;REFBIAS=0:86;VARBIAS=0:2;PMEAN=58;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0308;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=65;LSEQ=TTTTTTTTTTTTGAGATGAA;RSEQ=TATCGCTCTGTCACCCAGGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:92:2:86,2:0.0217:0,86:0,2 chr17 76422473 . T C 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=302;END=76422473;VD=301;AF=0.9967;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=241:60;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=149.5;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=299;HICOV=300;LSEQ=GCAGGCTCTAGGGTGTGGGG;RSEQ=GTGCCGAGCTCTGGGCACTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:302:301:0,301:0.9967:0,0:241,60 chr17 76423097 . G A 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=589;END=76423097;VD=579;AF=0.983;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=285:294;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.966;HIAF=0.9928;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=550;HICOV=554;LSEQ=TCTTGAAAGGCGACTACCAC;RSEQ=TAGGGGGTCTTTTCCGCTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:589:579:0,579:0.983:0,0:285,294 chr17 76424348 . T C 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=76424348;VD=67;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=66:1;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=134;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=67;HICOV=67;LSEQ=GTGGAGGGCTGGGATGCTCT;RSEQ=GGAGCCGCATCCACACCCCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:67:67:0,67:1:0,0:66,1 chr17 76424482 . A G 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=291;END=76424482;VD=291;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=291:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=288;HICOV=288;LSEQ=TGTTTCTGATACCCAAGCCC;RSEQ=AGGCTGGGGCAGAGTGTACC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:291:291:0,291:1:0,0:291,0 chr17 76425005 . T TA 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=174;END=76425005;VD=53;AF=0.3046;BIAS=2:2;REFBIAS=31:42;VARBIAS=22:30;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00644;MQ=60.7;SN=52;HIAF=0.4094;ADJAF=0;SHIFT3=22;MSI=23;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=52;HICOV=127;LSEQ=TGAGGCTGCATTTCTTTCTT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:53:73,53:0.3046:31,42:22,30 chr17 76429996 . G GGGAGGGAAGGAAGGAGGGAGGGAA 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=290;END=76429996;VD=36;AF=0.1241;BIAS=1:1;REFBIAS=208:0;VARBIAS=36:0;PMEAN=26.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.6;SN=72;HIAF=0.1481;ADJAF=0.1034;SHIFT3=31;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=36;HICOV=243;LSEQ=AGACAAAGACCAAAAGGAAA;RSEQ=GGAGGGAAGGAAGGAGGGAG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:290:36:208,36:0.1241:208,0:36,0 chr17 76430004 . A AGGAAGGAGGGAGGGAAGGAGGGAG 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=294;END=76430004;VD=83;AF=0.2823;BIAS=1:1;REFBIAS=118:0;VARBIAS=83:0;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57;SN=166;HIAF=0.3952;ADJAF=0.1803;SHIFT3=59;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=83;HICOV=210;LSEQ=ACCAAAAGGAAAGGGAGGGA;RSEQ=GGAAGGAGGGAGGGAAGGAG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:294:83:118,83:0.2823:118,0:83,0 chr17 76433685 . A G 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=425;END=76433685;VD=424;AF=0.9976;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=322:102;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=211;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=422;HICOV=422;LSEQ=GATGGATGCCAGGCCGTGGC;RSEQ=TGGGATGGGGAGGCAGCCCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:425:424:0,424:0.9976:0,0:322,102 chr17 76433898 . T C 329 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=553;END=76433898;VD=551;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=230:321;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=77.714;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=544;HICOV=545;LSEQ=CATGGCTGCCCGTGCTGTAG;RSEQ=GCTCCAGCTTCTTGTCCAGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:553:551:1,551:0.9964:0,1:230,321 chr17 76435421 . A G 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=76435421;VD=87;AF=0.5088;BIAS=1:1;REFBIAS=0:83;VARBIAS=1:86;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42.5;HIAF=0.5312;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=85;HICOV=160;LSEQ=GTTTCGGTGGTGAAATACAC;RSEQ=TGACATAAAACTTGCTGTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:171:87:83,87:0.5088:0,83:1,86 chr17 76435448 . C T 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=76435448;VD=134;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:133;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=130;HICOV=130;LSEQ=AAAACTTGCTGTTTTAAAAC;RSEQ=CATCTTAAAGCGTACAGTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:134:134:0,134:1:0,0:1,133 chr17 76441548 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=219;END=76441548;VD=3;AF=0.0137;BIAS=1:0;REFBIAS=212:4;VARBIAS=3:0;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0093;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=215;LSEQ=ATTTATGGGCCACAGAGCCT;RSEQ=GTATTCTGGCCTTGGAAACA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:219:3:216,3:0.0137:212,4:3,0 chr17 76441984 . A G 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=76441984;VD=64;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:64;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=128;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=64;HICOV=64;LSEQ=CATTTTGGCCGGGCACAGTG;RSEQ=CTCACGCCTGTAATCCCAGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:64:64:0,64:1:0,0:0,64 chr17 76445922 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=96;END=76445923;VD=2;AF=0.0208;BIAS=2:0;REFBIAS=8:86;VARBIAS=0:2;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0213;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=94;LSEQ=CACACCACCACACCTGGCTA;RSEQ=TTTTTTTTATTTTTAGTACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:2:94,2:0.0208:8,86:0,2 chr17 76446173 . C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=229;END=76446173;VD=3;AF=0.0131;BIAS=1:0;REFBIAS=226:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=51.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=227;LSEQ=GTGTAGGACTGATGGGGGCC;RSEQ=CTGGCTCCCCCTCTTCCAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:229:3:226,3:0.0131:226,0:3,0 chr17 76446661 . C G 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=389;END=76446661;VD=182;AF=0.4679;BIAS=2:2;REFBIAS=114:93;VARBIAS=104:78;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.68382;ODDRATIO=1.08748844543527;MQ=60;SN=90;HIAF=0.4737;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=180;HICOV=380;LSEQ=CCCACTCGGGCACGTATGAC;RSEQ=GAAGCTGCTTTTCTCCTTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:389:182:207,182:0.4679:114,93:104,78 chr17 76446689 . A G 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=391;END=76446689;VD=390;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=240:150;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=77;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=385;HICOV=386;LSEQ=CTTTTCTCCTTTCTCATGGT;RSEQ=GGGAGGCGCCGATCGCCCGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:391:390:0,390:0.9974:0,0:240,150 chr17 76449061 . C CTCT 131 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=14;END=76449061;VD=13;AF=0.9286;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=20.2;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=1.0000;ADJAF=0.3571;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=13;HICOV=13;LSEQ=CATCGTGAGTGTACCAAATG;RSEQ=TCAATTGTGTATTTTAATGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:13:0,13:0.9286:0,0:13,0 chr17 76449068 . G A 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=76449068;VD=16;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=16:0;PMEAN=24.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=16;HICOV=16;LSEQ=AGTGTACCAAATGCTCAATT;RSEQ=TGTATTTTAATGTGGTTAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:16,0 chr17 76449505 . G C 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=407;END=76449505;VD=407;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=199:208;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=403;HICOV=403;LSEQ=CCGATGTTCTCAATGAGCAA;RSEQ=GTGTCCCCTTCCGAGATGGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:407:407:0,407:1:0,0:199,208 chr17 76450996 . G GT 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=99;END=76450996;VD=3;AF=0.0303;BIAS=1:0;REFBIAS=0:91;VARBIAS=0:3;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=6;HIAF=0.0330;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=91;LSEQ=GCACAGCAACACCGGGCCAC;RSEQ=TTTTTTTTTTCCCCTGACAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:3:91,3:0.0303:0,91:0,3 chr17 76451412 . AT A 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=37;END=76451413;VD=25;AF=0.6757;BIAS=0:1;REFBIAS=7:0;VARBIAS=25:0;PMEAN=27.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.6944;ADJAF=0.1892;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=25;HICOV=36;LSEQ=CGAGTGATGAGTAGGACTCC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTAAGATGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:37:25:7,25:0.6757:7,0:25,0 chr17 76451573 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=219;END=76451574;VD=4;AF=0.0183;BIAS=1:0;REFBIAS=212:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0188;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=213;LSEQ=CCCCCCACCAAGCCTGGCTA;RSEQ=TTTTTTTTAAATTTAATAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:219:4:212,4:0.0183:212,0:4,0 chr17 76451921 . A G 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=449;END=76451921;VD=449;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=111:338;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=63.143;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=442;HICOV=442;LSEQ=GCTAATCCCCCGACCAGCCT;RSEQ=AAGTGGGATGAGAGAGAATA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:449:449:0,449:1:0,0:111,338 chr17 76452181 . T G 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=50;END=76452181;VD=50;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:49;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=49;HICOV=49;LSEQ=ACTTGAGGTCAGGGGGTCGA;RSEQ=ACCAGCCTGGCCAATATGGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:50:50:0,50:1:0,0:1,49 chr17 76452217 . C T 174 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=76452217;VD=27;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:26;PMEAN=31.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=27;HICOV=27;LSEQ=ATGGTGAAACCCCGTCTCTA;RSEQ=TAAAAATACAAAAATTAGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:27:27:0,27:1:0,0:1,26 chr17 76454582 . T G 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=265;END=76454582;VD=5;AF=0.0189;BIAS=2:0;REFBIAS=216:44;VARBIAS=5:0;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.59413;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=2;NM=2.6;HICNT=3;HICOV=245;LSEQ=CCTCTTCCTCCCAAGGCAGT;RSEQ=GTGTGGGCTTGTCCCTTTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:265:5:260,5:0.0189:216,44:5,0 chr17 76455483 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=76455483;VD=3;AF=0.0171;BIAS=1:0;REFBIAS=8:164;VARBIAS=0:3;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=156;LSEQ=CCCATTACCCCACAGTGGCA;RSEQ=TGCCCAGTTTTCCAAGTCGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:3:172,3:0.0171:8,164:0,3 chr17 76456352 . T C 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=435;END=76456352;VD=432;AF=0.9931;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=154:278;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=107;HIAF=0.9977;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=428;HICOV=429;LSEQ=GTGACGTTCTGGAAGGAAGA;RSEQ=GGACAGGAGAGGTTACTGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:435:432:0,432:0.9931:0,0:154,278 chr17 76456403 . C CGTGCATGTGT 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=359;END=76456403;VD=292;AF=0.8134;BIAS=2:2;REFBIAS=45:47;VARBIAS=16:276;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=16.32895;MQ=60.2;SN=584;HIAF=0.7584;ADJAF=0.2228;SHIFT3=38;MSI=3.8;MSILEN=2;NM=0.8;HICNT=292;HICOV=385;LSEQ=TGTGCCTGTGGGGGCGTGTA;RSEQ=GTGCATGTGTGTGCATGTGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:359:292:92,292:0.8134:45,47:16,276 chr17 76457559 . T G 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=346;END=76457559;VD=345;AF=0.9971;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=290:55;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.286;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=338;HICOV=338;LSEQ=CGGTGGCACCTGACCACACG;RSEQ=GGAAGCCCAGGAGGCCTGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:346:345:0,345:0.9971:0,0:290,55 chr17 76457910 . G C 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=227;END=76457910;VD=226;AF=0.9956;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:225;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=55.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=222;HICOV=222;LSEQ=ACGGCAGGGCCGTGTCTTAC;RSEQ=ACTCCCAGTGACTCGTTTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:227:226:0,226:0.9956:0,0:1,225 chr17 76459352 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=76459352;VD=2;AF=0.011;BIAS=1:0;REFBIAS=1:178;VARBIAS=0:2;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=180;LSEQ=TGAGCACTGCACCATGGAAG;RSEQ=GTTTAGCTCAGCGCACAGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:2:179,2:0.011:1,178:0,2 chr17 76462533 . TA T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=168;END=76462534;VD=4;AF=0.0238;BIAS=1:0;REFBIAS=163:1;VARBIAS=4:0;PMEAN=12.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0240;ADJAF=0.0119;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=167;LSEQ=TCAATAAAAAATAAATAAAT;RSEQ=AAAAAAAATAAAAAATAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:168:4:164,4:0.0238:163,1:4,0 chr17 76462770 . G A 315 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=517;END=76462770;VD=511;AF=0.9884;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=234:277;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.227;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=489;HICOV=489;LSEQ=GTCTCCTCCAGGAAGCGGGC;RSEQ=CTGACGGACACCAGCGCATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:517:511:0,511:0.9884:0,0:234,277 chr17 76464395 . C G 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=76464395;VD=65;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=65:0;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=64;HICOV=64;LSEQ=CGACACTGTTTTATATCGGG;RSEQ=CCTTGAGCATCCATCCCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:65:65:0,65:1:0,0:65,0 chr17 76464436 . C G 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=76464436;VD=74;AF=0.9867;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=74:0;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.9863;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=72;HICOV=73;LSEQ=GTGGATTCTGGTATCCATGG;RSEQ=GGTCCTGGAATCCAACCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:75:74:0,74:0.9867:0,0:74,0 chr17 76464971 . C T 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=526;END=76464971;VD=243;AF=0.462;BIAS=2:2;REFBIAS=88:195;VARBIAS=64:179;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.24769;ODDRATIO=1.26162;MQ=60;SN=59.75;HIAF=0.4632;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=239;HICOV=516;LSEQ=AGCAGCGAGGTCAATCTGGA;RSEQ=GGAGTGAGGACACGCTTAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:526:243:283,243:0.462:88,195:64,179 chr17 76465069 . G A 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=76465069;VD=119;AF=0.444;BIAS=2:1;REFBIAS=10:139;VARBIAS=3:116;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.15415;ODDRATIO=2.77215;MQ=60;SN=118;HIAF=0.4453;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=118;HICOV=265;LSEQ=GGCCATTTTTTCTTTGAGAC;RSEQ=GAGTCTCGCTCTGTCGCCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:119:149,119:0.444:10,139:3,116 chr17 76465255 . G A 143 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=76465255;VD=20;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:20;VARBIAS=0:20;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=19;HIAF=0.4872;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=19;HICOV=39;LSEQ=TTTTTTTGAGACTGAGTCTC;RSEQ=CTCTGTCACCCAGGCTGGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:40:20:20,20:0.5:0,20:0,20 chr17 76471047 . CAT TGC 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=15;END=76471049;VD=3;AF=0.2;BIAS=0:0;REFBIAS=12:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=21.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.2000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.7;HICNT=3;HICOV=15;LSEQ=CAGACCCTTCACCTCAGTCA;RSEQ=GGGCTGGAAGGTTTCACACG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:15:3:12,3:0.2:12,0:3,0 chr17 76471054 . T C 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=76471054;VD=15;AF=0.9375;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=27.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.9375;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=15;HICOV=16;LSEQ=TTCACCTCAGTCACATGGGC;RSEQ=GGAAGGTTTCACACGCTTCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:15:1,15:0.9375:1,0:15,0 chr17 76471057 . A G 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=76471057;VD=13;AF=0.5652;BIAS=0:1;REFBIAS=10:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=28.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.5652;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=13;HICOV=23;LSEQ=ACCTCAGTCACATGGGCTGG;RSEQ=AGGTTTCACACGCTTCACCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:23:13:10,13:0.5652:10,0:13,0 chr17 76471069 . G C 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=76471069;VD=13;AF=0.3939;BIAS=1:1;REFBIAS=19:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=17.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.3750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=12;HICOV=32;LSEQ=TGGGCTGGAAGGTTTCACAC;RSEQ=CTTCACCTCAGTCACATGGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:33:13:19,13:0.3939:19,0:13,0 chr17 76471136 . G A 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=85;END=76471136;VD=43;AF=0.5059;BIAS=1:1;REFBIAS=41:0;VARBIAS=43:0;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=0.5119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=43;HICOV=84;LSEQ=ACCCTTCACCTCAGTCACAC;RSEQ=GGCTGGAAGGTTTCACACTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:85:43:41,43:0.5059:41,0:43,0 chr17 76471142 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=76471142;VD=2;AF=0.022;BIAS=1:0;REFBIAS=88:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=46.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0225;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=89;LSEQ=CACCTCAGTCACACGGGCTG;RSEQ=AAGGTTTCACACTCTTCACC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:2:88,2:0.022:88,0:2,0 chr17 76471236 . A G 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=219;END=76471236;VD=89;AF=0.4064;BIAS=1:1;REFBIAS=129:1;VARBIAS=87:2;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.5678;ODDRATIO=2.9507;MQ=60;SN=28.667;HIAF=0.4115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=86;HICOV=209;LSEQ=AAGATAAAGACCCTTTGGAT;RSEQ=AGGACTATTGGTGATGCTCG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:219:89:130,89:0.4064:129,1:87,2 chr17 76471248 . T C 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=76471248;VD=98;AF=0.41;BIAS=1:1;REFBIAS=138:1;VARBIAS=95:3;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.30936;ODDRATIO=4.33184;MQ=60;SN=48;HIAF=0.4103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=96;HICOV=234;LSEQ=CTTTGGATAAGGACTATTGG;RSEQ=GATGCTCGGATTCCCTGTAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:239:98:139,98:0.41:138,1:95,3 chr17 76471338 . C T 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=456;END=76471338;VD=215;AF=0.4715;BIAS=2:2;REFBIAS=180:59;VARBIAS=165:50;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.74237;ODDRATIO=1.08146690170547;MQ=60;SN=22.889;HIAF=0.4692;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=206;HICOV=439;LSEQ=ACCCTACCCTGAAAGGCAGC;RSEQ=TATTGAACAGTAAGCTCTCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:456:215:239,215:0.4715:180,59:165,50 chr17 76471366 . G A 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=507;END=76471366;VD=257;AF=0.5069;BIAS=2:2;REFBIAS=179:69;VARBIAS=178:79;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.49461;ODDRATIO=1.15104;MQ=60;SN=41.833;HIAF=0.5081;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=251;HICOV=494;LSEQ=CAGTAAGCTCTCACCTTGAG;RSEQ=TCGGGGATCCCGTAGCCCTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:507:257:248,257:0.5069:179,69:178,79 chr17 76471563 . G A 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=608;END=76471563;VD=302;AF=0.4967;BIAS=2:2;REFBIAS=146:159;VARBIAS=129:173;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.22147;ODDRATIO=1.231;MQ=60;SN=19.133;HIAF=0.4864;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=287;HICOV=590;LSEQ=AAACAGCACCTGCAGAAACC;RSEQ=GAGAGATCCCACAACATCTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:608:302:305,302:0.4967:146,159:129,173 chr17 76471679 . G A 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=588;END=76471679;VD=288;AF=0.4898;BIAS=2:2;REFBIAS=150:146;VARBIAS=148:140;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.86889;ODDRATIO=1.02891243955139;MQ=60;SN=31;HIAF=0.4869;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=279;HICOV=573;LSEQ=CCACACAATGCCACTCGGAT;RSEQ=TCGATAATGCAACCGGAGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:588:288:296,288:0.4898:150,146:148,140 chr17 76471925 . GA G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=451;END=76471926;VD=6;AF=0.0133;BIAS=2:2;REFBIAS=130:314;VARBIAS=4:2;PMEAN=52.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.0674;ODDRATIO=4.81139337952271;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0134;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=6;HICOV=447;LSEQ=TCACCAAGATCCTAGAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAGACGATACTTCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:451:6:444,6:0.0133:130,314:4,2 chr17 76472169 . C T 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=76472169;VD=38;AF=0.4524;BIAS=1:2;REFBIAS=2:44;VARBIAS=4:34;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.40273;ODDRATIO=2.5593120569191;MQ=60;SN=76;HIAF=0.4524;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=38;HICOV=84;LSEQ=AGAAATGATTCCACCAAGAA;RSEQ=ACACGGGACACACCAGCGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:84:38:46,38:0.4524:2,44:4,34 chr17 76472173 . C T 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=76472173;VD=38;AF=0.4691;BIAS=1:2;REFBIAS=2:40;VARBIAS=4:34;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.41587;ODDRATIO=2.32839713141473;MQ=60;SN=37;HIAF=0.4684;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=37;HICOV=79;LSEQ=ATGATTCCACCAAGAACACA;RSEQ=GGGACACACCAGCGAGGCAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:38:42,38:0.4691:2,40:4,34 chr17 76472297 . C T 125 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=76472297;VD=15;AF=0.4412;BIAS=2:2;REFBIAS=16:2;VARBIAS=9:6;PMEAN=20.1;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=0.10149;ODDRATIO=5.05597;MQ=60;SN=14;HIAF=0.4375;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=14;HICOV=32;LSEQ=CTCACTCAGACCCACAGCCA;RSEQ=GTGCCGGAGTTATCGCGTGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:15:18,15:0.4412:16,2:9,6 chr17 76472420 . 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G A 179 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=122;END=76472435;VD=32;AF=0.2623;BIAS=1:1;REFBIAS=88:1;VARBIAS=32:0;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=51.7;SN=64;HIAF=0.2689;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=32;HICOV=119;LSEQ=AGCCACGTGCCGGAGTTATC;RSEQ=CGTGGAACCCTCGGACCCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:122:32:89,32:0.2623:88,1:32,0 chr17 76472451 . C T 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=76472451;VD=21;AF=0.1522;BIAS=1:1;REFBIAS=110:4;VARBIAS=21:0;PMEAN=16.7;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=55;SN=9.5;HIAF=0.1484;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=19;HICOV=128;LSEQ=TATCGCGTGGAACCCTCGGA;RSEQ=CCACAGCCACGTGCCGGAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:21:114,21:0.1522:110,4:21,0 chr17 76472462 . G T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=76472462;VD=9;AF=0.0621;BIAS=1:0;REFBIAS=126:4;VARBIAS=9:0;PMEAN=13.2;PSTD=1;QUAL=27;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=54;SN=2;HIAF=0.0458;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=6;HICOV=131;LSEQ=ACCCTCGGACCCACAGCCAC;RSEQ=TGCCGGAGTTATCGCGTGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:9:130,9:0.0621:126,4:9,0 chr17 76472466 . C T 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=76472466;VD=8;AF=0.0552;BIAS=1:0;REFBIAS=127:4;VARBIAS=8:0;PMEAN=12.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=53.2;SN=3;HIAF=0.0472;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=6;HICOV=127;LSEQ=TCGGACCCACAGCCACGTGC;RSEQ=GGAGTTATCGCGTGGAACCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:8:131,8:0.0552:127,4:8,0 chr17 76472470 . G A 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=76472470;VD=7;AF=0.0467;BIAS=1:0;REFBIAS=133:4;VARBIAS=7:0;PMEAN=14.7;PSTD=1;QUAL=28.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=52.3;SN=6;HIAF=0.0429;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=6;HICOV=140;LSEQ=ACCCACAGCCACGTGCCGGA;RSEQ=TTATCGCGTGGAACCCTCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:150:7:137,7:0.0467:133,4:7,0 chr17 76472472 . T G 83 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=76472472;VD=7;AF=0.0473;BIAS=1:0;REFBIAS=131:4;VARBIAS=7:0;PMEAN=10;PSTD=1;QUAL=29.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=52.3;SN=2.5;HIAF=0.0373;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=5;HICOV=134;LSEQ=CCACAGCCACGTGCCGGAGT;RSEQ=ATCGCGTGGAACCCTCGGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:7:135,7:0.0473:131,4:7,0 chr17 76472768 . G A 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=552;END=76472768;VD=551;AF=0.9982;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=260:291;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.47283;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.55;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=531;HICOV=531;LSEQ=TCATGTAGCCAAAGGCGGAC;RSEQ=AGGTCCAGTGGGGTTTTCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:552:551:1,551:0.9982:1,0:260,291 chr17 76472829 . A G 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=439;END=76472829;VD=198;AF=0.451;BIAS=2:2;REFBIAS=96:142;VARBIAS=68:130;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.23346;ODDRATIO=1.29169;MQ=60;SN=48.5;HIAF=0.4608;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=194;HICOV=421;LSEQ=AGAGTCCCTGCCCCAAACAC;RSEQ=GGATGATCAGCACCGTCAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:439:198:238,198:0.451:96,142:68,130 chr17 76472855 . C T 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=380;END=76472855;VD=209;AF=0.55;BIAS=2:2;REFBIAS=51:120;VARBIAS=73:136;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.32287;ODDRATIO=1.26219596854608;MQ=60;SN=103.5;HIAF=0.5491;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=207;HICOV=377;LSEQ=ATCAGCACCGTCAGCTGTTA;RSEQ=GAAGGCGAGCCCAGAGCTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:380:209:171,209:0.55:51,120:73,136 chr17 76472914 . C T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=76472914;VD=104;AF=0.4143;BIAS=2:1;REFBIAS=14:131;VARBIAS=5:99;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.22592;ODDRATIO=2.11011;MQ=60;SN=19.8;HIAF=0.4074;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=99;HICOV=243;LSEQ=AGCAGCCCCCTCCCCCGGGG;RSEQ=GAGGGGACCTGTTCAGCTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:251:104:145,104:0.4143:14,131:5,99 chr17 76472976 . G A 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=76472976;VD=91;AF=0.4619;BIAS=1:1;REFBIAS=0:105;VARBIAS=0:91;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.333;HIAF=0.4607;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=88;HICOV=191;LSEQ=CCAGGGAAGCCACTCATCAC;RSEQ=GAGGTCCCAAAAATCCCGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:91:105,91:0.4619:0,105:0,91 chr17 76472986 . A C 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=76472986;VD=87;AF=0.4677;BIAS=1:1;REFBIAS=0:98;VARBIAS=0:87;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=0.4699;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=86;HICOV=183;LSEQ=CACTCATCACGGAGGTCCCA;RSEQ=AAATCCCGGATGCCAGTGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:87:98,87:0.4677:0,98:0,87 chr17 76474754 . TACC T 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=16;END=76474757;VD=8;AF=0.5;BIAS=2:0;REFBIAS=6:2;VARBIAS=8:0;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.46667;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.5333;ADJAF=0.25;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=8;HICOV=15;LSEQ=ACCACCATCACTACCATCAC;RSEQ=ACCATCATCACAATTATTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:16:8:8,8:0.5:6,2:8,0 chr17 76475067 . A G 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=364;END=76475067;VD=363;AF=0.9973;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=261:102;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=180.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=361;HICOV=361;LSEQ=ACCTGTGGATCAGGCACTGG;RSEQ=CCGTAAGGCAGGCATGACAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:364:363:0,363:0.9973:0,0:261,102 chr17 76475809 . T C 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=369;END=76475809;VD=184;AF=0.4986;BIAS=2:2;REFBIAS=13:171;VARBIAS=23:161;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.11327;ODDRATIO=1.8759262385803;MQ=60;SN=19.444;HIAF=0.4958;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=175;HICOV=353;LSEQ=GAGAGTGGCCCCTGTCCTCA;RSEQ=GTTCTAAGGTCTTTTGGGCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:369:184:184,184:0.4986:13,171:23,161 chr17 76476380 . C G 45 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=76476380;VD=3;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=4;LSEQ=AGCGGAGGTTGCAGTGAGCT;RSEQ=AGATCACACCATTGCACTCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:3:1,3:0.75:1,0:3,0 chr17 76476538 . A T 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=76476538;VD=55;AF=0.4472;BIAS=1:1;REFBIAS=68:0;VARBIAS=55:0;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=110;HIAF=0.4508;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=55;HICOV=122;LSEQ=GGAGTTTGGATTTAACTGCA;RSEQ=TTTTATTTGCTAACTCTGCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:123:55:68,55:0.4472:68,0:55,0 chr17 76476915 . A G 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=253;END=76476915;VD=118;AF=0.4664;BIAS=2:2;REFBIAS=29:105;VARBIAS=22:96;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.63801;ODDRATIO=1.2043;MQ=60;SN=58;HIAF=0.4696;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=116;HICOV=247;LSEQ=TGTGCCCCTGGCCTGGAGGA;RSEQ=CCATCCCCTGCCCCCACTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:253:118:134,118:0.4664:29,105:22,96 chr17 76477038 . T C 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=76477038;VD=57;AF=0.4831;BIAS=1:1;REFBIAS=0:60;VARBIAS=0:57;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=56;HIAF=0.4786;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=56;HICOV=117;LSEQ=TCTCGGCTCACTGCAAGCTT;RSEQ=GCCTAATTTTTTGCATTTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:118:57:60,57:0.4831:0,60:0,57 chr17 76477062 . T C 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=83;END=76477062;VD=40;AF=0.4819;BIAS=1:1;REFBIAS=0:43;VARBIAS=0:40;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.5;SN=80;HIAF=0.4878;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=40;HICOV=82;LSEQ=TAATTTTTTGCATTTTTAGT;RSEQ=GAGACGGGGTTTCGCCGTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:83:40:43,40:0.4819:0,43:0,40 chr17 76477068 . G A 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=76;END=76477068;VD=40;AF=0.5263;BIAS=1:1;REFBIAS=0:36;VARBIAS=0:40;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80;HIAF=0.5263;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=40;HICOV=76;LSEQ=TTTGCATTTTTAGTTGAGAC;RSEQ=GGGTTTCGCCGTGTTAGCCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:76:40:36,40:0.5263:0,36:0,40 chr17 76480656 . TC T 172 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=53;END=76480657;VD=28;AF=0.5283;BIAS=1:1;REFBIAS=25:0;VARBIAS=28:0;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=56;HIAF=0.5283;ADJAF=0.0755;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=28;HICOV=53;LSEQ=GTGGAAGGGGGGAAGGAGGA;RSEQ=CCCCCCTCCGCGGGGGCTCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:53:28:25,28:0.5283:25,0:28,0 chr17 76480707 . T C 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=76480707;VD=52;AF=0.4333;BIAS=1:1;REFBIAS=68:0;VARBIAS=52:0;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.4407;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=52;HICOV=118;LSEQ=CTGCATGTTTGTGAAATGGG;RSEQ=GATGGACGAAACTGATAGAA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:52:68,52:0.4333:68,0:52,0 chr17 76480774 . A G 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=205;END=76480774;VD=93;AF=0.4537;BIAS=1:1;REFBIAS=107:0;VARBIAS=93:0;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8.3;HIAF=0.4560;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=83;HICOV=182;LSEQ=AATGCCTTGTGGCCCCACAA;RSEQ=CTTGGGGGCCCAGCTACGAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:205:93:107,93:0.4537:107,0:93,0 chr17 76480821 . A ACCCCCCAG 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=221;END=76480821;VD=27;AF=0.1222;BIAS=1:1;REFBIAS=174:0;VARBIAS=27:0;PMEAN=67.5;PSTD=1;QUAL=28.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.1;SN=54;HIAF=0.1667;ADJAF=0.1176;SHIFT3=6;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.1;HICNT=27;HICOV=162;LSEQ=CTCCCTACCCACGTTGCAGC;RSEQ=CCCCCCCCACCGCCCCACAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:221:27:174,27:0.1222:174,0:27,0 chr17 76480824 . C CCCCTGCCG 87 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=218;END=76480824;VD=6;AF=0.0275;BIAS=1:0;REFBIAS=212:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=22.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0282;ADJAF=0.0183;SHIFT3=3;MSI=8;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=6;HICOV=213;LSEQ=CCTACCCACGTTGCAGCACC;RSEQ=CCCCCACCGCCCCACACCAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:218:6:212,6:0.0275:212,0:6,0 chr17 76480848 . T C 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=111;END=76480848;VD=32;AF=0.2883;BIAS=2:2;REFBIAS=49:8;VARBIAS=24:8;PMEAN=14.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.25213;ODDRATIO=2.02439;MQ=60;SN=64;HIAF=0.4706;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=32;HICOV=68;LSEQ=CCACCGCCCCACACCAGTCC;RSEQ=GCCCTACTGCCCTGGGGCTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:111:32:57,32:0.2883:49,8:24,8 chr17 76481289 . C T 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=76481289;VD=99;AF=0.513;BIAS=2:2;REFBIAS=11:83;VARBIAS=6:93;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.20737;ODDRATIO=2.0467;MQ=60;SN=198;HIAF=0.5130;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=99;HICOV=193;LSEQ=GAGGGGGCACCGGGTACAGC;RSEQ=CCAGGAATAAACAGAGCGAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:193:99:94,99:0.513:11,83:6,93 chr17 76481409 . A AT 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=189;END=76481409;VD=94;AF=0.4974;BIAS=2:2;REFBIAS=66:28;VARBIAS=65:29;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0514;MQ=60;SN=188;HIAF=0.5027;ADJAF=0.0476;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=94;HICOV=187;LSEQ=TGCTGCCTCGACTGGCCATC;RSEQ=AAACCCCATCACCATGCCCA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:94:94,94:0.4974:66,28:65,29 chr17 76481608 . A G 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=447;END=76481608;VD=447;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=302:145;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62.857;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=440;HICOV=440;LSEQ=CGGGGGGCAGCCGGGTAGGC;RSEQ=GGGCGTGGCCGGACCAGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:447:447:0,447:1:0,0:302,145 chr17 76481613 . G A 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=452;END=76481613;VD=234;AF=0.5177;BIAS=2:2;REFBIAS=145:73;VARBIAS=155:79;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01235;MQ=60;SN=28.25;HIAF=0.5090;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=226;HICOV=444;LSEQ=GGCAGCCGGGTAGGCAGGGC;RSEQ=TGGCCGGACCAGCCTCACCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:452:234:218,234:0.5177:145,73:155,79 chr17 76481693 . C G 331 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=569;END=76481693;VD=566;AF=0.9947;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=298:268;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=112.2;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=561;HICOV=562;LSEQ=GCCTGCACCAGGTAGTTGTC;RSEQ=GTGTTCAGGCTTTCCAGCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:569:566:0,566:0.9947:0,0:298,268 chr17 76481997 . T C 327 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=538;END=76481997;VD=537;AF=0.9981;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=320:217;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=75.714;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=530;HICOV=531;LSEQ=GAGGGTACTGCACCGATTCC;RSEQ=GCCTCTAAATCACCAGTCGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:538:537:0,537:0.9981:0,0:320,217 chr17 76482256 . A G 342 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=722;END=76482256;VD=720;AF=0.9972;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=426:294;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54.385;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=707;HICOV=707;LSEQ=AAATCAGGGCCCAGCTAAGC;RSEQ=GGATGCTGAGAGACCCTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:722:720:0,720:0.9972:0,0:426,294 chr17 76482432 . A G 342 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=709;END=76482432;VD=705;AF=0.9944;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=292:413;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=63.091;HIAF=0.9986;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=694;HICOV=695;LSEQ=AGGCACTCCAGCAGGTACAG;RSEQ=ATCGTTTGGATCACCGTGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:709:705:0,705:0.9944:0,0:292,413 chr17 76482692 . G A 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=234;END=76482692;VD=134;AF=0.5726;BIAS=2:2;REFBIAS=6:94;VARBIAS=11:123;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.61567;ODDRATIO=1.39911016593447;MQ=60;SN=25.8;HIAF=0.5633;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=129;HICOV=229;LSEQ=CTCCACCCAATTCTGCTGGG;RSEQ=CTGCCCTCAGGGTCACCATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:234:134:100,134:0.5726:6,94:11,123 chr17 76482856 . G A 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=76482856;VD=90;AF=0.989;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:88;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=85;HICOV=85;LSEQ=GCTGTAGGTCTAGAACAGTT;RSEQ=GAAGCCATTCTTGCTACCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:91:90:0,90:0.989:0,0:2,88 chr17 76482878 . C T 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=76482878;VD=28;AF=0.4308;BIAS=2:1;REFBIAS=2:35;VARBIAS=0:28;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.50192;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27;HIAF=0.4219;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=27;HICOV=64;LSEQ=AAGCCATTCTTGCTACCACA;RSEQ=GGGAAGCACATACCAAGGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:65:28:37,28:0.4308:2,35:0,28 chr17 76482979 . C T 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=76482979;VD=11;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:11;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=AGGTGGGGACAGTAAGGGAG;RSEQ=AGAAAGGAGAGACAAGGATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:0,11 chr17 76486569 . T C 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=88;END=76486569;VD=88;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=88:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=176;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=88;HICOV=88;LSEQ=GCACTTTGTGCAAACATCCG;RSEQ=TTGCTCAGCTGCCCTGCCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:88:88:0,88:1:0,0:88,0 chr17 76486579 . T C 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=105;END=76486579;VD=50;AF=0.4762;BIAS=1:1;REFBIAS=55:0;VARBIAS=50:0;PMEAN=30.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100;HIAF=0.4762;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=50;HICOV=105;LSEQ=CAAACATCCGTTTGCTCAGC;RSEQ=GCCCTGCCTCGTGTCACTGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:105:50:55,50:0.4762:55,0:50,0 chr17 76486622 . G GGTCT 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=184;END=76486622;VD=99;AF=0.538;BIAS=1:1;REFBIAS=85:0;VARBIAS=98:1;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.6;SN=198;HIAF=0.5410;ADJAF=0.1087;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.0;HICNT=99;HICOV=183;LSEQ=ATTTACACCATTTATTCCCA;RSEQ=GTCTCTCACCCCTTCACTGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:184:99:85,99:0.538:85,0:98,1 chr17 76487348 . T C 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=162;END=76487348;VD=73;AF=0.4506;BIAS=1:1;REFBIAS=87:2;VARBIAS=70:3;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.65839;ODDRATIO=1.85709;MQ=60;SN=146;HIAF=0.4591;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=73;HICOV=159;LSEQ=GCATGCAAAACCACAACGCA;RSEQ=GTGACAAAGTCTCACGACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:162:73:89,73:0.4506:87,2:70,3 chr17 76487473 . C T 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=280;END=76487473;VD=138;AF=0.4929;BIAS=2:2;REFBIAS=122:20;VARBIAS=117:21;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.86626;ODDRATIO=1.09452;MQ=60;SN=68;HIAF=0.4892;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=136;HICOV=278;LSEQ=GGCGCCTCCCTGTGAGCCCC;RSEQ=GTTGTCCCTGCCTTGGGTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:280:138:142,138:0.4929:122,20:117,21 chr17 76487476 . T C 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=283;END=76487476;VD=136;AF=0.4806;BIAS=2:2;REFBIAS=125:22;VARBIAS=115:21;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03743;MQ=60;SN=135;HIAF=0.4856;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=135;HICOV=278;LSEQ=GCCTCCCTGTGAGCCCCCGT;RSEQ=GTCCCTGCCTTGGGTGGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:136:147,136:0.4806:125,22:115,21 chr17 76488467 . G A 155 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=76488467;VD=23;AF=0.451;BIAS=1:1;REFBIAS=28:0;VARBIAS=22:1;PMEAN=26.6;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0.45098;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.4400;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=22;HICOV=50;LSEQ=CCTCTCCCCTTGGCCTGCTC;RSEQ=GGGCAGGCCTGCAGTCCTCA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:51:23:28,23:0.451:28,0:22,1 chr17 76488937 . G GTTTTTTTTTTT 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=145;END=76488937;VD=66;AF=0.4552;BIAS=1:1;REFBIAS=1:39;VARBIAS=0:66;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=0.37736;ODDRATIO=0;MQ=50.1;SN=32;HIAF=0.5424;ADJAF=0.2966;SHIFT3=13;MSI=24;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=64;HICOV=118;LSEQ=ACCATGGGTGGGCCTGGATG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTGAGATGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:66:40,66:0.4552:1,39:0,66 chr17 76488973 . A G 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=76488973;VD=47;AF=0.4434;BIAS=1:1;REFBIAS=0:59;VARBIAS=0:47;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=52.8;SN=46;HIAF=0.4423;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=46;HICOV=104;LSEQ=GATGGAGTTTCACTCTTGTC;RSEQ=CCGAGGCTGGAGTGCAGTGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:47:59,47:0.4434:0,59:0,47 chr17 76490083 . G A 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=216;END=76490083;VD=91;AF=0.4213;BIAS=2:2;REFBIAS=82:40;VARBIAS=72:19;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=0.06382;ODDRATIO=1.8432500184325;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4242;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=84;HICOV=198;LSEQ=CAGCCCTCCCCCACCATGCC;RSEQ=GATCCCTGCAAGGTCCCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:216:91:122,91:0.4213:82,40:72,19 chr17 76490404 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=76490404;VD=3;AF=0.0181;BIAS=2:0;REFBIAS=63:100;VARBIAS=0:3;PMEAN=19.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.28927;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=GTCTGCAAGTTCTGCTGTCA;RSEQ=TGCCGAGAGTTGACATAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:3:163,3:0.0181:63,100:0,3 chr17 76490462 . GC G 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=183;END=76490463;VD=88;AF=0.4809;BIAS=2:2;REFBIAS=59:36;VARBIAS=59:29;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.53773;ODDRATIO=1.23991023049931;MQ=60;SN=176;HIAF=0.4809;ADJAF=0.0273;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=88;HICOV=183;LSEQ=AGGGGGTCGGTTTGCCTGAA;RSEQ=CCCCCCAGCCTCAGTTGAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:88:95,88:0.4809:59,36:59,29 chr17 76490920 . A G 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=509;END=76490920;VD=264;AF=0.5187;BIAS=2:2;REFBIAS=99:144;VARBIAS=108:156;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00697836003504;MQ=60;SN=131;HIAF=0.5240;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=262;HICOV=500;LSEQ=ATCCTGCGGGCAGTGGGCAC;RSEQ=GGTGGGCAGACGTGAGCTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:509:264:243,264:0.5187:99,144:108,156 chr17 76491127 . TG CC 320 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=452;END=76491128;VD=443;AF=0.9801;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=193:250;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=886;HIAF=0.9866;ADJAF=0.0664;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=443;HICOV=449;LSEQ=TTCCAGAAAGCCCTCGGCCA;RSEQ=AGCATGATCTCACATATCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:452:443:0,443:0.9801:0,0:193,250 chr17 76491194 . G A 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=316;END=76491194;VD=147;AF=0.4652;BIAS=2:2;REFBIAS=54:114;VARBIAS=43:104;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.62538;ODDRATIO=1.14516;MQ=60;SN=72.5;HIAF=0.4647;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=145;HICOV=312;LSEQ=CAGGGCCTGGGGAGGTCAGC;RSEQ=GTGCCTGTGGGCTTCTGCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:316:147:168,147:0.4652:54,114:43,104 chr17 76491211 . G A 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=284;END=76491211;VD=134;AF=0.4718;BIAS=2:2;REFBIAS=33:117;VARBIAS=29:105;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02115;MQ=60;SN=66;HIAF=0.4681;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=132;HICOV=282;LSEQ=AGCGGTGCCTGTGGGCTTCT;RSEQ=CCCACTCCCTCCCCAACCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:284:134:150,134:0.4718:33,117:29,105 chr17 76491519 . GTT G 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=13;END=76491521;VD=6;AF=0.4615;BIAS=2:2;REFBIAS=2:2;VARBIAS=2:4;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.86195;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=17;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=6;HICOV=13;LSEQ=GCCTGCCTCATCCTGGGAGT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGAGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:6:4,6:0.4615:2,2:2,4 chr17 76491731 . G A 219 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=135;END=76491731;VD=68;AF=0.5037;BIAS=1:1;REFBIAS=65:2;VARBIAS=67:1;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.61938;ODDRATIO=2.05090342295781;MQ=60;SN=33;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=66;HICOV=132;LSEQ=GGTTTCACCATCTTGACCGG;RSEQ=CTGGTCTTGAACTCCTGACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:135:68:67,68:0.5037:65,2:67,1 chr17 76492448 . GA G 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=19;END=76492449;VD=13;AF=0.6842;BIAS=0:1;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:13;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26;HIAF=0.6842;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=13;HICOV=19;LSEQ=AAGACAGTGATTGGGGGGAA;RSEQ=AAAAAAAATACAAAGGCAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:13:6,13:0.6842:0,6:0,13 chr17 76494750 . C T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=76494750;VD=4;AF=0.3333;BIAS=0:0;REFBIAS=8:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=19.8;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.3000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=3;HICOV=10;LSEQ=CCCCCTCCTTTCTTTCTTTC;RSEQ=TGCCATTCCCTTTCAGCACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:12:4:8,4:0.3333:8,0:4,0 chr17 76495001 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=253;END=76495001;VD=3;AF=0.0119;BIAS=2:0;REFBIAS=227:23;VARBIAS=3:0;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=231;LSEQ=TGGAACGTTGCAGAGAGGCA;RSEQ=GGAGGGTCTATCTGGCGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:253:3:250,3:0.0119:227,23:3,0 chr17 76495050 . C T 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=295;END=76495050;VD=295;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=196:99;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.875;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=287;HICOV=287;LSEQ=AGGAAAGCTGACGAGCCAGT;RSEQ=ACCCGACGTGACCCCGAGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:295:295:0,295:1:0,0:196,99 chr17 76495295 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=162;END=76495295;VD=2;AF=0.0123;BIAS=1:0;REFBIAS=1:159;VARBIAS=0:2;PMEAN=48.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=TTCGGCTGTGTTTTCTCTTC;RSEQ=CAAAGCTTGCTCAGGCCCCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:162:2:160,2:0.0123:1,159:0,2 chr17 76495359 . T C 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=76495359;VD=73;AF=0.4834;BIAS=1:1;REFBIAS=0:78;VARBIAS=1:72;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.48344;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=146;HIAF=0.5034;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=73;HICOV=145;LSEQ=CAGCAGGCAGGTCAGCTTAC;RSEQ=GCCCAGGGTAACACCGTGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:73:78,73:0.4834:0,78:1,72 chr17 76495390 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=76495390;VD=2;AF=0.0154;BIAS=1:0;REFBIAS=1:127;VARBIAS=0:2;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=129;LSEQ=ACACCGTGGAGGGCTGGACA;RSEQ=GAGGAAGAGCCATCCTTTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:2:128,2:0.0154:1,127:0,2 chr17 76495503 . 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A C 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=407;END=76496350;VD=195;AF=0.4791;BIAS=2:2;REFBIAS=152:59;VARBIAS=143:52;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.82387;ODDRATIO=1.06723585912487;MQ=60;SN=64;HIAF=0.4800;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.5;HICNT=192;HICOV=400;LSEQ=GGATCTGCTTCTATAAAAGA;RSEQ=GACTCTGGGTCCCTCCTCCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:407:195:211,195:0.4791:152,59:143,52 chr17 76496361 . C G 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=428;END=76496361;VD=205;AF=0.479;BIAS=2:2;REFBIAS=154:68;VARBIAS=147:58;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.6711;ODDRATIO=1.11883104532385;MQ=60;SN=410;HIAF=0.4812;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=205;HICOV=426;LSEQ=TATAAAAGAAGACTCTGGGT;RSEQ=CCTCCTCCGGACCCCGGCCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:428:205:222,205:0.479:154,68:147,58 chr17 76496492 . A G 332 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=548;END=76496492;VD=548;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=241:307;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=90.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=542;HICOV=542;LSEQ=CCGGTCCCAGCGGGGCCGGC;RSEQ=GGGGCTCCACCCATGATGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:548:548:0,548:1:0,0:241,307 chr17 76496577 . C T 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=355;END=76496577;VD=355;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=75:280;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.375;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=347;HICOV=347;LSEQ=CAGGTAAGCGTGTGTGCCAG;RSEQ=GACCCCATGGCCTCCCTGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:355:355:0,355:1:0,0:75,280 chr17 76496665 . A G 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=246;END=76496665;VD=110;AF=0.4472;BIAS=1:1;REFBIAS=0:136;VARBIAS=0:110;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=109;HIAF=0.4580;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=109;HICOV=238;LSEQ=CAGTGGTACAATCTTGGCTC;RSEQ=CTGCAACCTCTGCCTCCTGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:246:110:136,110:0.4472:0,136:0,110 chr17 76496751 . C T 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=76496751;VD=73;AF=0.5448;BIAS=1:1;REFBIAS=0:61;VARBIAS=0:73;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.5;HIAF=0.5462;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=71;HICOV=130;LSEQ=TAGGCGCCCGCCACCATGCC;RSEQ=GGCTAATTTTTGTATTTTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:134:73:61,73:0.5448:0,61:0,73 chr17 76496810 . C T 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=76496810;VD=26;AF=0.4643;BIAS=2:2;REFBIAS=3:27;VARBIAS=2:24;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.32658;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=24;HICOV=54;LSEQ=TATGTTGGCCAGGCTGGTCT;RSEQ=GAACTCCTGACGTCAGGTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:56:26:30,26:0.4643:3,27:2,24 chr17 76496822 . G C 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=76496822;VD=25;AF=0.5208;BIAS=2:2;REFBIAS=3:20;VARBIAS=4:21;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.26356755663942;MQ=60;SN=50;HIAF=0.5208;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=25;HICOV=48;LSEQ=GCTGGTCTCGAACTCCTGAC;RSEQ=TCAGGTGATCCACCCACCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:48:25:23,25:0.5208:3,20:4,21 chr17 76497100 . T C 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=76497100;VD=118;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=118:0;VARBIAS=118:0;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=117;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=117;HICOV=234;LSEQ=CAAGGCCACACAGCCGGTGC;RSEQ=AGAACAAGGACACAGTGGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:236:118:118,118:0.5:118,0:118,0 chr17 76497114 . A G 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=246;END=76497114;VD=246;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=246:0;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=122;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=244;HICOV=244;LSEQ=CGGTGCTAGAACAAGGACAC;RSEQ=GTGGTAGAACTGAATGTGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:246:246:0,246:1:0,0:246,0 chr17 76497778 . T C 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=259;END=76497778;VD=127;AF=0.4903;BIAS=2:2;REFBIAS=94:38;VARBIAS=93:34;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.78189;ODDRATIO=1.10532656873473;MQ=60;SN=41.333;HIAF=0.4960;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=124;HICOV=250;LSEQ=ATGCACTGCCCTGAACCCGG;RSEQ=GTCCCCTTGCCCTTCCCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:259:127:132,127:0.4903:94,38:93,34 chr17 76497920 . C A 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=382;END=76497920;VD=380;AF=0.9948;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=170:210;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.44882;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41.222;HIAF=0.9973;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=371;HICOV=372;LSEQ=TCGCCAGCGTTGAGGTTCCC;RSEQ=ATGAGCAGCGTGATGAGTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:382:380:1,380:0.9948:1,0:170,210 chr17 76498406 . A G 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=76498406;VD=24;AF=0.5333;BIAS=1:1;REFBIAS=21:0;VARBIAS=23:1;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=0.5366;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=22;HICOV=41;LSEQ=CAAGGACATTTTTTTTTTAA;RSEQ=GACTCTCAGTAGCATCTGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:45:24:21,24:0.5333:21,0:23,1 chr17 76498692 . C T 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=490;END=76498692;VD=487;AF=0.9939;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=308:179;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.48;HIAF=0.9978;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=462;HICOV=463;LSEQ=CCTGCTTTTTGTTATAATCT;RSEQ=TGATAGCGTTTTCATAGCCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:490:487:0,487:0.9939:0,0:308,179 chr17 76498844 . A G 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=503;END=76498844;VD=254;AF=0.505;BIAS=2:2;REFBIAS=129:118;VARBIAS=127:127;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.65521;ODDRATIO=1.09302;MQ=60;SN=126;HIAF=0.5081;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=252;HICOV=496;LSEQ=TGGCGCCTGCTAACGCAGAC;RSEQ=TTCCTGCTGAAAGCTTAGAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:503:254:247,254:0.505:129,118:127,127 chr17 76499293 . GCT G 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=51;END=76499295;VD=24;AF=0.4706;BIAS=1:1;REFBIAS=0:26;VARBIAS=0:24;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.2;SN=48;HIAF=0.4800;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=24;HICOV=50;LSEQ=TTTTTTTAAGATGGAGTCTT;RSEQ=CTGTCACCCAGGCTGGAGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:51:24:26,24:0.4706:0,26:0,24 chr17 76499324 . T C 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=76499324;VD=22;AF=0.4681;BIAS=1:1;REFBIAS=0:25;VARBIAS=0:22;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56.8;SN=44;HIAF=0.4681;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=22;HICOV=47;LSEQ=CAGGCTGGAGTGCAGTGGCA;RSEQ=GATCTCGGCTCATTGCAAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:47:22:25,22:0.4681:0,25:0,22 chr17 76499354 . C T 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=76499354;VD=16;AF=0.4706;BIAS=1:1;REFBIAS=0:18;VARBIAS=0:16;PMEAN=48.8;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.1;SN=15;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=15;HICOV=33;LSEQ=TCATTGCAAGCTCCACCTCC;RSEQ=GGGTTCACGCCATTCTCCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:16:18,16:0.4706:0,18:0,16 chr17 76499426 . A AT 92 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=10;END=76499426;VD=6;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:6;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=65.2;SN=12;HIAF=0.7500;ADJAF=0.2;SHIFT3=14;MSI=15;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=6;HICOV=8;LSEQ=CGCCCGCCCCCACTCCCGGC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTGTATTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:6:3,6:0.6:0,3:0,6 chr17 76501910 . C A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=76501910;VD=5;AF=0.8333;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:5;PMEAN=19.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=ATCTCTACTAAAAATACAAA;RSEQ=TTAGCCAGACGTGGTGGTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:5:0,5:0.8333:0,0:0,5 chr17 76502455 . C G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=76502455;VD=5;AF=0.3571;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=25.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.3571;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=5;HICOV=14;LSEQ=CTTGGGACCCTGAGATTTAA;RSEQ=CAGCTGACCAGAGCAAGACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:14:5:9,5:0.3571:9,0:5,0 chr17 76502615 . C T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=116;END=76502615;VD=115;AF=0.9914;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=115:0;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=230;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=115;HICOV=115;LSEQ=GTGCAGAGCAGGATGTGAGG;RSEQ=GAGTCCTGCCACGTTTCTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:116:115:0,115:0.9914:0,0:115,0 chr17 76502634 . G A 211 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=76502634;VD=55;AF=0.4231;BIAS=1:1;REFBIAS=75:0;VARBIAS=54:1;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.42308;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=110;HIAF=0.4297;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=55;HICOV=128;LSEQ=GCGAGTCCTGCCACGTTTCT;RSEQ=CCATGGCTGGGGACCCCAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:55:75,55:0.4231:75,0:54,1 chr17 76503560 . C A 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=692;END=76503560;VD=346;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=190:155;VARBIAS=190:156;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00644;MQ=60;SN=42.25;HIAF=0.4985;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=338;HICOV=678;LSEQ=CTTGAATTCCTGGTTGATGT;RSEQ=GTCAAAGCGCTGGGAGTCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:692:346:345,346:0.5:190,155:190,156 chr17 76503624 . C T 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=726;END=76503624;VD=360;AF=0.4959;BIAS=2:2;REFBIAS=190:172;VARBIAS=192:168;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.82346;ODDRATIO=1.03455410717981;MQ=60;SN=39;HIAF=0.4916;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=351;HICOV=714;LSEQ=TCGGAGCCGATGAAGATGCT;RSEQ=TCCAGGTGGCTCCAGGTTCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:726:360:362,360:0.4959:190,172:192,168 chr17 76503678 . C A 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=700;END=76503678;VD=349;AF=0.4986;BIAS=2:2;REFBIAS=171:177;VARBIAS=186:163;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.2891;ODDRATIO=1.18086061121345;MQ=60;SN=348;HIAF=0.5051;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.9;HICNT=348;HICOV=689;LSEQ=CAGATGGAGATGACGGAGTC;RSEQ=GCCGTGGACAGCTTCTGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:700:349:348,349:0.4986:171,177:186,163 chr17 76504219 . G A 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=76504219;VD=6;AF=0.4615;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:6;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=6;HICOV=13;LSEQ=CACGCAAAGGAGATCAGAAC;RSEQ=TGCCACCCCAAAATATGCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:6:7,6:0.4615:0,7:0,6 chr17 76506092 . C T 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=76506092;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=TGGCCAACATGGTGAAACCC;RSEQ=GCCTCTACTAAAAGTATGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chr17 76506817 . A G 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=76506817;VD=25;AF=0.3731;BIAS=1:1;REFBIAS=0:41;VARBIAS=0:25;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.3846;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=25;HICOV=65;LSEQ=TAAGAGCAGAACGCACCTGC;RSEQ=CTGGGCGGAATTGCGGCCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:67:25:41,25:0.3731:0,41:0,25 chr17 76506833 . G GCCC 130 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=50;END=76506833;VD=11;AF=0.22;BIAS=1:0;REFBIAS=0:35;VARBIAS=0:11;PMEAN=46.9;PSTD=1;QUAL=37.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.4;SN=22;HIAF=0.2292;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=10;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=11;HICOV=48;LSEQ=CTGCACTGGGCGGAATTGCG;RSEQ=CCCCCCCGCAAAATTCACAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:50:11:35,11:0.22:0,35:0,11 chr17 76506835 . C CCCG 176 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=50;END=76506835;VD=31;AF=0.62;BIAS=1:1;REFBIAS=0:19;VARBIAS=0:31;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=62;HIAF=0.6200;ADJAF=0.02;SHIFT3=2;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=31;HICOV=50;LSEQ=GCACTGGGCGGAATTGCGGC;RSEQ=CCCCCGCAAAATTCACATCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:50:31:19,31:0.62:0,19:0,31 chr17 76506841 . G C 130 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=76506841;VD=14;AF=0.3043;BIAS=1:1;REFBIAS=0:32;VARBIAS=0:14;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=13;HIAF=0.2889;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=13;HICOV=45;LSEQ=GGCGGAATTGCGGCCCCCCC;RSEQ=CAAAATTCACATCCGCCCAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:46:14:32,14:0.3043:0,32:0,14 chr17 76510480 . G A 81 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=76510480;VD=8;AF=0.7273;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=27.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.2;SN=1.667;HIAF=0.6250;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=5;HICOV=8;LSEQ=GCCTGTGGTCCCAGCTACTT;RSEQ=GGAGGCTAAGGCAGAAGAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:11:8:3,8:0.7273:3,0:8,0 chr17 76510585 . CAAAAAAAAA C 155 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=42;END=76510594;VD=19;AF=0.4524;BIAS=1:1;REFBIAS=20:0;VARBIAS=18:1;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.48718;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38;HIAF=0.4634;ADJAF=0.0952;SHIFT3=10;MSI=19;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=19;HICOV=41;LSEQ=GACAGAACTAGACTCCGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAGAAAAAGAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:19:20,19:0.4524:20,0:18,1 chr17 76510704 . G A 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=232;END=76510704;VD=232;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=229:3;PMEAN=48.5;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=220;HICOV=220;LSEQ=GTGGAGCCCAGTGTGACTGC;RSEQ=CAGGTCACTTGTGCACGAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:232:232:0,232:1:0,0:229,3 chr17 76511271 . G A 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=136;END=76511271;VD=68;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:68;VARBIAS=0:68;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=31.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5.8;HIAF=0.4603;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=58;HICOV=126;LSEQ=AGATACAAGAAAAAACAACC;RSEQ=TGGCGTCACAAAAGGTAAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:136:68:68,68:0.5:0,68:0,68 chr17 76520699 . A ATGTT 35 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=7;END=76520699;VD=2;AF=0.2857;BIAS=2:0;REFBIAS=4:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=10.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.2;SN=4;HIAF=0.2857;ADJAF=0.1429;SHIFT3=4;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=2;HICOV=7;LSEQ=CCAGAACGGTGAGGAATAAA;RSEQ=TGTTGTTTATGAGCCACTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:2:5,2:0.2857:4,1:2,0 chr17 76520759 . T C 112 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=76520759;VD=11;AF=0.4231;BIAS=1:0;REFBIAS=14:1;VARBIAS=11:0;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=32.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.4348;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=10;HICOV=23;LSEQ=AGCACCTTGAACAGACTAAG;RSEQ=GGTATTCCTTACTTAAAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:26:11:15,11:0.4231:14,1:11,0 chr17 76521057 . C T 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=327;END=76521057;VD=164;AF=0.5015;BIAS=2:2;REFBIAS=111:52;VARBIAS=123:41;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.17903;ODDRATIO=1.40392255963161;MQ=60;SN=81;HIAF=0.5047;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=162;HICOV=321;LSEQ=GGCAGCTCCCTGCAGAATCC;RSEQ=GGGCCCCACCCACGCGGCGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:327:164:163,164:0.5015:111,52:123,41 chr17 76521121 . T C 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=447;END=76521121;VD=215;AF=0.481;BIAS=2:2;REFBIAS=118:106;VARBIAS=107:108;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.56734;ODDRATIO=1.12331;MQ=60;SN=214;HIAF=0.5095;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=214;HICOV=420;LSEQ=ATGTCCCAGAGCTCCTTCAG;RSEQ=AGGCGGACCTCCCGGTGGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:447:215:224,215:0.481:118,106:107,108 chr17 76521291 . T C 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=324;END=76521291;VD=173;AF=0.534;BIAS=2:2;REFBIAS=43:108;VARBIAS=50:123;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02092904543134;MQ=60;SN=172;HIAF=0.5478;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=172;HICOV=314;LSEQ=GGGCTACCTACCCTCAGCGG;RSEQ=GCCCCACCCCACTCCCCGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:324:173:151,173:0.534:43,108:50,123 chr17 76521308 . C T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=288;END=76521308;VD=151;AF=0.5243;BIAS=2:2;REFBIAS=33:104;VARBIAS=37:114;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02278771018287;MQ=60;SN=17.875;HIAF=0.5125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=143;HICOV=279;LSEQ=CGGTGCCCCACCCCACTCCC;RSEQ=GACGTTCTGCCCGTCTCTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:288:151:137,151:0.5243:33,104:37,114 chr17 76521380 . T TC 223 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=163;END=76521380;VD=75;AF=0.4601;BIAS=1:1;REFBIAS=0:88;VARBIAS=1:74;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.46012;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=150;HIAF=0.4630;ADJAF=0.0675;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=75;HICOV=162;LSEQ=GAGGTGTCCATACAACGGTG;RSEQ=CCCACCTGGAGGGAGGACAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:163:75:88,75:0.4601:0,88:1,74 chr17 76521387 . T C 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=76521387;VD=70;AF=0.4545;BIAS=1:1;REFBIAS=0:84;VARBIAS=0:70;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=69;HIAF=0.4570;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=69;HICOV=151;LSEQ=CCATACAACGGTGTCCCACC;RSEQ=GGAGGGAGGACAGAGCCCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:70:84,70:0.4545:0,84:0,70 chr17 76521413 . C T 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=76521413;VD=74;AF=0.4684;BIAS=1:1;REFBIAS=0:84;VARBIAS=0:74;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=73;HIAF=0.4740;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=73;HICOV=154;LSEQ=GAGGACAGAGCCCTCCATCC;RSEQ=CCAAGGCCTCCTGGGTCCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:74:84,74:0.4684:0,84:0,74 chr17 76521466 . A C 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=136;END=76521466;VD=64;AF=0.4706;BIAS=1:1;REFBIAS=0:72;VARBIAS=0:64;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=128;HIAF=0.4923;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=64;HICOV=130;LSEQ=GGCGGGTGACCTCTACCCAC;RSEQ=CCAGCGTGGGGACTGACTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:136:64:72,64:0.4706:0,72:0,64 chr17 76521526 . T C 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=88;END=76521526;VD=47;AF=0.5341;BIAS=1:1;REFBIAS=0:40;VARBIAS=0:47;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.5287;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=46;HICOV=87;LSEQ=CTCATTTCCTCCTGAGAGTT;RSEQ=CTGATTTCCCAGCATTTCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:88:47:40,47:0.5341:0,40:0,47 chr17 76521637 . C T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=76521637;VD=4;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:4;PMEAN=31.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=4;HICOV=6;LSEQ=ATAAGCAAAGAGGAAAAATC;RSEQ=GTAGTGTCCTCTCAAATCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:4:2,4:0.6667:0,2:0,4 chr17 76522369 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=76522369;VD=6;AF=0.4615;BIAS=0:0;REFBIAS=7:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=31.2;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=6;HICOV=13;LSEQ=GCAGGTGAGTATTAAGCCCA;RSEQ=GGGACAGGAAGCTGCTGAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:6:7,6:0.4615:7,0:6,0 chr17 76522785 . C T 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=486;END=76522785;VD=242;AF=0.4979;BIAS=2:2;REFBIAS=144:97;VARBIAS=144:98;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01029;MQ=60;SN=14.125;HIAF=0.4860;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=226;HICOV=465;LSEQ=TGAAGGAGAACGGGGCCTCG;RSEQ=GCCTGAACCTCTCCCTGAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:486:242:241,242:0.4979:144,97:144,98 chr17 76522837 . A G 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=467;END=76522837;VD=236;AF=0.5054;BIAS=2:2;REFBIAS=114:114;VARBIAS=118:118;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=60;SN=117;HIAF=0.5120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=234;HICOV=457;LSEQ=GAGCTGCGAGAGAAGAGTGC;RSEQ=AAGTACAGAGAGTCACGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:467:236:228,236:0.5054:114,114:118,118 chr17 76523191 . G A 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=76523191;VD=77;AF=0.5099;BIAS=1:1;REFBIAS=0:73;VARBIAS=0:77;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=76;HIAF=0.5101;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=76;HICOV=149;LSEQ=AAAACAGTGCAGGGGCCGGC;RSEQ=CGGTGGCTCACACCTGTAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:151:77:73,77:0.5099:0,73:0,77 chr17 76523234 . A G 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=127;END=76523234;VD=69;AF=0.5433;BIAS=1:1;REFBIAS=0:58;VARBIAS=0:69;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=138;HIAF=0.5433;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=69;HICOV=127;LSEQ=CAGCACTTTGGGAGGCTGAG;RSEQ=TGGAAGGATCACTTGAGCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:127:69:58,69:0.5433:0,58:0,69 chr17 76523314 . TT AA 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=75;END=76523315;VD=67;AF=0.8933;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:67;PMEAN=29.6;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66;HIAF=0.9429;ADJAF=0.3067;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=66;HICOV=70;LSEQ=ATCTCTACAAAAAATACAAA;RSEQ=CTTTTTAGCTGGGCGTGATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:75:67:0,67:0.8933:0,0:0,67 chr17 76523317 . T A 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=76523317;VD=47;AF=0.9792;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:47;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=45;HICOV=45;LSEQ=TCTACAAAAAATACAAATTC;RSEQ=TTTTAGCTGGGCGTGATGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:48:47:0,47:0.9792:0,0:0,47 chr17 76523337 . T C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=76523337;VD=18;AF=0.5294;BIAS=1:1;REFBIAS=0:16;VARBIAS=0:18;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=0.5294;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=18;HICOV=34;LSEQ=TTTTTAGCTGGGCGTGATGA;RSEQ=ATGGGCCTGTAGTCCCAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:34:18:16,18:0.5294:0,16:0,18 chr17 76523387 . T TG 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=19;END=76523387;VD=8;AF=0.4211;BIAS=0:0;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:8;PMEAN=46.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.4211;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=8;HICOV=19;LSEQ=GCTGAGCTGGGATGATCACT;RSEQ=GGACTAGGAAGGCAGAGGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:19:8:11,8:0.4211:0,11:0,8 chr17 76523410 . T A 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=76523410;VD=6;AF=0.5455;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:6;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.0;HICNT=5;HICOV=9;LSEQ=ACTAGGAAGGCAGAGGCTAC;RSEQ=GTGAGCAAGATTGTACCACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:11:6:4,6:0.5455:0,4:0,6 chr17 76525220 . T A 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=76525220;VD=14;AF=0.6087;BIAS=0:1;REFBIAS=9:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.6087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=14;HICOV=23;LSEQ=TTTTGTAGAGATGGGCTTTC;RSEQ=CCCACGTTGCTCAGGCTGGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:23:14:9,14:0.6087:9,0:14,0 chr17 76525289 . T C 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=76525289;VD=32;AF=0.5333;BIAS=1:1;REFBIAS=28:0;VARBIAS=32:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.5424;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=32;HICOV=59;LSEQ=ACCTTGGCCTCCCAAAGTGC;RSEQ=GGGATTACAATGAAGACATT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:60:32:28,32:0.5333:28,0:32,0 chr17 76525414 . T G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=76525414;VD=3;AF=0.0126;BIAS=1:0;REFBIAS=235:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=231;LSEQ=ACCTCCTCCCTGCACCTCCC;RSEQ=GTTCCATGGGGATCTGATGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:239:3:236,3:0.0126:235,1:3,0 chr17 76525475 . T G 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=302;END=76525475;VD=151;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=135:16;VARBIAS=136:15;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07428694204222;MQ=60;SN=302;HIAF=0.5067;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=151;HICOV=298;LSEQ=AGCATCCCCCATGGTTGCGT;RSEQ=TGATGGGCTGGTCCATGGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:302:151:151,151:0.5:135,16:136,15 chr17 76525565 . A G 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=468;END=76525565;VD=229;AF=0.4893;BIAS=2:2;REFBIAS=148:91;VARBIAS=137:92;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.70475;ODDRATIO=1.09196;MQ=60;SN=228;HIAF=0.4989;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=228;HICOV=457;LSEQ=ACCACGTACCTGCAGCTTCA;RSEQ=GTGGATCTCCTCTGGCATCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:468:229:239,229:0.4893:148,91:137,92 chr17 76525805 . C G 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=379;END=76525805;VD=207;AF=0.5462;BIAS=2:2;REFBIAS=34:137;VARBIAS=40:167;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.89716;ODDRATIO=1.03605;MQ=60;SN=102.5;HIAF=0.5452;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=205;HICOV=376;LSEQ=CAAGGGGACCATTTGTGTGG;RSEQ=CCCAGCCCCCCTTAGGCCCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:379:207:171,207:0.5462:34,137:40,167 chr17 76525901 . T C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=205;END=76525901;VD=112;AF=0.5463;BIAS=1:1;REFBIAS=3:90;VARBIAS=1:111;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.33119;ODDRATIO=3.67793;MQ=60;SN=224;HIAF=0.5600;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=112;HICOV=200;LSEQ=CCATCACTGAAGGCCCCAGG;RSEQ=GGGGAGGGAGCGCCCCTGCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:205:112:93,112:0.5463:3,90:1,111 chr17 76526170 . T A 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=126;END=76526170;VD=60;AF=0.4762;BIAS=2:2;REFBIAS=59:6;VARBIAS=54:6;PMEAN=31.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.09182;MQ=60;SN=120;HIAF=0.4762;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=60;HICOV=126;LSEQ=AGCCTTCCCTGACAGACTTC;RSEQ=GGTTTCCTCCGCATCTGGCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:60:65,60:0.4762:59,6:54,6 chr17 76526299 . G A 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=293;END=76526299;VD=159;AF=0.5427;BIAS=1:1;REFBIAS=131:2;VARBIAS=156:3;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.25863;MQ=60;SN=52;HIAF=0.5493;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=156;HICOV=284;LSEQ=GTGGGGTAGTTGGCCTTGAA;RSEQ=CCCAGCCTCCACCCCCTGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:293:159:133,159:0.5427:131,2:156,3 chr17 76526676 . TCCTGCACTGCA T 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=287;END=76526687;VD=123;AF=0.4286;BIAS=2:2;REFBIAS=25:139;VARBIAS=19:104;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01571308136877;MQ=60;SN=246;HIAF=0.4301;ADJAF=0.0906;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=5;NM=0.4;HICNT=123;HICOV=286;LSEQ=AGGGCCTCAGTCCAGGGCCT;RSEQ=CCTGCGCTGCTCACCTGCCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:287:123:164,123:0.4286:25,139:19,104 chr17 76533028 . C T 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=76533028;VD=6;AF=0.4615;BIAS=0:0;REFBIAS=7:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=6;HICOV=13;LSEQ=AGCACTTTGGGAGGCCGAGG;RSEQ=GGGTGGATCATGAGTTCAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:6:7,6:0.4615:7,0:6,0 chr17 76533270 . A AAAGG 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=245;END=76533270;VD=73;AF=0.298;BIAS=1:1;REFBIAS=118:4;VARBIAS=73:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=31.9;QSTD=1;SBF=0.29892;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11.167;HIAF=0.3206;ADJAF=0.0122;SHIFT3=3;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=67;HICOV=209;LSEQ=ATTCCGTCTCAAAAAAAAAA;RSEQ=AAGAAAAAAAGAAAAGGTAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:73:122,73:0.298:118,4:73,0 chr17 76535759 . T C 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=328;END=76535759;VD=154;AF=0.4695;BIAS=2:2;REFBIAS=144:28;VARBIAS=138:16;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.14439;ODDRATIO=1.6744528725239;MQ=60;SN=50.333;HIAF=0.4719;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=151;HICOV=320;LSEQ=CATCAAGAAACTAGAAACTA;RSEQ=AGATTCTAACAGATAAGAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:328:154:172,154:0.4695:144,28:138,16 chr17 76535948 . T C 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=494;END=76535948;VD=223;AF=0.4514;BIAS=2:2;REFBIAS=113:157;VARBIAS=87:136;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.58043;ODDRATIO=1.12485;MQ=60;SN=43.6;HIAF=0.4532;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=218;HICOV=481;LSEQ=CTCAGTGTGTCTGCCCTGAA;RSEQ=AGTTCTGCGTTTTCCTGCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:494:223:270,223:0.4514:113,157:87,136 chr17 76536141 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=76536141;VD=3;AF=0.0173;BIAS=1:0;REFBIAS=1:169;VARBIAS=0:3;PMEAN=47.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=AGGCTTTGCACGGCTGCTCC;RSEQ=TCACTTTCTTGCTGGGTCTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:3:170,3:0.0173:1,169:0,3 chr17 76536212 . T A 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=86;END=76536212;VD=36;AF=0.4186;BIAS=1:1;REFBIAS=0:50;VARBIAS=0:36;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35;HIAF=0.4217;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=35;HICOV=83;LSEQ=GTCCCTTCCTCCCAAAGGAA;RSEQ=CCTCCATCTCTAGTTGGGTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:86:36:50,36:0.4186:0,50:0,36 chr17 76536299 . C CTTTGA 97 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=28;END=76536299;VD=6;AF=0.2143;BIAS=1:0;REFBIAS=0:22;VARBIAS=0:6;PMEAN=29.8;PSTD=1;QUAL=37.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.2;SN=12;HIAF=0.2143;ADJAF=0.0357;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=6;NM=1.9;HICNT=6;HICOV=28;LSEQ=CTCAGAATTATTTTATTTGT;RSEQ=TTTGTCTTTGGTCTGCATGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:28:6:22,6:0.2143:0,22:0,6 chr17 76536336 . T G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=76536336;VD=2;AF=0.25;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:2;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=8;LSEQ=ATGCCCTTTTGATGCCCAAA;RSEQ=TCATGAAGGTGAAGGTTGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:2:6,2:0.25:0,6:0,2 chr17 76539583 . AG A 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=22;END=76539584;VD=10;AF=0.4545;BIAS=0:0;REFBIAS=12:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=49;SN=20;HIAF=0.4545;ADJAF=0.0909;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=10;HICOV=22;LSEQ=GGGGTTTCACCTTGTTAGCC;RSEQ=GATGGTCTCGATCTCCTGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:10:12,10:0.4545:12,0:10,0 chr17 76539668 . G A 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=76539668;VD=36;AF=0.48;BIAS=1:1;REFBIAS=39:0;VARBIAS=36:0;PMEAN=29.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.7;SN=72;HIAF=0.4800;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=36;HICOV=75;LSEQ=AGGCGTGAGCCACCGCGCCC;RSEQ=GCCAATTTTTGTATTTTTAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:75:36:39,36:0.48:39,0:36,0 chr17 76539754 . G A 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=76539754;VD=84;AF=0.4693;BIAS=1:1;REFBIAS=94:1;VARBIAS=83:1;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.13174;MQ=60;SN=83;HIAF=0.4663;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=83;HICOV=178;LSEQ=TGACATTAGGTGATCCGCCC;RSEQ=ACTCAGCCTCCCAGAGTGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:179:84:95,84:0.4693:94,1:83,1 chr17 76540405 . G C 145 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=76540405;VD=17;AF=0.5312;BIAS=1:1;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:17;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.5161;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=16;HICOV=31;LSEQ=AATTCTCTCTTTAGGGGGAC;RSEQ=GAAGGACCCGAGCGTCGAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:32:17:15,17:0.5312:0,15:0,17 chr17 76540414 . C T 131 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=76540414;VD=15;AF=0.5556;BIAS=0:1;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:15;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=14;HICOV=26;LSEQ=TTTAGGGGGACGGAAGGACC;RSEQ=GAGCGTCGAGGAGTGTGTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:27:15:12,15:0.5556:0,12:0,15 chr17 76540418 . C G 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=76540418;VD=15;AF=0.5769;BIAS=0:1;REFBIAS=0:11;VARBIAS=0:15;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5600;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=14;HICOV=25;LSEQ=GGGGGACGGAAGGACCCGAG;RSEQ=GTCGAGGAGTGTGTGGTCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:26:15:11,15:0.5769:0,11:0,15 chr17 76547808 . G C 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=235;END=76547808;VD=117;AF=0.4979;BIAS=2:2;REFBIAS=14:103;VARBIAS=22:95;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.20426;ODDRATIO=1.69987080981845;MQ=60;SN=57.5;HIAF=0.5022;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=115;HICOV=229;LSEQ=GTAATCTCAGCCCTTTGGGA;RSEQ=GTCAGGGCAGGCGAATCACG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:235:117:117,117:0.4979:14,103:22,95 chr17 76548612 . GC G 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=157;END=76548613;VD=4;AF=0.0255;BIAS=1:0;REFBIAS=133:2;VARBIAS=4:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0395;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=3;HICOV=76;LSEQ=GGCTTTTTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=CTGGGCAGGCAGGTGGAAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:4:135,4:0.0255:133,2:4,0 chr17 76553813 . T TTGC 86 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=5;END=76553813;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=37.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.4;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0.4;SHIFT3=7;MSI=3;MSILEN=3;NM=0.2;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=GTTCTGAGTCATCACTATCT;RSEQ=TGCTGCTATTTGCATGAATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:5,0 chr17 76554114 . A G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=371;END=76554114;VD=190;AF=0.5121;BIAS=2:2;REFBIAS=153:28;VARBIAS=169:21;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.22299;ODDRATIO=1.47121566550441;MQ=60;SN=94;HIAF=0.5151;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=188;HICOV=365;LSEQ=AGGAAGAGCCACATCTCTGA;RSEQ=ACACACAAACAAACTTGACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:371:190:181,190:0.5121:153,28:169,21 chr17 76554147 . A G 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=465;END=76554147;VD=248;AF=0.5333;BIAS=2:2;REFBIAS=162:54;VARBIAS=189:59;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.82844;ODDRATIO=1.06763465542092;MQ=60;SN=13.588;HIAF=0.5262;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=231;HICOV=439;LSEQ=ACTTGACAAAAAACCAAAAC;RSEQ=ATACAAAGCTGCATCAGGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:465:248:216,248:0.5333:162,54:189,59 chr17 76554443 . G A 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=76554443;VD=135;AF=0.4839;BIAS=1:1;REFBIAS=3:141;VARBIAS=2:133;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.41315;MQ=60;SN=44;HIAF=0.4783;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=132;HICOV=276;LSEQ=GGGATGTTTTGACAGCCGGG;RSEQ=GGGATCTCAAAGTTGGTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:135:144,135:0.4839:3,141:2,133 chr17 76554529 . C CTGACATCACCCTCATGGGTGGA 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=190;END=76554529;VD=65;AF=0.3421;BIAS=1:1;REFBIAS=0:55;VARBIAS=0:65;PMEAN=21.3;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=53.6;SN=130;HIAF=0.5508;ADJAF=0.2105;SHIFT3=70;MSI=3.182;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=65;HICOV=118;LSEQ=TGATCCTGAGCCGGAAAGCA;RSEQ=TGACATCACCCTCATGGGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:190:65:55,65:0.3421:0,55:0,65 chr17 76556562 . C T 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=76556562;VD=50;AF=0.5952;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=50:0;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49;HIAF=0.5976;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=49;HICOV=82;LSEQ=AGATTCGGCAAAGACTTTTT;RSEQ=CCCCCCCCCAGTTTCAAATT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:84:50:0,50:0.5952:0,0:50,0 chr17 76556570 . C A 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=76556570;VD=90;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=90:0;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=87;HICOV=87;LSEQ=CAAAGACTTTTTCCCCCCCC;RSEQ=CAGTTTCAAATTGTCATTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:90:90:0,90:1:0,0:90,0 chr17 76556616 . A G 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=76556616;VD=63;AF=0.4437;BIAS=1:1;REFBIAS=77:1;VARBIAS=63:0;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=60;HICOV=135;LSEQ=GGGATCACAGGAACGCTTTC;RSEQ=AGAAGATACTCATTGAAGCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:63:78,63:0.4437:77,1:63,0 chr17 76556811 . C T 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=549;END=76556811;VD=262;AF=0.4772;BIAS=2:2;REFBIAS=192:94;VARBIAS=185:77;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.40675;ODDRATIO=1.17591721542803;MQ=60;SN=31.75;HIAF=0.4712;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=254;HICOV=539;LSEQ=CTTTGACGCGGTCCCCACTC;RSEQ=TGGCACCCACCGCTTTGCTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:549:262:286,262:0.4772:192,94:185,77 chr17 76557659 . T A 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=232;END=76557659;VD=114;AF=0.4914;BIAS=1:1;REFBIAS=117:1;VARBIAS=113:1;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03525;MQ=60;SN=37;HIAF=0.4912;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=111;HICOV=226;LSEQ=GGAGGGAGGACCAGAAGGGG;RSEQ=CTCTTCTGGGCTTTTGCTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:232:114:118,114:0.4914:117,1:113,1 chr17 76557862 . T C 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=572;END=76557862;VD=570;AF=0.9965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=311:259;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=113;HIAF=0.9965;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=565;HICOV=567;LSEQ=TCCTGCAGCTCCAGGCTCCA;RSEQ=TTGAGCTGCCCGGCCACGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:572:570:0,570:0.9965:0,0:311,259 chr17 76557943 . G A 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=615;END=76557943;VD=271;AF=0.4407;BIAS=2:2;REFBIAS=168:174;VARBIAS=131:140;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.87094;ODDRATIO=1.03181;MQ=60;SN=53.2;HIAF=0.4397;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=266;HICOV=605;LSEQ=GAGGCCGCCATCTGGGCATC;RSEQ=TACAAGATCTTAGCATTGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:615:271:342,271:0.4407:168,174:131,140 chr17 76558159 . T C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=285;END=76558159;VD=285;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=19:266;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34.625;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=277;HICOV=277;LSEQ=GCAGGGCCAATCTTCAGGAG;RSEQ=GAGAGAATGTGTACCTTGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:285:285:0,285:1:0,0:19,266 chr17 76563386 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=76563386;VD=2;AF=0.0106;BIAS=1:0;REFBIAS=0:187;VARBIAS=0:2;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=187;LSEQ=CACCAACCATGGGGGTGGGA;RSEQ=GACACCCTCTGTGTCTGTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:2:187,2:0.0106:0,187:0,2 chr17 76565341 . G A 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=568;END=76565341;VD=291;AF=0.5123;BIAS=2:2;REFBIAS=158:117;VARBIAS=163:128;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.73508;ODDRATIO=1.06033;MQ=60;SN=23.25;HIAF=0.5082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=279;HICOV=549;LSEQ=ACGGGCTCTTTGTCCTTAGA;RSEQ=GAGAGAAAGAGAGATGAGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:568:291:275,291:0.5123:158,117:163,128 chr17 76565910 . T A 165 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=76565910;VD=24;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=1:23;VARBIAS=0:24;PMEAN=31.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=0.5106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=24;HICOV=47;LSEQ=GGGGCCACAGCATGGTTTTA;RSEQ=TATATAGAGGTGGCCCAGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:48:24:24,24:0.5:1,23:0,24 chr17 76566106 . T C 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=76566106;VD=45;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=44:1;VARBIAS=44:1;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=60;SN=90;HIAF=0.5056;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=45;HICOV=89;LSEQ=TCAGGGCAGACCTCCTCCTC;RSEQ=GTCCCCGTCTTCCCTTTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:90:45:45,45:0.5:44,1:44,1 chr17 76566119 . C T 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=76566119;VD=58;AF=0.5273;BIAS=1:1;REFBIAS=51:1;VARBIAS=57:1;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.11652003036934;MQ=60;SN=116;HIAF=0.5370;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=58;HICOV=108;LSEQ=CCTCCTCTGTCCCCGTCTTC;RSEQ=CTTTCTTTTCCCTCAGTACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:110:58:52,58:0.5273:51,1:57,1 chr17 76566911 . G A 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=163;END=76566911;VD=74;AF=0.454;BIAS=1:1;REFBIAS=89:0;VARBIAS=73:1;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.45399;ODDRATIO=0;MQ=54.3;SN=148;HIAF=0.4568;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=74;HICOV=162;LSEQ=GATCGCGCCACAGCACTCTA;RSEQ=CCTGGTGACAGAGCGAGACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:163:74:89,74:0.454:89,0:73,1 chr17 76566961 . G A 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=76566961;VD=61;AF=0.328;BIAS=2:2;REFBIAS=80:30;VARBIAS=47:14;PMEAN=19.2;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=0.58747;ODDRATIO=1.25726068042948;MQ=48.9;SN=9.167;HIAF=0.4701;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=55;HICOV=117;LSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAGAAAAGAAAAGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:61:110,61:0.328:80,30:47,14 chr17 76566963 . AAAAAG A 172 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=209;END=76566968;VD=28;AF=0.134;BIAS=2:2;REFBIAS=139:40;VARBIAS=16:12;PMEAN=12.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.03265;ODDRATIO=2.5921;MQ=60;SN=56;HIAF=0.1443;ADJAF=0.0622;SHIFT3=18;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=28;HICOV=194;LSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAGA;RSEQ=AAAAGAAAAGAAAAGAAACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:209:28:179,28:0.134:139,40:16,12 chr17 76566966 . A G 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=201;END=76566966;VD=12;AF=0.0597;BIAS=2:2;REFBIAS=127:35;VARBIAS=5:7;PMEAN=11.2;PSTD=1;QUAL=31.7;QSTD=1;SBF=0.00912;ODDRATIO=5.01894;MQ=60;SN=5;HIAF=0.0667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=10;HICOV=150;LSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAGAAAA;RSEQ=AGAAAAGAAAAGAAAAGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:201:12:162,12:0.0597:127,35:5,7 chr17 76566968 . G A 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=76566968;VD=39;AF=0.2042;BIAS=2:2;REFBIAS=85:29;VARBIAS=31:8;PMEAN=16.4;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=0.66614;ODDRATIO=1.31973130270677;MQ=56.2;SN=6.8;HIAF=0.3119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=34;HICOV=109;LSEQ=AAAAAAAAAAAAAGAAAAAA;RSEQ=AAAAGAAAAGAAAAGAAACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:39:114,39:0.2042:85,29:31,8 chr17 76567013 . C T 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=329;END=76567013;VD=147;AF=0.4468;BIAS=2:2;REFBIAS=114:56;VARBIAS=92:55;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=0.41146;ODDRATIO=1.21624;MQ=60;SN=4.88;HIAF=0.4357;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=122;HICOV=280;LSEQ=CCTCCCCACCAAAGCCGGCT;RSEQ=TCCCTTGCCTGCGCACCATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:329:147:170,147:0.4468:114,56:92,55 chr17 76567332 . C A 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=414;END=76567332;VD=214;AF=0.5169;BIAS=2:2;REFBIAS=92:107;VARBIAS=109:105;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.37551;ODDRATIO=1.20679667889554;MQ=60;SN=70.333;HIAF=0.5159;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=211;HICOV=409;LSEQ=GAGGCACAAACAGCTTCGTG;RSEQ=AGAACTCATGACAGGGTCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:414:214:199,214:0.5169:92,107:109,105 chr17 76567707 . T C 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=655;END=76567707;VD=654;AF=0.9985;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=370:284;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=53.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=642;HICOV=642;LSEQ=CTTGAGGTTCAGCAGCCGAG;RSEQ=GTCCCAGAACTCGAACTCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:655:654:0,654:0.9985:0,0:370,284 chr17 76567883 . G C 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=503;END=76567883;VD=259;AF=0.5149;BIAS=2:2;REFBIAS=69:175;VARBIAS=76:183;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.84399;ODDRATIO=1.05321916437592;MQ=60;SN=63.75;HIAF=0.5120;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=255;HICOV=498;LSEQ=TCCTGCCCAGTGGAAGGTTG;RSEQ=GGCATTGCTCTCATGGCGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:503:259:244,259:0.5149:69,175:76,183 chr17 76567910 . G A 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=420;END=76567910;VD=207;AF=0.4929;BIAS=2:2;REFBIAS=53:157;VARBIAS=52:155;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00623;MQ=60;SN=19.7;HIAF=0.4864;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=197;HICOV=405;LSEQ=GCTCTCATGGCGACACACAC;RSEQ=TGGGTCCCACCAAGCTCTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:420:207:210,207:0.4929:53,157:52,155 chr17 76568020 . C A 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=231;END=76568020;VD=116;AF=0.5022;BIAS=1:1;REFBIAS=0:114;VARBIAS=1:115;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=115;HIAF=0.5111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=115;HICOV=225;LSEQ=CTCCAGCCACCTCGGGGACG;RSEQ=TAAAGAAGTTCCCAAGACTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:231:116:114,116:0.5022:0,114:1,115 chr17 76568046 . T C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=76568046;VD=2;AF=0.0109;BIAS=1:0;REFBIAS=1:181;VARBIAS=0:2;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0113;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=177;LSEQ=AAGTTCCCAAGACTCCCAGC;RSEQ=AGGAAGAGAGCCCAGGGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:2:182,2:0.0109:1,181:0,2 chr17 76568054 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=76568054;VD=2;AF=0.0119;BIAS=1:0;REFBIAS=1:165;VARBIAS=0:2;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=168;LSEQ=AAGACTCCCAGCTAGGAAGA;RSEQ=AGCCCAGGGAAATAATGGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:168:2:166,2:0.0119:1,165:0,2 chr17 76568651 . C T 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=201;END=76568651;VD=106;AF=0.5274;BIAS=1:1;REFBIAS=94:0;VARBIAS=105:1;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=105;HIAF=0.5276;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=105;HICOV=199;LSEQ=CACCTTGCCCTGCATTTCCC;RSEQ=GGCTTTAACATGTGAAGCCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:201:106:94,106:0.5274:94,0:105,1 chr17 76568716 . G T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=269;END=76568716;VD=134;AF=0.4981;BIAS=2:1;REFBIAS=121:13;VARBIAS=131:3;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.01766;ODDRATIO=4.66831613836889;MQ=60;SN=25.8;HIAF=0.5059;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=129;HICOV=255;LSEQ=AGTGGGGTGGAGTGGGGTGG;RSEQ=GGGTGGGGGTCAAGCATGTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:269:134:134,134:0.4981:121,13:131,3 chr17 76569056 . G T 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=76569056;VD=125;AF=0.498;BIAS=2:2;REFBIAS=16:108;VARBIAS=16:109;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00922;MQ=60;SN=30.25;HIAF=0.4939;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=121;HICOV=245;LSEQ=CAGAGCCAGGTCCCCGGGGG;RSEQ=TTCCAAAGACCCGGTGTCTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:251:125:124,125:0.498:16,108:16,109 chr17 76569189 . C T 221 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=76569189;VD=70;AF=0.5691;BIAS=1:1;REFBIAS=0:53;VARBIAS=0:70;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=69;HIAF=0.5798;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=69;HICOV=119;LSEQ=CTTCCAGAAGGAGGTGTGGC;RSEQ=GGTCATGGAGTTTATACCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:123:70:53,70:0.5691:0,53:0,70 chr17 76570771 . G A 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=368;END=76570771;VD=192;AF=0.5217;BIAS=2:2;REFBIAS=124:51;VARBIAS=137:55;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02442222586461;MQ=60;SN=37.4;HIAF=0.5209;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=187;HICOV=359;LSEQ=TCGGTCGTGCTCGACACCCC;RSEQ=GATGGCAGCCTGGACGCACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:368:192:175,192:0.5217:124,51:137,55 chr17 76570819 . G C 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=465;END=76570819;VD=238;AF=0.5118;BIAS=2:2;REFBIAS=156:71;VARBIAS=149:89;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.1728;ODDRATIO=1.31163;MQ=60;SN=46.6;HIAF=0.5065;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=233;HICOV=460;LSEQ=TCCACCACCGCGATCAGCTG;RSEQ=TCCACGGGTGTGGGGCTGAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:465:238:227,238:0.5118:156,71:149,89 chr17 76571269 . A C 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=76571269;VD=86;AF=0.4699;BIAS=1:1;REFBIAS=1:96;VARBIAS=0:86;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=42;HIAF=0.4719;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=84;HICOV=178;LSEQ=GTTTCTACCGGAGCAGGAAC;RSEQ=AAACAGTTGGTCGAGAGTGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:86:97,86:0.4699:1,96:0,86 chr17 78010548 . C A 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=209;END=78010548;VD=107;AF=0.512;BIAS=2:2;REFBIAS=47:55;VARBIAS=37:70;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.09324;ODDRATIO=1.61292;MQ=60;SN=20.4;HIAF=0.5025;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=102;HICOV=203;LSEQ=CAGGCCGCGCTCTCCGTTCA;RSEQ=CGCTCCAGGTGGCCCCCGCG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:209:107:102,107:0.512:47,55:37,70 chr17 78010622 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=78010622;VD=3;AF=0.0229;BIAS=1:0;REFBIAS=2:125;VARBIAS=0:3;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=CCCTTCCTCTCGCCTGTGTC;RSEQ=CTTCTCTCGCCATTTTGCTG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:3:127,3:0.0229:2,125:0,3 chr17 78010673 . AC A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=109;END=78010674;VD=2;AF=0.0183;BIAS=1:0;REFBIAS=1:106;VARBIAS=0:2;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0185;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=108;LSEQ=TCCACTGCGTTCAGCCCCTC;RSEQ=CCCCCCGCCAACCCTTCTCA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:2:107,2:0.0183:1,106:0,2 chr17 78011859 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=78011859;VD=2;AF=0.0105;BIAS=2:0;REFBIAS=140:48;VARBIAS=2:0;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=184;LSEQ=GATGTGCAGAATTCAGGAGG;RSEQ=GATAAGGACCAAGAAAAAGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:2:188,2:0.0105:140,48:2,0 chr17 78013724 . G C 340 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=675;END=78013724;VD=674;AF=0.9985;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=327:347;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66.4;HIAF=0.9985;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=664;HICOV=665;LSEQ=GCAATTGAAGAGGGGGAGGT;RSEQ=GAGACAGAAGGGGAAGCAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:675:674:0,674:0.9985:0,0:327,347 chr17 78014289 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=78014289;VD=2;AF=0.0165;BIAS=1:0;REFBIAS=0:119;VARBIAS=0:2;PMEAN=61;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0169;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=118;LSEQ=GGAGTTCGAGACCAGCCTGG;RSEQ=CAACGTGGTGAAATCCTGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:121:2:119,2:0.0165:0,119:0,2 chr17 78014433 . C G 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=78014433;VD=14;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:14;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=14;HICOV=14;LSEQ=GGCTGCAGTGAGCCAAGATC;RSEQ=CACCATTGCACTATAGCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:14:0,14:1:0,0:0,14 chr17 78020871 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=78020871;VD=2;AF=0.0152;BIAS=1:0;REFBIAS=130:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0154;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=130;LSEQ=GCCAGGCTGGTCTCGAACTC;RSEQ=TGGCCTCAAGCGATCCACCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:2:130,2:0.0152:130,0:2,0 chr17 78022072 . T C 134 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=78022072;VD=14;AF=0.7778;BIAS=0:1;REFBIAS=4:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=30.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.7778;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=14;HICOV=18;LSEQ=CTGTCTGGGGATAAAAAATA;RSEQ=TGTATCCAATCCACTAGTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:18:14:4,14:0.7778:4,0:14,0 chr17 78022074 . G A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=78022074;VD=4;AF=0.2222;BIAS=1:0;REFBIAS=14:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=23.8;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.1875;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=16;LSEQ=GTCTGGGGATAAAAAATATT;RSEQ=TATCCAATCCACTAGTTAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:18:4:14,4:0.2222:14,0:4,0 chr17 78022378 . C G 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=463;END=78022378;VD=228;AF=0.4924;BIAS=2:2;REFBIAS=177:57;VARBIAS=180:48;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.43752;ODDRATIO=1.20713173428616;MQ=60;SN=113;HIAF=0.4913;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=226;HICOV=460;LSEQ=TGGTGTCGCTGTCTCTCCCC;RSEQ=CAGTGATCCCCCCAGGGGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:463:228:234,228:0.4924:177,57:180,48 chr17 78024094 . C T 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=426;END=78024094;VD=210;AF=0.493;BIAS=2:2;REFBIAS=62:154;VARBIAS=66:144;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.59735;ODDRATIO=1.13809664716728;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4831;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=200;HICOV=414;LSEQ=GCAAAAAGTGTAAGGCAACC;RSEQ=GGCAGCCCCACACGCCATCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:426:210:216,210:0.493:62,154:66,144 chr17 78025352 . T C 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=78025352;VD=72;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:71;PMEAN=46.4;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=38.3;SN=13.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=67;HICOV=67;LSEQ=GCAGGAGAATGGCGTGAACC;RSEQ=GGGAGTCGGAGCTTGCAGTG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:72:72:0,72:1:0,0:1,71 chr17 78032257 . ACT A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=355;END=78032259;VD=6;AF=0.0169;BIAS=2:0;REFBIAS=260:89;VARBIAS=6:0;PMEAN=47.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.34332;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0169;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=6;HICOV=354;LSEQ=CTGGGACAGCCTCCCCACTC;RSEQ=CTCTCTCTCTTTCTCCCCCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:355:6:349,6:0.0169:260,89:6,0 chr17 78032915 . C T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=78032915;VD=133;AF=0.4963;BIAS=2:2;REFBIAS=18:116;VARBIAS=10:123;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.16122;ODDRATIO=1.90406;MQ=60;SN=43.333;HIAF=0.4962;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=130;HICOV=262;LSEQ=CAGCTTACATCTGCAAACAT;RSEQ=GGGCCCTCCCCATGGTGGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:133:134,133:0.4963:18,116:10,123 chr17 78033008 . C T 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=78033008;VD=88;AF=0.5535;BIAS=1:1;REFBIAS=0:71;VARBIAS=1:87;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43;HIAF=0.5513;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=86;HICOV=156;LSEQ=TAGTGGGTGACAGAAGGCCT;RSEQ=GCAGGGTTCAGGTACTCTAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:159:88:71,88:0.5535:0,71:1,87 chr17 78033204 . A G 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=78033204;VD=11;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:10;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=GTGGAGTAGGGAGTGGAGGG;RSEQ=ACGAAGGGGGTGAAAGCTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:1,10 chr17 78039619 . G A 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=78039619;VD=102;AF=0.5763;BIAS=1:1;REFBIAS=3:72;VARBIAS=1:101;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.31253;ODDRATIO=4.17568;MQ=60;SN=204;HIAF=0.5795;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=102;HICOV=176;LSEQ=AACACTGCGGCGCTGGGAGG;RSEQ=GAGAGGCTTTTCTGCTCAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:177:102:75,102:0.5763:3,72:1,101 chr17 78039676 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=78039676;VD=2;AF=0.0171;BIAS=1:2;REFBIAS=1:114;VARBIAS=1:1;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.03404;ODDRATIO=80.9061488673139;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0174;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=115;LSEQ=AGTAGAAACAGAGCAGGGTA;RSEQ=AGAGAAAGCTATCTTTGGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:2:115,2:0.0171:1,114:1,1 chr17 78041196 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=78041196;VD=3;AF=0.0182;BIAS=1:0;REFBIAS=162:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=50.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=145;LSEQ=CCCTGCCTAACTTGTGTGCA;RSEQ=TTGCAAGAAAGCATATGCGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:3:162,3:0.0182:162,0:3,0 chr17 78041975 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=78041975;VD=2;AF=0.0118;BIAS=1:0;REFBIAS=0:167;VARBIAS=0:2;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0121;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=165;LSEQ=CCCAAGTAGCTGGGATTACA;RSEQ=GCGTGCACCACCACGCCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:2:167,2:0.0118:0,167:0,2 chr17 78055083 . T C 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=61;END=78055083;VD=23;AF=0.377;BIAS=2:1;REFBIAS=36:2;VARBIAS=23:0;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.5224;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.3860;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=22;HICOV=57;LSEQ=AATCCCAGCCACTCAAGAGG;RSEQ=TGAGGCATGAGACTCGCTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:61:23:38,23:0.377:36,2:23,0 chr17 78055186 . A AAAATAAATAAATAAATAAAT 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=156;END=78055186;VD=59;AF=0.3782;BIAS=1:1;REFBIAS=85:1;VARBIAS=58:1;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.46153;MQ=60.5;SN=118;HIAF=0.4126;ADJAF=0.0962;SHIFT3=26;MSI=11;MSILEN=4;NM=0.3;HICNT=59;HICOV=143;LSEQ=AGAGTGAGACTCTGTCTCAA;RSEQ=AAATAAATAAATAAATAAAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:59:86,59:0.3782:85,1:58,1 chr17 78058432 . G A 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=78058432;VD=127;AF=0.4552;BIAS=2:2;REFBIAS=122:27;VARBIAS=114:13;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.0855;ODDRATIO=1.9361833952912;MQ=60;SN=126;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=126;HICOV=273;LSEQ=GCACTCGTGACTGTGCGTTT;RSEQ=GAATATCTCCAGAGGAACAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:127:149,127:0.4552:122,27:114,13 chr17 78059551 . A G 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=78059551;VD=14;AF=0.4667;BIAS=1:1;REFBIAS=16:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=29.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3.667;HIAF=0.4074;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=11;HICOV=27;LSEQ=TGCCATCTTGCTCACTGCAC;RSEQ=TCTGCCTCCTGAGTTCAAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:30:14:16,14:0.4667:16,0:14,0 chr17 78061141 . T G 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=53;END=78061141;VD=25;AF=0.4717;BIAS=1:1;REFBIAS=28:0;VARBIAS=24:1;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.4717;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.4808;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=4;NM=1.9;HICNT=25;HICOV=52;LSEQ=CCCTGCCCACACCTGCTGGC;RSEQ=GTCCCCACAGGCAGGTCCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:53:25:28,25:0.4717:28,0:24,1 chr17 78061214 . CCCTGT C 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=102;END=78061219;VD=44;AF=0.4314;BIAS=1:1;REFBIAS=58:0;VARBIAS=43:1;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.43137;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=88;HIAF=0.4356;ADJAF=0.0294;SHIFT3=3;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=44;HICOV=101;LSEQ=TTAGCAGCCAAAAAGAGACC;RSEQ=CCTCTCCTCTCCTCTGTCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:102:44:58,44:0.4314:58,0:43,1 chr17 78061270 . G C 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=78061270;VD=79;AF=0.4514;BIAS=1:1;REFBIAS=96:0;VARBIAS=79:0;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78;HIAF=0.4483;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=78;HICOV=174;LSEQ=AGATTCAGGCAGGAGCGCCA;RSEQ=GAACGACAAGAGGGAGGGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:79:96,79:0.4514:96,0:79,0 chr17 78061274 . C T 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=184;END=78061274;VD=78;AF=0.4239;BIAS=1:1;REFBIAS=103:0;VARBIAS=78:0;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=77;HIAF=0.4278;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=77;HICOV=180;LSEQ=TCAGGCAGGAGCGCCAGGAA;RSEQ=GACAAGAGGGAGGGGATGAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:184:78:103,78:0.4239:103,0:78,0 chr17 78061317 . A C 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=256;END=78061317;VD=113;AF=0.4414;BIAS=2:2;REFBIAS=131:12;VARBIAS=103:10;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.05961;MQ=60;SN=112;HIAF=0.4462;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=112;HICOV=251;LSEQ=GAGCTACAGGGAGAGACAAA;RSEQ=CCTGGCTCACCTCTCGGACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:256:113:143,113:0.4414:131,12:103,10 chr17 78061353 . G A 255 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=330;END=78061353;VD=143;AF=0.4333;BIAS=2:2;REFBIAS=153:31;VARBIAS=127:16;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.15655;ODDRATIO=1.60596132845121;MQ=60;SN=46.667;HIAF=0.4361;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=140;HICOV=321;LSEQ=GGACACTGCTGCCTGCGGGC;RSEQ=AGGACCCGTACCCTCCTGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:330:143:184,143:0.4333:153,31:127,16 chr17 78061804 . AT CA 87 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=289;END=78061805;VD=11;AF=0.0381;BIAS=2:0;REFBIAS=60:205;VARBIAS=11:0;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=25.2;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4.5;HIAF=0.0400;ADJAF=0.0311;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=9;HICOV=225;LSEQ=GCTGTCCCGCCCCCTCCCCC;RSEQ=GCAGGCCTCTGAGAGGGAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:289:11:265,11:0.0381:60,205:11,0 chr17 78062251 . C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=78062251;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=0:4;VARBIAS=0:3;PMEAN=20.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=AGTAGAGATGGGGTTTCACC;RSEQ=TGTTGGCCAGGCTGGTCTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:4,3:0.4286:0,4:0,3 chr17 78063962 . G A 82 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=626;END=78063962;VD=8;AF=0.0128;BIAS=2:2;REFBIAS=347:266;VARBIAS=7:1;PMEAN=26.6;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.14683;ODDRATIO=5.35503909178537;MQ=56.4;SN=3;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=6;HICOV=566;LSEQ=ATTGCAGAACAACACAGGAC;RSEQ=CACACAGGCACGTGCACGAA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:626:8:613,8:0.0128:347,266:7,1 chr17 78063996 . A G 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=612;END=78063996;VD=88;AF=0.1438;BIAS=2:2;REFBIAS=249:234;VARBIAS=70:18;PMEAN=22.9;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=3.64710602137204;MQ=31.3;SN=1.75;HIAF=0.1315;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=56;HICOV=426;LSEQ=GCACGAACAACACGGGACGC;RSEQ=CGCAGGCACGTGCACGAAGA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:612:88:483,88:0.1438:249,234:70,18 chr17 78064015 . G C 287 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=581;END=78064015;VD=342;AF=0.5886;BIAS=2:2;REFBIAS=105:126;VARBIAS=192:150;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=34.1;QSTD=1;SBF=0.01348;ODDRATIO=1.53480162688972;MQ=41.9;SN=11.214;HIAF=0.6331;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=314;HICOV=496;LSEQ=CACGCAGGCACGTGCACGAA;RSEQ=AACACGGGACGCGCGCAGGC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:581:342:231,342:0.5886:105,126:192,150 chr17 78064064 . G A 296 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=572;END=78064064;VD=348;AF=0.6084;BIAS=2:2;REFBIAS=112:85;VARBIAS=180:168;PMEAN=43.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.28342;ODDRATIO=1.22933;MQ=31.8;SN=19.471;HIAF=0.6968;ADJAF=0;SHIFT3=30;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=331;HICOV=475;LSEQ=GAACAACACGGGACGCGCGC;RSEQ=GGCACGTGCACGAACAACAC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:572:348:197,348:0.6084:112,85:180,168 chr17 78064124 . G A 83 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=657;END=78064124;VD=7;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=366:257;VARBIAS=6:1;PMEAN=26.6;PSTD=1;QUAL=29.6;QSTD=1;SBF=0.2496;ODDRATIO=4.20556817226007;MQ=36.6;SN=2.5;HIAF=0.0094;ADJAF=0;SHIFT3=20;MSI=3;MSILEN=2;NM=3.3;HICNT=5;HICOV=534;LSEQ=GCACGAACAACACGGGACGC;RSEQ=CGCAGGCACGTGCACGAACA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:657:7:623,7:0.0107:366,257:6,1 chr17 78064145 . A ACAC 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=559;END=78064145;VD=197;AF=0.3524;BIAS=2:2;REFBIAS=191:114;VARBIAS=118:79;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=33.2;QSTD=1;SBF=0.57335;ODDRATIO=1.12143;MQ=51.7;SN=18.7;HIAF=0.4092;ADJAF=0.0018;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=187;HICOV=457;LSEQ=CGCAGGCACGTGCACGAACA;RSEQ=GGGACGCGCGCAGGCACGTG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:559:197:305,197:0.3524:191,114:118,79 chr17 78064169 . GAACACAGGACACACACAGCACGTGCATGAAC G 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=570;END=78064200;VD=56;AF=0.0982;BIAS=2:2;REFBIAS=296:215;VARBIAS=31:25;PMEAN=16.6;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.77613;ODDRATIO=1.11007;MQ=50.2;SN=112;HIAF=0.1026;ADJAF=0.0982;SHIFT3=48;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.7;HICNT=56;HICOV=546;LSEQ=ACGCGCGCAGGCACGTGCAC;RSEQ=AACACAGGACACACACAGCA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:570:56:511,56:0.0982:296,215:31,25 chr17 78064216 . CAGCACGTGCATGAACAACACAGGACACACACA C 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=599;END=78064248;VD=62;AF=0.1035;BIAS=2:2;REFBIAS=279:237;VARBIAS=30:32;PMEAN=16.2;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.42089;ODDRATIO=1.25519;MQ=48.7;SN=124;HIAF=0.1250;ADJAF=0.1018;SHIFT3=44;MSI=4;MSILEN=2;NM=0.8;HICNT=62;HICOV=496;LSEQ=TGAACAACACAGGACACACA;RSEQ=AGCACGTGCATGAACAACAC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:599:62:516,62:0.1035:279,237:30,32 chr17 78064247 . CA C 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=625;END=78064248;VD=181;AF=0.2896;BIAS=2:2;REFBIAS=218:211;VARBIAS=83:98;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.28772;ODDRATIO=1.21949;MQ=56.6;SN=44.25;HIAF=0.3000;ADJAF=0.0288;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=2;NM=0.8;HICNT=177;HICOV=590;LSEQ=TGAACAACACAGGACACACA;RSEQ=AGCACGTGCATGAACAACAC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:625:181:429,181:0.2896:218,211:83,98 chr17 78064403 . G C 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=702;END=78064403;VD=358;AF=0.51;BIAS=2:2;REFBIAS=193:151;VARBIAS=210:148;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.54141;ODDRATIO=1.10997646849887;MQ=60;SN=50.143;HIAF=0.5109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=351;HICOV=687;LSEQ=ACCCTCTAACGTATCCCACT;RSEQ=TGAGACAGTCTCACACCACA;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:702:358:344,358:0.51:193,151:210,148 chr17 78064981 . T G 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=78064981;VD=7;AF=0.7;BIAS=0:0;REFBIAS=0:3;VARBIAS=0:7;PMEAN=29.9;PSTD=1;QUAL=30.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.7000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=7;HICOV=10;LSEQ=TACTATGGATATTTCACAAT;RSEQ=TATTGATCCAGTCCCAGGTT;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:7:3,7:0.7:0,3:0,7 chr17 78068948 . C T 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=78068948;VD=95;AF=0.5367;BIAS=1:1;REFBIAS=80:1;VARBIAS=92:3;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.62552;ODDRATIO=2.59573;MQ=60;SN=94;HIAF=0.5434;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=94;HICOV=173;LSEQ=CACAGGCCTCACTGTTTCCC;RSEQ=GCCGATCCCCATGCGTGTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:177:95:81,95:0.5367:80,1:92,3 chr17 78069324 . C A 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=320;END=78069324;VD=160;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=38:121;VARBIAS=38:122;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00824;MQ=60;SN=10.429;HIAF=0.4834;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=146;HICOV=302;LSEQ=GGAACACTCCAGGAAGGCGT;RSEQ=TTGCTGGGTCCGGGGTGAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:320:160:159,160:0.5:38,121:38,122 chr17 78069367 . G A 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=78069367;VD=103;AF=0.4598;BIAS=2:1;REFBIAS=6:114;VARBIAS=3:100;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.51063;ODDRATIO=1.75013;MQ=60;SN=102;HIAF=0.4574;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=102;HICOV=223;LSEQ=GCAGAGGCTGCAGTGGGGGC;RSEQ=TGCTCAGCACTGCTAACCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:224:103:120,103:0.4598:6,114:3,100 chr17 78069488 . T A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=78069488;VD=2;AF=0.0177;BIAS=1:0;REFBIAS=1:110;VARBIAS=0:2;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0187;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=107;LSEQ=GGGTGAGGATCCAGAGGCTG;RSEQ=TAGAGGGGCGTGCTCAGCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:2:111,2:0.0177:1,110:0,2 chr17 78070771 . C T 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=78070771;VD=22;AF=0.4583;BIAS=1:1;REFBIAS=26:0;VARBIAS=22:0;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.4583;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=22;HICOV=48;LSEQ=TGCTGAACTGTGCCAGTCTC;RSEQ=TGCCTGGGGACAGACCCACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:48:22:26,22:0.4583:26,0:22,0 chr17 78070894 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=78070894;VD=2;AF=0.0113;BIAS=1:0;REFBIAS=174:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=17.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=TGGGCCTGGCATCTCCCAGG;RSEQ=CTCGCCTCTCCAGCCCTCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:2:175,2:0.0113:174,1:2,0 chr17 78071052 . T C 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=415;END=78071052;VD=200;AF=0.4819;BIAS=2:2;REFBIAS=132:82;VARBIAS=130:70;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.54058;ODDRATIO=1.15328281954584;MQ=60;SN=199;HIAF=0.4938;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=199;HICOV=403;LSEQ=TGATTCTCCTAGGCCACCGA;RSEQ=GAGTGCACCAAAACCGTCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:415:200:214,200:0.4819:132,82:130,70 chr17 78071247 . A G 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=398;END=78071247;VD=203;AF=0.5101;BIAS=2:2;REFBIAS=65:125;VARBIAS=71:132;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.91565;ODDRATIO=1.03430799623512;MQ=60;SN=39.6;HIAF=0.5170;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=198;HICOV=383;LSEQ=GGGGATGACGGCCATGGAAC;RSEQ=TGCCACTCACACAGAGGTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:398:203:190,203:0.5101:65,125:71,132 chr17 78071327 . C A 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=270;END=78071327;VD=139;AF=0.5148;BIAS=1:1;REFBIAS=6:125;VARBIAS=2:137;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.16224;ODDRATIO=3.27462;MQ=60;SN=22.167;HIAF=0.5115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=133;HICOV=260;LSEQ=GTCACGGCCTCTCCTGATCC;RSEQ=AGGCCAGTAATAGCACCACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:270:139:131,139:0.5148:6,125:2,137 chr17 78073000 . T G 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=78073000;VD=6;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=6;HICOV=15;LSEQ=CTCAGGAGGCTGAGACAGGA;RSEQ=AATGGCGTGAACCCGGGAGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:15:6:9,6:0.4:9,0:6,0 chr17 78073089 . CA C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=71;END=78073090;VD=4;AF=0.0563;BIAS=1:0;REFBIAS=65:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=26.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0580;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=69;LSEQ=GACAGAGCAAGACTCCATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAGAATGCCTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:4:65,4:0.0563:65,0:4,0 chr17 78073116 . T C 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=119;END=78073116;VD=50;AF=0.4202;BIAS=1:1;REFBIAS=68:0;VARBIAS=50:0;PMEAN=29.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=49;HIAF=0.4224;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=49;HICOV=116;LSEQ=AAAAAAGAATGCCTCCTAGA;RSEQ=GGTGATGATGGGTGACCCAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:119:50:68,50:0.4202:68,0:50,0 chr17 78073140 . G A 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=144;END=78073140;VD=63;AF=0.4375;BIAS=1:1;REFBIAS=80:0;VARBIAS=62:1;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.44056;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=0.4380;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=60;HICOV=137;LSEQ=GATGATGGGTGACCCATAAA;RSEQ=CACCGACCCAGTGCCTCTCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:144:63:80,63:0.4375:80,0:62,1 chr17 78073201 . G A 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=212;END=78073201;VD=99;AF=0.467;BIAS=2:2;REFBIAS=103:8;VARBIAS=92:7;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02071021016423;MQ=60;SN=15.5;HIAF=0.4581;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=93;HICOV=203;LSEQ=GGGCGCAACACCTTCACGCC;RSEQ=TCCCTTTTCAGGCGTAGGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:212:99:111,99:0.467:103,8:92,7 chr17 78073355 . A G 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=498;END=78073355;VD=222;AF=0.4458;BIAS=2:2;REFBIAS=189:83;VARBIAS=156:66;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.92154;ODDRATIO=1.03793658207484;MQ=60;SN=23.667;HIAF=0.4503;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=213;HICOV=473;LSEQ=GAGATCGTGGCCCTGCAGAC;RSEQ=CGCCTTAAGCACCTGCAGGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:498:222:272,222:0.4458:189,83:156,66 chr17 78073562 . A G 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=686;END=78073562;VD=313;AF=0.4563;BIAS=2:2;REFBIAS=171:199;VARBIAS=167:146;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.06572;ODDRATIO=1.33054805274292;MQ=60;SN=77.25;HIAF=0.4578;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=309;HICOV=675;LSEQ=GCCAACAAGCTCGAGTCACC;RSEQ=GGGCCCTCCTAGGGAGCAGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:686:313:370,313:0.4563:171,199:167,146 chr17 78073589 . T C 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=719;END=78073589;VD=330;AF=0.459;BIAS=2:2;REFBIAS=173:214;VARBIAS=160:170;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.32917;ODDRATIO=1.16398174876618;MQ=60;SN=81.5;HIAF=0.4592;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=326;HICOV=710;LSEQ=TCCTAGGGAGCAGCCTGGAC;RSEQ=CCGCCTTGCAAGGCCTCCAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:719:330:387,330:0.459:173,214:160,170 chr17 78073723 . T C 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=783;END=78073723;VD=383;AF=0.4891;BIAS=2:2;REFBIAS=205:188;VARBIAS=204:179;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.77396;ODDRATIO=1.04512865533747;MQ=60;SN=75.6;HIAF=0.5013;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=378;HICOV=754;LSEQ=AAATAAGCCAGCCCCACCCA;RSEQ=AGGAATCTTTTTAGCCACTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:783:383:393,383:0.4891:205,188:204,179 chr17 78074446 . A C 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=336;END=78074446;VD=164;AF=0.4881;BIAS=2:2;REFBIAS=37:133;VARBIAS=36:128;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=31.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01094857304609;MQ=59.9;SN=5.56;HIAF=0.4712;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=139;HICOV=295;LSEQ=AGCCTTACTTATTTTAAAAC;RSEQ=TTGTAGAAATACAGAAACCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:336:164:170,164:0.4881:37,133:36,128 chr17 78074468 . A G 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=278;END=78074468;VD=131;AF=0.4712;BIAS=2:2;REFBIAS=25:115;VARBIAS=29:102;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.44718;ODDRATIO=1.30654054195302;MQ=59.9;SN=6.706;HIAF=0.4653;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=114;HICOV=245;LSEQ=TGTAGAAATACAGAAACCAC;RSEQ=ACAGAGGTGGAAGGGAGGCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:278:131:140,131:0.4712:25,115:29,102 chr17 78074492 . G T 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=215;END=78074492;VD=8;AF=0.0372;BIAS=2:0;REFBIAS=21:69;VARBIAS=0:8;PMEAN=16;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.19571;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0387;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=13;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=6;HICOV=155;LSEQ=GAGGTGGAAGGGAGGCTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTGAGACGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:215:8:90,8:0.0372:21,69:0,8 chr17 78074670 . TAGGC T 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=50;END=78074674;VD=24;AF=0.48;BIAS=1:1;REFBIAS=0:26;VARBIAS=0:24;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=0.4800;ADJAF=0.1;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=24;HICOV=50;LSEQ=TTTCTGCACATACATTTTAT;RSEQ=AAGTTAAGGTTATACTGTGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:50:24:26,24:0.48:0,26:0,24 chr18 5954396 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=5954396;VD=2;AF=0.1818;BIAS=0:0;REFBIAS=9:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1818;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=11;LSEQ=TGGTATTATGCAACCTGTTC;RSEQ=AGGCCCTACTGCTGAAATGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:2:9,2:0.1818:9,0:2,0 chr18 5954565 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=5954565;VD=2;AF=0.0194;BIAS=1:0;REFBIAS=101:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0194;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=103;LSEQ=TTCCCTTGGGAAATATATCC;RSEQ=AAGAAAGACAGCACTCCAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:103:2:101,2:0.0194:101,0:2,0 chr18 5954674 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=5954674;VD=2;AF=0.0142;BIAS=2:0;REFBIAS=124:15;VARBIAS=2:0;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0154;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=130;LSEQ=CTCCATGCTGTGGCATGGGC;RSEQ=CAGGTCATATCAACATATGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:2:139,2:0.0142:124,15:2,0 chr18 5954812 . A AAAC 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=343;END=5954812;VD=165;AF=0.481;BIAS=2:2;REFBIAS=89:88;VARBIAS=90:74;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.4476;ODDRATIO=1.20189418523593;MQ=60.1;SN=81.5;HIAF=0.4822;ADJAF=0.0233;SHIFT3=5;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=163;HICOV=338;LSEQ=ATGGCAGTCTACAAAAAGCA;RSEQ=AACAAACAAAACTCCACAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:343:165:177,165:0.481:89,88:90,74 chr18 5954871 . T A 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=264;END=5954871;VD=119;AF=0.4508;BIAS=2:2;REFBIAS=59:85;VARBIAS=47:72;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.89955;ODDRATIO=1.06306;MQ=60;SN=118;HIAF=0.4591;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=118;HICOV=257;LSEQ=CAATAATATATTAAAATTCC;RSEQ=TTTAGGTAAAGATCTAAAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:264:119:144,119:0.4508:59,85:47,72 chr18 5954938 . GA G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=150;END=5954939;VD=3;AF=0.02;BIAS=1:0;REFBIAS=6:141;VARBIAS=0:3;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0201;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=149;LSEQ=GTTTGTTTATTTTCTTCAGT;RSEQ=AAAAAAAATGTAAAGCTTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:150:3:147,3:0.02:6,141:0,3 chr18 5954987 . T C 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=5954987;VD=75;AF=0.5282;BIAS=1:1;REFBIAS=0:67;VARBIAS=1:74;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=150;HIAF=0.5357;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=75;HICOV=140;LSEQ=TCCAAGCAGAATCAACTTTC;RSEQ=TAAACCTTAACATTCTTAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:142:75:67,75:0.5282:0,67:1,74 chr18 5955181 . G A 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=5955181;VD=7;AF=0.3684;BIAS=0:0;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:7;PMEAN=31.4;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.3333;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=6;HICOV=18;LSEQ=TCCACACAACTTAAGCCTCC;RSEQ=ATACAATCACTTACAAAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:19:7:12,7:0.3684:0,12:0,7 chr18 8376724 . G GGTCC 79 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=294;END=8376724;VD=5;AF=0.017;BIAS=2:0;REFBIAS=121:167;VARBIAS=0:5;PMEAN=20.8;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.07947;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0174;ADJAF=0.0102;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=5;HICOV=288;LSEQ=TGATCTACCTGGCATTCCCT;RSEQ=TTCCTTCCCTCCCTCCCTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:294:5:288,5:0.017:121,167:0,5 chr18 8376729 . T TTCCC 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=290;END=8376729;VD=168;AF=0.5793;BIAS=2:1;REFBIAS=93:17;VARBIAS=0:168;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=336;HIAF=0.6131;ADJAF=0.0897;SHIFT3=17;MSI=5;MSILEN=4;NM=0.3;HICNT=168;HICOV=274;LSEQ=TACCTGGCATTCCCTGTTCC;RSEQ=TCCCTCCCTCCCTCCCTTCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:290:168:110,168:0.5793:93,17:0,168 chr18 8376746 . T TCCCG 29 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=199;END=8376746;VD=2;AF=0.0101;BIAS=1:0;REFBIAS=1:194;VARBIAS=0:2;PMEAN=74.5;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=4;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=TCCTTCCCTCCCTCCCTCCC;RSEQ=TCCCCCTTTTTGTTTTTCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:199:2:195,2:0.0101:1,194:0,2 chr18 8376780 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=196;END=8376780;VD=2;AF=0.0102;BIAS=1:0;REFBIAS=1:193;VARBIAS=0:2;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=186;LSEQ=TTTTCCTCTCATAAACAAAC;RSEQ=AAACAAACCCAGGAGTTTTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:2:194,2:0.0102:1,193:0,2 chr18 8376863 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=8376863;VD=2;AF=0.0129;BIAS=1:0;REFBIAS=1:152;VARBIAS=0:2;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=146;LSEQ=ATTAAGGGACCCAAAAAAGT;RSEQ=TCTGTTAAGTGCTCAGACTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:2:153,2:0.0129:1,152:0,2 chr18 11883218 . CTGCCTC ACTGCCCCT 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=357;END=11883224;VD=352;AF=0.986;BIAS=2:2;REFBIAS=2:1;VARBIAS=135:217;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.56172;ODDRATIO=3.20399;MQ=60;SN=704;HIAF=0.9888;ADJAF=0.1569;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=352;HICOV=356;LSEQ=TTTATCTCATCACCGTCTTA;RSEQ=CCCATCCACTGTCTCATAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:357:352:3,352:0.986:2,1:135,217 chr18 23807518 . C T 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=23807518;VD=31;AF=0.9688;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:31;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=30;HICOV=30;LSEQ=GGTGGAGGAGATAATATAGC;RSEQ=GAAGTTAATTTCCATGTGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:32:31:1,31:0.9688:0,1:0,31 chr18 23854463 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=143;END=23854463;VD=2;AF=0.014;BIAS=1:0;REFBIAS=140:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=46.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0141;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=142;LSEQ=GAGAATGAAACCCAGATCTG;RSEQ=TAGACTCAAGAGTTCCTAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:143:2:141,2:0.014:140,1:2,0 chr18 23854692 . C T 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=582;END=23854692;VD=298;AF=0.512;BIAS=2:2;REFBIAS=170:113;VARBIAS=205:93;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.03027;ODDRATIO=1.46421459529109;MQ=60;SN=58.6;HIAF=0.5158;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=293;HICOV=568;LSEQ=CCATTGAATACTGTAACTAC;RSEQ=CTGAAGCCTTCAAGTTTGGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:582:298:283,298:0.512:170,113:205,93 chr18 23855153 . T G 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=23855153;VD=87;AF=0.5437;BIAS=1:1;REFBIAS=2:71;VARBIAS=0:87;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.2066;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=86;HIAF=0.5409;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=86;HICOV=159;LSEQ=GTTTTGAGACAGAGTCTCGC;RSEQ=CTGTTGCCCAAGCTGGAGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:160:87:73,87:0.5437:2,71:0,87 chr18 23861678 . T C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=18;END=23861678;VD=18;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=18:0;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=18;HICOV=18;LSEQ=TGTAATAATGTAGTATTACT;RSEQ=AACCCATCAGCTCTTCTCTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:18:18:0,18:1:0,0:18,0 chr18 23861680 . A G 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=23861680;VD=19;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=19:0;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=18;HICOV=18;LSEQ=TAATAATGTAGTATTACTTA;RSEQ=CCCATCAGCTCTTCTCTTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:19:19:0,19:1:0,0:19,0 chr18 23861772 . T C 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=82;END=23861772;VD=45;AF=0.5488;BIAS=1:1;REFBIAS=37:0;VARBIAS=45:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.5432;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=44;HICOV=81;LSEQ=TGAATAAACATCTCTATCAT;RSEQ=TATGCTTACACATTTCATAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:82:45:37,45:0.5488:37,0:45,0 chr18 23865531 . C T 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=23865531;VD=23;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=23:0;PMEAN=30.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=22;HICOV=22;LSEQ=ACTTATAGATACTGAAGTTA;RSEQ=TAATGATCTATTATAGGGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:23:23:0,23:1:0,0:23,0 chr18 23865851 . C T 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=629;END=23865851;VD=313;AF=0.4976;BIAS=2:2;REFBIAS=227:86;VARBIAS=227:86;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=60;SN=51.167;HIAF=0.5008;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=307;HICOV=613;LSEQ=CCTCTGCATTTCCAGAAAAG;RSEQ=GTGGTTGCCTTACGACAACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:629:313:313,313:0.4976:227,86:227,86 chr18 23866349 . G A 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=766;END=23866349;VD=381;AF=0.4974;BIAS=2:2;REFBIAS=162:221;VARBIAS=158:223;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.82622;ODDRATIO=1.03457;MQ=60;SN=380;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=380;HICOV=760;LSEQ=CCTGTTGTTTCTTCTGCTGG;RSEQ=ACCACATCTGACAAGCCTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:766:381:383,381:0.4974:162,221:158,223 chr18 23866482 . C T 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=486;END=23866482;VD=484;AF=0.9959;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=103:381;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52.778;HIAF=0.9979;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=475;HICOV=476;LSEQ=TAGTGAGTAACATTTTGTTT;RSEQ=TTCCCCAGTTACTTATTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:486:484:0,484:0.9959:0,0:103,381 chr18 23866558 . A G 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=304;END=23866558;VD=158;AF=0.5197;BIAS=2:2;REFBIAS=12:130;VARBIAS=16:142;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=0.69325;ODDRATIO=1.21985434939068;MQ=60;SN=11.154;HIAF=0.5351;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=145;HICOV=271;LSEQ=TAGAAAACTAGTAAGGCTAT;RSEQ=TACTGTTTACGGGTTTGACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:304:158:142,158:0.5197:12,130:16,142 chr18 23866582 . TA T 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=214;END=23866583;VD=5;AF=0.0234;BIAS=1:0;REFBIAS=5:203;VARBIAS=0:5;PMEAN=59;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=56;SN=10;HIAF=0.0246;ADJAF=0.014;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=5;HICOV=203;LSEQ=TGTTTACGGGTTTGACCAAT;RSEQ=ATTTTTTTTTTTTTTTACCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:214:5:208,5:0.0234:5,203:0,5 chr18 23866584 . AT A 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=210;END=23866585;VD=81;AF=0.3857;BIAS=1:1;REFBIAS=5:106;VARBIAS=0:81;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.07454;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=162;HIAF=0.4263;ADJAF=0.0286;SHIFT3=14;MSI=15;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=81;HICOV=190;LSEQ=TTTACGGGTTTGACCAATTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTACCTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:210:81:111,81:0.3857:5,106:0,81 chr18 23866627 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=23866627;VD=2;AF=0.0143;BIAS=1:0;REFBIAS=1:137;VARBIAS=0:2;PMEAN=23.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0152;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=132;LSEQ=TTGCTTTGTTTTCCTCTTTC;RSEQ=ACTCACACCCACAAACACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:138,2:0.0143:1,137:0,2 chr18 23866767 . CC TT 135 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=29;END=23866768;VD=14;AF=0.4828;BIAS=1:1;REFBIAS=0:14;VARBIAS=0:14;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.5185;ADJAF=0.069;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=14;HICOV=27;LSEQ=AAGCATTTCTCATGCCTTAC;RSEQ=TCCTGAGTAGCTGGAATTAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:14:14,14:0.4828:0,14:0,14 chr18 23872235 . A G 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=581;END=23872235;VD=277;AF=0.4768;BIAS=2:2;REFBIAS=181:121;VARBIAS=168:109;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.86544;ODDRATIO=1.03032238787517;MQ=60;SN=54.4;HIAF=0.4928;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=272;HICOV=552;LSEQ=TCAGCAGCCTTCAGGAGGCA;RSEQ=TGAAAAACAAGTGACCACAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:581:277:302,277:0.4768:181,121:168,109 chr18 23873300 . A C 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=23873300;VD=80;AF=0.5333;BIAS=1:1;REFBIAS=69:1;VARBIAS=78:2;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.76278;MQ=60;SN=160;HIAF=0.5442;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=80;HICOV=147;LSEQ=GAATTTTCTTTGATTATTCT;RSEQ=TATATATAAAAAACGGTTGT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:150:80:70,80:0.5333:69,1:78,2 chr18 23884721 . CT C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=530;END=23884722;VD=6;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=299:221;VARBIAS=3:3;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.70316;ODDRATIO=1.35214;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0119;ADJAF=0.0019;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=6;HICOV=506;LSEQ=TTGCTGATTTTTACTGACAC;RSEQ=TTTTTTTAACAGGTCCTGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:530:6:520,6:0.0113:299,221:3,3 chr18 23885063 . G A 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=23885063;VD=45;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=0:45;VARBIAS=0:45;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=90;HIAF=0.5056;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=45;HICOV=89;LSEQ=TAGCAGTCTCTTCCTTTATG;RSEQ=CTTTTGAATTCTAATGTATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:90:45:45,45:0.5:0,45:0,45 chr18 23895102 . CTCTCTCTG C 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=125;END=23895110;VD=14;AF=0.112;BIAS=2:1;REFBIAS=94:5;VARBIAS=14:0;PMEAN=53.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.6;SN=28;HIAF=0.1308;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=29;MSILEN=2;NM=3.2;HICNT=14;HICOV=107;LSEQ=CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT;RSEQ=TCTCTCTCTCTCTCTCACAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:125:14:99,14:0.112:94,5:14,0 chr18 23895104 . CTCTCTG C 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=126;END=23895110;VD=26;AF=0.2063;BIAS=2:1;REFBIAS=67:7;VARBIAS=26:0;PMEAN=46.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.18517;ODDRATIO=0;MQ=56.9;SN=52;HIAF=0.2626;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=30;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=26;HICOV=99;LSEQ=CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT;RSEQ=TCTCTCTCTCTCTCTCACAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:26:74,26:0.2063:67,7:26,0 chr18 23895110 . G C 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=23895110;VD=50;AF=0.3876;BIAS=2:2;REFBIAS=20:3;VARBIAS=46:4;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.67101;ODDRATIO=1.71112746188464;MQ=52.5;SN=15.667;HIAF=0.8103;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=47;HICOV=58;LSEQ=CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT;RSEQ=TCTCTCTCTCTCTCTCACAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:50:23,50:0.3876:20,3:46,4 chr18 23895125 . T ACACACACACA 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=143;END=23895125;VD=27;AF=0.1888;BIAS=2:2;REFBIAS=97:13;VARBIAS=23:4;PMEAN=26.9;PSTD=1;QUAL=32;QSTD=1;SBF=0.74494;ODDRATIO=1.29505;MQ=53.6;SN=5.75;HIAF=0.1840;ADJAF=0.1538;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=2.0;HICNT=23;HICOV=125;LSEQ=TCTCTGTCTCTCTCTCTCTC;RSEQ=CACACACACACACACACACA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:143:27:110,27:0.1888:97,13:23,4 chr18 23895127 . A T 145 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=23895127;VD=44;AF=0.2933;BIAS=2:2;REFBIAS=91:11;VARBIAS=33:11;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=0.04187;ODDRATIO=2.73614;MQ=58;SN=2.385;HIAF=0.2500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=15;MSILEN=2;NM=3.8;HICNT=31;HICOV=124;LSEQ=TCTGTCTCTCTCTCTCTCTC;RSEQ=CACACACACACACACACACA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:150:44:102,44:0.2933:91,11:33,11 chr18 23895173 . C CT 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=188;END=23895173;VD=66;AF=0.3511;BIAS=2:2;REFBIAS=61:31;VARBIAS=40:25;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.61263;ODDRATIO=1.2282;MQ=60;SN=65;HIAF=0.4167;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=65;HICOV=156;LSEQ=ACACAACCTAAAATGTATAA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTCTATTAGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:188:66:92,66:0.3511:61,31:40,25 chr18 23895429 . A G 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=265;END=23895429;VD=119;AF=0.4491;BIAS=2:2;REFBIAS=27:117;VARBIAS=27:92;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=32.9;QSTD=1;SBF=0.44702;ODDRATIO=1.27055116509542;MQ=60;SN=12.222;HIAF=0.4400;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=110;HICOV=250;LSEQ=AGGGAAAATATTATCAAAAG;RSEQ=GACAACCTGGGTTGGTTGTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:265:119:144,119:0.4491:27,117:27,92 chr18 23901198 . G A 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=361;END=23901198;VD=183;AF=0.5069;BIAS=2:2;REFBIAS=42:133;VARBIAS=44:139;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00239572578463;MQ=60;SN=44.75;HIAF=0.5100;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=179;HICOV=351;LSEQ=TTAAAGAAGTATAAACTCTC;RSEQ=AGTGTTATAGGTAGTCTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:361:183:175,183:0.5069:42,133:44,139 chr18 23901354 . G T 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=119;END=23901354;VD=57;AF=0.479;BIAS=1:1;REFBIAS=0:62;VARBIAS=0:57;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=56;HIAF=0.4870;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=56;HICOV=115;LSEQ=ATTAAAATGGAGTTTAAAAT;RSEQ=ATATTAAAAGCTTCTGTGTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:119:57:62,57:0.479:0,62:0,57 chr18 23901512 . CT C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=10;END=23901513;VD=5;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:5;PMEAN=56.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.5556;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=5;HICOV=9;LSEQ=CTCTCCTCGCATTCCTGTTC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTGCCTTTCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:10:5:5,5:0.5:0,5:0,5 chr18 23906768 . T C 246 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=119;END=23906768;VD=119;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=119:0;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=38.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=116;HICOV=116;LSEQ=GAAACATAACTGGTTAATCA;RSEQ=CTCTCAAATTTTAAGAATGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:119:119:0,119:1:0,0:119,0 chr18 23915045 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=23915045;VD=2;AF=0.0145;BIAS=2:2;REFBIAS=127:9;VARBIAS=1:1;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.14017;ODDRATIO=13.4396;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0148;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=135;LSEQ=CTGGAGCTAAGATATTCAAT;RSEQ=ACAAGAGAAAATTGTCATTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:2:136,2:0.0145:127,9:1,1 chr18 23937306 . G A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=23937306;VD=4;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=AAGTGAATTTAATCTGAAAT;RSEQ=GTTTACTATAGTTTGACCAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:4:6,4:0.4:6,0:4,0 chr18 23970146 . TACAG T 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=202;END=23970150;VD=96;AF=0.4752;BIAS=1:1;REFBIAS=0:105;VARBIAS=0:96;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=192;HIAF=0.4848;ADJAF=0.0446;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=96;HICOV=198;LSEQ=TATCCATCTCATGGGACTCT;RSEQ=ACTCAGATTCATCTTTGTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:202:96:105,96:0.4752:0,105:0,96 chr18 42456653 . G A 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=447;END=42456653;VD=223;AF=0.4989;BIAS=2:2;REFBIAS=124:99;VARBIAS=134:89;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.38815;ODDRATIO=1.20156203063983;MQ=60;SN=54.75;HIAF=0.4989;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=219;HICOV=439;LSEQ=GCCCCCGGAACCCATTCCCC;RSEQ=CAAAACCCGGTTCTCTCACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:447:223:223,223:0.4989:124,99:134,89 chr18 42456664 . T TTATC 128 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=484;END=42456664;VD=12;AF=0.0248;BIAS=2:2;REFBIAS=254:215;VARBIAS=6:6;PMEAN=11.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.77886;ODDRATIO=1.18098;MQ=60;SN=24;HIAF=0.0265;ADJAF=0.0227;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=12;HICOV=453;LSEQ=CCATTCCCCGCAAAACCCGG;RSEQ=TCTCTCACTCTTCCTTTTCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:484:12:469,12:0.0248:254,215:6,6 chr18 42456670 . C CTCTT 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=490;END=42456670;VD=219;AF=0.4469;BIAS=2:2;REFBIAS=130:116;VARBIAS=123:96;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.51406;ODDRATIO=1.14293551557821;MQ=60;SN=438;HIAF=0.4488;ADJAF=0.0306;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=219;HICOV=488;LSEQ=CCCGCAAAACCCGGTTCTCT;RSEQ=ACTCTTCCTTTTCACAGTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:490:219:246,219:0.4469:130,116:123,96 chr18 63417457 . AG A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=298;END=63417458;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=233:31;VARBIAS=0:3;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.00191;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=3;HICOV=245;LSEQ=AGGGGAGAAAATTGTCTGCA;RSEQ=TTAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:298:3:264,3:0.0101:233,31:0,3 chr18 63417458 . GTTA TTT 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=298;END=63417461;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=233:31;VARBIAS=0:3;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.00191;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=3;HICOV=245;LSEQ=GGGGAGAAAATTGTCTGCAA;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:298:3:264,3:0.0101:233,31:0,3 chr18 63430067 . G GA 158 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=705;END=63430067;VD=21;AF=0.0298;BIAS=2:2;REFBIAS=303:300;VARBIAS=11:9;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.82103;ODDRATIO=1.20974571145145;MQ=60.6;SN=42;HIAF=0.0365;ADJAF=0.0028;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=21;HICOV=576;LSEQ=TCTTACACAGGAAAAAGAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAGATGAAGTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:705:21:603,21:0.0298:303,300:11,9 chr18 63476810 . C T 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=217;END=63476810;VD=216;AF=0.9954;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=216:0;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=53;HIAF=0.9953;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=212;HICOV=213;LSEQ=TTTCTGCTGTGCACAATAAG;RSEQ=GTTCAGCTTATCTTTCCAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:217:216:0,216:0.9954:0,0:216,0 chr18 63477317 . GA G 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=293;END=63477318;VD=201;AF=0.686;BIAS=2:2;REFBIAS=29:35;VARBIAS=26:175;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=5.53022;MQ=60;SN=66;HIAF=0.7279;ADJAF=0.0444;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=198;HICOV=272;LSEQ=TTAAATCATCATTAAGTACT;RSEQ=AAAAAAAAAAAACCTTACTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:293:201:64,201:0.686:29,35:26,175 chr18 63477371 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=224;END=63477371;VD=3;AF=0.0134;BIAS=1:2;REFBIAS=0:221;VARBIAS=1:2;PMEAN=48.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.01339;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=3;HICOV=217;LSEQ=TGATTGTCAGTTAGGGTGAG;RSEQ=GGAACATTTGAGACATGTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:224:3:221,3:0.0134:0,221:1,2 chr18 63481479 . AT A 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=83;END=63481480;VD=73;AF=0.8795;BIAS=0:1;REFBIAS=3:0;VARBIAS=73:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=146;HIAF=0.8902;ADJAF=0.241;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=73;HICOV=82;LSEQ=TAATGTGCATCATCGATGGT;RSEQ=TTTTTTTTTTGCCAGAATAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:83:73:3,73:0.8795:3,0:73,0 chr18 63489159 . C A 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=63489159;VD=197;AF=0.9949;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=197:0;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=97.5;HIAF=0.9949;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=195;HICOV=196;LSEQ=TAACATTGTGTAAAACTATC;RSEQ=TATTTCTTTGGTCTTTAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:198:197:0,197:0.9949:0,0:197,0 chr18 63489378 . C T 335 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=557;END=63489378;VD=556;AF=0.9982;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=279:277;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=555;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=555;HICOV=555;LSEQ=AAAGACCAGTATTTGCTTGT;RSEQ=ATTCAGGCAAAGGATATGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:557:556:1,556:0.9982:1,0:279,277 chr18 63489799 . ACT A 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=30;END=63489801;VD=30;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:30;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=30;HICOV=30;LSEQ=TAGTCTTTTTTCTAAGAATT;RSEQ=CTTTTTATATTTTGTAAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:30:30:0,30:1:0,0:0,30 chr18 63491875 . C A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=485;END=63491875;VD=5;AF=0.0103;BIAS=2:0;REFBIAS=374:106;VARBIAS=5:0;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.59054;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0064;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.4;HICNT=3;HICOV=468;LSEQ=TCATTTCTTGCTTTGAATTT;RSEQ=ACAGGGTCTTATCAATATAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:485:5:480,5:0.0103:374,106:5,0 chr18 63492199 . A G 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=63492199;VD=173;AF=0.9943;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:173;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.714;HIAF=0.9940;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=166;HICOV=167;LSEQ=ATTTTAGTAAGATAAGCTAT;RSEQ=CATTTAATTTTTGGTGTCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:174:173:0,173:0.9943:0,0:0,173 chr18 63510820 . G A 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=108;END=63510820;VD=52;AF=0.4815;BIAS=1:1;REFBIAS=54:1;VARBIAS=51:1;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.05828;MQ=60;SN=104;HIAF=0.4952;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=52;HICOV=105;LSEQ=CATCTGTCTGTCTGTGCAGC;RSEQ=TATAGCAGCAGAGTGGATGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:108:52:55,52:0.4815:54,1:51,1 chr18 63511408 . C CAGATTTATATAT 35 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=155;END=63511408;VD=2;AF=0.0129;BIAS=2:0;REFBIAS=24:122;VARBIAS=0:2;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.2;SN=4;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=146;LSEQ=TGTTCATAACAAATAAAAAC;RSEQ=AGATATATATATATATCGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:2:146,2:0.0129:24,122:0,2 chr18 63511410 . G GATTTATATATAT 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=174;END=63511410;VD=95;AF=0.546;BIAS=2:2;REFBIAS=10:25;VARBIAS=14:81;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.08005;ODDRATIO=2.29756;MQ=60;SN=94;HIAF=0.5802;ADJAF=0.1782;SHIFT3=2;MSI=11;MSILEN=2;NM=0.9;HICNT=94;HICOV=162;LSEQ=TTCATAACAAATAAAAACCA;RSEQ=ATATATATATATATCGAGTT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:174:95:35,95:0.546:10,25:14,81 chr18 63511648 . T G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=63511648;VD=3;AF=0.375;BIAS=0:0;REFBIAS=0:5;VARBIAS=0:3;PMEAN=24.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.2857;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=7;LSEQ=TGTTTAAGTTGTAGGATACA;RSEQ=GCATATGTTAGAAAAATAAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:3:5,3:0.375:0,5:0,3 chr18 63525434 . C CT 32 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=89;END=63525434;VD=2;AF=0.0225;BIAS=1:0;REFBIAS=0:84;VARBIAS=0:2;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.4;SN=4;HIAF=0.0244;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=82;LSEQ=ATATTACCTTCACAGGATTT;RSEQ=TTTTTTTCTGATCATAATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:89:2:84,2:0.0225:0,84:0,2 chr18 63525435 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=86;END=63525435;VD=2;AF=0.0233;BIAS=1:0;REFBIAS=0:82;VARBIAS=0:2;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0253;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=79;LSEQ=TATTACCTTCACAGGATTTC;RSEQ=TTTTTTCTGATCATAATTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:86:2:82,2:0.0233:0,82:0,2 chr18 63525500 . G A 159 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=63525500;VD=20;AF=0.5714;BIAS=1:1;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:20;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=0.5714;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=20;HICOV=35;LSEQ=AGTTAGTGAAATAACTTACA;RSEQ=TAATTAGTAAATTGATCTAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:35:20:15,20:0.5714:0,15:0,20 chr18 63527148 . A AT 32 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=183;END=63527148;VD=2;AF=0.0109;BIAS=1:0;REFBIAS=4:169;VARBIAS=0:2;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0117;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=171;LSEQ=CCCAGGAATGCTGATTATGG;RSEQ=TTTTTTTTAAAGCAAGGACA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:2:173,2:0.0109:4,169:0,2 chr18 63527249 . T A 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=82;END=63527249;VD=82;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:82;PMEAN=42.9;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=79;HICOV=79;LSEQ=GAAAAGCTGCTATTTAAATT;RSEQ=TCTTAGGCCTAAAGCCAAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:82:82:0,82:1:0,0:0,82 chr18 63527357 . A G 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=63527357;VD=7;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:7;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=7;HICOV=13;LSEQ=TTCATTATCCAAATAATCTA;RSEQ=TAAGTTGATGGTCAACTAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:14:7:7,7:0.5:0,7:0,7 chr18 63529811 . G A 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=371;END=63529811;VD=183;AF=0.4933;BIAS=2:2;REFBIAS=153:34;VARBIAS=163:20;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.05574;ODDRATIO=1.80822016888776;MQ=60;SN=25.143;HIAF=0.4958;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=176;HICOV=355;LSEQ=CAGAGATTTCCCTAATTAAG;RSEQ=CATCAAAGTAAATAGAGTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:371:183:187,183:0.4933:153,34:163,20 chr18 63530016 . A G 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=699;END=63530016;VD=340;AF=0.4864;BIAS=2:2;REFBIAS=204:150;VARBIAS=191:149;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.70226;ODDRATIO=1.06083;MQ=60;SN=67;HIAF=0.4891;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=335;HICOV=685;LSEQ=TCCCTCACTTAGCAGCACCA;RSEQ=CACCCTCACCATCCGCGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:699:340:354,340:0.4864:204,150:191,149 chr18 72023696 . T C 193 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=125;END=72023696;VD=47;AF=0.376;BIAS=1:1;REFBIAS=77:1;VARBIAS=47:0;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.3770;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=46;HICOV=122;LSEQ=AAGAAAAAAGTAAAAAACCA;RSEQ=CTGTAATTTCTCTTTGCAGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:125:47:78,47:0.376:77,1:47,0 chr18 72023852 . C T 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=361;END=72023852;VD=131;AF=0.3629;BIAS=2:2;REFBIAS=159:69;VARBIAS=109:22;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.00542;ODDRATIO=2.14573856321346;MQ=60;SN=20.833;HIAF=0.3687;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=125;HICOV=339;LSEQ=TTTTATTGTTTGCATAGCAT;RSEQ=TTGTTGTATGTGGGTTTCTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:361:131:228,131:0.3629:159,69:109,22 chr18 72023901 . C T 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=467;END=72023901;VD=186;AF=0.3983;BIAS=2:2;REFBIAS=159:121;VARBIAS=128:58;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.01135;ODDRATIO=1.67757087736957;MQ=60;SN=45.5;HIAF=0.3991;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=182;HICOV=456;LSEQ=TAGTCCCCTATTGATAGACA;RSEQ=TTCAGTTCTTCCCAACTTTT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:467:186:280,186:0.3983:159,121:128,58 chr18 72023943 . T TCTC 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=495;END=72023943;VD=194;AF=0.3919;BIAS=2:2;REFBIAS=144:157;VARBIAS=100:94;PMEAN=46.4;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.46151;ODDRATIO=1.15951439537122;MQ=60;SN=63.667;HIAF=0.3898;ADJAF=0.0283;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=191;HICOV=490;LSEQ=ACTATTACAACATCATGTAG;RSEQ=CTGCAGATCTTTGCAAAATA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:495:194:301,194:0.3919:144,157:100,94 chr18 72023997 . A G 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=380;END=72023997;VD=162;AF=0.4263;BIAS=2:2;REFBIAS=68:148;VARBIAS=53:109;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.82423;ODDRATIO=1.05811148262581;MQ=60;SN=26;HIAF=0.4251;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=156;HICOV=367;LSEQ=TACAGTAGTTTTGATAGTTG;RSEQ=AAATATCTTTATTTTGCCCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:380:162:216,162:0.4263:68,148:53,109 chr18 72024222 . A C 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=72024222;VD=28;AF=0.4242;BIAS=1:1;REFBIAS=0:38;VARBIAS=0:28;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=56;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=28;HICOV=63;LSEQ=CCAAAGTGTATATATTTCTA;RSEQ=CATAAGATATAGTATATTTT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:66:28:38,28:0.4242:0,38:0,28 chr19 811923 . CCTGTCTTCTC GTCTT 257 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=339;END=811933;VD=165;AF=0.4867;BIAS=2:2;REFBIAS=84:86;VARBIAS=89:76;PMEAN=44.9;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.44456;ODDRATIO=1.19827927096689;MQ=60;SN=330;HIAF=0.4867;ADJAF=0.0619;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=165;HICOV=339;LSEQ=CCCGGAAGGCGGGCGCTCCT;RSEQ=TGTGCTCTTTCTACCGCCCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:339:165:170,165:0.4867:84,86:89,76 chr19 812051 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=812051;VD=3;AF=0.0178;BIAS=2:2;REFBIAS=18:148;VARBIAS=2:1;PMEAN=15.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.03727;ODDRATIO=15.9058374423413;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=TTTATACCTGTTGTGAGACC;RSEQ=GAGGGGCGGCGGCGCGGTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:3:166,3:0.0178:18,148:2,1 chr19 917278 . C A 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=339;END=917278;VD=4;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=270:65;VARBIAS=3:1;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.58123;ODDRATIO=1.38316;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0090;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=335;LSEQ=CTGCCGGAGAGGCGGGAAGG;RSEQ=AAGGCCAGGGGAGGGGGGCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:339:4:335,4:0.0118:270,65:3,1 chr19 917526 . A G 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=611;END=917526;VD=300;AF=0.491;BIAS=2:2;REFBIAS=146:164;VARBIAS=142:158;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00951977144472;MQ=60;SN=299;HIAF=0.4950;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=299;HICOV=604;LSEQ=CACACCGTGGCTACGTCCGG;RSEQ=CCCAACGCGTCCTGGGGGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:611:300:310,300:0.491:146,164:142,158 chr19 917874 . C T 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=917874;VD=122;AF=0.5169;BIAS=2:2;REFBIAS=6:107;VARBIAS=8:114;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.78634;ODDRATIO=1.25026568145731;MQ=60;SN=60;HIAF=0.5150;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=120;HICOV=233;LSEQ=TGTCCCCTGCAGGGGTCCCC;RSEQ=CCAACCTCGAATCTTTTCCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:236:122:113,122:0.5169:6,107:8,114 chr19 918406 . GGGGGA G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=232;END=918411;VD=9;AF=0.0388;BIAS=1:0;REFBIAS=216:4;VARBIAS=9:0;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0395;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=9;HICOV=228;LSEQ=CCGAGGAGGCCAGGGGCGCT;RSEQ=GGGGGGGGCCTCCCTGAGCC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:232:9:220,9:0.0388:216,4:9,0 chr19 918407 . GGGGA G 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=238;END=918411;VD=96;AF=0.4034;BIAS=1:1;REFBIAS=127:3;VARBIAS=93:3;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.70074;ODDRATIO=1.36366;MQ=60;SN=192;HIAF=0.4305;ADJAF=0.0462;SHIFT3=3;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=96;HICOV=223;LSEQ=CGAGGAGGCCAGGGGCGCTG;RSEQ=GGGGGGGGCCTCCCTGAGCC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:238:96:130,96:0.4034:127,3:93,3 chr19 918408 . GGGA G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=231;END=918411;VD=6;AF=0.026;BIAS=1:0;REFBIAS=123:4;VARBIAS=6:0;PMEAN=57.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0455;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=6;HICOV=132;LSEQ=GAGGAGGCCAGGGGCGCTGG;RSEQ=GGGGGGGGCCTCCCTGAGCC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:231:6:127,6:0.026:123,4:6,0 chr19 918411 . A G 83 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=233;END=918411;VD=7;AF=0.03;BIAS=1:2;REFBIAS=113:1;VARBIAS=3:4;PMEAN=9.9;PSTD=1;QUAL=29.9;QSTD=1;SBF=2e-05;ODDRATIO=122.47406;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0513;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=6;HICOV=117;LSEQ=GAGGCCAGGGGCGCTGGGGG;RSEQ=GGGGGGGGCCTCCCTGAGCC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:233:7:114,7:0.03:113,1:3,4 chr19 918510 . G A 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=288;END=918510;VD=144;AF=0.5;BIAS=2:2;REFBIAS=92:50;VARBIAS=93:51;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.009;MQ=60;SN=15;HIAF=0.4891;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=135;HICOV=276;LSEQ=CGGTTCCCGCGGCCAGTGGC;RSEQ=CCCACGCCCAGCGCCCGCGC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:288:144:142,144:0.5:92,50:93,51 chr19 918666 . CAGGTGCGCTCCGGAGCAGGAGGGGAGAGGGCGCACTTGGGGACGGGCGGGGGTGCGCTCCGCAGTGGGAGGGGAGGGGACGCACTTGGGGACAGGCGGGAGTGCGCTCCGCAGTGGGAGGGGAGGGGATCGTACGTGGGGACGGGGAGGGGG GT 63 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=276;END=918818;VD=5;AF=0.0181;BIAS=2:2;REFBIAS=56:220;VARBIAS=1:4;PMEAN=61.6;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01812;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0184;ADJAF=0.0181;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=5;HICOV=272;LSEQ=AGTTCGTCAACTACATCCAG;RSEQ=GGTGCGCTGCGGAGCAGGAG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=5;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:276:5:276,5:0.0181:56,220:1,4 chr19 918693 . AG GA 64 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=200;END=918694;VD=4;AF=0.02;BIAS=2:0;REFBIAS=33:143;VARBIAS=4:0;PMEAN=16.5;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=0.00156;ODDRATIO=0;MQ=57;SN=8;HIAF=0.0276;ADJAF=0.005;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=4;HICOV=145;LSEQ=GCTCCGGAGCAGGAGGGGAG;RSEQ=GGCGCACTTGGGGACGGGCG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:200:4:176,4:0.02:33,143:4,0 chr19 918702 . TTGGGGACGGGCGGGGGTGCGCTCCGCAGTGGGAGGGGAGGGGACGCACTTGGGGACAGGCGGGAGTGCGCTCCGCAGTGGGAGGGGAGGGGATCGTACGTGGGGACGGGGAGGGGGGGTGCGCTGCGGAGCAGGAGGGGAGGGAGCGCACGTGGGGACGGAGGGAGATGCACTCAGAAGCTGGAGGGGAGGGGGCGCATGGTGGGGCGGGGCAGGGGTGCACTCTGGAGCAGGAGGGGAGGAGGCGCACG T 86 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=174;END=918952;VD=6;AF=0.0345;BIAS=2:2;REFBIAS=31:138;VARBIAS=5:1;PMEAN=271.8;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=0.00149;ODDRATIO=21.7155266015201;MQ=53.2;SN=12;HIAF=0.0392;ADJAF=0.0345;SHIFT3=8;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=6;HICOV=153;LSEQ=CAGGAGGGGAGAGGGCGCAC;RSEQ=TGGGGACGAGGAGAGGGGAT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=6;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:6:169,6:0.0345:31,138:5,1 chr19 920170 . G T 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=538;END=920170;VD=278;AF=0.5167;BIAS=2:2;REFBIAS=126:133;VARBIAS=153:125;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.14282;ODDRATIO=1.29137234138719;MQ=60;SN=138;HIAF=0.5178;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=276;HICOV=533;LSEQ=GAGGCACCGTGGTGGGAGGC;RSEQ=CCGGTGGGGGCATCTGCGCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:538:278:259,278:0.5167:126,133:153,125 chr19 920642 . T A 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=590;END=920642;VD=578;AF=0.9797;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=336:242;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10.333;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=527;HICOV=528;LSEQ=AGCCCCACACGCGGAGCTGC;RSEQ=CCGCCTGGGGTCCCACCCGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:590:578:0,578:0.9797:0,0:336,242 chr19 921317 . C T 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=921317;VD=23;AF=0.6053;BIAS=1:1;REFBIAS=0:15;VARBIAS=0:23;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.6053;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=23;HICOV=38;LSEQ=TGCCTCTGTCTCCCAAAGTG;RSEQ=TGGGATTACGGGCGTGAGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:38:23:15,23:0.6053:0,15:0,23 chr19 2248878 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=72;END=2248878;VD=2;AF=0.0278;BIAS=1:0;REFBIAS=69:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=72.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0278;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=72;LSEQ=CTGGGGTCCTGTTCTGGGGA;RSEQ=GGAAGAGCAGACTCCACGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:72:2:70,2:0.0278:69,1:2,0 chr19 2249017 . 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G T 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=712;END=2249477;VD=359;AF=0.5042;BIAS=2:2;REFBIAS=199:153;VARBIAS=189:170;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.32752;ODDRATIO=1.16964;MQ=60;SN=118.667;HIAF=0.5057;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=356;HICOV=704;LSEQ=CTTGGACTGGCCTCCAGGCA;RSEQ=CCCACAAGAGCCTCTGTGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:712:359:352,359:0.5042:199,153:189,170 chr19 2251307 . CGCT C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=582;END=2251310;VD=6;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=288:288;VARBIAS=3:3;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=5;MSILEN=3;NM=0.3;HICNT=6;HICOV=575;LSEQ=CCTACTCGACGGCGAGGAGC;RSEQ=GCTGCTGCTGCTGAGGCCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:582:6:576,6:0.0103:288,288:3,3 chr19 2251512 . T A 328 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=598;END=2251512;VD=594;AF=0.9933;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=322:272;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.125;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=578;HICOV=578;LSEQ=CTGCTCGCGCTCTGCCCAGG;RSEQ=GGCCCCGGCGGCCTCGGCGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:598:594:0,594:0.9933:0,0:322,272 chr19 2251817 . T C 339 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=647;END=2251817;VD=646;AF=0.9985;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=350:296;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=128.2;HIAF=0.9984;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=641;HICOV=642;LSEQ=GCTGCTGCTGAAGATGCAGG;RSEQ=CCGTGGGGCCGCCCTGGCGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:647:646:0,646:0.9985:0,0:350,296 chr19 7086971 . C T 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=7086971;VD=62;AF=0.3647;BIAS=2:2;REFBIAS=92:16;VARBIAS=53:9;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02401310736777;MQ=60;SN=30;HIAF=0.3614;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=60;HICOV=166;LSEQ=AATCGCTTGAGCCTGGGAAG;RSEQ=GGAGGTTGCAGTGAGCCGAG;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:62:108,62:0.3647:92,16:53,9 chr19 7087078 . TAGAC T 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=325;END=7087082;VD=140;AF=0.4308;BIAS=2:2;REFBIAS=100:84;VARBIAS=61:79;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.05756;ODDRATIO=1.53965;MQ=60;SN=139;HIAF=0.4371;ADJAF=0.0185;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=139;HICOV=318;LSEQ=TACTAGGCTTTCCTGAAGCT;RSEQ=AGGCTTTATCCCACTCTGCT;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:325:140:184,140:0.4308:100,84:61,79 chr19 7087161 . ATTTTC A 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=207;END=7087166;VD=77;AF=0.372;BIAS=2:2;REFBIAS=59:66;VARBIAS=35:42;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.88475;ODDRATIO=1.07234;MQ=60;SN=154;HIAF=0.3990;ADJAF=0.0193;SHIFT3=5;MSI=2;MSILEN=5;NM=0.1;HICNT=77;HICOV=193;LSEQ=CGTCTGGCTTATTCTCATCT;RSEQ=TTTTCATTCTTTTGGAAAGT;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:207:77:125,77:0.372:59,66:35,42 chr19 7087237 . T C 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=7087237;VD=25;AF=0.2778;BIAS=1:1;REFBIAS=1:60;VARBIAS=0:25;PMEAN=18.9;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.2841;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=25;HICOV=88;LSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=CTTCACTGTGGTGATAAAAA;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:90:25:61,25:0.2778:1,60:0,25 chr19 8808373 . G T 341 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=732;END=8808373;VD=726;AF=0.9918;BIAS=2:2;REFBIAS=1:4;VARBIAS=359:367;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.37357;ODDRATIO=3.90625;MQ=60;SN=41.706;HIAF=0.9986;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=709;HICOV=710;LSEQ=CGCCAGGAAGGCGGTCAGGT;RSEQ=GTTGCCCGCCAGGTCCAGAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:732:726:5,726:0.9918:1,4:359,367 chr19 8808900 . A G 338 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=605;END=8808900;VD=605;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=277:328;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=200.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.0;HICNT=602;HICOV=602;LSEQ=TGCCCATGTCAATAACCACC;RSEQ=CGCCGGTCTTTGGTGGCAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:605:605:0,605:1:0,0:277,328 chr19 8808941 . GA G 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=590;END=8808942;VD=6;AF=0.0102;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:4;PMEAN=11.2;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0102;ADJAF=0.0085;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=6;HICOV=586;LSEQ=CTGTCGGCCACCATGCCGGG;RSEQ=AGTCCCGCTGCAGGGGCTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:590:6:0,6:0.0102:0,0:2,4 chr19 8808942 . A G 335 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=590;END=8808942;VD=582;AF=0.9864;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=231:351;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=144.5;HIAF=0.9863;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=578;HICOV=586;LSEQ=TGTCGGCCACCATGCCGGGG;RSEQ=AGTCCCGCTGCAGGGGCTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:590:582:0,582:0.9864:0,0:231,351 chr19 8809100 . T C 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=8809100;VD=78;AF=0.4483;BIAS=2:2;REFBIAS=36:54;VARBIAS=29:49;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=0.75221;ODDRATIO=1.12564;MQ=60;SN=10.143;HIAF=0.4610;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=71;HICOV=154;LSEQ=TTCCTCTGGGGTTGGGGTTG;RSEQ=GGGGAGAAGAGGTTGAGGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:78:90,78:0.4483:36,54:29,49 chr19 8809187 . C T 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=8809187;VD=68;AF=0.4595;BIAS=1:1;REFBIAS=0:80;VARBIAS=1:67;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.45946;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=67;HIAF=0.4621;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=67;HICOV=145;LSEQ=ATCTATGACGTCACGGTGCC;RSEQ=CTTCAGTCTTCTTAAGACAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:68:80,68:0.4595:0,80:1,67 chr19 8809399 . T C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=8809399;VD=9;AF=0.6;BIAS=0:2;REFBIAS=0:6;VARBIAS=1:8;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.6000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.1;HICNT=9;HICOV=15;LSEQ=AGAAAAGACAAGCTTTTTGT;RSEQ=GCATGTCAACCCACTGGGAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:15:9:6,9:0.6:0,6:1,8 chr19 10266874 . CTA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=157;END=10266876;VD=2;AF=0.0127;BIAS=1:0;REFBIAS=154:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=5;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=153;LSEQ=TATATAAGTATATATGTATA;RSEQ=TATATATATGCTATATATTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:2:155,2:0.0127:154,1:2,0 chr19 10266893 . AT A 36 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=195;END=10266894;VD=2;AF=0.0103;BIAS=1:0;REFBIAS=192:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0.0051;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=ACTATATATATATGCTATAT;RSEQ=TTTTTTTTAATAGAGGCAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:195:2:193,2:0.0103:192,1:2,0 chr19 10267011 . C A 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=333;END=10267011;VD=153;AF=0.4595;BIAS=2:2;REFBIAS=110:69;VARBIAS=109:44;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.06407;ODDRATIO=1.55183116076971;MQ=60;SN=20.857;HIAF=0.4479;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=146;HICOV=326;LSEQ=AGGATTACAGATGTGAGCCA;RSEQ=CCTGCCTGGCTGTTTTTAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:333:153:179,153:0.4595:110,69:109,44 chr19 10267077 . T C 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=375;END=10267077;VD=172;AF=0.4587;BIAS=2:2;REFBIAS=87:115;VARBIAS=83:89;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.34878;ODDRATIO=1.23202779454705;MQ=60;SN=171;HIAF=0.4609;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=171;HICOV=371;LSEQ=TATTCCTTACCTTCAAGAGA;RSEQ=GGGTCATCATCATAGATTGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:375:172:202,172:0.4587:87,115:83,89 chr19 10267252 . G T 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=10267252;VD=81;AF=0.4426;BIAS=1:1;REFBIAS=0:101;VARBIAS=0:81;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80;HIAF=0.4420;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=80;HICOV=181;LSEQ=GGGTCTTCGTGCAGACTTCA;RSEQ=ATCAGGCACGAGGCAATGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:81:101,81:0.4426:0,101:0,81 chr19 10267266 . C A 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=10267266;VD=79;AF=0.4593;BIAS=1:1;REFBIAS=0:93;VARBIAS=0:79;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=78;HIAF=0.4615;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=78;HICOV=169;LSEQ=ACTTCAGATCAGGCACGAGG;RSEQ=AATGAGAGAATGTACAAGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:79:93,79:0.4593:0,93:0,79 chr19 11531272 . T G 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=11531272;VD=69;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=68:1;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=68;HICOV=68;LSEQ=AAACAGATGAATACCCAGGG;RSEQ=CATGGTCGGTAACATTTATT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:69:69:0,69:1:0,0:68,1 chr19 11534503 . TG T 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=235;END=11534504;VD=122;AF=0.5191;BIAS=1:1;REFBIAS=97:4;VARBIAS=121:1;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.17862;ODDRATIO=4.95785820525533;MQ=60;SN=121;HIAF=0.5354;ADJAF=0.0213;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=121;HICOV=226;LSEQ=CCCCTGGGGCCCGTCTGGGG;RSEQ=GGGGGGGGGGCGCGGCGGAG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:235:122:101,122:0.5191:97,4:121,1 chr19 11536640 . T C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=11536640;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=GGGGGCAGGGCCTTAGGCAA;RSEQ=GGTTGGCTTAGAGGCACGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chr19 11536649 . T C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=11536649;VD=10;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=10:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=GCCTTAGGCAATGGTTGGCT;RSEQ=AGAGGCACGGTCAGATTCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:10:10:0,10:1:0,0:10,0 chr19 11538103 . T A 218 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=61;END=11538103;VD=60;AF=0.9836;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:60;PMEAN=31.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=120;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=60;HICOV=60;LSEQ=GGTTCTAAAAAAATATTTTT;RSEQ=AATTTTTCTTTCTTTCGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:61:60:0,60:0.9836:0,0:0,60 chr19 11538233 . G A 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=11538233;VD=6;AF=0.8571;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:6;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=CACGCCATTCTCCTGCCTCA;RSEQ=CCTCCCGAGTAGCTGGGATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:6:0,6:0.8571:0,0:0,6 chr19 11541263 . GT G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=66;END=11541264;VD=2;AF=0.0303;BIAS=1:0;REFBIAS=64:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0312;ADJAF=0.0152;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=64;LSEQ=CCACCGCGCCTGGCTGTGAT;RSEQ=TTTTTTTTTTAACTTGTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:66:2:64,2:0.0303:64,0:2,0 chr19 11541539 . G C 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=436;END=11541539;VD=211;AF=0.4839;BIAS=2:2;REFBIAS=123:101;VARBIAS=130:81;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.17372;ODDRATIO=1.3170198474891;MQ=60;SN=104.5;HIAF=0.4883;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=209;HICOV=428;LSEQ=CTGTCCTGTCCTGTTCTTCA;RSEQ=GTATGGCTTCTCCCACTTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:436:211:224,211:0.4839:123,101:130,81 chr19 11541682 . G A 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=418;END=11541682;VD=212;AF=0.5072;BIAS=2:2;REFBIAS=106:99;VARBIAS=104:108;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.62472;ODDRATIO=1.1116;MQ=60;SN=25.5;HIAF=0.5012;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=204;HICOV=407;LSEQ=CTTGTCCCCCACCATCCACC;RSEQ=CCGCGGGAACCCTACACCCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:418:212:205,212:0.5072:106,99:104,108 chr19 11541685 . G A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=427;END=11541685;VD=209;AF=0.4895;BIAS=2:2;REFBIAS=103:113;VARBIAS=107:102;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.49763;ODDRATIO=1.15048320294524;MQ=60;SN=103.5;HIAF=0.4917;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.1;HICNT=207;HICOV=421;LSEQ=GTCCCCCACCATCCACCGCC;RSEQ=CGGGAACCCTACACCCACCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:427:209:216,209:0.4895:103,113:107,102 chr19 11541687 . G A 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=427;END=11541687;VD=213;AF=0.4988;BIAS=2:2;REFBIAS=107:107;VARBIAS=101:112;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.62875;ODDRATIO=1.10864;MQ=60;SN=34.5;HIAF=0.4976;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=207;HICOV=416;LSEQ=CCCCCACCATCCACCGCCGC;RSEQ=GGAACCCTACACCCACCCCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:427:213:214,213:0.4988:107,107:101,112 chr19 11541712 . T C 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=403;END=11541712;VD=401;AF=0.995;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=190:211;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=79.2;HIAF=0.9975;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=396;HICOV=397;LSEQ=CCCTACACCCACCCCTTTGC;RSEQ=CCTTACCTTGAGCAGGTCCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:403:401:0,401:0.995:0,0:190,211 chr19 11541981 . C G 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=11541981;VD=52;AF=0.4407;BIAS=1:1;REFBIAS=0:66;VARBIAS=1:51;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.44068;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=104;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=52;HICOV=117;LSEQ=CACTCTTGTTGCCCAGGCTG;RSEQ=AGTGCAATGGTGCAATCTCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:118:52:66,52:0.4407:0,66:1,51 chr19 11542013 . T C 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=97;END=11542013;VD=97;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:97;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=94;HICOV=94;LSEQ=GCAATCTCGGCTCACCACAG;RSEQ=CTCCGCCTCCCGGGTTCAAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:97:97:0,97:1:0,0:0,97 chr19 11542072 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=11542072;VD=2;AF=0.0392;BIAS=1:0;REFBIAS=0:49;VARBIAS=0:2;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0400;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=50;LSEQ=CTCCCAAGTAGCTGGGATTA;RSEQ=AGGCATGTACCACCACACCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:51:2:49,2:0.0392:0,49:0,2 chr19 11542191 . C T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=11542191;VD=4;AF=0.3636;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:4;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.3000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=3;HICOV=10;LSEQ=TCCCAAAGTTCTAGGCCCCC;RSEQ=AAAGTCCTAGGATTATAGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:4:7,4:0.3636:0,7:0,4 chr19 11545356 . CA C 140 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=34;END=11545357;VD=14;AF=0.4118;BIAS=1:1;REFBIAS=16:1;VARBIAS=14:0;PMEAN=21.7;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=0.4242;ADJAF=0.1176;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=14;HICOV=33;LSEQ=GCAACAGAGTGAGATTCTGC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAATAGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:14:17,14:0.4118:16,1:14,0 chr19 11545503 . A G 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=246;END=11545503;VD=138;AF=0.561;BIAS=1:1;REFBIAS=105:2;VARBIAS=137:1;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.58222;ODDRATIO=2.59942812581232;MQ=60;SN=45;HIAF=0.5602;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=135;HICOV=241;LSEQ=CCCAGAAACGGTTTACCTAG;RSEQ=CTCATGCTGGAGAAATACCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:246:138:107,138:0.561:105,2:137,1 chr19 13988040 . C T 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=260;END=13988040;VD=128;AF=0.4923;BIAS=2:2;REFBIAS=114:18;VARBIAS=110:18;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03623;MQ=60;SN=256;HIAF=0.4942;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=128;HICOV=259;LSEQ=CTTGTCTCTGTGACTCCTTC;RSEQ=GCCTGGCACATGCTGCCCAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:260:128:132,128:0.4923:114,18:110,18 chr19 13988416 . A G 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=628;END=13988416;VD=305;AF=0.4857;BIAS=2:2;REFBIAS=191:130;VARBIAS=177:128;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.74542;ODDRATIO=1.06237;MQ=60;SN=100.667;HIAF=0.4903;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=302;HICOV=616;LSEQ=TGTCCCCAGTGCGGCGCCAC;RSEQ=CGTGAGCGCGCCCACACCCG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:628:305:321,305:0.4857:191,130:177,128 chr19 13988558 . CGAG C 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=500;END=13988561;VD=10;AF=0.02;BIAS=2:2;REFBIAS=208:282;VARBIAS=3:7;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.5299;ODDRATIO=1.71927;MQ=60;SN=20;HIAF=0.0201;ADJAF=0.004;SHIFT3=15;MSI=6;MSILEN=3;NM=0.3;HICNT=10;HICOV=497;LSEQ=CACAGGACACAGGCCACCGC;RSEQ=GAGGAGGAGGAGGAGCAGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:500:10:490,10:0.02:208,282:3,7 chr19 13989022 . G A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=13989022;VD=9;AF=0.8182;BIAS=0:0;REFBIAS=0:2;VARBIAS=0:9;PMEAN=23.4;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.8000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=8;HICOV=10;LSEQ=AAACTGCTGAGATTACAGGC;RSEQ=TGAGCACCGCACCGAGCCAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:9:2,9:0.8182:0,2:0,9 chr19 13991577 . G GC 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=409;END=13991577;VD=396;AF=0.9682;BIAS=2:2;REFBIAS=2:9;VARBIAS=145:251;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.34085;ODDRATIO=2.59450483875152;MQ=60;SN=78.2;HIAF=0.9775;ADJAF=0.1345;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=391;HICOV=400;LSEQ=AATGGATCAACAACAGACAA;RSEQ=CCTGGTCTTGGGACAAGGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:409:396:11,396:0.9682:2,9:145,251 chr19 13991803 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=13991803;VD=2;AF=0.0208;BIAS=1:0;REFBIAS=0:94;VARBIAS=0:2;PMEAN=67.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0213;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=94;LSEQ=TTTGGTCTTTCAGCCACCCC;RSEQ=TGCACTGACATGCAAGATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:2:94,2:0.0208:0,94:0,2 chr19 13991908 . GC G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=36;END=13991909;VD=2;AF=0.0556;BIAS=1:0;REFBIAS=0:34;VARBIAS=0:2;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0556;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=36;LSEQ=TTGACACACAACTAGACAGA;RSEQ=CCCCCCCCCCGACATCCTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:36:2:34,2:0.0556:0,34:0,2 chr19 13991914 . 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C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=17927098;VD=3;AF=0.0265;BIAS=1:0;REFBIAS=110:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0183;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=109;LSEQ=TCCTCAATGCTAAGGACTCC;RSEQ=ATGGGCCTTGGTAGAGACCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:3:110,3:0.0265:110,0:3,0 chr19 17927158 . G C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=17927158;VD=2;AF=0.0117;BIAS=1:0;REFBIAS=167:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=ACCCTTCCCTGTCTGACCTT;RSEQ=GCAAGCAGCCCTCTCCCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:2:168,2:0.0117:167,1:2,0 chr19 17928122 . 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T TA 76 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=166;END=33087889;VD=4;AF=0.0241;BIAS=1:0;REFBIAS=153:1;VARBIAS=4:0;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=38.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0256;ADJAF=0.006;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=4;HICOV=156;LSEQ=ATCATCTGCAGCCAAACAAC;RSEQ=AAAAAAAAATACCATGACAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:4:154,4:0.0241:153,1:4,0 chr19 33088016 . CCCTT C 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=351;END=33088020;VD=335;AF=0.9544;BIAS=2:2;REFBIAS=10:7;VARBIAS=208:127;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.80193;ODDRATIO=1.14600045840018;MQ=60;SN=110.667;HIAF=0.9568;ADJAF=0.0969;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=332;HICOV=347;LSEQ=TTTGTAGAAAAATAATCCCT;RSEQ=CCTTCTGTACATACACAAGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:351:335:17,335:0.9544:10,7:208,127 chr19 33088072 . T TATCA 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=367;END=33088072;VD=354;AF=0.9646;BIAS=2:2;REFBIAS=10:2;VARBIAS=149:205;PMEAN=46.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.00608;ODDRATIO=6.84585;MQ=60.2;SN=176;HIAF=0.9591;ADJAF=0.0708;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=352;HICOV=367;LSEQ=CATGGACAAAACCATTTCCC;RSEQ=ATCACAAGGTCATTTGAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:367:354:12,354:0.9646:10,2:149,205 chr19 33088126 . TAG T 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=302;END=33088128;VD=302;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=85:217;PMEAN=32.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=604;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1722;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=302;HICOV=302;LSEQ=AACCCATATACGTGTAGCTC;RSEQ=GCCAATAACATAAAAATAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:302:302:0,302:1:0,0:85,217 chr19 33088366 . T C 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=47;END=33088366;VD=47;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:47;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=94;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=47;HICOV=47;LSEQ=AAAAGGGATGTTTCTAGAAA;RSEQ=ACTGCTACAGGTGCACGTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:47:47:0,47:1:0,0:0,47 chr19 33088462 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=33088462;VD=2;AF=0.2222;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:2;PMEAN=13.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=8;LSEQ=CATGTGCATGATGTGGAACA;RSEQ=GTCTGATGCATCCTTTCACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:2:7,2:0.2222:0,7:0,2 chr19 36874313 . T TA 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=64;END=36874313;VD=2;AF=0.0312;BIAS=1:0;REFBIAS=59:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=14.3;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=4;HIAF=0.0328;ADJAF=0.0156;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=2;HICOV=61;LSEQ=TATTTAGCAGATATTTCTAA;RSEQ=AAAAAAAAAAGTTAAACAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:64:2:59,2:0.0312:59,0:2,0 chr19 36874454 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=36874454;VD=2;AF=0.0153;BIAS=2:2;REFBIAS=101:28;VARBIAS=1:1;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.39507;ODDRATIO=3.56164;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0168;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=119;LSEQ=GTATCACCATGAATACTAAA;RSEQ=CTTGTTTTGGAGACTCTATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:2:129,2:0.0153:101,28:1,1 chr19 36874503 . C CAATA 30 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=152;END=36874503;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:0;REFBIAS=89:60;VARBIAS=0:2;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=30.8;QSTD=1;SBF=0.16698;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0140;ADJAF=0.0066;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=143;LSEQ=AATAATTTAAAAAATAATCA;RSEQ=TATATTTAGAAAAAAACAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:2:149,2:0.0132:89,60:0,2 chr19 36874504 . T TATAA 206 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=157;END=36874504;VD=55;AF=0.3503;BIAS=2:2;REFBIAS=58:42;VARBIAS=33:22;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.86551;ODDRATIO=1.08561130772738;MQ=60;SN=110;HIAF=0.3618;ADJAF=0.0318;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=55;HICOV=152;LSEQ=ATAATTTAAAAAATAATCAC;RSEQ=ATATTTAGAAAAAAACAAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:55:100,55:0.3503:58,42:33,22 chr19 36874508 . TTTAG AATATTTAGA 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=157;END=36874512;VD=4;AF=0.0255;BIAS=2:0;REFBIAS=88:65;VARBIAS=4:0;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.1425;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0265;ADJAF=0.0191;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=151;LSEQ=TTTAAAAAATAATCACTATA;RSEQ=AAAAAAACAAAATTATATCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:4:153,4:0.0255:88,65:4,0 chr19 36874597 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=36874597;VD=3;AF=0.0213;BIAS=2:2;REFBIAS=32:106;VARBIAS=2:1;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.14435;ODDRATIO=6.51211252930451;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0157;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=127;LSEQ=GTAAAAAATAAAATTTAAAA;RSEQ=ATTATTAGGTAATAATGAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:3:138,3:0.0213:32,106:2,1 chr19 38827697 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=38827697;VD=2;AF=0.013;BIAS=1:0;REFBIAS=151:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=150;LSEQ=GGGGGCAGGGCCAGGAGCAA;RSEQ=AGCAGGGGCGGGACCAAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:2:152,2:0.013:151,1:2,0 chr19 38828367 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=38828367;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=39:255;VARBIAS=1:2;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.35309;ODDRATIO=3.25023564208405;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=286;LSEQ=TTTTTATTTATTTATTTATT;RSEQ=TATTTTTTTGAGACGGAGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:3:294,3:0.0101:39,255:1,2 chr19 38836777 . G A 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=38836777;VD=34;AF=0.9714;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=33:1;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=34;HICOV=34;LSEQ=TCAAGAAAGGCCTCATTGAG;RSEQ=AGGTTAAGCTTCCAAGGAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:35:34:1,34:0.9714:1,0:33,1 chr19 38843235 . C TT 30 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=145;END=38843235;VD=2;AF=0.0138;BIAS=1:0;REFBIAS=1:140;VARBIAS=0:2;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0149;ADJAF=0.0069;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=134;LSEQ=CGAATGGGCCTTGCCTTGCC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:2:141,2:0.0138:1,140:0,2 chr19 38849350 . A G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=203;END=38849350;VD=3;AF=0.0148;BIAS=1:2;REFBIAS=1:199;VARBIAS=1:2;PMEAN=47.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.02941;ODDRATIO=81.366965012205;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0150;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=200;LSEQ=TTACCAGGACTGTGATGAGG;RSEQ=ACACACCGTTAGGGTAGTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:203:3:200,3:0.0148:1,199:1,2 chr19 38855981 . G A 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=87;END=38855981;VD=45;AF=0.5172;BIAS=1:1;REFBIAS=0:42;VARBIAS=0:45;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=90;HIAF=0.5172;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=45;HICOV=87;LSEQ=AGGCTGGAGTGCGGCGGCGC;RSEQ=GTCTTGGCTCACTTTGCCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:87:45:42,45:0.5172:0,42:0,45 chr19 38858800 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=296;END=38858800;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:0;REFBIAS=109:184;VARBIAS=0:3;PMEAN=47.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.29971;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0068;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=293;LSEQ=GAGTGCGTAGCCTGGCCCCT;RSEQ=TTGGCCCCCATCTGTCGGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:296:3:293,3:0.0101:109,184:0,3 chr19 38861333 . G A 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=606;END=38861333;VD=308;AF=0.5083;BIAS=2:2;REFBIAS=149:149;VARBIAS=153:155;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.01305;MQ=60;SN=37.5;HIAF=0.5034;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=300;HICOV=596;LSEQ=TCCGGAATCTCGAGCATGCC;RSEQ=TCTCTGAGACATTCCAGGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:606:308:298,308:0.5083:149,149:153,155 chr19 46273462 . CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=585;END=46273507;VD=254;AF=0.4342;BIAS=2:2;REFBIAS=73:55;VARBIAS=124:130;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.15846;ODDRATIO=1.39027;MQ=60;SN=508;HIAF=0.4364;ADJAF=0.3162;SHIFT3=17;MSI=20;MSILEN=3;NM=0.4;HICNT=254;HICOV=582;LSEQ=AGAAATGGTCTGTGATCCCC;RSEQ=CAGCAGCAGCAGCAGCATTC;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:585:254:128,254:0.4342:73,55:124,130 chr19 46273768 . G A 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=612;END=46273768;VD=290;AF=0.4739;BIAS=2:2;REFBIAS=167:149;VARBIAS=140:150;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.29044;ODDRATIO=1.20049;MQ=60;SN=11.609;HIAF=0.4619;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=267;HICOV=578;LSEQ=AGGGAGCGCGGGCGGCTCCT;RSEQ=GGCGGCGCCAGACTGCGGTG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:612:290:316,290:0.4739:167,149:140,150 chr19 46274171 . A C 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=227;END=46274171;VD=117;AF=0.5154;BIAS=2:2;REFBIAS=67:42;VARBIAS=60:57;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=0.14076;ODDRATIO=1.51264;MQ=60;SN=12;HIAF=0.5243;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=108;HICOV=206;LSEQ=GCGCAGCTAAGCGGGTGGCA;RSEQ=GGGGCGGGTGGAGCGCGGGG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:227:117:109,117:0.5154:67,42:60,57 chr19 46274342 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=226;END=46274342;VD=3;AF=0.0133;BIAS=2:2;REFBIAS=104:118;VARBIAS=1:2;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.75845;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0134;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=224;LSEQ=GAGAGAGAAGGGACAGGTGA;RSEQ=CCGATCGGAGCCCAGCCCAG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:226:3:222,3:0.0133:104,118:1,2 chr19 46274972 . A C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=499;END=46274972;VD=250;AF=0.501;BIAS=2:2;REFBIAS=156:93;VARBIAS=167:83;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.34971;ODDRATIO=1.19904076738609;MQ=60;SN=82.333;HIAF=0.5082;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=247;HICOV=486;LSEQ=TCCGGGCCGGACGAGAGGGG;RSEQ=TGCCAAGGGTTGCCACCGGC;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:499:250:249,250:0.501:156,93:167,83 chr19 46276056 . C A 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=46276056;VD=64;AF=0.4025;BIAS=2:2;REFBIAS=26:69;VARBIAS=17:47;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04152;MQ=60;SN=20.333;HIAF=0.3987;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=61;HICOV=153;LSEQ=AGGGAGACAGAATGCTGATT;RSEQ=TCTGGTGGAGAACCAGAACT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:64:95,64:0.4025:26,69:17,47 chr19 46281745 . A G 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=465;END=46281745;VD=229;AF=0.4925;BIAS=2:2;REFBIAS=116:118;VARBIAS=108:121;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.64222;ODDRATIO=1.10115;MQ=60;SN=75.333;HIAF=0.4956;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=226;HICOV=456;LSEQ=TATCCCCTCGGCCATGCTGC;RSEQ=CCCACCTGTGCACGTAGCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:465:229:234,229:0.4925:116,118:108,121 chr19 46282086 . CA C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=129;END=46282087;VD=3;AF=0.0233;BIAS=1:0;REFBIAS=0:126;VARBIAS=0:3;PMEAN=55;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0236;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=127;LSEQ=CGGCCCCCGCCCCCGCCCCT;RSEQ=AAAAAAAACACAAACAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:3:126,3:0.0233:0,126:0,3 chr19 46282393 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=46282393;VD=2;AF=0.0107;BIAS=1:0;REFBIAS=184:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=ACCTGACACACCCTCTTACC;RSEQ=CACACAGACTTTCCCACAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:2:185,2:0.0107:184,1:2,0 chr19 46282481 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=46282481;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=203:91;VARBIAS=1:2;PMEAN=18.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.23193;ODDRATIO=4.43656;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0069;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=291;LSEQ=CTCGTCCAGTGACAGCACGG;RSEQ=CTCTTGTCCCTCTTCCTAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:3:294,3:0.0101:203,91:1,2 chr19 46282890 . A T 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=415;END=46282890;VD=198;AF=0.4771;BIAS=2:2;REFBIAS=131:83;VARBIAS=118:80;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=31.4;QSTD=1;SBF=0.76285;ODDRATIO=1.06986;MQ=60;SN=6.92;HIAF=0.4929;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=173;HICOV=351;LSEQ=GTGGCCCCGCCCCACCTGCC;RSEQ=CACCACGCCCATTGGTCCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:415:198:214,198:0.4771:131,83:118,80 chr19 46285362 . G GC 184 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=253;END=46285362;VD=37;AF=0.1462;BIAS=2:2;REFBIAS=155:52;VARBIAS=2:35;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=51.29119;MQ=60.7;SN=36;HIAF=0.1572;ADJAF=0.0356;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=36;HICOV=229;LSEQ=CATGCCCATCCTGCCATCCT;RSEQ=CCCCCCCAACAGCCAGGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:253:37:207,37:0.1462:155,52:2,35 chr19 48800218 . T C 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=522;END=48800218;VD=253;AF=0.4847;BIAS=2:2;REFBIAS=200:67;VARBIAS=191:62;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.91922;ODDRATIO=1.03195979484639;MQ=60;SN=83.333;HIAF=0.4912;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=250;HICOV=509;LSEQ=AGCCAGGGCAGGGTGGGGGC;RSEQ=GCGTGCCCCTCGTGTTAGCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:522:253:267,253:0.4847:200,67:191,62 chr19 48800338 . A G 335 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=644;END=48800338;VD=644;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=353:291;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=79.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=636;HICOV=636;LSEQ=CCGAGGCCTCCGCTCGAATC;RSEQ=GACGCTGTGCCTCCGCTCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:644:644:0,644:1:0,0:353,291 chr19 48800791 . A G 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=600;END=48800791;VD=308;AF=0.5133;BIAS=2:2;REFBIAS=116:173;VARBIAS=131:177;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.56162;ODDRATIO=1.10360658632411;MQ=60;SN=307;HIAF=0.5275;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=307;HICOV=582;LSEQ=TCCACCTGCAGGGAAGGTGA;RSEQ=CTGGGCCCCGACACACACTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:600:308:289,308:0.5133:116,173:131,177 chr19 48800914 . G A 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=479;END=48800914;VD=216;AF=0.4509;BIAS=2:2;REFBIAS=73:179;VARBIAS=56:160;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.46989;ODDRATIO=1.16482;MQ=60;SN=5.545;HIAF=0.4226;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=183;HICOV=433;LSEQ=CATCGCTGGCCTCAAAACCC;RSEQ=GGGGGTCTTCTCTGGGGAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:479:216:252,216:0.4509:73,179:56,160 chr19 48801218 . G A 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=412;END=48801218;VD=201;AF=0.4879;BIAS=2:2;REFBIAS=151:59;VARBIAS=148:53;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.73999;ODDRATIO=1.09085752309891;MQ=60;SN=21.333;HIAF=0.4824;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=192;HICOV=398;LSEQ=TTCCCTCTGCCCCCATGGAA;RSEQ=CCCCGTCCCCTCTGCGTCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:412:201:210,201:0.4879:151,59:148,53 chr19 48801414 . G T 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=612;END=48801414;VD=315;AF=0.5147;BIAS=2:2;REFBIAS=146:150;VARBIAS=167:148;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.37393;ODDRATIO=1.15900372040194;MQ=60;SN=21.5;HIAF=0.5084;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=301;HICOV=592;LSEQ=CGAGACCGGCCTCCTGTCCC;RSEQ=GCTCCCTGCCGTCTCCCACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:612:315:296,315:0.5147:146,150:167,148 chr19 48801426 . T C 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=587;END=48801426;VD=304;AF=0.5179;BIAS=2:2;REFBIAS=139:142;VARBIAS=152:152;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.9341;ODDRATIO=1.02155480641536;MQ=60;SN=75;HIAF=0.5208;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=300;HICOV=576;LSEQ=CCTGTCCCGGCTCCCTGCCG;RSEQ=CTCCCACCTGGGCATGTAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:587:304:281,304:0.5179:139,142:152,152 chr19 48801850 . G C 202 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=48801850;VD=47;AF=0.5054;BIAS=1:1;REFBIAS=0:45;VARBIAS=1:46;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=94;HIAF=0.5054;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=47;HICOV=93;LSEQ=CCTTCCCAGTGACCCCAGCA;RSEQ=AGCCAGCCTCATGAGTGTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:93:47:45,47:0.5054:0,45:1,46 chr19 48805582 . A G 141 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=48805582;VD=16;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:2;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=15;HICOV=15;LSEQ=AGTTGAAGGGATAGACTCTG;RSEQ=ATGGATGGATGGATATAGGA;DUPRATE=0.04;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:14,2 chr19 48805625 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=39;END=48805625;VD=2;AF=0.0513;BIAS=2:0;REFBIAS=33:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0541;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=37;LSEQ=ATTGGAGAGACAGACGTTGA;RSEQ=TGGATGGATGGATGGATGGA;DUPRATE=0.04;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:39:2:36,2:0.0513:33,3:2,0 chr19 48806518 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=48806518;VD=2;AF=0.012;BIAS=1:0;REFBIAS=3:161;VARBIAS=0:2;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=AGAGGAGTCACAGAGACAAA;RSEQ=AGGTGTGGGAAGATACGGCA;DUPRATE=0.04;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:164,2:0.012:3,161:0,2 chr19 48806977 . G A 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=437;END=48806977;VD=230;AF=0.5263;BIAS=2:2;REFBIAS=116:89;VARBIAS=127:103;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.84665;ODDRATIO=1.0569;MQ=60;SN=37.333;HIAF=0.5221;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=224;HICOV=429;LSEQ=TGGGACAGTTTATTCAGGGC;RSEQ=TCCTCGTAGCAAAGCACCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:437:230:205,230:0.5263:116,89:127,103 chr19 48807367 . C A 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=391;END=48807367;VD=187;AF=0.4783;BIAS=2:2;REFBIAS=75:124;VARBIAS=73:114;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.83426;ODDRATIO=1.05853710172542;MQ=60;SN=14.583;HIAF=0.4679;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.6;HICNT=175;HICOV=374;LSEQ=TCTTTCTCCGCGCGCTCCCG;RSEQ=AGCAAGCCCATCTTGGCCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:391:187:199,187:0.4783:75,124:73,114 chr19 48807401 . C T 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=324;END=48807401;VD=155;AF=0.4784;BIAS=2:2;REFBIAS=64:94;VARBIAS=55:100;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=29.3;QSTD=1;SBF=0.41513;ODDRATIO=1.23706;MQ=60;SN=3.559;HIAF=0.4515;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=121;HICOV=268;LSEQ=TGGCCTTCGCCTCCTCCCTG;RSEQ=GGGGGTCAGCCGGGGTCAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:324:155:158,155:0.4784:64,94:55,100 chr19 48807463 . AT TG 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=248;END=48807464;VD=3;AF=0.0121;BIAS=2:0;REFBIAS=58:165;VARBIAS=0:3;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=25.1;QSTD=1;SBF=0.57142;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0125;ADJAF=0.0081;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=GTCGGCCTGGGGTCCTGGGG;RSEQ=GGGCGGGGTCAGCCAGAGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:248:3:223,3:0.0121:58,165:0,3 chr19 48809294 . C T 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=48809294;VD=40;AF=0.4938;BIAS=1:1;REFBIAS=41:0;VARBIAS=40:0;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=40;HICOV=80;LSEQ=CAACTGCACTGTAGCCTGGG;RSEQ=GACAGAGCCAGACTCTGTCT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:40:41,40:0.4938:41,0:40,0 chr19 48809315 . C CA 47 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=105;END=48809315;VD=3;AF=0.0286;BIAS=1:0;REFBIAS=97:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=54.8;PSTD=1;QUAL=29.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=2;HIAF=0.0202;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=2;HICOV=99;LSEQ=GACAGAGCCAGACTCTGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAGACAGAACAGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:105:3:97,3:0.0286:97,0:3,0 chr19 48814472 . C A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=48814472;VD=6;AF=0.5455;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=22.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.5455;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=6;HICOV=11;LSEQ=GAGTGAGACTCATCTCAAAA;RSEQ=AAAGAAAGAAAGAAAGTCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:11:6:5,6:0.5455:5,0:6,0 chr19 48815657 . GT G 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=27;END=48815658;VD=8;AF=0.2963;BIAS=1:0;REFBIAS=0:18;VARBIAS=0:8;PMEAN=13;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.3333;ADJAF=0.037;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=8;HICOV=24;LSEQ=AGCTAGCCTGACTCCTTTCC;RSEQ=TTTTTTTTTTGTTTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:27:8:18,8:0.2963:0,18:0,8 chr19 48821345 . G A 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=48821345;VD=20;AF=0.4762;BIAS=1:1;REFBIAS=21:0;VARBIAS=20:0;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.6;SN=40;HIAF=0.4878;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=20;HICOV=41;LSEQ=GTCTCAAAAACAAAACAAAA;RSEQ=AAAAACTATTCTCCTGCTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:20:21,20:0.4762:21,0:20,0 chr19 48822276 . GT G 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=80;END=48822277;VD=75;AF=0.9375;BIAS=0:1;REFBIAS=0:4;VARBIAS=1:74;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=150;HIAF=0.9494;ADJAF=0.0375;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=75;HICOV=79;LSEQ=TACCCAAAACTGAACTCAGG;RSEQ=TTTTTTCCCCTAAAACCCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:80:75:4,75:0.9375:0,4:1,74 chr19 49519058 . T C 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=97;END=49519058;VD=47;AF=0.4845;BIAS=1:1;REFBIAS=50:0;VARBIAS=47:0;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=46;HIAF=0.4842;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=46;HICOV=95;LSEQ=GCGACACTGACCATGTGGCC;RSEQ=TCCTTCTCCCCACAGAAGGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:97:47:50,47:0.4845:50,0:47,0 chr19 49519230 . T G 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=335;END=49519230;VD=165;AF=0.4925;BIAS=2:2;REFBIAS=133:36;VARBIAS=130:35;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00535856113083;MQ=60;SN=40.25;HIAF=0.4924;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=161;HICOV=327;LSEQ=TGAGCCCACAGAAAGACACC;RSEQ=CCAGAGTGCGGATTGAGAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:335:165:169,165:0.4925:133,36:130,35 chr19 49519466 . A G 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=539;END=49519466;VD=275;AF=0.5102;BIAS=2:2;REFBIAS=102:158;VARBIAS=110:165;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.86014;ODDRATIO=1.03263114415531;MQ=60;SN=274;HIAF=0.5180;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=274;HICOV=529;LSEQ=AAGGAGACCACGGGGTCCAC;RSEQ=CCACGCGGGCAGCCAGGGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:539:275:260,275:0.5102:102,158:110,165 chr19 49519785 . CT C 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=444;END=49519786;VD=185;AF=0.4167;BIAS=2:2;REFBIAS=151:107;VARBIAS=89:96;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.03355;ODDRATIO=1.52071;MQ=43.9;SN=370;HIAF=0.4282;ADJAF=0.0541;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=185;HICOV=432;LSEQ=TGAGGTGGCAGCATCTGCCC;RSEQ=GGCCCCAGGCAGCTCACCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:444:185:258,185:0.4167:151,107:89,96 chr19 49519793 . A G 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=454;END=49519793;VD=184;AF=0.4053;BIAS=2:2;REFBIAS=160:110;VARBIAS=92:92;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.05487;ODDRATIO=1.4533;MQ=43.3;SN=183;HIAF=0.4169;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=183;HICOV=439;LSEQ=CAGCATCTGCCCCTGGCCCC;RSEQ=GGCAGCTCACCATGGTGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:454:184:270,184:0.4053:160,110:92,92 chr19 49519855 . T G 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=552;END=49519855;VD=226;AF=0.4094;BIAS=2:2;REFBIAS=195:128;VARBIAS=127:99;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.33419;ODDRATIO=1.18718;MQ=46.3;SN=112;HIAF=0.4140;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=224;HICOV=541;LSEQ=GTGTTGACGGTGATGCACAC;RSEQ=GGGCAGCCCTCCTTCTCGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:552:226:323,226:0.4094:195,128:127,99 chr19 49519873 . G C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=571;END=49519873;VD=239;AF=0.4186;BIAS=2:2;REFBIAS=197:135;VARBIAS=139:100;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.79636;ODDRATIO=1.04971;MQ=51.6;SN=238;HIAF=0.4198;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=238;HICOV=567;LSEQ=ACTGGGCAGCCCTCCTTCTC;RSEQ=ACAGCCAGGATGGCATTGAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:571:239:332,239:0.4186:197,135:139,100 chr19 49519997 . A G 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=628;END=49519997;VD=266;AF=0.4236;BIAS=2:2;REFBIAS=202:160;VARBIAS=151:115;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.87072;ODDRATIO=1.03998752014976;MQ=46.6;SN=65.5;HIAF=0.4260;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=262;HICOV=615;LSEQ=ACAAGGACACTGCTTCACCC;RSEQ=GGTCTGAGACCGCAGCCCCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:628:266:362,266:0.4236:202,160:151,115 chr19 49520076 . C T 335 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=647;END=49520076;VD=647;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=336:311;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=48.2;SN=31.35;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=627;HICOV=627;LSEQ=AAAGACCCAGAGACCCTTCC;RSEQ=GGCATCTCCTATTCAGGACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:647:647:0,647:1:0,0:336,311 chr19 49520315 . T C 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=537;END=49520315;VD=243;AF=0.4525;BIAS=2:2;REFBIAS=92:200;VARBIAS=67:176;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.34289;ODDRATIO=1.20793;MQ=57.9;SN=242;HIAF=0.4583;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=242;HICOV=528;LSEQ=GAAGGTGCCCAGGGGCCCTG;RSEQ=AGTCTTACCTGGAGCATCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:537:243:292,243:0.4525:92,200:67,176 chr19 49520372 . A T 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=397;END=49520372;VD=182;AF=0.4584;BIAS=2:2;REFBIAS=39:174;VARBIAS=29:153;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.59352;ODDRATIO=1.18202;MQ=57.3;SN=21.75;HIAF=0.4567;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=174;HICOV=381;LSEQ=CCTGCCTCGTGTATCTGGCT;RSEQ=TATACCTCGGGGTTGTGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:397:182:213,182:0.4584:39,174:29,153 chr19 49520501 . 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C T 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=49520576;VD=32;AF=0.4776;BIAS=1:1;REFBIAS=0:35;VARBIAS=1:31;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.47761;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=0.4923;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=32;HICOV=65;LSEQ=GGTGAAGTGACCTCAGAGAC;RSEQ=CAGTTGTCGAGTGCTAGGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:67:32:35,32:0.4776:0,35:1,31 chr19 49520606 . C G 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=49520606;VD=20;AF=0.4545;BIAS=1:1;REFBIAS=0:24;VARBIAS=1:19;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.45455;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=0.4651;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=20;HICOV=43;LSEQ=AGTGCTAGGGACTAGTCGAG;RSEQ=CTGGAGGCACAGGGAGTAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:20:24,20:0.4545:0,24:1,19 chr19 49520612 . G A 138 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=39;END=49520612;VD=17;AF=0.4359;BIAS=1:1;REFBIAS=0:22;VARBIAS=1:16;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.4359;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7.5;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=15;HICOV=35;LSEQ=AGGGACTAGTCGAGCCTGGA;RSEQ=GCACAGGGAGTAGGGTGTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:39:17:22,17:0.4359:0,22:1,16 chr19 49891177 . CA C 102 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=12;END=49891178;VD=7;AF=0.5833;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=20.7;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=0.5833;ADJAF=0.1667;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=7;HICOV=12;LSEQ=GACAGAGCGAGACTCCATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAGAAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:7:3,7:0.5833:3,0:7,0 chr19 49891280 . A G 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=49891280;VD=45;AF=0.9783;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=45:0;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=43;HICOV=43;LSEQ=AAGCCTGAAGCGGAAGAGAA;RSEQ=AACACGAGCCCCAGCATGGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:46:45:0,45:0.9783:0,0:45,0 chr19 49891314 . C A 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=49891314;VD=54;AF=0.9643;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=54:0;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17;HIAF=0.9808;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=51;HICOV=52;LSEQ=GCATGGCGGGCGCAGCCACC;RSEQ=CCTCCTTCCACCACCAGACA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:56:54:1,54:0.9643:1,0:54,0 chr19 49891522 . A G 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=49891522;VD=194;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=127:67;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=192;HICOV=192;LSEQ=GCTCACGCGCACCTCCCCCA;RSEQ=CTCAACTGCCGTTCGTCGTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:194:194:0,194:1:0,0:127,67 chr19 49891554 . G A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=49891554;VD=2;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=115:77;VARBIAS=1:1;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.4903;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=190;LSEQ=TTCGTCGTTCGTGGATGTCC;RSEQ=TTGTGTCCCGAGACTAGGAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:2:192,2:0.0103:115,77:1,1 chr19 49891633 . C G 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=49891633;VD=138;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=43:95;PMEAN=31.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=137;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=137;HICOV=137;LSEQ=AGAATGGCCCTTCCCAGCCC;RSEQ=TACCGAAATCCTAGCGAAGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:138:138:0,138:1:0,0:43,95 chr19 49891684 . G T 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=103;END=49891684;VD=103;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:103;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=24.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=99;HICOV=99;LSEQ=TGTGGGAGAGATACCCCTGC;RSEQ=TCAGGGCCCCCCAGATCCTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:103:103:0,103:1:0,0:0,103 chr19 49891800 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=61;END=49891800;VD=2;AF=0.0328;BIAS=1:0;REFBIAS=0:58;VARBIAS=0:2;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0345;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=58;LSEQ=TCTACTAAAAATACAAAAAA;RSEQ=TAGCCAGGCGTAGTGGCACG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:61:2:58,2:0.0328:0,58:0,2 chr19 49891818 . A G 190 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=49891818;VD=38;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:38;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=37;HICOV=37;LSEQ=AATTAGCCAGGCGTAGTGGC;RSEQ=CGCGCCTATAATCCCAGCTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:38:38:0,38:1:0,0:0,38 chr19 49892502 . C T 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=49892502;VD=6;AF=0.8571;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=28.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=CCCGCAGAAATCAAGACCCC;RSEQ=GAAATCCAGCCAGAGACCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:6:0,6:0.8571:0,0:6,0 chr19 49893537 . A G 325 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=459;END=49893537;VD=454;AF=0.9891;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=165:289;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=908;HIAF=0.9934;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=454;HICOV=457;LSEQ=TCCCAGGCAGAGACCTGGGC;RSEQ=TGGGAGCGGTCCGCAGCTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:459:454:0,454:0.9891:0,0:165,289 chr19 49893645 . C T 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=324;END=49893645;VD=321;AF=0.9907;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=82:239;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.1;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=311;HICOV=311;LSEQ=GTCAGGGCCAGGGTCTCACC;RSEQ=GTACCCAGGATTCAGGGAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:324:321:0,321:0.9907:0,0:82,239 chr19 49893883 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=49893883;VD=2;AF=0.0171;BIAS=2:0;REFBIAS=62:52;VARBIAS=2:0;PMEAN=12.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.50105;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=114;LSEQ=CCACCTCGTTCTCCAGCCCA;RSEQ=ACCTCCAATCCATAAAACAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:2:114,2:0.0171:62,52:2,0 chr19 49894026 . TTT GTCC 48 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=253;END=49894028;VD=3;AF=0.0119;BIAS=2:0;REFBIAS=208:42;VARBIAS=0:3;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=0;SBF=0.00532;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=245;LSEQ=TGGCTGCTCTGAGGACACCA;RSEQ=CCTGCTTCTCCTTCCAGGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:253:3:250,3:0.0119:208,42:0,3 chr19 49894027 . T TC 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=266;END=49894027;VD=3;AF=0.0113;BIAS=0:2;REFBIAS=7:0;VARBIAS=2:1;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.3;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=262;LSEQ=GGCTGCTCTGAGGACACCAT;RSEQ=TCCTGCTTCTCCTTCCAGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:266:3:7,3:0.0113:7,0:2,1 chr19 49894028 . 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G T 274 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=49894217;VD=271;AF=0.9713;BIAS=2:2;REFBIAS=3:5;VARBIAS=79:192;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.6966;ODDRATIO=1.45612;MQ=60;SN=14.941;HIAF=0.9922;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=254;HICOV=256;LSEQ=ACCCTATTTGCCCCGGGGAG;RSEQ=GTGAGGAGGGAGCCATGGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:279:271:8,271:0.9713:3,5:79,192 chr19 49894456 . C G 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=49894456;VD=60;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:60;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=120;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=60;HICOV=60;LSEQ=ACTCCATTCAGATCGCGGCC;RSEQ=AGATGGCACTTCTTACTTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:60:60:0,60:1:0,0:0,60 chr19 49897837 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=49897837;VD=2;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=79:96;VARBIAS=1:1;PMEAN=16;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.21384266171419;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=CTTGTGACCCTCAGAGGACA;RSEQ=GTGGTGGGGGCATGAGGGGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:2:175,2:0.0113:79,96:1,1 chr19 49897949 . T C 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=49897949;VD=90;AF=0.989;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:88;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=89;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=89;HICOV=89;LSEQ=AGGCCCCCTCTTGGGGGTAT;RSEQ=GTAAGAACAAAGTGGGTGAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:91:90:0,90:0.989:0,0:2,88 chr19 49898101 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=49898101;VD=2;AF=0.0312;BIAS=2:2;REFBIAS=34:28;VARBIAS=1:1;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.21058;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0328;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=61;LSEQ=GGGGAGGGAGGCAGCCACCA;RSEQ=GGTGGCGTGGGGCATGGCTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:64:2:62,2:0.0312:34,28:1,1 chr19 49898207 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=135;END=49898207;VD=2;AF=0.0148;BIAS=1:0;REFBIAS=128:5;VARBIAS=2:0;PMEAN=19;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=134;LSEQ=CAGGTGAAAAAGTGGACTCA;RSEQ=AGGAGGGGAAAGGGCTTGCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:135:2:133,2:0.0148:128,5:2,0 chr19 49899076 . G A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=210;END=49899076;VD=210;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=92:118;PMEAN=43.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=69;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=207;HICOV=207;LSEQ=CCAGGGAGCCCTGACCTCCC;RSEQ=GCAACTGCCATCTGGTGAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:210:210:0,210:1:0,0:92,118 chr19 49900728 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=49900728;VD=2;AF=0.029;BIAS=1:2;REFBIAS=66:1;VARBIAS=1:1;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.05754;ODDRATIO=47.02217;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0294;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=68;LSEQ=TGGGAGATCCAGCCTGAGCT;RSEQ=AAGGTAGAAGACAAGCAAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:69:2:67,2:0.029:66,1:1,1 chr19 49900877 . A G 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=49900877;VD=203;AF=0.9951;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=157:46;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=202;HIAF=0.9951;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=202;HICOV=203;LSEQ=ACGTTTAAGGGTTCCAGGGA;RSEQ=GCCAACATTCTCTTGGCTCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:204:203:0,203:0.9951:0,0:157,46 chr19 49901125 . C T 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=260;END=49901125;VD=258;AF=0.9923;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=138:120;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18.846;HIAF=0.9959;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=245;HICOV=246;LSEQ=GAGAGCAGAGGAGTCTCTCT;RSEQ=CTGTTTATCTTTCCCCAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:260:258:0,258:0.9923:0,0:138,120 chr19 49901318 . T C 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=342;END=49901318;VD=341;AF=0.9971;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=188:153;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=112.667;HIAF=0.9971;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=338;HICOV=339;LSEQ=TGGTTGGGGAGAATGCCAAA;RSEQ=TGCAGCGGAGCATGGAGACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:342:341:0,341:0.9971:0,0:188,153 chr19 49901484 . T C 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=258;END=49901484;VD=257;AF=0.9961;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=10:247;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=35.714;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=250;HICOV=250;LSEQ=GCCTCTATCTCCCATGCTCG;RSEQ=GTCTGCATCCTGCTCTTTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:258:257:0,257:0.9961:0,0:10,247 chr19 49901949 . A ACT 87 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=5;END=49901949;VD=5;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:1;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=37.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0.2;SHIFT3=6;MSI=4;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=ATTTCTCTCTTTATTCTTTA;RSEQ=CTCTCTGATTCTTCATGTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:4,1 chr19 49902063 . T C 199 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=49902063;VD=42;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=42:0;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=42;HICOV=42;LSEQ=TCTCTAGGTCTCTTTCCCAC;RSEQ=TCCTCAGTCTTTTAGGTTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:42:42:0,42:1:0,0:42,0 chr19 49902990 . A C 282 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=231;END=49902990;VD=230;AF=0.9957;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=37:193;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=56.5;HIAF=0.9956;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=226;HICOV=227;LSEQ=GCTTCAGGCTGAGGCCACCT;RSEQ=CATAAGAGTGGACCAGTGCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:231:230:0,230:0.9957:0,0:37,193 chr19 49903008 . G C 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=209;END=49903008;VD=209;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=22:187;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=103.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=207;HICOV=207;LSEQ=CTACATAAGAGTGGACCAGT;RSEQ=CCTCCCTTCTCTGTGCCTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:209:209:0,209:1:0,0:22,187 chr19 49903085 . G C 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=49903085;VD=149;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:149;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=145;HICOV=145;LSEQ=TCTGCCTCAGTGGTTTGTGT;RSEQ=AGACTTCAACCGAAGGATAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:149:149:0,149:1:0,0:0,149 chr19 49913315 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=49913315;VD=2;AF=0.012;BIAS=1:0;REFBIAS=0:165;VARBIAS=0:2;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=GACCAGACACCACCCCTACC;RSEQ=CAGGGACTGACCTGCCAGCG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:2:165,2:0.012:0,165:0,2 chr19 49913331 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=49913331;VD=2;AF=0.0135;BIAS=1:0;REFBIAS=0:146;VARBIAS=0:2;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=145;LSEQ=TACCCCAGGGACTGACCTGC;RSEQ=AGCGTTGTAGACAAAGGTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:2:146,2:0.0135:0,146:0,2 chr19 49916126 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=107;END=49916126;VD=3;AF=0.028;BIAS=2:2;REFBIAS=98:6;VARBIAS=1:2;PMEAN=18.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.01425;ODDRATIO=29.68013;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0200;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=100;LSEQ=AGCCTGGAAGACCTTTTGTA;RSEQ=ATGGGGTCTGGGACCGGCGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:107:3:104,3:0.028:98,6:1,2 chr19 49917956 . G A 128 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=49917956;VD=18;AF=0.6429;BIAS=0:1;REFBIAS=10:0;VARBIAS=18:0;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=41.1;SN=5;HIAF=0.6522;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=15;HICOV=23;LSEQ=CAGGCCCGTCCGTGCTGCCT;RSEQ=GCCTCCCCCAGGCCCGTCCG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:28:18:10,18:0.6429:10,0:18,0 chr19 49920665 . CCTG C 116 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=515;END=49920668;VD=9;AF=0.0175;BIAS=2:2;REFBIAS=283:220;VARBIAS=7:2;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.31115;ODDRATIO=2.71613656734661;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0177;ADJAF=0.0039;SHIFT3=17;MSI=6;MSILEN=3;NM=2.0;HICNT=9;HICOV=508;LSEQ=ATCCCAGCTCCTGTCCTGGG;RSEQ=CTGCTGCTGCTGCTGCTCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:515:9:503,9:0.0175:283,220:7,2 chr19 49921468 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=104;END=49921468;VD=2;AF=0.0192;BIAS=1:0;REFBIAS=2:100;VARBIAS=0:2;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0192;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=104;LSEQ=ACACCACCACCAGTGTGCAG;RSEQ=TGCTGAGTGGCCTTGGCATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:104:2:102,2:0.0192:2,100:0,2 chr19 54490958 . T C 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=54490958;VD=16;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:2;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=16;HICOV=16;LSEQ=GGAGACTGGGATCAGGAAAG;RSEQ=GGCTTTGGGAGGGAGGAACC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:16:0,16:1:0,0:14,2 chr19 54491245 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=271;END=54491245;VD=3;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=186:82;VARBIAS=2:1;PMEAN=60.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.1336;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0076;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=264;LSEQ=GATGTAGCAAAACGAGCTTA;RSEQ=GAGTGATCTCGAGGTAGGCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:271:3:268,3:0.0111:186,82:2,1 chr19 54491308 . CAAG C 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=363;END=54491311;VD=360;AF=0.9917;BIAS=2:2;REFBIAS=2:1;VARBIAS=174:186;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.61286;ODDRATIO=2.13359;MQ=60;SN=720;HIAF=0.9917;ADJAF=0.0744;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.4;HICNT=360;HICOV=363;LSEQ=GCAAATGCACCTTTGTGTTT;RSEQ=AAGGAGAGGAGACAGCCAGC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:363:360:3,360:0.9917:2,1:174,186 chr19 54491709 . A C 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=54491709;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:5;PMEAN=26.6;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=ACTAAAAATACAGAAATTAG;RSEQ=CAGGTGCGGTGGTGCACACC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:0,5 chr19 55669687 . C T 150 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=55669687;VD=26;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=26:0;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.9;HICNT=22;HICOV=22;LSEQ=GTCCAGGCAGGCCCCCAGCA;RSEQ=ACTTCCTCTCTCAGACTCAA;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:26:26:0,26:1:0,0:26,0 chr19 55669692 . C A 165 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=55669692;VD=28;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=28:0;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=27;HICOV=27;LSEQ=GGCAGGCCCCCAGCACACTT;RSEQ=CTCTCTCAGACTCAAGAGTC;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:28:28:0,28:1:0,0:28,0 chr19 55670825 . T C 347 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=736;END=55670825;VD=735;AF=0.9986;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=358:377;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=146;HIAF=0.9986;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=730;HICOV=731;LSEQ=GTCCACCAGGTACCTGCAGA;RSEQ=GGGAAGCGCCCTGTCAGGGA;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:736:735:1,735:0.9986:0,1:358,377 chr19 55670989 . G A 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=647;END=55670989;VD=642;AF=0.9923;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=272:370;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=20.4;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=612;HICOV=614;LSEQ=GACCATACTGCAGAGAGGAC;RSEQ=GAGGACAGGCTGAGATTCAG;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:647:642:0,642:0.9923:0,0:272,370 chr19 55671113 . TCTGGACTCCTGGGTCTGAGGGAGGAGGGGCTGGGGGCCTGGACCCCTGGGTCTAAGCAAGGAGGGGCTGGGGGC T 309 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=334;END=55671187;VD=451;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=182:269;PMEAN=29.4;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=1;SHIFT3=40;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=440;HICOV=440;LSEQ=GGAAAGAAGGGAGCAGGAGG;RSEQ=CTGGACTCCTGGGTCTGAGG;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=296;SPANPAIR=5 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:334:451:0,451:1:0,0:182,269 chr19 55671337 . C T 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=237;END=55671337;VD=235;AF=0.9916;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=79:156;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.571;HIAF=0.9956;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=228;HICOV=229;LSEQ=GTGGAGAGTCTGAGCAGAAT;RSEQ=GAGCGGCAGGAAGTGGACGG;DUPRATE=0.014;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:237:235:1,235:0.9916:0,1:79,156 chr19 55671831 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=246;END=55671831;VD=3;AF=0.0122;BIAS=1:0;REFBIAS=242:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0083;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=241;LSEQ=TTAGAATTCTGCTAGTGGAA;RSEQ=TCAGAATTCTAAGCATGCTC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:246:3:243,3:0.0122:242,1:3,0 chr19 55671973 . AGTCCCTGGCTTACCTGTTGTT A 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=543;END=55671994;VD=496;AF=0.9134;BIAS=1:2;REFBIAS=47:0;VARBIAS=349:147;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=495;HIAF=0.9167;ADJAF=0.2947;SHIFT3=16;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=495;HICOV=540;LSEQ=GTGAAACACCTGGAGGCTGG;RSEQ=GTCCCTGGCTTACCTGGAGT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:543:496:47,496:0.9134:47,0:349,147 chr19 55672055 . A G 325 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=577;END=55672055;VD=575;AF=0.9965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=286:289;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.231;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=562;HICOV=563;LSEQ=CCGCGTGCTGCTGCTCCTCC;RSEQ=GGTCCCCCCCGGTGGCTCTC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:577:575:0,575:0.9965:0,0:286,289 chr19 55672058 . TC T 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=565;END=55672059;VD=9;AF=0.0159;BIAS=2:2;REFBIAS=267:289;VARBIAS=7:2;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.09758;ODDRATIO=3.78071833648393;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=9;HICOV=560;LSEQ=CGTGCTGCTGCTCCTCCAGG;RSEQ=CCCCCCGGTGGCTCTCGCGC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:565:9:556,9:0.0159:267,289:7,2 chr19 55672254 . T C 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=454;END=55672254;VD=452;AF=0.9956;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=216:236;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=74.333;HIAF=0.9978;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=446;HICOV=447;LSEQ=TCCCGCAGCTGCTTGGAGGA;RSEQ=GTGAAGTGGGGCGGGACCTA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:454:452:0,452:0.9956:0,0:216,236 chr19 55672298 . T C 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=407;END=55672298;VD=407;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=240:167;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80.4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.0;HICNT=402;HICOV=402;LSEQ=CGCGGGGATGGGGCCTGTTC;RSEQ=CTGAATGGAGTCGTTCCCAC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:407:407:0,407:1:0,0:240,167 chr19 55672601 . C A 323 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=536;END=55672601;VD=530;AF=0.9888;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=233:297;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.19466;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.857;HIAF=0.9961;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=516;HICOV=518;LSEQ=AGGTGAGGTCGATGTTGGGG;RSEQ=CCCTGACTCCTAGGACTCCG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:536:530:2,530:0.9888:2,0:233,297 chr19 55672846 . C T 272 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=457;END=55672846;VD=431;AF=0.9431;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=232:199;PMEAN=33.1;PSTD=1;QUAL=31.1;QSTD=1;SBF=0.46296;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5.631;HIAF=0.9786;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=366;HICOV=374;LSEQ=CGAGCGTGGAGAGACCCCTA;RSEQ=ACCAGCCTCCCTCAGACCCA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:457:431:1,431:0.9431:0,1:232,199 chr19 55673145 . C T 327 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=564;END=55673145;VD=560;AF=0.9929;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=229:331;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=45.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=548;HICOV=548;LSEQ=CGCCTGGGGCCCTTTCTCGC;RSEQ=GCCAGCCCAGAAGCGGAATA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:564:560:0,560:0.9929:0,0:229,331 chr19 55673164 . T C 332 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=580;END=55673164;VD=574;AF=0.9897;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=213:361;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=190.333;HIAF=0.9913;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=571;HICOV=576;LSEQ=CCGCCAGCCCAGAAGCGGAA;RSEQ=ACGGCCTCCAGGGCATCCCG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:580:574:0,574:0.9897:0,0:213,361 chr19 55673654 . T C 319 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=476;END=55673654;VD=475;AF=0.9979;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=104:371;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58.375;HIAF=0.9979;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=467;HICOV=468;LSEQ=ACTTCCAGGAAGGTCTCGCT;RSEQ=CGCTCTACGGAGAGAGGGAG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:476:475:0,475:0.9979:0,0:104,371 chr19 55674365 . CTTTTTTTTT C 107 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=16;END=55674374;VD=8;AF=0.5;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:8;PMEAN=28.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.5714;ADJAF=0.25;SHIFT3=21;MSI=30;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=8;HICOV=14;LSEQ=TTTCTTTTTCTTTTCTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:16:8:7,8:0.5:0,7:0,8 chr19 55674371 . T C 96 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=55674371;VD=8;AF=0.6154;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:8;PMEAN=11.6;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7;HIAF=0.8750;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=30;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=7;HICOV=8;LSEQ=TTTCTTTTCTTTTTCTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:8:1,8:0.6154:0,1:0,8 chr19 55674380 . T C 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=55674380;VD=5;AF=0.4545;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:5;PMEAN=51.8;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=30;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=3;HICOV=7;LSEQ=TTTTTCTTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTGAGAC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:5:6,5:0.4545:0,6:0,5 chr19 55674502 . G C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=55674502;VD=3;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:2;PMEAN=45;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=ATTCTTCTGCCTCAGCCTCC;RSEQ=GAGTAGCTGGGACTACAAGC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:1,2 chr19 55677523 . C T 325 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=548;END=55677523;VD=545;AF=0.9945;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=230:315;PMEAN=40.4;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=37.929;HIAF=0.9981;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=531;HICOV=532;LSEQ=TCTGAGTATTCTGGGATTCG;RSEQ=AGTCCGCAGACAGGACCTCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:548:545:0,545:0.9945:0,0:230,315 chr19 55678396 . GC G 35 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=23;END=55678397;VD=2;AF=0.087;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0833;ADJAF=0.0435;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=24;LSEQ=TTTAGATGGCAGGCTTCTGA;RSEQ=CCGCTCCCCGCCCCAGCACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:23:2:0,2:0.087:0,0:0,2 chr19 55678398 . CC A 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=23;END=55678399;VD=22;AF=0.9565;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:22;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=0.9167;ADJAF=0.2609;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=22;HICOV=24;LSEQ=TAGATGGCAGGCTTCTGAGC;RSEQ=GCTCCCCGCCCCAGCACAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:23:22:0,22:0.9565:0,0:0,22 chr19 57741386 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=57741386;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=CTCCCCAAATATTTTGAGAC;RSEQ=AGCTTTTTTGTTTTTGGGTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:4,0 chr19 57741441 . G C 130 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=57741441;VD=14;AF=0.9333;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=14:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=14;HICOV=14;LSEQ=TTTGTTTTTTTTGAGACAGA;RSEQ=TCTCGTTCTCCTTCTGTCGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:15:14:0,14:0.9333:0,0:14,0 chr19 57741642 . C T 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=57741642;VD=114;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=113:1;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.7;SN=27.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=110;HICOV=110;LSEQ=CCAGGCTGGTCTCGAACTGC;RSEQ=TACCTCAGGTGATCCGCCCG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:114:114:0,114:1:0,0:113,1 chr19 57742248 . C T 335 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=626;END=57742248;VD=621;AF=0.992;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=337:284;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=0.9984;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=612;HICOV=613;LSEQ=CCTGGCCCTCGCTTTCAGTG;RSEQ=CCAGCCCGGACCGCAGCACT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:626:621:0,621:0.992:0,0:337,284 chr19 57742472 . G C 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=574;END=57742472;VD=570;AF=0.993;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=285:285;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=189;HIAF=0.9947;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=567;HICOV=570;LSEQ=ATCCCGAAGCCTGTGTAGCA;RSEQ=TGAGACATCAGTGAGGCTGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:574:570:0,570:0.993:0,0:285,285 chr19 57742489 . C T 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=498;END=57742489;VD=494;AF=0.992;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=244:250;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=53.889;HIAF=0.9979;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=485;HICOV=486;LSEQ=GCAGTGAGACATCAGTGAGG;RSEQ=TGCAGGACGAGCAGGATTGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:498:494:0,494:0.992:0,0:244,250 chr19 57742493 . AGGACGAGCAGGATT A 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=540;END=57742507;VD=539;AF=0.9981;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=270:269;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=179;HIAF=1.0000;ADJAF=0.2889;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=537;HICOV=537;LSEQ=TGAGACATCAGTGAGGCTGC;RSEQ=GGAAGCGCCCCGGCCAGAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:540:539:0,539:0.9981:0,0:270,269 chr19 57742497 . CGAGCAGGATTGGAA C 72 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=393;END=57742511;VD=4;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=2:2;VARBIAS=3:1;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=2.60165985899004;MQ=60;SN=8;HIAF=0.5000;ADJAF=0.0051;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=4;HICOV=8;LSEQ=ACATCAGTGAGGCTGCAGGA;RSEQ=GCGCCCCGGCCAGAAAGTGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:393:4:4,4:0.0102:2,2:3,1 chr19 57742703 . A G 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=383;END=57742703;VD=382;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=110:272;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=94.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=378;HICOV=378;LSEQ=CAGCGCCAGAGAAAGGACGC;RSEQ=GGGAAGGCTGGGGACTGGGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:383:382:0,382:0.9974:0,0:110,272 chr19 57743039 . T C 248 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=57743039;VD=134;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=111:23;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=130;HICOV=130;LSEQ=CCTTCTCTACTGTTCTCCTC;RSEQ=CCTCTCTTTCTCTCCCCTTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:134:134:0,134:1:0,0:111,23 chr19 57743067 . C G 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=57743067;VD=178;AF=0.9944;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=152:26;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=172;HICOV=172;LSEQ=TTCTCTCCCCTTCTCCTTCC;RSEQ=TCCCCTCTCCCTTCCTATCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:179:178:0,178:0.9944:0,0:152,26 chr19 57743334 . C T 316 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=440;END=57743334;VD=439;AF=0.9977;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=276:163;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47.778;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=430;HICOV=430;LSEQ=AAGAGGAAGGGGAGCATTGG;RSEQ=ATCCCTGACTTTCCCTCCGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:440:439:0,439:0.9977:0,0:276,163 chr19 57743766 . C T 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=350;END=57743766;VD=350;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=198:152;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=340;HICOV=340;LSEQ=GAATCCTGGTTCCTGTTCTC;RSEQ=GTTCTCCCCTCACTTGCTCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:350:350:0,350:1:0,0:198,152 chr19 57744244 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=57744244;VD=2;AF=0.012;BIAS=1:0;REFBIAS=1:163;VARBIAS=0:2;PMEAN=67;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=156;LSEQ=TAATTAACCTCATTGTATCT;RSEQ=CAGAATATTAATAAGTACTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:164,2:0.012:1,163:0,2 chr19 57744372 . G A 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=55;END=57744372;VD=53;AF=0.9636;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:51;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16.667;HIAF=0.9804;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=50;HICOV=51;LSEQ=GTTCACTGAATAAATAGCTA;RSEQ=AACTGGCTTAGAGATAGGTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:55:53:0,53:0.9636:0,0:2,51 chr19 57745076 . C A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=370;END=57745076;VD=5;AF=0.0135;BIAS=2:2;REFBIAS=43:321;VARBIAS=2:3;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.1145;ODDRATIO=4.94119972329282;MQ=59.2;SN=1.5;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=3;HICOV=344;LSEQ=GTGTAAAACCTAGATACGAA;RSEQ=TTGGGGTTTCTATTGGAATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:370:5:364,5:0.0135:43,321:2,3 chr19 57745100 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=280;END=57745100;VD=3;AF=0.0107;BIAS=1:0;REFBIAS=7:270;VARBIAS=0:3;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=259;LSEQ=GGGTTTCTATTGGAATACTG;RSEQ=CTTTTTCTTTTCTTTTCTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:280:3:277,3:0.0107:7,270:0,3 chr19 57745122 . C CT 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=201;END=57745122;VD=12;AF=0.0597;BIAS=1:0;REFBIAS=0:160;VARBIAS=0:12;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=37.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=11;HIAF=0.0683;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=11;HICOV=161;LSEQ=TTTTTCTTTTCTTTTCTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTGAGACAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:201:12:160,12:0.0597:0,160:0,12 chr19 57745135 . A C 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=57745135;VD=169;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:169;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.6;SN=55.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=166;HICOV=166;LSEQ=TTCTTTTCTTTTTTTTTTTG;RSEQ=GACAGAGTCTAACTCTTTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:169:169:0,169:1:0,0:0,169 chr19 57746072 . C T 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=57746072;VD=180;AF=0.9945;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=179:1;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=176;HICOV=176;LSEQ=ATGGATTTATTAATAGTAGG;RSEQ=CCCAGTACTTTTCTGAACCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:181:180:0,180:0.9945:0,0:179,1 chr19 57746489 . GCA G 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=558;END=57746491;VD=16;AF=0.0287;BIAS=2:2;REFBIAS=238:304;VARBIAS=6:10;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.79924;ODDRATIO=1.30421;MQ=60;SN=32;HIAF=0.0289;ADJAF=0.0072;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=0.1;HICNT=16;HICOV=554;LSEQ=TGATGGCTGCTGGGCTGTGG;RSEQ=CACACACACACAGGGTTGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:558:16:542,16:0.0287:238,304:6,10 chr19 57746972 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=57746972;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=66:228;VARBIAS=1:2;PMEAN=43.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.53695;ODDRATIO=1.72363272833825;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0069;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=290;LSEQ=GTAGAATCTTTATTTCTTGT;RSEQ=GGAACTCTTTCCCATGAGAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:3:294,3:0.0101:66,228:1,2 chr20 5281253 . G A 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=5281253;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=TCTTGCAAGGTATGAAGAGC;RSEQ=GATATTTTCATCATCGCCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:5,0 chr20 5281483 . C T 226 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=5281483;VD=70;AF=0.3889;BIAS=1:1;REFBIAS=109:0;VARBIAS=70:0;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=140;HIAF=0.3977;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=70;HICOV=176;LSEQ=CCTCCACTTTTTTCTCTGTC;RSEQ=TCTTTCCCCCTGACCCCAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:70:109,70:0.3889:109,0:70,0 chr20 5281503 . A G 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=210;END=5281503;VD=121;AF=0.5762;BIAS=1:1;REFBIAS=88:0;VARBIAS=121:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=19.167;HIAF=0.5693;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=115;HICOV=202;LSEQ=CTCTTTCCCCCTGACCCCAG;RSEQ=GCCACTGAAATCCTTTGCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:210:121:88,121:0.5762:88,0:121,0 chr20 5281606 . G T 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=394;END=5281606;VD=5;AF=0.0127;BIAS=2:2;REFBIAS=315:74;VARBIAS=2:3;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=27;QSTD=1;SBF=0.05332;ODDRATIO=6.3425;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=4;HICOV=392;LSEQ=TCAAGCATCAGTGGGAAAGT;RSEQ=ATTTTTAGGTTCTTTCCTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:394:5:389,5:0.0127:315,74:2,3 chr20 5281676 . A AT 150 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=517;END=5281676;VD=18;AF=0.0348;BIAS=2:2;REFBIAS=302:169;VARBIAS=9:8;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.44171;ODDRATIO=1.58693;MQ=60.1;SN=36;HIAF=0.0386;ADJAF=0.0019;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=18;HICOV=466;LSEQ=AGGCTGGGCTGACTATAAGA;RSEQ=TTTTTTTTTTCTTGAAGCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:517:18:471,18:0.0348:302,169:9,8 chr20 5281764 . A G 326 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=557;END=5281764;VD=555;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=226:329;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.40827;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=45.25;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=543;HICOV=544;LSEQ=TTCAGTATGATGGCTGTAAC;RSEQ=CACCTCCCATGATGCTGTAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:557:555:1,555:0.9964:1,0:226,329 chr20 5281850 . G GGTTGTT 160 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=452;END=5281850;VD=21;AF=0.0465;BIAS=2:2;REFBIAS=102:280;VARBIAS=2:18;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.11869;ODDRATIO=3.27111;MQ=60.4;SN=42;HIAF=0.0529;ADJAF=0.0044;SHIFT3=18;MSI=8;MSILEN=3;NM=1.5;HICNT=21;HICOV=397;LSEQ=AGTCTTCTTCTATAGCCGTT;RSEQ=GTTGTTGTTGTTGTTGTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:452:21:382,21:0.0465:102,280:2,18 chr20 5281866 . GTT G 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=409;END=5281868;VD=7;AF=0.0171;BIAS=2:2;REFBIAS=92:289;VARBIAS=1:6;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.90727;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0186;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=7;MSILEN=3;NM=3.4;HICNT=7;HICOV=377;LSEQ=CGTTGGTTGTTGTTGTTGTT;RSEQ=TTGTTGTTTGTTTGTTTGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:409:7:381,7:0.0171:92,289:1,6 chr20 5281869 . TTGTTGT GTTGTTTTG 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=418;END=5281875;VD=158;AF=0.378;BIAS=2:2;REFBIAS=61:169;VARBIAS=32:126;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.18317;ODDRATIO=1.41995;MQ=60;SN=316;HIAF=0.4083;ADJAF=0.0574;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=3;NM=1.6;HICNT=158;HICOV=387;LSEQ=TGGTTGTTGTTGTTGTTGTT;RSEQ=TTGTTTGTTTGTTTTTTTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:418:158:230,158:0.378:61,169:32,126 chr20 5281871 . GTTGT G 139 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=379;END=5281875;VD=14;AF=0.0369;BIAS=2:2;REFBIAS=58:157;VARBIAS=2:12;PMEAN=12.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.36645;ODDRATIO=2.21019;MQ=60;SN=28;HIAF=0.0651;ADJAF=0.0106;SHIFT3=14;MSI=4;MSILEN=4;NM=1.0;HICNT=14;HICOV=215;LSEQ=GTTGTTGTTGTTGTTGTTTT;RSEQ=TTGTTTGTTTGTTTTTTTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:379:14:215,14:0.0369:58,157:2,12 chr20 5281886 . G T 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=370;END=5281886;VD=5;AF=0.0135;BIAS=2:2;REFBIAS=100:265;VARBIAS=1:4;PMEAN=11.8;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.50798;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=7;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=357;LSEQ=GTTTTGTTGTTTGTTTGTTT;RSEQ=TTTTTTTCCTGAGACAGAGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:370:5:365,5:0.0135:100,265:1,4 chr20 5282116 . T A 313 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=389;END=5282116;VD=387;AF=0.9949;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=289:98;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=386;HIAF=0.9974;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=386;HICOV=387;LSEQ=TGAACTCCTGACCTCAAGTG;RSEQ=TCCACGTGCCTCAGCCTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:389:387:0,387:0.9949:0,0:289,98 chr20 5282269 . C T 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=654;END=5282269;VD=326;AF=0.4985;BIAS=2:2;REFBIAS=193:133;VARBIAS=188:138;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.75062;ODDRATIO=1.06507;MQ=60;SN=80.5;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=322;HICOV=644;LSEQ=CTGGAGATAGCTTGGAAACT;RSEQ=CAATAGCTTCTGCTACTTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:654:326:326,326:0.4985:193,133:188,138 chr20 5282336 . T G 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=723;END=5282336;VD=362;AF=0.5007;BIAS=2:2;REFBIAS=197:164;VARBIAS=199:163;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.94049;ODDRATIO=1.01633246267519;MQ=60;SN=71.4;HIAF=0.5035;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.9;HICNT=357;HICOV=709;LSEQ=TAATCAAATCAAGTGTTTTT;RSEQ=ATTACAGTAGGTGAAGAGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:723:362:361,362:0.5007:197,164:199,163 chr20 5282559 . A G 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=807;END=5282559;VD=400;AF=0.4957;BIAS=2:2;REFBIAS=223:182;VARBIAS=203:197;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.23044;ODDRATIO=1.1888;MQ=60;SN=49;HIAF=0.4975;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=392;HICOV=788;LSEQ=GTTACGACTTTGCAGCATTC;RSEQ=GCTTCTTGAGGGCACGGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:807:400:405,400:0.4957:223,182:203,197 chr20 5283256 . C G 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=960;END=5283256;VD=469;AF=0.4885;BIAS=2:2;REFBIAS=271:218;VARBIAS=276:193;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.29652;ODDRATIO=1.15020531164813;MQ=60;SN=77.167;HIAF=0.4962;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=463;HICOV=933;LSEQ=CTCTTGACAATAAAGAGGAC;RSEQ=GTTTCTGTTGCAAAGTAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:960:469:489,469:0.4885:271,218:276,193 chr20 5283376 . G A 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=993;END=5283376;VD=476;AF=0.4794;BIAS=2:2;REFBIAS=232:274;VARBIAS=209:267;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=0.56369;ODDRATIO=1.0816;MQ=60;SN=16.63;HIAF=0.4731;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=449;HICOV=949;LSEQ=TTCAAGGGGTGAACGATGGC;RSEQ=AGATATCTGGTGGGGGAGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:993:476:506,476:0.4794:232,274:209,267 chr20 5283634 . A G 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=218;END=5283634;VD=102;AF=0.4679;BIAS=1:1;REFBIAS=1:114;VARBIAS=0:102;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=101;HIAF=0.4720;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=101;HICOV=214;LSEQ=TGGATTGGCTTTGGGGTCTG;RSEQ=GATGAATTATTCAATCTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:218:102:115,102:0.4679:1,114:0,102 chr20 5294297 . G A 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=5294297;VD=27;AF=0.551;BIAS=1:1;REFBIAS=22:0;VARBIAS=26:1;PMEAN=28.1;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=0.5625;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=27;HICOV=48;LSEQ=TCTGCTTTCCCTTTGTGTTG;RSEQ=TGCCACATACTGTCATGTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:49:27:22,27:0.551:22,0:26,1 chr20 5294323 . C T 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=85;END=5294323;VD=46;AF=0.5412;BIAS=1:1;REFBIAS=39:0;VARBIAS=45:1;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=0.5366;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=44;HICOV=82;LSEQ=CATACTGTCATGTGGCATGC;RSEQ=TGTATCTGAAGCACATGTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:85:46:39,46:0.5412:39,0:45,1 chr20 5294415 . T A 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=215;END=5294415;VD=115;AF=0.5349;BIAS=1:1;REFBIAS=100:0;VARBIAS=114:1;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=114;HIAF=0.5377;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=114;HICOV=212;LSEQ=CACATCTGGGGGAACAGAAC;RSEQ=CAACTGGAGAAACAAGACCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:215:115:100,115:0.5349:100,0:114,1 chr20 5294479 . A C 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=338;END=5294479;VD=5;AF=0.0148;BIAS=2:0;REFBIAS=303:30;VARBIAS=5:0;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0093;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=3;HICOV=322;LSEQ=GAGCATTCCTATCTGGAGCA;RSEQ=TGTCAGCCTGTCAGAGCCTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:338:5:333,5:0.0148:303,30:5,0 chr20 5294496 . C T 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=381;END=5294496;VD=197;AF=0.5171;BIAS=2:2;REFBIAS=160:21;VARBIAS=165:32;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.23569;ODDRATIO=1.47611;MQ=60;SN=97.5;HIAF=0.5214;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=195;HICOV=374;LSEQ=GCAATGTCAGCCTGTCAGAG;RSEQ=CTAAATGAGGAAAGAGACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:381:197:181,197:0.5171:160,21:165,32 chr20 5295354 . G C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=5295354;VD=6;AF=0.375;BIAS=0:0;REFBIAS=0:10;VARBIAS=0:6;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=6;HICOV=15;LSEQ=AGCATAGGATGGATCAGACT;RSEQ=TCCAGAACTCTCAAGAAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:6:10,6:0.375:0,10:0,6 chr20 6100002 . C A 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=271;END=6100002;VD=271;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=208:63;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.636;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=260;HICOV=260;LSEQ=CAGCCATTAGTGGTGATGCA;RSEQ=CAGACAGGGTTTCTAATACA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:271:271:0,271:1:0,0:208,63 chr20 6100230 . A C 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=6100230;VD=203;AF=0.9951;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=6:197;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=201;HICOV=201;LSEQ=ATGCTGGTGTCTGCTGAACA;RSEQ=AAAGGCAGACATAGATTGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:204:203:1,203:0.9951:0,1:6,197 chr20 6100241 . A G 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=6100241;VD=194;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:193;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=63.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=191;HICOV=191;LSEQ=TGCTGAACAAAAAGGCAGAC;RSEQ=TAGATTGGAATGTGGGAAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:194:194:0,194:1:0,0:1,193 chr20 6100299 . CT C 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=159;END=6100300;VD=151;AF=0.9497;BIAS=0:1;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:151;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=150;HIAF=0.9615;ADJAF=0.1006;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=150;HICOV=156;LSEQ=AGACTTGCAGAGCAAAATTT;RSEQ=TTTTTGTTTTGTTTTTCATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:159:151:7,151:0.9497:0,7:0,151 chr20 6100326 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=126;END=6100326;VD=2;AF=0.0159;BIAS=1:0;REFBIAS=0:124;VARBIAS=0:2;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=121;LSEQ=GTTTTGTTTTTCATTGTAAC;RSEQ=TCCTCTTCAAAACACTCTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:2:124,2:0.0159:0,124:0,2 chr20 6100367 . T C 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=6100367;VD=91;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:91;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=88;HICOV=88;LSEQ=AAGGTTCCAGGTGCTCCAGA;RSEQ=ATCAAATTTGGCATCTTAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:91:91:0,91:1:0,0:0,91 chr20 6100391 . G A 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=69;END=6100391;VD=69;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:69;PMEAN=37.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=138;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=69;HICOV=69;LSEQ=AAATTTGGCATCTTAACTTT;RSEQ=AAGACAAAAAGTTTTATAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:69:69:0,69:1:0,0:0,69 chr20 16033620 . T C 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=88;END=16033620;VD=44;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=43:1;VARBIAS=43:1;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=60;SN=13.667;HIAF=0.4881;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=41;HICOV=84;LSEQ=TAATGCAAATAAATGTAGTC;RSEQ=GTTGCTTGCAAGGAAAAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:88:44:44,44:0.5:43,1:43,1 chr20 16033633 . GA G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=98;END=16033634;VD=2;AF=0.0204;BIAS=1:0;REFBIAS=94:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0206;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=97;LSEQ=TGTAGTCTGTTGCTTGCAAG;RSEQ=AAAAAAAATGGCTTCTGATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:2:96,2:0.0204:94,2:2,0 chr20 16033818 . ATTTG A 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=267;END=16033822;VD=257;AF=0.9625;BIAS=0:2;REFBIAS=9:0;VARBIAS=146:111;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.0116;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=127.5;HIAF=0.9733;ADJAF=0.1199;SHIFT3=4;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=255;HICOV=262;LSEQ=TAGAGCAGAATACAAATAAA;RSEQ=TTTGAGAGGATAATGTGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:267:257:9,257:0.9625:9,0:146,111 chr20 16033822 . G A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=241;END=16033822;VD=3;AF=0.0124;BIAS=1:2;REFBIAS=13:0;VARBIAS=1:2;PMEAN=13.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.025;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.2000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=3;HICOV=15;LSEQ=GCAGAATACAAATAAAATTT;RSEQ=TTTGAGAGGATAATGTGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:241:3:13,3:0.0124:13,0:1,2 chr20 16033897 . C A 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=244;END=16033897;VD=244;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=88:156;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.3;HICNT=240;HICOV=240;LSEQ=CAAGCAATGAGTAACTAAAA;RSEQ=TACTCACTTAATACTATTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:244:244:0,244:1:0,0:88,156 chr20 29622993 . AAGTA GTG 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=98;END=29622997;VD=6;AF=0.0612;BIAS=1:0;REFBIAS=79:2;VARBIAS=6:0;PMEAN=30.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=23.7;SN=12;HIAF=0.0619;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=6;HICOV=97;LSEQ=AAGATGTCATCATTGAGACA;RSEQ=AGTAAAGGATATGTGAGATC;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:6:81,6:0.0612:79,2:6,0 chr20 29623006 . A G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=29623006;VD=5;AF=0.0459;BIAS=1:0;REFBIAS=103:1;VARBIAS=5:0;PMEAN=22.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=28.4;SN=10;HIAF=0.0472;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=2;NM=5.2;HICNT=5;HICOV=106;LSEQ=TGAGACAAAGTAAGTAAAGG;RSEQ=TATGTGAGATCTTCATATTA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:5:104,5:0.0459:103,1:5,0 chr20 29623049 . A C 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=29623049;VD=115;AF=0.8394;BIAS=1:1;REFBIAS=20:0;VARBIAS=114:1;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=22;HIAF=0.8397;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=110;HICOV=131;LSEQ=TCTTACAACTGCAAGATAAA;RSEQ=GGTTTTTAAAACTAAGTTAT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:137:115:20,115:0.8394:20,0:114,1 chr20 29623075 . C CAAAG 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=245;END=29623075;VD=80;AF=0.3265;BIAS=1:1;REFBIAS=142:2;VARBIAS=80:0;PMEAN=10;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.53876;ODDRATIO=0;MQ=16.9;SN=160;HIAF=0.3333;ADJAF=0.2408;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=3;NM=2.5;HICNT=80;HICOV=240;LSEQ=TTAAAACTAAGTTATAATAA;RSEQ=AACTCTGTGTCAAAACTAAA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:245:80:144,80:0.3265:142,2:80,0 chr20 29623078 . CTCTG AGAACTC 157 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=266;END=29623082;VD=20;AF=0.0752;BIAS=1:1;REFBIAS=243:3;VARBIAS=20:0;PMEAN=13.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=24.9;SN=40;HIAF=0.0758;ADJAF=0.0526;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.8;HICNT=20;HICOV=264;LSEQ=AAACTAAGTTATAATAACAA;RSEQ=TGTCAAAACTAAAATATAAA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:266:20:246,20:0.0752:243,3:20,0 chr20 29623099 . T A 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=499;END=29623099;VD=33;AF=0.0661;BIAS=1:1;REFBIAS=460:6;VARBIAS=33:0;PMEAN=20.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=29.3;SN=66;HIAF=0.0665;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=33;HICOV=496;LSEQ=TCTGTGTCAAAACTAAAATA;RSEQ=AAAGTTGAAATATCAATTTT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:499:33:466,33:0.0661:460,6:33,0 chr20 29623103 . G A 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=555;END=29623103;VD=238;AF=0.4288;BIAS=1:1;REFBIAS=307:8;VARBIAS=238:0;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.01176;ODDRATIO=0;MQ=33.9;SN=33;HIAF=0.4326;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=231;HICOV=534;LSEQ=TGTCAAAACTAAAATATAAA;RSEQ=TTGAAATATCAATTTTATTT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:555:238:315,238:0.4288:307,8:238,0 chr20 29623105 . T A 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=566;END=29623105;VD=24;AF=0.0424;BIAS=1:1;REFBIAS=533:9;VARBIAS=24:0;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=26.6;SN=48;HIAF=0.0428;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=24;HICOV=561;LSEQ=TCAAAACTAAAATATAAAGT;RSEQ=GAAATATCAATTTTATTTTT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:566:24:542,24:0.0424:533,9:24,0 chr20 29623110 . TATCA T 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=607;END=29623114;VD=35;AF=0.0577;BIAS=1:1;REFBIAS=559:13;VARBIAS=35:0;PMEAN=31.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=35.3;SN=70;HIAF=0.0589;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=35;HICOV=594;LSEQ=ACTAAAATATAAAGTTGAAA;RSEQ=ATTTTATTTTTTAGGAATCT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:607:35:572,35:0.0577:559,13:35,0 chr20 29623113 . CA C 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=624;END=29623114;VD=148;AF=0.2372;BIAS=1:1;REFBIAS=424:14;VARBIAS=148:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.02624;ODDRATIO=0;MQ=39.4;SN=296;HIAF=0.2565;ADJAF=0.0112;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=148;HICOV=577;LSEQ=AAAATATAAAGTTGAAATAT;RSEQ=ATTTTATTTTTTAGGAATCT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:624:148:438,148:0.2372:424,14:148,0 chr20 29623115 . A T 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=680;END=29623115;VD=82;AF=0.1206;BIAS=1:1;REFBIAS=580:17;VARBIAS=82:0;PMEAN=27.6;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=0.24718;ODDRATIO=0;MQ=24.6;SN=10.714;HIAF=0.1147;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=75;HICOV=654;LSEQ=AATATAAAGTTGAAATATCA;RSEQ=TTTTATTTTTTAGGAATCTG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:680:82:597,82:0.1206:580,17:82,0 chr20 29623139 . A G 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1117;END=29623139;VD=297;AF=0.2659;BIAS=2:2;REFBIAS=769:49;VARBIAS=270:27;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.08016;ODDRATIO=1.5687;MQ=20.8;SN=58.4;HIAF=0.2667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=292;HICOV=1095;LSEQ=TATTTTTTAGGAATCTGGTG;RSEQ=ACAGTAACAAACTTTGGTGA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1117:297:818,297:0.2659:769,49:270,27 chr20 29623147 . C T 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1240;END=29623147;VD=169;AF=0.1363;BIAS=2:2;REFBIAS=981:87;VARBIAS=148:21;PMEAN=36.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.07758;ODDRATIO=1.59925;MQ=19.8;SN=41.25;HIAF=0.1354;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=165;HICOV=1219;LSEQ=AGGAATCTGGTGAACAGTAA;RSEQ=AAACTTTGGTGAAATTTCAG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1240:169:1068,169:0.1363:981,87:148,21 chr20 29623159 . A G 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1381;END=29623159;VD=288;AF=0.2085;BIAS=2:2;REFBIAS=975:116;VARBIAS=236:52;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.00111;ODDRATIO=1.85113;MQ=20.7;SN=25.182;HIAF=0.2044;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=277;HICOV=1355;LSEQ=AACAGTAACAAACTTTGGTG;RSEQ=AATTTCAGGAACCATAGCCA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1381:288:1091,288:0.2085:975,116:236,52 chr20 29623175 . A T 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1543;END=29623175;VD=125;AF=0.081;BIAS=2:2;REFBIAS=1204:214;VARBIAS=101:24;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.24406;ODDRATIO=1.33664;MQ=15.2;SN=61.5;HIAF=0.0805;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=123;HICOV=1528;LSEQ=GGTGAAATTTCAGGAACCAT;RSEQ=GCCATTGAAATGGATGAGGG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1543:125:1418,125:0.081:1204,214:101,24 chr20 29623182 . G A 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1624;END=29623182;VD=111;AF=0.0683;BIAS=2:2;REFBIAS=1260:252;VARBIAS=79:32;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.00261;ODDRATIO=2.0243;MQ=21.5;SN=110;HIAF=0.0687;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=110;HICOV=1601;LSEQ=TTTCAGGAACCATAGCCATT;RSEQ=AAATGGATGAGGGAACCTAT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1624:111:1512,111:0.0683:1260,252:79,32 chr20 29623210 . C T 256 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1781;END=29623210;VD=137;AF=0.0769;BIAS=2:2;REFBIAS=1247:397;VARBIAS=119:18;PMEAN=47.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.00304;ODDRATIO=2.10402289176906;MQ=34.9;SN=44.667;HIAF=0.0765;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=134;HICOV=1752;LSEQ=TGAGGGAACCTATATACATG;RSEQ=ACTCGACAATGGTCTTTTTA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1781:137:1644,137:0.0769:1247,397:119,18 chr20 29623214 . C T 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1794;END=29623214;VD=111;AF=0.0619;BIAS=2:2;REFBIAS=1299:384;VARBIAS=68:43;PMEAN=46.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.00031;ODDRATIO=2.13811;MQ=23.3;SN=36;HIAF=0.0613;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=108;HICOV=1763;LSEQ=GGAACCTATATACATGCACT;RSEQ=GACAATGGTCTTTTTACCCT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1794:111:1683,111:0.0619:1299,384:68,43 chr20 29623215 . G A 259 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1796;END=29623215;VD=138;AF=0.0768;BIAS=2:2;REFBIAS=1254:401;VARBIAS=107:31;PMEAN=51.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.6799;ODDRATIO=1.10367966801316;MQ=15.6;SN=137;HIAF=0.0780;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=137;HICOV=1756;LSEQ=GAACCTATATACATGCACTC;RSEQ=ACAATGGTCTTTTTACCCTG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1796:138:1655,138:0.0768:1254,401:107,31 chr20 29623217 . C T 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1799;END=29623217;VD=135;AF=0.075;BIAS=2:2;REFBIAS=1252:412;VARBIAS=109:26;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.17515;ODDRATIO=1.37931034482759;MQ=30.1;SN=32.75;HIAF=0.0738;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=131;HICOV=1775;LSEQ=ACCTATATACATGCACTCGA;RSEQ=AATGGTCTTTTTACCCTGGG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1799:135:1664,135:0.075:1252,412:109,26 chr20 29623223 . T C 333 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1786;END=29623223;VD=637;AF=0.3567;BIAS=2:2;REFBIAS=811:337;VARBIAS=518:119;PMEAN=42.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=1.80822016888776;MQ=37.6;SN=41.467;HIAF=0.3556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=622;HICOV=1749;LSEQ=ATACATGCACTCGACAATGG;RSEQ=CTTTTTACCCTGGGAGCTCC;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1786:637:1148,637:0.3567:811,337:518,119 chr20 29623224 . C A 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1786;END=29623224;VD=135;AF=0.0756;BIAS=2:2;REFBIAS=1207:442;VARBIAS=113:22;PMEAN=43.4;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.00769;ODDRATIO=1.88033545184461;MQ=34;SN=14;HIAF=0.0726;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=126;HICOV=1736;LSEQ=TACATGCACTCGACAATGGT;RSEQ=TTTTTACCCTGGGAGCTCCA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1786:135:1649,135:0.0756:1207,442:113,22 chr20 29623233 . C G 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1766;END=29623233;VD=103;AF=0.0583;BIAS=2:2;REFBIAS=1180:479;VARBIAS=59:44;PMEAN=45.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.00375;ODDRATIO=1.83656;MQ=23.3;SN=206;HIAF=0.0592;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=103;HICOV=1740;LSEQ=TCGACAATGGTCTTTTTACC;RSEQ=TGGGAGCTCCACACAAAGAA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1766:103:1659,103:0.0583:1180,479:59,44 chr20 29623248 . AAAG A 346 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=1715;END=29623251;VD=702;AF=0.4093;BIAS=2:2;REFBIAS=592:382;VARBIAS=469:233;PMEAN=38.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.01188;ODDRATIO=1.29863383720326;MQ=30.8;SN=350;HIAF=0.4207;ADJAF=0.0268;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=700;HICOV=1664;LSEQ=TTACCCTGGGAGCTCCACAC;RSEQ=AAGGTTTGTGTCTGGAAGGG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1715:702:974,702:0.4093:592,382:469,233 chr20 29623251 . G GA 235 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=1657;END=29623251;VD=82;AF=0.0495;BIAS=2:2;REFBIAS=550:359;VARBIAS=37:45;PMEAN=46.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.00947;ODDRATIO=1.86212;MQ=24.8;SN=164;HIAF=0.0844;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=82;HICOV=972;LSEQ=CCCTGGGAGCTCCACACAAA;RSEQ=AAGGTTTGTGTCTGGAAGGG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1657:82:909,82:0.0495:550,359:37,45 chr20 29623252 . AAG GTT 128 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=1681;END=29623254;VD=22;AF=0.0131;BIAS=2:2;REFBIAS=1012:643;VARBIAS=18:4;PMEAN=9;PSTD=1;QUAL=28.8;QSTD=1;SBF=0.04957;ODDRATIO=2.85763273704064;MQ=41;SN=2.667;HIAF=0.0099;ADJAF=0.0065;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=16;HICOV=1614;LSEQ=CCTGGGAGCTCCACACAAAG;RSEQ=GTTTGTGTCTGGAAGGGAAG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1681:22:1655,22:0.0131:1012,643:18,4 chr20 29623254 . G A 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1680;END=29623254;VD=221;AF=0.1315;BIAS=2:2;REFBIAS=888:554;VARBIAS=115:106;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.00782;ODDRATIO=1.47704;MQ=21.6;SN=43.2;HIAF=0.1330;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=216;HICOV=1624;LSEQ=TGGGAGCTCCACACAAAGAA;RSEQ=GTTTGTGTCTGGAAGGGAAG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1680:221:1442,221:0.1315:888,554:115,106 chr20 29623260 . TG CC 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=1680;END=29623261;VD=31;AF=0.0185;BIAS=2:2;REFBIAS=944:701;VARBIAS=18:13;PMEAN=57.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.02818248182687;MQ=24.1;SN=62;HIAF=0.0186;ADJAF=6e-04;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.5;HICNT=31;HICOV=1664;LSEQ=CTCCACACAAAGAAGGTTTG;RSEQ=TCTGGAAGGGAAGATCCTGC;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1680:31:1645,31:0.0185:944,701:18,13 chr20 29623263 . C T 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1665;END=29623263;VD=214;AF=0.1285;BIAS=2:2;REFBIAS=836:610;VARBIAS=100:114;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.00245;ODDRATIO=1.5619;MQ=20.8;SN=70.333;HIAF=0.1287;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=211;HICOV=1640;LSEQ=CACACAAAGAAGGTTTGTGT;RSEQ=TGGAAGGGAAGATCCTGCCA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1665:214:1446,214:0.1285:836,610:100,114 chr20 29623281 . C T 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1481;END=29623281;VD=23;AF=0.0155;BIAS=2:2;REFBIAS=644:810;VARBIAS=12:11;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.52769;ODDRATIO=1.3717985650987;MQ=15.1;SN=46;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=23;HICOV=1430;LSEQ=GTCTGGAAGGGAAGATCCTG;RSEQ=CACAAGTGTAGATTTTAGGA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1481:23:1454,23:0.0155:644,810:12,11 chr20 29623300 . G T 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1231;END=29623300;VD=82;AF=0.0666;BIAS=2:2;REFBIAS=373:776;VARBIAS=18:64;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.04987;ODDRATIO=1.70837;MQ=25.8;SN=81;HIAF=0.0681;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=81;HICOV=1189;LSEQ=GCCACAAGTGTAGATTTTAG;RSEQ=ACATTCATTCACTTAGGCCA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1231:82:1149,82:0.0666:373,776:18,64 chr20 29623321 . AA GG 237 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=1121;END=29623322;VD=96;AF=0.0856;BIAS=2:2;REFBIAS=218:800;VARBIAS=26:70;PMEAN=40.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.19852;ODDRATIO=1.36263915952417;MQ=25;SN=192;HIAF=0.0874;ADJAF=0.0098;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=96;HICOV=1099;LSEQ=ACATTCATTCACTTAGGCCA;RSEQ=CTCTAACTAGTATCAAACAT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:1121:96:1018,96:0.0856:218,800:26,70 chr20 29623334 . A C 338 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=1017;END=29623334;VD=755;AF=0.7424;BIAS=2:2;REFBIAS=65:194;VARBIAS=88:667;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=2.53696;MQ=22.7;SN=33.318;HIAF=0.7419;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=733;HICOV=988;LSEQ=TAGGCCAAACTCTAACTAGT;RSEQ=TCAAACATTTTCCAAAGGAA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:1017:755:259,755:0.7424:65,194:88,667 chr20 29623355 . T A 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=963;END=29623355;VD=381;AF=0.3956;BIAS=2:1;REFBIAS=56:526;VARBIAS=15:366;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.00093;ODDRATIO=2.5954;MQ=29.8;SN=94.25;HIAF=0.3948;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=377;HICOV=955;LSEQ=TCAAACATTTTCCAAAGGAA;RSEQ=GTAACCATTGCATTTGACTC;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:963:381:582,381:0.3956:56,526:15,366 chr20 29623357 . T G 341 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=954;END=29623357;VD=709;AF=0.7432;BIAS=2:1;REFBIAS=43:202;VARBIAS=24:685;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=6.06105;MQ=22.6;SN=46.267;HIAF=0.7478;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=694;HICOV=928;LSEQ=AAACATTTTCCAAAGGAATG;RSEQ=AACCATTGCATTTGACTCTT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:954:709:245,709:0.7432:43,202:24,685 chr20 29623370 . T A 318 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=984;END=29623370;VD=442;AF=0.4492;BIAS=2:1;REFBIAS=33:509;VARBIAS=7:435;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.00028;ODDRATIO=4.02395;MQ=27.8;SN=62.143;HIAF=0.4475;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=435;HICOV=972;LSEQ=AGGAATGTAACCATTGCATT;RSEQ=GACTCTTCCATTTTTTTTAA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:984:442:542,442:0.4492:33,509:7,435 chr20 29623371 . G T 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=986;END=29623371;VD=96;AF=0.0974;BIAS=1:2;REFBIAS=34:856;VARBIAS=6:90;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.26965;ODDRATIO=1.67737390341681;MQ=24.3;SN=95;HIAF=0.0970;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=95;HICOV=979;LSEQ=GGAATGTAACCATTGCATTT;RSEQ=ACTCTTCCATTTTTTTTAAT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:986:96:890,96:0.0974:34,856:6,90 chr20 29623410 . C A 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=871;END=29623410;VD=21;AF=0.0241;BIAS=1:1;REFBIAS=9:841;VARBIAS=0:21;PMEAN=29.1;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=19.5;SN=9.5;HIAF=0.0223;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=19;HICOV=853;LSEQ=ATTCCTTAATATTTACCAGC;RSEQ=ATTGGCAAGTCCCTCTTTCT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:871:21:850,21:0.0241:9,841:0,21 chr20 29623425 . C T 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=791;END=29623425;VD=26;AF=0.0329;BIAS=1:1;REFBIAS=7:755;VARBIAS=0:26;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=18.6;SN=5.5;HIAF=0.0291;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=22;HICOV=756;LSEQ=CCAGCCATTGGCAAGTCCCT;RSEQ=TTTCTAATATAAGCATTTGA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:791:26:762,26:0.0329:7,755:0,26 chr20 29623443 . T G 182 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=694;END=29623443;VD=36;AF=0.0519;BIAS=1:1;REFBIAS=6:650;VARBIAS=0:36;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=29.5;SN=35;HIAF=0.0515;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.9;HICNT=35;HICOV=680;LSEQ=CTCTTTCTAATATAAGCATT;RSEQ=GAAAACATTCCGTATAGTTC;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:694:36:656,36:0.0519:6,650:0,36 chr20 29623455 . G A 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=621;END=29623455;VD=367;AF=0.591;BIAS=1:1;REFBIAS=2:252;VARBIAS=3:364;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0384000332288;MQ=26.4;SN=51.429;HIAF=0.5911;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=360;HICOV=609;LSEQ=TAAGCATTTGAAAACATTCC;RSEQ=TATAGTTCCAGAAGAGTATC;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:621:367:254,367:0.591:2,252:3,364 chr20 29623457 . A G 205 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=606;END=29623457;VD=48;AF=0.0792;BIAS=1:1;REFBIAS=4:553;VARBIAS=0:48;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=25.7;SN=96;HIAF=0.0796;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=48;HICOV=603;LSEQ=AGCATTTGAAAACATTCCGT;RSEQ=TAGTTCCAGAAGAGTATCTT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:606:48:557,48:0.0792:4,553:0,48 chr20 29623459 . A G 189 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=597;END=29623459;VD=50;AF=0.0838;BIAS=1:1;REFBIAS=4:541;VARBIAS=0:50;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=29.7;SN=7.333;HIAF=0.0755;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=44;HICOV=583;LSEQ=CATTTGAAAACATTCCGTAT;RSEQ=GTTCCAGAAGAGTATCTTTG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:597:50:545,50:0.0838:4,541:0,50 chr20 29623461 . T G 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=582;END=29623461;VD=32;AF=0.055;BIAS=1:1;REFBIAS=4:546;VARBIAS=0:32;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=35.3;SN=9.667;HIAF=0.0524;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.1;HICNT=29;HICOV=553;LSEQ=TTTGAAAACATTCCGTATAG;RSEQ=TCCAGAAGAGTATCTTTGGA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:582:32:550,32:0.055:4,546:0,32 chr20 29623485 . CTA AAT 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=452;END=29623487;VD=31;AF=0.0686;BIAS=1:1;REFBIAS=4:416;VARBIAS=0:31;PMEAN=18.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=23.8;SN=62;HIAF=0.0711;ADJAF=0.031;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=31;HICOV=436;LSEQ=AGAAGAGTATCTTTGGAAAT;RSEQ=AACAATATGAATAATTAAAA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:452:31:420,31:0.0686:4,416:0,31 chr20 29623486 . T A 299 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=428;END=29623486;VD=314;AF=0.7336;BIAS=1:1;REFBIAS=1:96;VARBIAS=3:311;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07967;MQ=24.6;SN=61.8;HIAF=0.7667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=309;HICOV=403;LSEQ=GAAGAGTATCTTTGGAAATC;RSEQ=AAACAATATGAATAATTAAA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:428:314:97,314:0.7336:1,96:3,311 chr20 29623490 . C G 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=408;END=29623490;VD=17;AF=0.0417;BIAS=1:1;REFBIAS=3:387;VARBIAS=0:17;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=22.9;SN=34;HIAF=0.0430;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=17;HICOV=395;LSEQ=AGTATCTTTGGAAATCTAAA;RSEQ=AATATGAATAATTAAAATAG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:408:17:390,17:0.0417:3,387:0,17 chr20 29623517 . G A 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=259;END=29623517;VD=31;AF=0.1197;BIAS=1:1;REFBIAS=3:225;VARBIAS=0:31;PMEAN=16.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=18.4;SN=30;HIAF=0.1200;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=30;HICOV=250;LSEQ=AATAATTAAAATAGTAAGTG;RSEQ=AAAGAAAAAAGAAAACCTAT;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:259:31:228,31:0.1197:3,225:0,31 chr20 29623548 . C T 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=85;END=29623548;VD=8;AF=0.0941;BIAS=1:0;REFBIAS=0:77;VARBIAS=0:8;PMEAN=21.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12;SN=16;HIAF=0.0952;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=8;HICOV=84;LSEQ=GAAAACCTATTTCAGTCAAA;RSEQ=ATGTTTGAATTTCTTTTTTA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:85:8:77,8:0.0941:0,77:0,8 chr20 29623575 . CT GC 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=44;END=29623576;VD=2;AF=0.0455;BIAS=1:0;REFBIAS=0:42;VARBIAS=0:2;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=23.5;SN=4;HIAF=0.0476;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=42;LSEQ=GAATTTCTTTTTTATTCAGA;RSEQ=TATTACCAAAACTAACCTGG;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:2:42,2:0.0455:0,42:0,2 chr20 29623630 . TTTA CTT 33 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=27;END=29623633;VD=2;AF=0.0741;BIAS=1:0;REFBIAS=0:25;VARBIAS=0:2;PMEAN=62;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=23.5;SN=4;HIAF=0.0741;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=27;LSEQ=TTTGAAGTTTCCTCGTTTTC;RSEQ=GCCCATTAGAGGAAGCACTA;DUPRATE=0.017;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:27:2:25,2:0.0741:0,25:0,2 chr20 31571267 . G C 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=31571267;VD=26;AF=0.5652;BIAS=1:1;REFBIAS=20:0;VARBIAS=25:1;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25;HIAF=0.5682;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=5;NM=1.2;HICNT=25;HICOV=44;LSEQ=AAGACCAAGGCTCCTAGAGG;RSEQ=TAGGGTCTTGACCGATGTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:46:26:20,26:0.5652:20,0:25,1 chr20 31572820 . TG T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=198;END=31572821;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=151:45;VARBIAS=1:1;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.41158;ODDRATIO=3.32981;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0.0051;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=197;LSEQ=TGGGCACCTCCTGGGGATAC;RSEQ=GGGGATGAAGAGGGGGTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:196,2:0.0101:151,45:1,1 chr20 31573528 . A C 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=387;END=31573528;VD=181;AF=0.4677;BIAS=2:2;REFBIAS=133:73;VARBIAS=119:62;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.8313;ODDRATIO=1.05336338930204;MQ=60;SN=59.333;HIAF=0.4721;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=178;HICOV=377;LSEQ=AGCTAAGCATAGCTCCCTGC;RSEQ=GGGGAGTGCTCACATAGATG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:387:181:206,181:0.4677:133,73:119,62 chr20 31573810 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=221;END=31573810;VD=3;AF=0.0136;BIAS=2:0;REFBIAS=14:204;VARBIAS=0:3;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0093;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=216;LSEQ=ACCTCCTGGGTGAGCCAGTC;RSEQ=TTTCTTGTCTCCAAAGCTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:221:3:218,3:0.0136:14,204:0,3 chr20 31573846 . C G 240 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=31573846;VD=101;AF=0.5372;BIAS=1:1;REFBIAS=1:85;VARBIAS=2:99;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.71241673373632;MQ=60;SN=100;HIAF=0.5405;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=100;HICOV=185;LSEQ=GCTTGGCTCAAGTGCCACCC;RSEQ=CTCCAGGAAGCTCTCCTGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:188:101:86,101:0.5372:1,85:2,99 chr20 31577051 . C T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=31577051;VD=4;AF=0.4444;BIAS=0:0;REFBIAS=5:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.3750;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=8;LSEQ=GAAGCACTGATTCTTGACTG;RSEQ=GGGTTGGAGATGGCTCTGTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:9:4:5,4:0.4444:5,0:4,0 chr20 31577358 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=31577358;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=121:50;VARBIAS=1:1;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.5039;ODDRATIO=2.40606;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=GAGTACCACACCAGAACTGA;RSEQ=ACCCACCCTGTGTACAGCTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:171,2:0.0114:121,50:1,1 chr20 31577394 . G A 243 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=227;END=31577394;VD=109;AF=0.4802;BIAS=2:2;REFBIAS=73:45;VARBIAS=71:38;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.67943;ODDRATIO=1.15105263763712;MQ=60;SN=35.333;HIAF=0.4818;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=106;HICOV=220;LSEQ=AGCTTCCCAGGACACTTGAG;RSEQ=CAGTCAGATGGTGGGGAAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:227:109:118,109:0.4802:73,45:71,38 chr20 31577572 . C T 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=31577572;VD=58;AF=0.4394;BIAS=2:2;REFBIAS=22:51;VARBIAS=15:43;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.69677;ODDRATIO=1.2346;MQ=60;SN=116;HIAF=0.4427;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=58;HICOV=131;LSEQ=CTGTGATCCCCACGTGTCCA;RSEQ=GGGAGGTAACAGGGGGCTGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:58:73,58:0.4394:22,51:15,43 chr20 31577582 . CAG C 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=129;END=31577584;VD=59;AF=0.4574;BIAS=2:2;REFBIAS=18:53;VARBIAS=15:44;PMEAN=32.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00375404011001;MQ=60;SN=58;HIAF=0.4531;ADJAF=0.0543;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=58;HICOV=128;LSEQ=CACGTGTCCACGGGAGGTAA;RSEQ=GGGGCTGCAGGACGCTGTCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:59:71,59:0.4574:18,53:15,44 chr20 31577838 . A T 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=31577838;VD=9;AF=0.5294;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:9;PMEAN=25.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.5625;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=9;HICOV=16;LSEQ=CTGCCCCTCTGAGTCTCGAT;RSEQ=TTCTCACCTGTAAGACGGGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:17:9:8,9:0.5294:0,8:0,9 chr20 31577843 . C T 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=31577843;VD=6;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=0:8;VARBIAS=0:6;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=6;HICOV=14;LSEQ=CCTCTGAGTCTCGATATTCT;RSEQ=ACCTGTAAGACGGGGACAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:14:6:8,6:0.4286:0,8:0,6 chr20 31583142 . A G 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=31583142;VD=41;AF=0.9762;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=41:0;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=33.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=38;HICOV=38;LSEQ=CATTAGCAACAGTATAAACT;RSEQ=TAATAGAGTGGTGGGCTTCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:42:41:0,41:0.9762:0,0:41,0 chr20 31583384 . A G 281 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=263;END=31583384;VD=260;AF=0.9886;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=182:78;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22.636;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=249;HICOV=249;LSEQ=GGAAACAGGACATCAAACAA;RSEQ=GAGAAATTAGATGTTTGGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:263:260:0,260:0.9886:0,0:182,78 chr20 31583966 . T G 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=31583966;VD=153;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=149:4;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=143;HICOV=143;LSEQ=AGTCAAAGGCCCAGAGAGAA;RSEQ=AGGTGACTTGCCTAAGGTCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:153:153:0,153:1:0,0:149,4 chr20 31584178 . G A 300 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=302;END=31584178;VD=299;AF=0.9901;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=108:191;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=298;HIAF=0.9967;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=298;HICOV=299;LSEQ=TGTCATCCTGGTGGAGTATT;RSEQ=AGAAAGTAAGGGGTCTCCTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:302:299:0,299:0.9901:0,0:108,191 chr20 31584379 . C T 194 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=31584379;VD=49;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:49;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=46;HICOV=46;LSEQ=CTTTTATCCATCCATCCACA;RSEQ=CTTCATCCATCCACCCTTAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:49:49:0,49:1:0,0:0,49 chr20 31584582 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=31584582;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=CACCCATCATTTCATCCACC;RSEQ=ATTCACCTATTCATGTATTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:3:2:0,2:0.6667:0,0:0,2 chr20 31585241 . T C 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=100;END=31585241;VD=100;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=100:0;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=200;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=100;HICOV=100;LSEQ=CATCTTGGAGGAGGGACTAT;RSEQ=GCATCCAATCTTTGAAAGTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:100:100:0,100:1:0,0:100,0 chr20 31585292 . A G 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=31585292;VD=142;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=142:0;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=284;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=142;HICOV=142;LSEQ=GAGAGATGGGTTCTAGGTGG;RSEQ=TGGTACGATGAAGGGTGAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:142:142:0,142:1:0,0:142,0 chr20 31585351 . C G 277 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=205;END=31585351;VD=205;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=163:42;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=67.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=202;HICOV=202;LSEQ=CAGGAACTGATGAGGGGCCC;RSEQ=ATTTGGTGAGAATGAATGGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:205:205:0,205:1:0,0:163,42 chr20 31585415 . T C 295 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=295;END=31585415;VD=293;AF=0.9932;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=165:128;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=47.833;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=287;HICOV=287;LSEQ=TTAGGGTGAGACCTGTCAGC;RSEQ=GTGGGGCCTGAGGAGGGTGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:295:293:0,293:0.9932:0,0:165,128 chr20 31585545 . C T 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=247;END=31585545;VD=246;AF=0.996;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=70:176;PMEAN=39.4;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=492;HIAF=0.9960;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=246;HICOV=247;LSEQ=TTAACATGCAAGATGAAGAG;RSEQ=CTAGGTGCTGGAGTTAGGAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:247:246:0,246:0.996:0,0:70,176 chr20 31585867 . A G 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=5;END=31585867;VD=5;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:5;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=5;HICOV=5;LSEQ=ATTATTTAAAAGTCTTGGCC;RSEQ=GGTGTGGTGGCTCACGCCCA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:5:5:0,5:1:0,0:0,5 chr20 31587596 . G A 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=41;END=31587596;VD=41;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=41:0;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=41;HICOV=41;LSEQ=AAAGCTAAGCTGTGTTGTGC;RSEQ=AGGTGGGGGTGGTGGCTGGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:41:41:0,41:1:0,0:41,0 chr20 31587752 . G C 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=31587752;VD=179;AF=0.989;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=176:3;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=58.667;HIAF=0.9888;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=176;HICOV=178;LSEQ=TTCATTTCATAATTCTCACA;RSEQ=CAACACCCATCAGGCAGATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:181:179:0,179:0.989:0,0:176,3 chr20 31587793 . 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G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=31588327;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=11;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=AAGGACAGCAAAGGAAAAGG;RSEQ=AAGGAAAGAATGGGGCAGGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:0,2 chr20 31589313 . T TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC 83 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=109;END=31589313;VD=5;AF=0.0459;BIAS=1:0;REFBIAS=0:95;VARBIAS=0:5;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.9;SN=10;HIAF=0.0515;ADJAF=0.0459;SHIFT3=14;MSI=10;MSILEN=4;NM=0.7;HICNT=5;HICOV=97;LSEQ=CCACTGGCAGTTAACAGACA;RSEQ=TTTCTTTCTTTCTTCTTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:5:95,5:0.0459:0,95:0,5 chr20 31589325 . C CT 187 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=98;END=31589325;VD=41;AF=0.4184;BIAS=1:1;REFBIAS=0:54;VARBIAS=0:41;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.5;SN=40;HIAF=0.4348;ADJAF=0.0714;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=40;HICOV=92;LSEQ=AACAGACATTTTCTTTCTTT;RSEQ=TTCTTTCTTTCTTTCTTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:41:54,41:0.4184:0,54:0,41 chr20 31589368 . CT C 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=47;END=31589369;VD=4;AF=0.0851;BIAS=1:0;REFBIAS=0:43;VARBIAS=0:4;PMEAN=29.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0909;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=11;MSILEN=4;NM=4.5;HICNT=4;HICOV=44;LSEQ=CTTTCTTTCTTTCTTTCTTT;RSEQ=TTTCTTCCTTCCTTCCTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:47:4:43,4:0.0851:0,43:0,4 chr20 31589376 . C T 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=35;END=31589376;VD=6;AF=0.1714;BIAS=1:0;REFBIAS=0:29;VARBIAS=0:6;PMEAN=28.2;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=0.1515;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=4;NM=4.2;HICNT=5;HICOV=33;LSEQ=CTTTCTTTCTTTCTTTTCTT;RSEQ=CTTCCTTCCTTTCTTTCTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:35:6:29,6:0.1714:0,29:0,6 chr20 31589380 . C T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=31589380;VD=5;AF=0.1471;BIAS=1:0;REFBIAS=0:29;VARBIAS=0:5;PMEAN=19.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.1562;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=4;NM=4.2;HICNT=5;HICOV=32;LSEQ=CTTTCTTTCTTTTCTTCCTT;RSEQ=CTTCCTTTCTTTCTTTTTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:5:29,5:0.1471:0,29:0,5 chr20 31589384 . C T 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=31589384;VD=5;AF=0.1471;BIAS=1:0;REFBIAS=0:29;VARBIAS=0:5;PMEAN=15.4;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1250;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=4;NM=4.2;HICNT=4;HICOV=32;LSEQ=CTTTCTTTTCTTCCTTCCTT;RSEQ=CTTTCTTTCTTTTTTCTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:5:29,5:0.1471:0,29:0,5 chr20 33302800 . ACAT A 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=454;END=33302803;VD=445;AF=0.9802;BIAS=2:2;REFBIAS=2:5;VARBIAS=228:217;PMEAN=44.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.27744;ODDRATIO=2.62143812095315;MQ=60;SN=444;HIAF=0.9845;ADJAF=0.0551;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=3;NM=0.3;HICNT=444;HICOV=451;LSEQ=CAGTACTTCCACGGCACAAT;RSEQ=CATTAGGAGATCTAAAAATG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:454:445:7,445:0.9802:2,5:228,217 chr20 42741239 . C T 264 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=42741239;VD=168;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=167:1;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=164;HICOV=164;LSEQ=TCTGTGCTCCCCTGAGCTTT;RSEQ=GGTGGGCCCTGATGGGGGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:168:168:0,168:1:0,0:167,1 chr20 42741299 . G A 276 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=226;END=42741299;VD=225;AF=0.9956;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=203:22;PMEAN=34.1;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.143;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=218;HICOV=218;LSEQ=GGCATCACAGGAGATTTCTC;RSEQ=CCGGCCCCAGGCCTCCTGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:226:225:0,225:0.9956:0,0:203,22 chr20 49126738 . AA GG 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=166;END=49126739;VD=162;AF=0.9759;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=147:15;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80;HIAF=0.9877;ADJAF=0.0843;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=160;HICOV=162;LSEQ=GCGCCCGAGCCCAGAGCCCC;RSEQ=AGCGGAGGAGGGAACGCGCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:166:162:0,162:0.9759:0,0:147,15 chr20 49181345 . T A 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=89;END=49181345;VD=89;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=89:0;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=87;HICOV=87;LSEQ=ACCCTTTCAGAAAATCCCAG;RSEQ=CGCCCCATACTGATGACTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:89:89:0,89:1:0,0:89,0 chr20 49185272 . G A 198 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=49185272;VD=52;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:51;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=50;HICOV=50;LSEQ=TCCTGTGTGGTGCGTGTGGC;RSEQ=CTCCGCCCACCTGTGCTGCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:52:52:0,52:1:0,0:1,51 chr20 49190731 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=49190731;VD=2;AF=0.0588;BIAS=1:0;REFBIAS=31:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0588;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=34;LSEQ=ATGGCTACACAGAGGAGTTT;RSEQ=AAAGCCTTTTGTTCAATCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:34:2:32,2:0.0588:31,1:2,0 chr20 49191228 . 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A G 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=49194615;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=17:0;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=17;HICOV=17;LSEQ=GGGCTTTATGACAAGATTTT;RSEQ=TGGGTGGCTGCCCAGCATCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:17:0,17:1:0,0:17,0 chr20 49194866 . A AT 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=254;END=49194866;VD=253;AF=0.9961;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=243:10;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.8;SN=62.25;HIAF=0.9960;ADJAF=0.1732;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.4;HICNT=249;HICOV=250;LSEQ=AATGTTCCTCTTAGAGGTAG;RSEQ=GAGTGGAAGGTGACTCTGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:254:253:1,253:0.9961:1,0:243,10 chr20 49195248 . G A 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=335;END=49195248;VD=333;AF=0.994;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=25:308;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.3;HIAF=0.9969;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=323;HICOV=324;LSEQ=TCCTAAGTAGAAACTGAAGC;RSEQ=CTCCTCTTCCAAAATACAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:335:333:0,333:0.994:0,0:25,308 chr20 49195493 . C A 254 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=49195493;VD=140;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=118:22;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=45.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=137;HICOV=137;LSEQ=GGTCCCAGACTCTTAACCAG;RSEQ=TCTCTTGTGAATGCATTGCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:140:140:0,140:1:0,0:118,22 chr20 49196167 . T C 305 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=315;END=49196167;VD=313;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=248:65;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=312;HIAF=0.9936;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=312;HICOV=314;LSEQ=CGCCAAGCCGTCACCTCTGC;RSEQ=CATGCAAAGGGATTTCCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:315:313:0,313:0.9937:0,0:248,65 chr20 49196543 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=259;END=49196543;VD=3;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=25:231;VARBIAS=1:2;PMEAN=19.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.27288;ODDRATIO=4.57351932311914;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0078;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=255;LSEQ=CACACGCTGGTACTGAAACC;RSEQ=TGTGGATGCAGCCTCCTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:259:3:256,3:0.0116:25,231:1,2 chr20 49196599 . C T 269 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=49196599;VD=170;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:167;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=169;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.4;HICNT=169;HICOV=169;LSEQ=CGCATCCTTGGGGAACAGGG;RSEQ=GCGTGGACCACAGCCACTCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:170:170:0,170:1:0,0:3,167 chr20 49196602 . G A 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=49196602;VD=169;AF=0.9883;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:166;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=23.143;HIAF=0.9939;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=162;HICOV=163;LSEQ=ATCCTTGGGGAACAGGGCGC;RSEQ=TGGACCACAGCCACTCCACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:171:169:0,169:0.9883:0,0:3,166 chr20 49198288 . C CT 102 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=47;END=49198288;VD=6;AF=0.1277;BIAS=1:0;REFBIAS=0:39;VARBIAS=0:6;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=12;HIAF=0.1622;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=6;HICOV=37;LSEQ=ATACGTCTGTTTCTCTCTCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTATTCCTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:47:6:39,6:0.1277:0,39:0,6 chr20 49198327 . G A 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=49198327;VD=25;AF=0.9615;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:25;PMEAN=29.8;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=TGTTTTTGGAAAAAAATAGA;RSEQ=TTACAACACATTGTTGTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:26:25:0,25:0.9615:0,0:0,25 chr20 49201169 . TG T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=288;END=49201170;VD=3;AF=0.0104;BIAS=1:2;REFBIAS=277:8;VARBIAS=1:2;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.00321;ODDRATIO=64.21596;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=278;LSEQ=TGGCTGCATGACCGGGTGGG;RSEQ=GGGGGGAGTGTCTCAGGGTC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:288:3:285,3:0.0104:277,8:1,2 chr20 55905174 . A C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=55905174;VD=2;AF=0.0116;BIAS=1:0;REFBIAS=0:170;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.5;SN=4;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=CACCCCTTGGCGGGCCAGCC;RSEQ=GGAACCCCCAAAAAGATCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:170,2:0.0116:0,170:0,2 chr20 55906960 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=55906960;VD=3;AF=0.016;BIAS=2:2;REFBIAS=97:87;VARBIAS=2:1;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.78842886524188;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=CTTGGCAAGAAATGAAGCAC;RSEQ=TGCATTCACGATAGACAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:3:184,3:0.016:97,87:2,1 chr20 55907112 . C CA 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=81;END=55907112;VD=2;AF=0.0247;BIAS=1:0;REFBIAS=0:75;VARBIAS=0:2;PMEAN=58.1;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0274;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=73;LSEQ=TTTTATTGCCTTTACCTTGC;RSEQ=AAAAAAAAGGATTTAGGAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:81:2:75,2:0.0247:0,75:0,2 chr20 55908744 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=55908744;VD=2;AF=0.0154;BIAS=2:2;REFBIAS=96:32;VARBIAS=1:1;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.44472;ODDRATIO=2.96952;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0154;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=130;LSEQ=GTTGAATTTTATTTTCCAGC;RSEQ=CTAATCCTTAAAATATTGTC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:2:128,2:0.0154:96,32:1,1 chr20 55910460 . CT C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=205;END=55910461;VD=4;AF=0.0195;BIAS=2:2;REFBIAS=123:77;VARBIAS=3:1;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.87279946063376;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0202;ADJAF=0.0049;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=198;LSEQ=CTTTTTATGTAAGATAAAAA;RSEQ=TTTTTTTTAAAAGGCTGTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:205:4:200,4:0.0195:123,77:3,1 chr20 55910963 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=55910963;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=78:96;VARBIAS=1:1;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.22930163374187;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=168;LSEQ=TCTCCTTGCATCATGATTAC;RSEQ=GTATATTATCTAACTTTACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:174,2:0.0114:78,96:1,1 chr20 55911055 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=55911055;VD=2;AF=0.0189;BIAS=1:0;REFBIAS=5:98;VARBIAS=0:2;PMEAN=63;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0198;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=101;LSEQ=AATATTATCTACACAATGTC;RSEQ=TGTTTTCAATATAATGCATC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:2:103,2:0.0189:5,98:0,2 chr20 55911149 . CT C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=67;END=55911150;VD=2;AF=0.0299;BIAS=1:0;REFBIAS=0:65;VARBIAS=0:2;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0328;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=61;LSEQ=GCTGGCTATCACCTCAAGTT;RSEQ=TTTTTTTTTAATAGAGACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:67:2:65,2:0.0299:0,65:0,2 chr20 55912754 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=55912754;VD=2;AF=0.0146;BIAS=2:0;REFBIAS=99:35;VARBIAS=2:0;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=123;LSEQ=GACTGGCATAATTCCCAGTC;RSEQ=TTCAGTCTGTTTGTATATAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:2:134,2:0.0146:99,35:2,0 chr20 55913426 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=191;END=55913426;VD=2;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=60:129;VARBIAS=1:1;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.53789;ODDRATIO=2.14059422895796;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=180;LSEQ=CACTCTTGTAGATGCTGATC;RSEQ=ACATGGTAATTTATCACTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:2:189,2:0.0105:60,129:1,1 chr20 55917983 . C G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=55917983;VD=2;AF=0.0182;BIAS=1:2;REFBIAS=2:106;VARBIAS=1:1;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.05405;ODDRATIO=43.4782608695652;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=110;LSEQ=ACATCGTATTTTGAAAATAT;RSEQ=CCTCTTGAAATTTTATATGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:110:2:108,2:0.0182:2,106:1,1 chr20 58439142 . TA T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=108;END=58439143;VD=3;AF=0.0278;BIAS=1:0;REFBIAS=105:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=19.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0278;ADJAF=0.0093;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=108;LSEQ=AAAGCTTTTATCTCCAAAAT;RSEQ=AAAAAAAATATTGTATAGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:108:3:105,3:0.0278:105,0:3,0 chr20 58439222 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=196;END=58439223;VD=4;AF=0.0204;BIAS=1:0;REFBIAS=191:1;VARBIAS=4:0;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0207;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=193;LSEQ=CCTCTCATCCATTAAAAGAC;RSEQ=TTTTTTTTAATTTGAGGGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:4:192,4:0.0204:191,1:4,0 chr20 58439454 . G GA 153 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=509;END=58439454;VD=15;AF=0.0295;BIAS=2:2;REFBIAS=209:223;VARBIAS=6:9;PMEAN=50.3;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=0.60508;ODDRATIO=1.40477;MQ=63.6;SN=30;HIAF=0.0410;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=15;HICOV=366;LSEQ=CCTCTTCTAGCTATAGCCAA;RSEQ=AAAAAAAAAATCACACTTAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:509:15:432,15:0.0295:209,223:6,9 chr20 58439512 . G GA 115 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=355;END=58439512;VD=9;AF=0.0254;BIAS=2:2;REFBIAS=88:213;VARBIAS=4:5;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.45838;ODDRATIO=1.93188184610629;MQ=64;SN=8;HIAF=0.0357;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=8;HICOV=224;LSEQ=TAAAACCACCAAATAAAATA;RSEQ=AAAAAAAAAAATCAAGCTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:355:9:301,9:0.0254:88,213:4,5 chr20 58440378 . CA C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=388;END=58440379;VD=4;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=277:104;VARBIAS=3:1;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.12601200328796;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=380;LSEQ=AAGACATAAAAGCACACACA;RSEQ=AAAAAATCAAAAACAAAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:388:4:381,4:0.0103:277,104:3,1 chr20 58443050 . GT G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=193;END=58443051;VD=3;AF=0.0155;BIAS=1:0;REFBIAS=2:185;VARBIAS=0:3;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0195;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=154;LSEQ=AAGGCAGAAGAGTTCCTTAT;RSEQ=TTTTTTTAATTTAAAAATCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:3:187,3:0.0155:2,185:0,3 chr20 58443370 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=270;END=58443370;VD=3;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=253:14;VARBIAS=1:2;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.00957;ODDRATIO=34.5932;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0076;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=264;LSEQ=CCATCTTGGACATATCCAAA;RSEQ=TTGTCTTTACAAATTTGTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:270:3:267,3:0.0111:253,14:1,2 chr20 58444593 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=55;END=58444593;VD=2;AF=0.0364;BIAS=1:0;REFBIAS=53:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0370;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=54;LSEQ=ACCAGAAAGTGCCTATTGTA;RSEQ=ATATGCAATCCGGGGTTCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:55:2:53,2:0.0364:53,0:2,0 chr20 58448810 . 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G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=274;END=58455976;VD=3;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=195:76;VARBIAS=2:1;PMEAN=55;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.2817;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0081;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=248;LSEQ=TCTTTAACATTAAAAATTAA;RSEQ=AGAAATACTACTTCTAATAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:274:3:271,3:0.0109:195,76:2,1 chr20 58456448 . G GA 87 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=358;END=58456448;VD=5;AF=0.014;BIAS=2:2;REFBIAS=239:89;VARBIAS=2:3;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37.7;QSTD=1;SBF=0.13152;ODDRATIO=4.00807;MQ=63.2;SN=10;HIAF=0.0168;ADJAF=0.0028;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=298;LSEQ=CTGGGAGGAGATATTTAAGA;RSEQ=AAAAAAAAAGATCAGAATAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:358:5:328,5:0.014:239,89:2,3 chr20 58456564 . CA C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=485;END=58456565;VD=8;AF=0.0165;BIAS=2:2;REFBIAS=203:274;VARBIAS=5:3;PMEAN=45.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.2973;ODDRATIO=2.24582837379567;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0168;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=8;HICOV=477;LSEQ=GGATCTATATTGTAAATAAA;RSEQ=AAAAAAAAGAGGTGTCAGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:485:8:477,8:0.0165:203,274:5,3 chr20 58456721 . G GT 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=234;END=58456721;VD=5;AF=0.0214;BIAS=2:0;REFBIAS=60:148;VARBIAS=0:5;PMEAN=53.2;PSTD=1;QUAL=33.7;QSTD=1;SBF=0.32484;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=4;HIAF=0.0225;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=4;HICOV=178;LSEQ=AATACACTAAAAATAGAATA;RSEQ=TTTTTTTTTTCATCAATAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:234:5:208,5:0.0214:60,148:0,5 chr20 58457340 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=239;END=58457340;VD=3;AF=0.0126;BIAS=1:0;REFBIAS=2:234;VARBIAS=0:3;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0088;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=228;LSEQ=CATCTCACCTCAGTTAAAAT;RSEQ=GCTTGTACCAAAAAGACAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:239:3:236,3:0.0126:2,234:0,3 chr20 58467046 . A AT 152 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=600;END=58467046;VD=15;AF=0.025;BIAS=2:2;REFBIAS=361:193;VARBIAS=11:4;PMEAN=49.9;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.59377;ODDRATIO=1.46929180135175;MQ=63.2;SN=30;HIAF=0.0271;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=15;HICOV=554;LSEQ=AAACACATTGAAAGCTCACC;RSEQ=TTTTTTTTTGTTTCGAATCC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:600:15:554,15:0.025:361,193:11,4 chr20 58468394 . C A 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=349;END=58468394;VD=4;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=165:180;VARBIAS=1:3;PMEAN=24.8;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.62463;ODDRATIO=2.7426;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0091;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=3;HICOV=328;LSEQ=TGCATCCTCTCTCTTAAACC;RSEQ=AAACTTCTGGGGAACAAAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:349:4:345,4:0.0115:165,180:1,3 chr20 58471370 . A T 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=58471370;VD=112;AF=0.4409;BIAS=1:1;REFBIAS=142:0;VARBIAS=112:0;PMEAN=45.3;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=224;HIAF=0.4444;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=112;HICOV=252;LSEQ=TTTGTGGTTCATATTTTATC;RSEQ=ATTTTTATACACCAAACTTA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:254:112:142,112:0.4409:142,0:112,0 chr20 58471795 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=58471795;VD=2;AF=0.0183;BIAS=1:0;REFBIAS=0:107;VARBIAS=0:2;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0192;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=104;LSEQ=AAGTAGCTAAAACAAGTAAG;RSEQ=AACATTGTTTTAAAGAATAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:2:107,2:0.0183:0,107:0,2 chr20 58475354 . G GA 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=433;END=58475354;VD=8;AF=0.0185;BIAS=2:2;REFBIAS=134:268;VARBIAS=4:4;PMEAN=58.1;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.45083;ODDRATIO=1.99640646835696;MQ=63.2;SN=16;HIAF=0.0202;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=8;HICOV=396;LSEQ=TAGAATCTGTTGGAGAATAT;RSEQ=AAAAAAAAAGTATTTAAAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:433:8:402,8:0.0185:134,268:4,4 chr20 58475537 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=58475537;VD=3;AF=0.0156;BIAS=2:2;REFBIAS=65:124;VARBIAS=1:2;PMEAN=17.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.04813;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=185;LSEQ=CTCTAATAGACATAAAAGAA;RSEQ=CTTGACATTAATGGAAGGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:3:189,3:0.0156:65,124:1,2 chr20 58486732 . C A 49 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=276;END=58486732;VD=4;AF=0.0145;BIAS=2:2;REFBIAS=237:35;VARBIAS=3:1;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=0.43013;ODDRATIO=2.24839;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=3;HICOV=268;LSEQ=CTAGAACATATAAAGAAATC;RSEQ=ACATTCTTAAAGTAAGTAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:276:4:272,4:0.0145:237,35:3,1 chr20 58487400 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=169;END=58487400;VD=2;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=108:59;VARBIAS=1:1;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.82347;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=TCAAAATTCATGCAATAACT;RSEQ=AAATAATGTGTTAAATTAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:2:167,2:0.0118:108,59:1,1 chr20 58490243 . C A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=491;END=58490243;VD=5;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=249:237;VARBIAS=1:4;PMEAN=20.4;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.20853;ODDRATIO=4.19143;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0064;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=472;LSEQ=CAGCATCTAAAATCCTTTCT;RSEQ=CCATACTACTCCTGTGAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:491:5:486,5:0.0102:249,237:1,4 chr20 58490877 . 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G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=116;END=33973837;VD=2;AF=0.0172;BIAS=1:0;REFBIAS=113:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0174;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=115;LSEQ=CTGGATGGTCTTGATCTCCT;RSEQ=ACCTCGTGATCTGCCTGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:116:2:114,2:0.0172:113,1:2,0 chr21 33973890 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=33973890;VD=2;AF=0.0107;BIAS=1:2;REFBIAS=180:5;VARBIAS=1:1;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.06331;ODDRATIO=32.93587;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=184;LSEQ=GTGCTGGGATTACAGGCGTG;RSEQ=GCCACCGCGCCCGGCCAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:2:185,2:0.0107:180,5:1,1 chr21 33974322 . G A 280 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=396;END=33974322;VD=196;AF=0.4949;BIAS=2:2;REFBIAS=69:130;VARBIAS=63:133;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.66969;ODDRATIO=1.12019;MQ=60;SN=392;HIAF=0.5013;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=196;HICOV=391;LSEQ=TATTCAGGCAGGCATTTCAG;RSEQ=AAAGTGTTTTGCACATAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:396:196:199,196:0.4949:69,130:63,133 chr21 33976897 . C G 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=22;END=33976897;VD=22;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:22;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=22;HICOV=22;LSEQ=GGATCGGGAGATACGGCAGG;RSEQ=GGAGCAGGCACCGCAGGTGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:22:22:0,22:1:0,0:0,22 chr21 33979569 . A T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=33979569;VD=4;AF=0.5714;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=CTGAAAGAGAAGGCTGGCTG;RSEQ=GAGGCAACTCTGGAAGCCAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:7:4:3,4:0.5714:3,0:4,0 chr21 33984028 . C T 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=33984028;VD=6;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=5;HIAF=0.7143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=5;HICOV=7;LSEQ=CGCTGCTTTACATTGGGCGA;RSEQ=TAAAAATAGTAAATTCAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:6:2,6:0.75:2,0:6,0 chr21 35777010 . G T 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=35777010;VD=111;AF=0.9911;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=111:0;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=109;HICOV=109;LSEQ=TTGTTAACATACTCTCTCAC;RSEQ=TCCTCTGCAGCCTCTGCCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:112:111:0,111:0.9911:0,0:111,0 chr21 35777081 . T G 268 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=35777081;VD=176;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=175:1;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=43;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=172;HICOV=172;LSEQ=CCTCCACCTGAGGCTCCTTG;RSEQ=CCTCCCTTCCTCAGGAGTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:176:176:0,176:1:0,0:175,1 chr21 35777272 . G GCAGA 321 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=458;END=35777272;VD=448;AF=0.9782;BIAS=2:2;REFBIAS=13:10;VARBIAS=219:229;PMEAN=42.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.526;ODDRATIO=1.35847;MQ=60.1;SN=896;HIAF=0.9512;ADJAF=0.0808;SHIFT3=6;MSI=2;MSILEN=4;NM=0.2;HICNT=448;HICOV=471;LSEQ=GTCTCTGTAGGACTGCTCAG;RSEQ=CAGACACCTTTGCAGGGACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:458:448:23,448:0.9782:13,10:219,229 chr21 35777608 . T A 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=35777608;VD=31;AF=0.9688;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:31;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=30;HICOV=30;LSEQ=TTCCACCCGCCATAGATCAC;RSEQ=TTCTTCATCAAAGAAGAAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:32:31:0,31:0.9688:0,0:0,31 chr21 40250008 . G A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=40250008;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=CCTCTATTATGGGGGTCTCC;RSEQ=TGAATCACTCTATAAAGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0 chr21 40250361 . T TAAA 247 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=169;END=40250361;VD=119;AF=0.7041;BIAS=1:2;REFBIAS=22:1;VARBIAS=69:50;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=0.00026;ODDRATIO=15.74706;MQ=60.2;SN=238;HIAF=0.6959;ADJAF=0.1243;SHIFT3=11;MSI=14;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=119;HICOV=171;LSEQ=ATTTATCATGTTTTGAAAAT;RSEQ=AAAAAAAAAAACAGTTATTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:169:119:23,119:0.7041:22,1:69,50 chr21 40250429 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=40250429;VD=2;AF=0.0131;BIAS=2:2;REFBIAS=72:79;VARBIAS=1:1;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.09655134601678;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0135;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=148;LSEQ=CTGTGTTTCTACCATAGTCC;RSEQ=CTAAGAGATGAGATCACTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:2:151,2:0.0131:72,79:1,1 chr21 40250763 . AGAG GAA 116 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=10;END=40250766;VD=9;AF=0.9;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:9;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.9000;ADJAF=0.1;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=9;HICOV=10;LSEQ=ATCAGTTGATGGTGCAATTG;RSEQ=GAAATTGCCCAATTATTTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:10:9:0,9:0.9:0,0:0,9 chr21 43161805 . G A 306 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=427;END=43161805;VD=425;AF=0.9953;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=229:196;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=25.562;HIAF=0.9976;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=409;HICOV=410;LSEQ=AGCAGCCGTGTGCTAGACTC;RSEQ=TCCCCGTTCTGGGCTGCAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:427:425:0,425:0.9953:0,0:229,196 chr21 43161877 . C T 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=303;END=43161877;VD=303;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=104:199;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.938;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=287;HICOV=287;LSEQ=GCGTTGACACTGATCTTCCG;RSEQ=GCCAGCAGGAGCTCCACGAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:303:303:0,303:1:0,0:104,199 chr21 43161945 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=203;END=43161945;VD=3;AF=0.0148;BIAS=2:0;REFBIAS=12:188;VARBIAS=0:3;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=194;LSEQ=GTGCAACGGGGTGGAGCCCC;RSEQ=ACGGTTGCTCAGGTTGGGGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:203:3:200,3:0.0148:12,188:0,3 chr21 43162150 . G A 180 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=43162150;VD=34;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:34;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=33;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=33;HICOV=33;LSEQ=TTCTTCTGGACGTCTGTGGT;RSEQ=CCCAGATCTGCAGGGAGAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:34:34:0,34:1:0,0:0,34 chr21 43162200 . T C 115 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=43162200;VD=11;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:11;PMEAN=23.3;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=GGTCAGAGCGTGGCTGCACA;RSEQ=CCAGGGACGTGGCGTCTCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:0,11 chr21 43892257 . G A 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=43892257;VD=51;AF=0.9808;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=50:1;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=102;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=51;HICOV=51;LSEQ=ACCTGCAGGGCCCCCACAGT;RSEQ=GGCCTGGGCTCCACATGGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:52:51:0,51:0.9808:0,0:50,1 chr21 43892641 . T C 322 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=565;END=43892641;VD=563;AF=0.9965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=256:307;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27.15;HIAF=0.9982;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=543;HICOV=544;LSEQ=CGTTTATTTGCATTTGTCAA;RSEQ=CAACTTAACATACAGCTGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:565:563:0,563:0.9965:0,0:256,307 chr21 43892775 . G A 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=373;END=43892775;VD=197;AF=0.5282;BIAS=2:2;REFBIAS=97:77;VARBIAS=107:90;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.83451;ODDRATIO=1.05941;MQ=60;SN=64.667;HIAF=0.5301;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=194;HICOV=366;LSEQ=CCAGGCTGGAGAGCAGTGGC;RSEQ=CGATCTCCACTCACTGCAAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:373:197:174,197:0.5282:97,77:107,90 chr21 43893184 . G A 217 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=43893184;VD=67;AF=0.5537;BIAS=1:1;REFBIAS=0:54;VARBIAS=0:67;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32.5;HIAF=0.5508;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=65;HICOV=118;LSEQ=ACATAAAATAAGCAAAATAC;RSEQ=TACTCAAAGTAAATGCTAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:121:67:54,67:0.5537:0,54:0,67 chr21 43893398 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=2;END=43893398;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=ATCACTTGAGGTCAGGAGTT;RSEQ=GAGACCAGCCCGGCCAACAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:0,2 chr21 43895661 . T C 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=43895661;VD=26;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=26:0;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=52;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=26;HICOV=26;LSEQ=GTACTCCAGCCTGGGTGACA;RSEQ=AGCAAGACTCCATCTCAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:26:26:0,26:1:0,0:26,0 chr21 43897026 . A T 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=43897026;VD=10;AF=0.7143;BIAS=2:2;REFBIAS=3:1;VARBIAS=7:3;PMEAN=42.6;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.2634;MQ=57.8;SN=20;HIAF=0.7143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=10;HICOV=14;LSEQ=CAACCACACCTGGCCTGAAA;RSEQ=CAGGATGTCCACAACTCCCA;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:14:10:4,10:0.7143:3,1:7,3 chr21 43897083 . TGGGGATGCCCCACACCCTCTGTCCCACAGCCCG T 69 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=15;END=43897116;VD=4;AF=0.2667;BIAS=2:0;REFBIAS=8:3;VARBIAS=0:4;PMEAN=50.2;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.02564;ODDRATIO=0;MQ=54.5;SN=8;HIAF=0.2667;ADJAF=0.0667;SHIFT3=37;MSI=5;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=4;HICOV=15;LSEQ=ACACCCTCCATCCCACAGCC;RSEQ=GGGGATGCCCCACACCCTCT;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:15:4:11,4:0.2667:8,3:0,4 chr21 43897110 . C T 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=43897110;VD=6;AF=0.5;BIAS=0:2;REFBIAS=0:2;VARBIAS=4:2;PMEAN=21.8;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.42857;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=6;HICOV=8;LSEQ=GCCCCACACCCTCTGTCCCA;RSEQ=AGCCCGGGGGATGCCCCACA;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:12:6:2,6:0.5:0,2:4,2 chr21 43897120 . GA G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=11;END=43897121;VD=3;AF=0.2727;BIAS=2:2;REFBIAS=2:6;VARBIAS=2:1;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.49091;ODDRATIO=4.95368306335761;MQ=60;SN=6;HIAF=0.2727;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=11;LSEQ=CTCTGTCCCACAGCCCGGGG;RSEQ=TGCCCCACACCCTCTGTCCC;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:3:8,3:0.2727:2,6:2,1 chr21 43897138 . T CCACCTCCAC 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=15;END=43897138;VD=3;AF=0.2;BIAS=2:2;REFBIAS=6:6;VARBIAS=2:1;PMEAN=17.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.91149765841537;MQ=42.3;SN=6;HIAF=0.2143;ADJAF=0.1333;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=4.3;HICNT=3;HICOV=14;LSEQ=GGGATGCCCCACACCCTCTG;RSEQ=CCCACAGCCCGGGGGTGCCC;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:15:3:12,3:0.2:6,6:2,1 chr21 43897159 . C T 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=43897159;VD=7;AF=0.1591;BIAS=2:0;REFBIAS=28:7;VARBIAS=7:0;PMEAN=13.4;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.32615;ODDRATIO=0;MQ=15.9;SN=14;HIAF=0.1707;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.4;HICNT=7;HICOV=41;LSEQ=CCCACAGCCCGGGGGTGCCC;RSEQ=ACACCCTCTGCCCCCTCCAC;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:7:35,7:0.1591:28,7:7,0 chr21 43897312 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=43897312;VD=2;AF=0.0189;BIAS=2:0;REFBIAS=89:15;VARBIAS=2:0;PMEAN=11;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=23.5;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=GACCCCTCCACCCCACAGCC;RSEQ=GGGGATGCCCCACACCCTCT;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:2:104,2:0.0189:89,15:2,0 chr21 43897317 . A G 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=108;END=43897317;VD=57;AF=0.5278;BIAS=2:2;REFBIAS=33:9;VARBIAS=53:4;PMEAN=18.2;PSTD=1;QUAL=32.9;QSTD=1;SBF=0.06752;ODDRATIO=3.56582513193553;MQ=41.2;SN=18;HIAF=0.6207;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=54;HICOV=87;LSEQ=CTCCACCCCACAGCCCGGGG;RSEQ=TGCCCCACACCCTCTGTCCC;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:108:57:42,57:0.5278:33,9:53,4 chr21 43897334 . T A 200 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=81;END=43897334;VD=52;AF=0.642;BIAS=2:2;REFBIAS=15:4;VARBIAS=45:7;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.46952;ODDRATIO=1.70015981502261;MQ=52.8;SN=25;HIAF=0.7576;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=50;HICOV=66;LSEQ=GGGATGCCCCACACCCTCTG;RSEQ=CCCACAGCCCGGGGGTGCCC;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:81:52:19,52:0.642:15,4:45,7 chr21 43897335 . C CCCCTCCACT 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=140;END=43897335;VD=93;AF=0.6643;BIAS=2:2;REFBIAS=18:21;VARBIAS=74:19;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.00031;ODDRATIO=4.48309871783377;MQ=56.5;SN=92;HIAF=0.7541;ADJAF=0.3429;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=92;HICOV=122;LSEQ=GGATGCCCCACACCCTCTGT;RSEQ=CCACAGCCCGGGGGTGCCCC;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:140:93:39,93:0.6643:18,21:74,19 chr21 43897339 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=43897339;VD=2;AF=0.0129;BIAS=2:2;REFBIAS=101:51;VARBIAS=1:1;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.97101;MQ=49.5;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=GCCCCACACCCTCTGTCCCA;RSEQ=AGCCCGGGGGTGCCCCACAC;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:2:152,2:0.0129:101,51:1,1 chr21 43897349 . G A 88 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=43897349;VD=7;AF=0.0372;BIAS=2:2;REFBIAS=120:53;VARBIAS=5:2;PMEAN=16.4;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.10357004910887;MQ=45.6;SN=6;HIAF=0.0359;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=6;HICOV=167;LSEQ=CTCTGTCCCACAGCCCGGGG;RSEQ=TGCCCCACACCCTCTGCCCC;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:188:7:173,7:0.0372:120,53:5,2 chr21 43897355 . C T 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=43897355;VD=151;AF=0.7402;BIAS=2:2;REFBIAS=23:20;VARBIAS=108:43;PMEAN=31.6;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=0.04124;ODDRATIO=2.1745748706128;MQ=57.1;SN=5.04;HIAF=0.8289;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.5;HICNT=126;HICOV=152;LSEQ=CCCACAGCCCGGGGGTGCCC;RSEQ=ACACCCTCTGCCCCCTCCAC;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:204:151:43,151:0.7402:23,20:108,43 chr21 43897366 . C A 128 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=236;END=43897366;VD=16;AF=0.0678;BIAS=2:2;REFBIAS=141:76;VARBIAS=12:4;PMEAN=24.8;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=0.58706;ODDRATIO=1.61391843256242;MQ=34.9;SN=4.333;HIAF=0.0616;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=13;HICOV=211;LSEQ=GGGGTGCCCCACACCCTCTG;RSEQ=CCCCTCCACCCCACAGCCCG;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:236:16:217,16:0.0678:141,76:12,4 chr21 43897376 . C T 79 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=268;END=43897376;VD=6;AF=0.0224;BIAS=2:2;REFBIAS=171:90;VARBIAS=5:1;PMEAN=17.2;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=0.66732;ODDRATIO=2.62377666413035;MQ=32;SN=5;HIAF=0.0191;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=5;HICOV=262;LSEQ=ACACCCTCTGCCCCCTCCAC;RSEQ=CCACAGCCCGGGGGTGCCCC;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:6:261,6:0.0224:171,90:5,1 chr21 43897390 . G A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=312;END=43897390;VD=5;AF=0.016;BIAS=2:2;REFBIAS=206:99;VARBIAS=2:3;PMEAN=27.8;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=0.33575;ODDRATIO=3.10861;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=290;LSEQ=CTCCACCCCACAGCCCGGGG;RSEQ=TGCCCCACACTCTCAGCTCC;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:312:5:305,5:0.016:206,99:2,3 chr21 43897771 . A G 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=43897771;VD=84;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:84;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=41;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=82;HICOV=82;LSEQ=AGAGCCAGGGTGAGGAATAA;RSEQ=GTCTCCAGAGCAATGCTGGG;DUPRATE=0.051;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:84:84:0,84:1:0,0:0,84 chr21 43902889 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=240;END=43902889;VD=3;AF=0.0125;BIAS=2:2;REFBIAS=39:198;VARBIAS=1:2;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.42275;ODDRATIO=2.52550762703303;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0086;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=232;LSEQ=CAAAATACAAATGTCACCAC;RSEQ=ACAATACCCACCTCAAATCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:240:3:237,3:0.0125:39,198:1,2 chr21 43902956 . T C 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=43902956;VD=161;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:160;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=156;HICOV=156;LSEQ=TTAAGGAATGCTTTTGTGAA;RSEQ=TCGTGGCTGATGGGATTGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:161:161:0,161:1:0,0:1,160 chr21 43905887 . C T 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=515;END=43905887;VD=256;AF=0.4971;BIAS=2:2;REFBIAS=109:148;VARBIAS=89:167;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.08493;ODDRATIO=1.38105;MQ=60;SN=63;HIAF=0.4961;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=252;HICOV=508;LSEQ=ACATACTTACTGCCCGTCTC;RSEQ=GCGTATAAATAGGTGCCTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:515:256:257,256:0.4971:109,148:89,167 chr21 43906351 . G C 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=43906351;VD=73;AF=0.5252;BIAS=1:1;REFBIAS=64:2;VARBIAS=72:1;PMEAN=42.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.60399;ODDRATIO=2.23728661878873;MQ=60;SN=72;HIAF=0.5294;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=72;HICOV=136;LSEQ=TCAAAGCCATAGAAAGATTG;RSEQ=ACCTGCCTGGCAGAGTTGGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:139:73:66,73:0.5252:64,2:72,1 chr21 43906470 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=258;END=43906470;VD=3;AF=0.0116;BIAS=2:0;REFBIAS=141:113;VARBIAS=0:3;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.09065;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0079;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=252;LSEQ=ATCCCGTTAAGACCCAAGAT;RSEQ=GAAACCGAACCTTTGATGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:258:3:254,3:0.0116:141,113:0,3 chr21 43912665 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=75;END=43912665;VD=2;AF=0.0267;BIAS=1:0;REFBIAS=73:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0267;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=75;LSEQ=GGGACAGATTTCCCACTACA;RSEQ=ATTCATTAGTGAGTTAATTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:75:2:73,2:0.0267:73,0:2,0 chr21 43913199 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=295;END=43913199;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=72:220;VARBIAS=1:2;PMEAN=44.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.57525;ODDRATIO=1.5253668507276;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0069;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=289;LSEQ=CCCTCATATTCCTGGGTAAT;RSEQ=AAAATTGACACAATTACAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:3:292,3:0.0102:72,220:1,2 chr21 43913370 . G A 195 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=83;END=43913370;VD=45;AF=0.5422;BIAS=1:1;REFBIAS=0:38;VARBIAS=0:45;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21.5;HIAF=0.5309;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=43;HICOV=81;LSEQ=TAACAACGCCTGGGCTAGAT;RSEQ=AGGCACTAGACCAAGGCCAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:83:45:38,45:0.5422:0,38:0,45 chr21 43913378 . A G 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=83;END=43913378;VD=82;AF=0.988;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:82;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=80;HICOV=80;LSEQ=CCTGGGCTAGATGAGGCACT;RSEQ=GACCAAGGCCACACCCCAGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:83:82:0,82:0.988:0,0:0,82 chr21 43913421 . G A 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=43913421;VD=55;AF=0.9322;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:55;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.333;HIAF=0.9455;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=52;HICOV=55;LSEQ=ATGTCCAGGGCGGAAGCCTC;RSEQ=TTCCCTCCCTCCAACACAGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:59:55:0,55:0.9322:0,0:0,55 chr21 43916339 . G A 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=455;END=43916339;VD=197;AF=0.433;BIAS=2:2;REFBIAS=125:115;VARBIAS=108:89;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=29.2;QSTD=1;SBF=0.63004;ODDRATIO=1.11612125541319;MQ=60;SN=3.378;HIAF=0.3907;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=152;HICOV=389;LSEQ=CAGCCGCAGCGCCTCTAGCA;RSEQ=GTGGGTAGCAACCGCCTCCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:455:197:240,197:0.433:125,115:108,89 chr21 43916790 . A C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=43916790;VD=2;AF=0.25;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:2;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.2857;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=7;LSEQ=ACCTGGGTACTGGGCCCTCA;RSEQ=GAGGAAGGACGCGGGAAACG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:8:2:6,2:0.25:0,6:0,2 chr21 46683777 . C T 121 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=46683777;VD=12;AF=0.5217;BIAS=0:0;REFBIAS=11:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=25.8;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=11;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=11;HICOV=22;LSEQ=CATCCGCTTTCTGGGAGATC;RSEQ=GAAAAGGTTCTTCCACCTTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:23:12:11,12:0.5217:11,0:12,0 chr21 46683851 . T A 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=46683851;VD=33;AF=0.5;BIAS=1:1;REFBIAS=31:0;VARBIAS=33:0;PMEAN=40.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=66;HIAF=0.5156;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=33;HICOV=64;LSEQ=ACACTCCACAGCTACCAACT;RSEQ=CCATAAAGCAGTTTATTTTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:66:33:31,33:0.5:31,0:33,0 chr21 46684129 . C CCTCA 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=516;END=46684129;VD=225;AF=0.436;BIAS=2:2;REFBIAS=164:126;VARBIAS=112:113;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.13094;ODDRATIO=1.31249;MQ=60;SN=450;HIAF=0.4386;ADJAF=0.0504;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=225;HICOV=513;LSEQ=AGGAAGAGCTGTCTGTCCCT;RSEQ=CTAACTGTCCTCTCTCTGTC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:516:225:290,225:0.436:164,126:112,113 chr21 46684132 . A C 123 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=503;END=46684132;VD=14;AF=0.0278;BIAS=2:2;REFBIAS=251:237;VARBIAS=10:4;PMEAN=10.2;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=0.17834;ODDRATIO=2.3566008389499;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0247;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=12;HICOV=486;LSEQ=AAGAGCTGTCTGTCCCTCCT;RSEQ=ACTGTCCTCTCTCTGTCACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:503:14:488,14:0.0278:251,237:10,4 chr21 46684517 . C T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=46684517;VD=4;AF=0.4;BIAS=0:0;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:4;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.4000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=10;LSEQ=TAGTTCTCAATAGCGAATGG;RSEQ=AGACCTGGAGGCCCCATGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:4:6,4:0.4:0,6:0,4 chr22 20975440 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=192;END=20975440;VD=2;AF=0.0104;BIAS=1:0;REFBIAS=190:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=46.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=GGGGAATGAGGCATAAGACA;RSEQ=ATTTGGGAACCCTGGACAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:192:2:190,2:0.0104:190,0:2,0 chr22 20975592 . A T 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=398;END=20975592;VD=178;AF=0.4472;BIAS=2:2;REFBIAS=97:120;VARBIAS=90:88;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.26597;ODDRATIO=1.26446228741228;MQ=60;SN=28.667;HIAF=0.4526;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=172;HICOV=380;LSEQ=CCCATCCTGGGCTGGAGGAC;RSEQ=GTGAGGGTGGTGGCAGGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:398:178:217,178:0.4472:97,120:90,88 chr22 20975597 . GGGT G 273 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=404;END=20975600;VD=171;AF=0.4233;BIAS=2:2;REFBIAS=108:123;VARBIAS=81:90;PMEAN=47.2;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.91977;ODDRATIO=1.02494721521842;MQ=59.9;SN=342;HIAF=0.4275;ADJAF=0.0099;SHIFT3=5;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=171;HICOV=400;LSEQ=CCTGGGCTGGAGGACAGTGA;RSEQ=GGTGGCAGGCTGCCTTTGGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:404:171:231,171:0.4233:108,123:81,90 chr22 20975690 . A G 242 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=247;END=20975690;VD=104;AF=0.4211;BIAS=2:2;REFBIAS=35:108;VARBIAS=35:69;PMEAN=32.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.11863;ODDRATIO=1.5622803043322;MQ=60;SN=208;HIAF=0.4262;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.7;HICNT=104;HICOV=244;LSEQ=TCTGAAATATGGACATGGAG;RSEQ=GACACAGGGAGTGGCTGGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:247:104:143,104:0.4211:35,108:35,69 chr22 21976277 . T TA 317 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=488;END=21976277;VD=440;AF=0.9016;BIAS=2:2;REFBIAS=40:15;VARBIAS=242:197;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.01389;ODDRATIO=2.1676;MQ=60.1;SN=219;HIAF=0.8902;ADJAF=0.0902;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=438;HICOV=492;LSEQ=TACATTTAACCCATAAGGTT;RSEQ=AAAAAAAAGGAAAAAAAACG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:488:440:55,440:0.9016:40,15:242,197 chr22 21976407 . A G 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=267;END=21976407;VD=266;AF=0.9963;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=32:234;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=132;HIAF=0.9962;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=264;HICOV=265;LSEQ=CTCGCCTCCACAAAGGAGAA;RSEQ=AGACTGCCCTGGCGGTCCTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:267:266:0,266:0.9963:0,0:32,234 chr22 32738838 . T C 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=179;END=32738838;VD=178;AF=0.9944;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=177:1;PMEAN=33.8;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=177;HIAF=0.9944;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=177;HICOV=178;LSEQ=ACTTCAATTAATACAGAGCA;RSEQ=GAGAAAACTAGCTTTTTGGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:179:178:1,178:0.9944:1,0:177,1 chr22 32739055 . CCTT C 340 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=664;END=32739058;VD=649;AF=0.9774;BIAS=2:2;REFBIAS=9:3;VARBIAS=336:313;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.147;ODDRATIO=2.79047;MQ=60;SN=161.25;HIAF=0.9817;ADJAF=0.0934;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=645;HICOV=657;LSEQ=TTGTTTGTCTTTCTCAGCGG;RSEQ=CTAATACTCTCTCATGCTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:664:649:12,649:0.9774:9,3:336,313 chr22 32739058 . T A 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=597;END=32739058;VD=7;AF=0.0117;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:3;PMEAN=8.3;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=6;HICOV=6;LSEQ=TTTGTCTTTCTCAGCGGCCT;RSEQ=CTAATACTCTCTCATGCTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:597:7:0,7:0.0117:0,0:4,3 chr22 38453135 . G A 224 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=38453135;VD=73;AF=0.4771;BIAS=1:1;REFBIAS=80:0;VARBIAS=72:1;PMEAN=42.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.47712;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=72;HIAF=0.4737;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=72;HICOV=152;LSEQ=CAACCGCCGGGCCGGCGCGG;RSEQ=CCCCTGAGTGCAGCTGAGGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:73:80,73:0.4771:80,0:72,1 chr22 38453534 . C G 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=651;END=38453534;VD=318;AF=0.4885;BIAS=2:2;REFBIAS=135:198;VARBIAS=132:186;PMEAN=40.6;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.81146;ODDRATIO=1.04082099960449;MQ=60;SN=105;HIAF=0.4899;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=315;HICOV=643;LSEQ=CTCCCCAGGGCCTGGAGACC;RSEQ=GTGGGGCGGACTCTGGGATC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:651:318:333,318:0.4885:135,198:132,186 chr22 38453648 . A AG 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=441;END=38453648;VD=416;AF=0.9433;BIAS=2:2;REFBIAS=13:10;VARBIAS=130:286;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.02003;ODDRATIO=2.85241;MQ=60;SN=68.333;HIAF=0.9513;ADJAF=0.0907;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=410;HICOV=431;LSEQ=ACTGTCCCATCCCACTCCAG;RSEQ=GGGAAGAGGAGGGCACTGCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:441:416:23,416:0.9433:13,10:130,286 chr22 38453679 . A AG 310 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=397;END=38453679;VD=373;AF=0.9395;BIAS=2:2;REFBIAS=8:5;VARBIAS=107:266;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.02506;ODDRATIO=3.96114;MQ=60;SN=92.25;HIAF=0.9486;ADJAF=0.1108;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=369;HICOV=389;LSEQ=GGGCACTGCTGTCCCGTATG;RSEQ=GGTGGTGGAGGGAGGGGTGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:397:373:13,373:0.9395:8,5:107,266 chr22 38454132 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=38454132;VD=2;AF=0.0455;BIAS=1:0;REFBIAS=2:40;VARBIAS=0:2;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0476;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=42;LSEQ=AGTGCTTCTGCTGGGATGGT;RSEQ=AAGGAAAGCTTCATGGAGGA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:2:42,2:0.0455:2,40:0,2 chr22 38455469 . T A 232 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=38455469;VD=90;AF=0.5114;BIAS=1:1;REFBIAS=2:83;VARBIAS=1:89;PMEAN=47.3;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.61226;ODDRATIO=2.13554;MQ=60;SN=44;HIAF=0.5116;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=88;HICOV=172;LSEQ=ATTCTTGAGGTCTGACCCTC;RSEQ=CAGAGGGGCTTTCTGACCAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:176:90:85,90:0.5114:2,83:1,89 chr22 38460649 . C T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=38460649;VD=5;AF=0.625;BIAS=0:0;REFBIAS=3:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.6250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=5;HICOV=8;LSEQ=GTGGTAGCGCATGCCTGTAA;RSEQ=CCCAGCTACTCGGGAGGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:8:5:3,5:0.625:3,0:5,0 chr22 38460760 . G A 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=49;END=38460760;VD=25;AF=0.5102;BIAS=1:1;REFBIAS=24:0;VARBIAS=25:0;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=0.5208;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=25;HICOV=48;LSEQ=CTGGGCAACAAGAGCGAAAC;RSEQ=CCGACTCAAAAAAAAGAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:49:25:24,25:0.5102:24,0:25,0 chr22 38463535 . C T 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=38463535;VD=40;AF=0.4396;BIAS=1:1;REFBIAS=51:0;VARBIAS=40:0;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39;HIAF=0.4333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=39;HICOV=90;LSEQ=CATGTTGCCCAAGCTGGTCT;RSEQ=AAACTCCTGACCTCAAGTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:40:51,40:0.4396:51,0:40,0 chr22 38463652 . T G 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=182;END=38463652;VD=182;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=138:44;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=59.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=179;HICOV=179;LSEQ=CAGTCCAGAACAGTCTTGGC;RSEQ=GGGAAGGGGCTCAGGGTGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:182:182:0,182:1:0,0:138,44 chr22 38463968 . A G 253 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=38463968;VD=132;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:132;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=128;HICOV=128;LSEQ=CCTCCCGGTGCTCTCCCTGC;RSEQ=TCTGTTCTTGTACTCTGTCC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:132:132:0,132:1:0,0:0,132 chr22 38466769 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=38466769;VD=2;AF=0.0154;BIAS=2:2;REFBIAS=103:25;VARBIAS=1:1;PMEAN=9.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.36124;ODDRATIO=4.05956;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0156;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=128;LSEQ=CTCCTCTGGGGTTGCCTCTC;RSEQ=CCTCCCCAGCATGGCCCTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:2:128,2:0.0154:103,25:1,1 chr22 38466906 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=234;END=38466906;VD=3;AF=0.0128;BIAS=2:2;REFBIAS=131:100;VARBIAS=1:2;PMEAN=50;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.58168;ODDRATIO=2.60936;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=230;LSEQ=GAGCTATACAAAGGTGGGTG;RSEQ=GGGGTGGCCTCGTCCTGGCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:234:3:231,3:0.0128:131,100:1,2 chr22 38467784 . G C 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=278;END=38467784;VD=277;AF=0.9964;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=142:135;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54.4;HIAF=0.9963;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=272;HICOV=273;LSEQ=CCCAAAGCTGTGGTGTGACC;RSEQ=TGGGCAATCCCTGGGGCCTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:278:277:0,277:0.9964:0,0:142,135 chr22 38468632 . G A 260 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=453;END=38468632;VD=223;AF=0.4923;BIAS=2:2;REFBIAS=97:132;VARBIAS=101:122;PMEAN=42;PSTD=1;QUAL=33.4;QSTD=1;SBF=0.56974;ODDRATIO=1.12629101107144;MQ=60;SN=12.938;HIAF=0.4781;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=207;HICOV=433;LSEQ=AAGCCGGTAGGTCCTATTGA;RSEQ=CATGTGTGTGTCTGGCGTGT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:453:223:229,223:0.4923:97,132:101,122 chr22 38469700 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=38469700;VD=2;AF=0.0117;BIAS=2:2;REFBIAS=118:51;VARBIAS=1:1;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.51696;ODDRATIO=2.30109;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=CTGCGCCAGCCTCTCCTGCT;RSEQ=CGTGTGGGTGATGGGGGTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:2:169,2:0.0117:118,51:1,1 chr22 38470010 . G A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=38470010;VD=2;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=42:122;VARBIAS=1:1;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.45214;ODDRATIO=2.8825089357777;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=163;LSEQ=GGGGTGCTGGGCACCCGGCC;RSEQ=GGAACCACTCCCTCAGTCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:164,2:0.012:42,122:1,1 chr22 38471033 . GGGA G 131 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=754;END=38471036;VD=14;AF=0.0186;BIAS=2:2;REFBIAS=433:306;VARBIAS=8:6;PMEAN=32.2;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.06118;MQ=60;SN=28;HIAF=0.0189;ADJAF=0.0066;SHIFT3=18;MSI=7;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=14;HICOV=741;LSEQ=CCAGGAGGAGTTCACAGATG;RSEQ=GGAGGAGGAGGAGGAGGAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:754:14:739,14:0.0186:433,306:8,6 chrX 1422943 . T C 266 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=1422943;VD=169;AF=0.9941;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=59:110;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=0;SN=41.25;HIAF=0.9940;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=165;HICOV=166;LSEQ=AAACACCTGGGCCTCCCCAA;RSEQ=GAAAACAGGCCAGGCCGGGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:170:169:0,169:0.9941:0,0:59,110 chrX 1423076 . T A 216 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=1423076;VD=64;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:64;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=0;SN=31;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=62;HICOV=62;LSEQ=CTCTGGGAGGCCGAGGCGGG;RSEQ=GGATCACGAGGTCAGGAGAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:64:64:0,64:1:0,0:0,64 chrX 1423083 . C CCT 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=61;END=1423083;VD=60;AF=0.9836;BIAS=0:1;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:60;PMEAN=20.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=0;SN=120;HIAF=0.9836;ADJAF=0.2459;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=60;HICOV=61;LSEQ=AGGCCGAGGCGGGTGGATCA;RSEQ=GAGGTCAGGAGATCGAGACC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:61:60:1,60:0.9836:0,1:0,60 chrX 1423090 . A G 191 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=1423090;VD=45;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:45;PMEAN=16.4;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=0;SN=21.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=43;HICOV=43;LSEQ=GGCGGGTGGATCACGAGGTC;RSEQ=GGAGATCGAGACCATCCTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:45:45:0,45:1:0,0:0,45 chrX 1423095 . 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G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=299;END=8497768;VD=3;AF=0.01;BIAS=2:2;REFBIAS=107:189;VARBIAS=1:2;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.13183;MQ=59.3;SN=6;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=289;LSEQ=TAAAGGGCAAATTCAGTAAA;RSEQ=ATCATTCTCTAGCAATGGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:299:3:296,3:0.01:107,189:1,2 chrX 8498463 . A G 267 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=214;END=8498463;VD=212;AF=0.9907;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=74:138;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=15.308;HIAF=0.9950;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=199;HICOV=200;LSEQ=TTCTTTATTAGAGCAATCAC;RSEQ=TTTTTAAAATTCAAAAAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:214:212:0,212:0.9907:0,0:74,138 chrX 8498619 . T C 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=8498619;VD=149;AF=0.9868;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=82:67;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=15.556;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=140;HICOV=140;LSEQ=TTTAAATTATTTATTTATAT;RSEQ=AAAATTAGAAGCCCATAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:151:149:0,149:0.9868:0,0:82,67 chrX 8498794 . C T 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=221;END=8498794;VD=221;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=126:95;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.7;SN=54.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=217;HICOV=217;LSEQ=AATAATATTTTGTATCTATG;RSEQ=AGAGACTCCCAGCATTTTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:221:221:0,221:1:0,0:126,95 chrX 8498875 . A G 285 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=272;END=8498875;VD=271;AF=0.9963;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=142:129;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=26.1;HIAF=0.9962;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=261;HICOV=262;LSEQ=AATTTGTTCATGACAAGTTC;RSEQ=TGTAAAAGATAAATGGATAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:272:271:0,271:0.9963:0,0:142,129 chrX 8499030 . T C 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=8499030;VD=194;AF=0.9949;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=115:79;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=52;SN=47.5;HIAF=0.9948;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=190;HICOV=191;LSEQ=GGGATGTTTTCAAATGAAGA;RSEQ=TGTTTTCTATTTTTGCCACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:195:194:0,194:0.9949:0,0:115,79 chrX 8499051 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=175;END=8499052;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:0;REFBIAS=92:81;VARBIAS=2:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.4999;ODDRATIO=0;MQ=25.5;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=170;LSEQ=TGTTTTCTATTTTTGCCACT;RSEQ=AAAATTCTTAGAACCAGGTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:173,2:0.0114:92,81:2,0 chrX 8499079 . T C 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=8499079;VD=149;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=71:78;PMEAN=22.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=30.4;SN=298;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=149;HICOV=149;LSEQ=CTTAGAACCAGGTAATTTCA;RSEQ=AACTCAATGTGATAAATCCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:149:149:0,149:1:0,0:71,78 chrX 8499086 . A G 261 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=8499086;VD=149;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=66:83;PMEAN=23.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=27.8;SN=48.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=146;HICOV=146;LSEQ=CCAGGTAATTTCATAACTCA;RSEQ=TGTGATAAATCCATCCCAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:149:149:0,149:1:0,0:66,83 chrX 8499107 . T C 262 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=8499107;VD=149;AF=0.9868;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=67:82;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=25.6;SN=148;HIAF=0.9867;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=148;HICOV=150;LSEQ=TGTGATAAATCCATCCCAGC;RSEQ=TGTGACAGGAGCTGCAGTGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:151:149:0,149:0.9868:0,0:67,82 chrX 8499125 . T C 251 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=8499125;VD=151;AF=0.9869;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=65:86;PMEAN=44.6;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=27.9;SN=29.2;HIAF=0.9865;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=146;HICOV=148;LSEQ=GCTTGTGACAGGAGCTGCAG;RSEQ=GAACCATTCAGAACCAACAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:153:151:0,151:0.9869:0,0:65,86 chrX 8499290 . C T 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=260;END=8499290;VD=259;AF=0.9962;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=151:108;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.41923;ODDRATIO=0;MQ=57.5;SN=128.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=257;HICOV=257;LSEQ=CCATGTTTATAAATGTGTTT;RSEQ=CCAAAGACATGCATCAACAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:260:259:1,259:0.9962:0,1:151,108 chrX 8499293 . A T 292 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=265;END=8499293;VD=264;AF=0.9962;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=154:110;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.4;SN=131;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=262;HICOV=262;LSEQ=TGTTTATAAATGTGTTTCCC;RSEQ=AAGACATGCATCAACATCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:265:264:0,264:0.9962:0,0:154,110 chrX 8499371 . T C 302 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=355;END=8499371;VD=353;AF=0.9944;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=206:147;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.8;SN=34.3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=343;HICOV=343;LSEQ=TTTAGACACTGCAGTGAGGC;RSEQ=CTGTGGAGTACAGTGACTTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:355:353:0,353:0.9944:0,0:206,147 chrX 8499536 . A G 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=321;END=8499536;VD=321;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=155:166;PMEAN=39.7;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=53;SN=159.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.1;HICNT=319;HICOV=319;LSEQ=ACTTAGGTAGGTAAAGACAT;RSEQ=TGGACACCTTTCTTTTACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:321:321:0,321:1:0,0:155,166 chrX 8499573 . A C 288 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=319;END=8499573;VD=317;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=152:165;PMEAN=36.2;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.48113;ODDRATIO=0;MQ=54.9;SN=16.611;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=299;HICOV=299;LSEQ=ACAGTGTTTAATTTTGATAA;RSEQ=TTGCTCTTTTCTCAGAATCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:319:317:1,317:0.9937:1,0:152,165 chrX 8499667 . C T 301 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=349;END=8499667;VD=348;AF=0.9971;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=156:192;PMEAN=41.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.1;SN=33.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=338;HICOV=338;LSEQ=TACTCACCATTGGTGAGCTA;RSEQ=GAAAACGATTTCTCCAGGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:349:348:0,348:0.9971:0,0:156,192 chrX 8499905 . A T 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=392;END=8499905;VD=391;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=232:159;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.40816;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=77.2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=386;HICOV=386;LSEQ=GTTACAATATACACTGCAAC;RSEQ=CTCTATATTGATAACACGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:392:391:1,391:0.9974:0,1:232,159 chrX 8501120 . C A 294 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=273;END=8501120;VD=273;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=109:164;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=67.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=269;HICOV=269;LSEQ=AAGTGACAAAATATGTCAGT;RSEQ=ACATCCATTTGTATGTATCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:273:273:0,273:1:0,0:109,164 chrX 8502088 . G A 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=25;END=8502088;VD=25;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=25:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=25;HICOV=25;LSEQ=AGGATGGAGAAAGGAAACAA;RSEQ=GAAGGAGCAAAGAAAGGGAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:25:25:0,25:1:0,0:25,0 chrX 8502419 . T C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=246;END=8502419;VD=3;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=126:116;VARBIAS=2:1;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.83685090281222;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=229;LSEQ=TCTTGATGGTGGCCGGCCCC;RSEQ=CCCCTCCTGGGGTCAGCACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:246:3:242,3:0.0122:126,116:2,1 chrX 8507742 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=8507742;VD=2;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=74:119;VARBIAS=1:1;PMEAN=56;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.60397786510546;MQ=54;SN=4;HIAF=0.0105;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=191;LSEQ=ATGCCTCTGATCCGGTTGTT;RSEQ=TGTTGTGGGCACACGCTTCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:195:2:193,2:0.0103:74,119:1,1 chrX 8508062 . C T 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=8508062;VD=10;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:10;PMEAN=48.7;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=30.8;SN=20;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=AACCTGTGTTGAAGTGCAAG;RSEQ=ACTAAGTAGAAAAAAAAATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:10:10:0,10:1:0,0:0,10 chrX 8533802 . T C 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=8533802;VD=51;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=51:0;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=102;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=51;HICOV=51;LSEQ=GTTGGTGCCATTTACTGAGA;RSEQ=AGGCGAGCCCAGGAGAGGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:51:51:0,51:1:0,0:51,0 chrX 8536140 . C T 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=8536140;VD=114;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=111:3;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=108;HICOV=108;LSEQ=TAGTTTAAATACTTTAGTCA;RSEQ=ATGCATGTGGGTAAGAAGAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:114:114:0,114:1:0,0:111,3 chrX 8538737 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=215;END=8538737;VD=3;AF=0.014;BIAS=2:2;REFBIAS=46:166;VARBIAS=1:2;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.52477;ODDRATIO=1.79862584985071;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0096;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=208;LSEQ=GTTAGCCGGTGCTGGTGGGG;RSEQ=AGATGGATCTGAAATCCCAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:215:3:212,3:0.014:46,166:1,2 chrX 8591426 . 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G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=84;END=19016948;VD=2;AF=0.0238;BIAS=1:0;REFBIAS=82:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0241;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=83;LSEQ=ACACAACTTTTATATGCACT;RSEQ=GGAAACAACAATTTGTGTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:84:2:82,2:0.0238:82,0:2,0 chrX 19020827 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=104;END=19020827;VD=2;AF=0.0192;BIAS=1:0;REFBIAS=100:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=50.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0192;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=104;LSEQ=AAAGTTGCTCTTCGGGCAGT;RSEQ=CACATGTAAGAGTATAAAGC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:104:2:102,2:0.0192:100,2:2,0 chrX 19024310 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=225;END=19024310;VD=3;AF=0.0133;BIAS=2:0;REFBIAS=88:134;VARBIAS=0:3;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.28238;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0094;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=213;LSEQ=CCCAATTAACCCACTCAAGA;RSEQ=TTTGAAAAGGTTATGACTGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:225:3:222,3:0.0133:88,134:0,3 chrX 19026046 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=262;END=19026046;VD=3;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=196:63;VARBIAS=1:2;PMEAN=49.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.15302;ODDRATIO=6.16805;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0079;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=252;LSEQ=AGCACTAAAAGAAATGAAAT;RSEQ=CCCTCATCTCCAAATAAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:262:3:259,3:0.0115:196,63:1,2 chrX 19027924 . ATTAT A 57 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=181;END=19027928;VD=3;AF=0.0166;BIAS=2:0;REFBIAS=27:149;VARBIAS=0:3;PMEAN=24.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0172;ADJAF=0.0055;SHIFT3=18;MSI=5;MSILEN=4;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=174;LSEQ=TAAAGAAAGGTTGGCAGTTT;RSEQ=TTATTTATTTATTTATTTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:3:176,3:0.0166:27,149:0,3 chrX 19028589 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=108;END=19028589;VD=2;AF=0.0185;BIAS=1:0;REFBIAS=105:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=47;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0187;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=107;LSEQ=CATCTGTCTCCTCATTCTAA;RSEQ=CAGAATATAGAGTAGCAACC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:108:2:106,2:0.0185:105,1:2,0 chrX 19031708 . T A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=19031708;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=143:30;VARBIAS=1:1;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.32374;ODDRATIO=4.70556;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=GAATCCCGAAAGGAAAGCTC;RSEQ=AGAAATCAAGCGAACATCAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:173,2:0.0114:143,30:1,1 chrX 19037805 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=78;END=19037805;VD=3;AF=0.0385;BIAS=2:2;REFBIAS=25:50;VARBIAS=1:2;PMEAN=21.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0274;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=73;LSEQ=TAGGAGAGACAAAAGGAAAA;RSEQ=GAGTAAGAAAAATGCACGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:78:3:75,3:0.0385:25,50:1,2 chrX 19039072 . C CA 178 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=44;END=19039072;VD=29;AF=0.6591;BIAS=0:1;REFBIAS=12:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=61.4;SN=58;HIAF=0.6444;ADJAF=0.0682;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=29;HICOV=45;LSEQ=GACAGACTGAGACTCTGCCT;RSEQ=AAAAAAAAAAGAGAGAGAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:44:29:12,29:0.6591:12,0:29,0 chrX 19039268 . T A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=19039268;VD=2;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=90:88;VARBIAS=1:1;PMEAN=50;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0226;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=174;LSEQ=AAAGCAGCTATTACAGCACA;RSEQ=GCATTCATTGTATTATTCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:2:178,2:0.0111:90,88:1,1 chrX 19039409 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=19039409;VD=3;AF=0.033;BIAS=1:0;REFBIAS=1:87;VARBIAS=0:3;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0227;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=88;LSEQ=GCAAACTTAGAGTGAGGAAA;RSEQ=GGGACACTGATACTGTTAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:3:88,3:0.033:1,87:0,3 chrX 19041592 . C T 263 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=19041592;VD=157;AF=0.9937;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=52:105;PMEAN=40.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=77.5;HIAF=0.9936;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=155;HICOV=156;LSEQ=CTGAAACAAAACAAAAAACA;RSEQ=GTATACACATATATGTTACT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:158:157:0,157:0.9937:0,0:52,105 chrX 19042049 . 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A G 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=88;END=19048943;VD=88;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=88:0;PMEAN=35.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=21;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=84;HICOV=84;LSEQ=TAATTTCAGCCAGATATAAA;RSEQ=TTTGCTTTTGTTTTTATTAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:88:88:0,88:1:0,0:88,0 chrX 19049054 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=19049054;VD=3;AF=0.0227;BIAS=2:2;REFBIAS=77:52;VARBIAS=1:2;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.56718;ODDRATIO=2.93706;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0156;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=128;LSEQ=AGAAAGTGAACCATTTATCT;RSEQ=TATGGAGGAAATTTATCTGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:3:129,3:0.0227:77,52:1,2 chrX 19051528 . A G 203 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=19051528;VD=48;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=48:0;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=96;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=48;HICOV=48;LSEQ=ACTAGAAGATTCTTGAGGGT;RSEQ=GGCTCTGTGTCTGATCATTA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:48:48:0,48:1:0,0:48,0 chrX 19052142 . AA GAG 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=2;END=19052143;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:2;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0.5;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=TTCAGGTGATAGGTTGTAAA;RSEQ=CAGGTAATTCAGAATAAAAA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:0,2 chrX 19055670 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=231;END=19055670;VD=3;AF=0.013;BIAS=2:2;REFBIAS=107:121;VARBIAS=1:2;PMEAN=17.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.76441;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0095;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=210;LSEQ=AAACAAAACTTTAACAAATT;RSEQ=GACTAAATCTAGGTTTAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:231:3:228,3:0.013:107,121:1,2 chrX 19055763 . GA G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=194;END=19055764;VD=3;AF=0.0155;BIAS=2:0;REFBIAS=66:125;VARBIAS=0:3;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.55227;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0157;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=191;LSEQ=CAGATAATTTAGCTGCAGGA;RSEQ=AAAAAAAATTAAATCAATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:3:191,3:0.0155:66,125:0,3 chrX 19055828 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=123;END=19055828;VD=2;AF=0.0163;BIAS=2:2;REFBIAS=18:103;VARBIAS=1:1;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.28615;ODDRATIO=5.59659726886053;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=121;LSEQ=TTTAAAGAATTAAAACTTTT;RSEQ=AGATATAATTACGAAAAGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:123:2:121,2:0.0163:18,103:1,1 chrX 19058405 . C T 228 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=19058405;VD=93;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=34:59;PMEAN=34.4;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=90;HICOV=90;LSEQ=CTAAAATCAATAAAATTGTA;RSEQ=TATATTAAGGATTTTTTGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:93:93:0,93:1:0,0:34,59 chrX 19086800 . GA G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=114;END=19086801;VD=6;AF=0.0526;BIAS=2:2;REFBIAS=76:32;VARBIAS=5:1;PMEAN=56.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.67061;ODDRATIO=2.09362699941378;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0531;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=6;HICOV=113;LSEQ=TACACACATGCAGATAAACA;RSEQ=AAAAAAAAAAATGAAGAAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:114:6:108,6:0.0526:76,32:5,1 chrX 19086842 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=19086842;VD=2;AF=0.0124;BIAS=2:2;REFBIAS=90:69;VARBIAS=1:1;PMEAN=52;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.30216;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0130;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=154;LSEQ=ACAGACACATTACCTTCCAG;RSEQ=GATGTTACCAGAACGACATG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:2:159,2:0.0124:90,69:1,1 chrX 19100751 . G GA 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=148;END=19100751;VD=5;AF=0.0338;BIAS=2:2;REFBIAS=82:43;VARBIAS=3:2;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.26887;MQ=63.2;SN=10;HIAF=0.0459;ADJAF=0.0068;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=5;HICOV=109;LSEQ=GAAGGAGGGAAAATAGGAAA;RSEQ=AAAAAAAAACCCAAGCTAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:5:125,5:0.0338:82,43:3,2 chrX 19100892 . G C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=19100892;VD=2;AF=0.0154;BIAS=2:0;REFBIAS=51:76;VARBIAS=0:2;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=0.51817;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0168;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=119;LSEQ=TGAAAAATAAAAAATAAAAA;RSEQ=CAAAATTAGACCAATGGAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:2:127,2:0.0154:51,76:0,2 chrX 19101047 . C T 214 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=19101047;VD=57;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:57;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=114;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.4;HICNT=57;HICOV=57;LSEQ=AATGGATGTAAACCCTGCTG;RSEQ=TGAGGAACTTATATATAAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:57:57:0,57:1:0,0:0,57 chrX 30322453 . A AT 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=96;END=30322453;VD=5;AF=0.0521;BIAS=1:0;REFBIAS=82:3;VARBIAS=5:0;PMEAN=29.3;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=10;HIAF=0.0581;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=5;HICOV=86;LSEQ=TATTATACTAGTACCCTGCT;RSEQ=TTTTTTTTTTAAAAGATGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:5:85,5:0.0521:82,3:5,0 chrX 30326983 . C T 284 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=306;END=30326983;VD=301;AF=0.9837;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=148:153;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=17.812;HIAF=0.9965;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=285;HICOV=286;LSEQ=TCCCACCACGCGCCCCCTGG;RSEQ=CGTGCCTCGGGCGCTGCCGG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:306:301:0,301:0.9837:0,0:148,153 chrX 30327012 . GCGTTTGCTTTGAGCTAGTGAGCAAGCTGTAGAGGATGCTGCCCTGCCGCGGGTGGTCTTCACCACAAAAGCAGCAGCGGTACAGGAGTGCCACGGGCCGCCCACCCGGAAGCCCCGCTCTGCCCACCCCGGGATCAGAGCCGCACGAACAGCCCCAGCACGGACCCAGCGTCGCCTCGGGCGCCTTCGGTGCCGCGTA G 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=298;END=30327210;VD=4;AF=0.0134;BIAS=2:2;REFBIAS=157:140;VARBIAS=2:2;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=31.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.121;MQ=57.8;SN=8;HIAF=0.0137;ADJAF=0.0134;SHIFT3=11;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=4;HICOV=293;LSEQ=GGGCGCTGCCGGAGCCACGT;RSEQ=CGTTTGCTTTGCGCTCGTCA;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=3;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:298:4:297,4:0.0134:157,140:2,2 chrX 30327059 . C T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=30327059;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=151:141;VARBIAS=1:2;PMEAN=15.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.61253;ODDRATIO=2.13649;MQ=51;SN=2;HIAF=0.0071;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=281;LSEQ=TGTAGAGGATGCTGCCCTGC;RSEQ=GCGGGTGGTCTTCACCACAA;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:3:292,3:0.0101:151,141:1,2 chrX 30327062 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=294;END=30327062;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=151:140;VARBIAS=2:1;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.85054961323513;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=292;LSEQ=AGAGGATGCTGCCCTGCCGC;RSEQ=GGTGGTCTTCACCACAAAAG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:294:3:291,3:0.0102:151,140:2,1 chrX 30327149 . GA TC 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=283;END=30327150;VD=4;AF=0.0141;BIAS=2:0;REFBIAS=115:151;VARBIAS=4:0;PMEAN=20.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.03667;ODDRATIO=0;MQ=51.8;SN=8;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=4;HICOV=239;LSEQ=CTCTGCCCACCCCGGGATCA;RSEQ=GCCGCACGAACAGCCCCAGC;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:283:4:266,4:0.0141:115,151:4,0 chrX 30327257 . C T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=263;END=30327257;VD=4;AF=0.0152;BIAS=2:2;REFBIAS=135:123;VARBIAS=2:2;PMEAN=16.8;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.09717;MQ=48.2;SN=3;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=3;HICOV=254;LSEQ=TGTAGAGGATGCTGCCCTGC;RSEQ=GTGGGTGGTCTTTACCGCAA;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:263:4:258,4:0.0152:135,123:2,2 chrX 30327274 . G A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=260;END=30327274;VD=4;AF=0.0154;BIAS=2:2;REFBIAS=135:105;VARBIAS=2:2;PMEAN=11.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.28437;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=221;LSEQ=TGCCGTGGGTGGTCTTTACC;RSEQ=CAAAAGCAGCAGCGGTACAG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:260:4:240,4:0.0154:135,105:2,2 chrX 30327589 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=30327589;VD=2;AF=0.0174;BIAS=2:2;REFBIAS=9:104;VARBIAS=1:1;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.16705;ODDRATIO=11.015642211941;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0174;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=115;LSEQ=CTCGGTCTGGGCAAGGGCGC;RSEQ=GAGGCGGGCGGTGTGTGCGG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:2:113,2:0.0174:9,104:1,1 chrX 35938003 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=242;END=35938003;VD=3;AF=0.0124;BIAS=2:2;REFBIAS=112:127;VARBIAS=1:2;PMEAN=56;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.75981;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=239;LSEQ=AGGGGTTCCCTCGTCCCCCG;RSEQ=GATATGGATAGCTCGGGTAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:242:3:239,3:0.0124:112,127:1,2 chrX 35938142 . T G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=35938142;VD=3;AF=0.0174;BIAS=2:0;REFBIAS=63:105;VARBIAS=3:0;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.05589;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=GCTGGAACCAGAAAATCCGA;RSEQ=TTAAGGAGCCCGTCAAGCCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:3:168,3:0.0174:63,105:3,0 chrX 35944077 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=145;END=35944078;VD=4;AF=0.0276;BIAS=2:0;REFBIAS=116:25;VARBIAS=4:0;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0276;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=4;HICOV=145;LSEQ=CCATTGTGCCCAGCCATGGT;RSEQ=TTTTTTTTTATAAGGAGTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:4:141,4:0.0276:116,25:4,0 chrX 35959330 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=137;END=35959330;VD=2;AF=0.0146;BIAS=2:0;REFBIAS=117:18;VARBIAS=2:0;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=129;LSEQ=TAAGTGTCCATCTATATTCC;RSEQ=CTACATATTTAGCTATCAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:2:135,2:0.0146:117,18:2,0 chrX 35969627 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=71;END=35969628;VD=2;AF=0.0282;BIAS=2:0;REFBIAS=4:65;VARBIAS=0:2;PMEAN=52.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0282;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=71;LSEQ=TGTGTATCCAATAGCAACCT;RSEQ=AAAAATTCAGAAATTAAGCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:2:69,2:0.0282:4,65:0,2 chrX 35971653 . G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=35971653;VD=3;AF=0.018;BIAS=2:2;REFBIAS=130:34;VARBIAS=2:1;PMEAN=17.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.50855;ODDRATIO=1.90297;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0189;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=159;LSEQ=ATTGATATTTCCTCTTACAA;RSEQ=GTGATAAAGTATATCAACTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:3:164,3:0.018:130,34:2,1 chrX 35984607 . GT G 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=153;END=35984608;VD=10;AF=0.0654;BIAS=2:2;REFBIAS=126:17;VARBIAS=8:2;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.35941;ODDRATIO=1.8438;MQ=60;SN=20;HIAF=0.0680;ADJAF=0.0065;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=10;HICOV=147;LSEQ=CCTTGAAATTTTATTAACTG;RSEQ=TTTTTTTTTAGATTTGCTGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:10:143,10:0.0654:126,17:8,2 chrX 35984669 . C CT 119 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=227;END=35984669;VD=9;AF=0.0396;BIAS=2:2;REFBIAS=140:57;VARBIAS=5:4;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=37.8;QSTD=1;SBF=0.45475;ODDRATIO=1.95787;MQ=63.6;SN=18;HIAF=0.0529;ADJAF=0.0044;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=9;HICOV=170;LSEQ=TATTATTGGTTACTTTTCAT;RSEQ=TTTTTTTTTTAGGATGTGAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:227:9:197,9:0.0396:140,57:5,4 chrX 35989097 . AT A 51 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=186;END=35989098;VD=3;AF=0.0161;BIAS=2:2;REFBIAS=30:153;VARBIAS=1:2;PMEAN=18.3;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=1;SBF=0.42318;ODDRATIO=2.53312055120703;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0168;ADJAF=0.0108;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=179;LSEQ=ATGGTGTCTACAGAGTCAGA;RSEQ=TTTTTTTTAACTCCTTGGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:3:183,3:0.0161:30,153:1,2 chrX 35989812 . G A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=297;END=35989812;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=187:106;VARBIAS=2:1;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.13323436419886;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=289;LSEQ=AAGAGGAGCTGTCTTCAGCA;RSEQ=CAAATTCAATTAGAGCGAAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:297:3:293,3:0.0101:187,106:2,1 chrX 35990115 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=198;END=35990116;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=57:139;VARBIAS=1:1;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.5011;ODDRATIO=2.42618337093918;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=195;LSEQ=AAAAACCTACTACAGCCTTT;RSEQ=TTTTTTATAAAAAAAAGATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:196,2:0.0101:57,139:1,1 chrX 35994258 . CAG C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=19;END=35994260;VD=2;AF=0.1053;BIAS=1:0;REFBIAS=0:17;VARBIAS=0:2;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1176;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=17;LSEQ=CCAACAGGGAGAGAGAGAGA;RSEQ=AGAGAGAGAGATAAAGAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:19:2:17,2:0.1053:0,17:0,2 chrX 36009925 . C A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=257;END=36009925;VD=5;AF=0.0195;BIAS=2:2;REFBIAS=175:77;VARBIAS=4:1;PMEAN=24.4;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.75657397811309;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=226;LSEQ=ATTGTGTTTTTTCTTTCCTC;RSEQ=TCTCGTTATTAGCTTGGTCG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:257:5:252,5:0.0195:175,77:4,1 chrX 36010116 . T A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=175;END=36010116;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=24:149;VARBIAS=1:1;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.26601;ODDRATIO=6.10314311870613;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=AGATGACATGGTCATAATGC;RSEQ=GTGAAGTTAATACTTTATTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:175:2:173,2:0.0114:24,149:1,1 chrX 36011170 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=36011170;VD=2;AF=0.0274;BIAS=1:0;REFBIAS=71:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0328;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=61;LSEQ=TGTACCTTTGGTATTTTCAA;RSEQ=CACTATTACAAAATCATTTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:2:71,2:0.0274:71,0:2,0 chrX 36015470 . T C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=248;END=36015470;VD=3;AF=0.0121;BIAS=2:2;REFBIAS=124:121;VARBIAS=1:2;PMEAN=48.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.62045;ODDRATIO=2.04386;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0081;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=246;LSEQ=GTTATAGACCTTAGGATTGG;RSEQ=GGATCTGCTGAAATTGCTGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:248:3:245,3:0.0121:124,121:1,2 chrX 36015555 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=36015555;VD=2;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=48:136;VARBIAS=1:1;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.45853;ODDRATIO=2.81460215598525;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=184;LSEQ=AACTCTGAGTGTGGTGATTT;RSEQ=TATTTGTTATGTGTTTCTAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:2:184,2:0.0108:48,136:1,1 chrX 36018491 . A G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=241;END=36018491;VD=3;AF=0.0124;BIAS=2:2;REFBIAS=117:121;VARBIAS=2:1;PMEAN=30.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.61877;ODDRATIO=2.0623659462135;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=238;LSEQ=TATAACACGTGCCAGAGTGG;RSEQ=GTTTAATCTAAAAGACTTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:241:3:238,3:0.0124:117,121:2,1 chrX 36032864 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=187;END=36032864;VD=2;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=134:50;VARBIAS=1:1;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.47428;ODDRATIO=2.66348;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=178;LSEQ=TTCGCAAAGCAAAAATTAAC;RSEQ=AGTATAATGTATTTTTTTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:187:2:184,2:0.0107:134,50:1,1 chrX 36032943 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=257;END=36032943;VD=3;AF=0.0117;BIAS=2:2;REFBIAS=134:120;VARBIAS=1:2;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.60536;ODDRATIO=2.22658;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0080;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=251;LSEQ=GATTAATTTCTTTGAGTCTT;RSEQ=AAAGCTCTACACTAAATATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:257:3:254,3:0.0117:134,120:1,2 chrX 36049429 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=214;END=36049429;VD=4;AF=0.0187;BIAS=2:2;REFBIAS=108:102;VARBIAS=3:1;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.62252;ODDRATIO=2.82103362672083;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=209;LSEQ=TATTTGAAATCCCTTTACAT;RSEQ=AGATGAATCCTAATAACAAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:214:4:210,4:0.0187:108,102:3,1 chrX 36049566 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=36049566;VD=2;AF=0.0174;BIAS=1:0;REFBIAS=0:113;VARBIAS=0:2;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=TGAGTGATATGAACTATTCC;RSEQ=TATGATTAATTTCTCCCCAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:2:113,2:0.0174:0,113:0,2 chrX 36053973 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=36053973;VD=2;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=49:146;VARBIAS=1:1;PMEAN=8.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.44416;ODDRATIO=2.95971823482404;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=195;LSEQ=TCCATAAGTTTCTGTCCAAG;RSEQ=AAGATATTTTCTCCTATATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:2:195,2:0.0102:49,146:1,1 chrX 36083700 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=182;END=36083700;VD=2;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=144:36;VARBIAS=1:1;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.36616;ODDRATIO=3.95925;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=GCATCTGGGATACTTAAATG;RSEQ=ATGGCATTTACTGCATCTGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:2:180,2:0.011:144,36:1,1 chrX 36089797 . 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G T 57 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=36103699;VD=5;AF=0.0417;BIAS=2:2;REFBIAS=13:102;VARBIAS=1:4;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=24.6;QSTD=1;SBF=0.46824;ODDRATIO=1.94779898714453;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0370;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=108;LSEQ=TAAGCATATAACTCTGGCTT;RSEQ=GATAGTTAGATAAATGAACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:5:115,5:0.0417:13,102:1,4 chrX 36117798 . G GA 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=140;END=36117798;VD=6;AF=0.0429;BIAS=2:2;REFBIAS=110:15;VARBIAS=4:2;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=38.6;QSTD=1;SBF=0.17394;ODDRATIO=3.61345;MQ=63.6;SN=12;HIAF=0.0484;ADJAF=0.0071;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=6;HICOV=124;LSEQ=AAAAGGCATCCACATGTTTT;RSEQ=AAAAAAAAAACTCATATGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:6:125,6:0.0429:110,15:4,2 chrX 36118113 . 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G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=36321887;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=147:24;VARBIAS=1:1;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.26885;ODDRATIO=6.02165;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=TGACATATTTTAATCCTAGG;RSEQ=GTCATCAAGTTTATGGAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:2:171,2:0.0116:147,24:1,1 chrX 36321947 . C CT 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=235;END=36321947;VD=5;AF=0.0213;BIAS=2:2;REFBIAS=139:80;VARBIAS=2:3;PMEAN=48.7;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.36218;ODDRATIO=2.59452;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=4;HICOV=210;LSEQ=AATACCAGCAACTTTACTAG;RSEQ=TTTTTTTTTCTCCTAGGCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:235:5:219,5:0.0213:139,80:2,3 chrX 36324796 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=36324796;VD=2;AF=0.0152;BIAS=1:0;REFBIAS=127:3;VARBIAS=2:0;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0153;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=131;LSEQ=CACATTAATCACACAAACAT;RSEQ=GACCCTGCATATAGCTAGTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:2:130,2:0.0152:127,3:2,0 chrX 36337261 . C A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=133;END=36337261;VD=4;AF=0.0301;BIAS=2:2;REFBIAS=108:21;VARBIAS=2:2;PMEAN=10;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.1381;ODDRATIO=5.05048;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0308;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=130;LSEQ=TTTTTATTCTATTTCCATCT;RSEQ=CACCGCTGTTTTTCTTCTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:133:4:129,4:0.0301:108,21:2,2 chrX 36379444 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=144;END=36379444;VD=3;AF=0.0208;BIAS=2:2;REFBIAS=108:33;VARBIAS=2:1;PMEAN=29.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.55715;ODDRATIO=1.63011;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=134;LSEQ=TTTTCATCTTGACTTTCCTA;RSEQ=AAATTCCTAAAATACATGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:144:3:141,3:0.0208:108,33:2,1 chrX 36385492 . A G 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=36385492;VD=28;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:28;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=27;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=27;HICOV=27;LSEQ=AAATATAGGATACTATTAAT;RSEQ=TTTCCATTTGTTTTCAAAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:28:28:0,28:1:0,0:0,28 chrX 36397304 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=95;END=36397305;VD=2;AF=0.0211;BIAS=1:0;REFBIAS=93:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0211;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=95;LSEQ=TGAGAAGAATGACTTCAGTA;RSEQ=TTTTTTTAAAATGCCTCCTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:2:93,2:0.0211:93,0:2,0 chrX 36397342 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=36397342;VD=2;AF=0.0179;BIAS=1:0;REFBIAS=110:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0189;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=106;LSEQ=CCTCACTATTATTTGGTAAG;RSEQ=ATTCAGCATTAATGTTAACC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:2:110,2:0.0179:110,0:2,0 chrX 54219369 . G T 67 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=280;END=54219369;VD=6;AF=0.0214;BIAS=2:2;REFBIAS=147:127;VARBIAS=3:3;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=26.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.15687;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0153;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=262;LSEQ=ACAAAATACTTACAATGGTT;RSEQ=GGTACAAATGAAATAAAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:280:6:274,6:0.0214:147,127:3,3 chrX 54219460 . A G 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=263;END=54219460;VD=5;AF=0.019;BIAS=2:2;REFBIAS=134:123;VARBIAS=3:2;PMEAN=23.2;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.3752131580395;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0169;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=237;LSEQ=GGTTTACCAAAAAAAAAAAA;RSEQ=GGTTAATGTCAAAAAGGATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:263:5:257,5:0.019:134,123:3,2 chrX 54219827 . T TA 78 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=230;END=54219827;VD=4;AF=0.0174;BIAS=2:2;REFBIAS=101:112;VARBIAS=1:3;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.62424;ODDRATIO=2.69397;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0190;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=2.4;HICNT=4;HICOV=211;LSEQ=AGTGGAAAAGAAATTCAACT;RSEQ=AAAAAAAAACTAGAGGATGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:230:4:213,4:0.0174:101,112:1,3 chrX 54220525 . T C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=259;END=54220525;VD=3;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=129:127;VARBIAS=1:2;PMEAN=14.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.62209;ODDRATIO=2.02613;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0079;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=253;LSEQ=TACCAATATTAAATATGCTG;RSEQ=AGTGTTACACAGTAAACATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:259:3:256,3:0.0116:129,127:1,2 chrX 54222342 . 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A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=54223403;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=97:89;VARBIAS=1:1;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.08938;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=179;LSEQ=ACTAAAAATTGTAATTAAAA;RSEQ=GAGCTAAGGACAACTTAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:2:186,2:0.0106:97,89:1,1 chrX 54224084 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=54224084;VD=2;AF=0.0274;BIAS=2:2;REFBIAS=36:35;VARBIAS=1:1;PMEAN=59.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.02818;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0274;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=73;LSEQ=AGGAGAATCGCTTGAACCCA;RSEQ=GAGGGGGAGGTTGCAGCAGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:2:71,2:0.0274:36,35:1,1 chrX 54224382 . AG A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=135;END=54224383;VD=5;AF=0.037;BIAS=2:0;REFBIAS=95:26;VARBIAS=0:5;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=7e-04;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0439;ADJAF=0.0074;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=4.6;HICNT=5;HICOV=114;LSEQ=ATCCAGCTGCAGATAGCAGC;RSEQ=TTAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:135:5:121,5:0.037:95,26:0,5 chrX 54224383 . GT G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=147;END=54224384;VD=2;AF=0.0136;BIAS=2:0;REFBIAS=95:47;VARBIAS=0:2;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=0.11422;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0157;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=127;LSEQ=TCCAGCTGCAGATAGCAGCA;RSEQ=TAAAAAAAAAAAAAAAAAAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:2:142,2:0.0136:95,47:0,2 chrX 54225163 . CT C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=82;END=54225164;VD=2;AF=0.0244;BIAS=2:0;REFBIAS=8:72;VARBIAS=0:2;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0263;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=76;LSEQ=AGTCTATATTCCTTCCTATT;RSEQ=TTTTTTTTCTATTGCTGCTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:82:2:80,2:0.0244:8,72:0,2 chrX 54228635 . C CA 54 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=142;END=54228635;VD=3;AF=0.0211;BIAS=2:2;REFBIAS=35:95;VARBIAS=1:2;PMEAN=50.6;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.35383948879021;MQ=62.8;SN=6;HIAF=0.0268;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=112;LSEQ=CACACAGTGGATCTATAAGA;RSEQ=AAAAAAAACAACAACAGGGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:3:130,3:0.0211:35,95:1,2 chrX 54259694 . TA T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=13;END=54259695;VD=4;AF=0.3077;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:4;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.3636;ADJAF=0.0769;SHIFT3=18;MSI=19;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=4;HICOV=11;LSEQ=ATAGGGTGACCCTATCTCTC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:13:4:7,4:0.3077:0,7:0,4 chrX 54264089 . AC A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=107;END=54264090;VD=2;AF=0.0187;BIAS=2:2;REFBIAS=10:95;VARBIAS=1:1;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.19591;ODDRATIO=9.10580950646512;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0189;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=106;LSEQ=AACTTAAAAATTTAATCTAT;RSEQ=CCCCAAATTCACTCTTTCAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:107:2:105,2:0.0187:10,95:1,1 chrX 54264874 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=54264874;VD=2;AF=0.0126;BIAS=2:2;REFBIAS=64:93;VARBIAS=1:1;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.4496115041169;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=156;LSEQ=GTCAGAGGAATGGGATCAGG;RSEQ=GCAATTGCTGATCTCATCTC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:2:157,2:0.0126:64,93:1,1 chrX 54265625 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=54265625;VD=3;AF=0.0405;BIAS=1:0;REFBIAS=0:71;VARBIAS=0:3;PMEAN=19.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0308;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=65;LSEQ=AGTGGTAATAATTTAGGTAA;RSEQ=GTGAAGCTTTTAAAAAAAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:74:3:71,3:0.0405:0,71:0,3 chrX 54275220 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=237;END=54275220;VD=3;AF=0.0127;BIAS=2:0;REFBIAS=155:79;VARBIAS=3:0;PMEAN=31.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.55272;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=234;LSEQ=GGCTGACTTGCAGCCACATT;RSEQ=GACAGAAGCTTAGAGCCTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:237:3:234,3:0.0127:155,79:3,0 chrX 54276483 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=54276483;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=76:94;VARBIAS=1:1;PMEAN=71.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.2352999308232;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=AATGCTGAAGAGAAGGAGGA;RSEQ=ACTGAGTCTCACGGTTTCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:170,2:0.0116:76,94:1,1 chrX 54276541 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=157;END=54276541;VD=2;AF=0.0127;BIAS=2:0;REFBIAS=40:114;VARBIAS=0:2;PMEAN=57.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=144;LSEQ=GAATCGCCACCGACCAACTG;RSEQ=GGATGACTGAGGAGCAGATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:157:2:154,2:0.0127:40,114:0,2 chrX 54282201 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=143;END=54282201;VD=2;AF=0.014;BIAS=2:0;REFBIAS=81:60;VARBIAS=0:2;PMEAN=49.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.18625;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0141;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=142;LSEQ=CGGTAAGCTGAAATTTAGTC;RSEQ=CCTTCTCTGGTCGGGGACAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:143:2:141,2:0.014:81,60:0,2 chrX 54282287 . GT G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=155;END=54282288;VD=2;AF=0.0129;BIAS=2:2;REFBIAS=52:100;VARBIAS=1:1;PMEAN=34.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.91442519383555;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=147;LSEQ=GGGTTATCAGGGCTACTGAC;RSEQ=TTTCCTTCGTAGTTGCCACA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:2:152,2:0.0129:52,100:1,1 chrX 54319361 . TG T 30 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=197;END=54319362;VD=2;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=130:65;VARBIAS=1:1;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.99247;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0103;ADJAF=0.0051;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=194;LSEQ=GAACAGTTAATGGGGAAACC;RSEQ=GGGTTGTGAAACAACTGTCG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:2:195,2:0.0102:130,65:1,1 chrX 54319432 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=198;END=54319433;VD=2;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=101:95;VARBIAS=1:1;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.06286;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0102;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=197;LSEQ=GACTGACCTTGAACCAAAGG;RSEQ=AAATCTGCGGCTGAGTCAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:2:196,2:0.0101:101,95:1,1 chrX 54324790 . CA C 35 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=182;END=54324791;VD=2;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=49:131;VARBIAS=1:1;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.47508;ODDRATIO=2.65667755904466;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0111;ADJAF=0.0055;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=180;LSEQ=CCTCAGTCCTGTATCCTCAG;RSEQ=AAAAATGCATGGTTTAATAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:2:180,2:0.011:49,131:1,1 chrX 54328138 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=74;END=54328138;VD=2;AF=0.027;BIAS=2:2;REFBIAS=65:7;VARBIAS=1:1;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.20585;ODDRATIO=8.75399;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0282;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=71;LSEQ=TGACTGAAAGGTCAGAAAAC;RSEQ=ACCCAATGCAAGATAAGAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:74:2:72,2:0.027:65,7:1,1 chrX 54359297 . C CA 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=11;END=54359297;VD=5;AF=0.4545;BIAS=0:0;REFBIAS=6:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=55.8;PSTD=1;QUAL=40.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=65.6;SN=10;HIAF=0.4545;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=4.6;HICNT=5;HICOV=11;LSEQ=GACAGATCAAGATTCCGCCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAGAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:11:5:6,5:0.4545:6,0:5,0 chrX 54359640 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=54359640;VD=2;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=128:67;VARBIAS=1:1;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.90381;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=193;LSEQ=TATATACTGTTTTAAATGCT;RSEQ=CTCTTCCTAGTTCTATGTCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:2:195,2:0.0102:128,67:1,1 chrX 54384108 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=139;END=54384108;VD=2;AF=0.0144;BIAS=2:2;REFBIAS=89:47;VARBIAS=1:1;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.88435;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=134;LSEQ=CCTAGCGCCCCGGCCGGCCC;RSEQ=GGACCCTCACCAGATTAGAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:139:2:136,2:0.0144:89,47:1,1 chrX 54384637 . 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T TGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA 249 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=179;END=66765158;VD=135;AF=0.7542;BIAS=2:2;REFBIAS=13:12;VARBIAS=71:63;PMEAN=23.4;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0400524186419;MQ=59.6;SN=270;HIAF=0.8282;ADJAF=0.5028;SHIFT3=69;MSI=30;MSILEN=3;NM=0.6;HICNT=135;HICOV=163;LSEQ=CGGCGCCAGTTTGCTGCTGC;RSEQ=GCAGCAGCAGCAGCAGCAGC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:179:135:25,135:0.7542:13,12:71,63 chrX 66765242 . GGCA G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=203;END=66765245;VD=9;AF=0.0443;BIAS=2:2;REFBIAS=105:87;VARBIAS=7:2;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.30353;ODDRATIO=2.8862527780183;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0464;ADJAF=0;SHIFT3=16;MSI=6;MSILEN=3;NM=0.1;HICNT=9;HICOV=194;LSEQ=GCAGCAAGAGACTAGCCCCA;RSEQ=GCAGCAGCAGCAGCAGGGTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:203:9:192,9:0.0443:105,87:7,2 chrX 66766419 . T G 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=66766419;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:0;REFBIAS=143:104;VARBIAS=3:0;PMEAN=36.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.26824;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0084;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=237;LSEQ=GGCGGCGGCGAGGCGGGAGC;RSEQ=GTAGCCCCCTACGGCTACAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:251:3:247,3:0.012:143,104:3,0 chrX 66788792 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=223;END=66788792;VD=3;AF=0.0135;BIAS=2:2;REFBIAS=85:135;VARBIAS=1:2;PMEAN=18.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.25797;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0090;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=221;LSEQ=TGTACCGGACTTTGTACAGG;RSEQ=AACCAGGGAAACGAATGCAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:223:3:220,3:0.0135:85,135:1,2 chrX 66862991 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=66862991;VD=2;AF=0.0145;BIAS=2:0;REFBIAS=123:13;VARBIAS=2:0;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=134;LSEQ=CTAACTAACTTGAGCAATGA;RSEQ=TAATAGTCATTTATGCCTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:2:136,2:0.0145:123,13:2,0 chrX 66863453 . T G 229 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=90;END=66863453;VD=90;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:90;PMEAN=46.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=89;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=89;HICOV=89;LSEQ=GCCTTGTTTGTACAGGCAAT;RSEQ=TAGGCAGTGAAGGTGGTCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:90:90:0,90:1:0,0:0,90 chrX 66905953 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=251;END=66905953;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=82:166;VARBIAS=2:1;PMEAN=28.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.26014;ODDRATIO=4.02430681315144;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=245;LSEQ=TTCGGAAATGTTATGAAGCA;RSEQ=GGATGACTCTGGGAGGTAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:251:3:248,3:0.012:82,166:2,1 chrX 66909171 . C G 166 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=27;END=66909171;VD=27;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=27:0;PMEAN=29.1;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=25;HICOV=25;LSEQ=AGTAGACTAGACAGATTATT;RSEQ=AGAGAGTGGAGGGCAGAAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:27:27:0,27:1:0,0:27,0 chrX 66914801 . T C 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=378;END=66914801;VD=377;AF=0.9974;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=186:191;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=93.25;HIAF=0.9973;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=373;HICOV=374;LSEQ=AGAAGTAATAGTGGTTACCA;RSEQ=TCATGTAGTTGTGAGTATCA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:378:377:0,377:0.9974:0,0:186,191 chrX 66915580 . A AAC 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=198;END=66915580;VD=106;AF=0.5354;BIAS=2:2;REFBIAS=36:31;VARBIAS=45:61;PMEAN=44.7;PSTD=1;QUAL=34.7;QSTD=1;SBF=0.16179;ODDRATIO=1.56998;MQ=60.1;SN=104;HIAF=0.6190;ADJAF=0.0303;SHIFT3=34;MSI=18;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=104;HICOV=168;LSEQ=CACCTTCTCCAGTCTGTCTA;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:198:106:67,106:0.5354:36,31:45,61 chrX 66915615 . G A 119 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=66915615;VD=18;AF=0.0933;BIAS=2:2;REFBIAS=73:99;VARBIAS=8:10;PMEAN=27.4;PSTD=1;QUAL=28.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.08445755433132;MQ=58.9;SN=5;HIAF=0.0962;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=15;HICOV=156;LSEQ=ACACACACACACACACACAC;RSEQ=CTCTCTCTCTCTCTCCCCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:18:172,18:0.0933:73,99:8,10 chrX 66915617 . T G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=66915617;VD=19;AF=0.1005;BIAS=2:2;REFBIAS=66:102;VARBIAS=10:9;PMEAN=26.1;PSTD=1;QUAL=27.6;QSTD=1;SBF=0.32595;ODDRATIO=1.71200630018318;MQ=58.9;SN=2.8;HIAF=0.0875;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=2;NM=3.1;HICNT=14;HICOV=160;LSEQ=ACACACACACACACACACGC;RSEQ=CTCTCTCTCTCTCCCCCCCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:19:168,19:0.1005:66,102:10,9 chrX 66915647 . ACACT A 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=193;END=66915651;VD=5;AF=0.0259;BIAS=2:2;REFBIAS=84:106;VARBIAS=4:1;PMEAN=10.6;PSTD=1;QUAL=27;QSTD=1;SBF=0.17703;ODDRATIO=5.01052209640245;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0226;ADJAF=0.0207;SHIFT3=1;MSI=7;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=177;LSEQ=TCTCCCCCCCCAACACACAC;RSEQ=CTCTCTCTCTCTCACACACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:5:190,5:0.0259:84,106:4,1 chrX 66915649 . ACT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=193;END=66915651;VD=3;AF=0.0155;BIAS=2:0;REFBIAS=81:105;VARBIAS=3:0;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.08604;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0164;ADJAF=0.0052;SHIFT3=13;MSI=7;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=183;LSEQ=TCCCCCCCCAACACACACAC;RSEQ=CTCTCTCTCTCTCACACACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:3:186,3:0.0155:81,105:3,0 chrX 66915663 . T A 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=197;END=66915663;VD=5;AF=0.0254;BIAS=2:2;REFBIAS=81:106;VARBIAS=3:2;PMEAN=29.6;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=0.65504;ODDRATIO=1.9559902200489;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0231;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=2;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=173;LSEQ=ACACACACTCTCTCTCTCTC;RSEQ=CACACACACACACATACACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:197:5:187,5:0.0254:81,106:3,2 chrX 66915678 . T C 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=222;END=66915678;VD=5;AF=0.0225;BIAS=2:2;REFBIAS=93:109;VARBIAS=2:3;PMEAN=19.6;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.27831;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=3;HICOV=182;LSEQ=CTCTCTCACACACACACACA;RSEQ=ACACACACACTTCTTTCTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:222:5:202,5:0.0225:93,109:2,3 chrX 66915981 . C CT 236 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=228;END=66915981;VD=156;AF=0.6842;BIAS=2:2;REFBIAS=13:35;VARBIAS=41:114;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=32.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.03256;MQ=60.3;SN=8.75;HIAF=0.7000;ADJAF=0.0088;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=140;HICOV=200;LSEQ=GTTAACATTGGATCTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTCCTTTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:228:156:48,156:0.6842:13,35:41,114 chrX 66937707 . A G 215 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=66;END=66937707;VD=66;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:66;PMEAN=33.4;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=32;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=64;HICOV=64;LSEQ=CAAGAACCAATCCTAGTCAT;RSEQ=TTTCTGGTCTGCTTTGCAGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:66:66:0,66:1:0,0:0,66 chrX 66941492 . G GA 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=89;END=66941492;VD=2;AF=0.0225;BIAS=1:0;REFBIAS=83:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=26.2;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0241;ADJAF=0.0112;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=83;LSEQ=GATTTTGGAAAACAGAGAGA;RSEQ=AAAAAAAACAAACAAACAGA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:89:2:83,2:0.0225:83,0:2,0 chrX 66941597 . T G 279 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=207;END=66941597;VD=207;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=170:37;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=68;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=204;HICOV=204;LSEQ=TTGGAAAACCTGGCGAGGGA;RSEQ=GGCAATCAGAGACATTCCCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:207:207:0,207:1:0,0:170,37 chrX 66941915 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=185;END=66941915;VD=3;AF=0.0162;BIAS=2:2;REFBIAS=25:156;VARBIAS=1:2;PMEAN=22.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.36855;ODDRATIO=3.09262409154167;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=176;LSEQ=GCCAGCTCCTGGACATTTCC;RSEQ=TTCTTCATTCCCCCTCCCCA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:185:3:181,3:0.0162:25,156:1,2 chrX 66942047 . A C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=62;END=66942047;VD=2;AF=0.0323;BIAS=1:0;REFBIAS=0:60;VARBIAS=0:2;PMEAN=23;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=52;LSEQ=CAGATTCCCCACCTATCCCC;RSEQ=GTCTGTCTTTGGGACAAGGC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:62:2:60,2:0.0323:0,60:0,2 chrX 66942908 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=66942908;VD=2;AF=0.0119;BIAS=2:2;REFBIAS=53:113;VARBIAS=1:1;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.54085;ODDRATIO=2.12161072686383;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=TGCTTCTCTAGAGTCTGGCA;RSEQ=CACCTGTTGGGAGGTGCTTC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:168:2:166,2:0.0119:53,113:1,1 chrX 66943156 . G C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=66943156;VD=8;AF=0.6154;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:8;PMEAN=8.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=20;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=TCATGTGAGTTTGTCTGTCT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:13:8:0,8:0.6154:0,0:0,8 chrX 66943362 . A AACACACAC 201 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=54;END=66943362;VD=46;AF=0.8519;BIAS=0:1;REFBIAS=5:0;VARBIAS=46:0;PMEAN=36.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.3;SN=92;HIAF=0.7931;ADJAF=0.1481;SHIFT3=20;MSI=14;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=46;HICOV=58;LSEQ=CTCTCTCGCTGTCTCTCTCT;RSEQ=ACACACACACACACACACAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:54:46:5,46:0.8519:5,0:46,0 chrX 66943853 . C A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=429;END=66943853;VD=5;AF=0.0117;BIAS=2:2;REFBIAS=199:223;VARBIAS=3:2;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.67088;ODDRATIO=1.67886642938688;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=389;LSEQ=TTGCTGGGCTTTTTTTTTCT;RSEQ=TTTCTCTCCTTTCTTTTTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:429:5:422,5:0.0117:199,223:3,2 chrX 66944119 . CA C 289 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=279;END=66944120;VD=240;AF=0.8602;BIAS=2:2;REFBIAS=14:12;VARBIAS=97:143;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.21229;ODDRATIO=1.71629;MQ=60;SN=239;HIAF=0.8691;ADJAF=0.0681;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=239;HICOV=275;LSEQ=TCAAAACAAAAACAAGCAAA;RSEQ=AAAAAAAAAAGCAAAAACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:279:240:26,240:0.8602:14,12:97,143 chrX 66944120 . A C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=279;END=66944120;VD=3;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=14:12;VARBIAS=2:1;PMEAN=12.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.68378514901499;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=11;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=3;HICOV=275;LSEQ=CAAAACAAAAACAAGCAAAC;RSEQ=AAAAAAAAAAGCAAAAACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:279:3:26,3:0.0108:14,12:2,1 chrX 66944184 . AAAAT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=286;END=66944188;VD=3;AF=0.0105;BIAS=2:2;REFBIAS=142:140;VARBIAS=2:1;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.96730341720604;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0107;ADJAF=0;SHIFT3=21;MSI=6;MSILEN=4;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=280;LSEQ=TTGCTAGTGTTTTTTCCTCA;RSEQ=AAATAAATAAATAAATAAAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:286:3:282,3:0.0105:142,140:2,1 chrX 66945740 . T C 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=411;END=66945740;VD=409;AF=0.9951;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=209:200;PMEAN=38.4;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=80.8;HIAF=0.9951;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=404;HICOV=406;LSEQ=TGTTCTGTTGACTTCGTTCT;RSEQ=CAAGCCCAAGTGCAAGGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:411:409:0,409:0.9951:0,0:209,200 chrX 66946579 . AT A 122 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=469;END=66946580;VD=11;AF=0.0235;BIAS=2:2;REFBIAS=200:258;VARBIAS=5:6;PMEAN=29.7;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.07482963950214;MQ=60;SN=22;HIAF=0.0240;ADJAF=0.0043;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=11;HICOV=459;LSEQ=CCATGGATGAAAGGAGGAGG;RSEQ=TTTTTTTTTCTTTTGGCCAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:469:11:458,11:0.0235:200,258:5,6 chrX 66946632 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=424;END=66946632;VD=5;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=196:223;VARBIAS=2:3;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.31754;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0072;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=415;LSEQ=CCAATGTAATTGACAGAAGT;RSEQ=TCATTTTGCATGCGCTCTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:424:5:419,5:0.0118:196,223:2,3 chrX 66946851 . T C 314 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=413;END=66946851;VD=413;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=206:207;PMEAN=39.2;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=67.833;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=407;HICOV=407;LSEQ=AGGAGCACCAGGGAGAAGGC;RSEQ=CCGTCTGTGCTGGGCAGCAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:413:413:0,413:1:0,0:206,207 chrX 66948019 . G GT 286 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=339;END=66948019;VD=295;AF=0.8702;BIAS=2:2;REFBIAS=20:22;VARBIAS=129:166;PMEAN=40.1;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.74018;ODDRATIO=1.16929;MQ=60.2;SN=25.818;HIAF=0.8529;ADJAF=0.0295;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=284;HICOV=333;LSEQ=GACTTATAAGAGCTTTGTGG;RSEQ=TTTTTTTTTCCCTAATAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:339:295:42,295:0.8702:20,22:129,166 chrX 66948337 . A T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=66948337;VD=2;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=55:137;VARBIAS=1:1;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.49506;ODDRATIO=2.47757791982558;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=189;LSEQ=TTCTGCCCACTTTGGATGGC;RSEQ=CAAAAAGTTATCTGCAGTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:2:192,2:0.0103:55,137:1,1 chrX 66948351 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=66948351;VD=2;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=61:123;VARBIAS=1:1;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=2.00823375840948;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=178;LSEQ=GATGGCACAAAAAGTTATCT;RSEQ=CAGTTGAAGGCAGAAAGTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:2:184,2:0.0108:61,123:1,1 chrX 66948414 . GAA TATATATAT 32 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=98;END=66948416;VD=2;AF=0.0204;BIAS=2:0;REFBIAS=61:33;VARBIAS=0:2;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=32.8;QSTD=0;SBF=0.13048;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0225;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=89;LSEQ=TGTATCCATGTTTCAAAATT;RSEQ=ATATATATATATATATATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:2:94,2:0.0204:61,33:0,2 chrX 66948416 . A AATATAT 149 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=91;END=66948416;VD=16;AF=0.1758;BIAS=2:2;REFBIAS=11:6;VARBIAS=12:3;PMEAN=52.7;PSTD=1;QUAL=37.3;QSTD=1;SBF=0.44405;ODDRATIO=2.12942654543132;MQ=61.8;SN=32;HIAF=0.2963;ADJAF=0;SHIFT3=41;MSI=23;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=16;HICOV=54;LSEQ=TATCCATGTTTCAAAATTGA;RSEQ=ATATATATATATATATATAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:16:17,16:0.1758:11,6:12,3 chrX 66948575 . C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=259;END=66948575;VD=3;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=178:78;VARBIAS=2:1;PMEAN=24.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.14042;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=259;LSEQ=TTTTGTTTTGGAAGCTCTCT;RSEQ=AGAACAAACAAGACACCTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:259:3:256,3:0.0116:178,78:2,1 chrX 66949722 . C T 307 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=399;END=66949722;VD=398;AF=0.9975;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=195:203;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48.75;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=390;HICOV=390;LSEQ=CATTATCTCACAACCTTAGC;RSEQ=CTTGGTGCTAACTGTCCTAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:399:398:0,398:0.9975:0,0:195,203 chrX 66949829 . G GA 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=356;END=66949829;VD=9;AF=0.0253;BIAS=2:2;REFBIAS=175:143;VARBIAS=6:3;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.73619;ODDRATIO=1.63193367821532;MQ=63.6;SN=8;HIAF=0.0269;ADJAF=0.0028;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=8;HICOV=297;LSEQ=AATGACCCACGCAAAAAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAATTAAAAAGTC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:356:9:318,9:0.0253:175,143:6,3 chrX 66950022 . TAAG T 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=292;END=66950025;VD=278;AF=0.9521;BIAS=2:2;REFBIAS=6:8;VARBIAS=133:145;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.7889;ODDRATIO=1.22215025115188;MQ=60;SN=91.667;HIAF=0.9483;ADJAF=0.0925;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=275;HICOV=290;LSEQ=ATATTGAAGGAAAAAAGAAA;RSEQ=AAGAGAGAGAGAAAGAAAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:292:278:14,278:0.9521:6,8:133,145 chrX 66950105 . C T 308 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=362;END=66950105;VD=362;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=186:176;PMEAN=39.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=59.333;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=356;HICOV=356;LSEQ=AAATCTCTTTAGATGGGGCT;RSEQ=ATTTCTCACGGTGGCACTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:362:362:0,362:1:0,0:186,176 chrX 69748664 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=180;END=69748664;VD=2;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=154:24;VARBIAS=1:1;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.25916;ODDRATIO=6.30741;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=AATGCAATCTGTGTTGAACT;RSEQ=GGATGAACATTCTCTTTTGT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:2:178,2:0.0111:154,24:1,1 chrX 69749852 . AT GA 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=219;END=69749853;VD=213;AF=0.9726;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=56:157;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=426;HIAF=0.9907;ADJAF=0.0731;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=213;HICOV=215;LSEQ=CATTTCTGGGTAGTCTTTCT;RSEQ=AATCCAAGAACAGAAATTTT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:219:213:0,213:0.9726:0,0:56,157 chrX 69749927 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=69749927;VD=2;AF=0.0138;BIAS=2:0;REFBIAS=16:127;VARBIAS=0:2;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0145;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=138;LSEQ=ACCTGTATCCATGCTATGTC;RSEQ=CTTTATTACTAAACAAACAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:2:143,2:0.0138:16,127:0,2 chrX 69771824 . 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C T 173 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=69774241;VD=29;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=29:0;PMEAN=33.6;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=28;HICOV=28;LSEQ=CTATTAGGAGCAATGAACTT;RSEQ=GCTAGGGTTTGTAAGTACAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:29:29:0,29:1:0,0:29,0 chrX 69774517 . A T 290 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=285;END=69774517;VD=284;AF=0.9965;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=170:114;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=39.571;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=277;HICOV=277;LSEQ=TTACTTGCAATTGTTTCAAA;RSEQ=GTTTTAGTTTCTAAATGAGG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:285:284:0,284:0.9965:0,0:170,114 chrX 69811282 . A C 101 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=69811282;VD=8;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:1;PMEAN=48.6;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=7;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=CCAACATGGTGAAACCCTAT;RSEQ=TCTACCAAAAAATAGAAAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:7,1 chrX 69811416 . G A 208 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=50;END=69811416;VD=50;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=50:0;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=100;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=50;HICOV=50;LSEQ=TGAGCCAAGATCACATCACC;RSEQ=CGCTCCAGCCTGGGTGACAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:50:50:0,50:1:0,0:50,0 chrX 69811474 . G GA 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=91;END=69811474;VD=5;AF=0.0549;BIAS=1:0;REFBIAS=76:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=46.9;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=10;HIAF=0.0617;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=5;HICOV=81;LSEQ=AAAAAACAAACAAAACAACA;RSEQ=AAAAAAAAAACATTTGACTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:5:76,5:0.0549:76,0:5,0 chrX 69811744 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=69811744;VD=3;AF=0.025;BIAS=2:2;REFBIAS=26:91;VARBIAS=1:2;PMEAN=55.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.53794;ODDRATIO=1.74070463723715;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=TAAGCAAATTAATATAATCT;RSEQ=ATATCATTTTCATTAAAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:3:117,3:0.025:26,91:1,2 chrX 69811844 . 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G A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=69827222;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=ACCAAGGCAGGAGGATTGCT;RSEQ=GAGGCCAGGAGTTCAGGACC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chrX 69828590 . CA C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=6;END=69828591;VD=4;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=17.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.6667;ADJAF=0;SHIFT3=18;MSI=19;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=4;HICOV=6;LSEQ=GACAGAGCGAGACTCCATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:6:4:2,4:0.6667:2,0:4,0 chrX 69830028 . G A 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=69830028;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=GGAAAGGAGGGAGGGAAGGG;RSEQ=GAAGGAGAGAAAGAAGGAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:7,0 chrX 69830040 . AGAAG A 99 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=7;END=69830044;VD=7;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=7:0;PMEAN=48.6;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=16;MSI=5;MSILEN=4;NM=1.3;HICNT=7;HICOV=7;LSEQ=GGGAAGGGGGAAGGAGAGAA;RSEQ=GAAGGAAGGAAGGAAGAGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:7:0,7:1:0,0:7,0 chrX 69830746 . A G 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=69830746;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:4;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=AACTAGAACCCTTATTTCAA;RSEQ=TAAAGTTGTATAAAAGTCTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:0,4 chrX 69844148 . A G 120 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=11;END=69844148;VD=11;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:11;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=22;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=ACAGTTTATACCATTGCTCA;RSEQ=AAACACCTGCTAGAACATCA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:11:11:0,11:1:0,0:0,11 chrX 69844343 . C G 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=8;END=69844343;VD=8;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=36.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.9;HICNT=8;HICOV=8;LSEQ=AGCTTTAAAAAATACTATCT;RSEQ=TCCTGAATGATTTTTAAATA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:8:8:0,8:1:0,0:8,0 chrX 69844797 . G A 258 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=138;END=69844797;VD=138;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=38:100;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=276;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=138;HICOV=138;LSEQ=AAAAAGAACAAATATAATAC;RSEQ=TTAAATTACATCTCAAAGTG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:138:138:0,138:1:0,0:38,100 chrX 69844948 . G A 196 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=69844948;VD=42;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:42;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=84;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=42;HICOV=42;LSEQ=CAACTCACTGACAAAAACAG;RSEQ=ACACATTTGCATTAGCCCCG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:42:42:0,42:1:0,0:0,42 chrX 69849628 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=69849628;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=17:133;VARBIAS=1:1;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.22351;ODDRATIO=7.63125763125763;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=AAAAATGATATACTCTAATC;RSEQ=AAGAAATTACATATCTATGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:2:150,2:0.0132:17,133:1,1 chrX 69871592 . 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TG T 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=120;END=69898742;VD=4;AF=0.0333;BIAS=2:0;REFBIAS=45:68;VARBIAS=0:4;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.29668;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0412;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=4;HICOV=97;LSEQ=TGTCTTCCTGTTTGGTGAGC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAGCTCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:4:113,4:0.0333:45,68:0,4 chrX 69898742 . GA G 231 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=121;END=69898743;VD=83;AF=0.686;BIAS=2:2;REFBIAS=11:11;VARBIAS=31:52;PMEAN=43.2;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.33146;ODDRATIO=1.66886;MQ=60;SN=40.5;HIAF=0.7232;ADJAF=0.0248;SHIFT3=12;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=81;HICOV=112;LSEQ=GTCTTCCTGTTTGGTGAGCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAGCTCTGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:121:83:22,83:0.686:11,11:31,52 chrX 69902409 . 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C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=69964009;VD=2;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=102:82;VARBIAS=1:1;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.24243;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=178;LSEQ=TCTACAATATTTAACATGAT;RSEQ=CTTACCAGCATTTCTGGCCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:2:184,2:0.0108:102,82:1,1 chrX 69964083 . GG TGA 28 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=160;END=69964084;VD=2;AF=0.0125;BIAS=2:0;REFBIAS=55:102;VARBIAS=0:2;PMEAN=61.5;PSTD=1;QUAL=28.7;QSTD=1;SBF=0.54462;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0131;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=153;LSEQ=GCTTTGGCTATCATTAAAAA;RSEQ=AAAAAAAATATATATATATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:2:157,2:0.0125:55,102:0,2 chrX 69964084 . G GA 245 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=156;END=69964084;VD=104;AF=0.6667;BIAS=2:2;REFBIAS=21:21;VARBIAS=31:73;PMEAN=50.9;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.03487;ODDRATIO=2.34014;MQ=60.4;SN=103;HIAF=0.7055;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=103;HICOV=146;LSEQ=CTTTGGCTATCATTAAAAAG;RSEQ=AAAAAAAATATATATATATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:156:104:42,104:0.6667:21,21:31,73 chrX 69964091 . A AAAT 82 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=154;END=69964091;VD=5;AF=0.0325;BIAS=2:2;REFBIAS=48:101;VARBIAS=1:4;PMEAN=30.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.89404;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0331;ADJAF=0.0065;SHIFT3=1;MSI=9;MSILEN=2;NM=1.6;HICNT=5;HICOV=151;LSEQ=TATCATTAAAAAGGAAAAAA;RSEQ=ATATATATATATATATAAAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:5:149,5:0.0325:48,101:1,4 chrX 69964092 . AT A 166 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=153;END=69964093;VD=23;AF=0.1503;BIAS=2:2;REFBIAS=32:97;VARBIAS=15:8;PMEAN=11.7;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=0.00033;ODDRATIO=5.6056953865127;MQ=60;SN=46;HIAF=0.1523;ADJAF=0.085;SHIFT3=0;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=23;HICOV=151;LSEQ=ATCATTAAAAAGGAAAAAAA;RSEQ=ATATATATATATATAAACAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:23:129,23:0.1503:32,97:15,8 chrX 69964290 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=38;END=69964290;VD=2;AF=0.0526;BIAS=1:0;REFBIAS=0:35;VARBIAS=0:2;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=36;LSEQ=CAATTTCCTTAGGAGATACC;RSEQ=AATAAATCAACACTACAATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:38:2:35,2:0.0526:0,35:0,2 chrX 70026649 . TA T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=110;END=70026650;VD=3;AF=0.0273;BIAS=2:2;REFBIAS=43:64;VARBIAS=1:2;PMEAN=22;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.34026;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0273;ADJAF=0.0091;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=110;LSEQ=AAGACTTGAAGTCTGCAATA;RSEQ=AAAAAAATGCATTAGATTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:110:3:107,3:0.0273:43,64:1,2 chrX 70026672 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=101;END=70026672;VD=2;AF=0.0198;BIAS=2:0;REFBIAS=27:72;VARBIAS=0:2;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=AAAAAATGCATTAGATTCAT;RSEQ=ATTTCCTTAAATCCCAACAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:101:2:99,2:0.0198:27,72:0,2 chrX 70053493 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=70053493;VD=2;AF=0.0136;BIAS=2:2;REFBIAS=29:116;VARBIAS=1:1;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.36763;ODDRATIO=3.94975906469705;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=145;LSEQ=GTTAAAATGACAAGGTTATT;RSEQ=GTCTCTAAGTCAATTTTAGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:2:145,2:0.0136:29,116:1,1 chrX 70072779 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=70072779;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=150:20;VARBIAS=1:1;PMEAN=27.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.22991;ODDRATIO=7.34483;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=168;LSEQ=TCAAATTAATATCCTATAAA;RSEQ=GGCCAGTGACATCTGACTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:170,2:0.0116:150,20:1,1 chrX 70080911 . 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G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=217;END=70099945;VD=3;AF=0.0138;BIAS=2:0;REFBIAS=76:138;VARBIAS=0:3;PMEAN=60.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.55339;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0095;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=210;LSEQ=TGAATTATCATTTGTAACCA;RSEQ=GTTTTCAACAACTTCTGAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:217:3:214,3:0.0138:76,138:0,3 chrX 70127270 . T C 100 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=14;END=70127270;VD=13;AF=0.9286;BIAS=0:1;REFBIAS=1:0;VARBIAS=13:0;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=27.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2.25;HIAF=0.9000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=17;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=9;HICOV=10;LSEQ=TATTTAGATTTTTTTTTTTT;RSEQ=TTTTGAGACGGAGTCTCACT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:14:13:1,13:0.9286:1,0:13,0 chrX 70800297 . 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C CT 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=169;END=70812214;VD=4;AF=0.0237;BIAS=2:0;REFBIAS=77:80;VARBIAS=4:0;PMEAN=39.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=0.12036;ODDRATIO=0;MQ=10.3;SN=8;HIAF=0.0274;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=4;HICOV=146;LSEQ=TTTTCCAACTTACTTTCCTC;RSEQ=TTTTTTTTTGGCTCTGGGTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:169:4:157,4:0.0237:77,80:4,0 chrX 70814136 . C T 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=70814136;VD=177;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=109:68;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=58.1;SN=43.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=173;HICOV=173;LSEQ=TGATAATTGGTTGCTTATGG;RSEQ=GTCGATAGCCCTCCTTTTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:177:177:0,177:1:0,0:109,68 chrX 70814147 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=70814147;VD=2;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=109:72;VARBIAS=1:1;PMEAN=17.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.51032;MQ=49.5;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=181;LSEQ=TGCTTATGGCGTCGATAGCC;RSEQ=TCCTTTTATAAAGTATCTCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:2:181,2:0.0109:109,72:1,1 chrX 70814423 . CT C 103 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=215;END=70814424;VD=7;AF=0.0326;BIAS=2:2;REFBIAS=138:67;VARBIAS=3:4;PMEAN=44.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.22672;ODDRATIO=2.73197;MQ=28.6;SN=14;HIAF=0.0347;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.1;HICNT=7;HICOV=202;LSEQ=TTTTCCAACTTACTTTCCTC;RSEQ=TTTTTTTTGGCTCTGGGTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:215:7:205,7:0.0326:138,67:3,4 chrX 70814674 . A T 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=209;END=70814674;VD=6;AF=0.0287;BIAS=2:2;REFBIAS=72:131;VARBIAS=3:3;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=0.66906;ODDRATIO=1.81402604941407;MQ=31.3;SN=5;HIAF=0.0251;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=5;HICOV=199;LSEQ=TTACTTTTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=AATTAAGGGGGGAAAAACCC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:209:6:203,6:0.0287:72,131:3,3 chrX 70814679 . A T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=198;END=70814679;VD=3;AF=0.0152;BIAS=2:2;REFBIAS=72:122;VARBIAS=2:1;PMEAN=12.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.55755;ODDRATIO=3.36723011650616;MQ=29.3;SN=2;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=185;LSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTAAATT;RSEQ=AGGGGGGAAAAACCCCATGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:3:194,3:0.0152:72,122:2,1 chrX 70823378 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=194;END=70823378;VD=2;AF=0.0103;BIAS=2:0;REFBIAS=163:29;VARBIAS=2:0;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=192;LSEQ=AATAATCTGCTGAAATTTAG;RSEQ=ATATAAAGGAGGTGGTAGAG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:2:192,2:0.0103:163,29:2,0 chrX 70823565 . A G 101 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=374;END=70823565;VD=8;AF=0.0214;BIAS=2:2;REFBIAS=203:153;VARBIAS=6:2;PMEAN=26.2;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.47495;ODDRATIO=2.25647042895503;MQ=32;SN=7;HIAF=0.0213;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=7;HICOV=329;LSEQ=GACGACAACAGTGATGATTC;RSEQ=GAAGCTCCCGACGACAACAG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:374:8:356,8:0.0214:203,153:6,2 chrX 70823862 . C T 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=388;END=70823862;VD=6;AF=0.0155;BIAS=2:2;REFBIAS=202:177;VARBIAS=4:2;PMEAN=20.8;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=0.68971;ODDRATIO=1.75002625039376;MQ=10.7;SN=5;HIAF=0.0142;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=5;HICOV=352;LSEQ=AGTGATGATTCGGAAGCTCC;RSEQ=GACGACAGCAGTGATGATTC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:388:6:379,6:0.0155:202,177:4,2 chrX 70823890 . C T 79 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=384;END=70823890;VD=6;AF=0.0156;BIAS=2:0;REFBIAS=183:184;VARBIAS=0:6;PMEAN=21.2;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=0.03016;ODDRATIO=0;MQ=21.7;SN=5;HIAF=0.0150;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=5;HICOV=333;LSEQ=GCAGTGATGATTCGGAAGCT;RSEQ=CCGACGACAGCAGTGATGAT;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:384:6:367,6:0.0156:183,184:0,6 chrX 70824020 . G A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=360;END=70824020;VD=5;AF=0.0139;BIAS=2:2;REFBIAS=196:131;VARBIAS=3:2;PMEAN=17.6;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00254646802879;MQ=40.2;SN=1.5;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=3;HICOV=284;LSEQ=TTCGGAAGCTTCCGACGACA;RSEQ=CAGTGATGATTCGGAAGCTC;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:360:5:327,5:0.0139:196,131:3,2 chrX 70824038 . C T 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=409;END=70824038;VD=11;AF=0.0269;BIAS=2:2;REFBIAS=191:188;VARBIAS=5:6;PMEAN=17.6;PSTD=1;QUAL=26.5;QSTD=1;SBF=0.7703;ODDRATIO=1.21853;MQ=52.7;SN=1.75;HIAF=0.0201;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=7;HICOV=349;LSEQ=CAGCAGTGATGATTCGGAAG;RSEQ=TCCCGACGACAAGAGTGATG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:409:11:379,11:0.0269:191,188:5,6 chrX 70825459 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=70825459;VD=2;AF=0.0131;BIAS=2:2;REFBIAS=104:46;VARBIAS=1:1;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.52422;ODDRATIO=2.24745;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=146;LSEQ=TACCTTTCTGTTGGTCTCGT;RSEQ=ATGGTACCAATTTTCGGGGT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:2:150,2:0.0131:104,46:1,1 chrX 70830496 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=70830496;VD=2;AF=0.0117;BIAS=2:2;REFBIAS=125:44;VARBIAS=1:1;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.4582;ODDRATIO=2.82038;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=AACAAAAAAACCCAAAACAG;RSEQ=TTTCTGATTCCTTTCATTTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:2:169,2:0.0117:125,44:1,1 chrX 70831960 . TA T 107 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=29;END=70831961;VD=8;AF=0.2759;BIAS=1:0;REFBIAS=20:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.2857;ADJAF=0.1034;SHIFT3=17;MSI=18;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=8;HICOV=28;LSEQ=TGGCAAAACCCCGTCTCTAC;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAATCA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:29:8:20,8:0.2759:20,0:8,0 chrX 73043817 . T C 304 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=378;END=73043817;VD=376;AF=0.9947;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=181:195;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.6;HIAF=0.9973;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=366;HICOV=367;LSEQ=CTGTATAGAACTGTAGGCTT;RSEQ=GTAAATCTACACATAGATCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:378:376:0,376:0.9947:0,0:181,195 chrX 73044708 . G T 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=325;END=73044708;VD=5;AF=0.0154;BIAS=2:2;REFBIAS=162:158;VARBIAS=2:3;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.68268;ODDRATIO=1.53595;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0096;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.6;HICNT=3;HICOV=312;LSEQ=ATATATCATTCCTTACATCT;RSEQ=AATAGTATAGAGGATAAACT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:325:5:320,5:0.0154:162,158:2,3 chrX 73045277 . AT A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=374;END=73045278;VD=4;AF=0.0107;BIAS=2:2;REFBIAS=189:181;VARBIAS=2:2;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.04409;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=369;LSEQ=GTTTACAAAGCACATTCACT;RSEQ=TTTTTTTCAGGTCACCTAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:374:4:370,4:0.0107:189,181:2,2 chrX 73045514 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=266;END=73045514;VD=3;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=149:114;VARBIAS=1:2;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.58205;ODDRATIO=2.60472;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0079;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=253;LSEQ=TATGTAACAGAAACCATATG;RSEQ=CCCACAGTCTAAAGTATTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:266:3:263,3:0.0113:149,114:1,2 chrX 73050848 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=185;END=73050848;VD=2;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=138:45;VARBIAS=1:1;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.43649;ODDRATIO=3.04406;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=AAGTGCAATGTATACTGGAA;RSEQ=ACAAAATCAAAATTAAGACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:185:2:183,2:0.0108:138,45:1,1 chrX 73051151 . 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CTA C 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=89;END=73061081;VD=3;AF=0.0337;BIAS=1:0;REFBIAS=87:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=14.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0333;ADJAF=0.0112;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.3;HICNT=3;HICOV=90;LSEQ=GTATGTATCTATTTCTCTCT;RSEQ=TATATATATATTGCAGATGA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:89:3:87,3:0.0337:87,0:3,0 chrX 73061335 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=293;END=73061335;VD=3;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=173:117;VARBIAS=2:1;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.35126004999662;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0070;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.7;HICNT=2;HICOV=287;LSEQ=CGAGAAACAATATTCTTTTT;RSEQ=AGTTATTACAAAGAACTGCT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:293:3:290,3:0.0102:173,117:2,1 chrX 73062662 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=379;END=73062662;VD=4;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=189:186;VARBIAS=1:3;PMEAN=41.2;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.37169;ODDRATIO=3.04034;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=3;HICOV=368;LSEQ=AGGGCAGAGGGAAGGGAAGA;RSEQ=GGAGACAGCACAATCTTACC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:379:4:375,4:0.0106:189,186:1,3 chrX 73064686 . T A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=312;END=73064686;VD=6;AF=0.0192;BIAS=2:2;REFBIAS=181:125;VARBIAS=5:1;PMEAN=24.2;PSTD=1;QUAL=28.7;QSTD=1;SBF=0.40715;ODDRATIO=3.44186686858952;MQ=54.7;SN=5;HIAF=0.0172;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=5;HICOV=291;LSEQ=AGGTGCATGGCTGCGGTCAC;RSEQ=TAGAATTGTGCACCTTGACT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:312:6:306,6:0.0192:181,125:5,1 chrX 73064689 . G C 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=300;END=73064689;VD=6;AF=0.02;BIAS=2:2;REFBIAS=178:116;VARBIAS=5:1;PMEAN=18.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.40989;ODDRATIO=3.24801870858776;MQ=54.7;SN=2;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=4;HICOV=291;LSEQ=TGCATGGCTGCGGTCACTTA;RSEQ=AATTGTGCACCTTGACTGTC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:300:6:294,6:0.02:178,116:5,1 chrX 73064782 . G T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=323;END=73064782;VD=5;AF=0.0155;BIAS=2:2;REFBIAS=207:111;VARBIAS=3:2;PMEAN=26.8;PSTD=1;QUAL=26.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.24236;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0096;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=3;HICOV=313;LSEQ=ATTGAGGGTGGGGTGGGGCA;RSEQ=GGGAGGCTTCCATGTCTTAT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:323:5:318,5:0.0155:207,111:3,2 chrX 73064877 . A G 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=412;END=73064877;VD=12;AF=0.0291;BIAS=2:2;REFBIAS=187:187;VARBIAS=8:4;PMEAN=32.6;PSTD=1;QUAL=29.5;QSTD=1;SBF=0.38037;ODDRATIO=1.99652604468225;MQ=48.2;SN=3;HIAF=0.0250;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=9;HICOV=360;LSEQ=CCTTGGTTATCAGCACACCT;RSEQ=CTGTACTGCAAAAGGGGTCT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:412:12:374,12:0.0291:187,187:8,4 chrX 73064891 . G A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=418;END=73064891;VD=5;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=192:219;VARBIAS=3:2;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.66879;ODDRATIO=1.70872990106454;MQ=49.4;SN=1.5;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=4;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=3;HICOV=391;LSEQ=ACACCTACTGTACTGCAAAA;RSEQ=GGGTCTGAGAGTAGGACCTT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:418:5:411,5:0.012:192,219:3,2 chrX 73064941 . CA TG 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=416;END=73064942;VD=5;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=178:209;VARBIAS=3:2;PMEAN=21.8;PSTD=1;QUAL=29.6;QSTD=1;SBF=0.66558;ODDRATIO=1.75867466277413;MQ=50.6;SN=4;HIAF=0.0104;ADJAF=0.0048;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=2.6;HICNT=4;HICOV=383;LSEQ=GGATGGGCCATGTGCAGTTA;RSEQ=CACATTTATGTCCAAGGTGC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:416:5:387,5:0.012:178,209:3,2 chrX 73064949 . T C 67 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=410;END=73064949;VD=6;AF=0.0146;BIAS=2:2;REFBIAS=174:206;VARBIAS=5:1;PMEAN=10.3;PSTD=1;QUAL=26.3;QSTD=1;SBF=0.10031;ODDRATIO=5.89587878073227;MQ=47.7;SN=2;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=362;LSEQ=CATGTGCAGTTACACACATT;RSEQ=ATGTCCAAGGTGCATGGTTG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:410:6:380,6:0.0146:174,206:5,1 chrX 73065154 . G T 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=362;END=73065154;VD=12;AF=0.0331;BIAS=2:2;REFBIAS=182:167;VARBIAS=7:5;PMEAN=19;PSTD=1;QUAL=29.5;QSTD=1;SBF=0.7737;ODDRATIO=1.28373000590516;MQ=54.2;SN=3;HIAF=0.0264;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=9;HICOV=341;LSEQ=CCAGGAAAAGGGGCCTTGGT;RSEQ=ATCAGCACCCCTGCTGTACT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:362:12:349,12:0.0331:182,167:7,5 chrX 73065167 . G A 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=370;END=73065167;VD=7;AF=0.0189;BIAS=2:2;REFBIAS=180:172;VARBIAS=6:1;PMEAN=21.3;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=0.12306;ODDRATIO=5.71102227298686;MQ=57.6;SN=6;HIAF=0.0181;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=6;HICOV=331;LSEQ=CCTTGGTGATCAGCACCCCT;RSEQ=CTGTACTGCAAAAAGGGTCT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:370:7:352,7:0.0189:180,172:6,1 chrX 73065737 . G A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=353;END=73065737;VD=4;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=186:158;VARBIAS=2:2;PMEAN=12.2;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.17666;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0093;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.8;HICNT=3;HICOV=322;LSEQ=CACATAACAGGCCAAGAAAA;RSEQ=GGGCCTTGGTGATCAGCACC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:353:4:344,4:0.0113:186,158:2,2 chrX 73065792 . CC TT 67 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=363;END=73065793;VD=6;AF=0.0165;BIAS=2:2;REFBIAS=146:185;VARBIAS=4:2;PMEAN=10.7;PSTD=1;QUAL=26.2;QSTD=1;SBF=0.4127;ODDRATIO=2.52735865746708;MQ=59.5;SN=5;HIAF=0.0156;ADJAF=0.0028;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=5;HICOV=321;LSEQ=AAAGGGGTCTGAGAGTAGGA;RSEQ=TTATTCAGATGGAATGGGCA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:363:6:331,6:0.0165:146,185:4,2 chrX 73066439 . T C 311 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=430;END=73066439;VD=428;AF=0.9953;BIAS=0:2;REFBIAS=0:2;VARBIAS=230:198;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=0.21575;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29.571;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=414;HICOV=414;LSEQ=ATGCTTGTGGTCACTTACAA;RSEQ=TGTGCACCTAGACTCTCCAA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:430:428:2,428:0.9953:0,2:230,198 chrX 73067253 . T A 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=250;END=73067253;VD=4;AF=0.016;BIAS=2:2;REFBIAS=130:114;VARBIAS=2:2;PMEAN=24.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.13974;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0167;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=240;LSEQ=GTCTTACTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=AATGTTGGCCAGGCTGGTCT;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:250:4:244,4:0.016:130,114:2,2 chrX 73067331 . A C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=266;END=73067331;VD=3;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=129:133;VARBIAS=1:2;PMEAN=16;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.93518;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0076;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=262;LSEQ=TCCCAAAGTGCTGGGATTAC;RSEQ=GGTGTGAGCCACCACACCCG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:266:3:262,3:0.0113:129,133:1,2 chrX 73067350 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=281;END=73067350;VD=3;AF=0.0107;BIAS=2:0;REFBIAS=135:142;VARBIAS=0:3;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.24827;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=273;LSEQ=CAGGTGTGAGCCACCACACC;RSEQ=GGCCTCAGGGCAATTTTGCA;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:281:3:277,3:0.0107:135,142:0,3 chrX 73071761 . CA C 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=392;END=73071762;VD=4;AF=0.0102;BIAS=2:2;REFBIAS=191:197;VARBIAS=2:2;PMEAN=52.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.03134249853034;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0103;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=4;HICOV=389;LSEQ=CACCACCAAATGATCAGCAG;RSEQ=AAAAAAAGTGTAGATATTCC;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:392:4:388,4:0.0102:191,197:2,2 chrX 73071845 . GA G 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=355;END=73071846;VD=13;AF=0.0366;BIAS=2:2;REFBIAS=174:166;VARBIAS=9:4;PMEAN=41.8;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.26218;ODDRATIO=2.1421074052653;MQ=60;SN=26;HIAF=0.0383;ADJAF=0.0056;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=13;HICOV=339;LSEQ=AAAAAGCACCGATGGGCGAT;RSEQ=AAAAAAAAAATCAAAGCAGG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:355:13:340,13:0.0366:174,166:9,4 chrX 73072017 . 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G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=230;END=73072598;VD=3;AF=0.013;BIAS=2:0;REFBIAS=59:168;VARBIAS=0:3;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.57153;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=227;LSEQ=AGAACTGAAGGGGGGGCTGA;RSEQ=GGCGGAGAGAGCATAAGAGG;DUPRATE=0.009;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:230:3:227,3:0.013:59,168:0,3 chrX 88009322 . A G 113 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=88009322;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=26.8;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=GCAGCTCTTCTGGGAATTAA;RSEQ=TTAAATTGGGGTAAATTCAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chrX 88009801 . 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C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=106466088;VD=2;AF=0.0136;BIAS=2:2;REFBIAS=59:86;VARBIAS=1:1;PMEAN=55.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.45378420027331;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=147;LSEQ=AGTGGTAAGCCTCTCCTCCC;RSEQ=TTCTTCATTTTCTATACAAC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:2:145,2:0.0136:59,86:1,1 chrX 106482296 . A G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=106482296;VD=2;AF=0.0155;BIAS=2:2;REFBIAS=37:90;VARBIAS=1:1;PMEAN=22.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=0.504;ODDRATIO=2.4135351048681;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0157;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=127;LSEQ=TTAAAGAGTCTTCAGTCAAT;RSEQ=TTATTTTTTAAAATGTACAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:127,2:0.0155:37,90:1,1 chrX 106486286 . 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G T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=276;END=106486998;VD=4;AF=0.0145;BIAS=2:2;REFBIAS=186:86;VARBIAS=3:1;PMEAN=60.5;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.38559809341702;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=259;LSEQ=CTTTACAGGTTAAAAAATTA;RSEQ=AATATTTCATGGTCAATTAC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:276:4:272,4:0.0145:186,86:3,1 chrX 116603406 . T C 278 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=220;END=116603406;VD=220;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=122:98;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=54;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=216;HICOV=216;LSEQ=CTAAGTGAAGGAGAGAAAGA;RSEQ=TTCAAATGTTTGTAAGCATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:220:220:0,220:1:0,0:122,98 chrX 132160412 . 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GGGC G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=266;END=139586347;VD=3;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=155:108;VARBIAS=2:1;PMEAN=50.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.3918659354731;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=4;MSILEN=3;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=259;LSEQ=CGGTGCATCGGCGGCAGCGC;RSEQ=GGCGGCGGCGGGCTGCTCAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:266:3:263,3:0.0113:155,108:2,1 chrX 139587006 . G T 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=309;END=139587006;VD=4;AF=0.0129;BIAS=2:2;REFBIAS=152:153;VARBIAS=2:2;PMEAN=18.2;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0065627893868;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0098;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=3;HICOV=305;LSEQ=CAGAAGGCTGTACATTGCCG;RSEQ=GGCGGGAAGAAGGTGCGCCA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:309:4:305,4:0.0129:152,153:2,2 chrX 139587387 . GA G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=144;END=139587388;VD=9;AF=0.0625;BIAS=2:0;REFBIAS=8:125;VARBIAS=0:9;PMEAN=32.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0638;ADJAF=0.0069;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=9;HICOV=141;LSEQ=GCCCCCGTTCGGCCTGGCTG;RSEQ=AAAAAAAAAGTTCGGGGAGC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:144:9:133,9:0.0625:8,125:0,9 chrX 146993863 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=121;END=146993863;VD=2;AF=0.0165;BIAS=2:2;REFBIAS=59:60;VARBIAS=1:1;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.01680783348755;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=121;LSEQ=AGCACCGCGCCTGGGTGCCA;RSEQ=GGCACGCTCGGCGGGATGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:121:2:119,2:0.0165:59,60:1,1 chrX 146993875 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=146993875;VD=2;AF=0.0177;BIAS=2:2;REFBIAS=53:58;VARBIAS=1:1;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.09345784173291;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=GGGTGCCAGGGCACGCTCGG;RSEQ=GGGATGTTGTTGGGAGGGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:2:111,2:0.0177:53,58:1,1 chrX 147003564 . T C 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=147003564;VD=94;AF=0.9792;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=32:62;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=14.667;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=88;HICOV=88;LSEQ=AATATTTTATGCTAATTCTA;RSEQ=TCTTCATTTTTTAAAAATTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:96:94:0,94:0.9792:0,0:32,62 chrX 147007167 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=147007167;VD=2;AF=0.0153;BIAS=2:0;REFBIAS=50:79;VARBIAS=0:2;PMEAN=50.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.52437;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=124;LSEQ=TTGAGGTGAGTTTTCCCTGC;RSEQ=ATAAAGTCATTTAGCACTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:2:129,2:0.0153:50,79:0,2 chrX 147009853 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=147009853;VD=2;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=98:67;VARBIAS=1:1;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.45925;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=TGTGTAGGTGTATTCCAGAG;RSEQ=AAATGAAAAAGAGCCTTGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:2:165,2:0.012:98,67:1,1 chrX 147009905 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=182;END=147009905;VD=2;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=88:92;VARBIAS=1:1;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.04521604615674;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0112;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=178;LSEQ=GCTAAAGTGAGGATGATAAA;RSEQ=GGTGAGGTAGGAAAATGCCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:2:180,2:0.011:88,92:1,1 chrX 147011179 . TC T 168 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=24;END=147011180;VD=24;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=24:0;PMEAN=39.9;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=48;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1667;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=24;HICOV=24;LSEQ=ATACCCTGTAGGTAGCTATC;RSEQ=CCAAAAGTTTTCAATAGTTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:24:24:0,24:1:0,0:24,0 chrX 147011438 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=147011438;VD=3;AF=0.0164;BIAS=2:2;REFBIAS=131:49;VARBIAS=2:1;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.33449;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=170;LSEQ=GTCAGTAGTTGGTAATTATT;RSEQ=ATCTTAATTTTTTTTTTTAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:3:180,3:0.0164:131,49:2,1 chrX 147011445 . AT A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=194;END=147011446;VD=6;AF=0.0309;BIAS=2:2;REFBIAS=130:56;VARBIAS=4:2;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.15977;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0330;ADJAF=0.0103;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=6;HICOV=182;LSEQ=GTTGGTAATTATTCATCTTA;RSEQ=TTTTTTTTTTAAATTTCTAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:6:186,6:0.0309:130,56:4,2 chrX 147014134 . G GT 104 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=300;END=147014134;VD=7;AF=0.0233;BIAS=2:2;REFBIAS=125:152;VARBIAS=4:3;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=37.2;QSTD=1;SBF=0.70543;ODDRATIO=1.61854201735077;MQ=63.2;SN=14;HIAF=0.0250;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=7;HICOV=280;LSEQ=GGTAAATATTTTACTGCATA;RSEQ=TTTTTTTTTCCCCAAACAAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:300:7:277,7:0.0233:125,152:4,3 chrX 147014421 . CT C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=100;END=147014422;VD=2;AF=0.02;BIAS=1:0;REFBIAS=0:98;VARBIAS=0:2;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0215;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=93;LSEQ=TCTTTGAAATATGATCTGTT;RSEQ=TTTTTTTTATTATTTAAGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:100:2:98,2:0.02:0,98:0,2 chrX 147014960 . C T 291 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=254;END=147014960;VD=252;AF=0.9921;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=186:66;PMEAN=38.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=125;HIAF=0.9921;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=250;HICOV=252;LSEQ=GTTACTTAAATCTAAAAAGT;RSEQ=CCAAAGCTAGAAGAAACTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:254:252:0,252:0.9921:0,0:186,66 chrX 147015021 . C T 297 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=309;END=147015021;VD=309;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=179:130;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=60.8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=304;HICOV=304;LSEQ=GCAAAGTCAATAGTAATTCT;RSEQ=CATTTTGACTTGAGTAGTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:309:309:0,309:1:0,0:179,130 chrX 147018148 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=141;END=147018148;VD=2;AF=0.0142;BIAS=2:2;REFBIAS=56:83;VARBIAS=1:1;PMEAN=50;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.47786891302741;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=AAGAGGTATGTTACAGTGCG;RSEQ=ATATTTTGTGGCACATATAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:141:2:139,2:0.0142:56,83:1,1 chrX 147019043 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=155;END=147019043;VD=2;AF=0.0129;BIAS=2:2;REFBIAS=79:74;VARBIAS=1:1;PMEAN=58;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.06708;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=AAGGGTTGGACCTAATGCCC;RSEQ=AGAAGAAAAAAAACATTTAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:155:2:153,2:0.0129:79,74:1,1 chrX 147019048 . GA G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=156;END=147019049;VD=3;AF=0.0192;BIAS=2:2;REFBIAS=72:80;VARBIAS=2:1;PMEAN=58.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.6061;ODDRATIO=2.21116639027087;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0196;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=153;LSEQ=TTGGACCTAATGCCCCAGAA;RSEQ=AAAAAAACATTTAGATATAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:3:152,3:0.0192:72,80:2,1 chrX 147022119 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=120;END=147022119;VD=2;AF=0.0167;BIAS=2:2;REFBIAS=76:42;VARBIAS=1:1;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.79999;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=114;LSEQ=TGGTACCATTTGTTTTTGTG;RSEQ=GAACAAAGGACAGCATCGCT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:2:118,2:0.0167:76,42:1,1 chrX 147025549 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=147025549;VD=2;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=150:15;VARBIAS=1:1;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.18296;ODDRATIO=9.71469;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=GAATGAAGCTATAATGGTGA;RSEQ=GCTATAATTGGTCATTAGCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:2:165,2:0.012:150,15:1,1 chrX 147025886 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=360;END=147025886;VD=4;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=215:141;VARBIAS=2:2;PMEAN=24.8;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.65102;ODDRATIO=1.52294;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=3;HICOV=353;LSEQ=AGCTAGATCCAATCCATGAC;RSEQ=CACAAGAGACCCTTCCCTGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:360:4:356,4:0.0111:215,141:2,2 chrX 147026266 . G T 293 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=323;END=147026266;VD=322;AF=0.9969;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=170:152;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=28.273;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=311;HICOV=311;LSEQ=TGGAAAGTGATAATACTCTT;RSEQ=GTGGGCTTATAAATTGGGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:323:322:0,322:0.9969:0,0:170,152 chrX 147026330 . AC A 283 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=312;END=147026331;VD=222;AF=0.7115;BIAS=2:2;REFBIAS=20:37;VARBIAS=123:99;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.4;QSTD=1;SBF=0.00738;ODDRATIO=2.29163324701515;MQ=60;SN=444;HIAF=0.7351;ADJAF=0.0673;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=222;HICOV=302;LSEQ=GTCTCTGGAAGCTTCTGTTA;RSEQ=CCTCTTTTTTTTTTTTTTAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:312:222:57,222:0.7115:20,37:123,99 chrX 147026333 . CTC TCT 177 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=314;END=147026335;VD=40;AF=0.1274;BIAS=2:2;REFBIAS=123:103;VARBIAS=16:24;PMEAN=27.9;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=0.12167;ODDRATIO=1.7873;MQ=60;SN=39;HIAF=0.1573;ADJAF=0.0701;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.8;HICNT=39;HICOV=248;LSEQ=TCTGGAAGCTTCTGTTAACC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTAAAGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:314:40:226,40:0.1274:123,103:16,24 chrX 147026336 . T C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=292;END=147026336;VD=3;AF=0.0103;BIAS=2:2;REFBIAS=136:118;VARBIAS=2:1;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.73172167769196;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0087;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=14;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=231;LSEQ=GGAAGCTTCTGTTAACCCTC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTAAAGTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:292:3:254,3:0.0103:136,118:2,1 chrX 147026350 . A T 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=305;END=147026350;VD=6;AF=0.0197;BIAS=2:2;REFBIAS=145:154;VARBIAS=2:4;PMEAN=33.2;PSTD=1;QUAL=32.7;QSTD=1;SBF=0.68563;ODDRATIO=1.87936;MQ=60;SN=5;HIAF=0.0168;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=5;HICOV=298;LSEQ=ACCCTCTTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=AAGTCAGACAATGGTATATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:305:6:299,6:0.0197:145,154:2,4 chrX 147027058 . C T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=147027058;VD=3;AF=0.0187;BIAS=2:2;REFBIAS=84:73;VARBIAS=2:1;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.73235166738848;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0191;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=157;LSEQ=GAAAATATTCTCATAGGAAA;RSEQ=GACGATCACTCCCGAACAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:3:157,3:0.0187:84,73:2,1 chrX 147027069 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=147027069;VD=2;AF=0.012;BIAS=2:0;REFBIAS=87:78;VARBIAS=0:2;PMEAN=54.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.22798;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0123;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=162;LSEQ=CATAGGAAACGACGATCACT;RSEQ=CCGAACAGATAATCGTCCAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:2:165,2:0.012:87,78:0,2 chrX 147031305 . CT C 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=365;END=147031306;VD=33;AF=0.0904;BIAS=2:2;REFBIAS=170:158;VARBIAS=14:19;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=0.36227;ODDRATIO=1.45868;MQ=60;SN=66;HIAF=0.0957;ADJAF=0.0082;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=33;HICOV=345;LSEQ=TGACCAATTTTAACTTAGAG;RSEQ=TTTTTTTTTTAATTTTGTCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:365:33:328,33:0.0904:170,158:14,19 chrX 147031329 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=366;END=147031329;VD=4;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=169:193;VARBIAS=2:2;PMEAN=20.8;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.14159160701851;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0085;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=3;HICOV=351;LSEQ=TTTTTTTTAATTTTGTCTGC;RSEQ=CCAAGTTTTGTGAAATTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:366:4:362,4:0.0109:169,193:2,2 chrX 147031602 . CT C 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=301;END=147031603;VD=15;AF=0.0498;BIAS=2:2;REFBIAS=149:136;VARBIAS=7:8;PMEAN=36.3;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0.79287;ODDRATIO=1.25116;MQ=60;SN=30;HIAF=0.0523;ADJAF=0.0033;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=15;HICOV=287;LSEQ=TTTGGTTTTGTTTTTTGAGT;RSEQ=TTTTTTTTTAAGTGAAATTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:301:15:285,15:0.0498:149,136:7,8 chrX 147032925 . T C 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=147032925;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:12;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=29.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=3;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=TTTGGAAAAAAGTATGTCTA;RSEQ=GAAGTAAAAAAAAAAAATTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:0,12 chrX 149529633 . T G 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=149529633;VD=3;AF=0.0429;BIAS=1:0;REFBIAS=66:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=20.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0317;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=2;HICOV=63;LSEQ=TTGGGCCTGGACGCCGCTCT;RSEQ=TCTCCAGGTAACTTCGTGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:70:3:67,3:0.0429:66,1:3,0 chrX 149530321 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=149530321;VD=2;AF=0.0339;BIAS=2:2;REFBIAS=37:20;VARBIAS=1:1;PMEAN=50.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.82972;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0351;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=57;LSEQ=GGACTGGGAAGTGGGGAGTG;RSEQ=GGCACTCGGCCGGGATGGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:59:2:57,2:0.0339:37,20:1,1 chrX 149531550 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=217;END=149531550;VD=3;AF=0.0138;BIAS=2:2;REFBIAS=161:53;VARBIAS=2:1;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.51566;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0095;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=211;LSEQ=AACTCCACCTTCCGGGCGCG;RSEQ=GGCGCGGAGCCGGGCGGTGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:217:3:214,3:0.0138:161,53:2,1 chrX 149613304 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=149613304;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=16.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=CCCTAAGCCATCACCTAATT;RSEQ=AGCCACCATGTTTGCATATA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chrX 149613318 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=3;END=149613318;VD=3;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=CTAATTGAGCCACCATGTTT;RSEQ=CATATAAGGAAATTGCATCT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:3:3:0,3:1:0,0:3,0 chrX 149613363 . A G 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=149613363;VD=9;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=9:0;PMEAN=41.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=18;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.1;HICNT=9;HICOV=9;LSEQ=GAACAGAGGAAGTTTTCCTG;RSEQ=ATCTCACTGCATATCACACA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:9:9:0,9:1:0,0:9,0 chrX 149613493 . C T 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=149613493;VD=45;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=44:1;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=44;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=44;HICOV=44;LSEQ=TACCTTCCAGTGAACTTTGT;RSEQ=CTTTCCTCTGGTCAAGGACT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:45:45:0,45:1:0,0:44,1 chrX 149613617 . T C 250 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=125;END=149613617;VD=125;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=109:16;PMEAN=37.4;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=61.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=123;HICOV=123;LSEQ=GGAAGGGAAAAGGAATGTGG;RSEQ=TGACTCCACACAAACCTGTC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:125:125:0,125:1:0,0:109,16 chrX 149639632 . TGCA T 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=333;END=149639635;VD=6;AF=0.018;BIAS=2:2;REFBIAS=146:180;VARBIAS=1:5;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.233;ODDRATIO=4.04151;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0183;ADJAF=0;SHIFT3=15;MSI=6;MSILEN=3;NM=1.2;HICNT=6;HICOV=327;LSEQ=GGCCACTGCCACCTTGCAGC;RSEQ=GCAGCAGCAGCAGCAACAGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:333:6:326,6:0.018:146,180:1,5 chrX 149641802 . A G 239 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=94;END=149641802;VD=92;AF=0.9787;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=92:0;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=184;HIAF=0.9892;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=92;HICOV=93;LSEQ=TTGACACCAGGGAGTTGGTC;RSEQ=TTTGATAGACCATGCGGCAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:94:92:0,92:0.9787:0,0:92,0 chrX 149641887 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=149641887;VD=2;AF=0.0127;BIAS=2:2;REFBIAS=135:20;VARBIAS=1:1;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.25037;ODDRATIO=6.61168;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0128;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=156;LSEQ=GCAAAGCACATAGGACACGG;RSEQ=AGGCCACCTGGGGCTCGGGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:2:155,2:0.0127:135,20:1,1 chrX 149671260 . AC A 36 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=23;END=149671261;VD=2;AF=0.087;BIAS=1:0;REFBIAS=21:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=16.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0909;ADJAF=0.0435;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=22;LSEQ=GGTATTAAGTGGTCCAGAAA;RSEQ=CCCCCCAAATTAGATGTAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:23:2:21,2:0.087:21,0:2,0 chrX 149671352 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=71;END=149671352;VD=2;AF=0.0282;BIAS=1:0;REFBIAS=69:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=70;LSEQ=GAGAAACCATAGCTTATAAC;RSEQ=GGTTCTCAAAGAAGTCTATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:2:69,2:0.0282:69,0:2,0 chrX 149671389 . 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G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=163;END=149671484;VD=2;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=142:19;VARBIAS=1:1;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.23101;ODDRATIO=7.31161;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=GACACTCAGGGCAGTGACAA;RSEQ=ATCAGTCAGAACCATTTTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:163:2:161,2:0.0123:142,19:1,1 chrX 149671927 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=149671927;VD=2;AF=0.022;BIAS=2:0;REFBIAS=6:83;VARBIAS=0:2;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0220;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=91;LSEQ=AAGGTAAAGCTCTGTCCACC;RSEQ=ATGAGGGACTTCTAGTGCTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:2:89,2:0.022:6,83:0,2 chrX 149672263 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=149672263;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=162:24;VARBIAS=1:1;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.24889;ODDRATIO=6.634;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0106;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=188;LSEQ=GGAACTGCCTCTCCTGCCAG;RSEQ=CATCTGCTGTGGATTCCAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:188:2:186,2:0.0106:162,24:1,1 chrX 149672765 . TTC T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=295;END=149672767;VD=4;AF=0.0136;BIAS=2:2;REFBIAS=102:189;VARBIAS=1:3;PMEAN=40.2;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.61662;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0137;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=4;HICOV=292;LSEQ=TCCTTTCAAGGGCTATTGAT;RSEQ=TCTCTCTCTCAGAGTCACAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:295:4:291,4:0.0136:102,189:1,3 chrX 149678366 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=189;END=149678366;VD=2;AF=0.0106;BIAS=2:2;REFBIAS=66:121;VARBIAS=1:1;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.82718485629191;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0109;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=183;LSEQ=GGGTGGGCAAGGGGTGCATA;RSEQ=GTGGAAGTGGGGTGAGAATT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:189:2:187,2:0.0106:66,121:1,1 chrX 149680221 . G C 271 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=149680221;VD=170;AF=0.9884;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=135:35;PMEAN=37.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=169;HIAF=0.9941;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=169;HICOV=170;LSEQ=ACCCTCCGGTGGCCACAGCC;RSEQ=AAGTCGAGGATGCCTTTGGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:172:170:0,170:0.9884:0,0:135,35 chrX 149680227 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=185;END=149680227;VD=3;AF=0.0162;BIAS=2:2;REFBIAS=142:40;VARBIAS=2:1;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.5306;ODDRATIO=1.76868;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=2;HICOV=181;LSEQ=CGGTGGCCACAGCCGAAGTC;RSEQ=AGGATGCCTTTGGAACTCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:185:3:182,3:0.0162:142,40:2,1 chrX 149680554 . C T 298 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=330;END=149680554;VD=329;AF=0.997;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=170:159;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=31.9;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=319;HICOV=319;LSEQ=GTCTGCCAGCATATGCAGAG;RSEQ=CCCAAGGCCACCCCACCAGA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:330:329:0,329:0.997:0,0:170,159 chrX 149681830 . C A 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=408;END=149681830;VD=5;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=170:233;VARBIAS=3:2;PMEAN=28.2;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.65438;ODDRATIO=2.05225029244567;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0077;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=3;HICOV=389;LSEQ=TGGCCATTTATTTCTATGTT;RSEQ=ACTAAAAATCCTATTGCCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:408:5:403,5:0.0123:170,233:3,2 chrX 149681925 . T C 312 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=448;END=149681925;VD=447;AF=0.9978;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=243:204;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.25;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=435;HICOV=435;LSEQ=ATGAGCTTTACAGCAGAAGC;RSEQ=GTTTTATCGTTAAGTGCCCC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:448:447:0,447:0.9978:0,0:243,204 chrX 149682648 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=50;END=149682648;VD=2;AF=0.04;BIAS=1:0;REFBIAS=0:48;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0400;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=50;LSEQ=AGAGGATGAAACAGAGGGGG;RSEQ=TGGGAGGTCACAAAGACAAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:50:2:48,2:0.04:0,48:0,2 chrX 149682715 . G T 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=149682715;VD=32;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:32;PMEAN=34.9;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=64;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=32;HICOV=32;LSEQ=CTTGCCCTGAGGGTCTAGAC;RSEQ=CTCTGCACCACCGTCCTGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:32:32:0,32:1:0,0:0,32 chrX 152227503 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=154;END=152227503;VD=2;AF=0.013;BIAS=2:0;REFBIAS=98:54;VARBIAS=0:2;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.13072;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=ATGAGAAGACCCCCAGCAGG;RSEQ=GTACTGGGTACCCGGCAGGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:154:2:152,2:0.013:98,54:0,2 chrY 2654668 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=2654668;VD=2;AF=0.0625;BIAS=1:0;REFBIAS=30:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0625;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=32;LSEQ=AATACACGGTCTAGAGAGGA;RSEQ=TGCTTAACACGCTGCATATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:32:2:30,2:0.0625:30,0:2,0 chrY 14327844 . C CT 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=82;END=14327844;VD=2;AF=0.0244;BIAS=2:0;REFBIAS=57:21;VARBIAS=2:0;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=38.7;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=62.8;SN=4;HIAF=0.0263;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=76;LSEQ=CAAACAATGACAACAACAAA;RSEQ=TTTTTTTTATCCCAAGTAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:82:2:78,2:0.0244:57,21:2,0 chrY 14442162 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=148;END=14442162;VD=2;AF=0.0135;BIAS=2:0;REFBIAS=81:65;VARBIAS=0:2;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.20325;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0140;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=143;LSEQ=CCCCTAGGTCTCTCTGATTC;RSEQ=TTAATTATCCTGCTGCAAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:148:2:146,2:0.0135:81,65:0,2 chrY 14832341 . 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C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=14834197;VD=3;AF=0.0265;BIAS=2:2;REFBIAS=13:97;VARBIAS=1:2;PMEAN=19.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.33009;ODDRATIO=3.66501740883269;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0185;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=108;LSEQ=TTCTTAAAGGCTTTTCATCC;RSEQ=TCTGTTATAAAGGTACTGTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:3:110,3:0.0265:13,97:1,2 chrY 14838722 . C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=250;END=14838722;VD=3;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=60:187;VARBIAS=1:2;PMEAN=21.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.5696;ODDRATIO=1.55528251706923;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=240;LSEQ=TTCTTCAGATCCTCGATCAC;RSEQ=AAAAGTGCGTTGGTTTGTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:250:3:247,3:0.012:60,187:1,2 chrY 14842405 . 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A AT 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=117;END=14851414;VD=3;AF=0.0256;BIAS=2:0;REFBIAS=81:25;VARBIAS=3:0;PMEAN=31.1;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=63.6;SN=6;HIAF=0.0280;ADJAF=0.0085;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=107;LSEQ=TAAAATTTAAGTATACTATA;RSEQ=TTTTTTTTTTGCTTTTATTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:3:106,3:0.0256:81,25:3,0 chrY 14862682 . C CT 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=131;END=14862682;VD=2;AF=0.0153;BIAS=2:2;REFBIAS=95:30;VARBIAS=1:1;PMEAN=9.9;PSTD=1;QUAL=38.5;QSTD=1;SBF=0.43007;ODDRATIO=3.13159;MQ=62.4;SN=4;HIAF=0.0167;ADJAF=0.0076;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=120;LSEQ=TACTTGTCTTGGTGTATAAT;RSEQ=TTTTTTTATATGTGTTGCTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:2:125,2:0.0153:95,30:1,1 chrY 14868989 . GGT G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=98;END=14868991;VD=2;AF=0.0204;BIAS=1:0;REFBIAS=97:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0206;ADJAF=0.0102;SHIFT3=11;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=97;LSEQ=TTGTTCAGATATGCTCTTGG;RSEQ=GTGTGTGTGTGCGCACACGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:2:97,2:0.0204:97,0:2,0 chrY 14869502 . C T 210 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=60;END=14869502;VD=60;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=1:59;PMEAN=42.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=29;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=58;HICOV=58;LSEQ=TCTCGGCTTACTGCAAGCTC;RSEQ=GCCTCTCGGGTTCATGCCAT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:60:60:0,60:1:0,0:1,59 chrY 14870663 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=14870663;VD=2;AF=0.0131;BIAS=2:0;REFBIAS=12:139;VARBIAS=2:0;PMEAN=10.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.00783;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=147;LSEQ=AAATTTTAAAGAAAGAAAAC;RSEQ=ATGGTGGGAAAACAAGAAAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:2:151,2:0.0131:12,139:2,0 chrY 14882943 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=14882943;VD=2;AF=0.0155;BIAS=2:2;REFBIAS=92:35;VARBIAS=1:1;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.48183;ODDRATIO=2.60586;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=129;LSEQ=CTTAATAATTTCTTTTTACC;RSEQ=AAGTCAATAATGTTGTGGAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:127,2:0.0155:92,35:1,1 chrY 14885936 . A C 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=188;END=14885936;VD=187;AF=0.9947;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=12:175;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=36.4;HIAF=0.9945;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=182;HICOV=183;LSEQ=AAAATAATTCAAGAGTCATA;RSEQ=TTTTGCCTGAGAATTTCATG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:188:187:1,187:0.9947:0,1:12,175 chrY 14888666 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=298;END=14888666;VD=3;AF=0.0101;BIAS=2:2;REFBIAS=148:147;VARBIAS=2:1;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.98208197891065;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0069;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=290;LSEQ=CTGTGTGTTTTTGATGGTGA;RSEQ=AAAAACAGCATTAATTGTGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:298:3:295,3:0.0101:148,147:2,1 chrY 14890656 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=234;END=14890656;VD=3;AF=0.0128;BIAS=2:2;REFBIAS=83:148;VARBIAS=1:2;PMEAN=29.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.1211;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0090;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=223;LSEQ=AATCATTACAATGATGGTCC;RSEQ=AATCTAGAGGTGGAAAGTTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:234:3:231,3:0.0128:83,148:1,2 chrY 14891601 . C A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=271;END=14891601;VD=3;AF=0.0111;BIAS=2:0;REFBIAS=91:177;VARBIAS=0:3;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.55311;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0115;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=262;LSEQ=GTAAGAAAATGGTCCATCCC;RSEQ=CTATTCCACAGAAAGGATGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:271:3:268,3:0.0111:91,177:0,3 chrY 14898403 . G GT 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=361;END=14898403;VD=4;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=196:133;VARBIAS=2:2;PMEAN=38.2;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.47189;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=4;HICOV=294;LSEQ=GGAGAAATAGATGTTACTAA;RSEQ=TTTTTTTTTAAATCCCTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:361:4:329,4:0.0111:196,133:2,2 chrY 14912909 . G T 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=14912909;VD=2;AF=0.1053;BIAS=1:0;REFBIAS=0:17;VARBIAS=0:2;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.1111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=18;LSEQ=TAGACAGATAAACTTAAATC;RSEQ=CAAAACATGTTTTTCCTTGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:19:2:17,2:0.1053:0,17:0,2 chrY 14923724 . C CT 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=194;END=14923724;VD=5;AF=0.0258;BIAS=2:2;REFBIAS=51:126;VARBIAS=2:3;PMEAN=52.4;PSTD=1;QUAL=39.2;QSTD=0;SBF=0.62938;ODDRATIO=1.64214398318445;MQ=63.6;SN=10;HIAF=0.0299;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=5;HICOV=167;LSEQ=TAATCTCATTAAAGTAAGTA;RSEQ=TTTTTTTTTTCTTTTTTTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:194:5:177,5:0.0258:51,126:2,3 chrY 14945826 . G GT 116 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=250;END=14945826;VD=10;AF=0.04;BIAS=2:2;REFBIAS=63:148;VARBIAS=3:7;PMEAN=43.9;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00677559978656;MQ=63.6;SN=9;HIAF=0.0435;ADJAF=0.004;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=9;HICOV=207;LSEQ=TTTAATGTATACTTCGTGTT;RSEQ=TTTTTTTTTTAATAATAGTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:250:10:211,10:0.04:63,148:3,7 chrY 14949981 . AT A 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=191;END=14949982;VD=7;AF=0.0366;BIAS=2:2;REFBIAS=65:119;VARBIAS=3:4;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0.70102;ODDRATIO=1.37067039489014;MQ=60;SN=14;HIAF=0.0385;ADJAF=0.0052;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=7;HICOV=182;LSEQ=GAAAAATGTGATAAAAAGGT;RSEQ=TTTTTTTTACTTTTGAAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:191:7:184,7:0.0366:65,119:3,4 chrY 14954404 . C CT 241 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=215;END=14954404;VD=153;AF=0.7116;BIAS=2:2;REFBIAS=15:40;VARBIAS=43:110;PMEAN=47.5;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.0422203462256;MQ=60.1;SN=12.818;HIAF=0.7268;ADJAF=0;SHIFT3=13;MSI=14;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=141;HICOV=194;LSEQ=CTAGTCAGGTAATTGCATGG;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTAAGCAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:215:153:55,153:0.7116:15,40:43,110 chrY 14954418 . A T 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=193;END=14954418;VD=4;AF=0.0207;BIAS=2:2;REFBIAS=51:138;VARBIAS=1:3;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.10812;MQ=60;SN=8;HIAF=0.0219;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=4;HICOV=183;LSEQ=GCATGGCTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=AGCAATTAAATACTTAGAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:193:4:189,4:0.0207:51,138:1,3 chrY 14958218 . C T 275 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=225;END=14958218;VD=221;AF=0.9822;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=177:44;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30.571;HIAF=0.9953;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=8;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=214;HICOV=215;LSEQ=TGCAGTACTTACCCTCTTAG;RSEQ=TTTTTTTTCTACATATTATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:225:221:0,221:0.9822:0,0:177,44 chrY 14959405 . 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TA T 175 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=268;END=14968773;VD=28;AF=0.1045;BIAS=2:2;REFBIAS=67:166;VARBIAS=5:23;PMEAN=50.8;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.26879;ODDRATIO=1.85273;MQ=60;SN=56;HIAF=0.1065;ADJAF=0.0037;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=28;HICOV=263;LSEQ=TGAACTCTGTCCAGAAGAGG;RSEQ=AAAAAAAAAAAGGCTACCAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:268:28:233,28:0.1045:67,166:5,23 chrY 14972283 . A AT 133 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=335;END=14972283;VD=12;AF=0.0358;BIAS=2:2;REFBIAS=160:126;VARBIAS=6:6;PMEAN=51.8;PSTD=1;QUAL=37.1;QSTD=1;SBF=0.77078;ODDRATIO=1.26881;MQ=63.6;SN=24;HIAF=0.0411;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=12;HICOV=292;LSEQ=TTGTATTTGGTGTGCTTGCG;RSEQ=TTTTTTTTTTCCATAGAATT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:335:12:286,12:0.0358:160,126:6,6 chrY 14977629 . 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A AT 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=186;END=15028566;VD=2;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=54:119;VARBIAS=1:1;PMEAN=55.3;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.53103;ODDRATIO=2.19279010613104;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=GGTAAGGGGTTTGTTAGTTC;RSEQ=TTTTTTTTTAATTGTGATGC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:2:173,2:0.0108:54,119:1,1 chrY 15029454 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=200;END=15029454;VD=3;AF=0.015;BIAS=2:2;REFBIAS=76:121;VARBIAS=1:2;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.25479;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0108;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=185;LSEQ=ACAGCAGAGGATTTGGTGGA;RSEQ=GTAATGTTAATTTTTCTTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:200:3:197,3:0.015:76,121:1,2 chrY 15032932 . 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C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=93;END=15327841;VD=3;AF=0.0323;BIAS=2:2;REFBIAS=24:66;VARBIAS=1:2;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.36999438302303;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=90;LSEQ=CACATGAACGCTAATGATAG;RSEQ=TGATTAACTAAAAATAAAAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:3:90,3:0.0323:24,66:1,2 chrY 15342807 . G T 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=15342807;VD=2;AF=0.0444;BIAS=1:0;REFBIAS=43:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=53.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0455;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=44;LSEQ=GCAGCAAGAATTTCTCTGAG;RSEQ=GGGAAGTAGATGATAAGGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:45:2:43,2:0.0444:43,0:2,0 chrY 15343096 . 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CT C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=90;END=15411753;VD=5;AF=0.0556;BIAS=1:0;REFBIAS=85:0;VARBIAS=5:0;PMEAN=37.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0562;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=5;HICOV=89;LSEQ=TAAGAAATATTTTGACTCAT;RSEQ=TTTTTTTTTAACTAAAAAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:90:5:85,5:0.0556:85,0:5,0 chrY 15415115 . A G 129 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=15415115;VD=13;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:13;PMEAN=39.6;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=12;HICOV=12;LSEQ=GGTATAGTGTTCAAAATGTA;RSEQ=CCTGTCTCCTACCACTCTTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:13:13:0,13:1:0,0:0,13 chrY 15417352 . 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A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=30;END=15466477;VD=2;AF=0.0667;BIAS=1:0;REFBIAS=28:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0667;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=30;LSEQ=AGGCAAGACCGTCTACCGCC;RSEQ=AAAAAATTATGACTTGCTTA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:30:2:28,2:0.0667:28,0:2,0 chrY 15467729 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=135;END=15467729;VD=2;AF=0.0148;BIAS=2:0;REFBIAS=88:45;VARBIAS=0:2;PMEAN=59.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.11951;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0152;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=132;LSEQ=AATTAGCATTAATATCCTCT;RSEQ=AAATGATACTGTAGTAAAGA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:135:2:133,2:0.0148:88,45:0,2 chrY 15467869 . 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G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=15481204;VD=2;AF=0.0113;BIAS=2:2;REFBIAS=63:112;VARBIAS=1:1;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.77160471955497;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=TCTGCAAAAGTTGTTCATAT;RSEQ=CCTCCTTTGCAGAATGATAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:2:175,2:0.0113:63,112:1,1 chrY 15492683 . G GA 126 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=112;END=15492683;VD=10;AF=0.0893;BIAS=2:2;REFBIAS=60:30;VARBIAS=5:5;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=38.1;QSTD=1;SBF=0.31344;ODDRATIO=1.98529;MQ=63.6;SN=20;HIAF=0.1111;ADJAF=0.0179;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.8;HICNT=10;HICOV=90;LSEQ=CTAATGTTTACAGGGGAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAACACCAACCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:10:90,10:0.0893:60,30:5,5 chrY 15492745 . C A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=109;END=15492745;VD=2;AF=0.0183;BIAS=2:2;REFBIAS=58:49;VARBIAS=1:1;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.18183;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0200;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=100;LSEQ=TGTCCTTCCAAAATGAAGAA;RSEQ=ACAAAATGACCTACTCAGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:109:2:107,2:0.0183:58,49:1,1 chrY 15503075 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=15503075;VD=2;AF=0.0156;BIAS=2:2;REFBIAS=49:77;VARBIAS=1:1;PMEAN=18.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.56565577492133;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=ACTACTACACAAACAGGTAT;RSEQ=GTCTAATTTTTAAAGATTCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:128:2:126,2:0.0156:49,77:1,1 chrY 15508699 . 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G A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=153;END=15592544;VD=2;AF=0.0131;BIAS=2:2;REFBIAS=65:61;VARBIAS=1:1;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.06508;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=ATATTATCTAAACAACAAAC;RSEQ=ATGAGCAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:153:2:126,2:0.0131:65,61:1,1 chrY 15867547 . T A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=15867547;VD=2;AF=0.0179;BIAS=2:2;REFBIAS=57:53;VARBIAS=1:1;PMEAN=17.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.07475;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0179;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=112;LSEQ=GATTACTAAGAAGCAGCCAC;RSEQ=CTGCTGGGTGTTTTACAAGT;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:2:110,2:0.0179:57,53:1,1 chrY 16831311 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=16831311;VD=2;AF=0.0149;BIAS=2:2;REFBIAS=83:47;VARBIAS=1:1;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.75787;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=121;LSEQ=TCTGAATTCTCTTTCATCCC;RSEQ=TTATTTTCCTTTTCAATATC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:134:2:130,2:0.0149:83,47:1,1 chrY 16936028 . AT A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=116;END=16936029;VD=3;AF=0.0259;BIAS=2:2;REFBIAS=73:40;VARBIAS=1:2;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.29667;ODDRATIO=3.60727;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0268;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=3.7;HICNT=3;HICOV=112;LSEQ=ATGGTGGGGATGTGTACACA;RSEQ=TTTTTTGACCAACAAAAATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:116:3:113,3:0.0259:73,40:1,2 chrY 16936202 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=87;END=16936202;VD=2;AF=0.023;BIAS=2:2;REFBIAS=28:57;VARBIAS=1:1;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=2.01783768513661;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0235;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=85;LSEQ=GAGTGACTATCTTTGGCTCG;RSEQ=GGGCTGGGGCCTCCTGTGTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:87:2:85,2:0.023:28,57:1,1 chrY 17285990 . CT C 24 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=167;END=17285991;VD=2;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=86:78;VARBIAS=1:1;PMEAN=27;PSTD=1;QUAL=24.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.10191;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0124;ADJAF=0.006;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=161;LSEQ=TTCAGAAATGAGTGTGACAT;RSEQ=TTCCCTGCTGACTGAAACCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:2:164,2:0.012:86,78:1,1 chrY 17285993 . T C 265 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=17285993;VD=166;AF=0.9881;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=85:81;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.49102;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=82;HIAF=0.9939;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=164;HICOV=165;LSEQ=AGAAATGAGTGTGACATCTT;RSEQ=CCCTGCTGACTGAAACCACT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:168:166:1,166:0.9881:0,1:85,81 chrY 20137624 . T C 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=257;END=20137624;VD=125;AF=0.4864;BIAS=2:2;REFBIAS=109:23;VARBIAS=116:9;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=0.01427;ODDRATIO=2.70951310049584;MQ=15.7;SN=124;HIAF=0.4863;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=124;HICOV=255;LSEQ=TAACATTAGAATGTTCCATA;RSEQ=AATCGTCATAGCAACCACAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:257:125:132,125:0.4864:109,23:116,9 chrY 20612205 . 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CA C 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=22;END=20816925;VD=8;AF=0.3636;BIAS=0:0;REFBIAS=11:0;VARBIAS=8:0;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=16;HIAF=0.3636;ADJAF=0;SHIFT3=21;MSI=22;MSILEN=1;NM=3.4;HICNT=8;HICOV=22;LSEQ=ACAGATTGGAGACTCCGTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:22:8:11,8:0.3636:11,0:8,0 chrY 20821923 . AGT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=68;END=20821925;VD=2;AF=0.0294;BIAS=1:0;REFBIAS=65:1;VARBIAS=2:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0294;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=6;MSILEN=2;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=68;LSEQ=TGTGTGTGTGTCTCAGTTTC;RSEQ=GTGTGTGTGTTTGAGTGTGT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:68:2:66,2:0.0294:65,1:2,0 chrY 20827053 . 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G A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=21296930;VD=2;AF=0.0179;BIAS=2:2;REFBIAS=80:30;VARBIAS=1:1;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.47876;ODDRATIO=2.63965;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0182;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=110;LSEQ=ACATATTAGCTAAAGCTGGA;RSEQ=CTATTATGTATATGAATATA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:112:2:110,2:0.0179:80,30:1,1 chrY 21301974 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=79;END=21301974;VD=3;AF=0.038;BIAS=1:0;REFBIAS=75:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=34.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0256;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=78;LSEQ=GCCATCAAGATACAGACAGT;RSEQ=TTACAAATGGAACCCCATAT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:79:3:76,3:0.038:75,1:3,0 chrY 21302036 . 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G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=150;END=21316518;VD=2;AF=0.0133;BIAS=2:2;REFBIAS=83:65;VARBIAS=1:1;PMEAN=32;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.27482;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=144;LSEQ=TTGCAACCTAGTTAACATCT;RSEQ=TAATTTTCTGACATTTTAGT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:150:2:148,2:0.0133:83,65:1,1 chrY 21316610 . AT A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=120;END=21316611;VD=3;AF=0.025;BIAS=2:2;REFBIAS=27:90;VARBIAS=1:2;PMEAN=46.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.55284;ODDRATIO=1.65870488322718;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0259;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=116;LSEQ=GTGATGGTGAGCATTTCTAT;RSEQ=TTTTTGGACTGCTTGTGAGT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:3:117,3:0.025:27,90:1,2 chrY 21321127 . 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T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=21334768;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:2;REFBIAS=81:89;VARBIAS=1:1;PMEAN=17.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.09816496634124;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=168;LSEQ=GCCCACAGAACCTCACTCAT;RSEQ=GCTAGCACAGCAGTCTGAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:170,2:0.0116:81,89:1,1 chrY 21334828 . CT C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=138;END=21334829;VD=2;AF=0.0145;BIAS=2:2;REFBIAS=38:98;VARBIAS=1:1;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.48683;ODDRATIO=2.55865721669268;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0146;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=137;LSEQ=TGAGGCTGAGGGAGGGGTAC;RSEQ=GCCATTGTTGAGTCTTGAGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:2:136,2:0.0145:38,98:1,1 chrY 21357095 . 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C TCT 45 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=51;END=21371283;VD=3;AF=0.0588;BIAS=1:0;REFBIAS=0:47;VARBIAS=0:3;PMEAN=37.7;PSTD=1;QUAL=28.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0417;ADJAF=0.0196;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=48;LSEQ=CTTGCTTTTCTTTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTAAGACAGAGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:51:3:47,3:0.0588:0,47:0,3 chrY 21381755 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=119;END=21381755;VD=2;AF=0.0168;BIAS=2:2;REFBIAS=63:54;VARBIAS=1:1;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.16515;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0168;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=119;LSEQ=CTCATCTAGTAGAATGGGAA;RSEQ=CAGAGGCAGAAACAGCCTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:119:2:117,2:0.0168:63,54:1,1 chrY 21381822 . 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A G 119 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=21397457;VD=11;AF=0.9167;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:11;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=10;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.4;HICNT=10;HICOV=10;LSEQ=AATTCAAGTTACACCTACAC;RSEQ=TATGTGTGTGTAAATGTATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:11:0,11:0.9167:0,0:0,11 chrY 21402145 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=45;END=21402145;VD=2;AF=0.0444;BIAS=2:2;REFBIAS=6:37;VARBIAS=1:1;PMEAN=17;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.2899;ODDRATIO=5.78603251750275;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0465;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=43;LSEQ=TTTTCTTTCTGGAATGAGAG;RSEQ=ATTTATCCAATACTCATACT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:45:2:43,2:0.0444:6,37:1,1 chrY 21407291 . G GT 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=10;END=21407291;VD=2;AF=0.2;BIAS=0:0;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:2;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=4;HIAF=0.2000;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=2;HICOV=10;LSEQ=CAGACATTGAGCTAGCTGCA;RSEQ=TTTTTTTTTTTCCCCATACT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:2:7,2:0.2:0,7:0,2 chrY 21412261 . CTTTTTTTTTTTT C 106 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=35;END=21412273;VD=14;AF=0.4;BIAS=2:1;REFBIAS=2:11;VARBIAS=0:14;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=28;QSTD=1;SBF=0.22222;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.4138;ADJAF=0.0857;SHIFT3=24;MSI=36;MSILEN=1;NM=2.9;HICNT=12;HICOV=29;LSEQ=AAAAACAATTTTGAAATGAC;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:35:14:13,14:0.4:2,11:0,14 chrY 21426893 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=143;END=21426893;VD=2;AF=0.014;BIAS=2:2;REFBIAS=63:78;VARBIAS=1:1;PMEAN=59;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.23623147198081;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=139;LSEQ=AAAAAAGAAAAGGAAAAATA;RSEQ=AAAAGAAGACGCTTTCCTGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:143:2:141,2:0.014:63,78:1,1 chrY 21426910 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=21426910;VD=2;AF=0.0156;BIAS=2:2;REFBIAS=52:74;VARBIAS=1:1;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.41906370176957;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0169;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=118;LSEQ=ATAAAAAAGAAGACGCTTTC;RSEQ=TGCTGCTGATAAAGATATAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:128:2:126,2:0.0156:52,74:1,1 chrY 21432047 . A AT 79 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=120;END=21432047;VD=4;AF=0.0333;BIAS=2:2;REFBIAS=81:28;VARBIAS=3:1;PMEAN=50.4;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.03673139326332;MQ=64;SN=8;HIAF=0.0360;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=4;HICOV=111;LSEQ=ATCCTAGTTCTTGTTTTTGC;RSEQ=TTTTTTTTTTTCTTCTTAGC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:120:4:109,4:0.0333:81,28:3,1 chrY 21435989 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=50;END=21435989;VD=2;AF=0.04;BIAS=1:0;REFBIAS=48:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0408;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=49;LSEQ=ACCATGGTCTCAAACTGTAC;RSEQ=TTGGCTCCTTGTAGCCATGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:50:2:48,2:0.04:48,0:2,0 chrY 21436160 . AT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=180;END=21436161;VD=2;AF=0.0111;BIAS=2:2;REFBIAS=127:49;VARBIAS=1:1;PMEAN=56;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.48403;ODDRATIO=2.57588;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=173;LSEQ=CTCTGACATTGCCTGAAGAC;RSEQ=TTTTCCCATTGTGACTAACA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:180:2:176,2:0.0111:127,49:1,1 chrY 21452027 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=21452027;VD=2;AF=0.0175;BIAS=2:2;REFBIAS=77:35;VARBIAS=1:1;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53377;ODDRATIO=2.18331;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0177;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=113;LSEQ=AGGTGAAACACCTCCATGAA;RSEQ=TTAGCCAATTATGTTTTGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:114:2:112,2:0.0175:77,35:1,1 chrY 21452062 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=21452062;VD=2;AF=0.0143;BIAS=2:2;REFBIAS=85:53;VARBIAS=1:1;PMEAN=25;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.59812;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0144;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=139;LSEQ=TTTGATTATTCCCTTTGTCC;RSEQ=CACCACTATGCCTGAGGATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:138,2:0.0143:85,53:1,1 chrY 21456643 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=136;END=21456643;VD=3;AF=0.0221;BIAS=2:0;REFBIAS=24:109;VARBIAS=0:3;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0155;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=129;LSEQ=GCAATGGCAGGACTGAGAGT;RSEQ=GATAAAGGAAATACTCCACT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:136:3:133,3:0.0221:24,109:0,3 chrY 21456883 . 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CT C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=126;END=21637128;VD=2;AF=0.0159;BIAS=2:2;REFBIAS=75:49;VARBIAS=1:1;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.52525;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=124;LSEQ=AAAAAATATTACAGTCCTTT;RSEQ=TTCAGCAGCATGATCCAATC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:2:124,2:0.0159:75,49:1,1 chrY 21642188 . G GA 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=115;END=21642188;VD=3;AF=0.0261;BIAS=2:2;REFBIAS=40:67;VARBIAS=2:1;PMEAN=29.8;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=0.55669;ODDRATIO=3.31213566507684;MQ=63.2;SN=6;HIAF=0.0316;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=95;LSEQ=GCGTCCTTGGTTTCTGAATG;RSEQ=AAAAAAAAAGAGGGATGAAC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:3:107,3:0.0261:40,67:2,1 chrY 21647131 . 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G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=22131769;VD=3;AF=0.0326;BIAS=2:0;REFBIAS=7:80;VARBIAS=0:3;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0282;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=6;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=71;LSEQ=AGAGAAATTAAAAACTGAAA;RSEQ=AAAAAAGAATGTGAAGAAGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:92:3:87,3:0.0326:7,80:0,3 chrY 22142037 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=22142037;VD=2;AF=0.0177;BIAS=2:2;REFBIAS=81:30;VARBIAS=1:1;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.47519;ODDRATIO=2.67244;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=110;LSEQ=AGATTTAAAAAACATAGCCC;RSEQ=CAAACCAAGGCAAGAATAAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:2:111,2:0.0177:81,30:1,1 chrY 22147046 . A AT 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=117;END=22147046;VD=2;AF=0.0171;BIAS=2:2;REFBIAS=68:42;VARBIAS=1:1;PMEAN=16.9;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.61177;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0182;ADJAF=0.0085;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=110;LSEQ=CTTTTTGATGGGATTGTTTG;RSEQ=TTTTTTTTTGTTTTCATTGG;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:2:110,2:0.0171:68,42:1,1 chrY 22149773 . TTTA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=93;END=22149776;VD=2;AF=0.0215;BIAS=2:2;REFBIAS=28:63;VARBIAS=1:1;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.52875;ODDRATIO=2.22836259916214;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0217;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=4;MSILEN=3;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=92;LSEQ=CTTTATTATTTTTTTAAAAT;RSEQ=TTATTATTATACTTTAAGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:93:2:91,2:0.0215:28,63:1,1 chrY 22157311 . 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C CAA 64 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=5;END=22186713;VD=3;AF=0.6;BIAS=0:0;REFBIAS=1:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=21.3;PSTD=1;QUAL=40.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=66;SN=6;HIAF=0.6000;ADJAF=0.2;SHIFT3=16;MSI=18;MSILEN=1;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=5;LSEQ=TATGCATGTATTTCAGTTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAAACTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:5:3:1,3:0.6:1,0:3,0 chrY 22192083 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=127;END=22192083;VD=2;AF=0.0157;BIAS=2:2;REFBIAS=69:56;VARBIAS=1:1;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.2301;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=114;LSEQ=TAGAGCTTCAGGAGGTAAGG;RSEQ=TATATAAAGTCTTTAGGGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:127:2:125,2:0.0157:69,56:1,1 chrY 22201426 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=107;END=22201426;VD=2;AF=0.0187;BIAS=2:2;REFBIAS=67:38;VARBIAS=1:1;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.75326;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0189;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=106;LSEQ=ACTTCAAACTACACAACAAG;RSEQ=CTATAGTCACCCAAATAGCA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:107:2:105,2:0.0187:67,38:1,1 chrY 22216361 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=67;END=22216361;VD=2;AF=0.0299;BIAS=2:2;REFBIAS=20:45;VARBIAS=1:1;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53189;ODDRATIO=2.22005150519492;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0312;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=64;LSEQ=TAAGTTCTGGGATACATGTG;RSEQ=AGAATGTGCAGGTTTGTTAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:67:2:65,2:0.0299:20,45:1,1 chrY 22228080 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=22228080;VD=2;AF=0.0833;BIAS=2:0;REFBIAS=18:4;VARBIAS=2:0;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=20;SN=4;HIAF=0.0833;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=24;LSEQ=TTTAAGTGCTGTAACACTCA;RSEQ=CACTAAGGTCTGCAGCTTCA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:24:2:22,2:0.0833:18,4:2,0 chrY 22228171 . A C 167 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=29;END=22228171;VD=29;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=20:9;PMEAN=35.1;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=47.6;SN=13.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.7;HICNT=27;HICOV=27;LSEQ=CACATCTGAAGGACCAAACT;RSEQ=TGGACATAACACCTTTAAGT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:29:29:0,29:1:0,0:20,9 chrY 22228196 . C T 183 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=22228196;VD=37;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=23:14;PMEAN=34.8;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=53.1;SN=36;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=36;HICOV=36;LSEQ=CATAACACCTTTAAGTTCTG;RSEQ=AACACTCACCACTAAGGTCT;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:37:37:0,37:1:0,0:23,14 chrY 22228200 . A C 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=40;END=22228200;VD=32;AF=0.8;BIAS=2:2;REFBIAS=6:2;VARBIAS=19:13;PMEAN=35.2;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.68566;ODDRATIO=2.01822;MQ=55.2;SN=3;HIAF=0.8571;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.5;HICNT=24;HICOV=28;LSEQ=ACACCTTTAAGTTCTGCAAC;RSEQ=CTCACCACTAAGGTCTGCAG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:40:32:8,32:0.8:6,2:19,13 chrY 22228615 . G T 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=222;END=22228615;VD=4;AF=0.018;BIAS=2:2;REFBIAS=60:157;VARBIAS=2:2;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=0.31353;ODDRATIO=2.60355645812179;MQ=24.2;SN=8;HIAF=0.0182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=4;HICOV=220;LSEQ=TGCAGCTTCATTCTTGAAGT;RSEQ=AGGAAGACCATGTACCTGCC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:222:4:217,4:0.018:60,157:2,2 chrY 22228618 . G C 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=216;END=22228618;VD=5;AF=0.0231;BIAS=2:2;REFBIAS=56:154;VARBIAS=3:2;PMEAN=14;PSTD=1;QUAL=24.2;QSTD=1;SBF=0.12839;ODDRATIO=4.09249028033558;MQ=60;SN=1.5;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=3;HICOV=201;LSEQ=AGCTTCATTCTTGAAGTGAG;RSEQ=AAGACCATGTACCTGCCCGA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:216:5:210,5:0.0231:56,154:3,2 chrY 22228624 . C A 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=207;END=22228624;VD=3;AF=0.0145;BIAS=2:2;REFBIAS=48:156;VARBIAS=1:2;PMEAN=12.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.55732;ODDRATIO=1.62074554294976;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0149;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=3;HICOV=202;LSEQ=ATTCTTGAAGTGAGGAAGAC;RSEQ=ATGTACCTGCCCGAAGGAAG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:207:3:204,3:0.0145:48,156:1,2 chrY 22228628 . T A 115 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=204;END=22228628;VD=11;AF=0.0539;BIAS=2:2;REFBIAS=39:153;VARBIAS=7:4;PMEAN=44.4;PSTD=1;QUAL=33.5;QSTD=1;SBF=0.00323;ODDRATIO=6.7778229632642;MQ=45.5;SN=10;HIAF=0.0515;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.9;HICNT=10;HICOV=194;LSEQ=TTGAAGTGAGGAAGACCATG;RSEQ=ACCTGCCCGAAGGAAGAAAC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:204:11:192,11:0.0539:39,153:7,4 chrY 22228683 . G A 130 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=183;END=22228683;VD=14;AF=0.0765;BIAS=2:2;REFBIAS=26:138;VARBIAS=11:3;PMEAN=35.4;PSTD=1;QUAL=34.3;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=18.9681335356601;MQ=38.6;SN=13;HIAF=0.0818;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=13;HICOV=159;LSEQ=AGGGAACAAACTCTGGACAT;RSEQ=ACACGTTTAAATGCTGTAAC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:14:164,14:0.0765:26,138:11,3 chrY 22228690 . TT AG 108 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=183;END=22228691;VD=9;AF=0.0492;BIAS=2:2;REFBIAS=31:143;VARBIAS=8:1;PMEAN=28.1;PSTD=1;QUAL=34.2;QSTD=1;SBF=2e-05;ODDRATIO=35.9453630481668;MQ=45.4;SN=18;HIAF=0.0495;ADJAF=0.0109;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=9;HICOV=182;LSEQ=AAACTCTGGACATGACACGT;RSEQ=AAATGCTGTAACACTCACCG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:183:9:174,9:0.0492:31,143:8,1 chrY 22228712 . T C 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=22228712;VD=5;AF=0.0301;BIAS=2:2;REFBIAS=38:120;VARBIAS=3:2;PMEAN=37.2;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=0.10184;ODDRATIO=4.68120962456699;MQ=20.2;SN=4;HIAF=0.0268;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=4;HICOV=149;LSEQ=AAATGCTGTAACACTCACCG;RSEQ=AAAGGTCTGCAGCTTCATTC;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:5:158,5:0.0301:38,120:3,2 chrY 22228720 . T G 56 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=22228720;VD=4;AF=0.0253;BIAS=2:2;REFBIAS=38:115;VARBIAS=2:2;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=28;QSTD=1;SBF=0.2685;ODDRATIO=3.00066014523195;MQ=18.5;SN=8;HIAF=0.0256;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=4;HICOV=156;LSEQ=TAACACTCACCGTAAAGGTC;RSEQ=GCAGCTTCATTCTTGAAGTG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:4:153,4:0.0253:38,115:2,2 chrY 22228758 . G A 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=145;END=22228758;VD=12;AF=0.0828;BIAS=2:2;REFBIAS=31:102;VARBIAS=10:2;PMEAN=32.1;PSTD=1;QUAL=29.5;QSTD=1;SBF=6e-05;ODDRATIO=16.0694198939418;MQ=18.4;SN=3;HIAF=0.0652;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=9;HICOV=138;LSEQ=GTGAGCAAGACCATGAACCT;RSEQ=CCAGAAGGAAGAAACTCTGG;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:145:12:133,12:0.0828:31,102:10,2 chrY 22228818 . C A 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=22228818;VD=20;AF=0.202;BIAS=2:2;REFBIAS=27:52;VARBIAS=12:8;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=33.8;QSTD=1;SBF=0.04283;ODDRATIO=2.85600045696007;MQ=25.4;SN=9;HIAF=0.2045;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=18;HICOV=88;LSEQ=CTCTGGACATAACACTTTTA;RSEQ=GTGGTGTAACACTCACCCTA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:20:79,20:0.202:27,52:12,8 chrY 22228902 . G A 105 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=63;END=22228902;VD=10;AF=0.1587;BIAS=2:2;REFBIAS=29:21;VARBIAS=4:6;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=0.32231;ODDRATIO=2.04605;MQ=39;SN=4;HIAF=0.1429;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.1;HICNT=8;HICOV=56;LSEQ=TGCCAGAAGGAAGAAATTCT;RSEQ=GACACATCTGAATGAACAAA;DUPRATE=0.008;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:63:10:50,10:0.1587:29,21:4,6 chrY 22241673 . T A 141 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=22241673;VD=16;AF=0.8;BIAS=2:2;REFBIAS=3:1;VARBIAS=2:14;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.03199;ODDRATIO=16.38836;MQ=36.4;SN=15;HIAF=0.7895;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.4;HICNT=15;HICOV=19;LSEQ=GGACACATCTGAAGGAACAA;RSEQ=CTCTGGACATAACACTTTTA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:16:4,16:0.8:3,1:2,14 chrY 22241929 . TA GC 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=68;END=22241930;VD=5;AF=0.0735;BIAS=1:2;REFBIAS=62:1;VARBIAS=4:1;PMEAN=29.8;PSTD=1;QUAL=29.4;QSTD=1;SBF=0.14267;ODDRATIO=13.97692;MQ=42;SN=4;HIAF=0.0597;ADJAF=0.0294;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=4;HICOV=67;LSEQ=ACACATCTGAAGTAACAAAC;RSEQ=TGGACATAACACTTTTAAGT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:68:5:63,5:0.0735:62,1:4,1 chrY 22242388 . G T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=22242388;VD=3;AF=0.0714;BIAS=2:0;REFBIAS=9:30;VARBIAS=3:0;PMEAN=18;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.01916;ODDRATIO=0;MQ=40;SN=6;HIAF=0.0732;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=3;HICOV=41;LSEQ=GTGACCAAGACCATGAACCT;RSEQ=CCAGATGGAAGAAACTCTGG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:3:39,3:0.0714:9,30:3,0 chrY 22242422 . A C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=22242422;VD=5;AF=0.1613;BIAS=2:0;REFBIAS=12:13;VARBIAS=5:0;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.05245;ODDRATIO=0;MQ=32.8;SN=10;HIAF=0.1724;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=5;HICOV=29;LSEQ=ACTCTGGAAATATCTGAAGG;RSEQ=AAAAACTCTGGACATAACAT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:31:5:25,5:0.1613:12,13:5,0 chrY 22242424 . A C 137 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=32;END=22242424;VD=15;AF=0.4688;BIAS=2:2;REFBIAS=5:12;VARBIAS=13:2;PMEAN=42.1;PSTD=1;QUAL=35.3;QSTD=1;SBF=0.00159;ODDRATIO=14.0056022408964;MQ=29.6;SN=14;HIAF=0.4516;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=5.1;HICNT=14;HICOV=31;LSEQ=TCTGGAAATATCTGAAGGAA;RSEQ=AAACTCTGGACATAACATCT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:32:15:17,15:0.4688:5,12:13,2 chrY 22242425 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=22242425;VD=2;AF=0.0606;BIAS=2:0;REFBIAS=18:13;VARBIAS=0:2;PMEAN=48;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=0.19886;ODDRATIO=0;MQ=50;SN=4;HIAF=0.0606;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=33;LSEQ=CTGGAAATATCTGAAGGAAA;RSEQ=AACTCTGGACATAACATCTT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:33:2:31,2:0.0606:18,13:0,2 chrY 22242456 . A G 88 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=22242456;VD=7;AF=0.2692;BIAS=2:2;REFBIAS=12:7;VARBIAS=6:1;PMEAN=28.9;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=0.37479;ODDRATIO=3.35525432827808;MQ=30;SN=6;HIAF=0.2400;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=6;HICOV=25;LSEQ=ATAACATCTTTCAGTGCTGT;RSEQ=ACACTCACCGTAAAGGTCTA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:26:7:19,7:0.2692:12,7:6,1 chrY 22242475 . T G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=23;END=22242475;VD=2;AF=0.087;BIAS=2:0;REFBIAS=17:4;VARBIAS=0:2;PMEAN=43.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.05929;ODDRATIO=0;MQ=18;SN=4;HIAF=0.0909;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.5;HICNT=2;HICOV=22;LSEQ=TAACACTCACCGTAAAGGTC;RSEQ=ACAGTTTCATTCTTGAAGTG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:23:2:21,2:0.087:17,4:0,2 chrY 22242518 . G A 127 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=19;END=22242518;VD=11;AF=0.5789;BIAS=2:2;REFBIAS=7:1;VARBIAS=8:3;PMEAN=39.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.60268;ODDRATIO=2.50209;MQ=27.1;SN=22;HIAF=0.5789;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=4.2;HICNT=11;HICOV=19;LSEQ=CAAGACCATGAACCTGCCAG;RSEQ=AGGAAGAAACTGGACACATC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:19:11:8,11:0.5789:7,1:8,3 chrY 22242527 . A ACT 74 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=17;END=22242527;VD=4;AF=0.2353;BIAS=2:2;REFBIAS=11:2;VARBIAS=2:2;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.21891;ODDRATIO=4.83234;MQ=19.2;SN=8;HIAF=0.2353;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=4;HICOV=17;LSEQ=GAACCTGCCAGGAGGAAGAA;RSEQ=CTGGACACATCTGAAGGAAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:17:4:13,4:0.2353:11,2:2,2 chrY 22245732 . CTAAAGC TAAAG 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=4;END=22245738;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=14;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=45;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0.5;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=ACGGTGAGTGTTACAACACT;RSEQ=GTGTTATGTCCAGAGTTTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:4,0 chrY 22255295 . A G 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=21;END=22255295;VD=21;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:15;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=57.5;SN=42;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.8;HICNT=21;HICOV=21;LSEQ=AGAGTTTCTTCCTTCAGGCA;RSEQ=GTTCATGGTCTTGCTCACTT;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:21:21:0,21:1:0,0:6,15 chrY 22255364 . G A 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=22255364;VD=5;AF=0.1613;BIAS=2:2;REFBIAS=13:13;VARBIAS=2:3;PMEAN=14.2;PSTD=1;QUAL=31.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.48065;MQ=16.8;SN=4;HIAF=0.1379;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.6;HICNT=4;HICOV=29;LSEQ=GAGGGTTACAGCACTTAAAG;RSEQ=TGTTATGTCCAGAATTTTTT;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:31:5:26,5:0.1613:13,13:2,3 chrY 22255378 . A G 124 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=36;END=22255378;VD=12;AF=0.3333;BIAS=2:2;REFBIAS=11:11;VARBIAS=7:5;PMEAN=23.8;PSTD=1;QUAL=34.8;QSTD=1;SBF=0.7289;ODDRATIO=1.38619351261436;MQ=14.7;SN=11;HIAF=0.3548;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=11;HICOV=31;LSEQ=TTAAAGGTGTTATGTCCAGA;RSEQ=TTTTTTCCTTCAGATGTGTC;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:36:12:22,12:0.3333:11,11:7,5 chrY 22255386 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=39;END=22255386;VD=3;AF=0.0769;BIAS=2:0;REFBIAS=15:21;VARBIAS=3:0;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.08929;ODDRATIO=0;MQ=41;SN=2;HIAF=0.0556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=36;LSEQ=GTTATGTCCAGAATTTTTTC;RSEQ=TTCAGATGTGTCCAGAGTTT;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:39:3:36,3:0.0769:15,21:3,0 chrY 22255417 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=50;END=22255417;VD=3;AF=0.06;BIAS=2:0;REFBIAS=22:25;VARBIAS=0:3;PMEAN=20.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.24571;ODDRATIO=0;MQ=13.3;SN=2;HIAF=0.0417;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=48;LSEQ=TCCAGAGTTTCTTCCTTCTG;RSEQ=CAGGTTCATGGTCTTGCTCA;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:50:3:47,3:0.06:22,25:0,3 chrY 22255418 . C A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=50;END=22255418;VD=3;AF=0.06;BIAS=2:2;REFBIAS=21:26;VARBIAS=1:2;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.60055;MQ=22;SN=6;HIAF=0.0612;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=3;HICOV=49;LSEQ=CCAGAGTTTCTTCCTTCTGG;RSEQ=AGGTTCATGGTCTTGCTCAC;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:50:3:47,3:0.06:21,26:1,2 chrY 22255472 . G T 144 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=22255472;VD=15;AF=0.2632;BIAS=2:2;REFBIAS=17:25;VARBIAS=6:9;PMEAN=38.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.01965;MQ=17.5;SN=30;HIAF=0.3061;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.9;HICNT=15;HICOV=49;LSEQ=CTGCAGACCTTAGTGGTGAG;RSEQ=GTTACAGCACTTAAAGGTGT;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:57:15:42,15:0.2632:17,25:6,9 chrY 22255528 . GG AT 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=33;END=22255529;VD=3;AF=0.0909;BIAS=2:0;REFBIAS=8:21;VARBIAS=3:0;PMEAN=62.7;PSTD=1;QUAL=35;QSTD=1;SBF=0.03327;ODDRATIO=0;MQ=24.7;SN=6;HIAF=0.0938;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=3;HICOV=32;LSEQ=TTCCTTCAGATGTGTCCAGA;RSEQ=TTCTTCCTTCTGGCAGGTTC;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:33:3:29,3:0.0909:8,21:3,0 chrY 22255551 . T C 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=22255551;VD=3;AF=0.125;BIAS=2:0;REFBIAS=5:15;VARBIAS=3:0;PMEAN=42.7;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.03162;ODDRATIO=0;MQ=22.3;SN=6;HIAF=0.1304;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=3;HICOV=23;LSEQ=TCTTCCTTCTGGCAGGTTCA;RSEQ=GGTCTTGCTCAATTCAAGAA;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:24:3:20,3:0.125:5,15:3,0 chrY 22255688 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=24;END=22255688;VD=2;AF=0.0833;BIAS=2:0;REFBIAS=15:7;VARBIAS=2:0;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=18;SN=4;HIAF=0.0952;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=21;LSEQ=CAGGTTCATGGTCTTGCTCA;RSEQ=TTCAAGATTGAAGCTGCAGA;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:24:2:22,2:0.0833:15,7:2,0 chrY 22255744 . T A 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=26;END=22255744;VD=25;AF=0.9615;BIAS=0:2;REFBIAS=0:1;VARBIAS=19:6;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=0.26923;ODDRATIO=0;MQ=44.3;SN=50;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.9;HICNT=25;HICOV=25;LSEQ=TTACAGCAGTTAAAGGTGTT;RSEQ=TGTCCAGAGTTTTTTCCTTC;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:26:25:1,25:0.9615:0,1:19,6 chrY 22255778 . T G 55 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=48;END=22255778;VD=4;AF=0.0833;BIAS=2:0;REFBIAS=41:3;VARBIAS=0:4;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=27.5;QSTD=1;SBF=0.00018;ODDRATIO=0;MQ=12.8;SN=3;HIAF=0.0682;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=3;HICOV=44;LSEQ=TTCCTTCAGATGTGTCCAGA;RSEQ=TTTCTTCCATCTGGCAGGTT;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:48:4:44,4:0.0833:41,3:0,4 chrY 22255832 . T A 92 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=22255832;VD=8;AF=0.1356;BIAS=2:0;REFBIAS=33:14;VARBIAS=0:8;PMEAN=51;PSTD=1;QUAL=30.8;QSTD=1;SBF=0.00026;ODDRATIO=0;MQ=16.8;SN=7;HIAF=0.1321;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=7;HICOV=53;LSEQ=ACTTCAAGAGTGAAGCTGCA;RSEQ=AATTTAGTGGTGATTGTTAC;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:59:8:47,8:0.1356:33,14:0,8 chrY 22255846 . T G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=61;END=22255846;VD=3;AF=0.0492;BIAS=2:2;REFBIAS=32:26;VARBIAS=2:1;PMEAN=33.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.61261711631807;MQ=37.3;SN=6;HIAF=0.0556;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=54;LSEQ=GCTGCATAATTTAGTGGTGA;RSEQ=TGTTACAGCACTTAAAGGTG;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:61:3:58,3:0.0492:32,26:2,1 chrY 22255861 . A C 88 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=22255861;VD=7;AF=0.1186;BIAS=2:0;REFBIAS=33:19;VARBIAS=0:7;PMEAN=53.4;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=0.00193;ODDRATIO=0;MQ=13.4;SN=6;HIAF=0.1111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=6;HICOV=54;LSEQ=GGTGATTGTTACAGCACTTA;RSEQ=AGGTGTTATGTCCAGAGTTT;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:59:7:52,7:0.1186:33,19:0,7 chrY 22255861 . A C 88 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=22255861;VD=7;AF=0.1186;BIAS=2:0;REFBIAS=33:19;VARBIAS=0:7;PMEAN=53.4;PSTD=1;QUAL=31.6;QSTD=1;SBF=0.00193;ODDRATIO=0;MQ=13.4;SN=6;HIAF=0.1111;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.1;HICNT=6;HICOV=54;LSEQ=GGTGATTGTTACAGCACTTA;RSEQ=AGGTGTTATGTCCAGAGTTT;DUPRATE=0.022;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:59:7:52,7:0.1186:33,19:0,7 chrY 22269617 . T TC 123 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=12;END=22269617;VD=12;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=12:0;PMEAN=15.2;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=37.5;SN=11;HIAF=1.0000;ADJAF=0.1667;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=11;HICOV=11;LSEQ=CGGATGTGTATAGAGTTTCT;RSEQ=CTTCTGGCAGGTTCATGGTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:12:0,12:1:0,0:12,0 chrY 22269640 . C G 154 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=20;END=22269640;VD=20;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=19:1;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=38.5;SN=40;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.9;HICNT=20;HICOV=20;LSEQ=TCTGGCAGGTTCATGGTCTT;RSEQ=CTCACTTTAGGAATGAAGCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:20:20:0,20:1:0,0:19,1 chrY 22269664 . C G 188 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=34;END=22269664;VD=34;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=29:5;PMEAN=36.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=39.1;SN=68;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.6;HICNT=34;HICOV=34;LSEQ=ACTTTAGGAATGAAGCTGCA;RSEQ=ACCTTTACGGTGAGTGTTAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:34:34:0,34:1:0,0:29,5 chrY 22269751 . T A 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=94;END=22269751;VD=91;AF=0.9681;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=61:30;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=52.7;SN=44.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.6;HICNT=89;HICOV=89;LSEQ=CAGAGATTCTTTCTTCTGGC;RSEQ=GGTTCATGGACTTGCTCACT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:94:91:1,91:0.9681:1,0:61,30 chrY 22269795 . AT TA 234 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=108;END=22269796;VD=103;AF=0.9537;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=59:44;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=55.4;SN=102;HIAF=0.9808;ADJAF=0.0648;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=102;HICOV=104;LSEQ=AGAATGAAGTTCCAGACCTT;RSEQ=TGGTGAGTTTTACATCACTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:108:103:0,103:0.9537:0,0:59,44 chrY 22269987 . C G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=52;END=22269987;VD=3;AF=0.0577;BIAS=1:0;REFBIAS=2:47;VARBIAS=0:3;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=26.7;SN=6;HIAF=0.0600;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=50;LSEQ=CCTTCAGATGTGTCCAGTTT;RSEQ=TTCCTTCTGGCAGGTTCATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:52:3:49,3:0.0577:2,47:0,3 chrY 22273530 . C T 68 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=22273530;VD=4;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:0;PMEAN=8.5;PSTD=1;QUAL=34;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=54.5;SN=8;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=ACCTTCTGGCAGGTTCATGG;RSEQ=CTTGCTGACTTCAAAGAATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:4:4:0,4:1:0,0:4,0 chrY 22279481 . T C 125 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=313;END=22279481;VD=22;AF=0.0703;BIAS=2:2;REFBIAS=115:176;VARBIAS=4:18;PMEAN=26.9;PSTD=1;QUAL=28.2;QSTD=1;SBF=0.0664;ODDRATIO=2.93168;MQ=34.8;SN=2.143;HIAF=0.0502;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.4;HICNT=15;HICOV=299;LSEQ=GCGGTGAGTGTTACAGCATA;RSEQ=AAAGGTGTTATGTCCAGAGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:313:22:291,22:0.0703:115,176:4,18 chrY 22279581 . A C 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=195;END=22279581;VD=41;AF=0.2103;BIAS=1:2;REFBIAS=4:149;VARBIAS=7:34;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=0.00201;ODDRATIO=7.55572346052135;MQ=40;SN=19.5;HIAF=0.2143;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=39;HICOV=182;LSEQ=TTCAAGAATGAAGCTGCAGA;RSEQ=CTTGGTGGTGAGTTTTACAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:195:41:153,41:0.2103:4,149:7,34 chrY 22279625 . A G 186 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=147;END=22279625;VD=33;AF=0.2245;BIAS=2:2;REFBIAS=6:108;VARBIAS=9:24;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.001;ODDRATIO=6.62954123574649;MQ=42.7;SN=66;HIAF=0.2276;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=6;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=33;HICOV=145;LSEQ=TTAAAGGTGTTATGTCCGGA;RSEQ=TTTTTTCCATCAGATGTGTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:33:114,33:0.2245:6,108:9,24 chrY 22279701 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=22279701;VD=3;AF=0.0375;BIAS=2:0;REFBIAS=18:59;VARBIAS=0:3;PMEAN=11.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=38;SN=2;HIAF=0.0260;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=77;LSEQ=CTCACTTCAAGAATGAAGCT;RSEQ=CAGACATTTACGGTGAGTGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:80:3:77,3:0.0375:18,59:0,3 chrY 22279707 . A C 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=77;END=22279707;VD=24;AF=0.3117;BIAS=2:2;REFBIAS=7:45;VARBIAS=13:11;PMEAN=23.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.00046;ODDRATIO=7.34430082256169;MQ=28.5;SN=48;HIAF=0.3429;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=4.2;HICNT=24;HICOV=70;LSEQ=TCAAGAATGAAGCTGCAGAC;RSEQ=TTTACGGTGAGTGTCACAGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:77:24:52,24:0.3117:7,45:13,11 chrY 22279732 . A T 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=65;END=22279732;VD=5;AF=0.0769;BIAS=2:2;REFBIAS=20:39;VARBIAS=3:2;PMEAN=27.4;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.34079;ODDRATIO=2.87257267608871;MQ=11;SN=10;HIAF=0.0806;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=5;HICOV=62;LSEQ=CGGTGAGTGTCACAGCACTT;RSEQ=AAGGTGTTATGTCCAGAGTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:65:5:59,5:0.0769:20,39:3,2 chrY 22279771 . C T 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=63;END=22279771;VD=4;AF=0.0635;BIAS=2:2;REFBIAS=20:37;VARBIAS=2:2;PMEAN=59;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.61472;ODDRATIO=1.83042905256992;MQ=11.5;SN=3;HIAF=0.0536;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.8;HICNT=3;HICOV=56;LSEQ=TTTGTTCATTCAGATGTGTC;RSEQ=AGAATTTCTTCCTTCTGGCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:63:4:57,4:0.0635:20,37:2,2 chrY 22279831 . C T 146 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=22279831;VD=19;AF=0.3725;BIAS=2:2;REFBIAS=6:23;VARBIAS=7:12;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=34.5;QSTD=1;SBF=0.32061;ODDRATIO=2.19712615898405;MQ=27.3;SN=38;HIAF=0.4130;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=19;HICOV=46;LSEQ=TTCAAGAATGAAGCTGCAGA;RSEQ=CTTTAGGGTGAGTGTTACAG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:51:19:29,19:0.3725:6,23:7,12 chrY 22279837 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=22279837;VD=2;AF=0.0435;BIAS=2:0;REFBIAS=11:33;VARBIAS=2:0;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.07536;ODDRATIO=0;MQ=10.5;SN=4;HIAF=0.0455;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=44;LSEQ=AATGAAGCTGCAGACCTTTA;RSEQ=GGTGAGTGTTACAGCAATTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:46:2:44,2:0.0435:11,33:2,0 chrY 22357451 . C G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=22357451;VD=6;AF=0.8571;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=8.3;SN=12;HIAF=0.8571;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.8;HICNT=6;HICOV=7;LSEQ=GTGTTGCTCACTTCAAGAAT;RSEQ=AAGCTGCAGACCTTACTGGT;DUPRATE=0.039;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:7:6:0,6:0.8571:0,0:6,0 chrY 22357628 . A T 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=22357628;VD=3;AF=0.1071;BIAS=2:2;REFBIAS=10:15;VARBIAS=1:2;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.32008;MQ=22.7;SN=6;HIAF=0.1071;ADJAF=0;SHIFT3=3;MSI=2;MSILEN=2;NM=4.7;HICNT=3;HICOV=28;LSEQ=CACTTAAAGGTGTTATGTCC;RSEQ=GAGTTTGTTCCTTCAGATGT;DUPRATE=0.039;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:28:3:25,3:0.1071:10,15:1,2 chrY 22357671 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=22357671;VD=3;AF=0.1875;BIAS=2:2;REFBIAS=3:10;VARBIAS=2:1;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.21429;ODDRATIO=5.76402098103637;MQ=13.3;SN=2;HIAF=0.1429;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=14;LSEQ=CCAGAGTGTCTTCCTTCTGG;RSEQ=AGGTTCGTGGTCTTGCTCAC;DUPRATE=0.039;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:3:13,3:0.1875:3,10:2,1 chrY 22357678 . G A 110 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=15;END=22357678;VD=12;AF=0.8;BIAS=2:2;REFBIAS=1:2;VARBIAS=4:8;PMEAN=34.6;PSTD=1;QUAL=30.7;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1;MQ=5.7;SN=5;HIAF=0.7692;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=10;HICOV=13;LSEQ=GTCTTCCTTCTGGCAGGTTC;RSEQ=TGGTCTTGCTCACTTCACTA;DUPRATE=0.039;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:15:12:3,12:0.8:1,2:4,8 chrY 22454500 . T C 114 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=12;END=22454500;VD=10;AF=0.8333;BIAS=2:2;REFBIAS=1:1;VARBIAS=8:2;PMEAN=26.7;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=0.45455;ODDRATIO=3.46380325597506;MQ=0;SN=20;HIAF=0.8333;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.1;HICNT=10;HICOV=12;LSEQ=TAGTGGTGAGTGTTACAGCA;RSEQ=TTAAAGGTGTTATGTCCAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:12:10:2,10:0.8333:1,1:8,2 chrY 22454594 . A G 118 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=16;END=22454594;VD=13;AF=0.8125;BIAS=0:2;REFBIAS=2:0;VARBIAS=11:2;PMEAN=30.9;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=0;SN=5.5;HIAF=0.8462;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.1;HICNT=11;HICOV=13;LSEQ=TTGCTCATTTCAAGAATGAA;RSEQ=CTGCAGACTTTAGTGGTGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:16:13:2,13:0.8125:2,0:11,2 chrY 22463398 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=92;END=22463398;VD=2;AF=0.0217;BIAS=2:2;REFBIAS=58:32;VARBIAS=1:1;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.80005;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0225;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=89;LSEQ=TGTTCCTTCAGATGTGTCCA;RSEQ=AGTTTCTTCCTGCTGGCAGG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:92:2:90,2:0.0217:58,32:1,1 chrY 22463410 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=22463410;VD=3;AF=0.0312;BIAS=2:2;REFBIAS=57:36;VARBIAS=2:1;PMEAN=48.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.26016004032512;MQ=33.7;SN=2;HIAF=0.0222;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=90;LSEQ=TGTGTCCAGAGTTTCTTCCT;RSEQ=CTGGCAGGTTCATGGTCTTG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:3:93,3:0.0312:57,36:2,1 chrY 22463464 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=113;END=22463464;VD=2;AF=0.0177;BIAS=2:2;REFBIAS=63:47;VARBIAS=1:1;PMEAN=29;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.33686;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0187;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=107;LSEQ=TGAAGCTGCAGACCTTAGTG;RSEQ=TGAGCGTTACAGCAGTTAAG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:113:2:110,2:0.0177:63,47:1,1 chrY 22463653 . C G 213 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=22463653;VD=68;AF=0.9315;BIAS=2:1;REFBIAS=2:2;VARBIAS=3:65;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=0.02215;ODDRATIO=19.24806;MQ=59.6;SN=21.667;HIAF=0.9420;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=65;HICOV=69;LSEQ=TTCAGATGTATCCAGAGTTT;RSEQ=TTCCTTCTGGCAGGTTCATG;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:73:68:4,68:0.9315:2,2:3,65 chrY 22463861 . C T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=22463861;VD=3;AF=0.0652;BIAS=2:2;REFBIAS=26:16;VARBIAS=2:1;PMEAN=9.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.22521992697689;MQ=46.7;SN=2;HIAF=0.0541;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=37;LSEQ=TGTTACAGCAATGAAAGATG;RSEQ=TATGTCCAGAGTTTGTTCCT;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:46:3:42,3:0.0652:26,16:2,1 chrY 22463886 . A G 93 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=22463886;VD=7;AF=0.1228;BIAS=2:2;REFBIAS=30:20;VARBIAS=5:2;PMEAN=23.3;PSTD=1;QUAL=33.3;QSTD=1;SBF=0.69501;ODDRATIO=1.6525647805394;MQ=47.7;SN=6;HIAF=0.1071;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=6;HICOV=56;LSEQ=TCCAGAGTTTGTTCCTTCAG;RSEQ=TGTGTCCAGAGTTTCTTCCT;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:57:7:50,7:0.1228:30,20:5,2 chrY 22463897 . G A 80 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=59;END=22463897;VD=5;AF=0.0847;BIAS=2:2;REFBIAS=34:20;VARBIAS=3:2;PMEAN=61;PSTD=1;QUAL=34.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.1309;MQ=11.2;SN=10;HIAF=0.0862;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=5.2;HICNT=5;HICOV=58;LSEQ=TTCCTTCAGATGTGTCCAGA;RSEQ=TTTCTTCCTTCTGGCAGGTT;DUPRATE=0.013;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:59:5:54,5:0.0847:34,20:3,2 chrY 22484068 . A T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=10;END=22484068;VD=2;AF=0.2;BIAS=2:2;REFBIAS=5:2;VARBIAS=1:1;PMEAN=56.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=2.23609;MQ=17.5;SN=4;HIAF=0.2500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=8;LSEQ=TTACTGTTGAGTTTTAAAGC;RSEQ=CTTAAAGTTGTTATGTCCAG;DUPRATE=0.018;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:10:2:7,2:0.2:5,2:1,1 chrY 22484495 . T C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=125;END=22484495;VD=2;AF=0.016;BIAS=2:2;REFBIAS=71:52;VARBIAS=1:1;PMEAN=65;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.36192;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0164;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=122;LSEQ=TCAGATGTTTCCAGAGTTTC;RSEQ=TCATTCTGGCACTTTCGTGG;DUPRATE=0.018;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:125:2:123,2:0.016:71,52:1,1 chrY 22484552 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=22484552;VD=3;AF=0.0283;BIAS=2:0;REFBIAS=53:50;VARBIAS=3:0;PMEAN=22.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.24528;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0208;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=96;LSEQ=AATGAAGCTGCAGACCTTAC;RSEQ=GGTGAGTGTTACAGCACTTA;DUPRATE=0.018;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:3:103,3:0.0283:53,50:3,0 chrY 22484564 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=102;END=22484564;VD=2;AF=0.0196;BIAS=2:0;REFBIAS=51:49;VARBIAS=2:0;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.49583;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=GACCTTACCGGTGAGTGTTA;RSEQ=AGCACTTAAAGGTGTTATGT;DUPRATE=0.018;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:102:2:100,2:0.0196:51,49:2,0 chrY 22484571 . TA T 70 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=98;END=22484572;VD=4;AF=0.0408;BIAS=2:0;REFBIAS=51:43;VARBIAS=0:4;PMEAN=22.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.04938;ODDRATIO=0;MQ=54.8;SN=8;HIAF=0.0408;ADJAF=0.0102;SHIFT3=2;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=4;HICOV=98;LSEQ=CCGGTGAGTGTTACAGCACT;RSEQ=AAGGTGTTATGTCCAGAGTT;DUPRATE=0.018;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:98:4:94,4:0.0408:51,43:0,4 chrY 22484574 . AG A 238 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=99;END=22484575;VD=92;AF=0.9293;BIAS=0:2;REFBIAS=3:0;VARBIAS=48:44;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=0.24614;ODDRATIO=0;MQ=58.8;SN=91;HIAF=0.9681;ADJAF=0.1616;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=91;HICOV=94;LSEQ=GTGAGTGTTACAGCACTTAA;RSEQ=GTGTTATGTCCAGAGTTTGT;DUPRATE=0.018;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:99:92:3,92:0.9293:3,0:48,44 chrY 22526831 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=87;END=22526831;VD=2;AF=0.023;BIAS=2:2;REFBIAS=74:11;VARBIAS=1:1;PMEAN=13;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.25822;ODDRATIO=6.48425;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0235;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=85;LSEQ=ATTTAAAATCTACAAACAAT;RSEQ=CACATGAAAAATAAAACTAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:87:2:85,2:0.023:74,11:1,1 chrY 22527032 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=91;END=22527032;VD=2;AF=0.022;BIAS=2:2;REFBIAS=35:53;VARBIAS=1:1;PMEAN=11;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.5070908625081;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0230;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=87;LSEQ=GAGAGAAAAACTACTCTATA;RSEQ=CAAAAAAAAGTTAAAAAGTA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:91:2:88,2:0.022:35,53:1,1 chrY 22529319 . A T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=22529319;VD=2;AF=0.0171;BIAS=2:0;REFBIAS=44:71;VARBIAS=0:2;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.52667;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0172;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=116;LSEQ=GATGCAGTTGGTTTATTAAA;RSEQ=GACACTGCTAAAAATAAACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:2:115,2:0.0171:44,71:0,2 chrY 22529438 . T C 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=56;END=22529438;VD=56;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:56;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=112;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=56;HICOV=56;LSEQ=TATCACATGAGGTCAGCAGT;RSEQ=GGAGACCAACCTGGCCAACA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:56:56:0,56:1:0,0:0,56 chrY 22540538 . GTATA G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=2;END=22540542;VD=2;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=1.0000;ADJAF=0.5;SHIFT3=30;MSI=17;MSILEN=2;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=2;LSEQ=ATATATATACATATATATGT;RSEQ=TATATATATATATATATATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:2:2:0,2:1:0,0:2,0 chrY 22552145 . TA T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=125;END=22552146;VD=2;AF=0.016;BIAS=2:2;REFBIAS=42:81;VARBIAS=1:1;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.91780296492338;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=124;LSEQ=TAAGTAGGAGATGGCTAGTG;RSEQ=AAAAAAAATCAAGATGTTTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:125:2:123,2:0.016:42,81:1,1 chrY 22567146 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=22567146;VD=2;AF=0.0126;BIAS=2:2;REFBIAS=75:82;VARBIAS=1:1;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.09271704092225;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=157;LSEQ=TATCCCATTTATAGTGCCCC;RSEQ=ACTTGCCACACCAGTAACAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:2:157,2:0.0126:75,82:1,1 chrY 22570304 . T G 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=22570304;VD=2;AF=0.0126;BIAS=2:0;REFBIAS=140:17;VARBIAS=2:0;PMEAN=28.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=147;LSEQ=TCAGGGGCTGAAGTGCTGAT;RSEQ=TATAGGGACTGCTCATCTTA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:2:157,2:0.0126:140,17:2,0 chrY 22570828 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=22570828;VD=2;AF=0.0134;BIAS=1:0;REFBIAS=0:147;VARBIAS=0:2;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0135;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=148;LSEQ=TTCCAGTGCATTTCTGAAAT;RSEQ=AGACAGAGCTGAGCTTTTGA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:2:147,2:0.0134:0,147:0,2 chrY 22572234 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=100;END=22572234;VD=2;AF=0.02;BIAS=2:2;REFBIAS=28:70;VARBIAS=1:1;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.49798;ODDRATIO=2.4740227610094;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0202;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=99;LSEQ=TATATTTTGTAGGCTTGCCT;RSEQ=ATATGGCTGCAAAGAGGTCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:100:2:98,2:0.02:28,70:1,1 chrY 22582145 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=168;END=22582145;VD=3;AF=0.0179;BIAS=2:2;REFBIAS=74:91;VARBIAS=2:1;PMEAN=15;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.59015;ODDRATIO=2.44660289188462;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0122;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=164;LSEQ=GAGGAACCGCATTTCCTGGC;RSEQ=ATTGTGAACTCAAGTCCAAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:168:3:165,3:0.0179:74,91:2,1 chrY 22586665 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=22586665;VD=2;AF=0.0208;BIAS=2:2;REFBIAS=80:14;VARBIAS=1:1;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.28947;ODDRATIO=5.55499;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0217;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=92;LSEQ=TTTGATTAAATAACTGGGTA;RSEQ=TATGGCTTAATCACATTGAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:2:94,2:0.0208:80,14:1,1 chrY 22586729 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=22586729;VD=2;AF=0.0137;BIAS=2:2;REFBIAS=101:42;VARBIAS=1:1;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.50661;ODDRATIO=2.38839;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=144;LSEQ=TAGTCAGCAATTACAAGGAG;RSEQ=AAACTATTGATATACATAAC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:146:2:143,2:0.0137:101,42:1,1 chrY 22591468 . C T 73 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=6;END=22591468;VD=6;AF=1;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=28.8;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=4;HICOV=4;LSEQ=TTCTCACTCATAGGTGGGAA;RSEQ=TGAACAATGAGAACACTTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:6:6:0,6:1:0,0:6,0 chrY 22597047 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=126;END=22597047;VD=2;AF=0.0159;BIAS=2:2;REFBIAS=82:42;VARBIAS=1:1;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.94134;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=TGCCCCCCCACCCAGTGCTC;RSEQ=GGGTGGCCCAGGGCTTCCCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:126:2:124,2:0.0159:82,42:1,1 chrY 22611693 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=117;END=22611693;VD=2;AF=0.0171;BIAS=2:2;REFBIAS=91:24;VARBIAS=1:1;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.38314;ODDRATIO=3.73555;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0175;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=114;LSEQ=TGAAACAAGCCCCAGTCTCC;RSEQ=TCTTTCCCCTCCAACATACA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:117:2:115,2:0.0171:91,24:1,1 chrY 22611746 . CT C 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=165;END=22611747;VD=5;AF=0.0303;BIAS=2:2;REFBIAS=93:67;VARBIAS=3:2;PMEAN=22.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.08015856727768;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0305;ADJAF=0.0061;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=164;LSEQ=GGGCATAGTAAGGTCCAGGT;RSEQ=TTTTTTTCCTACAGGACTCA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:5:160,5:0.0303:93,67:3,2 chrY 22611900 . C CT 62 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=97;END=22611900;VD=3;AF=0.0309;BIAS=2:2;REFBIAS=19:67;VARBIAS=1:2;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=0.53864;ODDRATIO=1.75036320036408;MQ=64;SN=6;HIAF=0.0400;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.4;HICNT=3;HICOV=75;LSEQ=TTTTGTTTTGTTTTTTGTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTGGAGACGGG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:97:3:86,3:0.0309:19,67:1,2 chrY 22616369 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=44;END=22616369;VD=2;AF=0.0455;BIAS=1:0;REFBIAS=42:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=57;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0455;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=44;LSEQ=GCTTGGGGCTTTCTTATCTT;RSEQ=TGGCAAATATTCTCACCCTC;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:44:2:42,2:0.0455:42,0:2,0 chrY 22616713 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=89;END=22616713;VD=2;AF=0.0225;BIAS=2:2;REFBIAS=26:61;VARBIAS=1:1;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.51711;ODDRATIO=2.32110113037625;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0225;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=89;LSEQ=TCTATCTCTCTCTCTTTTTT;RSEQ=TTTTTTATTTTGTGAGACAG;DUPRATE=0.012;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:89:2:87,2:0.0225:26,61:1,1 chrY 22621843 . T G 252 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=140;END=22621843;VD=137;AF=0.9786;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=90:47;PMEAN=37.6;PSTD=1;QUAL=35.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=59.9;SN=33.25;HIAF=0.9852;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=133;HICOV=135;LSEQ=ATTATTGCCTCAATTTCAGA;RSEQ=CCTGTTATTGGTCTATTCAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:140:137:1,137:0.9786:1,0:90,47 chrY 22621948 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=22621948;VD=2;AF=0.0117;BIAS=2:2;REFBIAS=77:91;VARBIAS=1:1;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.18065148348859;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=TCTAGATTTTCTAGTTTATT;RSEQ=GCAAAGAGGTGTTATAGTAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:2:168,2:0.0117:77,91:1,1 chrY 22627216 . CT C 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=105;END=22627217;VD=9;AF=0.0857;BIAS=2:2;REFBIAS=31:64;VARBIAS=2:7;PMEAN=28.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.71559;ODDRATIO=1.68747;MQ=60;SN=18;HIAF=0.0938;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.4;HICNT=9;HICOV=96;LSEQ=TGGTAATTTTAGATCTATGT;RSEQ=TTTTTTTTTTTAAACAGGAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:105:9:95,9:0.0857:31,64:2,7 chrY 22634856 . TTTTA T 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=48;END=22634860;VD=30;AF=0.625;BIAS=2:1;REFBIAS=10:8;VARBIAS=0:30;PMEAN=45.7;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1e-05;ODDRATIO=0;MQ=58.6;SN=60;HIAF=0.6250;ADJAF=0.0417;SHIFT3=43;MSI=11;MSILEN=4;NM=0.9;HICNT=30;HICOV=48;LSEQ=TAAATCCAAGGGTGAGTACA;RSEQ=TTTATTTATTTATTTATTTA;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:48:30:18,30:0.625:10,8:0,30 chrY 22638976 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=110;END=22638976;VD=2;AF=0.0182;BIAS=2:2;REFBIAS=69:39;VARBIAS=1:1;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.7595;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0183;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=109;LSEQ=AGTATGCCTCTTCTTACAAC;RSEQ=AGGTCTAAAGGTAAAAGTAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:110:2:108,2:0.0182:69,39:1,1 chrY 22657115 . GT G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=138;END=22657116;VD=2;AF=0.0145;BIAS=2:2;REFBIAS=69:66;VARBIAS=1:1;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.04513;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0159;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=126;LSEQ=AGAAATTTCCATACATTCAC;RSEQ=TTTTTTTGGAGACAGAGGCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:138:2:135,2:0.0145:69,66:1,1 chrY 22672082 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=172;END=22672082;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:0;REFBIAS=109:61;VARBIAS=2:0;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53958;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=170;LSEQ=CTCTCAGGAGTTCTCTTCTC;RSEQ=TAGACCAGAAGGGACCCATG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:172:2:170,2:0.0116:109,61:2,0 chrY 22672088 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=182;END=22672088;VD=2;AF=0.011;BIAS=2:0;REFBIAS=113:67;VARBIAS=0:2;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.14243;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=GGAGTTCTCTTCTCCTAGAC;RSEQ=AGAAGGGACCCATGATAGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:2:180,2:0.011:113,67:0,2 chrY 22682062 . G C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=22682062;VD=2;AF=0.0137;BIAS=2:2;REFBIAS=92:52;VARBIAS=1:1;PMEAN=40.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.76187;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=144;LSEQ=TGAGTTGGTTGATAAGCAGT;RSEQ=GCTCTAAGAAAGGTCAGCTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:146:2:144,2:0.0137:92,52:1,1 chrY 22689809 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=22689809;VD=2;AF=0.0202;BIAS=2:2;REFBIAS=22:74;VARBIAS=1:1;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.41616;ODDRATIO=3.31180659049512;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=ACAGAGTCTCACCCTTTCAC;RSEQ=AGGCAGGAGTGCAGTGCCAC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:2:96,2:0.0202:22,74:1,1 chrY 22696869 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=129;END=22696869;VD=2;AF=0.0155;BIAS=2:2;REFBIAS=77:50;VARBIAS=1:1;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.53465;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=124;LSEQ=AGCATTAGATTAGACTGAGT;RSEQ=ATAAGTGGTTTCAGCTTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:129:2:127,2:0.0155:77,50:1,1 chrY 22696957 . 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G C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=22712150;VD=2;AF=0.0208;BIAS=2:2;REFBIAS=18:76;VARBIAS=1:1;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.35833;ODDRATIO=4.13650465356774;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0215;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=93;LSEQ=GATAAGGTAAAGTTGATATT;RSEQ=AGCTGAACAGATAGTTCTTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:2:94,2:0.0208:18,76:1,1 chrY 22722112 . GA G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=137;END=22722113;VD=3;AF=0.0219;BIAS=2:0;REFBIAS=76:58;VARBIAS=0:3;PMEAN=40.3;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.08585;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0224;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=134;LSEQ=TGCCCATGTCCACAAAAAGA;RSEQ=AAAAAAAAATGTCCTGATCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:137:3:134,3:0.0219:76,58:0,3 chrY 22722128 . 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T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=22800824;VD=2;AF=0.0134;BIAS=2:2;REFBIAS=97:49;VARBIAS=1:1;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.96983;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=TTTAAATTTGAGAGTTCCAG;RSEQ=GTTAAGTAGATATATATGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:2:146,2:0.0134:97,49:1,1 chrY 22800905 . A AT 39 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=140;END=22800905;VD=2;AF=0.0143;BIAS=2:2;REFBIAS=50:82;VARBIAS=1:1;PMEAN=51.1;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.63363991309036;MQ=63.2;SN=4;HIAF=0.0154;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=130;LSEQ=ATATAATGCCTCTCTGTGTA;RSEQ=TTTTTTTTTCTTTTTCTTTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:140:2:132,2:0.0143:50,82:1,1 chrY 22800915 . C A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=128;END=22800915;VD=2;AF=0.0156;BIAS=2:0;REFBIAS=43:81;VARBIAS=2:0;PMEAN=10.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=0.12571;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0183;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=109;LSEQ=TCTCTGTGTAATTTTTTTTT;RSEQ=TTTTTCTTTTTTTTTTGGAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:128:2:124,2:0.0156:43,81:2,0 chrY 22800921 . C CT 85 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=124;END=22800921;VD=5;AF=0.0403;BIAS=2:2;REFBIAS=38:71;VARBIAS=3:2;PMEAN=49.6;PSTD=1;QUAL=36.7;QSTD=1;SBF=0.34861;ODDRATIO=2.77561896302876;MQ=63.6;SN=10;HIAF=0.0549;ADJAF=0;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=5;HICOV=91;LSEQ=TGTAATTTTTTTTTCTTTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTGGAGACAGAA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:5:109,5:0.0403:38,71:3,2 chrY 22807113 . 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C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=22812011;VD=2;AF=0.0141;BIAS=2:2;REFBIAS=45:95;VARBIAS=1:1;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.5445;ODDRATIO=2.09903234608845;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=TAGGAATCAATGGAACTGGA;RSEQ=TGGATCCCCAAGGAAATATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:2:140,2:0.0141:45,95:1,1 chrY 22817022 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=22817022;VD=3;AF=0.0182;BIAS=2:2;REFBIAS=83:79;VARBIAS=1:2;PMEAN=65;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.6159;ODDRATIO=2.09214;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=TTATAATTTCCTGCTACTCC;RSEQ=CACACCATTTGTGAACTTTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:3:162,3:0.0182:83,79:1,2 chrY 22817083 . 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T C 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=143;END=22832073;VD=2;AF=0.014;BIAS=2:2;REFBIAS=105:36;VARBIAS=1:1;PMEAN=57;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.45189;ODDRATIO=2.89073;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0143;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=140;LSEQ=AGATTAACCTGGACATTTCT;RSEQ=CAGTTAAATAAAAATTAGGC;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:143:2:141,2:0.014:105,36:1,1 chrY 22840002 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=131;END=22840002;VD=2;AF=0.0153;BIAS=2:2;REFBIAS=92:37;VARBIAS=1:1;PMEAN=36.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.49759;ODDRATIO=2.46686;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0160;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=125;LSEQ=TCCCTAACTCAATTTATGAG;RSEQ=CCAGCATCATCCTGTTACCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:131:2:129,2:0.0153:92,37:1,1 chrY 22862078 . 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C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=146;END=23201142;VD=2;AF=0.0137;BIAS=2:2;REFBIAS=70:74;VARBIAS=1:1;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.05676966648349;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0141;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=142;LSEQ=CAAGAGGTAAAAGTACTGTC;RSEQ=AATACTTTTTAAGTTGGAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:146:2:144,2:0.0137:70,74:1,1 chrY 23206338 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=23206338;VD=2;AF=0.0211;BIAS=2:2;REFBIAS=49:44;VARBIAS=1:1;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.11237;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0217;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=92;LSEQ=GTTTTGGGTCCATGGATAAA;RSEQ=CGTGTCTCCTTTGTCCCTAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:2:93,2:0.0211:49,44:1,1 chrY 23225335 . 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GA G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=151;END=23272068;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=108:41;VARBIAS=1:1;PMEAN=16.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.48026;ODDRATIO=2.61462;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0133;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=150;LSEQ=AAATACATACTTTTACATTT;RSEQ=AAAACACCTTGCACACAGAG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:2:149,2:0.0132:108,41:1,1 chrY 23272285 . T TTTTC 197 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=97;END=23272285;VD=51;AF=0.5258;BIAS=1:1;REFBIAS=0:36;VARBIAS=0:51;PMEAN=31;PSTD=1;QUAL=34.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60.1;SN=102;HIAF=0.6071;ADJAF=0.1546;SHIFT3=64;MSI=17;MSILEN=4;NM=1.1;HICNT=51;HICOV=84;LSEQ=AATTAGGAAAACATACACAG;RSEQ=TTTCTTTCTTTCTTTCTTTC;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:97:51:36,51:0.5258:0,36:0,51 chrY 23276390 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=161;END=23276390;VD=2;AF=0.0124;BIAS=2:0;REFBIAS=84:75;VARBIAS=0:2;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.22717;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=158;LSEQ=TCCCAATGTTTTCCTCTAGT;RSEQ=GTTTCATGGCTTGAGATCTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:161:2:159,2:0.0124:84,75:0,2 chrY 23281988 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=176;END=23281988;VD=2;AF=0.0114;BIAS=2:2;REFBIAS=99:74;VARBIAS=1:1;PMEAN=35.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.33557;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0119;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=168;LSEQ=ACAATGTGGGTAGAAGTGCT;RSEQ=CATCAAAATTAGATCATGGC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:176:2:173,2:0.0114:99,74:1,1 chrY 23292078 . T G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=23292078;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=103:47;VARBIAS=1:1;PMEAN=33;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53329;ODDRATIO=2.17908;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0140;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=143;LSEQ=TAAAATTAACAATTAAATAT;RSEQ=TTAAGCTGCACAATTTCAGT;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:2:150,2:0.0132:103,47:1,1 chrY 23316897 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=51;END=23316897;VD=2;AF=0.0392;BIAS=1:0;REFBIAS=49:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=51.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0408;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=49;LSEQ=GATCTTTGGTTTCAAATGTA;RSEQ=AGAGATCAGTGGTGTAATTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:51:2:49,2:0.0392:49,0:2,0 chrY 23317053 . 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T A 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=132;END=23327163;VD=2;AF=0.0152;BIAS=2:0;REFBIAS=36:94;VARBIAS=0:2;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0160;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=125;LSEQ=TTTATCATTTCTAACAGTTC;RSEQ=TTTTCAATAATATCTCTCTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:132:2:130,2:0.0152:36,94:0,2 chrY 23327296 . C CT 91 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=43;END=23327296;VD=5;AF=0.1163;BIAS=1:0;REFBIAS=0:36;VARBIAS=0:5;PMEAN=50.6;PSTD=1;QUAL=39.5;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=64;SN=10;HIAF=0.1429;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.9;HICNT=5;HICOV=35;LSEQ=TTTTGCATTGAGTAAGATCT;RSEQ=TTTTTTTTTTTGTGAGGTGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:43:5:36,5:0.1163:0,36:0,5 chrY 23336974 . 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C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=100;END=23355138;VD=2;AF=0.02;BIAS=2:2;REFBIAS=25:73;VARBIAS=1:1;PMEAN=37.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.45434;ODDRATIO=2.88292443855047;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0202;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=99;LSEQ=AACCTCAACTTGACTTTTAT;RSEQ=TCCCAGCATTCCCATGTGTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:100:2:98,2:0.02:25,73:1,1 chrY 23376960 . AAAT A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=52;END=23376963;VD=2;AF=0.0385;BIAS=1:0;REFBIAS=48:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0385;ADJAF=0;SHIFT3=14;MSI=5;MSILEN=3;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=52;LSEQ=ACTGAGTGAAACTCCATCTC;RSEQ=AATAATAATAATAAACAATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:52:2:50,2:0.0385:48,2:2,0 chrY 23402132 . 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A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=106;END=23464434;VD=2;AF=0.0189;BIAS=2:2;REFBIAS=29:74;VARBIAS=1:1;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.49176;ODDRATIO=2.52576278035967;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0198;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=101;LSEQ=TCAAAAAAGTCGATCTCATG;RSEQ=GACCTTACTTACTATCATGA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:106:2:103,2:0.0189:29,74:1,1 chrY 23476936 . T G 148 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=23476936;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:17;PMEAN=35.7;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=17;HICOV=17;LSEQ=TTTGTTCAGTTTCTTTGTTG;RSEQ=GTTGGAGTCTTGTTCTCACC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:17:0,17:1:0,0:0,17 chrY 23481285 . 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A T 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=37;END=23495907;VD=2;AF=0.0541;BIAS=1:0;REFBIAS=35:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=14;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0556;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=3;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=36;LSEQ=CACTGGATTGCATTGGCATC;RSEQ=TCATAGCTCACTGCAGGCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:37:2:35,2:0.0541:35,0:2,0 chrY 23511743 . A C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=23511743;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=100:48;VARBIAS=1:1;PMEAN=11.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.5481;ODDRATIO=2.0723;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0136;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=147;LSEQ=TTATTGTACTTGGCTTAATT;RSEQ=GTTGTATACAGTGCAGCAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:2:148,2:0.0132:100,48:1,1 chrY 23516144 . G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=23516144;VD=3;AF=0.0166;BIAS=2:0;REFBIAS=86:92;VARBIAS=0:3;PMEAN=30;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.2477;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=167;LSEQ=TGCCAAAGTATTAACACACA;RSEQ=TATCATACATATGAGATTCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:3:178,3:0.0166:86,92:0,3 chrY 23526777 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=73;END=23526777;VD=2;AF=0.0274;BIAS=2:2;REFBIAS=22:49;VARBIAS=1:1;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53387;ODDRATIO=2.20046209704038;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0290;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=69;LSEQ=CCATGAAATGGTATCATCTC;RSEQ=AGCACCCTGAGTAGGAATAG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:73:2:71,2:0.0274:22,49:1,1 chrY 23531481 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=23531481;VD=2;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=100:62;VARBIAS=1:1;PMEAN=49.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.60797;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0124;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=161;LSEQ=TAAGACATCTCAGCACACAG;RSEQ=GAGGTGAAGGAAAAGTCCCT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:162,2:0.0122:100,62:1,1 chrY 23535788 . CA C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=105;END=23535789;VD=2;AF=0.019;BIAS=2:2;REFBIAS=81:22;VARBIAS=1:1;PMEAN=20.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=0.39176;ODDRATIO=3.62265;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0190;ADJAF=0.0095;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=105;LSEQ=AGCTGGGGAATCATTAAGAA;RSEQ=AAAAAAATGTCCTTTTCTTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:105:2:103,2:0.019:81,22:1,1 chrY 23547004 . 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C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=149;END=23562071;VD=3;AF=0.0201;BIAS=2:2;REFBIAS=73:72;VARBIAS=1:2;PMEAN=47.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=2.01845;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0140;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=143;LSEQ=TTCAAGAGTTAACAGAATTA;RSEQ=ATAAAAGTTTAAAGCTTTAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:149:3:145,3:0.0201:73,72:1,2 chrY 23562169 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=77;END=23562169;VD=2;AF=0.026;BIAS=1:0;REFBIAS=0:75;VARBIAS=0:2;PMEAN=31.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0294;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=68;LSEQ=AAAACAAATCCTCAAACACA;RSEQ=TGGGGAAATGAGTAATTAGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:77:2:75,2:0.026:0,75:0,2 chrY 23567201 . 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C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=173;END=23621887;VD=2;AF=0.0116;BIAS=2:0;REFBIAS=99:72;VARBIAS=2:0;PMEAN=60.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.51122;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0118;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=169;LSEQ=TGGCAAGCTGTGATCAACAG;RSEQ=CATGGAAGTGATTTCTGCTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:173:2:171,2:0.0116:99,72:2,0 chrY 23631629 . A C 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=23631629;VD=58;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=58:0;PMEAN=38.8;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=57;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=57;HICOV=57;LSEQ=CACAGACACCACAACAGGAG;RSEQ=CTTAACTTCTTCAACTGGTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:58:58:0,58:1:0,0:58,0 chrY 23650051 . TTTC T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=95;END=23650054;VD=2;AF=0.0211;BIAS=2:2;REFBIAS=35:58;VARBIAS=1:1;PMEAN=64;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.647935137273;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0225;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=89;LSEQ=TGACATAGTTTTTTTTTTTT;RSEQ=CTACATGGTCCACTTACATG;DUPRATE=0.01;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:2:93,2:0.0211:35,58:1,1 chrY 23679353 . C G 171 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=31;END=23679353;VD=25;AF=0.8065;BIAS=0:1;REFBIAS=0:6;VARBIAS=0:25;PMEAN=41.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=0;SN=50;HIAF=0.8065;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=25;HICOV=31;LSEQ=GAAGTAACACACATTTGAAA;RSEQ=TGAGTTGTGTTTGTGAATGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:31:25:6,25:0.8065:0,6:0,25 chrY 23702825 . A G 185 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=261;END=23702825;VD=39;AF=0.1494;BIAS=1:1;REFBIAS=5:216;VARBIAS=0:39;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=35.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=14.8;SN=38;HIAF=0.1496;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=38;HICOV=254;LSEQ=AAAGGTGTATTATAAGAATG;RSEQ=TTGAACTAATATCTAAAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:261:39:221,39:0.1494:5,216:0,39 chrY 23756356 . CTG C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=7;END=23756358;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=30.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=6;HIAF=0.5000;ADJAF=0;SHIFT3=20;MSI=11;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=3;HICOV=6;LSEQ=GTGTTGTGAGTGTAGGATTT;RSEQ=TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:4,3:0.4286:4,0:3,0 chrY 23756608 . 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G T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=177;END=23766990;VD=3;AF=0.0169;BIAS=2:2;REFBIAS=125:49;VARBIAS=1:2;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.19973;ODDRATIO=5.04768;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0172;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=3;HICOV=174;LSEQ=CCACAGGGACTTGCGGCTAG;RSEQ=GAAAGGAGGCATTTATTGTG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:177:3:174,3:0.0169:125,49:1,2 chrY 23767046 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=256;END=23767046;VD=3;AF=0.0117;BIAS=2:2;REFBIAS=153:100;VARBIAS=1:2;PMEAN=34.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.56517;ODDRATIO=3.04646;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0081;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=247;LSEQ=CACAGCTCAGGCCCTGTGCC;RSEQ=TAAGACTAGCGCATGTGCAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:256:3:253,3:0.0117:153,100:1,2 chrY 23772124 . 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G T 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=225;END=23777014;VD=3;AF=0.0133;BIAS=2:0;REFBIAS=14:208;VARBIAS=0:3;PMEAN=44.7;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0092;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=217;LSEQ=TGTGGTGAAGGAAAATCCTA;RSEQ=GATGAGAAAATTGAGTCAGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:225:3:222,3:0.0133:14,208:0,3 chrY 23785472 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=166;END=23785472;VD=2;AF=0.012;BIAS=2:2;REFBIAS=134:30;VARBIAS=1:1;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.33954;ODDRATIO=4.41041;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0120;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=166;LSEQ=TCCATGAGACCATCAGTTTC;RSEQ=CCACTAGAGTTCTGGATATC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:164,2:0.012:134,30:1,1 chrY 23806950 . 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C A 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=142;END=23865166;VD=3;AF=0.0211;BIAS=2:2;REFBIAS=124:15;VARBIAS=2:1;PMEAN=35;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=0.30327;ODDRATIO=4.06779;MQ=60;SN=6;HIAF=0.0219;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=3;HICOV=137;LSEQ=CGTGGACAACTCACTTTCCT;RSEQ=CACAAGAAGTTAACTTATTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:142:3:139,3:0.0211:124,15:2,1 chrY 23865245 . T TA 71 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=242;END=23865245;VD=4;AF=0.0165;BIAS=2:0;REFBIAS=128:97;VARBIAS=4:0;PMEAN=34.2;PSTD=1;QUAL=35.5;QSTD=1;SBF=0.13931;ODDRATIO=0;MQ=63.2;SN=8;HIAF=0.0179;ADJAF=0.0041;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=4;HICOV=224;LSEQ=TTAATTTCTTGGCCTTTAGA;RSEQ=AAAAAAAAATCTATGTGACA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:242:4:225,4:0.0165:128,97:4,0 chrY 23865420 . CT C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=146;END=23865421;VD=2;AF=0.0137;BIAS=2:2;REFBIAS=20:124;VARBIAS=1:1;PMEAN=21.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.26783;ODDRATIO=6.07496506895085;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0139;ADJAF=0;SHIFT3=5;MSI=6;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=144;LSEQ=CTTGTTGTCCTCAGGGTTTT;RSEQ=TTTTTAATTTCTCAAGAGCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:146:2:144,2:0.0137:20,124:1,1 chrY 23870007 . CT C 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=115;END=23870008;VD=6;AF=0.0522;BIAS=1:0;REFBIAS=109:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=48.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=12;HIAF=0.0531;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.3;HICNT=6;HICOV=113;LSEQ=GCCACAACACCTGGCTTAAG;RSEQ=TTTTTTTTTAATTTAGAGTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:6:109,6:0.0522:109,0:6,0 chrY 23883220 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=167;END=23883220;VD=3;AF=0.018;BIAS=1:0;REFBIAS=0:164;VARBIAS=0:3;PMEAN=24.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=47;SN=2;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=157;LSEQ=CACCTCGTCTCATTTTAACA;RSEQ=TTTATATTTTGATAACCAAG;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:167:3:164,3:0.018:0,164:0,3 chrY 23896381 . C A 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=247;END=23896381;VD=4;AF=0.0162;BIAS=2:2;REFBIAS=84:158;VARBIAS=2:2;PMEAN=49;PSTD=1;QUAL=30.5;QSTD=1;SBF=0.61307;ODDRATIO=1.87589104824792;MQ=60;SN=3;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.2;HICNT=3;HICOV=238;LSEQ=ACTCTGGATGCCTTTTTGGC;RSEQ=TGAGTAGAGAATGCCTATGC;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:247:4:242,4:0.0162:84,158:2,2 chrY 23952028 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=274;END=23952028;VD=3;AF=0.0109;BIAS=2:2;REFBIAS=164:107;VARBIAS=2:1;PMEAN=27.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.30364499139594;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0075;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.3;HICNT=2;HICOV=268;LSEQ=ATCTCTCTTTTCCTTTTGGG;RSEQ=CTGTTCCTCTCAGTCCCTAT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:274:3:271,3:0.0109:164,107:2,1 chrY 23952170 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=23952170;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=28:121;VARBIAS=1:1;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.34826;ODDRATIO=4.26384684262141;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0135;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=8;MSILEN=3;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=148;LSEQ=AAAACTTTGTCTCAAAATAA;RSEQ=AATAATAATAATAATAATAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:2:149,2:0.0132:28,121:1,1 chrY 23961933 . GTA G 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=198;END=23961935;VD=8;AF=0.0404;BIAS=2:2;REFBIAS=112:78;VARBIAS=5:3;PMEAN=45.1;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.15982370679657;MQ=60;SN=16;HIAF=0.0408;ADJAF=0;SHIFT3=12;MSI=7;MSILEN=2;NM=1.1;HICNT=8;HICOV=196;LSEQ=AATTACATATGTGTGCATAT;RSEQ=TATATATATATACAGAGAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:198:8:190,8:0.0404:112,78:5,3 chrY 23966382 . CT C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=166;END=23966383;VD=2;AF=0.012;BIAS=2:0;REFBIAS=126:38;VARBIAS=2:0;PMEAN=33.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=AATGGGTTTTCGCAGTCAGC;RSEQ=TTTTCCCGATAACAGGCTGC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:166:2:164,2:0.012:126,38:2,0 chrY 23966584 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=23966584;VD=2;AF=0.0115;BIAS=2:2;REFBIAS=59:113;VARBIAS=1:1;PMEAN=9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.90766882869134;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0116;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=172;LSEQ=CTGCATCTTGACGGAGAAGG;RSEQ=GACCTCCGTGGAGGTGTGTT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:2:172,2:0.0115:59,113:1,1 chrY 23978299 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=158;END=23978299;VD=3;AF=0.019;BIAS=2:2;REFBIAS=11:144;VARBIAS=1:2;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=0.21223;ODDRATIO=6.38895987733197;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0130;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=2;HICOV=154;LSEQ=CATCAGCAGTTCTGTACACC;RSEQ=TTATCATGCTTGCCATCAAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:158:3:155,3:0.019:11,144:1,2 chrY 23981829 . GGA G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=147;END=23981831;VD=2;AF=0.0136;BIAS=2:2;REFBIAS=103:42;VARBIAS=1:1;PMEAN=10.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.50089;ODDRATIO=2.43545;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0147;ADJAF=0.0068;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=136;LSEQ=GTGGGAGGCTTGCGAGTGTT;RSEQ=TATGTGTGTGTGTGTGTGTG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:147:2:145,2:0.0136:103,42:1,1 chrY 23991299 . T G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=23991299;VD=2;AF=0.0345;BIAS=1:0;REFBIAS=56:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=48.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0385;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=52;LSEQ=GATTGGGATATAGTCTGTTG;RSEQ=GTTGTTCAGTGTTCTTTGGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:58:2:56,2:0.0345:56,0:2,0 chrY 23996670 . 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C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=130;END=24001952;VD=2;AF=0.0154;BIAS=2:0;REFBIAS=117:11;VARBIAS=2:0;PMEAN=56;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0157;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=127;LSEQ=CAGTATGCACACTGGTTATG;RSEQ=TGCAGGTGTGGTTGGTCAAA;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:130:2:128,2:0.0154:117,11:2,0 chrY 24001979 . GT G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=156;END=24001980;VD=2;AF=0.0128;BIAS=2:2;REFBIAS=121:33;VARBIAS=1:1;PMEAN=40;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.3895;ODDRATIO=3.62684;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=7;MSI=8;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=152;LSEQ=TGTGGTTGGTCAAACTGGGT;RSEQ=TTTTTTTCCAGGGCCTCCCT;DUPRATE=0.001;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:156:2:154,2:0.0128:121,33:1,1 chrY 24006762 . 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C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=85;END=24467072;VD=2;AF=0.0235;BIAS=2:2;REFBIAS=52:31;VARBIAS=1:1;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.66673;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0244;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=82;LSEQ=TTCTAGTCGGGATGAACATT;RSEQ=CTCTGTAGGATATAGGTACT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:85:2:83,2:0.0235:52,31:1,1 chrY 24467178 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=96;END=24467178;VD=2;AF=0.0208;BIAS=2:2;REFBIAS=45:49;VARBIAS=1:1;PMEAN=34;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.08791435938163;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0217;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=92;LSEQ=TTCAATTTACTGATCCTGTT;RSEQ=GCTATGGTGAGACCAGTGGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:96:2:94,2:0.0208:45,49:1,1 chrY 24485562 . A G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=4;END=24485562;VD=3;AF=0.75;BIAS=0:0;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:3;PMEAN=38;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=53.3;SN=6;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=3;HICOV=3;LSEQ=ATATTTGATTTTCTGTTTCT;RSEQ=CATTAATATGTTCAGGTTAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:4:3:0,3:0.75:0,0:0,3 chrY 24496621 . GA G 84 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=114;END=24496622;VD=5;AF=0.0439;BIAS=2:2;REFBIAS=93:16;VARBIAS=4:1;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.2;QSTD=1;SBF=0.561;ODDRATIO=1.44778;MQ=60;SN=10;HIAF=0.0442;ADJAF=0.0088;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.6;HICNT=5;HICOV=113;LSEQ=TAAAGAAACCGACGTGAACT;RSEQ=AAAAAAAATGGATGATTGAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:114:5:109,5:0.0439:93,16:4,1 chrY 24496644 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=134;END=24496644;VD=2;AF=0.0149;BIAS=2:2;REFBIAS=99:33;VARBIAS=1:1;PMEAN=13;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.44451;ODDRATIO=2.97043;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0161;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=124;LSEQ=AAAAAAATGGATGATTGAAG;RSEQ=TTGTTTAACGGCCAGTCTTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:134:2:132,2:0.0149:99,33:1,1 chrY 24496773 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=186;END=24496773;VD=2;AF=0.0108;BIAS=2:2;REFBIAS=69:115;VARBIAS=1:1;PMEAN=50;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.66181969256336;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.5;HICNT=2;HICOV=181;LSEQ=GCTGCCTCAAAGATCATCCT;RSEQ=TACATTTCTAGCTTGAAATA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:186:2:184,2:0.0108:69,115:1,1 chrY 24503106 . CA C 142 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=20;END=24503107;VD=15;AF=0.75;BIAS=0:1;REFBIAS=3:0;VARBIAS=15:0;PMEAN=22.4;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=30;HIAF=0.7500;ADJAF=0.2;SHIFT3=15;MSI=16;MSILEN=1;NM=1.7;HICNT=15;HICOV=20;LSEQ=ACAAGAGCAAAACTCCTTCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAAAAATTAAA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:20:15:3,15:0.75:3,0:15,0 chrY 24503428 . T C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=165;END=24503428;VD=3;AF=0.0182;BIAS=2:2;REFBIAS=68:94;VARBIAS=1:2;PMEAN=23.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.4437;MQ=60;SN=2;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=158;LSEQ=TAAAATTTAATACTTTTCCT;RSEQ=GAAAATTTTCAGGTTTTTTT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:165:3:162,3:0.0182:68,94:1,2 chrY 24511834 . T A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=99;END=24511834;VD=2;AF=0.0202;BIAS=2:2;REFBIAS=45:52;VARBIAS=1:1;PMEAN=39.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.15386834362199;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0204;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=98;LSEQ=CTCTGTAATCTCATCGTGAG;RSEQ=CTCCAACAGGAAATAATATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:99:2:97,2:0.0202:45,52:1,1 chrY 24522163 . CCTAT C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=171;END=24522167;VD=2;AF=0.0117;BIAS=2:0;REFBIAS=70:92;VARBIAS=2:0;PMEAN=55.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.19123;ODDRATIO=0;MQ=60;SN=4;HIAF=0.0145;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=138;LSEQ=GAAGTTTATCTCTATCTTTG;RSEQ=CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:2:162,2:0.0117:70,92:2,0 chrY 24522166 . ATC A 233 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=171;END=24522168;VD=97;AF=0.5673;BIAS=2:2;REFBIAS=31:20;VARBIAS=37:60;PMEAN=48.8;PSTD=1;QUAL=35.4;QSTD=1;SBF=0.00976;ODDRATIO=2.49733;MQ=60;SN=47.5;HIAF=0.6013;ADJAF=0.0058;SHIFT3=27;MSI=14;MSILEN=2;NM=0.7;HICNT=95;HICOV=158;LSEQ=GTTTATCTCTATCTTTGCCT;RSEQ=TCTCTCTCTCTCTCTCTCTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:171:97:51,97:0.5673:31,20:37,60 chrY 24636802 . C A 270 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=366;END=24636802;VD=179;AF=0.4891;BIAS=2:2;REFBIAS=100:87;VARBIAS=94:85;PMEAN=41.7;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=0.91661;ODDRATIO=1.03929;MQ=16;SN=88.5;HIAF=0.4958;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=177;HICOV=357;LSEQ=CAACCTTCTTTCACTGACAC;RSEQ=CACCTCTAAGGACTCAGGTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:366:179:187,179:0.4891:100,87:94,85 chrY 24875222 . 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CC AA 24 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=42;END=24905148;VD=2;AF=0.0476;BIAS=2:0;REFBIAS=26:11;VARBIAS=2:0;PMEAN=19.5;PSTD=1;QUAL=24.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=13;SN=4;HIAF=0.0645;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=2.5;HICNT=2;HICOV=31;LSEQ=AATATATATATATATATATA;RSEQ=TTTGTGGTCAATGACAATTC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:2:37,2:0.0476:26,11:2,0 chrY 24950848 . G GA 90 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=182;END=24950848;VD=5;AF=0.0275;BIAS=2:2;REFBIAS=138:30;VARBIAS=4:1;PMEAN=45.5;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.14907;MQ=23.6;SN=10;HIAF=0.0314;ADJAF=0.0055;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=5;HICOV=159;LSEQ=TGCAGACAGGATGAAGAAAA;RSEQ=AAAAAAAAAGTCTTAAGTGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:5:168,5:0.0275:138,30:4,1 chrY 24951234 . 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A T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=160;END=25164120;VD=2;AF=0.0125;BIAS=2:2;REFBIAS=80:78;VARBIAS=1:1;PMEAN=25.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.02548;MQ=25;SN=4;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=7;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=ATGTTCTTTTTTGTCTTTTT;RSEQ=AAAAAATCTATGTTGACTTA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:160:2:158,2:0.0125:80,78:1,1 chrY 25173721 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=162;END=25173721;VD=2;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=67:93;VARBIAS=1:1;PMEAN=46;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.38517584807391;MQ=41.5;SN=4;HIAF=0.0127;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=158;LSEQ=GTAGGCTGTCCTCAGAGGTC;RSEQ=AGGGAGGGGCTATGGTCACC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:162:2:160,2:0.0123:67,93:1,1 chrY 25181560 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=25181560;VD=2;AF=0.0117;BIAS=2:2;REFBIAS=114:54;VARBIAS=1:1;PMEAN=38.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=0.54368;ODDRATIO=2.10104;MQ=12.5;SN=4;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=GTGCAAACTCTATAAAATGC;RSEQ=AAGAACATTTTTGAACAAAA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:2:168,2:0.0117:114,54:1,1 chrY 25181707 . C A 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=25181707;VD=3;AF=0.0242;BIAS=2:0;REFBIAS=27:94;VARBIAS=0:3;PMEAN=16;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=23;SN=2;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=2;HICOV=121;LSEQ=TACTGCAAAGCTATAACAAG;RSEQ=AAAACAGCATGATACTGGCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:3:121,3:0.0242:27,94:0,3 chrY 25191509 . A C 244 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=259;END=25191509;VD=111;AF=0.4286;BIAS=2:2;REFBIAS=90:58;VARBIAS=83:28;PMEAN=33.7;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.02322;ODDRATIO=1.90559673761839;MQ=19.1;SN=36;HIAF=0.4269;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=108;HICOV=253;LSEQ=GTCCTGGGTTGCATATTTGT;RSEQ=CTAACACACATAAGCTTACA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:259:111:148,111:0.4286:90,58:83,28 chrY 25302848 . GA G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=14;END=25302849;VD=2;AF=0.1429;BIAS=0:0;REFBIAS=12:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=20;SN=4;HIAF=0.1429;ADJAF=0;SHIFT3=6;MSI=7;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=14;LSEQ=TTATAGGCATATATGACATG;RSEQ=AAAAAATCAAGAATGAACAG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:14:2:12,2:0.1429:12,0:2,0 chrY 25307730 . TA T 117 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=84;END=25307731;VD=9;AF=0.1071;BIAS=1:0;REFBIAS=70:3;VARBIAS=9:0;PMEAN=35.6;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=18;SN=18;HIAF=0.1071;ADJAF=0.0238;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=0.2;HICNT=9;HICOV=84;LSEQ=AGGACCTTATGGTGGCATCT;RSEQ=AAAAAAAAAAAGAAAGAAAA;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:84:9:73,9:0.1071:70,3:9,0 chrY 25307757 . GA G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=110;END=25307758;VD=2;AF=0.0182;BIAS=1:0;REFBIAS=106:2;VARBIAS=2:0;PMEAN=15.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=21;SN=4;HIAF=0.0185;ADJAF=0;SHIFT3=8;MSI=9;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=2;HICOV=108;LSEQ=AAAAAAGAAAGAAAAAGAAA;RSEQ=AAAAAAAAGGACACCGAAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:110:2:108,2:0.0182:106,2:2,0 chrY 25356577 . G GAA 172 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=258;END=25356577;VD=28;AF=0.1085;BIAS=2:2;REFBIAS=103:71;VARBIAS=17:11;PMEAN=48.8;PSTD=1;QUAL=35.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.06499675175991;MQ=19.5;SN=27;HIAF=0.1444;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.6;HICNT=27;HICOV=187;LSEQ=TCAATGCCACGTAAGTCACA;RSEQ=AAAAAAAAAAATCCTTCATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:258:28:174,28:0.1085:103,71:17,11 chrY 25379013 . T C 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=28;END=25379013;VD=3;AF=0.1071;BIAS=1:0;REFBIAS=22:1;VARBIAS=3:0;PMEAN=13.3;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=16;SN=2;HIAF=0.0870;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.0;HICNT=2;HICOV=23;LSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;RSEQ=AAGATGCCACCATAGGGGCC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:28:3:23,3:0.1071:22,1:3,0 chrY 25381403 . CT C 38 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=35;END=25381404;VD=3;AF=0.0857;BIAS=2:0;REFBIAS=2:30;VARBIAS=0:3;PMEAN=46.3;PSTD=1;QUAL=24.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=13.7;SN=2;HIAF=0.0645;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=12;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=2;HICOV=31;LSEQ=TTTTTTCTTTCTTTTTCTTT;RSEQ=TTTTTTTTTTTAAGATGCCA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:35:3:32,3:0.0857:2,30:0,3 chrY 25504804 . C A 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=46;END=25504804;VD=2;AF=0.0435;BIAS=1:0;REFBIAS=44:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=29.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=24;SN=4;HIAF=0.0526;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=38;LSEQ=GGTTTGATTTTTCTTAAATC;RSEQ=TTGAGTTGACAGTTTACTAA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:46:2:44,2:0.0435:44,0:2,0 chrY 25504969 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=25504969;VD=2;AF=0.0211;BIAS=2:2;REFBIAS=64:29;VARBIAS=1:1;PMEAN=44.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.53415;ODDRATIO=2.18673;MQ=44.5;SN=4;HIAF=0.0211;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=95;LSEQ=TCTCCAGACTGTCATTGGAT;RSEQ=ATGACATTCTGGGGTCCCAG;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:2:93,2:0.0211:64,29:1,1 chrY 26248972 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=85;END=26248972;VD=2;AF=0.0235;BIAS=2:2;REFBIAS=51:32;VARBIAS=1:1;PMEAN=39;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.58467;MQ=56.5;SN=4;HIAF=0.0270;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=74;LSEQ=AAAGGACACTTGAGAAGATA;RSEQ=AAGAACAAACTATCAGCAGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:85:2:83,2:0.0235:51,32:1,1 chrY 26249039 . CAAAT C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=84;END=26249043;VD=3;AF=0.0357;BIAS=2:0;REFBIAS=41:40;VARBIAS=0:3;PMEAN=60.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.24139;ODDRATIO=0;MQ=16.3;SN=6;HIAF=0.0361;ADJAF=0;SHIFT3=18;MSI=5;MSILEN=4;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=83;LSEQ=TAAGTCAAGAAGGGAATAAA;RSEQ=AAATAAATAAATAAATAACT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:84:3:81,3:0.0357:41,40:0,3 chrY 26262409 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=151;END=26262409;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=54:95;VARBIAS=1:1;PMEAN=26;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.75226480225692;MQ=28;SN=4;HIAF=0.0134;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=149;LSEQ=ATAATCTCTCTTAAGCTTCC;RSEQ=ACATACCTGGAAGGTTTTGG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:151:2:149,2:0.0132:54,95:1,1 chrY 26262514 . A G 181 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=115;END=26262514;VD=41;AF=0.3565;BIAS=2:2;REFBIAS=15:55;VARBIAS=8:33;PMEAN=37.9;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.12379;MQ=24.3;SN=9.25;HIAF=0.3627;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.3;HICNT=37;HICOV=102;LSEQ=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGT;RSEQ=TAATTTTATATATGTGTGAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:115:41:70,41:0.3565:15,55:8,33 chrY 26262589 . T TAC 163 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=28;END=26262589;VD=21;AF=0.75;BIAS=0:1;REFBIAS=0:7;VARBIAS=0:21;PMEAN=30.5;PSTD=1;QUAL=37.2;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=21.7;SN=42;HIAF=0.7500;ADJAF=0.0714;SHIFT3=6;MSI=4;MSILEN=2;NM=0.6;HICNT=21;HICOV=28;LSEQ=TATATACACATATATACATA;RSEQ=ACACACGTGTGTATATGTAT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:28:21:7,21:0.75:0,7:0,21 chrY 26358816 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=152;END=26358816;VD=2;AF=0.0132;BIAS=2:2;REFBIAS=74:76;VARBIAS=1:1;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.02685218462802;MQ=27;SN=4;HIAF=0.0134;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=149;LSEQ=CTCCCAACCATTATTAGATG;RSEQ=GTCAGAGGTTACCGTCTCTT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:152:2:150,2:0.0132:74,76:1,1 chrY 26526564 . A AT 72 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=325;END=26526564;VD=4;AF=0.0123;BIAS=2:0;REFBIAS=207:98;VARBIAS=0:4;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=36;QSTD=1;SBF=0.01141;ODDRATIO=0;MQ=19.5;SN=8;HIAF=0.0148;ADJAF=0.0031;SHIFT3=1;MSI=5;MSILEN=1;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=270;LSEQ=GAAGATATGCTTGATTAAAA;RSEQ=TGTTTTTTTTTTTTTTTTGG;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:325:4:305,4:0.0123:207,98:0,4 chrY 26526566 . G TTT 64 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Complex;DP=325;END=26526566;VD=4;AF=0.0123;BIAS=2:0;REFBIAS=207:98;VARBIAS=0:4;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=32.1;QSTD=1;SBF=0.01141;ODDRATIO=0;MQ=29;SN=8;HIAF=0.0148;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=0;MSILEN=0;NM=3.2;HICNT=4;HICOV=270;LSEQ=AGATATGCTTGATTAAAAAT;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTTGGTT;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:325:4:305,4:0.0123:207,98:0,4 chrY 26538868 . TTATATA T 32 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=16;END=26538874;VD=2;AF=0.125;BIAS=1:2;REFBIAS=13:1;VARBIAS=1:1;PMEAN=12;PSTD=1;QUAL=32.2;QSTD=1;SBF=0.24167;ODDRATIO=9.5394;MQ=31;SN=4;HIAF=0.1250;ADJAF=0.0625;SHIFT3=26;MSI=16;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=16;LSEQ=TGTTTCTAATTTAAAAAATT;RSEQ=TATATATATATATATATATA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:16:2:14,2:0.125:13,1:1,1 chrY 26544648 . A T 52 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=7;END=26544648;VD=3;AF=0.4286;BIAS=0:0;REFBIAS=4:0;VARBIAS=3:0;PMEAN=62.3;PSTD=1;QUAL=33;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=13;SN=6;HIAF=0.4286;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=3;HICOV=7;LSEQ=TATATATATATATATATATA;RSEQ=AATATATATCTCCAGCTAAG;DUPRATE=0.042;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:7:3:4,3:0.4286:4,0:3,0 chrY 26593138 . T G 207 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=53;END=26593138;VD=53;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=18:35;PMEAN=38.1;PSTD=1;QUAL=36.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=4.3;SN=52;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=52;HICOV=52;LSEQ=GGTAGAACCTACACCTATTT;RSEQ=TTGTAAATCTCTTGTCTGAG;DUPRATE=0.006;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:53:53:0,53:1:0,0:18,35 chrY 26594868 . G A 212 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=57;END=26594868;VD=57;AF=1;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=30:27;PMEAN=44;PSTD=1;QUAL=36.5;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=0;SN=56;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=56;HICOV=56;LSEQ=GATGACATTGTGACTCCTAT;RSEQ=CTTCCACCCAACACATGGGA;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:57:57:0,57:1:0,0:30,27 chrY 26671770 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=42;END=26671770;VD=2;AF=0.0476;BIAS=1:0;REFBIAS=0:40;VARBIAS=0:2;PMEAN=26.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12.5;SN=4;HIAF=0.0500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=40;LSEQ=TCTCTTGGCAGGACTTTGGT;RSEQ=AGAGAGGAGCCTCACTTCAC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:42:2:40,2:0.0476:0,40:0,2 chrY 26695639 . G T 227 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=85;END=26695639;VD=72;AF=0.8471;BIAS=0:1;REFBIAS=0:12;VARBIAS=0:72;PMEAN=41.3;PSTD=1;QUAL=36.8;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=0;SN=144;HIAF=0.8675;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=72;HICOV=83;LSEQ=GACTCATAACTAACTTTAGG;RSEQ=ACATGCGTGATGTCTTGGAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:85:72:12,72:0.8471:0,12:0,72 chrY 26725227 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=162;END=26725227;VD=2;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=63:97;VARBIAS=1:1;PMEAN=20;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.53541433155737;MQ=25;SN=4;HIAF=0.0130;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=154;LSEQ=GTTGAGAAATTACAAACAAC;RSEQ=CATGAGTTAGTTTAGAAGTA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:162:2:160,2:0.0123:63,97:1,1 chrY 26780918 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=170;END=26780918;VD=3;AF=0.0176;BIAS=2:2;REFBIAS=132:35;VARBIAS=1:2;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.11977;ODDRATIO=7.42244;MQ=39;SN=2;HIAF=0.0124;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=2;HICOV=161;LSEQ=GCCCATGACCTAAGTGATGT;RSEQ=ACTCTGTTTTTCTTCCTGGG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:170:3:167,3:0.0176:132,35:1,2 chrY 26781141 . A C 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=118;END=26781141;VD=2;AF=0.0169;BIAS=2:0;REFBIAS=14:101;VARBIAS=0:2;PMEAN=8;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12.5;SN=4;HIAF=0.0194;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=5.0;HICNT=2;HICOV=103;LSEQ=TTGCTGGGCCCAGCACCCTT;RSEQ=AGATGTGATGCTCCTGCCTG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:118:2:115,2:0.0169:14,101:0,2 chrY 26908813 . AT A 169 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=369;END=26908814;VD=24;AF=0.065;BIAS=2:2;REFBIAS=185:158;VARBIAS=13:11;PMEAN=38.7;PSTD=1;QUAL=36.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.00931598655591;MQ=23.3;SN=48;HIAF=0.0678;ADJAF=0.0081;SHIFT3=10;MSI=11;MSILEN=1;NM=0.5;HICNT=24;HICOV=354;LSEQ=AGCTAGAAGAAGCGGTACTG;RSEQ=TTTTTTTTTTATGGTATCCA;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:369:24:343,24:0.065:185,158:13,11 chrY 26921930 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=64;END=26921930;VD=2;AF=0.0312;BIAS=2:2;REFBIAS=47:15;VARBIAS=1:1;PMEAN=13;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.44048;ODDRATIO=3.06575;MQ=18;SN=4;HIAF=0.0317;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=4.0;HICNT=2;HICOV=63;LSEQ=GGGCAAAAAAGGCACTGTTG;RSEQ=TCCCATGGGAGTTTACAATC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:64:2:62,2:0.0312:47,15:1,1 chrY 26921965 . G T 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=95;END=26921965;VD=3;AF=0.0316;BIAS=2:0;REFBIAS=47:45;VARBIAS=0:3;PMEAN=11.7;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=0.24211;ODDRATIO=0;MQ=13.3;SN=2;HIAF=0.0253;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=3.3;HICNT=2;HICOV=79;LSEQ=ACAATCGGGTTAACAAGAAA;RSEQ=TAAAAAAATAAACTAAAACA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:95:3:92,3:0.0316:47,45:0,3 chrY 26922197 . T C 151 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=17;END=26922197;VD=17;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:17;PMEAN=32.8;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=20.5;SN=34;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=3.9;HICNT=17;HICOV=17;LSEQ=ATAGGAACAGCTCCAGTCTA;RSEQ=AGCTCCCAGCGTGAGCGACG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:17:17:0,17:1:0,0:0,17 chrY 26942667 . C A 44 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=255;END=26942667;VD=3;AF=0.0118;BIAS=2:2;REFBIAS=149:101;VARBIAS=2:1;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=28.3;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.35413281334633;MQ=21.7;SN=2;HIAF=0.0082;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=244;LSEQ=TAGTTTGACAGATGTTATGG;RSEQ=TTTGTCTGTACTTCACTACG;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:255:3:250,3:0.0118:149,101:2,1 chrY 26970963 . G GAA 225 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=196;END=26970963;VD=85;AF=0.4337;BIAS=2:2;REFBIAS=55:14;VARBIAS=29:55;PMEAN=45.2;PSTD=1;QUAL=35.2;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=7.33943;MQ=34.2;SN=170;HIAF=0.5120;ADJAF=0;SHIFT3=11;MSI=13;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=85;HICOV=166;LSEQ=TCAATGCCACGTAAGTCACA;RSEQ=AAAAAAAAAAATCCTTCATG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:85:69,85:0.4337:55,14:29,55 chrY 26971147 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=124;END=26971147;VD=2;AF=0.0161;BIAS=2:2;REFBIAS=14:108;VARBIAS=1:1;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.22817;ODDRATIO=7.48727163821503;MQ=20;SN=4;HIAF=0.0163;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=123;LSEQ=TGTCTCACCTCATTTCTCTA;RSEQ=AGATATTCTCATTGTAAATT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:124:2:122,2:0.0161:14,108:1,1 chrY 26996152 . A G 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=220;END=26996152;VD=3;AF=0.0136;BIAS=2:2;REFBIAS=137:80;VARBIAS=2:1;PMEAN=54;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.16710627669756;MQ=37.3;SN=6;HIAF=0.0138;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=218;LSEQ=TAGGGAAGGGATATCTAATC;RSEQ=GGTTCCCAGTAGTTCAAGGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:220:3:217,3:0.0136:137,80:2,1 chrY 27011187 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=114;END=27011187;VD=2;AF=0.0175;BIAS=2:2;REFBIAS=74:37;VARBIAS=1:1;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.98686;MQ=21;SN=4;HIAF=0.0182;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=110;LSEQ=ATCTTTGAGGTTTCCACGTT;RSEQ=CCAACTCCCGAAAATTTGGA;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:114:2:111,2:0.0175:74,37:1,1 chrY 27029758 . A G 162 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=174;END=27029758;VD=28;AF=0.1609;BIAS=2:2;REFBIAS=135:11;VARBIAS=8:20;PMEAN=43.1;PSTD=1;QUAL=33.9;QSTD=1;SBF=0;ODDRATIO=29.47129;MQ=12.9;SN=13;HIAF=0.1557;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=26;HICOV=167;LSEQ=GAATCTTTCTTTCTTCATAA;RSEQ=TCAGTCATTCATTTGGAATT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:174:28:146,28:0.1609:135,11:8,20 chrY 27030555 . G C 58 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=33;END=27030555;VD=3;AF=0.0909;BIAS=1:2;REFBIAS=29:0;VARBIAS=1:2;PMEAN=37;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=0.00605;ODDRATIO=0;MQ=17.3;SN=6;HIAF=0.1111;ADJAF=0;SHIFT3=4;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=3;HICOV=27;LSEQ=AGTTTCTAATATAAAAGTAA;RSEQ=AAGAATGTCATGGAGTAGAA;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:33:3:29,3:0.0909:29,0:1,2 chrY 27031885 . C A 230 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=261;END=27031885;VD=87;AF=0.3333;BIAS=2:2;REFBIAS=53:120;VARBIAS=45:42;PMEAN=35.3;PSTD=1;QUAL=35.7;QSTD=1;SBF=0.00114;ODDRATIO=2.41715211138237;MQ=14.6;SN=86;HIAF=0.3359;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=86;HICOV=256;LSEQ=AAGCCATAACGCGTGTACAA;RSEQ=TACACATTGTCCTATAATAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:261:87:173,87:0.3333:53,120:45,42 chrY 27039001 . T C 303 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=553;END=27039001;VD=455;AF=0.8228;BIAS=0:2;REFBIAS=1:0;VARBIAS=238:217;PMEAN=44.3;PSTD=1;QUAL=34.4;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=16;SN=16.5;HIAF=0.8234;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=429;HICOV=521;LSEQ=ATAGACTGCACTTAGTTTTC;RSEQ=GGAATGAAGTACAGACAAAG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:553:455:1,455:0.8228:1,0:238,217 chrY 27053669 . C CTCCT 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=3;END=27053669;VD=2;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=0:1;VARBIAS=0:2;PMEAN=24;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=15;SN=4;HIAF=0.6667;ADJAF=0.3333;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=0.5;HICNT=2;HICOV=3;LSEQ=GAGAGGAAACTCCTCAGACA;RSEQ=GTATTTCATTAGTTAGTAAG;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:3:2:1,2:0.6667:0,1:0,2 chrY 27056056 . T C 136 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=13;END=27056056;VD=13;AF=1;BIAS=0:1;REFBIAS=0:0;VARBIAS=0:13;PMEAN=41;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=3;SN=26;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.2;HICNT=13;HICOV=13;LSEQ=GGGGAGCTCTCATTAGATCA;RSEQ=CTCAAGCTACCCCTGGATTT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:13:13:0,13:1:0,0:0,13 chrY 27224302 . A G 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=182;END=27224302;VD=2;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=78:102;VARBIAS=1:1;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.30573872168179;MQ=46;SN=4;HIAF=0.0110;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=181;LSEQ=GTGGGCATGGGGCAAGCATG;RSEQ=ATGTAACGTCACCTAAGTAC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:182:2:180,2:0.011:78,102:1,1 chrY 27249034 . A G 222 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=112;END=27249034;VD=67;AF=0.5982;BIAS=2:2;REFBIAS=22:23;VARBIAS=7:60;PMEAN=44.2;PSTD=1;QUAL=36.6;QSTD=1;SBF=1e-05;ODDRATIO=8.02105;MQ=20.4;SN=134;HIAF=0.6036;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=67;HICOV=111;LSEQ=GAGTTTTACTTTGGACTTAC;RSEQ=TAAAGTGGAGAAAGTCCAGT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:112:67:45,67:0.5982:22,23:7,60 chrY 27254982 . A G 95 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=9;END=27254982;VD=6;AF=0.6667;BIAS=0:0;REFBIAS=2:0;VARBIAS=6:0;PMEAN=46.7;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=13;SN=12;HIAF=0.7500;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=6;HICOV=8;LSEQ=CAAATATCAAAGAGACAGGG;RSEQ=AGAGAGTTGGGGCTCAATAC;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/0:9:6:2,6:0.6667:2,0:6,0 chrY 27255253 . G T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=171;END=27255253;VD=2;AF=0.0117;BIAS=2:0;REFBIAS=122:47;VARBIAS=2:0;PMEAN=14.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=21.5;SN=4;HIAF=0.0126;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=4;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=159;LSEQ=AAAATCAATGCAAAACTGCT;RSEQ=GGGAAAAAAAAAAAAAAGCT;DUPRATE=0.002;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:171:2:169,2:0.0117:122,47:2,0 chrY 27266757 . C A 220 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=80;END=27266757;VD=69;AF=0.8625;BIAS=0:1;REFBIAS=11:0;VARBIAS=69:0;PMEAN=36.8;PSTD=1;QUAL=36.1;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=0;SN=68;HIAF=0.8608;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=3;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=68;HICOV=79;LSEQ=ATCCAAGACATCACGCATGT;RSEQ=CCTAAAGTTAGTTATGAGTC;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:80:69:11,69:0.8625:11,0:69,0 chrY 27290708 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=70;END=27290708;VD=2;AF=0.0286;BIAS=1:0;REFBIAS=68:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=32.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=21.5;SN=4;HIAF=0.0294;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=68;LSEQ=TGTGACTCTTCCACCAGGTC;RSEQ=TTCCCACAAGGTGGATTGTG;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:70:2:68,2:0.0286:68,0:2,0 chrY 27303789 . T C 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=159;END=27303789;VD=2;AF=0.0126;BIAS=2:2;REFBIAS=100:56;VARBIAS=1:1;PMEAN=21;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.77872;MQ=25;SN=4;HIAF=0.0129;ADJAF=0;SHIFT3=1;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.5;HICNT=2;HICOV=155;LSEQ=TCTCCCGGGATCCGCCCACT;RSEQ=GAATAATAACATATTGTAAC;DUPRATE=0.004;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:159:2:156,2:0.0126:100,56:1,1 chrY 27318351 . A G 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=181;END=27318351;VD=2;AF=0.011;BIAS=2:2;REFBIAS=101:78;VARBIAS=1:1;PMEAN=24.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=1.29299;MQ=25;SN=4;HIAF=0.0114;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=175;LSEQ=TAGACTAAAGGCCTTGGTAA;RSEQ=GTAGGTTCCTCAGGGAGTCT;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:181:2:179,2:0.011:101,78:1,1 chrY 27321512 . AG A 94 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=178;END=27321513;VD=9;AF=0.0506;BIAS=2:0;REFBIAS=40:83;VARBIAS=0:9;PMEAN=46.9;PSTD=1;QUAL=29.9;QSTD=1;SBF=0.05661;ODDRATIO=0;MQ=26.3;SN=3.5;HIAF=0.0648;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=3.1;HICNT=7;HICOV=108;LSEQ=GCCAGAAGTAAAATCCAGTA;RSEQ=TTTTTTTTTTTTTTTAATAT;DUPRATE=0.011;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:178:9:123,9:0.0506:40,83:0,9 chrY 27336116 . T TA 61 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Insertion;DP=196;END=27336116;VD=3;AF=0.0153;BIAS=2:2;REFBIAS=52:131;VARBIAS=1:2;PMEAN=48.8;PSTD=1;QUAL=39;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.25801987671405;MQ=40.4;SN=6;HIAF=0.0165;ADJAF=0;SHIFT3=9;MSI=10;MSILEN=1;NM=0.0;HICNT=3;HICOV=182;LSEQ=GAATACTGTATCCTTCAAAA;RSEQ=AAAAAAAAATCTAACTACAT;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:196:3:183,3:0.0153:52,131:1,2 chrY 27339834 . G T 25 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=82;END=27339834;VD=2;AF=0.0244;BIAS=2:0;REFBIAS=8:72;VARBIAS=0:2;PMEAN=36;PSTD=1;QUAL=25;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12.5;SN=4;HIAF=0.0247;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=2;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=81;LSEQ=ATGGCCCATTCCAGAGAGCA;RSEQ=AGATACATCACCTATAATGG;DUPRATE=0.003;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:82:2:80,2:0.0244:8,72:0,2 chrY 27367534 . C T 209 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=58;END=27367534;VD=57;AF=0.9828;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=33:24;PMEAN=41.6;PSTD=1;QUAL=35.9;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=0;SN=27.5;HIAF=1.0000;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.2;HICNT=55;HICOV=55;LSEQ=TCCCATGTGTTGGGTGGAAG;RSEQ=ATAGGAGTCACAATGTCATC;DUPRATE=0.007;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 1/1:58:57:0,57:0.9828:0,0:33,24 chrY 27398862 . G C 45 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=78;END=27398862;VD=3;AF=0.0385;BIAS=1:0;REFBIAS=0:75;VARBIAS=0:3;PMEAN=53;PSTD=1;QUAL=29;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=15;SN=6;HIAF=0.0395;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=6;MSILEN=1;NM=1.3;HICNT=3;HICOV=76;LSEQ=TCCCAGCTCACCACCTGTAG;RSEQ=GGGGACCACAGTCTCATGCC;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:78:3:75,3:0.0385:0,75:0,3 chrY 27414048 . C T 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=104;END=27414048;VD=2;AF=0.0192;BIAS=1:0;REFBIAS=102:0;VARBIAS=2:0;PMEAN=41.5;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=25;SN=4;HIAF=0.0202;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=2;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=99;LSEQ=ATACCTAATGACTCATTTTA;RSEQ=CAGTGTGTTTGAGGACTTAT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:104:2:102,2:0.0192:102,0:2,0 chrY 27414072 . G T 31 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=108;END=27414072;VD=2;AF=0.0185;BIAS=2:0;REFBIAS=92:14;VARBIAS=2:0;PMEAN=53.5;PSTD=1;QUAL=31;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=22;SN=4;HIAF=0.0196;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=102;LSEQ=TGTGTTTGAGGACTTATTTT;RSEQ=ATCCAACCAATTGTCTCTGT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:108:2:106,2:0.0185:92,14:2,0 chrY 27414137 . G A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=164;END=27414137;VD=2;AF=0.0122;BIAS=2:2;REFBIAS=74:88;VARBIAS=1:1;PMEAN=43;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.18793062485151;MQ=25;SN=4;HIAF=0.0125;ADJAF=0;SHIFT3=2;MSI=1;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=160;LSEQ=ATTGTGTGTTTATTACAGCT;RSEQ=TAAACCTTTTTATAATTCTA;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:164:2:162,2:0.0122:74,88:1,1 chrY 27414143 . C A 37 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=SNV;DP=162;END=27414143;VD=2;AF=0.0123;BIAS=2:2;REFBIAS=71:89;VARBIAS=1:1;PMEAN=28;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=0;SBF=1;ODDRATIO=1.25175245343481;MQ=25;SN=4;HIAF=0.0132;ADJAF=0;SHIFT3=0;MSI=5;MSILEN=1;NM=1.0;HICNT=2;HICOV=151;LSEQ=TGTTTATTACAGCTGTAAAC;RSEQ=TTTTTATAATTCTATTACCT;DUPRATE=0.005;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:162:2:160,2:0.0123:71,89:1,1 chrY 27427485 . 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AAC A 111 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=74;END=27435866;VD=8;AF=0.1081;BIAS=2:0;REFBIAS=7:57;VARBIAS=0:8;PMEAN=35.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12.8;SN=16;HIAF=0.1127;ADJAF=0.0135;SHIFT3=0;MSI=14;MSILEN=1;NM=2.0;HICNT=8;HICOV=71;LSEQ=TGGAACCAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=CATTTTTAATCAAGCATATC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:74:8:64,8:0.1081:7,57:0,8 chrY 27435865 . AC A 164 PASS SAMPLE=CG0584V5D6-Lib19146;TYPE=Deletion;DP=71;END=27435866;VD=22;AF=0.3099;BIAS=0:2;REFBIAS=0:0;VARBIAS=4:18;PMEAN=33.9;PSTD=1;QUAL=37;QSTD=1;SBF=1;ODDRATIO=0;MQ=12.3;SN=44;HIAF=0.3548;ADJAF=0.0563;SHIFT3=1;MSI=15;MSILEN=1;NM=1.1;HICNT=22;HICOV=62;LSEQ=GGAACCAAAAAAAAAAAAAA;RSEQ=CATTTTTAATCAAGCATATC;DUPRATE=0;SPLITREAD=0;SPANPAIR=0 GT:DP:VD:AD:AF:RD:ALD 0/1:71:22:0,22:0.3099:0,0:4,18 chrY 27699915 . 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