#!/bin/sh
#PBS -N FMBY2_Copy
#PBS -j oe
#PBS -l ncpus=8
#PBS -l nodes=1
#PBS -l mem=10G

set -e
sams=(`cut -f1 $sam_list`)
echo "Samples:" ${sams[*]}
echo $script_dir

sh $script_dir/module/run_Copy_Result.sh -l $sam_list -o $out_dir -x $script_dir -c $cnv_dir -r $res_dir
cd $cnv_dir
sh $script_dir/module/run_check_sex.sh $samplesheet
cd $out_dir/log  && touch FMBY2.finished
#prefix=`basename $res_dir`
#cd $out_dir
#sh $script_dir/module/run_summary.sh $prefix